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DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=15.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,0,5 chr1 1230233 . A T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=25,18;MFRL=127,37;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,0:5,1:0|1:1230233_A_T:1230233:2,5,1,1 chr1 1230235 . G GAGTTCCAGCCTTGC . . DP=9;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=127,37;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,0:5,2:0|1:1230233_A_T:1230233:2,5,1,1 chr1 1235541 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=117,60;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:1235541_G_A:1235541:1,2,1,1 chr1 1235543 . C G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=117,60;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:0,2:2,0:0|1:1235541_G_A:1235541:1,2,1,1 chr1 1236162 . G T . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr1 2526169 . A C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=24,12;MFRL=125,165;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,0:1,1,1,0 chr1 2527901 . TG T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,242;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr1 2535758 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=18.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,1,5 chr1 2537095 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=111,121;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=10.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.722:5:1,0:0,4:0,1,1,3 chr1 2537838 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,16;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.826:4:0,0:0,1:0,0,0,4 chr1 2538349 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr1 2542653 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=11.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr1 2939299 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=83,38;MMQ=60,54;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:0,0:4,2:2,2,1,1 chr1 2939453 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=142,64;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:0,2:9,0:2,7,0,2 chr1 3328002 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=117,173;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:6,0:6,2:8,4,2,0 chr1 3329091 . C G . . DP=7;ECNT=5;MBQ=27,32;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:4,0:1,2:0|1:3329091_C_G:3329091:4,1,0,2 chr1 3329096 . C T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,28;MFRL=77,103;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:0|1:3329091_C_G:3329091:1,1,0,2 chr1 3329116 . C CCAT . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,30;MFRL=0,77;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3329116_C_CCAT:3329116:0,0,0,1 chr1 3329119 . G GTCTA . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,30;MFRL=0,77;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3329116_C_CCAT:3329116:0,0,0,1 chr1 3329121 . C T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,27;MFRL=0,77;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3329116_C_CCAT:3329116:0,0,0,1 chr1 3342307 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=136,114;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=10.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.384:11:4,1:3,3:0,7,0,4 chr1 3342804 . G T . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=80,59;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=9.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.417:10:4,1:2,3:5,1,3,1 chr1 5927721 . A ACGCTGAATGTTGGGATGGGCACGAGGC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,362;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr1 5927943 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr1 5927977 . G A . . DP=13;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=122,79;MMQ=60,59;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=8.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.383:11:3,4:4,0:5,2,3,1 chr1 5934837 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=182,160;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=8.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,1:1,2:0,1,1,2 chr1 5935162 . A T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,194;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr1 5935259 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,211;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr1 5937091 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=35.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,7:0,5:0,0,7,5 chr1 5937391 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=22.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,3:0,5:0,0,3,5 chr1 5937413 . A C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,24;MFRL=146,97;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,2:1,1:0,1,1,2 chr1 5947308 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=22,29;MFRL=143,81;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=12.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.468:11:3,2:2,3:5,1,4,1 chr1 5967363 . C CT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:5967363_C_CT:5967363:0,0,0,1 chr1 5967366 . G GTGGGGGCGGCGCAGAGGTCCACGTGCAGTACACGA . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=13,30;MFRL=140,144;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=9.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.708:4:0,1:0,2:0,1,3,0 chr1 6166370 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=139,192;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.266:13:6,2:4,1:4,6,0,3 chr1 6166796 . G A . . DP=23;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=127,91;MMQ=60,59;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=14.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,6:0.304:21:9,5:6,1:10,5,6,0 chr1 6169970 . G A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=121,62;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,5:0.298:18:8,1:5,4:7,6,2,3 chr1 6170424 . CG C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr1 6181246 . G T . . DP=19;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=117,80;MMQ=60,59;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,4:0.249:18:12,4:2,0:6,8,4,0 chr1 6181705 . C G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,18;MFRL=114,86;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:6181705_C_G:6181705:0,1,0,1 chr1 6181708 . A ACTTG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,24;MFRL=114,86;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:6181705_C_G:6181705:0,1,0,1 chr1 6181712 . G A,GTGTGGGCAGCCTCTGAAGGC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,20,31;MFRL=0,86,114;MMQ=60,60,60;MPOS=1,4;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.79,3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,1:0.400,0.400:2:0,1,1:0,0,0:0,0,0,2 chr1 6181715 . A T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=86,114;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.500:2:0,1:0,0:1|0:6181705_C_G:6181705:0,1,0,1 chr1 6185383 . A T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr1 6185971 . C CAATAAGATA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:6185971_C_CAATAAGATA:6185971:0,0,0,1 chr1 6185972 . C CTAA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:6185971_C_CAATAAGATA:6185971:0,0,0,1 chr1 6186758 . C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=138,165;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.157:17:10,1:5,1:4,11,1,1 chr1 6188268 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,26;MFRL=87,36;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:1,2,2,0 chr1 6188296 . G T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=110,36;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:1,3,1,1 chr1 6195432 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=103,198;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.445:7:3,3:1,0:2,2,2,1 chr1 6196943 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,28;MFRL=105,132;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:6196943_A_G:6196943:0,1,0,1 chr1 6196951 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,22;MFRL=105,132;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:6196943_A_G:6196943:0,1,0,1 chr1 6203853 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=16,22;MFRL=150,176;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.586:3:0,0:0,1:0|1:6203853_A_C:6203853:1,0,2,0 chr1 6203857 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=150,176;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.586:3:0,0:1,1:0|1:6203853_A_C:6203853:1,0,2,0 chr1 6204266 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr1 6269280 . A AACGTCACACACT . . 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DP=17;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=46.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.946:16:0,12:0,4:0,0,10,6 chr1 7870144 . A C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=39.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,5:0,6:0,0,2,9 chr1 7880469 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=144,97;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=10.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.627:6:0,1:2,3:2,0,3,1 chr1 7887248 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=159,134;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,8:0.500:16:3,5:5,3:1,7,3,5 chr1 7890264 . A G . . DP=9;ECNT=3;MBQ=28,30;MFRL=137,142;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=14.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:1,4:3,1:2,2,0,5 chr1 7890315 . A ATCTCTTCC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=215,186;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:7890315_A_ATCTCTTCC:7890315:0,1,0,1 chr1 7890316 . 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DP=1;ECNT=5;MBQ=0,22;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:11355072_T_A:11355072:0,0,0,1 chr1 11575375 . T A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=172,141;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=13.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:3,2:1,3:1,3,4,1 chr1 11579982 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr1 11585302 . T TCCA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=124,149;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.326:4:1,0:2,1:0|1:11585302_T_TCCA:11585302:1,2,0,1 chr1 11585305 . A ACACTCAAGAGTTAACTC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=27,26;MFRL=124,149;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.326:4:1,0:2,1:0|1:11585302_T_TCCA:11585302:1,2,0,1 chr1 11585354 . G T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=127,93;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,0:0,2:1,1,1,1 chr1 11593793 . T TGCACACACGCAC . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,23;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=10.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.666:4:0,0:1,2:0,1,2,1 chr1 11594400 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=103,120;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,1:1,2:1,0,3,0 chr1 11594605 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=148,72;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:0,2,1,1 chr1 11595203 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=140,82;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.499:6:2,2:1,1:0,3,1,2 chr1 11596412 . TG T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr1 11708736 . T C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=37.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.938:13:0,8:0,5:0,0,7,6 chr1 11710585 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=104,83;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:2,0:2,2:2,2,1,1 chr1 11733456 . C T . . DP=11;ECNT=4;MBQ=24,20;MFRL=100,99;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:4,0:4,2:4,4,1,1 chr1 11733499 . C T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,30;MFRL=119,99;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:11733499_C_T:11733499:0,3,0,1 chr1 11733502 . C CTGAT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,32;MFRL=100,99;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:11733499_C_T:11733499:0,4,0,1 chr1 11733505 . C T . . 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DP=3;ECNT=3;MBQ=24,31;MFRL=204,126;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.414:3:1,0:0,1:0,2,0,1 chr1 45116527 . AC TG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:45116527_AC_TG:45116527:0,0,0,1 chr1 45116530 . TAC T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:45116527_AC_TG:45116527:0,0,0,1 chr1 45120135 . C CACGAAGTGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=143,820;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:1,0,1,0 chr1 45155641 . C T . . DP=3;ECNT=7;MBQ=31,26;MFRL=182,137;MMQ=50,40;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:45155641_C_T:45155641:0,2,0,1 chr1 45155656 . C T . . DP=3;ECNT=7;MBQ=30,28;MFRL=182,137;MMQ=50,40;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:45155641_C_T:45155641:0,2,0,1 chr1 45155658 . A G . . DP=3;ECNT=7;MBQ=24,30;MFRL=211,145;MMQ=40,50;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0,1,0,2 chr1 45155661 . G A . . DP=3;ECNT=7;MBQ=29,24;MFRL=182,137;MMQ=50,40;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:45155641_C_T:45155641:0,2,0,1 chr1 45155662 . T C . . DP=3;ECNT=7;MBQ=29,20;MFRL=174,153;MMQ=40,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr1 45155664 . G C . . DP=3;ECNT=7;MBQ=31,24;MFRL=182,137;MMQ=50,40;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:45155641_C_T:45155641:0,2,0,1 chr1 45155666 . CA AG . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=147,114;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=11.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:0,0:1,4:0,1,2,2 chr1 45297753 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=137,174;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:1,1,1,1 chr1 45307506 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=80,112;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=13.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.668:7:2,2:0,3:1,1,5,0 chr1 45340282 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=124,130;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.395:8:2,0:3,3:4,1,2,1 chr1 45341439 . ACCTCTCCCACTCCCCCTCCCCACGGTCTCCCTCTC A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=139,93;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr1 45362992 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=176,117;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.555:7:0,4:3,0:2,1,2,2 chr1 45407411 . AG A . . 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C CAAAAACTCTGCTTGCTTCTGTCATTAA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr1 49056695 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr1 49100332 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=12.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr1 49332969 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=148,131;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr1 49511233 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,23;MFRL=136,134;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=16.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,7:0.727:9:1,7:1,0:2,0,7,0 chr1 50574969 . C CTT . . 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T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,28;MFRL=168,134;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:61331228_CA_C:61331228:0,1,0,1 chr1 61548326 . ATT A . . DP=25;ECNT=2;MBQ=27,29;MFRL=111,123;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=9,7;RU=T;STR;TLOD=56.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,16:0.630:25:7,8:2,8:7,2,16,0 chr1 61548344 . TTC T . . DP=28;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=111,117;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=TC;STR;TLOD=18.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,8:0.449:18:4,4:6,4:9,1,5,3 chr1 61848837 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=165,118;MMQ=60,43;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=8.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.482:10:3,3:2,0:5,0,5,0 chr1 61872215 . GCC G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=11,32;MFRL=138,81;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=14,12;RU=C;STR;TLOD=4.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.602:3:0,1:0,1:0,1,0,2 chr1 61892301 . T TG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=17.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,0,5 chr1 62149237 . C G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=136,135;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=18.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.533:13:3,5:3,2:1,5,2,5 chr1 62232173 . T C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=122,155;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=8.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,1:1,2:1,2,1,2 chr1 62232196 . AG CT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=78,105702800;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,1,0 chr1 62240967 . G A . . DP=24;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=110,105;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=10.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,5:0.249:22:9,5:7,0:5,12,5,0 chr1 62340855 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,34;MFRL=192,136;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=10.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:0,2:1,1:1,0,2,1 chr1 62365217 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=154,135;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=7.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,1:1,2:3,0,3,0 chr1 62365428 . G GA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=151,99;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=A;STR;TLOD=5.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.662:4:1,2:0,1:0,1,1,2 chr1 62380270 . C T . . DP=39;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=129,73;MMQ=60,60;MPOS=9;PON;POPAF=7.30;TLOD=36.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,16:0.428:38:6,11:13,5:14,8,6,10 chr1 62380298 . G A . . DP=35;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=105,98;MMQ=60,60;MPOS=27;PON;POPAF=7.30;TLOD=20.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,10:0.335:31:3,6:16,4:13,8,4,6 chr1 62393394 . A G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=28,25;MFRL=141,123;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=14.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.637:9:1,4:2,2:3,0,5,1 chr1 62393439 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=141,122;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.332:10:3,0:4,3:6,1,2,1 chr1 62417951 . A AG . . DP=14;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=148,177;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=13.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,11:0.800:13:1,6:1,5:2,0,11,0 chr1 62417952 . A AGAGAGAG . . DP=14;ECNT=2;MBQ=29,30;MFRL=142,178;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,10:0.770:13:1,6:2,4:3,0,10,0 chr1 62456014 . G A . . DP=12;ECNT=4;MBQ=28,28;MFRL=135,124;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.571:12:5,3:0,4:3,2,3,4 chr1 62456048 . G A . . DP=8;ECNT=4;MBQ=30,28;MFRL=135,124;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=14.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.600:8:3,2:0,3:0,3,2,3 chr1 62456132 . A AGGATACTATAGTGTAC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=20,25;MFRL=210,149;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:1,1:0,0:0|1:62456132_A_AGGATACTATAGTGTAC:62456132:0,1,0,1 chr1 62456134 . A ACTTAAAAT . . 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G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=148,131;MMQ=60,42;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:1,4,0,2 chr1 62676224 . A G . . DP=31;ECNT=3;MBQ=27,31;MFRL=122,347;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=20.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:23,8:0.274:31:9,8:13,0:18,5,0,8 chr1 62676247 . GAACT G . . DP=27;ECNT=3;MBQ=31,32;MFRL=347,135;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=36.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,10:0.379:27:11,5:5,5:6,11,7,3 chr1 62676284 . C T . . DP=33;ECNT=3;MBQ=32,26;MFRL=130,88;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=20.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,10:0.343:30:8,5:12,5:11,9,5,5 chr1 62677048 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:62677048_G_T:62677048:0,0,0,1 chr1 62677050 . C T . . 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DP=11;ECNT=2;MBQ=33,32;MFRL=169,123;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.270:9:1,1:6,1:0,7,0,2 chr1 118171011 . A C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=21,31;MFRL=123,169;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=12.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.628:6:0,0:1,4:0,2,0,4 chr1 118491215 . G GT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=15,16;RU=T;STR;TLOD=4.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.763:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr1 118530537 . G T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=85,70;MMQ=60,54;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.285:12:5,0:4,3:3,6,1,2 chr1 118617274 . C T . . DP=6;ECNT=5;MBQ=27,28;MFRL=127,103;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=13.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:1,4:0,1:0,1,1,4 chr1 118617311 . G GAA . . 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CT C . . DP=25;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=92,118;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=T;STR;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,4:0.245:19:6,1:6,3:10,5,3,1 chr1 161832894 . TCTTAGAATTCAGACATAGC T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr1 161928409 . C T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=32,29;MFRL=124,103;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:161928409_C_T:161928409:1,1,0,1 chr1 161928419 . G C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,32;MFRL=96,103;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:161928409_C_T:161928409:0,1,0,1 chr1 161928426 . C G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,31;MFRL=96,103;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:161928409_C_T:161928409:0,1,0,1 chr1 161928432 . G C . . 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DP=2;ECNT=4;MBQ=27,29;MFRL=80,126;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:162353420_AC_CA:162353420:0,1,0,1 chr1 162353432 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,22;MFRL=80,126;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:162353420_AC_CA:162353420:0,1,0,1 chr1 162353435 . AAT A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=80,126;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:162353420_AC_CA:162353420:0,1,0,1 chr1 162367071 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=33,24;MFRL=105,99;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=16.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.615:11:3,2:1,5:1,3,4,3 chr1 162381868 . ACAGC A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:162381868_ACAGC_A:162381868:0,0,0,1 chr1 162381873 . TCTGA T . . 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DP=9;ECNT=2;MBQ=32,22;MFRL=132,121;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:4,0:1,4:4,1,3,1 chr1 166831404 . A C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=116,116;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=17.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.584:10:1,2:3,4:4,0,6,0 chr1 166833199 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,23;MFRL=137,121;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,0:2,3:0,3,0,3 chr1 166905893 . G T . . DP=40;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=106,151;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:33,3:0.104:36:16,3:17,0:17,16,3,0 chr1 166974420 . T C . . DP=20;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=135,108;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=23.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,10:0.500:20:8,4:2,6:2,8,3,7 chr1 167038459 . C CATCCCAGGCCCTGCAACTGCGTAA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr1 167059651 . C CTAG . . 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C CTCTCTCTCTGTCTCTCTCTGT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr2 3652616 . G C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=117,101;MMQ=60,60;MPOS=28;PON;POPAF=7.30;TLOD=25.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,10:0.611:16:3,1:3,9:3,3,5,5 chr2 3653844 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=119,100;MMQ=60,60;MPOS=27;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:1,1:3,2:0,4,0,3 chr2 3661086 . TGG T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,214;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=G;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr2 3685046 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr2 3685074 . A G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=18.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.888:7:0,2:0,4:0,0,5,2 chr2 3721632 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=125,128;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.249:10:2,2:6,0:4,4,1,1 chr2 3726162 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=83,168;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.272:9:2,0:5,2:0|1:3726162_G_A:3726162:2,5,0,2 chr2 3726163 . T C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=109,134;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:6,3:0.364:9:0,2:6,1:1|0:3726162_G_A:3726162:0,6,2,1 chr2 3749151 . GGAA G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=153,85;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=GAA;STR;TLOD=11.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.558:7:1,3:2,1:1,2,2,2 chr2 3774519 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=12.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,2,2 chr2 3800496 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=103,121;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.364:9:2,3:4,0:1,5,2,1 chr2 3815250 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=10.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr2 3826324 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=21,24;MFRL=148,114;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,1:1,2:1,0,3,0 chr2 5834276 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,194;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr2 5834751 . A AT . . DP=21;ECNT=2;MBQ=28,27;MFRL=127,101;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=9,10;RU=T;STR;TLOD=8.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:4,3:0,1:2,2,2,2 chr2 5834853 . C CAATAACCTTCACCTG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr2 5835564 . GA G . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=151,145;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=10.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:1,2:4,2:4,1,4,0 chr2 11359031 . G T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=35.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,6:0,6:0,0,9,3 chr2 11702661 . A C . . DP=21;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=118,109;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,9:0.460:20:7,6:2,3:5,6,4,5 chr2 11716433 . C CA . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=78,134;MMQ=40,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=13,14;RU=A;STR;TLOD=11.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.501:8:3,0:1,3:4,0,3,1 chr2 11718510 . C CTCTTA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=90,98;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:2,2,0,1 chr2 11718591 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr2 11725241 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=110,136;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=10.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.492:10:2,1:2,3:4,1,5,0 chr2 11738091 . T C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=23.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,3:0,4:0,0,2,6 chr2 11738103 . A T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=124,98;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.424:5:2,0:1,2:0,3,1,1 chr2 11738765 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=8.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr2 11755443 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=9.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,1,2 chr2 11758536 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=196,154;MMQ=60,59;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr2 11760976 . C T . . 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DP=2;ECNT=5;MBQ=0,30;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.683:1:0,1:0,0:0|1:15676737_G_GGAA:15676737:0,0,0,1 chr2 15676738 . C CGG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.683:1:0,1:0,0:0|1:15676737_G_GGAA:15676737:0,0,0,1 chr2 15676740 . T A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,23;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:15676737_G_GGAA:15676737:0,0,0,1 chr2 15676742 . ATT A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,23;MFRL=237,133;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:15676737_G_GGAA:15676737:0,1,0,1 chr2 15694164 . T TA . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=53.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.944:16:0,7:0,7:0,0,12,4 chr2 15735146 . T TCA . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=191,178;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr2 15840505 . C A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=190,114;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.442:7:1,2:3,1:2,2,1,2 chr2 15840522 . G T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=178,121;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.384:11:4,1:3,3:4,3,2,2 chr2 15840645 . T C . . DP=20;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=128,125;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,7:0.400:18:7,5:4,2:2,9,6,1 chr2 16747037 . T C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=28,20;MFRL=141,84;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,2:2,0:0,3,1,1 chr2 16747064 . G GATACAGCTGTGCCCCA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,32;MFRL=136,84;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr2 16747089 . G GAA . . 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DP=21;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=149,137;MMQ=60,50;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,2:0.131:21:10,0:8,1:7,12,0,2 chr2 17899243 . A ACC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=150,138;MMQ=60,40;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=C;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:17899243_A_ACC:17899243:1,0,1,0 chr2 17899246 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,34;MFRL=150,138;MMQ=60,40;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:17899243_A_ACC:17899243:1,0,1,0 chr2 17899248 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,34;MFRL=150,138;MMQ=60,40;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:17899243_A_ACC:17899243:1,0,1,0 chr2 17907552 . GA G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=133,153;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=A;STR;TLOD=4.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:1,1,2,0 chr2 17941423 . T G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=9.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,0:1,3:0,1,1,2 chr2 17954027 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=33.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.934:12:0,9:0,3:0,0,3,9 chr2 17954140 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,234;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr2 17954647 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=21.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,0,6 chr2 17962993 . CAAGTT C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=102,116;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=15.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.557:7:0,3:3,1:2,1,2,2 chr2 17997932 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=141,65;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:5,1:7,1:9,3,1,1 chr2 18764320 . A T . . 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DP=10;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=20.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,2:0,7:0,0,5,4 chr2 24475205 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=37.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,5:0,6:0,0,4,7 chr2 24484150 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=17.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,1,4 chr2 24507817 . C G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=157,151;MMQ=60,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.250:14:10,3:1,0:0,11,0,3 chr2 24509298 . C CTGTTTTCACACTTCTGATAA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,32;MFRL=136,181;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.489:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr2 24516639 . A AATGACTG . . DP=25;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=125,65;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,3:0.153:24:6,2:15,1:0|1:24516639_A_AATGACTG:24516639:8,13,1,2 chr2 24516642 . T TCAG . . DP=24;ECNT=3;MBQ=27,26;MFRL=125,73;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:22,2:0.115:24:6,1:15,1:0|1:24516639_A_AATGACTG:24516639:8,14,0,2 chr2 24516644 . C CACATTGTTA . . DP=23;ECNT=3;MBQ=30,30;MFRL=125,73;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,2:0.120:23:5,0:13,1:0|1:24516639_A_AATGACTG:24516639:8,13,0,2 chr2 24521493 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=11.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,3,1 chr2 24550867 . CAA C,CA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,31,31;MFRL=145,149,128;MMQ=60,60,60;MPOS=27,27;POPAF=7.30,7.30;RPA=14,12,13;RU=A;STR;TLOD=3.08,10.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,1,4:0.222,0.630:6:0,0,2:1,1,2:1,0,5,0 chr2 24929871 . A G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=29,30;MFRL=113,522;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=6.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.267:13:9,3:1,0:7,3,0,3 chr2 24952729 . A G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=25,30;MFRL=192,128;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:24952729_A_G:24952729:0,2,0,1 chr2 24952732 . A G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=24,31;MFRL=230,141;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr2 24952736 . C T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,30;MFRL=192,128;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:24952729_A_G:24952729:0,2,0,1 chr2 24952737 . TCA T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=26,28;MFRL=179,153;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:24952737_TCA_T:24952737:0,2,0,1 chr2 24952740 . C CGTT . . DP=2;ECNT=5;MBQ=21,24;MFRL=230,153;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:24952737_TCA_T:24952737:0,1,0,1 chr2 24974945 . T G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=113,76;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.599:13:2,5:3,3:0,5,3,5 chr2 25016260 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=155,186;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:7,0:3,2:5,5,2,0 chr2 25016404 . C T . . DP=22;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=131,186;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,2:0.130:21:9,0:10,2:8,11,0,2 chr2 25037188 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=163,144;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=9.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:2,4:2,0:4,0,3,1 chr2 25039508 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=146,99;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.362:9:0,2:6,1:2,4,2,1 chr2 25046090 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=95,153;MMQ=60,60;MPOS=5;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.308:11:6,0:2,3:4,4,1,2 chr2 25061270 . GGGGTGGGGTGGGTGGGGT G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=51,189;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=GGGTGGGGT;STR;TLOD=12.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:0,0:0,3:1,0,3,0 chr2 25100738 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=145,62;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,0:2,2:2,0,1,1 chr2 25100902 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=14.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,3:0,2:0,0,1,4 chr2 25180839 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=116,162;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:8,2:1,0:4,5,1,1 chr2 25190175 . AAAATACAGGCATTTAGT A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=147,144;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:2,2:10,0:4,8,0,2 chr2 25314186 . T C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=144,90;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,10:0.735:13:1,3:2,7:1,2,6,4 chr2 25326502 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=140,73;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:0,3,1,1 chr2 25352991 . A AG . . DP=6;ECNT=4;MBQ=22,20;MFRL=111,45;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:25352991_A_AG:25352991:2,2,1,1 chr2 25352994 . C T . . DP=6;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=111,45;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:25352991_A_AG:25352991:2,2,1,1 chr2 25352997 . TG AT . . DP=6;ECNT=4;MBQ=25,20;MFRL=111,45;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:25352991_A_AG:25352991:2,2,1,1 chr2 25353000 . C T . . DP=6;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=111,45;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:2,2:0|1:25352991_A_AG:25352991:2,2,1,1 chr2 25353580 . A AAAGG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr2 25354184 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=163,106;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,0:2,2:2,0,1,1 chr2 25355756 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=34,25;MFRL=110,69;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:2,1,2,0 chr2 25355858 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=136,116;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,4:0.310:14:4,0:6,4:6,4,2,2 chr2 25358363 . ATGATGT A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=28,19;MFRL=100,47;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:2,1:7,0:0|1:25358363_ATGATGT_A:25358363:8,2,1,1 chr2 25358371 . A T . . 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G GAGAAGAGTAAAAAC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=121,148;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:26152001_G_GAGAAGAGTAAAAAC:26152001:0,1,0,1 chr2 26152003 . G C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,28;MFRL=121,148;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.493:2:0,1:1,0:0|1:26152001_G_GAGAAGAGTAAAAAC:26152001:0,1,0,1 chr2 26174826 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr2 26179285 . CCCCCGA C . . DP=10;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=120,62;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:4,2:4,0:0|1:26179285_CCCCCGA_C:26179285:1,7,1,1 chr2 26179294 . A ACAATAAGAGCCTTGTGCTG . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=10.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0,0,3,1 chr2 26801586 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=168,109;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=11.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.718:5:0,3:1,1:1,0,4,0 chr2 26802225 . C CCCTAATATGCTCCAACCATTTTGAACTACT . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=126,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:2,2:5,0:3,4,1,1 chr2 26804338 . C CATAACTGACACATTGGCAA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,32;MFRL=160,103;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:26804338_C_CATAACTGACACATTGGCAA:26804338:0,3,0,1 chr2 26804342 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,26;MFRL=160,103;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:26804338_C_CATAACTGACACATTGGCAA:26804338:0,3,0,1 chr2 26817945 . G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr2 26818006 . T C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.774:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr2 26818021 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=14.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,3,2 chr2 26951449 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr2 26997031 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr2 26998105 . AG GA . . DP=13;ECNT=1;MBQ=26,33;MFRL=125,94;MMQ=60,59;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:5,0:5,2:1,9,0,2 chr2 26998472 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=151,140;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:4,0:1,2:2,3,1,1 chr2 26998499 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=34,20;MFRL=169,111;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:0,3,1,1 chr2 27000929 . C T . . DP=23;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=139,65;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,3:0.143:23:11,0:8,2:10,10,0,3 chr2 27147880 . C CA . . DP=10;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=132,103;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=5.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:4,2:4,0:0|1:27147880_C_CA:27147880:4,4,2,0 chr2 27147883 . C G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=24,33;MFRL=132,103;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:4,2:4,0:0|1:27147880_C_CA:27147880:4,4,2,0 chr2 27157396 . G A . . 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GC TT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=117,40;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:0,2:2,0:0|1:27256045_GC_TT:27256045:2,1,1,1 chr2 27256048 . C CTCTATTGA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=117,40;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:0,2:2,0:0|1:27256045_GC_TT:27256045:2,1,1,1 chr2 27258761 . C G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=181,121;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=12.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:2,1:1,3:1,2,3,1 chr2 27261329 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=33.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,7:0,4:0,0,6,5 chr2 27262763 . GGGA G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GGA;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr2 27279736 . TG CA . . 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DP=12;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=150,53;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:2,0:7,2:0|1:27552282_TGGTCATGGGCTAGGAAACACTGGAAGGGGTAGAGCTTTAAGGAGCCATCAGAGAGCCGTATCCGCTGCAGGGGTGAGTTAGTGGGAAGG_T:27552282:1,9,1,1 chr2 27560867 . T C . . DP=22;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=93,65;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:19,2:0.130:21:13,0:6,2:0|1:27560867_T_C:27560867:10,9,1,1 chr2 27560873 . G GC . . DP=19;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=93,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:12,0:5,2:0|1:27560867_T_C:27560867:8,9,1,1 chr2 27565818 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=132,111;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.184:14:7,0:5,2:7,5,1,1 chr2 27589740 . T C . . DP=18;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=103,83;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.164:16:8,1:6,1:8,6,1,1 chr2 27589769 . A C . . DP=18;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=141,191;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.166:16:8,0:5,2:7,7,2,0 chr2 27591138 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,23;MFRL=174,191;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:27591138_C_A:27591138:2,0,0,1 chr2 27591140 . T TAAG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=23,25;MFRL=174,191;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.395:3:0,1:2,0:0|1:27591138_C_A:27591138:2,0,0,1 chr2 27594279 . T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=128,126;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:27594279_T_C:27594279:0,1,0,1 chr2 27594280 . TTACCCGC T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,28;MFRL=128,126;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:27594279_T_C:27594279:0,1,0,1 chr2 27594291 . T A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,23;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:27594279_T_C:27594279:0,0,0,1 chr2 27594296 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=-6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:27594279_T_C:27594279:0,0,0,1 chr2 27596230 . C T . . DP=33;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=133,103;MMQ=60,43;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=7.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:26,4:0.155:30:12,0:12,4:12,14,1,3 chr2 27596260 . T C . . DP=16;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=148,137;MMQ=60,50;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.167:16:10,0:4,2:0,14,0,2 chr2 27597190 . AT A . . DP=31;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=124,104;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=T;STR;TLOD=4.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,6:0.201:28:5,3:10,3:20,2,5,1 chr2 27597335 . G A . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=T;STR;TLOD=10.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr2 29379976 . T A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,237;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr2 29380347 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,33;MFRL=148,121;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:29380347_A_C:29380347:0,1,0,1 chr2 29380355 . C CCAT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,32;MFRL=148,121;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:29380347_A_C:29380347:0,1,0,1 chr2 29380356 . G GCCAC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,32;MFRL=148,121;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:29380347_A_C:29380347:0,1,0,1 chr2 29380358 . A ACAGTC . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=22,33;MFRL=99,36;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.253:10:5,0:2,2:5,3,1,1 chr2 32800516 . G GTTCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.672:1:0,0:0,1:0|1:32800516_G_GTTCT:32800516:0,0,0,1 chr2 32800518 . G GTTAGTATTTCTGTC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=190,158;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.490:2:0,0:0,1:0|1:32800516_G_GTTCT:32800516:0,1,0,1 chr2 32800521 . A T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,30;MFRL=190,158;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:32800516_G_GTTCT:32800516:0,1,0,1 chr2 32959024 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=35.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,2:0,8:0,0,0,10 chr2 32961691 . C T . . 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C CCCCTGGCG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=151,116;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:38813019_C_CCCCTGGCG:38813019:0,1,0,1 chr2 38813020 . A AATTTTGTATTTTTAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,25;MFRL=151,116;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:38813019_C_CCCCTGGCG:38813019:0,1,0,1 chr2 38818868 . T A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=29,25;MFRL=165,126;MMQ=60,55;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,1:1,1:0,3,0,2 chr2 38818882 . T C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,29;MFRL=161,185;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:38818882_T_C:38818882:0,2,0,1 chr2 38818884 . A C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,30;MFRL=161,185;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:38818882_T_C:38818882:0,2,0,1 chr2 38818886 . A G . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.695:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr2 42935961 . C T . . DP=6;ECNT=3;MBQ=32,25;MFRL=146,182;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,1:1,2:3,0,3,0 chr2 42935979 . C T . . DP=11;ECNT=3;MBQ=33,24;MFRL=145,121;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=9.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.461:11:4,2:2,3:6,0,4,1 chr2 42936035 . G A . . DP=18;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=130,129;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.165:16:8,1:6,1:5,9,2,0 chr2 42950185 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=80,104;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=11.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,6:0.411:15:4,3:5,3:2,7,2,4 chr2 42994756 . A AAATCATCGAATGGGATCAAAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=198,77;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr2 42997538 . T C . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=16,30;MFRL=89,152;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.701:4:0,1:0,2:1,0,3,0 chr2 43926885 . G A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=137,71;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:6,1:2,1:3,5,1,1 chr2 43926943 . T A . . DP=17;ECNT=2;MBQ=26,29;MFRL=97,151;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,6:0.369:17:6,3:5,3:5,6,4,2 chr2 43937500 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=23,33;MFRL=125,186;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.331:10:3,2:4,1:1,6,1,2 chr2 43937859 . G GA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,198;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=A;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:43937859_G_GA:43937859:0,0,0,1 chr2 43937863 . C CCCCAGG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,198;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:43937859_G_GA:43937859:0,0,0,1 chr2 43939525 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=121,147;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=10.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:2,1:3,3:0,5,0,4 chr2 43968237 . T TTTGAGGTAGGGGAC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=131,121;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr2 43989587 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=126,133;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=11.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:1,1:0,3:0,1,2,2 chr2 43991357 . A C . . DP=19;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=123,129;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=25.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,9:0.557:16:4,7:3,2:3,4,4,5 chr2 43992823 . C CTCAGGATGAAATCTCAACATGAGATTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=135,150;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr2 44032347 . G C . . DP=17;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=132,148;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=14.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,5:0.333:16:7,3:4,2:4,7,3,2 chr2 44055300 . G T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=29,31;MFRL=142,134;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:2,1:0|1:44055300_G_T:44055300:0,3,0,1 chr2 44055307 . C T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,29;MFRL=142,134;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:44055300_G_T:44055300:0,3,0,1 chr2 44055323 . G GTTACAGCT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,32;MFRL=142,134;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:44055323_G_GTTACAGCT:44055323:0,1,0,1 chr2 44055326 . GA TG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,30;MFRL=142,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:44055323_G_GTTACAGCT:44055323:0,1,0,1 chr2 44065103 . G C . . 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DP=10;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=30.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,3:0,7:0,0,5,5 chr2 44071800 . AATTCCCCGGGT A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=23,26;MFRL=121,121;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:44071800_AATTCCCCGGGT_A:44071800:0,1,0,1 chr2 44071817 . TA CC . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:44071800_AATTCCCCGGGT_A:44071800:0,0,0,1 chr2 44071821 . AG CA . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:44071800_AATTCCCCGGGT_A:44071800:0,0,0,1 chr2 44071827 . G A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:44071800_AATTCCCCGGGT_A:44071800:0,0,0,1 chr2 44071829 . CC AA . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=97,138;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:3,1:0,1:3,0,2,0 chr2 44173422 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr2 44209321 . C A,G . . DP=30;ECNT=4;MBQ=32,30,27;MFRL=103,146,99;MMQ=60,60,60;MPOS=16,16;POPAF=7.30,7.30;TLOD=8.01,4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:20,3,3:0.139,0.122:26:8,3,3:11,0,0:8,12,6,0 chr2 44209334 . A C . . DP=42;ECNT=4;MBQ=24,33;MFRL=104,90;MMQ=60,50;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:40,2:0.068:42:21,1:15,0:0|1:44209334_A_C:44209334:16,24,1,1 chr2 44209337 . A G . . DP=43;ECNT=4;MBQ=26,29;MFRL=104,90;MMQ=60,50;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:39,2:0.069:41:22,2:17,0:0|1:44209334_A_C:44209334:15,24,1,1 chr2 44209338 . G GC . . 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DP=20;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=133,178;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=T;STR;TLOD=4.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,5:0.282:18:6,3:5,1:9,4,5,0 chr2 48032874 . ACTAT A . . DP=24;ECNT=2;MBQ=22,26;MFRL=132,135;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CTAT;STR;TLOD=38.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,10:0.552:18:2,3:5,6:1,7,3,7 chr2 48032937 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=141,127;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.607:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr2 48033551 . C G . . DP=20;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=134,143;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=37.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,12:0.619:19:6,7:1,5:2,5,9,3 chr2 48040849 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=35,31;MFRL=131,185;MMQ=55,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:48040849_G_A:48040849:2,0,1,0 chr2 48040851 . C T . . 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DP=24;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=113,9;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,3:0.153:24:13,0:8,3:5,16,3,0 chr2 55122187 . G T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,15;MFRL=144,1004;MMQ=60,51;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,0:0|1:55122187_G_T:55122187:0,2,1,0 chr2 55122196 . GT CA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,16;MFRL=144,1004;MMQ=60,51;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,0:0|1:55122187_G_T:55122187:0,2,1,0 chr2 55122589 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=17.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.775:7:1,2:0,3:0,1,2,4 chr2 55155663 . A ATACTTCTTGAATCTTGCGTGCTGT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=15,27;MFRL=117,123;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,0:1,1:4,0,0,1 chr2 55155672 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=24,28;MFRL=189,165;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:2,0,2,0 chr2 55181351 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,0,3 chr2 55181382 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr2 55186229 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=151,129;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr2 55186394 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0|1:55186394_A_C:55186394:0,0,1,0 chr2 55186401 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,35;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0|1:55186394_A_C:55186394:0,0,1,0 chr2 55191350 . GT TG . . 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DP=19;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=125,65;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.164:16:2,0:12,2:5,9,0,2 chr2 58390538 . T C . . DP=19;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=72.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,17:0.949:17:0,8:0,8:0|1:58390538_T_C:58390538:0,0,13,4 chr2 58390547 . G A . . DP=23;ECNT=2;MBQ=34,28;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=79.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,20:0.915:21:0,9:1,10:0|1:58390538_T_C:58390538:0,1,16,4 chr2 58431412 . G GAT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,31;MFRL=81,117;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:58431412_G_GAT:58431412:1,2,0,1 chr2 58431414 . GG CA . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,30;MFRL=81,117;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:58431412_G_GAT:58431412:1,2,0,1 chr2 58431420 . G T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,25;MFRL=117,117;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:58431412_G_GAT:58431412:0,2,0,1 chr2 58431428 . T TGGGA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,31;MFRL=153,81;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:58431428_T_TGGGA:58431428:0,1,0,1 chr2 58431429 . T TACCTTCTTATTAAC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,27;MFRL=153,81;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:58431428_T_TGGGA:58431428:0,1,0,1 chr2 58453843 . GA G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=62,111;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=A;STR;TLOD=4.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.270:13:7,2:0,1:7,3,3,0 chr2 59482474 . G GGATGTGTTAAGAT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,32;MFRL=183,142;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0,4,0,1 chr2 59504776 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=36.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,3:0,9:0,0,2,10 chr2 60687944 . T TATATACACCACCAAAC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,124;MMQ=60,24;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:60687944_T_TATATACACCACCAAAC:60687944:0,0,0,1 chr2 60687945 . G GCTTTCCATAGCATGCTGTAGTGGCA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,21;MFRL=0,124;MMQ=60,24;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:60687944_T_TATATACACCACCAAAC:60687944:0,0,0,1 chr2 60768978 . G A . . DP=35;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=129,113;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=52.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,21:0.610:34:6,9:5,11:8,5,17,4 chr2 60996116 . A T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=9.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,0:0,3:0,0,0,3 chr2 61007782 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=15.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,3,2 chr2 61007986 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=33.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,6:0,3:0,0,0,9 chr2 61009807 . T C . . DP=29;ECNT=2;MBQ=25,29;MFRL=125,126;MMQ=60,59;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=17.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,8:0.301:28:8,7:11,0:12,8,8,0 chr2 61009813 . T A . . DP=31;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=126,167;MMQ=60,60;MPOS=31;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,4:0.163:29:12,4:9,0:16,9,4,0 chr2 61009909 . C T . . DP=66;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=194.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,63:0.985:63:0,38:0,25:0,0,24,39 chr2 61009938 . AT A . . DP=37;ECNT=3;MBQ=20,25;MFRL=241,130;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=T;STR;TLOD=23.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,13:0.834:15:1,6:0,6:0,2,0,13 chr2 61009953 . A AGAC . . DP=15;ECNT=3;MBQ=26,24;MFRL=130,241;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:5,2:6,0:0,13,0,2 chr2 61021349 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=17.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,0,5 chr2 61022016 . TC T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,17;MFRL=129,75;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,0:0|1:61022016_TC_T:61022016:2,1,1,0 chr2 61022036 . T A . . DP=14;ECNT=2;MBQ=25,27;MFRL=117,87;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:10,2:0.212:12:6,2:4,0:1|0:61022016_TC_T:61022016:3,7,2,0 chr2 61108829 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr2 61121492 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=42.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.942:15:0,8:0,6:0,0,10,5 chr2 61128284 . T C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,121;MMQ=60,53;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=12.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.831:4:0,0:0,2:0|1:61128284_T_C:61128284:0,0,1,3 chr2 61128285 . CTTT C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,19;MFRL=141,149;MMQ=48,49;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=23,20;RU=T;STR;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.397:3:0,0:1,0:0|1:61128284_T_C:61128284:0,2,0,1 chr2 61143927 . GG AA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=152,163;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:2,0,1,0 chr2 61145512 . G GAGATGGA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,33;MFRL=139,139;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:61145512_G_GAGATGGA:61145512:0,3,0,1 chr2 61145515 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,33;MFRL=139,139;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.327:4:2,0:1,1:0|1:61145512_G_GAGATGGA:61145512:0,3,0,1 chr2 61147147 . A T . . 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G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=91,123;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:1,3,0,1 chr2 71061172 . A AAACATTGATCTAGTTTTACATCCT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,91;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr2 71062833 . G GC . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=50.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.940:14:0,3:0,11:0,0,6,8 chr2 71163096 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=95,19010819;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:4,2:2,0:5,1,2,0 chr2 71187104 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=146,120;MMQ=60,60;MPOS=28;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.671:10:1,1:2,6:1,2,4,3 chr2 71188119 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=61,132;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:2,1:5,1:2,5,1,1 chr2 71190700 . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=168,151;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=16.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.754:6:1,3:0,2:0,1,2,3 chr2 71730368 . A AAAAAGGAAGCCACCTGGCAATGCCTTGGACCTTAACCTGG . . DP=10;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=104,63;MMQ=60,51;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:4,2:4,0:4,4,1,1 chr2 71741077 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,29;MFRL=151,160;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:71741077_C_T:71741077:1,0,0,1 chr2 71741086 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=166,160;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:71741077_C_T:71741077:1,1,0,1 chr2 71741095 . T TCACCAA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,28;MFRL=181,160;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr2 71744238 . A ACAGC . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr2 71906171 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=22,31;MFRL=75,158;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.334:7:4,1:1,1:4,1,2,0 chr2 72359312 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,17;MFRL=0,211;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.757:2:0,0:0,1:0,0,2,0 chr2 72692272 . A AAG . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=AG;STR;TLOD=30.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,4:0,3:0,0,4,3 chr2 72725617 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=110,64;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=10.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.374:14:5,3:4,2:3,6,3,2 chr2 72741705 . CAATAAATA C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,35;MFRL=144,153;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=8,6;RU=AATA;STR;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.612:3:1,2:0,0:1,0,2,0 chr2 72742083 . GACAC G,GAC . . 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AC CT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73486271_AC_CT:73486271:0,0,0,1 chr2 73486276 . GG CT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73486271_AC_CT:73486271:0,0,0,1 chr2 73490412 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,84;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr2 73492779 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=132,61;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr2 73493783 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=0,89;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr2 73495977 . T TTTTTAATGGCTAATATTTCATCATGTATA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr2 73518548 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=159,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:1,2:4,1:3,2,3,0 chr2 73649928 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=1779,169;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:1,0,2,0 chr2 73650122 . T A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=180,130;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=9.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,1:0,2:0,1,0,3 chr2 73677875 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=29,26;MFRL=142,126;MMQ=60,38;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:1,2:5,0:0|1:73677875_C_T:73677875:4,2,2,0 chr2 73677898 . G C . . DP=14;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=124,126;MMQ=60,45;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,4:0.313:14:4,2:6,2:0|1:73677875_C_T:73677875:5,5,2,2 chr2 73679534 . 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T TGCTAGCTTTGGGGTTGGTTTGCTCTTG . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=129,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:2,4,1,1 chr2 73828310 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=92,133;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=15.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.602:8:3,3:0,2:2,1,3,2 chr2 73828538 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=91,106;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,7:0.471:15:1,2:7,5:3,5,3,4 chr2 73868328 . A G . . DP=9;ECNT=2;MBQ=27,32;MFRL=144,149;MMQ=60,51;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:2,1:4,1:3,3,1,1 chr2 73868378 . A AG . . DP=8;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=143,165;MMQ=60,56;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=G;STR;TLOD=8.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:2,3:3,0:2,3,3,0 chr2 73927931 . A G . . DP=24;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=115,120;MMQ=60,51;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,7:0.319:23:9,3:7,4:7,9,2,5 chr2 73928098 . C G . . 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GA G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,28;MFRL=124,109;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:1,3,0,1 chr2 74593273 . C CTGAGGAGAGATAA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,1362;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:74593273_C_CTGAGGAGAGATAA:74593273:0,0,1,0 chr2 74593274 . C CAGACAGACAACTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,13;MFRL=0,1362;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:74593273_C_CTGAGGAGAGATAA:74593273:0,0,1,0 chr2 74596168 . G GA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=111,161;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=7.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:1,0,2,0 chr2 74596677 . T C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=25,20;MFRL=0,151;MMQ=60,50;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:74596677_T_C:74596677:1,0,0,1 chr2 74596683 . C T . . 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G GA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=32,32;MFRL=158,101;MMQ=60,32;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:74719916_G_GA:74719916:0,3,0,1 chr2 74719917 . G GATAACTGT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=158,101;MMQ=60,32;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:74719916_G_GA:74719916:0,3,0,1 chr2 74719921 . A ATAGGATGAATTTACATATGCAT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=24,25;MFRL=158,101;MMQ=60,32;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:74719916_G_GA:74719916:0,3,0,1 chr2 74720002 . C G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=25.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,6:0,1:0,0,7,0 chr2 74732415 . T G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=108,152;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.306:8:3,2:1,0:2,4,1,1 chr2 74745790 . T G . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:74901012_T_TC:74901012:0,0,0,1 chr2 74901014 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:74901012_T_TC:74901012:0,0,0,1 chr2 74901895 . TCTCCCGCCTTTGGCTGCATGG T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=147,193;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.342:4:0,1:2,0:1,2,1,0 chr2 75061873 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr2 75101104 . G T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=85,87;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:1,1,1,1 chr2 75105798 . A G . . DP=18;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=52.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,18:0.950:18:0,12:0,4:0,0,10,8 chr2 75112802 . A ATCTCATGCTGTTTGC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:75112802_A_ATCTCATGCTGTTTGC:75112802:0,0,0,1 chr2 75112804 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:75112802_A_ATCTCATGCTGTTTGC:75112802:0,0,0,1 chr2 75113572 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=15.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,5,0 chr2 75113745 . C T . . DP=21;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=141,83;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,3:0.179:20:10,2:7,1:4,13,2,1 chr2 75116627 . C T . . DP=25;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=104,102;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=33.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,15:0.617:24:1,5:8,10:5,4,10,5 chr2 75280972 . G GTGTACAGATAATATTGTCACCAGGTAAT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,187;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr2 75347713 . T TCTTTTATTTTC . . DP=11;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=138,51;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.247:10:3,0:4,2:0|1:75347713_T_TCTTTTATTTTC:75347713:3,5,1,1 chr2 75347717 . G GACATC . . DP=10;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=138,51;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:3,0:5,2:0|1:75347713_T_TCTTTTATTTTC:75347713:3,5,1,1 chr2 75425623 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=190,133;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:1,0,2,0 chr2 75720313 . G A . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,119;MMQ=60,27;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:96259911_A_T:96259911:0,0,0,1 chr2 96259924 . C A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,119;MMQ=60,27;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:96259911_A_T:96259911:0,0,0,1 chr2 96260812 . G A . . DP=15;ECNT=3;MBQ=30,26;MFRL=121,124;MMQ=45,46;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.197:13:8,2:3,0:4,7,1,1 chr2 96260894 . G A . . DP=17;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=110,80;MMQ=58,49;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.211:17:6,3:8,0:4,10,3,0 chr2 96260979 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,118;MMQ=60,34;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr2 96689084 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=125,120;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=18.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,8:0.473:17:5,4:4,4:5,4,3,5 chr2 96690640 . 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TGAG T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=27,22;MFRL=126,111;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=GAG;STR;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.175:15:6,0:6,2:6,7,1,1 chr2 96993884 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=139,137;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,6:0.500:12:2,3:4,3:2,4,4,2 chr2 97020170 . A C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=25,33;MFRL=129,98;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr2 97020185 . T C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,29;MFRL=159,137;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,0:1,1:0|1:97020185_T_C:97020185:0,2,0,1 chr2 97020189 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,32;MFRL=159,137;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:97020185_T_C:97020185:0,2,0,1 chr2 97217938 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=143,49;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:2,0,2,0 chr2 97268109 . TGTC T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,192;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:97268109_TGTC_T:97268109:0,0,0,1 chr2 97268114 . C A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,18;MFRL=0,192;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:97268109_TGTC_T:97268109:0,0,0,1 chr2 97270134 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=85,175;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.372:6:1,2:3,0:2,2,0,2 chr2 97297299 . ATC TGG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr2 97315971 . T TTG . . DP=11;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=149,54;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:5,0:3,2:0|1:97315971_T_TTG:97315971:3,6,1,1 chr2 97315974 . T A . . DP=11;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=149,54;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:6,0:3,2:0|1:97315971_T_TTG:97315971:3,6,1,1 chr2 97319453 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=135,52;MMQ=60,59;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.264:13:7,0:3,3:4,6,1,2 chr2 97328063 . AG A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,24;MFRL=104,100;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:97328063_AG_A:97328063:0,1,0,1 chr2 97328071 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,25;MFRL=104,100;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:97328063_AG_A:97328063:0,1,0,1 chr2 97328083 . G GTGGATCCCT . . 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T A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=135,118;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:3,0,2,0 chr2 97568453 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=157,133;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=25.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,10:0.785:12:1,10:1,0:2,0,4,6 chr2 97587049 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=10.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr2 97589379 . G GAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,32;MFRL=183,133;MMQ=60,35;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:97589379_G_GAA:97589379:0,1,0,1 chr2 97589380 . T TCGCTTGAACTCGG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=183,133;MMQ=60,35;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:97589379_G_GAA:97589379:0,1,0,1 chr2 97595109 . T C . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=28,34;MFRL=123,137;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,1,0 chr2 100910859 . A AGAAAG . . DP=5;ECNT=4;MBQ=23,24;MFRL=139,107;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0,4,0,1 chr2 100910880 . T TCAAGAGG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,29;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:100910880_T_TCAAGAGG:100910880:1,0,0,1 chr2 100910882 . T TATTTTCTATTTGCTGA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,27;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:100910880_T_TCAAGAGG:100910880:1,0,0,1 chr2 100910912 . G A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr2 100912032 . T C . . 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T C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=28,34;MFRL=114,145;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=16.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.601:8:0,1:3,4:0,3,0,5 chr2 101635369 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=137,98;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=8.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:2,3:3,1:3,2,3,1 chr2 101643985 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr2 101646185 . C CTAATTAGAAG . . DP=10;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=107,41;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.366:6:3,2:1,0:0|1:101646185_C_CTAATTAGAAG:101646185:0,4,1,1 chr2 101646189 . G GC . . DP=9;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=107,41;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.368:6:3,2:1,0:0|1:101646185_C_CTAATTAGAAG:101646185:0,4,1,1 chr2 101646192 . A G . . 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G GAAAAACTAGGATAGT . . DP=6;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=146,54;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:0,4,1,1 chr2 101670745 . G GACTAT . . DP=12;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=127,43;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:5,0:5,2:0|1:101670745_G_GACTAT:101670745:3,7,1,1 chr2 101670746 . G GTTTACCTTA . . DP=12;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=127,43;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:5,0:5,2:0|1:101670745_G_GACTAT:101670745:3,7,1,1 chr2 101670747 . G C . . DP=12;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=127,43;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:5,0:5,2:0|1:101670745_G_GACTAT:101670745:3,7,1,1 chr2 101767705 . T A . . DP=45;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=124,74;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:39,4:0.110:43:21,0:18,4:18,21,1,3 chr2 101874442 . C T . . 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A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=24,31;MFRL=155,144;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.494:2:1,0:0,1:0|1:110342992_A_G:110342992:0,1,0,1 chr2 110342994 . T TAAAC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,26;MFRL=155,144;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:110342992_A_G:110342992:0,1,0,1 chr2 110342996 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=155,144;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:110342992_A_G:110342992:0,1,0,1 chr2 110375308 . AT A . . DP=12;ECNT=5;MBQ=27,20;MFRL=143,91;MMQ=60,50;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.229:11:4,0:5,2:0|1:110375308_AT_A:110375308:4,5,1,1 chr2 110375312 . A T . . DP=11;ECNT=5;MBQ=28,20;MFRL=143,91;MMQ=60,50;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:4,0:3,2:0|1:110375308_AT_A:110375308:4,5,1,1 chr2 110375318 . A G . . 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DP=9;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=134,255;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=12.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.670:7:2,1:0,4:0,2,1,4 chr2 113953984 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr2 113955074 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=148,216;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=8.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,2:0,1:1,0,2,1 chr2 113955233 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=212,145;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=19.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,8:0.751:10:1,5:1,3:0,2,5,3 chr2 113976265 . TGA CTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=171,168;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr2 113977862 . T G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr2 114002233 . C T . . 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DP=47;ECNT=4;MBQ=31,28;MFRL=120,144;MMQ=22,22;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=8.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:40,7:0.154:47:21,3:19,3:35,5,6,1 chr2 114340511 . G A . . DP=65;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=116,120;MMQ=40,22;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=31.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:44,19:0.306:63:23,9:21,10:29,15,13,6 chr2 114340663 . G A . . DP=42;ECNT=3;MBQ=28,26;MFRL=110,150;MMQ=40,22;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:32,9:0.231:41:14,5:18,4:16,16,4,5 chr2 114340677 . C A . . DP=39;ECNT=3;MBQ=26,22;MFRL=120,120;MMQ=41,28;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:34,5:0.145:39:16,3:18,2:17,17,1,4 chr2 114340706 . A G . . DP=30;ECNT=3;MBQ=25,31;MFRL=122,156;MMQ=49,22;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:26,3:0.128:29:11,2:15,1:11,15,0,3 chr2 114399145 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=250,151;MMQ=27,48;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=8.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.709:5:1,0:0,3:1,0,1,3 chr2 114476894 . A AGTGTTTTCTAGATAACTGAG . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=29,29;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:122168594_T_C:122168594:0,1,0,1 chr2 122184950 . C A . . DP=50;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=105,135;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=39.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:30,19:0.384:49:17,7:12,9:22,8,13,6 chr2 122202650 . A AG . . DP=5;ECNT=4;MBQ=28,27;MFRL=160,130;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.327:4:0,0:3,1:0|1:122202650_A_AG:122202650:0,3,0,1 chr2 122202653 . C T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=34,27;MFRL=160,130;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:122202650_A_AG:122202650:0,3,0,1 chr2 122202655 . A AGGTTT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,25;MFRL=160,130;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:2,1:0|1:122202650_A_AG:122202650:0,3,0,1 chr2 122202656 . A T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,28;MFRL=160,130;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:2,1:0|1:122202650_A_AG:122202650:0,3,0,1 chr2 122209500 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,23;MFRL=158,63080943;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,2:2,0:0,3,0,2 chr2 122227590 . CAT C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=AT;STR;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.697:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr2 122273426 . A AGCTTGATATT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.677:1:0,1:0,0:0|1:122273426_A_AGCTTGATATT:122273426:0,0,0,1 chr2 122273432 . CA AC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:122273426_A_AGCTTGATATT:122273426:0,0,0,1 chr2 122283313 . G T . . 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A ACATACACAGGTTTCAAGAAACATTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=213,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr2 128046461 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,78;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.810:3:0,3:0,0:0,0,2,1 chr2 128050134 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=15.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,3,2 chr2 128079679 . C A . . DP=24;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=116,61;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,2:0.120:23:13,0:6,2:0|1:128079679_C_A:128079679:6,15,1,1 chr2 128079684 . C CTTGG . . DP=21;ECNT=4;MBQ=29,20;MFRL=119,61;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:19,2:0.130:21:13,0:4,2:0|1:128079679_C_A:128079679:5,14,1,1 chr2 128079689 . T G . . 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TGGAATTACCAACTAAAAACAAACATAAGGAACCATGCAGCTATCTCACCAGGTCAAGTTCTTCCATGAGCATCTCCACTACTAA T . . DP=22;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=125,117;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,5:0.153:22:5,3:8,2:5,12,2,3 chr2 128181028 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr2 128260549 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr2 128262528 . A T . . DP=31;ECNT=1;MBQ=27,23;MFRL=118,104;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:27,3:0.124:30:14,3:12,0:12,15,3,0 chr2 128263041 . T G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=109,254;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:5,2:5,0:7,3,0,2 chr2 128263328 . T TTCACAC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,29;MFRL=135,92;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:128263328_T_TTCACAC:128263328:0,1,0,1 chr2 128263329 . CTG C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=20,31;MFRL=135,92;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:128263328_T_TTCACAC:128263328:0,1,0,1 chr2 128263335 . A AC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,22;MFRL=135,92;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:128263328_T_TTCACAC:128263328:0,1,0,1 chr2 128263338 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,26;MFRL=135,92;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:128263328_T_TTCACAC:128263328:0,1,0,1 chr2 128331645 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=35,24;MFRL=126,174;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=7.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,3:2,0:0,3,1,2 chr2 128339456 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr2 128342270 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,230;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:128342270_C_T:128342270:0,0,1,0 chr2 128342286 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,14;MFRL=157,230;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:128342270_C_T:128342270:1,0,1,0 chr2 128345960 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.818:3:0,0:0,3:0,0,2,1 chr2 128350374 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,27;MFRL=115,111;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:1,2:0,0:1,0,2,0 chr2 128350578 . T TG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=G;STR;TLOD=6.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr2 128354191 . G GC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,32;MFRL=157,178;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=C;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:128354191_G_GC:128354191:0,2,0,1 chr2 128354195 . G T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,28;MFRL=157,178;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:128354191_G_GC:128354191:0,2,0,1 chr2 128354196 . C CCCTCCTGGGAGAA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,30;MFRL=169,153;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0,2,0,1 chr2 128354197 . AG TC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=24,26;MFRL=157,178;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:128354191_G_GC:128354191:0,2,0,1 chr2 128363530 . G GC . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=C;STR;TLOD=23.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.899:7:0,4:0,3:0,0,0,7 chr2 128380959 . C G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,32;MFRL=194,135;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:128380959_C_G:128380959:0,1,0,1 chr2 128380961 . GG TT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,29;MFRL=194,135;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:128380959_C_G:128380959:0,1,0,1 chr2 128380963 . CA C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,30;MFRL=194,135;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:128380959_C_G:128380959:0,1,0,1 chr2 128380965 . C T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,26;MFRL=194,135;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:128380959_C_G:128380959:0,1,0,1 chr2 128388452 . ACCCTGGAGGAGTTCTCCTATGAGTTCTTCAGGTGCCCCCCAGCCCCGCTCCGCCTCATTGCACCCCCACCTCCCAGCCCCACCTCACCTCATTGCACC A . . DP=31;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=107,129;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=5.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,6:0.160:31:13,4:7,0:15,10,4,2 chr2 128393705 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,350;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:128393705_G_A:128393705:0,0,0,1 chr2 128393718 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,350;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:128393705_G_A:128393705:0,0,0,1 chr2 128397599 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=102,100;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.415:10:3,4:3,0:3,3,3,1 chr2 128397824 . G GTCAAAGTTCCCATGT . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,18;MFRL=165,60;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.296:8:2,1:4,0:3,3,1,1 chr2 128399756 . C CAGTATTTT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=161,96;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:128399756_C_CAGTATTTT:128399756:1,0,0,1 chr2 128399759 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,23;MFRL=161,96;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:128399756_C_CAGTATTTT:128399756:1,0,0,1 chr2 128407750 . A ATGGGC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=193,119;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr2 128408627 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,24;MFRL=86,119;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:128408627_C_T:128408627:1,2,1,0 chr2 128408637 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=33,19;MFRL=132,119;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.422:5:2,0:1,0:0|1:128408627_C_T:128408627:1,2,1,1 chr2 128408639 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=132,119;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.422:5:1,0:1,2:0|1:128408627_C_T:128408627:1,2,1,1 chr2 128410179 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.676:1:0,1:0,0:0|1:128410179_T_C:128410179:0,0,0,1 chr2 128410180 . A ATTGGG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.676:1:0,1:0,0:0|1:128410179_T_C:128410179:0,0,0,1 chr2 128411934 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=17.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,5,0 chr2 128411950 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=15.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,5,0 chr2 128431188 . A G . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=132,180;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:0,2:6,0:1,5,0,2 chr2 128474887 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=9.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr2 128477775 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=115,73;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.249:10:4,0:4,2:5,3,1,1 chr2 128520547 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr2 128522189 . T C . . DP=27;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=130,105;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=46.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,16:0.631:25:4,11:5,5:4,5,7,9 chr2 128522506 . C CCCGCCTTGGCCTCCCA . . DP=8;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=136,42;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:0|1:128522506_C_CCCGCCTTGGCCTCCCA:128522506:2,4,1,1 chr2 128522508 . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=149,52;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:3,3,2,0 chr2 128707561 . T TCA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=28,29;MFRL=119,76;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:128707561_T_TCA:128707561:0,4,0,1 chr2 128707562 . T G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=27,30;MFRL=119,76;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:128707561_T_TCA:128707561:0,4,0,1 chr2 128707566 . C CCCA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=29,33;MFRL=119,76;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:128707561_T_TCA:128707561:0,4,0,1 chr2 128708063 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,77;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr2 128744580 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=13.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr2 128753854 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=23.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,1:0,6:0,0,6,1 chr2 128757439 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=141,94;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.597:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr2 128770710 . ACAG A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=144,93;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=CAG;STR;TLOD=4.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,2:2,0:1,2,1,1 chr2 128774115 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=117,78;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.199:13:5,2:5,0:5,6,1,1 chr2 128775501 . A ACC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=121,151;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:128775501_A_ACC:128775501:0,1,0,1 chr2 128775502 . T TGTG . . 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DP=21;ECNT=2;MBQ=31,33;MFRL=107,115;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=T;STR;TLOD=3.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,5:0.249:19:7,5:3,0:13,1,4,1 chr2 139318372 . C T . . DP=47;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=130,94;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=10.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:35,8:0.198:43:18,0:15,8:14,21,4,4 chr2 139322639 . T TGTTTATTGACCA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=127,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr2 139326625 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=149,55;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=4.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.235:15:7,0:4,3:5,7,1,2 chr2 139429148 . CG TT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,31;MFRL=164,194;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:1,0,0,1 chr2 139429286 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=107,76;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,0,2 chr2 140992337 . C A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=148,119;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=15.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.665:10:1,4:2,3:1,2,5,2 chr2 141026986 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=154,141;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:1,2:3,0:0,4,0,2 chr2 141027926 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=137,65;MMQ=60,59;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=11.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.417:10:2,2:4,2:1,5,0,4 chr2 141032160 . G GCT . . DP=8;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=154,58;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:5,0:1,2:0|1:141032160_G_GCT:141032160:1,5,1,1 chr2 141032165 . C CCT . . DP=8;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=154,58;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:4,0:1,2:0|1:141032160_G_GCT:141032160:1,5,1,1 chr2 141032166 . G GTAA . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=25,34;MFRL=166,171;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr2 145147390 . CG C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=34,30;MFRL=152,222;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:4,1:0,0:0|1:145147390_CG_C:145147390:4,0,0,1 chr2 145147392 . CCGCT C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=152,222;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:4,1:0,0:0|1:145147390_CG_C:145147390:4,0,0,1 chr2 145147399 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=152,222;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:0,0:0|1:145147390_CG_C:145147390:4,0,0,1 chr2 145156331 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=135,72;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,1:2,1:0,5,1,1 chr2 145255210 . T C . . 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DP=18;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=108,157;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.174:15:6,0:7,2:3,10,0,2 chr2 152318713 . TATC T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=119,141;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=ATC;STR;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.166:16:9,1:4,1:5,9,2,0 chr2 152322411 . GTCTGGCA G . . DP=27;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=113,99;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,2:0.107:26:7,2:13,0:10,14,1,1 chr2 152330428 . TTTG T . . DP=38;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=112,0;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=TTG;STR;TLOD=6.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:30,3:0.113:33:14,2:10,1:23,7,2,1 chr2 152350015 . A G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=25,30;MFRL=181,155;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:152350015_A_G:152350015:0,2,0,1 chr2 152350017 . C A . . 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C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=148,134;MMQ=50,35;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.249:10:8,1:0,0:0|1:152381207_A_G:152381207:0,8,0,2 chr2 152382454 . C G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=27,28;MFRL=140,147;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,0:1,2:2,1,1,1 chr2 152382511 . G C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=29,32;MFRL=130,130;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=11.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:1,1:3,3:1,3,2,2 chr2 152385897 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=35,25;MFRL=164,384;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:0,2,0,2 chr2 152387553 . T C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=131,92;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.442:14:2,2:4,4:3,5,2,4 chr2 152388228 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,34;MFRL=137,198;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=9.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:0,2:2,1:2,0,3,0 chr2 152388415 . AT A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,25;MFRL=123,74;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=12.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:3,1:0,2:0,3,0,4 chr2 152390847 . A AGATTCC . . DP=8;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=63,52;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.329:7:1,2:4,0:0|1:152390847_A_AGATTCC:152390847:3,2,1,1 chr2 152390850 . G GTT . . DP=7;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=63,52;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,2:4,0:0|1:152390847_A_AGATTCC:152390847:3,2,1,1 chr2 152390851 . C CTTCAGTTTTGGA . . DP=7;ECNT=3;MBQ=30,18;MFRL=63,52;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,1:4,0:0|1:152390847_A_AGATTCC:152390847:3,2,1,1 chr2 152394534 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=163,156;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=6.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr2 152403014 . C T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=145,143;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:3,1:1,1:0,4,0,2 chr2 152403051 . C CA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=34,31;MFRL=164,158;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr2 152406168 . G A . . DP=30;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=128,110;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=14.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,6:0.258:25:12,6:7,0:12,7,6,0 chr2 152417057 . G GGGGAGGAGA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=34,0;MFRL=183,152;MMQ=60,60;MPOS=50;POPAF=7.30;TLOD=3.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.490:2:1,0:0,0:1,0,1,0 chr2 152420265 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=114,170;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr2 152422213 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=136,91;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:4,2:4,0:2,6,2,0 chr2 152426885 . C G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=24,32;MFRL=153,179;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:152426885_C_G:152426885:0,1,0,1 chr2 152426891 . CAA TGT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=153,179;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:152426885_C_G:152426885:0,1,0,1 chr2 152427147 . G GGT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=127,74;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:2,2,0,1 chr2 152432886 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,21;MFRL=122,88;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.428:12:4,2:3,3:1,6,1,4 chr2 152466728 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr2 152472417 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,27;MFRL=116,195;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,3:0,0:1,0,3,0 chr2 152487574 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr2 152512259 . T G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=89,188;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.287:5:2,1:1,0:2,2,1,0 chr2 152512276 . G GAACAGTGGCCGTCCACACAGCT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=34,32;MFRL=105,87;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:1,2,0,1 chr2 152514704 . T TTG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=147,182;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TG;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.401:3:0,1:2,0:0,2,0,1 chr2 152520171 . T A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=133,105;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=5.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.200:18:8,0:7,3:8,7,3,0 chr2 152522556 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr2 152525471 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr2 152527752 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,22;MFRL=182,182;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:1,2,0,1 chr2 152528879 . T C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=133,101;MMQ=60,59;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=7.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.235:15:5,3:6,0:7,5,0,3 chr2 152531781 . C A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=109,143;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=11.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,6:0.380:16:3,0:7,5:6,4,2,4 chr2 152544069 . A G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=118,62;MMQ=60,27;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=10.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,3:0.334:10:1,2:6,1:0|1:152544069_A_G:152544069:3,4,2,1 chr2 152544078 . T TGCCACTACCATTTCCAGCCTCTGGTATCCTTCTA . . DP=12;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=118,62;MMQ=60,27;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=10.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,3:0.286:12:2,2:6,1:0|1:152544069_A_G:152544069:5,4,2,1 chr2 152551210 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=8.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr2 152552062 . A C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=123,112;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.499:8:3,1:1,3:4,0,3,1 chr2 152573902 . A AGGC . . DP=15;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=123,136;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=GGC;STR;TLOD=34.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,9:0.667:13:2,3:2,6:2,2,7,2 chr2 152580041 . C CTT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=35,31;MFRL=136,161;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,1:1,0:0|1:152580041_C_CTT:152580041:0,1,0,1 chr2 152580042 . ACG A . . 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DP=13;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=134,87;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=7.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.379:11:3,0:4,4:1,6,1,3 chr2 160982793 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=161,115;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:2,0,1,1 chr2 161028992 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=177,153;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=11.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:2,1:1,3:3,0,4,0 chr2 161135000 . G C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=112,162;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.501:6:1,0:2,3:2,1,3,0 chr2 161141613 . C T . . DP=13;ECNT=9;MBQ=32,32;MFRL=116,202;MMQ=60,34;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:6,0:4,2:2,8,0,2 chr2 161141642 . C CAG . . DP=3;ECNT=9;MBQ=26,18;MFRL=171,202;MMQ=58,40;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,0:0|1:161141642_C_CAG:161141642:0,2,0,1 chr2 161141643 . C A . . DP=3;ECNT=9;MBQ=31,27;MFRL=171,202;MMQ=58,40;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:161141642_C_CAG:161141642:0,2,0,1 chr2 161141646 . T A . . DP=2;ECNT=9;MBQ=26,25;MFRL=186,202;MMQ=56,40;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:161141642_C_CAG:161141642:0,1,0,1 chr2 161141650 . C T . . DP=2;ECNT=9;MBQ=30,17;MFRL=186,202;MMQ=56,40;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:161141642_C_CAG:161141642:0,1,0,1 chr2 161141655 . C CTA . . DP=2;ECNT=9;MBQ=25,33;MFRL=186,202;MMQ=56,40;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.508:2:1,0:0,1:0|1:161141642_C_CAG:161141642:0,1,0,1 chr2 161141657 . G T . . DP=2;ECNT=9;MBQ=31,29;MFRL=186,202;MMQ=56,40;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:161141642_C_CAG:161141642:0,1,0,1 chr2 161141658 . CTGG C . . 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DP=11;ECNT=1;MBQ=24,24;MFRL=118,137;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.332:10:3,1:4,1:7,0,3,0 chr2 162890175 . T C . . DP=8;ECNT=4;MBQ=0,23;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=21.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,3:0,3:0,0,2,6 chr2 162890217 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=34,25;MFRL=222,160;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr2 162890252 . C CCCCCTGCT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=35,32;MFRL=197,222;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:162890252_C_CCCCCTGCT:162890252:0,2,0,1 chr2 162890254 . TTA T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,26;MFRL=197,222;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:162890252_C_CCCCCTGCT:162890252:0,2,0,1 chr2 162891848 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=32.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.934:13:0,4:0,7:0,0,4,9 chr2 162894766 . A G . . DP=23;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=119,109;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=20.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,9:0.433:21:9,6:3,3:8,4,7,2 chr2 162895465 . ATGACCCACTGGTGACCATG A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=102,68;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=13.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,4:0.240:19:9,4:3,0:7,8,2,2 chr2 163046224 . A G . . DP=44;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=117,105;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=5.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:39,3:0.091:42:18,3:20,0:15,24,3,0 chr2 163051362 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr2 163080294 . CTAGG C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=168,165;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr2 163124825 . G GATAA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=209,123;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0,4,0,1 chr2 163144923 . A AGAAAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=85,104;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,0,1 chr2 163167377 . T C . . DP=17;ECNT=3;MBQ=28,31;MFRL=144,132;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=9.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,3:0.211:17:6,0:8,3:0|1:163167377_T_C:163167377:7,7,0,3 chr2 163167380 . G A . . DP=17;ECNT=3;MBQ=32,23;MFRL=144,132;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=9.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,3:0.211:17:5,0:6,3:0|1:163167377_T_C:163167377:7,7,0,3 chr2 163167386 . T TCATGTATCATCTTGCTCAAC . . DP=16;ECNT=3;MBQ=28,37;MFRL=154,132;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=9.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,3:0.222:16:4,0:9,3:0|1:163167377_T_C:163167377:7,6,0,3 chr2 164468306 . C A . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=188,101;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr2 166012203 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr2 166018764 . C CT . . DP=17;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=187,143;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=10,11;RU=T;STR;TLOD=11.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,6:0.389:16:4,4:6,1:7,3,5,1 chr2 166019384 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=147,129;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0,1,0,2 chr2 166020295 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=267641,115;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.489:8:3,2:1,1:1,3,1,3 chr2 166020893 . G A . . DP=29;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=78,136;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=31.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,14:0.500:28:7,6:7,8:6,8,9,5 chr2 166026859 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=33,27;MFRL=167,137;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.371:6:2,0:2,2:4,0,2,0 chr2 166032775 . CATT C . . DP=20;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=103,110;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=48.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,13:0.701:18:5,6:0,7:3,2,6,7 chr2 166152407 . T TCTGAGTTTCTA . . DP=13;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=107,57;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:9,2:2,0:9,2,1,1 chr2 166152476 . A C . . DP=16;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=99,114;MMQ=60,48;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.323:7:3,0:2,2:2,3,0,2 chr2 166221582 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.831:4:0,3:0,0:0,0,4,0 chr2 166229922 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=11.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr2 166231243 . C T . . 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T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr2 167289012 . T A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=101,101;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=20.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,9:0.588:15:3,5:3,4:3,3,4,5 chr2 167289315 . A T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr2 167313313 . AATATATATATATAT A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=146,191;MMQ=60,58;MPOS=31;POPAF=7.30;RPA=13,6;RU=AT;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:1,0,1,0 chr2 167327064 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=141,126;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.406:5:2,1:1,0:3,0,1,1 chr2 167328750 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=11.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,4,0 chr2 167330869 . G A . . 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DP=10;ECNT=2;MBQ=29,25;MFRL=141,66;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:1,2:5,0:0|1:168106367_ATC_A:168106367:5,3,1,1 chr2 168114436 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=125,126;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.299:8:3,0:3,2:3,3,1,1 chr2 168115461 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=177,99;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:1,2,1,1 chr2 168116204 . T A . . DP=17;ECNT=5;MBQ=24,20;MFRL=136,47;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:8,0:6,2:0|1:168116204_T_A:168116204:7,8,1,1 chr2 168116209 . C CAA . . DP=16;ECNT=5;MBQ=32,20;MFRL=138,47;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.167:16:6,0:5,2:0|1:168116204_T_A:168116204:5,9,1,1 chr2 168116210 . TTC T . . 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C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=128,59;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:6,0:1,2:6,1,2,0 chr2 179455212 . C T . . DP=12;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=147,117;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:4,0:5,2:2,7,0,2 chr2 179455568 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=122,140;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:1,5,2,0 chr2 179455981 . G A . . DP=14;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=133,65;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.188:14:6,2:6,0:4,8,1,1 chr2 179455991 . G GAAAGAAGCTTGAAGACAGAGTA . . DP=15;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=136,65;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:7,2:6,0:5,8,1,1 chr2 179456271 . C G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=137,718;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=11.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:3,4:0,0:3,0,0,4 chr2 179458768 . C T . . 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DP=16;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=107,75;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,4:0.276:16:7,4:5,0:9,3,2,2 chr2 179567080 . A AAG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,25;MFRL=139,134;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:179567080_A_AAG:179567080:1,0,0,1 chr2 179567081 . T TAAAAGAAATTCCTC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,27;MFRL=139,134;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:179567080_A_AAG:179567080:1,0,0,1 chr2 179567086 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,23;MFRL=139,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:179567080_A_AAG:179567080:1,0,0,1 chr2 179577210 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=174,868;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=4.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:4,2,2,0 chr2 179585447 . A AGC . . 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DP=11;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=120,97;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:2,0:6,2:4,4,0,2 chr2 179612070 . A ACCAGTCTTGGCAATTCATGCTTG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=164,116;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr2 179613717 . T C . . DP=13;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=98,59;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.213:12:6,2:4,0:0|1:179613717_T_C:179613717:5,5,1,1 chr2 179613722 . C CCTTGAT . . DP=12;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=111,59;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.229:11:6,2:3,0:0|1:179613717_T_C:179613717:4,5,1,1 chr2 179614375 . A C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=135,100;MMQ=60,35;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,0:3,2:3,3,0,2 chr2 179616682 . G T . . DP=24;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=139,127;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=19.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,8:0.360:23:8,0:7,8:6,9,0,8 chr2 179618019 . T A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,1034;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr2 179621477 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.908:9:0,6:0,2:0,0,3,6 chr2 179623939 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=11.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr2 179632710 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=18.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.884:6:0,6:0,0:0,0,3,3 chr2 179635882 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr2 179642425 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr2 179642665 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,26;MFRL=75,162;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:2,0,0,1 chr2 179642748 . C A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,23;MFRL=222,149;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:179642748_C_A:179642748:0,1,0,1 chr2 179642750 . C G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=222,149;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:179642748_C_A:179642748:0,1,0,1 chr2 179643886 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr2 179669350 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=88,106;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.218:16:9,0:4,3:4,9,1,2 chr2 179721225 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,190;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr2 179749827 . A AATTAT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=25,25;MFRL=152,119;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:179749827_A_AATTAT:179749827:0,4,0,1 chr2 179749828 . G GCTTTTGAAA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=152,119;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:179749827_A_AATTAT:179749827:0,4,0,1 chr2 179749833 . GC TT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,27;MFRL=152,119;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:179749827_A_AATTAT:179749827:0,4,0,1 chr2 179749836 . C A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,19;MFRL=152,119;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,0:0|1:179749827_A_AATTAT:179749827:0,4,0,1 chr2 179986589 . G A . . 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T G . . DP=20;ECNT=4;MBQ=26,28;MFRL=129,26;MMQ=60,57;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=5.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.142:19:7,0:8,2:0|1:180311394_TG_T:180311394:8,9,0,2 chr2 180311440 . C T . . DP=28;ECNT=4;MBQ=29,25;MFRL=105,72;MMQ=60,54;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,4:0.166:28:13,0:10,4:9,15,1,3 chr2 180311454 . T A . . DP=25;ECNT=4;MBQ=25,21;MFRL=96,72;MMQ=60,54;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,4:0.197:23:10,0:9,4:6,13,1,3 chr2 180409496 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=141,155;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,1:2,1:3,0,2,0 chr2 180725481 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=14.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.862:5:0,1:0,3:0,0,5,0 chr2 180810264 . A T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=119,134;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.436:14:5,4:3,2:7,1,3,3 chr2 180835589 . A G . . 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T A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=22,27;MFRL=92,0;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.304:11:1,1:7,2:6,2,3,0 chr2 182376546 . T G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=17.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,4:0,2:0,0,1,5 chr2 182396588 . A ATGT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,23;MFRL=133,119;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:182396588_A_ATGT:182396588:0,1,0,1 chr2 182396590 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=133,119;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:182396588_A_ATGT:182396588:0,1,0,1 chr2 182399685 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,22;MFRL=132,110;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=7.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.356:12:6,2:2,2:1,7,2,2 chr2 182402790 . G A . . 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G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=142,99;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=7.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.331:13:9,3:0,1:6,3,3,1 chr2 183791693 . T TGGG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:183791693_T_TGGG:183791693:0,0,0,1 chr2 183791694 . T TCATTCTGAGCACATG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:183791693_T_TGGG:183791693:0,0,0,1 chr2 183791699 . GT AC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,22;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:183791693_T_TGGG:183791693:0,0,0,1 chr2 183793628 . C CAGAAG . . DP=22;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=116,133;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,2:0.125:22:7,0:13,2:8,12,0,2 chr2 183806893 . TA T . . 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T C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=24,34;MFRL=143,131;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.501:6:1,2:2,1:3,0,2,1 chr2 206614598 . G A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=30,23;MFRL=153,107;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0,5,0,2 chr2 206614646 . T G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,33;MFRL=172,168;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:1,1,0,2 chr2 206869385 . G C . . DP=41;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=118,119;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=6.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:36,4:0.119:40:21,4:15,0:19,17,4,0 chr2 206870251 . T A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,24;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:206870251_T_A:206870251:0,0,0,1 chr2 206870252 . TCTTCCCTGA T . . 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DP=11;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=128,82;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:2,0:6,2:4,5,1,1 chr2 206911191 . C CA,CAA . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,31,31;MFRL=0,132,129;MMQ=60,60,40;MPOS=19,16;POPAF=7.30,7.30;RPA=10,11,12;RU=A;STR;TLOD=16.73,5.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,7,3:0.649,0.273:10:0,2,1:0,5,2:0,0,10,0 chr2 206911228 . G A . . DP=23;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=129,133;MMQ=60,60;MPOS=9;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,10:0.474:21:4,2:7,7:6,5,4,6 chr2 206995010 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr2 207006825 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=8.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,0,3 chr2 207006890 . C CTTTCTTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr2 207014559 . T A . . DP=47;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=124,68;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:42,3:0.084:45:13,0:25,3:0|1:207014559_T_A:207014559:24,18,2,1 chr2 207014568 . G T . . DP=52;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=117,68;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=7.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:49,3:0.074:52:15,0:26,3:0|1:207014559_T_A:207014559:25,24,2,1 chr2 207014570 . C CTTCATGCTGAAAACTCTCAATAA . . DP=53;ECNT=3;MBQ=31,34;MFRL=115,68;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=9.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:48,4:0.092:52:20,0:28,1:0|1:207014559_T_A:207014559:24,24,2,2 chr2 207024886 . G GC . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=C;STR;TLOD=21.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,4:0,3:0,0,0,7 chr2 207025444 . T C . . DP=20;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=53.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.950:17:0,10:0,7:0,0,3,14 chr2 207027407 . C CT . . 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DP=6;ECNT=3;MBQ=27,28;MFRL=112,154;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:3,1:0,2:3,0,3,0 chr2 215634055 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=135,149;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=14.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.500:10:3,0:2,5:1,4,0,5 chr2 215674090 . T G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=27.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,5:0,3:0,0,8,0 chr2 215674323 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr2 215797332 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=23,26;MFRL=116,147;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:4,2:4,0:6,2,2,0 chr2 215797527 . AATTC A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=ATTC;STR;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.686:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr2 215798724 . A C . . 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C CA . . DP=21;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=112,119;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=A;STR;TLOD=3.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.156:17:7,0:8,2:2,13,0,2 chr2 215865608 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=88,117;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:4,2:6,0:2,9,2,0 chr2 215865745 . CT C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,85;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:215865745_CT_C:215865745:0,0,0,1 chr2 215865748 . AAAAT A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,85;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:215865745_CT_C:215865745:0,0,0,1 chr2 215865754 . A AGC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,85;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:215865745_CT_C:215865745:0,0,0,1 chr2 215874965 . G T . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=109,88;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=13.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.746:6:0,3:1,1:1,0,3,2 chr2 216285556 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,14;MFRL=115,210;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0,1,0,1 chr2 216288294 . A ATT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,23;MFRL=125,131;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:1,1,0,1 chr2 216295337 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr2 216299571 . T TTAC . . DP=12;ECNT=2;MBQ=29,31;MFRL=152,146;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TAC;STR;TLOD=13.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.575:10:4,1:0,4:0,4,0,6 chr2 216299629 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,211;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr2 216811707 . G T . . 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T TTTGATTA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=129,163;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,0:0,1:0|1:217142670_A_ACCC:217142670:0,1,0,1 chr2 217300272 . T TCTGTTTC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,234;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr2 217303033 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr2 217347687 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=112,152;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,0:3,2:2,5,0,2 chr2 217347703 . G T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=143,152;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:1,4,0,2 chr2 217363896 . GG CA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=24,34;MFRL=143,113;MMQ=60,48;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:217363896_GG_CA:217363896:4,0,0,1 chr2 217363899 . C CATGGGAAAAATTATTTGATATATACAATGAA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,34;MFRL=143,113;MMQ=60,48;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:217363896_GG_CA:217363896:4,0,0,1 chr2 217364764 . G T . . DP=26;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=88,96;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=21.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,11:0.428:26:7,4:8,7:5,10,6,5 chr2 217543728 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=101,147;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=12.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,5:0.315:17:8,1:4,4:6,6,3,2 chr2 217559287 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=139,146;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,2:3,0:3,1,2,0 chr2 217724570 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=114,154;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.363:9:2,2:4,1:4,2,3,0 chr2 218672782 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=102,70;MMQ=60,60;MPOS=31;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:5,2:0,1:1,4,2,1 chr2 218675099 . TGGCTG T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=56,191;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GGCTG;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0,2,0,1 chr2 218694510 . CT C . . DP=17;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=T;STR;TLOD=70.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,17:0.947:17:0,6:0,10:0|1:218694510_CT_C:218694510:0,0,13,4 chr2 218694512 . T G . . DP=17;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=70.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,17:0.947:17:0,6:0,10:0|1:218694510_CT_C:218694510:0,0,13,4 chr2 218694551 . A G . . 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TCA CTG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=29,34;MFRL=157,142;MMQ=60,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:224746863_A_C:224746863:0,3,0,1 chr2 224758906 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=18.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,6,0 chr2 224763816 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,75;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=8.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr2 224765894 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,92;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=17.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.888:7:0,5:0,2:0,0,4,3 chr2 224770780 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr2 224777094 . T C . . DP=19;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=63.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,17:0.949:17:0,8:0,9:0|1:224777094_T_C:224777094:0,0,6,11 chr2 224777105 . G GTGAT . . DP=16;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TGAT;STR;TLOD=65.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,16:0.944:16:0,6:0,10:0|1:224777094_T_C:224777094:0,0,3,13 chr2 224856740 . AGGG A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=105,64;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.299:8:5,0:1,2:0|1:224856740_AGGG_A:224856740:2,4,1,1 chr2 224856746 . A C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=105,64;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:5,0:1,2:0|1:224856740_AGGG_A:224856740:2,4,1,1 chr2 224866576 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=156,93;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.603:3:1,2:0,0:0,1,1,1 chr2 225339059 . C G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=161,77;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.283:12:7,0:2,3:4,5,1,2 chr2 225362478 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,5,1 chr2 225365056 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=21.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,4:0,3:0,0,5,2 chr2 225367669 . C T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=37.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.939:13:0,5:0,8:0,0,10,3 chr2 225368321 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=17.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr2 225376034 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=22.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,5:0,4:0,0,6,4 chr2 225400185 . CCTTCAA C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CTTCAA;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr2 225635319 . T TAGATGTCTATC . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=142,62;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:7,2:2,0:4,5,1,1 chr2 225660940 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:225660940_C_T:225660940:0,0,1,0 chr2 225660964 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:225660940_C_T:225660940:0,0,1,0 chr2 225669729 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,34;MFRL=181,203;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.332:7:2,2:3,0:4,1,2,0 chr2 225710042 . C CAGACCTGAATTTACCATTTCCTGGATT . . DP=9;ECNT=5;MBQ=20,20;MFRL=66,50;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.296:8:0,2:6,0:3,3,1,1 chr2 225710081 . C CACCTGCCTTTCTGACA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=0,20;MFRL=0,60;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=8.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.762:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr2 225710084 . C T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,29;MFRL=0,60;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:225710084_C_T:225710084:0,0,0,1 chr2 225710088 . GGT G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,29;MFRL=152,60;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:225710084_C_T:225710084:0,1,0,1 chr2 225710092 . A AAT . . DP=2;ECNT=5;MBQ=27,27;MFRL=152,60;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:225710084_C_T:225710084:0,1,0,1 chr2 225719818 . A ACACAGAGG . . 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DP=15;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=115,65;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:8,0:5,2:0|1:233414998_T_C:233414998:6,7,1,1 chr2 233415006 . C CTACCCTAA . . DP=15;ECNT=3;MBQ=23,20;MFRL=115,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:8,0:5,2:0|1:233414998_T_C:233414998:6,7,1,1 chr2 233415978 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=28,33;MFRL=76,132;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=25.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.601:13:4,3:1,5:1,4,2,6 chr2 233431751 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=114,120;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.363:9:4,0:2,3:4,2,0,3 chr2 233470991 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,30;MFRL=166,153;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:233470991_T_C:233470991:0,1,0,1 chr2 233470994 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,27;MFRL=166,153;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:233470991_T_C:233470991:0,1,0,1 chr2 233470995 . C CTT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,29;MFRL=166,153;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:233470991_T_C:233470991:0,1,0,1 chr2 233537125 . A G . . DP=14;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=89,57;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.375:14:7,3:2,2:4,5,2,3 chr2 233537236 . C CCCTACCCTGTCCACTCTG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr2 233612413 . G T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=110,117;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.233:15:4,3:8,0:5,7,2,1 chr2 233633376 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=25,27;MFRL=131,140;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:7,1:1,1:5,3,2,0 chr2 233633431 . G A . . DP=22;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=151,116;MMQ=60,54;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.189:19:7,3:9,0:11,5,3,0 chr2 233636055 . G GC . . DP=10;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=135,58;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:2,0:6,2:0|1:233636055_G_GC:233636055:2,6,1,1 chr2 233636058 . A ACTCTCTCGCT . . DP=11;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=128,58;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:2,0:5,2:0|1:233636055_G_GC:233636055:3,6,1,1 chr2 233641083 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,33;MFRL=116,129;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=9.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:1,2:1,1:1,1,3,0 chr2 233641166 . C T . . DP=18;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=116,81;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,2:0.149:18:9,2:7,0:9,7,1,1 chr2 233641208 . CAG C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=31,34;MFRL=120,111;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AG;STR;TLOD=9.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:2,1:1,2:1,3,0,3 chr2 233655361 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,33;MFRL=159,114;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:0,3:1,0:1,0,3,0 chr2 233655940 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=127,23;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=12.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,6:0.388:16:5,6:5,0:9,1,0,6 chr2 233659380 . G GA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,35;MFRL=136,272;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:233659380_G_GA:233659380:2,0,1,0 chr2 233659381 . T TGTCCA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=136,272;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:233659380_G_GA:233659380:2,0,1,0 chr2 233660846 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=124,120;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=17.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.616:11:1,3:3,4:2,2,2,5 chr2 233709022 . T A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=23,26;MFRL=119,146;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:3,0,2,0 chr2 233712049 . G A . . DP=23;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=61.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.959:22:0,12:0,10:0,0,12,10 chr2 233712226 . CACA C . . DP=12;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=183,124;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=42.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,11:0.858:12:0,4:0,6:0,1,3,8 chr2 233712296 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr2 233721455 . G A . . 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C CAG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=20,31;MFRL=57,152;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:233878044_C_CTT:233878044:1,1,0,1 chr2 233878047 . G T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=20,26;MFRL=57,152;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:233878044_C_CTT:233878044:1,1,0,1 chr2 233880548 . T TA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,23;MFRL=160,151;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr2 233925166 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=14.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.862:5:0,2:0,2:0,0,5,0 chr2 233925406 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=9.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,0,3 chr2 233986993 . G GGAAGGAGA . . 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G GGACCCTCATGA . . DP=14;ECNT=5;MBQ=30,31;MFRL=30,114;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:6,0:5,2:0|1:241712020_G_A:241712020:10,2,0,2 chr2 241722360 . C A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr2 241722445 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=65,116;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:1,1,2,0 chr2 241723197 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=95,664;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:5,2,2,0 chr2 241726646 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr2 241726703 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=157,97;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:1,2:2,0:1,2,1,1 chr2 241737017 . C A . . 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DP=2;ECNT=5;MBQ=24,30;MFRL=162,109;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:402141_T_A:402141:1,0,0,1 chr3 403288 . G A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:403288_G_A:403288:0,0,1,0 chr3 403297 . C A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0|1:403288_G_A:403288:0,0,2,0 chr3 403308 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr3 403345 . A G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=16.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,3,2 chr3 425619 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=12.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr3 430970 . A ACATTTGTTTTTTGTTTTTGTTGTTTGTTT . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=91,57;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.245:11:6,2:3,0:5,4,1,1 chr3 440088 . T A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr3 1363607 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.781:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr3 1367520 . A ACGGAACGGAACGGAACGGACTGG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=151,79;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:1,0,0,1 chr3 1371517 . T C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=21,28;MFRL=117,103;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.175:15:7,0:6,2:7,6,0,2 chr3 1414557 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,24;MFRL=94,772;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:4,2:3,0:4,3,0,2 chr3 1443070 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 2861255 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=127,46;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.274:9:4,0:2,2:3,4,2,0 chr3 3076324 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=34,25;MFRL=96,115;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:0,0:0|1:3076324_G_A:3076324:3,1,0,1 chr3 3076328 . C G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,13;MFRL=96,115;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:4,0:0,0:0|1:3076324_G_A:3076324:3,1,0,1 chr3 3076331 . C A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=20,18;MFRL=96,115;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:0,0:0|1:3076324_G_A:3076324:3,1,0,1 chr3 3080527 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,3,0 chr3 3084008 . C CTTAAGTTTAAG . . DP=10;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=109,65;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.251:10:2,0:6,2:5,3,1,1 chr3 3084129 . G GGA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=87,110;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:1,1:0,0:0|1:3084129_G_GGA:3084129:0,1,0,1 chr3 3084132 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=87,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:3084129_G_GGA:3084129:0,1,0,1 chr3 3085418 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,22;MFRL=172,133;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:3085418_T_A:3085418:0,1,0,1 chr3 3085420 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=172,133;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:3085418_T_A:3085418:0,1,0,1 chr3 3095404 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 3116371 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 3116630 . GG AA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 3118330 . GA G . . DP=23;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=110,166;MMQ=60,46;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=A;STR;TLOD=21.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,8:0.365:23:8,0:7,8:4,11,0,8 chr3 3134139 . ACTCACTGT A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 3137155 . A AT . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=10,11;RU=T;STR;TLOD=18.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.914:8:0,4:0,4:0,0,0,8 chr3 3170910 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=31.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.915:9:0,5:0,4:0,0,2,7 chr3 3171502 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=101,155;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,0:2,2:3,0,2,0 chr3 3189059 . TG CA,CG . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,30,29;MFRL=0,142,138;MMQ=60,60,60;MPOS=21,6;POPAF=7.30,7.30;TLOD=17.77,3.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,6,2:0.637,0.272:8:0,3,0:0,2,2:0,0,8,0 chr3 3189398 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=22,20;MFRL=100,66;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.307:11:2,2:6,1:3,5,1,2 chr3 3194107 . GA G . . DP=29;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=97,95;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=A;STR;TLOD=4.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,6:0.220:27:8,5:8,1:11,10,4,2 chr3 3195574 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=146,183;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=9.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.684:4:0,1:1,2:1,0,3,0 chr3 3195824 . T TTGGCAGTGCTATCCAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=156,102;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr3 3197871 . T C . . DP=23;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=75.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.959:22:0,16:0,6:0,0,13,9 chr3 3197952 . C T . . DP=33;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=108,104;MMQ=60,24;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=9.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,6:0.211:31:15,1:10,5:13,12,1,5 chr3 3209242 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,73;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr3 3215954 . A G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=20.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,1,5 chr3 3216012 . C CATAGATTCCAAAGATT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,33;MFRL=162,127;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr3 3888664 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=151,124;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=22.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,9:0.666:13:2,4:2,5:2,2,3,6 chr3 3889222 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,21;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=5;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,1,2 chr3 4345864 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,29;MFRL=151,139;MMQ=40,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:4345864_C_T:4345864:0,1,0,1 chr3 4345873 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,26;MFRL=151,139;MMQ=40,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:4345864_C_T:4345864:0,1,0,1 chr3 4403817 . TT AC . . DP=6;ECNT=2;MBQ=27,22;MFRL=73,72;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=15.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:1,2:1,2:0,2,2,2 chr3 4403837 . A G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=29,31;MFRL=0,78;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,2:2,1:0,3,2,1 chr3 4452737 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,181;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr3 4461698 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,21;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=27.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,5:0,4:0,0,5,4 chr3 4491113 . T G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:4491113_T_G:4491113:0,0,0,1 chr3 4491120 . T G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:4491113_T_G:4491113:0,0,0,1 chr3 4491121 . G GGAAGTCATAAGAAAGAC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:4491113_T_G:4491113:0,0,0,1 chr3 4669364 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,35;MFRL=132,183;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr3 4693937 . G C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=32.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,7:0,3:0,0,2,8 chr3 4693983 . T TCTATATCTCTTA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.495:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr3 4695446 . C A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=124,66;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.362:9:4,1:2,2:5,1,1,2 chr3 4704966 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=139,105;MMQ=60,40;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:4704966_G_A:4704966:0,4,0,1 chr3 4704970 . CA TG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=139,105;MMQ=60,40;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:4704966_G_A:4704966:0,4,0,1 chr3 4707049 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=143,143;MMQ=60,59;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=10.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:4,0:1,4:0,5,0,4 chr3 4716672 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=73,196;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:2,0,2,0 chr3 4738774 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=165,112;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:3,1:0,2:3,0,3,0 chr3 4739032 . G GCATGGTGTGC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=15,30;MFRL=176,170;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0,1,0,1 chr3 4748076 . T TC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:4748076_T_TC:4748076:0,0,0,1 chr3 4748078 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:4748076_T_TC:4748076:0,0,0,1 chr3 4748080 . G T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:4748076_T_TC:4748076:0,0,0,1 chr3 4829575 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=182,120;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=22.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,8:0.821:9:1,3:0,5:1,0,6,2 chr3 4856234 . G A . . DP=14;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=135,175;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.333:13:5,2:4,2:3,6,2,2 chr3 4856278 . AG A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,27;MFRL=135,109;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=G;STR;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:4856278_AG_A:4856278:1,0,0,1 chr3 4856285 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,23;MFRL=135,109;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:4856278_AG_A:4856278:1,0,0,1 chr3 4856991 . G GTTTAAGGGGATT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=164,135;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.325:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr3 4856993 . C G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=9.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr3 4859725 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=20.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,3:0,4:0,0,6,1 chr3 4878445 . A T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,24;MFRL=27973748,205;MMQ=60,40;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:4878445_A_T:4878445:0,2,1,0 chr3 4878448 . TG T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,15;MFRL=27973748,205;MMQ=60,40;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,0:0|1:4878445_A_T:4878445:0,2,1,0 chr3 5025401 . T TGC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.683:1:0,1:0,0:0|1:5025401_T_TGC:5025401:0,0,0,1 chr3 5025405 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:5025401_T_TGC:5025401:0,0,0,1 chr3 5213919 . T TGGGAAAACC . . DP=29;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=117,63;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:24,2:0.105:26:14,2:10,0:0|1:5213919_T_TGGGAAAACC:5213919:9,15,1,1 chr3 5213920 . T TGGG . . 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DP=2;ECNT=5;MBQ=33,25;MFRL=218,145;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:9759922_C_CTTATT:9759922:0,1,0,1 chr3 9759928 . C CAA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,29;MFRL=218,145;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:9759922_C_CTTATT:9759922:0,1,0,1 chr3 9759929 . TGG T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,31;MFRL=218,145;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:9759922_C_CTTATT:9759922:0,1,0,1 chr3 9771336 . C CAATGCAG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=141,84;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:1,2,0,1 chr3 9781322 . C G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=214,117;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=8.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:0,3:3,0:2,1,0,3 chr3 9785559 . A T . . 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C CATTTAAAACCTGGATCTACCACT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,206;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 9912003 . G GGTTGT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,139;MMQ=60,57;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:9912003_G_GGTTGT:9912003:0,0,0,1 chr3 9912005 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,139;MMQ=60,57;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:9912003_G_GGTTGT:9912003:0,0,0,1 chr3 9920161 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=29,30;MFRL=111,135;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.185:14:5,1:7,1:8,4,0,2 chr3 9932337 . G C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=145,136;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:5,1:0,1:5,0,2,0 chr3 9934759 . C T . . DP=30;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=110,198;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,5:0.184:29:8,0:14,4:14,10,0,5 chr3 9944767 . G GAGTGCGTC . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=219,203;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.334:4:2,1:1,0:1,2,0,1 chr3 9959821 . G GTGAAAT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,14;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:9959821_G_GTGAAAT:9959821:0,0,0,1 chr3 9959823 . G GATCTATGTAGGTTTATTATAGTGA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:9959821_G_GTGAAAT:9959821:0,0,0,1 chr3 9960288 . T A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=25,21;MFRL=108,55;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=11.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.542:9:3,2:1,3:1,3,1,4 chr3 9960291 . G GGATC . . DP=9;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=107,55;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:3,2:4,0:1,6,1,1 chr3 9962623 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=117,116;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.284:12:4,0:5,3:3,6,1,2 chr3 9965649 . C CCCTTCCCATCACTTT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=33,20;MFRL=133,44;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:0|1:9965649_C_CCCTTCCCATCACTTT:9965649:1,2,1,1 chr3 9965653 . G GGCA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=33,20;MFRL=133,44;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:0|1:9965649_C_CCCTTCCCATCACTTT:9965649:1,2,1,1 chr3 9965655 . A T . . DP=5;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=133,44;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:0|1:9965649_C_CCCTTCCCATCACTTT:9965649:1,2,1,1 chr3 9965679 . CAAAA C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,29;MFRL=213,160;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr3 9965955 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=47,83;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.212:12:5,2:5,0:2,8,1,1 chr3 9972493 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=10.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,3,1 chr3 9974582 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=104,133;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:2,2:2,0:0,4,0,2 chr3 9976159 . A G . . DP=17;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=55.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.947:17:0,7:0,9:0,0,10,7 chr3 9979271 . G GGATTTAAATAAATAAATGGAAATAAA . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=152,38;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.198:13:6,0:5,2:8,3,1,1 chr3 9982923 . G GATTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=23,31;MFRL=291,43616633;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,1,0 chr3 10005919 . A T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=127,118;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.598:3:0,2:1,0:1,0,1,1 chr3 10049334 . T TAATTAGTAAA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=12,26;MFRL=112,94;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.334:4:1,1:0,0:1,2,0,1 chr3 10081592 . AT GA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,31;MFRL=200,142;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:10081592_AT_GA:10081592:0,1,0,1 chr3 10081596 . AA TG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,28;MFRL=200,142;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:10081592_AT_GA:10081592:0,1,0,1 chr3 10081600 . A ATTGC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,23;MFRL=200,142;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:10081592_AT_GA:10081592:0,1,0,1 chr3 10089658 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=111,139;MMQ=60,59;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:3,3,2,0 chr3 10102103 . CT C . . DP=14;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=103,44;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.199:13:4,0:7,2:0|1:10102103_CT_C:10102103:5,6,1,1 chr3 10102105 . G A . . DP=13;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=103,44;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:4,0:7,2:0|1:10102103_CT_C:10102103:5,6,1,1 chr3 10103759 . A T . . DP=18;ECNT=5;MBQ=29,27;MFRL=177,155;MMQ=31,40;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,2:0.154:18:3,2:13,0:16,0,2,0 chr3 10103769 . G A . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:12423089_C_T:12423089:0,0,0,1 chr3 12423091 . T TTA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:12423089_C_T:12423089:0,0,0,1 chr3 12537955 . T A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr3 12560774 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:12560774_G_A:12560774:0,0,0,1 chr3 12560776 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:12560774_G_A:12560774:0,0,0,1 chr3 12571420 . GTT G . . 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DP=16;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=84,107;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.221:16:4,2:9,1:7,6,2,1 chr3 12618269 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=134,102;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=22.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,8:0.750:10:0,5:2,3:0,2,2,6 chr3 12650482 . T A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.831:4:0,2:0,1:0,0,0,4 chr3 12776428 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,204;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 12778203 . T A . . DP=3;ECNT=6;MBQ=31,14;MFRL=106,162;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:12778203_T_A:12778203:0,1,1,0 chr3 12778208 . CCTG C . . DP=5;ECNT=6;MBQ=33,30;MFRL=106,162;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:1,1:0|1:12778203_T_A:12778203:3,1,1,0 chr3 12778213 . A ACCCCC . . DP=5;ECNT=6;MBQ=27,14;MFRL=106,162;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;RPA=2,7;RU=C;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,0:0|1:12778203_T_A:12778203:3,1,1,0 chr3 12778216 . A C . . DP=5;ECNT=6;MBQ=28,31;MFRL=106,162;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:12778203_T_A:12778203:3,1,1,0 chr3 12778221 . AT A . . DP=5;ECNT=6;MBQ=28,13;MFRL=106,162;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,0:0|1:12778203_T_A:12778203:3,1,1,0 chr3 12778223 . G C . . DP=5;ECNT=6;MBQ=31,13;MFRL=106,162;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,0:0|1:12778203_T_A:12778203:3,1,1,0 chr3 12778381 . T C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=23,20;MFRL=117,106;MMQ=60,50;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.245:10:7,0:1,2:5,3,1,1 chr3 12778435 . T TGGCACAG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=154,163;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:0,2,0,2 chr3 12784128 . G GTAT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:12784128_G_GTAT:12784128:0,0,0,1 chr3 12784130 . C G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:12784128_G_GTAT:12784128:0,0,0,1 chr3 12790206 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=108,126;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=12.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,5:0.400:13:2,5:6,0:6,2,5,0 chr3 12790330 . A C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=158,0;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0,4,1,0 chr3 12791172 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=103,118;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=9.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.672:4:0,1:1,2:1,0,3,0 chr3 12791337 . T G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=106,114;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.177:15:4,0:8,2:5,8,0,2 chr3 12838293 . G C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,2,2 chr3 12838371 . C CAGCCTCT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 12845158 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr3 12851738 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=92,88;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:1,1,1,1 chr3 12857823 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr3 12858717 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr3 12859114 . GA G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,1,0 chr3 12872890 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,34;MFRL=128,71;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:0,1:3,1:3,0,1,1 chr3 12881130 . C CCTCCGTAGGT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=172,202;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr3 12940863 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=127,122;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:4,2:4,0:5,3,1,1 chr3 12943109 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 12954868 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=13.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.869:5:0,3:0,2:0,0,4,1 chr3 12956531 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=183,146;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:2,0,2,0 chr3 12957173 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=144,63;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:0,2:3,0:0,3,1,1 chr3 12976863 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr3 12977133 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=123,98;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,0:1,2:3,0,1,1 chr3 12983283 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=93,63;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:1,1,1,1 chr3 13360563 . G C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=73,113;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=9.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.510:8:3,0:0,4:2,2,3,1 chr3 13381282 . T TGGGGCCGCTGATGTGGAGGACACGA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,84;MMQ=60,27;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 13399948 . T C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=147,154;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr3 13399969 . C CAACTACCCACACG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=140,132;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.391:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr3 13420546 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=35,20;MFRL=175,109;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr3 13421303 . AC TT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,21;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 13427971 . A AACCAGGGTGGTAGCAGTGGACATACT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=171,111;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr3 13438830 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,32;MFRL=112,104;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=9.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:2,1:0,2:2,0,3,0 chr3 13438863 . A C . . DP=11;ECNT=2;MBQ=28,23;MFRL=144,112;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=19.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,8:0.751:10:0,6:2,2:1,1,4,4 chr3 13545803 . G GAT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:13545803_G_GAT:13545803:0,1,0,1 chr3 13545804 . TCTGC T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=88,82;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:0,1:1,0:0|1:13545803_G_GAT:13545803:0,2,0,1 chr3 13545811 . T TTG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=28,26;MFRL=88,82;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:13545803_G_GAT:13545803:0,2,0,1 chr3 13613140 . A AT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,26;MFRL=127,122;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:13613140_A_AT:13613140:0,4,0,1 chr3 13613143 . C CATT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=127,122;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:13613140_A_AT:13613140:0,4,0,1 chr3 13613147 . G T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,29;MFRL=127,122;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:13613140_A_AT:13613140:0,4,0,1 chr3 13651155 . TGTGGCCTTCAAGGCAGGGTGGGGTGGGGCGGGGCGGGAGGCTGGCCTGGGCCTGAAGGTCCTC T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=14,26;MFRL=132,141;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.600:5:0,2:0,1:0,1,0,4 chr3 13669537 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr3 13670837 . T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 13670887 . C CAACCATGCT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 13860903 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,104;MMQ=60,59;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=21.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,0:0,5:0|1:13860903_C_T:13860903:0,0,0,5 chr3 13860911 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,104;MMQ=60,59;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=21.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,0:0,5:0|1:13860903_C_T:13860903:0,0,0,5 chr3 13916407 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=9.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr3 14173936 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 14176195 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:14176195_G_A:14176195:0,0,1,0 chr3 14176215 . C G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,16;MFRL=167,103;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,0:0|1:14176195_G_A:14176195:1,1,1,0 chr3 14176821 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:14176821_G_C:14176821:0,0,0,1 chr3 14176823 . C CATCTGT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:14176821_G_C:14176821:0,0,0,1 chr3 14190237 . T G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=15.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr3 14201352 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,23;MFRL=179,79;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=9.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:1,3:1,1:0,2,2,2 chr3 14207158 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:14207158_G_A:14207158:0,0,0,1 chr3 14207159 . T TA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:14207158_G_A:14207158:0,0,0,1 chr3 14219932 . G C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=105,147;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:2,0,2,0 chr3 14508184 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,27;MFRL=132,152;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:14508184_C_T:14508184:0,2,0,1 chr3 14508190 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=132,152;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:14508184_C_T:14508184:0,2,0,1 chr3 14509804 . G GT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=126,264;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:14509804_G_GT:14509804:0,1,0,1 chr3 14509806 . G GTGGCATCAGT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=126,264;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:14509804_G_GT:14509804:0,1,0,1 chr3 14509810 . T TGAGCATGCC . . 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DP=5;ECNT=7;MBQ=20,20;MFRL=78,70;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:3,0:0,2:2,1,1,1 chr3 14548325 . A AACAGGGG . . DP=4;ECNT=7;MBQ=27,27;MFRL=136,70;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.393:3:0,0:1,1:0|1:14548325_A_AACAGGGG:14548325:2,0,0,1 chr3 14548328 . C CAG . . DP=3;ECNT=7;MBQ=31,33;MFRL=136,70;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:14548325_A_AACAGGGG:14548325:2,0,0,1 chr3 14548329 . TCG T . . DP=3;ECNT=7;MBQ=27,29;MFRL=136,70;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:14548325_A_AACAGGGG:14548325:2,0,0,1 chr3 14548332 . G GCA . . DP=3;ECNT=7;MBQ=29,31;MFRL=136,70;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:14548325_A_AACAGGGG:14548325:2,0,0,1 chr3 14548336 . C G . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=125,136;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=16.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.636:9:1,4:2,2:2,1,3,3 chr3 16451080 . A AGTGGT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=209,147;MMQ=24,50;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.604:3:0,2:0,0:0|1:16451080_A_AGTGGT:16451080:0,1,0,2 chr3 16451082 . TGACGC T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,29;MFRL=209,147;MMQ=24,50;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,1:1,0:0|1:16451080_A_AGTGGT:16451080:0,1,0,2 chr3 16636093 . TA T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=130,109;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=14,13;RU=A;STR;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.451:9:2,4:3,0:3,2,2,2 chr3 16638675 . ACAC A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,23;MFRL=124,141;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr3 16639101 . C CTATGGG . . 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A G . . DP=9;ECNT=2;MBQ=24,30;MFRL=55,96;MMQ=44,43;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:2,3:2,2:0,4,1,4 chr3 33894078 . G A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=157,176;MMQ=40,40;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:1,1,0,2 chr3 35748488 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=131,82;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,0:1,2:1,2,1,1 chr3 35758898 . TAGAATCAATG T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=117,96;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:35758898_TAGAATCAATG_T:35758898:1,1,0,1 chr3 35758912 . AA TG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:35758898_TAGAATCAATG_T:35758898:0,0,0,1 chr3 35780735 . T C . . 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DP=4;ECNT=7;MBQ=31,30;MFRL=118,136;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:36485020_G_GCAGT:36485020:1,2,0,1 chr3 36485035 . C CTTG . . DP=3;ECNT=7;MBQ=31,29;MFRL=142,136;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:36485020_G_GCAGT:36485020:0,2,0,1 chr3 36570279 . A T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=156,132;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:0,2,0,2 chr3 36570463 . C CAAT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=27,30;MFRL=116,160;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.395:3:1,1:1,0:0|1:36570463_C_CAAT:36570463:0,2,0,1 chr3 36570466 . A T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,23;MFRL=116,160;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:36570463_C_CAAT:36570463:0,2,0,1 chr3 36570482 . G GATTCCTAAAATTT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,33;MFRL=127,104;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr3 36587826 . T TTCTGAATG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=172,138;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr3 36778837 . G T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=30,30;MFRL=175,142;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:36778837_G_T:36778837:2,1,0,1 chr3 36778840 . T C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=26,31;MFRL=175,142;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:36778837_G_T:36778837:2,1,0,1 chr3 36778842 . C A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=28,25;MFRL=175,142;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:2,1:0|1:36778837_G_T:36778837:2,1,0,1 chr3 36778846 . C CCAA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,27;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:36778837_G_T:36778837:1,0,0,1 chr3 36778855 . C T . . DP=7;ECNT=5;MBQ=20,31;MFRL=59,74;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=7.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.502:6:0,0:3,3:2,1,1,2 chr3 36779379 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:36779379_T_C:36779379:0,0,0,1 chr3 36779380 . CAG C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:36779379_T_C:36779379:0,0,0,1 chr3 36779383 . C CAA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:36779379_T_C:36779379:0,0,0,1 chr3 36780121 . G GACCGTGTGAGGAAA . . 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GA TC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=142,169;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr3 36896653 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=10.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.839:4:0,2:0,1:0,0,3,1 chr3 37034946 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=162,152;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:2,0:3,4:4,1,4,0 chr3 37048506 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=124,57;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:4,2:4,0:4,4,0,2 chr3 37053563 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=99,87;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:4,2:5,0:4,5,1,1 chr3 37067392 . C T . . DP=21;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=137,0;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,3:0.181:20:8,0:9,3:6,11,3,0 chr3 37089272 . TG CA . . 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C CA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:37402865_T_TG:37402865:0,0,0,1 chr3 37402870 . GAATTC G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:37402865_T_TG:37402865:0,0,0,1 chr3 37476578 . CG C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=113,138;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=G;STR;TLOD=3.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.269:9:5,2:2,0:0,7,0,2 chr3 37523146 . T TCC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=169,117;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:37523146_T_TCC:37523146:1,1,0,1 chr3 37523147 . A AAATGTCCAGTTGCAGATTCTAGAAAAAG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,24;MFRL=169,117;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:37523146_T_TCC:37523146:1,1,0,1 chr3 37670909 . C CCTAAGCCTCTTTCTCCATCCTAAGGA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 37774304 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=7.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr3 37778481 . G C . . DP=11;ECNT=5;MBQ=25,27;MFRL=106,116;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,3:0.308:11:2,1:6,2:0|1:37778481_G_C:37778481:3,5,0,3 chr3 37778483 . G GT . . DP=11;ECNT=5;MBQ=31,20;MFRL=117,37;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.248:10:2,0:4,2:0|1:37778483_G_GT:37778483:1,7,1,1 chr3 37778486 . G C . . DP=9;ECNT=5;MBQ=32,20;MFRL=136,37;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:6,3:0.347:9:2,0:4,2:1|0:37778481_G_C:37778481:0,6,2,1 chr3 37778488 . T G . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=204,154;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.564:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr3 38105498 . C CT . . DP=6;ECNT=1;MBQ=22,21;MFRL=117,143;MMQ=60,55;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=17,18;RU=T;STR;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.606:3:0,0:1,1:0,1,0,2 chr3 38134438 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr3 38138732 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=127,63;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.284:12:7,0:2,3:3,6,2,1 chr3 38139084 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=106,67;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:6,2:3,0:3,6,0,2 chr3 38139425 . C CGAGCTCCCTCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=120,169;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr3 38153262 . T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,223;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:38153262_T_G:38153262:0,0,0,1 chr3 38153265 . G GGAAGAAAGCTGTGGGGCT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,223;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:38153262_T_G:38153262:0,0,0,1 chr3 38163724 . GC G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=154,154;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=C;STR;TLOD=11.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:4,0:1,4:1,4,0,4 chr3 38163972 . CT C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=35,32;MFRL=140,102;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:38163972_CT_C:38163972:1,2,0,1 chr3 38163975 . T C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=32,33;MFRL=140,102;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:38163972_CT_C:38163972:1,2,0,1 chr3 38163979 . G T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,30;MFRL=140,102;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:38163972_CT_C:38163972:1,2,0,1 chr3 38163981 . A C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=28,31;MFRL=140,102;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:38163972_CT_C:38163972:1,2,0,1 chr3 38163984 . AA TG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=28,27;MFRL=140,102;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:38163972_CT_C:38163972:1,2,0,1 chr3 38168125 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=143,84;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:1,0,0,2 chr3 38168156 . G GGCT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,29;MFRL=143,168;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr3 38178290 . T G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,209;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 38265225 . GCCT G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,34;MFRL=166,197;MMQ=60,40;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:38265225_GCCT_G:38265225:1,1,1,0 chr3 38265232 . C CTGTG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,33;MFRL=166,197;MMQ=60,40;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:38265225_GCCT_G:38265225:1,1,1,0 chr3 38265233 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=166,197;MMQ=60,40;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:38265225_GCCT_G:38265225:1,1,1,0 chr3 38271948 . C T . . DP=27;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=118,176;MMQ=60,59;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,3:0.147:25:10,0:12,3:9,13,3,0 chr3 38284378 . CT C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=T;STR;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 38291600 . GCTTTT G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:38291600_GCTTTT_G:38291600:0,0,0,1 chr3 38291606 . A AAAGTG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:38291600_GCTTTT_G:38291600:0,0,0,1 chr3 38293060 . G T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 38293904 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=103,96;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=22.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,10:0.691:14:1,3:3,7:2,2,3,7 chr3 38316517 . C T . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=21.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,2,4 chr3 38402007 . T A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr3 38406648 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=19.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,5,1 chr3 38406773 . G T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=27;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr3 38406793 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr3 38408228 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=33,24;MFRL=150,0;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:38408228_C_T:38408228:4,0,1,0 chr3 38408232 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=33,25;MFRL=150,0;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:38408228_C_T:38408228:4,0,1,0 chr3 38408248 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=12.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.855:5:0,1:0,3:0,0,4,1 chr3 38409600 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr3 38442315 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=132,141;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,2:2,1:2,1,3,0 chr3 38454550 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,34;MFRL=133,221;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr3 38601851 . GAAGA G . . DP=12;ECNT=6;MBQ=32,20;MFRL=146,63;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:3,0:4,2:0|1:38601851_GAAGA_G:38601851:4,6,1,1 chr3 38601858 . A T . . DP=13;ECNT=6;MBQ=28,20;MFRL=146,63;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.213:12:3,0:7,2:0|1:38601851_GAAGA_G:38601851:4,6,1,1 chr3 38601930 . C CTCTT . . DP=6;ECNT=6;MBQ=34,20;MFRL=132,56;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:0,2:4,0:0|1:38601930_C_CTCTT:38601930:0,4,1,1 chr3 38601932 . G GGTTTGCAAAGAATAT . . DP=6;ECNT=6;MBQ=34,20;MFRL=132,56;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:0,2:4,0:0|1:38601930_C_CTCTT:38601930:0,4,1,1 chr3 38601938 . TG GT . . DP=5;ECNT=6;MBQ=32,29;MFRL=132,56;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:3,0:0|1:38601930_C_CTCTT:38601930:0,4,0,1 chr3 38601941 . C A . . 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G GCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,12;MFRL=94,104;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=CT;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:38671980_G_GCT:38671980:0,1,0,1 chr3 38671984 . A ATTGTCCGCTCCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=22,25;MFRL=94,104;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:38671980_G_GCT:38671980:0,1,0,1 chr3 38671986 . A T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=21,26;MFRL=94,104;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:38671980_G_GCT:38671980:0,1,0,1 chr3 38674712 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,30;MFRL=123,132;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:3,2:0,0:2,1,1,1 chr3 38674731 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=136,116;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,2:0,0:0,2,1,1 chr3 38755398 . C T . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=138,122;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=13.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.753:6:0,2:1,3:1,0,4,1 chr3 42230627 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=187,101;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,2:0,0:1,1,1,1 chr3 42234758 . C A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=22.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,3:0,5:0,0,1,7 chr3 42242606 . G GCATGTCCTTTATAGAATTCTCTACATATA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,30;MFRL=101,93;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.489:3:2,1:0,0:1,1,0,1 chr3 42251263 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=74,101;MMQ=60,60;MPOS=29;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.659:4:0,1:1,1:0,1,0,3 chr3 42251329 . C T . . DP=15;ECNT=2;MBQ=20,25;MFRL=91,109;MMQ=60,60;MPOS=7;PON;POPAF=7.30;TLOD=21.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,7:0.501:14:3,1:4,6:5,2,4,3 chr3 42261067 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=144,64;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,2:4,0:0,5,1,1 chr3 42264515 . G GGACCATCTTGCAGGAC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=153,97;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr3 42264621 . G T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,30;MFRL=146,153;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:42264621_G_T:42264621:1,0,0,1 chr3 42264625 . T A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,25;MFRL=146,153;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:42264621_G_T:42264621:1,0,0,1 chr3 42264626 . G GT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,29;MFRL=146,153;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:42264621_G_T:42264621:1,0,0,1 chr3 42264629 . C T . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=141,115;MMQ=60,33;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=8.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.445:7:2,0:2,3:0,4,0,3 chr3 42632905 . TC CT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=229,130;MMQ=60,40;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr3 42660489 . CTT C,CT . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,31,31;MFRL=146,138,96;MMQ=60,60,60;MPOS=25,13;POPAF=7.30,7.30;RPA=18,16,17;RU=T;STR;TLOD=5.11,11.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,5,8:0.312,0.560:14:0,2,2:1,3,5:1,0,11,2 chr3 42674028 . A AT . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=179,143;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=6,7;RU=T;STR;TLOD=7.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:2,0:0,3:2,0,3,0 chr3 42676265 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=159,123;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=7.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.670:4:0,0:1,3:0,1,1,2 chr3 42676925 . C A . . 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DP=1;ECNT=5;MBQ=0,20;MFRL=0,153;MMQ=60,56;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42738309_C_G:42738309:0,0,1,0 chr3 42738311 . A C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,12;MFRL=0,153;MMQ=60,56;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0,0,1,0 chr3 42738317 . A C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=21,13;MFRL=0,153;MMQ=60,56;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:42738309_C_G:42738309:0,1,1,0 chr3 42738322 . A C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=27,12;MFRL=0,153;MMQ=60,56;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:42738309_C_G:42738309:0,1,1,0 chr3 42751261 . G C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=123,103;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:2,1:3,2:2,3,2,1 chr3 42774428 . A C . . DP=12;ECNT=2;MBQ=22,32;MFRL=113,82;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.215:12:6,0:3,2:3,7,0,2 chr3 42774475 . G A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=13.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,3:0,2:0,0,0,5 chr3 42781138 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=0,64;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr3 42781316 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=11.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr3 42787619 . C A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 42794230 . A ATCAT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42794230_A_ATCAT:42794230:0,0,0,1 chr3 42794231 . G GGTGATGATGATGATA . . 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T TCTCTTTTTC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,153;MMQ=60,52;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 43743801 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=23,25;MFRL=304,104;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=12.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:0,2:1,3:1,0,4,1 chr3 43744158 . T TATCTGTTTTTATGCCAGTATCATGC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:43744158_T_TATCTGTTTTTATGCCAGTATCATGC:43744158:0,0,0,1 chr3 43744161 . G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,22;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:43744158_T_TATCTGTTTTTATGCCAGTATCATGC:43744158:0,0,0,1 chr3 43744163 . G T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:43744158_T_TATCTGTTTTTATGCCAGTATCATGC:43744158:0,0,0,1 chr3 43756577 . C CTGTGTG . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=112,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr3 44816979 . CA TT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=167,135;MMQ=56,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,1:0,1:0,2,0,2 chr3 44817010 . TG CA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=184,150;MMQ=52,59;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr3 44826315 . G GT . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=109,134;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=10,11;RU=T;STR;TLOD=11.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.760:6:1,0:0,4:1,0,5,0 chr3 44826411 . T TGTGCCCTGGG . . DP=19;ECNT=3;MBQ=26,29;MFRL=107,158;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.149:18:9,1:7,1:0|1:44826411_T_TGTGCCCTGGG:44826411:6,10,0,2 chr3 44826413 . A G . . DP=19;ECNT=3;MBQ=23,37;MFRL=107,158;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.149:18:9,1:5,1:0|1:44826411_T_TGTGCCCTGGG:44826411:6,10,0,2 chr3 44826434 . G A . . DP=14;ECNT=3;MBQ=20,28;MFRL=103,144;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.199:13:5,2:6,0:3,8,1,1 chr3 44827793 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,190;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 44846477 . GAAA G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=104,104;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=15,12;RU=A;STR;TLOD=5.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.287:12:1,1:4,1:4,5,2,1 chr3 44852384 . T TC . . DP=22;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=111,102;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,2:0.125:22:7,0:13,2:9,11,0,2 chr3 44854471 . T G . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:44854764_T_TGGATGTA:44854764:0,0,0,1 chr3 44879744 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=164,70;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.437:5:1,0:1,2:3,0,1,1 chr3 44879974 . T TGAGGAAA . . DP=5;ECNT=6;MBQ=31,25;MFRL=204,150498034;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.293:5:2,0:2,1:0|1:44879974_T_TGAGGAAA:44879974:0,4,1,0 chr3 44879975 . C CTT . . DP=5;ECNT=6;MBQ=32,30;MFRL=204,150498034;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:44879974_T_TGAGGAAA:44879974:0,4,1,0 chr3 44879995 . A G . . DP=3;ECNT=6;MBQ=26,33;MFRL=212,204;MMQ=60,40;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:44879995_A_G:44879995:0,2,0,1 chr3 44880001 . C CG . . 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G A . . DP=20;ECNT=2;MBQ=20,23;MFRL=116,105;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=28.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,12:0.662:18:4,5:1,7:4,2,9,3 chr3 45776900 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,33;MFRL=131,110;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=16.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.601:8:1,1:2,3:1,2,0,5 chr3 45784963 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:45784963_T_C:45784963:0,0,2,0 chr3 45784972 . GGT G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=12.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0|1:45784963_T_C:45784963:0,0,3,0 chr3 45812990 . G GTGGGGT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,30;MFRL=198,100;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:45812990_G_GTGGGGT:45812990:0,2,0,1 chr3 45812992 . A C . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=134,547;MMQ=60,59;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:2,2:2,0:1,3,0,2 chr3 46492173 . A G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=20,32;MFRL=110,134;MMQ=60,48;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:3,0:0,2:0|1:46492173_A_G:46492173:2,1,0,2 chr3 46492175 . G C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=20,32;MFRL=110,134;MMQ=60,48;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:3,0:0,2:0|1:46492173_A_G:46492173:2,1,0,2 chr3 46492252 . T A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46492252_T_A:46492252:0,0,0,1 chr3 46492254 . G GGTGTCAATGGTAAATAAGGAGGA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46492252_T_A:46492252:0,0,0,1 chr3 46501100 . C A . . 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DP=5;ECNT=3;MBQ=33,28;MFRL=133,79;MMQ=52,51;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:2,2,0,1 chr3 46718298 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=18.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,0,5 chr3 46722006 . G GACCTTGGTTTCC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=139,116;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr3 46722771 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=129,50;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:0|1:46722771_C_T:46722771:1,2,1,1 chr3 46722785 . A AGGACGGAGGG . . DP=6;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=106,50;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.426:5:2,0:1,2:0|1:46722771_C_T:46722771:2,1,1,1 chr3 46730879 . C CAGGCTCCTGTAGTCCCAGCTACT . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=156,49;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:0,2:4,0:2,3,1,1 chr3 46754427 . C CCT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=155,163016;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:46754427_C_CCT:46754427:3,1,0,1 chr3 46754429 . T G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,30;MFRL=155,163016;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:46754427_C_CCT:46754427:3,1,0,1 chr3 46783823 . AGGAAAAGGTAGG A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=134,98;MMQ=60,39;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:1,0,1,0 chr3 46783847 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=134,98;MMQ=60,39;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:46783847_C_T:46783847:1,0,1,0 chr3 46783850 . ATCTGGGGCTGC A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=29,31;MFRL=104,98;MMQ=60,39;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:1,0:0|1:46783847_C_T:46783847:2,1,1,0 chr3 46784537 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=122,82;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,2:0,0:2,1,1,1 chr3 46871974 . CAGAAT C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=34,27;MFRL=154,124;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:1,2,0,1 chr3 46871975 . A AGC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,26;MFRL=149,154;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:0|1:46871975_A_AGC:46871975:1,1,0,1 chr3 46871977 . A ATCCCGTTCTTACC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,25;MFRL=149,154;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:0|1:46871975_A_AGC:46871975:1,1,0,1 chr3 46874971 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr3 46874991 . CCCGCGTG C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr3 46904796 . GC CT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,84;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46904796_GC_CT:46904796:0,0,0,1 chr3 46904799 . C A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,84;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46904796_GC_CT:46904796:0,0,0,1 chr3 46904802 . G GAGGTTTT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,84;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46904796_GC_CT:46904796:0,0,0,1 chr3 46904805 . G GCTGAGATGAT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,84;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46904796_GC_CT:46904796:0,0,0,1 chr3 46904922 . C CTAATTGAGCACAATG . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=142,61;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:1,3,1,1 chr3 46935417 . G A . . DP=25;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=117,117;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=17.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,7:0.332:22:4,7:11,0:10,5,7,0 chr3 46963502 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=16.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,5,0 chr3 46965197 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=10.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,0,3 chr3 46967040 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=30.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,4:0,7:0,0,3,8 chr3 47033937 . C T . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=19.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,5,0 chr3 47288995 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=122,99;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=7.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.364:9:3,0:3,3:2,4,0,3 chr3 47308732 . C CAATGATCTAA . . DP=8;ECNT=1;MBQ=35,20;MFRL=132,55;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:1,2:5,0:1,5,1,1 chr3 47318747 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=16.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,1,5 chr3 47364216 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:47364216_G_T:47364216:0,0,0,1 chr3 47364218 . CTGGTGG C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,18;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:47364216_G_T:47364216:0,0,0,1 chr3 47376095 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr3 47382182 . C CCGTGGAGA . . DP=7;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=101,40;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:5,0:0,2:0|1:47382182_C_CCGTGGAGA:47382182:1,4,1,1 chr3 47382185 . T TACTCACC . . DP=7;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=101,40;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:5,0:0,2:0|1:47382182_C_CCGTGGAGA:47382182:1,4,1,1 chr3 47382188 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=20,27;MFRL=81,40;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:3,0:0,1:0|1:47382182_C_CCGTGGAGA:47382182:1,2,1,1 chr3 47437798 . TCAAC T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=31,30;MFRL=147,190;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0,4,0,1 chr3 47437799 . C T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=33,29;MFRL=151,143;MMQ=60,40;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:1,0:2,1:0|1:47437799_C_T:47437799:0,3,0,1 chr3 47437801 . AC A . . DP=5;ECNT=5;MBQ=25,28;MFRL=151,143;MMQ=60,40;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:1,0:2,1:0|1:47437799_C_T:47437799:0,3,0,1 chr3 47437812 . C T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,31;MFRL=158,143;MMQ=60,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:47437799_C_T:47437799:0,3,0,1 chr3 47437816 . C G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=28,32;MFRL=155,143;MMQ=60,40;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:47437799_C_T:47437799:0,2,0,1 chr3 47448362 . T TCCTC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 47450021 . A G . . DP=8;ECNT=6;MBQ=25,20;MFRL=128,48;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,2:4,0:0|1:47450021_A_G:47450021:1,5,1,1 chr3 47450023 . G C . . DP=8;ECNT=6;MBQ=31,20;MFRL=128,48;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,2:4,0:0|1:47450021_A_G:47450021:1,5,1,1 chr3 47450026 . A G . . DP=8;ECNT=6;MBQ=24,20;MFRL=128,48;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,2:3,0:0|1:47450021_A_G:47450021:1,5,1,1 chr3 47450028 . C G . . DP=7;ECNT=6;MBQ=30,20;MFRL=128,48;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0|1:47450021_A_G:47450021:1,4,1,1 chr3 47450033 . G GC . . DP=6;ECNT=6;MBQ=32,20;MFRL=118,48;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:0|1:47450021_A_G:47450021:0,4,1,1 chr3 47450035 . G GCT . . DP=6;ECNT=6;MBQ=32,20;MFRL=118,48;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:0|1:47450021_A_G:47450021:0,4,1,1 chr3 47451177 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,198;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 47451633 . C CGAGTAGGTACCAGGGGGCA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr3 47453874 . G GGTTCTGTTGATTGT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=173,136;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr3 47456225 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=13.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,3,1 chr3 47462587 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=14.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr3 47462594 . C CAATT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=117,101;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr3 47464070 . C CCTCCCTA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,30;MFRL=80,77;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:1,2,0,1 chr3 47464090 . C CACTCACACCCACA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,80;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 47468973 . C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=102,145;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.210:17:4,3:10,0:6,8,0,3 chr3 47484393 . G A . . DP=16;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=124,99;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,3:0.222:16:7,3:6,0:0|1:47484393_G_A:47484393:7,6,1,2 chr3 47484400 . G A . . DP=21;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=118,99;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,3:0.181:20:8,2:8,0:0|1:47484393_G_A:47484393:10,7,1,2 chr3 47539751 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,91;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=9.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr3 47543389 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr3 47555142 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr3 47604086 . T C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=89,97;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=21.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,9:0.598:15:2,3:3,6:3,3,3,6 chr3 47610655 . C T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=125,104;MMQ=60,54;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.285:12:4,0:5,3:7,2,0,3 chr3 47610672 . G A . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 47755809 . CA TG . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=156,136;MMQ=60,50;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:0,1:7,1:7,0,2,0 chr3 47779598 . C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=129,148;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.157:17:7,2:8,0:2,13,0,2 chr3 47868941 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=111,92;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.167:16:9,0:5,2:6,8,1,1 chr3 47882535 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=132,54;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:3,2:4,0:5,2,2,0 chr3 47883158 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=117,60;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:0,0:4,2:3,1,2,0 chr3 47888820 . G A . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr3 48019417 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=147,130;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=19.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,9:0.521:17:4,5:4,3:5,3,4,5 chr3 48219320 . AAC A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=9,8;RU=AC;STR;TLOD=8.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.819:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr3 48309880 . GAAGGCAGTCACAGCAGAAAAATCTTCAGACAA G . . DP=30;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=141,174;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:27,2:0.097:29:11,2:5,0:18,9,1,1 chr3 48337486 . CATGA C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=157,134;MMQ=50,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:48337486_CATGA_C:48337486:4,0,1,0 chr3 48337497 . GTG ACA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,29;MFRL=140,128;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:4,1:0.286:5:2,1:2,0:1|0:48337486_CATGA_C:48337486:4,0,1,0 chr3 48339944 . G T . . DP=12;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=112,56;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:5,2:5,0:0|1:48339944_G_T:48339944:6,4,1,1 chr3 48339949 . G GTGCCATTGGGC . . DP=13;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=126,56;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:4,2:5,0:0|1:48339944_G_T:48339944:6,5,1,1 chr3 48339951 . T A . . DP=12;ECNT=3;MBQ=20,19;MFRL=131,56;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:4,0:5,0:0|1:48339944_G_T:48339944:5,5,1,1 chr3 48414197 . A T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=23.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,3:0,6:0,0,6,3 chr3 48414215 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=26,23;MFRL=104,109;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=27.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,10:0.848:11:0,4:1,6:1,0,6,4 chr3 48414865 . G T . . DP=9;ECNT=6;MBQ=31,20;MFRL=95,122;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.269:9:5,0:2,2:3,4,1,1 chr3 48414877 . T A . . DP=8;ECNT=6;MBQ=26,20;MFRL=119,59;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:0|1:48414877_T_A:48414877:2,4,1,1 chr3 48414879 . A AGGGGTCCTGGTGG . . DP=8;ECNT=6;MBQ=25,20;MFRL=119,59;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:0|1:48414877_T_A:48414877:2,4,1,1 chr3 48414915 . T C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=29,23;MFRL=124,122;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:48414915_T_C:48414915:0,1,0,1 chr3 48414920 . C T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=32,30;MFRL=124,122;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:48414915_T_C:48414915:0,1,0,1 chr3 48415007 . C G . . DP=4;ECNT=6;MBQ=31,31;MFRL=124,296;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=9.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,3:0,0:0,1,1,2 chr3 48417032 . AG TA . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48417032_AG_TA:48417032:0,0,0,1 chr3 48417035 . G A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,24;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48417032_AG_TA:48417032:0,0,0,1 chr3 48417037 . T A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48417032_AG_TA:48417032:0,0,0,1 chr3 48417039 . AG A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,24;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48417032_AG_TA:48417032:0,0,0,1 chr3 48417043 . G A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,22;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48417032_AG_TA:48417032:0,0,0,1 chr3 48419723 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr3 48423395 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=131,122;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,2,0 chr3 48423656 . T G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=28,32;MFRL=188,153;MMQ=60,50;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=19.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:1,4:0,1:0,1,0,5 chr3 48423674 . T TTGGCTTACTGCAA . . DP=6;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=187,153;MMQ=60,47;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=7.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,3:1,0:0,3,0,3 chr3 48451300 . AG A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=134,92;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=13.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.530:13:3,1:2,4:4,2,3,4 chr3 48453366 . A T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=106,122;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,4:0.299:14:7,0:3,3:4,6,0,4 chr3 48454433 . TT AG . . DP=5;ECNT=3;MBQ=24,27;MFRL=132,135;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:4,0:0,1:0|1:48454433_TT_AG:48454433:1,3,0,1 chr3 48454441 . G GGTAGACCC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=132,135;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.328:4:2,0:0,1:0|1:48454433_TT_AG:48454433:0,3,0,1 chr3 48454468 . C T . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=21,15;MFRL=105,93;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.500:2:1,0:0,0:1|0:48464441_C_CACTCACCCATCCTACCATACACATT:48464441:0,1,0,1 chr3 48474022 . TG T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,73;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.749:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr3 48502282 . C A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,196;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 48505302 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=23,24;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=10.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.715:5:1,3:0,1:0,1,2,2 chr3 48505339 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=34,20;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr3 48505599 . T TTC . . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=33,30;MFRL=173,110;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:48605394_C_T:48605394:2,0,0,1 chr3 48605406 . A T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,26;MFRL=159,110;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:0,1:0|1:48605394_C_T:48605394:3,0,0,1 chr3 48605408 . A T . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=167,110;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:0,1:0|1:48605394_C_T:48605394:4,0,0,1 chr3 48605411 . C G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=33,32;MFRL=167,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:48605394_C_T:48605394:4,0,0,1 chr3 48606065 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=156,129;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr3 48609941 . C T . . DP=7;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=120,39;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:0|1:48609941_C_T:48609941:1,4,1,1 chr3 48609949 . G C . . DP=6;ECNT=3;MBQ=33,20;MFRL=114,39;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0|1:48609941_C_T:48609941:1,3,1,1 chr3 48609950 . C CCCATAT . . DP=6;ECNT=3;MBQ=32,16;MFRL=114,39;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,1:0|1:48609941_C_T:48609941:1,3,1,1 chr3 48611603 . AAC A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=AC;STR;TLOD=3.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.685:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 48611793 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=151,174;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,1:3,1:2,5,0,2 chr3 48612473 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=128,124;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr3 48612939 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=102,94;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:3,2:0,0:1,2,1,1 chr3 48613600 . CATGGCAAGGGGAAGGGG C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=145,0;MMQ=60,48;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.284:5:1,1:1,0:4,0,0,1 chr3 48617806 . C T . . DP=10;ECNT=4;MBQ=32,20;MFRL=115,79;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.249:10:6,0:2,2:0|1:48617806_C_T:48617806:3,5,1,1 chr3 48617816 . A T . . DP=10;ECNT=4;MBQ=26,29;MFRL=115,79;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.249:10:6,0:2,1:0|1:48617806_C_T:48617806:3,5,1,1 chr3 48617838 . AG A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=25,24;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.508:2:1,1:0,0:0|1:48617838_AG_A:48617838:0,1,0,1 chr3 48617840 . CACCATGAGGACTCA C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=81,105;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:48617838_AG_A:48617838:0,2,0,1 chr3 48618456 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 48619171 . GCCCAGCGGGCCCCACATCTCCCTGGAGGTGACAAAGACCATCAGTGCTAGTCCCAGGCTCCAGTTAACCCCCTGA G . . DP=10;ECNT=4;MBQ=30,32;MFRL=110,186;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:2,2:1,0:4,4,1,1 chr3 48619242 . C CCCTTTCT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=33,31;MFRL=133,121;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48619242_C_CCCTTTCT:48619242:0,1,0,1 chr3 48619245 . G GGGCCCGTTCTT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=34,30;MFRL=133,121;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48619242_C_CCCTTTCT:48619242:0,1,0,1 chr3 48619246 . A T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=27,26;MFRL=133,121;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48619242_C_CCCTTTCT:48619242:0,1,0,1 chr3 48619974 . GAGGGGA G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,34;MFRL=146,197;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.331:4:1,0:2,1:2,1,0,1 chr3 48622054 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr3 48624430 . C CTGGCGGATGTGGTGTTCCTACCA . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=134,45;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,2:4,0:4,1,1,1 chr3 48625039 . GAAGGGAGA G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,33;MFRL=120,103;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr3 48626745 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=156,136;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.560:5:2,2:0,0:1,1,1,2 chr3 48628997 . T TGGGATGAG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,190;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48628997_T_TGGGATGAG:48628997:0,0,0,1 chr3 48629000 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,190;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48628997_T_TGGGATGAG:48628997:0,0,0,1 chr3 48630133 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=171,108;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:0,2,1,1 chr3 48630878 . C T . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=107,121;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:49830075_T_TAC:49830075:0,1,0,1 chr3 49833189 . GCCTGCTCGCTGGACCAAAAGGGGGGCACTGGTTCCTGCCCATT G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=111,10004;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.312:8:2,0:2,2:3,3,1,1 chr3 49837314 . T TGCCACTCTACGTTCTTCCATCAGTA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=134,126;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr3 49842881 . T TG . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=177,131;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=G;STR;TLOD=22.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,8:0.753:10:0,1:2,6:1,1,1,7 chr3 49884913 . C T . . DP=22;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=135,134;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=30.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,12:0.620:19:4,6:3,6:5,2,8,4 chr3 49896824 . T C . . 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DP=22;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=113,152;MMQ=60,50;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,2:0.125:22:9,1:7,1:10,10,1,1 chr3 50129425 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 50147826 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=119,172;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.247:10:3,1:5,1:2,6,0,2 chr3 50148305 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 50153504 . A ACAT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:50153504_A_ACAT:50153504:0,0,0,1 chr3 50153507 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:50153504_A_ACAT:50153504:0,0,0,1 chr3 50155887 . 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DP=9;ECNT=2;MBQ=20,29;MFRL=80,83;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,0:3,2:0|1:50253162_C_T:50253162:5,2,0,2 chr3 50253167 . C G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=20,29;MFRL=80,83;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=6.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.271:9:3,0:4,2:0|1:50253162_C_T:50253162:5,2,0,2 chr3 50254806 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=122,109;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.333:10:6,3:1,0:2,5,3,0 chr3 50255663 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=26.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,6:0.875:6:0,1:0,4:0|1:50255663_C_T:50255663:0,0,4,2 chr3 50255666 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=26.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0|1:50255663_C_T:50255663:0,0,4,2 chr3 50289640 . AC CT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,34;MFRL=124,148;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr3 50289915 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=125,75;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.438:5:1,2:1,0:2,1,1,1 chr3 50290058 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=178,135;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:50290058_C_G:50290058:0,1,0,1 chr3 50290062 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=178,135;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:50290058_C_G:50290058:0,1,0,1 chr3 50307822 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=147,174;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:50307822_A_G:50307822:2,1,1,0 chr3 50307827 . C G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=34,31;MFRL=147,174;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:50307822_A_G:50307822:2,1,1,0 chr3 50307844 . C T . . DP=8;ECNT=3;MBQ=20,28;MFRL=131,128;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:6,2:0.305:8:3,2:2,0:1|0:50307822_A_G:50307822:3,3,0,2 chr3 50312576 . CCG C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=34,28;MFRL=169,152;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,0:1,1:0|1:50312576_CCG_C:50312576:0,1,0,1 chr3 50312579 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,28;MFRL=169,152;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:50312576_CCG_C:50312576:0,1,0,1 chr3 50337823 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=35,30;MFRL=166,133;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:50337823_G_A:50337823:1,0,1,0 chr3 50337831 . T C . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=25,15;MFRL=158,127;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:50681982_A_T:50681982:0,1,0,1 chr3 50681988 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,30;MFRL=158,127;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:50681982_A_T:50681982:0,1,0,1 chr3 50684489 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=16.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,5,0 chr3 51102054 . T TG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,26;MFRL=222,108;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:1,1:0,0:0|1:51102054_T_TG:51102054:0,1,0,1 chr3 51102057 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,23;MFRL=222,108;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:51102054_T_TG:51102054:0,1,0,1 chr3 51251489 . T A . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=25,26;MFRL=135,104;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:52392038_G_GCCCT:52392038:0,1,0,1 chr3 52394156 . GAG CTA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=147,169;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:52394156_GAG_CTA:52394156:0,1,0,1 chr3 52394160 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,28;MFRL=147,169;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:52394156_GAG_CTA:52394156:0,1,0,1 chr3 52396944 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr3 52397203 . T TC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:52397203_T_TC:52397203:0,0,0,1 chr3 52397204 . G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:52397203_T_TC:52397203:0,0,0,1 chr3 52397207 . T A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:52397203_T_TC:52397203:0,0,0,1 chr3 52400740 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=80,143;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:1,2,2,0 chr3 52400915 . C CT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=154,199;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr3 52404111 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=128,70;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:1,2:2,0,2,0 chr3 52406041 . CCA C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,59;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.773:2:0,2:0,0:0|1:52406041_CCA_C:52406041:0,0,1,1 chr3 52406045 . C CTCTG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,59;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=8.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.780:2:0,2:0,0:0|1:52406041_CCA_C:52406041:0,0,1,1 chr3 52415865 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 52416446 . T C . . DP=8;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=86,46;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:0|1:52416446_T_C:52416446:2,4,1,1 chr3 52416448 . AC CG . . DP=8;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=86,46;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,0:3,2:0|1:52416446_T_C:52416446:2,4,1,1 chr3 52416452 . TCC T . . DP=7;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=86,46;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,0:3,2:2,3,1,1 chr3 52418890 . C CCAATTTATGTTAGG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=86,229;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:2,1,0,1 chr3 52418913 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=127,43;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr3 52420901 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=144,123;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:0,0:2,3:2,0,1,2 chr3 52426768 . C CTCTCCTCTCCTTTCTTCT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,33;MFRL=187,89;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr3 52426792 . CAAACCCCCT C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:52426792_CAAACCCCCT_C:52426792:0,0,0,1 chr3 52426802 . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:52429787_T_C:52429787:0,0,0,1 chr3 52429792 . C CATA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,34;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:52429787_T_C:52429787:0,0,0,1 chr3 52430860 . A AG . . DP=8;ECNT=5;MBQ=28,27;MFRL=129,145;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=15.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,4:0.501:8:1,1:2,2:0|1:52430860_A_AG:52430860:2,2,4,0 chr3 52430865 . T C . . DP=8;ECNT=5;MBQ=12,12;MFRL=129,145;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=15.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,4:0.501:8:1,0:0,0:0|1:52430860_A_AG:52430860:2,2,4,0 chr3 52430867 . A C . . DP=8;ECNT=5;MBQ=14,19;MFRL=129,145;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=15.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,4:0.501:8:1,1:0,1:0|1:52430860_A_AG:52430860:2,2,4,0 chr3 52430871 . A C . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:52438636_GC_AT:52438636:0,0,0,1 chr3 52438643 . G GTC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:52438636_GC_AT:52438636:0,0,0,1 chr3 52439302 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=106,46;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:0,0:3,2:2,1,1,1 chr3 52441015 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,24;MFRL=179,94;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:52441015_G_A:52441015:0,1,0,1 chr3 52441017 . CAG TGT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,27;MFRL=179,94;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:52441015_G_A:52441015:0,1,0,1 chr3 52441021 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,23;MFRL=179,94;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:52441015_G_A:52441015:0,1,0,1 chr3 52447045 . T TGG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=G;STR;TLOD=4.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.679:1:0,1:0,0:0|1:52447045_T_TGG:52447045:0,0,0,1 chr3 52447047 . T TGCAGCCCAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.676:1:0,1:0,0:0|1:52447045_T_TGG:52447045:0,0,0,1 chr3 52476905 . C CTGACCGACCCCTTAT . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=50,75;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.251:6:4,1:1,0:3,2,0,1 chr3 52485954 . TCACC T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,26;MFRL=164,144;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:52485954_TCACC_T:52485954:0,1,0,1 chr3 52485956 . A AATGTTCAGTTC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:0,1:0.684:1:0,1:0,0:1|0:52485954_TCACC_T:52485954:0,0,0,1 chr3 52485959 . GCA G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=164,144;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:52485954_TCACC_T:52485954:0,1,0,1 chr3 52486141 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=101,282;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.216:12:5,2:4,0:6,4,1,1 chr3 52492707 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=23.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,5:0,2:0,0,3,4 chr3 52505758 . G GAT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,69;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,1:0,0,2,1 chr3 52506230 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,35;MFRL=152,148;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr3 52506282 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=13.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,3,1 chr3 52506426 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=14.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,1,4 chr3 52506491 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,35;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 52510697 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:52510697_G_A:52510697:0,0,0,1 chr3 52510701 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:52510697_G_A:52510697:0,0,0,1 chr3 52512318 . A G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=16.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,1:0,4:0,0,0,5 chr3 52512345 . G GAAGCCCTTCCAAGGAGGAGAGCT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=29,34;MFRL=131,129;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:1,2,0,1 chr3 52513940 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=16.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.874:6:0,3:0,2:0,0,0,6 chr3 52522659 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr3 52523351 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=113,85;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.332:13:4,4:5,0:6,3,2,2 chr3 52525401 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=140,113;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:1,2,1,1 chr3 52525901 . C T . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=10.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr3 52538168 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=172,167;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:52538168_A_G:52538168:0,1,0,1 chr3 52538178 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=35,24;MFRL=172,167;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:52538168_A_G:52538168:0,1,0,1 chr3 52539449 . C CAAGATGGCCGAAT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,71;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:52539449_C_CAAGATGGCCGAAT:52539449:0,0,0,1 chr3 52539453 . A AACAGTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,71;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:52539449_C_CAAGATGGCCGAAT:52539449:0,0,0,1 chr3 52544462 . A AGG . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 52555673 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=34,28;MFRL=201,121;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:52555673_C_T:52555673:1,1,1,0 chr3 52555680 . G C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=34,34;MFRL=257,121;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:52555673_C_T:52555673:0,1,1,0 chr3 52555957 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,84;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr3 52556890 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr3 52557038 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,63;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr3 52559167 . CGGGG C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=13,9;RU=G;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr3 52561779 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr3 52570935 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=145,150;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.188:14:7,2:5,0:5,7,0,2 chr3 52584431 . T TCTC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=17.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr3 52584715 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=20.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,0:0,6:0,0,4,2 chr3 52613289 . A AAATGG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,23;MFRL=124,117;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr3 52621538 . GG AA . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=201,98;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.495:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr3 52692359 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,63;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr3 52721305 . G A . . DP=38;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=104.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,37:0.975:37:0,24:0,12:0,0,23,14 chr3 52722266 . AT A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=T;STR;TLOD=5.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr3 52724746 . GT AA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=153,123;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.396:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr3 52725718 . ATT A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,15;MFRL=0,187;MMQ=60,50;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=20,18;RU=T;STR;TLOD=4.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.775:2:0,0:0,0:0,0,0,2 chr3 52727257 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=35.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,6:0,6:0,0,10,2 chr3 52730148 . G A,C . . DP=6;ECNT=3;MBQ=31,22,31;MFRL=162,0,122;MMQ=60,60,60;MPOS=15,10;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.74,3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:3,2,1:0.333,0.222:6:1,2,1:2,0,0:1,2,0,3 chr3 52730152 . A T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,27;MFRL=155,122;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:52730152_A_T:52730152:1,3,0,1 chr3 52730154 . AA TC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=25,27;MFRL=155,122;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:52730152_A_T:52730152:1,3,0,1 chr3 52730336 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=151,110;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,2:2,0:0,2,1,1 chr3 52778311 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,33;MFRL=154,114;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr3 52778347 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 52804635 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,12;MFRL=0,192;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:52804635_G_C:52804635:0,0,1,0 chr3 52804641 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,192;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:52804635_G_C:52804635:0,0,1,0 chr3 52814256 . T A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=25.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.915:9:0,6:0,3:0,0,6,3 chr3 52815905 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr3 52816937 . G GAATGTCAAGGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,34;MFRL=128,13970;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr3 52819327 . T A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=13.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr3 52821346 . G C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:52821346_G_C:52821346:0,0,0,1 chr3 52821354 . AG GC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:52821346_G_C:52821346:0,0,0,1 chr3 52821359 . C CCT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:52821346_G_C:52821346:0,0,0,1 chr3 52821992 . CT C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=11.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.842:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr3 52822140 . GTC G . . DP=8;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=131,153;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=TC;STR;TLOD=5.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.332:7:2,2:3,0:1,4,0,2 chr3 52822162 . CTGGGA C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,33;MFRL=130,125;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:1,1,0,1 chr3 52825634 . A ACTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.677:1:0,1:0,0:0|1:52825634_A_ACTG:52825634:0,0,0,1 chr3 52825637 . G GGGTTAGAGCA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:52825634_A_ACTG:52825634:0,0,0,1 chr3 52836249 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 52836864 . G GTGGGCTTGCCTAGCATAGA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=86,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr3 52836919 . TG T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,237;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=G;STR;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 52837793 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr3 52837855 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,33;MFRL=109,115;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:1,0,2,0 chr3 52840445 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=154,91;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:0,2,1,1 chr3 52852060 . T C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,80;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=41.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.939:14:0,5:0,8:0,0,2,12 chr3 52852360 . A AGGAAG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,26;MFRL=146,126;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:52852360_A_AGGAAG:52852360:0,1,0,1 chr3 52852364 . A AG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,25;MFRL=146,126;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:52852360_A_AGGAAG:52852360:0,1,0,1 chr3 52852367 . A AGCCG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,23;MFRL=146,126;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:52852360_A_AGGAAG:52852360:0,1,0,1 chr3 52852527 . G A . . DP=14;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=104,99;MMQ=60,30;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=7.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,4:0.312:14:2,4:8,0:5,5,4,0 chr3 52852538 . G T . . 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DP=7;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=24.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,3:0,4:0,0,0,7 chr3 52867288 . A T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=20.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,1:0,6:0,0,4,3 chr3 52867811 . A T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,0:0,0,1,1 chr3 52869045 . C CCTT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=167,122;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:52869045_C_CCTT:52869045:0,2,0,1 chr3 52869048 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,21;MFRL=167,122;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:52869045_C_CCTT:52869045:0,2,0,1 chr3 52877647 . C CA . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=161,82;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=16.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,7:0.803:8:0,2:1,5:0,1,3,4 chr3 57457295 . T A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=114,73;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.175:15:7,0:6,2:7,6,1,1 chr3 57469053 . A C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,34;MFRL=112,142;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=13.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.715:5:0,3:1,1:1,0,4,0 chr3 57469097 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=34,28;MFRL=119,137;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=17.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.702:8:1,5:1,1:1,1,5,1 chr3 57484336 . T TTCACGTTTTGATGG . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=132,68;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=8.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.441:7:2,3:1,0:0,4,2,1 chr3 57487221 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=151,208;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:3,2:1,0:1,3,0,2 chr3 57493608 . ATAT A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:57493608_ATAT_A:57493608:0,0,0,1 chr3 57493616 . CT TC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:57493608_ATAT_A:57493608:0,0,0,1 chr3 57528503 . A G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=131,117;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,6:0.500:12:1,2:5,4:2,4,4,2 chr3 57544925 . T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 57544959 . AAAAC A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,32;MFRL=101,151;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=AAAC;STR;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.292:5:1,1:2,0:3,1,1,0 chr3 57545634 . T TTTAAATC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,30;MFRL=107,151;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.498:2:1,0:0,1:0|1:57545634_T_TTTAAATC:57545634:0,1,0,1 chr3 57545637 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=107,151;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:57545634_T_TTTAAATC:57545634:0,1,0,1 chr3 57563120 . GA G . . DP=14;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=130,91;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=A;STR;TLOD=8.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.537:11:5,4:0,1:1,4,2,4 chr3 57563156 . CACTCTCTA C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=159,69;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr3 57582784 . C G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=123,134;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=7.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.286:12:4,0:5,3:7,2,2,1 chr3 57627495 . CA C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,31;MFRL=108,146;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=A;STR;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:57627495_CA_C:57627495:0,1,0,1 chr3 57627505 . A C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,26;MFRL=108,146;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:57627495_CA_C:57627495:0,1,0,1 chr3 57627542 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,258;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 57649496 . C G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=34,20;MFRL=170,51;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,2:1,0:0|1:57649496_C_G:57649496:2,2,1,1 chr3 57649497 . T TGTTTTC . . DP=6;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=170,51;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,2:1,0:0|1:57649496_C_G:57649496:2,2,1,1 chr3 57651933 . T C . . DP=30;ECNT=3;MBQ=26,28;MFRL=122,127;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=9.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,5:0.193:29:11,0:13,5:8,16,0,5 chr3 57652022 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,141;MMQ=60,54;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:57652022_C_T:57652022:0,0,0,1 chr3 57652024 . T TAAAAGGAGTACAACTATACAACCAGCACACAGAC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,141;MMQ=60,54;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:57652022_C_T:57652022:0,0,0,1 chr3 57743337 . C G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=123,151;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=11.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:1,3:0,1:1,0,2,2 chr3 57850486 . C T . . DP=39;ECNT=2;MBQ=31,22;MFRL=113,120;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:31,4:0.132:35:10,0:20,4:20,11,3,1 chr3 57850505 . C CTT . . DP=33;ECNT=2;MBQ=31,34;MFRL=142,141;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=12,14;RU=T;STR;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,2:0.146:18:5,1:11,1:12,4,1,1 chr3 57898185 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=136,31;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:5,2:4,0:6,3,1,1 chr3 58080505 . G T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=128,181;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.286:12:4,3:5,0:6,3,3,0 chr3 58080613 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=141,161;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.270:9:4,2:3,0:1,6,0,2 chr3 58087974 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=132,57;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.297:8:3,0:3,2:2,4,2,0 chr3 58088021 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=128,57;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:6,0:3,2:5,4,2,0 chr3 58095073 . G T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=23,30;MFRL=104,125;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.287:5:1,0:3,1:0|1:58095073_G_T:58095073:1,3,0,1 chr3 58095075 . T TGATAGAGACA . . DP=5;ECNT=5;MBQ=30,30;MFRL=104,125;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.287:5:1,0:1,1:0|1:58095073_G_T:58095073:1,3,0,1 chr3 58095078 . T G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=29,28;MFRL=188,125;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:58095073_G_T:58095073:0,2,0,1 chr3 58095080 . T G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=26,34;MFRL=188,125;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:58095073_G_T:58095073:0,2,0,1 chr3 58095082 . T G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=26,32;MFRL=300,125;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:58095073_G_T:58095073:0,1,0,1 chr3 58107131 . G A . . 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T TAGAACTGGAGTGGGCTCTCTG . . DP=6;ECNT=2;MBQ=13,27;MFRL=158,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.464:2:0,1:0,0:0,1,0,1 chr3 58131823 . A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 58132778 . C CA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=172,127;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr3 58140455 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr3 58140624 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=131,96;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.307:11:3,0:4,3:1,7,2,1 chr3 58156572 . G GGTTTCCTTCTC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 58179028 . T C . . 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G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=94,46;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:6,2:5,0:8,3,2,0 chr3 58854962 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,2505;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 59908109 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=129,75;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,2:2,0:1,2,0,2 chr3 59999943 . TA GG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,32;MFRL=150,102;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:59999943_TA_GG:59999943:0,1,0,1 chr3 59999947 . C CTGGTCCG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,33;MFRL=150,102;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:59999943_TA_GG:59999943:0,1,0,1 chr3 59999949 . C G . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=136,155;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:62739532_C_CA:62739532:0,1,0,1 chr3 62739535 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=136,155;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:62739532_C_CA:62739532:0,1,0,1 chr3 63542379 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 63640325 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,225;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 63821914 . C G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=20.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,5,1 chr3 63825249 . TTTGA T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=97,122;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.505:2:0,0:0,1:1,0,1,0 chr3 63898623 . C T . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=173,125;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0,2,0,2 chr3 64004943 . G A . . DP=32;ECNT=1;MBQ=31,22;MFRL=154,117;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=54.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,22:0.743:29:2,11:5,11:5,2,11,11 chr3 64133349 . CATCA C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=121,60;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.376:6:2,2:1,0:0|1:64133349_CATCA_C:64133349:2,2,1,1 chr3 64133350 . A G . . DP=6;ECNT=4;MBQ=0,20;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:0,3:0.824:3:0,2:0,1:1|0:64133349_CATCA_C:64133349:0,0,2,1 chr3 64133358 . TC AA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=28,20;MFRL=121,60;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:0|1:64133349_CATCA_C:64133349:1,2,1,1 chr3 64133361 . T G . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=152,73;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,2:2,0:0,2,1,1 chr3 64184599 . A ATTTTATTAGTGAAGATGATTTTTCT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,24;MFRL=185,167;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr3 64518994 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=24.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,3:0,4:0,0,0,7 chr3 64524968 . T G . . DP=22;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=119,125;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,2:0.135:20:9,0:9,2:12,6,0,2 chr3 64526717 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 64526942 . A C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=29.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,6:0,4:0,0,5,5 chr3 64527321 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=17.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,0,5 chr3 64527336 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=10.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,0,3 chr3 64527465 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=14.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,5,0 chr3 64527676 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,23;MFRL=169,148;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,2:2,0:0,2,0,2 chr3 64553963 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,61;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr3 64582567 . T C . . DP=9;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=131,52;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,0:3,2:3,4,1,1 chr3 64582588 . C CCTTTGCTTGTGTT . . DP=11;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=128,52;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:3,0:4,2:0|1:64582588_C_CCTTTGCTTGTGTT:64582588:5,4,1,1 chr3 64582590 . G T . . DP=11;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=128,52;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:3,0:6,2:0|1:64582588_C_CCTTTGCTTGTGTT:64582588:5,4,1,1 chr3 64589782 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,32;MFRL=149,85;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:64589782_A_C:64589782:0,1,0,1 chr3 64589783 . A AGTTCGGGGGCTGCTC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,26;MFRL=149,85;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:64589782_A_C:64589782:0,1,0,1 chr3 64589786 . A ACCTCC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,24;MFRL=149,85;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:64589782_A_C:64589782:0,1,0,1 chr3 64589851 . A G . . 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G GCAACAGAA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 64633622 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=50,105;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:1,2,1,1 chr3 64640206 . TA T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=115,135;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=A;STR;TLOD=18.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,5:0.462:11:6,4:0,1:0|1:64640206_TA_T:64640206:3,3,3,2 chr3 64640212 . G T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=24,28;MFRL=115,135;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=18.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,5:0.462:11:5,4:0,1:0|1:64640206_TA_T:64640206:3,3,3,2 chr3 64666913 . C T . . DP=13;ECNT=5;MBQ=31,22;MFRL=94,93;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=5.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.266:13:5,2:5,1:6,4,2,1 chr3 64666934 . T C . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=22,31;MFRL=161,158;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:2,0:0,2:0,2,0,2 chr3 65377058 . C T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=33,24;MFRL=148,133;MMQ=60,44;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,0:2,2:0|1:65377058_C_T:65377058:1,4,2,0 chr3 65377060 . A G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=148,133;MMQ=60,44;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:0|1:65377058_C_T:65377058:1,4,2,0 chr3 65439044 . T TCCTTTTTCATTTCTCCCC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,46;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr3 65456207 . A AG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=71799571,121;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr3 65464228 . T A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=92,77;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,2:0,0:3,0,1,1 chr3 65607637 . A G . . DP=40;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=90,80;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=33.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,16:0.421:38:5,7:17,8:8,14,5,11 chr3 66023592 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,195;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr3 66430613 . CA C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr3 66444724 . C CCCTG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:66444724_C_CCCTG:66444724:0,0,0,1 chr3 66444725 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:66444724_C_CCCTG:66444724:0,0,0,1 chr3 66449537 . A AGG . . DP=5;ECNT=3;MBQ=25,27;MFRL=110,156;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.380:3:2,0:0,1:0|1:66449537_A_AGG:66449537:0,2,0,1 chr3 66449539 . A ATCAAAGGTGAACCAG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,26;MFRL=110,156;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:66449537_A_AGG:66449537:0,2,0,1 chr3 66449554 . A AAATGCTGTAAT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.677:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 66463251 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=11.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,3,1 chr3 66465259 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=13.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,4,0 chr3 67048847 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=33,27;MFRL=155,148;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.402:3:0,0:2,1:0|1:67048847_G_A:67048847:0,2,0,1 chr3 67048851 . G GAGATT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=34,32;MFRL=155,148;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.408:3:0,0:2,1:0|1:67048847_G_A:67048847:0,2,0,1 chr3 67048853 . G T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=34,31;MFRL=155,148;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.402:3:0,0:2,1:0|1:67048847_G_A:67048847:0,2,0,1 chr3 67579660 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=126,119;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:67579660_G_T:67579660:0,1,0,1 chr3 67579667 . A G . . 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CA C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=A;STR;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr3 69244162 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=23.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,3:0,5:0,0,6,2 chr3 69246240 . T TC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,27;MFRL=143,192;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:69246240_T_TC:69246240:0,2,0,1 chr3 69246241 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,22;MFRL=143,192;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:69246240_T_TC:69246240:0,2,0,1 chr3 69246274 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr3 69265371 . G C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=29.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,4:0,5:0,0,5,4 chr3 69267578 . A T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=36.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,6:0,6:0,0,3,9 chr3 69273656 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=9.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,0:0,0,3,0 chr3 69351620 . A ATCTGTCAGATCCATTG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=162,256;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr3 69362706 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=17.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,0,5 chr3 69988391 . GGTGGATCACACC G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=145,58;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0|1:69988391_GGTGGATCACACC_G:69988391:0,1,1,1 chr3 69988407 . C A . . 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GT G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=172,126;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=T;STR;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:2,0,2,0 chr3 71015021 . G T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,56;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=20.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,3:0,4:0,0,5,2 chr3 71015045 . CTTGCATAGGAGATCTGCCTGGACTGCTGTCACTCTCGTTGCTGTTGGTATGCTCCATTGCCCCGTTCAGCTCTTCCCGTATTGCGCTGGCTAAG C . . DP=27;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=115,56;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,3:0.108:27:3,2:5,0:12,12,1,2 chr3 71102811 . CTGCTGGAGGAGAACCTGGAGCTGCTGAGGGCTCAGCACTTGTTGCTGGAGGATCTGCTGCATT C . . DP=28;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=108,142;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,2:0.124:23:6,2:3,0:11,10,1,1 chr3 71247304 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 71739343 . A ATTAGCCAG . . 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DP=7;ECNT=4;MBQ=20,28;MFRL=91,119;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:0|1:75790516_T_A:75790516:3,2,1,1 chr3 75790525 . A AATGAGAAACATTGGAAGACTTTGTC . . DP=6;ECNT=4;MBQ=26,26;MFRL=106,119;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0|1:75790516_T_A:75790516:2,2,1,1 chr3 75790590 . G GATGAGAGGCCCTAGA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,32;MFRL=125,156;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr3 75790704 . C T . . DP=4;ECNT=15;MBQ=32,24;MFRL=150,124;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=12.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,3:0.667:4:0,1:1,2:0|1:75790704_C_T:75790704:1,0,3,0 chr3 75790717 . G A . . DP=4;ECNT=15;MBQ=32,28;MFRL=150,124;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=12.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,3:0.667:4:0,1:1,2:0|1:75790704_C_T:75790704:1,0,3,0 chr3 75790724 . A T . . DP=5;ECNT=15;MBQ=28,25;MFRL=150,123;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=16.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,4:0.714:5:0,1:1,2:0|1:75790704_C_T:75790704:1,0,4,0 chr3 75790726 . T C . . DP=6;ECNT=15;MBQ=24,31;MFRL=150,124;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=20.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,5:0.750:6:0,2:1,2:0|1:75790704_C_T:75790704:1,0,5,0 chr3 75790730 . A T . . DP=7;ECNT=15;MBQ=28,25;MFRL=117,124;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=20.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,5:0.667:7:0,2:1,3:0|1:75790704_C_T:75790704:2,0,5,0 chr3 75790747 . C G . . DP=12;ECNT=15;MBQ=29,31;MFRL=113,123;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=19.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,6:0.540:11:1,3:4,3:0|1:75790704_C_T:75790704:4,1,5,1 chr3 75790783 . G GGTCTCCAGCATCATGTCCCTGTACAGGTTTCTTCTGAGCATCATCCAGGTCCTGCTACTCCTCCCAGGTGAAGTGCATAGCTACCTCCTCAAAGGATGCCAACTCCTGTAATGATAGCAGGCTGTTATAA . . DP=32;ECNT=15;MBQ=32,33;MFRL=124,126;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=16.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,14:0.437:32:4,0:13,1:13,5,5,9 chr3 75790791 . GC CA . . DP=29;ECNT=15;MBQ=31,31;MFRL=117,167;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=32.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:20,9:0.323:29:4,3:12,5:0|1:75790791_GC_CA:75790791:11,9,6,3 chr3 75790798 . G A . . DP=28;ECNT=15;MBQ=23,27;MFRL=123,99;MMQ=60,40;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=19.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:22,6:0.233:28:6,2:15,4:0|1:75790798_G_A:75790798:14,8,2,4 chr3 75790807 . C G . . DP=27;ECNT=15;MBQ=30,31;MFRL=120,223;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=20.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,6:0.241:27:5,2:14,4:0|1:75790791_GC_CA:75790791:11,10,4,2 chr3 75790809 . G A . . DP=26;ECNT=15;MBQ=27,23;MFRL=120,223;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=20.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:20,6:0.250:26:5,2:14,3:0|1:75790791_GC_CA:75790791:11,9,4,2 chr3 75790822 . A G . . DP=23;ECNT=15;MBQ=28,26;MFRL=194,121;MMQ=40,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=32.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,13:0.609:21:2,4:5,9:4,4,6,7 chr3 75790824 . C T . . DP=22;ECNT=15;MBQ=31,27;MFRL=124,44;MMQ=60,38;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=12.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,4:0.208:22:6,1:12,3:0|1:75790798_G_A:75790798:9,9,2,2 chr3 75790836 . GCC G . . DP=23;ECNT=15;MBQ=31,34;MFRL=119,257;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=12.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:19,4:0.200:23:7,1:11,3:0|1:75790791_GC_CA:75790791:11,8,1,3 chr3 75790839 . ACTCCTCCCAGGTGAAGTGCACAGCTACCTCCTCAAAGGACACCAACTCCTGTAATGATACCAGGCTGTTGTAGGTCTCCAGCATCACGTTCCTGTACAGGGTCCTCTAAGCATCATCCACGTCCTGC A . . DP=41;ECNT=15;MBQ=27,27;MFRL=119,257;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:37,4:0.116:41:7,1:11,2:0|1:75790791_GC_CA:75790791:19,18,1,3 chr3 75790972 . C T . . 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DP=16;ECNT=6;MBQ=33,23;MFRL=123,160;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=T;STR;TLOD=8.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.305:11:0,3:6,0:0,8,0,3 chr3 77645951 . T C . . DP=13;ECNT=6;MBQ=29,32;MFRL=124,123;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=10.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,5:0.400:13:6,0:2,5:0,8,0,5 chr3 77645967 . CT TA . . DP=6;ECNT=6;MBQ=32,25;MFRL=108,161;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,2:1,0:0|1:77645967_CT_TA:77645967:0,4,0,2 chr3 77645971 . A G . . DP=6;ECNT=6;MBQ=24,27;MFRL=108,161;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,2:1,0:0|1:77645967_CT_TA:77645967:0,4,0,2 chr3 77645978 . T TCTGATCATTTGCAATCTTTGCTATAATCC . . DP=4;ECNT=6;MBQ=29,28;MFRL=131,100;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.481:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr3 77671473 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=104,69;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.363:9:3,3:3,0:5,1,2,1 chr3 77671640 . A ATCATCTGCAACATCCGTTTCC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,27;MFRL=189,97;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr3 78655961 . G A . . DP=19;ECNT=2;MBQ=32,26;MFRL=104,123;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=17.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,5:0.299:18:4,0:9,5:0|1:78655961_G_A:78655961:5,8,0,5 chr3 78655964 . C CG . . DP=18;ECNT=2;MBQ=33,26;MFRL=104,123;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=17.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,5:0.300:18:4,0:7,5:0|1:78655961_G_A:78655961:5,8,0,5 chr3 78676467 . A G . . DP=16;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=127,134;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,4:0.278:16:6,4:6,0:6,6,3,1 chr3 78695185 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=10.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr3 78717508 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=176,139;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.717:5:0,3:1,1:0,1,1,3 chr3 78737831 . T G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=156,72;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.354:12:6,3:2,0:6,2,2,2 chr3 78737962 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=145,141;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=12.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.666:7:1,3:1,2:0,2,0,5 chr3 78763761 . G T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,29;MFRL=152,108;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:78763761_G_T:78763761:0,1,0,1 chr3 78763763 . TA CT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,32;MFRL=152,108;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:78763761_G_T:78763761:0,1,0,1 chr3 78763767 . T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=152,108;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:78763761_G_T:78763761:0,1,0,1 chr3 78763769 . C CTGTGT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,31;MFRL=152,108;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:78763761_G_T:78763761:0,1,0,1 chr3 78766992 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=109,110;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=24.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,9:0.714:12:1,2:2,7:0,3,2,7 chr3 78796078 . C A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=132,133;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=12.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:1,2:1,3:0,2,0,5 chr3 78987879 . C A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=79,86;MMQ=60,59;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.158:17:8,2:5,0:9,6,2,0 chr3 78988176 . A ACCCGGCCAGCTATTTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 79067694 . CCA C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=137,119;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=CA;STR;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.397:3:1,1:1,0:0,2,1,0 chr3 79639102 . A AAACAGCCAAATC . . DP=4;ECNT=5;MBQ=24,25;MFRL=113,94;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.392:3:1,1:1,0:0|1:79639102_A_AAACAGCCAAATC:79639102:0,2,0,1 chr3 79639106 . T A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,24;MFRL=113,94;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:79639102_A_AAACAGCCAAATC:79639102:0,2,0,1 chr3 79639109 . T G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=28,27;MFRL=113,94;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:79639102_A_AAACAGCCAAATC:79639102:0,2,0,1 chr3 79639139 . G A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,24;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:79639139_G_A:79639139:0,0,0,1 chr3 79639145 . G A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:79639139_G_A:79639139:0,0,0,1 chr3 81548209 . T TAAG . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=25.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,1:0,4:0,0,5,1 chr3 81643251 . AACT A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:81643251_AACT_A:81643251:0,0,0,1 chr3 81643258 . A ATAT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,24;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:81643251_AACT_A:81643251:0,0,0,1 chr3 81643263 . AG CA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:81643251_AACT_A:81643251:0,0,0,1 chr3 81643266 . G A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,23;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:81643251_AACT_A:81643251:0,0,0,1 chr3 81695544 . T C . . DP=18;ECNT=4;MBQ=28,20;MFRL=114,49;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:8,2:8,0:0|1:81695544_T_C:81695544:8,8,1,1 chr3 81695555 . A AAT . . DP=19;ECNT=4;MBQ=25,20;MFRL=127,49;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:10,2:7,0:0|1:81695544_T_C:81695544:6,11,1,1 chr3 81695557 . G GCCA . . DP=19;ECNT=4;MBQ=32,20;MFRL=127,49;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:10,2:7,0:0|1:81695544_T_C:81695544:6,11,1,1 chr3 81695560 . G GGTAACTTGAAAA . . 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DP=12;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=122,60;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:3,2:7,0:6,4,2,0 chr3 105422844 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=37.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.934:12:0,8:0,4:0,0,8,4 chr3 105422980 . C G . . DP=37;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=126,130;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=12.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:29,7:0.202:36:17,0:12,6:9,20,0,7 chr3 105423088 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=14.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr3 105438806 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr3 105453034 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=11.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr3 105455955 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr3 105495371 . T C . . DP=12;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=126,64;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:7,0:3,2:0|1:105495371_T_C:105495371:5,5,1,1 chr3 105495376 . T TTAG . . DP=11;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=131,64;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:6,0:3,2:0|1:105495371_T_C:105495371:4,5,1,1 chr3 105495432 . G T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=9.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.839:4:0,1:0,2:0,0,0,4 chr3 105588069 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=8.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr3 107096923 . T A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=124,152;MMQ=60,20;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.219:16:3,3:9,0:5,8,3,0 chr3 107451907 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=27.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,3:0,5:0,0,0,8 chr3 107491701 . TA T . . DP=25;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=126,132;MMQ=60,46;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=10.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,4:0.186:25:10,0:11,4:7,14,0,4 chr3 107510197 . A ATAAG . . DP=11;ECNT=1;MBQ=23,20;MFRL=102,108;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TAAG;STR;TLOD=20.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.539:11:3,2:2,4:1,4,2,4 chr3 107524393 . A G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=24,33;MFRL=95,101;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:107524393_A_G:107524393:2,2,0,1 chr3 107524395 . T TGAACTTAG . . 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DP=11;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=33.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,7:0,4:0,0,4,7 chr3 111659377 . T C . . DP=19;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=58.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,18:0.951:18:0,9:0,9:0,0,12,6 chr3 111667937 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=183,126;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=15.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.754:6:0,1:1,4:0,1,1,4 chr3 111685374 . GGT G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=GT;STR;TLOD=11.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.875:5:0,3:0,2:0,0,4,1 chr3 111686738 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,6957317;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr3 111688810 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 111692693 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=29,30;MFRL=118,130;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=22.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,8:0.693:11:3,2:0,6:2,1,1,7 chr3 111697867 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr3 111710206 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=154,104;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=7.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.308:11:4,1:4,2:8,0,3,0 chr3 111730546 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=9.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr3 111730591 . G T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=20.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,1:0,6:0,0,3,4 chr3 111760771 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.825:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr3 111763278 . G T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=9.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.828:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr3 111764653 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=125,125;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=17.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.666:10:3,3:0,4:1,2,4,3 chr3 111766559 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr3 111769417 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 111785208 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=16.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,5,0 chr3 111793316 . G T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=18.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,0,6 chr3 111794365 . A G . . 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GGTAGCT G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 111851890 . A G . . DP=23;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=106,111;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=31.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,13:0.637:20:2,6:5,7:4,3,8,5 chr3 111860222 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,475;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr3 111873902 . T TA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=10,10;MFRL=136,184;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=14,15;RU=A;STR;TLOD=4.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.666:4:0,0:0,1:0,1,0,3 chr3 111923047 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=161,159;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=12.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.715:5:0,3:1,1:1,0,3,1 chr3 111936207 . T A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr3 111950367 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=19.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,3:0,0,0,6 chr3 111958679 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=135,124;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,1:1,1:1,2,1,1 chr3 111958802 . TGAAATGTGCAACAAACCGATTTATATTTTGTTGATGTGGCATCACGAAGACCTTTGATACAAACACACATTTGATAAATAGTA T . . DP=24;ECNT=2;MBQ=20,25;MFRL=127,119;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,8:0.169:24:5,5:2,2:4,12,5,3 chr3 111958862 . C A . . DP=16;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=146,134;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=12.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.547:9:4,3:0,2:0,4,1,4 chr3 111962774 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 111981696 . CA C . . 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DP=7;ECNT=2;MBQ=0,32,33;MFRL=0,146,191;MMQ=60,60,60;MPOS=22,18;POPAF=7.30,7.30;RPA=14,13,15;RU=A;STR;TLOD=4.52,6.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,2,3:0.377,0.506:5:0,0,0:0,2,3:0,0,1,4 chr3 112253233 . AAAG A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AAG;STR;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.685:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 112267523 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=25.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,4:0,5:0,0,0,9 chr3 112280218 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=9.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr3 112289320 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=11.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr3 112289372 . G A . . DP=11;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=28.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.915:9:0,5:0,4:0,0,8,1 chr3 112301458 . C CCTTAGTAAT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,193;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=12.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.809:3:0,1:0,1:0,0,3,0 chr3 112356986 . A T . . DP=55;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=117,126;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=11.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:48,6:0.125:54:24,0:24,6:22,26,0,6 chr3 112357623 . G A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=122,116;MMQ=60,59;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=8.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,4:0.250:18:7,4:7,0:7,7,4,0 chr3 112538571 . CT C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=160,175;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=T;STR;TLOD=7.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.678:4:1,0:0,3:1,0,3,0 chr3 112538638 . G A . . DP=22;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=108,136;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,2:0.135:20:14,2:4,0:13,5,2,0 chr3 112693712 . T TCAGTTGACAGTGGACAGCACAGGGGA . . DP=15;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=105,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.185:15:6,0:7,2:6,7,1,1 chr3 112710194 . T G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=127,133;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=15.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.595:10:1,2:2,4:2,2,1,5 chr3 112718504 . A AGGT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=91,166;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=GGT;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr3 112719791 . CA C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=23,18;MFRL=107,111;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=16,15;RU=A;STR;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.509:6:0,0:2,0:1,2,0,3 chr3 112727184 . A T . . DP=26;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=116,115;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,11:0.480:23:6,6:6,5:8,4,5,6 chr3 112732309 . GTT G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,156;MMQ=60,43;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=14,12;RU=T;STR;TLOD=6.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.798:2:0,0:0,1:0,0,0,2 chr3 112993606 . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=115,90;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:6,0:2,2:3,5,1,1 chr3 113003593 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=113,66;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:0,1:6,1:3,3,2,0 chr3 113004123 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr3 113005674 . C T . . DP=15;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=126,66;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:7,0:6,2:0|1:113005674_C_T:113005674:6,7,1,1 chr3 113005681 . C G . . DP=14;ECNT=3;MBQ=33,20;MFRL=123,66;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:7,0:4,2:0|1:113005674_C_T:113005674:6,6,1,1 chr3 113005682 . T TGTGTGTGTGTGTG . . 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DP=15;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=128,98;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=A;STR;TLOD=3.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,4:0.275:15:5,3:6,1:9,2,3,1 chr3 113464859 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=10.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr3 113508499 . T TA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=24,27;MFRL=0,92;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=11,12;RU=A;STR;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,2:2,0:3,0,2,0 chr3 113508732 . GTG ACA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=132,131;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr3 113522544 . T C . . DP=23;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=112,116;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=29.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,11:0.636:17:4,7:2,4:0,6,4,7 chr3 113528089 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=186,69;MMQ=50,23;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:4,0,0,1 chr3 113557787 . AGCC A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=15.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0,0,2,2 chr3 113595156 . C G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=33.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.921:10:0,3:0,7:0,0,0,10 chr3 113601761 . T A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,23;MFRL=139,194;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.606:3:1,2:0,0:0,1,0,2 chr3 113619872 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=27.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,5:0,3:0,0,8,1 chr3 113652364 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=87,110;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:1,1,1,1 chr3 113655365 . A AGGCC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,193;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:113655365_A_AGGCC:113655365:0,0,0,1 chr3 113655368 . A T . . 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DP=5;ECNT=5;MBQ=32,25;MFRL=152,106;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:113789746_G_GCT:113789746:0,4,0,1 chr3 113789768 . C CATGCT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.662:1:0,1:0,0:0|1:113789768_C_CATGCT:113789768:0,0,0,1 chr3 113789771 . C CACTTAACATGATTAGTCT . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:113789768_C_CATGCT:113789768:0,0,0,1 chr3 113955265 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=143,105;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.489:8:3,1:1,2:3,1,3,1 chr3 114026673 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=9.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr3 114027053 . C T . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,52;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.810:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr3 119585415 . GA G . . DP=21;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=112,125;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=9,8;RU=A;STR;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,5:0.322:16:4,3:7,2:4,7,3,2 chr3 119634849 . GAGGGGAA G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=122,47;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:3,0:4,2:6,3,1,1 chr3 119892057 . A AGTGCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,28;MFRL=165,311;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:119892057_A_AGTGCT:119892057:1,0,1,0 chr3 119892059 . A AAATATTTGGCC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,28;MFRL=165,311;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:119892057_A_AGTGCT:119892057:1,0,1,0 chr3 119892063 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=165,311;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:119892057_A_AGTGCT:119892057:1,0,1,0 chr3 119900212 . G C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,21;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=5.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.807:3:0,2:0,0:0,0,0,3 chr3 119900260 . T C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=9.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,1,3 chr3 119904125 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=11.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,4,0 chr3 119905641 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=17.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,0,6 chr3 119912297 . C A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,21;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=20.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,5:0,3:0,0,3,5 chr3 120130883 . G C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=34,35;MFRL=86,103;MMQ=60,40;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:120130883_G_C:120130883:1,1,0,1 chr3 120130897 . C A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,27;MFRL=172,103;MMQ=60,40;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:120130883_G_C:120130883:0,1,0,1 chr3 120130899 . T C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,34;MFRL=103,172;MMQ=40,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr3 120130900 . A ATACGTC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=26,26;MFRL=172,103;MMQ=60,40;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:120130883_G_C:120130883:0,1,0,1 chr3 120130902 . A AAAGACAGCATC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=26,26;MFRL=172,103;MMQ=60,40;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:120130883_G_C:120130883:0,1,0,1 chr3 120365296 . C CACCTA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 120369575 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,34;MFRL=88,125;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr3 120371414 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=20.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,5:0,2:0,0,5,2 chr3 120394604 . T A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=156,72;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=11.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.629:6:0,1:2,3:2,0,3,1 chr3 120394806 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 120413158 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=36.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.933:13:0,3:0,10:0,0,1,12 chr3 120424942 . G GGGATTAACATTGTTTTC . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,205;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:121256126_A_C:121256126:0,0,0,1 chr3 121258521 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,33;MFRL=123,209;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:121258521_T_C:121258521:1,0,0,1 chr3 121258525 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,33;MFRL=134,209;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:121258521_T_C:121258521:2,0,0,1 chr3 121258527 . T TTCTCAGAAA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,29;MFRL=134,209;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:121258521_T_C:121258521:2,0,0,1 chr3 121303990 . TAC T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 121304970 . C CCTAATTTGATTATTTTCCTAAGT . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=128,119;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.369:6:2,1:2,0:1,3,1,1 chr3 121339354 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=24,25;MFRL=152,66;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=8.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.384:11:3,0:4,4:6,1,2,2 chr3 121351315 . G GGGCTCAGGCTCA . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=112,92;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;RPA=2,4;RU=GGCTCA;STR;TLOD=7.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.453:9:3,2:2,2:2,3,3,1 chr3 121351480 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 121352068 . C CT . . DP=27;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=103,118;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=12,13;RU=T;STR;TLOD=11.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,8:0.432:19:3,5:7,3:5,6,6,2 chr3 121353254 . T C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=30;PON;POPAF=7.30;TLOD=31.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,6:0,3:0,0,0,9 chr3 121353328 . A C . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 121435621 . T C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=39.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,9:0.909:9:0,5:0,4:0|1:121435621_T_C:121435621:0,0,6,3 chr3 121435624 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=39.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,9:0.909:9:0,5:0,3:0|1:121435621_T_C:121435621:0,0,6,3 chr3 121500510 . A AAT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,21;MFRL=0,171;MMQ=60,50;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=AT;STR;TLOD=8.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.763:2:0,0:0,1:0,0,2,0 chr3 121508830 . A T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=194,165;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=14.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:1,2:1,3:2,0,5,0 chr3 121514216 . G A . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=32,33;MFRL=225,179;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=T;STR;TLOD=4.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:0,2,0,2 chr3 122471407 . TA T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=21,25;MFRL=77,128;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=16,15;RU=A;STR;TLOD=5.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.646:10:1,2:1,5:2,1,5,2 chr3 122471428 . G C . . DP=17;ECNT=2;MBQ=24,12;MFRL=110,132;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,4:0.315:14:4,0:3,0:6,4,4,0 chr3 122598055 . GTGGTCTGCTGGTGATACATGAATGTTTAAAACTGCATGTTTTTTTGTCTTACAGAGTTGTCT G . . DP=26;ECNT=1;MBQ=24,29;MFRL=128,174;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:23,3:0.113:26:4,1:2,2:15,8,2,1 chr3 122629589 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,161;MMQ=60,40;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr3 122629656 . CAA C . . DP=16;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=114,108;MMQ=56,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=18,16;RU=A;STR;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.243:15:0,1:8,1:7,5,2,1 chr3 122642415 . G C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,33;MFRL=93,144;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=9.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,3:1,0:1,0,3,0 chr3 122646734 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=123,141;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:0,3:2,0:1,1,0,3 chr3 122680158 . GA CT . . DP=6;ECNT=2;MBQ=33,31;MFRL=147,140;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.321:4:1,1:2,0:0|1:122680158_GA_CT:122680158:0,3,0,1 chr3 122680160 . G GTCCATCTT . . DP=6;ECNT=2;MBQ=33,30;MFRL=147,140;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.321:4:1,1:2,0:0|1:122680158_GA_CT:122680158:0,3,0,1 chr3 122807995 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=128,123;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=11.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.600:8:1,2:2,3:2,1,3,2 chr3 122821671 . AT GA . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=157,182;MMQ=60,60;MPOS=26;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:4,2:0,1:1,3,1,2 chr3 122829765 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=124,109;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.306:11:3,1:5,2:6,2,3,0 chr3 122835210 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 122843212 . C T . . DP=11;ECNT=3;MBQ=33,28;MFRL=140,162;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.332:10:4,1:3,2:2,5,2,1 chr3 122843302 . A C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=24,31;MFRL=191,176;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.498:2:1,1:0,0:0|1:122843302_A_C:122843302:0,1,0,1 chr3 122843305 . T A . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,203;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr3 123047635 . A C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,33;MFRL=183,69;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0,4,0,1 chr3 123047666 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=9.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr3 123049678 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=34,22;MFRL=203,175;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.772:7:1,2:0,2:1,0,5,1 chr3 123049938 . A C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=24,29;MFRL=179,145;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr3 123066555 . A AAAGG . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=AAGG;STR;TLOD=26.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,6,0 chr3 123066774 . C T . . 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DP=21;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=141,102;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,3:0.174:21:10,0:8,3:8,10,0,3 chr3 127786518 . C CATTATCATTGCATAATTTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 127806459 . A AAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=153,141;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:127806459_A_AAG:127806459:1,0,1,0 chr3 127806460 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,32;MFRL=153,141;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:127806459_A_AAG:127806459:1,0,1,0 chr3 127838315 . A ATGCATTTAAGTTACCCCAATAC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 127965604 . C A . . 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DP=12;ECNT=4;MBQ=31,30;MFRL=135,104;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:4,0:5,2:0|1:129279611_A_G:129279611:2,8,0,2 chr3 129282172 . C CT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.683:1:0,0:0,1:0|1:129282172_C_CT:129282172:0,0,0,1 chr3 129282173 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.683:1:0,0:0,1:0|1:129282172_C_CT:129282172:0,0,0,1 chr3 129293106 . GG CA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr3 129294207 . GA G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=194,84;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,0,1 chr3 129303197 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 129324758 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=170,121;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:1,0,1,1 chr3 129390185 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=115,206;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:129390185_G_A:129390185:0,1,0,1 chr3 129390190 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=115,206;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:129390185_G_A:129390185:0,1,0,1 chr3 129694934 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,1:0,0,0,2 chr3 129695538 . C T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=22,28;MFRL=167,110;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:129695538_C_T:129695538:1,0,0,1 chr3 129695550 . A AGAAACG . . DP=4;ECNT=4;MBQ=20,26;MFRL=38,110;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:129695538_C_T:129695538:2,1,0,1 chr3 129695555 . T A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=23,22;MFRL=81,110;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:129695538_C_T:129695538:3,1,0,1 chr3 129695557 . AA CC . . DP=5;ECNT=4;MBQ=25,28;MFRL=81,110;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:129695538_C_T:129695538:3,1,0,1 chr3 129695954 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr3 129695975 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=159,143;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:1,0,1,1 chr3 129800783 . A T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,130;MMQ=60,39;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr3 129800888 . G A . . DP=2;ECNT=8;MBQ=0,30;MFRL=0,103;MMQ=60,33;MPOS=27;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr3 129800895 . G A,C . . DP=2;ECNT=8;MBQ=0,32,33;MFRL=0,119,87;MMQ=60,40,25;MPOS=25,15;PON;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.79,3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,1:0.400,0.400:2:0,1,0:0,0,1:0,0,1,1 chr3 129800901 . G GAT . . DP=2;ECNT=8;MBQ=34,32;MFRL=119,87;MMQ=40,25;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:129800901_G_GAT:129800901:1,0,0,1 chr3 129800906 . A T . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=114,158;MMQ=60,51;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=17.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.781:7:1,1:0,5:0,1,0,6 chr3 129814847 . CG C . . DP=8;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,133;MMQ=60,43;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=G;STR;TLOD=24.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,5:0,3:0,0,7,1 chr3 129814863 . G A . . DP=16;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,130;MMQ=60,55;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=70.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,16:0.944:16:0,9:0,7:0|1:129814863_G_A:129814863:0,0,11,5 chr3 129814869 . G A . . DP=16;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,130;MMQ=60,55;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=70.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,16:0.944:16:0,9:0,7:0|1:129814863_G_A:129814863:0,0,11,5 chr3 129814934 . GC G . . DP=21;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=C;STR;TLOD=66.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,21:0.956:21:0,11:0,10:0,0,4,17 chr3 129815930 . C A . . 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C CACAGAAGAATGTGAGAGGT . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=147,59;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:2,2:5,0:0,7,1,1 chr3 133647663 . G GA . . DP=7;ECNT=1;MBQ=34,29;MFRL=176,153;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.497:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr3 133661684 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=156,135;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:1,1:0,2:0,2,0,3 chr3 133670269 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 133692497 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=120,0;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:1,1:1,2:2,0,2,1 chr3 133692557 . GTGAGGA G . . DP=26;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=134,112;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,2:0.123:22:8,2:10,0:15,5,1,1 chr3 133698280 . C G . . 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DP=31;ECNT=1;MBQ=21,20;MFRL=108,115;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=7.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:23,5:0.197:28:11,5:12,0:12,11,3,2 chr3 134226159 . C T . . DP=25;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=136,126;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=26.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,11:0.500:22:6,7:5,4:1,10,4,7 chr3 134266148 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=17.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,4,1 chr3 134277195 . A AT . . DP=18;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=129,121;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=6,7;RU=T;STR;TLOD=8.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,5:0.386:13:7,3:1,1:1,7,2,3 chr3 134280390 . A AAACACACACAC . . DP=6;ECNT=2;MBQ=23,24;MFRL=195,105;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.379:3:0,1:1,0:0|1:134280390_A_AAACACACACAC:134280390:0,2,0,1 chr3 134280391 . T A . . 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TTCTAACCAAGTGAAGTATACCTTCTAATCATGACCTAC T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=163,99;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr3 136060427 . G C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,32;MFRL=146,114;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:136060427_G_C:136060427:0,1,0,1 chr3 136060431 . ATG A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=27,26;MFRL=146,114;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:136060427_G_C:136060427:0,1,0,1 chr3 136060436 . G A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,25;MFRL=146,114;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:136060427_G_C:136060427:0,1,0,1 chr3 136060440 . TT CC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,29;MFRL=146,114;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:136060427_G_C:136060427:0,1,0,1 chr3 136060444 . C CAGACAAGTTACTTTCTTTCCACA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,34;MFRL=114,146;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr3 136078157 . G A . . DP=5;ECNT=6;MBQ=31,26;MFRL=139,108;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:136078157_G_A:136078157:0,4,0,1 chr3 136078160 . G T . . DP=5;ECNT=6;MBQ=32,27;MFRL=139,108;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:136078157_G_A:136078157:0,4,0,1 chr3 136078163 . A T . . DP=5;ECNT=6;MBQ=24,25;MFRL=139,108;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:136078157_G_A:136078157:0,4,0,1 chr3 136078164 . A C . . DP=5;ECNT=6;MBQ=23,30;MFRL=139,112;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0,4,0,1 chr3 136078168 . CTATAGCT C,CTTTACTTACCTTTATAGCT . . 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DP=4;ECNT=3;MBQ=26,22;MFRL=115,238;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:138025354_AT_A:138025354:1,2,0,1 chr3 138025396 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=23,33;MFRL=1137,129;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:2,1:0,1:0,2,0,2 chr3 138038498 . C CCTTCTGCACTTTGCATTAGTAAG . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.624:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 138091701 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=8.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr3 138091952 . G GGTC . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,34;MFRL=139,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0,3,1,0 chr3 138170788 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=13.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,0:0,5:0,0,3,2 chr3 138181149 . C CA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=35,31;MFRL=207,141;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.498:2:0,1:1,0:0|1:138181149_C_CA:138181149:0,1,0,1 chr3 138181150 . T TTA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=207,141;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:138181149_C_CA:138181149:0,1,0,1 chr3 138187568 . C T . . DP=25;ECNT=2;MBQ=29,21;MFRL=124,99;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=26.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,13:0.515:25:2,3:10,9:3,9,8,5 chr3 138187602 . G A . . DP=20;ECNT=2;MBQ=32,21;MFRL=116,124;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=9.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,6:0.317:20:3,0:11,6:5,9,0,6 chr3 138189031 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=135,112;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=12.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.583:10:2,3:2,3:1,3,2,4 chr3 138189658 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,0:0,0,2,0 chr3 138189755 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=132,72;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.443:7:3,0:1,3:2,2,2,1 chr3 138191563 . C CACGACTA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=155,133;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.291:5:1,1:3,0:2,2,0,1 chr3 138191716 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=123,165;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.253:6:3,0:2,1:2,3,0,1 chr3 138193242 . T TATAAAGATGCGTG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=129,59;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:1,2,1,1 chr3 138195529 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=159,121;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:2,0,2,0 chr3 138213849 . ATTTGT A . . 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DP=37;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=111,103;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=47.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,20:0.584:34:10,9:4,11:8,6,5,15 chr3 141328970 . GC G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=C;STR;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 141331222 . G A . . DP=39;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=141,110;MMQ=54,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=45.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,20:0.527:38:3,7:14,13:2,16,10,10 chr3 141497814 . T TTG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=27,29;MFRL=182,157;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:141497814_T_TTG:141497814:0,1,0,1 chr3 141497815 . A AGACAG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,25;MFRL=182,157;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:141497814_T_TTG:141497814:0,1,0,1 chr3 141497817 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,30;MFRL=182,157;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:141497814_T_TTG:141497814:0,1,0,1 chr3 141497822 . AG GC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,27;MFRL=182,157;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:141497814_T_TTG:141497814:0,1,0,1 chr3 141622675 . A G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=166,124;MMQ=60,40;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.235:15:11,2:1,1:0,12,0,3 chr3 141625999 . G C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=21.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,4:0,2:0,0,4,2 chr3 141626123 . A G . . DP=18;ECNT=1;MBQ=23,29;MFRL=129,113;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=16.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,7:0.444:16:5,3:4,4:4,5,2,5 chr3 141682799 . C T . . DP=16;ECNT=2;MBQ=26,29;MFRL=129,125;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.167:16:9,2:5,0:4,10,0,2 chr3 141682825 . C G . . DP=16;ECNT=2;MBQ=33,31;MFRL=138,130;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=13.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,5:0.333:16:5,5:6,0:2,9,1,4 chr3 141688903 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=119,156;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:2,2:2,2:4,0,4,0 chr3 141884460 . A G . . DP=17;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=129,119;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.166:16:7,2:7,0:9,5,2,0 chr3 141905472 . CTTTTT C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,22;MFRL=149,155;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=19,14;RU=T;STR;TLOD=10.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.628:6:1,2:0,2:0,2,1,3 chr3 141923506 . C T . . DP=31;ECNT=1;MBQ=29,24;MFRL=118,103;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=27.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,13:0.451:29:7,8:8,5:10,6,8,5 chr3 142076059 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,198;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.774:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr3 142084284 . A AAAGCTAGGAAAATAAT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=179,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.325:4:1,0:1,1:0,3,0,1 chr3 142116151 . A G . . DP=19;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=100,123;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=15.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,8:0.443:18:2,3:8,4:5,5,5,3 chr3 142122903 . T TGC . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:142122903_T_TGC:142122903:0,0,0,1 chr3 142122904 . T TA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:142122903_T_TGC:142122903:0,0,0,1 chr3 142122906 . T TCCACAGA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:142122903_T_TGC:142122903:0,0,0,1 chr3 142122909 . AT GA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:142122903_T_TGC:142122903:0,0,0,1 chr3 142141352 . A T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=29,22;MFRL=140,169;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=5.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.443:7:0,0:4,3:4,0,3,0 chr3 142212072 . T C . . DP=34;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=112,120;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:30,3:0.114:33:17,0:13,3:13,17,0,3 chr3 142218388 . A G . . DP=12;ECNT=3;MBQ=29,26;MFRL=144,120;MMQ=52,50;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:2,1:7,1:9,0,2,0 chr3 142218392 . G T . . 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DP=4;ECNT=3;MBQ=25,33;MFRL=159,119;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:145914651_A_C:145914651:0,3,0,1 chr3 145918947 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,34;MFRL=121,136;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=29.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,9:0.626:14:4,3:1,6:1,4,1,8 chr3 145924591 . A AT . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=15.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr3 145924632 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 145938528 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=11.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr3 146159652 . ACAGAGATCAGATG A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=148,96;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:5,2:3,0:0,8,1,1 chr3 146171687 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 146176075 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,23;MFRL=155,180;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:1,0:3,2:3,1,2,0 chr3 146177608 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=18,20;MFRL=147,111;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.575:5:0,1:0,1:2,0,3,0 chr3 146243378 . C A . . DP=54;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=142,81;MMQ=60,24;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=8.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:46,6:0.128:52:29,1:17,5:26,20,6,0 chr3 146246559 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=144,60;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,0:1,2:0|1:146246559_C_T:146246559:4,3,1,1 chr3 146246562 . C CATAG . . DP=9;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=144,60;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:5,0:1,2:0|1:146246559_C_T:146246559:4,3,1,1 chr3 146312698 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,243;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr3 147113979 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=127,101;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:3,2:0,0:2,1,1,1 chr3 147128911 . A C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,34;MFRL=145,121;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.392:3:2,0:0,1:0|1:147128911_A_C:147128911:1,1,0,1 chr3 147128918 . C CCCATCTTTTTATTTT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=145,121;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:147128911_A_C:147128911:1,1,0,1 chr3 148459015 . G C . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=161,153;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:148459554_A_T:148459554:0,1,0,1 chr3 148459560 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=161,153;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:148459554_A_T:148459554:0,1,0,1 chr3 148545575 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=89,139;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=8.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.462:9:4,2:0,2:4,1,4,0 chr3 148558447 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=12.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,0:0,4:0,0,4,0 chr3 148562397 . G C . . DP=10;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=146,81;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=10.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,3:0.363:9:4,1:2,2:0|1:148562397_G_C:148562397:2,4,1,2 chr3 148562399 . G A . . 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DP=23;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=64.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,23:0.960:23:0,12:0,11:0,0,9,14 chr3 167090775 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=137,126;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.252:10:3,2:4,0:0,8,0,2 chr3 167223081 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=132,157;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,0:4,2:3,2,1,1 chr3 167223269 . CTATGTGT C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.688:1:0,0:0,1:0|1:167223269_CTATGTGT_C:167223269:0,0,0,1 chr3 167223279 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:167223269_CTATGTGT_C:167223269:0,0,0,1 chr3 167254816 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=126,52;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:3,2:1,0:0,4,0,2 chr3 167272628 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,19;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:167272628_A_C:167272628:0,0,0,1 chr3 167272634 . T TTATTACAAGCCATA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:167272628_A_C:167272628:0,0,0,1 chr3 167272640 . T A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,23;MFRL=174,100;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:167272628_A_C:167272628:0,1,0,1 chr3 167272643 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=174,100;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:167272628_A_C:167272628:0,1,0,1 chr3 167508062 . T C . . 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DP=28;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=122,82;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=8.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,5:0.206:27:11,5:11,0:12,10,5,0 chr3 167747026 . GG AA . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=113,101;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:2,2:5,0:5,2,1,1 chr3 167747915 . G C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:167747915_G_C:167747915:0,0,0,1 chr3 167747918 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:167747915_G_C:167747915:0,0,0,1 chr3 167747919 . T TTGACATA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:167747915_G_C:167747915:0,0,0,1 chr3 167750594 . C T . . 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DP=4;ECNT=4;MBQ=26,27;MFRL=160,129;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:0,0:1,1:0|1:168820069_A_AG:168820069:0,2,0,1 chr3 168820075 . TG CA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=160,129;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:168820069_A_AG:168820069:0,2,0,1 chr3 168820078 . CAA C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=34,28;MFRL=160,129;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=A;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:168820069_A_AG:168820069:0,2,0,1 chr3 168820082 . C CTT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,34;MFRL=160,129;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:168820069_A_AG:168820069:0,2,0,1 chr3 168840571 . A T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=10.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.854:5:0,1:0,2:0,0,2,3 chr3 168845737 . A T . . 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G GACA . . DP=3;ECNT=6;MBQ=32,32;MFRL=160,120;MMQ=60,21;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:182897774_GAT_G:182897774:1,1,1,0 chr3 182897781 . GCT G . . DP=3;ECNT=6;MBQ=32,32;MFRL=160,120;MMQ=60,21;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:182897774_GAT_G:182897774:1,1,1,0 chr3 182897784 . A AGAG . . DP=3;ECNT=6;MBQ=27,30;MFRL=160,120;MMQ=60,21;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:182897774_GAT_G:182897774:1,1,1,0 chr3 182897789 . C T . . DP=4;ECNT=6;MBQ=33,27;MFRL=160,120;MMQ=60,21;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:2,1:0,0:0|1:182897774_GAT_G:182897774:1,1,1,0 chr3 182897920 . A G . . DP=11;ECNT=6;MBQ=25,25;MFRL=73,137;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,9:0.767:11:2,4:0,4:0,2,5,4 chr3 182913092 . T G . . 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DP=30;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=105,106;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=24.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,11:0.399:28:12,6:5,5:14,3,8,3 chr3 184090496 . C T . . DP=50;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=88,63;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:45,2:0.061:47:22,0:21,2:0|1:184090496_C_T:184090496:23,22,1,1 chr3 184090508 . TGGCAGG T . . DP=50;ECNT=4;MBQ=26,20;MFRL=87,63;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:48,2:0.058:50:19,0:17,2:0|1:184090496_C_T:184090496:22,26,1,1 chr3 184090516 . A T . . DP=43;ECNT=4;MBQ=25,20;MFRL=82,63;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:41,2:0.067:43:19,0:19,2:0|1:184090496_C_T:184090496:17,24,1,1 chr3 184090518 . C T . . DP=44;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=87,63;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:42,2:0.065:44:20,0:18,2:0|1:184090496_C_T:184090496:18,24,1,1 chr3 184094183 . A G . . 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DP=3;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=149,184;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:184103090_G_GGGT:184103090:0,2,0,1 chr3 184103105 . A ACAGGGCCTATG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,24;MFRL=142,155;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr3 184105791 . A C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=127,61;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:1,0:5,2:0|1:184105791_A_C:184105791:1,5,1,1 chr3 184105795 . C CAAGCTTGCAAATGACG . . DP=8;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=127,61;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:1,0:5,2:0|1:184105791_A_C:184105791:1,5,1,1 chr3 184293564 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=34,27;MFRL=160,139;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=8.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.617:6:2,3:0,0:2,0,4,0 chr3 184293610 . T C . . DP=11;ECNT=2;MBQ=24,30;MFRL=113,135;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.290:11:6,1:2,1:5,3,1,2 chr3 184295392 . G GAGT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,31;MFRL=139,156;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:184295392_G_GAGT:184295392:1,0,0,1 chr3 184295394 . TG AT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,22;MFRL=139,156;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:184295392_G_GAGT:184295392:1,0,0,1 chr3 184297235 . CCCTCTCACGCCCA C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=106,110;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:6,0:3,2:9,4,1,1 chr3 184299414 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=142,134;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=24.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,9:0.556:16:3,5:4,4:0,7,1,8 chr3 184429133 . A ATCC . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=7,8;RU=TCC;STR;TLOD=21.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.868:5:0,3:0,2:0,0,3,2 chr3 184550427 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,22;MFRL=147,147;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.332:7:1,0:4,2:5,0,2,0 chr3 184567039 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=141,120;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,2:1,0:0,3,1,1 chr3 184577917 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=154,171;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=8.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.445:7:0,0:4,3:0,4,0,3 chr3 184580917 . A G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=25,31;MFRL=132,166;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=9.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,3:0.572:5:1,3:1,0:0|1:184580917_A_G:184580917:0,2,0,3 chr3 184580924 . T TGGG . . DP=5;ECNT=4;MBQ=28,28;MFRL=161,166;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:184580917_A_G:184580917:0,4,0,1 chr3 184580925 . T TA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=28,25;MFRL=161,166;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:184580917_A_G:184580917:0,4,0,1 chr3 184580929 . G A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,21;MFRL=161,166;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:184580917_A_G:184580917:0,4,0,1 chr3 184588420 . A C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,33;MFRL=147,153;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=12.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:2,3:2,1:4,0,4,0 chr3 184616504 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=157,134;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=24.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,9:0.666:13:3,7:1,2:0,4,1,8 chr3 184633359 . G GGGAA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,21;MFRL=171,166;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=10.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,3:0.666:4:1,1:0,1:0|1:184633359_G_GGGAA:184633359:0,1,0,3 chr3 184633363 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,23;MFRL=171,149;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:184633359_G_GGGAA:184633359:0,1,0,1 chr3 184642587 . A AT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=138,112;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=13,14;RU=T;STR;TLOD=5.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.701:5:0,3:1,0:1,0,3,1 chr3 184654166 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=17.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,0,5 chr3 184658058 . T TTA,TTATA,TTATATA . . DP=27;ECNT=1;MBQ=0,29,24,14;MFRL=0,144,108,138;MMQ=60,60,60,60;MPOS=18,22,24;POPAF=7.30,7.30,7.30;RPA=9,10,11,12;RU=TA;STR;TLOD=6.83,32.58,3.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2/3:0,3,12,2:0.173,0.647,0.142:17:0,2,1,0:0,1,9,0:0,0,1,16 chr3 184675095 . C T . . 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DP=11;ECNT=5;MBQ=23,29;MFRL=83,129;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=25.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.615:11:2,3:2,4:3,1,2,5 chr3 184766258 . A T . . DP=11;ECNT=5;MBQ=20,20;MFRL=102,63;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:1,2:7,0:0|1:184766258_A_T:184766258:4,5,1,1 chr3 184766262 . T TGCTATTGAGTTGCTGTG . . DP=11;ECNT=5;MBQ=20,20;MFRL=102,63;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:2,2:7,0:0|1:184766258_A_T:184766258:4,5,1,1 chr3 184766264 . C G . . DP=11;ECNT=5;MBQ=29,28;MFRL=102,63;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:2,1:7,0:0|1:184766258_A_T:184766258:4,5,1,1 chr3 184766392 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,27;MFRL=126,134;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,0,2 chr3 184766414 . T TTTTATGTGA . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=25.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,3:0,6:0,0,9,0 chr3 185337306 . TAATGGTTAATTGTTGGACTTGGATAAAGGCCATTTTTTAAAAATAATGCTGCCTTTTTCTGCCCTGTGTATAGAGGCC T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=146,172;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.659:6:1,3:0,1:0,1,1,4 chr3 185363243 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr3 185363491 . T TTTTGCGGATGTGGACCTTGAG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,29;MFRL=139,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.491:2:1,1:0,0:0|1:185363491_T_TTTTGCGGATGTGGACCTTGAG:185363491:0,1,0,1 chr3 185363495 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=139,127;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:185363491_T_TTTTGCGGATGTGGACCTTGAG:185363491:0,1,0,1 chr3 185367124 . G A . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=139,145;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=16.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.778:7:1,3:0,3:1,0,6,0 chr3 185783744 . G GGA . . DP=32;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=120,76;MMQ=60,59;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:26,3:0.125:29:11,1:14,0:9,17,2,1 chr3 185868041 . A AACT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,24;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.674:1:0,1:0,0:0|1:185868041_A_AACT:185868041:0,0,0,1 chr3 185868042 . G GGC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.674:1:0,1:0,0:0|1:185868041_A_AACT:185868041:0,0,0,1 chr3 185868044 . C CAAACTG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:185868041_A_AACT:185868041:0,0,0,1 chr3 185868048 . G GGAAGATGCAA . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=142,121;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.498:2:1,1:0,0:0|1:190578701_G_GCCT:190578701:0,1,0,1 chr3 190578703 . T G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=142,121;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.498:2:1,1:0,0:0|1:190578701_G_GCCT:190578701:0,1,0,1 chr3 190986110 . C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=142,131;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=27.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,11:0.600:18:2,6:5,5:5,2,8,3 chr3 190993205 . TA CC . . DP=4;ECNT=4;MBQ=27,31;MFRL=173,148;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0,3,0,1 chr3 190993219 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,28;MFRL=190,135;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:190993219_C_T:190993219:0,2,0,1 chr3 190993227 . CG TA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=24,25;MFRL=195,135;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:190993219_C_T:190993219:0,3,0,1 chr3 190993235 . C CTCAG . . DP=3;ECNT=4;MBQ=29,30;MFRL=195,173;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.497:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr3 191093115 . T C . . DP=21;ECNT=1;MBQ=27,34;MFRL=106,142;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,2:0.136:20:10,0:8,2:5,13,0,2 chr3 191093434 . A G . . DP=8;ECNT=2;MBQ=23,33;MFRL=120,127;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=12.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.629:6:1,2:1,2:0,2,0,4 chr3 191093468 . TTC T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,28;MFRL=159,196;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=TC;STR;TLOD=3.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr3 191097908 . C T . . DP=20;ECNT=2;MBQ=33,25;MFRL=147,162;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=12.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,6:0.349:18:6,2:6,4:12,0,6,0 chr3 191097966 . T C . . DP=44;ECNT=2;MBQ=24,29;MFRL=118,122;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=33.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:29,15:0.345:44:13,8:15,6:17,12,8,7 chr3 191098121 . C T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=124,144;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=15.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,6:0.411:15:3,5:6,1:1,8,0,6 chr3 191098731 . G A . . DP=28;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=111,119;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=29.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,13:0.482:27:6,6:8,6:4,10,1,12 chr3 191100448 . G T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=133,166;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,1:2,1:3,1,2,0 chr3 191179303 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=132,142;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr3 191861797 . G A . . DP=38;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=103,85;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:33,3:0.103:36:17,3:16,0:17,16,2,1 chr3 192053274 . G A . . DP=27;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=117,116;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=44.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,19:0.690:27:4,12:4,7:2,6,4,15 chr3 192445113 . C CCTCCTCCTCTCCTTCCCTCCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,31;MFRL=163,97;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr3 192980673 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,31;MFRL=157,232;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:2,0,1,0 chr3 192980692 . T TGTA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=20,25;MFRL=118,232;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:3,1:0|1:192980692_T_TGTA:192980692:3,1,1,0 chr3 192980694 . T TC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=22,24;MFRL=118,232;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:4,1:0|1:192980692_T_TGTA:192980692:3,1,1,0 chr3 193016895 . T C . . 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DP=4;ECNT=3;MBQ=28,31;MFRL=207,158;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:193069080_T_C:193069080:0,3,0,1 chr3 193069087 . C CTCACCTCCCTTCA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=207,158;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:193069080_T_C:193069080:0,3,0,1 chr3 193081830 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=10.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr3 193081864 . G A . . DP=12;ECNT=3;MBQ=32,29;MFRL=131,129;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.357:12:5,2:3,2:7,1,4,0 chr3 193081866 . T A . . DP=12;ECNT=3;MBQ=27,30;MFRL=129,131;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=23.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,8:0.643:12:2,5:2,3:4,0,7,1 chr3 193120359 . GA G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=188,128;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:2,0,2,0 chr3 193120726 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,201;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr3 193128900 . G A . . DP=29;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=67.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,24:0.964:24:0,17:0,7:0,0,5,19 chr3 193153562 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,22;MFRL=111,115;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=11.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.578:10:1,5:3,0:0,4,2,4 chr3 193156427 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,35;MFRL=164,147;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr3 193182715 . T G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=94,81;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:1,1:3,2:1,3,1,2 chr3 193184017 . ACTGCTAGCTCTTCCAAACCTCAACACTGCCTTTGTTTTTCTCTG A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=145,127;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.508:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr3 193185128 . A G . . DP=20;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=152,108;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=23.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,9:0.458:20:6,6:4,3:9,2,2,7 chr3 193185335 . C CA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,33;MFRL=177,97;MMQ=60,37;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=7.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr3 193207751 . CATCCCACACAATA C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,201;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.694:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 193272442 . CGTGT C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=17,15;RU=GT;STR;TLOD=14.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.785:7:0,1:1,4:0,1,5,1 chr3 193336639 . T C . . DP=22;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=113,104;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=21.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,9:0.454:20:8,7:3,2:7,4,6,3 chr3 193355074 . T C . . DP=47;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=124,143;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=23.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:31,11:0.272:42:16,8:15,3:11,20,6,5 chr3 193355102 . T C . . DP=31;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=125,133;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=29.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,12:0.434:28:8,9:8,3:6,10,3,9 chr3 193361917 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=143,103;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.333:10:5,1:2,2:1,6,0,3 chr3 193363267 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=22,25;MFRL=149,125;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=30.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,11:0.801:13:2,5:0,5:2,0,8,3 chr3 193365974 . T G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=134,117;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=22.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.600:13:3,5:2,3:0,5,1,7 chr3 193374770 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=113,107;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:193374770_A_C:193374770:2,0,1,0 chr3 193374774 . A T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,25;MFRL=113,107;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:193374770_A_C:193374770:2,0,1,0 chr3 193384203 . T A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=29,24;MFRL=163,120;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=15.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,7:0.470:15:5,4:3,3:2,6,2,5 chr3 193385193 . C T . . DP=24;ECNT=7;MBQ=31,20;MFRL=106,87;MMQ=60,50;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,2:0.123:22:11,0:8,2:9,11,1,1 chr3 193385197 . C T . . DP=22;ECNT=7;MBQ=24,20;MFRL=108,96;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,3:0.179:20:10,0:7,3:6,11,1,2 chr3 193385200 . T C . . DP=20;ECNT=7;MBQ=25,33;MFRL=110,96;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.220:16:6,1:6,2:3,10,0,3 chr3 193385207 . C T . . DP=15;ECNT=7;MBQ=30,20;MFRL=109,87;MMQ=60,50;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.185:14:6,0:6,2:3,9,1,1 chr3 193385238 . AA TC . . DP=8;ECNT=7;MBQ=25,21;MFRL=155,143;MMQ=60,56;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.307:7:2,1:3,0:0|1:193385238_AA_TC:193385238:0,5,0,2 chr3 193385242 . A G . . DP=5;ECNT=7;MBQ=25,29;MFRL=161,110;MMQ=60,52;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:193385238_AA_TC:193385238:0,4,0,1 chr3 193385275 . CA TG . . DP=2;ECNT=7;MBQ=0,28;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr3 193386466 . A C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=25,31;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,1:1,0:0|1:193386466_A_C:193386466:0,1,0,1 chr3 193386468 . G T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,28;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:193386466_A_C:193386466:0,1,0,1 chr3 193386470 . GA TG . . 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A G . . DP=64;ECNT=5;MBQ=31,27;MFRL=160,107;MMQ=42,50;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=99.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,35:0.904:47:7,20:4,12:0|1:195509955_A_C:195509955:11,1,18,17 chr3 195510022 . G A . . DP=85;ECNT=5;MBQ=32,25;MFRL=111,100;MMQ=48,28;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=91.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:37,41:0.520:78:24,17:11,16:20,17,28,13 chr3 195510030 . C G . . DP=83;ECNT=5;MBQ=25,31;MFRL=100,26;MMQ=46,27;MPOS=-2147483648;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:78,4:0.060:82:41,1:28,2:48,30,2,2 chr3 195510156 . G A . . DP=36;ECNT=5;MBQ=20,20;MFRL=85,79;MMQ=46,60;MPOS=9;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,10:0.281:35:11,1:11,6:10,15,4,6 chr3 195510277 . TC T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=24,27;MFRL=125,133;MMQ=33,37;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:195510277_TC_T:195510277:0,2,0,1 chr3 195510279 . GGT G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=28,28;MFRL=125,133;MMQ=33,37;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:195510277_TC_T:195510277:0,2,0,1 chr3 195510301 . TCACC T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,103;MMQ=60,40;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.686:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 195510762 . G A . . DP=18;ECNT=5;MBQ=26,24;MFRL=116,87;MMQ=42,40;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=35.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,13:0.697:18:2,8:1,4:0|1:195510762_G_A:195510762:3,2,11,2 chr3 195510773 . A G . . DP=22;ECNT=5;MBQ=25,24;MFRL=105,90;MMQ=42,38;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=28.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,11:0.556:20:3,5:3,3:0|1:195510762_G_A:195510762:5,4,9,2 chr3 195510775 . G A . . DP=21;ECNT=5;MBQ=30,20;MFRL=105,117;MMQ=42,38;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=27.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,10:0.537:19:5,1:4,4:0|1:195510762_G_A:195510762:5,4,8,2 chr3 195510821 . A G . . 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T C . . DP=45;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=78,87;MMQ=40,48;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=37.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:23,18:0.445:41:11,8:9,10:10,13,12,6 chr3 195512245 . T C . . DP=18;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,145;MMQ=60,40;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=58.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.948:17:0,8:0,8:0,0,5,12 chr3 195512343 . G A . . DP=52;ECNT=4;MBQ=26,26;MFRL=104,123;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=30.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:37,13:0.261:50:13,7:19,4:0|1:195512343_G_A:195512343:21,16,9,4 chr3 195512373 . G GGAT . . DP=61;ECNT=4;MBQ=30,32;MFRL=115,114;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=GAT;STR;TLOD=41.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:44,13:0.237:57:19,7:20,5:0|1:195512343_G_A:195512343:26,18,9,4 chr3 195512455 . G T . . DP=73;ECNT=4;MBQ=30,25;MFRL=110,121;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=28.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:49,15:0.243:64:25,13:21,2:27,22,12,3 chr3 195513102 . A G . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=20,24;MFRL=98,152;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:2,0:0,2:1,1,2,0 chr3 195937545 . G A . . DP=21;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=106,74;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,4:0.237:19:9,4:5,0:8,7,2,2 chr3 195937977 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=23,26;MFRL=67,127;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:2,0:3,4:4,1,3,1 chr3 195938177 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=110,105;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:3,2:2,2:2,3,1,3 chr3 195953775 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=18.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,4,2 chr3 195954049 . A ATGTGTTACCTTGCT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr3 195955868 . A AGTCCTTC . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=139,175;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0,3,0,1 chr3 195956827 . T C . . DP=21;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=61.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,20:0.955:20:0,6:0,13:0,0,10,10 chr3 195959859 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=93,135;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.401:8:2,2:3,1:4,1,3,0 chr3 195959924 . T C . . DP=21;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=67.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,20:0.955:20:0,9:0,11:0,0,14,6 chr3 195974181 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,33;MFRL=103,155;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=19.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.638:9:1,4:2,2:2,1,6,0 chr3 196044894 . G C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=33,27;MFRL=112,103;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=9.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:3,4:0,0:2,1,3,1 chr3 196051097 . C G . . DP=18;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=108,105;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,2:0.150:18:7,2:9,0:11,5,2,0 chr3 196051403 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=28.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.914:9:0,2:0,6:0,0,0,9 chr3 196054488 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=26.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.909:8:0,4:0,4:0,0,2,6 chr3 196088809 . TA T . . DP=10;ECNT=3;MBQ=23,29;MFRL=110,145;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=16,15;RU=A;STR;TLOD=5.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.603:5:1,2:1,1:1,1,0,3 chr3 196088846 . C CGG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=34,25;MFRL=157,134;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.394:3:0,1:2,0:0|1:196088846_C_CGG:196088846:0,2,0,1 chr3 196088849 . A AAGC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,23;MFRL=157,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:196088846_C_CGG:196088846:0,2,0,1 chr3 196089084 . TG T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=25,24;MFRL=157,166;MMQ=60,50;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:0,2:2,0:0|1:196089084_TG_T:196089084:3,0,2,0 chr3 196089094 . A G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,34;MFRL=157,166;MMQ=60,50;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:1,0:0|1:196089084_TG_T:196089084:3,0,2,0 chr3 196089100 . A AG . . DP=5;ECNT=3;MBQ=28,31;MFRL=116,166;MMQ=60,50;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:196089084_TG_T:196089084:2,1,2,0 chr3 196096271 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=30,22;MFRL=113,122;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=12.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,8:0.427:19:6,6:5,2:6,5,4,4 chr3 196096462 . A AGGACGGACAGCTG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr3 196118621 . A T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=105,63;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.443:9:3,1:1,2:5,0,3,1 chr3 196210590 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=120,113;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=13.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.584:10:1,2:3,4:2,2,5,1 chr3 196210808 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr3 196215451 . CA C . . DP=28;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=134,159;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=A;STR;TLOD=22.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,12:0.549:22:7,7:1,5:4,6,7,5 chr3 196281023 . CT C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=155,116;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=T;STR;TLOD=4.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.526:4:2,1:0,1:2,0,2,0 chr3 196281208 . T C . . DP=35;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=152,124;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=92.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,32:0.917:34:1,13:1,19:2,0,13,19 chr3 196438729 . C T . . DP=25;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=139,97;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,3:0.152:24:13,0:7,3:15,6,2,1 chr3 196532148 . CT C . . DP=26;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=144,133;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=10.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,6:0.292:22:7,2:9,4:15,1,6,0 chr3 196541252 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=124,72;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=10.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:0,2:4,2:4,0,2,2 chr3 196547446 . G C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=116,97;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=15.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,6:0.466:13:2,5:5,1:1,6,1,5 chr3 196554020 . C T . . DP=28;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=71.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,24:0.964:24:0,14:0,10:0,0,15,9 chr3 196627335 . T C . . DP=12;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=36.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,4:0,8:0,0,1,11 chr3 196627356 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=137,149;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr3 196627361 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr3 196657670 . CT C . . DP=21;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=9,8;RU=T;STR;TLOD=45.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.951:17:0,12:0,5:0,0,9,8 chr3 196664333 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=141,101;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:2,0,2,0 chr3 196664478 . A G . . DP=23;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=142,99;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=10.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,5:0.249:22:9,2:8,3:5,12,1,4 chr3 196666059 . A G . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=130,64;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,2:3,0:1,4,1,1 chr3 196746426 . TG GA . . DP=8;ECNT=2;MBQ=25,32;MFRL=126,188;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:6,0,2,0 chr3 196746433 . AC A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=124,149;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=C;STR;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:3,2:3,0:7,0,2,0 chr3 196749798 . T G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=34.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,4:0,7:0,0,8,3 chr3 196750016 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=14.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,1,4 chr3 196750044 . C CTACAGCGTT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=150,140;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.393:3:0,0:2,1:0,2,0,1 chr3 196754819 . C G . . 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C CTGATT . . DP=4;ECNT=6;MBQ=30,31;MFRL=165,144;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:197404487_CTTTAA_C:197404487:0,3,0,1 chr3 197404498 . GG TA . . DP=4;ECNT=6;MBQ=31,27;MFRL=165,144;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:197404487_CTTTAA_C:197404487:0,3,0,1 chr3 197404501 . G T . . DP=4;ECNT=6;MBQ=30,29;MFRL=165,144;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:0,0:0|1:197404487_CTTTAA_C:197404487:0,3,0,1 chr3 197404505 . T TCTTGCCC . . DP=4;ECNT=6;MBQ=27,28;MFRL=165,144;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:197404487_CTTTAA_C:197404487:0,3,0,1 chr3 197404506 . A T . . DP=4;ECNT=6;MBQ=26,27;MFRL=165,144;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:197404487_CTTTAA_C:197404487:0,3,0,1 chr3 197409386 . G C . . DP=30;ECNT=1;MBQ=21,21;MFRL=116,139;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,5:0.198:29:7,0:8,3:14,10,0,5 chr3 197422933 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,23;MFRL=149,141;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:197422933_T_A:197422933:0,1,0,1 chr3 197422935 . T TC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=21,25;MFRL=149,141;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:197422933_T_A:197422933:0,1,0,1 chr3 197432063 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=146,129;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:2,4:0,0:0,2,2,2 chr3 197444965 . C T . . DP=27;ECNT=1;MBQ=28,23;MFRL=121,139;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,3:0.137:27:12,1:12,2:10,14,3,0 chr3 197445097 . CACA C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.610:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr3 197483279 . A G . . DP=34;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=111.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,33:0.972:33:0,16:0,17:0,0,23,10 chr3 197496984 . A G . . DP=28;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=84.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,26:0.965:26:0,15:0,11:0,0,19,7 chr3 197500394 . T TTTTG . . DP=27;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=120,171;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=TTTG;STR;TLOD=10.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.398:8:5,0:0,3:0,5,0,3 chr3 197500413 . T TG . . DP=14;ECNT=2;MBQ=30,28;MFRL=174,162;MMQ=60,32;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.304:7:1,2:3,0:0,5,0,2 chr3 197518114 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr3 197544200 . C CGTGTGTGTGTGT . . DP=50;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=0,77;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=182.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,48:0.980:48:0,29:0,15:0|1:197544200_C_CGTGTGTGTGTGT:197544200:0,0,26,22 chr3 197544201 . A ATTTTGTGTGTGTGTGCG . . DP=49;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,77;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=182.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,48:0.980:48:0,23:0,5:0|1:197544200_C_CGTGTGTGTGTGT:197544200:0,0,26,22 chr3 197544233 . A G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,179;MMQ=60,40;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:197544233_A_G:197544233:0,0,0,1 chr3 197544246 . T A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,17;MFRL=0,179;MMQ=60,40;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:197544233_A_G:197544233:0,0,0,1 chr3 197544249 . A ACACACCATAATT . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=113,57;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:0,0:3,2:1,2,1,1 chr4 755025 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=41.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.933:13:0,8:0,4:0,0,12,1 chr4 755233 . T TGAAAATCTTGTCAGCTGTTTCAA . . DP=6;ECNT=2;MBQ=26,29;MFRL=106,169;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.314:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr4 755267 . A AGGC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=106,161;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.499:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr4 759733 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr4 780286 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr4 786401 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.796:3:0,0:0,2:0,0,1,2 chr4 845772 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=18.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,1:0,5:0,0,2,4 chr4 871402 . C A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=111,131;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.333:10:4,3:3,0:3,4,3,0 chr4 871675 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=20.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,0,6 chr4 946290 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,24;MFRL=128,140;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:0|1:946290_G_A:946290:0,2,0,1 chr4 946298 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,22;MFRL=128,140;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:946290_G_A:946290:0,2,0,1 chr4 946300 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=24,19;MFRL=128,140;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,0:0|1:946290_G_A:946290:0,2,0,1 chr4 952217 . A C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,11;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:952217_A_C:952217:0,0,1,0 chr4 952227 . G C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,12;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:952217_A_C:952217:0,0,1,0 chr4 952230 . AG CC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:952217_A_C:952217:0,0,1,0 chr4 960380 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:960380_G_T:960380:0,0,0,1 chr4 960382 . AG CA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:960380_G_T:960380:0,0,0,1 chr4 982571 . G GTAAGCCA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,31;MFRL=95,88;MMQ=59,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:1,0:0,1:0|1:982571_G_GTAAGCCA:982571:0,1,1,0 chr4 982574 . G GC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=95,88;MMQ=59,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,0:0,1:0|1:982571_G_GTAAGCCA:982571:0,1,1,0 chr4 982577 . G A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:982571_G_GTAAGCCA:982571:0,0,1,0 chr4 982578 . G GACCCT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:982571_G_GTAAGCCA:982571:0,0,1,0 chr4 997502 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 1018791 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=154,112;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.603:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr4 1019076 . T A . . DP=40;ECNT=3;MBQ=27,24;MFRL=73,28;MMQ=60,56;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=10.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:29,4:0.142:33:5,3:20,1:0|1:1019076_T_A:1019076:9,20,3,1 chr4 1019078 . T A . . DP=33;ECNT=3;MBQ=26,25;MFRL=73,28;MMQ=60,56;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=10.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:29,4:0.143:33:7,2:21,1:0|1:1019076_T_A:1019076:9,20,3,1 chr4 1019083 . C CAA . . DP=39;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=74,55;MMQ=60,51;MPOS=3;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=A;STR;TLOD=5.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:36,3:0.098:39:11,2:21,0:11,25,2,1 chr4 1067032 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=8.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr4 1102224 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=109,124;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:7,2:2,0:2,7,0,2 chr4 1161471 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,32;MFRL=140,110;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:1161471_G_C:1161471:1,0,0,1 chr4 1161480 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1161471_G_C:1161471:0,0,0,1 chr4 1164378 . AGAG A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GAG;STR;TLOD=35.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,5:0,5:0,0,4,6 chr4 1209840 . G GAGAGAAAGCACTAGATAAATA . . 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DP=15;ECNT=1;MBQ=30,21;MFRL=117,104;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=12.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.532:11:3,4:2,1:3,2,2,4 chr4 1369093 . CT GG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,87;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr4 1373848 . CA TC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=119,75;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr4 1374774 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.821:3:0,1:0,1:0,0,0,3 chr4 1374789 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr4 1388860 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=17,29;MFRL=112,153;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:1388860_C_T:1388860:0,1,1,0 chr4 1388883 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,15;MFRL=112,153;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:1388860_C_T:1388860:0,1,1,0 chr4 1657337 . GA G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,30;MFRL=134,168;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:1657337_GA_G:1657337:0,1,0,1 chr4 1657340 . C A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,23;MFRL=134,168;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:1657337_GA_G:1657337:0,1,0,1 chr4 1657344 . GG TT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,25;MFRL=134,168;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:1657337_GA_G:1657337:0,1,0,1 chr4 1725071 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=114,133;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.404:10:2,1:4,2:6,0,4,0 chr4 1725651 . T C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=13.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr4 1725685 . C A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,23;MFRL=204,97;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,2:0,0:0,2,0,2 chr4 1729347 . AT GA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=17.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,1:0,0,4,0 chr4 1729425 . C G . . DP=12;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=38.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,8:0,4:0,0,6,6 chr4 1732695 . G C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,1:0,7:0,0,3,5 chr4 1732734 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=148,101;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.428:7:1,0:3,2:0,4,1,2 chr4 1733036 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=130,185;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:2,3,2,0 chr4 1737404 . C CCT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=11.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.818:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr4 1741325 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,202;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr4 1741534 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,36;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr4 1801205 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=89,233;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:1801205_C_T:1801205:0,2,0,1 chr4 1801212 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=1014862,233;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:1,1:2,0:0|1:1801205_C_T:1801205:0,3,0,1 chr4 1807119 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,32;MFRL=119,116;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:1807119_G_A:1807119:2,0,1,0 chr4 1807125 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=119,116;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.393:3:1,1:1,0:0|1:1807119_G_A:1807119:2,0,1,0 chr4 1808294 . C CCCCACACCCTGAG . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=132,65;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.302:8:2,2:4,0:2,4,1,1 chr4 1818594 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=34.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.927:11:0,3:0,8:0,0,2,9 chr4 1818710 . C T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,178;MMQ=60,40;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 1818725 . T G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,33;MFRL=166,178;MMQ=60,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:1818725_T_G:1818725:0,1,0,1 chr4 1818732 . C G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=35,33;MFRL=166,178;MMQ=60,40;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:1818725_T_G:1818725:0,1,0,1 chr4 1818736 . G C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=33,31;MFRL=166,178;MMQ=60,40;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:1818725_T_G:1818725:0,1,0,1 chr4 1818740 . AGGCG A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=29,24;MFRL=166,178;MMQ=60,40;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GGCG;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:1818725_T_G:1818725:0,1,0,1 chr4 1824016 . C G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,28;MFRL=106,147;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=9.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.709:5:0,1:1,2:0,1,2,2 chr4 1906110 . T A . . DP=14;ECNT=5;MBQ=24,23;MFRL=112,135;MMQ=60,48;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=9.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.382:14:2,0:5,5:4,5,0,5 chr4 1906167 . C A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,16;MFRL=73,112;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:1906167_C_A:1906167:0,1,0,1 chr4 1906169 . G GCATTTACTCAGATGT . . DP=2;ECNT=5;MBQ=33,29;MFRL=112,73;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr4 1906181 . A T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,30;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:1906167_C_A:1906167:0,0,0,1 chr4 1906190 . AAA TTC . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:1906167_C_A:1906167:0,0,0,1 chr4 1940317 . G A . . 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DP=8;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=92,139;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.307:7:3,1:2,0:1,4,0,2 chr4 3015484 . A AGTTACTGCT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=25,25;MFRL=121,156;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0,4,0,1 chr4 3015496 . G GAAAGAAAGAGAGAGA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=24,18;MFRL=46,149;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.391:3:0,0:1,0:0,2,0,1 chr4 3024044 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=22.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,1:0,7:0,0,7,1 chr4 3029588 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=9.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr4 3109222 . T A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=30,27;MFRL=186,129;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:1,3,0,1 chr4 3109239 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,26;MFRL=189,182;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:1,2,0,1 chr4 3109241 . G GTTCA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,27;MFRL=189,115;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:1,2,0,1 chr4 3117936 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=104,153;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.186:14:8,1:4,1:7,5,2,0 chr4 3123166 . T C . . DP=7;ECNT=4;MBQ=24,32;MFRL=120,154;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,1:0.245:6:0,1:5,0:0|1:3123166_T_C:3123166:2,3,0,1 chr4 3123169 . T TTCTCCTTTCTGA . . DP=6;ECNT=4;MBQ=25,28;MFRL=120,154;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,1:0.250:6:0,1:5,0:0|1:3123166_T_C:3123166:2,3,0,1 chr4 3123171 . G C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=31,25;MFRL=120,154;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,1:0.250:6:0,1:5,0:0|1:3123166_T_C:3123166:2,3,0,1 chr4 3123233 . C CGGGCACAG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.681:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 3129265 . C T . . DP=15;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=147,101;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.283:12:4,2:5,1:6,3,3,0 chr4 3129383 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,32;MFRL=144,139;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0,4,0,1 chr4 3132251 . GCCTTTAAATTTCC G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=178,185;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr4 3142441 . T A . . DP=5;ECNT=6;MBQ=29,20;MFRL=123,59;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.501:4:2,2:0,0:0|1:3142441_T_A:3142441:0,2,1,1 chr4 3142443 . C A . . DP=4;ECNT=6;MBQ=32,20;MFRL=123,59;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0|1:3142441_T_A:3142441:0,2,1,1 chr4 3142445 . TT GG . . DP=4;ECNT=6;MBQ=29,20;MFRL=123,59;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0|1:3142441_T_A:3142441:0,2,1,1 chr4 3142448 . G A . . DP=4;ECNT=6;MBQ=30,20;MFRL=123,59;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0|1:3142441_T_A:3142441:0,2,1,1 chr4 3142452 . TT GA . . DP=3;ECNT=6;MBQ=28,30;MFRL=123,59;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:3142441_T_A:3142441:0,2,0,1 chr4 3142456 . TTG T . . DP=3;ECNT=6;MBQ=27,23;MFRL=123,59;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:3142441_T_A:3142441:0,2,0,1 chr4 3176855 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=150,160;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:3176855_A_C:3176855:0,1,0,1 chr4 3176856 . T TGTTTC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=150,160;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:3176855_A_C:3176855:0,1,0,1 chr4 3180021 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=132,104;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=14.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:1,1:0,4:1,0,2,3 chr4 3188276 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=33,27;MFRL=122,69;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:3,2:1,0:4,0,1,1 chr4 3214426 . C CTGCAG . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr4 3240609 . T TC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,28;MFRL=131,85;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:3240609_T_TC:3240609:2,0,0,1 chr4 3240611 . T A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,21;MFRL=131,85;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:3240609_T_TC:3240609:2,0,0,1 chr4 3255234 . C CACGTCCCCCCTT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=127,85;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.326:4:2,1:1,0:2,1,0,1 chr4 3255258 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=178,127;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr4 3265710 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=25,22;MFRL=124,108;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=7.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.422:10:5,1:0,3:0,6,2,2 chr4 3318413 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=119,147;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:1,0:1,3:2,0,0,3 chr4 3319359 . G GAGCTCAGTC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,222;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr4 3427327 . G GCATGTGTGATGGCCTAAT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=83,73;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:2,1,0,1 chr4 3427348 . G GAGGAGAATGCA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=0,83;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr4 3445745 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=8.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr4 3446284 . G C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:3446284_G_C:3446284:0,0,1,0 chr4 3446292 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:3446284_G_C:3446284:0,0,1,0 chr4 3446324 . G C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr4 3447708 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr4 3449663 . C CAGCCGCCTCCCAGGAA . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=119,61;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:5,2:3,0:5,3,1,1 chr4 3451179 . C CATGTGTT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=123,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0,3,1,1 chr4 3451246 . C CCTA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr4 3475252 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=29;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr4 3487235 . A G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=19,26;MFRL=55,99;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.498:4:1,1:0,1:0|1:3487235_A_G:3487235:0,2,2,0 chr4 3487237 . A G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=22,32;MFRL=83,99;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.426:5:1,1:1,1:0|1:3487235_A_G:3487235:0,3,2,0 chr4 3487241 . A C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=24,16;MFRL=83,99;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.426:5:2,1:1,0:0|1:3487235_A_G:3487235:0,3,2,0 chr4 3487258 . C T . . DP=7;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=92,115;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,3:0.442:7:2,1:2,1:0|1:3487235_A_G:3487235:1,3,2,1 chr4 3494898 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=3;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr4 3516448 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,187;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr4 3516689 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=9.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr4 3516742 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,198;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr4 3769815 . ATG A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3769815_ATG_A:3769815:0,0,1,0 chr4 3769819 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3769815_ATG_A:3769815:0,0,1,0 chr4 3770309 . C CAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=115,158;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr4 4190507 . C CTTG . . DP=23;ECNT=3;MBQ=33,31;MFRL=118,74;MMQ=60,27;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=55.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,14:0.600:23:7,3:2,10:0|1:4190507_C_CTTG:4190507:9,0,13,1 chr4 4190508 . C T . . DP=23;ECNT=3;MBQ=32,25;MFRL=118,74;MMQ=60,27;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=55.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,14:0.600:23:7,4:2,10:0|1:4190507_C_CTTG:4190507:9,0,13,1 chr4 4190511 . G GTCACTTGTTA . . DP=26;ECNT=3;MBQ=33,32;MFRL=118,61;MMQ=60,33;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=68.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,17:0.643:26:7,4:2,11:0|1:4190507_C_CTTG:4190507:9,0,13,4 chr4 4190595 . G C . . DP=14;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=101,129;MMQ=46,21;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.265:13:5,2:5,1:5,5,1,2 chr4 4190683 . G A . . DP=18;ECNT=2;MBQ=21,27;MFRL=110,101;MMQ=60,27;MPOS=8;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,6:0.381:16:5,3:5,3:3,7,2,4 chr4 4198948 . GCGTTGC G . . DP=17;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=115,129;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=21.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,6:0.369:17:5,3:4,3:4,7,5,1 chr4 4198975 . C T . . DP=23;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=124,127;MMQ=60,57;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,3:0.158:23:8,0:12,3:8,12,2,1 chr4 4199823 . AT A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,23;MFRL=137,85;MMQ=54,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:4199823_AT_A:4199823:0,1,0,1 chr4 4199825 . CTAAAA C . . 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C CCGA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=187,191;MMQ=52,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.325:4:1,1:2,0:0|1:5567162_C_CCGA:5567162:0,3,0,1 chr4 5567165 . A AAGGTGGATT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,24;MFRL=187,191;MMQ=52,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:5567162_C_CCGA:5567162:0,3,0,1 chr4 5567172 . CA TG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,30;MFRL=187,196;MMQ=52,49;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:5567172_CA_TG:5567172:0,1,0,1 chr4 5567185 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,27;MFRL=187,196;MMQ=52,49;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:5567172_CA_TG:5567172:0,1,0,1 chr4 5577884 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr4 5633678 . GT TA . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:6717926_G_A:6717926:0,0,0,1 chr4 6719092 . TAGTC T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=24.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,1:0,5:0,0,3,3 chr4 6865957 . T TGC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6865957_T_TGC:6865957:0,0,0,1 chr4 6865961 . C A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6865957_T_TGC:6865957:0,0,0,1 chr4 6956134 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=23.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,3:0,5:0,0,2,6 chr4 6969160 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=9.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr4 6989003 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr4 7002780 . T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,78;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr4 7002803 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=15.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,5,1 chr4 7027041 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=9.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,0,3 chr4 7027080 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,26;MFRL=159,145;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0|1:7027080_C_T:7027080:0,1,0,2 chr4 7027084 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=159,145;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,1:0,0:0|1:7027080_C_T:7027080:0,1,0,2 chr4 7043264 . CGA C . . DP=18;ECNT=2;MBQ=20,30;MFRL=107,154;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.165:16:5,2:6,0:0|1:7043264_CGA_C:7043264:5,9,0,2 chr4 7043267 . T TCC . . DP=18;ECNT=2;MBQ=22,27;MFRL=107,154;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.165:16:6,2:6,0:0|1:7043264_CGA_C:7043264:5,9,0,2 chr4 7044114 . C G . . DP=11;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=109,44;MMQ=60,25;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:5,0:4,2:0|1:7044114_C_G:7044114:6,3,1,1 chr4 7044118 . T C . . DP=11;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=109,44;MMQ=60,25;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:5,0:2,2:0|1:7044114_C_G:7044114:6,3,1,1 chr4 7044124 . T TGTCCCACCCAAGGAG . . DP=8;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=113,44;MMQ=60,25;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,0:2,2:0|1:7044114_C_G:7044114:3,3,1,1 chr4 7044357 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=8;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:7044357_A_G:7044357:0,0,0,2 chr4 7044380 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:7044357_A_G:7044357:0,0,0,2 chr4 7056281 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=148,74;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:2,0:2,3:3,1,1,2 chr4 7064212 . G GAGATTT . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,21;MFRL=0,173;MMQ=60,58;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.682:1:0,0:0,1:0|1:7064212_G_GAGATTT:7064212:0,0,0,1 chr4 7064217 . T A . . 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C T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,28;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:8207154_C_T:8207154:0,0,0,1 chr4 8207170 . CT AC . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:8207154_C_T:8207154:0,0,0,1 chr4 8207173 . A ATCCACCAT . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:8207154_C_T:8207154:0,0,0,1 chr4 8207179 . C A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,19;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:8207154_C_T:8207154:0,0,0,1 chr4 8214425 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=75,174;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,0:4,2:2,3,2,0 chr4 8214636 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=12.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr4 8217829 . C A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=125,134;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=12.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:1,2:0,2:1,0,4,1 chr4 8218795 . A AAG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,24;MFRL=156,128;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:8218795_A_AAG:8218795:2,0,0,1 chr4 8218798 . C CCCTGGG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=156,128;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:8218795_A_AAG:8218795:2,0,0,1 chr4 8220105 . G GT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=158,0;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,1,0 chr4 8221058 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=119,163;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.308:11:5,1:3,2:2,6,3,0 chr4 8228632 . A C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=9.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr4 8230280 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=68,86;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,0:1,2:1,2,1,1 chr4 8237096 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,210;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=9.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr4 8237311 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=250,82;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.597:3:1,2:0,0:0,1,1,1 chr4 8239402 . G C . . DP=9;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=135,38;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,0:3,2:0|1:8239402_G_C:8239402:4,3,1,1 chr4 8239406 . G A . . DP=8;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=140,38;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,0:3,2:0|1:8239402_G_C:8239402:4,2,1,1 chr4 8239410 . GGG TAA . . DP=8;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=140,38;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,0:3,2:0|1:8239402_G_C:8239402:4,2,1,1 chr4 8284084 . TC CT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,773;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:8284084_TC_CT:8284084:0,0,1,0 chr4 8284089 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,773;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:8284084_TC_CT:8284084:0,0,1,0 chr4 8288581 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 8293974 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr4 8304097 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=8.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr4 8306028 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=12.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr4 8398787 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=119,176;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:5,0:2,2:5,2,2,0 chr4 8415982 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=142,119;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:3,2:2,1:5,0,2,1 chr4 8588950 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=92,157;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=12.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.747:6:1,3:0,1:0,1,2,3 chr4 8602816 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr4 8607928 . C CAAAGGGCATGAACTTCCCGAGGCCCCA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr4 8609248 . AG A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,242;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 9446325 . AG A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr4 9784775 . GTGCAGCCACTTCTGCTCCCGC G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=152,55;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:9784775_GTGCAGCCACTTCTGCTCCCGC_G:9784775:1,2,1,1 chr4 9784798 . C A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=152,55;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:9784775_GTGCAGCCACTTCTGCTCCCGC_G:9784775:1,2,1,1 chr4 9785134 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,33;MFRL=109,90;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.372:6:1,1:3,1:0,4,1,1 chr4 9785265 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=118,127;MMQ=52,51;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:2,2:2,2:3,1,2,2 chr4 9889295 . A AT . . DP=20;ECNT=2;MBQ=23,26;MFRL=107,116;MMQ=60,52;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=17.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,5:0.285:19:9,0:5,5:0|1:9889295_A_AT:9889295:5,9,0,5 chr4 9889298 . A C . . DP=19;ECNT=2;MBQ=20,26;MFRL=107,116;MMQ=60,52;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=17.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,5:0.286:19:9,0:4,4:0|1:9889295_A_AT:9889295:5,9,0,5 chr4 9892405 . T TCATCC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr4 9909850 . T G . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=17.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.887:7:0,2:0,3:0,0,7,0 chr4 10020757 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=14.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr4 10027445 . C A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,145378797;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr4 10080497 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=113,96;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.299:8:4,2:2,0:2,4,0,2 chr4 10086015 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr4 10099277 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,187;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr4 10446385 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=27.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,2:0,8:0,0,9,1 chr4 10447985 . AT A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=27,22;MFRL=152,138;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=8.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.365:9:3,1:3,1:4,2,1,2 chr4 10502930 . G GTA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=34,20;MFRL=154,66;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.428:5:2,0:1,2:0|1:10502930_G_GTA:10502930:3,0,1,1 chr4 10502931 . G GCACTGT . . DP=7;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=154,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.421:5:2,0:1,2:0|1:10502930_G_GTA:10502930:3,0,1,1 chr4 10502937 . T G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=3;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,4,2 chr4 10509699 . T C . . 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C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:10573509_TA_T:10573509:0,0,0,1 chr4 10573516 . C G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:10573509_TA_T:10573509:0,0,0,1 chr4 10669522 . A C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=101,135;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.637:9:1,3:2,3:2,1,3,3 chr4 13578405 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=16.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr4 13579326 . C CCAACA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,32;MFRL=185,132;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:13579326_C_CCAACA:13579326:0,1,0,1 chr4 13579327 . T TGG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=185,132;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:13579326_C_CCAACA:13579326:0,1,0,1 chr4 13579329 . G GAAACCCCGTC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,33;MFRL=185,132;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:13579326_C_CCAACA:13579326:0,1,0,1 chr4 13581496 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=111,134;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:4,1:0,1:3,1,2,0 chr4 13582680 . T A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=127,154;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.225:16:4,0:4,3:6,7,0,3 chr4 13589212 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,274;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr4 13589436 . G A . . DP=16;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=150,146;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.166:16:4,2:10,0:5,9,1,1 chr4 13589495 . G A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=19.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,3:0,4:0,0,0,7 chr4 13601337 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,198;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr4 13603835 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:13603835_G_A:13603835:0,0,0,1 chr4 13603837 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:13603835_G_A:13603835:0,0,0,1 chr4 13615293 . C A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=29.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,4:0,6:0,0,3,7 chr4 13615380 . T TA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,26;MFRL=196,257;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:13615380_T_TA:13615380:0,1,0,1 chr4 13615382 . T TGCC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,28;MFRL=196,257;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:13615380_T_TA:13615380:0,1,0,1 chr4 13615385 . A AT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,23;MFRL=196,257;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:13615380_T_TA:13615380:0,1,0,1 chr4 13617012 . C T . . DP=20;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=135,117;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=8.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,5:0.333:16:3,4:7,1:5,6,2,3 chr4 15005517 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=171,182;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:15005517_C_T:15005517:1,0,1,0 chr4 15005526 . A C . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=20.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.888:7:0,3:0,3:0,0,1,6 chr4 15539498 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=170,98;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.609:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr4 15539779 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=124,128;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,1:3,1:3,4,1,1 chr4 15542651 . T TGC . . DP=4;ECNT=9;MBQ=28,31;MFRL=197,126;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:15542651_T_TGC:15542651:0,3,0,1 chr4 15542654 . TAG T . . DP=5;ECNT=9;MBQ=26,30;MFRL=194,126;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:15542651_T_TGC:15542651:0,4,0,1 chr4 15542670 . A G . . DP=6;ECNT=9;MBQ=25,32;MFRL=194,170;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:3,0:1,2:0,4,0,2 chr4 15542672 . T A,G . . DP=6;ECNT=9;MBQ=29,24,31;MFRL=194,126,213;MMQ=60,60,60;MPOS=4,10;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.08,3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:4,1,1:0.222,0.222:6:3,0,0:1,1,1:0,4,0,2 chr4 15542682 . G GTCTATAATC . . DP=5;ECNT=9;MBQ=31,31;MFRL=199,120;MMQ=60,23;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0,4,0,1 chr4 15542685 . T A . . DP=4;ECNT=9;MBQ=28,25;MFRL=197,120;MMQ=60,23;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:15542685_T_A:15542685:0,3,0,1 chr4 15542687 . T C . . DP=4;ECNT=9;MBQ=27,31;MFRL=197,120;MMQ=60,23;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:15542685_T_A:15542685:0,3,0,1 chr4 15542709 . CA TG . . DP=4;ECNT=9;MBQ=31,27;MFRL=200,197;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr4 15542733 . G C . . DP=1;ECNT=9;MBQ=0,32;MFRL=0,214;MMQ=60,40;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr4 15562297 . T A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=108,81;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.334:7:1,2:4,0:1,4,0,2 chr4 15568992 . T C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=50.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.944:16:0,6:0,10:0,0,6,10 chr4 15569146 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=16.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,5:0,1:0,0,0,6 chr4 15575718 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr4 15587886 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=144,120;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.249:10:4,0:4,2:1,7,0,2 chr4 15587897 . A T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=9.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.839:4:0,2:0,1:0,0,0,4 chr4 15603069 . G C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=35,32;MFRL=140,148;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:1,1,1,1 chr4 15629409 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr4 15632228 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=10.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.819:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr4 15640319 . T TCCTCTTCCTCTTTC . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=126,61;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.370:6:2,0:2,2:1,3,1,1 chr4 15689632 . G A . . DP=36;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=95.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,33:0.972:33:0,21:0,10:0,0,17,16 chr4 15691489 . TGTA T . . DP=28;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=125,101;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GTA;STR;TLOD=19.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,6:0.233:28:12,3:8,3:10,12,4,2 chr4 15691846 . T G . . DP=16;ECNT=2;MBQ=24,32;MFRL=134,103;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.167:16:8,0:6,2:0|1:15691846_T_G:15691846:12,2,0,2 chr4 15691849 . A G . . DP=18;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=134,103;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.165:16:8,0:6,2:0|1:15691846_T_G:15691846:12,2,0,2 chr4 15692058 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,214;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr4 15704774 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=143,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,2:2,0:1,2,1,1 chr4 15706466 . T C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=22,31;MFRL=142,103;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=12.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.685:7:1,4:0,0:2,0,4,1 chr4 15706502 . G GTC . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TC;STR;TLOD=25.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,5:0,1:0,0,3,4 chr4 15716961 . A ATGTCTATAGAGTT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=120,94;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr4 15938131 . G A . . DP=25;ECNT=2;MBQ=30,24;MFRL=109,0;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,3:0.158:23:11,3:8,0:8,12,0,3 chr4 15938165 . G A . . DP=19;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=107,0;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.208:17:8,3:6,0:2,12,0,3 chr4 15964040 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr4 15964825 . A ACTAGTTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=168,153;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr4 15972549 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr4 15981045 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,34;MFRL=146,113;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=12.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.501:8:2,1:2,3:2,2,0,4 chr4 15982057 . T TTACAACAAGACTTCATCAG . . DP=15;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=101,125;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:7,0:6,2:3,10,0,2 chr4 15985984 . G C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=101,83;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=18.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,7:0.804:8:0,3:1,4:1,0,4,3 chr4 15986042 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=9.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr4 15987509 . T TTTAAG . . 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DP=11;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=122,139;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=28.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,7:0.668:10:2,4:1,3:0|1:20569254_A_G:20569254:0,3,2,5 chr4 20569284 . A T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,29;MFRL=135,101;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0,4,0,1 chr4 20597472 . GAATAAGACCTAGTGTTC G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=20,35;MFRL=113,134;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.469:3:2,0:0,1:1,1,0,1 chr4 20619329 . G GGAAGCTTTTAGCAGATGTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr4 20706067 . CT C . . DP=21;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=116,100;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=T;STR;TLOD=4.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,4:0.242:17:3,1:5,2:7,6,3,1 chr4 20733708 . C CA . . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=23,18;MFRL=94,205;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,0:0|1:22394343_GA_G:22394343:0,2,0,1 chr4 22403113 . T TG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=29,29;MFRL=111,131;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:22403113_T_TG:22403113:0,3,0,1 chr4 22403114 . T TGGAC . . DP=4;ECNT=5;MBQ=27,29;MFRL=111,131;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:22403113_T_TG:22403113:0,3,0,1 chr4 22403116 . G GA . . DP=4;ECNT=5;MBQ=30,33;MFRL=111,131;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:22403113_T_TG:22403113:0,3,0,1 chr4 22403119 . A ACCCAG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=24,25;MFRL=111,131;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:22403113_T_TG:22403113:0,3,0,1 chr4 22403123 . A T . . 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GTCTGCTTTTGGAAAGGAAA G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=113,89;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.511:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr4 23814707 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=123,114;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:4,2:1,0:1,4,1,1 chr4 23815721 . A AAAATTGGTTTGGATATTTGG . . DP=12;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=133,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:4,0:6,2:4,6,1,1 chr4 23816242 . TAAAAAAA T,TAAAAA . . DP=10;ECNT=2;MBQ=27,26,10;MFRL=59,137,130;MMQ=60,60,60;MPOS=31,22;POPAF=7.30,7.30;RPA=17,10,15;RU=A;STR;TLOD=3.02,3.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,1,2:0.219,0.391:5:1,1,0:1,0,0:0,2,0,3 chr4 23816258 . A ATTAGCTGGGCAT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=121,117;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0,4,0,1 chr4 23825856 . A AAACCCACACTCACCCTCAGCCAGGTCCAGC . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=133,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:4,0:2,2:6,0,1,1 chr4 23830238 . A G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=28,33;MFRL=163,138;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=35.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,11:0.750:14:2,1:1,10:1,2,2,9 chr4 24521998 . G A . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,25;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24521998_G_A:24521998:0,0,0,1 chr4 24522000 . C A . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,24;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24521998_G_A:24521998:0,0,0,1 chr4 24522002 . T C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,31;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24521998_G_A:24521998:0,0,0,1 chr4 24522003 . T TCTCC . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,28;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24521998_G_A:24521998:0,0,0,1 chr4 24522005 . A C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,29;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24521998_G_A:24521998:0,0,0,1 chr4 24522008 . A C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,27;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24521998_G_A:24521998:0,0,0,1 chr4 24541990 . T A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24541990_T_A:24541990:0,0,0,1 chr4 24541992 . TT AG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24541990_T_A:24541990:0,0,0,1 chr4 24541995 . T G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24541990_T_A:24541990:0,0,0,1 chr4 24578376 . G GCATCATTAAAAC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr4 24801110 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,276;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr4 24801315 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr4 24802168 . C CT . . DP=5;ECNT=5;MBQ=31,32;MFRL=110,83;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0,4,0,1 chr4 24802182 . C CT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,32;MFRL=131,88;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:24802182_C_CT:24802182:0,3,0,1 chr4 24802185 . A ATTTCCCTGTCCT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=25,24;MFRL=131,88;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:24802182_C_CT:24802182:0,3,0,1 chr4 24802232 . C CG . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,24;MFRL=0,208;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24802232_C_CG:24802232:0,0,0,1 chr4 24802237 . T C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,208;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24802232_C_CG:24802232:0,0,0,1 chr4 25005023 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=11.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:0,2:1,2:1,0,2,2 chr4 25005454 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=163,185;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=10.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:2,2:0,2:2,0,0,4 chr4 25153575 . C T . . 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A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr4 25416063 . CA C . . DP=23;ECNT=4;MBQ=20,31;MFRL=102,97;MMQ=60,51;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=7.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,3:0.174:21:9,0:7,3:9,9,0,3 chr4 25416074 . CCCT C . . DP=20;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=112,64;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.164:16:5,2:7,0:0|1:25416074_CCCT_C:25416074:6,8,1,1 chr4 25416076 . C G . . DP=17;ECNT=4;MBQ=20,30;MFRL=103,128;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=15.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.600:13:0,4:5,3:3,2,2,6 chr4 25416081 . A C . . DP=18;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=119,64;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:4,2:7,0:0|1:25416074_CCCT_C:25416074:7,8,1,1 chr4 25665996 . C CATTAGTTCTTATAGG . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,32;MFRL=125,111;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.325:4:1,1:2,0:0,3,0,1 chr4 25665999 . G GCATTT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=34,30;MFRL=78,125;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.477:2:0,1:1,0:0|1:25665999_G_GCATTT:25665999:0,1,0,1 chr4 25666002 . A AAATCC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,25;MFRL=78,125;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:25665999_G_GCATTT:25665999:0,1,0,1 chr4 25666004 . G GCTTTTGTTTTAATC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=78,125;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:25665999_G_GCATTT:25665999:0,1,0,1 chr4 25678396 . G T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=23.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,0:0,7:0,0,3,4 chr4 25750261 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,59;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr4 25766907 . T C . . DP=10;ECNT=3;MBQ=25,26;MFRL=122,79;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:3,2:5,0:0|1:25766907_T_C:25766907:7,1,1,1 chr4 25766911 . C T . . DP=11;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=122,79;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.248:10:3,2:4,0:0|1:25766907_T_C:25766907:7,1,1,1 chr4 25766933 . G A . . DP=13;ECNT=3;MBQ=32,27;MFRL=115,79;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.227:11:4,2:5,0:6,3,1,1 chr4 25792243 . A ATGCAGT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.681:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 25803830 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=9.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr4 25831823 . C CAAAA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=186,164;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:25831823_C_CAAAA:25831823:0,1,0,1 chr4 25831825 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,27;MFRL=186,164;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:25831823_C_CAAAA:25831823:0,1,0,1 chr4 25831842 . C CCATCACAGAGGTGGA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=174,186;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr4 25835251 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,25;MFRL=162,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:25835251_A_T:25835251:0,1,0,1 chr4 25835253 . GGT G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,33;MFRL=162,127;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:25835251_A_T:25835251:0,1,0,1 chr4 25930071 . G C . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=100,112;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.501:6:3,3:0,0:2,1,2,1 chr4 41641058 . TTGAA T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,24;MFRL=164,240;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:41641058_TTGAA_T:41641058:0,1,1,0 chr4 41641066 . C A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=35,28;MFRL=164,240;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:41641058_TTGAA_T:41641058:0,1,1,0 chr4 41641068 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,29;MFRL=164,240;MMQ=60,60;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:41641058_TTGAA_T:41641058:0,1,1,0 chr4 41646651 . G C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=113,132;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=23.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,8:0.643:12:3,2:1,6:1,3,5,3 chr4 41663621 . G A . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=24,27;MFRL=91,8329888;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AC;STR;TLOD=6.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.372:6:3,0:1,2:1,3,1,1 chr4 42003835 . C G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=95,137;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=11.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.417:10:3,1:3,3:2,4,1,3 chr4 42025019 . A T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,27;MFRL=184,208;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0|1:42025019_A_T:42025019:0,1,0,2 chr4 42025021 . TC AA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,23;MFRL=184,208;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0|1:42025019_A_T:42025019:0,1,0,2 chr4 42025024 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,21;MFRL=184,208;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0|1:42025019_A_T:42025019:0,1,0,2 chr4 42025284 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=140,116;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.674:4:0,2:1,1:1,0,2,1 chr4 42037385 . G GTGT . . DP=6;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=154,55;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.494:4:0,2:2,0:0|1:42037385_G_GTGT:42037385:0,2,1,1 chr4 42037388 . G GCTACTT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=154,55;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.497:4:0,2:2,0:0|1:42037385_G_GTGT:42037385:0,2,1,1 chr4 42051534 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42051534_G_A:42051534:0,0,0,1 chr4 42051540 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42051534_G_A:42051534:0,0,0,1 chr4 42080417 . T TGCGACATGTTTAC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 42122044 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=105,71;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=10.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.384:11:4,4:3,0:4,3,2,2 chr4 42122405 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=138,132;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,0,2 chr4 42145554 . C CCGGGTTCAAGTGA . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=116,42;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:5,2:2,0:4,3,1,1 chr4 42403242 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=147,66;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,0:0,2:0,3,1,1 chr4 42403499 . C CCA . . DP=3;ECNT=6;MBQ=20,20;MFRL=158,43;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0|1:42403499_C_CCA:42403499:0,1,1,1 chr4 42403503 . T G . . DP=4;ECNT=6;MBQ=28,20;MFRL=166,43;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:0,0:0|1:42403499_C_CCA:42403499:0,2,1,1 chr4 42403506 . C A . . DP=4;ECNT=6;MBQ=32,20;MFRL=166,43;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:42403499_C_CCA:42403499:0,2,1,1 chr4 42403507 . A AGT . . DP=4;ECNT=6;MBQ=26,20;MFRL=166,43;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:42403499_C_CCA:42403499:0,2,1,1 chr4 42403509 . AC A . . DP=4;ECNT=6;MBQ=26,20;MFRL=166,43;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:42403499_C_CCA:42403499:0,2,1,1 chr4 42403513 . GT G . . DP=4;ECNT=6;MBQ=32,17;MFRL=166,43;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,1:1,0:0|1:42403499_C_CCA:42403499:0,2,1,1 chr4 42524287 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=33,15;MFRL=155,85;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,0:1,1:0|1:42524287_C_T:42524287:0,1,1,1 chr4 42524296 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,18;MFRL=155,85;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,0:1,1:0|1:42524287_C_T:42524287:0,1,1,1 chr4 42524342 . CAA C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,85;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:42524342_CAA_C:42524342:0,0,0,1 chr4 42524345 . CACACCAAAGAT C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,85;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:42524342_CAA_C:42524342:0,0,0,1 chr4 42571074 . A T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=19.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,3:0,4:0,0,7,0 chr4 42571225 . T A . . DP=54;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=125,81;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:49,5:0.096:54:29,4:20,0:33,16,3,2 chr4 42571341 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=34,25;MFRL=150,80;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:2,2:5,0:0,7,0,2 chr4 42582047 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=119,170;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=8.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,2:1,1:0,3,1,2 chr4 42592929 . A ATGGTAGAAC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=77,130;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:3,1,0,1 chr4 42596461 . TAC T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,194;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AC;STR;TLOD=4.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 42602606 . A C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=14.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,3:0,1:0,0,1,3 chr4 42602624 . T TTTATATTAGTAAAATTCTTCA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=24,29;MFRL=98,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:1,3,0,1 chr4 42618021 . T TA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=12.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,0:0,4:0,0,3,1 chr4 42618138 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=14.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr4 42626659 . GAA G,GA . . DP=19;ECNT=1;MBQ=33,23,18;MFRL=230,103,155;MMQ=60,60,60;MPOS=24,21;POPAF=7.30,7.30;RPA=14,12,13;RU=A;STR;TLOD=8.18,22.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,4,11:0.238,0.612:17:1,2,3:1,0,2:2,0,5,10 chr4 42627805 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr4 42629038 . C T . . 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DP=11;ECNT=3;MBQ=24,31;MFRL=137,125;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.269:9:5,1:2,1:0,7,1,1 chr4 44684455 . C T . . DP=7;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=21.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,5:0,2:0,0,0,7 chr4 44684507 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 44685224 . T TA . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=30.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,7:0.889:7:0,3:0,4:0|1:44685224_T_TA:44685224:0,0,7,0 chr4 44685225 . T A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=30.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,7:0.889:7:0,3:0,4:0|1:44685224_T_TA:44685224:0,0,7,0 chr4 44688540 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,28;MFRL=183,174;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:1,0,2,0 chr4 44691206 . TA T . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=177,203;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:48173540_G_GGAAATGGTCA:48173540:0,2,0,1 chr4 48173542 . A AAAGTTGC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=177,203;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:48173540_G_GGAAATGGTCA:48173540:0,2,0,1 chr4 48372085 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr4 48384994 . T C . . DP=2;ECNT=7;MBQ=25,34;MFRL=131,170;MMQ=60,54;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:48384994_T_C:48384994:0,1,0,1 chr4 48385003 . A G . . DP=2;ECNT=7;MBQ=0,33;MFRL=131,170;MMQ=60,54;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:48384994_T_C:48384994:0,1,0,1 chr4 48385009 . C A . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,26;MFRL=0,170;MMQ=60,54;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:48384994_T_C:48384994:0,0,0,1 chr4 48385011 . G T . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,29;MFRL=0,170;MMQ=60,54;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:48384994_T_C:48384994:0,0,0,1 chr4 48385014 . T C . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,30;MFRL=0,170;MMQ=60,54;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:48384994_T_C:48384994:0,0,0,1 chr4 48385016 . TAGGAA T . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,24;MFRL=0,170;MMQ=60,54;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:48384994_T_C:48384994:0,0,0,1 chr4 48385023 . A C . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,34;MFRL=0,170;MMQ=60,54;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:48384994_T_C:48384994:0,0,0,1 chr4 48496117 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=280,88;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,0:1,2:0,3,1,1 chr4 48496332 . C CT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,206;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:48496332_C_CT:48496332:0,0,0,1 chr4 48496335 . T TCG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,206;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:48496332_C_CT:48496332:0,0,0,1 chr4 48502254 . TTTAAGGATCTATTCGTATGTTTGGTAACAAAAACATTTAGTTGGCTACAAGAATATACCTGATGGCAGTAGCATTGTTGCTC T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=224,223;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.499:2:0,0:0,1:0,1,0,1 chr4 48504903 . A AG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,26;MFRL=100,135;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:0,1:3,0:0|1:48504903_A_AG:48504903:1,2,0,1 chr4 48504906 . A AAACAAAC . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,25;MFRL=100,135;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:0,1:2,0:0|1:48504903_A_AG:48504903:1,2,0,1 chr4 48504910 . G A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=34,24;MFRL=100,135;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.401:3:0,1:1,0:0|1:48504903_A_AG:48504903:1,1,0,1 chr4 48504913 . C A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,22;MFRL=100,135;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48504903_A_AG:48504903:0,1,0,1 chr4 48504916 . G C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,28;MFRL=100,135;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48504903_A_AG:48504903:0,1,0,1 chr4 48516970 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=8.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr4 48523152 . G T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=107,96;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=8.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.390:11:3,0:2,4:5,2,0,4 chr4 48525197 . A AAAAAAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=127,204;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48525197_A_AAAAAAG:48525197:0,1,0,1 chr4 48525198 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,22;MFRL=127,204;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48525197_A_AAAAAAG:48525197:0,1,0,1 chr4 48529683 . TA T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=108,148;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=15,14;RU=A;STR;TLOD=4.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.622:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr4 48530396 . A AGTTT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,21;MFRL=81,168;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:48530396_A_AGTTT:48530396:1,1,0,1 chr4 48530398 . A T . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=145,131;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:48559166_G_GC:48559166:0,2,0,1 chr4 48559167 . T TATGTTCTCCGCCTCTTCACCATCCTC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=145,131;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:48559166_G_GC:48559166:0,2,0,1 chr4 48566983 . C T . . DP=17;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=110,54;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=7.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.233:15:4,0:8,3:6,6,2,1 chr4 48567003 . C A . . DP=20;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=109,54;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,2:0.136:20:5,0:11,2:0|1:48567003_C_A:48567003:9,9,1,1 chr4 48567006 . AT TA . . DP=23;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=103,54;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,2:0.120:23:5,0:13,2:0|1:48567003_C_A:48567003:8,13,1,1 chr4 48567012 . G GCTGAAACTGGA . . 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G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=13.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,3:0,1:0,0,4,0 chr4 55603037 . C A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,26;MFRL=132,135;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:55603037_C_A:55603037:0,4,0,1 chr4 55603039 . T TTTAGG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,29;MFRL=127,135;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:55603037_C_A:55603037:0,3,0,1 chr4 55603043 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=25,32;MFRL=127,135;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:55603037_C_A:55603037:0,3,0,1 chr4 55946081 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=25.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,5:0,4:0,0,7,2 chr4 55948108 . A G . . 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DP=17;ECNT=2;MBQ=25,32;MFRL=127,118;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=9.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,3:0.234:15:6,2:6,0:0|1:56290659_A_T:56290659:6,6,3,0 chr4 56309844 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=34,31;MFRL=130,85;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=10.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.416:10:2,4:4,0:3,3,3,1 chr4 56319317 . C T . . DP=43;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=111,65;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:40,2:0.068:42:25,0:15,2:22,18,1,1 chr4 56319350 . C G . . DP=27;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=123,121;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=30.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,12:0.500:24:9,5:3,7:3,9,3,9 chr4 56336930 . A AAATCCTTTGTCATTTATCTCAAATTT . . DP=16;ECNT=2;MBQ=27,27;MFRL=129,95;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.174:15:7,0:6,2:7,6,0,2 chr4 56336953 . TA T . . 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A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=76,89;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:5,0:2,2:2,5,2,0 chr4 65194307 . A C . . DP=13;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=143,62;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:7,2:4,0:0|1:65194307_A_C:65194307:3,8,1,1 chr4 65194310 . A C . . DP=13;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=143,62;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:7,2:4,0:0|1:65194307_A_C:65194307:3,8,1,1 chr4 65240805 . A T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=27.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,6:0,3:0,0,9,1 chr4 65240822 . A G . . DP=12;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=110,85;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.305:11:6,1:2,2:6,2,2,1 chr4 65240967 . A T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=123,107;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=28.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,11:0.632:17:4,5:2,6:1,5,2,9 chr4 66218728 . C T . . DP=21;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=102,109;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=19.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,10:0.477:21:4,1:7,9:5,6,6,4 chr4 66270243 . A AGAGCCTAACCATCTCTATCTCTCTCTCTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 66286088 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr4 66286100 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=10.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr4 66467419 . C CTG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=147,148;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:2,2,0,1 chr4 66535281 . T C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=116,94;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,2:0,0:2,0,1,1 chr4 66535284 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,0:0,0,3,1 chr4 66535301 . G T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=94,76;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:3,2:0,0:2,1,1,1 chr4 68358653 . C G . . DP=30;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=132,138;MMQ=60,54;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:27,3:0.125:30:18,0:9,3:16,11,0,3 chr4 68360955 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=23.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,4:0,0,2,6 chr4 68374597 . C T . . DP=20;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=105,169;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,4:0.227:20:11,3:5,1:8,8,3,1 chr4 68384008 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=124,111;MMQ=60,40;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,5:0.352:15:5,2:5,3:4,6,1,4 chr4 68384861 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=127,136;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=9.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:2,3:3,1:5,0,4,0 chr4 68396525 . G C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=154,125;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=12.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.428:12:5,0:2,5:4,3,2,3 chr4 68406626 . TATTA T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=65,150;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=ATTA;STR;TLOD=20.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:0,1:2,4:1,1,4,1 chr4 68447249 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=25.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,4:0,3:0,0,0,7 chr4 68458937 . G C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=130,135;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=19.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.700:8:1,2:1,4:2,0,6,0 chr4 68490019 . C T . . DP=18;ECNT=4;MBQ=26,29;MFRL=140,126;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=21.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,8:0.474:17:2,5:7,3:1,8,0,8 chr4 68490044 . C T . . DP=11;ECNT=4;MBQ=31,29;MFRL=146,155;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.416:10:3,2:3,2:0,6,0,4 chr4 68490069 . G GTTGTATTTTTCCTTCTTAGCACTTACACTCACAC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,30;MFRL=147,124;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.486:3:0,1:1,0:0|1:68490069_G_GTTGTATTTTTCCTTCTTAGCACTTACACTCACAC:68490069:0,2,0,1 chr4 68490072 . G C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,26;MFRL=178,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:68490069_G_GTTGTATTTTTCCTTCTTAGCACTTACACTCACAC:68490069:0,1,0,1 chr4 68490650 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=166,99;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:2,2:0,1:2,0,2,1 chr4 68492060 . A G . . 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DP=27;ECNT=3;MBQ=31,26;MFRL=115,114;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=9,8;RU=A;STR;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,4:0.179:23:7,2:11,2:11,8,2,2 chr4 68547267 . G A . . DP=34;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=121,114;MMQ=60,54;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:28,4:0.146:32:8,4:20,0:17,11,4,0 chr4 68547809 . A ATAC . . DP=14;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=120,115;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=22.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.437:14:3,1:5,5:7,1,6,0 chr4 68699049 . C CCA . . DP=9;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=155,66;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.291:8:2,2:4,0:0|1:68699049_C_CCA:68699049:3,3,1,1 chr4 68699051 . AGG A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=29,23;MFRL=151,66;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.265:9:2,1:4,0:0|1:68699049_C_CCA:68699049:3,4,1,1 chr4 68700956 . A G . . 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T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,30;MFRL=159,71;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:69095309_A_ATGC:69095309:1,0,0,1 chr4 69095314 . TAA T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,26;MFRL=159,71;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:69095309_A_ATGC:69095309:1,0,0,1 chr4 69097138 . G GTGGCGTTCTCTGTATTTCCTGAATCTGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=109,131;MMQ=60,27;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr4 69098244 . T TC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=197,163;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:69098244_T_TC:69098244:0,1,0,1 chr4 69098247 . AA CT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,28;MFRL=197,163;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:69098244_T_TC:69098244:0,1,0,1 chr4 69102074 . AG GC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,189;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 69179887 . C G . . DP=40;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=141,107;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=9.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:32,6:0.173:38:14,1:17,5:14,18,4,2 chr4 69181942 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=23,31;MFRL=99,141;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:1,0,2,0 chr4 69184121 . T C . . DP=4;ECNT=7;MBQ=26,33;MFRL=146,151;MMQ=60,47;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:3,0,1,0 chr4 69184126 . A T . . DP=4;ECNT=7;MBQ=29,27;MFRL=151,93;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:69184126_A_T:69184126:3,0,1,0 chr4 69184128 . T A . . DP=4;ECNT=7;MBQ=25,31;MFRL=151,93;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:69184126_A_T:69184126:3,0,1,0 chr4 69184130 . T A . . DP=4;ECNT=7;MBQ=25,29;MFRL=151,93;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:69184126_A_T:69184126:3,0,1,0 chr4 69184132 . A AT . . DP=4;ECNT=7;MBQ=28,31;MFRL=151,93;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:69184126_A_T:69184126:3,0,1,0 chr4 69184134 . TC T . . DP=5;ECNT=7;MBQ=25,27;MFRL=149,93;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:69184126_A_T:69184126:4,0,1,0 chr4 69184137 . C T . . DP=5;ECNT=7;MBQ=32,27;MFRL=149,93;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:69184126_A_T:69184126:4,0,1,0 chr4 69203646 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=140,152;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0,2,0,2 chr4 69215349 . A G . . 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A ACCAGG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=29,28;MFRL=176,329;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:70455021_A_ACCAGG:70455021:1,0,1,0 chr4 70455022 . T TGAGG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,24;MFRL=176,329;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:70455021_A_ACCAGG:70455021:1,0,1,0 chr4 70455024 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,31;MFRL=176,329;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:70455021_A_ACCAGG:70455021:1,0,1,0 chr4 70455027 . A G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=26,30;MFRL=176,329;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.498:2:0,0:1,1:0|1:70455021_A_ACCAGG:70455021:1,0,1,0 chr4 70460328 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=128,152;MMQ=60,60;MPOS=28;PON;POPAF=7.30;TLOD=26.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,10:0.648:15:3,7:2,3:1,4,7,3 chr4 70513139 . C T . . DP=6;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,2,4 chr4 70513175 . G A . . DP=13;ECNT=3;MBQ=33,20;MFRL=111,90;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:1,2:10,0:0|1:70513175_G_A:70513175:4,7,1,1 chr4 70513183 . G A . . DP=11;ECNT=3;MBQ=35,20;MFRL=111,90;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:1,2:8,0:0|1:70513175_G_A:70513175:3,6,1,1 chr4 70592976 . G A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,92;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:70592976_G_A:70592976:0,0,0,1 chr4 70592977 . T TTC . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,92;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:70592976_G_A:70592976:0,0,0,1 chr4 70592980 . AT A . . 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A T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=0,133;MMQ=60,57;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:3,3:0,0:3,0,3,0 chr4 71255593 . G A . . DP=26;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=126,99;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=16.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,8:0.343:24:6,3:10,5:9,7,3,5 chr4 71275012 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.774:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr4 71275145 . C T . . DP=21;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=108,100;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,2:0.136:20:7,0:11,2:11,7,0,2 chr4 71384579 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=34.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,7:0,5:0,0,5,7 chr4 71384621 . C CCACT . . DP=6;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=204,67;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:0,4,1,1 chr4 71388379 . A T . . 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DP=28;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=141,150;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:24,2:0.106:26:14,0:10,2:0|1:71468447_A_T:71468447:9,15,0,2 chr4 71468453 . A T . . DP=29;ECNT=2;MBQ=25,30;MFRL=141,150;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:26,2:0.100:28:15,0:9,2:0|1:71468447_A_T:71468447:12,14,0,2 chr4 71472299 . ATGCTG A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,224;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:71472299_ATGCTG_A:71472299:0,0,0,1 chr4 71472306 . CAT C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,224;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:71472299_ATGCTG_A:71472299:0,0,0,1 chr4 71495263 . G A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=127,139;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,4:0.216:21:7,4:10,0:8,9,4,0 chr4 71500103 . C T . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=23,29;MFRL=146,135;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=8.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,3:1,0:0,1,0,3 chr4 72338589 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=153,173;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.443:7:3,2:1,1:2,2,1,2 chr4 72397710 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=233,155;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:1,0,2,0 chr4 72411967 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=9.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr4 72413281 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,33;MFRL=128,168;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=15.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:2,4:2,1:4,0,5,0 chr4 72423624 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,21;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=16.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,2,4 chr4 72426011 . GAAACA G . . 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GATTTAAAAAGAGCTAGTGTGATAATCCTAACTCTACTACGCATTATAT G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,221;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 73154664 . C CCCCAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=187,159;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr4 73175093 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=37.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.933:12:0,5:0,6:0,0,7,5 chr4 73433122 . GA G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=A;STR;TLOD=20.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.888:7:0,2:0,5:0,0,4,3 chr4 73433234 . G GGAAAGAATATC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=158,184;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr4 73433249 . G GGGGAGGGCCAGGAAGGAGGTTGAAA . . 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DP=21;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=139,109;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=42.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,16:0.739:21:3,4:2,12:2,3,7,9 chr4 73963916 . C T . . DP=20;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=129,131;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.198:18:7,0:8,3:9,6,3,0 chr4 73968117 . C T . . DP=54;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=123,116;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:51,3:0.071:54:25,1:26,2:37,14,3,0 chr4 74005451 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,26;MFRL=182,159;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:74005451_G_T:74005451:0,1,0,1 chr4 74005452 . C CATA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=35,28;MFRL=182,159;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:74005451_G_T:74005451:0,1,0,1 chr4 74010629 . A ACAAAAAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=167,131;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr4 74014809 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=21.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,5:0,2:0,0,2,5 chr4 74043282 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,23;MFRL=133,108;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:74043282_G_A:74043282:0,1,0,1 chr4 74043284 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=22,26;MFRL=133,108;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:74043282_G_A:74043282:0,1,0,1 chr4 74124071 . TCCGCCTCCACCG T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=118,125;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CCGCCTCCACCG;STR;TLOD=12.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.360:12:4,0:3,4:3,5,1,3 chr4 74262998 . T TCCTTA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=144,104;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:74262998_T_TCCTTA:74262998:0,1,0,1 chr4 74263000 . C CTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,34;MFRL=144,104;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:74262998_T_TCCTTA:74262998:0,1,0,1 chr4 74285412 . T C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,25;MFRL=152,164;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.499:4:1,0:1,1:0|1:74285412_T_C:74285412:0,2,0,2 chr4 74285417 . TA T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,31;MFRL=152,136;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:74285412_T_C:74285412:0,3,0,1 chr4 74285421 . G T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,30;MFRL=152,136;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:74285412_T_C:74285412:0,3,0,1 chr4 74285940 . T C . . DP=23;ECNT=1;MBQ=24,33;MFRL=104,57;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,2:0.130:21:11,2:7,0:12,7,1,1 chr4 74310844 . A G . . DP=17;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=100,89;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=15.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,7:0.422:17:10,4:0,3:4,6,3,4 chr4 74313169 . T C . . DP=21;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=68.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,21:0.956:21:0,9:0,12:0,0,8,13 chr4 74313260 . G C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=138,154;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=12.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,5:0.353:15:3,4:7,1:3,7,2,3 chr4 74316532 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=24,33;MFRL=103,115;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.493:2:1,0:0,1:0|1:74316532_A_C:74316532:0,1,0,1 chr4 74316534 . A AAGGCCATCTCTAC . . 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DP=6;ECNT=4;MBQ=28,20;MFRL=133,51;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.376:6:2,2:1,0:0|1:74864325_TC_CT:74864325:2,2,1,1 chr4 74864334 . C CGGCTGCGGCGG . . DP=6;ECNT=4;MBQ=24,20;MFRL=133,51;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.376:6:3,2:1,0:0|1:74864325_TC_CT:74864325:2,2,1,1 chr4 75040944 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=7.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr4 75167567 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=108,139;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:2,2:4,0:2,4,0,2 chr4 75245343 . T A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=8.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr4 75248544 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr4 75673345 . C CTTTT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=25,32;MFRL=160,119;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:75673345_C_CTTTT:75673345:0,4,0,1 chr4 75673348 . T TGTTATAG . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,28;MFRL=160,119;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:75673345_C_CTTTT:75673345:0,3,0,1 chr4 75673350 . C CAGTGATG . . DP=4;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=160,159;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:3,1:0.333:4:2,1:1,0:1|0:75673345_C_CTTTT:75673345:0,3,0,1 chr4 75673351 . C CA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=25,30;MFRL=160,119;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:75673345_C_CTTTT:75673345:0,3,0,1 chr4 75681217 . A G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=133,109;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.333:13:4,3:5,1:2,7,3,1 chr4 75695343 . C T . . DP=20;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=112,53;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=9.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,4:0.227:20:9,0:7,4:8,8,0,4 chr4 75938236 . A G . . DP=15;ECNT=2;MBQ=27,31;MFRL=123,113;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=22.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,8:0.530:15:3,5:4,3:5,2,2,6 chr4 75938339 . G GAATGTTCACA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,33;MFRL=135,150;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr4 76416779 . G A . . DP=34;ECNT=1;MBQ=33,23;MFRL=112,115;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=44.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,19:0.606:31:5,7:7,12:7,5,12,7 chr4 76419364 . G A . . DP=31;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=113,116;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:27,3:0.125:30:14,3:12,0:15,12,0,3 chr4 76446921 . G GATT . . DP=15;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=137,119;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=ATT;STR;TLOD=16.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.437:14:1,1:7,4:8,0,4,2 chr4 76447160 . A ATCTTTCTTTTAAG . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:76785716_C_T:76785716:0,0,0,1 chr4 76785723 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0|1:76785716_C_T:76785716:0,0,0,1 chr4 76785736 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr4 76804067 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=13.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,4,1 chr4 76805692 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=11.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr4 76805939 . G GC . . DP=4;ECNT=4;MBQ=34,31;MFRL=175,116;MMQ=56,40;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.390:3:0,1:2,0:0|1:76805939_G_GC:76805939:0,2,0,1 chr4 76805940 . A ACAGAATTGGTGTTAGAC . . DP=4;ECNT=4;MBQ=26,25;MFRL=175,116;MMQ=56,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.390:3:0,1:2,0:0|1:76805939_G_GC:76805939:0,2,0,1 chr4 76805960 . T TG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,123;MMQ=60,52;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:76805960_T_TG:76805960:0,0,0,1 chr4 76805962 . G T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,123;MMQ=60,52;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:76805960_T_TG:76805960:0,0,0,1 chr4 76809319 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr4 76832383 . TC AG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,159;MMQ=60,22;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr4 76840021 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=21,29;MFRL=144,169;MMQ=60,40;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:76840021_T_C:76840021:0,2,0,1 chr4 76840024 . A G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,33;MFRL=144,169;MMQ=60,40;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:76840021_T_C:76840021:0,2,0,1 chr4 76840033 . G T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=22,31;MFRL=144,169;MMQ=60,40;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:76840021_T_C:76840021:0,2,0,1 chr4 76841210 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=132,46;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr4 76861137 . G C . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=150,177;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,2:0,0:0,3,0,2 chr4 76944491 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=148,122;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=19.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.616:11:2,5:2,2:3,1,6,1 chr4 76956289 . C CAA . . DP=16;ECNT=1;MBQ=33,33;MFRL=126,130;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=2,4;RU=A;STR;TLOD=30.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,8:0.562:14:2,3:4,5:1,5,1,7 chr4 76956528 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=122,154;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=15.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:4,1:0,4:0,4,1,4 chr4 76957171 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=177,93;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=15.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.571:12:2,5:3,2:0,5,2,5 chr4 76996957 . CG GA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=141,95;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:4,0,1,0 chr4 76997157 . G GT . . 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A C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=46.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.933:13:0,6:0,7:0,0,7,6 chr4 83800181 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=9.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr4 83827822 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=141,183;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr4 83838865 . T TAGA . . DP=12;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=125,61;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:6,2:4,0:0|1:83838865_T_TAGA:83838865:4,6,1,1 chr4 83838867 . T TTGTAATAGGCACCTTAAAGTTGTC . . DP=12;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=125,61;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:6,2:3,0:0|1:83838865_T_TAGA:83838865:4,6,1,1 chr4 83852065 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=22.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,2:0,6:0,0,6,2 chr4 83857402 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=29.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,3:0,6:0,0,8,2 chr4 83860760 . C T . . DP=32;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=108,68;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:29,3:0.117:32:14,2:15,1:22,7,2,1 chr4 83900260 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,215;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr4 83971219 . CAGGAA C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,32;MFRL=173,143;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:83971219_CAGGAA_C:83971219:0,1,0,1 chr4 83971226 . CAGA C . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=12.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,3,2 chr4 84231773 . CAT GGA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=165,126;MMQ=60,40;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:84231773_CAT_GGA:84231773:4,0,1,0 chr4 84231781 . T C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=165,139;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,4:0.488:8:2,0:2,3:0|1:84231773_CAT_GGA:84231773:4,0,4,0 chr4 84232084 . TGTATTTAAAAGCAAACATATAGCA T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=158,143;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.526:2:0,0:0,1:0,1,0,1 chr4 84232104 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,35;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 84234229 . G A . . 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DP=11;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=104,164;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.332:10:4,3:3,0:5,2,3,0 chr4 84518558 . C T . . DP=24;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=121,119;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=19.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,9:0.419:22:4,5:8,4:7,6,8,1 chr4 84519775 . ATT A,AT . . DP=21;ECNT=1;MBQ=28,29,20;MFRL=97,134,85;MMQ=60,60,60;MPOS=17,10;POPAF=7.30,7.30;RPA=14,12,13;RU=T;STR;TLOD=4.06,4.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:6,4,6:0.263,0.361:16:1,1,3:4,3,3:5,1,7,3 chr4 84525973 . CT C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=33,34;MFRL=148,116;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=T;STR;TLOD=15.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.584:10:2,2:2,4:0,4,1,5 chr4 85525331 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=23,30;MFRL=163,179;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,1:1,2:1,0,3,0 chr4 85552882 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr4 85560000 . T TTA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,15;MFRL=90,90;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=11,12;RU=TA;STR;TLOD=5.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.506:6:0,1:3,0:2,1,2,1 chr4 85564391 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr4 85612737 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,2,1 chr4 85614167 . G A . . DP=26;ECNT=1;MBQ=30,22;MFRL=158,168;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=7.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,5:0.215:26:18,0:1,5:5,16,0,5 chr4 85625692 . G GAA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=35,33;MFRL=230,157;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=A;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:85625692_G_GAA:85625692:0,1,0,1 chr4 85625694 . T G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,33;MFRL=230,157;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:85625692_G_GAA:85625692:0,1,0,1 chr4 85625697 . C G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=35,32;MFRL=230,157;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:85625692_G_GAA:85625692:0,1,0,1 chr4 85634488 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,202;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.695:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 85636553 . GA G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=34,20;MFRL=33295152,65;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=A;STR;TLOD=6.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:0|1:85636553_GA_G:85636553:1,1,1,1 chr4 85636556 . A C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,20;MFRL=33295152,65;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:0|1:85636553_GA_G:85636553:1,1,1,1 chr4 85636558 . A T . . 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C T . . DP=5;ECNT=4;MBQ=25,28;MFRL=132,190;MMQ=60,40;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:4,1:0,0:0|1:89669079_C_T:89669079:0,4,0,1 chr4 89669081 . C CATCAGCTAA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=157,110;MMQ=50,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:4,1:0.286:5:4,1:0,0:1|0:89669079_C_T:89669079:0,4,0,1 chr4 89669083 . C CT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,28;MFRL=157,110;MMQ=50,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:4,1:0.286:5:4,1:0,0:1|0:89669079_C_T:89669079:0,4,0,1 chr4 89669101 . CAC TGT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,27;MFRL=153,190;MMQ=40,40;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:89669079_C_T:89669079:0,1,0,1 chr4 89680148 . GTC G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,31;MFRL=102,171;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:89680148_GTC_G:89680148:0,1,0,1 chr4 89680152 . CAGCTGCTAATG C . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=16.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,2,4 chr4 94316763 . T G . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=30;PON;POPAF=7.30;TLOD=48.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.943:15:0,7:0,8:0,0,9,6 chr4 94411978 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,25;MFRL=165,150;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:94411978_G_A:94411978:0,1,0,1 chr4 94411981 . GC G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,30;MFRL=159,150;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=C;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:94411978_G_A:94411978:0,2,0,1 chr4 94411986 . AG A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,27;MFRL=159,150;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:94411978_G_A:94411978:0,2,0,1 chr4 94436654 . T TAAC . . 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DP=10;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=26.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.916:10:0,6:0,3:0,0,4,6 chr4 94751710 . G GT . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=12.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.868:5:0,4:0,1:0,0,2,3 chr4 95147328 . C T . . DP=34;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=125,122;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:31,3:0.111:34:12,0:19,3:20,11,3,0 chr4 95170923 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=122,125;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:6,2:3,0:3,6,0,2 chr4 95170953 . T G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,26;MFRL=148,117;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:1,2,0,1 chr4 95185829 . A G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=132,137;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=13.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,5:0.404:13:4,4:3,1:7,1,5,0 chr4 95194740 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=107,127;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=15.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.668:10:0,1:3,6:2,1,3,4 chr4 95255637 . T G . . DP=25;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=70.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.960:22:0,12:0,10:0,0,12,10 chr4 95506214 . G A . . DP=19;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=124,131;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=11.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,5:0.299:18:7,3:6,2:6,7,3,2 chr4 95506293 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=28,25;MFRL=172,187;MMQ=60,57;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=18.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.571:12:5,5:0,2:0,5,0,7 chr4 95506827 . G A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=139,134;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=18.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,8:0.408:20:6,4:6,4:4,8,4,4 chr4 95508108 . C CT . . DP=14;ECNT=3;MBQ=26,34;MFRL=72,134;MMQ=60,50;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=19,20;RU=T;STR;TLOD=3.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.296:8:1,2:2,0:0|1:95508108_C_CT:95508108:2,4,2,0 chr4 95508128 . G T . . DP=29;ECNT=3;MBQ=31,26;MFRL=85,136;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:22,7:0.243:29:7,4:11,2:0|1:95508108_C_CT:95508108:2,20,7,0 chr4 95508130 . A T . . DP=33;ECNT=3;MBQ=26,15;MFRL=85,136;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=17.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,7:0.256:29:5,0:15,1:2,20,7,0 chr4 95508281 . CTT C . . DP=36;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=125,138;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=11,9;RU=T;STR;TLOD=3.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,2:0.129:20:9,1:7,1:3,15,0,2 chr4 95575601 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=16.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,5,1 chr4 95578588 . G A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=50.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,18:0.952:18:0,12:0,6:0,0,12,6 chr4 95585038 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=10.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr4 95585284 . ATTT A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=24,24;MFRL=141,179;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=5,2;RU=T;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr4 96073956 . A T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=122,135;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=11.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:1,2:1,2:0,2,0,4 chr4 96090629 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,32;MFRL=686,235;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:96090629_T_C:96090629:1,0,0,1 chr4 96090631 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,33;MFRL=686,235;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:96090629_T_C:96090629:1,0,0,1 chr4 96090635 . T TTTCAAAAATAG . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,223;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 108831779 . T TACACAGTGGCTG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=145,98;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr4 108871324 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,24;MFRL=136,636;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,0:1,2:3,0,2,0 chr4 108935770 . T C . . DP=18;ECNT=1;MBQ=27,21;MFRL=277,119;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.701:8:0,3:2,2:0,2,3,3 chr4 108944579 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr4 108944821 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr4 108985388 . A G . . 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DP=15;ECNT=1;MBQ=23,28;MFRL=109,114;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.235:15:4,3:8,0:4,8,3,0 chr4 109735133 . T C . . DP=19;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=71.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,19:0.952:19:0,4:0,15:0|1:109735133_T_C:109735133:0,0,5,14 chr4 109735146 . T G . . DP=14;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=58.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,14:0.937:14:0,4:0,9:0|1:109735133_T_C:109735133:0,0,2,12 chr4 109740566 . CAACAA C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=151,125;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:109740566_CAACAA_C:109740566:0,1,0,1 chr4 109740572 . A AGG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,24;MFRL=151,125;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;RPA=2,4;RU=G;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:109740566_CAACAA_C:109740566:0,1,0,1 chr4 109748227 . C T . . 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DP=4;ECNT=4;MBQ=25,33;MFRL=158,219;MMQ=60,40;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0,3,0,1 chr4 114458697 . T TTTA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,21;MFRL=168,214;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:114458697_T_TTTA:114458697:0,1,0,1 chr4 114458698 . C CTTT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,30;MFRL=168,214;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:114458697_T_TTTA:114458697:0,1,0,1 chr4 114582933 . TA T . . DP=20;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=136,115;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=A;STR;TLOD=6.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.415:14:7,3:1,3:1,7,2,4 chr4 114823437 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr4 115544004 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=123,85;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.181:18:7,2:8,0:5,10,3,0 chr4 115589159 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=8.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr4 115597503 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,32;MFRL=156,217;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:115597503_A_C:115597503:0,1,0,1 chr4 115597509 . TCTAACAGCTACTAA T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=156,217;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:115597503_A_C:115597503:0,1,0,1 chr4 115856443 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=133,44;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:4,2:4,0:5,3,0,2 chr4 118005343 . G A . . 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DP=21;ECNT=1;MBQ=20,33;MFRL=101,127;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=20.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,7:0.352:21:7,4:6,3:4,10,1,6 chr4 120446868 . GA G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=106,165;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=A;STR;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.527:6:1,1:1,1:2,1,0,3 chr4 120463669 . G A . . DP=15;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=134,58;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=8.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,3:0.235:15:5,0:7,3:0|1:120463669_G_A:120463669:3,9,1,2 chr4 120463674 . C CTTAACG . . DP=13;ECNT=2;MBQ=33,18;MFRL=128,58;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=8.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,3:0.267:13:4,0:6,1:0|1:120463669_G_A:120463669:3,7,1,2 chr4 120481431 . T C . . DP=20;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=108,99;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=19.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,9:0.454:20:5,6:6,3:7,4,5,4 chr4 120486402 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=176,149;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=10.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.718:5:1,2:0,2:1,0,4,0 chr4 120517708 . A G . . DP=11;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=138,67;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:3,0:5,2:0|1:120517708_A_G:120517708:4,5,1,1 chr4 120517713 . T TGACGTTGGCCTTGATCCCATCCA . . DP=11;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=138,67;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:3,0:4,2:0|1:120517708_A_G:120517708:4,5,1,1 chr4 120983086 . GA G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=140,147;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=8,7;RU=A;STR;TLOD=17.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.670:10:2,2:1,5:3,0,6,1 chr4 120983259 . T C . . DP=36;ECNT=1;MBQ=22,31;MFRL=105,110;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=51.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,20:0.554:36:6,10:9,9:9,7,14,6 chr4 121616222 . T G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=80,602;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.334:7:2,2:3,0:3,2,0,2 chr4 121675879 . TG T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:121675879_TG_T:121675879:0,0,0,1 chr4 121675881 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:121675879_TG_T:121675879:0,0,0,1 chr4 121719580 . CTA C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=146,182;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,1:2,0:2,2,0,1 chr4 121720941 . C G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,30;MFRL=134,133;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=9.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:0,2:1,1:0,1,0,3 chr4 121720960 . C G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=134,146;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr4 121737709 . G T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=107,75;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.209:17:7,0:7,3:7,7,2,1 chr4 121738117 . AA CC . . DP=6;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=123,111;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,1:2,1:0|1:121738117_AA_CC:121738117:1,3,0,2 chr4 121738122 . CT TG . . DP=6;ECNT=2;MBQ=33,29;MFRL=123,111;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,1:2,1:0|1:121738117_AA_CC:121738117:1,3,0,2 chr4 121739411 . G GCA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,212;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=CA;STR;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr4 121774515 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=116,139;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=8.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.401:8:3,1:2,2:4,1,3,0 chr4 121828519 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=13.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,1:0,0,5,0 chr4 121957734 . TG CA,CG . . DP=21;ECNT=1;MBQ=0,34,30;MFRL=0,242,131;MMQ=60,60,60;MPOS=25,20;PON;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.03,51.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,2,17:0.130,0.826:19:0,0,11:0,2,6:0,0,12,7 chr4 121958091 . T G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,3,3 chr4 121967042 . A AACTAATT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=91,159;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.497:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr4 122254234 . T A . . 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DP=13;ECNT=3;MBQ=33,30;MFRL=139,188;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.267:10:3,0:4,2:0,8,1,1 chr4 122258063 . A G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=9.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.819:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr4 122590883 . T TA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=146,121;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=15,16;RU=A;STR;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.553:4:1,1:1,1:0,2,1,1 chr4 122681373 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr4 122722684 . C T . . DP=18;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=138,140;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:8,1:8,1:0|1:122722684_C_T:122722684:6,10,0,2 chr4 122722693 . C G . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=17.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,1,4 chr4 123167823 . T TTG . . DP=8;ECNT=1;MBQ=25,21;MFRL=114,134;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;RPA=5,6;RU=TG;STR;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.370:6:2,0:2,1:3,1,2,0 chr4 123170926 . ACC A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,24;MFRL=160,95;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:123170926_ACC_A:123170926:0,1,0,1 chr4 123170929 . TGA T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,26;MFRL=160,95;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:123170926_ACC_A:123170926:0,1,0,1 chr4 123170933 . TCAAC T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,25;MFRL=160,95;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:123170926_ACC_A:123170926:0,1,0,1 chr4 123175493 . A G . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=167,147;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=11.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.575:5:0,0:2,2:2,0,3,0 chr4 123301471 . T G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,32;MFRL=157,127;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.394:3:0,0:2,1:0|1:123301471_T_G:123301471:0,2,0,1 chr4 123301478 . T G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,32;MFRL=157,127;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:123301471_T_G:123301471:0,2,0,1 chr4 123301480 . A ACTGGC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=24,25;MFRL=157,127;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:123301471_T_G:123301471:0,2,0,1 chr4 123377636 . G C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=107,156;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=10.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.418:10:3,0:3,4:2,4,0,4 chr4 123662997 . A T . . 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DP=14;ECNT=3;MBQ=23,23;MFRL=125,116;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,6:0.438:14:4,4:4,2:0|1:125592065_C_A:125592065:4,4,4,2 chr4 125592079 . G A . . DP=16;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=129,47;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.175:15:8,2:3,0:0|1:125592065_C_A:125592065:7,6,1,1 chr4 125592081 . G GACATGTTGAT . . DP=13;ECNT=3;MBQ=30,19;MFRL=129,47;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:8,1:3,0:0|1:125592065_C_A:125592065:6,5,1,1 chr4 126238151 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=149,104;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:126238151_C_T:126238151:0,1,0,1 chr4 126238154 . GGGAGCGT G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=167,104;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:126238151_C_T:126238151:0,2,0,1 chr4 126240649 . AT GA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=24,32;MFRL=145,115;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:4,2:0,0:1,3,2,0 chr4 126241143 . C CTCACCATGTCCTCAA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr4 126315034 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=17.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,2:0,0,4,2 chr4 126315196 . T TA . . DP=6;ECNT=3;MBQ=26,26;MFRL=149,106;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=A;STR;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.386:3:1,1:1,0:0|1:126315196_T_TA:126315196:1,1,0,1 chr4 126315199 . T TAGTAAC . . DP=6;ECNT=3;MBQ=19,26;MFRL=149,106;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.386:3:0,1:1,0:0|1:126315196_T_TA:126315196:1,1,0,1 chr4 126315203 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=25,26;MFRL=120,106;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:126315196_T_TA:126315196:1,2,0,1 chr4 126335978 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr4 126336990 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,1,2 chr4 126337555 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr4 126355609 . T G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=40.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,7:0,5:0,0,2,10 chr4 126389627 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr4 126390010 . A G . . 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DP=9;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=146,139;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:3,2:3,0:5,1,2,0 chr4 128584580 . G A . . DP=11;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=130,172;MMQ=60,60;MPOS=26;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.308:11:5,1:3,2:6,2,3,0 chr4 128605611 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=115,92;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:1,1,1,1 chr4 128621144 . CT C . . DP=21;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=102,107;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=T;STR;TLOD=4.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,8:0.409:18:5,3:3,3:8,2,4,4 chr4 128621272 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=157,84;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=9.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.555:7:2,1:1,3:0,3,1,3 chr4 128627021 . TTC GAG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=115,125;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr4 128629632 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,34;MFRL=157,153;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr4 128722493 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 128739387 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,34;MFRL=174,134;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr4 128748447 . C T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=120,123;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.158:17:8,0:7,2:13,2,1,1 chr4 128802446 . G GGCTGAGGGTC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=138,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.494:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr4 128811476 . A G . . DP=10;ECNT=4;MBQ=26,31;MFRL=165,114;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.271:9:3,1:3,1:0|1:128811476_A_G:128811476:1,6,0,2 chr4 128811478 . G T . . DP=9;ECNT=4;MBQ=32,29;MFRL=165,114;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,1:4,1:0|1:128811476_A_G:128811476:1,6,0,2 chr4 128811480 . C T . . DP=9;ECNT=4;MBQ=32,27;MFRL=165,114;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,1:2,1:0|1:128811476_A_G:128811476:1,6,0,2 chr4 128811485 . TAC T . . DP=7;ECNT=4;MBQ=27,27;MFRL=183,114;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,1:2,1:0|1:128811476_A_G:128811476:1,4,0,2 chr4 128814425 . AT A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=121,121;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=T;STR;TLOD=5.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.552:7:0,3:2,1:3,0,3,1 chr4 128815133 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr4 128923001 . GT G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=187,123;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=4.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.610:3:1,2:0,0:0,1,0,2 chr4 128995989 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr4 129028446 . C T . . DP=22;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=120,65;MMQ=60,52;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:19,2:0.129:21:9,0:10,2:0|1:129028446_C_T:129028446:10,9,1,1 chr4 129028459 . T A . . DP=17;ECNT=3;MBQ=29,17;MFRL=140,65;MMQ=60,52;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:7,0:6,1:0|1:129028446_C_T:129028446:7,8,1,1 chr4 129028467 . A AAGTGTGTGTGTCTTTTT . . DP=14;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=149,65;MMQ=60,52;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:7,0:5,2:0|1:129028446_C_T:129028446:6,6,1,1 chr4 129043204 . C G . . DP=20;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=100,130;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,7:0.420:17:3,1:7,6:7,3,3,4 chr4 129120708 . C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=119,150;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=27.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,10:0.611:16:3,6:3,4:4,2,6,4 chr4 129192414 . T G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=123,126;MMQ=60,24;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:6,2:1,0:3,4,2,0 chr4 129192649 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,23;MFRL=112,159;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0,1,0,2 chr4 129193752 . A C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=22,33;MFRL=160,170;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:2,0:0,2:0,2,0,2 chr4 129193756 . AA GC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,29;MFRL=170,150;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:129193756_AA_GC:129193756:0,2,0,1 chr4 129193759 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,23;MFRL=170,150;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:129193756_AA_GC:129193756:0,2,0,1 chr4 129770068 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,23;MFRL=113,66;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:2,1:2,1:2,2,1,1 chr4 129776983 . C CT . . DP=25;ECNT=4;MBQ=32,33;MFRL=103,139;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=T;STR;TLOD=13.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,6:0.499:12:3,4:3,2:0,6,1,5 chr4 129777013 . G A . . DP=12;ECNT=4;MBQ=31,23;MFRL=143,128;MMQ=60,50;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:6,1:4,1:0,10,0,2 chr4 129777032 . GA G . . DP=9;ECNT=4;MBQ=32,31;MFRL=152,127;MMQ=60,50;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.298:8:5,0:1,2:0|1:129777032_GA_G:129777032:0,6,0,2 chr4 129777042 . AT TC . . DP=7;ECNT=4;MBQ=24,29;MFRL=158,127;MMQ=60,50;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:4,0:0,1:0|1:129777032_GA_G:129777032:0,5,0,2 chr4 129805716 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=81,116;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.372:6:3,1:1,1:1,3,1,1 chr4 129812329 . T A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=29,24;MFRL=178,174;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.399:3:1,1:1,0:0|1:129812329_T_A:129812329:0,2,0,1 chr4 129812330 . T TATGAG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,26;MFRL=178,174;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.404:3:1,1:1,0:0|1:129812329_T_A:129812329:0,2,0,1 chr4 129812334 . AA TT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=23,26;MFRL=178,174;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.404:3:0,1:1,0:0|1:129812329_T_A:129812329:0,2,0,1 chr4 129880696 . TCA T . . 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DP=11;ECNT=1;MBQ=20,23;MFRL=81,107;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,8:0.690:11:2,3:1,4:1,2,5,3 chr4 130023759 . A T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=15.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr4 138442624 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=117,147;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.270:9:3,2:4,0:3,4,0,2 chr4 138449999 . A AGGCCTTCAGACTTCTATTTCAATGCATGC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=22,25;MFRL=113,80;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:1,1,0,1 chr4 138453307 . CT C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=T;STR;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.696:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr4 139103366 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr4 139135761 . C T . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=81,94;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:1,1,0,1 chr4 140305884 . GG AA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=33,27;MFRL=217,155;MMQ=52,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:140305884_GG_AA:140305884:2,0,1,0 chr4 140305887 . TG CA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=26,32;MFRL=217,155;MMQ=52,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:140305884_GG_AA:140305884:2,0,1,0 chr4 140305890 . T C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=27,32;MFRL=217,155;MMQ=52,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:140305884_GG_AA:140305884:2,0,1,0 chr4 140305897 . A T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,27;MFRL=217,155;MMQ=52,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:140305884_GG_AA:140305884:2,0,1,0 chr4 140305899 . ACC A . . 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T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr4 141321425 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,197;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr4 141446767 . G T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=156,143;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=14.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.538:11:1,3:4,3:1,4,1,5 chr4 141448595 . CT C . . DP=50;ECNT=2;MBQ=21,31;MFRL=113,153;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=14,13;RU=T;STR;TLOD=6.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,7:0.216:32:9,3:14,4:12,13,5,2 chr4 141448779 . G A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=33,23;MFRL=150,128;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:1,2:3,0:0,4,0,2 chr4 141481219 . A ATTGTAACTGAAGTT . . 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T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=104,201;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=11.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:1,1:2,3:0,3,1,3 chr4 169301059 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=9.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr4 169305786 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=148,145;MMQ=40,40;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:6,0:2,2:6,2,2,0 chr4 169312798 . A AG . . DP=9;ECNT=1;MBQ=19,25;MFRL=199,128;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=G;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.408:5:0,1:0,1:0,3,1,1 chr4 169315571 . TA T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=10.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr4 169317082 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=190,11767;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:2,0,1,1 chr4 169325282 . T TA,TAA . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=123,129;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=17.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,7:0.727:9:2,3:0,4:0,2,5,2 chr4 178257516 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=20.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,5:0,2:0,0,0,7 chr4 178274750 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=163,61;MMQ=60,60;MPOS=29;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.308:11:5,3:2,0:2,6,1,2 chr4 178281754 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=28.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,8:0,2:0,0,3,7 chr4 178353046 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=10.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr4 178355662 . A ACACATGGAGCTGTC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,24;MFRL=80,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.325:4:0,1:2,0:1,2,0,1 chr4 178355668 . C G . . 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DP=8;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=152,103;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:2,0:3,2:0,5,1,1 chr4 183814169 . A G . . DP=9;ECNT=2;MBQ=26,32;MFRL=152,117;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.330:7:1,1:4,1:1,4,0,2 chr4 183815561 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=22,34;MFRL=87,129;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.601:3:1,2:0,0:1,0,2,0 chr4 183815800 . C CCAGACTGGG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr4 184170025 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=18.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,5:0,2:0,0,3,4 chr4 184171187 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,33;MFRL=129,123;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,0:3,2:4,3,1,1 chr4 184175037 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=124,134;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:3,1:5,1:4,4,0,2 chr4 184182001 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=42.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,7:0,5:0,0,12,0 chr4 184190347 . T TCAAGAGAATAC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=178,88;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,0:4,1:1,3,0,1 chr4 184190355 . A AC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=7.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr4 184190535 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=30.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,5:0,5:0,0,8,2 chr4 184192183 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=20,33;MFRL=137,132;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.601:3:0,2:1,0:1,0,2,0 chr4 184192218 . C T . . DP=19;ECNT=2;MBQ=30,22;MFRL=128,128;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=8.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,5:0.350:15:4,5:6,0:9,1,5,0 chr4 184201909 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=71,110;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:0,2:2,1:2,0,2,1 chr4 184202148 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,73;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr4 184207270 . G GTCCGGACACCCGTCAA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,31;MFRL=146,95;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.492:2:0,1:1,0:0|1:184207270_G_GTCCGGACACCCGTCAA:184207270:0,1,0,1 chr4 184207273 . C G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=35,27;MFRL=146,95;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.492:2:0,1:1,0:0|1:184207270_G_GTCCGGACACCCGTCAA:184207270:0,1,0,1 chr4 184366071 . C T . . 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T TCCTTGTGCTTTTGGTG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=130,121;MMQ=60,40;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.391:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr4 184570723 . TA T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,26;MFRL=147,127;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=A;STR;TLOD=4.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.560:5:0,2:2,1:0,2,0,3 chr4 184577066 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=123,160;MMQ=52,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,1:3,1:4,3,0,2 chr4 184577177 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=8.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr4 184584921 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,149;MMQ=60,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:184584921_T_C:184584921:0,0,1,0 chr4 184584926 . T C . . 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TTCTGCCACAGGACCTCAGCAATGGAGAATATCCCCATCATCACAACTGTCATCAC T . . DP=46;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=128,160;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:42,2:0.066:44:8,0:17,2:19,23,1,1 chr4 184629794 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=11.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr4 184932609 . G A . . DP=11;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=34.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,10:0.919:10:0,7:0,3:0|1:184932609_G_A:184932609:0,0,2,8 chr4 184932631 . A G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=27,30;MFRL=157,143;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=14.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,5:0.500:10:2,4:3,1:0|1:184932609_G_A:184932609:0,5,0,5 chr4 185038270 . A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,13;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:185038270_A_T:185038270:0,0,0,1 chr4 185038274 . G A . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.677:1:0,1:0,0:0|1:187542918_T_TGAAAGCAGGGAC:187542918:0,0,0,1 chr4 187549396 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=120,113;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:8,1:3,1:5,6,0,2 chr4 187627792 . T C . . DP=17;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=47.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.946:16:0,9:0,7:0,0,6,10 chr4 187628174 . GACTTTCACACGATAATTAGGTGGAATAAATGTAGGTGGGTTGTCATTAACATCTTCTAGTGAT G . . DP=42;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=120,120;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:32,10:0.098:42:13,2:11,5:12,20,6,4 chr4 187628208 . G A . . DP=25;ECNT=2;MBQ=30,22;MFRL=121,86;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,4:0.249:18:6,2:8,2:8,6,1,3 chr4 187629095 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=119,91;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.234:15:4,1:8,2:5,7,2,1 chr4 187629896 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr4 187630037 . AT TG . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=150,63;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:6,2:4,0:6,4,1,1 chr4 187630394 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=112,150;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,0:1,2:2,1,1,1 chr4 188925176 . T TGAC . . DP=34;ECNT=1;MBQ=23,28;MFRL=95,138;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=30.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,9:0.278:34:16,5:8,4:8,17,2,7 chr4 188925339 . TG CA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,31;MFRL=175,158;MMQ=58,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr4 188925384 . AG CA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=24,33;MFRL=157,205;MMQ=58,55;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:188925384_AG_CA:188925384:0,2,0,1 chr4 188925392 . G C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=28,27;MFRL=194,205;MMQ=57,55;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:188925384_AG_CA:188925384:0,2,0,1 chr4 188925449 . T A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,24;MFRL=0,217;MMQ=60,57;MPOS=3;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:188925449_T_A:188925449:0,0,0,1 chr4 188925451 . T TAGCCGA . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,217;MMQ=60,57;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:188925449_T_A:188925449:0,0,0,1 chr4 189065104 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=14.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr4 190862083 . T C . . 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DP=14;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=107,114;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=8,7;RU=A;STR;TLOD=4.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.349:12:3,2:5,2:6,2,2,2 chr4 190874147 . AT A . . DP=51;ECNT=9;MBQ=27,29;MFRL=121,134;MMQ=49,23;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=T;STR;TLOD=10.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:42,5:0.121:47:24,3:14,2:24,18,5,0 chr4 190874157 . A G . . DP=54;ECNT=9;MBQ=26,31;MFRL=121,133;MMQ=48,23;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:46,6:0.115:52:31,2:14,4:26,20,6,0 chr4 190874160 . A T . . DP=59;ECNT=9;MBQ=27,25;MFRL=122,123;MMQ=48,46;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=13.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:50,9:0.162:59:27,7:18,2:33,17,4,5 chr4 190874167 . G A . . DP=79;ECNT=9;MBQ=31,24;MFRL=132,119;MMQ=48,49;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=67.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:47,26:0.363:73:23,19:21,7:32,15,15,11 chr4 190874175 . A G . . 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TGC T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=122,118;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:457211_TGC_T:457211:0,1,0,1 chr5 457215 . T A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,22;MFRL=122,118;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:457211_TGC_T:457211:0,1,0,1 chr5 457219 . C G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,26;MFRL=122,118;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:457211_TGC_T:457211:0,1,0,1 chr5 466811 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr5 475621 . T TG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,19;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=G;STR;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.695:1:0,0:0,0:0,0,1,0 chr5 475626 . C G . . 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DP=20;ECNT=2;MBQ=26,25;MFRL=138,97;MMQ=60,59;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=21.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,7:0.364:20:5,0:8,7:0|1:477524_G_T:477524:4,9,0,7 chr5 479905 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr5 481610 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=115,164;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=10.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,1:0,2:1,0,3,0 chr5 481818 . T TC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=C;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:481818_T_TC:481818:0,0,0,1 chr5 481821 . T TGTA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:481818_T_TC:481818:0,0,0,1 chr5 482653 . T C . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=23,27;MFRL=117,128;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,1:3,1:3,1,0,2 chr5 1034460 . GTTTGC G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,30;MFRL=99,76;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:1034460_GTTTGC_G:1034460:1,2,0,1 chr5 1034466 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,22;MFRL=99,76;MMQ=60,60;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:1034460_GTTTGC_G:1034460:1,2,0,1 chr5 1035482 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=27.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.911:8:0,5:0,3:0,0,2,6 chr5 1038250 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1038250_C_T:1038250:0,0,0,1 chr5 1038258 . C CT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1038250_C_T:1038250:0,0,0,1 chr5 1060400 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr5 1065683 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:1065683_A_C:1065683:0,0,0,2 chr5 1065689 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:1065683_A_C:1065683:0,0,0,2 chr5 1078898 . A G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=16.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,5:0,1:0,0,4,2 chr5 1078927 . GG TC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=158,97;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr5 1081668 . G A . . DP=14;ECNT=2;MBQ=33,31;MFRL=95,139;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=13.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.428:12:7,5:0,0:6,1,3,2 chr5 1081702 . A G . . DP=22;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=108,97;MMQ=60,60;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,8:0.412:20:12,4:0,4:7,5,4,4 chr5 1093609 . G GGGGCGGGGACT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=172,128;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=GGGCGGGGACT;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:1,0,1,0 chr5 1094389 . T A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=17,20;MFRL=94,98;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.636:3:0,2:0,0:0,1,1,1 chr5 1094461 . C CCCACTGAAAACGTCGGGTGATGGTT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1094461_C_CCCACTGAAAACGTCGGGTGATGGTT:1094461:0,0,0,1 chr5 1094466 . TG AA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,21;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1094461_C_CCCACTGAAAACGTCGGGTGATGGTT:1094461:0,0,0,1 chr5 1219583 . C A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr5 1221529 . C CAGG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=196,136;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr5 1235790 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=107,134;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.513:6:1,0:1,3:1,2,1,2 chr5 1243009 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=14.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,1,4 chr5 1244552 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,29;MFRL=180,94;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.494:2:1,1:0,0:0|1:1244552_C_T:1244552:0,1,0,1 chr5 1244553 . G GACCATCTTTGT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,32;MFRL=180,94;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:1244552_C_T:1244552:0,1,0,1 chr5 1244557 . AC TT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=23,25;MFRL=180,94;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:1244552_C_T:1244552:0,1,0,1 chr5 1282731 . AGCCAACCC A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=122,59;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,0:4,2:0|1:1282731_AGCCAACCC_A:1282731:2,5,1,1 chr5 1282743 . A C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=120,59;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:0|1:1282731_AGCCAACCC_A:1282731:1,5,1,1 chr5 1334507 . GA G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=9,8;RU=A;STR;TLOD=10.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.855:5:0,4:0,1:0,0,2,3 chr5 1334592 . GGC G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,150;MMQ=60,40;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GC;STR;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0|1:1334592_GGC_G:1334592:0,0,0,1 chr5 1334597 . A ATG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,150;MMQ=60,40;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:1334592_GGC_G:1334592:0,0,0,1 chr5 1401182 . C T . . DP=3;ECNT=6;MBQ=31,32;MFRL=73,115;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:1401182_C_T:1401182:1,1,0,1 chr5 1401195 . G C . . DP=3;ECNT=6;MBQ=32,33;MFRL=73,115;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:1401182_C_T:1401182:1,1,0,1 chr5 1401202 . C G . . DP=3;ECNT=6;MBQ=34,33;MFRL=73,115;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:1401182_C_T:1401182:1,1,0,1 chr5 1401208 . C A . . DP=3;ECNT=6;MBQ=30,25;MFRL=58,146;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,1:0.400:3:1,1:1,0:1|0:1401182_C_T:1401182:1,1,0,1 chr5 1401210 . G A . . DP=3;ECNT=6;MBQ=35,25;MFRL=58,146;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,1:0.400:3:1,1:0,0:1|0:1401182_C_T:1401182:1,1,0,1 chr5 1401213 . C CCAGACAACCACTGA . . DP=2;ECNT=6;MBQ=34,31;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1|0:1401182_C_T:1401182:1,0,0,1 chr5 1409881 . G A . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1443402_TT_AA:1443402:0,0,0,1 chr5 1470900 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=56,89;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=10.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.666:7:1,3:1,2:2,0,2,3 chr5 1473977 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=8.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr5 1479678 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,1,2 chr5 1481135 . CAGGGCCTGCACCA C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,33;MFRL=103,171;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=12.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,1:0,2:0,1,0,3 chr5 1483426 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr5 1814395 . TTGTA T . . 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DP=2;ECNT=4;MBQ=34,34;MFRL=202,106;MMQ=60,48;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:5463543_C_CTTCCAACA:5463543:0,1,0,1 chr5 5463545 . T TAC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,29;MFRL=202,106;MMQ=60,48;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:5463543_C_CTTCCAACA:5463543:0,1,0,1 chr5 5463547 . T TTGAATAGGAGTGGTGAGAGA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,30;MFRL=202,106;MMQ=60,48;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:5463543_C_CTTCCAACA:5463543:0,1,0,1 chr5 5464839 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=76,95;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,0:0,2:1,1,1,1 chr5 5469074 . C A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=143,128;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=8.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,4:0.278:16:7,0:5,4:5,7,4,0 chr5 5476223 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=138,126;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=7.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.369:9:4,0:1,3:1,5,0,3 chr5 5489524 . G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:5489524_G_A:5489524:0,0,0,1 chr5 5489526 . A ACAGAG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:5489524_G_A:5489524:0,0,0,1 chr5 5489530 . TTC AAA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:5489524_G_A:5489524:0,0,0,1 chr5 6372585 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=10.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,3:0,1:0,0,4,0 chr5 6377293 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=116,155;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.288:12:5,2:3,1:4,5,1,2 chr5 6378614 . G C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=21.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.896:7:0,2:0,5:0,0,3,4 chr5 6604205 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=9.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,0:0,0,3,0 chr5 6605532 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=17.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,2,4 chr5 6607125 . GAAC G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=17.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,2:0,0,0,4 chr5 6609936 . C A . . DP=32;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=120,183;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:28,3:0.120:31:13,3:15,0:18,10,3,0 chr5 6610085 . C T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=31,32;MFRL=163,174;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:4,0:0,1:0|1:6610085_C_T:6610085:0,4,0,1 chr5 6610108 . G C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=29,32;MFRL=186,174;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:6610085_C_T:6610085:0,2,0,1 chr5 6610114 . A C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=21,32;MFRL=175,174;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:6610085_C_T:6610085:0,1,0,1 chr5 6610115 . T TAGCA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,27;MFRL=175,174;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:6610085_C_T:6610085:0,1,0,1 chr5 6610116 . GATAC G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,34;MFRL=175,174;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:6610085_C_T:6610085:0,1,0,1 chr5 6611757 . A T . . 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DP=8;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=121,66;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.294:8:3,0:3,2:0|1:6620434_T_TC:6620434:1,5,1,1 chr5 6620459 . A G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=13.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr5 6623431 . G GC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=14,31;MFRL=156,0;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,1:0,0:0|1:6623431_G_GC:6623431:0,1,0,1 chr5 6623432 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=19,25;MFRL=156,0;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,1:0,0:0|1:6623431_G_GC:6623431:0,1,0,1 chr5 6737571 . A G,C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,33,30;MFRL=0,150,239;MMQ=60,60,60;MPOS=25,8;POPAF=7.30,7.30;TLOD=7.95,3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,2,1:0.500,0.333:3:0,1,0:0,1,1:0,0,3,0 chr5 6737576 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,28;MFRL=239,126;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=10.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,3:0.666:4:0,1:1,2:0|1:6737576_G_A:6737576:1,0,3,0 chr5 6737577 . T TGAAAGACCTTTGGCC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=24,24;MFRL=126,239;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:3,1:0.333:4:1,0:1,1:1|0:6737576_G_A:6737576:3,0,1,0 chr5 6739791 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=168,107;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.626:6:0,3:2,1:2,0,3,1 chr5 6743990 . A AATTGGGCCAGTTTCAATAATAATACCT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=26,27;MFRL=156,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr5 6744021 . C CA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:6744021_C_CA:6744021:0,0,0,1 chr5 6744023 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:6744021_C_CA:6744021:0,0,0,1 chr5 6744026 . T A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,21;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:6744021_C_CA:6744021:0,0,0,1 chr5 6746404 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=121,130;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:5,2:4,0:5,4,0,2 chr5 6748518 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr5 6748659 . T C . . DP=19;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=47.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,18:0.951:18:0,9:0,7:0,0,9,9 chr5 6754762 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,67;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr5 7690707 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,65;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr5 7690754 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,91;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=8.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr5 7691014 . C CATG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=131,93;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr5 7706833 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=135,158;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=12.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.545:9:4,3:0,2:3,1,4,1 chr5 7709479 . G GGCAGGGGATCC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr5 7713020 . ATC A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=TC;STR;TLOD=12.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr5 7713039 . TAAAGCTTATTGC T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,27;MFRL=192,160;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:1,1,0,1 chr5 7743742 . G C . . DP=11;ECNT=2;MBQ=20,21;MFRL=107,101;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=19.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,8:0.693:11:0,4:3,4:1,2,5,3 chr5 7743787 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=20,26;MFRL=89,2599863;MMQ=60,60;MPOS=7;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:6,0:3,2:5,4,1,1 chr5 7782231 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=12.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,4:0,0:0,0,3,1 chr5 7817117 . G T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=123,158;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.308:11:1,0:6,3:1,7,0,3 chr5 7820622 . T A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=116,152;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=4.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:2,2:4,0:6,0,2,0 chr5 7820774 . A T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=47,42557731;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:2,2,1,1 chr5 7835616 . G GA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=129,199;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=A;STR;TLOD=4.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr5 7861638 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=13.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,4,1 chr5 7862926 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=13.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,4,0 chr5 7866135 . TTGAGG T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=52.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.931:12:0,8:0,4:0,0,3,9 chr5 7868030 . T C . . DP=22;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=72.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.958:22:0,12:0,10:0,0,10,12 chr5 7883486 . G GGAGATTGGATCTTGTTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr5 7885782 . A AT . . DP=6;ECNT=2;MBQ=26,25;MFRL=142,184;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=12,13;RU=T;STR;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.426:5:1,1:2,1:0|1:7885782_A_AT:7885782:3,0,2,0 chr5 7885794 . T TTC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,25;MFRL=184,142;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=8.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,3:0.571:5:0,1:1,2:1|0:7885782_A_AT:7885782:2,0,3,0 chr5 7889241 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=121,145;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:4,2:3,0:6,1,1,1 chr5 7891584 . GGC G . . DP=16;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=107,175;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.167:16:6,2:8,0:2,12,0,2 chr5 7897414 . T C . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:11346732_A_T:11346732:0,0,0,1 chr5 11346734 . AT TC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:11346732_A_T:11346732:0,0,0,1 chr5 11346737 . G T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:11346732_A_T:11346732:0,0,0,1 chr5 11564995 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=162,112;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=9.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,2:1,1:1,0,2,1 chr5 13701525 . T C . . DP=21;ECNT=5;MBQ=29,20;MFRL=122,95;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,5:0.261:21:7,2:9,3:0|1:13701525_T_C:13701525:3,13,2,3 chr5 13701536 . T C . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=10,11;RU=A;STR;TLOD=14.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,3:0,1:0,0,4,1 chr5 17276986 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=47.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.933:13:0,6:0,7:0,0,0,13 chr5 19591449 . G GTAGAAAGTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=164,166;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr5 21751762 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,147;MMQ=60,40;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:21751762_A_T:21751762:0,0,1,0 chr5 21751764 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,147;MMQ=60,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:21751762_A_T:21751762:0,0,1,0 chr5 21751766 . A T . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=27,21;MFRL=55,502;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,0:1,1:0|1:26885747_G_A:26885747:0,2,1,0 chr5 26890036 . A C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=149,74;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:3,3:2,0:1,4,2,1 chr5 31267629 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=105,122;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:1,0:2,2:3,1,0,2 chr5 31267856 . A AGTG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr5 31297403 . TGTTGTCCAAGTCACTGCGACGGATGCAGATGATCCAACATATGGGAACAGTGCTAAA T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=120,142;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.289:11:0,0:2,2:5,2,1,3 chr5 31297528 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,24;MFRL=111,138;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:1,5,0,2 chr5 31305405 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=141,47;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.443:7:1,3:3,0:3,1,3,0 chr5 31305577 . C CTCAGGT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr5 31323510 . C CAGCTGGCAGCCAACTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr5 31401447 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=21,23;MFRL=150,156;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.518:4:0,0:1,2:2,0,2,0 chr5 31411052 . T TTGCTTTCTGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=103,226;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr5 31451825 . A ACAT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=24,21;MFRL=135,171;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0,3,0,1 chr5 31483596 . G A . . DP=9;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=24.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,5:0,4:0,0,7,2 chr5 31483753 . GA G . . DP=9;ECNT=3;MBQ=35,32;MFRL=76,0;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=16,15;RU=A;STR;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.316:4:2,0:1,1:0|1:31483753_GA_G:31483753:3,0,1,0 chr5 31483765 . A G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=29,23;MFRL=76,0;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.323:4:2,0:1,1:0|1:31483753_GA_G:31483753:3,0,1,0 chr5 31486540 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=14.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr5 31508970 . A G . . 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G T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=132,152;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=37.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,14:0.748:18:3,9:1,4:3,1,9,5 chr5 31551581 . A AAGAC . . DP=6;ECNT=3;MBQ=26,25;MFRL=155,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.282:5:2,0:2,1:0|1:31551581_A_AAGAC:31551581:2,2,0,1 chr5 31551583 . A C . . DP=6;ECNT=3;MBQ=25,23;MFRL=155,127;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.282:5:2,0:1,1:0|1:31551581_A_AAGAC:31551581:2,2,0,1 chr5 31551607 . T TCTATGTCAGAG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr5 31983819 . T G . . DP=17;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=140,157;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=22.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,9:0.526:17:5,0:3,9:1,7,0,9 chr5 31995878 . C CCCTCCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=149,111;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr5 32057651 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0,0,4,0 chr5 32058053 . T A . . DP=24;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=91,120;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=12.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:20,4:0.192:24:8,0:12,4:0|1:32058053_T_A:32058053:9,11,0,4 chr5 32058056 . A C . . DP=24;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=91,120;MMQ=60,59;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=12.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:20,4:0.192:24:7,0:9,3:0|1:32058053_T_A:32058053:9,11,0,4 chr5 32069857 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,255;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr5 32087228 . C T . . DP=12;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=134,90;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=16.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.571:12:3,3:2,4:1,4,2,5 chr5 32087253 . A G . . DP=11;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=141,90;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.615:11:3,3:1,4:1,3,2,5 chr5 32087374 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=64,75;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.666:7:1,2:1,3:2,0,3,2 chr5 32088645 . A ACACACTTGCTCCTTTCATGG . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=136,48;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.328:7:2,2:3,0:4,1,1,1 chr5 32089721 . GC TG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=24,25;MFRL=188,778;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:32089721_GC_TG:32089721:2,0,1,0 chr5 32089726 . G GACACATCGAGGAAT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=188,778;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:32089721_GC_TG:32089721:2,0,1,0 chr5 32090843 . C CCATTAGAGTTGTG . . DP=9;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=134,47;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.297:8:2,2:4,0:3,3,1,1 chr5 32090845 . C G . . DP=9;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=134,47;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.297:8:2,2:4,0:3,3,1,1 chr5 32101400 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=183,58;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:1,2:3,0:0,4,0,2 chr5 32135599 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr5 32249028 . C CACATCTACAACCATCTGAT . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=183,216;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.482:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr5 32263298 . A AC . . 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DP=7;ECNT=2;MBQ=28,21;MFRL=159,199;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.251:6:3,1:2,0:0,5,0,1 chr5 43527673 . C G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=10.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr5 43533992 . A G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=16.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr5 43533994 . T TCC . . DP=4;ECNT=5;MBQ=29,29;MFRL=152,155;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:43533994_T_TCC:43533994:0,3,0,1 chr5 43533995 . A AGGT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=27,23;MFRL=152,155;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:43533994_T_TCC:43533994:0,3,0,1 chr5 43534001 . A ATTATGGAGCAAAGAT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=27,26;MFRL=184,140;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr5 43534013 . G GAT . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,30;MFRL=215,152;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr5 43536855 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=16.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,3:0,2:0,0,5,0 chr5 43537075 . G C . . DP=26;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=116,78;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,3:0.154:24:11,0:9,3:6,15,1,2 chr5 43547856 . C T . . DP=26;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=130,97;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=16.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,8:0.318:26:12,3:6,5:9,9,4,4 chr5 43548030 . T TG . . DP=9;ECNT=6;MBQ=28,31;MFRL=133,75;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=6.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.296:8:1,0:4,2:0|1:43548030_T_TG:43548030:1,5,0,2 chr5 43548034 . A G . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=24,29;MFRL=146,145;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=TTAT;STR;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.330:4:0,0:3,1:3,0,1,0 chr5 43645663 . TTA T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=136,162;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=TA;STR;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr5 43659294 . A C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=165,63;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:2,2:5,0:0|1:43659294_A_C:43659294:6,2,1,1 chr5 43659295 . T TCGAACTCC . . DP=10;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=165,63;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:2,2:6,0:0|1:43659294_A_C:43659294:6,2,1,1 chr5 43677772 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr5 44388482 . G GAATCAACCCA . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr5 50055456 . C CTT,CTTTT . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,19,29;MFRL=0,109,127;MMQ=60,60,50;MPOS=22,3;POPAF=7.30,7.30;RPA=16,18,20;RU=T;STR;TLOD=5.81,3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,3,2:0.526,0.388:5:0,1,0:0,0,2:0,0,2,3 chr5 50056085 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=170,177;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.249:10:5,0:3,2:8,0,2,0 chr5 50056181 . A G . . DP=49;ECNT=1;MBQ=20,35;MFRL=107,103;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:46,2:0.060:48:23,2:23,0:22,24,2,0 chr5 50057782 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=132,148;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=18.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.585:10:1,3:3,3:1,3,0,6 chr5 50122645 . GT G,GTT . . 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G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=133,180;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=9.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.374:14:3,1:5,4:7,2,4,1 chr5 52382748 . A T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=153,139;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=10.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:0,2:2,2:2,0,4,0 chr5 52394436 . C T . . DP=41;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=100,71;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:36,5:0.138:41:12,0:23,5:24,12,2,3 chr5 52397420 . A T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr5 52398114 . TTA T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,204;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=TA;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr5 52404277 . T TTAC . . DP=7;ECNT=3;MBQ=27,28;MFRL=61,130;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=20.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,5:0.667:7:1,4:1,1:0|1:52404277_T_TTAC:52404277:2,0,5,0 chr5 52404287 . T G . . DP=9;ECNT=3;MBQ=26,34;MFRL=135,130;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=19.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,5:0.546:9:3,4:1,1:0|1:52404277_T_TTAC:52404277:4,0,5,0 chr5 52404312 . C T . . DP=14;ECNT=3;MBQ=34,26;MFRL=148,125;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=23.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,9:0.716:12:3,5:0,4:3,0,6,3 chr5 52404525 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=155,154;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,2:1,0:0,3,0,2 chr5 52776657 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=95,99;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,0:2,2:2,1,1,1 chr5 52780862 . G A . . DP=26;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=113,79;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,2:0.118:23:14,2:7,0:0|1:52780862_G_A:52780862:11,10,1,1 chr5 52780864 . G A . . 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DP=3;ECNT=3;MBQ=25,33;MFRL=164,177;MMQ=60,40;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:64817458_AT_GC:64817458:0,2,0,1 chr5 64817462 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=28,33;MFRL=164,177;MMQ=60,40;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:64817458_AT_GC:64817458:0,2,0,1 chr5 64817465 . GC TT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=164,177;MMQ=60,40;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:64817458_AT_GC:64817458:0,2,0,1 chr5 64838584 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=120,149;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=11.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.374:14:5,2:4,3:7,2,3,2 chr5 64838726 . A AAAACAAAAAACAACAAACAAAAAAC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=25,27;MFRL=247,89;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.475:2:1,0:0,1:0|1:64838726_A_AAAACAAAAAACAACAAACAAAAAAC:64838726:0,1,0,1 chr5 64838730 . T A . . 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A T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr5 71533945 . T A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=105,106;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.167:16:12,0:2,2:5,9,2,0 chr5 71591428 . A C . . DP=28;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=121,109;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=11.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:23,5:0.200:28:8,0:15,5:4,19,0,5 chr5 71631528 . C A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr5 71654084 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=132,623;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.270:9:3,2:4,0:3,4,0,2 chr5 71739546 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,19;MFRL=0,40;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.749:2:0,1:0,0:0,0,2,0 chr5 71743024 . G C . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=183,116;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:72157835_A_AGTAAT:72157835:0,1,0,1 chr5 72182857 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=16.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,4,1 chr5 72185591 . CT C . . DP=24;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=116,111;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=15,14;RU=T;STR;TLOD=6.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,6:0.279:22:3,2:9,3:12,4,5,1 chr5 72187746 . A T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=823,146;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:72187746_A_T:72187746:0,2,0,1 chr5 72187747 . ATCT A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,22;MFRL=823,146;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:72187746_A_T:72187746:0,2,0,1 chr5 72192419 . T G . . DP=21;ECNT=3;MBQ=28,33;MFRL=135,151;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,2:0.136:20:11,0:6,2:5,13,0,2 chr5 72192434 . C T . . DP=20;ECNT=3;MBQ=26,29;MFRL=144,180;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,2:0.142:19:8,1:9,1:2,15,0,2 chr5 72192454 . C T . . DP=17;ECNT=3;MBQ=26,30;MFRL=163,105;MMQ=60,40;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.175:15:7,1:6,1:0,13,0,2 chr5 72199552 . G GTGTT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=145,57;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.321:7:3,2:1,0:0|1:72199552_G_GTGTT:72199552:3,2,1,1 chr5 72199555 . A ATTTTGGATAGTATCTAT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=145,57;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.321:7:4,2:1,0:0|1:72199552_G_GTGTT:72199552:3,2,1,1 chr5 72201058 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=18.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,6,0 chr5 72201291 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,22;MFRL=158,105;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:72201291_G_A:72201291:0,1,0,1 chr5 72201292 . G GCAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,33;MFRL=158,105;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:72201291_G_A:72201291:0,1,0,1 chr5 72347188 . G A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=119,76;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,3:0.180:20:6,3:11,0:11,6,2,1 chr5 72424224 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=109,145;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.167:16:7,0:7,2:9,5,1,1 chr5 72798502 . GTT G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=14,12;RU=T;STR;TLOD=10.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,1:0,0,0,3 chr5 72798724 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=123,116;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=9.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:1,0:1,3:2,0,3,0 chr5 72866584 . GTTTGTTTAAAATCAGTTGCTCTTTGTAATTTATCAGTGTGCATTTGAATTGCATATCTAAGTC G . . DP=7;ECNT=4;MBQ=31,34;MFRL=125,207;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.256:6:2,0:3,1:0,5,0,1 chr5 72866620 . G C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,33;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0|1:72866620_G_C:72866620:0,0,0,1 chr5 72866624 . G GCTGTTA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0|1:72866620_G_C:72866620:0,0,0,1 chr5 72866628 . T A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0|1:72866620_G_C:72866620:0,0,0,1 chr5 73048702 . TG T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=24,29;MFRL=132,44;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=G;STR;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,2:0.151:18:5,2:10,0:9,7,0,2 chr5 73072504 . A C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=147,160;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=14.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,6:0.500:12:3,2:3,4:2,4,0,6 chr5 73090165 . A AGTT . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=116,170;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=GTT;STR;TLOD=11.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:1,1:1,2:2,0,3,0 chr5 73091149 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=117,132;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:4,2:1,1:4,1,3,0 chr5 73153389 . TACAC T . . 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T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,34;MFRL=100,136;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=9.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.501:6:3,1:0,2:1,2,0,3 chr5 78326797 . CC TT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=147,152;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0,3,1,0 chr5 78328702 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=73,150;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:78328702_C_T:78328702:0,2,0,1 chr5 78328726 . G GTT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,31;MFRL=89,150;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:78328702_C_T:78328702:0,2,0,1 chr5 78340448 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,181;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr5 78373482 . T C . . 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G GA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=10,11;RU=A;STR;TLOD=5.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr5 86679495 . T TA . . DP=16;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=105,124;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=18,19;RU=A;STR;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.471:11:2,3:4,2:4,2,4,1 chr5 86679676 . CT C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=14,13;RU=T;STR;TLOD=4.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.793:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr5 86685143 . TG CA . . DP=11;ECNT=2;MBQ=26,33;MFRL=150,147;MMQ=60,40;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:2,2:6,0:9,0,2,0 chr5 86685157 . C A . . DP=14;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=150,147;MMQ=60,40;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.199:13:4,2:7,0:9,2,2,0 chr5 87493557 . C G . . DP=26;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=97,93;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,2:0.107:26:12,2:10,0:12,12,1,1 chr5 87498902 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=149,156;MMQ=60,54;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:1,2:2,0:0,3,0,2 chr5 87502325 . G A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=29.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,19:0.952:19:0,13:0,3:0,0,9,10 chr5 87503087 . GACT G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=229,269;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr5 87524307 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=124,177;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.175:15:3,0:10,2:4,9,1,1 chr5 88027766 . T TGTAAAAAAGGAAATATCTTCGTATAA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr5 88047737 . A G . . DP=24;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=141,132;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,3:0.160:23:10,3:9,0:16,4,3,0 chr5 88119683 . T C . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,83;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr5 94230578 . T G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=0,74;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.425:5:0,2:2,0:0|1:94230578_T_G:94230578:1,2,1,1 chr5 94230582 . T C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=82,74;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.497:4:1,1:1,0:0|1:94230578_T_G:94230578:1,1,1,1 chr5 94248596 . C T . . DP=14;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=119,44;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=9.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,3:0.265:13:4,0:5,2:0|1:94248596_C_T:94248596:4,6,2,1 chr5 94248598 . T TCTCTCTCTCTC . . DP=13;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=119,44;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=9.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,3:0.267:13:4,0:6,3:0|1:94248596_C_T:94248596:4,6,2,1 chr5 94259796 . C T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=143,95;MMQ=60,55;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.192:17:5,0:9,2:1,13,1,2 chr5 94728631 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=127,157058;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:1,6,0,2 chr5 94749969 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,34;MFRL=151,227;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr5 94764288 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=111,146;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.308:11:4,1:4,2:4,4,1,2 chr5 94772540 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=27.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,5:0,6:0,0,7,4 chr5 94805654 . CA C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=18,32;MFRL=160,121;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:94805654_CA_C:94805654:0,1,0,1 chr5 94805657 . A T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=14,27;MFRL=160,121;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:94805654_CA_C:94805654:0,1,0,1 chr5 94805661 . A C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=14,34;MFRL=160,121;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:94805654_CA_C:94805654:0,1,0,1 chr5 94805715 . C CTT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=T;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr5 94834331 . CTT C,CT . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,22,20;MFRL=0,139,177;MMQ=60,60,48;MPOS=32,17;POPAF=7.30,7.30;RPA=16,14,15;RU=T;STR;TLOD=3.09,12.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,2,5:0.298,0.618:7:0,2,1:0,0,2:0,0,0,7 chr5 94845231 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.603:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr5 94852180 . G A . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=173,103;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:1,2,0,1 chr5 95018407 . C CTCTGAGTGATT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,33;MFRL=173,103;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:1,2,0,1 chr5 95119537 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=104,0;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.201:13:6,1:4,1:3,8,2,0 chr5 95224700 . GA G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=140,127;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=18,17;RU=A;STR;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.433:7:1,1:1,2:4,0,3,0 chr5 95236833 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=104,120;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,0:3,2:0,7,0,2 chr5 95236866 . ACTG A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=165,103;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0,4,0,1 chr5 95278679 . G A . . 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DP=21;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=115,44;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,2:0.130:21:5,1:10,1:9,10,1,1 chr5 112439941 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=9;PON;POPAF=7.30;TLOD=16.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,3:0,2:0,0,4,1 chr5 112487137 . A C . . DP=19;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=117,100;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,6:0.332:19:6,5:7,0:7,6,3,3 chr5 112720648 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=125,148;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:2,0,1,1 chr5 112770492 . C CCCCAGGAGAATCACTTGAA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.666:1:0,0:0,1:0|1:112770492_C_CCCCAGGAGAATCACTTGAA:112770492:0,0,0,1 chr5 112770502 . T C . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=171,142;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=8.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,2:0,1:0,1,0,3 chr5 115339086 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=23.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,6:0,1:0,0,2,5 chr5 115341611 . G T . . DP=15;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=40.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.941:15:0,11:0,3:0,0,3,12 chr5 115341638 . G C . . DP=14;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=39.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.935:13:0,8:0,5:0,0,3,10 chr5 115351089 . G A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=32,27;MFRL=116,74;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:115351089_G_A:115351089:1,2,0,1 chr5 115351094 . A C . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=160,192;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:115811403_T_G:115811403:0,1,0,1 chr5 115814496 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=10.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr5 115822489 . G A . . DP=26;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=132,115;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=36.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,15:0.571:26:3,9:8,6:5,6,9,6 chr5 115827356 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=17.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.884:6:0,2:0,4:0,0,6,0 chr5 115827407 . G A . . DP=15;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=39.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.939:14:0,5:0,8:0,0,11,3 chr5 115831092 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=30.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,4:0,6:0,0,8,2 chr5 115837950 . GA G . . DP=31;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=99,110;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=13.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,5:0.194:29:13,0:11,5:12,12,0,5 chr5 118500981 . TAAA T,TAA . . DP=11;ECNT=1;MBQ=21,24,19;MFRL=75,120,152;MMQ=60,60,60;MPOS=18,24;POPAF=7.30,7.30;RPA=18,15,17;RU=A;STR;TLOD=4.19,3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,3,2:0.349,0.328:7:1,1,1:0,2,0:1,1,2,3 chr5 118506603 . A C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=29,28;MFRL=138,131;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.574:5:1,1:1,2:1,1,0,3 chr5 118506685 . G A . . DP=18;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=121,91;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=15.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,8:0.472:17:4,1:5,7:4,5,4,4 chr5 118506796 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,24;MFRL=156,132;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.341:4:2,0:0,1:0|1:118506796_C_T:118506796:2,1,1,0 chr5 118506802 . C T . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=21.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,2:0,5:0,0,1,6 chr5 122700371 . G GGAGGCTGGAGAGACAAAAGAAC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,33;MFRL=138,116;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:1,0:0,1:0|1:122700371_G_GGAGGCTGGAGAGACAAAAGAAC:122700371:0,1,0,1 chr5 122700374 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=138,116;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,0:0,1:0|1:122700371_G_GGAGGCTGGAGAGACAAAAGAAC:122700371:0,1,0,1 chr5 122713989 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=102,112;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=18.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.600:13:3,5:2,3:4,1,7,1 chr5 122714173 . CTT C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=145,132;MMQ=60,54;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=7.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,0:1,2:0,3,0,2 chr5 122722370 . T A . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=160,134;MMQ=60,43;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.367:9:4,0:2,3:0,6,0,3 chr5 125880589 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,33;MFRL=131,166;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr5 125887685 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=13.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.879:6:0,4:0,1:0,0,5,1 chr5 125896918 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr5 125898834 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=10.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,2,1 chr5 125904118 . C CGCCACCATGCCCAGCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:1,0,0,1 chr5 125915685 . TTTAATTG T . . 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TAC T . . DP=26;ECNT=3;MBQ=26,24;MFRL=144,126;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=AC;STR;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.153:17:6,1:6,1:8,7,1,1 chr5 139494846 . TAA T,TA,TAAA . . DP=86;ECNT=3;MBQ=27,22,26,26;MFRL=120,92,117,91;MMQ=60,60,60,60;MPOS=9,13,20;POPAF=7.30,7.30,7.30;RPA=15,13,14,16;RU=A;STR;TLOD=3.41,24.53,15.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2/3:29,4,17,14:0.059,0.248,0.217:64:8,2,5,9:19,2,9,3:14,15,19,16 chr5 139494865 . G T . . DP=113;ECNT=3;MBQ=30,15;MFRL=104,108;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:106,5:0.032:111:50,0:43,0:46,60,5,0 chr5 139497997 . T G . . DP=29;ECNT=3;MBQ=28,30;MFRL=115,95;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:25,2:0.102:27:13,2:12,0:0|1:139497997_T_G:139497997:7,18,0,2 chr5 139498001 . C G . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=131,52;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:0,0:3,2:2,1,1,1 chr5 140389447 . G C . . DP=23;ECNT=1;MBQ=32,18;MFRL=105,125;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,3:0.158:23:11,0:8,1:13,7,1,2 chr5 140432194 . GAA G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=144,39;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=4,2;RU=A;STR;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:0|1:140432194_GAA_G:140432194:4,0,0,2 chr5 140432197 . A ATTGTC . . DP=6;ECNT=3;MBQ=28,23;MFRL=144,39;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,2:1,0:0|1:140432194_GAA_G:140432194:4,0,0,2 chr5 140432199 . G T . . DP=6;ECNT=3;MBQ=32,27;MFRL=144,39;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,1:2,0:0|1:140432194_GAA_G:140432194:4,0,0,2 chr5 140433155 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=101,79;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:6,2:3,0:3,6,0,2 chr5 140474652 . A C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=121,57;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.296:8:2,0:4,2:0|1:140474652_A_C:140474652:3,3,1,1 chr5 140474655 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=121,57;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:0|1:140474652_A_C:140474652:3,3,1,1 chr5 140475198 . C CG,CATTCCTGGGTGA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=33,25,31;MFRL=101,96,181;MMQ=60,60,60;MPOS=4,2;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.37,3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,1,1:0.286,0.286:4:1,1,1:1,0,0:0,2,0,2 chr5 140475199 . T TTTTGCG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=25,28;MFRL=102,96;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr5 140475250 . A G . . 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DP=2;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr5 142393790 . G GT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,30;MFRL=157,126;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:142393790_G_GT:142393790:0,1,0,1 chr5 142393794 . CC GA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,29;MFRL=157,126;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:142393790_G_GT:142393790:0,1,0,1 chr5 142393798 . T G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=29,26;MFRL=157,126;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:142393790_G_GT:142393790:0,1,0,1 chr5 142416741 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,64;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=17.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.874:6:0,3:0,2:0,0,3,3 chr5 142545710 . GA CC . . 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CTCTCCCT C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=122,53;MMQ=60,50;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:3,0,1,1 chr5 148681947 . C CTGTAGCGTCTTCTGCT . . DP=6;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=107,53;MMQ=60,50;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:0|1:148681947_C_CTGTAGCGTCTTCTGCT:148681947:3,1,1,1 chr5 148681954 . CT AA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,22;MFRL=107,53;MMQ=60,39;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:148681947_C_CTGTAGCGTCTTCTGCT:148681947:3,1,0,1 chr5 148686952 . GTGACGCCTGCAGATAATGACTC G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=123,211;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:4,0:0,1:3,1,0,1 chr5 148725199 . A G . . DP=24;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=68.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,23:0.961:23:0,10:0,11:0,0,8,15 chr5 148725225 . G GC . . 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T C . . DP=15;ECNT=3;MBQ=26,28;MFRL=102,128;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=20.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,8:0.530:15:5,4:2,4:2,5,5,3 chr5 149001318 . T A . . DP=16;ECNT=3;MBQ=26,23;MFRL=137,142;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.167:16:6,2:8,0:0|1:149001318_T_A:149001318:10,4,0,2 chr5 149001319 . GTGGC G . . DP=18;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=116,142;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:6,2:8,0:0|1:149001318_T_A:149001318:12,4,0,2 chr5 149006837 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,65;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=13.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr5 149006879 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,190;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr5 149200216 . TCTC T . . 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DP=24;ECNT=3;MBQ=26,33;MFRL=104,56;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:22,2:0.115:24:11,0:10,1:0|1:149375163_G_T:149375163:14,8,1,1 chr5 149391994 . T TTAGAGATGGGGTCTCACTGCATTG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=116,122;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr5 149416486 . C T . . DP=29;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=112,52;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:26,3:0.128:29:11,0:14,3:10,16,1,2 chr5 149417044 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=129,147;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.319:10:5,2:2,1:1,6,0,3 chr5 149421618 . G GAACC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,181;MMQ=60,48;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:149421618_G_GAACC:149421618:0,0,0,1 chr5 149421620 . T TGA . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=134,210;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:4,0:2,2:5,1,2,0 chr5 149437257 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:149437257_C_T:149437257:0,0,0,1 chr5 149437260 . TT CC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:149437257_C_T:149437257:0,0,0,1 chr5 149456771 . CT AA . . DP=7;ECNT=1;MBQ=34,31;MFRL=120,145;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=11.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.574:5:2,3:0,0:2,0,3,0 chr5 149460483 . C T . . DP=27;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=110,84;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:23,2:0.109:25:18,0:5,2:10,13,1,1 chr5 149497107 . GCACA G . . 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DP=24;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=102,119;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=33.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,14:0.600:23:3,6:6,8:5,4,9,5 chr5 149919868 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=181,153;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr5 149921313 . CA AG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=34,24;MFRL=191,113;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:149921313_CA_AG:149921313:0,3,0,1 chr5 149921317 . CCCGGATAATT C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=34,29;MFRL=186,113;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:3,0:0|1:149921313_CA_AG:149921313:0,4,0,1 chr5 149931222 . T G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,199;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr5 149931421 . A ACGGAACGGAAT . . 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TA T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,26;MFRL=122,187;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:153795539_TA_T:153795539:0,1,0,1 chr5 153795542 . GGCAAT G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,31;MFRL=122,187;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:153795539_TA_T:153795539:0,1,0,1 chr5 153795552 . T A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,24;MFRL=0,187;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:153795539_TA_T:153795539:0,0,0,1 chr5 153795554 . C T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,187;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:153795539_TA_T:153795539:0,0,0,1 chr5 153857512 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:153857512_C_T:153857512:0,0,0,1 chr5 153857516 . GGGTGC G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:153857512_C_T:153857512:0,0,0,1 chr5 154135684 . A C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=13,12;MFRL=143,125;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:0,0:0|1:154135684_A_C:154135684:4,0,1,0 chr5 154135688 . T G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=18,16;MFRL=143,125;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:1,0:0|1:154135684_A_C:154135684:4,0,1,0 chr5 154170349 . C A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=102,143;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=9.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.627:6:1,3:1,1:1,1,1,3 chr5 154172202 . G T . . DP=19;ECNT=2;MBQ=30,28;MFRL=122,182;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.161:16:9,2:5,0:0|1:154172202_G_T:154172202:7,7,0,2 chr5 154172203 . C CTCCATTCTTTTCCTCCCCTGATT . . DP=18;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=122,182;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.163:16:9,2:4,0:0|1:154172202_G_T:154172202:7,7,0,2 chr5 154174808 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=137,127;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.301:8:1,0:5,2:4,2,2,0 chr5 154179357 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=132,180;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=9.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.462:9:2,4:2,0:2,3,2,2 chr5 154183957 . GA G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,32;MFRL=156,156;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=A;STR;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0|1:154183957_GA_G:154183957:0,2,0,2 chr5 154183961 . A T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,29;MFRL=156,156;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0|1:154183957_GA_G:154183957:0,2,0,2 chr5 154210339 . C CAGG . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=130,126;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=20.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,6:0.500:12:4,4:2,2:4,2,4,2 chr5 154217616 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=148,130;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:3,1,2,0 chr5 154243039 . C CATGATCTTGGCT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=181,137;MMQ=60,57;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:0,2,0,2 chr5 154254757 . G A . . DP=2;ECNT=7;MBQ=26,31;MFRL=150,209;MMQ=60,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:154254757_G_A:154254757:1,0,1,0 chr5 154254765 . T C . . DP=2;ECNT=7;MBQ=25,31;MFRL=150,209;MMQ=60,40;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:154254757_G_A:154254757:1,0,1,0 chr5 154254776 . CA C . . DP=2;ECNT=7;MBQ=30,32;MFRL=150,209;MMQ=60,40;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:154254776_CA_C:154254776:1,0,1,0 chr5 154254778 . G T . . DP=2;ECNT=7;MBQ=32,27;MFRL=150,209;MMQ=60,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:154254776_CA_C:154254776:1,0,1,0 chr5 154254781 . G T . . DP=2;ECNT=7;MBQ=32,27;MFRL=150,209;MMQ=60,40;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:154254776_CA_C:154254776:1,0,1,0 chr5 154254785 . T C . . DP=2;ECNT=7;MBQ=24,33;MFRL=150,209;MMQ=60,40;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:154254776_CA_C:154254776:1,0,1,0 chr5 154254789 . A T . . DP=2;ECNT=7;MBQ=26,27;MFRL=150,209;MMQ=60,40;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:154254776_CA_C:154254776:1,0,1,0 chr5 154267818 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=98,143;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=9.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,4:0.265:17:8,4:4,0:6,7,4,0 chr5 154278888 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=19.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,1,5 chr5 154280916 . CTT C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=21,20;MFRL=120,78;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.210:12:5,2:5,0:6,4,1,1 chr5 154282235 . T C . . DP=10;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=83,97;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=23.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,6:0.584:10:2,2:2,4:0|1:154282235_T_C:154282235:2,2,3,3 chr5 154282243 . G C . . DP=11;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=83,89;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=25.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,7:0.616:11:2,3:1,4:0|1:154282235_T_C:154282235:2,2,3,4 chr5 154282278 . C CCAACACGCAGCCTCTAAAAGCTTTATAGTA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,30;MFRL=104,89;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr5 154287115 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=24,32;MFRL=131,122;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=30.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,9:0.833:10:0,5:1,4:1,0,9,0 chr5 154291219 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=8.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr5 154291494 . C T . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,31;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.328:4:2,0:1,1:0|1:154291494_C_T:154291494:0,3,0,1 chr5 154291496 . G A . . 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G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=106,1124;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,1:3,1:2,3,1,1 chr5 160972143 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=122,161;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:160972143_C_T:160972143:1,0,0,1 chr5 160972146 . AC A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=14,25;MFRL=122,161;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=C;STR;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:160972143_C_T:160972143:1,0,0,1 chr5 161178716 . T TG . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=124,35;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:4,0:3,2:6,1,2,0 chr5 161322889 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=9.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,1,2 chr5 161495146 . T C . . 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G C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,31;MFRL=59,110;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:0,2,0,2 chr5 171517443 . A ATC . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:171517443_A_ATC:171517443:0,0,0,1 chr5 171517444 . G T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:171517443_A_ATC:171517443:0,0,0,1 chr5 171517449 . G GGGGGTGGTT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:171517443_A_ATC:171517443:0,0,0,1 chr5 171532851 . CTTTCACA C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=123,166;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.504:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr5 171638806 . AT A . . 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AG CC . . DP=10;ECNT=2;MBQ=25,19;MFRL=113,65;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:5,1:2,0:0|1:31607243_A_AC:31607243:4,4,1,1 chr6 31610828 . G GTTTGTTATAATGA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=129,115;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.493:2:1,1:0,0:0|1:31610828_G_GTTTGTTATAATGA:31610828:0,1,0,1 chr6 31610831 . GC CT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,22;MFRL=129,115;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:31610828_G_GTTTGTTATAATGA:31610828:0,1,0,1 chr6 31611777 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=142,144;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:0,1:4,1:2,2,1,1 chr6 31612301 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=111,157;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.212:12:5,1:5,1:7,3,1,1 chr6 31612929 . G GCTCC . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=52,109;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:2,0,1,1 chr6 32138009 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=145,160;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:5,1:6,1:6,5,0,2 chr6 32138617 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr6 32147291 . CT C . . DP=20;ECNT=1;MBQ=20,34;MFRL=117,149;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=T;STR;TLOD=4.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.239:15:7,1:4,2:6,6,1,2 chr6 32147761 . T C . . DP=29;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=102,76;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:23,2:0.109:25:10,0:12,2:12,11,2,0 chr6 32151994 . A T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=192,114;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=10.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:2,2:1,2:0,3,1,3 chr6 32154725 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=151,100;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:2,2:3,0:2,3,0,2 chr6 32159179 . C A . . DP=21;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=135,96;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,3:0.181:20:8,2:9,1:8,9,0,3 chr6 32164873 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=135,98;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:0,3,1,1 chr6 32171622 . G A . . DP=21;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=111,106;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,2:0.136:20:5,2:13,0:8,10,2,0 chr6 32171961 . TGGCAGGCTGCAGTGCCTGTGGGGTGGCAGGGCTGGTCCAGACACTCGTCCACGTCTCCCTCACAGCGTAGCCCCACAAAGCCTGGAG T . . DP=21;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=120,107;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,4:0.148:21:2,0:1,2:13,4,1,3 chr6 32172065 . T G . . DP=18;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=118,147;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=13.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,6:0.349:18:4,3:8,3:6,6,2,4 chr6 32178512 . C G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=73,67;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.189:14:6,0:5,2:4,8,1,1 chr6 32180768 . CAA C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=243,159;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:32180768_CAA_C:32180768:0,1,0,1 chr6 32180771 . CCACAGG C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,23;MFRL=192,159;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:32180768_CAA_C:32180768:1,1,0,1 chr6 32185039 . G GCTCACTCCTGT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=144,140;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:1,2,0,1 chr6 32190719 . T TGGGGGGGGGGGGGGGG . . 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DP=18;ECNT=2;MBQ=30,23;MFRL=95,123;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,4:0.249:18:9,1:5,3:5,9,2,2 chr6 32290954 . A G . . DP=14;ECNT=2;MBQ=25,34;MFRL=116,123;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.188:14:8,1:4,1:4,8,1,1 chr6 32291359 . T G . . DP=28;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=122,75;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=17.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,7:0.276:27:11,3:9,4:9,11,0,7 chr6 32292392 . C CAACT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=32,33;MFRL=152,1467049;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.297:8:3,1:3,1:5,1,0,2 chr6 32292403 . G T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=33,26;MFRL=164,152;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.329:7:2,1:3,1:3,2,2,0 chr6 32298372 . A G . . DP=31;ECNT=4;MBQ=24,31;MFRL=97,0;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=17.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,7:0.258:29:11,4:11,3:10,12,7,0 chr6 32298441 . A C . . 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DP=14;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=114,101;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=7.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.284:12:5,0:4,3:9,0,3,0 chr6 32363844 . C T . . DP=20;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=102,101;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=9.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,6:0.316:20:9,0:5,5:9,5,4,2 chr6 32363955 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=24,32;MFRL=122,113;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.253:10:4,2:3,0:3,5,1,1 chr6 32370835 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,33;MFRL=110,13748127;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:6,1:4,1:2,8,0,2 chr6 32410941 . T C . . DP=12;ECNT=3;MBQ=25,28;MFRL=129,125;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=11.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.428:12:5,1:2,4:6,1,3,2 chr6 32410987 . A G . . DP=19;ECNT=3;MBQ=24,33;MFRL=126,128;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,4:0.249:18:6,2:8,2:9,5,1,3 chr6 32411035 . A C . . 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DP=5;ECNT=16;MBQ=31,30;MFRL=139,132;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0,4,0,1 chr6 32726577 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr6 32726803 . C T . . DP=11;ECNT=3;MBQ=26,26;MFRL=123,126;MMQ=24,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=25.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,9:0.770:11:0,5:2,4:1,1,7,2 chr6 32726838 . C T . . DP=11;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,121;MMQ=60,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=33.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,5:0,6:0,0,7,4 chr6 32727004 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,208;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=13.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr6 32729583 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=132,403;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:1,0:4,2:5,0,2,0 chr6 32729642 . G C . . 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AACTCCCGGCCCTGCACTCTGATAGATACATCGCAGAGCTGGCCCTGCAGACGCTGCTGATTGAGGG A . . DP=35;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=127,173;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:33,2:0.081:35:7,2:7,0:15,18,1,1 chr6 33289373 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,28;MFRL=134,0;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:33289373_G_A:33289373:1,1,1,0 chr6 33289376 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=134,0;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:33289373_G_A:33289373:1,1,1,0 chr6 33289380 . G GA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=179,0;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:33289373_G_A:33289373:1,0,1,0 chr6 33290597 . T TGGGGGGG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=24,14;MFRL=104,190;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.394:3:0,0:1,0:0,2,1,0 chr6 33359820 . A C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=19.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.884:6:0,3:0,3:0,0,1,5 chr6 33365976 . TGGGGG T . . DP=36;ECNT=1;MBQ=22,24;MFRL=104,31;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=6,1;RU=G;STR;TLOD=8.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,4:0.151:26:16,1:5,3:10,12,2,2 chr6 33371949 . G C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:33371949_G_C:33371949:0,0,0,1 chr6 33371954 . G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:33371949_G_C:33371949:0,0,0,1 chr6 33371955 . G GAGCTGCCCTACCCCCACCCCAGAA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,34;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:33371949_G_C:33371949:0,0,0,1 chr6 33379950 . A C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=155,128;MMQ=60,30;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:3,2:4,0:7,0,2,0 chr6 33382416 . CTG C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=TG;STR;TLOD=17.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,3:0,1:0,0,4,0 chr6 33382943 . G T . . DP=12;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=33.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,5:0,6:0,0,4,7 chr6 33382955 . G C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=35,27;MFRL=176,108;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=18.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.702:8:1,3:1,3:1,1,3,3 chr6 33387941 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:33387941_C_T:33387941:0,0,1,0 chr6 33387958 . A C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:33387941_C_T:33387941:0,0,1,0 chr6 33388032 . C T . . DP=9;ECNT=3;MBQ=32,27;MFRL=0,35;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.302:8:1,2:4,0:1,5,1,1 chr6 33400041 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=125,75;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:2,0:3,2:5,0,2,0 chr6 33402889 . AG CC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,13;MFRL=141,119;MMQ=60,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:1,0:2,2,1,0 chr6 33403152 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=177,105;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:33403152_A_G:33403152:0,3,0,1 chr6 33403154 . A ATTCCTG . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr6 33633527 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=11.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,4,0 chr6 33635086 . G GCCCTCACT . . DP=6;ECNT=2;MBQ=34,20;MFRL=104,58;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.424:5:0,2:3,0:0|1:33635086_G_GCCCTCACT:33635086:0,3,1,1 chr6 33635089 . C CTCT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=34,29;MFRL=104,58;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:0,1:3,0:0|1:33635086_G_GCCCTCACT:33635086:0,3,1,1 chr6 33636232 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=13.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,4,0 chr6 33638657 . G A . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,122;MMQ=60,24;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=14.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,5:0,0:0,0,0,5 chr6 33654897 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr6 33655173 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,34;MFRL=94,155;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr6 33656969 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=12.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,4,0 chr6 33658066 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr6 33658953 . TCAGGAC T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=181,132;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CAGGAC;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr6 33659536 . A G . . DP=19;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=61.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,19:0.952:19:0,7:0,11:0,0,8,11 chr6 33659550 . C CG . . DP=21;ECNT=3;MBQ=30,26;MFRL=131,101;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=G;STR;TLOD=33.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,14:0.712:19:1,4:4,9:3,2,6,8 chr6 33659557 . C T . . DP=21;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=76.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,20:0.955:20:0,5:0,14:0,0,9,11 chr6 33659790 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=142,161;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:33659790_C_T:33659790:0,1,0,1 chr6 33659793 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=142,161;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:33659790_C_T:33659790:0,1,0,1 chr6 33660695 . G C . . 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DP=15;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=48.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.941:15:0,5:0,10:0,0,9,6 chr6 33748935 . G C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=124,151;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:1,3,0,1 chr6 33748937 . G GA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,32;MFRL=174,122;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=A;STR;TLOD=6.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:0,2:1,1:0,1,1,2 chr6 33754592 . G A . . DP=21;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=128,111;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=17.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,8:0.473:17:4,4:5,3:1,8,2,6 chr6 33754673 . A AGAGGTGGAGAATGTCT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,227;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr6 33762718 . AG CT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=19,34;MFRL=166,101;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:33762718_AG_CT:33762718:0,1,0,1 chr6 33762723 . 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G GAGTGTTTCAAAACTGCTCTCTCAAAA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,34;MFRL=189,178;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr6 34664207 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr6 34802231 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,682;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr6 34802547 . A C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,33;MFRL=147,148;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:4,0,0,1 chr6 34803096 . CC TT . . DP=7;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=128,60;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0|1:34803096_CC_TT:34803096:4,1,1,1 chr6 34803100 . G GAAT . . DP=7;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=128,60;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0|1:34803096_CC_TT:34803096:4,1,1,1 chr6 34803101 . C CAGTCTGACTT . . DP=8;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=128,60;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.329:7:2,2:3,0:0|1:34803096_CC_TT:34803096:4,1,1,1 chr6 34838817 . C CAGT . . DP=13;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=109,62;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.225:11:5,2:3,0:0|1:34838817_C_CAGT:34838817:4,5,1,1 chr6 34838821 . C CAAAG . . DP=11;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=109,62;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:5,1:3,0:0|1:34838817_C_CAGT:34838817:4,5,1,1 chr6 34847883 . A C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=114,102;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:3,0:1,2:0,4,0,2 chr6 34847889 . T TGTTTCCCATTGCTACTCTAGCTGGTGAAA . . DP=6;ECNT=2;MBQ=22,28;MFRL=133,102;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.373:3:0,1:1,0:0,2,0,1 chr6 34935191 . T A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=29,27;MFRL=146,171;MMQ=60,40;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.282:5:2,0:2,1:0|1:34935191_T_A:34935191:0,4,0,1 chr6 34935193 . AG GG,GC . . DP=6;ECNT=3;MBQ=23,33,33;MFRL=146,156,171;MMQ=60,40,40;MPOS=-2147483648,31;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.08,3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:4,1,1:0.222,0.222:6:2,0,0:1,1,1:0,4,0,2 chr6 34935202 . T A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=29,27;MFRL=151,171;MMQ=60,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,1:0.251:6:2,0:3,1:0|1:34935191_T_A:34935191:0,5,0,1 chr6 34938009 . A ACT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,23;MFRL=183,111;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:34938009_A_ACT:34938009:0,1,0,1 chr6 34938012 . T C . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=116,117;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,2:0,0:0,1,1,1 chr6 40360696 . A C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:40360696_A_C:40360696:0,0,0,1 chr6 40360698 . GGAC G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:40360696_A_C:40360696:0,0,0,1 chr6 40360737 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr6 40399446 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr6 40400288 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=148,109;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.661:7:1,2:1,2:0,2,2,3 chr6 40998482 . TGGTCTCCAAGCCCTGAGTCAACACAGGGCAGGGAACACACTTAGG T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=23,20;MFRL=103,66;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.236:11:6,0:0,2:3,6,1,1 chr6 41052002 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr6 41118615 . C CGTTCTCCCCAA . . DP=5;ECNT=5;MBQ=20,25;MFRL=106,174;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:3,0:0|1:41118615_C_CGTTCTCCCCAA:41118615:2,2,0,1 chr6 41118617 . G GCCTC . . DP=5;ECNT=5;MBQ=25,31;MFRL=106,174;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:0|1:41118615_C_CGTTCTCCCCAA:41118615:2,2,0,1 chr6 41118618 . G GGGTAATA . . DP=5;ECNT=5;MBQ=26,30;MFRL=106,174;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:0|1:41118615_C_CGTTCTCCCCAA:41118615:2,2,0,1 chr6 41118740 . T C . . 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ACTGGAGCACCTTCAC A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,22;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr6 41654806 . A C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,13;MFRL=144,115;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.419:5:0,0:2,0:2,1,2,0 chr6 41655814 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr6 41657636 . G GTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=177,124;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr6 41659307 . T TC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=C;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr6 41710187 . C CAAGCTCCCCTG . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=109,37;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.212:12:4,2:6,0:3,7,1,1 chr6 41721670 . G A . . 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C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,242;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr6 42162575 . A G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=25,34;MFRL=112,121;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=10.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:1,1:1,2:0,2,0,3 chr6 42162576 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=119,120;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0,4,0,1 chr6 42175927 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,161;MMQ=60,51;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=10.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.839:4:0,2:0,1:0,0,4,0 chr6 42176120 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=23.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,2:0,5:0,0,1,7 chr6 42176743 . TG T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=35.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,8:0.900:8:0,7:0,1:0|1:42176743_TG_T:42176743:0,0,1,7 chr6 42176749 . T C . . 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DP=11;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=143,0;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.232:11:6,1:2,1:4,5,2,0 chr6 42690097 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=138,107;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:1,1,1,1 chr6 42690132 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,26;MFRL=142,107;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:42690132_G_A:42690132:0,1,0,1 chr6 42690137 . C CACTAGCTTCCCAGCA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,33;MFRL=142,107;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:42690132_G_A:42690132:0,1,0,1 chr6 42713913 . C A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=144,59;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:0,2:4,0:0|1:42713913_C_A:42713913:0,4,1,1 chr6 42713914 . A AATG . . 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DP=12;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=124,99;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=17.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,6:0.500:12:2,3:4,3:4,2,4,2 chr6 42980120 . T A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=24,27;MFRL=196,131;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=14.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:0,5:1,0:1,0,5,0 chr6 42980435 . C CG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,22;MFRL=154,151;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:42980435_C_CG:42980435:0,2,0,1 chr6 42980438 . A T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=154,151;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:42980435_C_CG:42980435:0,2,0,1 chr6 42993168 . A C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,29;MFRL=162,181;MMQ=52,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0|1:42993168_A_C:42993168:0,2,0,2 chr6 42993174 . AAC A . . 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C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,25;MFRL=5050,122;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:44108135_G_C:44108135:0,2,0,1 chr6 44108151 . T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,32;MFRL=173,122;MMQ=60,60;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:44108135_G_C:44108135:0,1,0,1 chr6 44116713 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=128,118;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.244:10:5,1:3,1:1,7,0,2 chr6 44122416 . TCTC T . . DP=26;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=114,156;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CTC;STR;TLOD=8.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,3:0.165:22:8,3:10,0:9,10,3,0 chr6 44134581 . C T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,73;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,2,3 chr6 44134600 . T TC . . DP=3;ECNT=5;MBQ=28,29;MFRL=68,100;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=C;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:44134600_T_TC:44134600:1,1,0,1 chr6 44134605 . T C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=24,28;MFRL=68,100;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:44134600_T_TC:44134600:1,1,0,1 chr6 44134611 . TC T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=C;STR;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.685:1:0,0:0,1:0|1:44134611_TC_T:44134611:0,0,1,0 chr6 44134614 . TCC T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:44134611_TC_T:44134611:0,0,1,0 chr6 44136940 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=134,130;MMQ=60,50;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:0,2:3,0:3,0,2,0 chr6 44137609 . TG T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=G;STR;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.696:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr6 44140818 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=10.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr6 44143965 . C CAGTTGAAGACCATCAGGGAACAAAT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=73,192;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:2,1,0,1 chr6 44145233 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=176,140;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.632:4:1,3:0,0:0,1,0,3 chr6 44148240 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=88,131;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:5,2:3,0:7,2,2,0 chr6 44150586 . C G . . DP=5;ECNT=6;MBQ=27,33;MFRL=153,91;MMQ=60,40;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:44150586_C_G:44150586:4,0,1,0 chr6 44150590 . CA TG . . DP=5;ECNT=6;MBQ=32,26;MFRL=153,91;MMQ=60,40;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:44150586_C_G:44150586:4,0,1,0 chr6 44150591 . A G . . DP=5;ECNT=6;MBQ=29,22;MFRL=160,144;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:3,1:0.329:4:1,1:2,0:1|0:44150586_C_G:44150586:3,0,1,0 chr6 44150595 . G A . . DP=7;ECNT=6;MBQ=32,30;MFRL=145,91;MMQ=60,50;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,1:2,0:0|1:44150586_C_G:44150586:5,0,1,1 chr6 44150601 . GC AT . . DP=8;ECNT=6;MBQ=25,27;MFRL=153,91;MMQ=60,50;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,2:2,0:0|1:44150586_C_G:44150586:5,1,1,1 chr6 44150606 . C T . . DP=8;ECNT=6;MBQ=31,28;MFRL=153,91;MMQ=60,50;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:0|1:44150586_C_G:44150586:5,1,1,1 chr6 44151027 . CC AG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,24;MFRL=91,163;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:44151027_CC_AG:44151027:0,1,0,1 chr6 44151030 . A AT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,23;MFRL=91,163;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:44151027_CC_AG:44151027:0,1,0,1 chr6 44151560 . A ATC . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=0,190;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr6 44197557 . A ATTCTGGTGGTAGTGAAGAATGAGAACTTCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=0,167;MMQ=39,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr6 44216544 . GT G . . DP=25;ECNT=1;MBQ=30,33;MFRL=100,147;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=8.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,5:0.316:16:4,2:6,2:8,3,1,4 chr6 44217374 . T G . . DP=17;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=126,143;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=13.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,5:0.353:15:5,1:5,4:4,6,4,1 chr6 44217654 . C A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=34,26;MFRL=150,143;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:2,2:2,2:3,1,3,1 chr6 44217667 . C T . . DP=16;ECNT=2;MBQ=33,26;MFRL=143,144;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=19.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,8:0.529:15:4,5:3,3:6,1,6,2 chr6 44219710 . A C . . DP=19;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=154,120;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=38.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,13:0.738:17:2,6:2,7:4,0,9,4 chr6 44220076 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,1351;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr6 44221384 . TG T . . DP=29;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=123,97;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=G;STR;TLOD=4.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,3:0.133:28:10,2:14,1:17,8,0,3 chr6 44223367 . AGTCAGATAAG A . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=109,187;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.499:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr6 49660418 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr6 49663465 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=160,164;MMQ=60,59;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=10.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:3,4:1,0:4,0,4,0 chr6 49666214 . C CCTCACCAACAG . . DP=7;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=128,56;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0|1:49666214_C_CCTCACCAACAG:49666214:2,3,1,1 chr6 49666216 . T TGTTGGG . . DP=7;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=128,56;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0|1:49666214_C_CCTCACCAACAG:49666214:2,3,1,1 chr6 49676728 . GAACCA G . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=126,118;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:3,1,0,1 chr6 51944847 . T C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=8.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr6 51944863 . G C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:51944863_G_C:51944863:0,0,0,1 chr6 51944866 . GC TT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:51944863_G_C:51944863:0,0,0,1 chr6 51944870 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:51944863_G_C:51944863:0,0,0,1 chr6 52009322 . A ATG . . 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TG CA . . DP=10;ECNT=4;MBQ=28,33;MFRL=138,108;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:3,0:3,2:0|1:52138567_T_A:52138567:2,6,0,2 chr6 52142092 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,27;MFRL=152,222;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0,2,0,2 chr6 52147692 . T A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=143,124;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=9.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:0,2:4,2:0,4,0,4 chr6 52268771 . T TTGTGGACAAATTTCCA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,80;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.673:1:0,0:0,1:0|1:52268771_T_TTGTGGACAAATTTCCA:52268771:0,0,0,1 chr6 52268774 . T TAA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,80;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:52268771_T_TTGTGGACAAATTTCCA:52268771:0,0,0,1 chr6 52271420 . A G . . DP=8;ECNT=6;MBQ=25,30;MFRL=142,139;MMQ=60,55;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.331:7:4,2:1,0:0|1:52271420_A_G:52271420:0,5,0,2 chr6 52271423 . CA TG . . DP=7;ECNT=6;MBQ=32,27;MFRL=142,139;MMQ=60,55;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:4,2:1,0:0|1:52271420_A_G:52271420:0,5,0,2 chr6 52271428 . A T . . DP=7;ECNT=6;MBQ=24,23;MFRL=142,139;MMQ=60,55;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:4,2:1,0:0|1:52271420_A_G:52271420:0,5,0,2 chr6 52271440 . AGCCTCG A . . DP=5;ECNT=6;MBQ=26,23;MFRL=179,126;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:2,1:0,0:0|1:52271440_AGCCTCG_A:52271440:0,2,0,1 chr6 52271448 . C G . . DP=3;ECNT=6;MBQ=31,29;MFRL=179,126;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:52271440_AGCCTCG_A:52271440:0,2,0,1 chr6 52271472 . CA AG . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=164,136;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.480:3:0,1:1,0:0,2,0,1 chr6 55929511 . A AAGACTCACCAAAGTTATTCCATCTG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=23,25;MFRL=190,146;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr6 55939198 . C A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:55939198_C_A:55939198:0,0,0,1 chr6 55939200 . G GAACT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,19;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:55939198_C_A:55939198:0,0,0,1 chr6 56029375 . T TTGCGGCACTATTCACAATAGCAAA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=194,181;MMQ=60,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr6 56031796 . C CAGTATCATTTCTAAACTATA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=124,120;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr6 56033185 . C CCTAAAGCA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr6 56323876 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=110,123;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:4,0:9,2:6,7,1,1 chr6 56324106 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=108,109;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,2:0,0:0,2,1,1 chr6 56333880 . T A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,25;MFRL=126,140;MMQ=60,48;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:2,0:0|1:56333880_T_A:56333880:0,3,0,1 chr6 56333886 . T A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,25;MFRL=126,140;MMQ=60,48;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:56333880_T_A:56333880:0,3,0,1 chr6 56333887 . C CACACCCTGACACACAAA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,32;MFRL=126,140;MMQ=60,48;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:56333880_T_A:56333880:0,3,0,1 chr6 56334594 . A T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,25;MFRL=382,131;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=10.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.715:5:1,2:0,2:0,1,4,0 chr6 56342254 . AG TT . . DP=28;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=116,134;MMQ=60,54;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=8.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,3:0.137:27:10,0:14,3:8,16,0,3 chr6 56347719 . C A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=33,27;MFRL=156,146;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:56347719_C_A:56347719:0,2,0,1 chr6 56347725 . A ACTCCT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,26;MFRL=161,146;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:56347719_C_A:56347719:0,1,0,1 chr6 56347726 . G GGGAC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,32;MFRL=161,146;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:56347719_C_A:56347719:0,1,0,1 chr6 56347729 . A AGGGTCAT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,25;MFRL=161,146;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:56347719_C_A:56347719:0,1,0,1 chr6 56350339 . T A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=134,120;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.560:5:0,2:2,0:1,1,0,3 chr6 56357668 . C CA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;RPA=16,17;RU=A;STR;TLOD=3.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:56357668_C_CA:56357668:0,0,1,0 chr6 56357692 . G T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,15;MFRL=79,155;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,0:0|1:56357668_C_CA:56357668:1,1,1,0 chr6 56357696 . G T . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=25,24;MFRL=170,171;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0,3,0,1 chr6 73100504 . C CTCCTCTAGAGAATTACTCT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,32;MFRL=149,172;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr6 73102522 . AT A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=77,147;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=T;STR;TLOD=9.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.653:6:1,3:1,1:0,2,2,2 chr6 73752879 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=89,145;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=16.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,7:0.500:14:4,2:3,5:3,4,4,3 chr6 73787258 . GAAACTTTTTCATTGATCGCTGTAATAGTTAATAAACCTGTCACAAGA G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=172,101;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.530:3:0,0:1,1:0,1,1,1 chr6 73904398 . G T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=157,150;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:5,0:5,2:1,9,0,2 chr6 73935135 . G C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=15.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr6 73935139 . TC CA . . DP=5;ECNT=5;MBQ=25,33;MFRL=115,177;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:73935139_TC_CA:73935139:1,3,0,1 chr6 73935143 . A ACG . . DP=5;ECNT=5;MBQ=23,18;MFRL=115,177;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,0:0|1:73935139_TC_CA:73935139:1,3,0,1 chr6 73935147 . G A . . DP=5;ECNT=5;MBQ=26,23;MFRL=115,177;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:73935139_TC_CA:73935139:1,3,0,1 chr6 73935148 . A ACTAG . . 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DP=17;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=135,42;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.222:16:8,3:4,0:10,3,0,3 chr6 90321955 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=133,97;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=16.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.599:13:2,1:3,7:3,2,5,3 chr6 90323580 . G C . . DP=21;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=101,61;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.158:16:6,0:7,2:0|1:90323580_G_C:90323580:5,9,1,1 chr6 90323585 . C CCTTTTGTTGATTTTTGGGTT . . DP=16;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=101,61;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.167:16:6,0:6,2:0|1:90323580_G_C:90323580:5,9,1,1 chr6 90361811 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr6 90368551 . GTTCTGGTCGGTCTCGGTCTCTCCTCTTTCCTCAGCTTCATGACCTGCTTC G . . DP=21;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=117,98;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,2:0.131:21:9,2:4,0:10,9,0,2 chr6 90371202 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,1:0,3:0,0,3,1 chr6 90371376 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:90371376_C_T:90371376:0,0,0,1 chr6 90371377 . T TATTAG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:90371376_C_T:90371376:0,0,0,1 chr6 90371379 . T A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,21;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:90371376_C_T:90371376:0,0,0,1 chr6 90371704 . G A . . 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T A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=23,29;MFRL=151,148;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,1:2,1:3,0,1,1 chr6 101054992 . GT G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,29;MFRL=105,105;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:101054992_GT_G:101054992:0,2,0,1 chr6 101054996 . A C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,28;MFRL=105,105;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:101054992_GT_G:101054992:0,2,0,1 chr6 101054999 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr6 101079145 . AAAT A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,23;MFRL=131,160;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.330:4:1,1:2,0:0,3,0,1 chr6 101092031 . C T . . 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DP=18;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=132,109;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=21.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,8:0.500:16:5,4:3,4:5,3,6,2 chr6 105232204 . C T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=157,159;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:1,2:3,1:4,0,3,0 chr6 105232233 . A C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=28,34;MFRL=153,151;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=8.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.445:7:1,3:3,0:3,1,2,1 chr6 105259152 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=11,20;MFRL=238,127;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.707:4:0,2:0,1:1,0,2,1 chr6 105291001 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr6 105298897 . C CTAAGGAAAGCTA . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=142,65;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.266:9:4,2:3,0:0,7,1,1 chr6 105300105 . C T . . 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DP=32;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=127,122;MMQ=60,59;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:27,4:0.151:31:16,0:10,4:12,15,0,4 chr6 111697866 . A ACTGAGTTCCAAT . . DP=8;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=143,60;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.368:6:2,2:2,0:1,3,1,1 chr6 111698828 . GA CC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,33;MFRL=151,146;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:111698828_GA_CC:111698828:1,1,1,0 chr6 111698836 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,34;MFRL=151,146;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:111698828_GA_CC:111698828:1,1,1,0 chr6 111711232 . C CG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=14.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,4,0 chr6 111711460 . A AT . . 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G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=19.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,5:0,2:0,0,2,5 chr6 118556628 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=17.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.874:6:0,3:0,2:0,0,4,2 chr6 118598778 . T TTCGGCCTGGCACGGTGGCTTA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=142,104;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,0:3,1:0,4,0,1 chr6 118635122 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,28;MFRL=168,128;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=8.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:2,3:0,0:2,0,3,0 chr6 118801174 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=146,128;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:3,2:1,2:0,4,0,4 chr6 118812873 . T TTTGGTGCTTCTATTTTC . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=137,0;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.299:8:2,0:4,2:5,1,2,0 chr6 119245318 . A AGCTGAATTGTGAAGAC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:119245318_A_AGCTGAATTGTGAAGAC:119245318:0,0,0,1 chr6 119245320 . C CTAGTTAA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:119245318_A_AGCTGAATTGTGAAGAC:119245318:0,0,0,1 chr6 119245323 . C A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,19;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:119245318_A_AGCTGAATTGTGAAGAC:119245318:0,0,0,1 chr6 119300561 . A G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=29,30;MFRL=143,697;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:8,2:4,0:10,2,1,1 chr6 119301469 . T TG . . 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G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=130,176;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=10.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:0,2:1,2:1,0,4,0 chr6 132966279 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=138,138;MMQ=60,60;MPOS=4;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.600:8:0,2:3,3:0,3,3,2 chr6 133013583 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr6 133048159 . T A . . DP=19;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=115,80;MMQ=60,48;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,3:0.182:19:7,0:9,3:0|1:133048159_T_A:133048159:3,13,1,2 chr6 133048166 . C A . . DP=17;ECNT=2;MBQ=30,22;MFRL=117,80;MMQ=60,48;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:6,0:8,2:0|1:133048159_T_A:133048159:2,13,0,2 chr6 133055435 . G A . . 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G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:136268712_G_A:136268712:0,0,0,1 chr6 136268714 . G GCCATCCCTGTCTGTTATTAGCAAA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:136268712_G_A:136268712:0,0,0,1 chr6 136475245 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=132,122;MMQ=60,54;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:9,0:4,2:7,6,0,2 chr6 136475306 . A AAGTGGGCCGACTTGCAAGATCT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=23,25;MFRL=136,103;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:4,1:0,0:1,3,0,1 chr6 136475337 . CTCAG C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=288,174;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.412:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr6 136500129 . A G . . 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G T . . DP=28;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=95,123;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=51.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,19:0.742:25:2,9:3,10:5,1,14,5 chr6 142487469 . C A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=108,78;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.166:16:7,0:6,2:6,8,0,2 chr6 142491463 . C CG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=14.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,2:0,0,2,3 chr6 142510676 . GTATT G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=167,119;MMQ=60,48;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=TATT;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr6 142510708 . A ATTATTTCTGATGGGATTTGAGATGTCTAACAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,24;MFRL=167,119;MMQ=60,48;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr6 142539812 . G GTAGAGACGAGGGTT . . 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DP=5;ECNT=8;MBQ=30,30;MFRL=133,105;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:142723252_CATGA_C:142723252:0,4,0,1 chr6 142723267 . CTTCG C . . DP=4;ECNT=8;MBQ=33,33;MFRL=133,105;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:142723252_CATGA_C:142723252:0,3,0,1 chr6 142723273 . G C . . DP=4;ECNT=8;MBQ=32,33;MFRL=133,105;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:142723252_CATGA_C:142723252:0,3,0,1 chr6 142723274 . AAT A . . DP=4;ECNT=8;MBQ=24,26;MFRL=133,105;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AT;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:142723252_CATGA_C:142723252:0,3,0,1 chr6 142723283 . C T . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=133,213;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr6 144075145 . G GGCTAT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr6 144081570 . G T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=114,120;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.252:14:5,3:5,0:7,4,0,3 chr6 144104469 . A T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=89,142;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.410:8:2,2:3,1:2,3,1,2 chr6 144128081 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=26,27;MFRL=175,149;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:6,0:4,2:10,0,2,0 chr6 144128119 . C A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=31,10;MFRL=116,168;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.271:12:6,0:2,0:3,6,3,0 chr6 144183451 . C G . . 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T TGTGCCC . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=116,59;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,0:3,2:3,2,1,1 chr6 163148552 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr6 163985655 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=129,75;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=5.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:2,1:3,2:4,1,2,1 chr6 163991700 . G GT . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=49,133;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=9,10;RU=T;STR;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.307:8:3,0:3,2:5,1,2,0 chr6 165693624 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=144,146;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,1,1 chr6 165703523 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=118,132;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=26.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,10:0.738:13:0,7:3,3:1,2,2,8 chr6 165706935 . C G . . 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DP=8;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=106,66;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.296:8:4,2:2,0:4,2,1,1 chr6 165746714 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,195;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr6 165792882 . ACCAATAACAAGCACAAGCTCTAATCTTATGACATTT A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=20,25;MFRL=87,124;MMQ=60,53;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:0,0:0|1:165792882_ACCAATAACAAGCACAAGCTCTAATCTTATGACATTT_A:165792882:0,3,0,1 chr6 165792921 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,124;MMQ=60,53;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:165792882_ACCAATAACAAGCACAAGCTCTAATCTTATGACATTT_A:165792882:0,0,0,1 chr6 165792922 . GTT G . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr6 166574478 . GCAATTATAGATGGTGTCTTCCAAGAACAACAAAGTA G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=142,116;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:1,2:1,0:0,2,0,2 chr6 166578139 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,24;MFRL=102,153;MMQ=60,60;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:1,3,0,1 chr6 166578155 . C A,CAATGAGCTGATTT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=20,28,32;MFRL=71,133,214;MMQ=60,60,60;MPOS=28,3;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.37,3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,1,1:0.286,0.286:4:0,0,1:2,1,0:1,1,0,2 chr6 166578165 . GA G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=20,34;MFRL=71,133;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=A;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.401:3:0,0:2,1:1,1,0,1 chr6 166580322 . C CGTA . . DP=10;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=152,57;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.319:7:2,2:2,0:0|1:166580322_C_CGTA:166580322:1,4,1,1 chr6 166580325 . T TC . . DP=7;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=152,57;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0|1:166580322_C_CGTA:166580322:1,4,1,1 chr6 166580327 . A AACGGTGGTTGTCC . . DP=7;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=152,57;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0|1:166580322_C_CGTA:166580322:1,4,1,1 chr6 166737980 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=94,123;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=14.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,6:0.500:12:2,4:4,2:5,1,5,1 chr6 166738193 . CTTTA C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=203,154;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr6 166739589 . A C . . 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DP=9;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=108,84;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,0:3,2:0|1:166778872_C_T:166778872:4,3,1,1 chr6 166779650 . A AAAGTCCTCCCAATTATCCAAATCTGCATTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=111,750;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,1,0 chr6 166827436 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.796:3:0,2:0,0:0,0,0,3 chr6 166831694 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=128,0;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=8.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.419:12:3,2:4,2:6,1,2,3 chr6 166836967 . AGGTGCATTTGGAGGGGAG A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=111,133;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.519:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr6 166844087 . C CCTTTACAAGATCCTGTGCTGTGAGCAGG . . DP=9;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=146,53;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,0:3,2:3,4,1,1 chr6 166862136 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=10.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr6 166918129 . A AGGATGGGAGGAGGGGAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,27;MFRL=135,256;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr6 166918180 . G GGTTTTGAAAAATGCTCAAAA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr6 167365862 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=35,20;MFRL=179,99;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.670:4:1,0:0,3:1,0,2,1 chr6 167440128 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=125,156;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=15.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,6:0.412:15:6,2:3,4:3,6,0,6 chr6 167446077 . C T . . DP=35;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=118,75;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:28,3:0.118:31:17,0:11,3:12,16,1,2 chr6 167453441 . C T . . DP=38;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=113,106;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:32,3:0.106:35:22,3:10,0:15,17,2,1 chr6 167453519 . A AT . . DP=10;ECNT=2;MBQ=28,25;MFRL=146,170;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=12,13;RU=T;STR;TLOD=8.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.681:7:0,4:2,1:0,2,1,4 chr6 167587493 . G A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=106,120;MMQ=27,27;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:5,1:3,1:1,7,0,2 chr6 167587529 . T TA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=24,27;MFRL=127,126;MMQ=44,27;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr6 167590454 . G A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=26,27;MFRL=121,114;MMQ=52,21;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:1,2:3,1:2,2,2,1 chr6 167590541 . G A . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr7 1529201 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=27.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.908:9:0,4:0,4:0,0,9,0 chr7 1532631 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=97,128;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=14.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.675:7:0,2:2,3:1,1,4,1 chr7 1533556 . T C . . DP=12;ECNT=3;MBQ=0,20;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=40.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,5:0,5:0,0,5,6 chr7 1533566 . A G . . DP=9;ECNT=3;MBQ=27,30;MFRL=102,134;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=15.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,7:0.759:9:0,4:2,3:1,1,2,5 chr7 1533610 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,26;MFRL=117,129;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=10.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:0,3:1,1:0,1,1,3 chr7 1534425 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=13.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,4,0 chr7 1535051 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=14.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,3,1 chr7 1535273 . T TAAGGATGTATTTTATGTGTTGTTGGCCAA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=13,26;MFRL=150,110;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0,1,0,1 chr7 1538539 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 1539610 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=152,70;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:0,2,1,1 chr7 1543476 . T TCCCCAAAGAC . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=110,113;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=CCCCAAAGAC;STR;TLOD=17.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.757:6:0,0:1,2:1,0,0,5 chr7 1578818 . G A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=101,110;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,2:0.136:20:12,0:6,2:8,10,2,0 chr7 1579975 . C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=23,27;MFRL=79,122;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,2:0.150:18:7,0:9,2:7,9,1,1 chr7 1586653 . A AGCC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=GCC;STR;TLOD=21.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,1:0,3:0|1:1586653_A_AGCC:1586653:0,0,4,1 chr7 1586662 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=21.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,1:0,3:0|1:1586653_A_AGCC:1586653:0,0,4,1 chr7 1586866 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 1587440 . G A . . 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DP=3;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=153,43;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:1733361_G_C:1733361:2,0,0,1 chr7 1785742 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=88,88;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:1,1,1,1 chr7 1786790 . C A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,25;MFRL=139,132;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:1786790_C_A:1786790:0,2,0,1 chr7 1786792 . C CTGTAA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=139,132;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:1786790_C_A:1786790:0,2,0,1 chr7 1786803 . C CACACCATCTTTTTAAGCCATTTGAT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 1786953 . C T . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,22;MFRL=0,154;MMQ=60,53;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1855954_T_C:1855954:0,0,0,1 chr7 1976263 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr7 2041787 . C G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=149,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:1,2,1,1 chr7 2108968 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=124,89;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr7 2260499 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=156,216;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,1:2,1:3,0,2,0 chr7 2262349 . C CAACTCTAGTGAAGAA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 2284416 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr7 2290364 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,140;MMQ=60,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr7 2290433 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=133,121;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=8.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,2:1,1:1,0,0,3 chr7 2290666 . G GAC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,32;MFRL=147,84;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=AC;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:2290666_G_GAC:2290666:0,1,0,1 chr7 2290670 . TGG T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,25;MFRL=147,84;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:2290666_G_GAC:2290666:0,1,0,1 chr7 2290675 . G C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,32;MFRL=147,84;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:2290666_G_GAC:2290666:0,1,0,1 chr7 2296493 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=11.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,4:0,0:0,0,1,3 chr7 2302892 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=136,136;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.186:14:7,2:5,0:5,7,0,2 chr7 2304191 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr7 2314884 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=167,92;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=7.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:4,3:1,0:0,5,0,3 chr7 2349366 . CA C . . DP=18;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=115,124;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=A;STR;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.228:15:2,1:10,2:8,4,2,1 chr7 2349419 . G A . . DP=34;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=110,116;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=43.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,18:0.531:34:8,9:7,9:2,14,5,13 chr7 2349608 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=14.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,5:0,0:0,0,0,5 chr7 2400481 . C CCGCTCCACCTCTTTGCTTTCCACG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=135,111;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:2400481_C_CCGCTCCACCTCTTTGCTTTCCACG:2400481:1,3,0,1 chr7 2400483 . A C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=135,111;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:2400481_C_CCGCTCCACCTCTTTGCTTTCCACG:2400481:1,3,0,1 chr7 2404206 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=149,122;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,0:0,2:0,3,1,1 chr7 2405885 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,24;MFRL=165,0;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:2,3:0,0:2,0,1,2 chr7 2409035 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=14.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,5:0,0:0,0,5,0 chr7 2409071 . G A . . DP=12;ECNT=3;MBQ=30,25;MFRL=124,74;MMQ=60,54;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=13.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,4:0.357:12:6,3:1,0:0|1:2409071_G_A:2409071:6,2,3,1 chr7 2409077 . G C . . DP=14;ECNT=3;MBQ=23,32;MFRL=103,74;MMQ=60,54;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=12.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,4:0.313:14:7,4:1,0:0|1:2409071_G_A:2409071:7,3,3,1 chr7 2409408 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,27;MFRL=147,218;MMQ=47,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:2409408_T_A:2409408:0,1,0,1 chr7 2409415 . T A . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=128,75;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:1,3,0,1 chr7 2558338 . C CAGGCCGCAGCTCATATCTTAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,33;MFRL=108,119;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr7 2566613 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=146,142;MMQ=60,59;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.247:13:4,0:6,2:0,10,0,3 chr7 2579301 . GGT G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,30;MFRL=136,119;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.397:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr7 2581516 . TCCCCACGGTCACCAGCCA T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,30;MFRL=207,106;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.404:3:1,0:0,1:0,2,0,1 chr7 2583629 . G GAGT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:2583629_G_GAGT:2583629:0,0,0,1 chr7 2583631 . G GAGTGCAGTGGA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:2583629_G_GAGT:2583629:0,0,0,1 chr7 2584735 . G C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,34;MFRL=161,133;MMQ=60,43;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:3,0:0,2:0|1:2584735_G_C:2584735:0,3,0,2 chr7 2584737 . A T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=161,133;MMQ=60,43;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:3,0:0,2:0|1:2584735_G_C:2584735:0,3,0,2 chr7 2587211 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=168,181;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:2587211_G_C:2587211:0,1,0,1 chr7 2587212 . CAG C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=18,22;MFRL=168,181;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:2587211_G_C:2587211:0,1,0,1 chr7 2594037 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=148,55;MMQ=60,59;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.311:11:3,0:4,3:3,5,0,3 chr7 2613042 . G C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=36.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,5:0,5:0,0,6,4 chr7 2618070 . C CA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=14.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,3,1 chr7 2621548 . T G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,166;MMQ=60,40;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:2621548_T_G:2621548:0,0,1,0 chr7 2621567 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,135;MMQ=60,40;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=10.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0|1:2621548_T_G:2621548:0,0,3,0 chr7 2621626 . G A . . DP=34;ECNT=3;MBQ=25,29;MFRL=132,150;MMQ=60,50;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:29,2:0.090:31:7,1:21,1:22,7,2,0 chr7 2623801 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,80;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=10.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,3:0,1:0,0,3,1 chr7 2626038 . CCAGGGAATGG C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CAGGGAATGG;STR;TLOD=8.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.789:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr7 2627578 . CAG C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=8.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr7 2627614 . T TAATTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTAGTAAGGAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=150,130;MMQ=60,48;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.667:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr7 2636689 . C T . . DP=24;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=112,123;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=21.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,10:0.453:22:7,6:5,3:7,5,7,3 chr7 2638347 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr7 2640985 . G C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=13.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.753:6:1,2:0,3:0,1,4,1 chr7 2644564 . A ACT . . DP=8;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=142,35;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.328:7:2,2:3,0:0|1:2644564_A_ACT:2644564:3,2,1,1 chr7 2644565 . G GTCTTTGTGCCCTACGGTCC . . DP=8;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=142,35;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.328:7:2,2:3,0:0|1:2644564_A_ACT:2644564:3,2,1,1 chr7 2644679 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=107,133;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr7 2646723 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=125,59;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,1:2,1:2,2,2,0 chr7 2649673 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=9.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr7 2649704 . T G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=32;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr7 2649819 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=137,134;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=7.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:1,1:1,2:2,0,2,1 chr7 2686761 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr7 2689472 . A C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=14.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,3:0,1:0,0,3,1 chr7 2697881 . G T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=123,107;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,1:4,1:4,1,2,0 chr7 2699553 . A C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=22,23;MFRL=114,138;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.408:5:0,1:1,0:0|1:2699553_A_C:2699553:1,2,2,0 chr7 2699557 . A C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=26,26;MFRL=106,161;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,3:0.563:5:1,1:1,1:0|1:2699553_A_C:2699553:0,2,3,0 chr7 2699562 . GG CC . . DP=5;ECNT=4;MBQ=30,12;MFRL=114,138;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.408:5:2,0:1,0:0|1:2699553_A_C:2699553:1,2,2,0 chr7 2699568 . T C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=25,12;MFRL=147,114;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,0:0|1:2699553_A_C:2699553:2,2,1,0 chr7 2699687 . C CG . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr7 2771453 . G GCAGGT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=113,108;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:2771453_G_GCAGGT:2771453:0,1,0,1 chr7 2771455 . TGG T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=113,108;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:2771453_G_GCAGGT:2771453:0,1,0,1 chr7 2773035 . C CAT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=125,126;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=24.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,7:0.732:9:0,1:2,5:1,1,4,3 chr7 2773097 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,24;MFRL=118,120;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.249:10:2,0:6,2:5,3,2,0 chr7 2946461 . T C . . 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G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=119,150;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.319:8:2,2:3,0:3,3,0,2 chr7 3188549 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr7 3188712 . A C . . DP=34;ECNT=2;MBQ=27,32;MFRL=98,102;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=36.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,14:0.444:32:11,4:7,10:7,11,6,8 chr7 3188738 . G C . . DP=21;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=97,104;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=9.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,5:0.272:20:11,2:4,3:2,13,1,4 chr7 3197867 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=27,16;MFRL=157,86;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.477:8:2,0:2,2:2,2,2,2 chr7 3678796 . GA G . . DP=5;ECNT=5;MBQ=32,30;MFRL=163,158;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:3678796_GA_G:3678796:0,4,0,1 chr7 3678797 . A T . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=28,25;MFRL=152,129;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:3,0:0,2:0|1:3990476_G_C:3990476:2,1,2,0 chr7 3990657 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=59,123;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=12.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,6:0.412:15:2,2:7,4:4,5,3,3 chr7 3991502 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=144,150;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=9.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.422:10:2,2:3,2:3,3,3,1 chr7 3991615 . C CCT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=146,108;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:2,1:1,0:0|1:3991615_C_CCT:3991615:0,3,0,1 chr7 3991617 . G GAGTTATTTGAATTA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,32;MFRL=146,108;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:1,1:1,0:0|1:3991615_C_CCT:3991615:0,3,0,1 chr7 3991646 . T G . . 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C T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=145,132;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:4830473_C_T:4830473:1,0,0,1 chr7 4830498 . G GGTTCA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=145,132;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:4830498_G_GGTTCA:4830498:1,0,0,1 chr7 4830502 . C A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,26;MFRL=145,132;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.498:2:0,0:1,1:0|1:4830498_G_GGTTCA:4830498:1,0,0,1 chr7 4831108 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,22;MFRL=109,137;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr7 4839993 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,196;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr7 4841313 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,24;MFRL=101,75;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.558:7:0,2:2,2:2,1,2,2 chr7 4841387 . C CACCAGATGTGGGGCCGCATTGGG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,80;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.671:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 4841655 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=153,134;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=9.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,3:0,0:0,1,0,3 chr7 4900148 . CCA C . . DP=16;ECNT=2;MBQ=31,18;MFRL=108,51;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.168:16:8,1:5,0:0|1:4900148_CCA_C:4900148:9,5,1,1 chr7 4900152 . A ATTT . . DP=16;ECNT=2;MBQ=24,15;MFRL=108,51;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;RPA=1,4;RU=T;STR;TLOD=5.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.168:16:8,1:4,0:0|1:4900148_CCA_C:4900148:9,5,1,1 chr7 4946973 . A G . . 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DP=6;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=136,59;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0|1:5112618_A_C:5112618:1,3,1,1 chr7 5112619 . T TGCCTGTCTCTCTCTCTCTGCCTGTCTCCGTCCCTCCCTCCC . . DP=6;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=136,59;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0|1:5112618_A_C:5112618:1,3,1,1 chr7 5232881 . C A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,157;MMQ=60,40;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=23.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.908:9:0,5:0,3:0,0,2,7 chr7 5239319 . TAA T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,27;MFRL=151,144;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=16,14;RU=A;STR;TLOD=3.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.524:2:1,1:0,0:0|1:5239319_TAA_T:5239319:0,1,0,1 chr7 5239339 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=19,19;MFRL=151,144;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.521:2:0,0:0,0:0|1:5239319_TAA_T:5239319:0,1,0,1 chr7 5257490 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=29.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,5:0,4:0,0,8,1 chr7 5257573 . G A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=122,134;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=22.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,9:0.538:17:2,3:4,6:5,3,3,6 chr7 5270631 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=116,130;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=11.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.461:11:5,4:1,1:0,6,0,5 chr7 5330890 . G A . . DP=4;ECNT=6;MBQ=26,20;MFRL=112,89;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,0:0,2:0,2,1,1 chr7 5330922 . GCCGGT G . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,14;MFRL=0,89;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:5330922_GCCGGT_G:5330922:0,0,0,1 chr7 5330929 . ACCC A . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=11,20;MFRL=176,86;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.636:3:0,2:0,0:0,1,1,1 chr7 5342413 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,23;MFRL=147,115;MMQ=60,34;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=9.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:3,1:2,3:1,4,1,3 chr7 5342555 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=128,147;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:5342555_C_A:5342555:0,1,0,1 chr7 5342556 . C CACATAAAACACTCAAGAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=128,147;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:5342555_C_A:5342555:0,1,0,1 chr7 5347976 . T TG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,13;MFRL=0,127;MMQ=60,40;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=6,7;RU=G;STR;TLOD=8.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.818:3:0,1:0,0:0,0,0,3 chr7 5348479 . CCCA C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,34;MFRL=0,144;MMQ=55,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=CCA;STR;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.342:4:1,0:1,1:0,3,0,1 chr7 5352580 . A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:5352580_A_T:5352580:0,0,0,1 chr7 5352581 . G GGGCGGATC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:5352580_A_T:5352580:0,0,0,1 chr7 5355752 . CT C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,31;MFRL=176,115;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:5355752_CT_C:5355752:0,1,0,1 chr7 5355755 . G C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,29;MFRL=176,115;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:5355752_CT_C:5355752:0,1,0,1 chr7 5355758 . A C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=24,33;MFRL=176,115;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:5355752_CT_C:5355752:0,1,0,1 chr7 5355778 . C T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:5355778_C_T:5355778:0,0,0,1 chr7 5355786 . G A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:5355778_C_T:5355778:0,0,0,1 chr7 5360147 . G C,T . . DP=3;ECNT=7;MBQ=0,13,30;MFRL=177,139,125;MMQ=60,40,60;MPOS=18,13;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.59,3.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,1,1:0.333,0.333:3:0,0,0:0,0,1:0,1,1,1 chr7 5360149 . C T . . DP=3;ECNT=7;MBQ=29,29;MFRL=158,125;MMQ=50,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:5360149_C_T:5360149:1,1,0,1 chr7 5360152 . T A . . 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DP=1;ECNT=5;MBQ=0,34;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:5385153_T_C:5385153:0,0,1,0 chr7 5391469 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=23,20;MFRL=101,72;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=5.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.277:13:6,0:3,3:5,5,2,1 chr7 5399044 . C G . . DP=19;ECNT=1;MBQ=24,25;MFRL=106,117;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=21.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,11:0.632:17:2,5:4,5:3,3,8,3 chr7 5401207 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=165,75;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:2,0,1,1 chr7 5410706 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=23,23;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,0:0,1,2,0 chr7 5417278 . C CAGTAAGCTGTCAT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 5427951 . GGGGGC G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=144,46;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.606:3:1,2:0,0:0|1:5427951_GGGGGC_G:5427951:0,1,1,1 chr7 5427957 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=144,46;MMQ=60,60;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=7.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.606:3:1,2:0,0:0|1:5427951_GGGGGC_G:5427951:0,1,1,1 chr7 5430283 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=120,133;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.363:9:4,2:2,1:2,4,0,3 chr7 5530827 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=124,95;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.363:9:6,3:0,0:4,2,2,1 chr7 5544962 . GGT G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=149,145;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:5,1,2,0 chr7 5567277 . C A . . DP=45;ECNT=2;MBQ=27,13;MFRL=116,97;MMQ=60,48;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=11.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:30,14:0.304:44:8,1:13,2:16,14,14,0 chr7 5567282 . C CAA . . DP=47;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=109,109;MMQ=60,48;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=8,10;RU=A;STR;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:37,2:0.072:39:8,2:12,0:23,14,2,0 chr7 5567596 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=108,162;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,4:0.294:15:5,2:6,2:6,5,4,0 chr7 5568366 . A G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=112,136;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=10.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.334:13:8,2:1,2:3,6,0,4 chr7 5569509 . A C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,23;MFRL=128,161;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:0,1:0,2,0,2 chr7 5681057 . A ATC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=25,25;MFRL=146,86;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:5681057_A_ATC:5681057:0,2,0,1 chr7 5681058 . A ATTAGGAGAC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=25,25;MFRL=146,86;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:5681057_A_ATC:5681057:0,2,0,1 chr7 5681062 . T TGC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,27;MFRL=146,86;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:5681057_A_ATC:5681057:0,2,0,1 chr7 5681063 . A AG . . DP=3;ECNT=4;MBQ=25,24;MFRL=146,86;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:5681057_A_ATC:5681057:0,2,0,1 chr7 5756463 . T G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=28,30;MFRL=164,172;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:5756463_T_G:5756463:2,2,0,1 chr7 5756466 . ATTTC A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=29,24;MFRL=164,172;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:5756463_T_G:5756463:2,2,0,1 chr7 5756471 . C CTAAA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=33,31;MFRL=164,172;MMQ=60,60;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:0|1:5756463_T_G:5756463:2,2,0,1 chr7 5756473 . T G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=27,29;MFRL=165,172;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:5756463_T_G:5756463:2,1,0,1 chr7 5800769 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,152;MMQ=60,33;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=23.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,2:0,5:0,0,0,7 chr7 5922032 . AGTGTTTTTAATTATCT A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=162,163;MMQ=60,44;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:1,0,1,0 chr7 5958650 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=98,150;MMQ=27,27;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=25.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,9:0.833:10:1,5:0,4:0,1,1,8 chr7 5965258 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,178;MMQ=60,27;MPOS=5;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr7 5983195 . C A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,132;MMQ=60,39;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=16.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,0,6 chr7 6018371 . C CCGAATGCAACA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,170;MMQ=60,27;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.678:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 6027244 . T TTTAAC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,114;MMQ=60,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 6036980 . G C . . DP=48;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=107,95;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=59.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,25:0.530:47:16,13:6,11:13,9,11,14 chr7 6037057 . G GA . . DP=22;ECNT=1;MBQ=10,20;MFRL=122,104;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=17,18;RU=A;STR;TLOD=5.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.452:11:2,3:0,0:2,4,2,3 chr7 6038790 . A T . . DP=22;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=99,123;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=8.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,4:0.238:19:6,0:8,4:8,7,0,4 chr7 6057777 . CTT C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,117;MMQ=60,44;MPOS=32;POPAF=7.30;RPA=18,16;RU=T;STR;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr7 6064470 . C CT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=17,19;MFRL=136,171;MMQ=50,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=17,18;RU=T;STR;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.575:5:0,0:0,1:0,2,0,3 chr7 6066057 . G GC . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,34;MFRL=138,140;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=13.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:0,3:3,1:2,1,3,1 chr7 6068163 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=140,148;MMQ=60,50;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.334:7:0,2:5,0:5,0,2,0 chr7 6071277 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,33;MFRL=135,113;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:0,1:3,1:0,3,0,2 chr7 6072660 . CA TG . . 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DP=15;ECNT=3;MBQ=28,33;MFRL=140,106;MMQ=60,41;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.181:15:3,2:7,0:0|1:6094114_CA_TG:6094114:5,8,2,0 chr7 6094124 . G C . . DP=14;ECNT=3;MBQ=30,33;MFRL=147,106;MMQ=60,41;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:4,2:8,0:0|1:6094114_CA_TG:6094114:5,7,2,0 chr7 6154924 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr7 6179908 . TAGGA T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=146,139;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=AGGA;STR;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.328:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr7 6185730 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=108,107;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,2:1,0:2,1,1,1 chr7 6193521 . G C . . 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A G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=25,29;MFRL=106,185;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:6450054_C_T:6450054:0,1,0,1 chr7 6450068 . CT C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,27;MFRL=106,185;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:6450054_C_T:6450054:0,1,0,1 chr7 6450073 . G A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6450054_C_T:6450054:0,0,0,1 chr7 6461348 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,3,3 chr7 6464429 . C CCCATTGCT . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=123,60;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.228:11:4,2:5,0:6,3,1,1 chr7 6474678 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,32;MFRL=187,161;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:0,0:3,1:0|1:6474678_C_T:6474678:0,3,0,1 chr7 6474684 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,32;MFRL=187,161;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:6474678_C_T:6474678:0,3,0,1 chr7 6485556 . G T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,23;MFRL=126,145;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.332:10:7,2:0,1:5,2,3,0 chr7 6485740 . CA C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,33;MFRL=123,200;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=A;STR;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.369:6:1,1:3,1:0,4,0,2 chr7 6487293 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,65;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr7 6502581 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=158,106;MMQ=60,25;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=5.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.266:13:5,3:5,0:6,4,3,0 chr7 6513779 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=10.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr7 6522129 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=122,230;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.266:13:4,1:6,2:8,2,2,1 chr7 6523698 . GG CC . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=101,62;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:1,3,1,1 chr7 6537715 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=35,20;MFRL=192,118;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,0:0,2:2,0,1,1 chr7 6537913 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=23,31;MFRL=186,174;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,0,2 chr7 6541347 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.796:3:0,0:0,2:0,0,3,0 chr7 6542511 . C T . . DP=25;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=82,126;MMQ=60,39;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,4:0.185:25:11,0:8,4:8,13,0,4 chr7 6549023 . GGA G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,32;MFRL=195,104;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:6549023_GGA_G:6549023:0,1,0,1 chr7 6549026 . C CCCAT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=195,104;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:6549023_GGA_G:6549023:0,1,0,1 chr7 6549029 . ACT A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,28;MFRL=195,104;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:6549023_GGA_G:6549023:0,1,0,1 chr7 6549033 . G T . . 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DP=12;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=99,88;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.330:10:3,3:4,0:7,0,2,1 chr7 6639896 . CAA C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,29;MFRL=108,175;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.398:3:1,0:1,1:0|1:6639896_CAA_C:6639896:1,1,0,1 chr7 6639899 . CG C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=108,175;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:6639896_CAA_C:6639896:1,1,0,1 chr7 6655932 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=144,122;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr7 6661142 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=112,186;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.288:12:6,0:2,3:6,3,0,3 chr7 6737355 . C T . . DP=24;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=113,90;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,2:0.118:24:12,0:8,2:8,14,1,1 chr7 6797639 . T C . . DP=22;ECNT=1;MBQ=28,33;MFRL=146,144;MMQ=51,39;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,2:0.125:22:17,1:3,1:0,20,0,2 chr7 6806582 . T TTC . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,32;MFRL=152,156;MMQ=60,33;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:6806582_T_TTC:6806582:0,3,0,1 chr7 6806585 . TGG T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,31;MFRL=152,156;MMQ=60,33;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=G;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:6806582_T_TTC:6806582:0,3,0,1 chr7 6806593 . GT G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=30,33;MFRL=152,156;MMQ=60,33;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=T;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:6806582_T_TTC:6806582:0,3,0,1 chr7 6806599 . GT G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,33;MFRL=152,156;MMQ=60,33;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=T;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:6806582_T_TTC:6806582:0,3,0,1 chr7 6820535 . A G . . 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A ATATATAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=97,205;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr7 7516683 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,33;MFRL=123,150;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=15.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.500:10:3,4:2,1:3,2,5,0 chr7 7545562 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=205,150;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=10.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:0,3:1,0:1,0,4,0 chr7 7550632 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,33;MFRL=135,93;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=9.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:1,2:0,1:2,0,3,0 chr7 7557297 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr7 7622696 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=135,116;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=7.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,3:2,0:3,0,3,0 chr7 7645535 . A G . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=152,118;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=7.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:0,3:3,0:3,0,3,0 chr7 12380055 . C G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=165,41;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.427:5:3,0:0,2:0|1:12380055_C_G:12380055:1,2,1,1 chr7 12380058 . G T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=165,41;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:3,0:0,2:0|1:12380055_C_G:12380055:1,2,1,1 chr7 12380061 . G GT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=165,41;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:3,0:0,2:0|1:12380055_C_G:12380055:1,2,1,1 chr7 12382637 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=116,186;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,1:1,1:2,1,1,1 chr7 12383967 . T A . . DP=25;ECNT=1;MBQ=24,27;MFRL=103,144;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=20.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,9:0.400:23:1,4:13,5:9,5,5,4 chr7 12384127 . TGC T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=20,29;MFRL=83,110;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:12384127_TGC_T:12384127:1,0,0,1 chr7 12384130 . TAAAACA T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=20,29;MFRL=83,110;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:12384127_TGC_T:12384127:1,0,0,1 chr7 12384138 . A T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=20,26;MFRL=83,110;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:12384127_TGC_T:12384127:1,0,0,1 chr7 12384140 . C T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=20,24;MFRL=83,110;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:12384127_TGC_T:12384127:1,0,0,1 chr7 12384145 . ATATTG A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=20,26;MFRL=83,110;MMQ=60,60;MPOS=-58;POPAF=7.30;TLOD=3.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:12384127_TGC_T:12384127:1,0,0,1 chr7 12391319 . G T . . DP=9;ECNT=9;MBQ=26,20;MFRL=78,109;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.537:9:1,1:3,3:2,2,1,4 chr7 12391347 . TG AA . . DP=8;ECNT=9;MBQ=25,20;MFRL=134,49;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:0|1:12391347_TG_AA:12391347:2,4,1,1 chr7 12391350 . G A . . DP=8;ECNT=9;MBQ=30,20;MFRL=134,49;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:0|1:12391347_TG_AA:12391347:2,4,1,1 chr7 12391356 . G A . . DP=7;ECNT=9;MBQ=32,20;MFRL=107,49;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,0:3,2:0|1:12391347_TG_AA:12391347:2,3,1,1 chr7 12391362 . C G . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=125,150;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=8.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:0,1:2,2:0,2,0,3 chr7 12410025 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=95,93;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.606:3:0,0:1,2:0|1:12410025_T_C:12410025:0,1,2,0 chr7 12410027 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,21;MFRL=95,93;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,0:1,1:0|1:12410025_T_C:12410025:0,1,2,0 chr7 12412588 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=139,123;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=8.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.499:8:3,1:1,2:4,0,2,2 chr7 12412880 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 12417642 . A AATGGTCTTG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr7 12419229 . C A . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr7 23854717 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,21;MFRL=157,107;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=7.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.394:11:3,3:2,1:6,1,3,1 chr7 24705771 . T TTTCCAGTCATTTGTTTTCAGAATGAC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,73;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 24718683 . GTATTTTAGTC G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=119,168;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.283:5:2,0:2,1:4,0,1,0 chr7 24718710 . A C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=147,106;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=8.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,2:2,1:3,0,2,1 chr7 24745893 . ACCCCAC A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=24,18;MFRL=109,64;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:5,1:1,0:0|1:24745893_ACCCCAC_A:24745893:2,4,1,1 chr7 24745901 . A T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=104,64;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:4,2:1,0:0|1:24745893_ACCCCAC_A:24745893:2,3,1,1 chr7 24749841 . AC A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=71,182;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=C;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:24749841_AC_A:24749841:1,1,1,0 chr7 24749844 . TTGC T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,26;MFRL=71,182;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:24749841_AC_A:24749841:1,1,1,0 chr7 24758645 . G T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=33,181;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.453:7:2,1:1,2:2,2,3,0 chr7 24844106 . A AAC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,23;MFRL=153,96;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:24844106_A_AAC:24844106:0,1,0,1 chr7 24844109 . C A . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=156,169;MMQ=27,27;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:3,1,0,1 chr7 33136983 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=29.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,4:0,6:0,0,3,7 chr7 33138875 . A T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,23;MFRL=167,116;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=8.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.499:8:2,2:2,2:2,2,2,2 chr7 33139118 . A AAGGCACGTTCT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=173,155;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.495:2:0,1:1,0:0|1:33139118_A_AAGGCACGTTCT:33139118:0,1,0,1 chr7 33139121 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,19;MFRL=173,155;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.495:2:0,0:1,0:0|1:33139118_A_AAGGCACGTTCT:33139118:0,1,0,1 chr7 33192288 . CT C . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=32,34;MFRL=169,145;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:0,2,0,2 chr7 34724373 . CAA C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=13,11;RU=A;STR;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 34979031 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,24;MFRL=209,0;MMQ=60,27;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:34979031_C_T:34979031:0,1,1,0 chr7 34979035 . A AGG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,28;MFRL=209,0;MMQ=60,27;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:34979031_C_T:34979031:0,1,1,0 chr7 34979082 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,218;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 34981591 . G GT . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=24.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,1:0,7:0,0,6,2 chr7 38870834 . T A . . DP=14;ECNT=2;MBQ=26,25;MFRL=128,73;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=9.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,3:0.250:14:5,3:6,0:0|1:38870834_T_A:38870834:5,6,2,1 chr7 38870838 . A T . . DP=14;ECNT=2;MBQ=25,26;MFRL=128,73;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=9.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,3:0.250:14:5,3:6,0:0|1:38870834_T_A:38870834:5,6,2,1 chr7 39125413 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=9.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr7 39243963 . T A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=24.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,2:0,6:0,0,1,7 chr7 39243978 . A G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=24.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,2:0,5:0,0,1,6 chr7 39246987 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=76,75;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:2,0,2,0 chr7 39379487 . C T . . DP=30;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=95,57248204;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:27,2:0.097:29:17,0:7,2:18,9,2,0 chr7 39472669 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=21,27;MFRL=133,117;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.519:4:1,2:0,0:2,0,2,0 chr7 39472708 . A G . . DP=11;ECNT=2;MBQ=20,27;MFRL=112,76;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.548:11:4,5:0,1:3,2,3,3 chr7 39472846 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=113,66;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,5:0.462:11:4,1:2,4:0|1:39472846_G_A:39472846:3,3,3,2 chr7 39472863 . C CTGGGCTGGTATGCCGTGGCGCAGT . . DP=12;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=65,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:8,0:2,2:0|1:39472846_G_A:39472846:7,3,1,1 chr7 39500352 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,187;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr7 39500374 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 39606212 . T TGGGGTGA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,30;MFRL=146,108;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:39606212_T_TGGGGTGA:39606212:0,1,0,1 chr7 39606217 . C G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=146,108;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:39606212_T_TGGGGTGA:39606212:0,1,0,1 chr7 39606222 . GT AG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,22;MFRL=146,108;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:39606212_T_TGGGGTGA:39606212:0,1,0,1 chr7 40027711 . G A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=116,121;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=17.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,7:0.399:18:6,6:5,1:6,5,6,1 chr7 40134019 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=34,23;MFRL=160,156;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:40134019_G_A:40134019:0,2,0,1 chr7 40134025 . T G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,33;MFRL=160,156;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:40134019_G_A:40134019:0,2,0,1 chr7 40173940 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 40174191 . C CCCACCAGCCCCACCTCCA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr7 40228028 . A T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=28,25;MFRL=140,119;MMQ=60,40;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=11.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.498:10:1,0:4,5:5,0,4,1 chr7 40228078 . A T . . DP=47;ECNT=2;MBQ=27,28;MFRL=110,115;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=99.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,35:0.740:47:4,19:7,16:3,9,3,32 chr7 40229072 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=164,161;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:1,0,2,0 chr7 40229256 . G C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=139,142;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.253:10:2,1:5,1:1,7,0,2 chr7 40234742 . CT C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=24,23;MFRL=141,135;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=T;STR;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.363:6:2,1:2,1:0,4,0,2 chr7 40314165 . G A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=61.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.958:22:0,12:0,10:0,0,10,12 chr7 40489025 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=100,117;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0,1,0,2 chr7 42006260 . A AT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,24;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42006260_A_AT:42006260:0,0,0,1 chr7 42006262 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42006260_A_AT:42006260:0,0,0,1 chr7 42006264 . C CTGGGG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42006260_A_AT:42006260:0,0,0,1 chr7 42006265 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42006260_A_AT:42006260:0,0,0,1 chr7 42007147 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=116,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.251:6:1,1:4,0:5,0,1,0 chr7 42017368 . C CTGTAACCTACCGCATTAAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=108,104;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:42017368_C_CTGTAACCTACCGCATTAAA:42017368:0,1,0,1 chr7 42017370 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=108,104;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:42017368_C_CTGTAACCTACCGCATTAAA:42017368:0,1,0,1 chr7 42018369 . AG TT . . DP=7;ECNT=5;MBQ=26,20;MFRL=135,41;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:0|1:42018369_AG_TT:42018369:1,4,1,1 chr7 42018375 . C T . . 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C CG . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=G;STR;TLOD=11.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.868:5:0,4:0,1:0,0,3,2 chr7 44148956 . A ATTTTCAACGTTGGCTGAGTTACATGT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=274,70;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.388:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr7 44149692 . T TAGACCTA . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=183,33;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:4,2,1,1 chr7 44151457 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=80,151;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:44151457_G_C:44151457:1,0,1,0 chr7 44151460 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,27;MFRL=77,151;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:44151457_G_C:44151457:2,0,1,0 chr7 44152119 . A AG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=15.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,1:0,0,4,0 chr7 44154453 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=139,155;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=10.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:1,1:3,3:1,3,2,2 chr7 44154865 . A AG . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=17.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.888:7:0,2:0,5:0,0,4,3 chr7 44156811 . C G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=124,120;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:3,2:2,1:3,2,1,2 chr7 44157666 . G A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=30,28;MFRL=169,139;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:44157666_G_A:44157666:1,2,0,1 chr7 44157675 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,27;MFRL=189,139;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:44157666_G_A:44157666:1,1,0,1 chr7 44157678 . G T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,30;MFRL=169,139;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:44157666_G_A:44157666:0,1,0,1 chr7 44157683 . G GTGAGCCAAA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=169,139;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:44157666_G_A:44157666:0,1,0,1 chr7 44184948 . C CTGTAGTCCCAG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=34,33;MFRL=178,120;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:44184948_C_CTGTAGTCCCAG:44184948:1,2,0,1 chr7 44184951 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=178,120;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:44184948_C_CTGTAGTCCCAG:44184948:1,2,0,1 chr7 44184953 . A T . . 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DP=4;ECNT=7;MBQ=27,26;MFRL=145,159;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:44606197_GCA_G:44606197:0,3,0,1 chr7 44606209 . A T . . DP=3;ECNT=7;MBQ=27,27;MFRL=81,159;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:44606197_GCA_G:44606197:0,2,0,1 chr7 44606212 . C G . . DP=3;ECNT=7;MBQ=34,33;MFRL=81,159;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:44606197_GCA_G:44606197:0,2,0,1 chr7 44606214 . GA AT . . DP=3;ECNT=7;MBQ=33,26;MFRL=81,159;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:44606197_GCA_G:44606197:0,2,0,1 chr7 44606217 . C G . . DP=4;ECNT=7;MBQ=0,32;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.774:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr7 44609704 . A C . . DP=17;ECNT=1;MBQ=24,29;MFRL=124,109;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.162:17:8,0:3,2:7,8,0,2 chr7 44610490 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=12.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr7 44611077 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=27.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,4:0,5:0,0,6,3 chr7 44612347 . G C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=28.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,4:0,5:0,0,3,6 chr7 44612454 . C A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=39.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.937:14:0,4:0,10:0,0,10,4 chr7 44613103 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=9.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr7 44619302 . T C . . 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DP=19;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=100,193;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,2:0.142:19:11,1:4,1:8,9,0,2 chr7 48318739 . G C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,34;MFRL=133,175;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:2,0:1,1:0|1:48318739_G_C:48318739:1,2,0,1 chr7 48318743 . A C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=26,34;MFRL=133,175;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:48318739_G_C:48318739:1,2,0,1 chr7 48318745 . A C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=24,33;MFRL=133,175;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:48318739_G_C:48318739:1,2,0,1 chr7 48318749 . G C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=33,27;MFRL=189,175;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:48318739_G_C:48318739:1,1,0,1 chr7 48335265 . C T . . 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DP=1;ECNT=5;MBQ=0,29;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:48412118_A_T:48412118:0,0,0,1 chr7 48412128 . A G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:48412118_A_T:48412118:0,0,0,1 chr7 48443229 . C A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=160,120;MMQ=60,48;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.562:5:2,2:0,0:2,0,0,3 chr7 48506712 . T TTAGGGTTTGG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:48506712_T_TTAGGGTTTGG:48506712:0,0,0,1 chr7 48506718 . T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:48506712_T_TTAGGGTTTGG:48506712:0,0,0,1 chr7 48545976 . A G . . 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DP=7;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=103,151;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:4,1:1,1:0,5,1,1 chr7 50358657 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=101,56;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.264:13:8,3:2,0:5,5,2,1 chr7 50512929 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=12.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,4,0 chr7 50514052 . G C . . DP=37;ECNT=1;MBQ=30,35;MFRL=117,43;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:34,2:0.079:36:20,2:14,0:15,19,2,0 chr7 50544269 . AG A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=40.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,7:0,4:0,0,8,4 chr7 50547584 . A C . . DP=9;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=24.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,6:0,2:0,0,2,6 chr7 50547649 . GCAC G . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=20,24;MFRL=88,35;MMQ=60,54;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:2,0:0,2:1,1,1,1 chr7 54617841 . C CTCAGGTTGAATTTTAAT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=152,49;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0,2,1,1 chr7 54618010 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 54621526 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=129,145;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=11.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.557:7:2,3:1,1:3,0,4,0 chr7 54621692 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=102,140;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=16.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.584:10:1,4:3,2:1,3,2,4 chr7 55210212 . GTGTGTT G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,204;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.688:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr7 55221655 . G A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=32.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,2:0,8:0,0,9,1 chr7 55221732 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=25,27;MFRL=112,164;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:3,2:6,0:4,5,2,0 chr7 55242606 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr7 55260563 . T TCA . . DP=10;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=158,66;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.271:9:3,0:4,2:0|1:55260563_T_TCA:55260563:0,7,1,1 chr7 55260564 . T G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=158,66;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.271:9:3,0:4,2:0|1:55260563_T_TCA:55260563:0,7,1,1 chr7 55466371 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=14.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,1,4 chr7 55468773 . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=151,139;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:73021389_C_T:73021389:1,1,0,1 chr7 73021393 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=35,31;MFRL=142,139;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:73021389_C_T:73021389:0,1,0,1 chr7 73082449 . GG AA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,197;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 73084298 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,181;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr7 73101137 . A G . . DP=25;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=142,102;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=34.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,13:0.610:21:4,3:4,10:1,7,7,6 chr7 73107003 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=102,109;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:0,2:3,0:2,1,1,1 chr7 73107616 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=125,115;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:3,0,1,0 chr7 73117092 . GT AG . . DP=8;ECNT=3;MBQ=24,20;MFRL=121,36;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:0|1:73117092_GT_AG:73117092:4,2,1,1 chr7 73117098 . G GCT . . DP=10;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=122,36;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.270:9:2,0:4,2:0|1:73117092_GT_AG:73117092:4,3,1,1 chr7 73117099 . G GTGTGC . . DP=9;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=121,36;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.297:8:2,0:4,2:0|1:73117092_GT_AG:73117092:3,3,1,1 chr7 73118033 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=92,142;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.376:6:2,1:1,1:2,2,2,0 chr7 73118196 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,34;MFRL=123,585;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,1,0 chr7 73118808 . TACCCGCAC T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=135,157;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:73118808_TACCCGCAC_T:73118808:0,4,0,1 chr7 73118822 . GCAT G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,28;MFRL=139,157;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:73118808_TACCCGCAC_T:73118808:0,3,0,1 chr7 73151220 . G C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=11.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,3,0 chr7 73151289 . A G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=135,85;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.425:5:3,2:0,0:2,1,1,1 chr7 73151471 . C CCG . . DP=5;ECNT=7;MBQ=30,32;MFRL=157,182;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.389:3:1,0:1,1:0|1:73151471_C_CCG:73151471:1,1,0,1 chr7 73151472 . TTG T . . DP=4;ECNT=7;MBQ=26,30;MFRL=157,182;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=TG;STR;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.394:3:1,0:1,1:0|1:73151471_C_CCG:73151471:1,1,0,1 chr7 73151478 . G A . . DP=5;ECNT=7;MBQ=26,25;MFRL=145,182;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:1,1:0|1:73151471_C_CCG:73151471:3,1,0,1 chr7 73151480 . T TGAGAG . . DP=5;ECNT=7;MBQ=21,26;MFRL=145,182;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:3,1:0|1:73151471_C_CCG:73151471:3,1,0,1 chr7 73151496 . T C . . DP=4;ECNT=7;MBQ=25,31;MFRL=159,174;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:2,0:0|1:73151496_T_C:73151496:3,0,1,0 chr7 73151499 . CC AA . . DP=4;ECNT=7;MBQ=31,30;MFRL=159,174;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:73151496_T_C:73151496:3,0,1,0 chr7 73151502 . TG T . . DP=4;ECNT=7;MBQ=25,26;MFRL=159,174;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:73151496_T_C:73151496:3,0,1,0 chr7 73245519 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,199;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr7 73245868 . G A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=26,22;MFRL=121,104;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,4:0.216:21:7,2:10,2:12,5,1,3 chr7 73279780 . G GATGGTTGCA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=162,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:2,1,0,1 chr7 73452162 . A AGGTTTGCATGACTAGAGTGGGGGCCCT . . 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DP=37;ECNT=9;MBQ=30,28;MFRL=126,73;MMQ=60,50;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:32,2:0.082:34:22,0:7,2:12,20,1,1 chr7 97949667 . A G . . DP=31;ECNT=9;MBQ=24,27;MFRL=127,73;MMQ=60,50;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:28,2:0.093:30:18,0:7,1:8,20,1,1 chr7 97949673 . GT G . . DP=31;ECNT=9;MBQ=31,32;MFRL=129,134;MMQ=60,40;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=T;STR;TLOD=8.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:25,3:0.132:28:19,0:6,2:0|1:97949673_GT_G:97949673:4,21,0,3 chr7 97949676 . T C . . DP=30;ECNT=9;MBQ=28,33;MFRL=129,134;MMQ=60,40;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=8.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:25,3:0.133:28:19,0:6,3:0|1:97949673_GT_G:97949673:4,21,0,3 chr7 97949678 . T C . . DP=29;ECNT=9;MBQ=28,27;MFRL=134,111;MMQ=60,50;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:26,2:0.100:28:18,0:6,2:4,22,0,2 chr7 97949686 . C G . . 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DP=24;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=114,136;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,2:0.124:22:9,0:10,2:6,14,1,1 chr7 100033851 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,72;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.749:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr7 100065306 . AC A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=27,21;MFRL=146,168;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=C;STR;TLOD=4.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.372:6:0,0:3,1:2,2,1,1 chr7 100074830 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=174,166;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=8.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.443:9:2,3:3,0:5,0,4,0 chr7 100086771 . C G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=111,71;MMQ=60,27;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=8.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.389:11:1,4:5,0:5,2,3,1 chr7 100091266 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr7 100151823 . A T . . DP=21;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=129,79;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,3:0.172:21:6,0:12,3:8,10,1,2 chr7 100153165 . GA TT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,26;MFRL=146,157;MMQ=60,40;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:100153165_GA_TT:100153165:2,0,1,0 chr7 100153168 . T A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=25,31;MFRL=146,157;MMQ=60,40;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:100153165_GA_TT:100153165:2,0,1,0 chr7 100153175 . C T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,27;MFRL=146,157;MMQ=60,40;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:100153165_GA_TT:100153165:2,0,1,0 chr7 100153182 . T C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=25,33;MFRL=146,157;MMQ=60,40;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:100153165_GA_TT:100153165:2,0,1,0 chr7 100153186 . A G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=29,29;MFRL=146,157;MMQ=60,40;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:100153165_GA_TT:100153165:2,0,1,0 chr7 100160662 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr7 100174027 . A C . . DP=3;ECNT=6;MBQ=27,32;MFRL=141,162;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:100174027_A_C:100174027:0,2,0,1 chr7 100174032 . T A . . DP=3;ECNT=6;MBQ=31,25;MFRL=141,162;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:100174027_A_C:100174027:0,2,0,1 chr7 100174034 . C CG . . DP=3;ECNT=6;MBQ=26,24;MFRL=141,162;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:100174027_A_C:100174027:0,2,0,1 chr7 100174048 . G C . . 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G T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,29;MFRL=134,162;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:101265481_C_A:101265481:0,3,0,1 chr7 101265485 . G A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,26;MFRL=134,162;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:101265481_C_A:101265481:0,3,0,1 chr7 101265487 . G GTTGATTCCATGTTTCTTCT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=32,31;MFRL=134,162;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:101265481_C_A:101265481:0,3,0,1 chr7 101267435 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr7 101559513 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=137,115;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=28.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,10:0.786:12:1,3:1,7:0,2,2,8 chr7 101671294 . G A . . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=24,31;MFRL=157,127;MMQ=60,24;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:101837051_T_C:101837051:2,0,1,0 chr7 101837060 . TG CA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=24,32;MFRL=143,127;MMQ=60,24;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:101837051_T_C:101837051:3,1,1,0 chr7 101837067 . A G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=28,34;MFRL=143,127;MMQ=60,24;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:101837051_T_C:101837051:3,1,1,0 chr7 101870599 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr7 101870970 . C CCCCACGTACTTCAACACTTATCACTTAATAGCAT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=35,16;MFRL=139,124;MMQ=60,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0,1,0,1 chr7 101871003 . G GTGCAGGCAAGCTGGGC . . 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G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=155,150;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:102097955_G_A:102097955:0,1,0,1 chr7 102097957 . GG AT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=155,150;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:102097955_G_A:102097955:0,1,0,1 chr7 102100274 . G GTGTGAGCCA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:102100274_G_GTGTGAGCCA:102100274:0,0,0,1 chr7 102100276 . T TACGCCC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:102100274_G_GTGTGAGCCA:102100274:0,0,0,1 chr7 102100279 . G C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:102100274_G_GTGTGAGCCA:102100274:0,0,0,1 chr7 102114749 . C G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=124,132;MMQ=27,27;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=9.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:3,2:0,2:2,1,2,2 chr7 102136543 . T G . . DP=14;ECNT=2;MBQ=27,33;MFRL=134,160;MMQ=52,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.266:13:7,3:3,0:4,6,3,0 chr7 102136550 . G A . . DP=14;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=124,97;MMQ=52,35;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.211:12:5,2:4,0:3,7,2,0 chr7 102136685 . G GGACTT . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=100,97;MMQ=27,27;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.277:5:3,1:1,0:0,4,0,1 chr7 102212880 . G C . . DP=110;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=118,113;MMQ=27,27;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=15.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:95,11:0.110:106:36,7:59,4:62,33,9,2 chr7 102213012 . C T . . DP=20;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=144,157;MMQ=27,27;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,4:0.277:15:5,2:6,1:3,8,1,3 chr7 102213065 . A T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=26,29;MFRL=146,148;MMQ=25,32;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:4,2:4,0:0,8,0,2 chr7 102235708 . T G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=166,129;MMQ=25,43;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=32.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,11:0.858:12:1,6:0,5:0,1,6,5 chr7 102235855 . A ACGTGC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,160;MMQ=60,27;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.682:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 102279520 . AGG CCC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=118,162;MMQ=26,27;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:0,0:2,2,1,0 chr7 102389710 . A T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=124,108;MMQ=52,45;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=15.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.572:12:2,3:3,4:1,4,3,4 chr7 102390203 . C CGCGGTCAAGGTCAGGCACAGCCG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,120;MMQ=60,48;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 102398410 . CT C . . DP=21;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=130,128;MMQ=59,33;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=5.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,5:0.316:17:7,2:4,3:3,9,4,1 chr7 102417633 . A T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,22;MFRL=156,121;MMQ=48,30;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=5.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.443:7:2,3:2,0:4,0,3,0 chr7 102417814 . T TACATAAACCTTCC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=193,152;MMQ=27,27;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr7 102427966 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=129,144;MMQ=27,27;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=13.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:1,2:3,3:0,4,0,5 chr7 102518909 . A AGT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=23,25;MFRL=102,153;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr7 102574999 . TGAA T . . 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T TGTTTTTTGTTACCTTTTTCCTTTTTTTTTTTTAC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=28,29;MFRL=189,83;MMQ=60,23;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.494:2:1,1:0,0:0|1:117067044_T_TGTTTTTTGTTACCTTTTTCCTTTTTTTTTTTTAC:117067044:0,1,0,1 chr7 117067046 . A T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=24,26;MFRL=189,83;MMQ=60,23;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.494:2:1,1:0,0:0|1:117067044_T_TGTTTTTTGTTACCTTTTTCCTTTTTTTTTTTTAC:117067044:0,1,0,1 chr7 117176738 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=170,148;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:117176738_C_T:117176738:0,2,0,1 chr7 117176751 . T TA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=170,148;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:117176738_C_T:117176738:0,2,0,1 chr7 117188660 . ATGTG A,ATG . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=31,33;MFRL=160,160;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:117400787_A_T:117400787:0,1,0,1 chr7 117417841 . G GCTAAC . . DP=5;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=151,53;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:117417841_G_GCTAAC:117417841:1,2,1,1 chr7 117417842 . G GTGGAA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=151,53;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:117417841_G_GCTAAC:117417841:1,2,1,1 chr7 117417847 . G GACA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=30,32;MFRL=151,53;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,1:2,0:0|1:117417841_G_GCTAAC:117417841:1,2,1,1 chr7 117417848 . G GAT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=32,30;MFRL=151,53;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:2,0:0|1:117417841_G_GCTAAC:117417841:1,2,0,1 chr7 117511612 . A T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=173,132;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:2,0,1,1 chr7 117824239 . G C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=33.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,6:0,5:0,0,6,5 chr7 117825834 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=15.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,0,5 chr7 117867960 . C CTT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=14,16;RU=T;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:117867960_C_CTT:117867960:0,0,1,0 chr7 117867977 . C A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,14;MFRL=70,112;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,0:0|1:117867960_C_CTT:117867960:1,1,1,0 chr7 117867997 . C G . . 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DP=22;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=97,112;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,3:0.149:22:7,2:12,0:10,9,3,0 chr7 127253243 . C A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=30,27;MFRL=111,105;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:127253243_C_A:127253243:0,3,0,1 chr7 127253251 . T TTA,TTCTTCCTGCCTTTTCCCAATCTTGA . . DP=4;ECNT=5;MBQ=27,30,29;MFRL=122,105,111;MMQ=57,60,60;MPOS=10,1;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.37,3.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,1,1:0.286,0.347:4:1,0,1:1,1,0:0,2,0,2 chr7 127253252 . G GACAGAGC . . DP=4;ECNT=5;MBQ=26,33;MFRL=111,105;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:0,1:0|1:127253243_C_A:127253243:0,3,0,1 chr7 127253255 . CC AT . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,25;MFRL=132,105;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:127253243_C_A:127253243:0,1,0,1 chr7 127253258 . G GGAA . . 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DP=1;ECNT=6;MBQ=0,32;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:127326894_GAT_G:127326894:0,0,0,1 chr7 127326898 . T C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,31;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:127326894_GAT_G:127326894:0,0,0,1 chr7 127326904 . TTC T . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,28;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:127326894_GAT_G:127326894:0,0,0,1 chr7 127326910 . G A . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,23;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:127326894_GAT_G:127326894:0,0,0,1 chr7 127326911 . T TAG . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,24;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:127326894_GAT_G:127326894:0,0,0,1 chr7 127339075 . G A . . 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T TTGG . . DP=5;ECNT=4;MBQ=30,29;MFRL=142,102;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:2,1:0|1:127343391_T_G:127343391:1,3,0,1 chr7 127343403 . G A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,27;MFRL=140,102;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:1,0:2,1:0|1:127343391_T_G:127343391:0,3,0,1 chr7 127447499 . A T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=9.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr7 127447663 . G GAGATTTCAGCCGCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,33;MFRL=156,110;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:127447663_G_GAGATTTCAGCCGCT:127447663:0,1,0,1 chr7 127447667 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=156,110;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:127447663_G_GAGATTTCAGCCGCT:127447663:0,1,0,1 chr7 127447669 . C G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,32;MFRL=156,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:127447663_G_GAGATTTCAGCCGCT:127447663:0,1,0,1 chr7 127528140 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,30;MFRL=146,134;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:127528140_C_T:127528140:0,2,0,1 chr7 127528149 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=27,32;MFRL=145,134;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:127528140_C_T:127528140:0,1,0,1 chr7 127528155 . T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,22;MFRL=145,134;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:127528140_C_T:127528140:0,1,0,1 chr7 127528158 . AA GT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=27,32;MFRL=145,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:127528140_C_T:127528140:0,1,0,1 chr7 127638176 . A AATG . . 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DP=2;ECNT=5;MBQ=30,25;MFRL=128,117;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:128490129_G_C:128490129:0,1,0,1 chr7 128490143 . A AGTGAC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=24,24;MFRL=128,117;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:128490129_G_C:128490129:0,1,0,1 chr7 128490590 . AGG A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,23;MFRL=207,188;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:128490590_AGG_A:128490590:0,1,0,1 chr7 128490593 . C CTT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=207,188;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:128490590_AGG_A:128490590:0,1,0,1 chr7 128494104 . C CTAATTTTTGTATTTTTAGT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,33;MFRL=110,113;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:1,3,0,1 chr7 128494115 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,29;MFRL=148,107;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:1,2,0,1 chr7 128517298 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=102,103;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:0,2:3,0:1,2,1,1 chr7 128520000 . A AG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=24,26;MFRL=128,101;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:128520000_A_AG:128520000:0,3,0,1 chr7 128520001 . C CCGCAGCGTTTGG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=128,101;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:128520000_A_AG:128520000:0,3,0,1 chr7 128526695 . ACCT A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=132,40;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CCT;STR;TLOD=5.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.272:9:3,0:2,2:0|1:128526695_ACCT_A:128526695:4,3,1,1 chr7 128526703 . CTATACCTG C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=128,40;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=5.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:3,0:3,2:0|1:128526695_ACCT_A:128526695:4,4,1,1 chr7 128526970 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=134,40;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,1:0,0:1,0,0,2 chr7 128527074 . C CCA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:128527074_C_CCA:128527074:0,0,0,1 chr7 128527075 . T A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:128527074_C_CCA:128527074:0,0,0,1 chr7 128530401 . A C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=116,117;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:2,2,0,1 chr7 128533514 . T TC . . 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DP=3;ECNT=5;MBQ=31,32;MFRL=48,130;MMQ=59,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr7 133881936 . T G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=24,31;MFRL=65,96;MMQ=59,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:133881932_T_TAGGGAA:133881932:0,2,0,1 chr7 133881937 . A AGAGGATGTCT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=25,25;MFRL=65,96;MMQ=59,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:133881932_T_TAGGGAA:133881932:0,2,0,1 chr7 133943187 . TG CA . . DP=7;ECNT=4;MBQ=30,35;MFRL=126,122;MMQ=60,40;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.246:6:0,0:4,1:2,3,0,1 chr7 133943216 . G A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=33,26;MFRL=141,122;MMQ=56,40;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:133943216_G_A:133943216:0,4,0,1 chr7 133943220 . C T . . DP=5;ECNT=4;MBQ=24,29;MFRL=141,122;MMQ=56,40;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:133943216_G_A:133943216:0,4,0,1 chr7 133943222 . AA GG . . DP=5;ECNT=4;MBQ=24,28;MFRL=141,122;MMQ=56,40;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:133943216_G_A:133943216:0,4,0,1 chr7 133979545 . A T . . DP=6;ECNT=3;MBQ=25,27;MFRL=156,77;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,3:0.500:6:1,1:2,1:0|1:133979545_A_T:133979545:2,1,2,1 chr7 133979552 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=163,77;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=9.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,3:0.571:5:1,1:1,2:0|1:133979545_A_T:133979545:1,1,2,1 chr7 133979578 . A G . . DP=8;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=139,77;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:2,0:3,3:2,3,1,2 chr7 133984321 . G C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=34,31;MFRL=141,109;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:133984321_G_C:133984321:1,2,0,1 chr7 133984323 . A T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,27;MFRL=141,109;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:133984321_G_C:133984321:1,2,0,1 chr7 133984326 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=150,109;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:133984321_G_C:133984321:1,1,0,1 chr7 133986607 . G GAAA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,33;MFRL=145,148;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:133986607_G_GAAA:133986607:0,2,0,1 chr7 133986608 . C CAGCAGTGAA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,33;MFRL=145,148;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:133986607_G_GAAA:133986607:0,2,0,1 chr7 133986628 . C CTCTCTTCCAT . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=26,23;MFRL=111,162;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:1,2,0,1 chr7 134130121 . A AAAACCTT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,24;MFRL=128,85;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:1,1,0,1 chr7 134131955 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr7 134133276 . GC AG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,22;MFRL=148,141;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:134133276_GC_AG:134133276:0,3,0,1 chr7 134133278 . AC A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,27;MFRL=148,141;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:134133276_GC_AG:134133276:0,3,0,1 chr7 134135751 . C T . . 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DP=12;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=125,125;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=18.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.571:12:4,6:1,1:1,4,2,5 chr7 134678523 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=13.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,0,5 chr7 134728833 . GT G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=117,135;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:6,2:3,0:6,3,2,0 chr7 134730151 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,80;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 134800412 . T A . . DP=3;ECNT=7;MBQ=28,26;MFRL=137,123;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:134800412_T_A:134800412:0,2,0,1 chr7 134800415 . A AATGG . . DP=3;ECNT=7;MBQ=26,25;MFRL=137,123;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:134800412_T_A:134800412:0,2,0,1 chr7 134800419 . G T . . DP=3;ECNT=7;MBQ=31,30;MFRL=137,123;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr7 134800422 . GGGCTT G . . DP=3;ECNT=7;MBQ=31,31;MFRL=132,142;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.504:2:0,1:1,0:0|1:134800422_GGGCTT_G:134800422:0,1,0,1 chr7 134800430 . TAA T . . DP=2;ECNT=7;MBQ=28,28;MFRL=132,142;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:134800422_GGGCTT_G:134800422:0,1,0,1 chr7 134800435 . TA T . . DP=2;ECNT=7;MBQ=23,26;MFRL=213,142;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:134800422_GGGCTT_G:134800422:0,1,0,1 chr7 134800439 . A T . . 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DP=15;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=126,116;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=36.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,13:0.823:15:2,6:0,7:1,1,4,9 chr7 143085819 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=129,144;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.334:7:2,1:3,1:4,1,2,0 chr7 143087840 . C CAGAAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=121,85;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:143087840_C_CAGAAG:143087840:0,1,0,1 chr7 143087841 . C CAAGTGTGTAGGAGACAGGGGT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,32;MFRL=121,85;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:143087840_C_CAGAAG:143087840:0,1,0,1 chr7 143092269 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=125,92;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.666:4:1,0:0,3:0,1,1,2 chr7 143174892 . A G . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=27,33;MFRL=130,158;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,0,2 chr7 147600604 . C A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,85;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.749:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr7 147675108 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,27;MFRL=140,122;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:147675108_G_T:147675108:0,1,0,1 chr7 147675109 . C CCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=35,28;MFRL=140,122;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:147675108_G_T:147675108:0,1,0,1 chr7 147675110 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=140,122;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:147675108_G_T:147675108:0,1,0,1 chr7 147964091 . G A . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=162,153;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=9.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.675:4:1,0:0,3:1,0,2,1 chr7 148494816 . G T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,15;MFRL=81,150;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,0:0,4,1,0 chr7 148494942 . G A . . DP=16;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=145,83;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,4:0.276:16:3,0:9,4:7,5,2,2 chr7 148504905 . TT CC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,1:0|1:148504905_TT_CC:148504905:0,0,0,2 chr7 148504918 . AA GG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0|1:148504905_TT_CC:148504905:0,0,0,2 chr7 148525922 . C T . . 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DP=5;ECNT=8;MBQ=23,33;MFRL=118,95;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:148702353_T_G:148702353:2,2,0,1 chr7 148702357 . C CAAAGTCCTAGAGGTGG . . DP=5;ECNT=8;MBQ=31,34;MFRL=118,95;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:148702353_T_G:148702353:2,2,0,1 chr7 148702360 . C A . . DP=4;ECNT=8;MBQ=30,23;MFRL=131,95;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:148702353_T_G:148702353:1,2,0,1 chr7 148702364 . T A . . DP=4;ECNT=8;MBQ=28,27;MFRL=131,95;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:148702353_T_G:148702353:1,2,0,1 chr7 148702366 . C T . . DP=4;ECNT=8;MBQ=30,30;MFRL=131,95;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:148702353_T_G:148702353:1,2,0,1 chr7 148702392 . C CATAG . . DP=4;ECNT=8;MBQ=31,31;MFRL=169,105;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:148702392_C_CATAG:148702392:2,1,0,1 chr7 148702394 . T C . . DP=4;ECNT=8;MBQ=25,28;MFRL=169,105;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:148702392_C_CATAG:148702392:2,1,0,1 chr7 148702396 . CGCAA C . . DP=3;ECNT=8;MBQ=31,26;MFRL=183,105;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:148702392_C_CATAG:148702392:2,0,0,1 chr7 148705221 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=12.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,3,1 chr7 148716109 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=131,137;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.268:12:3,0:6,2:3,6,3,0 chr7 148768286 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=78,105;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,0:2,2:1,2,1,1 chr7 148768308 . G GGT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=159,125;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:148768308_G_GGT:148768308:0,2,0,1 chr7 148768310 . G GGTGGCTT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,30;MFRL=159,125;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:148768308_G_GGT:148768308:0,2,0,1 chr7 148771700 . C CTTCCTTCTCTCCTTAATGACATT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr7 148801033 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=81,98;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr7 148801749 . A C . . 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DP=13;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=149,104;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=13.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.428:12:2,5:5,0:5,2,5,0 chr7 150218163 . CA C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr7 150267067 . TCCCCA T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=107,53;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,0:4,2:0|1:150267067_TCCCCA_T:150267067:2,3,1,1 chr7 150267073 . GAC G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=107,53;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,0:2,2:0|1:150267067_TCCCCA_T:150267067:2,3,1,1 chr7 150269192 . CT C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=6.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr7 150325247 . G A . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=28,24;MFRL=167,160;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr7 150325642 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,237;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr7 150384052 . G A,GAACC . . DP=11;ECNT=2;MBQ=31,20,20;MFRL=159,130,139;MMQ=60,60,40;MPOS=6,26;POPAF=7.30,7.30;TLOD=4.59,6.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:4,3,2:0.371,0.271:9:3,1,2:1,1,0:3,1,4,1 chr7 150384060 . G A . . DP=21;ECNT=2;MBQ=29,14;MFRL=161,130;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.206:17:11,0:3,0:10,4,2,1 chr7 150417990 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0|1:150417990_G_A:150417990:0,0,1,1 chr7 150418000 . T G . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=33,24;MFRL=145,52;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:4,2:0,0:4,0,0,2 chr7 150820908 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=145,135;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.370:6:1,2:3,0:2,2,0,2 chr7 150837069 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=123,60;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.280:12:5,3:4,0:3,6,1,2 chr7 150838905 . T A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=150,129;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=9.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:0,4:3,0:3,0,4,0 chr7 150839802 . G GGC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,195;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr7 150873608 . A G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=20,34;MFRL=97,0;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:5,0:6,2:4,7,0,2 chr7 150878299 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr7 150884313 . C CAAGGAAA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=89,175;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:1,3,0,1 chr7 150884839 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr7 150912905 . G C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=118,129;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:150912905_G_C:150912905:0,1,0,1 chr7 150912909 . C A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,26;MFRL=118,129;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:150912905_G_C:150912905:0,1,0,1 chr7 150912916 . TG CC . . 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DP=14;ECNT=3;MBQ=28,30;MFRL=108,64;MMQ=60,54;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.188:14:8,0:4,2:6,6,0,2 chr7 150921950 . A G . . DP=13;ECNT=3;MBQ=27,31;MFRL=121,124;MMQ=60,60;MPOS=30;PON;POPAF=7.30;TLOD=30.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,9:0.716:12:1,7:2,2:1,2,5,4 chr7 150922002 . A AATAAAACTTCCCCACAAC . . DP=10;ECNT=3;MBQ=24,20;MFRL=124,56;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.323:7:3,2:2,0:1,4,1,1 chr7 150923382 . T A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=114,84;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:5,2:3,0:7,3,1,1 chr7 150934827 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=97,113;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:1,1,1,1 chr7 150935009 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=185,108;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,0:2,2:2,0,1,1 chr7 150936124 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=143,133;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:1,1,2,0 chr7 150936829 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=130,106;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,2:1,0:2,1,1,1 chr7 150937377 . C CG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,17;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=G;STR;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,0:0,0,0,2 chr7 150939359 . C T . . DP=10;ECNT=4;MBQ=26,20;MFRL=117,67;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.490:10:3,2:2,2:2,3,3,2 chr7 150939379 . G GGGGA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,32;MFRL=157,107;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:150939379_G_GGGGA:150939379:0,4,0,1 chr7 150939381 . G GTGACCT . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,204;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr7 151483445 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr7 151668214 . A G . . DP=5;ECNT=5;MBQ=26,31;MFRL=160,134;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0,4,0,1 chr7 151668217 . TAGATAGAA T,AAGATAGAA,TGATAGAA . . DP=5;ECNT=5;MBQ=0,28,22,28;MFRL=0,172,134,138;MMQ=60,60,60,60;MPOS=18,6,6;POPAF=7.30,7.30,7.30;TLOD=9.52,3.29,3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2/3:0,3,1,1:0.444,0.222,0.222:5:0,1,0,1:0,2,1,0:0,0,0,5 chr7 151668219 . GATA CATA,G . . DP=5;ECNT=5;MBQ=26,34,27;MFRL=160,134,138;MMQ=60,60,60;MPOS=4,4;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.29,3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,1,1:0.293,0.330:4:1,0,1:1,1,0:0,2,0,2 chr7 151668222 . A G . . DP=5;ECNT=5;MBQ=26,32;MFRL=160,136;MMQ=60,60;MPOS=-1073741823;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.491:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr7 151668226 . A ACATG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=27,22;MFRL=172,138;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0,3,0,1 chr7 151680294 . C A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,28;MFRL=144,136;MMQ=60,40;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:151680294_C_A:151680294:0,2,0,1 chr7 151680302 . A G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=25,12;MFRL=144,136;MMQ=60,40;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,0:0|1:151680294_C_A:151680294:0,2,0,1 chr7 151680322 . GTAC G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=28,32;MFRL=144,136;MMQ=60,40;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:151680294_C_A:151680294:0,2,0,1 chr7 151680328 . T TGAC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=24,29;MFRL=201,136;MMQ=40,40;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:151680294_C_A:151680294:0,1,0,1 chr7 151680331 . C T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=24,31;MFRL=201,136;MMQ=40,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:151680294_C_A:151680294:0,1,0,1 chr7 151684168 . C A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr7 151818753 . G T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=32,31;MFRL=112,148;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0,4,0,1 chr7 151818771 . C T . . DP=6;ECNT=5;MBQ=32,26;MFRL=52,160;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,1:2,1:0|1:151818771_C_T:151818771:0,4,0,2 chr7 151818775 . G T . . DP=6;ECNT=5;MBQ=31,28;MFRL=52,160;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,1:2,1:0|1:151818771_C_T:151818771:0,4,0,2 chr7 151818777 . T C . . DP=6;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=0,52;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=13.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr7 151818812 . TG GA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,31;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr7 151835997 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,23;MFRL=93,42;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.310:11:6,0:1,3:3,5,0,3 chr7 151842366 . C T . . DP=7;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=129,114;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,0:3,2:0|1:151842366_C_T:151842366:2,3,0,2 chr7 151842370 . A T . . DP=7;ECNT=3;MBQ=26,16;MFRL=129,114;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,0:3,0:0|1:151842366_C_T:151842366:2,3,0,2 chr7 151842397 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr7 151851449 . T C . . DP=11;ECNT=6;MBQ=29,20;MFRL=117,58;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.248:10:5,0:3,2:0|1:151851449_T_C:151851449:2,6,1,1 chr7 151851450 . T TCACAC . . DP=10;ECNT=6;MBQ=28,20;MFRL=117,58;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:5,0:3,2:0|1:151851449_T_C:151851449:2,6,1,1 chr7 151851453 . A T . . DP=11;ECNT=6;MBQ=27,25;MFRL=133,89;MMQ=60,59;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=6.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.442:7:4,0:0,3:2,2,0,3 chr7 151851495 . T TTATTGTGAAG . . DP=4;ECNT=6;MBQ=28,28;MFRL=139,156;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0,3,0,1 chr7 151851500 . A ATACTCT . . DP=3;ECNT=6;MBQ=26,25;MFRL=118,139;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.496:2:1,1:0,0:0|1:151851500_A_ATACTCT:151851500:0,1,0,1 chr7 151851501 . G GGGCAGCACCTA . . DP=3;ECNT=6;MBQ=31,30;MFRL=118,139;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.496:2:1,1:0,0:0|1:151851500_A_ATACTCT:151851500:0,1,0,1 chr7 151853362 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=150,72;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.264:13:5,3:5,0:6,4,1,2 chr7 151855852 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=138,174;MMQ=48,38;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:2,0,2,0 chr7 151859379 . ATGGGGAGGACTCTGTGCTGAGGAGACAGGACAGGCTACAGCGTTTCCTTCTACCTTACTACCATTCTGTTCCTCCAATTTAGGCTCCTCTTGGCC A . . DP=23;ECNT=2;MBQ=24,28;MFRL=131,155;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:19,4:0.139:23:5,0:2,2:0|1:151859379_ATGGGGAGGACTCTGTGCTGAGGAGACAGGACAGGCTACAGCGTTTCCTTCTACCTTACTACCATTCTGTTCCTCCAATTTAGGCTCCTCTTGGCC_A:151859379:10,9,1,3 chr7 151859383 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=23,28;MFRL=96,136;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:6,2:0.306:8:3,2:2,0:1|0:151859379_ATGGGGAGGACTCTGTGCTGAGGAGACAGGACAGGCTACAGCGTTTCCTTCTACCTTACTACCATTCTGTTCCTCCAATTTAGGCTCCTCTTGGCC_A:151859379:3,3,1,1 chr7 151859789 . G A . . DP=25;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=85,82;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:23,2:0.111:25:12,2:9,0:0|1:151859789_G_A:151859789:10,13,1,1 chr7 151859809 . G A . . DP=23;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=85,82;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,2:0.120:23:13,2:7,0:0|1:151859789_G_A:151859789:8,13,1,1 chr7 151860334 . C T . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=105,133;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:0,1:2,1:1,1,2,0 chr7 158935273 . A AC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,23;MFRL=149,140;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr8 363185 . A G . . DP=12;ECNT=2;MBQ=25,32;MFRL=111,126;MMQ=52,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=31.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,10:0.786:12:1,3:1,7:0|1:363185_A_G:363185:0,2,3,7 chr8 363192 . G A . . DP=15;ECNT=2;MBQ=25,26;MFRL=124,111;MMQ=60,52;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:13,2:0.176:15:5,1:8,1:1|0:363185_A_G:363185:4,9,0,2 chr8 381266 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=105,143;MMQ=49,48;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=9.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.501:6:2,1:0,2:3,0,3,0 chr8 382957 . T C . . DP=23;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=109,147;MMQ=60,54;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=23.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,9:0.400:23:4,4:10,5:6,8,7,2 chr8 401493 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=137,143;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=19.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.778:7:0,3:1,3:0,1,0,6 chr8 442389 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=113,141;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=20.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,7:0.728:9:1,2:1,5:2,0,5,2 chr8 444485 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=24,34;MFRL=133,139;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=12.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:1,3:4,1:3,2,2,2 chr8 623513 . T TTCTTCAAGTTTTTGC . . DP=16;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=111,112;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.175:15:4,0:7,2:3,10,0,2 chr8 665849 . A C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,13;MFRL=136,164;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,0:2,0:2,1,1,0 chr8 1574947 . A AC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,23;MFRL=110,108;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:1574947_A_AC:1574947:1,3,0,1 chr8 1574949 . A AT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,22;MFRL=110,108;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:1574947_A_AC:1574947:1,3,0,1 chr8 1580962 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=131,111;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.438:5:2,0:0,2:2,1,1,1 chr8 1581226 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=127,161;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr8 1618052 . T TTTGCAGCGGCTGGTACCAGTTGTTC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=192,107;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:1618052_T_TTTGCAGCGGCTGGTACCAGTTGTTC:1618052:0,1,0,1 chr8 1618055 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,24;MFRL=192,107;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:1618052_T_TTTGCAGCGGCTGGTACCAGTTGTTC:1618052:0,1,0,1 chr8 1626419 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=121,116;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=7.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:2,3:3,0:4,1,3,0 chr8 1639706 . G A . . DP=26;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=106,84;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,3:0.147:25:13,1:8,2:15,7,2,1 chr8 1645341 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=249,91;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr8 1719594 . A G . . DP=19;ECNT=4;MBQ=25,20;MFRL=145,65;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:7,0:6,2:0|1:1719594_A_G:1719594:5,10,1,1 chr8 1719605 . C CTT . . DP=20;ECNT=4;MBQ=25,20;MFRL=141,65;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,2:0.136:20:10,0:7,2:0|1:1719594_A_G:1719594:7,11,1,1 chr8 1719606 . G GTAAATTTGTTT . . DP=19;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=137,65;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:10,0:7,2:0|1:1719594_A_G:1719594:7,10,1,1 chr8 1719608 . A AGTT . . DP=19;ECNT=4;MBQ=26,24;MFRL=137,65;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:10,0:7,1:0|1:1719594_A_G:1719594:7,10,1,1 chr8 1719800 . C CCAGCCTGGACGAGAGCCAGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=156,145;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr8 1765371 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,22;MFRL=57,113;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=21.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,8:0.750:10:0,4:2,4:2,0,4,4 chr8 1791638 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,21;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.796:3:0,0:0,2:0,0,1,2 chr8 1806045 . G T . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=35,28;MFRL=117,126;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=19.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.781:7:1,3:0,3:0,1,1,5 chr8 1841682 . C G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=155,144;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,2:1,0:3,0,2,0 chr8 1842819 . C CA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.694:1:0,1:0,0:0|1:1842819_C_CA:1842819:0,0,0,1 chr8 1842823 . TG CA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,21;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1842819_C_CA:1842819:0,0,0,1 chr8 1846545 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=139,180;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr8 1857366 . GT AC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr8 1871896 . G C . . 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C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,84;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=7.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr8 2964003 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr8 2964206 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,30;MFRL=134,131;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr8 2965209 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=13.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,2,2 chr8 2965244 . T C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=29.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,3:0,6:0,0,4,5 chr8 2966328 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,0,3 chr8 2967639 . G T . . 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T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,33;MFRL=143,166;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=7.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr8 3077012 . T TCTCCCACCTCGGC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=143,123;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.494:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr8 3081481 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,26;MFRL=156,171;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:3081481_G_A:3081481:0,1,0,1 chr8 3081485 . A AAAATTGCAGT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=156,171;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:3081481_G_A:3081481:0,1,0,1 chr8 3087809 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=24.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,3:0,4:0,0,0,7 chr8 3165777 . G A . . 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DP=11;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=126,118;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=21.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,8:0.692:11:1,4:2,4:0,3,3,5 chr8 6371142 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,26;MFRL=138,128;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:6371142_C_T:6371142:2,0,1,0 chr8 6371144 . GT AC . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,30;MFRL=138,128;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:0|1:6371142_C_T:6371142:2,0,1,0 chr8 6372112 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr8 6372172 . T C . . DP=9;ECNT=3;MBQ=25,33;MFRL=130,115;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=8.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:3,2:2,1:5,0,2,1 chr8 6372233 . C T . . DP=19;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=135,101;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.188:19:11,2:5,1:7,9,1,2 chr8 6377433 . C T . . 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DP=8;ECNT=2;MBQ=28,27;MFRL=125,125;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:3,2:1,1:2,2,0,3 chr8 22872369 . G C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=29,32;MFRL=159,118;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:22872369_G_C:22872369:0,2,0,1 chr8 22872371 . G A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=25,25;MFRL=141,154;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,1:0.400:3:1,1:1,0:1|0:22872369_G_C:22872369:0,2,0,1 chr8 22872372 . GA G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,29;MFRL=159,118;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:22872369_G_C:22872369:0,2,0,1 chr8 22872373 . A ATC . . DP=3;ECNT=5;MBQ=0,23;MFRL=164,154;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.501:2:0,1:0,0:1|0:22872369_G_C:22872369:0,1,0,1 chr8 22872375 . GAT G,TAT . . 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DP=21;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=119,134;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=28.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,11:0.542:20:3,3:6,7:5,4,3,8 chr8 26240646 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=143,108;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=23.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,8:0.821:9:0,3:1,5:1,0,6,2 chr8 26252682 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=113,138;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=20.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,7:0.800:8:1,6:0,1:1,0,6,1 chr8 26365853 . T TCTA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=27,31;MFRL=148,133;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:26365853_T_TCTA:26365853:1,2,0,1 chr8 26365857 . GTGAGAT G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=33,27;MFRL=148,133;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:26365853_T_TCTA:26365853:1,2,0,1 chr8 26365866 . A C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=25,27;MFRL=153,133;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:26365853_T_TCTA:26365853:1,1,0,1 chr8 26365879 . TGGAGA T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=28,29;MFRL=148,145;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,0,2 chr8 26366243 . C CCTTAGCCTCCTGAGT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=96,190;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:26366243_C_CCTTAGCCTCCTGAGT:26366243:1,3,0,1 chr8 26366245 . C G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=96,190;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:26366243_C_CCTTAGCCTCCTGAGT:26366243:1,3,0,1 chr8 26439662 . T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,228;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:26439662_T_G:26439662:0,0,0,1 chr8 26439663 . T TGAAAGA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,228;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:26439662_T_G:26439662:0,0,0,1 chr8 26441275 . A G . . DP=21;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=117,143;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=34.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,12:0.652:18:6,6:0,6:4,2,6,6 chr8 26484022 . CA C,TA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=30,27,27;MFRL=0,13148095,96;MMQ=60,49,60;MPOS=19,5;POPAF=7.30,7.30;TLOD=7.63,3.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,2,1:0.439,0.278:4:1,1,1:0,0,0:1,0,2,1 chr8 26484024 . CACACACACACACA C . . DP=7;ECNT=3;MBQ=31,13;MFRL=128,13148095;MMQ=60,49;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,0:0,0:4,1,2,0 chr8 26484025 . A ATCACCTGCCTCTC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=29,24;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,0,1 chr8 26510920 . TTGGGGCTTGGGGAGGGCACAGTTCTGCAGGGCCAGCTCGC T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=112,31;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.218:12:3,0:1,2:2,8,1,1 chr8 26722192 . AGAAGACCCTGCC A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=149,125;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:2,0:6,2:7,2,1,1 chr8 27145103 . G A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=135,71;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.249:10:4,2:3,0:0|1:27145103_G_A:27145103:3,5,1,1 chr8 27145106 . G T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,15;MFRL=135,71;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.249:10:4,0:4,0:0|1:27145103_G_A:27145103:3,5,1,1 chr8 27255003 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr8 27255080 . A G . . 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DP=5;ECNT=6;MBQ=34,24;MFRL=120,0;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:35579933_C_T:35579933:1,3,1,0 chr8 35579935 . A T . . DP=5;ECNT=6;MBQ=27,25;MFRL=120,0;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:35579933_C_T:35579933:1,3,1,0 chr8 35579967 . A C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=24,32;MFRL=127,162;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:35579967_A_C:35579967:0,1,0,1 chr8 35579972 . A T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=25,29;MFRL=127,162;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:35579967_A_C:35579967:0,1,0,1 chr8 35579974 . A C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=25,30;MFRL=127,162;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:35579967_A_C:35579967:0,1,0,1 chr8 35579978 . C CACA . . DP=2;ECNT=6;MBQ=32,34;MFRL=127,162;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:35579967_A_C:35579967:0,1,0,1 chr8 35588656 . C T . . DP=8;ECNT=6;MBQ=30,20;MFRL=133,90;MMQ=60,44;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.299:8:5,0:1,2:0|1:35588656_C_T:35588656:3,3,1,1 chr8 35588669 . T C . . DP=7;ECNT=6;MBQ=25,30;MFRL=133,90;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=8.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:4,1:0,2:2,2,1,2 chr8 35588681 . CTG TCA . . DP=5;ECNT=6;MBQ=30,30;MFRL=133,90;MMQ=43,27;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:0,1:0|1:35588656_C_T:35588656:0,4,0,1 chr8 35588682 . TG CA . . DP=5;ECNT=6;MBQ=28,30;MFRL=134,132;MMQ=40,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.329:4:2,1:0,0:0,3,0,1 chr8 35588691 . CA TG . . 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DP=10;ECNT=4;MBQ=30,30;MFRL=130,42;MMQ=60,59;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:5,0:3,2:0|1:36661527_C_T:36661527:4,4,0,2 chr8 36661535 . T C . . DP=12;ECNT=4;MBQ=28,27;MFRL=130,42;MMQ=60,59;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:6,0:4,2:0|1:36661527_C_T:36661527:5,5,0,2 chr8 36662788 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=129,116;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=17.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.538:11:2,0:3,6:2,3,0,6 chr8 36666183 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=169,108;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=11.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.600:8:1,4:2,1:2,1,4,1 chr8 36691189 . C T . . DP=20;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=104,115;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=13.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,6:0.318:20:10,2:4,4:4,10,1,5 chr8 36703034 . G T . . 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T TGCTCTTAAACTTC . . DP=9;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=71,60;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:5,2:2,0:0|1:36768630_AG_TT:36768630:5,2,1,1 chr8 36776267 . T G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=14.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,4,0 chr8 36788693 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=16.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,2,4 chr8 37611730 . GTCTT G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr8 37623366 . G GCTCTTTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:37623366_G_GCTCTTTT:37623366:0,0,0,1 chr8 37623367 . G T . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr8 37706057 . A T . . DP=26;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=149,91;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=22.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,11:0.460:24:4,3:8,7:9,4,3,8 chr8 37706267 . C A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=34,28;MFRL=134,132;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,0:4,2:0,5,1,1 chr8 37728750 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=96,98;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=15.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.638:9:1,4:2,2:2,1,5,1 chr8 37729933 . A ATCCATATT . . DP=10;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=139,36;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:5,2:3,0:0|1:37729933_A_ATCCATATT:37729933:5,3,1,1 chr8 37729934 . G GC . . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=30,33;MFRL=87,107;MMQ=60,58;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:37735026_G_C:37735026:0,2,0,1 chr8 37793425 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:37793425_T_C:37793425:0,0,0,1 chr8 37793428 . T A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,24;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:37793425_T_C:37793425:0,0,0,1 chr8 37793430 . C CCTT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:37793425_T_C:37793425:0,0,0,1 chr8 37793431 . A T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:37793425_T_C:37793425:0,0,0,1 chr8 37821773 . G A . . 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T TACTCAGCTCGGCAGGCTTC . . DP=5;ECNT=6;MBQ=31,28;MFRL=171,79;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:43147958_A_AG:43147958:1,3,0,1 chr8 43147969 . T G . . DP=4;ECNT=6;MBQ=30,12;MFRL=164,220;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,0:0|1:43147969_T_G:43147969:1,2,0,1 chr8 43147984 . C T . . DP=4;ECNT=6;MBQ=33,30;MFRL=164,220;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:43147969_T_G:43147969:1,2,0,1 chr8 43147988 . GTG TCC . . DP=3;ECNT=6;MBQ=31,29;MFRL=158,220;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:43147969_T_G:43147969:1,1,0,1 chr8 43152440 . C A . . DP=24;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=123,118;MMQ=60,54;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=12.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,6:0.269:24:10,6:8,0:9,9,6,0 chr8 43152467 . G A . . 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DP=13;ECNT=1;MBQ=22,20;MFRL=95,71;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.211:12:2,0:8,2:3,7,1,1 chr8 59764368 . CAATA C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=AATA;STR;TLOD=11.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.847:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr8 59852163 . T TCATCATCATC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.678:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr8 61135377 . A ACC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,24;MFRL=155,125;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:61135377_A_ACC:61135377:0,1,0,1 chr8 61135378 . T TGTGAGG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=155,125;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:61135377_A_ACC:61135377:0,1,0,1 chr8 61139597 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=159,138;MMQ=60,45;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,1:1,1:0,3,0,2 chr8 61139604 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=159,156;MMQ=60,30;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.329:4:2,0:1,1:0,3,0,1 chr8 61144790 . G T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=34,24;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=12.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.756:6:1,4:0,1:1,0,4,1 chr8 61192468 . C CCT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,30;MFRL=89,124;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:61192468_C_CCT:61192468:1,3,0,1 chr8 61192469 . AGG A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=23,23;MFRL=89,124;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:61192468_C_CCT:61192468:1,3,0,1 chr8 61192473 . T C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=22,29;MFRL=89,124;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:61192468_C_CCT:61192468:1,3,0,1 chr8 61193522 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr8 61193570 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=21,20;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.659:4:0,0:1,2:1,0,2,1 chr8 61193760 . T G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr8 61531067 . C A . . DP=35;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=142,132;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=21.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,10:0.333:31:13,3:8,7:17,4,0,10 chr8 61654479 . A ATCG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=143,167;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0,4,0,1 chr8 61655690 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr8 61707725 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr8 61713126 . A ATGGACT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TGGACT;STR;TLOD=17.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,0:0,4:0,0,0,4 chr8 61714245 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=30.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,9:0,0:0,0,0,9 chr8 61732521 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=9.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.810:3:0,3:0,0:0,0,2,1 chr8 61750860 . A G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=13.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr8 61750889 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,32;MFRL=185,149;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:61750889_G_A:61750889:0,2,1,0 chr8 61750899 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,32;MFRL=155,149;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:61750889_G_A:61750889:0,1,1,0 chr8 61750902 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,30;MFRL=155,149;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:61750889_G_A:61750889:0,1,1,0 chr8 61758011 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=23,29;MFRL=105,112;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=16.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.584:10:3,3:1,3:2,2,0,6 chr8 61761577 . A G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=136,118;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=6.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.250:14:6,3:5,0:10,1,3,0 chr8 61773699 . G T . . 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TG AA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=15,25;MFRL=156,142;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:141381375_TG_AA:141381375:0,1,0,1 chr8 141381379 . G GTAGACAAAAGCACAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=18,31;MFRL=156,142;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:141381375_TG_AA:141381375:0,1,0,1 chr8 141436826 . C T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,71;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr8 141436849 . TTGTA T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=23,29;MFRL=199,142;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:141436849_TTGTA_T:141436849:0,2,0,1 chr8 141436855 . CTG C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=33,31;MFRL=199,142;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:141436849_TTGTA_T:141436849:0,2,0,1 chr8 141436861 . A T . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=128,127;MMQ=60,24;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=10.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:0,0:1,4:0,1,0,4 chr8 141685506 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=19.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,5,1 chr8 141685641 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=12.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,2,2 chr8 141745634 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr8 141754888 . GAAAA G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=17,31;MFRL=124,0;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=16,12;RU=A;STR;TLOD=3.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.281:5:1,0:0,1:1,3,1,0 chr8 141756774 . A ATCAGCTTCACAATATGAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=101,259;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr8 141757050 . TA CG . . 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G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,273;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr8 144996609 . CC TT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,273;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:144996609_CC_TT:144996609:0,0,1,0 chr8 144996616 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,273;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:144996609_CC_TT:144996609:0,0,1,0 chr8 145003777 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=119,143;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,2:1,0:0,3,0,2 chr8 145004537 . C CGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr8 145007534 . C T . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=15.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,2:0,3:0,0,5,0 chr9 738509 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=33,24;MFRL=139,104;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=11.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.668:7:1,4:1,1:1,1,1,4 chr9 740769 . CTTTTTT C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=0,69;MMQ=24,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=18,12;RU=T;STR;TLOD=12.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,3:0,0:1,0,2,1 chr9 740972 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=136,182;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr9 745289 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=34,28;MFRL=173,126;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=40.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,13:0.875:14:1,4:0,9:1,0,2,11 chr9 967954 . T G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=20,30;MFRL=123,149;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=8.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.578:5:2,3:0,0:1,1,3,0 chr9 967981 . G C . . DP=10;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=32.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.916:10:0,6:0,3:0,0,7,3 chr9 968031 . G A . . DP=14;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=96,114;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.251:14:4,3:6,0:4,7,1,2 chr9 968150 . C CT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=149,100;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.664:4:1,1:0,2:0,1,1,2 chr9 989943 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=112,139;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=8.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.574:5:2,1:0,2:1,1,2,1 chr9 1051698 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=139,69;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:2,0,1,1 chr9 1056923 . GCA G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=114,77;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.324:7:3,0:1,2:3,2,1,1 chr9 2039973 . C T . . 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DP=17;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=114,121;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.166:16:8,0:6,2:12,2,0,2 chr9 2096774 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=117,178;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.249:10:3,0:4,2:1,7,0,2 chr9 2101617 . G A . . DP=35;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=125,94;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:31,2:0.085:33:13,2:18,0:13,18,0,2 chr9 2170512 . G C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=45.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.941:15:0,10:0,5:0,0,4,11 chr9 2182062 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr9 2717922 . C G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=22,20;MFRL=110,70;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.307:11:5,1:3,2:5,3,2,1 chr9 2718675 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr9 2718701 . TA CG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:2718701_TA_CG:2718701:0,0,0,1 chr9 2718705 . C CTAA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,34;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:2718701_TA_CG:2718701:0,0,0,1 chr9 2833267 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=24,33;MFRL=138,51;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:1,0,2,0 chr9 2838554 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=132,93;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:3,0:7,2:0,10,0,2 chr9 2923116 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,21;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,1:1,0,2,0 chr9 2943518 . A ACT . . 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A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr9 4572480 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,26;MFRL=170,148;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.480:3:1,1:0,0:0|1:4572480_T_C:4572480:0,2,0,1 chr9 4572488 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,26;MFRL=170,148;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.480:3:2,1:0,0:0|1:4572480_T_C:4572480:0,2,0,1 chr9 4622321 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:4622321_C_T:4622321:0,0,1,0 chr9 4622331 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:4622321_C_T:4622321:0,0,1,0 chr9 4622472 . C A . . 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G A . . DP=21;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=142,149;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=18.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,8:0.453:18:6,6:3,2:0,10,1,7 chr9 4662148 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=34,20;MFRL=160,74;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr9 4688681 . A T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=26,23;MFRL=163,107;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.266:13:3,0:7,3:1,9,0,3 chr9 4701841 . GT G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=4.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.749:2:0,0:0,1:0,0,1,1 chr9 4703194 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,34;MFRL=168,81;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:4703194_A_C:4703194:0,2,0,1 chr9 4703199 . T TATGACAGTTCAGAATCATGTTACC . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=101,151;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=15.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.510:10:1,3:3,2:3,2,0,5 chr9 4850421 . C G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=27.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,7:0.889:7:0,2:0,5:0|1:4850421_C_G:4850421:0,0,2,5 chr9 4850436 . G T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=24.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,6:0.875:6:0,2:0,2:0|1:4850421_C_G:4850421:0,0,1,5 chr9 4860224 . G C . . DP=22;ECNT=4;MBQ=31,32;MFRL=137,147;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,3:0.167:22:11,1:8,2:7,12,2,1 chr9 4860300 . A G . . DP=6;ECNT=4;MBQ=28,30;MFRL=147,144;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=16.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:0,3:1,2:0,1,1,4 chr9 4860324 . G GTAGTACAATATGT . . 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CCCACCA C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,34;MFRL=188,114;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:8636919_CCCACCA_C:8636919:0,1,0,1 chr9 8636927 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,30;MFRL=188,114;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.504:2:1,0:0,1:0|1:8636919_CCCACCA_C:8636919:0,1,0,1 chr9 12694102 . T A . . DP=7;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=145,60;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,2:3,0:0|1:12694102_T_A:12694102:4,1,1,1 chr9 12694104 . G T . . DP=7;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=145,60;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0|1:12694102_T_A:12694102:4,1,1,1 chr9 12694105 . A ATCACTATAATCAGGTGCT . . DP=7;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=145,60;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0|1:12694102_T_A:12694102:4,1,1,1 chr9 12704725 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,24;MFRL=89,157;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.501:6:3,1:0,2:1,2,1,2 chr9 12708958 . T TA . . DP=11;ECNT=1;MBQ=24,22;MFRL=138,122;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=20.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,9:0.768:11:0,2:2,6:2,0,7,2 chr9 12775861 . T TGGCGGCGGC . . DP=15;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=129,94;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=6,9;RU=GGC;STR;TLOD=10.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.385:8:3,2:0,0:1,4,1,2 chr9 13109111 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=16.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.898:8:0,4:0,4:0,0,1,7 chr9 13119645 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=135,109;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:5,1:5,1:3,7,0,2 chr9 13122273 . GTTA G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr9 13125130 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=10.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr9 13125201 . T C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=25.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.907:8:0,3:0,5:0,0,5,3 chr9 13126470 . C G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=19.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,1:0,6:0,0,4,3 chr9 13137854 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr9 13175715 . TGAG T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GAG;STR;TLOD=19.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr9 13176434 . A AC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,24;MFRL=177,95;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:1,3,0,1 chr9 13176447 . A AAGTTCATAGGTTGCCTTC . . DP=6;ECNT=2;MBQ=24,25;MFRL=150,202;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.316:4:3,1:0,0:0,3,0,1 chr9 13189017 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=131,77;MMQ=60,59;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:1,3:3,0:1,3,1,2 chr9 13190286 . G GCAAGAA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,30;MFRL=111,94;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:13190286_G_GCAAGAA:13190286:0,3,0,1 chr9 13190288 . T G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=29,26;MFRL=111,94;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:13190286_G_GCAAGAA:13190286:0,3,0,1 chr9 13190303 . A AAATGAC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr9 13192320 . C G . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=146,156;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0,4,0,1 chr9 21351102 . T G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=137,78;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.248:14:5,2:6,1:9,2,0,3 chr9 21367351 . AA GG . . DP=11;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=146,157;MMQ=60,40;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=17.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.461:11:2,3:4,1:6,0,1,4 chr9 21410117 . ATTCT A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=151,119;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=27.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.572:12:4,5:1,2:3,2,4,3 chr9 21440994 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=143,140;MMQ=39,34;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,1:0,1:3,0,2,0 chr9 21441149 . C G . . DP=21;ECNT=1;MBQ=21,30;MFRL=116,106;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,4:0.226:20:4,1:12,3:8,8,0,4 chr9 21481554 . G A . . 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G A . . DP=25;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=113,128;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=39.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,15:0.641:23:3,8:5,7:4,4,6,9 chr9 26997968 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=124,130;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=19.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.616:11:4,5:0,2:2,2,3,4 chr9 26999750 . C T . . DP=14;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=135,135;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=10.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,4:0.313:14:5,0:4,4:5,5,0,4 chr9 26999788 . TTGGC T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,30;MFRL=178,154;MMQ=60,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:26999788_TTGGC_T:26999788:0,2,0,1 chr9 26999798 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,28;MFRL=178,154;MMQ=60,40;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:26999788_TTGGC_T:26999788:0,2,0,1 chr9 27060699 . A G . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=71,169;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=11.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.557:7:3,3:0,1:2,1,4,0 chr9 35079361 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=125,116;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=14.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.636:9:2,2:1,4:3,0,5,1 chr9 35089048 . A C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=22.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,5:0,2:0,0,5,2 chr9 35092480 . T G . . DP=20;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=91,99;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=27.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,10:0.587:17:3,6:3,4:3,4,4,6 chr9 35093020 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=22.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.899:8:0,2:0,5:0,0,4,4 chr9 35093321 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=166,175;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:1,0,1,1 chr9 35100002 . T C . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr9 35366821 . TG AA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,217;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr9 35370423 . C A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=118,62;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,2:1,0:0|1:35370423_C_A:35370423:0,2,1,1 chr9 35370426 . TA GG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=118,62;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:35370423_C_A:35370423:0,2,1,1 chr9 35381053 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr9 35385839 . GC CT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=19,34;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:1,0,0,1 chr9 35397006 . T A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr9 35403207 . G A . . DP=21;ECNT=1;MBQ=29,23;MFRL=103,121;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=8.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,5:0.260:21:10,5:6,0:9,7,5,0 chr9 35556250 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr9 35556434 . T A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,24;MFRL=135,113;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:35556434_T_A:35556434:1,3,0,1 chr9 35556436 . C G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=27,31;MFRL=135,113;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:35556434_T_A:35556434:1,3,0,1 chr9 35556438 . G GGCCCCT . . 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DP=2;ECNT=7;MBQ=31,27;MFRL=117,143;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:35558604_C_T:35558604:0,1,0,1 chr9 35558620 . G A . . DP=3;ECNT=7;MBQ=31,28;MFRL=140,143;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:35558604_C_T:35558604:0,2,0,1 chr9 35558622 . G A . . DP=3;ECNT=7;MBQ=32,26;MFRL=140,143;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:35558604_C_T:35558604:0,2,0,1 chr9 35559369 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr9 35562311 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,12;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0,0,1,0 chr9 35562328 . TACAA T . . 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T TCTGG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,26;MFRL=141,108;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.498:2:0,1:1,0:0|1:35618353_C_CA:35618353:0,1,0,1 chr9 35618387 . GCTCTGTGTTCC G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr9 35650458 . G A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=141,106;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=23.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,10:0.609:16:1,3:5,6:2,4,3,7 chr9 35650917 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,32;MFRL=78,107;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:35650917_A_C:35650917:0,2,0,1 chr9 35650920 . CCCAATACTGGTGGTGG C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=78,107;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:35650917_A_C:35650917:0,2,0,1 chr9 35658434 . T G . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=132,117;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:35698544_T_A:35698544:1,1,0,1 chr9 35698546 . GT CC . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,33;MFRL=135,117;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:35698544_T_A:35698544:2,1,0,1 chr9 35699176 . A AGGG . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=151,53;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:1,0:0|1:35699176_A_AGGG:35699176:0,3,1,1 chr9 35699178 . G GC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=151,53;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:35699176_A_AGGG:35699176:0,3,1,1 chr9 35699179 . A AGGACTGACCTTGGGTTT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=151,53;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:35699176_A_AGGG:35699176:0,3,1,1 chr9 35700452 . T TAGATGGCCAATTCTCTTCTAA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=181,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr9 35711191 . A T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr9 35711806 . G T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=72,61;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:3,1:0,2:1,2,1,2 chr9 35712823 . G A . . DP=21;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=111,139;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=22.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,9:0.455:20:5,6:6,3:7,4,4,5 chr9 35713109 . G C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,1224;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:35713109_G_C:35713109:0,0,1,0 chr9 35713112 . T TCATCACAG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,1224;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:35713109_G_C:35713109:0,0,1,0 chr9 35713181 . C T . . DP=6;ECNT=3;MBQ=31,29;MFRL=55,34;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=10.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:2,2:0,2:1,1,1,3 chr9 35714060 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=107,263;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.331:10:5,3:2,0:3,4,0,3 chr9 35718954 . A AGCCTAATTAT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=25,25;MFRL=140,137;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.497:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr9 35718966 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,31;MFRL=125,154;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:35718966_A_C:35718966:0,1,0,1 chr9 35718967 . T TCCTTTCCC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=125,154;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:35718966_A_C:35718966:0,1,0,1 chr9 35725353 . A T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=150,164;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=17.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,7:0.727:9:1,0:1,7:0,2,7,0 chr9 35735231 . C T . . DP=37;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=123,197;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:30,3:0.113:33:15,0:15,3:14,16,1,2 chr9 35736244 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=111,61;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:2,0:6,2:1,7,2,0 chr9 35738289 . C G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=108,80;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=8.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.421:10:3,0:2,4:2,4,2,2 chr9 35739115 . G GC . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=140,129;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=9.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.499:6:2,0:1,3:0,3,0,3 chr9 35740099 . G GGCTACAGAGCAAGACTCCGTCT . . DP=13;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=99,57;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.239:10:2,2:6,0:2,6,1,1 chr9 35741111 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr9 35751221 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=86,144;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=11.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.511:8:1,2:2,2:1,3,1,3 chr9 35793846 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=114,115;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.274:9:3,2:3,0:5,2,2,0 chr9 35801856 . C A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,181;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr9 35802092 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,203;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr9 35807401 . AGCTGGGGCC A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=89,137;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=15.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:0,2:4,2:2,2,0,4 chr9 35808893 . CT TC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,30;MFRL=131,147;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:35808893_CT_TC:35808893:0,1,0,1 chr9 35808896 . G GTTAGT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,31;MFRL=131,147;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:35808893_CT_TC:35808893:0,1,0,1 chr9 35808899 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=34,25;MFRL=131,147;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.497:2:0,0:1,1:0|1:35808893_CT_TC:35808893:0,1,0,1 chr9 35809239 . AT TG . . DP=11;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=167,53;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:5,0:2,2:0|1:35809239_AT_TG:35809239:6,3,1,1 chr9 35809243 . AGG A . . DP=10;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=149,53;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:6,0:2,2:0|1:35809239_AT_TG:35809239:6,2,1,1 chr9 35809247 . G GCA . . DP=8;ECNT=3;MBQ=35,20;MFRL=149,53;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:5,0:1,2:0|1:35809239_AT_TG:35809239:5,1,1,1 chr9 35809970 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=107,93;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.237:15:4,3:7,0:8,4,2,1 chr9 35810346 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,89;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=22.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,5:0,3:0,0,2,6 chr9 35811485 . ACCAGGACCAGAG A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=96,70;MMQ=60,55;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CCAGGACCAGAG;STR;TLOD=4.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.334:7:2,1:0,1:4,1,2,0 chr9 35813453 . C G . . DP=28;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=122,134;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,4:0.168:28:10,2:11,2:14,10,4,0 chr9 35819837 . A ACATACTTCTCTCTCATACTTCCCAAGACAT . . DP=13;ECNT=2;MBQ=29,19;MFRL=133,116;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=20.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,6:0.497:12:2,0:4,1:0|1:35819837_A_ACATACTTCTCTCTCATACTTCCCAAGACAT:35819837:3,3,5,1 chr9 35819838 . GT G . . DP=14;ECNT=2;MBQ=34,26;MFRL=133,116;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=20.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,6:0.494:12:2,4:4,2:0|1:35819837_A_ACATACTTCTCTCTCATACTTCCCAAGACAT:35819837:3,3,5,1 chr9 35825541 . TTTC T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=138,133;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=TTC;STR;TLOD=6.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:4,1:2,1:4,3,2,0 chr9 35826058 . T C . . DP=17;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=110,118;MMQ=60,60;MPOS=5;PON;POPAF=7.30;TLOD=20.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,8:0.564:14:4,2:2,6:2,4,3,5 chr9 35829955 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=128,136;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:5,2:8,0:6,7,2,0 chr9 35841071 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=24,29;MFRL=143,132;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=11.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.650:6:0,3:1,1:1,1,3,1 chr9 35842396 . A C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=178,112;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=13.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:0,1:1,3:1,0,3,1 chr9 35842777 . G T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,30;MFRL=100,120;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:35842777_G_T:35842777:0,1,0,1 chr9 35842781 . T G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=29,32;MFRL=50,120;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:35842777_G_T:35842777:1,1,0,1 chr9 35842783 . G GAT . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=20,24;MFRL=137,160;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.394:3:0,0:1,1:0,2,0,1 chr9 82320887 . A T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=24,29;MFRL=112,146;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=10.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.384:11:5,3:2,1:3,4,2,2 chr9 82333563 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr9 82335294 . T G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,1870441;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr9 84202836 . TG CA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:84202836_TG_CA:84202836:0,0,0,1 chr9 84202839 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:84202836_TG_CA:84202836:0,0,0,1 chr9 84207857 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr9 84228520 . TG AA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,24;MFRL=172,127;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:84228520_TG_AA:84228520:0,1,0,1 chr9 84228523 . GC CA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=172,127;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:84228520_TG_AA:84228520:0,1,0,1 chr9 84228527 . CTTCT C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,29;MFRL=172,127;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:84228520_TG_AA:84228520:0,1,0,1 chr9 84248203 . CGTGTGTGTGTGT C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=37,96;MMQ=60,49;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=18,12;RU=GT;STR;TLOD=7.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.504:4:0,2:0,0:0,2,2,0 chr9 84300600 . C T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=128,102;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.220:16:8,0:5,3:7,6,2,1 chr9 84300694 . A C . . DP=21;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=67.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,21:0.956:21:0,11:0,10:0,0,12,9 chr9 84560188 . CT GG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,18;MFRL=118,97;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=8.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,0:0,0:1,0,3,0 chr9 84607573 . G A . . DP=21;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=100,30160;MMQ=54,37;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,4:0.217:21:9,4:8,0:7,10,4,0 chr9 84607758 . T A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=133,144;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,7:0.500:14:4,2:3,5:5,2,3,4 chr9 84609310 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=72,7236333;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.330:7:2,2:3,0:3,2,0,2 chr9 85615898 . G C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=33,20;MFRL=124,59;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:0,2:4,0:0|1:85615898_G_C:85615898:1,3,1,1 chr9 85615899 . T TCTCTG . . DP=6;ECNT=4;MBQ=28,20;MFRL=124,59;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:0,2:4,0:0|1:85615898_G_C:85615898:1,3,1,1 chr9 85615901 . A C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=124,59;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:0,2:4,0:0|1:85615898_G_C:85615898:1,3,1,1 chr9 85615903 . A C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=27,28;MFRL=124,59;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:0,1:4,0:0|1:85615898_G_C:85615898:1,3,1,1 chr9 85619330 . T TTTTATTCTATTA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=11.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,1:0,0,3,0 chr9 85619351 . ATTTAC A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=21.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,3,2 chr9 85630621 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr9 85630870 . C CTG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,33;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:85630870_C_CTG:85630870:0,0,0,1 chr9 85630871 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:85630870_C_CTG:85630870:0,0,0,1 chr9 85630873 . AA GG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:85630870_C_CTG:85630870:0,0,0,1 chr9 85630879 . A T . . 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DP=2;ECNT=7;MBQ=31,30;MFRL=184,166;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:96081552_C_CTCT:96081552:0,1,0,1 chr9 96081558 . G T . . DP=2;ECNT=7;MBQ=32,28;MFRL=184,166;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:96081552_C_CTCT:96081552:0,1,0,1 chr9 96081560 . G T . . DP=2;ECNT=7;MBQ=31,30;MFRL=184,166;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:96081552_C_CTCT:96081552:0,1,0,1 chr9 96081565 . GG TT . . DP=2;ECNT=7;MBQ=30,30;MFRL=184,166;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:96081552_C_CTCT:96081552:0,1,0,1 chr9 96097913 . G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,186;MMQ=60,27;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:96097913_G_A:96097913:0,0,0,1 chr9 96097914 . G GCCCA . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=34,31;MFRL=151,114;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr9 96292025 . A T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=16.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,2:0,3:0,0,0,5 chr9 96320846 . T TCTCTCTTTC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=115,62;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:3,2:0,0:0|1:96320846_T_TCTCTCTTTC:96320846:2,1,1,1 chr9 96320847 . A T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,25;MFRL=115,62;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:3,1:0,0:0|1:96320846_T_TCTCTCTTTC:96320846:2,1,1,1 chr9 96321072 . C CTTCT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:96321072_C_CTTCT:96321072:0,0,0,1 chr9 96321077 . T TTCC . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=130,71;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:3,1,0,1 chr9 96392371 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=140,124;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=13.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.600:8:2,1:1,4:0,3,0,5 chr9 96415653 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=17,22;MFRL=169,121;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=15.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.820:7:0,2:0,3:0,1,2,4 chr9 96418368 . G GCTCCCCTTCCACTCACCACCT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=87,133;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:1,1,0,1 chr9 96420390 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr9 96422627 . AA CT . . DP=14;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=105,46;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:6,2:4,0:0|1:96422627_AA_CT:96422627:6,6,1,1 chr9 96422631 . C CGAGCCATTCATTTT . . DP=15;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=105,46;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.186:14:6,2:6,0:0|1:96422627_AA_CT:96422627:6,6,1,1 chr9 96422862 . AC A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=199,178;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr9 96425138 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=24,32;MFRL=106,144;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.334:7:4,1:1,1:3,2,2,0 chr9 96425363 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=135,56;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,1,1 chr9 96425777 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=248,137;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=18.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.778:7:1,3:0,3:1,0,4,2 chr9 96438973 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,30;MFRL=131,113;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:96438973_C_T:96438973:0,1,0,1 chr9 96438978 . A T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=26,28;MFRL=156,113;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:96438973_C_T:96438973:0,2,0,1 chr9 96439004 . C CCCTGCCTCCACCACA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=34,32;MFRL=181,162;MMQ=60,41;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr9 96439010 . C CCTGCTCTCTT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=33,30;MFRL=187,131;MMQ=41,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0,2,0,1 chr9 96440010 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=153,141;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:0,4,1,1 chr9 96714663 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,196;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr9 96827123 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,33;MFRL=118,174;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,1:2,1:0,3,0,2 chr9 96850597 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=125,158;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:4,2:1,0:0,5,0,2 chr9 97055310 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=134,101;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=25.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,10:0.612:16:4,7:2,3:2,4,4,6 chr9 97062978 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=146,85;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:3,2:2,0:1,4,0,2 chr9 97063041 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=126,0;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=5.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.307:11:6,0:2,3:7,1,3,0 chr9 97063801 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,257;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:97063801_G_C:97063801:0,0,0,1 chr9 97063802 . T TCC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,257;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=C;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:97063801_G_C:97063801:0,0,0,1 chr9 97080944 . GAGA G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,98;MMQ=60,27;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=15.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0,0,2,2 chr9 97191379 . G A . . DP=8;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=148,138;MMQ=59,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=14.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.669:7:2,3:0,2:2,0,5,0 chr9 97191448 . T G . . DP=17;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=140,48;MMQ=51,55;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.165:16:10,0:4,2:0|1:97191448_T_G:97191448:5,9,1,1 chr9 97191451 . T TGTACCACA . . DP=16;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=138,48;MMQ=51,55;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.175:15:9,0:4,2:0|1:97191448_T_G:97191448:4,9,1,1 chr9 97221434 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=74,94;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=11.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.508:10:1,2:3,2:2,3,3,2 chr9 97329637 . C CCTT . . DP=10;ECNT=2;MBQ=33,31;MFRL=124,54;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=CTT;STR;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,1:3,1:0|1:97329637_C_CCTT:97329637:4,3,1,1 chr9 97329642 . C CTT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=124,54;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=2,4;RU=T;STR;TLOD=6.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.276:9:3,1:3,0:0|1:97329637_C_CCTT:97329637:4,3,1,1 chr9 97329737 . C CAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=33,34;MFRL=221,126;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,1,0 chr9 97365642 . G A . . 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C T . . DP=12;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=163,101;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=11.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.611:9:0,3:3,2:1,2,4,2 chr9 101810339 . T C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=29,25;MFRL=124,126;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:4,2:1,1:1,4,0,3 chr9 101811991 . G GTCT . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=92,57;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.270:9:4,2:3,0:4,3,1,1 chr9 101814626 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,3,1 chr9 101818716 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,187;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr9 101825454 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=163,132;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:101825454_T_C:101825454:0,1,0,1 chr9 101825455 . C CGCG . . 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DP=2;ECNT=5;MBQ=33,27;MFRL=174,142;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:102590621_C_CCGT:102590621:0,1,0,1 chr9 102607002 . A AAAGAAAATTGTAATGATCATTCTTAT . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=135,36;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.268:9:3,0:3,2:4,3,1,1 chr9 102713580 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=148,113;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.424:5:0,2:3,0:0,3,1,1 chr9 102713591 . T C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=140,113;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.442:7:0,3:4,0:0,4,1,2 chr9 102747439 . A AATTTGATAAGTAAAAGAT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:102747439_A_AATTTGATAAGTAAAAGAT:102747439:0,0,0,1 chr9 102747444 . AT GC . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr9 111956599 . G A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=83,148;MMQ=45,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,3:0.182:20:7,0:10,3:8,9,1,2 chr9 111965836 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,181;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr9 112018186 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,211;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:112018186_G_T:112018186:0,0,0,1 chr9 112018187 . C CACAAA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,211;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:112018186_G_T:112018186:0,0,0,1 chr9 112018810 . A ATTCTAGGGTGT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr9 112025473 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,71;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=7.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr9 112042251 . A ATACAATCATGTCATCTGCAAACAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,24;MFRL=82,84;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:112042251_A_ATACAATCATGTCATCTGCAAACAG:112042251:1,0,0,1 chr9 112042255 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=82,84;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:112042251_A_ATACAATCATGTCATCTGCAAACAG:112042251:1,0,0,1 chr9 112170701 . T TAAAC . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=172,176;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=AAAC;STR;TLOD=7.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.424:5:2,1:1,1:0,3,0,2 chr9 112172477 . T G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=24,33;MFRL=124,151;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=12.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:2,2:1,2:2,1,2,2 chr9 112182649 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=141,122;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr9 112190832 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=134,57;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:2,2:1,0:4,0,1,1 chr9 112686170 . GGG TTA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.686:1:0,1:0,0:0|1:112686170_GGG_TTA:112686170:0,0,0,1 chr9 112686177 . AGGGC A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,21;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:112686170_GGG_TTA:112686170:0,0,0,1 chr9 112898313 . TTTCC T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=185,127;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=TTCC;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:112898313_TTTCC_T:112898313:4,0,1,0 chr9 112898327 . A G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=108,154;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=10.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,3:0.574:5:1,1:1,2:0|1:112898313_TTTCC_T:112898313:2,0,3,0 chr9 112900087 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,235;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr9 112900644 . C T . . DP=21;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=123,69;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.197:18:10,0:4,3:4,11,2,1 chr9 112969607 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=154,146;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:112969607_C_T:112969607:3,1,1,0 chr9 112969615 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=154,146;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:112969607_C_T:112969607:3,1,1,0 chr9 113007237 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=134,176;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=10.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:0,1:1,3:0,1,0,4 chr9 113088407 . A T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=166,93;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:2,1,1,1 chr9 113137562 . TTCTGAG T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=138,83;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,2:3,0:4,0,2,0 chr9 113141815 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=17.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,5:0,0:0,0,0,5 chr9 113148249 . A AGTATTCTTGGAGACATTC . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=96,58;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:2,4,1,1 chr9 113148415 . TGAAGG T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr9 113166792 . A T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=135,138;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=15.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:2,2:2,3:0,4,1,4 chr9 113170536 . ATTGGGGATTTCCTCAGG A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=169,108;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:0,2:4,0:4,0,1,1 chr9 113174025 . T C . . DP=3;ECNT=6;MBQ=28,26;MFRL=174,144;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr9 113174028 . G GGATCAGC . . DP=3;ECNT=6;MBQ=32,30;MFRL=144,174;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr9 113174086 . AT A . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,26;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=T;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:113174086_AT_A:113174086:0,0,0,1 chr9 113174094 . A C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,32;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:113174086_AT_A:113174086:0,0,0,1 chr9 113174095 . ATC A . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,25;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:113174086_AT_A:113174086:0,0,0,1 chr9 113174104 . A C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,33;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:113174086_AT_A:113174086:0,0,0,1 chr9 113194686 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,2,1 chr9 113198565 . TT CC . . 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G A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=139,130;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=21.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,9:0.500:18:6,1:3,8:6,3,7,2 chr9 114159449 . TA T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=124,103;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=A;STR;TLOD=4.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:0|1:114159449_TA_T:114159449:2,4,1,1 chr9 114159454 . A T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=124,103;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:0|1:114159449_TA_T:114159449:2,4,1,1 chr9 114170803 . C A . . DP=9;ECNT=5;MBQ=19,13;MFRL=172,147;MMQ=60,51;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.272:9:1,0:2,0:0|1:114170803_C_A:114170803:7,0,2,0 chr9 114170809 . C A . . DP=9;ECNT=5;MBQ=30,14;MFRL=172,147;MMQ=60,51;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:2,0:4,0:7,0,2,0 chr9 114170814 . CTC AAA . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=28,33;MFRL=150,147;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.304:8:2,1:3,1:1,5,0,2 chr9 115920434 . CC AT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:115920434_CC_AT:115920434:0,0,0,1 chr9 115920437 . T TTTGCTG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:115920434_CC_AT:115920434:0,0,0,1 chr9 115934026 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:115934026_A_T:115934026:0,0,0,1 chr9 115934028 . G GA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,34;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:115934026_A_T:115934026:0,0,0,1 chr9 115934030 . G T . . 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DP=14;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=116,47;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.198:13:7,2:4,0:3,8,1,1 chr9 116859852 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=20.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,5:0,3:0,0,5,3 chr9 116860516 . TG T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,15;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=G;STR;TLOD=7.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.825:3:0,1:0,0:0,0,0,3 chr9 116945381 . A G . . DP=11;ECNT=5;MBQ=26,30;MFRL=68,83;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=15.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.462:11:4,2:2,3:1,5,2,3 chr9 116945391 . T A . . DP=9;ECNT=5;MBQ=28,27;MFRL=127,81;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,1:3,1:0|1:116945391_T_A:116945391:3,4,0,2 chr9 116945393 . C G . . 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A AAGCCCCTCACTATGCTAGGTAGACGG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=24,25;MFRL=154,115;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.490:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr9 117068750 . GGCTGGACCAGGACCCTAAGGTCCCAATGACCACCCTCTCCTCGTGACAGAGTTACAGCTATCCAGACCGGCTGGT G . . DP=8;ECNT=3;MBQ=0,34;MFRL=98,177;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.341:7:0,1:0,0:0|1:117068750_GGCTGGACCAGGACCCTAAGGTCCCAATGACCACCCTCTCCTCGTGACAGAGTTACAGCTATCCAGACCGGCTGGT_G:117068750:4,1,2,0 chr9 117068812 . C T . . DP=6;ECNT=3;MBQ=35,20;MFRL=116,98;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,0:1,2:3,0,1,1 chr9 117068840 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=33,31;MFRL=98,177;MMQ=60,60;MPOS=-1073741812;POPAF=7.30;TLOD=6.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:0,2:2,0:0|1:117068750_GGCTGGACCAGGACCCTAAGGTCCCAATGACCACCCTCTCCTCGTGACAGAGTTACAGCTATCCAGACCGGCTGGT_G:117068750:2,1,2,0 chr9 117069938 . G A . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=26,33;MFRL=170,172;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:2,0,2,0 chr9 123421556 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr9 123476311 . G GTTTCAGCTCTCTACATATGGC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:123476311_G_GTTTCAGCTCTCTACATATGGC:123476311:0,0,0,1 chr9 123476315 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:123476311_G_GTTTCAGCTCTCTACATATGGC:123476311:0,0,0,1 chr9 123550027 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=40.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.939:14:0,7:0,6:0,0,11,3 chr9 123593626 . G A . . 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DP=34;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=122,89;MMQ=60,33;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:30,3:0.114:33:19,0:11,3:14,16,0,3 chr9 123888242 . G T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=132,156;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,0:1,2:0,3,0,2 chr9 123901005 . G GGGTCA . . DP=12;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=121,120;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:5,2:4,0:2,7,0,2 chr9 123908345 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=173,128;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=7.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.398:8:3,0:2,3:3,2,2,1 chr9 123922400 . CT C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=117,110;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=4.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.385:8:3,1:1,2:4,1,3,0 chr9 123922652 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0|1:123922652_T_G:123922652:0,0,0,1 chr9 123922655 . 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DP=8;ECNT=2;MBQ=25,19;MFRL=121,89;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.351:6:1,1:3,0:0|1:140344353_T_G:140344353:4,0,0,2 chr9 140349762 . G GCT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=99,128;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:140349762_G_GCT:140349762:3,0,0,1 chr9 140349764 . G GGCCCTCTGCTCGC . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,30;MFRL=99,128;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:140349762_G_GCT:140349762:3,0,0,1 chr9 140350223 . GCC G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr9 140395077 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr9 140395103 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr9 140396179 . C CTGT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=0,52;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:1,1,1,1 chr9 140400275 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=10.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0|1:140400275_T_C:140400275:0,0,0,3 chr9 140400280 . T TGGCACGCATCTGTAGTCCCCA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=127,165;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:140400275_T_C:140400275:0,2,0,1 chr9 140416025 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=8.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,1,2 chr9 140483076 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=89,135;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.329:7:1,2:4,0:3,2,2,0 chr9 140510638 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:140510638_T_C:140510638:0,0,0,1 chr9 140510641 . T G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:140510638_T_C:140510638:0,0,0,1 chr9 140510644 . A G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:140510638_T_C:140510638:0,0,0,1 chr9 140510647 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:140510638_T_C:140510638:0,0,0,1 chr9 140707849 . G A . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=136,84;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:0,1:3,2:1,2,2,1 chr9 140850300 . GGC TCA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=97,157;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0,2,0,1 chr9 140851293 . G GTTGAATGT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=35,32;MFRL=125,108;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:140851293_G_GTTGAATGT:140851293:4,0,0,1 chr9 140851296 . G GCAATAT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=35,31;MFRL=125,108;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:140851293_G_GTTGAATGT:140851293:4,0,0,1 chr9 140851298 . T G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=28,33;MFRL=125,108;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:140851293_G_GTTGAATGT:140851293:4,0,0,1 chr9 140851382 . A ACTACAATTTTCCTTTCTCCTACTGTCC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,27;MFRL=150,139;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr9 140881348 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,24;MFRL=131,99;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:140881348_C_A:140881348:0,1,0,1 chr9 140881351 . CT GC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,29;MFRL=131,99;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:140881348_C_A:140881348:0,1,0,1 chr9 140946688 . G C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,34;MFRL=133,128;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:140946688_G_C:140946688:0,2,0,1 chr9 140946690 . G GCC . . DP=3;ECNT=5;MBQ=32,33;MFRL=133,128;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:140946688_G_C:140946688:0,2,0,1 chr9 140946695 . TGTGTGC T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=28,30;MFRL=133,128;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:140946688_G_C:140946688:0,2,0,1 chr9 140946712 . G A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=34,21;MFRL=144,128;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:140946688_G_C:140946688:0,2,0,1 chr9 140946714 . G A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,27;MFRL=156,128;MMQ=60,60;MPOS=-3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:140946688_G_C:140946688:0,1,0,1 chr9 141107536 . G GGCA . . DP=17;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=123,130;MMQ=57,58;MPOS=26;PON;POPAF=7.30;RPA=12,13;RU=GCA;STR;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.359:6:4,0:0,2:1,3,1,1 chr10 94545 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,138;MMQ=60,38;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr10 95074 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=18,26;MFRL=170,168;MMQ=50,56;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,2:1,0:0|1:95074_G_A:95074:2,0,2,0 chr10 95096 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=19,31;MFRL=168,168;MMQ=56,40;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,3:0.571:5:1,1:0,1:1|0:95074_G_A:95074:2,0,3,0 chr10 95226 . A T . . DP=12;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=48.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,11:0.925:11:0,5:0,6:0|1:95226_A_T:95226:0,0,4,7 chr10 95229 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=48.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,11:0.923:11:0,4:0,6:0|1:95226_A_T:95226:0,0,4,7 chr10 282897 . C T . . DP=30;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=81.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,28:0.968:28:0,14:0,14:0,0,7,21 chr10 285479 . G GTGTT . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=16.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,1,4 chr10 394728 . T TCTAAATTATTTG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,28;MFRL=142,145;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:1,3,0,1 chr10 395266 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=16.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,4,1 chr10 410825 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.810:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr10 428503 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=8.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,3,0 chr10 436309 . C CAT . . DP=12;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=125,7;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,6:0.348:12:2,0:3,2:0|1:436309_C_CAT:436309:2,4,1,5 chr10 436310 . C CTTTAATGTGTGGG . . DP=12;ECNT=2;MBQ=30,33;MFRL=125,7;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,6:0.348:12:2,0:3,2:0|1:436309_C_CAT:436309:2,4,1,5 chr10 436848 . A G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=14.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr10 436863 . CGG C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,31;MFRL=193,180;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:436863_CGG_C:436863:0,2,0,1 chr10 436867 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,28;MFRL=193,180;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:436863_CGG_C:436863:0,2,0,1 chr10 436874 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,30;MFRL=193,180;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:436863_CGG_C:436863:0,2,0,1 chr10 468748 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr10 697219 . AAC A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,26;MFRL=130,115;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:697219_AAC_A:697219:1,0,0,1 chr10 697224 . G GTGTTCAGGCCCTCAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=130,115;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:697219_AAC_A:697219:1,0,0,1 chr10 708697 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=136,76;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.499:6:0,1:3,2:3,0,2,1 chr10 861110 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 875287 . T G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=159,134;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=10.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:2,2:3,2:5,0,4,0 chr10 909909 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,34;MFRL=161,114;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:909909_T_C:909909:0,2,0,1 chr10 909912 . TT AC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,27;MFRL=161,114;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:909909_T_C:909909:0,2,0,1 chr10 909918 . C CACATCAACATGCAAAT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=35,33;MFRL=139,114;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:909909_T_C:909909:0,1,0,1 chr10 910225 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=143,120;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=15.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:0,3:2,2:1,1,0,5 chr10 930457 . G C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=107,59;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.425:5:0,2:3,0:0|1:930457_G_C:930457:1,2,1,1 chr10 930458 . A ACCCTTCCC . . DP=6;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=107,59;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.425:5:0,2:3,0:0|1:930457_G_C:930457:1,2,1,1 chr10 931746 . T TGTTCCAGAGC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,28;MFRL=171,122;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr10 931760 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,33;MFRL=139,262;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:931760_T_C:931760:0,1,0,1 chr10 931765 . T TTGTTA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=139,262;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:931760_T_C:931760:0,1,0,1 chr10 1042023 . A AAAC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=21.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,3,2 chr10 1043058 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,190;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr10 1045089 . A G . . DP=12;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=147,156;MMQ=60,41;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:6,0:4,2:0|1:1045089_A_G:1045089:1,9,0,2 chr10 1045092 . CT C . . DP=12;ECNT=2;MBQ=32,34;MFRL=162,143;MMQ=60,42;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=9.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,3:0.307:11:6,0:2,3:0|1:1045089_A_G:1045089:0,8,0,3 chr10 1053164 . C CACAAACACACACACACAAT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 1060367 . C T . . 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DP=18;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=114,71;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=5.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.210:17:7,3:7,0:9,5,2,1 chr10 1126293 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=24,29;MFRL=61,140;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=15.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:0,1:2,4:2,0,3,2 chr10 1130560 . G GT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=366,147;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:1130560_G_GT:1130560:0,1,0,1 chr10 1130561 . C CTTGTG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,31;MFRL=366,147;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:1130560_G_GT:1130560:0,1,0,1 chr10 1130562 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,29;MFRL=366,147;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:1130560_G_GT:1130560:0,1,0,1 chr10 1142267 . G A . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr10 3155237 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr10 3155408 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,1:0,0,0,2 chr10 3155428 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 3155540 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=16.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,4:0,1:0,0,3,2 chr10 3155753 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 3160917 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=36.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,6:0,6:0,0,6,6 chr10 3161131 . C T . . DP=6;ECNT=4;MBQ=34,30;MFRL=112,135;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,1:2,1:0,3,0,2 chr10 3161142 . C CCACGTCT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=34,31;MFRL=113,112;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.325:4:0,1:3,0:0|1:3161142_C_CCACGTCT:3161142:0,3,0,1 chr10 3161144 . A ACCACCCG . . DP=5;ECNT=4;MBQ=27,24;MFRL=113,112;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.325:4:0,1:3,0:0|1:3161142_C_CCACGTCT:3161142:0,3,0,1 chr10 3161148 . G C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=34,32;MFRL=156,112;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:0,0:1,2:0,1,0,2 chr10 3167463 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:3167463_T_C:3167463:0,0,0,2 chr10 3167465 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:3167463_T_C:3167463:0,0,0,2 chr10 3171995 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=135,110;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=8.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:5,1:0,3:5,0,4,0 chr10 3172229 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=35,20;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.666:4:1,2:0,1:1,0,1,2 chr10 3174499 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr10 3175541 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=125,155;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,2:2,0:0,3,1,1 chr10 3179663 . G A . . 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DP=6;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=13.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,1:0,3:0,0,4,0 chr10 3186479 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=148,89;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:1,1,1,1 chr10 3187749 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,21;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=9.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,3,1 chr10 3187924 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=18.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,1,5 chr10 3190265 . A G . . DP=15;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=47.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.941:15:0,6:0,8:0,0,9,6 chr10 3190298 . C T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=32.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.923:10:0,4:0,6:0,0,3,7 chr10 3199774 . T C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=31,34;MFRL=135,157;MMQ=55,40;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.282:5:0,0:4,1:0,4,0,1 chr10 3199787 . A G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=27,30;MFRL=146,150;MMQ=45,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,0:4,1:0,4,0,1 chr10 3199804 . CA TG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,27;MFRL=135,133;MMQ=36,50;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:3199804_CA_TG:3199804:0,1,0,1 chr10 3199808 . A T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=27,31;MFRL=135,133;MMQ=36,50;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:3199804_CA_TG:3199804:0,1,0,1 chr10 3201097 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=18.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.869:5:0,2:0,3:0,0,3,2 chr10 3202140 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=16.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,1,4 chr10 3205851 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=10.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr10 3214995 . AC A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=C;STR;TLOD=11.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.862:5:0,2:0,2:0,0,1,4 chr10 4878021 . C CTT . . DP=4;ECNT=8;MBQ=32,33;MFRL=120,153;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:4878021_C_CTT:4878021:0,3,0,1 chr10 4878022 . A G . . DP=4;ECNT=8;MBQ=28,31;MFRL=120,153;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:4878021_C_CTT:4878021:0,3,0,1 chr10 4878025 . CA C . . DP=4;ECNT=8;MBQ=32,33;MFRL=120,153;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:4878021_C_CTT:4878021:0,3,0,1 chr10 4878027 . G T . . DP=4;ECNT=8;MBQ=32,30;MFRL=120,153;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:4878021_C_CTT:4878021:0,3,0,1 chr10 4878032 . A T . . DP=3;ECNT=8;MBQ=28,29;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0|1:4878021_C_CTT:4878021:0,1,0,2 chr10 4878034 . CCTG C . . DP=3;ECNT=8;MBQ=34,31;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0|1:4878021_C_CTT:4878021:0,1,0,2 chr10 4878039 . G C . . DP=3;ECNT=8;MBQ=33,30;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=-1073741823;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0|1:4878021_C_CTT:4878021:0,1,0,2 chr10 4878043 . G C . . DP=3;ECNT=8;MBQ=33,31;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0|1:4878021_C_CTT:4878021:0,1,0,2 chr10 4884784 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=117,146;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,0,2 chr10 4884800 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 4889525 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=215,164;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=9.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,1:0,2:0,1,2,1 chr10 5005761 . A T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=127,164;MMQ=27,34;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:0,2,0,2 chr10 5012004 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=117062759,106;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:5012004_G_T:5012004:0,1,0,1 chr10 5012009 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,33;MFRL=117062759,106;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:5012004_G_T:5012004:0,1,0,1 chr10 5012012 . T TGAGAAAGAATCTCACTC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,30;MFRL=117062759,106;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:5012004_G_T:5012004:0,1,0,1 chr10 5014545 . T TA . . DP=11;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=134,100;MMQ=27,51;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=A;STR;TLOD=9.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.729:5:1,1:0,3:1,0,0,4 chr10 5019808 . G A . . DP=32;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=126,118;MMQ=43,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=32.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,13:0.440:30:6,3:10,10:15,2,10,3 chr10 5032239 . A AG . . DP=18;ECNT=3;MBQ=27,28;MFRL=110,115;MMQ=40,27;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=27.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,9:0.529:17:3,1:4,8:5,3,9,0 chr10 5032284 . C T . . DP=26;ECNT=3;MBQ=30,28;MFRL=115,115;MMQ=50,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=19.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,9:0.356:26:4,3:13,6:8,9,2,7 chr10 5032286 . C G . . DP=27;ECNT=3;MBQ=26,26;MFRL=115,114;MMQ=59,48;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=41.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,16:0.607:26:4,3:6,13:2,8,8,8 chr10 5037718 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=139,210;MMQ=40,34;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.587:3:0,0:1,1:1,0,1,1 chr10 5040814 . C T . . DP=18;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=125,61;MMQ=52,51;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.165:16:3,0:9,2:0|1:5040814_C_T:5040814:7,7,1,1 chr10 5040817 . C T . . DP=19;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=125,61;MMQ=52,51;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.164:16:3,0:11,2:0|1:5040814_C_T:5040814:7,7,1,1 chr10 5045862 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=222,208;MMQ=27,34;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,1:0,1,2,0 chr10 5139644 . C T . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=36.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,3:0,7:0,0,9,1 chr10 5200739 . T TAGG . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=26.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.884:6:0,2:0,4:0,0,6,0 chr10 5201979 . T A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=29.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,4:0,5:0,0,7,2 chr10 5201996 . CA C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=127,124;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=A;STR;TLOD=6.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:3,1:1,3:3,1,2,2 chr10 5202205 . T A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=30,21;MFRL=35,0;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.443:7:2,0:2,3:1,3,0,3 chr10 5202241 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=10.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr10 5202935 . C A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,22;MFRL=194,143;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:5202935_C_A:5202935:0,1,0,1 chr10 5202937 . T A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=194,143;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:5202935_C_A:5202935:0,1,0,1 chr10 5202939 . A AC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,26;MFRL=194,143;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:5202935_C_A:5202935:0,1,0,1 chr10 5203579 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr10 5203783 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=129,94;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.397:8:3,0:2,3:3,2,2,1 chr10 5203944 . AC A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=129,119;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=C;STR;TLOD=13.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.436:14:5,2:3,4:1,7,1,5 chr10 5227065 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=143,10760196;MMQ=60,55;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,0:2,2:1,2,1,1 chr10 5227089 . T TTC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=143,89;MMQ=60,50;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.499:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr10 5242346 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr10 5247906 . A ACCAGAACACAATTGT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=179,184;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr10 5260553 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr10 5260812 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=9.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr10 5436487 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,0,3 chr10 5471056 . A T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=151,57;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:1,0:2,2:3,0,1,1 chr10 5498248 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,23;MFRL=160,169;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.586:3:0,1:1,0:0,1,0,2 chr10 5498523 . CT C . . DP=18;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=125,145;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=T;STR;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,4:0.280:15:5,3:5,1:9,2,3,1 chr10 5540941 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,70;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr10 5541014 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=20,26;MFRL=75,185;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,0,1 chr10 5541032 . GG AA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=20,25;MFRL=75,185;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,0,1 chr10 5567677 . CGA C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=110,65;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:3,2:5,0:3,5,1,1 chr10 5567695 . G A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=29.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,5:0,5:0,0,4,6 chr10 5567768 . C CTGGTAGAAATT . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=132,59;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:1,4,1,1 chr10 5568122 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=133,366;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.266:13:8,3:2,0:9,1,0,3 chr10 5568538 . A T . . DP=19;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=105,143;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=13.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,6:0.333:19:6,0:5,6:7,6,0,6 chr10 5568781 . C CACTATT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 5682641 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=31.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.928:12:0,3:0,8:0,0,8,4 chr10 5683670 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=96,127;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:1,0,2,0 chr10 5693379 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=11.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.839:4:0,1:0,2:0,0,1,3 chr10 5766337 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=32.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,10:0,1:0,0,9,2 chr10 5784509 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.810:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr10 5788875 . T C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=72,54;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:5,0:0,2:0|1:5788875_T_C:5788875:3,2,1,1 chr10 5788880 . A ACTTTCATC . . DP=7;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=72,54;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:5,0:0,2:0|1:5788875_T_C:5788875:3,2,1,1 chr10 5789343 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=125,116;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:4,1:5,1:5,4,2,0 chr10 5790833 . G A . . DP=14;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=120,88;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.228:11:4,2:4,0:6,3,1,1 chr10 5790864 . C T . . DP=13;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=116,55;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:9,0:2,2:3,8,1,1 chr10 5790875 . G GAAACAA . . DP=13;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=116,55;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:8,0:3,2:2,9,1,1 chr10 5791067 . C T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=112,76;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:6,0:5,2:0|1:5791067_C_T:5791067:4,7,1,1 chr10 5791069 . C T . . DP=14;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=112,76;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.199:13:6,0:5,2:0|1:5791067_C_T:5791067:4,7,1,1 chr10 5804455 . A G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=24.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0|1:5804455_A_G:5804455:0,0,6,0 chr10 5804471 . G GTTTTT . . DP=9;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=2,7;RU=T;STR;TLOD=37.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,9:0.909:9:0,1:0,4:0|1:5804455_A_G:5804455:0,0,4,5 chr10 5804474 . G T . . DP=8;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=32.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,8:0.900:8:0,3:0,5:0|1:5804455_A_G:5804455:0,0,3,5 chr10 5827074 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=38.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,6:0,6:0,0,10,2 chr10 5837038 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=18.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,1:0,4:0,0,0,5 chr10 5853923 . TA T . . DP=29;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=109,141;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=17,16;RU=A;STR;TLOD=7.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,5:0.330:17:4,3:4,2:2,10,0,5 chr10 5922186 . T A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=12.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,4:0,0:0,0,4,0 chr10 5925152 . GGAGCAAA G . . 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DP=3;ECNT=5;MBQ=30,30;MFRL=87,133;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:6061555_A_AGACAAAC:6061555:1,1,0,1 chr10 6061781 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr10 6063383 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr10 6063667 . GAA G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=114,136;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:0,4,0,1 chr10 6063674 . T G,C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,27,24;MFRL=0,136,128;MMQ=60,60,60;MPOS=0,7;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.21,8.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,3:0.250,0.608:4:0,1,1:0,0,2:0,0,1,3 chr10 6066200 . C G . . DP=22;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=95,134;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=21.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,8:0.409:20:8,5:4,3:8,4,4,4 chr10 6103938 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,189;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr10 6139162 . G C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=145,113;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=11.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.374:14:4,0:5,5:3,6,0,5 chr10 6154513 . G GATTCCATTCTTTCCATTCCAT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:6154513_G_GATTCCATTCTTTCCATTCCAT:6154513:0,0,0,1 chr10 6154515 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:6154513_G_GATTCCATTCTTTCCATTCCAT:6154513:0,0,0,1 chr10 6156118 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=41.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.937:14:0,10:0,4:0,0,4,10 chr10 6245317 . G T . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=29,24;MFRL=173,138;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr10 7318768 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=193,127;MMQ=47,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:1,0,2,0 chr10 7318803 . T C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=16.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,3:0,2:0,0,3,2 chr10 7605067 . C T . . DP=9;ECNT=3;MBQ=20,30;MFRL=131,114;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=16.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.644:9:0,3:3,3:2,1,2,4 chr10 7605077 . TC T . . DP=9;ECNT=3;MBQ=0,20;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=C;STR;TLOD=21.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.896:7:0,2:0,3:0,0,2,5 chr10 7605101 . A G . . DP=10;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=31.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,3:0,7:0,0,4,6 chr10 7608457 . A AAGAC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 7611616 . G GTACAGACC . . DP=7;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=149,60;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:0|1:7611616_G_GTACAGACC:7611616:2,3,1,1 chr10 7611618 . A ATGCCTGGCACAGAGCTGGCT . . DP=7;ECNT=2;MBQ=29,25;MFRL=149,60;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,1:2,0:0|1:7611616_G_GTACAGACC:7611616:2,3,1,1 chr10 7615195 . C A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,24;MFRL=81,153;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.666:4:1,2:0,1:0,1,0,3 chr10 7615221 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,31;MFRL=169,113;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr10 7615231 . A AGGGTTTTGCCATGTTGCCCAGGCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,26;MFRL=169,113;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr10 7618520 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=164,122;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.598:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr10 7619001 . G GAAGGAAAGCAGC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,87;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 7621907 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=89,131;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:4,1:5,1:5,4,0,2 chr10 7627791 . A AAAAAC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,80;MMQ=60,57;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,1:0|1:7627791_A_AAAAAC:7627791:0,0,2,0 chr10 7627804 . C A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=20,28;MFRL=80,80;MMQ=60,59;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=13.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,4:0.624:6:2,1:0,3:0|1:7627791_A_AAAAAC:7627791:0,2,3,1 chr10 7627812 . A AG . . DP=9;ECNT=3;MBQ=20,25;MFRL=81,104;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=18.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,6:0.636:9:2,3:1,3:0|1:7627791_A_AAAAAC:7627791:0,3,5,1 chr10 7683873 . A T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=15.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,3,2 chr10 7745492 . A C . . DP=9;ECNT=6;MBQ=24,33;MFRL=128,67;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=11.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:5,2:0,2:2,3,1,3 chr10 7745570 . T TGACTG . . DP=2;ECNT=6;MBQ=0,29;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.682:1:0,1:0,0:0|1:7745570_T_TGACTG:7745570:0,0,0,1 chr10 7745576 . TA AG . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,25;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:7745570_T_TGACTG:7745570:0,0,0,1 chr10 7745582 . A T . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,25;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:7745570_T_TGACTG:7745570:0,0,0,1 chr10 7745584 . A T . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,27;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:7745570_T_TGACTG:7745570:0,0,0,1 chr10 7745587 . T C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,26;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:7745570_T_TGACTG:7745570:0,0,0,1 chr10 7765556 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,35;MFRL=69,156;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.445:7:2,1:2,2:2,2,0,3 chr10 7772120 . T TC . . DP=5;ECNT=5;MBQ=30,28;MFRL=120,146;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:7772120_T_TC:7772120:0,4,0,1 chr10 7772122 . T TC . . DP=5;ECNT=5;MBQ=28,27;MFRL=120,146;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:7772120_T_TC:7772120:0,4,0,1 chr10 7772123 . A C . . DP=5;ECNT=5;MBQ=25,30;MFRL=120,146;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:7772120_T_TC:7772120:0,4,0,1 chr10 7772144 . A AGT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=25,26;MFRL=120,158;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.493:2:1,1:0,0:0|1:7772144_A_AGT:7772144:0,1,0,1 chr10 7772145 . A ATTTCTCTCTTCTG . . DP=3;ECNT=5;MBQ=25,24;MFRL=120,158;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.493:2:1,1:0,0:0|1:7772144_A_AGT:7772144:0,1,0,1 chr10 7773976 . A G . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=29,30;MFRL=112,126;MMQ=60,60;MPOS=6;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:1,1,2,0 chr10 7820704 . A AAACAAC . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=133,147;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=5,7;RU=AAC;STR;TLOD=13.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:1,1:3,2:3,1,4,0 chr10 7838208 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=24,29;MFRL=117,118;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=16.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.702:8:2,2:0,4:0,2,1,5 chr10 7842077 . A G . . DP=8;ECNT=2;MBQ=25,33;MFRL=122,87;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=8.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:2,0:2,3:0,4,1,2 chr10 7842098 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,22;MFRL=96,87;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.439:5:2,0:0,2:0,3,0,2 chr10 7844488 . T TTTGAAATCTCATCTCTACTAAAAATAC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=137,162;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.483:3:1,1:0,0:0,2,0,1 chr10 7844906 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=200,146;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:2,2:0,1:0,2,0,3 chr10 7849688 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr10 7866266 . TTCA T . . DP=17;ECNT=2;MBQ=27,27;MFRL=130,112;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=33.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,9:0.556:16:5,7:2,2:0|1:7866266_TTCA_T:7866266:3,4,6,3 chr10 7866268 . C G . . DP=17;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=22.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:0,10:0.926:10:0,7:0,3:1|0:7866266_TTCA_T:7866266:0,0,4,6 chr10 7866557 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=7.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr10 7866576 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr10 8007559 . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr10 11316987 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=125,150;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=12.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.461:11:2,1:4,4:4,2,3,2 chr10 11330525 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,26;MFRL=128,158;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,1:1,1:1,2,0,2 chr10 11330548 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=34,20;MFRL=197,105;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:0,3:1,0:0,1,1,2 chr10 11330576 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=24,29;MFRL=197,136;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=8.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,2:1,1:0,1,0,3 chr10 11356093 . T TTTTG . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=34.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.912:8:0,5:0,3:0,0,4,4 chr10 11360673 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=125,97;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=9.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.499:8:2,1:2,3:2,2,2,2 chr10 11362789 . GTT G,GT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=0,31,33;MFRL=0,127,135;MMQ=60,60,60;MPOS=17,24;POPAF=7.30,7.30;RPA=17,15,16;RU=T;STR;TLOD=3.10,3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,1:0.460,0.333:2:0,0,1:0,1,0:0,0,2,0 chr10 11362810 . T A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=28,13;MFRL=131,135;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,0:0|1:11362810_T_A:11362810:1,1,1,0 chr10 11362812 . CT GA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=24,16;MFRL=131,135;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,0:0|1:11362810_T_A:11362810:1,1,1,0 chr10 11362815 . C A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=24,13;MFRL=131,135;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,0:0|1:11362810_T_A:11362810:1,1,1,0 chr10 11362819 . G T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=27,14;MFRL=131,135;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,0:0|1:11362810_T_A:11362810:1,1,1,0 chr10 11367780 . CT C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=75,133;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=9,8;RU=T;STR;TLOD=14.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.547:11:1,2:2,4:3,2,2,4 chr10 11504733 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=111,217;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:3,0:5,2:6,2,2,0 chr10 11505948 . C CTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,32;MFRL=177,157;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:11505948_C_CTG:11505948:0,1,0,1 chr10 11505949 . A AGAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=177,157;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:11505948_C_CTG:11505948:0,1,0,1 chr10 11527786 . T C . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,64;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr10 11911572 . C CATACT . . DP=5;ECNT=5;MBQ=32,31;MFRL=123,126;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:11911572_C_CATACT:11911572:0,4,0,1 chr10 11911575 . G GA . . DP=5;ECNT=5;MBQ=32,30;MFRL=123,126;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:11911572_C_CATACT:11911572:0,4,0,1 chr10 11911576 . C T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=28,27;MFRL=123,126;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:11911572_C_CATACT:11911572:0,4,0,1 chr10 11911584 . C CG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=30,27;MFRL=159,96;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:11911584_C_CG:11911584:0,3,0,1 chr10 11911587 . C CAGCTAATTTTGTTTTGT . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=26,25;MFRL=161,120;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:11994310_A_T:11994310:0,2,0,1 chr10 12001404 . CTT C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,32;MFRL=223,140;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=T;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr10 12077195 . G A . . DP=50;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=84,79;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:45,3:0.079:48:22,0:21,3:15,30,1,2 chr10 12126824 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,138;MMQ=60,40;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:12126824_C_T:12126824:0,0,0,1 chr10 12126836 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,138;MMQ=60,40;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:12126824_C_T:12126824:0,0,0,1 chr10 12130951 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=84,102;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,2:2,0:1,1,1,1 chr10 12131250 . T A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,24;MFRL=171,84;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:12131250_T_A:12131250:0,2,0,1 chr10 12131253 . A C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=28,24;MFRL=171,84;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:12131250_T_A:12131250:0,2,0,1 chr10 12131256 . TAC ATG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,23;MFRL=171,84;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:12131250_T_A:12131250:0,2,0,1 chr10 12140030 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=18.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,2,4 chr10 12142348 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=148,197;MMQ=50,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:12142348_C_A:12142348:0,2,0,1 chr10 12142357 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=148,197;MMQ=50,40;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:12142348_C_A:12142348:0,2,0,1 chr10 12154833 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr10 12159647 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=16.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,2,3 chr10 12162119 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,207;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=8.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr10 12162338 . CT C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=21,31;MFRL=138,147;MMQ=60,41;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=T;STR;TLOD=4.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.268:13:5,2:2,0:0,10,0,3 chr10 12162789 . C CT . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=108,79;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.270:9:3,0:4,2:3,4,1,1 chr10 12191933 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=151,112;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,9:0.715:12:3,7:0,2:0,3,4,5 chr10 12197432 . T A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,27;MFRL=179,93;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12197432_T_A:12197432:0,1,0,1 chr10 12197437 . TAA T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,27;MFRL=179,93;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=A;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12197432_T_A:12197432:0,1,0,1 chr10 12197440 . A AGCTCTG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,26;MFRL=179,93;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12197432_T_A:12197432:0,1,0,1 chr10 12197694 . GCTTGGAAATAGCCAATGGTGTTCCTCTCCCCCTTT G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=25,33;MFRL=167,141;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr10 12198019 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=172,178;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:0,1:3,1:0,3,0,2 chr10 12200125 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=154,163;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:2,1:5,1:0,7,0,2 chr10 12202866 . A T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=140,132;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,3:2,0:3,0,3,0 chr10 12203197 . C G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=11.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.830:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr10 12212000 . G GTTTCTCCAGTTCTCCCCGTC . . DP=7;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=129,53;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.365:7:1,0:3,2:0|1:12212000_G_GTTTCTCCAGTTCTCCCCGTC:12212000:4,1,1,1 chr10 12212005 . T TCCCAGCAA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,29;MFRL=141,53;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:12212000_G_GTTTCTCCAGTTCTCCCCGTC:12212000:4,0,0,1 chr10 12215870 . CT C . . DP=17;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=103,172;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=T;STR;TLOD=18.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,10:0.854:11:0,5:1,3:0,1,0,10 chr10 12226870 . GA G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=139,182;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=A;STR;TLOD=3.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.299:8:3,1:3,1:5,1,2,0 chr10 12227067 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,259;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 12238325 . TGGGA T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=141,99;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=31.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,9:0.669:13:2,4:1,4:0,4,2,7 chr10 12252217 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=138,138;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=10.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:3,3:1,1:4,0,4,0 chr10 12292286 . C G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=135,124;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=9.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:3,3:1,1:3,1,2,2 chr10 12292573 . T TAATGACTCAGTAGAAAA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=144,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr10 12803023 . C CCCATGACCCCAGAATCCAGGCCCCTAGTAGGCCCTTAAACAAACT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=162,209;MMQ=60,48;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:1,2,0,1 chr10 12856346 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,192;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 12870714 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=9.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.819:3:0,0:0,3:0,0,1,2 chr10 12940377 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=14.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,3,1 chr10 12940764 . G GGCAGGCAGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=181,162;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr10 13151239 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=143,96;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:2,3:2,0:2,2,3,0 chr10 13152504 . GT G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=T;STR;TLOD=13.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.905:7:0,4:0,3:0,0,1,6 chr10 13167860 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr10 13175682 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 13214812 . A G . . DP=12;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=114,157;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=21.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.669:10:2,2:1,5:1,2,1,6 chr10 13214855 . T TATGCA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,25;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr10 13237015 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=127,117;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=7.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:1,0:1,3:2,0,1,2 chr10 13237323 . C CAGGGTCCCAGGGAAGGATCCAAGG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,34;MFRL=162,129;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr10 13239848 . G GCGC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,29;MFRL=165,147;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr10 13239849 . A T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=26,28;MFRL=157,164;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:13239849_A_T:13239849:0,2,0,1 chr10 13239850 . T TG . . DP=3;ECNT=4;MBQ=28,27;MFRL=157,164;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:13239849_A_T:13239849:0,2,0,1 chr10 13239851 . A C,G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=23,28,32;MFRL=166,164,147;MMQ=60,60,60;MPOS=5,1;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.55,3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,1,1:0.333,0.333:3:1,0,0:0,1,1:0,1,0,2 chr10 13264258 . G GAGCT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr10 13275473 . A AGG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=2,4;RU=G;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:13275473_A_AGG:13275473:0,0,1,0 chr10 13275476 . AGCC A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:13275473_A_AGG:13275473:0,0,1,0 chr10 13275514 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=10.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,2,2 chr10 13320411 . A T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=12.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr10 13336362 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,21;MFRL=110,104;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:13336362_G_A:13336362:1,2,0,1 chr10 13336364 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,23;MFRL=110,104;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:13336362_G_A:13336362:1,2,0,1 chr10 13340293 . A G . . DP=22;ECNT=3;MBQ=25,30;MFRL=110,139;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=17.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,7:0.336:22:10,5:4,2:3,12,1,6 chr10 13340339 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,25;MFRL=156,156;MMQ=49,42;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.604:3:1,2:0,0:0|1:13340339_G_A:13340339:0,1,0,2 chr10 13340352 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,25;MFRL=156,151;MMQ=49,42;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:13340339_G_A:13340339:0,1,0,1 chr10 13341378 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=93,88;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=7.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.513:6:1,3:1,0:1,2,1,2 chr10 13343857 . T TA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=157,122;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=13,14;RU=A;STR;TLOD=5.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:2,0,2,0 chr10 13361421 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=131,168;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0,2,0,2 chr10 13370315 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=124,132;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=19.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,8:0.643:12:0,4:4,4:2,2,6,2 chr10 13375906 . T C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=22,20;MFRL=76,84;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,5:0.352:15:5,5:5,0:5,5,3,2 chr10 13378181 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,71;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=5.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr10 13378398 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=33,24;MFRL=136,65;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.282:5:2,0:2,1:0,4,1,0 chr10 13378445 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,33;MFRL=147,171;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr10 13481530 . T C . . 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DP=33;ECNT=3;MBQ=22,31;MFRL=132,133;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=43.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,15:0.577:26:5,5:5,9:9,2,12,3 chr10 13633885 . C T . . DP=38;ECNT=3;MBQ=30,25;MFRL=91,75;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:32,4:0.131:36:16,2:15,2:24,8,4,0 chr10 13633929 . T G . . DP=30;ECNT=3;MBQ=24,33;MFRL=94,135;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,5:0.192:27:8,2:13,2:11,11,2,3 chr10 13672414 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=109,140;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.338:7:2,2:2,0:0,5,0,2 chr10 13693883 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=33,27;MFRL=133,85;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=11.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.545:9:3,2:1,3:2,2,3,2 chr10 13696361 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=130,103;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:2,0,1,1 chr10 13780023 . A AGCCG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:13780023_A_AGCCG:13780023:0,0,0,1 chr10 13780024 . A ACATTCTGCCTTCCACCCC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:13780023_A_AGCCG:13780023:0,0,0,1 chr10 13782109 . G A . . DP=9;ECNT=3;MBQ=32,27;MFRL=130,70;MMQ=60,58;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.298:8:0,1:6,1:0|1:13782109_G_A:13782109:6,0,1,1 chr10 13782110 . A C . . DP=9;ECNT=3;MBQ=27,31;MFRL=70,130;MMQ=58,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=24.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,6:0.702:8:1,0:1,6:1|0:13782109_G_A:13782109:1,1,6,0 chr10 13782124 . A G . . DP=10;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=31.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,2:0,8:0,0,9,1 chr10 13782289 . A AACT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=37,22;MFRL=154,141;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0,4,0,1 chr10 13782605 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=162,126;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=13.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,5:0.399:13:2,2:6,3:1,7,1,4 chr10 13838659 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=194,141;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0,2,0,2 chr10 13900974 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=162,162;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=9.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,0:0,3:1,0,3,0 chr10 14862014 . TG T . . DP=14;ECNT=2;MBQ=27,27;MFRL=98,110;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=G;STR;TLOD=5.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:6,2:5,0:0|1:14862014_TG_T:14862014:6,6,1,1 chr10 14862017 . G A . . DP=14;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=98,110;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:7,2:5,0:0|1:14862014_TG_T:14862014:6,6,1,1 chr10 14862152 . T TGTG . . DP=4;ECNT=4;MBQ=25,29;MFRL=66,77;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:2,1:1,0:0|1:14862152_T_TGTG:14862152:1,2,0,1 chr10 14862155 . T G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,31;MFRL=66,77;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:2,1:1,0:0|1:14862152_T_TGTG:14862152:1,2,0,1 chr10 14862158 . C CCCTTCTTTGTG . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=66,77;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:2,1:1,0:0|1:14862152_T_TGTG:14862152:1,2,0,1 chr10 14862160 . AA CC . . DP=4;ECNT=4;MBQ=24,28;MFRL=66,77;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:2,1:0,0:0|1:14862152_T_TGTG:14862152:1,2,0,1 chr10 14882040 . AAT A . . DP=28;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=158,153;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=9,8;RU=AT;STR;TLOD=9.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,4:0.217:21:7,1:8,3:7,10,0,4 chr10 14891558 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=169,106;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=8.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:2,0:0,3:0,2,0,3 chr10 14939565 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 14950895 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=138,117;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.166:16:11,2:2,0:7,7,2,0 chr10 14951107 . T A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=116,145;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=25.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,10:0.733:13:1,0:2,10:2,1,10,0 chr10 14970168 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=129,148;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:0,1:3,1:1,2,0,2 chr10 14976326 . CAA C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=155,130;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=16,14;RU=A;STR;TLOD=4.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.447:9:0,0:3,3:3,2,4,0 chr10 14976855 . T C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,34;MFRL=160,202;MMQ=40,33;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:14976855_T_C:14976855:0,2,0,1 chr10 14976857 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=23,30;MFRL=160,202;MMQ=40,33;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:14976855_T_C:14976855:0,2,0,1 chr10 14976865 . TG CA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,33;MFRL=0,202;MMQ=60,33;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:14976865_TG_CA:14976865:0,0,0,1 chr10 14976876 . A G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,34;MFRL=0,202;MMQ=60,33;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:14976865_TG_CA:14976865:0,0,0,1 chr10 14978432 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=121,171;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,0:2,2:3,0,2,0 chr10 14981780 . A T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=115,183;MMQ=40,46;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=9.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:2,2:2,2:4,0,1,3 chr10 14991045 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=23,32;MFRL=110,0;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,0:3,2:2,4,2,0 chr10 15008549 . C T . . DP=22;ECNT=1;MBQ=32,22;MFRL=109,161;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,3:0.165:22:7,3:12,0:8,11,3,0 chr10 15014418 . C G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=20.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,6,0 chr10 15014440 . A G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=24.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,2:0,5:0,0,7,0 chr10 15014698 . C T . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=139,207;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:2,1:2,2:3,1,2,1 chr10 15120865 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=121,155;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr10 15145707 . G A . . DP=18;ECNT=2;MBQ=20,28;MFRL=112,86;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.200:18:8,3:7,0:7,8,3,0 chr10 15145789 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=35,20;MFRL=132,91;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,2:0,0:2,0,1,1 chr10 15145948 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=154,122;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=17.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.585:10:2,3:2,3:4,0,4,2 chr10 15154974 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=22.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,2:0,5:0,0,2,5 chr10 15175250 . G A . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=133,203;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,2,0 chr10 16547077 . T A . . DP=8;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=145,39;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.329:7:3,0:2,2:0|1:16547077_T_A:16547077:1,4,1,1 chr10 16547081 . AT GG . . DP=7;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=145,39;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:0|1:16547077_T_A:16547077:1,4,1,1 chr10 16547087 . T TCATAATAACAG . . DP=6;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=135,39;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0|1:16547077_T_A:16547077:1,3,1,1 chr10 16553355 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,6200;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr10 16737137 . C CTCTCT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=136,98;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:16737137_C_CTCTCT:16737137:2,1,0,1 chr10 16737138 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=136,98;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:16737137_C_CTCTCT:16737137:2,1,0,1 chr10 16794724 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,154;MMQ=60,43;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0|1:16794724_A_C:16794724:0,0,0,2 chr10 16794726 . G C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,154;MMQ=60,43;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0|1:16794724_A_C:16794724:0,0,0,2 chr10 16794728 . C CTCTCTCTCTCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,154;MMQ=60,43;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0|1:16794724_A_C:16794724:0,0,0,2 chr10 16806545 . A C . . 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DP=2;ECNT=5;MBQ=25,27;MFRL=207,175;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:16824173_G_GAGAGAAA:16824173:0,1,0,1 chr10 16877175 . G GCATTTAGGCGCATC . . DP=21;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=118,91;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,2:0.140:19:10,1:6,1:5,12,0,2 chr10 16878204 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=24,32;MFRL=112,180;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=11.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:4,2:1,2:3,2,2,2 chr10 16882414 . T A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=27,24;MFRL=134,37;MMQ=60,51;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.249:10:5,2:3,0:4,4,1,1 chr10 16882441 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=33,30;MFRL=123,109;MMQ=60,43;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.286:12:7,3:2,0:4,5,3,0 chr10 16916511 . G GCATTGC . . DP=8;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=128,60;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:1,5,1,1 chr10 16916562 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,24;MFRL=125,152;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:16916562_G_A:16916562:0,1,0,1 chr10 16916564 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=125,152;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:16916562_G_A:16916562:0,1,0,1 chr10 16930626 . TG CT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=164,174;MMQ=60,48;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr10 16945905 . TG T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=148,140;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=11.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:1,3:3,1:4,0,4,0 chr10 16948177 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=22,20;MFRL=112,91;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=16.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.616:11:2,6:2,1:2,2,3,4 chr10 16967170 . A G . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=120,154;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:1,0,2,0 chr10 17110595 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=20.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,6:0,1:0,0,5,2 chr10 17113417 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=126,51;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:3,0:4,2:6,1,2,0 chr10 17146667 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=12.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr10 17153115 . GTC G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=165,170;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:17153115_GTC_G:17153115:0,2,0,1 chr10 17153118 . A AGG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=24,24;MFRL=165,170;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:17153115_GTC_G:17153115:0,2,0,1 chr10 17157630 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 17164760 . A AC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=11.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr10 17168918 . CTTT C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=144,194;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=4,1;RU=T;STR;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.397:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr10 17171265 . G C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=22.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,4:0,3:0,0,1,6 chr10 17195428 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr10 17199419 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=7.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr10 17199612 . G T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=130,89;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=7.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,4:0.277:16:5,4:7,0:6,6,4,0 chr10 17203598 . AAAAGT A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=29.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,5:0,2:0,0,0,7 chr10 17204246 . TAA T,TA . . DP=17;ECNT=3;MBQ=0,24,23;MFRL=0,118,107;MMQ=60,60,60;MPOS=30,20;POPAF=7.30,7.30;RPA=15,13,14;RU=A;STR;TLOD=6.16,18.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,5,10:0.328,0.622:15:0,2,1:0,2,7:0,0,5,10 chr10 17204248 . A T . . DP=17;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.947:17:0,6:0,11:0,0,7,10 chr10 17204249 . A T . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=128,112;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,0:2,1:2,0,1,1 chr10 17363348 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=34,22;MFRL=133,173;MMQ=60,54;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,0:2,2:0,2,0,2 chr10 17373584 . G GCTACAGAAGGGTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 17495619 . T A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,27;MFRL=166,115;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,1:1,1:2,1,0,2 chr10 17636182 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,75;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr10 17645814 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=130,146;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:1,2:3,1:2,2,1,2 chr10 17738932 . T C . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=112,128;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr10 18803252 . TAAC T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=27,18;MFRL=114,50;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,1:1,0:0|1:18803252_TAAC_T:18803252:1,4,1,1 chr10 18803256 . GT G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=88,50;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=4.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,2:1,0:0|1:18803252_TAAC_T:18803252:1,3,1,1 chr10 18816656 . T TCCTACTGCTGACTTG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:18816656_T_TCCTACTGCTGACTTG:18816656:0,0,0,1 chr10 18816658 . A AT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,22;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:18816656_T_TCCTACTGCTGACTTG:18816656:0,0,0,1 chr10 18816660 . C T . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=33,33;MFRL=200,125;MMQ=30,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=18,15;RU=T;STR;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.504:2:0,1:1,0:0,1,1,0 chr10 18963112 . CCA C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:18963112_CCA_C:18963112:0,0,0,1 chr10 18963115 . A ATT . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:18963112_CCA_C:18963112:0,0,0,1 chr10 18963118 . T G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,30;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:18963112_CCA_C:18963112:0,0,0,1 chr10 18963122 . AGGCCAAC A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,24;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:18963112_CCA_C:18963112:0,0,0,1 chr10 18963136 . T C . . 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DP=9;ECNT=3;MBQ=29,24;MFRL=128,89;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.453:9:4,2:1,2:0,5,1,3 chr10 20436875 . G A . . DP=3;ECNT=7;MBQ=32,24;MFRL=111,129;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr10 20436899 . C T . . DP=7;ECNT=7;MBQ=31,28;MFRL=149,142;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=14.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:2,0:0,5:0,2,0,5 chr10 20436915 . T TTTATTAAGCAAAGGAA . . DP=7;ECNT=7;MBQ=26,31;MFRL=149,142;MMQ=60,54;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.364:3:2,0:0,1:0|1:20436915_T_TTTATTAAGCAAAGGAA:20436915:0,2,0,1 chr10 20436917 . C CCAAG . . DP=7;ECNT=7;MBQ=31,32;MFRL=149,142;MMQ=60,54;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.364:3:2,0:0,1:0|1:20436915_T_TTTATTAAGCAAAGGAA:20436915:0,2,0,1 chr10 20436920 . C G . . 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T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,92;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=14.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,0:0,5:0,0,3,2 chr10 21147370 . T A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr10 21148584 . C A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=15.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.873:5:0,3:0,2:0,0,5,0 chr10 21157492 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.798:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr10 21176945 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=9.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr10 21177156 . GA G . . DP=18;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=A;STR;TLOD=38.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.946:16:0,10:0,5:0,0,6,10 chr10 21177237 . T A . . 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GG CC . . DP=2;ECNT=7;MBQ=34,27;MFRL=224,88;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:23611497_G_GACTTCATGTC:23611497:0,1,0,1 chr10 23611506 . G T . . DP=2;ECNT=7;MBQ=0,29;MFRL=0,224;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 23611516 . C CCAAATAAAA . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,33;MFRL=0,224;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:23611516_C_CCAAATAAAA:23611516:0,0,0,1 chr10 23611524 . T C . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,26;MFRL=0,224;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:23611516_C_CCAAATAAAA:23611516:0,0,0,1 chr10 23611531 . TG CC . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,33;MFRL=0,224;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:23611516_C_CCAAATAAAA:23611516:0,0,0,1 chr10 23632970 . T G . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=27,29;MFRL=27,160;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:27322372_TTA_T:27322372:1,0,0,1 chr10 27326765 . TA T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=156,152;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=A;STR;TLOD=11.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:1,1:1,3:2,0,4,0 chr10 27333012 . T A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=124,127;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.166:16:7,0:7,2:14,0,2,0 chr10 27333121 . TA T . . DP=21;ECNT=1;MBQ=29,23;MFRL=139,135;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=A;STR;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,4:0.260:17:5,2:6,1:4,9,0,4 chr10 27335507 . C CTCACAATACCCTTGGCTGGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=206,143;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr10 27353105 . C CCTT . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=144,134;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=8.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.445:7:1,1:3,2:3,1,0,3 chr10 27405310 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr10 27405331 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 27409515 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,35;MFRL=153,157;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr10 27412570 . C T . . DP=35;ECNT=1;MBQ=28,23;MFRL=124,89;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:31,4:0.134:35:14,3:16,1:17,14,3,1 chr10 27412669 . A T . . DP=11;ECNT=3;MBQ=25,27;MFRL=162,132;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=9.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.443:10:4,2:2,2:0,6,0,4 chr10 27412704 . A AATCAGG . . 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DP=23;ECNT=1;MBQ=22,32;MFRL=124,126;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=34.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,12:0.521:23:7,5:3,7:6,5,8,4 chr10 27443012 . A G . . DP=13;ECNT=2;MBQ=26,32;MFRL=135,144;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=21.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.572:12:1,3:4,4:5,0,6,1 chr10 27443083 . A T . . DP=25;ECNT=2;MBQ=22,23;MFRL=116,115;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=16.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,9:0.433:21:3,3:9,6:5,7,3,6 chr10 27444328 . CT AC . . DP=7;ECNT=3;MBQ=34,27;MFRL=125,146;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:3,1:1,2:3,1,3,0 chr10 27444329 . T C . . DP=7;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=12.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.888:7:0,4:0,3:0,0,6,1 chr10 27444344 . T G . . DP=8;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=27.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,4:0,0,8,0 chr10 27444632 . G GCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.679:1:0,0:0,1:0|1:27444632_G_GCT:27444632:0,0,0,1 chr10 27444634 . GAGGA G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.679:1:0,0:0,1:0|1:27444632_G_GCT:27444632:0,0,0,1 chr10 27444640 . T TTTTATACCC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:27444632_G_GCT:27444632:0,0,0,1 chr10 27454111 . A T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=123,69;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=11.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:2,1:0,3:0,2,0,4 chr10 27454139 . C CCTGGAAAAT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=138,100;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr10 27454496 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=129,118;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=11.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:0,0:2,4:0,2,0,4 chr10 27456003 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=10.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,3,1 chr10 27459716 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=151,124;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=10.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.461:11:4,2:2,3:4,2,2,3 chr10 27486457 . A G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,34;MFRL=123,87;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:27486457_A_G:27486457:0,1,0,1 chr10 27486459 . T A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,26;MFRL=123,87;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:27486457_A_G:27486457:0,1,0,1 chr10 27486462 . A ACCTTCTGCACCACC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,26;MFRL=123,87;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:27486457_A_G:27486457:0,1,0,1 chr10 27486464 . A T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,29;MFRL=123,87;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:27486457_A_G:27486457:0,1,0,1 chr10 27499643 . CA TG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,183;MMQ=60,40;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr10 27499810 . G A . . DP=27;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=113,56;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:25,2:0.103:27:17,0:8,2:0|1:27499810_G_A:27499810:9,16,1,1 chr10 27499816 . A AAGGGG . . DP=25;ECNT=3;MBQ=24,20;MFRL=113,56;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,2:0.118:23:13,0:7,2:0|1:27499810_G_A:27499810:7,14,1,1 chr10 27499817 . T TCAAATAAGATGAAAAC . . DP=26;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=113,56;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,2:0.117:23:14,0:7,2:0|1:27499810_G_A:27499810:7,14,1,1 chr10 27506854 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr10 27508837 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=9.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr10 27529291 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=127,103;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.269:9:3,0:4,2:4,3,2,0 chr10 27529565 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=40.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.935:13:0,9:0,4:0,0,10,3 chr10 27687225 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=100,125;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.501:8:3,2:1,2:3,1,1,3 chr10 27687727 . C CAAGA . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=139,137;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=16,17;RU=A;STR;TLOD=5.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,1:0,1:0,1,1,2 chr10 28903400 . G GTCTTCTTTAAAACA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=12.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,1:0,0,3,0 chr10 28905079 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=140,128;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,0:3,2:4,1,2,0 chr10 29137388 . C CTAACA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=185,165;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr10 29162164 . AT A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=114,107;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.278:12:2,2:4,0:1,8,2,1 chr10 29169046 . AT A . . 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GAAACT G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,129;MMQ=60,21;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 29801659 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=130,107;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=10.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:2,3:3,1:4,1,2,2 chr10 29812602 . G T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=138,134;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.538:11:1,4:4,2:4,1,5,1 chr10 29816068 . A AGGTGAAAAATGAGGAAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=160,163;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:29816068_A_AGGTGAAAAATGAGGAAG:29816068:0,1,0,1 chr10 29816074 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,24;MFRL=160,163;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:29816068_A_AGGTGAAAAATGAGGAAG:29816068:0,1,0,1 chr10 29818838 . G A . . 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C A . . DP=23;ECNT=9;MBQ=30,27;MFRL=96,103;MMQ=60,48;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,2:0.120:23:9,0:11,2:0|1:32561076_A_AG:32561076:9,12,0,2 chr10 32561097 . T A . . DP=18;ECNT=9;MBQ=25,26;MFRL=130,103;MMQ=60,48;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:8,0:7,2:0|1:32561076_A_AG:32561076:7,9,0,2 chr10 32561107 . AT A . . DP=14;ECNT=9;MBQ=24,23;MFRL=136,103;MMQ=60,48;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.199:13:6,0:5,2:4,7,0,2 chr10 32561182 . T TGCTGCTTCTGCTTTGATGACATCA . . DP=3;ECNT=9;MBQ=32,28;MFRL=180,73;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.492:2:0,1:1,0:0|1:32561182_T_TGCTGCTTCTGCTTTGATGACATCA:32561182:0,1,0,1 chr10 32561186 . T C . . 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A T . . DP=15;ECNT=5;MBQ=24,20;MFRL=109,55;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:6,0:5,2:0|1:35317815_C_T:35317815:3,10,1,1 chr10 35317883 . T TAATGGGCTGGG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,26;MFRL=145,122;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr10 35320355 . T C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=13.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr10 35320383 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=39,20;MFRL=117,76;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=15.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.615:11:4,0:0,7:4,0,4,3 chr10 35324076 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=27.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,8:0,0:0,0,7,1 chr10 35327766 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr10 35328088 . A G . . 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C T . . DP=23;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=104,98;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,3:0.164:22:8,2:11,1:11,8,1,2 chr10 35897602 . A G . . DP=12;ECNT=4;MBQ=26,26;MFRL=132,77;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.355:12:4,2:4,2:2,6,1,3 chr10 35897630 . C CATGAG . . DP=5;ECNT=4;MBQ=26,32;MFRL=101,104;MMQ=44,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:35897630_C_CATGAG:35897630:0,4,0,1 chr10 35897632 . T TCAGGGTATCAAGACCA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=29,30;MFRL=104,104;MMQ=46,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:2,0:0|1:35897630_C_CATGAG:35897630:0,3,0,1 chr10 35928224 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0|1:35928224_C_G:35928224:0,0,1,0 chr10 35928233 . C G . . 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DP=8;ECNT=3;MBQ=24,25;MFRL=106,144;MMQ=49,49;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,1:3,1:5,1,0,2 chr10 37453909 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=21,32;MFRL=130,141;MMQ=60,59;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=12.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.715:5:0,2:1,2:1,0,4,0 chr10 37486175 . T A . . DP=47;ECNT=3;MBQ=26,24;MFRL=126,74;MMQ=37,52;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:40,4:0.107:44:23,2:17,2:22,18,3,1 chr10 37486249 . T C . . DP=26;ECNT=3;MBQ=25,31;MFRL=113,129;MMQ=39,25;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=15.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,7:0.307:24:9,4:8,3:8,9,0,7 chr10 37486276 . A T . . DP=20;ECNT=3;MBQ=20,29;MFRL=116,113;MMQ=25,30;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.199:18:7,2:8,1:5,10,0,3 chr10 37505099 . C A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=123,156;MMQ=60,49;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=7.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:3,1:2,2:5,0,3,0 chr10 37505314 . C G . . 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DP=14;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=122,151;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=9.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.268:13:4,2:5,1:1,9,1,2 chr10 42928668 . GGAGTCTATC G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=181,133;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=24.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.636:9:2,2:1,4:2,1,4,2 chr10 43090114 . C CTTCTTCTTCTTTGTCTTTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,34;MFRL=172,89;MMQ=52,57;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:43090114_C_CTTCTTCTTCTTTGTCTTTG:43090114:0,1,0,1 chr10 43090117 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,31;MFRL=172,89;MMQ=52,57;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:43090114_C_CTTCTTCTTCTTTGTCTTTG:43090114:0,1,0,1 chr10 43132232 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=17.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,5,0 chr10 43232450 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,138;MMQ=60,56;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr10 43280057 . CTT C . . DP=6;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,139;MMQ=60,52;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=7,5;RU=T;STR;TLOD=15.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,3:0,0:0,0,1,3 chr10 43280092 . A ATGGATAAATTC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=21,25;MFRL=131,119;MMQ=60,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:1,1:0,0:0|1:43280092_A_ATGGATAAATTC:43280092:0,1,0,1 chr10 43280096 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,21;MFRL=131,119;MMQ=60,40;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,1:0,0:0|1:43280092_A_ATGGATAAATTC:43280092:0,1,0,1 chr10 43281172 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=157,123;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,1:1,1:0,3,0,2 chr10 43285713 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=150,121;MMQ=60,51;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:1,2:4,1:4,1,3,0 chr10 43292149 . G A . . DP=23;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=135,140;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,3:0.174:21:11,1:5,2:5,13,1,2 chr10 43292759 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=156,85;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:1,1,1,1 chr10 43293060 . T TGGTGA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 43297564 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=154,143;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:3,0:1,3:2,2,3,0 chr10 43297746 . T C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=151,160;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=19.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,6:0.700:8:1,1:1,5:0|1:43297746_T_C:43297746:0,2,0,6 chr10 43297756 . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=133,124;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=A;STR;TLOD=8.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.643:6:2,2:0,2:0,2,1,3 chr10 43971614 . ATAT A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=25,24;MFRL=135,98;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:2,1:1,0:0|1:43971614_ATAT_A:43971614:0,3,0,1 chr10 43971623 . GAAGAGT G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=135,98;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:43971614_ATAT_A:43971614:0,3,0,1 chr10 43971723 . G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr10 43977157 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=136,119;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:43977157_C_T:43977157:1,1,0,1 chr10 43977158 . C CAAAAGGTATCAA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=136,119;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:43977157_C_T:43977157:1,1,0,1 chr10 44102650 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:44102650_C_T:44102650:0,0,0,1 chr10 44102652 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:44102650_C_T:44102650:0,0,0,1 chr10 44104101 . C T . . DP=32;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=116,114;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=30.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,13:0.438:30:10,8:7,5:10,7,7,6 chr10 44111806 . G A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=106,96;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,8:0.499:16:4,6:4,2:5,3,5,3 chr10 44112214 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=127,168;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=13.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.601:8:1,1:2,4:3,0,2,3 chr10 44112267 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=25,27;MFRL=158,159;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.276:9:3,0:3,2:5,2,0,2 chr10 44112763 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=276,119;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=9.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,0:1,3:1,0,0,3 chr10 44340865 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=159,190;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=9.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.499:8:2,1:2,2:2,2,1,3 chr10 44341072 . CATTGATT C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=12.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr10 44874216 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=142,165;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:2,3,0,2 chr10 45423282 . C G . . 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A ACAGTCCTCCTAGT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,24;MFRL=262,160;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:45473589_G_T:45473589:0,1,0,1 chr10 45479370 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=137,88;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,3:2,0:1,2,3,0 chr10 45480230 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=109,70;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:1,0:1,3:2,0,2,1 chr10 45496087 . CGTGAAAAGTACCAGGGTCTCAAAAATCTCAAAATTT C . . DP=38;ECNT=2;MBQ=20,27;MFRL=111,138;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:31,2:0.088:33:11,0:12,2:0|1:45496087_CGTGAAAAGTACCAGGGTCTCAAAAATCTCAAAATTT_C:45496087:14,17,0,2 chr10 45496120 . A T . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=110,107;MMQ=40,40;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:1,0:1,1:0|1:46248068_C_T:46248068:3,0,1,0 chr10 46248085 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=107,107;MMQ=52,46;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:1,0:7,2:0|1:46248068_C_T:46248068:5,3,1,1 chr10 46264850 . GC AT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,134;MMQ=60,40;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46264850_GC_AT:46264850:0,0,0,1 chr10 46264855 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,134;MMQ=60,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46264850_GC_AT:46264850:0,0,0,1 chr10 46264857 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,134;MMQ=60,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46264850_GC_AT:46264850:0,0,0,1 chr10 46965887 . T TG . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=181,150;MMQ=38,40;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=9.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:1,2:1,1:0,2,0,3 chr10 49319323 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,32;MFRL=195,153;MMQ=50,39;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=13.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.715:5:0,2:1,2:0,1,0,4 chr10 49384047 . C CAACT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,30;MFRL=145,138;MMQ=25,25;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,1:2,1:0|1:49384047_C_CAACT:49384047:1,2,0,2 chr10 49384048 . CAG C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,30;MFRL=145,138;MMQ=25,25;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,1:2,1:0|1:49384047_C_CAACT:49384047:1,2,0,2 chr10 49392575 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,65;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr10 49634172 . GGTT G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 49654342 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr10 49654403 . C T . . DP=12;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=30.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.928:12:0,8:0,4:0,0,8,4 chr10 49658248 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr10 49661341 . A G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,86;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=37.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.939:14:0,9:0,5:0,0,9,5 chr10 49667713 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=10.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,0:0,4:0,0,3,1 chr10 49687556 . A C . . 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C CTATCTCTTCTCCCCT . . DP=8;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=79,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.301:8:4,0:1,2:0|1:50177124_C_CT:50177124:3,3,1,1 chr10 50184949 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=36.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,6:0,6:0,0,8,4 chr10 50227870 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 50363962 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=142,44;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.334:7:1,2:4,0:3,2,1,1 chr10 50376099 . T A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,19;MFRL=0,116;MMQ=60,42;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:50376099_T_A:50376099:0,0,0,1 chr10 50376100 . G GCGCGCAGGAGTCCCCCAGAGACTCACAGGTCTCGGGAGAT . . 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DP=4;ECNT=7;MBQ=34,20;MFRL=184,62;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:0|1:61874118_CA_GG:61874118:0,2,1,1 chr10 61874122 . A T . . DP=4;ECNT=7;MBQ=27,20;MFRL=184,62;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:0|1:61874118_CA_GG:61874118:0,2,1,1 chr10 61874124 . C T . . DP=4;ECNT=7;MBQ=34,26;MFRL=184,62;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,1:2,0:0|1:61874118_CA_GG:61874118:0,2,1,1 chr10 61874126 . AACC A . . DP=3;ECNT=7;MBQ=27,24;MFRL=184,62;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:61874118_CA_GG:61874118:0,2,0,1 chr10 61874130 . A AGT . . DP=3;ECNT=7;MBQ=26,25;MFRL=184,62;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:61874118_CA_GG:61874118:0,2,0,1 chr10 61874136 . G T . . DP=3;ECNT=7;MBQ=34,24;MFRL=184,62;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:61874118_CA_GG:61874118:0,2,0,1 chr10 61874138 . C A . . DP=3;ECNT=7;MBQ=30,19;MFRL=184,62;MMQ=60,60;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,0:0|1:61874118_CA_GG:61874118:0,2,0,1 chr10 61926294 . T A . . DP=18;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=131,60;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:9,2:6,0:0|1:61926294_T_A:61926294:11,5,1,1 chr10 61926301 . T G . . DP=22;ECNT=2;MBQ=24,27;MFRL=133,60;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:19,2:0.130:21:10,2:8,0:0|1:61926294_T_A:61926294:14,5,1,1 chr10 61926728 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=20.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,0,6 chr10 62023509 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=162,0;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:2,0,2,0 chr10 62038544 . A G . . DP=19;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=109,119;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=9.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,4:0.251:18:6,1:7,3:12,2,1,3 chr10 62038964 . A ATCTTTTTGTAGAATCTG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 62445154 . GA G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=116,155;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=A;STR;TLOD=7.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.502:6:0,2:2,0:0,3,0,3 chr10 62540063 . T A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr10 62551889 . AA GT . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=48.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,5:0,5:0,0,8,3 chr10 62553763 . A G . . DP=21;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=70.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,21:0.956:21:0,7:0,14:0,0,9,12 chr10 62631245 . C A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=24,29;MFRL=94,91;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.190:19:13,3:3,0:10,6,3,0 chr10 62637884 . GCT G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:62637884_GCT_G:62637884:0,0,0,1 chr10 62637890 . T G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:62637884_GCT_G:62637884:0,0,0,1 chr10 62637892 . TA AT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,21;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:62637884_GCT_G:62637884:0,0,0,1 chr10 62645874 . CTGTTGGCACTTTCCACAAATGACCCCCCGAACATGGCTGCCATCCACTCACAGCTACAGATCAGCAGCGGCT C . . DP=40;ECNT=1;MBQ=32,33;MFRL=115,149;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:36,4:0.078:40:9,0:8,3:15,21,2,2 chr10 62648206 . T TCAGATCGCAGAGGTCCTCGAGATATTC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=21,20;MFRL=111,46;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.492:4:0,2:2,0:2,0,1,1 chr10 62671305 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=157,117;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=17.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,7:0.727:9:2,3:0,4:1,1,2,5 chr10 63422754 . G GGGGCCGACCCCGGCA . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=51.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,4:0,5:0,0,10,2 chr10 63661537 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=145,117;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0,4,0,1 chr10 63661858 . A C . . DP=23;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=127,120;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=7.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,4:0.201:23:7,4:11,0:16,3,4,0 chr10 63699895 . A C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=53.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.944:16:0,9:0,7:0,0,13,3 chr10 63700228 . A T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,46;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=12.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr10 63700245 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr10 63817096 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=129,156;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=19.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,8:0.530:15:3,5:4,3:2,5,1,7 chr10 63818920 . GA G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=34,32;MFRL=111,145;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=A;STR;TLOD=3.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:5,1:0,1:5,0,1,1 chr10 63829620 . AAG A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,23;MFRL=131,135;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:63829620_AAG_A:63829620:0,1,0,1 chr10 63829623 . G C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,29;MFRL=131,135;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:63829620_AAG_A:63829620:0,1,0,1 chr10 63829625 . TAA T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,26;MFRL=131,135;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:63829620_AAG_A:63829620:0,1,0,1 chr10 63851656 . A C . . DP=22;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=119,106;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,3:0.173:21:7,0:11,3:17,1,0,3 chr10 63852808 . G GCC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,282;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 63944176 . A C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=24.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,1:0,6:0,0,0,7 chr10 63957930 . C G . . 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AGA CAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,34;MFRL=110,151;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:67726516_T_C:67726516:0,1,0,1 chr10 69281668 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=93,77;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:7,1:4,1:6,5,0,2 chr10 69366856 . A ATGCCATGTGAAGATGAAGG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,15;MFRL=132,131;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:69366856_A_ATGCCATGTGAAGATGAAGG:69366856:1,0,0,1 chr10 69366859 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,27;MFRL=132,131;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:69366856_A_ATGCCATGTGAAGATGAAGG:69366856:1,0,0,1 chr10 69583206 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=12.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr10 69583210 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,33;MFRL=154,225;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,0:1,1:0|1:69583210_A_G:69583210:0,2,0,1 chr10 69583216 . T A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,26;MFRL=154,225;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:69583210_A_G:69583210:0,2,0,1 chr10 69647332 . G T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=22.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,5:0,2:0,0,0,7 chr10 69648569 . T A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=20.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,1:0,6:0,0,7,0 chr10 69648688 . G A . . DP=24;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=121,80;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=8.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,4:0.199:23:8,0:11,4:10,9,2,2 chr10 69651125 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=13.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,4:0,0:0,0,4,0 chr10 69676244 . 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DP=2;ECNT=4;MBQ=18,27;MFRL=192,146;MMQ=40,40;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:69726634_C_T:69726634:0,1,0,1 chr10 69726652 . A G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,32;MFRL=192,146;MMQ=40,40;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:69726634_C_T:69726634:0,1,0,1 chr10 69750244 . A ATTT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:69750244_A_ATTT:69750244:0,0,0,1 chr10 69750245 . G GC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:69750244_A_ATTT:69750244:0,0,0,1 chr10 69750250 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:69750244_A_ATTT:69750244:0,0,0,1 chr10 69750788 . GA G . . 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DP=9;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=167,81;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=13.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.636:9:1,5:2,1:2,1,3,3 chr10 69935235 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=31.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,6:0,3:0,0,2,8 chr10 69948808 . A T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=106,81;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:0,0:3,2:2,1,1,1 chr10 69948844 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,1,2 chr10 69954290 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=73,142;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:0,2:3,0:1,2,0,2 chr10 69955140 . T A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=166,96;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=9.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:2,3:0,1:2,0,2,2 chr10 69957329 . T TGGCTG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 69959097 . G T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,22;MFRL=126,110;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=8.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.499:8:4,3:0,1:3,1,3,1 chr10 69959345 . GCTGGGA G . . DP=8;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=147,104;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=20.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.669:7:1,3:1,1:0,2,1,4 chr10 69959391 . G GTCATGGTAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=142,104;MMQ=60,60;MPOS=-4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr10 69961548 . AAAAGAAAG A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,30;MFRL=99,175;MMQ=60,59;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:2,1,1,0 chr10 69961569 . AC A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=28,27;MFRL=73,152;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=C;STR;TLOD=23.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,7:0.730:9:0,2:1,4:1,1,3,4 chr10 69966742 . AG CA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,34;MFRL=184,169;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:69966742_AG_CA:69966742:0,4,0,1 chr10 69966752 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=199,164;MMQ=60,56;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:0|1:69966742_AG_CA:69966742:0,3,0,2 chr10 69969986 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=11.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,4,0 chr10 70051810 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=6;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.774:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr10 70051827 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=118,69;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:1,1,1,1 chr10 70056600 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=16.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,4,2 chr10 70056829 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,207;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:70056829_G_C:70056829:0,0,0,1 chr10 70056833 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,207;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:70056829_G_C:70056829:0,0,0,1 chr10 70100987 . A G . . DP=21;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=132,134;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=22.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,9:0.449:20:7,5:4,3:8,3,6,3 chr10 70101656 . A G . . DP=23;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=107,128;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=39.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,13:0.562:23:4,10:6,3:5,5,3,10 chr10 70105560 . G A . . DP=28;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=72.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,25:0.964:25:0,10:0,15:0,0,15,10 chr10 70143774 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=19.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,5:0,2:0,0,5,2 chr10 70174963 . A ATGGCTGGAGAGGCCTCAGGAAACTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 70178709 . T C . . DP=5;ECNT=6;MBQ=24,30;MFRL=154,151;MMQ=60,35;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:0,2:3,0:3,0,2,0 chr10 70178729 . C CTAT . . DP=5;ECNT=6;MBQ=30,32;MFRL=157,143;MMQ=60,40;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:70178729_C_CTAT:70178729:3,1,1,0 chr10 70178730 . C CA,A . . DP=5;ECNT=6;MBQ=28,34,31;MFRL=154,143,159;MMQ=60,40,30;MPOS=22,27;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.21,3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:3,1,1:0.250,0.250:5:0,1,1:3,0,0:2,1,2,0 chr10 70178732 . C A . . 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DP=23;ECNT=2;MBQ=20,28;MFRL=113,154;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,2:0.120:23:14,0:7,2:0|1:70968380_AGAT_A:70968380:10,11,0,2 chr10 70992962 . GC AT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,23;MFRL=140,120;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:70992962_GC_AT:70992962:0,1,0,1 chr10 70992965 . CG GA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,29;MFRL=140,120;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:70992962_GC_AT:70992962:0,1,0,1 chr10 70998738 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=124,135;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=8.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:0,0:2,3:1,1,3,0 chr10 71002889 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=65,77;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,0:2,2:2,0,1,1 chr10 71008179 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=29,23;MFRL=116,71;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=7.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.415:10:3,4:3,0:5,1,3,1 chr10 71010026 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=15.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr10 71016947 . C G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=16.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,1,4 chr10 71016973 . A C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,27;MFRL=187,137;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0,2,0,2 chr10 71018568 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=125,27;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:6,2:2,0:6,2,1,1 chr10 71021106 . C CCCAGCTAATTTTT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=109,150;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr10 71021111 . G GCCTTTC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=120,98;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr10 71025609 . G GT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=40,34;MFRL=126,76;MMQ=60,33;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:71025609_G_GT:71025609:0,2,0,1 chr10 71025611 . G T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=26,31;MFRL=126,76;MMQ=60,33;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:71025609_G_GT:71025609:0,2,0,1 chr10 71025613 . A ATTGCTGCTGTGCCAATTACCCTGT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=9,28;MFRL=153,76;MMQ=60,33;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:71025609_G_GT:71025609:0,1,0,1 chr10 71025615 . G GCCGTGTGATT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,14;MFRL=153,76;MMQ=60,33;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:71025609_G_GT:71025609:0,1,0,1 chr10 71048597 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,33;MFRL=143,149;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:3,0:0,2:0,3,0,2 chr10 71060696 . G A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=17.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,0,6 chr10 71060707 . T A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=19.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,3:0,4:0,0,0,7 chr10 71124746 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:71124746_G_T:71124746:0,0,0,1 chr10 71124751 . C CATCTTAGCTATA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:71124746_G_T:71124746:0,0,0,1 chr10 71142183 . G A . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=158,120;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.334:4:1,0:1,1:0,3,0,1 chr10 71244832 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.796:3:0,0:0,2:0,0,2,1 chr10 71332832 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=127,116;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:71332832_G_A:71332832:1,1,0,1 chr10 71332842 . CTG C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=127,116;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:71332832_G_A:71332832:1,1,0,1 chr10 71390393 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=141,79;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:3,1:1,1:2,2,1,1 chr10 71392860 . G A . . 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T TGCTGAGCTACTGTCCTGAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,30;MFRL=133,187;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.501:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr10 71648103 . T C . . DP=12;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=103,56;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.227:11:3,0:5,2:0|1:71648103_T_C:71648103:1,8,1,1 chr10 71648106 . C CATGTTCATTTGCAGTCACCA . . DP=11;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=103,56;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:4,0:5,2:0|1:71648103_T_C:71648103:1,8,1,1 chr10 71649083 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.820:3:0,3:0,0:0,0,2,1 chr10 71649309 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 71657167 . GTGGGCT G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=180,120;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:71657167_GTGGGCT_G:71657167:1,0,1,0 chr10 71657174 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,29;MFRL=180,120;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:71657167_GTGGGCT_G:71657167:1,0,1,0 chr10 71664661 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=16,28;MFRL=126,0;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.528:6:1,2:0,1:3,0,1,2 chr10 71665421 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,33;MFRL=197,106;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=12.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:1,2:0,2:1,0,3,1 chr10 71665614 . C A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=20,24;MFRL=96,123;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=16.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.638:9:0,4:3,2:1,2,3,3 chr10 71684876 . ACG A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=23,23;MFRL=87,111;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr10 71685532 . G C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.831:4:0,1:0,2:0,0,3,1 chr10 71686905 . CG C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=153,122;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=G;STR;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.484:6:2,1:0,1:0,3,1,2 chr10 71697516 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=129,108;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=12.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:0,0:1,5:0,1,1,4 chr10 71703995 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 71849772 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=33.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,5:0,5:0,0,8,2 chr10 71859941 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=129,112;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,0:1,2:2,1,1,1 chr10 71868763 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=177,119;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=14.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.637:9:0,2:3,4:2,1,4,2 chr10 71871442 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=22,26;MFRL=122,148;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.304:8:1,0:4,2:2,4,0,2 chr10 71874165 . G GGCA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,33;MFRL=135,104;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr10 71876581 . AG CA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,34;MFRL=172,163;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr10 71880757 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr10 71883627 . CC TT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr10 71902661 . AC CT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=22,28;MFRL=106,116;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:1,3,0,1 chr10 71902709 . CT C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 71905205 . T A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,28;MFRL=145,82;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:71905205_T_A:71905205:0,1,0,1 chr10 71905209 . T A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=145,82;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:71905205_T_A:71905205:0,1,0,1 chr10 71905212 . T TGAGGTGAGCAGCAGA . . 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DP=2;ECNT=6;MBQ=31,33;MFRL=159,139;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:73115987_C_CTAGTT:73115987:0,1,0,1 chr10 73115990 . G GTCTTCCTCAC . . DP=2;ECNT=6;MBQ=31,32;MFRL=159,139;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:73115987_C_CTAGTT:73115987:0,1,0,1 chr10 73115993 . T C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=26,32;MFRL=159,139;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:73115987_C_CTAGTT:73115987:0,1,0,1 chr10 73116032 . T G . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,30;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73116032_T_G:73116032:0,0,0,1 chr10 73116035 . T TGCATGG . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,28;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73116032_T_G:73116032:0,0,0,1 chr10 73116039 . T G . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,27;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73116032_T_G:73116032:0,0,0,1 chr10 73121645 . C A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr10 73122335 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=21,28;MFRL=111,86;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.168:16:7,0:6,2:7,7,1,1 chr10 73270982 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=20,25;MFRL=101,98;MMQ=60,60;MPOS=7;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:2,3:1,2:3,1,2,3 chr10 73270995 . A G . . DP=8;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=119,108;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=8.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.409:8:2,3:2,0:3,2,1,2 chr10 73326711 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73326711_G_A:73326711:0,0,0,1 chr10 73326718 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73326711_G_A:73326711:0,0,0,1 chr10 73405803 . GGGT G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=18833302,63;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:0|1:73405803_GGGT_G:73405803:1,1,1,1 chr10 73405808 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=18833302,63;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:0|1:73405803_GGGT_G:73405803:1,1,1,1 chr10 73405811 . G GGAA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=18833302,63;MMQ=60,60;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:0|1:73405803_GGGT_G:73405803:1,1,1,1 chr10 73406193 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=157,88;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.415:10:3,4:3,0:5,1,2,2 chr10 73434906 . G A . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=172,150;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0,2,0,2 chr10 73499561 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 73520511 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr10 73521556 . GG TA . . DP=17;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=140,127;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=9.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.211:17:8,0:6,3:7,7,0,3 chr10 73537388 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr10 73545532 . G GGACAGACTGGTTTTCT . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=186,57;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.424:5:2,2:1,0:1,2,1,1 chr10 73550260 . TGGA T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=190,171;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:73550260_TGGA_T:73550260:0,1,0,1 chr10 73550264 . CCCAGG C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=190,171;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:73550260_TGGA_T:73550260:0,1,0,1 chr10 73553452 . CG AC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,23;MFRL=144,133;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr10 73553483 . T TTTC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73553483_T_TTTC:73553483:0,0,0,1 chr10 73553485 . T TTCTTACCTTCCCTCTTCCA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73553483_T_TTTC:73553483:0,0,0,1 chr10 73558071 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=142,90;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,2:2,0:3,0,1,1 chr10 73559227 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=149,121;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=27.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,11:0.800:13:1,6:1,5:1,1,6,5 chr10 73565943 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=128,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,0:0,2:1,2,1,1 chr10 73567214 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 73569914 . T TTCAACAAGAGCACCTCAGACAGTAACTG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=183,115;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,0,1 chr10 73571306 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=113,46;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:0|1:73571306_C_T:73571306:2,5,1,1 chr10 73571325 . A AGACCAG . . DP=8;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=115,46;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:4,2:2,0:0|1:73571306_C_T:73571306:1,5,1,1 chr10 73571581 . C CCT . . DP=8;ECNT=5;MBQ=0,30;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=24.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,2:0,6:0,0,3,5 chr10 73571619 . C G . . DP=5;ECNT=5;MBQ=33,26;MFRL=163,195;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=7.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.560:5:1,1:1,1:1,1,2,1 chr10 73571626 . CGCA C . . DP=5;ECNT=5;MBQ=26,30;MFRL=165,199;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:73571626_CGCA_C:73571626:2,2,1,0 chr10 73571633 . CATCCTCCCTCA C . . DP=5;ECNT=5;MBQ=31,25;MFRL=165,199;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:73571626_CGCA_C:73571626:2,2,1,0 chr10 73571648 . CCCAA C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,12;MFRL=0,199;MMQ=60,60;MPOS=-6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:73571626_CGCA_C:73571626:0,0,1,0 chr10 73575044 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=91,55;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:0|1:73575044_G_A:73575044:0,3,1,1 chr10 73575046 . A AC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=91,55;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:0|1:73575044_G_A:73575044:0,3,1,1 chr10 73576307 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=156,77;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:0,2,1,1 chr10 73577267 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=22,25;MFRL=112,121;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=11.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:4,2:0,3:2,2,3,2 chr10 73578295 . G GCTGCTGTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,30;MFRL=182,249;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:1,0,1,0 chr10 73578704 . AAGTCTC A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=146,171;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:2,0,2,0 chr10 73578882 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=117,96;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=22.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,8:0.818:9:1,5:0,3:0,1,2,6 chr10 73579979 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=34,28;MFRL=129,134;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=9.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.357:12:7,2:1,2:5,3,4,0 chr10 73581846 . G GGTAGC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73581846_G_GGTAGC:73581846:0,0,0,1 chr10 73581849 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73581846_G_GGTAGC:73581846:0,0,0,1 chr10 73585526 . A G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=29,33;MFRL=146,105;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=9.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:0,3:1,0:1,0,3,0 chr10 73585613 . A ATTTG . . DP=14;ECNT=4;MBQ=24,20;MFRL=110,61;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:8,2:4,0:0|1:73585613_A_ATTTG:73585613:5,7,1,1 chr10 73585616 . G GTTGCCTGGTGAT . . DP=14;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=110,61;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:8,2:4,0:0|1:73585613_A_ATTTG:73585613:5,7,1,1 chr10 73585705 . C CAGTTAATGA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=110,55;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:2,1,1,1 chr10 73591010 . T TCAGTGGCATTGTCCTTCAGCATATC . . 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T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=114,132;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0,4,1,1 chr10 73767158 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=139,89;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:73767158_G_A:73767158:0,1,0,1 chr10 73767159 . C CACACATTTAAACAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=139,89;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:73767158_G_A:73767158:0,1,0,1 chr10 73822957 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,19;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.703:5:1,1:0,1:0,1,1,3 chr10 73823019 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=235,170;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=9.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,2:1,1:0,1,0,3 chr10 73830037 . A C . . 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DP=5;ECNT=3;MBQ=23,24;MFRL=100,99;MMQ=60,54;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:74701127_A_AAATATTAACTATGTATCTT:74701127:1,3,0,1 chr10 74701129 . A AGTGAC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=25,26;MFRL=100,99;MMQ=60,54;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:0|1:74701127_A_AAATATTAACTATGTATCTT:74701127:1,3,0,1 chr10 74701131 . A AGGATAG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=25,25;MFRL=100,99;MMQ=60,54;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:74701127_A_AAATATTAACTATGTATCTT:74701127:0,3,0,1 chr10 74776715 . A ATGCAGTATAGCAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=145,113;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr10 74874097 . CT C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=232,166;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=14,13;RU=T;STR;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.512:6:3,3:0,0:3,0,3,0 chr10 74883973 . C A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:74883973_C_A:74883973:0,0,1,0 chr10 74883975 . CC AT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:74883973_C_A:74883973:0,0,1,0 chr10 74883980 . CAC TGT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:74883973_C_A:74883973:0,0,1,0 chr10 74885002 . G GACAAAGCAGCGCACAGTCTTGTTGGA . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=134,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.289:8:3,2:3,0:1,5,1,1 chr10 74886406 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr10 74928066 . TGAGGAG T,TGAG . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=212,118;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:75053230_T_TGG:75053230:0,1,0,1 chr10 75058569 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr10 75058885 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=136,167;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,2:3,0:1,3,0,2 chr10 75070036 . CCAGAA C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:75070036_CCAGAA_C:75070036:0,0,0,1 chr10 75070043 . A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:75070036_CCAGAA_C:75070036:0,0,0,1 chr10 75095336 . CTCCA C . . 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C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=34,31;MFRL=243,141;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:75185030_C_T:75185030:0,1,0,1 chr10 75185033 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=35,29;MFRL=243,141;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:75185030_C_T:75185030:0,1,0,1 chr10 75197919 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=148,130;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.574:5:0,0:2,3:2,0,3,0 chr10 75214137 . TA T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=133,162;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=A;STR;TLOD=5.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.340:10:3,2:4,1:6,1,3,0 chr10 75227502 . T A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,22;MFRL=149,168;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:0,0:3,2:0|1:75227502_T_A:75227502:1,2,0,2 chr10 75227504 . T A . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=108,133;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:75555446_T_C:75555446:1,1,0,1 chr10 75558867 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=27.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,6:0,3:0,0,7,2 chr10 75561276 . G GTATAGGACCCTA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=139,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.496:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr10 75562161 . C A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=13.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr10 75562208 . A AG . . DP=7;ECNT=4;MBQ=28,20;MFRL=136,32;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:2,0:0|1:75562208_A_AG:75562208:3,2,1,1 chr10 75562209 . T C . . DP=7;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=136,32;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:2,0:0|1:75562208_A_AG:75562208:3,2,1,1 chr10 75562211 . A AGT . . DP=7;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=136,32;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:0|1:75562208_A_AG:75562208:3,2,1,1 chr10 75563819 . G GAGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr10 75564660 . A AT . . DP=44;ECNT=3;MBQ=25,19;MFRL=112,138;MMQ=60,40;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=16,17;RU=T;STR;TLOD=7.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,8:0.458:18:5,1:3,3:4,6,2,6 chr10 75564716 . A G . . DP=15;ECNT=3;MBQ=24,25;MFRL=158,141;MMQ=53,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.197:13:9,2:2,0:0|1:75564716_A_G:75564716:0,11,0,2 chr10 75564718 . G GA . . DP=13;ECNT=3;MBQ=31,29;MFRL=158,141;MMQ=53,40;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.199:13:9,1:2,0:0|1:75564716_A_G:75564716:0,11,0,2 chr10 75566603 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=174,116;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.442:9:1,3:4,0:0,5,2,2 chr10 75606950 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=109,59;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,0:4,2:4,1,1,1 chr10 75607896 . C CCCAGTTTACATT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,32;MFRL=120,114;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0,4,0,1 chr10 75607907 . ATG A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=27,21;MFRL=141,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.397:3:1,0:1,1:0|1:75607907_ATG_A:75607907:0,2,0,1 chr10 75607912 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,27;MFRL=141,127;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:75607907_ATG_A:75607907:0,2,0,1 chr10 75607914 . G GATACTTGC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=34,31;MFRL=168,113;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.495:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr10 75608426 . CA C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=121,156;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.177:15:6,1:7,1:5,8,0,2 chr10 75612881 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=13.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,4:0,0:0,0,2,2 chr10 75620757 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=14.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr10 75632854 . G GTAGTCAATAGAGAACAACGATACTAGTAAT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=147,60;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:3,2:0,0:1,2,1,1 chr10 75672960 . CGGCCTCTGG C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=102,131;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.504:2:1,1:0,0:0|1:75672960_CGGCCTCTGG_C:75672960:1,0,0,1 chr10 75672975 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,27;MFRL=102,131;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.504:2:1,1:0,0:0|1:75672960_CGGCCTCTGG_C:75672960:1,0,0,1 chr10 75673731 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=30.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,7:0,3:0,0,7,3 chr10 75674740 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 75854211 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=105,76;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.198:18:6,0:9,3:9,6,1,2 chr10 75863750 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=9.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr10 75865065 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,5:0,2:0,0,1,6 chr10 75866929 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=17.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,5,1 chr10 75873892 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr10 75874192 . T C . . DP=10;ECNT=5;MBQ=30,26;MFRL=107,137;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=10.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,4:0.468:9:1,3:4,1:0|1:75874192_T_C:75874192:0,5,0,4 chr10 75874219 . A T . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,89;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.680:1:0,0:0,1:0|1:85984921_G_GA:85984921:0,0,0,1 chr10 85984922 . T TTTCAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,16;MFRL=0,89;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.680:1:0,0:0,0:0|1:85984921_G_GA:85984921:0,0,0,1 chr10 85992482 . G T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=34,20;MFRL=146,84;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.498:4:0,2:2,0:0,2,1,1 chr10 85992500 . G GGTTTGCTTA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=143,84;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.327:4:1,1:2,0:1,2,0,1 chr10 85994142 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,32;MFRL=257,155;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:0,2,0,2 chr10 85994191 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,207;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 85997037 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=132,90;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr10 86004945 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,21;MFRL=118,107;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:86004945_G_A:86004945:2,1,0,1 chr10 86004949 . GC G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,29;MFRL=118,107;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:86004945_G_A:86004945:2,1,0,1 chr10 86004953 . CG AA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=24,27;MFRL=118,107;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:86004945_G_A:86004945:2,1,0,1 chr10 86130999 . T G . . DP=23;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=142,130;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=7.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,4:0.209:22:13,4:4,0:9,9,0,4 chr10 86131469 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=19,33;MFRL=163,115;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:1,1:0|1:86131469_T_C:86131469:3,1,0,1 chr10 86131471 . A AG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=23,27;MFRL=163,115;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:4,1:0|1:86131469_T_C:86131469:3,1,0,1 chr10 86133761 . TTG T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=135,132;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr10 86185615 . C T . . DP=18;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=142,154;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=15.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,6:0.411:15:3,0:6,6:4,5,0,6 chr10 86185654 . T G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=36.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,5:0,5:0,0,3,7 chr10 86223795 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=128,125;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,1:2,1:0,3,0,2 chr10 86273249 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=24,32;MFRL=133,253;MMQ=60,60;MPOS=28;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.270:9:1,0:6,2:4,3,1,1 chr10 87373367 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=146,85;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.425:5:2,2:1,0:2,1,1,1 chr10 87379842 . G GTGTTCA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=196,107;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:87379842_G_GTGTTCA:87379842:0,1,0,1 chr10 87379845 . T TCAGCAGAC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=196,107;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:87379842_G_GTGTTCA:87379842:0,1,0,1 chr10 87379846 . T TCTCA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,26;MFRL=196,107;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:87379842_G_GTGTTCA:87379842:0,1,0,1 chr10 87489352 . T TCCAGCG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=139,107;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:1,0:1,3,0,1 chr10 88126056 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,66;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=15.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr10 88203180 . C CTAATAGAGAATAA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=29,32;MFRL=163,95;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:88203180_C_CTAATAGAGAATAA:88203180:0,1,0,1 chr10 88203183 . A T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,27;MFRL=163,95;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:88203180_C_CTAATAGAGAATAA:88203180:0,1,0,1 chr10 88203186 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,26;MFRL=163,95;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:88203180_C_CTAATAGAGAATAA:88203180:0,1,0,1 chr10 88203208 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 88220866 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr10 88221068 . T A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=22,22;MFRL=119,117;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=5.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:0,0:4,3:2,2,0,3 chr10 88230874 . G A . . 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T TGTTCTTCTTTCAAACATCTCCTAC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=132,94;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.488:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr10 88477980 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 88659769 . T TC . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=101,155;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,1:0.222:7:4,1:2,0:5,1,0,1 chr10 88696551 . C CAGTGGAAGG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=155,37;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0|1:88696551_C_CAGTGGAAGG:88696551:1,1,1,1 chr10 88696553 . TTG T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=155,37;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0|1:88696551_C_CAGTGGAAGG:88696551:1,1,1,1 chr10 88702236 . C T . . 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DP=10;ECNT=5;MBQ=27,20;MFRL=148,64;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:3,2:4,0:2,6,1,1 chr10 92675672 . A AC . . DP=5;ECNT=5;MBQ=28,26;MFRL=148,156;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:92675672_A_AC:92675672:2,2,0,1 chr10 92675675 . G GGCGCTC . . DP=5;ECNT=5;MBQ=33,32;MFRL=148,156;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:92675672_A_AC:92675672:2,2,0,1 chr10 92675676 . A AGGT . . DP=5;ECNT=5;MBQ=28,25;MFRL=148,156;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:92675672_A_AC:92675672:2,2,0,1 chr10 92675679 . A T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=29,22;MFRL=148,156;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:92675672_A_AC:92675672:2,2,0,1 chr10 92675857 . G A . . 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C CAAA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=33,31;MFRL=151,64;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=1,4;RU=A;STR;TLOD=6.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,0:2,1:0|1:94390144_T_C:94390144:1,1,1,1 chr10 94594416 . A AT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=138,167;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=11,12;RU=T;STR;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,1:1,1:3,0,2,0 chr10 94679720 . A G . . DP=13;ECNT=2;MBQ=29,31;MFRL=109,6405;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=14.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,4:0.357:12:6,4:1,0:0|1:94679720_A_G:94679720:7,1,0,4 chr10 94679722 . A T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=109,6405;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=14.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,4:0.357:12:7,4:1,0:0|1:94679720_A_G:94679720:7,1,0,4 chr10 94694025 . GT G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.774:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr10 94773927 . C CT . . 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DP=2;ECNT=4;MBQ=29,24;MFRL=166,118;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:95113703_TA_AT:95113703:0,1,0,1 chr10 95113708 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,21;MFRL=166,118;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:95113703_TA_AT:95113703:0,1,0,1 chr10 95113711 . T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=27,33;MFRL=166,118;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:95113703_TA_AT:95113703:0,1,0,1 chr10 95115339 . A AAAAAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=129,120;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=AAAAT;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr10 95115512 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.428:5:1,1:2,0:0|1:95115512_G_A:95115512:0,3,1,1 chr10 95115523 . G A . . 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C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,222;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 97127462 . C A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=113,104;MMQ=60,57;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.417:10:4,2:2,2:3,3,1,3 chr10 97158915 . C CATG . . DP=8;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=102,56;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.329:7:2,2:3,0:1,4,1,1 chr10 97200987 . CG TT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=166,131;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0,4,0,1 chr10 97366746 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,65;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=11.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,3:0,1:0,0,2,2 chr10 97369939 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,23;MFRL=152,105;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=8.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.499:8:2,1:2,3:3,1,1,3 chr10 97370989 . T A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=182,164;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:1,1,2,0 chr10 97392870 . A AGG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=189,100;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=G;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:97392870_A_AGG:97392870:0,1,0,1 chr10 97392874 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,33;MFRL=189,100;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:97392870_A_AGG:97392870:0,1,0,1 chr10 97397227 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=10.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,0,3 chr10 97402889 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=126,92;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.175:15:5,0:8,2:5,8,1,1 chr10 97423790 . T G . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=26,19;MFRL=55,127;MMQ=60,48;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=G;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,0:0,4,0,1 chr10 97583189 . G A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=30,22;MFRL=153,55;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:2,0:2,2:0,4,0,2 chr10 97602091 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=108,113;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=13.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.679:7:0,2:2,3:1,1,3,2 chr10 97607500 . T A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:97607500_T_A:97607500:0,0,0,1 chr10 97607502 . TA GG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:97607500_T_A:97607500:0,0,0,1 chr10 97772496 . T A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=14.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,0,5 chr10 97816420 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=15.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,5:0,0:0,0,5,0 chr10 97916569 . G GATACTACTGTGTAAGTAAAAC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=172,61;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:1,2,1,1 chr10 97920099 . T TC . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=20.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.908:8:0,2:0,6:0,0,4,4 chr10 97922098 . T TTTTTTTTCCTCACATGGTCTTG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=128,137;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr10 97923216 . C CA . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=42.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.940:14:0,6:0,8:0,0,10,4 chr10 97923366 . 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DP=12;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=119,69;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.213:12:5,0:5,2:0|1:99023347_C_T:99023347:4,6,1,1 chr10 99023355 . C CAGCAATAATACTCTTT . . DP=13;ECNT=2;MBQ=23,33;MFRL=108,69;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.224:11:3,0:5,1:0|1:99023347_C_T:99023347:3,6,1,1 chr10 99025611 . T A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=162,129;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.560:5:0,0:2,2:0,2,3,0 chr10 99080246 . CT C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=T;STR;TLOD=15.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.891:6:0,3:0,2:0,0,2,4 chr10 99081173 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=132,93;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:2,0,1,1 chr10 99116962 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr10 99123738 . CTCA C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=160,117;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:99123738_CTCA_C:99123738:1,0,0,1 chr10 99123744 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=160,117;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:99123738_CTCA_C:99123738:1,0,0,1 chr10 99133488 . T TAGCAAGCCAGGGGATGGGG . . DP=9;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=89,57;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.296:8:2,2:3,0:3,3,1,1 chr10 99133563 . C CATCAT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,17;MFRL=143,48;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,0:0,1:0|1:99133563_C_CATCAT:99133563:0,1,1,1 chr10 99133564 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,15;MFRL=143,48;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,0:0,1:0|1:99133563_C_CATCAT:99133563:0,1,1,1 chr10 99148468 . TTTGG T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,27;MFRL=87,118;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:99148468_TTTGG_T:99148468:1,0,0,1 chr10 99148475 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=87,118;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:99148468_TTTGG_T:99148468:1,0,0,1 chr10 99198402 . T TA . . DP=31;ECNT=4;MBQ=25,26;MFRL=138,122;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=9,10;RU=A;STR;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,3:0.133:28:12,2:13,1:18,7,3,0 chr10 99198507 . ATT A . . DP=23;ECNT=4;MBQ=24,28;MFRL=127,115;MMQ=46,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=20,18;RU=T;STR;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.300:11:1,1:2,2:3,5,1,2 chr10 99198571 . GC AT . . DP=7;ECNT=4;MBQ=30,23;MFRL=182,160;MMQ=56,40;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=11.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,3:0.445:7:3,3:0,0:0|1:99198571_GC_AT:99198571:0,4,0,3 chr10 99198576 . T C . . DP=7;ECNT=4;MBQ=29,26;MFRL=182,160;MMQ=56,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=11.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,3:0.445:7:3,1:0,0:0|1:99198571_GC_AT:99198571:0,4,0,3 chr10 99203064 . G T . . DP=23;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=127,52;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,2:0.121:23:6,2:14,0:7,14,1,1 chr10 99203075 . A ATCTCACAATACAGTGAAAAGAATTT . . DP=23;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=129,52;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,2:0.120:23:5,2:14,0:5,16,1,1 chr10 99203083 . A G . . DP=19;ECNT=3;MBQ=24,28;MFRL=122,160;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=11.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,5:0.286:19:5,0:9,5:4,10,0,5 chr10 99211871 . C A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr10 99225549 . TC T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,778;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=C;STR;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr10 99225738 . T A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=163,127;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=11.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.545:9:2,3:2,2:2,2,4,1 chr10 99237184 . G GCCACCCTGGCATTACGGTGATTAAGACTGTCCCTGTGCT . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=120,68;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=5.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.259:14:5,3:4,0:2,9,2,1 chr10 99238150 . CACAA C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=145,86;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,0:1,1:0|1:99238150_CACAA_C:99238150:1,0,0,1 chr10 99238155 . A ATT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,22;MFRL=145,86;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:99238150_CACAA_C:99238150:1,0,0,1 chr10 99327928 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=182,89;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:1,1,1,1 chr10 99337473 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr10 99338091 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=122,154;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.295:8:1,0:5,2:3,3,0,2 chr10 99349877 . A AGATCTAGTGTCTGCGATTAGGCAGGCTG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=117,48;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:2,1,1,1 chr10 99358511 . A G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=122,113;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=23.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.601:13:1,3:4,5:3,2,5,3 chr10 99359739 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr10 99377166 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=35,24;MFRL=179,182;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:99377166_C_A:99377166:0,1,0,1 chr10 99377170 . C CCCACCACCTTAGTGCATACAACATCA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=35,33;MFRL=179,182;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:99377166_C_A:99377166:0,1,0,1 chr10 99426975 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=16.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,0,6 chr10 99433297 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=15.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,4:0,1:0,0,4,1 chr10 99437822 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr10 99439673 . C G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,198;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 99439696 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,198;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:99439696_A_G:99439696:0,0,0,1 chr10 99439703 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,198;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:99439696_A_G:99439696:0,0,0,1 chr10 99503009 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 99503024 . T A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:99503024_T_A:99503024:0,0,0,1 chr10 99503026 . G GCT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:99503024_T_A:99503024:0,0,0,1 chr10 99508142 . C T . . DP=8;ECNT=3;MBQ=23,28;MFRL=96,138;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=8.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,3:0.444:7:3,1:1,2:0|1:99508142_C_T:99508142:2,2,1,2 chr10 99508159 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=25,32;MFRL=129,96;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:3,1:0.334:4:2,1:1,0:1|0:99508142_C_T:99508142:0,3,0,1 chr10 99508172 . A AGATGGG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,24;MFRL=134,96;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,1:0.400:3:1,1:1,0:1|0:99508142_C_T:99508142:0,2,0,1 chr10 99510068 . G T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=185,91;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.666:4:0,2:1,1:0,1,1,2 chr10 99510291 . G GTA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:99510291_G_GTA:99510291:0,0,0,1 chr10 99510296 . TGG T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,30;MFRL=148,120;MMQ=36,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:99510291_G_GTA:99510291:0,1,0,1 chr10 99510319 . G GAAAA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,148;MMQ=60,36;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:99510319_G_GAAAA:99510319:0,0,0,1 chr10 99510320 . T TGAGTTGACTGTAAATGTGTGAATTTATTTTTG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,148;MMQ=60,36;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:99510319_G_GAAAA:99510319:0,0,0,1 chr10 99511313 . G GCTCCGCAGTATTGTTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=131,118;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr10 99512602 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=119,180;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:1,3,0,1 chr10 99516955 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=133,153;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=13.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.500:10:2,3:3,2:4,1,5,0 chr10 99527617 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=150,94;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:0,2:3,0:1,2,1,1 chr10 99639573 . C T . . DP=16;ECNT=2;MBQ=27,28;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.185:14:7,2:5,0:6,6,2,0 chr10 99639605 . AGGGGGTGGGGACGGGGT A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.524:2:0,0:1,1:1,0,0,1 chr10 99640009 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=0,74;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,2:0,0:1,1,1,1 chr10 99640044 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=163,73;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.603:3:1,2:0,0:0,1,1,1 chr10 99655229 . CAGGGAGCCAGGGAGGACGGGAGGGGGAG C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.700:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 99661397 . C T . . DP=15;ECNT=4;MBQ=32,20;MFRL=102,58;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.186:14:5,0:7,2:4,8,1,1 chr10 99661411 . G GCAAGGA . . DP=11;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=131,58;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:3,0:4,2:0|1:99661411_G_GCAAGGA:99661411:0,9,1,1 chr10 99661413 . T TCCACTGGCATAGACCATGC . . DP=9;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=131,58;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,0:3,2:0|1:99661411_G_GCAAGGA:99661411:0,7,1,1 chr10 99661431 . G GTGTAGTTGC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=33,31;MFRL=133,158;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr10 99664579 . GG TT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=35,26;MFRL=83,190;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:99664579_GG_TT:99664579:1,1,0,1 chr10 99664582 . G C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=34,34;MFRL=83,190;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:99664579_GG_TT:99664579:1,1,0,1 chr10 99664595 . T C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:99664595_T_C:99664595:0,0,0,1 chr10 99664598 . G GGACTCCGGCCCACCTCGGA . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:99664595_T_C:99664595:0,0,0,1 chr10 99664602 . G T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:99664595_T_C:99664595:0,0,0,1 chr10 99667740 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=140,108;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.603:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr10 99682981 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,60;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr10 100011407 . TA AC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=135,91;MMQ=60,54;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:1,0,0,2 chr10 100015516 . CAC TTG . . 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DP=15;ECNT=1;MBQ=22,20;MFRL=92,70;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.234:15:7,3:5,0:7,5,2,1 chr10 101731810 . A ACTTCCCAC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=125,112;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:2,0,0,1 chr10 101808430 . TGG ACA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=25,29;MFRL=130,121;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:101808430_TGG_ACA:101808430:2,0,1,0 chr10 101808434 . T A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=24,30;MFRL=130,121;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:101808430_TGG_ACA:101808430:2,0,1,0 chr10 101808444 . G A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=129,121;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:101808430_TGG_ACA:101808430:2,1,1,0 chr10 101808448 . A T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=27,28;MFRL=129,121;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:101808430_TGG_ACA:101808430:2,1,1,0 chr10 101841153 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=9.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.831:4:0,1:0,2:0,0,2,2 chr10 101914570 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=140,152;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,2:4,0:4,1,0,2 chr10 101939058 . T TGTCTGTACTTTTTGGTCAATTTC . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=149,47;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:0,2,1,1 chr10 101943508 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=142,431;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:5,2:8,0:8,5,1,1 chr10 101953275 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 101953705 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=157,140;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=10.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.661:7:2,1:0,2:2,0,4,1 chr10 101961804 . C T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=123,86;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:0,0:5,2:0|1:101961804_C_T:101961804:3,2,2,0 chr10 101961822 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=123,86;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:0,0:6,2:0|1:101961804_C_T:101961804:3,3,2,0 chr10 101980442 . AGT A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,27;MFRL=129,195;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:101980442_AGT_A:101980442:1,0,0,1 chr10 101980445 . T TAA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,29;MFRL=129,195;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:101980442_AGT_A:101980442:1,0,0,1 chr10 101980454 . A C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,32;MFRL=129,195;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:101980442_AGT_A:101980442:1,2,0,1 chr10 101980455 . C CTAGTTTCT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,32;MFRL=129,195;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:101980442_AGT_A:101980442:1,2,0,1 chr10 101980459 . A G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=0,20;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.810:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr10 101992923 . TAAA T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=24,27;MFRL=173,156;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=14,11;RU=A;STR;TLOD=4.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.587:3:0,2:1,0:1,0,2,0 chr10 101993156 . A AAAGGTCTGT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=25,26;MFRL=149,118;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0,3,0,1 chr10 101993190 . ACC A . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=21,26;MFRL=84,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:102306360_TG_CT:102306360:0,1,0,1 chr10 102506072 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=140,84;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:3,2:2,0:4,1,0,2 chr10 102510598 . C CTCAAGT,CATAGCTGCCATA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30,31;MFRL=0,100,94;MMQ=60,60,60;MPOS=1,1;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.79,3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,1:0.400,0.400:2:0,0,1:0,1,0:0,0,0,2 chr10 102539393 . G GT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=219,89;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:102539393_G_GT:102539393:0,1,0,1 chr10 102539394 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=219,89;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:102539393_G_GT:102539393:0,1,0,1 chr10 102541150 . C T . . 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G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,18;MFRL=0,63;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.744:2:0,1:0,0:0,0,1,1 chr10 102676711 . GAGGCAAAACCAATGCAGACTCCAAAAAGCAGACCACAGTGGCAGAAGCTGACATCTTCAATAACAGCTCCAGAAGCCTTAGCAGCAGGAGCAGCCTGTCC G . . DP=42;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=126,190;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:40,2:0.068:42:9,2:6,0:21,19,1,1 chr10 102685975 . A AGG . . DP=6;ECNT=6;MBQ=25,24;MFRL=162,119;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,2:1,0:0|1:102685975_A_AGG:102685975:0,4,0,2 chr10 102685976 . A AG . . DP=6;ECNT=6;MBQ=26,25;MFRL=162,119;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,1:1,0:0|1:102685975_A_AGG:102685975:0,4,0,2 chr10 102685981 . A G . . DP=5;ECNT=6;MBQ=25,28;MFRL=162,99;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:102685975_A_AGG:102685975:0,4,0,1 chr10 102685987 . GC AT . . DP=4;ECNT=6;MBQ=30,22;MFRL=137,198;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.334:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr10 102686001 . G GACCA . . DP=2;ECNT=6;MBQ=30,32;MFRL=256,187;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:102686001_G_GACCA:102686001:0,1,0,1 chr10 102686003 . C CCTCGCTAACATGG . . DP=2;ECNT=6;MBQ=31,30;MFRL=256,187;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:102686001_G_GACCA:102686001:0,1,0,1 chr10 102689217 . T C . . DP=22;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=119,114;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=38.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,14:0.683:20:1,9:5,5:1,5,5,9 chr10 102689504 . G A . . 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DP=18;ECNT=1;MBQ=23,28;MFRL=79,121;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=15,16;RU=T;STR;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.622:8:1,2:2,1:2,1,1,4 chr10 102739841 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=167,147;MMQ=27,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.333:10:6,2:1,1:3,4,3,0 chr10 102740787 . G GTAC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:102740787_G_GTAC:102740787:0,0,0,1 chr10 102740788 . G GTATATGTTTGTA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:102740787_G_GTAC:102740787:0,0,0,1 chr10 102746231 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=20,23;MFRL=113,130;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=24.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,10:0.648:15:3,4:2,6:2,3,7,3 chr10 102748859 . C T . . DP=21;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=95,114;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,2:0.136:20:13,0:5,2:4,14,0,2 chr10 102749482 . G T . . DP=13;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=131,46;MMQ=60,54;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:3,2:8,0:0|1:102749482_G_T:102749482:6,5,1,1 chr10 102749483 . T TA . . DP=13;ECNT=4;MBQ=24,20;MFRL=131,46;MMQ=60,54;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:3,2:8,0:0|1:102749482_G_T:102749482:6,5,1,1 chr10 102749485 . G GGTTGTGC . . DP=13;ECNT=4;MBQ=31,20;MFRL=131,46;MMQ=60,54;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:3,2:8,0:0|1:102749482_G_T:102749482:6,5,1,1 chr10 102749489 . C CTGGCACTTGAGTTTGGATGCATG . . DP=12;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=141,46;MMQ=60,54;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:4,2:6,0:0|1:102749482_G_T:102749482:5,5,1,1 chr10 102771961 . C CTCCGCTTTA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.679:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 102775662 . G GTGCAGTTACGTGCTAGA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 102777768 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=10.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr10 102780312 . G T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=35,28;MFRL=151,155;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:1,0,2,0 chr10 102780354 . TG T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=28,27;MFRL=76,136;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=G;STR;TLOD=13.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:3,3:1,2:1,3,3,2 chr10 102783678 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,23;MFRL=91,109;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:3,2:0,2:1,2,2,2 chr10 102783775 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=111,116;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr10 102783908 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 102789704 . A AACC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,10;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.683:1:0,0:0,0:0|1:102789704_A_AACC:102789704:0,0,1,0 chr10 102789710 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,34;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:102789704_A_AACC:102789704:0,0,1,0 chr10 102789714 . T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,33;MFRL=418,145;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:102789704_A_AACC:102789704:0,1,1,0 chr10 102789720 . A C . . 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G GCCATGGT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=155,97;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr10 103904763 . TC T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=78,143;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=8,7;RU=C;STR;TLOD=16.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.618:13:2,4:2,3:2,3,5,3 chr10 103906892 . ACCCTG A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=160,45;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:0|1:103906892_ACCCTG_A:103906892:1,4,1,1 chr10 103906900 . G A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=152,45;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:0|1:103906892_ACCCTG_A:103906892:1,3,1,1 chr10 103919838 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr10 103920809 . A G . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=176,113;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:2,0,1,1 chr10 104118273 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=122,103;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=12.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.582:10:3,6:1,0:3,1,3,3 chr10 104121674 . T A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,24;MFRL=68,120;MMQ=60,59;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,0:0,2:2,1,0,2 chr10 104127171 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=12.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,3,1 chr10 104128954 . T A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=28.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,5:0,4:0,0,7,2 chr10 104129551 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=33,23;MFRL=142,104;MMQ=60,48;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.363:9:2,3:4,0:1,5,3,0 chr10 104130666 . G GAAATC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=156,136;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr10 104139796 . GAGATGCACT G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:104139796_GAGATGCACT_G:104139796:0,0,0,1 chr10 104139809 . GG CC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:104139796_GAGATGCACT_G:104139796:0,0,0,1 chr10 104142098 . G T . . DP=8;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=127,42;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.329:7:3,2:2,0:0|1:104142098_G_T:104142098:1,4,1,1 chr10 104142099 . G GCACCAACAAAC . . DP=7;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=127,42;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:0|1:104142098_G_T:104142098:1,4,1,1 chr10 104142101 . C CTGCTAATT . . 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T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=10.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.839:4:0,1:0,2:0,0,4,0 chr10 104163041 . C CG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=84,0;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:1,0,1,0 chr10 104183580 . C CT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=135,51;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:104183580_C_CT:104183580:1,3,0,1 chr10 104183581 . A AACCT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=135,51;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:104183580_C_CT:104183580:1,3,0,1 chr10 104183586 . T C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=135,51;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:104183580_C_CT:104183580:1,3,0,1 chr10 104184189 . T C . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr10 104250488 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=152,147;MMQ=60,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr10 104264107 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=32.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.938:14:0,5:0,6:0,0,9,5 chr10 104357068 . G T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=34,17;MFRL=140,65;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,1:0,0:0|1:104357068_G_T:104357068:1,0,1,1 chr10 104357070 . AT CC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=140,65;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0|1:104357068_G_T:104357068:1,0,1,1 chr10 104357074 . C CTGTTAAAACCCAAATCTGGTACT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,32;MFRL=140,65;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:104357068_G_T:104357068:1,0,0,1 chr10 104387019 . T C . . DP=9;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=24.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,3:0,4:0,0,1,7 chr10 104387078 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,34;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:104387078_A_C:104387078:0,0,0,1 chr10 104387080 . G GCGT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:104387078_A_C:104387078:0,0,0,1 chr10 104387082 . A AGTGTCTG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:104387078_A_C:104387078:0,0,0,1 chr10 104389932 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=17.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,0,5 chr10 104415093 . CT C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=136,99;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=17.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,9:0.586:15:4,5:2,4:1,5,4,5 chr10 104415810 . GCTCTCCCTGGA G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=132,166;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=19.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:2,3:1,2:3,1,5,0 chr10 104449586 . CA C . . DP=22;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=137,132;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=A;STR;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,3:0.182:20:7,2:9,1:15,2,3,0 chr10 104459079 . TAA T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=27.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,3:0,4:0,0,6,1 chr10 104474046 . CCCT C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=114,154;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=CCT;STR;TLOD=20.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.769:6:0,1:1,4:0,1,1,4 chr10 104486304 . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr10 104492707 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=21.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,3,3 chr10 104493444 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=23,31;MFRL=120,123;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=5.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.430:7:3,0:1,2:1,3,0,3 chr10 104497545 . C T . . DP=5;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=192,90;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.325:4:2,0:1,1:0|1:104497545_C_T:104497545:0,3,0,1 chr10 104497555 . A C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=25,34;MFRL=150,90;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:104497545_C_T:104497545:0,2,0,1 chr10 104497557 . T TCTC . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.744:2:0,0:0,1:0,0,2,0 chr10 104660256 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=124,168;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:1,0,2,0 chr10 104814255 . T TGTAAAAAGAA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 104836940 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=11.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr10 104849429 . TT CA . . DP=29;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=122,90;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:26,2:0.100:28:11,0:11,2:10,16,1,1 chr10 104849435 . TTCC T . . DP=29;ECNT=3;MBQ=29,23;MFRL=126,106;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=TCC;STR;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,2:0.144:18:8,0:8,2:4,12,1,1 chr10 104849468 . G A . . 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DP=9;ECNT=3;MBQ=34,33;MFRL=142,137;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=9,10;RU=A;STR;TLOD=3.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:3,2:3,0:3,3,1,1 chr10 104857205 . GA G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=34,32;MFRL=141,142;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=10.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:0,1:3,2:0,3,0,3 chr10 104857218 . A C . . DP=8;ECNT=3;MBQ=26,32;MFRL=141,146;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=15.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.600:8:0,2:3,3:0,3,0,5 chr10 104857234 . C A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,24;MFRL=150,162;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:0,1:2,2:0,2,0,3 chr10 105005926 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=22,30;MFRL=113,118;MMQ=60,52;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=10.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.501:8:2,3:2,1:2,2,4,0 chr10 105007471 . T TA . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=14,15;RU=A;STR;TLOD=18.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,10:0.845:11:1,3:0,6:1,0,7,3 chr10 105007800 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=138,34;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,2:1,0:1,2,0,2 chr10 105073913 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=156,92;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:2,0,1,1 chr10 105139798 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=113,113;MMQ=48,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=11.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.385:11:6,0:1,4:1,6,0,4 chr10 105144986 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,196;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr10 105147098 . A T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=135,128;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.247:10:5,0:3,2:2,6,1,1 chr10 105174831 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=102,40;MMQ=60,42;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.230:11:4,0:4,2:0|1:105174831_C_T:105174831:4,5,1,1 chr10 105174837 . AT A . . 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DP=20;ECNT=2;MBQ=21,25;MFRL=174,131;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=23.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,15:0.883:16:1,6:0,7:0,1,2,13 chr10 105777912 . T A . . DP=23;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=127,98;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=6.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,4:0.199:23:7,4:12,0:10,9,4,0 chr10 105778090 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=149,145;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,5:0.379:13:4,0:4,3:1,7,0,5 chr10 105792077 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=94,106;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=14.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.668:7:0,5:2,0:1,1,3,2 chr10 105793173 . T G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 105795376 . C CTATG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=119,89;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:105795376_C_CTATG:105795376:0,1,0,1 chr10 105795379 . A AGTGTATGGGAGTGAGTGTGAGTGGGAGT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=21,25;MFRL=119,89;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:105795376_C_CTATG:105795376:0,1,0,1 chr10 105796399 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr10 105796449 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 105796738 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=15.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.879:6:0,5:0,0:0,0,5,1 chr10 105797378 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=142,155;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:0,1:4,2:3,1,2,1 chr10 105803641 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=98,82;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.362:9:4,2:2,0:1,5,3,0 chr10 105805436 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr10 105806592 . C CCATTCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=134,132;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr10 105812765 . G T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=101,146;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:7,1:2,1:5,4,2,0 chr10 105816685 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr10 105820113 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,289;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:105820113_G_A:105820113:0,0,0,1 chr10 105820118 . G A . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=137,162;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=15.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.754:6:1,2:0,3:0,1,3,2 chr10 118893672 . G T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=127,138;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:118893672_G_T:118893672:0,3,0,1 chr10 118893674 . C G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,32;MFRL=127,138;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:118893672_G_T:118893672:0,3,0,1 chr10 118960802 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 118969169 . T TA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=91,90;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.497:2:0,0:1,1:0|1:118969169_T_TA:118969169:0,1,0,1 chr10 118969182 . T TCCA . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=13,34;MFRL=77,147;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=14.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.758:5:0,2:0,2:0,1,4,0 chr10 119027123 . C A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=21.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,5:0,2:0,0,6,1 chr10 119029515 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=102,132;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,1:0,1:2,0,2,0 chr10 119029744 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=15.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,4:0,1:0,0,1,5 chr10 119042761 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=14.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,4,1 chr10 119043327 . TGGG T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=203,59;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.497:4:0,1:2,1:1,1,0,2 chr10 119044617 . G A . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,258;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 121435955 . A C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=35.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,7:0,3:0,0,8,3 chr10 121557940 . CTT C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,35;MFRL=165,176;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr10 121566046 . C CCTTTTAGCA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=150,126;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0,2,0,1 chr10 121566049 . T TTAAGTATAAAATCCACC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=144,126;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr10 121579164 . TT GA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=93,206;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:121579164_TT_GA:121579164:0,1,0,1 chr10 121579167 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=93,206;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:121579164_TT_GA:121579164:0,1,0,1 chr10 121580470 . T TATG . . DP=14;ECNT=2;MBQ=26,18;MFRL=120,61;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.226:11:4,1:5,0:0|1:121580470_T_TATG:121580470:2,7,1,1 chr10 121580477 . G C . . DP=11;ECNT=2;MBQ=26,23;MFRL=120,61;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:4,1:5,0:0|1:121580470_T_TATG:121580470:2,7,1,1 chr10 121582084 . ATTTAAGCAAGAACCTGG A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=125,150;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.334:4:0,0:1,1:0,3,0,1 chr10 121586195 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=140,139;MMQ=60,59;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.332:10:3,3:4,0:3,4,3,0 chr10 121596521 . G A . . 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DP=10;ECNT=2;MBQ=27,24;MFRL=146,109;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=8,7;RU=T;STR;TLOD=13.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.701:8:0,3:2,2:0,2,0,6 chr10 123724948 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,32;MFRL=171,69;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=8.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:0,1:2,2:0,2,0,3 chr10 123843357 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=132,150;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,1:1,1:3,0,1,1 chr10 123892060 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=8.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr10 123892309 . TTCCCCCGCTCCCCTC T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=134,151;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.335:4:1,1:0,0:0,3,0,1 chr10 123954665 . G GGAGTTCGAGACCAGCCTGGC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=147,109;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.324:4:2,1:1,0:1,2,0,1 chr10 124001601 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=13,28;MFRL=137,118;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:124001601_T_A:124001601:0,1,0,1 chr10 124001604 . G GGTGGTAATGTTCCAAGAGCC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,32;MFRL=137,118;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:124001601_T_A:124001601:0,1,0,1 chr10 124008333 . G GAGACCAGCCTGACAAACGT . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=122,63;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0,4,1,1 chr10 124013672 . CGTATGCACTACTGTA C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,30;MFRL=132,124;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.335:4:2,1:1,0:0|1:124013672_CGTATGCACTACTGTA_C:124013672:0,3,0,1 chr10 124013680 . C CGCTG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=29,24;MFRL=153,132;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.497:2:1,0:0,1:1|0:124013672_CGTATGCACTACTGTA_C:124013672:0,1,0,1 chr10 124034528 . G T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=27.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.921:10:0,8:0,2:0,0,5,5 chr10 124034703 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=9.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr10 124036226 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=9.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr10 124036494 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=16.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,1,4 chr10 124036543 . C G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,60;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=13.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr10 124045771 . C A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=23,19;MFRL=113,103;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:2,0:3,1,0,1 chr10 124045854 . C G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 124049367 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=122,112;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.598:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr10 124066652 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=37.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,6:0,6:0,0,11,1 chr10 124091921 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr10 124097427 . G T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=11.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr10 124157385 . T C . . DP=18;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=139,144;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=12.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.373:14:3,3:6,2:6,3,2,3 chr10 124175273 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0|1:124175273_G_A:124175273:0,0,1,0 chr10 124175278 . AT A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=185,262;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1|0:124175273_G_A:124175273:1,0,1,0 chr10 124183687 . GTTT G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,33;MFRL=156,120;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=22,19;RU=T;STR;TLOD=3.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.502:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr10 124183732 . T C . . DP=19;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=34.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.938:12:0,4:0,7:0,0,6,6 chr10 124216384 . C CTA . . DP=15;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=105,124;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=17.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.437:14:4,2:4,4:4,4,4,2 chr10 124248612 . AGTGTCACT A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=371,224;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.506:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr10 124266991 . GTTGT G . . DP=23;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=TTGT;STR;TLOD=35.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.939:11:0,9:0,2:0,0,2,9 chr10 124269616 . A G . . DP=7;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=150,41;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0|1:124269616_A_G:124269616:3,2,1,1 chr10 124269618 . C G . . DP=7;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=150,41;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:2,0:0|1:124269616_A_G:124269616:3,2,1,1 chr10 124269620 . A AAACAGGTGTTAAAAGGTT . . DP=9;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=150,41;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.326:7:2,2:3,0:0|1:124269616_A_G:124269616:3,2,1,1 chr10 124271589 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=39.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,9:0.909:9:0,4:0,5:0|1:124271589_G_A:124271589:0,0,4,5 chr10 124271595 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=39.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,9:0.909:9:0,4:0,5:0|1:124271589_G_A:124271589:0,0,4,5 chr10 124320194 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=25.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.897:7:0,4:0,3:0,0,7,0 chr10 124325409 . T G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=10.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr10 124325569 . A G . . 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DP=19;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=127,99;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,5:0.283:19:9,4:5,1:8,6,3,2 chr10 124331722 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=9.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr10 124331944 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=11.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0|1:124331944_C_T:124331944:0,0,0,3 chr10 124331957 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:124331944_C_T:124331944:0,0,0,2 chr10 124331963 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:124331944_C_T:124331944:0,0,0,2 chr10 124333308 . G A . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=145,155;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:2,1:2,2:4,0,3,0 chr10 124402944 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr10 124594153 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,33;MFRL=190,130;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=24.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,7:0.800:8:0,6:1,1:1,0,7,0 chr10 124692182 . A AGTC . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:124692182_A_AGTC:124692182:0,0,0,1 chr10 124692183 . A AAC . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:124692182_A_AGTC:124692182:0,0,0,1 chr10 124692186 . A G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:124692182_A_AGTC:124692182:0,0,0,1 chr10 124692190 . T A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:124692182_A_AGTC:124692182:0,0,0,1 chr10 124697198 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr10 124711632 . T A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=9.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr10 124742586 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=14.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,4:0,1:0,0,0,5 chr10 124746801 . T G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=20.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,2:0,0,6,0 chr10 124804081 . T TAGGGGTC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:124804081_T_TAGGGGTC:124804081:0,0,0,1 chr10 124804083 . T A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:124804081_T_TAGGGGTC:124804081:0,0,0,1 chr10 124804085 . G GTT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:124804081_T_TAGGGGTC:124804081:0,0,0,1 chr10 124810684 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=95,116;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=12.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,5:0.333:16:7,0:4,5:6,5,0,5 chr10 124812487 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr10 124909209 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=153,140;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.574:5:2,2:0,0:1,1,1,2 chr10 124909444 . G C . . DP=7;ECNT=3;MBQ=29,16;MFRL=127,49;MMQ=60,37;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,0:2,1:0|1:124909444_G_C:124909444:3,2,1,1 chr10 124909445 . GC G . . DP=8;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=140,49;MMQ=60,37;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,0:2,2:0|1:124909444_G_C:124909444:3,3,1,1 chr10 124909454 . G C . . DP=9;ECNT=3;MBQ=32,22;MFRL=149,49;MMQ=60,37;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.272:9:2,0:4,1:0|1:124909444_G_C:124909444:4,3,1,1 chr10 124909685 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 124922328 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=111,187;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.190:19:4,3:12,0:4,12,0,3 chr10 125447528 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=94,53696190;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,0:3,2:4,1,2,0 chr10 125516929 . C CAATGGAATGGAATCATCCGTAATGGAAT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=126,113;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:4,1:0,0:0,4,0,1 chr10 125521721 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr10 125526689 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,24;MFRL=119,117;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:0,2:1,1:0,1,1,2 chr10 125528164 . CCAG C . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:125639661_T_TGGGGGGGG:125639661:0,0,1,0 chr10 125639662 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,16;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:125639661_T_TGGGGGGGG:125639661:0,0,1,0 chr10 125639666 . A C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,12;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:125639661_T_TGGGGGGGG:125639661:0,0,1,0 chr10 125650793 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr10 125769728 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=110,123;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=14.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.584:10:3,5:1,1:2,2,2,4 chr10 125780752 . CG C . . 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DP=4;ECNT=4;MBQ=33,26;MFRL=143,78;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:126515295_CT_GA:126515295:1,2,0,1 chr10 126515304 . C T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=33,28;MFRL=143,78;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:126515295_CT_GA:126515295:1,2,0,1 chr10 126515308 . A C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=27,32;MFRL=134,78;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:4,1:0|1:126515295_CT_GA:126515295:1,3,0,1 chr10 126515418 . T C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,33;MFRL=135,127;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0|1:126515418_T_C:126515418:0,2,0,2 chr10 126515420 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,30;MFRL=127,143;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:2,1:0|1:126515418_T_C:126515418:0,3,0,1 chr10 126515421 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,26;MFRL=143,110;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:126515418_T_C:126515418:0,3,0,1 chr10 126519851 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=136,134;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:1,0,2,0 chr10 126631909 . G GT . . DP=6;ECNT=5;MBQ=26,20;MFRL=83,63;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,2:3,0:0|1:126631909_G_GT:126631909:2,2,1,1 chr10 126631910 . A C . . DP=6;ECNT=5;MBQ=20,20;MFRL=83,63;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,2:2,0:0|1:126631909_G_GT:126631909:2,2,1,1 chr10 126631913 . G GT . . DP=6;ECNT=5;MBQ=32,20;MFRL=83,63;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,2:2,0:0|1:126631909_G_GT:126631909:2,2,1,1 chr10 126631914 . G C . . 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T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:126672325_T_TCTGTACCCAGC:126672325:0,0,0,1 chr10 126678045 . GG CT . . DP=6;ECNT=4;MBQ=32,35;MFRL=117,152;MMQ=27,25;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.250:6:1,1:3,0:5,0,1,0 chr10 126678122 . GT G . . DP=16;ECNT=4;MBQ=31,33;MFRL=123,152;MMQ=27,25;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=T;STR;TLOD=9.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,3:0.282:12:4,2:5,1:0|1:126678122_GT_G:126678122:2,7,1,2 chr10 126678128 . T A . . DP=12;ECNT=4;MBQ=29,29;MFRL=123,152;MMQ=27,25;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=10.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,3:0.286:12:4,2:4,1:0|1:126678122_GT_G:126678122:2,7,1,2 chr10 126678147 . C T . . DP=8;ECNT=4;MBQ=28,29;MFRL=150,151;MMQ=27,37;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:4,1:2,1:1,5,1,1 chr10 126681215 . CG C . . 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DP=15;ECNT=15;MBQ=30,22;MFRL=90,98;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:5,0:8,1:7,6,1,1 chr10 126691617 . C T . . DP=14;ECNT=15;MBQ=28,27;MFRL=71,92;MMQ=60,51;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=31.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,8:0.563:14:2,3:4,5:2,4,5,3 chr10 126691631 . T A . . DP=6;ECNT=15;MBQ=26,28;MFRL=132,94;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=20.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,5:0.750:6:1,3:0,2:0|1:126691631_T_A:126691631:1,0,4,1 chr10 126691634 . T A . . DP=7;ECNT=15;MBQ=27,28;MFRL=132,94;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=20.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,5:0.754:6:1,3:0,2:0|1:126691631_T_A:126691631:1,0,4,1 chr10 126691660 . G A . . DP=6;ECNT=15;MBQ=31,27;MFRL=132,79;MMQ=60,43;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.487:6:1,1:2,1:3,0,3,0 chr10 126692066 . C A . . 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DP=10;ECNT=8;MBQ=28,31;MFRL=130,96;MMQ=60,27;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=17.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.504:10:2,2:3,3:1,4,2,3 chr10 126727635 . C A . . DP=10;ECNT=8;MBQ=30,25;MFRL=112,98;MMQ=59,38;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=8.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.416:10:2,2:4,2:2,4,1,3 chr10 126727690 . T C . . DP=2;ECNT=8;MBQ=0,28;MFRL=0,128;MMQ=60,24;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=7.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr10 126727702 . C T . . DP=2;ECNT=8;MBQ=27,31;MFRL=125,130;MMQ=27,21;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:126727702_C_T:126727702:0,1,0,1 chr10 126727711 . C T . . DP=2;ECNT=8;MBQ=25,30;MFRL=125,130;MMQ=27,21;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:126727702_C_T:126727702:0,1,0,1 chr10 126727725 . CTG C . . DP=1;ECNT=8;MBQ=0,33;MFRL=0,130;MMQ=60,21;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 127426430 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=10.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr10 127426588 . C A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=32.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,8:0,3:0,0,1,10 chr10 127426835 . G T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=36.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.935:13:0,11:0,2:0,0,8,5 chr10 127436411 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,74;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=22.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.899:8:0,4:0,3:0,0,5,3 chr10 127441573 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,192;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr10 127460952 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=26.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,8:0,1:0,0,3,6 chr10 127461180 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=91,107;MMQ=60,59;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.249:10:5,0:3,2:6,2,0,2 chr10 127461333 . G T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,14;MFRL=118,126;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,0:0|1:127461333_G_T:127461333:0,3,0,1 chr10 127461356 . A AGGGTGGGAGACGGT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:127461333_G_T:127461333:0,0,0,1 chr10 127483573 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=12.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.855:5:0,2:0,2:0,0,0,5 chr10 127484617 . C G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=10.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr10 127484653 . G A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=17.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,2:0,4:0,0,5,1 chr10 127484781 . A AGGAATTGGAATCCAATGAGATT . . DP=8;ECNT=2;MBQ=23,26;MFRL=126,111;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.266:5:3,1:1,0:0|1:127484781_A_AGGAATTGGAATCCAATGAGATT:127484781:1,3,0,1 chr10 127484784 . C G . . DP=8;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=126,111;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.266:5:3,1:1,0:0|1:127484781_A_AGGAATTGGAATCCAATGAGATT:127484781:1,3,0,1 chr10 127500718 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=14.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,3,1 chr10 127504671 . A T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr10 127515069 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr10 127522572 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=21.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,0,6 chr10 127524612 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=13.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,4,1 chr10 127541272 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=25,34;MFRL=149,236;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr10 127541805 . T TTAAATTATTTATAAGA . . DP=11;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=149,56;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.247:10:6,0:2,2:0|1:127541805_T_TTAAATTATTTATAAGA:127541805:1,7,1,1 chr10 127541806 . 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GC TT . . DP=22;ECNT=2;MBQ=34,24;MFRL=103,105;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=50.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,13:0.609:21:6,8:2,5:6,2,8,5 chr10 134151034 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,33;MFRL=146,155;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,1:3,1:4,1,0,2 chr10 134151288 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr10 134165291 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=142,158;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:0,2,0,2 chr10 134219471 . C T . . DP=18;ECNT=2;MBQ=30,24;MFRL=118,95;MMQ=60,25;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:9,2:7,0:0|1:134219471_C_T:134219471:12,4,2,0 chr10 134219473 . T G . . 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DP=1;ECNT=6;MBQ=0,27;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:134624285_C_T:134624285:0,0,0,1 chr10 134624297 . AC A . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,27;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:134624285_C_T:134624285:0,0,0,1 chr10 134624299 . A T . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,31;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:134624285_C_T:134624285:0,0,0,1 chr10 134626256 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr10 134649020 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 134664845 . C CAGGAGGA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:134664845_C_CAGGAGGA:134664845:0,0,0,1 chr10 134664846 . T TGTGAGGAGAGAGTCACAAG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:134664845_C_CAGGAGGA:134664845:0,0,0,1 chr10 134691641 . C CCACATGCAGGCA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=114,118;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:134691641_C_CCACATGCAGGCA:134691641:0,2,0,1 chr10 134691646 . C CCATT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=29,29;MFRL=114,118;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:134691641_C_CCACATGCAGGCA:134691641:0,2,0,1 chr10 134691661 . TC AG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,24;MFRL=156,112;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:134691661_TC_AG:134691661:1,0,0,1 chr10 134691665 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,24;MFRL=156,112;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:134691661_TC_AG:134691661:1,0,0,1 chr10 134698597 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=132,102;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,0:0,2:3,0,1,1 chr10 134726088 . CCT C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=CT;STR;TLOD=3.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr10 134726783 . A AACTCCATCT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=151,131;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0,3,0,1 chr10 134730277 . A ACTCTC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:134730277_A_ACTCTC:134730277:0,0,0,1 chr10 134730279 . T TTCTCCTCTAAACAA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:134730277_A_ACTCTC:134730277:0,0,0,1 chr10 134735731 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=0,52;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,3:2,0:1,2,1,2 chr10 134742993 . A ACTCCTCACACAG . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=127,67;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:4,2:1,0:3,2,1,1 chr10 134748368 . TAG T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=23,25;MFRL=122,104;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:1,3,1,0 chr10 134754642 . C CT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,30;MFRL=152,131;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:134754642_C_CT:134754642:0,1,0,1 chr10 134754643 . C CTT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,30;MFRL=152,131;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:134754642_C_CT:134754642:0,1,0,1 chr10 134754674 . CA C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,29;MFRL=172,152;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:134754674_CA_C:134754674:0,1,0,1 chr10 134754676 . C T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,27;MFRL=172,152;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:134754674_CA_C:134754674:0,1,0,1 chr10 134755298 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr10 134980918 . C T . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=24.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.878:6:0,1:0,2:0,0,5,1 chr10 135107142 . GGTCCACGAGGAAGGTCCGGCTCTGCCTCCCAGCCAGGGGCTGAGCACTGACGTACCTCCC G . . DP=30;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=120,41;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=5.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,2:0.128:23:7,0:3,2:11,10,1,1 chr10 135107230 . GTCCTCCA G . . DP=16;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=114,50;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.167:16:4,2:10,0:7,7,1,1 chr10 135140300 . A G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,17;MFRL=129,174;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:135140300_A_G:135140300:1,0,1,0 chr10 135140302 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,11;MFRL=129,174;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:135140300_A_G:135140300:1,0,1,0 chr10 135140304 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,12;MFRL=129,174;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:135140300_A_G:135140300:1,0,1,0 chr10 135140313 . A C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=21,33;MFRL=117,174;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:135140300_A_G:135140300:2,0,1,0 chr10 135141454 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=105,66;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.307:11:4,0:4,3:3,5,2,1 chr10 135141538 . A T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=25,13;MFRL=114,201;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:135141538_A_T:135141538:0,1,0,1 chr10 135141545 . C G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,16;MFRL=0,201;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:135141538_A_T:135141538:0,0,0,1 chr10 135141552 . C G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,16;MFRL=0,201;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:135141538_A_T:135141538:0,0,0,1 chr10 135141559 . C G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,16;MFRL=187,201;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:135141538_A_T:135141538:0,1,0,1 chr10 135141572 . G T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,30;MFRL=0,194;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr10 135160950 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=31.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,6:0,5:0,0,5,7 chr10 135163597 . A T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=18,24;MFRL=102,74;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=8.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.522:8:0,0:2,4:3,1,1,3 chr10 135164990 . C CAG . . 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DP=9;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=80,42;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.298:8:3,2:2,0:0|1:208927_T_G:208927:3,3,1,1 chr11 208929 . CA TG . . DP=8;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=80,42;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:0|1:208927_T_G:208927:3,3,1,1 chr11 208932 . CC GT . . DP=8;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=80,42;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,2:3,0:0|1:208927_T_G:208927:3,3,1,1 chr11 211272 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=35,25;MFRL=140,88;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=8.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:0,1:5,2:0,5,3,1 chr11 224340 . A AGAACACAATGTCGGGCTTC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=22,20;MFRL=146,40;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr11 230368 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=18.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,5,1 chr11 244106 . A G . . DP=18;ECNT=7;MBQ=20,32;MFRL=120,130;MMQ=60,60;MPOS=9;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,4:0.250:18:8,1:4,3:0|1:244106_A_G:244106:6,8,3,1 chr11 244108 . A G . . DP=19;ECNT=7;MBQ=23,32;MFRL=122,130;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,4:0.248:19:9,1:4,3:0|1:244106_A_G:244106:7,8,3,1 chr11 244115 . G A . . DP=17;ECNT=7;MBQ=29,28;MFRL=117,130;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,4:0.275:17:7,1:4,3:0|1:244106_A_G:244106:6,7,3,1 chr11 244129 . C T . . DP=19;ECNT=7;MBQ=25,25;MFRL=103,132;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=10.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,5:0.335:16:7,1:3,4:5,6,4,1 chr11 244141 . G A . . DP=21;ECNT=7;MBQ=30,28;MFRL=120,130;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=7.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,4:0.227:20:8,1:7,3:9,7,2,2 chr11 244167 . C T . . DP=17;ECNT=7;MBQ=29,22;MFRL=103,127;MMQ=60,60;MPOS=5;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,5:0.315:17:4,2:7,3:0|1:244167_C_T:244167:6,6,1,4 chr11 244171 . T C . . DP=16;ECNT=7;MBQ=21,35;MFRL=103,130;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,4:0.277:16:5,1:7,2:0|1:244167_C_T:244167:6,6,1,3 chr11 244414 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=91,121;MMQ=60,60;MPOS=7;PON;POPAF=7.30;TLOD=16.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,7:0.470:15:2,3:6,4:6,2,5,2 chr11 244490 . ATACCTTTTAG A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=150,164;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=TACCTTTTAG;STR;TLOD=10.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.286:12:3,2:5,1:3,6,0,3 chr11 247209 . C T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,27;MFRL=154,138;MMQ=60,40;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr11 247216 . C CA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,34;MFRL=145,138;MMQ=60,40;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:2,0,1,0 chr11 247217 . T A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=25,31;MFRL=154,138;MMQ=60,40;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr11 247225 . T A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=24,31;MFRL=145,138;MMQ=60,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:2,0,1,0 chr11 250945 . G GAGCTATATGTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 252649 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=122,172;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:1,1,0,2 chr11 279730 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=178,70;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:2,0,1,1 chr11 280622 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 290816 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,216;MMQ=60,60;MPOS=9;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:290816_A_G:290816:0,0,0,1 chr11 290818 . T TGG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=163,216;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=3,5;RU=G;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:290816_A_G:290816:0,1,0,1 chr11 290823 . G GTTCAT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,29;MFRL=163,216;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:290816_A_G:290816:0,1,0,1 chr11 292902 . G A . . 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DP=13;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=34.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,5:0,6:0,0,2,10 chr11 552756 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr11 556457 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr11 557342 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=21.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,2:0,5:0,0,6,1 chr11 558714 . G C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=53,118;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:2,0,1,1 chr11 559483 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,21;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.744:2:0,1:0,0:0,0,0,2 chr11 562030 . G GTCCT . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,14;MFRL=128,161;MMQ=60,36;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:562030_G_GTCCT:562030:1,0,0,1 chr11 562031 . G GGGA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=33,30;MFRL=128,161;MMQ=60,36;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:562030_G_GTCCT:562030:1,0,0,1 chr11 562033 . C CTG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=33,32;MFRL=128,161;MMQ=60,36;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:562030_G_GTCCT:562030:1,0,0,1 chr11 562036 . A T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,14;MFRL=128,161;MMQ=60,36;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:562030_G_GTCCT:562030:1,0,0,1 chr11 562038 . A ATGTGGATCTCCTGTAAG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,16;MFRL=128,161;MMQ=60,36;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:562030_G_GTCCT:562030:1,0,0,1 chr11 601581 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=89,42;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:4,2:5,0:5,4,1,1 chr11 605362 . C CTAAGCCTCAGGGCACCCGTCCTCACT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=167,94;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:1,3,0,1 chr11 606656 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 609146 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.749:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr11 613208 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=140,111;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.299:8:3,0:3,2:4,2,1,1 chr11 613766 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=93,166;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:1,3,1,0 chr11 617955 . G A . . DP=16;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=120,99;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.166:16:3,0:8,2:0|1:617955_G_A:617955:9,5,1,1 chr11 617967 . C G . . DP=16;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=51.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,16:0.944:16:0,5:0,10:0|1:617955_G_A:617955:0,0,9,7 chr11 618172 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=22,31;MFRL=128,168;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=9.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.672:4:0,0:1,3:0,1,0,3 chr11 621795 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=145,70;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=13.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.500:10:2,2:3,3:2,3,3,2 chr11 624674 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=130,142;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=9.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.356:12:6,3:2,1:4,4,1,3 chr11 624945 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 654091 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,27;MFRL=168,155;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,0,2 chr11 674454 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,24;MFRL=147,144;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:674454_G_T:674454:1,0,1,0 chr11 674458 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,25;MFRL=147,143;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0|1:674454_G_T:674454:1,0,2,0 chr11 674499 . G A . . DP=8;ECNT=3;MBQ=27,29;MFRL=142,143;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=10.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.627:6:1,1:1,3:2,0,3,1 chr11 687911 . C T . . DP=20;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=115,68;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.188:19:11,0:5,3:9,7,2,1 chr11 691636 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=151,142;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:0,2:3,1:1,2,0,3 chr11 698807 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=116,66;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.287:12:6,3:2,0:3,6,2,1 chr11 700247 . A C . . DP=9;ECNT=3;MBQ=26,32;MFRL=145,122;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=12.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:1,2:3,2:0,4,0,4 chr11 700278 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,30;MFRL=135,146;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:0|1:700278_A_G:700278:0,2,0,1 chr11 700281 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,30;MFRL=135,146;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:700278_A_G:700278:0,2,0,1 chr11 702923 . T TC . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=142,152;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=C;STR;TLOD=6.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.366:9:5,2:1,1:2,4,1,2 chr11 722357 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=165,47;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0|1:722357_G_A:722357:1,0,1,1 chr11 722358 . G GATCAT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=165,47;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0|1:722357_G_A:722357:1,0,1,1 chr11 722359 . G GACACTGCAC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=165,47;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0|1:722357_G_A:722357:1,0,1,1 chr11 724873 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:724873_G_T:724873:0,0,0,1 chr11 724875 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:724873_G_T:724873:0,0,0,1 chr11 759096 . G GA . . 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DP=8;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=122,41;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:0|1:774145_AGCACC_A:774145:0,6,1,1 chr11 800475 . CA GC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=104,117;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:800475_CA_GC:800475:3,1,0,1 chr11 800480 . A AAAATTGCTTGAATC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,25;MFRL=104,117;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:800475_CA_GC:800475:3,1,0,1 chr11 801380 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,87;MMQ=60,54;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr11 802125 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=7.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr11 802902 . T G . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=34,27;MFRL=154,48;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=10.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.627:6:1,1:1,3:1,1,2,2 chr11 903201 . CAGCAGCCGAG C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,206;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 926162 . GG AA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=121,140;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr11 992742 . C G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=122,128;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.326:4:3,1:0,0:0|1:992742_C_G:992742:0,3,0,1 chr11 992743 . A AGGATTAAAGAT,AAGCCTCATTTG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,25,25;MFRL=162,128,118;MMQ=60,60,60;MPOS=2,4;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.37,3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,1,1:0.286,0.286:4:2,1,1:0,0,0:0,2,0,2 chr11 992745 . T TAGG . . 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DP=183;ECNT=6;MBQ=26,24;MFRL=108,115;MMQ=60,25;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=17.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:174,7:0.044:181:104,3:62,4:0|1:1016715_T_C:1016715:107,67,4,3 chr11 1016719 . T G . . DP=184;ECNT=6;MBQ=26,32;MFRL=110,115;MMQ=60,25;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=17.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:177,7:0.043:184:102,3:56,4:0|1:1016715_T_C:1016715:105,72,4,3 chr11 1016722 . T G . . DP=179;ECNT=6;MBQ=26,29;MFRL=109,123;MMQ=60,40;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=26.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:167,11:0.066:178:105,5:53,5:103,64,6,5 chr11 1016724 . A G . . DP=180;ECNT=6;MBQ=28,28;MFRL=106,123;MMQ=60,40;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=57.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:155,20:0.116:175:103,10:49,7:98,57,10,10 chr11 1016756 . G A . . DP=182;ECNT=20;MBQ=31,30;MFRL=111,112;MMQ=47,40;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:171,8:0.045:179:105,6:57,1:112,59,8,0 chr11 1016770 . G A . . 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T A . . DP=219;ECNT=20;MBQ=25,27;MFRL=111,129;MMQ=40,40;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=13.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:213,6:0.032:219:127,2:65,4:0|1:1016779_G_A:1016779:141,72,4,2 chr11 1016795 . C G . . DP=224;ECNT=20;MBQ=31,34;MFRL=111,139;MMQ=43,40;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:212,7:0.036:219:125,5:79,2:136,76,7,0 chr11 1016800 . GG AG,AC . . DP=245;ECNT=20;MBQ=30,24,20;MFRL=107,120,79;MMQ=45,43,37;MPOS=9,16;POPAF=7.30,7.30;TLOD=14.84,16.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:230,7,7:0.032,0.032:244:121,1,5:78,5,2:147,83,5,9 chr11 1016802 . T A . . DP=247;ECNT=20;MBQ=24,23;MFRL=106,120;MMQ=45,43;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=14.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:239,7:0.032:246:121,1:80,5:0|1:1016779_G_A:1016779:149,90,3,4 chr11 1016809 . G T . . DP=245;ECNT=20;MBQ=30,22;MFRL=106,101;MMQ=48,34;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=20.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:226,12:0.053:238:120,8:99,4:139,87,7,5 chr11 1016810 . G T . . DP=249;ECNT=20;MBQ=30,25;MFRL=104,114;MMQ=49,42;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=21.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:236,10:0.044:246:131,4:97,5:143,93,5,5 chr11 1016818 . A G . . DP=265;ECNT=20;MBQ=25,31;MFRL=104,115;MMQ=50,48;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=38.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:247,15:0.061:262:126,9:103,6:0|1:1016818_A_G:1016818:136,111,9,6 chr11 1016819 . G T . . DP=266;ECNT=20;MBQ=31,25;MFRL=104,115;MMQ=49,59;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:239,20:0.077:259:134,9:102,10:137,102,7,13 chr11 1016822 . A C . . DP=279;ECNT=20;MBQ=25,29;MFRL=104,96;MMQ=50,49;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=21.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:265,9:0.036:274:134,7:111,1:0|1:1016822_A_C:1016822:143,122,7,2 chr11 1016833 . G T . . DP=287;ECNT=20;MBQ=31,27;MFRL=103,96;MMQ=57,49;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=38.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:272,15:0.055:287:141,9:116,5:0|1:1016822_A_C:1016822:138,134,9,6 chr11 1016834 . G A . . 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A G . . DP=95;ECNT=22;MBQ=26,30;MFRL=92,113;MMQ=60,40;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=63.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:71,21:0.234:92:36,11:34,7:34,37,8,13 chr11 1017528 . T A . . DP=89;ECNT=22;MBQ=26,25;MFRL=92,154;MMQ=60,57;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:86,3:0.044:89:45,1:35,2:0|1:1017528_T_A:1017528:44,42,0,3 chr11 1017545 . G T . . DP=93;ECNT=22;MBQ=32,31;MFRL=97,154;MMQ=60,57;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:89,3:0.042:92:47,1:36,2:0|1:1017528_T_A:1017528:50,39,0,3 chr11 1017552 . T C . . DP=94;ECNT=22;MBQ=27,30;MFRL=101,113;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=40.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:70,19:0.216:89:34,12:35,6:36,34,12,7 chr11 1017596 . T G . . DP=91;ECNT=22;MBQ=27,32;MFRL=106,111;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=88.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:51,32:0.389:83:28,17:22,15:26,25,13,19 chr11 1017622 . 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DP=136;ECNT=28;MBQ=31,32,25;MFRL=119,149,96;MMQ=53,40,40;MPOS=25,26;POPAF=7.30,7.30;TLOD=9.10,18.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:120,4,7:0.037,0.059:131:61,2,2:44,2,4:71,49,4,7 chr11 1017893 . A G . . DP=130;ECNT=28;MBQ=28,28;MFRL=116,121;MMQ=60,27;MPOS=27;PON;POPAF=7.30;TLOD=76.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:94,26:0.220:120:48,13:40,13:57,37,14,12 chr11 1017894 . T TGC . . DP=133;ECNT=28;MBQ=26,30;MFRL=116,149;MMQ=52,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=8.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:129,4:0.037:133:63,2:50,2:0|1:1017894_T_TGC:1017894:77,52,0,4 chr11 1017898 . T G . . DP=136;ECNT=28;MBQ=26,33;MFRL=115,149;MMQ=52,40;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=8.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:128,4:0.037:132:68,1:50,2:0|1:1017894_T_TGC:1017894:75,53,0,4 chr11 1017899 . A T . . DP=137;ECNT=28;MBQ=26,24;MFRL=116,96;MMQ=52,40;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=18.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:130,7:0.058:137:72,2:52,5:0|1:1017899_A_T:1017899:74,56,4,3 chr11 1017911 . TG CT . . 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DP=18;ECNT=10;MBQ=20,25;MFRL=119,107;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=35.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,9:0.556:16:1,3:6,5:0|1:1258175_C_T:1258175:4,3,5,4 chr11 1258283 . G A . . DP=13;ECNT=10;MBQ=20,20;MFRL=84,109;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,6:0.466:13:1,2:5,4:0|1:1258283_G_A:1258283:3,4,2,4 chr11 1258286 . C T . . DP=13;ECNT=10;MBQ=20,25;MFRL=84,109;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,6:0.466:13:1,2:5,3:0|1:1258283_G_A:1258283:3,4,2,4 chr11 1258295 . A G . . DP=9;ECNT=10;MBQ=23,32;MFRL=71,110;MMQ=60,60;MPOS=30;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,3:0.364:9:0,1:5,2:0|1:1258283_G_A:1258283:2,4,0,3 chr11 1260160 . T G . . DP=7;ECNT=3;MBQ=23,26;MFRL=114,95;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.332:7:3,0:2,2:0|1:1260160_T_G:1260160:2,3,1,1 chr11 1260163 . C T . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,254;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 1274201 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=144,123;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.306:11:4,3:4,0:1,7,1,2 chr11 1275594 . T A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:1275594_T_A:1275594:0,0,1,0 chr11 1275600 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:1275594_T_A:1275594:0,0,1,0 chr11 1284227 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=11.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.599:8:2,2:1,3:3,0,3,2 chr11 1307384 . GA G . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=10.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr11 1472082 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=138,161;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:0|1:1472082_G_A:1472082:0,2,0,1 chr11 1472097 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=138,161;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:1472082_G_A:1472082:0,2,0,1 chr11 1472762 . CCT C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1472762_CCT_C:1472762:0,0,0,1 chr11 1472768 . A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1472762_CCT_C:1472762:0,0,0,1 chr11 1477768 . C T . . 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DP=16;ECNT=1;MBQ=23,32;MFRL=115,110;MMQ=58,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=25.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,9:0.598:15:5,8:0,1:2,4,7,2 chr11 1908633 . C CTTTGGTCTGAAGTGGGTTGTGATG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=132,83;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:3,0,0,2 chr11 1911439 . G T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=38,119;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:1,2:1,1:2,0,2,1 chr11 1947575 . C A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=34,29;MFRL=137,137;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:4,3:1,1:4,1,4,0 chr11 1947793 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=49,206;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,1:1,1:2,1,1,1 chr11 1950302 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=19.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,3:0,4:0,0,5,2 chr11 1955647 . G C . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=135,153;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,2:3,0:3,1,2,0 chr11 2606577 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=130,99;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,0:1,2:0,3,1,1 chr11 2906782 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=144,135;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr11 2924610 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=158,143;MMQ=60,60;MPOS=30;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.534:13:4,1:2,6:4,2,7,0 chr11 2924810 . G C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=144,178;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=11.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:2,0:2,4:0,4,4,0 chr11 2930594 . CG C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=G;STR;TLOD=11.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.842:4:0,3:0,1:0,0,1,3 chr11 2930656 . T G . . 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DP=20;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=114,197;MMQ=60,57;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,2:0.143:19:12,0:3,2:8,9,2,0 chr11 3740588 . G T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=35,26;MFRL=146,118;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.503:6:1,2:2,1:2,1,3,0 chr11 3746465 . C G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=141,157;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=8.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,2:2,1:0,3,0,3 chr11 3789982 . GAAAAAGAAAAA G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=34,34;MFRL=132,171;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AAAAAGAAAAA;STR;TLOD=7.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.430:5:1,0:1,2:0,3,0,2 chr11 3797104 . A C . . DP=19;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=136,100;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=9.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,4:0.240:19:7,4:7,0:9,6,4,0 chr11 3829419 . G C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=35.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,6:0,4:0,0,10,0 chr11 3844040 . A ATG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3844040_A_ATG:3844040:0,0,0,1 chr11 3844043 . T TCC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3844040_A_ATG:3844040:0,0,0,1 chr11 3844311 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,141;MMQ=60,40;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=19.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,6:0,0:0,0,0,6 chr11 3849435 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=170,63;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:0,3,1,1 chr11 4091522 . A ATCTGTGCCAAAAATG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,25;MFRL=131,113;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr11 4104060 . A C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=28.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,3:0,5:0,0,7,1 chr11 4104087 . T C . . DP=15;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=35.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.941:15:0,7:0,8:0,0,9,6 chr11 4104745 . C G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=22.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,6:0,1:0,0,3,4 chr11 4107600 . TA T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr11 4112838 . A AT . . DP=10;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=117,66;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:3,0:4,2:0|1:4112838_A_AT:4112838:7,1,1,1 chr11 4112840 . C A . . DP=10;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=117,66;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:4,0:4,2:0|1:4112838_A_AT:4112838:7,1,1,1 chr11 4112841 . C CATGGT . . DP=10;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=117,66;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:4,0:4,1:0|1:4112838_A_AT:4112838:7,1,1,1 chr11 4116335 . A C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=17.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,0:0,5:0,0,0,5 chr11 4123345 . C G . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=44.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.938:13:0,8:0,5:0,0,4,9 chr11 4127514 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 4128845 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=180,180;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:0,2,0,2 chr11 4133317 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=14.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,3:0,2:0,0,2,3 chr11 4139450 . CTT C,CT . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,31,32;MFRL=139,148,167;MMQ=60,60,60;MPOS=12,15;POPAF=7.30,7.30;RPA=14,12,13;RU=T;STR;TLOD=4.62,3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:4,2,2:0.272,0.271:8:2,0,1:2,2,1:4,0,4,0 chr11 4139700 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=110,60;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:5,0:2,2:2,5,2,0 chr11 4139778 . G GTTGAGGATTACTTTTCCCTGA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 4148433 . G GTACCCCAATT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=149,57;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,2:0,0:1,2,1,1 chr11 4150238 . GT G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=140,154;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=14,13;RU=T;STR;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.458:7:2,2:1,0:1,3,1,2 chr11 4389404 . AG A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=117,142;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=G;STR;TLOD=8.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.574:5:1,2:1,1:1,1,2,1 chr11 4389587 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr11 4409511 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=14.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,5:0,0:0,0,3,2 chr11 4411003 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,33;MFRL=149,134;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,1,1 chr11 4471424 . C CCT . . DP=7;ECNT=3;MBQ=31,18;MFRL=92,45;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,0:3,1:0|1:4471424_C_CCT:4471424:3,2,1,1 chr11 4471427 . ACC A . . DP=7;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=92,45;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=C;STR;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,0:3,2:0|1:4471424_C_CCT:4471424:3,2,1,1 chr11 4471431 . A T . . DP=8;ECNT=3;MBQ=24,20;MFRL=92,45;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.331:7:2,0:3,2:0|1:4471424_C_CCT:4471424:3,2,1,1 chr11 4471527 . A ATATTCTT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,26;MFRL=145,82;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:4471527_A_ATATTCTT:4471527:1,3,0,1 chr11 4471528 . G GCTGTT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=145,82;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:4471527_A_ATATTCTT:4471527:1,3,0,1 chr11 4471532 . G C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,33;MFRL=145,82;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:0,1:0|1:4471527_A_ATATTCTT:4471527:1,3,0,1 chr11 4566377 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=123,142;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:2,0,2,0 chr11 4592706 . T TAC . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,23;MFRL=135,110;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=AC;STR;TLOD=10.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.416:10:2,1:4,3:2,4,1,3 chr11 4592930 . A AT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,120;MMQ=60,42;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:4592930_A_AT:4592930:0,0,0,1 chr11 4592932 . A AAAAT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,120;MMQ=60,42;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:4592930_A_AT:4592930:0,0,0,1 chr11 4592940 . G GA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,34;MFRL=0,120;MMQ=60,42;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:4592930_A_AT:4592930:0,0,0,1 chr11 4592941 . G GACAGCTGACGTGCTGTAACTCAGC . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,34;MFRL=0,120;MMQ=60,42;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:4592930_A_AT:4592930:0,0,0,1 chr11 4593570 . A AGGGTGAAGTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:4593570_A_AGGGTGAAGTT:4593570:0,0,0,1 chr11 4593573 . C CCAGCAGCCCGGGG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:4593570_A_AGGGTGAAGTT:4593570:0,0,0,1 chr11 4594739 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 4621485 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr11 4622159 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr11 4624401 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=252,65;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.603:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr11 4661285 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=21,32;MFRL=61,135;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.434:12:4,2:2,3:4,3,2,3 chr11 4661503 . C CTCTTGTCTTGTTGCTGTCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=156,127;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr11 4674280 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=139,109;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:3,0,0,1 chr11 4675056 . G A . . DP=8;ECNT=4;MBQ=31,26;MFRL=47,152;MMQ=60,60;MPOS=3;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.669:7:1,2:1,3:0,2,0,5 chr11 4675067 . A AG . . DP=5;ECNT=4;MBQ=22,27;MFRL=106,94;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:4675067_A_AG:4675067:1,3,0,1 chr11 4675070 . A AT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=22,26;MFRL=106,94;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:4675067_A_AG:4675067:1,3,0,1 chr11 4675071 . A AACCCTCCAAC . . DP=5;ECNT=4;MBQ=22,26;MFRL=106,94;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:4675067_A_AG:4675067:1,3,0,1 chr11 4675865 . T TACGTTAATGAAAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=116,100;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr11 4676314 . T A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=104,135;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.333:10:2,2:5,1:3,4,2,1 chr11 4703607 . G C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=61,114;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=15.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,6:0.500:12:5,5:1,1:4,2,2,4 chr11 4842960 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=172,105;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.329:7:3,2:2,0:3,2,0,2 chr11 4869906 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=69,102;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:1,2:3,1:3,1,2,1 chr11 4870261 . G C . . DP=35;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=109,100;MMQ=60,60;MPOS=8;PON;POPAF=7.30;TLOD=22.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,11:0.324:35:12,6:11,5:20,4,6,5 chr11 4870298 . T G . . DP=17;ECNT=2;MBQ=27,31;MFRL=111,121;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=14.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.375:14:6,3:3,2:3,6,0,5 chr11 4903227 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=22,30;MFRL=85,68;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.188:14:7,2:5,0:6,6,2,0 chr11 4929350 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.695:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 4945643 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=23,27;MFRL=165,155;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:4945643_A_C:4945643:0,2,0,1 chr11 4945647 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=165,155;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:4945643_A_C:4945643:0,2,0,1 chr11 4967468 . G A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=105,132;MMQ=60,51;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=23.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,10:0.530:19:5,4:3,6:6,3,4,6 chr11 4976659 . A C . . DP=11;ECNT=2;MBQ=29,26;MFRL=132,4505;MMQ=60,27;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:6,2:3,0:0|1:4976659_A_C:4976659:7,2,0,2 chr11 4976661 . A ACAGTGTTTTTTCAAAGGGAAGGTG . . DP=12;ECNT=2;MBQ=29,25;MFRL=132,4505;MMQ=60,27;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.227:11:6,2:3,0:0|1:4976659_A_C:4976659:7,2,0,2 chr11 4977033 . G GCCCAC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=142,139;MMQ=60,27;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:4977033_G_GCCCAC:4977033:0,1,0,1 chr11 4977034 . T TGTGTTAAGCATCTTCCTGTTCAATGCTCCTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=23,28;MFRL=142,139;MMQ=60,27;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:4977033_G_GCCCAC:4977033:0,1,0,1 chr11 5012592 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=1657180,123;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=7.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:0,2:2,1:0,2,2,1 chr11 5013421 . G GT . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=207,100;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=10,11;RU=T;STR;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,2:3,0:3,2,1,1 chr11 5080119 . ACACATGTGAAC A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=136,540;MMQ=53,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.282:5:1,0:2,1:3,1,1,0 chr11 5141876 . G A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=139,147;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=10.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:2,2:3,2:4,1,4,0 chr11 5141902 . T C . . DP=15;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=39.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.934:12:0,7:0,5:0,0,10,2 chr11 5153038 . A G . . DP=18;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=82,67;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=9.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,4:0.250:18:9,0:5,4:10,4,0,4 chr11 5172786 . A G . . DP=18;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=58.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,18:0.950:18:0,14:0,4:0,0,11,7 chr11 5172795 . A AC . . DP=16;ECNT=2;MBQ=26,22;MFRL=87,117;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=C;STR;TLOD=13.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.535:13:6,4:0,3:5,1,3,4 chr11 5247733 . A C . . 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DP=4;ECNT=8;MBQ=25,22,31;MFRL=162,102,170;MMQ=60,60,60;MPOS=6,4;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.37,3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,1,1:0.286,0.286:4:1,0,1:1,1,0:2,0,0,2 chr11 5602797 . A AGAGCTTT . . DP=4;ECNT=8;MBQ=28,25;MFRL=150,170;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:5602784_A_AT:5602784:2,1,0,1 chr11 5602800 . C G . . DP=5;ECNT=8;MBQ=28,32;MFRL=170,102;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:2,0:1,1:0|1:5602792_A_C:5602792:2,1,0,1 chr11 5603136 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=150,117;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:2,1:0,2:0,2,0,3 chr11 5618265 . C CCTTCCTTCTTCCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=143,130;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:5618265_C_CCTTCCTTCTTCCT:5618265:0,1,0,1 chr11 5618268 . A C . . 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DP=4;ECNT=5;MBQ=24,27;MFRL=164,110;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:5969235_T_C:5969235:1,2,0,1 chr11 5969243 . A AG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=22,26;MFRL=164,110;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:2,1:0|1:5969235_T_C:5969235:1,2,0,1 chr11 5969244 . C A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=30,24;MFRL=164,110;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:5969235_T_C:5969235:1,2,0,1 chr11 5969249 . AT GC . . DP=5;ECNT=5;MBQ=25,33;MFRL=180,110;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:5969235_T_C:5969235:2,2,0,1 chr11 5989383 . C CA . . DP=10;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=112,61;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.269:9:4,2:3,0:0|1:5989383_C_CA:5989383:4,3,1,1 chr11 5989385 . C CGTACTCTGCCT . . 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DP=16;ECNT=3;MBQ=33,20;MFRL=138,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.167:16:7,2:7,0:0|1:6024210_T_A:6024210:6,8,1,1 chr11 6048056 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=138,136;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:2,2:3,1:3,2,3,1 chr11 6190850 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=125,140;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=19.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,7:0.800:8:0,3:1,4:0,1,3,4 chr11 6221169 . A G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=26,27;MFRL=158,121;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.583:10:2,2:2,4:1,3,3,3 chr11 6221214 . T A . . DP=13;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=122,98;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=26.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,10:0.733:13:1,4:2,6:1,2,7,3 chr11 6221389 . C CCTTAGAT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=21,30;MFRL=144,118;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:6221389_C_CCTTAGAT:6221389:0,1,0,1 chr11 6221392 . CACA C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=20,32;MFRL=144,118;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:6221389_C_CCTTAGAT:6221389:0,1,0,1 chr11 6221398 . C CTAGGCTAGATGGA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=21,31;MFRL=144,118;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:6221389_C_CCTTAGAT:6221389:0,1,0,1 chr11 6231731 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,62;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr11 6240362 . G C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=151,158;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=13.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,5:0.545:9:3,0:1,3:0|1:6240362_G_C:6240362:0,4,0,5 chr11 6240367 . A ACTCACCACCATCACCACTGAAGAC . . DP=8;ECNT=2;MBQ=25,36;MFRL=149,158;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=13.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,5:0.599:8:2,0:1,5:0|1:6240362_G_C:6240362:0,3,0,5 chr11 6243963 . G A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=25,30;MFRL=100,122;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=8.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,3:1,0:3,0,3,0 chr11 6243982 . T G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=27,34;MFRL=100,119;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=12.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:2,3:1,1:3,0,4,0 chr11 6245555 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=142,157;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:2,2:2,0:4,0,1,1 chr11 6281354 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6281354_A_C:6281354:0,0,0,1 chr11 6281357 . C CCCTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6281354_A_C:6281354:0,0,0,1 chr11 6292490 . C CTATGTTGAATAGGGGTGGTGAGAGAGG . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=96,67;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.320:7:1,0:4,2:2,3,1,1 chr11 6340690 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=159,74;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.598:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr11 6340706 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.855:5:0,1:0,2:0,0,3,2 chr11 6341748 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,1,2 chr11 6412199 . GG CA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,33;MFRL=113,158;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:6412199_GG_CA:6412199:0,1,0,1 chr11 6412204 . T A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,26;MFRL=113,158;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:6412199_GG_CA:6412199:0,1,0,1 chr11 6412207 . GG AA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,22;MFRL=113,158;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:6412199_GG_CA:6412199:0,1,0,1 chr11 6412210 . T A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,28;MFRL=113,158;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:6412199_GG_CA:6412199:0,1,0,1 chr11 6412910 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=129,84;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,0:0,2:1,1,1,1 chr11 6415463 . G A . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,100;MMQ=60,54;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.670:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 6585502 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=13.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,3,1 chr11 6586107 . C CTAACCCCCTTAAGGAAAACCTTTCACTA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=158,72;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0,4,0,1 chr11 6586135 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 6587034 . G T . . DP=42;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=75,118;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:38,3:0.091:41:28,1:10,2:25,13,1,2 chr11 6590116 . T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,32;MFRL=130,160;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:6590116_T_C:6590116:0,1,0,1 chr11 6590120 . G C . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=163,141;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=8.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.709:5:0,2:1,1:1,0,2,2 chr11 6630028 . TC T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=C;STR;TLOD=17.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.892:7:0,2:0,5:0,0,5,2 chr11 6635996 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=130,156;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=4.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:2,0:2,2:2,2,0,2 chr11 6636300 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=227,128;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=7.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,1:2,2:2,1,3,0 chr11 6637518 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=32.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,6:0,5:0,0,8,3 chr11 6637739 . A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,14;MFRL=0,161;MMQ=60,40;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:6637739_A_T:6637739:0,0,0,1 chr11 6637762 . G GACAGAGTTTCGTTCTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,161;MMQ=60,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6637739_A_T:6637739:0,0,0,1 chr11 6638174 . A G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=28,34;MFRL=154,100;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=22.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.534:13:4,5:2,2:4,2,5,2 chr11 6638506 . A T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=116,132;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=9.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.471:9:2,4:1,0:3,2,2,2 chr11 6640541 . C T . . DP=28;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=95,104;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,3:0.145:25:17,2:5,1:12,10,2,1 chr11 6640745 . G GACATGTCTTTTCAAAGTGAAATA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=121,146;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.475:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr11 6644104 . G GTCAGGGGTGAATGCCCAGGGCTAGC . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=105,63;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.321:7:3,0:2,2:3,2,1,1 chr11 6646110 . AGG A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=143,67;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.299:8:3,2:3,0:0|1:6646110_AGG_A:6646110:3,3,1,1 chr11 6646114 . AAAG A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=143,67;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.299:8:3,2:3,0:0|1:6646110_AGG_A:6646110:3,3,1,1 chr11 6646978 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,34;MFRL=165,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:6646978_A_C:6646978:1,0,0,1 chr11 6646979 . T TGC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,31;MFRL=165,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:6646978_A_C:6646978:1,0,0,1 chr11 6647622 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=184,146;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=7.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:1,2:3,1:0,4,0,3 chr11 6650732 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=122,99;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,0:0,2:0,3,1,1 chr11 6650795 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr11 6652109 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=143,104;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:0,3,1,1 chr11 6654590 . T A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,16;MFRL=126,117;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=8.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,3:0.666:4:1,0:0,0:0|1:6654590_T_A:6654590:1,0,3,0 chr11 6654613 . A G . . DP=9;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=81,117;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=11.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,5:0.547:9:4,0:0,5:0|1:6654590_T_A:6654590:2,2,3,2 chr11 6655332 . T A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=124,89;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.658:4:1,2:0,0:0,1,2,1 chr11 6655496 . G GCGCTGCTC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=144,116;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.326:4:1,0:2,1:0|1:6655496_G_GCGCTGCTC:6655496:2,1,0,1 chr11 6655498 . G GA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=144,116;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.326:4:1,0:2,1:0|1:6655496_G_GCGCTGCTC:6655496:2,1,0,1 chr11 6703892 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,229;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr11 6789294 . G C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,34;MFRL=97,128;MMQ=40,40;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:2,0:3,3:1,4,0,3 chr11 6789424 . G A . . 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C CA . . DP=12;ECNT=2;MBQ=32,33;MFRL=119,12118;MMQ=60,43;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:4,0:6,2:0|1:6891499_C_CA:6891499:7,3,0,2 chr11 6891508 . G C . . DP=12;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=119,12118;MMQ=60,43;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:4,0:5,2:0|1:6891499_C_CA:6891499:7,3,0,2 chr11 6891704 . T C . . DP=11;ECNT=5;MBQ=28,32;MFRL=145,137;MMQ=27,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.500:10:2,2:3,3:1,4,1,4 chr11 6891712 . A AATCACATT . . DP=14;ECNT=5;MBQ=26,27;MFRL=154,12160;MMQ=60,27;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.197:13:3,0:7,2:0|1:6891712_A_AATCACATT:6891712:6,5,0,2 chr11 6891714 . CC AT . . DP=13;ECNT=5;MBQ=30,26;MFRL=158,12160;MMQ=60,27;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.211:12:2,0:7,2:0|1:6891712_A_AATCACATT:6891712:6,4,0,2 chr11 6891719 . C CATGGACT . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=96,49;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:0,2:6,0:1,5,0,2 chr11 7063755 . C T . . DP=22;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=61.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.958:22:0,17:0,5:0,0,15,7 chr11 7065289 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=9.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr11 7065300 . GGTCCCAGAGCTGAGATAACCCTCTGGAGTT G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=35,31;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.520:2:1,0:0,1:1,0,0,1 chr11 7070866 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=20.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,4:0,3:0,0,5,2 chr11 7079038 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=34,28;MFRL=146,110;MMQ=60,60;MPOS=26;PON;POPAF=7.30;TLOD=31.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,11:0.864:12:0,7:1,4:0,1,7,4 chr11 7081253 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=113,76;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:5,2:4,0:5,4,0,2 chr11 7083700 . T TC . . DP=8;ECNT=2;MBQ=26,21;MFRL=128,111;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.331:7:5,0:0,1:0|1:7083700_T_TC:7083700:3,2,0,2 chr11 7083701 . T A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=128,111;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.331:7:5,1:0,1:0|1:7083700_T_TC:7083700:3,2,0,2 chr11 7083810 . G GGTTCTAA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 7091772 . C A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr11 7324475 . T C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=0,20;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,0:0,5:0,0,2,3 chr11 7324481 . C A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=106,98;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:0,0:3,2:1,2,1,1 chr11 7324532 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:7324532_T_C:7324532:0,0,0,1 chr11 7324534 . C CACCT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:7324532_T_C:7324532:0,0,0,1 chr11 7488134 . T TG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=155,134;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.494:2:0,1:1,0:0|1:7488134_T_TG:7488134:0,1,0,1 chr11 7488136 . A AGTCTTGGAGGAG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=155,134;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:7488134_T_TG:7488134:0,1,0,1 chr11 7488138 . C CAGTACAGGAAGTTAAAA . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=168,116;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,0:0,2:1,0,1,1 chr11 7649608 . TCCATGCTTACATCCCTGGCTGTGTTTGGTCCCTGCTGGTCTCTGATATTCTGGACAGGA T . . DP=14;ECNT=2;MBQ=30,24;MFRL=123,142;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,7:0.337:14:1,2:5,5:0|1:7649608_TCCATGCTTACATCCCTGGCTGTGTTTGGTCCCTGCTGGTCTCTGATATTCTGGACAGGA_T:7649608:0,7,3,4 chr11 7649640 . C G . . DP=12;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=13.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:0,5:0.883:5:0,1:0,3:1|0:7649608_TCCATGCTTACATCCCTGGCTGTGTTTGGTCCCTGCTGGTCTCTGATATTCTGGACAGGA_T:7649608:0,0,0,5 chr11 7650607 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr11 7662732 . C T . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=124,164;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:2,2,1,1 chr11 7716855 . T A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,306;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,4:0,0:0,0,2,2 chr11 7716888 . G A . . DP=13;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=160,428;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.266:13:8,3:2,0:4,6,2,1 chr11 7723171 . GA G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=22.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,6,0 chr11 7723206 . A G . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=27.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,4:0,0,7,1 chr11 7723683 . G A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=18.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,5,1 chr11 7723747 . G A . . DP=21;ECNT=2;MBQ=33,31;MFRL=140,99;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=8.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,4:0.226:20:8,4:8,0:12,4,3,1 chr11 7725173 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=13.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr11 7818471 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=33;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 7847523 . T A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr11 7961060 . C A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,23;MFRL=140,145;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.329:4:2,1:1,0:1,2,0,1 chr11 7961097 . TGG T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,24;MFRL=113,1119;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:7961097_TGG_T:7961097:0,1,1,0 chr11 7961103 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,1119;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:7961097_TGG_T:7961097:0,0,1,0 chr11 7961105 . G T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,21;MFRL=0,1119;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:7961097_TGG_T:7961097:0,0,1,0 chr11 7982722 . T TGCCTCCCGCCATTTGTCA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=169,56;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:2,1,1,1 chr11 8013479 . A ACACCTTCAAAGCCACATAATAGAATG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,25;MFRL=154,159;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr11 8060551 . T TGGGCTCTCTG . . DP=10;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=97,62;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.270:9:2,2:5,0:0|1:8060551_T_TGGGCTCTCTG:8060551:5,2,1,1 chr11 8060553 . A C . . DP=9;ECNT=3;MBQ=29,29;MFRL=97,62;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,1:5,0:0|1:8060551_T_TGGGCTCTCTG:8060551:5,2,1,1 chr11 8060654 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,181;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr11 8061100 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr11 8111540 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr11 8115762 . C G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=40.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.933:13:0,7:0,6:0,0,4,9 chr11 8117228 . A G . . DP=21;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=60.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,19:0.954:19:0,11:0,8:0,0,7,12 chr11 8118185 . C G . . 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T TAACATAAGAAAGTTGGCCTGTGGTTAAAA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 8483335 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=129,130;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=12.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.606:11:1,1:3,4:3,1,6,1 chr11 8496516 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=8.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.839:4:0,1:0,2:0,0,0,4 chr11 8641155 . A ATCCAACCAT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,27;MFRL=162,96;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:4,0:0,1:0|1:8641155_A_ATCCAACCAT:8641155:0,4,0,1 chr11 8641156 . G GGAGCATCAGAGTCT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=162,96;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:4,0:0,1:0|1:8641155_A_ATCCAACCAT:8641155:0,4,0,1 chr11 8642218 . C T . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=28,34;MFRL=243,162;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr11 8942999 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=36.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.935:13:0,9:0,4:0,0,7,6 chr11 8947647 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,0:4,2:0|1:8947647_C_T:8947647:6,1,2,0 chr11 8947658 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=133,144;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,0:3,2:0|1:8947647_C_T:8947647:5,2,2,0 chr11 8985916 . G GGGCTCA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=110,70;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=GGCTCA;STR;TLOD=7.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.603:3:1,2:0,0:0,1,1,1 chr11 9005036 . T A . . DP=23;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=64.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.959:22:0,9:0,13:0,0,12,10 chr11 9049197 . T TCTGTTTCTCTCCGTCTCTCTCTCTTTCTGTCTGTTTCTCACTGTC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 9051385 . C A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=19.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,6,0 chr11 9051406 . T C . . DP=13;ECNT=2;MBQ=25,23;MFRL=127,93;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.356:12:6,2:2,2:7,1,3,1 chr11 9052423 . A C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr11 9055422 . A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:9055422_A_T:9055422:0,0,0,1 chr11 9055426 . A AGATAGATGGATAGATATGTG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:9055422_A_T:9055422:0,0,0,1 chr11 9069046 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=70,126;MMQ=60,60;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=23.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,10:0.524:19:3,3:6,7:7,2,7,3 chr11 9069728 . C G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=175,122;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:9069728_C_G:9069728:0,1,0,1 chr11 9069729 . A ATGAT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,24;MFRL=175,122;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:9069728_C_G:9069728:0,1,0,1 chr11 9069732 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,28;MFRL=175,122;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:9069728_C_G:9069728:0,1,0,1 chr11 9081049 . G GATAAAT . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=17.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,0,5 chr11 9171775 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=25,33;MFRL=118,170;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.332:7:3,0:2,2:1,4,1,1 chr11 9192365 . A AATTTT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,22;MFRL=141,94;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0,3,0,1 chr11 9199796 . TATC T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,24;MFRL=134,148;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=ATC;STR;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.393:3:0,0:2,1:0,2,1,0 chr11 9215254 . A G . . DP=15;ECNT=3;MBQ=24,29;MFRL=124,106;MMQ=60,54;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.226:11:7,0:2,2:2,7,0,2 chr11 9215284 . T TCAATGGATA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=196,101;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:9215284_T_TCAATGGATA:9215284:0,1,0,1 chr11 9215287 . CT GA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,29;MFRL=196,101;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:9215284_T_TCAATGGATA:9215284:0,1,0,1 chr11 9225701 . G T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=102,120;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.425:5:0,0:3,2:1,2,1,1 chr11 9309405 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=13.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr11 9310169 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=10.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr11 9316937 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=14.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,1,4 chr11 9336071 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=9.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr11 9430237 . T C . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=35,32;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=32,16;RU=T;STR;TLOD=20.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.756:6:1,2:0,1:1,0,2,3 chr11 9496222 . G GTCACTTA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:9496222_G_GTCACTTA:9496222:0,0,0,1 chr11 9496223 . G GTTTACATCGGTCA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.674:1:0,0:0,1:0|1:9496222_G_GTCACTTA:9496222:0,0,0,1 chr11 9500212 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,34;MFRL=204,115;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:9500212_T_C:9500212:0,1,0,1 chr11 9500214 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,33;MFRL=204,115;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:9500212_T_C:9500212:0,1,0,1 chr11 9519420 . T C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,155;MMQ=60,40;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=14.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,2:0,1:0,0,0,4 chr11 9519439 . G T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,16;MFRL=161,194;MMQ=40,36;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,0:0,0:0,3,0,1 chr11 9522567 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=20.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,6,0 chr11 9522822 . CAATCTCTGATCTTTTGGTCTTTTATCTTTCAAGGCTCAGTTTAACTCCTGCCTTTTCCAGAAACCATTTCCAACT C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=119,149;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.543:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr11 9603236 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=11.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,1,3 chr11 9610173 . T TCTCTG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=112,63;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:9610173_T_TCTCTG:9610173:0,3,1,1 chr11 9610176 . A T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=112,63;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,1:2,0:0|1:9610173_T_TCTCTG:9610173:0,3,1,1 chr11 9715628 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=11.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr11 9715646 . T C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=19.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,4:0,2:0,0,5,1 chr11 9751074 . C T . . DP=15;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=147,116;MMQ=60,50;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:8,0:5,2:0,13,0,2 chr11 9751089 . G A . . DP=11;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,146;MMQ=60,53;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=29.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,5:0,5:0,0,0,10 chr11 9754313 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=138,129;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:3,1:2,1:0,5,0,2 chr11 9759713 . T G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=43.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.936:13:0,3:0,10:0,0,11,2 chr11 9801925 . T G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=14.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr11 9803285 . T TGGGAATTGTTCCAGAGCTTGAACTC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 9806914 . T TACTG . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=ACTG;STR;TLOD=21.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.872:5:0,3:0,2:0,0,1,4 chr11 9809229 . C T . . DP=28;ECNT=1;MBQ=21,28;MFRL=118,95;MMQ=60,54;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:23,3:0.142:26:7,0:14,3:12,11,1,2 chr11 9810775 . G A . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=15.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,0:0,5:0,0,5,0 chr11 9861048 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=21,26;MFRL=139,74;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.304:8:0,1:5,1:2,4,2,0 chr11 9864414 . C CTGTCTTGCTTT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:9864414_C_CTGTCTTGCTTT:9864414:0,0,0,1 chr11 9864416 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:9864414_C_CTGTCTTGCTTT:9864414:0,0,0,1 chr11 9864418 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:9864414_C_CTGTCTTGCTTT:9864414:0,0,0,1 chr11 9871820 . G T . . 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DP=20;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=110,127;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=26.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,11:0.572:19:6,5:2,5:5,3,6,5 chr11 13733275 . C G . . DP=21;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=125,105;MMQ=60,43;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=5.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,3:0.174:21:11,3:7,0:13,5,3,0 chr11 13984720 . A C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.799:3:0,3:0,0:0,0,1,2 chr11 14063147 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=121,185;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.174:15:7,0:6,2:6,7,2,0 chr11 14101493 . G GC . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=38.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.927:11:0,4:0,7:0,0,5,6 chr11 14157155 . G GCTT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=34,20;MFRL=59,54;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:14157155_G_GCTT:14157155:1,1,1,1 chr11 14157157 . A ATGAAATTGGACAG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=59,54;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:14157155_G_GCTT:14157155:1,1,1,1 chr11 14157159 . T G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=59,54;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,1:1,0:0|1:14157155_G_GCTT:14157155:1,1,1,1 chr11 14264916 . A G . . DP=20;ECNT=1;MBQ=21,32;MFRL=90,53;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,6:0.319:20:8,2:6,4:8,6,3,3 chr11 14284607 . A ACCTCAGTAGAAGGAGG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:14284607_A_ACCTCAGTAGAAGGAGG:14284607:0,0,0,1 chr11 14284610 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:14284607_A_ACCTCAGTAGAAGGAGG:14284607:0,0,0,1 chr11 14284612 . A G . . 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C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.749:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr11 17417504 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 17419279 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=100801011,94;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.666:4:0,0:1,3:0,1,2,1 chr11 17419379 . GGGTTAGA G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=81,45;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:17419379_GGGTTAGA_G:17419379:1,1,1,1 chr11 17419389 . CA C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=81,45;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:17419379_GGGTTAGA_G:17419379:1,1,1,1 chr11 17483270 . CT C . . 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DP=7;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=145,140;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,1:1,2:0,3,0,3 chr11 18472503 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=154,119;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.247:10:4,0:4,2:5,3,2,0 chr11 18487425 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=13.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,4:0,0:0,0,0,4 chr11 18505632 . G A . . DP=7;ECNT=3;MBQ=34,21;MFRL=116,124;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.555:7:0,2:3,2:0,3,1,3 chr11 18505681 . A C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:18505681_A_C:18505681:0,0,0,1 chr11 18505689 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:18505681_A_C:18505681:0,0,0,1 chr11 18530989 . T A . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=162,192;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:1,3,0,1 chr11 20649455 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr11 20658782 . A ACCC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,25;MFRL=169,164;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=1,4;RU=C;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:20658782_A_ACCC:20658782:2,0,0,1 chr11 20658784 . A AAT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=169,164;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:20658782_A_ACCC:20658782:2,0,0,1 chr11 20660035 . ACCTATGCTGCCT A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=123,109;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.186:14:4,2:7,0:7,5,1,1 chr11 20673832 . C A . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=196,161;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:22261317_TTTC_T:22261317:0,2,0,1 chr11 22281363 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=150,94;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:22281363_C_T:22281363:0,1,0,1 chr11 22281365 . CC AA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,23;MFRL=150,94;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:22281363_C_T:22281363:0,1,0,1 chr11 22281368 . GGAGTTCATTTTC G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,30;MFRL=150,94;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:22281363_C_T:22281363:0,1,0,1 chr11 22296094 . CTTTT C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=124,63;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=11,7;RU=T;STR;TLOD=7.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.376:6:1,0:2,2:1,3,0,2 chr11 22297606 . AT A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=T;STR;TLOD=10.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.878:6:0,2:0,4:0,0,6,0 chr11 22297791 . A AATGGAGTTGTTTTTTGCTT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=167,183;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:0,3,0,2 chr11 22364852 . GGGCTACATCATCACTCAGATTCCGGGA G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.744:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 22387257 . A AGTTTGGAAGG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 22397739 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,190;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 22707184 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=132,87;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.402:8:1,0:4,3:4,1,2,1 chr11 22851409 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 24750849 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,21;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24750849_T_C:24750849:0,0,0,1 chr11 24750854 . CGAGCAGTAAAAGAGGAGCAGTCATCTGATTTTCT C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24750849_T_C:24750849:0,0,0,1 chr11 24759958 . G GC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,31;MFRL=154,192;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr11 24784947 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.685:1:0,0:0,1:0|1:24784947_C_A:24784947:0,0,0,1 chr11 24784948 . ACT A . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=152,93;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:1,2:2,0:2,1,1,1 chr11 32852019 . CT C . . DP=19;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=129,123;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=T;STR;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.235:15:7,2:4,0:11,1,3,0 chr11 32874813 . C A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=124,184;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:7,0:3,2:4,7,0,2 chr11 32875024 . C T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=32,20;MFRL=164,80;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,0:1,2:0,3,1,1 chr11 32875059 . CTCCCAT C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=33,28;MFRL=169,164;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:32875059_CTCCCAT_C:32875059:0,2,0,1 chr11 32875061 . C CCCGGCCTG . . 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DP=13;ECNT=2;MBQ=26,25;MFRL=99,157;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:5,0:5,2:0|1:45991463_ATGAGGAAGAT_A:45991463:2,8,0,2 chr11 45991477 . T A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=28,26;MFRL=99,157;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,0:4,2:0|1:45991463_ATGAGGAAGAT_A:45991463:0,7,0,2 chr11 45992874 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=117,130;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:5,1:4,1:6,3,2,0 chr11 46001229 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr11 46105688 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=33.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,2:0,9:0,0,8,3 chr11 46321731 . CCTGGGGACAGCACAGGCCCAGGAGGCCCAGGAGGGAGGAAGCT C . . DP=11;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=197,141;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,1:0.246:7:3,1:3,0:0,6,0,1 chr11 46321771 . A ACCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,216;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0|1:46321771_A_ACCT:46321771:0,0,0,1 chr11 46321773 . C CTGCTGTT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=210,216;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.612:3:0,1:0,0:0|1:46321771_A_ACCT:46321771:0,2,0,1 chr11 46331643 . CT C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=106,71;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=T;STR;TLOD=5.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.380:6:2,0:2,2:0|1:46331643_CT_C:46331643:1,3,1,1 chr11 46331664 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=106,71;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.506:4:1,0:0,2:0|1:46331643_CT_C:46331643:0,2,1,1 chr11 46333995 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,22;MFRL=166,133;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.268:9:3,2:4,0:4,3,0,2 chr11 46342081 . TG T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=G;STR;TLOD=4.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.845:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr11 46342259 . A AG . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=G;STR;TLOD=34.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.927:11:0,4:0,7:0,0,4,7 chr11 46342384 . T A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,26;MFRL=122,131;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:46342384_T_A:46342384:0,4,0,1 chr11 46342390 . C CCGAG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=122,131;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:46342384_T_A:46342384:0,4,0,1 chr11 46391602 . T G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=23.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,2:0,6:0,0,2,6 chr11 46392825 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,86;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=9.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr11 46393574 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr11 46393929 . CTTCGTCCCA C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,29;MFRL=56,109;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:1,0:0|1:46393929_CTTCGTCCCA_C:46393929:1,3,0,1 chr11 46393941 . A T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=25,26;MFRL=56,109;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:46393929_CTTCGTCCCA_C:46393929:1,3,0,1 chr11 46393958 . T C . . 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T TAACCCTGCACTCCAAGGCTCTAGGCCTCAGCA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=0,174;MMQ=60,54;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:46398792_C_CACATT:46398792:0,1,0,1 chr11 46403905 . C CATGTTG . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=108,50;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:0,2:4,0:1,3,1,1 chr11 46406767 . G A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=57.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,20:0.956:20:0,9:0,11:0,0,13,7 chr11 46456344 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr11 46689410 . G GCCAGTGAAGCACATTATTACT . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=117,40;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:7,2:0,0:3,4,1,1 chr11 46690173 . C T . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=96,101;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=11.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:3,2:1,3:1,3,1,4 chr11 46742249 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=21,27;MFRL=164,161;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.601:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr11 46742461 . TTGGAGTGTGGCTGGTGGAGGCCGAGGCAGTC T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=123,119;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,1:3,0:0,4,0,1 chr11 46742489 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr11 46760696 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=132,94;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.198:13:4,2:7,0:6,5,1,1 chr11 46765620 . C G . . DP=16;ECNT=2;MBQ=26,22;MFRL=100,121;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.167:16:8,1:4,0:0|1:46765620_C_G:46765620:6,8,2,0 chr11 46765627 . A T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=26,15;MFRL=112,121;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:5,0:6,0:0|1:46765620_C_G:46765620:4,7,2,0 chr11 46772781 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,23;MFRL=147,107;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.275:9:3,1:3,1:4,3,2,0 chr11 46776697 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 46780455 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=101,79;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.247:10:5,2:3,0:7,1,2,0 chr11 46784697 . A C . . DP=24;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=85,151;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=27.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,10:0.441:23:9,5:3,5:7,6,2,8 chr11 46801650 . T A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=208,114;MMQ=60,25;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:1,0,2,0 chr11 46802094 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr11 46802151 . T TTTCTTC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,214;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.681:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 46822686 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=118,156;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=8.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,3:1,0:3,0,3,0 chr11 46829507 . A C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.695:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr11 46832758 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 46889713 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=10.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr11 46890778 . C CCGTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:46890778_C_CCGTT:46890778:0,0,0,1 chr11 46890780 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:46890778_C_CCGTT:46890778:0,0,0,1 chr11 46897975 . CTGGCCCCCCACACTACCCAGTGCGATACAGCCAGCTCTCACCCCATCTCATGGTACAGTACGA C . . DP=16;ECNT=2;MBQ=34,27;MFRL=149,64;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.245:11:1,2:1,0:4,5,1,1 chr11 46897995 . G T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=25,32;MFRL=150,0;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:1,0:0,2:1,1,0,2 chr11 46907827 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=150,128;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=9.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.624:6:1,3:1,1:1,1,2,2 chr11 46911704 . C T . . 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C CA . . DP=24;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=111,120;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=7.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,3:0.160:23:9,0:11,3:10,10,0,3 chr11 47745806 . CT GC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,33;MFRL=209,137;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:47745806_CT_GC:47745806:0,1,0,1 chr11 47745814 . C T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,30;MFRL=209,137;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:47745806_CT_GC:47745806:0,1,0,1 chr11 47745818 . TG CC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,32;MFRL=209,137;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:47745806_CT_GC:47745806:0,1,0,1 chr11 47745821 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,31;MFRL=209,137;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:47745806_CT_GC:47745806:0,1,0,1 chr11 47746202 . G A . . 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A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,13675015;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr11 57513407 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=135,169;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:2,2:6,0:4,5,1,1 chr11 57563991 . C T . . DP=19;ECNT=1;MBQ=28,23;MFRL=120,135;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=22.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,11:0.596:18:2,8:5,2:2,5,7,4 chr11 57571232 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,5,1 chr11 57575680 . C T . . DP=12;ECNT=3;MBQ=34,20;MFRL=145,58;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:5,0:5,2:0|1:57575680_C_T:57575680:5,5,1,1 chr11 57575700 . AGAC A . . 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G T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=33,11;MFRL=109,109;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.287:5:2,0:2,0:0|1:58972439_G_T:58972439:0,4,0,1 chr11 58972451 . AT CA,TT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=26,29,30;MFRL=119,109,105;MMQ=60,60,60;MPOS=5,3;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.37,3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,1,1:0.286,0.286:4:1,1,0:1,0,1:0,2,0,2 chr11 58972453 . G GTCCTTCTTAGTGTCTCAGC . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,32;MFRL=112,105;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0,3,0,1 chr11 58972454 . T C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=27,28;MFRL=112,109;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:58972439_G_T:58972439:0,3,0,1 chr11 58972470 . C CTCAG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,30;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.682:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 58979393 . G A . . 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DP=12;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=155,106;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.384:11:5,2:2,2:4,3,4,0 chr11 59190517 . C CTGCGCA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:59190517_C_CTGCGCA:59190517:0,0,0,1 chr11 59190519 . T TCTGAAACG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:59190517_C_CTGCGCA:59190517:0,0,0,1 chr11 59210550 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr11 59210977 . G GTGTGTCCAATTGGACGTGTA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.326:4:1,1:2,0:0|1:59210977_G_GTGTGTCCAATTGGACGTGTA:59210977:2,1,0,1 chr11 59210981 . G GTGTT . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=248,131;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:59418397_CTCTGAA_C:59418397:0,1,0,1 chr11 59418407 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:59418397_CTCTGAA_C:59418397:0,0,0,1 chr11 59419193 . T TAAAAGTACCATTGTTCTTAA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=157,152;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr11 59423054 . C G . . DP=10;ECNT=5;MBQ=27,18;MFRL=118,67;MMQ=60,35;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:5,1:3,0:0|1:59423054_C_G:59423054:2,6,1,1 chr11 59423059 . G GGA . . DP=9;ECNT=5;MBQ=31,20;MFRL=116,67;MMQ=60,35;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,2:2,0:0|1:59423054_C_G:59423054:2,5,1,1 chr11 59423101 . A AAGACAATAG . . DP=8;ECNT=5;MBQ=27,25;MFRL=96,119;MMQ=60,58;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:0|1:59423101_A_AAGACAATAG:59423101:3,3,0,2 chr11 59423103 . C CAGGG . . DP=8;ECNT=5;MBQ=32,31;MFRL=96,119;MMQ=60,58;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:0|1:59423101_A_AAGACAATAG:59423101:3,3,0,2 chr11 59423105 . T TGGTGAGAAGTAG . . DP=9;ECNT=5;MBQ=27,27;MFRL=102,119;MMQ=60,58;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,2:3,0:0|1:59423101_A_AAGACAATAG:59423101:4,3,0,2 chr11 59558042 . C T . . DP=14;ECNT=3;MBQ=24,28;MFRL=121,146;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:8,0:4,2:6,6,1,1 chr11 59558171 . A AACT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:59558171_A_AACT:59558171:0,0,0,1 chr11 59558173 . G T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:59558171_A_AACT:59558171:0,0,0,1 chr11 59561082 . G GAC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,30;MFRL=196,145;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:59561082_G_GAC:59561082:0,1,0,1 chr11 59561083 . TAG T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,25;MFRL=196,145;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:59561082_G_GAC:59561082:0,1,0,1 chr11 59599335 . G GA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:59599335_G_GA:59599335:0,0,0,1 chr11 59599337 . A AGGAAATGAGAGTGAGAAGC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:59599335_G_GA:59599335:0,0,0,1 chr11 59608579 . G T . . 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C CTATGGAAGTCCGACCCTTCACCTATTTTG . . DP=14;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=84,18727;MMQ=25,25;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=10.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.299:11:5,3:3,0:3,5,0,3 chr11 60974971 . A AC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,24;MFRL=178,154;MMQ=25,25;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:60974971_A_AC:60974971:0,1,0,1 chr11 60974972 . A AC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,24;MFRL=178,154;MMQ=25,25;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=C;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:60974971_A_AC:60974971:0,1,0,1 chr11 60974976 . C G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,29;MFRL=178,154;MMQ=25,25;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:60974971_A_AC:60974971:0,1,0,1 chr11 60974978 . A T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,24;MFRL=178,154;MMQ=25,25;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:60974971_A_AC:60974971:0,1,0,1 chr11 61015970 . G A . . 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DP=3;ECNT=6;MBQ=30,33;MFRL=147,104;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:61050449_C_CT:61050449:0,2,0,1 chr11 61058867 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=109,138;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=19.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.616:11:1,2:3,5:3,1,3,4 chr11 61069766 . T A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=131,59;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:0|1:61069766_T_A:61069766:3,2,1,1 chr11 61069768 . T TA . . DP=7;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=131,59;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:0|1:61069766_T_A:61069766:3,2,1,1 chr11 61071568 . C CAATGA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:61071568_C_CAATGA:61071568:0,0,0,1 chr11 61071570 . A AGGCCCCAGTGTGT . . 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DP=8;ECNT=2;MBQ=26,33;MFRL=145,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=13.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,4:0.556:7:1,1:2,2:0|1:61165731_C_CA:61165731:0,3,1,3 chr11 61165741 . G C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=73,123;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,3:0.571:5:1,1:0,2:0|1:61165731_C_CA:61165731:0,2,1,2 chr11 61205434 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=186,148;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:3,1:0,1:3,0,2,0 chr11 61205676 . CT C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=19,21;MFRL=155,129;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=T;STR;TLOD=5.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.632:3:0,0:0,2:0,1,0,2 chr11 61252189 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=106,87;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=5.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.285:12:8,0:1,3:5,4,0,3 chr11 61252221 . C G . . 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DP=5;ECNT=6;MBQ=29,31;MFRL=96,146;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.318:5:0,1:4,0:0|1:61505307_G_GGTGTGTCCT:61505307:1,3,0,1 chr11 61505312 . T C . . DP=4;ECNT=6;MBQ=25,30;MFRL=127,146;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.381:4:0,1:1,0:0|1:61505307_G_GGTGTGTCCT:61505307:1,2,0,1 chr11 61505316 . TC GT . . DP=3;ECNT=6;MBQ=31,29;MFRL=156,146;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:61505307_G_GGTGTGTCCT:61505307:0,2,0,1 chr11 61505321 . CC GT . . DP=3;ECNT=6;MBQ=31,27;MFRL=156,146;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:61505307_G_GGTGTGTCCT:61505307:0,2,0,1 chr11 61508074 . C T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:61508074_C_T:61508074:0,0,0,1 chr11 61508078 . C T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:61508074_C_T:61508074:0,0,0,1 chr11 61508082 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,24;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:61508074_C_T:61508074:0,0,0,1 chr11 61508088 . C A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:61508074_C_T:61508074:0,0,0,1 chr11 61511741 . C CTG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,33;MFRL=184,173;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:61511741_C_CTG:61511741:3,0,0,1 chr11 61511742 . C A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=184,173;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:61511741_C_CTG:61511741:3,0,0,1 chr11 61523017 . C CA . . DP=6;ECNT=3;MBQ=33,32;MFRL=147,101;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=7.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.427:5:0,1:3,1:0|1:61523017_C_CA:61523017:0,3,0,2 chr11 61523020 . G GC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,29;MFRL=147,101;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:0,1:3,1:0|1:61523017_C_CA:61523017:0,3,0,2 chr11 61523024 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=33,23;MFRL=147,101;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:0,1:3,1:0|1:61523017_C_CA:61523017:0,3,0,2 chr11 61541425 . A C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=27,12;MFRL=63,132;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:61541425_A_C:61541425:0,1,1,0 chr11 61541429 . G C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=20,12;MFRL=63,132;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:61541425_A_C:61541425:0,1,1,0 chr11 61541434 . C CGCCCCGCCGCCGCCGCGAGCG . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,20;MFRL=154,63;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,1:0.400:3:2,0:0,1:1|0:61541425_A_C:61541425:1,1,0,1 chr11 61541437 . AG CC,CG . . DP=3;ECNT=5;MBQ=24,33,26;MFRL=176,132,63;MMQ=60,60,60;MPOS=5,3;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.55,3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,1,1:0.333,0.333:3:1,1,0:0,0,1:0,1,1,1 chr11 61541439 . G T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=27,30;MFRL=154,63;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,1:0.400:3:2,0:0,1:1|0:61541425_A_C:61541425:1,1,0,1 chr11 61541525 . A C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=22,26;MFRL=96,61;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:61541525_A_C:61541525:2,2,0,1 chr11 61541527 . T TG . . DP=5;ECNT=3;MBQ=20,26;MFRL=96,61;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:3,0:0|1:61541525_A_C:61541525:2,2,0,1 chr11 61541530 . C CA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=96,61;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:61541525_A_C:61541525:2,2,0,1 chr11 61543499 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=111,129;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:1,0,0,2 chr11 61543961 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,171752;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr11 61547237 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,23;MFRL=64,129;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:1,1,2,0 chr11 61548559 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr11 61549025 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.666:4:0,2:1,1:1,0,2,1 chr11 61551927 . A C . . 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DP=21;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=122,90;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,2:0.136:20:10,0:8,2:0|1:61730448_C_T:61730448:7,11,1,1 chr11 61731462 . CA C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=16,15;RU=A;STR;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.748:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr11 61896215 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=71,93;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=16.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,7:0.470:15:5,3:3,4:5,3,5,2 chr11 61959725 . GTC G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=106,106;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=TC;STR;TLOD=22.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,8:0.530:15:3,5:4,3:4,3,3,5 chr11 61960809 . C A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=108,189;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:1,2:5,0:5,1,2,0 chr11 62010863 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=29,23;MFRL=95,108;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,8:0.692:11:0,3:3,5:1,2,4,4 chr11 62105391 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr11 62123779 . ACTT A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=97,78;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CTT;STR;TLOD=13.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,4:0.312:14:1,2:6,2:7,3,0,4 chr11 62124005 . C CAGAAAACAGATTGT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 62186542 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=24,23;MFRL=77,131;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=29.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,12:0.723:16:3,6:1,6:2,2,7,5 chr11 62186634 . G T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=118,105;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=8.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,4:0.278:16:3,0:9,4:5,7,0,4 chr11 62201458 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=147,151;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr11 62286741 . CA C . . DP=10;ECNT=4;MBQ=32,20;MFRL=118,53;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:0,0:8,2:0|1:62286741_CA_C:62286741:5,3,1,1 chr11 62286746 . CCAGGAACAT C . . DP=13;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=101,53;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:0,0:8,2:0|1:62286741_CA_C:62286741:6,5,1,1 chr11 62286757 . CAGGTCA C . . DP=15;ECNT=4;MBQ=23,20;MFRL=101,53;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:0,0:9,2:0|1:62286741_CA_C:62286741:7,6,1,1 chr11 62286769 . C T . . DP=14;ECNT=4;MBQ=24,20;MFRL=101,53;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:2,0:10,1:0|1:62286741_CA_C:62286741:7,5,1,1 chr11 62286985 . TG T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=113,3287;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:2,0:4,2:4,2,2,0 chr11 62290567 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=134,1750;MMQ=60,57;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.270:9:1,2:6,0:2,5,0,2 chr11 62292882 . G T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=23.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.909:8:0,4:0,4:0,0,6,2 chr11 62327963 . A AT . . DP=10;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=144,62;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:2,0:6,2:0|1:62327963_A_AT:62327963:0,8,0,2 chr11 62327964 . G GACACTGGC . . DP=10;ECNT=3;MBQ=32,34;MFRL=144,62;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:2,0:6,2:0|1:62327963_A_AT:62327963:0,8,0,2 chr11 62327969 . G GCATTCTTCCTCAGC . . DP=9;ECNT=3;MBQ=32,32;MFRL=148,62;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,0:5,2:0|1:62327963_A_AT:62327963:0,7,0,2 chr11 62334889 . T C . . DP=13;ECNT=3;MBQ=29,31;MFRL=109,73;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=9.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,3:0.267:13:4,0:6,3:0|1:62334889_T_C:62334889:3,7,1,2 chr11 62334893 . A C . . DP=13;ECNT=3;MBQ=26,29;MFRL=109,73;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=9.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,3:0.267:13:3,0:6,3:0|1:62334889_T_C:62334889:3,7,1,2 chr11 62334908 . G C . . DP=6;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=5;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,2,4 chr11 62344513 . G A . . DP=24;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=118,113;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=17.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,8:0.428:19:6,0:5,8:4,7,2,6 chr11 62348637 . C T . . DP=28;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=96,0;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,3:0.146:25:11,1:11,2:17,5,3,0 chr11 62348687 . C CTCCCTCACCTTGCCCCACACCAG . . DP=23;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=81,96;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,2:0.123:22:6,1:14,1:12,8,1,1 chr11 62362832 . G A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=128,103;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=16.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,7:0.348:21:8,1:6,6:8,6,7,0 chr11 62365619 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=26.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,2:0,6:0,0,2,6 chr11 62367787 . TGGGAACAGAAATGCACAAAGAGACAAATAACAGTAAGTTTCAGA T . . DP=22;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=149,180;MMQ=60,53;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,2:0.150:19:9,0:4,2:1,16,0,2 chr11 62369881 . G A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=27.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,7:0.889:7:0,3:0,3:0|1:62369881_G_A:62369881:0,0,4,3 chr11 62369884 . C G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,6:0.875:6:0,3:0,2:0|1:62369881_G_A:62369881:0,0,4,2 chr11 62370148 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=160,105;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:0|1:62370148_C_T:62370148:2,0,1,1 chr11 62370155 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=11.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.811:3:0,3:0,0:0|1:62370148_C_T:62370148:0,0,2,1 chr11 62374328 . CA C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=136,145;MMQ=40,50;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=18,17;RU=A;STR;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.631:3:0,1:1,1:1,0,2,0 chr11 62380732 . T C . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr11 62397177 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr11 62398274 . G A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=93,116;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=18.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,8:0.564:14:5,3:0,5:4,2,1,7 chr11 62400016 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=17.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.874:6:0,3:0,3:0,0,3,3 chr11 62401716 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=18.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,0:0,6:0,0,6,0 chr11 62401938 . ACTTCC A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,23;MFRL=3380,172;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:62401938_ACTTCC_A:62401938:1,0,0,1 chr11 62401946 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,25;MFRL=3380,172;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:62401938_ACTTCC_A:62401938:1,0,0,1 chr11 62415355 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=171,0;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.328:7:3,1:2,1:3,2,0,2 chr11 62416068 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=25,22;MFRL=144,79;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.288:12:5,0:3,3:2,7,3,0 chr11 62417136 . G T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=102,93;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,2:1,0:3,0,1,1 chr11 62417267 . G C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=96,119;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=23.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,9:0.669:13:3,5:1,4:3,1,6,3 chr11 62430904 . C CAAGT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,35;MFRL=207,175;MMQ=60,30;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0,4,0,1 chr11 62434561 . G GTTTGT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=100,123;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:62434561_G_GTTTGT:62434561:0,1,0,1 chr11 62434562 . C CATA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=100,123;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:62434561_G_GTTTGT:62434561:0,1,0,1 chr11 62434565 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,25;MFRL=100,123;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:62434561_G_GTTTGT:62434561:0,1,0,1 chr11 62444377 . AG CT . . DP=8;ECNT=2;MBQ=26,18;MFRL=141,57;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,0:3,1:0|1:62444377_AG_CT:62444377:3,3,1,1 chr11 62444382 . CT C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=141,57;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.298:8:2,0:4,2:0|1:62444377_AG_CT:62444377:3,3,1,1 chr11 62459994 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,33;MFRL=196,180;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,0,2 chr11 62460066 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=9.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr11 62489267 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=120,154;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=9.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:3,2:2,2:4,1,4,0 chr11 62490219 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=111,136;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:1,2:3,1:2,2,2,1 chr11 62496519 . T C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=137,143;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=22.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,8:0.530:15:2,5:5,3:3,4,2,6 chr11 62496655 . T TTGAGATGG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 62521408 . A T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=123,88;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,1:3,1:4,2,2,0 chr11 62521475 . T C . . DP=17;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=127,130;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,5:0.316:17:5,1:7,4:7,5,4,1 chr11 62529042 . T G . . DP=21;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=123,126;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=9.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,4:0.229:20:10,4:5,0:7,9,4,0 chr11 62532868 . A ACCAGCCCAGGAGACACGCAAATCT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=125,73;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:1,3,0,1 chr11 62533307 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,27;MFRL=111,130;MMQ=42,40;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:62533307_T_A:62533307:0,1,0,1 chr11 62533311 . G GAATCACT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,130;MMQ=60,40;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:62533307_T_A:62533307:0,0,0,1 chr11 62556601 . G A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=119,163;MMQ=60,60;MPOS=-1073741815;POPAF=7.30;TLOD=4.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,3:0.135:22:9,2:9,0:6,13,1,2 chr11 62559438 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=11.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr11 62564974 . CC TT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=21,27;MFRL=162,177;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.501:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr11 62565908 . TA T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=145,153;MMQ=60,53;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=14,13;RU=A;STR;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.453:7:0,1:3,2:2,2,3,0 chr11 62568988 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=102,153;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:3,1,2,0 chr11 62569137 . G C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=121,137;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=22.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.669:10:2,6:1,1:2,1,6,1 chr11 62591835 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,30;MFRL=160,112;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:62591835_G_T:62591835:0,1,0,1 chr11 62591837 . T TCTAACTTC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,30;MFRL=160,112;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:62591835_G_T:62591835:0,1,0,1 chr11 62591842 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,32;MFRL=160,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:62591835_G_T:62591835:0,1,0,1 chr11 62601841 . A G . . DP=18;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=158,118;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=16.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,7:0.424:17:4,1:5,6:6,4,4,3 chr11 62652063 . A G . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=199,151;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr11 62847562 . G T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 62848367 . A C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=16.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,3,2 chr11 62848995 . G C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=32.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,5:0,4:0,0,8,1 chr11 62886319 . G C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=15.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,4,0 chr11 62886609 . A T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,212;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.787:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr11 62886707 . G A . . 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DP=9;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=134,179;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.396:4:1,0:1,1:1,2,0,1 chr11 63064970 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 63066903 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr11 63067138 . T G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=42.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,6:0,6:0,0,5,7 chr11 63069715 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr11 63072118 . AT A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=8,7;RU=T;STR;TLOD=20.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,3:0,4:0,0,7,0 chr11 63072310 . C T . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 64338476 . C CA . . DP=20;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=112,137;MMQ=60,27;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=7.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.190:19:7,3:9,0:10,6,3,0 chr11 64359122 . T A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=28,25;MFRL=139,74;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:64359122_T_A:64359122:2,1,0,1 chr11 64359124 . T TTGCCTGGAGTC . . DP=4;ECNT=5;MBQ=27,28;MFRL=139,74;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:64359122_T_A:64359122:2,1,0,1 chr11 64359126 . C CGG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,25;MFRL=139,74;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:64359122_T_A:64359122:2,1,0,1 chr11 64359127 . C CTGA . . 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DP=8;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=122,66;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:4,0:2,2:0|1:64367266_C_T:64367266:4,2,1,1 chr11 64367772 . G GCAGCAACATCTTC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,53;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:64367772_G_GCAGCAACATCTTC:64367772:0,0,1,1 chr11 64367775 . G GCTCCAAATGTTC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,53;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:64367772_G_GCAGCAACATCTTC:64367772:0,0,1,1 chr11 64368372 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=139,55;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,0:0,2:1,2,1,1 chr11 64375610 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,0;MMQ=60,59;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr11 64394111 . T C . . 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DP=3;ECNT=6;MBQ=33,34;MFRL=175,142;MMQ=60,40;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0,2,0,1 chr11 64507703 . GA AT . . DP=2;ECNT=6;MBQ=33,26;MFRL=197,152;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:64507703_GA_AT:64507703:0,1,0,1 chr11 64507712 . TT CC . . DP=2;ECNT=6;MBQ=31,31;MFRL=197,152;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:64507703_GA_AT:64507703:0,1,0,1 chr11 64507715 . A C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=25,30;MFRL=197,152;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:64507703_GA_AT:64507703:0,1,0,1 chr11 64507721 . AC CA . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,33;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 64514572 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 64517847 . C T . . DP=23;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=81,107;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,4:0.198:23:14,0:5,3:6,13,3,1 chr11 64520014 . GTCCTCCC G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=125,143;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=TCCTCCC;STR;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.331:4:2,1:1,0:1,2,0,1 chr11 64520049 . C CTTCCCAGGACCCCCTCCTTCTT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=35,32;MFRL=156,140;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr11 64521314 . CTCA C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=30,34;MFRL=104,213;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.330:4:1,1:2,0:0|1:64521314_CTCA_C:64521314:0,3,1,0 chr11 64521323 . A C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,28;MFRL=104,213;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:64521314_CTCA_C:64521314:0,3,1,0 chr11 64521325 . A C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=27,33;MFRL=106,213;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:64521314_CTCA_C:64521314:1,3,1,0 chr11 64525216 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=19.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,4:0,3:0,0,5,2 chr11 64525644 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr11 64526050 . A C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=18,21;MFRL=123,137;MMQ=60,55;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.340:7:0,1:2,0:0|1:64526050_A_C:64526050:2,3,2,0 chr11 64526052 . G C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=20,12;MFRL=123,137;MMQ=60,55;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.340:7:1,0:2,0:0|1:64526050_A_C:64526050:2,3,2,0 chr11 64533614 . G GTCTTCTAAATTCAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,87;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.671:1:0,1:0,0:0|1:64533614_G_GTCTTCTAAATTCAT:64533614:0,0,0,1 chr11 64533615 . G GCTGAGCCC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,87;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.671:1:0,1:0,0:0|1:64533614_G_GTCTTCTAAATTCAT:64533614:0,0,0,1 chr11 64535357 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=15.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,1,4 chr11 64535849 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=12.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr11 64536866 . T C . . 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DP=13;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=109,43;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:5,2:6,0:0|1:64568433_C_CCCT:64568433:3,8,1,1 chr11 64568435 . A ACCT . . DP=14;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=111,43;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.188:14:5,2:6,0:0|1:64568433_C_CCCT:64568433:4,8,1,1 chr11 64568436 . G GACCCTTGATCTGCGGCCTGT . . DP=15;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=111,43;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.185:14:5,2:6,0:0|1:64568433_C_CCCT:64568433:4,8,1,1 chr11 64594126 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=111,61;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:1,0:2,2:3,0,1,1 chr11 64594490 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=18.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,4:0,1:0,0,5,0 chr11 64598944 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=21.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,1:0,5:0,0,4,2 chr11 64602114 . T A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,21;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:64602114_T_A:64602114:0,0,0,1 chr11 64602117 . CA AG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:64602114_T_A:64602114:0,0,0,1 chr11 64602480 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=141,146;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr11 64602757 . T C . . DP=11;ECNT=2;MBQ=25,32;MFRL=105,127;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.248:10:5,1:2,1:0|1:64602757_T_C:64602757:6,2,2,0 chr11 64602782 . C T . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=34,24;MFRL=131,128;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:0|1:64608103_CT_AG:64608103:1,3,0,1 chr11 64608107 . C G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=128,128;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:2,0:0|1:64608103_CT_AG:64608103:1,2,0,1 chr11 64662776 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=165,115;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:64662776_C_T:64662776:3,0,0,1 chr11 64662778 . T A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=23,22;MFRL=165,115;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:64662776_C_T:64662776:3,0,0,1 chr11 64665115 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,27;MFRL=177,141;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.560:5:2,0:0,2:2,0,2,1 chr11 64669417 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=9.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,1:0,0,3,0 chr11 64669524 . C CTATG . . DP=8;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=103,60;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,0:3,2:0|1:64669524_C_CTATG:64669524:3,3,1,1 chr11 64669527 . C CACACCGCCCCACT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=32,17;MFRL=107,60;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,0:4,1:0|1:64669524_C_CTATG:64669524:3,4,1,1 chr11 64674362 . CC GT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,28;MFRL=145,165;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:64674362_CC_GT:64674362:0,1,0,1 chr11 64674365 . G GT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,27;MFRL=145,165;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:64674362_CC_GT:64674362:0,1,0,1 chr11 64674834 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=119,122;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:0,1:2,2:1,1,2,1 chr11 64675078 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=94,0;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:1,2:3,0:3,1,2,0 chr11 64676630 . G GGT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=120,83;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:64676630_G_GGT:64676630:1,0,0,1 chr11 64676632 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=21,25;MFRL=120,83;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:64676630_G_GGT:64676630:1,0,0,1 chr11 64676634 . C CTA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,30;MFRL=120,83;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:64676630_G_GGT:64676630:1,0,0,1 chr11 64677394 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr11 64679827 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=112,125;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:3,0,1,1 chr11 64680537 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=128,51;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:3,0:6,2:6,3,2,0 chr11 64680565 . C T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=128,51;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:5,0:5,2:6,5,2,0 chr11 64699256 . T G . . DP=20;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=141,144;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.198:18:7,3:8,0:9,6,3,0 chr11 64700738 . C A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=24,31;MFRL=167,0;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:3,1:0,0:0|1:64700738_C_A:64700738:1,2,1,0 chr11 64700745 . G C . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 65652406 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=114,142;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.188:14:7,0:3,2:7,5,2,0 chr11 65655393 . G C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=138,128;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=20.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.534:13:3,5:3,2:2,4,3,4 chr11 65664546 . GCTA G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=138,135;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:65664546_GCTA_G:65664546:0,1,0,1 chr11 65664552 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,26;MFRL=138,135;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:65664546_GCTA_G:65664546:0,1,0,1 chr11 65684855 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=14.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.868:5:0,0:0,5:0,0,4,1 chr11 65732800 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=28.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,4:0,0,5,3 chr11 65733289 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=37.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.937:14:0,5:0,7:0,0,7,7 chr11 65735251 . C T . . DP=29;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=124,62;MMQ=60,57;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:26,2:0.100:28:12,0:11,2:0|1:65735251_C_T:65735251:16,10,1,1 chr11 65735269 . C T . . DP=34;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=138,62;MMQ=60,57;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:29,2:0.090:31:15,0:14,2:0|1:65735251_C_T:65735251:17,12,1,1 chr11 65744016 . C T . . 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C G . . DP=14;ECNT=2;MBQ=33,29;MFRL=127,87;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=9.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.332:13:3,4:6,0:6,3,4,0 chr11 65767106 . C T . . DP=12;ECNT=3;MBQ=32,27;MFRL=133,153;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:3,0:7,2:8,2,1,1 chr11 65767153 . A G . . DP=10;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=28.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,5:0,4:0,0,4,5 chr11 65767215 . G T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=12.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,1,3 chr11 65770658 . A G . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=43.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.940:14:0,4:0,9:0,0,11,3 chr11 65771050 . TCACTGAG T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CACTGAG;STR;TLOD=30.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.897:7:0,4:0,3:0,0,7,0 chr11 65771250 . C G . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.695:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr11 66133336 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=107,116;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.607:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr11 66239853 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=132,126;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.212:12:7,0:3,2:5,5,2,0 chr11 66243670 . C CACTAGCCAATGACTTCTTTAGAGA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 66258916 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=107,132;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:3,1:0,2:0,3,0,3 chr11 66262606 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=23,29;MFRL=112,118;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=10.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.540:9:2,1:2,3:3,1,3,2 chr11 66262806 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=12.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,1:0,0,1,3 chr11 66272292 . C CGCCCAGCTTACAACT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=0,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0,1,1,1 chr11 66283269 . C A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=148,142;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=10.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,5:0.400:13:3,5:5,0:8,0,5,0 chr11 66287286 . GT G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,205;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 66318938 . G T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=133,121;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:4,0,0,1 chr11 66318972 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=27,29;MFRL=124,144;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:1,0:4,2:4,1,2,0 chr11 66321940 . A AG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,29;MFRL=93,108;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:66321940_A_AG:66321940:2,1,1,0 chr11 66321961 . A C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=20,12;MFRL=93,126;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:5,2:0.331:7:3,0:0,0:1|0:66321940_A_AG:66321940:2,3,2,0 chr11 66324583 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=128,143;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,1:0,1:2,0,2,0 chr11 66328877 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=135,141;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.364:9:3,2:3,1:1,5,1,2 chr11 66333353 . CCACATTGCCTGTGACTG C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=140,58;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,2:2,0:0|1:66333353_CCACATTGCCTGTGACTG_C:66333353:5,1,1,1 chr11 66333373 . A G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=139,58;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,2:1,0:0|1:66333353_CCACATTGCCTGTGACTG_C:66333353:4,1,1,1 chr11 66334916 . T TCCCA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 66384143 . C A . . DP=23;ECNT=1;MBQ=32,23;MFRL=121,117;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=31.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,13:0.668:19:3,9:3,2:5,1,10,3 chr11 66392285 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,23;MFRL=90,125;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.285:12:4,1:5,2:5,4,3,0 chr11 66411626 . G C . . DP=18;ECNT=1;MBQ=15,22;MFRL=144,141;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.225:17:0,1:3,2:3,11,0,3 chr11 66436861 . A T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr11 66453804 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=123,69;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:2,2:6,0:7,1,0,2 chr11 66455307 . G A . . DP=26;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=90,40;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:23,3:0.142:26:10,3:13,0:14,9,1,2 chr11 66458696 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=22.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,4:0,0,7,1 chr11 66460545 . C CCCCCAGGATG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=166,99;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr11 66461269 . C T . . DP=19;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=114,136;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.156:17:8,2:7,0:8,7,2,0 chr11 66469032 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=45.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.937:14:0,7:0,7:0,0,8,6 chr11 66475523 . TTGTCTCTCCACCCCGCGGGGCTTCTTATCCACCC T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=156,126;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:2,0,1,0 chr11 66481264 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=10.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr11 66481287 . CC TT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,13;MFRL=109,136;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,0:0,2,0,1 chr11 66481745 . GGTCA G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=176,150;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.506:2:0,1:0,0:1,0,0,1 chr11 66483265 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=23,31;MFRL=151,120;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=15.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.754:6:1,1:0,4:1,0,4,1 chr11 66512290 . G GGGC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,33;MFRL=168,146;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=GGC;STR;TLOD=8.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.563:5:1,2:1,1:2,0,3,0 chr11 66568162 . C T . . DP=27;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=116,73;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,2:0.113:24:14,0:7,2:8,14,1,1 chr11 66581531 . A AT . . DP=6;ECNT=3;MBQ=24,20;MFRL=153,67;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=4.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.416:5:2,0:1,2:0|1:66581531_A_AT:66581531:0,3,1,1 chr11 66581534 . T TC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=29,31;MFRL=153,67;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.423:5:2,0:1,1:0|1:66581531_A_AT:66581531:0,3,1,1 chr11 66581535 . T TGGCCCAAAGTGTCACTAGTGC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=29,31;MFRL=153,67;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.423:5:1,0:1,1:0|1:66581531_A_AT:66581531:0,3,1,1 chr11 66583707 . GC G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=154,59;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=C;STR;TLOD=5.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:4,2:0,0:0|1:66583707_GC_G:66583707:1,3,1,1 chr11 66583712 . A C . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=34,21;MFRL=153,97;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:1,3,0,1 chr11 67257702 . GA TC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=33,31;MFRL=122,130;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0,4,0,1 chr11 67257721 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,26;MFRL=94,124;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:67257721_G_T:67257721:1,0,0,1 chr11 67257724 . GG AT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,21;MFRL=94,124;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:67257721_G_T:67257721:1,0,0,1 chr11 67257989 . G GTGATCC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,31;MFRL=180,102;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:67257989_G_GTGATCC:67257989:0,1,0,1 chr11 67257993 . C G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,30;MFRL=180,102;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:67257989_G_GTGATCC:67257989:0,1,0,1 chr11 67257999 . G A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=29,24;MFRL=180,102;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:67257989_G_GTGATCC:67257989:0,1,0,1 chr11 67258002 . T C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=18,28;MFRL=180,102;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:67257989_G_GTGATCC:67257989:0,1,0,1 chr11 67258004 . A G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=21,27;MFRL=180,102;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:67257989_G_GTGATCC:67257989:0,1,0,1 chr11 67262282 . C CGA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=GA;STR;TLOD=17.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0|1:67262282_C_CGA:67262282:0,0,4,0 chr11 67262289 . G GCGAGAGGA . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=24.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,6:0.875:6:0,2:0,3:0|1:67262282_C_CGA:67262282:0,0,6,0 chr11 67262976 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=121,97;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:5,2:5,0:6,4,2,0 chr11 67263075 . TG T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=107,94;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=G;STR;TLOD=4.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.251:10:3,2:1,0:0|1:67263075_TG_T:67263075:4,4,1,1 chr11 67263083 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=126,94;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:0|1:67263075_TG_T:67263075:3,4,1,1 chr11 67264679 . C T . . DP=26;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=64.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,24:0.962:24:0,7:0,15:0,0,16,8 chr11 67265570 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=113,36;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,2:0,0:3,0,1,1 chr11 67267862 . C CAAGGTCCCTCCTGATCTCA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=136,82;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.372:6:1,2:3,0:1,3,0,2 chr11 67267952 . C A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,22;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:67267952_C_A:67267952:0,0,0,1 chr11 67267954 . TGC T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:67267952_C_A:67267952:0,0,0,1 chr11 67267958 . C A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,20;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:67267952_C_A:67267952:0,0,0,1 chr11 67287719 . G C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=151,125;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:67287719_G_C:67287719:0,2,0,1 chr11 67287721 . G C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,29;MFRL=151,125;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:67287719_G_C:67287719:0,2,0,1 chr11 67287724 . TGGA T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,25;MFRL=151,125;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:67287719_G_C:67287719:0,2,0,1 chr11 67351531 . G A . . DP=27;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=110.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,26:0.965:26:0,9:0,13:0|1:67351531_G_A:67351531:0,0,23,3 chr11 67351540 . A G . . DP=34;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=121.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,30:0.970:30:0,12:0,16:0|1:67351531_G_A:67351531:0,0,24,6 chr11 67351852 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=25,24;MFRL=152,82;MMQ=60,49;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=11.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,3:0.500:6:2,0:1,3:0|1:67351852_C_T:67351852:3,0,3,0 chr11 67351858 . A C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=152,82;MMQ=60,49;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=11.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,3:0.500:6:1,0:1,3:0|1:67351852_C_T:67351852:3,0,3,0 chr11 67352256 . C A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=46.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.947:17:0,7:0,10:0,0,5,12 chr11 67353486 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=101,0;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr11 67353844 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=162,106;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=12.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.600:8:1,4:2,1:3,0,3,2 chr11 67376887 . G C . . 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G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=34,28;MFRL=134,83;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,1:1,1:2,1,2,0 chr11 67430723 . C T . . DP=12;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=109,43;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:6,2:4,0:9,1,2,0 chr11 67431110 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=176,104;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=22.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,8:0.821:9:0,6:1,1:1,0,5,3 chr11 67433708 . C CG . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,23;MFRL=166,102;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=G;STR;TLOD=6.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.547:7:0,1:3,3:1,2,1,3 chr11 67763046 . C CAAATCCCACAAACCCCA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=8,33;MFRL=0,108;MMQ=30,27;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:67763046_C_CAAATCCCACAAACCCCA:67763046:0,1,0,1 chr11 67763048 . C A . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 72552059 . TG AC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,22;MFRL=124,200;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr11 72552406 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,14;MFRL=0,154;MMQ=60,40;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:72552406_A_C:72552406:0,0,1,0 chr11 72552407 . AAAGC A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,14;MFRL=0,154;MMQ=60,40;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:72552406_A_C:72552406:0,0,1,0 chr11 72552416 . G C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=29,16;MFRL=151,154;MMQ=60,40;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.412:3:0,0:1,0:0|1:72552406_A_C:72552406:1,1,1,0 chr11 72552419 . G T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=33,14;MFRL=151,154;MMQ=60,40;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.412:3:1,0:1,0:1,1,1,0 chr11 72554407 . A AGGG . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=26.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,1,5 chr11 72579088 . A AAGCCCTGGACTTGAAGTAAGGAGACTTAAGCTG . . DP=6;ECNT=6;MBQ=23,27;MFRL=123,96;MMQ=60,34;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.312:6:2,0:2,1:1,4,0,1 chr11 72579125 . A C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=25,34;MFRL=123,136;MMQ=60,40;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:72579125_A_C:72579125:0,1,0,1 chr11 72579132 . A C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=25,28;MFRL=123,136;MMQ=60,40;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:72579125_A_C:72579125:0,1,0,1 chr11 72579143 . CA TT . . DP=2;ECNT=6;MBQ=0,26;MFRL=0,130;MMQ=60,50;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:72579143_CA_TT:72579143:0,0,0,2 chr11 72579146 . A G . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,32;MFRL=0,136;MMQ=60,40;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:72579143_CA_TT:72579143:0,0,0,1 chr11 72579149 . C CTTAGTGT . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,32;MFRL=0,136;MMQ=60,40;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:72579143_CA_TT:72579143:0,0,0,1 chr11 72946481 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=132,74;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,0:2,2:1,1,1,1 chr11 73008454 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,34;MFRL=135,117;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr11 73020375 . G GCTC . . DP=8;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=160,139;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=CTC;STR;TLOD=16.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.668:7:0,4:2,1:0,2,1,4 chr11 73020797 . G GGTGGACTGCTTGGGCTGTTCTTGTCATC . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,33;MFRL=120,176;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:3,0:4,2:3,4,0,2 chr11 73022254 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=136,0;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.269:9:2,2:5,0:3,4,0,2 chr11 73067339 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=168,101;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr11 73071005 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,227;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 73076700 . CTGTGG C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=178,136;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:73076700_CTGTGG_C:73076700:0,1,0,1 chr11 73076710 . T TGA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,27;MFRL=178,136;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:73076700_CTGTGG_C:73076700:0,1,0,1 chr11 73101970 . A T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,15;MFRL=129,96;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,0:0|1:73101970_A_T:73101970:0,2,0,1 chr11 73101981 . GTGC G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,28;MFRL=129,96;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:73101970_A_T:73101970:0,2,0,1 chr11 73118759 . A ATGAC . . DP=5;ECNT=4;MBQ=26,22;MFRL=93,132;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.327:4:0,1:3,0:0,3,0,1 chr11 73118772 . TGG CCA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=26,31;MFRL=115,93;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:73118772_TGG_CCA:73118772:0,2,0,1 chr11 73118777 . G C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=29,28;MFRL=115,93;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:73118772_TGG_CCA:73118772:0,2,0,1 chr11 73118780 . C CA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,34;MFRL=142,93;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:73118772_TGG_CCA:73118772:0,1,0,1 chr11 73120653 . A G . . DP=21;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=86,121;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=39.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,13:0.669:19:3,10:3,3:4,2,9,4 chr11 73130956 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=116,207;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:6,1:6,1:4,8,0,2 chr11 73179426 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=153,122;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=14.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:0,2:1,3:1,0,4,1 chr11 73418496 . G GCAGTATAT . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=126,65;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.212:12:3,0:7,2:1,9,1,1 chr11 73441772 . A C . . DP=17;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=51.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.946:16:0,5:0,11:0,0,10,6 chr11 73441913 . T C . . DP=20;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=128,128;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=17.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,7:0.392:18:7,3:4,3:2,9,2,5 chr11 73498933 . T G . . DP=23;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=68.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,23:0.960:23:0,12:0,10:0,0,18,5 chr11 73499066 . CGGGGAGATGGCGGACGGTGCAGAGA C,CGGGGAGATGGCGGACGGTGCAGAGAGGGGAGATGGCGGACGGTGCAGAGA . . DP=28;ECNT=1;MBQ=0,30,31;MFRL=0,163,91;MMQ=60,60,60;MPOS=21,16;POPAF=7.30,7.30;TLOD=18.88,30.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,6,8:0.328,0.612:14:0,4,1:0,2,2:0,0,9,5 chr11 73571142 . T TCCCTAATCTTGTCTGCCTACCTTA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 73611478 . C G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=240,124;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=24.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,7:0.800:8:0,2:1,5:0,1,3,4 chr11 73638306 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=96,140;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,0:2,3:1,2,3,0 chr11 73669310 . C A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr11 73669334 . A C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=15.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,3,2 chr11 73679552 . C CAAAGCAT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=141,65;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0|1:73679552_C_CAAAGCAT:73679552:0,2,1,1 chr11 73679554 . G T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=141,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,1:0,0:0|1:73679552_C_CAAAGCAT:73679552:0,2,1,1 chr11 73688026 . G T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=151,151;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.316:10:6,0:1,2:0,7,0,3 chr11 73689196 . C CTGTTTCTATTGGAGCATTGG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=119,147;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr11 73689449 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=125,76;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.269:9:3,0:4,2:1,6,1,1 chr11 73717346 . CCATGGTCAG C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 73759426 . C CCCA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=CCA;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73759426_C_CCCA:73759426:0,0,0,1 chr11 73759430 . T TCTTGAAATGTCCTCTCCC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73759426_C_CCCA:73759426:0,0,0,1 chr11 73789685 . CGA C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=22,20;MFRL=162,53;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:2,0:0|1:73789685_CGA_C:73789685:3,2,1,1 chr11 73789688 . T TTCAGTGTC . . DP=7;ECNT=2;MBQ=17,20;MFRL=162,53;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,1:1,0:0|1:73789685_CGA_C:73789685:3,2,1,1 chr11 73796608 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=10.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr11 73796917 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=22,20;MFRL=106,91;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.443:7:4,1:0,2:1,3,2,1 chr11 73811773 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73811773_T_C:73811773:0,0,0,1 chr11 73811774 . ATT A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,24;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73811773_T_C:73811773:0,0,0,1 chr11 73811778 . AT A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,23;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=T;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73811773_T_C:73811773:0,0,0,1 chr11 73811780 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73811773_T_C:73811773:0,0,0,1 chr11 73814438 . G C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=99,108;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.374:14:4,3:5,2:3,6,3,2 chr11 73941415 . T G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=210,54;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:0|1:73941415_T_G:73941415:0,2,1,1 chr11 73941418 . G GTATTCACT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=34,20;MFRL=210,54;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:0|1:73941415_T_G:73941415:0,2,1,1 chr11 73962154 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=175,72;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:73962154_T_G:73962154:0,1,0,1 chr11 73962156 . C CCACA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=175,72;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.498:2:1,1:0,0:0|1:73962154_T_G:73962154:0,1,0,1 chr11 73984700 . G GCCAGGTGTCCTCCAGTTC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=139,133;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.491:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr11 74000011 . AGAT A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=170,172;MMQ=60,40;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:2,0:3,2:6,2,2,0 chr11 74000017 . T A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=24,13;MFRL=165,177;MMQ=60,40;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.317:10:2,0:5,1:5,2,3,0 chr11 74000249 . T TA . . DP=7;ECNT=4;MBQ=29,26;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=13,14;RU=A;STR;TLOD=8.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.678:4:0,2:1,1:0,1,0,3 chr11 74000272 . T A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=30,22;MFRL=73,133;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:74000272_T_A:74000272:0,4,0,1 chr11 74000274 . CT C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,28;MFRL=73,133;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:74000272_T_A:74000272:0,4,0,1 chr11 74000276 . T C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=27,28;MFRL=73,133;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:74000272_T_A:74000272:0,4,0,1 chr11 74022429 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 74054091 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=105,100;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.363:9:3,3:2,0:1,5,1,2 chr11 74082729 . T C . . 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DP=20;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=123,103;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=14.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,6:0.318:20:11,6:3,0:6,8,6,0 chr11 74546500 . C T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:74546500_C_T:74546500:0,0,0,1 chr11 74546503 . C CAT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:74546500_C_T:74546500:0,0,0,1 chr11 74546507 . GT TG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:74546500_C_T:74546500:0,0,0,1 chr11 74546511 . C T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:74546500_C_T:74546500:0,0,0,1 chr11 74547015 . C CACA . . 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DP=6;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=22.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,4,2 chr11 74862391 . A G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=20.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,3,3 chr11 74874946 . CTTCTGCCTCTTT C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=181,169;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:74874946_CTTCTGCCTCTTT_C:74874946:1,0,1,0 chr11 74874960 . TC GG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:74874946_CTTCTGCCTCTTT_C:74874946:0,0,1,0 chr11 74978637 . CCT C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=0,32;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:74978637_CCT_C:74978637:0,0,2,0 chr11 74978647 . G C . . DP=3;ECNT=6;MBQ=31,29;MFRL=121,122;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0|1:74978637_CCT_C:74978637:0,1,2,0 chr11 74978651 . A C . . DP=3;ECNT=6;MBQ=28,23;MFRL=121,122;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,1:1,0:0|1:74978637_CCT_C:74978637:0,1,2,0 chr11 74978655 . G C . . DP=3;ECNT=6;MBQ=34,31;MFRL=121,122;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0|1:74978637_CCT_C:74978637:0,1,2,0 chr11 74978656 . CGG C . . DP=3;ECNT=6;MBQ=29,32;MFRL=121,122;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0|1:74978637_CCT_C:74978637:0,1,2,0 chr11 74978662 . A C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=28,34;MFRL=121,123;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:74978637_CCT_C:74978637:0,1,1,0 chr11 74988330 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr11 74992250 . C CCT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,30;MFRL=141,146;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:74992250_C_CCT:74992250:0,1,0,1 chr11 74992255 . CT TG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=141,146;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:74992250_C_CCT:74992250:0,1,0,1 chr11 74995350 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=40.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.941:15:0,8:0,6:0,0,5,10 chr11 75115875 . C A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=116,96;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=19.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,8:0.693:11:1,7:2,1:0,3,4,4 chr11 75115893 . C A . . 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DP=1;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:75439246_A_C:75439246:0,0,0,1 chr11 75439260 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:75439246_A_C:75439246:0,0,0,1 chr11 75439262 . GG AA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:75439246_A_C:75439246:0,0,0,1 chr11 75501852 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr11 75507626 . G C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,32;MFRL=162,109;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:75507626_G_C:75507626:1,1,0,1 chr11 75507633 . T C . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=29,22;MFRL=177,221;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr11 76370722 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=106,93;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr11 76371480 . CCCAGGGCTCTGGCGCCCAGTTCCAGTGTCT C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,17;MFRL=151,163;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,0:1,0:2,1,0,1 chr11 76506975 . C G . . DP=7;ECNT=4;MBQ=29,20;MFRL=133,30;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:0|1:76506975_C_G:76506975:1,4,1,1 chr11 76506980 . T C . . DP=7;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=133,30;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,0:2,2:0|1:76506975_C_G:76506975:1,4,1,1 chr11 76506983 . GCTACCTGGAGT G . . DP=6;ECNT=4;MBQ=31,20;MFRL=100,30;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0|1:76506975_C_G:76506975:1,3,1,1 chr11 76506997 . CTTGA C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=33,20;MFRL=66,30;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:1,2:0|1:76506975_C_G:76506975:0,3,1,1 chr11 76508172 . TGCCATGAG T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=188,93;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GCCATGAG;STR;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:1,0:5,2:5,1,1,1 chr11 76508843 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=160,444;MMQ=60,60;MPOS=5;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:2,0,2,0 chr11 76508941 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=133,75;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,0:0,2:0,3,1,1 chr11 76637730 . C G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=13.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,3:0,1:0,0,1,3 chr11 76637785 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr11 76687448 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 76701657 . G A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=18.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.888:7:0,4:0,2:0,0,1,6 chr11 76701731 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 76751541 . CT C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,35;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:76751541_CT_C:76751541:0,0,1,0 chr11 76751565 . C A . . 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A ATGAAACTACTGG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 77705734 . C CG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=9,32;MFRL=104,127;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=5,6;RU=G;STR;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.620:3:0,1:0,1:0,1,1,1 chr11 77775431 . T TACATACAATATAAAAAGAAACAAGGCTGGGCATGGTGGC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=161,115;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.484:3:0,1:1,0:0,2,0,1 chr11 77775466 . C G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 77790863 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=12.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr11 77811990 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,197;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr11 77825275 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr11 77832076 . T A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,189;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr11 77835320 . A ACGCCTGCAGTCCTAGCTACTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=168,96;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr11 77850517 . C A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=42.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.946:16:0,6:0,8:0,0,10,6 chr11 77885126 . G GAGTTGGATTAGGCATTGGT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=29,33;MFRL=154,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:1,2,0,1 chr11 77885127 . G C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=25,30;MFRL=124,182;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:77885127_G_C:77885127:1,2,0,1 chr11 77885130 . C CA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,29;MFRL=136,182;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:77885127_G_C:77885127:1,1,0,1 chr11 77911287 . TCCCCTGCCTGCTGCCCCTGGTGAGG T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=137,118;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.652:3:1,2:0,0:0,1,1,1 chr11 77921247 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=156,129;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0,1,2,0 chr11 77921351 . C CACACACACACACA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=107,129;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:1,1,0,2 chr11 77921680 . C T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,20;MFRL=75,88;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,0:2,2:0,2,1,1 chr11 77921737 . C CTCAGTTTG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,28;MFRL=88,132;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:77921737_C_CTCAGTTTG:77921737:0,1,0,1 chr11 77921740 . C G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,19;MFRL=88,132;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:77921737_C_CTCAGTTTG:77921737:0,1,0,1 chr11 77921742 . C A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=29,22;MFRL=88,132;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:77921737_C_CTCAGTTTG:77921737:0,1,0,1 chr11 77921747 . A C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=26,31;MFRL=88,132;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:77921737_C_CTCAGTTTG:77921737:0,1,0,1 chr11 77932694 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=138,127;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.197:13:7,1:4,1:9,2,2,0 chr11 78189685 . T A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=27,22;MFRL=124,94;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.189:19:6,0:10,3:7,9,0,3 chr11 78189825 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 78204073 . CACAGAT C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.686:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr11 78282560 . C CACACACAGAT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=34,31;MFRL=208,128;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.392:3:0,1:2,0:0,2,0,1 chr11 78372575 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=125,262;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:2,2:2,0:1,3,0,2 chr11 78399121 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,4,1 chr11 78399143 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=170,64;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,2:2,0:2,0,1,1 chr11 78431483 . AG A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,26;MFRL=73,114;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:3,0:0,1:0|1:78431483_AG_A:78431483:1,2,0,1 chr11 78431486 . A AG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=26,27;MFRL=73,114;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:2,0:0,1:0|1:78431483_AG_A:78431483:1,2,0,1 chr11 78431489 . AGGGTTAG A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=26,22;MFRL=139,73;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:78431489_AGGGTTAG_A:78431489:0,2,0,1 chr11 78431492 . G GCTGAC . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,28;MFRL=164,114;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:78431483_AG_A:78431483:0,1,0,1 chr11 78431499 . G C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,27;MFRL=164,73;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:78431489_AGGGTTAG_A:78431489:0,1,0,1 chr11 78443692 . A AATTTGCTGAAAT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 78482246 . A C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,33;MFRL=118,155;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:78482246_A_C:78482246:0,3,0,1 chr11 78482249 . A ACACTCTCTCTCT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=24,26;MFRL=118,155;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:78482246_A_C:78482246:0,3,0,1 chr11 78482251 . G T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,30;MFRL=132,155;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:78482246_A_C:78482246:0,2,0,1 chr11 78489793 . C A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:78489793_C_A:78489793:0,0,0,1 chr11 78489798 . C A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:78489793_C_A:78489793:0,0,0,1 chr11 78498188 . AGG A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,29;MFRL=109,85;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;RPA=4,2;RU=G;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,1,0 chr11 78498193 . C T,CTGGTAAGTAGTGGTAAGCTCAT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,25,32;MFRL=124,85,94;MMQ=60,60,60;MPOS=-2147483648,1;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.56,3.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,1,1:0.342,0.325:3:1,0,1:0,1,0:0,1,1,1 chr11 78498198 . G GGTATTTCAGT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=130,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:1,1,0,1 chr11 78567181 . G A . . 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G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=118,167;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:3,2:2,0:2,4,0,2 chr11 86270684 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=17.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.888:7:0,1:0,4:0,0,6,1 chr11 86382903 . G T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=173,91;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,0:1,2:0,3,1,1 chr11 86519264 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=137,71;MMQ=60,59;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=8.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.356:12:4,0:2,4:2,6,1,3 chr11 86519925 . C CGT . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=13,14;RU=GT;STR;TLOD=3.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.794:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr11 86521110 . A AAAGACT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=171,124;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.334:4:1,1:1,0:1,2,0,1 chr11 87006776 . G A . . 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C CCAAAG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=170,111;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:92616417_G_A:92616417:2,0,0,1 chr11 92715183 . C CATTTAATGCTATAAATT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,32;MFRL=117,131;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:92715183_C_CATTTAATGCTATAAATT:92715183:1,0,0,1 chr11 92715187 . A T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=20,27;MFRL=66,131;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:92715183_C_CATTTAATGCTATAAATT:92715183:2,1,0,1 chr11 92715190 . TA AC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=20,22;MFRL=66,131;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:92715183_C_CATTTAATGCTATAAATT:92715183:2,1,0,1 chr11 92715552 . C T . . 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DP=14;ECNT=1;MBQ=22,25;MFRL=123,89;MMQ=60,23;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=9.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.250:14:7,3:4,0:9,2,3,0 chr11 95724658 . C G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,33;MFRL=98,148;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,1:1,1:3,0,2,0 chr11 95825203 . TTGC T . . DP=23;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=122,96;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=TGC;STR;TLOD=7.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,5:0.303:17:5,4:5,0:5,7,2,3 chr11 95825344 . T C . . DP=27;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=65,119;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=35.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,14:0.628:22:1,9:6,3:4,4,10,4 chr11 95825374 . TTGCTGCTGCTGC T,TTGC . . DP=15;ECNT=2;MBQ=26,27,24;MFRL=131,156,64;MMQ=60,60,56;MPOS=14,10;POPAF=7.30,7.30;RPA=13,9,10;RU=TGC;STR;TLOD=5.61,8.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:3,2,4:0.242,0.458:9:0,1,2:2,1,1:3,0,4,2 chr11 96106661 . C G . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr11 113618968 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=16.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,2:0,0,5,0 chr11 113650841 . C CCTTCTACCATGATTGTAAGTTTCTTG . . DP=10;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=137,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.269:9:3,2:4,0:4,3,1,1 chr11 113650933 . G GT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,29;MFRL=136,137;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:0,1:0|1:113650933_G_GT:113650933:3,1,0,1 chr11 113650934 . G GTTA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=136,137;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:113650933_G_GT:113650933:3,1,0,1 chr11 113673856 . TAAGGCTTTACAAACAGTACAAACCAG T . . DP=24;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=112,70;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,2:0.120:23:3,1:3,1:16,5,2,0 chr11 113674653 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=146,488;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.299:8:2,0:4,2:0,6,2,0 chr11 113674688 . T TCATGTCATCTGGACCAA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=137,819;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0,3,1,0 chr11 113679119 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,85;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr11 113679156 . G T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=184,85;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr11 113680018 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=10.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr11 113802600 . CA TG . . DP=11;ECNT=3;MBQ=26,28;MFRL=77,111;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=10.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.416:10:5,2:1,1:2,4,2,2 chr11 113802601 . A G . . DP=11;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,85;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=14.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.914:9:0,7:0,2:0,0,4,5 chr11 113802682 . T TTCTG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,27;MFRL=139,172;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr11 113803887 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=11.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr11 113815204 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=136,130;MMQ=60,50;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.299:8:2,1:4,1:6,0,2,0 chr11 113816614 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,85;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr11 113848184 . G GCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=CT;STR;TLOD=6.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr11 113848618 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=65,108;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,0:1,2:2,1,1,1 chr11 113851924 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=132,103;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:3,2:4,0:4,3,2,0 chr11 113860239 . C G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=182,99;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:113860239_C_G:113860239:1,1,0,1 chr11 113860240 . C CTGAT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=182,99;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:113860239_C_G:113860239:1,1,0,1 chr11 113860242 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,22;MFRL=182,99;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:113860239_C_G:113860239:1,1,0,1 chr11 113934860 . C A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=100,80;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:2,2:6,0:2,6,2,0 chr11 113935314 . CC TT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=34,30;MFRL=208,154;MMQ=60,54;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:0,2,0,2 chr11 114167507 . G GTTT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,28;MFRL=122,151;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=1,4;RU=T;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:114167507_G_GTTT:114167507:0,1,0,1 chr11 114167509 . G T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=17,29;MFRL=122,151;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:114167507_G_GTTT:114167507:0,1,0,1 chr11 114167511 . C CCCCATCT . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=123,150;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr11 114401206 . T TATACCCC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=22,26;MFRL=158,72;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.394:3:0,1:1,0:0|1:114401206_T_TATACCCC:114401206:2,0,0,1 chr11 114401207 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=23,23;MFRL=158,72;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.388:3:0,1:2,0:0|1:114401206_T_TATACCCC:114401206:2,0,0,1 chr11 114401247 . A G . . DP=11;ECNT=3;MBQ=25,23;MFRL=85,93;MMQ=60,57;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.384:11:4,2:3,2:3,4,2,2 chr11 114401283 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=23,27;MFRL=91,149;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.584:10:3,3:1,3:1,3,4,2 chr11 114550320 . C T . . 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DP=5;ECNT=4;MBQ=29,33;MFRL=146,136;MMQ=60,42;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:117023334_G_C:117023334:0,4,0,1 chr11 117023347 . T TG . . DP=6;ECNT=4;MBQ=27,30;MFRL=176,137;MMQ=60,38;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,1:1,1:0,3,0,2 chr11 117023349 . A AATGCAATGGCACGC . . DP=6;ECNT=4;MBQ=24,25;MFRL=165,137;MMQ=60,33;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.282:5:2,1:2,0:0,4,0,1 chr11 117030581 . T A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=12.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,3:0,1:0,0,2,2 chr11 117030624 . AT A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=13.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.867:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr11 117034619 . G T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=27.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,6:0,4:0,0,3,7 chr11 117034702 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,32;MFRL=197,99;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr11 117049989 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=142,108;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:3,0,1,1 chr11 117053165 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=9.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr11 117054961 . A ACTGACTCTCTTGGGATC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr11 117059347 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=216,163;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0|1:117059347_C_T:117059347:1,0,2,0 chr11 117059353 . C T . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=26;PON;POPAF=7.30;TLOD=16.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,2,3 chr11 117252681 . GGT G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=131,185;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:117252681_GGT_G:117252681:0,1,0,1 chr11 117252683 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:0,1:0.684:1:0,1:0,0:1|0:117252681_GGT_G:117252681:0,0,0,1 chr11 117252685 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,28;MFRL=185,131;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1|0:117252681_GGT_G:117252681:0,1,0,1 chr11 117261893 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=68,35;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:1,2,1,1 chr11 117263776 . G GCCGAGGCAGGAGAATCAC . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=118,55;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:1,4,1,1 chr11 117265105 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=125,113;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:2,1:7,1:6,3,0,2 chr11 117265937 . G C . . DP=18;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=70,101;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=7.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.221:16:8,0:5,3:7,6,0,3 chr11 117266256 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=139,124;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:4,0,1,0 chr11 117266917 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=21,14;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,0:1,0:0|1:117266917_T_G:117266917:1,0,0,1 chr11 117266927 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:117266917_T_G:117266917:0,0,0,1 chr11 117278779 . G T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=163,80;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.325:4:2,0:1,1:0|1:117278779_G_T:117278779:0,3,0,1 chr11 117278783 . T TGTGCAGCTGTCCTG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=163,80;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:117278779_G_T:117278779:0,3,0,1 chr11 117282519 . T TGGATAATGTCCA . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=124,62;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,2:3,0:1,4,1,1 chr11 117282683 . T G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=133,123;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:117282683_T_G:117282683:0,2,0,1 chr11 117282688 . C CCTG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,27;MFRL=133,123;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:117282683_T_G:117282683:0,2,0,1 chr11 117299039 . G C . . DP=18;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=54.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.948:17:0,11:0,5:0,0,13,4 chr11 117301465 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=114,112;MMQ=60,59;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:4,1,0,2 chr11 117302493 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,28;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:117302493_G_T:117302493:0,1,0,1 chr11 117302494 . G GACTGCATCTCT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:117302493_G_T:117302493:0,1,0,1 chr11 117303108 . T C . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=122,173;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:117710613_AG_CT:117710613:0,1,0,1 chr11 117711177 . A ACTTCAAG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:117711177_A_ACTTCAAG:117711177:0,0,0,1 chr11 117711179 . T G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:117711177_A_ACTTCAAG:117711177:0,0,0,1 chr11 117711183 . G C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:117711177_A_ACTTCAAG:117711177:0,0,0,1 chr11 117773110 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr11 117776496 . C CAGATGGTAAGAGGCAAAAATGCTTGGTTG . . 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DP=11;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=110,142;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=20.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,8:0.689:11:3,5:0,2:0,3,2,6 chr11 128848681 . T TATC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=78,51;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0|1:128848681_T_TATC:128848681:0,1,1,1 chr11 128848684 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=78,51;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0|1:128848681_T_TATC:128848681:0,1,1,1 chr11 128856536 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=115,261;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.199:13:7,2:4,0:6,5,1,1 chr11 128857882 . TAAG T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=104,150;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AAG;STR;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,1:0,1:1,1,2,0 chr11 128910980 . AGT A . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=138,138;MMQ=60,43;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=24.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,8:0.818:9:0,8:1,0:1,0,8,0 chr11 134163143 . T TTC . . DP=6;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=72,33;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.427:5:0,2:3,0:0|1:134163143_T_TTC:134163143:1,2,1,1 chr11 134163144 . A C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=72,33;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:0,2:2,0:0|1:134163143_T_TTC:134163143:1,2,1,1 chr11 134181101 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=134,139;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=9.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,2:0,1:1,0,0,3 chr11 134184410 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr11 134188851 . A AT . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=171,84;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr11 134244071 . AAACACC A . . DP=15;ECNT=3;MBQ=28,18;MFRL=72,60;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:5,0:4,1:0|1:134244071_AAACACC_A:134244071:6,6,1,1 chr11 134244079 . A T . . DP=13;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=82,60;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:7,0:4,2:0|1:134244071_AAACACC_A:134244071:5,6,1,1 chr11 134244083 . T A . . DP=13;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=82,60;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:7,0:4,2:0|1:134244071_AAACACC_A:134244071:5,6,1,1 chr11 134253697 . G GCTGGAATAGTGAGCGT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:134253697_G_GCTGGAATAGTGAGCGT:134253697:0,0,0,1 chr11 134253703 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:134253697_G_GCTGGAATAGTGAGCGT:134253697:0,0,0,1 chr12 274572 . G C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=11.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,3,1 chr12 275120 . T TCCCTGGAG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 301843 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=34.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,4:0,6:0,0,2,8 chr12 304509 . GGAGCTGGGGCATGGCCAGTGCA G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,33;MFRL=136,185;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0,4,0,1 chr12 304538 . G GCA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=32,31;MFRL=170,127;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:304538_G_GCA:304538:0,3,0,1 chr12 304540 . A AGCT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=25,26;MFRL=170,127;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:304538_G_GCA:304538:0,3,0,1 chr12 304543 . C CAGGCCTGATCCAT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,32;MFRL=170,127;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:304538_G_GCA:304538:0,3,0,1 chr12 305254 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=16.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.869:5:0,2:0,3:0,0,5,0 chr12 309753 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 309932 . AT A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,23;MFRL=135,108;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:309932_AT_A:309932:0,1,0,1 chr12 309936 . C A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,21;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:309932_AT_A:309932:0,0,0,1 chr12 310901 . T C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,89;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=7.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.810:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr12 310948 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=133,97;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:2,1,1,1 chr12 311816 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,3845;MMQ=60,59;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=22.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,5:0,3:0,0,3,5 chr12 311949 . A G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=38.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.933:13:0,3:0,9:0,0,7,6 chr12 319045 . C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=96,143;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.157:17:7,0:8,2:3,12,1,1 chr12 330249 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=83,103;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.603:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr12 344464 . G GAACACTCC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=125,93;MMQ=54,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr12 351711 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=12.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.855:5:0,4:0,0:0,0,3,2 chr12 417241 . G GGTCTGCGTGCCCAC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=151,154;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr12 419038 . C T . . 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G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=15.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,0,5 chr12 539966 . T A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=184,176;MMQ=58,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:1,3,0,1 chr12 540016 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=182,226;MMQ=55,24;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr12 540994 . A G . . DP=17;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=56.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.947:17:0,10:0,7:0,0,8,9 chr12 547528 . T G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=127,119;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=12.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.499:10:4,0:1,5:2,3,4,1 chr12 549690 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,24;MFRL=123,109;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:549690_C_T:549690:1,0,1,0 chr12 549708 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=123,109;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0|1:549690_C_T:549690:1,0,1,1 chr12 653638 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=154,174;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:1,3,1,0 chr12 653703 . TC T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=C;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr12 653957 . A G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=18.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,5:0,2:0,0,7,0 chr12 653984 . T C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,59;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=17.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.888:7:0,2:0,4:0,0,6,1 chr12 655707 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,55;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr12 657551 . G GAGTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:657551_G_GAGTT:657551:0,0,0,1 chr12 657554 . A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:657551_G_GAGTT:657551:0,0,0,1 chr12 658871 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=135,125;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=12.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.627:6:0,2:2,2:2,0,4,0 chr12 661656 . A G . . DP=17;ECNT=1;MBQ=22,32;MFRL=121,145;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.375:14:1,0:7,5:4,5,2,3 chr12 661772 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=30,22;MFRL=110,119;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=19.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,8:0.642:12:3,6:1,2:0,4,2,6 chr12 662448 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=41.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.933:13:0,9:0,4:0,0,7,6 chr12 675198 . A AGAAGATG . . DP=12;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=160,50;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:5,2:4,0:0|1:675198_A_AGAAGATG:675198:7,3,1,1 chr12 675205 . G GGAGGGCTGAAGATATGGCCA . . DP=13;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=140,50;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:6,2:4,0:0|1:675198_A_AGAAGATG:675198:8,3,1,1 chr12 675255 . G A . . DP=11;ECNT=3;MBQ=30,25;MFRL=124,175;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:1,2:8,0:5,4,0,2 chr12 772673 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=14.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,0,5 chr12 863517 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=31.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,8:0,3:0,0,4,7 chr12 936401 . C T . . DP=25;ECNT=2;MBQ=25,30;MFRL=116,136;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,2:0.129:21:10,1:8,1:6,13,0,2 chr12 936468 . C G . . DP=11;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=32.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,6:0,5:0,0,5,6 chr12 968400 . C A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=159,130;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=17.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,7:0.500:14:4,2:3,5:4,3,6,1 chr12 970296 . G GA . . DP=19;ECNT=1;MBQ=31,35;MFRL=118,104;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=10,11;RU=A;STR;TLOD=4.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.235:15:5,2:6,0:7,5,2,1 chr12 987482 . G A . . DP=32;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=78.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,27:0.968:27:0,11:0,14:0,0,20,7 chr12 988714 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=32,175;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:4,2:4,0:2,6,2,0 chr12 990912 . A C . . DP=13;ECNT=2;MBQ=22,30;MFRL=156,141;MMQ=60,60;MPOS=8;PON;POPAF=7.30;TLOD=16.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,6:0.467:13:4,5:2,1:4,3,2,4 chr12 990934 . C T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=159,152;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=18.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.572:12:4,4:1,3:1,4,1,6 chr12 993087 . A G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,33;MFRL=185,162;MMQ=60,36;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:993087_A_G:993087:0,1,0,1 chr12 993092 . G C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,33;MFRL=185,162;MMQ=60,36;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:993087_A_G:993087:0,1,0,1 chr12 993094 . CG TA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=27,28;MFRL=185,162;MMQ=60,36;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:993087_A_G:993087:0,1,0,1 chr12 993101 . C G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,30;MFRL=185,162;MMQ=60,36;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:993087_A_G:993087:0,1,0,1 chr12 993930 . C T . . DP=19;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=111,73;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,8:0.500:16:2,6:6,2:4,4,5,3 chr12 994871 . A G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=122,505;MMQ=60,54;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.186:14:2,0:10,2:9,3,2,0 chr12 999762 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=24,33;MFRL=180,205;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,0,2 chr12 1022679 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=153,167;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=9.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,2:1,1:0,1,0,3 chr12 1023357 . C A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,25;MFRL=205,152;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:1023357_C_A:1023357:0,1,0,1 chr12 1023360 . 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DP=4;ECNT=5;MBQ=26,31;MFRL=159,123;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:1042248_T_G:1042248:1,2,0,1 chr12 1042252 . T C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=9,31;MFRL=141,123;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:0,0:0|1:1042248_T_G:1042248:1,2,0,1 chr12 1042254 . A G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=24,30;MFRL=166,123;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:1042248_T_G:1042248:0,2,0,1 chr12 1042259 . C A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=26,22;MFRL=166,123;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:1042248_T_G:1042248:0,2,0,1 chr12 1042261 . GA G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=0,13;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=A;STR;TLOD=5.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,0:0,0,0,2 chr12 1137679 . G A . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=130,120;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr12 1748834 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,261;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 1755295 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=144,154;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.499:6:2,1:1,2:2,1,2,1 chr12 1889823 . G A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=17.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,0,6 chr12 1889866 . A ATT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,24;MFRL=186,144;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=2,4;RU=T;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:1889866_A_ATT:1889866:0,1,0,1 chr12 1889871 . GCA TTT . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=27,12;MFRL=130,134;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:1909667_A_C:1909667:0,1,1,0 chr12 1910860 . G GT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=32,20;MFRL=165,63;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0|1:1910860_G_GT:1910860:0,2,1,1 chr12 1910862 . T A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=29,20;MFRL=165,63;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0|1:1910860_G_GT:1910860:0,2,1,1 chr12 1910865 . A G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=25,20;MFRL=165,63;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0|1:1910860_G_GT:1910860:0,2,1,1 chr12 1910867 . C A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=29,20;MFRL=165,63;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,1:0,0:0|1:1910860_G_GT:1910860:0,2,1,1 chr12 1919485 . C T . . DP=10;ECNT=3;MBQ=26,26;MFRL=108,130;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:4,1:4,1:3,5,2,0 chr12 1919543 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=10.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,3:0,0:0,0,0,3 chr12 1919567 . C CATGTAACACA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=129,137;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.388:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr12 1919635 . AGCT A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=10.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr12 1919870 . G GAGAAGGCTGAGAGTTGAGACCAGTAC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,33;MFRL=66,92;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr12 1919873 . T TGG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,27;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=G;STR;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:1,1:0,0:0|1:1919873_T_TGG:1919873:0,1,0,1 chr12 1919876 . ATC A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,21;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,1:0,0:0|1:1919873_T_TGG:1919873:0,1,0,1 chr12 1943988 . GAG TCT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 1965313 . C A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=125,142;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=12.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:3,3:1,2:3,1,2,3 chr12 1983744 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=93,131;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=15.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.539:11:2,4:3,2:3,2,5,1 chr12 1987442 . TA T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=135,56;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:4,0:1,2:4,1,1,1 chr12 1987569 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=133,110;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:5,2:2,0:1,6,1,1 chr12 1987605 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=35,27;MFRL=133,134;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=11.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:0,3:1,1:0,1,0,4 chr12 1993337 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=23.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,6:0,1:0,0,7,0 chr12 1995042 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=98,141;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=8.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.445:7:3,0:1,3:3,1,3,0 chr12 2016811 . CCTGGTGGGCGTGT C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,0;MMQ=60,48;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CTGGTGGGCGTGT;STR;TLOD=4.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.711:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 2062370 . G GAAGGCGGTAGGATTGTGGGAC . . 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DP=13;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=114,173;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=10.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,3:0.285:12:4,1:5,2:0|1:2558298_G_A:2558298:2,7,2,1 chr12 2558300 . T C . . DP=12;ECNT=2;MBQ=29,34;MFRL=114,173;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=10.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,3:0.286:12:4,1:5,2:0|1:2558298_G_A:2558298:2,7,2,1 chr12 2602307 . C G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=146,132;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=13.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.500:10:2,2:3,3:4,1,3,2 chr12 2659044 . TG T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=7.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr12 2659082 . G T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=88,147;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=8.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:2,2:0,1:1,1,2,1 chr12 2666109 . T TCTCTCTCTCTC . . 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C CAGTGAGGGGTGGCAG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,32;MFRL=89,125;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:3763623_C_CAGTGAGGGGTGGCAG:3763623:0,1,0,1 chr12 3763626 . C A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,20;MFRL=89,125;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:3763623_C_CAGTGAGGGGTGGCAG:3763623:0,1,0,1 chr12 3763634 . TCA T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,28;MFRL=0,89;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3763634_TCA_T:3763634:0,0,0,1 chr12 3763638 . C T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,29;MFRL=0,89;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3763634_TCA_T:3763634:0,0,0,1 chr12 3763645 . TC AA . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,21;MFRL=0,89;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3763634_TCA_T:3763634:0,0,0,1 chr12 3789562 . 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DP=15;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=121,81;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:4,0:9,2:7,6,1,1 chr12 3982461 . AT A . . DP=19;ECNT=3;MBQ=26,24;MFRL=124,158;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=4.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.237:15:6,2:5,0:4,8,0,3 chr12 3982482 . C T . . DP=11;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=143,129;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=16.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.538:11:2,3:3,3:0,5,1,5 chr12 3982513 . T C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=143,108;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0,3,0,1 chr12 4446116 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr12 4479730 . G A . . DP=13;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=107,90;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:5,0:5,2:3,8,1,1 chr12 4479756 . T G . . DP=11;ECNT=2;MBQ=20,28;MFRL=123,103;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.238:11:1,2:5,0:4,5,2,0 chr12 4481927 . C CACCACCATCACCA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=175,155;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 4481930 . A AAATATC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.681:1:0,1:0,0:0|1:4481930_A_AAATATC:4481930:0,0,0,1 chr12 4481935 . C A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,19;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:4481930_A_AAATATC:4481930:0,0,0,1 chr12 4645349 . G C . . DP=22;ECNT=4;MBQ=30,33;MFRL=122,92;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,2:0.134:20:8,0:9,2:0|1:4645349_G_C:4645349:4,14,0,2 chr12 4645351 . T C . . 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DP=18;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=170,139;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=25.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,10:0.579:17:1,6:6,4:7,0,9,1 chr12 4657992 . C CATGAACTCCTGATATGGT . . DP=10;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=146,65;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.269:9:2,0:5,2:4,3,1,1 chr12 4705391 . A G . . DP=16;ECNT=1;MBQ=22,31;MFRL=97,63;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=7.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.285:12:2,0:6,3:4,5,0,3 chr12 4708150 . T A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=147,151;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=8.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,1:0,2:1,0,3,0 chr12 4714008 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=16.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,5,0 chr12 4725134 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr12 4725148 . AG CA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=19,31;MFRL=191,145;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:4725148_AG_CA:4725148:0,1,0,1 chr12 4725151 . C CTAATTTTTGTATTTTTAGTAA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,32;MFRL=191,145;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:4725148_AG_CA:4725148:0,1,0,1 chr12 4735965 . T TC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=20,29;MFRL=90,1879;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=C;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:4735965_T_TC:4735965:1,1,0,1 chr12 4735969 . GA G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=20,32;MFRL=90,1879;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:4735965_T_TC:4735965:1,1,0,1 chr12 4736975 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=187,105;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:1,2:5,0:0|1:4736975_G_A:4736975:4,2,1,1 chr12 4736979 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=187,105;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.298:8:1,2:5,0:0|1:4736975_G_A:4736975:4,2,1,1 chr12 4737382 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=22,20;MFRL=101,100;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.517:4:0,0:1,2:2,0,1,1 chr12 4747426 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,28;MFRL=195,174;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:4747426_G_T:4747426:0,1,0,1 chr12 4747427 . A ATGGGGGCTGTCATT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,26;MFRL=195,174;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:4747426_G_T:4747426:0,1,0,1 chr12 4747429 . A AGAG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,28;MFRL=195,174;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:4747426_G_T:4747426:0,1,0,1 chr12 4768103 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=11.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,3,1 chr12 4768354 . A C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=11.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,4:0,0:0,0,1,3 chr12 4768437 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,194;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 4771682 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=156,103;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=21.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,9:0.666:13:3,5:1,4:4,0,7,2 chr12 4778795 . CTCCT C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,35;MFRL=141,152;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=TCCT;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr12 4794351 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=9.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.831:4:0,2:0,1:0,0,4,0 chr12 4853912 . AT A . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=134,154;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 6060960 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=142,128;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=8.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:3,0:2,4:4,1,4,0 chr12 6062853 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 6076858 . C CACACAGCCACA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=149,140;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 6078616 . T G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=23.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,5:0,2:0,0,1,6 chr12 6094845 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=10.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0,0,1,3 chr12 6122726 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=109,134;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:6,1:6,1:6,6,1,1 chr12 6127911 . T TCAAGC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,135;MMQ=60,53;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 6128910 . C CAAGACTCAA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=157,165;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 6134843 . G GTGCTC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,145;MMQ=60,27;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 6145529 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=22.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,5:0,2:0,0,5,2 chr12 6156044 . A T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=23,30;MFRL=120,141;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:6156044_A_T:6156044:0,2,0,1 chr12 6156050 . A T . . 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C A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=119,122;MMQ=60,59;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.211:17:6,3:8,0:8,6,3,0 chr12 6458084 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=105,158;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=12.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.429:12:5,3:2,2:3,4,1,4 chr12 6463862 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=19.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,6,0 chr12 6465097 . G GACTTT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,33;MFRL=187,86;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:6465097_G_GACTTT:6465097:0,2,0,1 chr12 6465100 . A AGGGC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,25;MFRL=184,86;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:2,1:0|1:6465097_G_GACTTT:6465097:0,3,0,1 chr12 6465103 . A T . . 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DP=6;ECNT=2;MBQ=34,31;MFRL=105,109;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:0,1:2,2:0,2,0,3 chr12 6575191 . A T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=18.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.891:6:0,3:0,3:0,0,1,5 chr12 6575476 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=149,70;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.234:15:4,1:8,2:5,7,1,2 chr12 6579565 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=10.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr12 6579757 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=24.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,4:0,5:0,0,1,8 chr12 6619054 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,767;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr12 6619402 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=148,156;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:0,2:1,0:0,1,0,2 chr12 6620036 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,209;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 6620495 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=166,151;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=10.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.540:9:2,3:1,2:0,4,0,5 chr12 6632536 . C G . . DP=18;ECNT=7;MBQ=31,31;MFRL=136,59;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.157:17:6,0:6,2:9,6,2,0 chr12 6632582 . G A . . DP=5;ECNT=7;MBQ=33,26;MFRL=178,219;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:6632582_G_A:6632582:0,4,0,1 chr12 6632586 . C T . . DP=5;ECNT=7;MBQ=25,31;MFRL=178,198;MMQ=60,30;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:3,1:0|1:6632586_C_T:6632586:0,4,0,1 chr12 6632592 . CA TT . . DP=5;ECNT=7;MBQ=33,31;MFRL=178,219;MMQ=48,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:6632582_G_A:6632582:0,4,0,1 chr12 6632593 . A T . . DP=5;ECNT=7;MBQ=25,30;MFRL=174,198;MMQ=60,30;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:0,0:2,1:0|1:6632586_C_T:6632586:0,3,0,1 chr12 6632597 . C T . . DP=4;ECNT=7;MBQ=31,30;MFRL=174,198;MMQ=60,30;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:6632586_C_T:6632586:0,3,0,1 chr12 6632599 . CA TG . . DP=3;ECNT=7;MBQ=32,30;MFRL=169,198;MMQ=48,30;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:6632586_C_T:6632586:0,2,0,1 chr12 6635567 . A T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=137,145;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:3,1:3,1:1,5,1,1 chr12 6638791 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=132,63;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:0,2,1,1 chr12 6639088 . A G . . DP=7;ECNT=4;MBQ=26,26;MFRL=138,115;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.555:7:2,4:1,0:1,2,2,2 chr12 6639134 . A C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=26,31;MFRL=135,126;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:6639134_A_C:6639134:2,2,0,1 chr12 6639136 . A ACCTCGGCCTCCCAAAGT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=27,25;MFRL=135,126;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:6639134_A_C:6639134:2,2,0,1 chr12 6639181 . G C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,34;MFRL=138,132;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr12 6640152 . C T . . DP=21;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=130,111;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.187:19:10,1:6,2:9,7,2,1 chr12 6640165 . G A . . DP=19;ECNT=2;MBQ=25,29;MFRL=125,133;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,2:0.143:19:10,0:7,2:9,8,0,2 chr12 6643927 . T G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=153,122;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.288:12:3,0:5,3:8,1,3,0 chr12 6645565 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,14;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.792:3:0,0:0,1:0,0,3,0 chr12 6646320 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=149,58;MMQ=55,57;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,2:0,0:0,1,1,1 chr12 6646340 . G GGCTCACTCTGGGCACTATGTAGCT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,58;MMQ=60,57;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr12 6657538 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr12 6658715 . GGGGGA G . . DP=6;ECNT=4;MBQ=20,31;MFRL=82,127;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:1,1:2,0:0|1:6658715_GGGGGA_G:6658715:1,2,0,1 chr12 6658723 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=23,23;MFRL=108,127;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:6658715_GGGGGA_G:6658715:0,2,0,1 chr12 6658725 . A ATAAGAATCGCTTGAACCTGG . . DP=3;ECNT=4;MBQ=25,25;MFRL=105,134;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr12 6658729 . AC GT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=22,28;MFRL=105,134;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,1:0.400:3:0,1:1,0:1|0:6658715_GGGGGA_G:6658715:0,2,0,1 chr12 6660219 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6660219_C_T:6660219:0,0,0,1 chr12 6660225 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6660219_C_T:6660219:0,0,0,1 chr12 6666257 . G A . . DP=21;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=137,105;MMQ=60,59;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,3:0.174:21:8,3:10,0:8,10,3,0 chr12 6669882 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=146,133;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:2,1,1,0 chr12 6671154 . ATTT A . . DP=23;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=96,126;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=18,15;RU=T;STR;TLOD=6.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:3,3:1,0:4,1,3,1 chr12 6675555 . AC A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6675555_AC_A:6675555:0,0,0,1 chr12 6675563 . G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6675555_AC_A:6675555:0,0,0,1 chr12 6675566 . G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6675555_AC_A:6675555:0,0,0,1 chr12 6687098 . C CCATAATAAACATACACT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=34,31;MFRL=140,107;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0,4,0,1 chr12 6687124 . AAGAACCTCAAACTAAAAGACCTTC A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=140,221;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:1,1:2,2,0,1 chr12 6687662 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=113,75;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:1,0:6,2:2,5,1,1 chr12 6700648 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=151,94;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,2:2,0:2,1,1,1 chr12 6702881 . ACTGAC A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,200;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 6705122 . C CA . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=65,167;MMQ=60,43;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=15,16;RU=A;STR;TLOD=7.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.658:5:1,0:0,3:1,1,3,0 chr12 6707662 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6707662_A_C:6707662:0,0,0,1 chr12 6707664 . TT AG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6707662_A_C:6707662:0,0,0,1 chr12 6709614 . A C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=26,30;MFRL=139,203;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.418:3:0,0:2,1:0|1:6709614_A_C:6709614:0,2,1,0 chr12 6709618 . C CACAACAGT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=32,34;MFRL=176,130;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.390:3:0,0:2,1:0|1:6709618_C_CACAACAGT:6709618:1,1,0,1 chr12 6709620 . C CCCAGAGTGTGAT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=30,32;MFRL=176,130;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.390:3:0,0:2,1:0|1:6709618_C_CACAACAGT:6709618:1,1,0,1 chr12 6709621 . GA CC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=139,203;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:6709614_A_C:6709614:0,2,1,0 chr12 6710917 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=98,107;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.250:14:3,0:8,3:3,8,0,3 chr12 6711259 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=140,146;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:5,2:2,0:6,1,1,1 chr12 6711561 . C T . . DP=31;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=107,108;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:27,2:0.098:29:16,0:9,2:0|1:6711561_C_T:6711561:11,16,1,1 chr12 6711567 . G T . . DP=33;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=106,108;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:31,2:0.087:33:21,0:9,2:0|1:6711561_C_T:6711561:14,17,1,1 chr12 6730687 . T TGGGTGTAA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=151,163;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 6755933 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=106,118;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:0,0:3,2:2,1,1,1 chr12 6762026 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr12 6778163 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,27;MFRL=124,46;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,2:1,0:3,0,1,1 chr12 6788751 . T A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=127,107;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.491:2:0,0:1,1:0|1:6788751_T_A:6788751:0,1,0,1 chr12 6788755 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=35,26;MFRL=127,107;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:6788751_T_A:6788751:0,1,0,1 chr12 6788756 . A AGTAATACCAGTTTTTCTTT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,27;MFRL=127,107;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:6788751_T_A:6788751:0,1,0,1 chr12 6804615 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=122,164;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:2,2:2,0:3,1,1,1 chr12 6804902 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr12 6859257 . A ACACACACACAC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=167,141;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr12 6860042 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=142,109;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=13.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:1,0:1,5:0,2,0,5 chr12 6861043 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=26,34;MFRL=98,132;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=8.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.333:10:3,2:4,1:3,4,3,0 chr12 6879279 . A G . . 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DP=4;ECNT=5;MBQ=32,27;MFRL=169,91;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.394:3:1,0:1,1:0|1:6909403_C_CGATGGGGG:6909403:2,0,0,1 chr12 6909406 . A G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,29;MFRL=169,91;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:6909403_C_CGATGGGGG:6909403:2,0,0,1 chr12 6909411 . G C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=32,33;MFRL=169,91;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:6909403_C_CGATGGGGG:6909403:2,0,0,1 chr12 6923261 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,34;MFRL=152,166;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr12 6924109 . C T . . DP=15;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=126,111;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=20.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,9:0.590:15:4,7:2,2:2,4,7,2 chr12 6924127 . G A . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=364,84;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:6935313_C_A:6935313:2,0,1,0 chr12 6935317 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,33;MFRL=364,84;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:6935313_C_A:6935313:2,0,1,0 chr12 6935955 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,33;MFRL=86,131;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.539:11:4,3:1,3:2,3,3,3 chr12 6941021 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=144,137;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.427:12:2,2:5,3:4,3,4,1 chr12 6942672 . A C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,33;MFRL=168,163;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=5.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,2:3,0:4,0,2,0 chr12 6943002 . GCCTGGAGGGTCTGGGGGCTGCCAGCTACTGCTCTGCCTGCCCTTAGGGGATGCTCAGCCCCCTCTGCTCTGTCTTTTCCCTGGCAGATGTCCTTCT G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=128,120;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,4:0.233:14:2,0:0,3:7,3,1,3 chr12 6946545 . C A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 6948536 . A AGCTC . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,25;MFRL=150,107;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:6948536_A_AGCTC:6948536:1,2,0,1 chr12 6948537 . A AGACTC . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,24;MFRL=150,107;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:6948536_A_AGCTC:6948536:1,2,0,1 chr12 6948692 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=22,32;MFRL=149,181;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=9.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,1:0,2:0,1,0,3 chr12 6956138 . G GAATACAACAGATAAT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 6959095 . AC A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=C;STR;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 6966979 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,34;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6966979_A_C:6966979:0,0,0,1 chr12 6966984 . C G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,33;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6966979_A_C:6966979:0,0,0,1 chr12 6966985 . T TA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6966979_A_C:6966979:0,0,0,1 chr12 6966987 . G GCAAAAACCACATCTGTC . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6966979_A_C:6966979:0,0,0,1 chr12 6968785 . C CAAGAAATAGAA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=135,96;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0,4,0,1 chr12 6971702 . A C . . DP=17;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=112,37;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.171:16:5,0:8,2:6,8,1,1 chr12 7015200 . G GTATAA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:7015200_G_GTATAA:7015200:0,0,0,1 chr12 7015201 . G GC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:7015200_G_GTATAA:7015200:0,0,0,1 chr12 7015915 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 7016529 . C A . . DP=14;ECNT=3;MBQ=33,20;MFRL=108,49;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.198:13:4,2:7,0:0|1:7016529_C_A:7016529:6,5,1,1 chr12 7016531 . G C . . DP=14;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=110,49;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:4,2:7,0:0|1:7016529_C_A:7016529:7,5,1,1 chr12 7016533 . A ACAGGTCACGC . . DP=14;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=110,49;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:5,2:7,0:0|1:7016529_C_A:7016529:7,5,1,1 chr12 7019265 . GG AT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,87;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:7019265_GG_AT:7019265:0,0,0,1 chr12 7019268 . C CCTGCTCCCTCTCAAT . . 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TGTGTGTGCAAGTGTGTGCAC T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=183,0;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:2,0,0,1 chr12 7548641 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=118,135;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:5,2:2,0:4,3,0,2 chr12 7548994 . G GCCTCCCAAA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=166,77;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr12 7549000 . ATGTTGCAT A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,23;MFRL=137,194;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:7549000_ATGTTGCAT_A:7549000:0,1,0,1 chr12 7549010 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=22,27;MFRL=137,194;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:7549000_ATGTTGCAT_A:7549000:0,1,0,1 chr12 7559514 . CT AA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,22;MFRL=116,166;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr12 7585893 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 7585971 . A G . . DP=16;ECNT=1;MBQ=23,20;MFRL=125,97;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.436:14:3,3:5,3:5,3,4,2 chr12 7596855 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 7632622 . TA T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=A;STR;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 7638020 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,72;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr12 7639173 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=139,154;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:5,0:3,2:3,5,0,2 chr12 7639661 . A AT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,24;MFRL=138,158;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:7639661_A_AT:7639661:0,2,0,1 chr12 7639663 . G GGTGC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,30;MFRL=138,158;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:7639661_A_AT:7639661:0,2,0,1 chr12 7639664 . A AG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,24;MFRL=138,158;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:7639661_A_AT:7639661:0,2,0,1 chr12 7640456 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=125,124;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.276:9:5,2:0,0:4,3,0,2 chr12 7640589 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=121,112;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.626:6:2,2:0,2:1,1,2,2 chr12 7651497 . CACAG C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=34,20;MFRL=53,54;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:7651497_CACAG_C:7651497:2,2,1,1 chr12 7651502 . T TTA . . DP=6;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=53,54;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TA;STR;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:7651497_CACAG_C:7651497:2,2,1,1 chr12 7803562 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr12 7805467 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,189;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr12 7807138 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=9.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr12 7864313 . C CTCG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=112,125;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 7868665 . A C . . DP=11;ECNT=4;MBQ=28,31;MFRL=139,106;MMQ=60,50;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:1,1:8,1:9,0,2,0 chr12 7868677 . CA TG . . DP=18;ECNT=4;MBQ=31,26;MFRL=128,57;MMQ=60,50;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.157:17:3,1:11,0:0|1:7868677_CA_TG:7868677:15,0,1,1 chr12 7868685 . AA TG . . DP=20;ECNT=4;MBQ=28,28;MFRL=128,0;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,3:0.182:20:3,2:14,0:0|1:7868677_CA_TG:7868677:15,2,1,2 chr12 7868691 . C T . . 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DP=4;ECNT=3;MBQ=30,32;MFRL=218,169;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=9.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,1:0,2:0,1,0,3 chr12 7894222 . G C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,33;MFRL=169,188;MMQ=60,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr12 7899089 . A AGGGCCTAACAC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=113,107;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.501:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr12 7922681 . G T . . DP=31;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=92,122;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:28,2:0.093:30:13,2:14,0:20,8,1,1 chr12 7945829 . G C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,178;MMQ=60,43;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=24.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,5:0,3:0,0,1,7 chr12 7945871 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,198;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 7947017 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=30.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,4:0,5:0,0,8,1 chr12 7947304 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,116;MMQ=60,40;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=25.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,2:0,6:0,0,1,7 chr12 7970347 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,111;MMQ=60,50;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr12 7974021 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,175;MMQ=60,24;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 7980035 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=124,135;MMQ=57,30;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=24.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,8:0.824:9:1,1:0,7:1,0,5,3 chr12 7980192 . G A . . DP=15;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=117,60;MMQ=27,53;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.186:14:9,0:3,2:0|1:7980192_G_A:7980192:3,9,1,1 chr12 7980196 . T C . . DP=14;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=117,60;MMQ=27,53;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:9,0:3,2:0|1:7980192_G_A:7980192:3,9,1,1 chr12 7981540 . TG CA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,35;MFRL=156,168;MMQ=60,30;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:7981540_TG_CA:7981540:0,2,0,1 chr12 7981550 . A G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=24,33;MFRL=156,168;MMQ=60,30;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:7981540_TG_CA:7981540:0,2,0,1 chr12 7981554 . T C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,34;MFRL=156,168;MMQ=60,30;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:7981540_TG_CA:7981540:0,2,0,1 chr12 7981558 . C T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=169,168;MMQ=60,30;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:7981540_TG_CA:7981540:0,1,0,1 chr12 7985460 . T C . . DP=12;ECNT=2;MBQ=27,34;MFRL=113,155;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.307:11:5,0:3,3:2,6,0,3 chr12 7985486 . G GGAGAAGAGGAGGAGGCGCC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=155,93;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.325:4:1,1:2,0:0,3,0,1 chr12 8082282 . C T . . DP=27;ECNT=1;MBQ=32,23;MFRL=122,248;MMQ=40,43;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:23,3:0.141:26:8,0:15,3:7,16,3,0 chr12 8088766 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=14.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,1:0,0,1,3 chr12 8201480 . T TATCTA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,26;MFRL=185,169;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:8201480_T_TATCTA:8201480:0,1,0,1 chr12 8201481 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=35,28;MFRL=185,169;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:8201480_T_TATCTA:8201480:0,1,0,1 chr12 8245239 . C G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=26.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,3:0,5:0,0,8,0 chr12 8245580 . C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=116,0;MMQ=60,54;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.158:17:4,0:10,2:10,5,0,2 chr12 8276432 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr12 8278181 . A T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=34.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,6:0,5:0,0,5,6 chr12 8289300 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 8329574 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,170;MMQ=60,32;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=10.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr12 8329833 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,135;MMQ=60,40;MPOS=9;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,2:0,3:0,0,0,5 chr12 8330192 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,115;MMQ=60,42;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr12 8374770 . G A . . DP=11;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=29.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,7:0,3:0,0,2,8 chr12 8374781 . C CACG . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=39.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,5:0,3:0,0,2,7 chr12 8375415 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,168;MMQ=60,40;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 8375427 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,168;MMQ=60,40;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 8376144 . G GAGGGAATCGGGGAACCCCATCTT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=33,34;MFRL=136,124;MMQ=42,40;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.324:4:1,0:1,1:1,2,0,1 chr12 8376181 . C G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,34;MFRL=0,152;MMQ=60,42;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=9.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr12 8376205 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,152;MMQ=60,40;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr12 8376758 . G T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=127,71;MMQ=46,42;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:4,1:1,1:0,5,2,0 chr12 8608583 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=9.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr12 8617982 . G A . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=151,104;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:2,0,1,0 chr12 8693240 . C A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=15.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.833:4:0,1:0,2:0|1:8693240_C_A:8693240:0,0,3,1 chr12 8693245 . A AC . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=15.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.833:4:0,1:0,1:0|1:8693240_C_A:8693240:0,0,3,1 chr12 8693419 . T TTCTC . . DP=23;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=125,117;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=6,8;RU=TC;STR;TLOD=55.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,15:0.895:16:1,6:0,9:0,1,3,12 chr12 8757481 . G A . . DP=30;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=84.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,28:0.968:28:0,10:0,18:0,0,14,14 chr12 8757521 . T TA . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=142,107;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=7.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.626:6:0,2:1,1:2,0,2,2 chr12 9223177 . G A . . DP=24;ECNT=1;MBQ=30,22;MFRL=105,115;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=14.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,8:0.345:24:6,5:10,3:5,11,4,4 chr12 9230038 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=144,130;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=17.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.583:10:3,4:1,2:1,3,1,5 chr12 9242924 . G C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=109,132;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=7.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:4,0:0,3:3,1,3,0 chr12 9248386 . TC AT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,140;MMQ=60,28;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:9248386_TC_AT:9248386:0,0,0,1 chr12 9248396 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,140;MMQ=60,28;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:9248386_TC_AT:9248386:0,0,0,1 chr12 9248397 . G GAAGCACAAT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,140;MMQ=60,28;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:9248386_TC_AT:9248386:0,0,0,1 chr12 9253894 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,56;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=7.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,1,2 chr12 9256943 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=110,134;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:5,1:6,1:4,7,1,1 chr12 9264946 . T G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=96,117;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.444:9:1,1:4,2:3,2,3,1 chr12 9268473 . A C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=23,30;MFRL=108,114;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=7.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.308:11:2,3:6,0:2,6,0,3 chr12 9304268 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=128,118;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:0,0:3,2:0,3,1,1 chr12 9305473 . T C . . DP=20;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=141,118;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=31.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,11:0.572:19:4,5:4,6:4,4,7,4 chr12 9310008 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,606;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr12 9310959 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=15.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr12 9311251 . C G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,30;MFRL=131,191;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:9311251_C_G:9311251:0,1,0,1 chr12 9311265 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:9311251_C_G:9311251:0,0,0,1 chr12 9312675 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=130,221;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:2,0:2,2:0,4,2,0 chr12 9316953 . G GCTGGCTGGATGGCTTGGCT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 9317784 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,94;MMQ=60,42;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr12 9322259 . A AAGAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,22;MFRL=149,142;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr12 9352908 . C A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=33.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,4:0,7:0,0,9,2 chr12 9353875 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=178,78;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.443:7:3,3:1,0:2,2,2,1 chr12 9571547 . C G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,183;MMQ=60,37;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=8.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr12 9571569 . C CTGGCTACAAT . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,145;MMQ=60,37;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr12 9574119 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,112;MMQ=60,39;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 9574319 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,111618;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=12.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0|1:9574319_C_T:9574319:0,0,3,0 chr12 9574328 . C CGGGG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,111618;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=12.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0|1:9574319_C_T:9574319:0,0,3,0 chr12 9577310 . A C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,144;MMQ=60,57;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr12 9580203 . G C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,142;MMQ=60,40;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=25.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,5:0,3:0,0,7,1 chr12 9580329 . T TAGGATA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=145,42;MMQ=57,55;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:0,2:3,0:0,3,1,1 chr12 9585129 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,169;MMQ=60,26;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr12 9585487 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,116;MMQ=60,25;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr12 9590505 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,173;MMQ=60,27;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr12 9590651 . A ACTGAGTAAC . . DP=26;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=101,121;MMQ=27,27;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=CTGAGTAAC;STR;TLOD=24.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,8:0.521:15:6,1:1,4:4,3,1,7 chr12 9596086 . G GAAT . . DP=3;ECNT=6;MBQ=32,32;MFRL=198,121;MMQ=40,40;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:9596086_G_GAAT:9596086:0,2,0,1 chr12 9596088 . C T . . DP=3;ECNT=6;MBQ=27,28;MFRL=198,121;MMQ=40,40;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:9596086_G_GAAT:9596086:0,2,0,1 chr12 9596091 . A T . . DP=3;ECNT=6;MBQ=24,28;MFRL=121,198;MMQ=40,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr12 9596092 . A C . . DP=3;ECNT=6;MBQ=26,30;MFRL=198,121;MMQ=40,40;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:9596086_G_GAAT:9596086:0,2,0,1 chr12 9596094 . G T . . DP=3;ECNT=6;MBQ=32,26;MFRL=198,121;MMQ=40,40;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:9596086_G_GAAT:9596086:0,2,0,1 chr12 9596097 . G A . . DP=3;ECNT=6;MBQ=32,21;MFRL=198,121;MMQ=40,40;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:9596086_G_GAAT:9596086:0,2,0,1 chr12 9751035 . C CAT . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=AT;STR;TLOD=43.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,5:0,5:0,0,9,1 chr12 9754221 . A AAAAC . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=AAAC;STR;TLOD=21.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.878:5:0,3:0,1:0,0,0,5 chr12 9906067 . T C . . DP=25;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=67.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.960:22:0,9:0,13:0,0,17,5 chr12 9980243 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr12 9986059 . AGGCTTT A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=129,51;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:5,2:2,0:4,3,1,1 chr12 9994445 . GTGT G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=TGT;STR;TLOD=23.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,4:0,2:0,0,4,2 chr12 10015082 . G A . . DP=63;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=117,106;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=41.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:39,22:0.362:61:15,9:24,13:27,12,10,12 chr12 10069364 . C T . . DP=28;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=117,121;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,3:0.138:27:12,0:12,3:10,14,0,3 chr12 10074626 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=30,22;MFRL=126,112;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,6:0.388:16:4,3:6,3:8,2,4,2 chr12 10074834 . GA G . . DP=9;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=137,110;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=9,8;RU=A;STR;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:3,2:1,1:2,2,1,2 chr12 10074914 . T TCCCAA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=218,144;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:10074914_T_TCCCAA:10074914:0,1,0,1 chr12 10074916 . G C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,31;MFRL=218,144;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:10074914_T_TCCCAA:10074914:0,1,0,1 chr12 10078946 . CAAATT C . . DP=20;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=137,130;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=25.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,7:0.422:17:7,4:3,3:3,7,3,4 chr12 10124336 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=17.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,3:0,2:0,0,1,4 chr12 10131684 . T G . . DP=18;ECNT=1;MBQ=13,31;MFRL=185,121;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=47.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,15:0.928:16:0,7:0,8:0,1,6,9 chr12 10137645 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 10147850 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=8,25;MFRL=199,146;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.502:2:0,0:0,1:0|1:10147850_T_C:10147850:0,1,0,1 chr12 10147852 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,22;MFRL=199,146;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.502:2:1,0:0,1:0|1:10147850_T_C:10147850:0,1,0,1 chr12 10149406 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=20.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,6,0 chr12 10149576 . CA AG . . DP=17;ECNT=2;MBQ=32,26;MFRL=111,114;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.155:17:7,2:8,0:6,9,1,1 chr12 10149657 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=10.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr12 10167277 . G C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=20,35;MFRL=105,132;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.375:14:4,2:5,3:6,3,1,4 chr12 10205434 . T TACTCTGTTTCCCAGG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=132,105;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr12 10215582 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr12 10217326 . C CTT . . DP=22;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=81.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,20:0.956:20:0,12:0,8:0,0,12,8 chr12 10226089 . CA C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:10226089_CA_C:10226089:0,0,0,1 chr12 10226093 . T C . . 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DP=13;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=117,126;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=9.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.357:12:3,3:5,1:3,5,3,1 chr12 10759032 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=161,143;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=10.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:1,3:0,1:0,1,0,4 chr12 10763236 . G C . . DP=59;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=90,88;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=70.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:31,26:0.458:57:14,13:17,13:8,23,9,17 chr12 10772656 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=22,23;MFRL=90,157;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:10772656_G_A:10772656:1,0,0,1 chr12 10772663 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=90,157;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:10772656_G_A:10772656:1,0,0,1 chr12 10772983 . A G . . 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DP=21;ECNT=13;MBQ=27,27;MFRL=114,129;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=16.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,6:0.331:19:6,3:7,3:0|1:11174372_C_G:11174372:8,5,1,5 chr12 11174380 . C T . . DP=17;ECNT=13;MBQ=25,29;MFRL=114,129;MMQ=60,50;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=13.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,4:0.263:17:6,1:6,3:0|1:11174372_C_G:11174372:8,5,0,4 chr12 11174390 . G A . . DP=15;ECNT=13;MBQ=31,27;MFRL=117,122;MMQ=60,40;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=9.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,3:0.235:15:6,1:6,2:0|1:11174372_C_G:11174372:7,5,0,3 chr12 11174397 . T A . . DP=15;ECNT=13;MBQ=24,26;MFRL=114,117;MMQ=60,40;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=13.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,4:0.294:15:4,1:7,3:0|1:11174372_C_G:11174372:5,6,1,3 chr12 11174416 . A G . . DP=16;ECNT=13;MBQ=25,32;MFRL=119,122;MMQ=60,39;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,3:0.222:16:5,0:8,2:0|1:11174372_C_G:11174372:3,10,1,2 chr12 11174710 . C G . . DP=11;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=97,75;MMQ=60,33;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:5,2:4,0:4,5,1,1 chr12 11174753 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr12 11174755 . A ACTCCCC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,24;MFRL=127,93;MMQ=53,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr12 11182998 . CA TC . . DP=25;ECNT=10;MBQ=32,25;MFRL=116,110;MMQ=60,40;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=23.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,7:0.347:21:9,3:5,4:8,6,6,1 chr12 11183042 . C G . . DP=29;ECNT=10;MBQ=31,32;MFRL=123,124;MMQ=60,40;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:22,6:0.233:28:16,2:6,4:0|1:11183042_C_G:11183042:10,12,1,5 chr12 11183046 . C T . . 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G A . . DP=25;ECNT=10;MBQ=31,27;MFRL=136,181;MMQ=40,37;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=12.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,4:0.185:25:13,1:6,2:0|1:11183107_T_C:11183107:9,12,0,4 chr12 11183123 . T C . . DP=25;ECNT=10;MBQ=26,35;MFRL=135,178;MMQ=40,36;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=8.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:22,3:0.148:25:12,0:7,2:0|1:11183107_T_C:11183107:10,12,0,3 chr12 11183142 . T G . . DP=24;ECNT=10;MBQ=25,33;MFRL=135,200;MMQ=40,38;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:22,2:0.115:24:11,0:9,2:0|1:11183107_T_C:11183107:9,13,0,2 chr12 11183451 . A T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=40.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.933:13:0,8:0,5:0,0,6,7 chr12 11183676 . C T . . DP=43;ECNT=4;MBQ=31,25;MFRL=125,108;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=30.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,15:0.380:40:14,8:11,7:12,13,6,9 chr12 11183697 . C A . . 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DP=19;ECNT=15;MBQ=32,25;MFRL=136,143;MMQ=60,40;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=9.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.190:19:10,1:6,2:6,10,3,0 chr12 11214326 . G C . . DP=19;ECNT=15;MBQ=32,31;MFRL=136,143;MMQ=60,40;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=9.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.190:19:9,1:6,2:6,10,3,0 chr12 11214330 . G A . . DP=17;ECNT=15;MBQ=31,28;MFRL=132,136;MMQ=60,43;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=12.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,4:0.263:17:8,2:5,2:5,8,4,0 chr12 11214336 . A T . . DP=17;ECNT=15;MBQ=26,24;MFRL=131,143;MMQ=60,40;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=9.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.211:17:9,1:4,2:6,8,3,0 chr12 11214351 . G C . . DP=14;ECNT=15;MBQ=32,21;MFRL=140,154;MMQ=60,35;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.232:11:5,0:3,1:0|1:11214351_G_C:11214351:3,6,2,0 chr12 11214360 . C A . . 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DP=22;ECNT=4;MBQ=25,24;MFRL=110,129;MMQ=52,50;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,2:0.124:22:4,1:14,1:9,11,2,0 chr12 11244091 . C T . . DP=22;ECNT=4;MBQ=31,25;MFRL=115,110;MMQ=55,49;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=9.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,3:0.173:21:2,1:16,2:0|1:11244091_C_T:11244091:9,9,3,0 chr12 11244096 . TG CA . . DP=24;ECNT=4;MBQ=24,31;MFRL=111,108;MMQ=52,53;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=13.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:19,5:0.230:24:3,1:16,2:0|1:11244091_C_T:11244091:10,9,4,1 chr12 11244102 . G C . . DP=25;ECNT=4;MBQ=31,27;MFRL=115,108;MMQ=55,53;MPOS=4;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,7:0.296:25:3,3:14,4:0|1:11244091_C_T:11244091:10,8,5,2 chr12 11244166 . G C . . DP=25;ECNT=5;MBQ=31,27;MFRL=109,123;MMQ=40,51;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=33.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,13:0.520:25:6,8:5,5:4,8,6,7 chr12 11244169 . G A . . 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DP=28;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=105,70;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=19.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,7:0.266:28:6,3:15,4:0|1:11244369_GC_AT:11244369:13,8,4,3 chr12 11244390 . T C . . DP=27;ECNT=3;MBQ=25,23;MFRL=111,73;MMQ=60,56;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=16.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,8:0.321:26:4,3:14,5:12,6,5,3 chr12 11244918 . A AG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=24,25;MFRL=149,130;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:2,1:0,0:0|1:11244918_A_AG:11244918:0,2,0,1 chr12 11244921 . G T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=29,27;MFRL=149,130;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:11244918_A_AG:11244918:0,2,0,1 chr12 11244969 . TG T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,28;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:11244969_TG_T:11244969:0,0,0,1 chr12 11244972 . A T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,29;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:11244969_TG_T:11244969:0,0,0,1 chr12 11244974 . CCAA C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,29;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:11244969_TG_T:11244969:0,0,0,1 chr12 11286104 . A C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=24,29;MFRL=126,178;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=12.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.375:14:6,0:3,5:4,5,0,5 chr12 11286221 . T A . . DP=14;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=127,93;MMQ=52,44;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:6,2:6,0:6,6,1,1 chr12 11286239 . A G . . DP=15;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=113,93;MMQ=54,44;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.175:15:5,2:6,0:6,7,1,1 chr12 11338539 . C A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,63;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=16.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,0:0,0,2,3 chr12 11338555 . A T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,68;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=19.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,4:0,4:0,0,3,6 chr12 11420333 . AG A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,92;MMQ=60,57;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=G;STR;TLOD=43.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,12:0.928:12:0,7:0,4:0|1:11420333_AG_A:11420333:0,0,2,10 chr12 11420375 . G A . . DP=16;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,90;MMQ=60,55;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=56.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,16:0.944:16:0,6:0,8:0|1:11420333_AG_A:11420333:0,0,4,12 chr12 11461292 . C G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=26.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.907:8:0,5:0,3:0,0,3,5 chr12 11461836 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=16.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,2,4 chr12 11506211 . A C . . DP=18;ECNT=1;MBQ=20,34;MFRL=95,145;MMQ=52,39;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,6:0.392:16:5,2:4,3:4,6,1,5 chr12 11506893 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,75;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.855:5:0,2:0,2:0,0,2,3 chr12 11508484 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=163,149;MMQ=40,40;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0,2,0,2 chr12 11547493 . C A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=127,137;MMQ=60,40;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.364:9:3,1:3,2:2,4,0,3 chr12 11547532 . A G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=25,33;MFRL=118,144;MMQ=60,55;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,0:1,2:0,3,0,2 chr12 11548436 . A G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=24,32;MFRL=96,138;MMQ=46,40;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=13.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.376:14:5,3:4,2:2,7,1,4 chr12 12022724 . TGATCC T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,28;MFRL=168,129;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:12022724_TGATCC_T:12022724:0,1,0,1 chr12 12022731 . G T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,26;MFRL=168,129;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:12022724_TGATCC_T:12022724:0,1,0,1 chr12 12022734 . C G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,30;MFRL=120,129;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:12022724_TGATCC_T:12022724:1,1,0,1 chr12 12022738 . C T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=20,26;MFRL=72,129;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:0,1:3,0:0|1:12022724_TGATCC_T:12022724:1,2,0,1 chr12 12022954 . 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DP=13;ECNT=6;MBQ=24,20;MFRL=124,49;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:8,0:2,2:0|1:12043935_G_C:12043935:1,10,1,1 chr12 12043958 . T C . . DP=13;ECNT=6;MBQ=27,20;MFRL=124,49;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:7,0:2,2:0|1:12043935_G_C:12043935:1,10,1,1 chr12 12043959 . AT A . . DP=12;ECNT=6;MBQ=25,25;MFRL=131,49;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:8,0:2,1:0|1:12043935_G_C:12043935:0,10,1,1 chr12 12247897 . C CT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=130,116;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12247897_C_CT:12247897:0,1,0,1 chr12 12247898 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,22;MFRL=130,116;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12247897_C_CT:12247897:0,1,0,1 chr12 12247900 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,34;MFRL=130,116;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12247897_C_CT:12247897:0,1,0,1 chr12 12277657 . TC CA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,34;MFRL=159,113;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12277657_TC_CA:12277657:0,1,0,1 chr12 12277662 . TT AG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=29,27;MFRL=159,113;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12277657_TC_CA:12277657:0,1,0,1 chr12 12277665 . T C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=29,32;MFRL=159,113;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12277657_TC_CA:12277657:0,1,0,1 chr12 12277669 . C CCA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,32;MFRL=159,113;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12277657_TC_CA:12277657:0,1,0,1 chr12 12277671 . T TCATAGG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=29,29;MFRL=159,113;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12277657_TC_CA:12277657:0,1,0,1 chr12 12278446 . T TGTTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=143,206;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:12278446_T_TGTTG:12278446:0,1,0,1 chr12 12278448 . A ATC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,22;MFRL=143,206;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:12278446_T_TGTTG:12278446:0,1,0,1 chr12 12288260 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=128,121;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:1,3,0,1 chr12 12291479 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,34;MFRL=125,140;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=10.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,0:1,3:0,3,0,3 chr12 12302103 . A ATGTTTT . . 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T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,34;MFRL=146,143;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:12975761_G_A:12975761:0,2,0,1 chr12 12977400 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr12 13142174 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr12 13197428 . G A . . DP=16;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=133,65;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.175:15:7,2:5,0:0|1:13197428_G_A:13197428:5,8,1,1 chr12 13197430 . A ACTT . . DP=15;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=133,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:6,2:6,0:0|1:13197428_G_A:13197428:5,8,1,1 chr12 13197451 . G A . . 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DP=12;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=145,139;MMQ=60,50;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=4.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:7,1:3,1:0|1:16047157_G_GC:16047157:0,10,0,2 chr12 16047162 . CC GT . . DP=13;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=149,139;MMQ=60,50;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.199:13:7,1:3,1:0|1:16047157_G_GC:16047157:0,11,0,2 chr12 16052767 . AT A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=23,26;MFRL=114,162;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=T;STR;TLOD=4.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr12 16055926 . G GT . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=9.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.862:5:0,2:0,3:0,0,2,3 chr12 16185463 . CTT C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=104,110;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=5,3;RU=T;STR;TLOD=15.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.443:14:4,4:4,2:5,3,5,1 chr12 16189542 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=26,34;MFRL=140,134;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=11.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.356:12:6,3:2,1:8,0,4,0 chr12 16516994 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=118,149;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=8.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.416:10:2,1:4,3:1,5,0,4 chr12 16713487 . A AT . . DP=13;ECNT=1;MBQ=24,25;MFRL=188,129;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=13,14;RU=T;STR;TLOD=12.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.707:8:2,4:0,2:0,2,1,5 chr12 18234189 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=115,138;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.251:10:4,1:3,1:4,4,2,0 chr12 18234422 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=154,161;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,2:1,1:0,3,2,1 chr12 18435220 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=121,172;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=9.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:1,3:4,1:3,2,3,1 chr12 18435398 . GCCC G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=23,33;MFRL=128,170;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=4,1;RU=C;STR;TLOD=7.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:0,2:1,0:1,1,1,1 chr12 18467058 . C CA . . DP=2;ECNT=6;MBQ=34,31;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.513:2:0,1:1,0:0|1:18467058_C_CA:18467058:0,1,0,1 chr12 18467060 . A C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=33,32;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.513:2:0,1:1,0:0|1:18467058_C_CA:18467058:0,1,0,1 chr12 18467063 . T G . . DP=2;ECNT=6;MBQ=0,31;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.513:2:0,1:0,0:0|1:18467058_C_CA:18467058:0,1,0,1 chr12 18467066 . TGAACTATTGC T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=0,29;MFRL=150,148;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:18467058_C_CA:18467058:0,1,0,1 chr12 18467079 . ACT A . . DP=2;ECNT=6;MBQ=24,25;MFRL=150,148;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:18467058_C_CA:18467058:0,1,0,1 chr12 18467083 . GGAATTATATAGCTTAATT G . . DP=2;ECNT=6;MBQ=30,31;MFRL=150,148;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:18467058_C_CA:18467058:0,1,0,1 chr12 18496404 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,28;MFRL=175,134;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:18496404_C_T:18496404:0,2,0,1 chr12 18496405 . A T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=25,31;MFRL=156,171;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,1:0.400:3:1,0:1,1:1|0:18496404_C_T:18496404:0,2,0,1 chr12 18496408 . C G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,33;MFRL=156,171;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,1:0.400:3:1,0:1,1:1|0:18496404_C_T:18496404:0,2,0,1 chr12 18496414 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,28;MFRL=89,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:18496404_C_T:18496404:0,2,0,1 chr12 18499777 . C G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=45.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.941:15:0,8:0,7:0,0,5,10 chr12 18793360 . C T . . DP=16;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=146,105;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.167:16:5,0:9,2:0|1:18793360_C_T:18793360:10,4,1,1 chr12 18793366 . C T . . DP=17;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=144,105;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:5,0:9,2:0|1:18793360_C_T:18793360:10,5,1,1 chr12 18793567 . T TACAGA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=168,113;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:18793567_T_TACAGA:18793567:0,3,0,1 chr12 18793568 . T TAC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,24;MFRL=168,113;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.328:4:2,1:1,0:0|1:18793567_T_TACAGA:18793567:0,3,0,1 chr12 18800989 . CA C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,31;MFRL=115,182;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=9.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:0,2:1,1:0,1,0,3 chr12 18801017 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr12 18849071 . G C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=32.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,6:0,3:0,0,7,2 chr12 18854540 . ATCCTCCTCCTCC A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=142,53;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=15,11;RU=TCC;STR;TLOD=16.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.672:6:0,2:2,2:0,2,2,2 chr12 18889149 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=80,141;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=19.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.702:8:1,3:1,3:1,1,4,2 chr12 19283135 . C A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr12 19406863 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=35.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.939:14:0,4:0,9:0,0,11,3 chr12 19410474 . AT A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=140,129;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=T;STR;TLOD=12.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.612:11:0,2:4,5:1,3,3,4 chr12 19418588 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=9.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr12 19418870 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=21,23;MFRL=187,140;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:1,1:0,0:0|1:19418870_G_A:19418870:0,1,0,1 chr12 19418874 . C T . . 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DP=18;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=109,119;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,10:0.556:18:2,6:5,4:2,6,2,8 chr12 21375311 . A C . . DP=8;ECNT=4;MBQ=24,20;MFRL=125,77;MMQ=45,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.366:6:2,0:2,2:0|1:21375311_A_C:21375311:2,2,1,1 chr12 21375315 . A C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=25,33;MFRL=125,77;MMQ=45,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.371:6:2,0:2,1:0|1:21375311_A_C:21375311:2,2,1,1 chr12 21375323 . A ACCCT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=24,22;MFRL=168,77;MMQ=30,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.395:3:2,0:0,1:0|1:21375311_A_C:21375311:0,2,0,1 chr12 21375331 . AATAT A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=24,28;MFRL=169,192;MMQ=30,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=15,13;RU=AT;STR;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.496:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr12 21391818 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=154,159;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:3,1:0,1:3,0,2,0 chr12 21457514 . TA T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,23;MFRL=137,117;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=A;STR;TLOD=5.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.553:7:0,2:3,2:0,3,1,3 chr12 21487544 . A G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=84,129;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=16.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,6:0.467:13:2,3:5,3:4,3,3,3 chr12 21590621 . T C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=140,152;MMQ=60,51;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=7.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,4:0.282:15:5,1:5,2:8,3,4,0 chr12 21593404 . G C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=35.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,5:0,7:0,0,3,9 chr12 21605116 . C CAT . . DP=24;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=103,126;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=AT;STR;TLOD=57.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,16:0.709:22:2,9:4,7:2,4,4,12 chr12 21607981 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=14,24;MFRL=1107,144;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.529:2:0,0:0,1:1,0,1,0 chr12 21608011 . G T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,25;MFRL=163,620;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:2,0,2,0 chr12 21608043 . A G . . DP=10;ECNT=3;MBQ=28,31;MFRL=181,116;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=30.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,9:0.834:10:0,4:1,5:1,0,9,0 chr12 21608891 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr12 21609127 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 21613867 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=109,135;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:3,1:0,1:2,1,2,0 chr12 21613923 . T C . . DP=21;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=109,126;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=26.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,11:0.522:21:6,2:4,9:7,3,7,4 chr12 21614141 . CAATTT C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,34;MFRL=139,52;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=7.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:0,3,0,2 chr12 21614903 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=150,136;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:3,0:0,2:3,0,2,0 chr12 21615664 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,23;MFRL=93,115;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.389:11:3,4:3,0:4,3,2,2 chr12 21621439 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=92,40;MMQ=60,53;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.158:17:7,0:8,2:7,8,1,1 chr12 21623885 . AAATT A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=133,104;MMQ=60,50;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=20.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:1,4:0,1:1,0,3,2 chr12 21624433 . A C . . DP=24;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=115,125;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,2:0.128:21:13,2:6,0:8,11,0,2 chr12 21628320 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=175,896;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:0|1:21628320_C_T:21628320:3,0,2,0 chr12 21628336 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=33,31;MFRL=173,183;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,3:0.444:7:3,2:1,1:0|1:21628320_C_T:21628320:4,0,3,0 chr12 21629987 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr12 21639385 . TA T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=27,23;MFRL=134,92;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=A;STR;TLOD=9.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.568:10:2,3:2,2:3,1,6,0 chr12 21639591 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,0;MMQ=60,46;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:21639591_G_C:21639591:0,0,1,1 chr12 21639619 . TTTA T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,15;MFRL=0,0;MMQ=60,31;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:21639591_G_C:21639591:0,0,1,0 chr12 21644666 . C G . . DP=8;ECNT=2;MBQ=23,30;MFRL=125,122;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=10.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.501:8:3,3:1,1:1,3,0,4 chr12 21644721 . T TATGGACG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 21655020 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,215;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 21659950 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=21,33;MFRL=114,135;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=8.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.501:6:2,0:1,3:0,3,0,3 chr12 21680609 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=17.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,4,2 chr12 21684029 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=157,142;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,1:0,1:2,0,2,0 chr12 21689882 . T A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=22,25;MFRL=99,150;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=11.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.500:10:2,3:3,2:3,2,3,2 chr12 21692166 . CA C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=34,31;MFRL=112,149;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=9,8;RU=A;STR;TLOD=7.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,2:1,1:0,1,2,1 chr12 21693565 . T TCCCTTAG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:21693565_T_TCCCTTAG:21693565:0,0,0,1 chr12 21693568 . C CTTGCTCA . . 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DP=4;ECNT=4;MBQ=25,30;MFRL=64,146;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr12 22440310 . G GGCCTCATT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=32,32;MFRL=155,137;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:22440310_G_GGCCTCATT:22440310:0,3,0,1 chr12 22440312 . G GTCATC . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,29;MFRL=155,137;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:22440310_G_GGCCTCATT:22440310:0,3,0,1 chr12 22440315 . A G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=24,31;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr12 22606738 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 22631503 . G GA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,252;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,0,3 chr12 22677417 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=21,20;MFRL=97,106;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.203:16:4,2:9,0:6,7,1,2 chr12 22796804 . C T . . DP=25;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=116,155;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=14.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,7:0.334:22:10,4:4,3:7,8,4,3 chr12 22796994 . A AT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr12 23696116 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=115,126;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=10.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.428:12:3,0:4,5:6,1,5,0 chr12 23757245 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=139,126;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:1,1:3,2:3,1,3,0 chr12 23757485 . A AGAGAGGG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=256,126;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=GAGAGGG;STR;TLOD=3.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.493:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 23793709 . TTAACC T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=94,87;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:6,0:4,2:6,4,1,1 chr12 23998888 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=34.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,5:0,5:0,0,8,2 chr12 24102665 . CCT C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,16;MFRL=0,159;MMQ=60,49;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=CT;STR;TLOD=13.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.842:4:0,0:0,0:0,0,0,4 chr12 24736955 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=117,59;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.174:15:8,0:4,2:7,6,2,0 chr12 24982726 . G GAAAGA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=164,101;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=AAAGA;STR;TLOD=13.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,4:0.714:5:0,2:1,1:0|1:24982726_G_GAAAGA:24982726:1,0,3,1 chr12 24982735 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=100,206;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:7,2:0.272:9:3,0:4,2:1|0:24982726_G_GAAAGA:24982726:4,3,2,0 chr12 25031449 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,33;MFRL=73,144;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=13.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.627:6:0,3:2,1:1,1,4,0 chr12 25054891 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr12 25147300 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr12 25150150 . TG T . . 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DP=4;ECNT=4;MBQ=24,33;MFRL=159,169;MMQ=60,40;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:25243178_ACA_GTG:25243178:1,2,0,1 chr12 25243194 . A G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=24,32;MFRL=159,169;MMQ=60,40;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:25243178_ACA_GTG:25243178:1,2,0,1 chr12 25243202 . T A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=29,25;MFRL=174,169;MMQ=60,40;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:25243178_ACA_GTG:25243178:0,2,0,1 chr12 25249785 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=24,33;MFRL=224,140;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:1,0,2,0 chr12 25261767 . A AG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=22,28;MFRL=180,118;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:25261767_A_AG:25261767:0,2,0,1 chr12 25261768 . A AAAAAAAAGAAATAAAAAAAAG . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=30,33;MFRL=92,152;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr12 26277420 . G C . . DP=19;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=129,138;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=21.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,8:0.450:18:3,3:7,5:7,3,6,2 chr12 26492387 . T C . . DP=18;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=121,99;MMQ=60,48;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=8.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,4:0.250:18:8,0:6,4:5,9,0,4 chr12 26630008 . T A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=119,103;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.391:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr12 26639354 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:26639354_A_G:26639354:0,0,0,1 chr12 26639360 . C A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:26639354_A_G:26639354:0,0,0,1 chr12 26748469 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=20,23;MFRL=107,100;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.219:15:7,0:4,2:5,7,1,2 chr12 26752893 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=144,78;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,0:0,2:2,0,1,1 chr12 26777149 . A C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=104,115;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=18.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.584:10:4,4:0,2:3,1,6,0 chr12 26777379 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=24.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.897:7:0,5:0,2:0,0,1,6 chr12 26784850 . G A . . DP=23;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=137,103;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=25.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,11:0.499:22:6,5:5,6:3,8,5,6 chr12 26816818 . A AATCATTAC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.679:1:0,0:0,1:0|1:26816818_A_AATCATTAC:26816818:0,0,0,1 chr12 26816822 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.679:1:0,0:0,1:0|1:26816818_A_AATCATTAC:26816818:0,0,0,1 chr12 26834804 . T TACTC . . DP=8;ECNT=1;MBQ=27,22;MFRL=154,118;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=16.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.598:8:2,2:1,3:3,0,3,2 chr12 26848410 . A C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=27.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,2:0,6:0,0,8,0 chr12 26848560 . G A . . DP=26;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=134,73;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=8.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,4:0.179:26:11,4:11,0:12,10,3,1 chr12 26848663 . A AT . . DP=19;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=57.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.948:16:0,5:0,11:0,0,0,16 chr12 26848690 . T A . . DP=13;ECNT=2;MBQ=29,24;MFRL=158,157;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=13.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.527:13:3,0:3,5:0,6,0,7 chr12 26864254 . A ATCTTAGAAGACCGTTAAAT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,24;MFRL=139,116;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.325:4:0,1:2,0:0|1:26864254_A_ATCTTAGAAGACCGTTAAAT:26864254:0,3,0,1 chr12 26864256 . C CTTTAT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,30;MFRL=139,116;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.325:4:1,1:2,0:0|1:26864254_A_ATCTTAGAAGACCGTTAAAT:26864254:0,3,0,1 chr12 27058563 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 27059224 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=24.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.916:10:0,6:0,3:0,0,4,6 chr12 27066350 . C T . . 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DP=13;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=119,133;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:3,1:8,1:6,5,0,2 chr12 27081863 . G GAAAAACCTACTGATAACATCATAC . . DP=5;ECNT=4;MBQ=26,31;MFRL=117,98;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:27081863_G_GAAAAACCTACTGATAACATCATAC:27081863:1,3,0,1 chr12 27081866 . G A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=26,20;MFRL=117,98;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:27081863_G_GAAAAACCTACTGATAACATCATAC:27081863:1,3,0,1 chr12 27081873 . G A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=34,25;MFRL=125,105;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr12 27081882 . A AAGG . . DP=3;ECNT=4;MBQ=24,22;MFRL=117,102;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0,2,0,1 chr12 27089446 . TA T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=133,138;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=A;STR;TLOD=9.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:4,1:1,3:5,0,4,0 chr12 27109412 . CAT C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=34,32;MFRL=122,114;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=AT;STR;TLOD=4.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.366:12:5,1:2,3:8,0,4,0 chr12 27128579 . T C . . DP=22;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=118,55;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,3:0.173:21:8,3:10,0:6,12,3,0 chr12 27129352 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=145,249;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:27129352_T_A:27129352:0,1,0,1 chr12 27129357 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=145,249;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:27129352_T_A:27129352:0,1,0,1 chr12 27132691 . C CA . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=137,146;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=A;STR;TLOD=23.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,9:0.555:16:1,4:6,4:4,3,8,1 chr12 27132934 . A AGATGATCAAACTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=179,141;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:27132934_A_AGATGATCAAACTG:27132934:0,1,0,1 chr12 27132936 . A ATCAACT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,24;MFRL=179,141;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:27132934_A_AGATGATCAAACTG:27132934:0,1,0,1 chr12 27133612 . CA C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,31;MFRL=111,119;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=A;STR;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.405:3:1,1:1,0:0|1:27133612_CA_C:27133612:1,1,0,1 chr12 27133619 . A AT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=23,22;MFRL=111,119;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.405:3:0,1:1,0:0|1:27133612_CA_C:27133612:1,1,0,1 chr12 27135669 . T G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=22,25;MFRL=113,80;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=16.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.573:12:3,2:2,5:2,3,6,1 chr12 27148396 . A T . . DP=7;ECNT=3;MBQ=28,25;MFRL=183,197;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:2,0:2,3:1,3,0,3 chr12 27148428 . A G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,32;MFRL=192,140;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:27148428_A_G:27148428:0,2,0,1 chr12 27148430 . T A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=22,26;MFRL=192,140;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:27148428_A_G:27148428:0,2,0,1 chr12 27152666 . T C . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=33,33;MFRL=142,82;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr12 29486745 . T C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=23,24;MFRL=82,110;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=9.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:1,2:3,2:2,2,1,3 chr12 29486820 . T TTTC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=193,183;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.499:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 29494090 . T A . . DP=43;ECNT=1;MBQ=24,23;MFRL=108,112;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:38,5:0.132:43:21,0:17,5:23,15,0,5 chr12 29494654 . C A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=33,27;MFRL=140,116;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=18.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,8:0.409:20:6,3:6,5:2,10,1,7 chr12 29496224 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=25,22;MFRL=112,123;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=15.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,8:0.497:16:7,2:1,6:4,4,3,5 chr12 29514701 . A T . . 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C CCGGGTAATT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,30;MFRL=106,114;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.494:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 29642542 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=14.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr12 29642573 . A C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=26.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.897:7:0,2:0,5:0,0,3,4 chr12 29904822 . T TTGGGATCTACTCA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=126,117;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr12 29908580 . A ATTGTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=159,139;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:1,0,1,0 chr12 29920790 . C CACAT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,33;MFRL=153,131;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:1,0,2,0 chr12 30783959 . G GCAGCCTGGT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:1,0,0,1 chr12 30790063 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=34,29;MFRL=151,152;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:1,0:4,2:0,5,1,1 chr12 30802258 . AT CC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,31;MFRL=228,149;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:30802258_AT_CC:30802258:0,1,0,1 chr12 30802261 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,27;MFRL=228,149;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:30802258_AT_CC:30802258:0,1,0,1 chr12 30802263 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=22,32;MFRL=228,149;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:30802258_AT_CC:30802258:0,1,0,1 chr12 30802266 . C CCAGCCCCCAGCATGCA . . 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C CTCTTTTCTGCTGTGTGATGCCTACTG . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=110,60;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:3,2:7,0:7,4,1,1 chr12 32854538 . T A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,25;MFRL=171,141;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:32854538_T_A:32854538:0,1,0,1 chr12 32854540 . T G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=171,141;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:32854538_T_A:32854538:0,1,0,1 chr12 32854543 . AT A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,21;MFRL=171,141;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:32854538_T_A:32854538:0,1,0,1 chr12 32886672 . A G . . DP=19;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=60.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,19:0.952:19:0,8:0,11:0,0,8,11 chr12 32945495 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,21;MFRL=119,120;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=11.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.666:7:1,4:1,1:0,2,3,2 chr12 32945721 . G T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=122,419;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,1:2,1:0,3,0,2 chr12 32945769 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,838;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 32948969 . CA C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,33;MFRL=159,89;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0|1:32948969_CA_C:32948969:1,0,1,1 chr12 32948971 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,27;MFRL=159,89;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0|1:32948969_CA_C:32948969:1,0,1,1 chr12 33559830 . A ATGCTAAAG . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=92,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:3,4,1,1 chr12 33560223 . G GCTCTCACA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.686:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 33579035 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=148,184;MMQ=45,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.249:10:0,2:4,0:8,0,2,0 chr12 33579459 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=22.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,4:0,3:0,0,1,6 chr12 38714351 . T G . . DP=20;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=89,98;MMQ=60,60;MPOS=27;PON;POPAF=7.30;TLOD=40.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,13:0.637:20:3,7:4,6:2,5,8,5 chr12 38714374 . G T . . DP=22;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=114,81;MMQ=54,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,2:0.124:22:9,0:11,2:12,8,1,1 chr12 38714929 . A G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=134,111;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=18.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,7:0.500:14:1,2:6,5:3,4,3,4 chr12 39064677 . A ACATCT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 39087687 . A C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=21.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,4:0,3:0,0,1,6 chr12 39087708 . G T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=33,29;MFRL=177,125;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,2:2,1:0,3,0,3 chr12 39118678 . T C . . DP=47;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=113,70;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:42,4:0.103:46:13,0:27,4:27,15,1,3 chr12 39124094 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=28,30;MFRL=151,42373247;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr12 39124173 . G GA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=0,33;MFRL=0,117;MMQ=60,48;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=6,7;RU=A;STR;TLOD=8.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr12 39124183 . C CAAA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,34;MFRL=117,107;MMQ=48,42;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=1,4;RU=A;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:39124183_C_CAAA:39124183:0,2,0,1 chr12 39124189 . A AATAATTACCACTGAGGGCCAGGCAC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=37,27;MFRL=117,107;MMQ=48,42;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:39124183_C_CAAA:39124183:0,2,0,1 chr12 39154733 . T A . . DP=8;ECNT=3;MBQ=25,24;MFRL=174,144;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=12.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.669:7:1,2:0,3:0,2,0,5 chr12 39154768 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,34;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.695:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 39154782 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,34;MFRL=125,116;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.405:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr12 39688366 . G GAAGA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:39688366_G_GAAGA:39688366:0,0,0,1 chr12 39688370 . AA CT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:39688366_G_GAAGA:39688366:0,0,0,1 chr12 39696744 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=131,92;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:4,2:5,0:6,3,2,0 chr12 39713636 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 39713882 . CAATCTAAAAT C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=181,155;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:39713882_CAATCTAAAAT_C:39713882:0,1,0,1 chr12 39713895 . G C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=181,155;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:39713882_CAATCTAAAAT_C:39713882:0,1,0,1 chr12 39713898 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:39713882_CAATCTAAAAT_C:39713882:0,0,0,1 chr12 39726595 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=157,152;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=10.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:2,2:2,2:0,4,3,1 chr12 39726812 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=87,49;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.428:5:2,2:1,0:0|1:39726812_G_A:39726812:1,2,1,1 chr12 39726822 . C A . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=60,146;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:1,3:1,0:1,1,0,3 chr12 40835596 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr12 40837898 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=102,102;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=7.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:1,3:1,0:2,0,2,1 chr12 40838146 . A T . . DP=10;ECNT=3;MBQ=24,29;MFRL=110,134;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=7.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.334:10:4,1:3,2:2,5,0,3 chr12 40838216 . T C . . DP=7;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=153,97;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,3:0.500:6:2,1:1,2:0|1:40838216_T_C:40838216:1,2,2,1 chr12 40838219 . G T . . 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DP=8;ECNT=9;MBQ=31,32;MFRL=100,135;MMQ=60,31;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:0|1:40904718_C_T:40904718:3,3,0,2 chr12 40904730 . A T . . DP=8;ECNT=9;MBQ=26,32;MFRL=100,135;MMQ=60,31;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:0|1:40904718_C_T:40904718:3,3,0,2 chr12 40904742 . T A . . DP=9;ECNT=9;MBQ=20,27;MFRL=109,135;MMQ=60,31;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=6.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,0:5,2:0|1:40904742_T_A:40904742:3,4,0,2 chr12 40904746 . TG CT . . DP=10;ECNT=9;MBQ=28,34;MFRL=120,135;MMQ=60,31;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:2,0:5,2:0|1:40904742_T_A:40904742:3,5,0,2 chr12 40904752 . C G . . DP=10;ECNT=9;MBQ=30,32;MFRL=120,135;MMQ=60,31;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:3,0:5,2:0|1:40904742_T_A:40904742:3,5,0,2 chr12 40905383 . G A . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=130,145;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:3,2:5,0:6,2,0,2 chr12 41330774 . G A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=165,112;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=8.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:1,2:1,1:0,2,0,3 chr12 41330794 . A AAAACTTATGG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=24,25;MFRL=161,147;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.392:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr12 41946385 . A G . . DP=7;ECNT=3;MBQ=28,28;MFRL=163,133;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:2,2:2,0:4,0,2,0 chr12 41946425 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=137,101;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:1,2,1,1 chr12 41946453 . T C . . DP=12;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=39.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.928:12:0,6:0,6:0,0,5,7 chr12 41966306 . G A . . 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DP=18;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=152,169;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=32.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,12:0.926:13:1,6:0,6:0,1,1,11 chr12 42707437 . C G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=132,109;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:2,0,2,0 chr12 42717961 . G T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=16.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.877:5:0,5:0,0:0,0,0,5 chr12 42718013 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,181;MMQ=60,40;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=17.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,0,5 chr12 42781178 . A T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=171,159;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:2,1:2,3:4,0,4,0 chr12 42860010 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=104,0;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.376:6:0,2:4,0:2,2,0,2 chr12 43763234 . G T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=17.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,1,5 chr12 43777422 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=115,214;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:3,2:4,0:3,4,0,2 chr12 43819298 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr12 43821313 . T TTCTTCCCCATGTTGCTTTC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=111,57;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0,1,1,1 chr12 43821337 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:43821337_A_G:43821337:0,0,0,1 chr12 43821339 . A AGAGATCACCTAAGAAGCTCTCAT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:43821337_A_G:43821337:0,0,0,1 chr12 43833595 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,33;MFRL=134,209;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.336:7:2,1:3,1:2,3,1,1 chr12 43846272 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=15.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,3:0,2:0,0,2,3 chr12 43856803 . C A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=34,20;MFRL=163,56;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0|1:43856803_C_A:43856803:1,1,1,1 chr12 43856806 . C CAAGGATG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=34,20;MFRL=163,56;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0|1:43856803_C_A:43856803:1,1,1,1 chr12 43856810 . G T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=34,30;MFRL=163,56;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,0:1,1:0|1:43856803_C_A:43856803:1,1,1,1 chr12 43884330 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=162,154;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0,2,0,2 chr12 43887096 . A AG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.683:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 43926073 . A AGTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:43926073_A_AGTT:43926073:0,0,0,1 chr12 43926074 . A ACATATGTATAC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:43926073_A_AGTT:43926073:0,0,0,1 chr12 44124605 . A ATAGCC . . 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C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=172,111;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:44165249_C_CAG:44165249:0,2,0,1 chr12 44166190 . C CGTTGCTATGTCTTAGGTTTCTA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 44177354 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=9.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr12 44338153 . T A . . DP=9;ECNT=4;MBQ=0,23;MFRL=0,77;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=21.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,6:0,2:0,0,4,4 chr12 44338173 . GGTGA G . . DP=8;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=17.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.859:4:0,3:0,1:0,0,2,2 chr12 44338216 . T TG . . DP=3;ECNT=4;MBQ=29,28;MFRL=152,95;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:44338216_T_TG:44338216:0,2,0,1 chr12 44338217 . A AGATGGTCTT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=28,25;MFRL=152,95;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:44338216_T_TG:44338216:0,2,0,1 chr12 44693459 . T G . . DP=17;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=109,130;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=6.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.211:17:10,3:4,0:5,9,3,0 chr12 44781875 . A ATCGCTCCTC . . DP=8;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=80,32;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.330:7:0,0:5,2:0|1:44781875_A_ATCGCTCCTC:44781875:4,1,1,1 chr12 44781877 . A AT . . DP=8;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=80,32;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=6.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.330:7:0,0:5,2:0|1:44781875_A_ATCGCTCCTC:44781875:4,1,1,1 chr12 44914051 . G GCGTGAAAGGCTGCTTGCGGTAGTTGTGTAGCAGCAGCACA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=103,181;MMQ=60,48;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.367:5:2,1:0,0:0,4,0,1 chr12 44914069 . G GAA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=0,212;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:44914069_G_GAA:44914069:0,1,0,1 chr12 44914070 . G GGAGAAGTACACTATTACGTATGCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=0,212;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:44914069_G_GAA:44914069:0,1,0,1 chr12 44915904 . T A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=142,89;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:4,2:4,0:4,4,2,0 chr12 44916035 . C CCTACCTGCAGCTT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=35,31;MFRL=175,149;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:44916035_C_CCTACCTGCAGCTT:44916035:0,1,0,1 chr12 44916037 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,26;MFRL=175,149;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:44916035_C_CCTACCTGCAGCTT:44916035:0,1,0,1 chr12 44917254 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=21,33;MFRL=233,125;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:1,0:0,1:0|1:44917254_A_C:44917254:0,1,0,1 chr12 44917257 . C CCCTCCTGACCACATTTCATAT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:44917254_A_C:44917254:0,0,0,1 chr12 44926391 . A AAAAAT . . DP=7;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=129,47;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.369:6:2,0:2,2:0|1:44926391_A_AAAAAT:44926391:2,2,1,1 chr12 44926393 . A AGAGAAATGAGCTATCAC . . DP=6;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=129,47;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0|1:44926391_A_AAAAAT:44926391:2,2,1,1 chr12 45170006 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=12.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,2,2 chr12 45209723 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=176,123;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:3,2:2,1:5,0,3,0 chr12 45307556 . AATTAAAATGATAAGAAAGAACTCACATTTTGAGG A . . DP=33;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=115,129;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=8.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:29,3:0.118:32:12,0:3,3:16,13,1,2 chr12 45417722 . A T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=51,84;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.610:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr12 45444605 . TGC T . . DP=13;ECNT=4;MBQ=26,20;MFRL=98,51;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:4,2:6,0:0|1:45444605_TGC_T:45444605:4,7,1,1 chr12 45444608 . C A . . DP=13;ECNT=4;MBQ=26,20;MFRL=98,51;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:4,2:6,0:0|1:45444605_TGC_T:45444605:4,7,1,1 chr12 45444613 . T C . . DP=11;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=98,51;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:1,2:6,0:0|1:45444605_TGC_T:45444605:4,5,1,1 chr12 45444616 . C G . . DP=11;ECNT=4;MBQ=28,20;MFRL=98,51;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:3,2:6,0:0|1:45444605_TGC_T:45444605:4,5,1,1 chr12 45610213 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 45695735 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=18.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,6,0 chr12 45784247 . G A . . DP=19;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=117,59;MMQ=60,54;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:9,2:7,0:0|1:45784247_G_A:45784247:5,12,1,1 chr12 45784261 . G GTTGACCACGCTGGGAGCAGCAGATGGGAGCTGTT . . DP=19;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=117,59;MMQ=60,54;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:9,2:6,0:0|1:45784247_G_A:45784247:5,12,1,1 chr12 45814780 . CA C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=29,31;MFRL=134,164;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:2,0:0|1:45814780_CA_C:45814780:3,0,1,0 chr12 45814782 . GCA G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=30,26;MFRL=126,164;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:2,0:0|1:45814780_CA_C:45814780:4,0,1,0 chr12 45814786 . G C . . 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DP=21;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=122,133;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=28.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,11:0.545:20:6,7:3,4:9,0,11,0 chr12 46242813 . T A,C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,25,31;MFRL=0,219,128;MMQ=60,60,60;MPOS=3,21;POPAF=7.30,7.30;TLOD=7.95,3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,2,1:0.500,0.333:3:0,1,1:0,1,0:0,0,0,3 chr12 46242815 . T C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,29;MFRL=128,219;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr12 46246671 . GT G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=165,177;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:46246671_GT_G:46246671:0,1,0,1 chr12 46246675 . CG C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,27;MFRL=165,177;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:46246671_GT_G:46246671:0,1,0,1 chr12 46246679 . G C . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=28,26;MFRL=152,113;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:46355182_C_CAACCAG:46355182:0,3,0,1 chr12 46367903 . T C . . DP=32;ECNT=2;MBQ=24,31;MFRL=123,100;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=23.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,10:0.354:29:8,6:11,4:15,4,6,4 chr12 46367939 . G T . . DP=45;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=107,100;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=22.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:30,13:0.305:43:13,8:15,4:14,16,7,6 chr12 46591906 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 46595022 . T A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=129,56;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.269:9:2,0:5,2:0|1:46595022_T_A:46595022:0,7,1,1 chr12 46595025 . A AGCAAAGTTAAATTAG . . DP=9;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=129,56;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,0:4,2:0|1:46595022_T_A:46595022:0,7,1,1 chr12 46601056 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=149,142;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=22.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,8:0.563:14:3,5:3,3:1,5,0,8 chr12 46623105 . A AGTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46623105_A_AGTT:46623105:0,0,0,1 chr12 46623107 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46623105_A_AGTT:46623105:0,0,0,1 chr12 46759017 . T A . . DP=24;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=63.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.960:22:0,8:0,13:0,0,7,15 chr12 46759057 . G C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=27.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,1:0,6:0,0,0,8 chr12 46760557 . C CTAA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=167,149;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TAA;STR;TLOD=10.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.720:5:0,2:1,2:1,0,4,0 chr12 47163306 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr12 47168898 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,4:0,5:0,0,3,6 chr12 47170887 . C A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,189;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr12 47172610 . CA AT . . DP=2;ECNT=6;MBQ=31,15;MFRL=195,150;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:47172610_CA_AT:47172610:0,1,0,1 chr12 47172619 . AA TT . . DP=2;ECNT=6;MBQ=25,14;MFRL=195,150;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:47172610_CA_AT:47172610:0,1,0,1 chr12 47172626 . C G . . DP=2;ECNT=6;MBQ=31,17;MFRL=195,150;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:47172610_CA_AT:47172610:0,1,0,1 chr12 47172631 . G A . . DP=2;ECNT=6;MBQ=31,25;MFRL=195,150;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:47172610_CA_AT:47172610:0,1,0,1 chr12 47172633 . G T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=30,15;MFRL=195,150;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:47172610_CA_AT:47172610:0,1,0,1 chr12 47172636 . GC TA . . DP=2;ECNT=6;MBQ=12,11;MFRL=195,150;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,0:0|1:47172610_CA_AT:47172610:0,1,0,1 chr12 47173662 . A G . . 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DP=15;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=87,32;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.177:15:4,2:9,0:7,6,1,1 chr12 48106454 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=119,109;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.330:4:1,0:2,1:0|1:48106454_C_T:48106454:0,3,0,1 chr12 48106458 . TCCA T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=29,23;MFRL=119,109;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:48106454_C_T:48106454:0,3,0,1 chr12 48107224 . G GA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0|1:48107224_G_GA:48107224:0,0,0,1 chr12 48107227 . CG C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48107224_G_GA:48107224:0,0,0,1 chr12 48110070 . G T . . 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DP=6;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=18.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,1:0,5:0,0,3,3 chr12 48137913 . G A . . DP=7;ECNT=5;MBQ=30,24;MFRL=158,127;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.278:5:3,1:1,0:0|1:48137913_G_A:48137913:0,4,0,1 chr12 48137916 . A AAC . . DP=5;ECNT=5;MBQ=24,27;MFRL=127,161;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.328:4:3,0:0,1:0,3,0,1 chr12 48137917 . TT CA . . DP=5;ECNT=5;MBQ=28,28;MFRL=154,127;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:0|1:48137913_G_A:48137913:0,4,0,1 chr12 48137939 . G C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,24;MFRL=183,117;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:48137939_G_C:48137939:0,1,0,1 chr12 48137941 . A AAG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=25,23;MFRL=183,117;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:48137939_G_C:48137939:0,1,0,1 chr12 48141472 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=144,157;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:48141472_C_T:48141472:2,0,0,1 chr12 48141475 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,27;MFRL=144,157;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:48141472_C_T:48141472:2,0,0,1 chr12 48141929 . AATGTCTCTGTAT A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=22,28;MFRL=107,131;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.284:5:3,0:1,1:1,3,0,1 chr12 48142343 . T C . . DP=8;ECNT=3;MBQ=26,32;MFRL=94,124;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,1:3,1:2,4,0,2 chr12 48142373 . C CTGTGT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=144,103;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:48142373_C_CTGTGT:48142373:0,3,0,1 chr12 48142374 . C A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,26;MFRL=144,103;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:48142373_C_CTGTGT:48142373:0,3,0,1 chr12 48144243 . A C . . DP=18;ECNT=1;MBQ=26,33;MFRL=117,128;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=22.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,8:0.450:18:5,2:5,6:4,6,4,4 chr12 48145104 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=172,148;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:2,0,2,0 chr12 48145171 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=125,149;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=10.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.463:9:1,1:2,3:3,2,1,3 chr12 48145329 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=120,44;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:0,3,1,1 chr12 48145352 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=33,20;MFRL=143,44;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:48145352_G_A:48145352:0,2,1,1 chr12 48145354 . G GCTTACCAGAAATATAA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=143,44;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:48145352_G_A:48145352:0,2,1,1 chr12 48152432 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=239,159;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=8.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,3:0,0:0,1,0,3 chr12 48167258 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.704:1:0,1:0,0:0|1:48167258_C_T:48167258:0,0,0,1 chr12 48167265 . G A . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr12 48380205 . C T . . DP=9;ECNT=4;MBQ=20,25;MFRL=104,110;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=5.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,0:4,1:0|1:48380205_C_T:48380205:3,4,1,1 chr12 48380210 . TG T . . DP=8;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=104,110;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=G;STR;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:1,0:3,2:0|1:48380205_C_T:48380205:2,4,1,1 chr12 48380217 . C T . . DP=8;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=111,110;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,0:3,2:0|1:48380205_C_T:48380205:1,5,1,1 chr12 48380273 . T C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=28,34;MFRL=118,110;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr12 48388995 . TC T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=29,22;MFRL=139,116;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=16.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.583:10:1,1:3,4:2,2,4,2 chr12 48391416 . G T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=122,115;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.342:12:5,2:3,1:6,2,2,2 chr12 48392026 . A AACAATT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,23;MFRL=82,127;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:2,0,0,1 chr12 48398002 . G C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=107,59;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=8.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.372:11:5,1:2,2:7,0,3,1 chr12 48440282 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,28;MFRL=145,87;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:48440282_C_T:48440282:0,2,0,1 chr12 48440286 . T TTTC . . 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DP=14;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=131,82;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:8,0:4,2:6,6,0,2 chr12 48490064 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=140,22766781;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:4,1:1,1:4,1,2,0 chr12 48490308 . T TGCTCA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=194,169;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=GCTCA;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:48490308_T_TGCTCA:48490308:0,1,0,1 chr12 48490316 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,23;MFRL=194,169;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:48490308_T_TGCTCA:48490308:0,1,0,1 chr12 48526712 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=113,125;MMQ=60,60;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.453:11:0,4:6,0:4,2,4,1 chr12 48526868 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,34;MFRL=99,92;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr12 48526878 . C CTGGGTAACATTTTTCTCCAAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,34;MFRL=99,92;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr12 48527059 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr12 48528529 . T G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=120,92;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.188:14:9,2:2,0:5,7,2,0 chr12 48528654 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=123,83;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:2,2:3,0:5,0,0,2 chr12 48531654 . T C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=131,66;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.332:7:5,0:0,2:0|1:48531654_T_C:48531654:1,4,1,1 chr12 48531656 . T TTGGAAAACTCATGAG . . DP=7;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=131,66;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.332:7:5,0:0,1:0|1:48531654_T_C:48531654:1,4,1,1 chr12 48533807 . ACTCTG A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,23;MFRL=158,136;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48533807_ACTCTG_A:48533807:0,1,0,1 chr12 48533814 . T TCC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=158,136;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=C;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48533807_ACTCTG_A:48533807:0,1,0,1 chr12 48537624 . A G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=123,118;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=13.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.428:12:5,1:2,4:5,2,0,5 chr12 48537738 . G T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=173,133;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:0,1:1,0:0|1:48537738_G_T:48537738:2,1,0,1 chr12 48537739 . G GCTATCTTTCAATTTCCCCC . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=173,133;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:1,1:2,0:0|1:48537738_G_T:48537738:2,1,0,1 chr12 48538979 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=114,110;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,1:3,1:4,2,0,2 chr12 48579458 . G A . . DP=54;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=110,125;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:49,3:0.073:52:13,3:32,0:0|1:48579458_G_A:48579458:18,31,0,3 chr12 48579473 . G T . . DP=45;ECNT=2;MBQ=30,28;MFRL=112,120;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=9.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:37,6:0.146:43:17,0:19,5:1|0:48579458_G_A:48579458:15,22,0,6 chr12 48596112 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=137,182;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=8.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:0,3:2,0:2,0,3,0 chr12 48596763 . C G . . 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DP=14;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=127,118;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=12.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.447:14:2,2:4,4:0,8,1,5 chr12 48884535 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=21.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,5,1 chr12 48888763 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.796:3:0,0:0,2:0,0,0,3 chr12 48919482 . T G . . DP=24;ECNT=3;MBQ=25,31;MFRL=114,119;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=8.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,4:0.192:24:10,4:10,0:12,8,4,0 chr12 48919499 . G A . . DP=20;ECNT=3;MBQ=32,29;MFRL=117,119;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,4:0.249:18:8,4:6,0:7,7,4,0 chr12 48919556 . A G . . DP=16;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=53.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.944:16:0,6:0,10:0,0,6,10 chr12 48963021 . T C . . 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DP=17;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=149,118;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,8:0.473:17:6,6:3,2:5,4,4,4 chr12 49500930 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=130,176;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:49500930_A_G:49500930:0,1,0,1 chr12 49500933 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,25;MFRL=130,176;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:49500930_A_G:49500930:0,1,0,1 chr12 49521672 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=158,163;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.358:9:3,1:3,2:6,0,3,0 chr12 49522786 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=136,145;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:0,3,0,2 chr12 49525008 . G C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=32,33;MFRL=140,148;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=27.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,9:0.556:16:5,8:2,1:6,1,7,2 chr12 49578831 . C CCAGTG . . DP=33;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=126,85;MMQ=46,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:28,2:0.092:30:7,2:21,0:15,13,0,2 chr12 49582692 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=23,30;MFRL=16427045,127;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=13.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.626:6:0,2:2,2:2,0,3,1 chr12 49691567 . T C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=26,29;MFRL=123,148;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,1:2,1:1,3,1,1 chr12 49691599 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,24;MFRL=143,155;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0,4,0,1 chr12 49720615 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 49721122 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=129,123;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=10.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:2,3:3,1:2,3,0,4 chr12 49723333 . G A . . DP=5;ECNT=5;MBQ=31,28;MFRL=154,129;MMQ=60,40;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:49723333_G_A:49723333:0,4,0,1 chr12 49723334 . CA TG . . DP=5;ECNT=5;MBQ=32,29;MFRL=164,97;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.329:4:2,0:1,1:0,3,0,1 chr12 49723338 . G A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,27;MFRL=164,129;MMQ=60,40;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:49723333_G_A:49723333:0,3,0,1 chr12 49723344 . C T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=32,29;MFRL=164,129;MMQ=60,40;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:49723333_G_A:49723333:0,3,0,1 chr12 49723346 . CA TG . . 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C CT . . DP=12;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=125,153;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=13,14;RU=T;STR;TLOD=4.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.347:11:2,2:4,1:6,1,4,0 chr12 49916459 . A T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=24,24;MFRL=102,144;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=9.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.419:12:0,2:7,2:6,1,3,2 chr12 49937654 . GC G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=35,32;MFRL=147,56;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=C;STR;TLOD=5.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:1,0,2,0 chr12 49937869 . G T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:49937869_G_T:49937869:0,0,0,1 chr12 49937877 . G GCTGCGC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:49937869_G_T:49937869:0,0,0,1 chr12 49937879 . G C . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=145,139;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:0,4,0,1 chr12 50190656 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:50190656_G_A:50190656:0,0,0,1 chr12 50190662 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=149,102;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:50190656_G_A:50190656:1,0,0,1 chr12 50190857 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,23;MFRL=62,432;MMQ=60,58;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.339:7:4,0:0,2:2,3,2,0 chr12 50192321 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=152,91;MMQ=60,59;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0,4,0,2 chr12 50232778 . G GACA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,225;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 50291735 . G C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=21.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,2:0,4:0,0,5,1 chr12 50295187 . A AC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 50297670 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,1:0,0,0,2 chr12 50349090 . A G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=10.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr12 50349123 . C A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=12.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.855:5:0,1:0,3:0,0,5,0 chr12 50349143 . C G . . DP=7;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=16.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,5,1 chr12 50357968 . T TGGGTCTAGAG . . DP=12;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=117,46;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.245:10:5,2:3,0:4,4,1,1 chr12 50367078 . G GC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,33;MFRL=33123461,103;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:50367078_G_GC:50367078:0,1,0,1 chr12 50367080 . G GTTCCTTGCCTTGCTC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,33;MFRL=33123461,103;MMQ=60,60;MPOS=7;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:50367078_G_GC:50367078:0,1,0,1 chr12 50367084 . G GGC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,27;MFRL=33123461,103;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:50367078_G_GC:50367078:0,1,0,1 chr12 50367385 . G GCGGAGGTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 50368048 . T C . . 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C CA . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=130,127;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:4,0:2,1:0|1:50748771_C_CA:50748771:4,4,1,1 chr12 50748772 . C CAAGCAAAGAAGAAAAAAT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=134,127;MMQ=60,60;MPOS=-1073741824;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,0:3,2:0|1:50748771_C_CA:50748771:3,4,1,1 chr12 50829263 . T TTATTC . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=43.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,5:0,5:0,0,9,1 chr12 50855195 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr12 51034721 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr12 51077093 . G GATCAGTCA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=156,168;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.501:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 51089572 . G A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=17.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,5,1 chr12 51089616 . T C . . DP=12;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=29.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.928:12:0,3:0,8:0,0,5,7 chr12 51117067 . CC TT . . DP=19;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=94,51;MMQ=60,45;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.156:17:7,0:7,2:0|1:51117067_CC_TT:51117067:5,10,1,1 chr12 51117091 . C CTCTCTCTCTCTTTCTTTCTGTCTGTCTCTCT . . DP=15;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=90,51;MMQ=60,45;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:6,0:7,2:0|1:51117067_CC_TT:51117067:6,7,1,1 chr12 51135167 . A G . . 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DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:51386207_A_ACT:51386207:0,0,0,1 chr12 51386209 . T TACCA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.672:1:0,1:0,0:0|1:51386207_A_ACT:51386207:0,0,0,1 chr12 51386210 . G GAGCTCAGAAAACA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.672:1:0,1:0,0:0|1:51386207_A_ACT:51386207:0,0,0,1 chr12 51447506 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=166,99;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=24.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,8:0.818:9:1,2:0,5:1,0,6,2 chr12 51458317 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=133,57460950;MMQ=60,59;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:3,1:1,1:4,0,0,2 chr12 51461425 . C G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=14.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,0:0,5:0,0,3,2 chr12 51461793 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=115,193;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:1,1:0,1:1,0,1,1 chr12 51467596 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,69;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=19.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,4:0,3:0,0,4,3 chr12 51504799 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=14.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr12 51585599 . T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:51585599_T_G:51585599:0,0,0,1 chr12 51585601 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:51585599_T_G:51585599:0,0,0,1 chr12 51634554 . A AAT . . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=29,22;MFRL=128,125;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:51733821_T_A:51733821:0,2,0,1 chr12 51733822 . CCAGATGT C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,22;MFRL=128,125;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:51733821_T_A:51733821:0,2,0,1 chr12 51733856 . T TACC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=27,26;MFRL=139,116;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:51733856_T_TACC:51733856:0,1,0,1 chr12 51733857 . G C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,29;MFRL=139,116;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:51733856_T_TACC:51733856:0,1,0,1 chr12 51735022 . A T . . DP=24;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=123,149;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=27.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,12:0.520:23:6,8:5,4:4,7,9,3 chr12 51736584 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=183,198;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr12 51739471 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 51740330 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=102,96;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.517:4:1,0:0,2:1,1,1,1 chr12 51740388 . C A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=8;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.899:8:0,5:0,2:0,0,3,5 chr12 51740553 . G GGATA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=35,29;MFRL=172,144;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr12 51749829 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,212;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 51752085 . GTT G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=14,22;MFRL=147,158;MMQ=60,51;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=17,15;RU=T;STR;TLOD=5.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,1:0,0:0,3,0,2 chr12 51752897 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=22,30;MFRL=233,119;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,2:0,1:1,0,3,0 chr12 51759163 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=103,114;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,0:1,2:3,0,1,1 chr12 51771106 . G A . . DP=14;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=132,98;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.188:14:8,2:3,0:0|1:51771106_G_A:51771106:5,7,1,1 chr12 51771115 . C A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=139,98;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:4,2:4,0:0|1:51771106_G_A:51771106:3,7,1,1 chr12 51846090 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=119,124;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:3,2:1,1:0,4,0,3 chr12 51851126 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=110,131;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:2,1:0,1:1,1,2,0 chr12 51852511 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 51855037 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=114,101;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.209:17:9,2:4,1:6,8,1,2 chr12 51856222 . C CCTATAGAAACATAAATATACAT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,33;MFRL=110,119;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:1,3,0,1 chr12 51863566 . A G . . DP=15;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=101,56;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.250:14:3,1:7,2:6,5,1,2 chr12 51863643 . T C . . 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TTCAGCATCACAAACTCATTC T . . DP=28;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=118,81;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=5.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,2:0.107:26:5,2:9,0:12,12,1,1 chr12 52913517 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=118,134;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=30.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,12:0.619:19:2,9:5,3:5,2,9,3 chr12 52913808 . A T . . DP=40;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=98,194;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=13.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:28,7:0.216:35:9,0:18,7:12,16,0,7 chr12 52938535 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 52939407 . AGAG A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=133,146;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GAG;STR;TLOD=9.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:3,1:2,2:1,4,0,3 chr12 52940345 . A AACT . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 53096913 . G A . . DP=7;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.851:4:0,1:0,2:0,0,1,3 chr12 53096918 . TGCCAACCCCAA T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,23;MFRL=175,107;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:53096918_TGCCAACCCCAA_T:53096918:1,2,0,1 chr12 53096931 . GCCTCTGCCCCCTCCAAATCCCC G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,33;MFRL=139,107;MMQ=60,60;MPOS=-12;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:53096918_TGCCAACCCCAA_T:53096918:0,2,0,1 chr12 53162510 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=126,79;MMQ=60,59;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=8.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.364:14:5,0:4,4:4,5,2,3 chr12 53163433 . A T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,25;MFRL=136,70;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=6.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:4,0:1,3:2,3,1,2 chr12 53165659 . T TCTCCAATTTAGAATACCTCCTGTATTTG . . DP=14;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=122,49;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.197:13:4,1:7,0:6,5,1,1 chr12 53167313 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=12.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr12 53188058 . G A . . DP=23;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=111,104;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,4:0.205:22:9,4:8,0:7,11,2,2 chr12 53189734 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=17.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,2,4 chr12 53189896 . G GCATT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=219,131;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:53189896_G_GCATT:53189896:0,1,0,1 chr12 53189897 . G GAATCTGT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=219,131;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:53189896_G_GCATT:53189896:0,1,0,1 chr12 53201413 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr12 53204524 . A C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=23,34;MFRL=119,185;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:4,2:2,0:3,3,2,0 chr12 53204614 . C T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=0,21;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=30.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,5:0,6:0,0,6,6 chr12 53207583 . C CCACCAAAGCCACCAGTGCCGAAACCAGCTCCGAAGCCGCCGG . . DP=34;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=96,60;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=71.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,21:0.891:33:4,6:5,8:8,4,13,8 chr12 53207628 . G A . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=61,51;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:0,2:1,0:0|1:53452277_G_A:53452277:2,1,1,1 chr12 53453433 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=124,134;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0,1,1,1 chr12 53454176 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=34,28;MFRL=131,156;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=8.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,2:1,1:0,1,1,2 chr12 53460545 . C CTGCACTGAGGTCCTCGCGTGGGG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,34;MFRL=137,111;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr12 53468419 . T G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=23,29;MFRL=90,171;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=7.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.308:11:5,2:3,1:4,4,2,1 chr12 53469644 . T C . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=34,24;MFRL=224,106;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:53514751_T_TTTTA:53514751:0,1,0,1 chr12 53515234 . C A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,24;MFRL=129,145;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.488:2:0,1:1,0:0|1:53515234_C_A:53515234:0,1,0,1 chr12 53515238 . C CTATGAGATCAA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,32;MFRL=129,145;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:53515234_C_A:53515234:0,1,0,1 chr12 53515241 . T TTTTTAGATGCTG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=129,145;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:53515234_C_A:53515234:0,1,0,1 chr12 53517820 . A C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=144,77;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=19.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.670:10:2,0:1,7:1,2,4,3 chr12 53517921 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=148,103;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:3,2:2,0:1,4,1,1 chr12 53564333 . G T . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,30;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:53564333_G_T:53564333:0,0,0,1 chr12 53564336 . AGA TCT . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,30;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:53564333_G_T:53564333:0,0,0,1 chr12 53564340 . A G . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,33;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:53564333_G_T:53564333:0,0,0,1 chr12 53564346 . AAAGT A . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,22;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:53564333_G_T:53564333:0,0,0,1 chr12 53564351 . CAA C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,22;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:53564333_G_T:53564333:0,0,0,1 chr12 53564356 . G C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,33;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:53564333_G_T:53564333:0,0,0,1 chr12 53565107 . C CT . . DP=11;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=114,62;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:6,2:2,0:0|1:53565107_C_CT:53565107:5,4,1,1 chr12 53565108 . A G . . DP=11;ECNT=3;MBQ=24,20;MFRL=114,62;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:6,2:1,0:0|1:53565107_C_CT:53565107:5,4,1,1 chr12 53565112 . CC TT . . DP=11;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=114,62;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:6,2:3,0:0|1:53565107_C_CT:53565107:5,4,1,1 chr12 53566459 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=150,54;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:0,3,1,1 chr12 53587621 . C T . . DP=14;ECNT=4;MBQ=31,26;MFRL=89,33;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:5,1:7,1:11,1,2,0 chr12 53587627 . C A . . DP=16;ECNT=4;MBQ=30,28;MFRL=89,65;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.167:16:6,0:8,1:0|1:53587627_C_A:53587627:13,1,1,1 chr12 53587628 . T TA . . DP=16;ECNT=4;MBQ=26,22;MFRL=89,65;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.167:16:6,0:8,2:0|1:53587627_C_A:53587627:13,1,1,1 chr12 53587630 . AGGAGATGGGGCTC A . . DP=18;ECNT=4;MBQ=29,27;MFRL=89,65;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:6,0:8,2:0|1:53587627_C_A:53587627:13,3,1,1 chr12 53587952 . C T . . 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DP=16;ECNT=3;MBQ=21,32;MFRL=102,95;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=9.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,3:0.222:16:6,0:7,3:0|1:53608029_G_A:53608029:4,9,0,3 chr12 53662735 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=20.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.897:7:0,4:0,3:0,0,6,1 chr12 53662860 . A T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=131,87;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=9.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.385:11:2,0:5,4:0,7,0,4 chr12 53664148 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=35.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.927:11:0,6:0,5:0,0,9,2 chr12 53671549 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr12 53675486 . C CA . . 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C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=143,110;MMQ=60,59;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,2:2,0:3,0,2,0 chr12 53680704 . G GCGTTCT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:53680704_G_GCGTTCT:53680704:0,0,0,1 chr12 53680706 . G GGAGGGTCAAAGCCTTCCTAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.676:1:0,1:0,0:0|1:53680704_G_GCGTTCT:53680704:0,0,0,1 chr12 53681883 . A T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=25.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,7:0.893:7:0,4:0,3:0|1:53681883_A_T:53681883:0,0,4,3 chr12 53681893 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=130,80;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:3,1:5,1:0|1:53681883_A_T:53681883:4,4,2,0 chr12 53682450 . C T . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=17.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,5,0 chr12 53693532 . AA GC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=8;PON;POPAF=7.30;TLOD=20.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,0:0,0,3,2 chr12 53694121 . G GGAGTGTCA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,30;MFRL=147,100;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr12 53700787 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=151,155;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:5,1:4,1:5,4,1,1 chr12 53700955 . A C . . DP=7;ECNT=3;MBQ=22,30;MFRL=104,387;MMQ=60,24;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.445:7:1,0:3,3:1,3,3,0 chr12 53700988 . A C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:53700988_A_C:53700988:0,0,0,1 chr12 53700991 . C CAGATATCTT . . 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DP=11;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=30.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,5:0,4:0,0,2,8 chr12 53722476 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=132,65;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:2,0,2,0 chr12 53723057 . A T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=127,241;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:2,2,0,2 chr12 53729332 . G T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=124,57;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:2,2:6,0:4,4,2,0 chr12 53777042 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=135,172;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,0:3,2:5,0,0,2 chr12 53800631 . CC TG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=144,127;MMQ=40,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:53800631_CC_TG:53800631:0,1,0,1 chr12 53800637 . C T . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=94,101;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:1,2,1,1 chr12 54798690 . AGAAC A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,192;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:54798690_AGAAC_A:54798690:0,0,0,1 chr12 54798698 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,192;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:54798690_AGAAC_A:54798690:0,0,0,1 chr12 54798701 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,192;MMQ=60,60;MPOS=-3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:54798690_AGAAC_A:54798690:0,0,0,1 chr12 54802058 . T TTGTGACCTAAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,0,1 chr12 54805753 . G T . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 54910837 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=14.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,1,4 chr12 54911766 . CCC TTT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=143,182;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.396:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr12 54911768 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr12 54912825 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=23,29;MFRL=153,148;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.377:6:1,0:3,2:2,2,0,2 chr12 54913213 . ATTTTTTTTTTT A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,205;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=21,10;RU=T;STR;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 54917291 . G T . . DP=29;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=98,163;MMQ=60,54;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:26,3:0.129:29:14,3:11,0:14,12,3,0 chr12 54920288 . AT A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=105,163;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=T;STR;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.392:6:4,2:0,0:3,1,2,0 chr12 54932788 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=13.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,1,3 chr12 54960963 . G GTGAAGCCGGCTAGGT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 54967533 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,24;MFRL=98,106;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:54967533_G_A:54967533:0,1,0,1 chr12 54967536 . G GTAT . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=165,101;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.666:4:1,1:0,2:0,1,1,2 chr12 56087176 . C CA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,33;MFRL=143,132;MMQ=60,43;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:56087176_C_CA:56087176:0,3,0,1 chr12 56087178 . G GAGTCTTACTCT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,31;MFRL=143,124;MMQ=53,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.326:4:1,1:2,0:0,3,0,1 chr12 56087179 . G GT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=29,32;MFRL=149,132;MMQ=60,43;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:56087176_C_CA:56087176:0,4,0,1 chr12 56087180 . A C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=25,33;MFRL=149,132;MMQ=60,43;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:56087176_C_CA:56087176:0,4,0,1 chr12 56087857 . C T . . 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A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=98,134;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.398:8:2,1:3,2:3,2,3,0 chr12 56093817 . T G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=21,20;MFRL=125,113;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.439:5:2,2:0,0:0|1:56093817_T_G:56093817:1,2,1,1 chr12 56093822 . G GAGGTT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=20,31;MFRL=113,125;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:3,1:0.387:4:2,1:0,0:1|0:56093817_T_G:56093817:1,2,0,1 chr12 56093823 . C CAGCATTAGGAGAAATACCTAATGTAGAT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=20,31;MFRL=113,125;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:3,1:0.387:4:2,1:0,0:1|0:56093817_T_G:56093817:1,2,0,1 chr12 56096816 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=79,90;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.445:7:1,1:2,2:0,4,2,1 chr12 56118328 . GA CT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,206;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56118328_GA_CT:56118328:0,0,0,1 chr12 56118332 . C CT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,206;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56118328_GA_CT:56118328:0,0,0,1 chr12 56120820 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=159,145;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:56120820_C_T:56120820:0,2,0,1 chr12 56120844 . CT AG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=159,145;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:56120820_C_T:56120820:0,2,0,1 chr12 56121217 . C CCT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,58;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=8.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:56121217_C_CCT:56121217:0,0,1,1 chr12 56121221 . ATCCGG A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,58;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=8.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:56121217_C_CCT:56121217:0,0,1,1 chr12 56154228 . GTAAA G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=216,180;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=TAAA;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:1,1,1,0 chr12 56154350 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=97,124;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.166:16:10,1:4,1:7,7,1,1 chr12 56182798 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=107,106;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=18.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.781:7:0,4:1,2:1,0,3,3 chr12 56188747 . A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,181;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56188747_A_T:56188747:0,0,0,1 chr12 56188749 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,181;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56188747_A_T:56188747:0,0,0,1 chr12 56213297 . G T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=134,147;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=12.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.428:12:2,3:5,2:1,6,1,4 chr12 56216556 . AGC A . . DP=2;ECNT=6;MBQ=30,23;MFRL=670,125;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:56216556_AGC_A:56216556:1,0,0,1 chr12 56216559 . C CTT . . DP=2;ECNT=6;MBQ=33,29;MFRL=670,125;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=T;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:56216556_AGC_A:56216556:1,0,0,1 chr12 56216577 . G T . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,28;MFRL=0,670;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56216577_G_T:56216577:0,0,1,0 chr12 56216578 . T TG . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,28;MFRL=0,670;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56216577_G_T:56216577:0,0,1,0 chr12 56216580 . G GGATTTT . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,35;MFRL=0,670;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56216577_G_T:56216577:0,0,1,0 chr12 56216582 . C CAT . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,35;MFRL=0,670;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56216577_G_T:56216577:0,0,1,0 chr12 56220974 . CAA C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=164,159;MMQ=60,40;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=18,16;RU=A;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:56220974_CAA_C:56220974:3,1,1,0 chr12 56220998 . G C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=16,12;MFRL=164,159;MMQ=60,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:1,0:0|1:56220974_CAA_C:56220974:3,1,1,0 chr12 56221001 . C A . . 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A T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,28;MFRL=185,147;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:56335460_A_G:56335460:0,1,0,1 chr12 56335463 . G GATCTTCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=185,147;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:56335460_A_G:56335460:0,1,0,1 chr12 56347000 . A AT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,24;MFRL=156,117;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:56347000_A_AT:56347000:0,3,0,1 chr12 56347001 . G GAAGAACAAGCTAT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=156,117;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:56347000_A_AT:56347000:0,3,0,1 chr12 56347004 . T TACTTCGAATTTGC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,26;MFRL=156,117;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:56347000_A_AT:56347000:0,3,0,1 chr12 56349322 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=102,71;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:0|1:56349322_C_T:56349322:0,2,1,1 chr12 56349332 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=33,20;MFRL=102,71;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:0|1:56349322_C_T:56349322:0,2,1,1 chr12 56349337 . AG A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=102,71;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:0|1:56349322_C_T:56349322:0,2,1,1 chr12 56362603 . T G . . DP=27;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=127,159;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=7.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,4:0.185:25:7,4:13,0:13,8,4,0 chr12 56363413 . C CTCTA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=143,121;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr12 56383964 . CG TA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=171,148;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:56383964_CG_TA:56383964:0,2,0,1 chr12 56383968 . AG CA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=210,148;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:56383964_CG_TA:56383964:0,1,0,1 chr12 56386056 . TCCCTACCCCTCAGCACACAAC T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=85,103;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.514:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr12 56417403 . T C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=140,150;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=30.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,10:0.689:14:2,6:2,4:2,2,9,1 chr12 56418940 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=173,130;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:0,2,1,1 chr12 56426577 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,218;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 56428344 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=17.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,1:0,4:0,0,1,4 chr12 56435920 . C G . . DP=23;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=107,122;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,10:0.439:23:9,3:3,7:0|1:56435920_C_G:56435920:4,9,6,4 chr12 56435929 . C G . . DP=24;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=112,103;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=32.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:9,12:0.565:21:2,10:6,2:1|0:56435920_C_G:56435920:5,4,4,8 chr12 56477694 . A T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=106,137;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=14.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,7:0.393:18:5,2:6,4:3,8,3,4 chr12 56481503 . G A . . 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DP=12;ECNT=1;MBQ=24,27;MFRL=130,41;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:5,0:5,2:2,8,1,1 chr12 56495229 . C CACCCACAAAATTAAAAGCTTAAAAAGAAAATAAG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,34;MFRL=161,113;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr12 56504143 . CA C . . DP=18;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=108,148;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=15,14;RU=A;STR;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,5:0.409:13:4,2:2,2:5,3,4,1 chr12 56506496 . AA GA,GC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,32,32;MFRL=140,152,106;MMQ=60,60,40;MPOS=12,13;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.21,3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:3,1,1:0.250,0.250:5:1,1,1:2,0,0:3,0,2,0 chr12 56506498 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,33;MFRL=123,152;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:4,0,1,0 chr12 56510637 . A G . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=163,155;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.385:3:2,1:0,0:2,0,0,1 chr12 56537684 . G T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=33,20;MFRL=98,40;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:0|1:56537684_G_T:56537684:1,2,1,1 chr12 56537689 . CG TC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=98,40;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:0|1:56537684_G_T:56537684:1,2,1,1 chr12 56537695 . G T . . DP=6;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=98,40;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,0:1,2:0|1:56537684_G_T:56537684:1,3,1,1 chr12 56551173 . C CA . . DP=18;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=126,131;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=11,12;RU=A;STR;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,4:0.282:15:3,0:5,2:8,3,2,2 chr12 56551339 . C CAAA . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=216,126;MMQ=55,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr12 56625045 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=23.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,6:0,2:0,0,5,3 chr12 56625407 . C CCCACCCCTCTCTTGGTGCCGCCG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.671:1:0,1:0,0:0|1:56625407_C_CCCACCCCTCTCTTGGTGCCGCCG:56625407:0,0,0,1 chr12 56625411 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56625407_C_CCCACCCCTCTCTTGGTGCCGCCG:56625407:0,0,0,1 chr12 56628519 . T C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,31;MFRL=144,110;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:2,0,2,0 chr12 56628530 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,27;MFRL=132,106;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:3,0,1,0 chr12 56628559 . G A . . DP=7;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=118,114;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:3,2,1,1 chr12 56629007 . TG CC . . DP=5;ECNT=4;MBQ=23,32;MFRL=135,81;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:4,0:0,1:0|1:56629007_TG_CC:56629007:1,3,0,1 chr12 56629010 . G A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=30,27;MFRL=149,81;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:56629007_TG_CC:56629007:0,3,0,1 chr12 56629011 . G GCCCCAGCTCACCCA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=30,32;MFRL=149,81;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:56629007_TG_CC:56629007:0,3,0,1 chr12 56629025 . G A . . 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DP=7;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=154,137;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=9,10;RU=T;STR;TLOD=4.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.372:6:2,2:1,0:0|1:56647614_G_GT:56647614:0,4,0,2 chr12 56647634 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,24;MFRL=167,133;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:56647614_G_GT:56647614:0,3,0,1 chr12 56648281 . C CTGCCCTAGGAATCCTA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,431;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 56650742 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=23.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,4:0,0,7,1 chr12 56651752 . G T . . DP=4;ECNT=6;MBQ=29,30;MFRL=130,95;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,0:1,1:0|1:56651752_G_T:56651752:0,2,0,1 chr12 56651754 . G T . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=119,1691;MMQ=60,48;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:5,0:2,2:6,1,2,0 chr12 56663077 . T TGAGAC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=161,150;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr12 56663311 . C T . . DP=26;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=114,94;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,3:0.148:25:12,0:9,3:11,11,1,2 chr12 56663345 . G A . . DP=18;ECNT=2;MBQ=25,29;MFRL=97,146;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.166:16:5,0:8,2:10,4,0,2 chr12 56668702 . T A . . DP=8;ECNT=3;MBQ=24,20;MFRL=131,62;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.301:8:3,2:3,0:0|1:56668702_T_A:56668702:2,4,1,1 chr12 56668705 . GC TG . . DP=8;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=131,62;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,2:2,0:0|1:56668702_T_A:56668702:2,4,1,1 chr12 56668710 . A ACTGC . . DP=10;ECNT=3;MBQ=28,25;MFRL=152,62;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.271:9:4,1:1,0:0|1:56668702_T_A:56668702:2,5,1,1 chr12 56721923 . GGTCA G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=142,151;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:56721923_GGTCA_G:56721923:1,2,0,1 chr12 56721929 . A T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=24,26;MFRL=142,151;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:0,1:0|1:56721923_GGTCA_G:56721923:1,2,0,1 chr12 56721969 . C CTAATGTAGAAAG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 56722060 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=29;PON;POPAF=7.30;TLOD=20.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,5:0,1:0,0,5,1 chr12 56737402 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=173,155;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=7.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,2:2,1:0,3,0,3 chr12 56742853 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=22,19;MFRL=195,144;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,1:1,0,0,2 chr12 56744025 . ACT A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=177,141;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:56744025_ACT_A:56744025:0,1,0,1 chr12 56744029 . A AGAAGCTGTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=15,25;MFRL=177,141;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:56744025_ACT_A:56744025:0,1,0,1 chr12 56755974 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=34,31;MFRL=163,178;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:56755974_C_T:56755974:0,2,0,1 chr12 56755982 . G GAGCA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,33;MFRL=163,178;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:56755974_C_T:56755974:0,2,0,1 chr12 56755984 . G GAATTATTA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,31;MFRL=163,178;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:56755974_C_T:56755974:0,2,0,1 chr12 56812228 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr12 56815281 . T C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=168,152;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=18.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,7:0.444:16:3,2:6,5:2,7,1,6 chr12 56815855 . TC T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=138,116;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=C;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:3,0,0,1 chr12 56818982 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 56822641 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr12 56824163 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,203;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr12 56826885 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=85,167;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.332:13:3,4:6,0:3,6,0,4 chr12 56827974 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=15.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,2,3 chr12 56844963 . G GCAGTGAATGTAA . . 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A T . . DP=12;ECNT=4;MBQ=28,27;MFRL=148,139;MMQ=60,48;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:1,2:8,0:7,2,2,0 chr12 56866962 . C T . . DP=19;ECNT=4;MBQ=30,26;MFRL=147,105;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=24.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,9:0.500:18:3,4:6,4:6,3,4,5 chr12 56866965 . A G . . DP=20;ECNT=4;MBQ=24,20;MFRL=140,105;MMQ=60,48;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,2:0.136:20:4,2:12,0:0|1:56866965_A_G:56866965:9,9,1,1 chr12 56866968 . T C . . DP=21;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=140,105;MMQ=60,48;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,2:0.136:20:6,2:11,0:0|1:56866965_A_G:56866965:9,9,1,1 chr12 56915782 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,135;MMQ=60,40;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=21.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,2:0,5:0,0,6,1 chr12 56963821 . G GAGCCCAGATTAGAGC . . 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G GTCCTCTTCTCTAACTAAAAAC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,33;MFRL=217,157;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:56994312_G_GCCA:56994312:1,0,0,1 chr12 56994314 . AGG A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,21;MFRL=217,157;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:56994312_G_GCCA:56994312:1,0,0,1 chr12 56996581 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=141,67;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.268:9:0,2:7,0:2,5,0,2 chr12 56997566 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,30;MFRL=166,155;MMQ=60,40;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:56997566_A_G:56997566:0,2,0,1 chr12 56997571 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=166,155;MMQ=60,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:56997566_A_G:56997566:0,2,0,1 chr12 56998084 . G A . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=131,113;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=16.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.637:9:0,3:3,3:0,3,2,4 chr12 57034029 . T C . . DP=5;ECNT=6;MBQ=28,28;MFRL=155,153;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:57034029_T_C:57034029:1,3,0,1 chr12 57034031 . T TCA . . DP=5;ECNT=6;MBQ=28,31;MFRL=155,153;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:57034029_T_C:57034029:1,3,0,1 chr12 57034044 . G A . . DP=5;ECNT=6;MBQ=30,27;MFRL=155,198;MMQ=60,40;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:4,0:0,1:0|1:57034044_G_A:57034044:1,3,0,1 chr12 57034052 . G A . . DP=5;ECNT=6;MBQ=30,27;MFRL=155,198;MMQ=60,40;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:0,1:0|1:57034044_G_A:57034044:1,3,0,1 chr12 57034067 . C G . . DP=4;ECNT=6;MBQ=32,32;MFRL=198,130;MMQ=40,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:57034067_C_G:57034067:0,3,0,1 chr12 57034069 . G A . . DP=4;ECNT=6;MBQ=31,25;MFRL=198,130;MMQ=40,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:57034067_C_G:57034067:0,3,0,1 chr12 57036318 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=136,95;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,2:0.142:19:8,2:9,0:6,11,1,1 chr12 57065713 . C T . . DP=12;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=122,133;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=14.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.461:11:4,2:2,3:0,6,0,5 chr12 57065726 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=176,160;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.334:4:2,0:1,1:0,3,0,1 chr12 57081896 . GGC G . . 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A ACAGCAGT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,228;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:57115263_G_GACAA:57115263:0,0,0,1 chr12 57135382 . A AAAAAACTC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,25;MFRL=187,165;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:57135382_A_AAAAAACTC:57135382:0,1,0,1 chr12 57135384 . A ACAACTC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,23;MFRL=187,165;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:57135382_A_AAAAAACTC:57135382:0,1,0,1 chr12 57138027 . ACC GGT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 57145079 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=23,32;MFRL=156,158;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:57145079_A_C:57145079:0,1,0,1 chr12 57145080 . T TG . . 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C G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,27;MFRL=100,142;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:0,1:1,0:0|1:57627922_A_AT:57627922:0,1,0,1 chr12 57629493 . A C . . DP=19;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=99,140;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=5.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.190:19:9,3:7,0:8,8,3,0 chr12 57642436 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=114,74;MMQ=60,50;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.201:13:1,1:9,1:9,2,1,1 chr12 57649954 . C CT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:57649954_C_CT:57649954:0,0,0,1 chr12 57649955 . A T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:57649954_C_CT:57649954:0,0,0,1 chr12 57649957 . AG CT . . 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TT CA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=29,33;MFRL=133,130;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:57697017_G_A:57697017:1,3,0,1 chr12 57704005 . GA G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=A;STR;TLOD=12.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.878:6:0,2:0,4:0,0,4,2 chr12 57829063 . A G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:57829063_A_G:57829063:0,0,0,1 chr12 57829064 . C CT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,33;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:57829063_A_G:57829063:0,0,0,1 chr12 57829074 . A G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,34;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:57829063_A_G:57829063:0,0,0,1 chr12 57829076 . AA TG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:57829063_A_G:57829063:0,0,0,1 chr12 57849630 . G GTGTGGCTCC . . DP=9;ECNT=4;MBQ=31,33;MFRL=108,46;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,4:0.360:9:2,2:2,0:0|1:57849630_G_GTGTGGCTCC:57849630:4,1,2,2 chr12 57849631 . A AGGGAATGGG . . DP=9;ECNT=4;MBQ=27,28;MFRL=108,46;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,4:0.360:9:2,3:2,1:0|1:57849630_G_GTGTGGCTCC:57849630:4,1,2,2 chr12 57849635 . C G . . DP=7;ECNT=4;MBQ=32,27;MFRL=116,46;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,3:0.391:7:2,3:1,0:0|1:57849630_G_GTGTGGCTCC:57849630:3,1,1,2 chr12 57849652 . A AGGTTGCAATGAGCTCGAGATCATG . . DP=3;ECNT=4;MBQ=25,26;MFRL=151,108;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:1,1,0,1 chr12 57857487 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=89,94;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,2:2,0:1,2,1,1 chr12 57857748 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=181,83;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:3,0:0,2:3,0,2,0 chr12 57858414 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,79;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=10.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,4:0,0:0,0,1,3 chr12 57858835 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=14.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,4,1 chr12 57859399 . G C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=33,35;MFRL=147,63;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:4,0:1,2:4,1,0,2 chr12 57859431 . G A . . DP=11;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=31.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,6:0,5:0,0,6,5 chr12 57859932 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=9.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr12 57861807 . A AGTGAGTTGAGCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=125,65817109;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,1,0 chr12 57862055 . T TA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=142,111;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:57862055_T_TA:57862055:0,3,0,1 chr12 57862057 . G GGT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=142,111;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:57862055_T_TA:57862055:0,3,0,1 chr12 57864843 . G GTTTACCTTGATTTTTTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,31;MFRL=163,83;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr12 57865914 . G GCAGCCCCTGAAGTCGGAA . . 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DP=5;ECNT=5;MBQ=0,30;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=15.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,2,3 chr12 57869476 . G A . . DP=5;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=21.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0|1:57869476_G_A:57869476:0,0,2,3 chr12 57869486 . A G . . DP=8;ECNT=5;MBQ=0,27;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=30.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,8:0.900:8:0,4:0,3:0|1:57869476_G_A:57869476:0,0,4,4 chr12 57869500 . A C . . DP=7;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=20.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,4,2 chr12 57869530 . CA C . . DP=11;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=31.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,6:0,4:0,0,7,4 chr12 57870121 . A C . . 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DP=13;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=132,58;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.210:13:4,0:3,2:0|1:57921934_C_T:57921934:7,4,1,1 chr12 57923001 . G T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=127,178;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.328:4:3,1:0,0:0|1:57923001_G_T:57923001:2,1,0,1 chr12 57923002 . G GTCC . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=127,178;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:57923001_G_T:57923001:2,1,0,1 chr12 57926618 . A AGTCTTCCTGCCACAGCCTC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,26;MFRL=112,120;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:2,2,0,1 chr12 57926653 . CC TG . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=136,44;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:57926653_CC_TG:57926653:1,2,1,1 chr12 57926656 . A AGTTTTGGATCAAGTGGAGGCTCGGCTACAGG . . DP=5;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=136,44;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:57926653_CC_TG:57926653:1,2,1,1 chr12 57927168 . C CCTTCT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 57940749 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=12.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.855:5:0,1:0,3:0,0,5,0 chr12 57958025 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,26;MFRL=143,0;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:57958025_G_A:57958025:0,1,0,1 chr12 57958035 . G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:57958025_G_A:57958025:0,0,0,1 chr12 57958042 . G A . . 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T A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=186,0;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:63131358_A_C:63131358:1,0,1,0 chr12 63543721 . G A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=136,178;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,3:0.180:20:5,2:12,1:4,13,0,3 chr12 63544315 . G GGGACCTCTGGGCAC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=12,28;MFRL=180,118;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0,1,0,1 chr12 64020315 . A C . . DP=23;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=113,93;MMQ=60,43;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,3:0.160:23:14,0:6,3:7,13,0,3 chr12 64055345 . C CT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=22,20;MFRL=153,191;MMQ=46,56;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.518:4:2,1:0,0:0|1:64055345_C_CT:64055345:0,2,0,2 chr12 64055347 . G A . . 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A G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=24,31;MFRL=158,119;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:65133349_A_C:65133349:0,2,0,1 chr12 65133360 . CA AT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,24;MFRL=187,119;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:65133349_A_C:65133349:0,1,0,1 chr12 65133364 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,34;MFRL=187,119;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:65133349_A_C:65133349:0,1,0,1 chr12 65146613 . G C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=117,91;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:65146613_G_C:65146613:0,4,0,1 chr12 65146618 . A T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=23,24;MFRL=114,91;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:65146613_G_C:65146613:0,3,0,1 chr12 65449071 . A G . . 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DP=18;ECNT=4;MBQ=25,20;MFRL=138,52;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:8,0:7,1:0|1:65564707_C_T:65564707:7,9,1,1 chr12 65564712 . C CA . . DP=18;ECNT=4;MBQ=31,20;MFRL=145,52;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:7,0:8,2:0|1:65564707_C_T:65564707:7,9,1,1 chr12 65564716 . C CT . . DP=17;ECNT=4;MBQ=31,18;MFRL=148,52;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:7,0:8,1:0|1:65564707_C_T:65564707:6,9,1,1 chr12 65564717 . C CT . . DP=17;ECNT=4;MBQ=26,18;MFRL=148,52;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:7,0:8,1:0|1:65564707_C_T:65564707:6,9,1,1 chr12 65609675 . G GT . . DP=11;ECNT=2;MBQ=34,33;MFRL=146,150;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=13,14;RU=T;STR;TLOD=15.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,8:0.747:10:2,4:0,3:2,0,8,0 chr12 65609707 . G GT . . 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T A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=35.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,6:0,6:0,0,2,10 chr12 66522650 . G A . . DP=43;ECNT=1;MBQ=31,13;MFRL=86,145;MMQ=60,50;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:32,4:0.129:36:15,1:17,0:4,28,3,1 chr12 66531694 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=146,84;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:1,1:1,2:1,1,2,1 chr12 66563780 . T C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=147,151;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=9.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,4:0.311:14:6,0:4,4:1,9,0,4 chr12 66639028 . C A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=142,66;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,0:1,2:0|1:66639028_C_A:66639028:1,3,1,1 chr12 66639033 . A AAGACAGAAGATCAAT . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=15.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr12 66786091 . G C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=25.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,3:0,4:0,0,5,2 chr12 66786644 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=11.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr12 66814466 . C G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=16.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr12 66814487 . C A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,4:0,0,7,1 chr12 66856606 . C CA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,11;MFRL=94,149;MMQ=60,35;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=4.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.586:3:1,0:0,0:0|1:66856606_C_CA:66856606:1,0,2,0 chr12 66856608 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=34,29;MFRL=94,149;MMQ=60,35;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.586:3:1,0:0,2:0|1:66856606_C_CA:66856606:1,0,2,0 chr12 66856612 . G C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,16;MFRL=94,143;MMQ=60,30;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:66856606_C_CA:66856606:1,0,1,0 chr12 66856613 . AG A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=29,13;MFRL=94,143;MMQ=60,30;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:66856606_C_CA:66856606:1,0,1,0 chr12 66909389 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=33,23;MFRL=148,112;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=18.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,8:0.642:12:4,5:0,3:4,0,5,3 chr12 66911689 . AGG A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=119,58;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.253:10:2,0:5,2:0|1:66911689_AGG_A:66911689:6,2,1,1 chr12 66911692 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=119,58;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.253:10:1,0:4,2:0|1:66911689_AGG_A:66911689:6,2,1,1 chr12 67686644 . GG AT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=136,106;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:67686644_GG_AT:67686644:0,1,0,1 chr12 67686651 . G GGCATGTGCCTGAAGCAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=136,106;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:67686644_GG_AT:67686644:0,1,0,1 chr12 67688718 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,187;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 67692965 . T TTTAAAGATGGATGAAATTACTGACTTG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=146,165;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr12 67701103 . G A . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=111,90;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=13,8;RU=A;STR;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:1,0:0,2:0,2,1,1 chr12 68619604 . G A,T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,24,29;MFRL=193,497,112;MMQ=60,60,60;MPOS=13,1;POPAF=7.30,7.30;TLOD=4.42,3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,2,1:0.375,0.250:5:0,1,0:2,1,1:0,2,0,3 chr12 68647268 . G GAGCTCACAGATTTCT . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=132,57;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.343:8:2,2:3,0:0,5,1,2 chr12 68707576 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr12 68710124 . AGC A . . DP=4;ECNT=7;MBQ=26,26;MFRL=137,134;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0|1:68710124_AGC_A:68710124:0,2,0,2 chr12 68710128 . AGG A . . 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DP=9;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=168,78;MMQ=60,50;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:2,0:4,2:1,5,1,1 chr12 69084566 . A G . . DP=9;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=168,78;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=10.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.364:9:2,0:4,3:1,5,1,2 chr12 69084612 . A C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=25,31;MFRL=164,151;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=12.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:1,0:1,4:0,2,0,4 chr12 69090573 . C CT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=13,14;RU=T;STR;TLOD=7.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.810:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr12 69090754 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=11.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr12 69096639 . T TGAGACAGCGTC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=128,163;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.404:5:0,1:3,1:0,3,0,2 chr12 69119546 . C T . . DP=37;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=103,110;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:29,4:0.139:33:15,0:14,4:23,6,2,2 chr12 69125513 . GG TT . . DP=13;ECNT=5;MBQ=30,28;MFRL=88,128;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=27.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.586:13:2,5:2,3:0,5,2,6 chr12 69125560 . T C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=29,33;MFRL=108,171;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:69125560_T_C:69125560:0,3,0,1 chr12 69125563 . G GTAATTAA . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,32;MFRL=108,171;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:69125560_T_C:69125560:0,3,0,1 chr12 69125566 . A ATGTTGAGC . . DP=4;ECNT=5;MBQ=25,25;MFRL=108,171;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:69125560_T_C:69125560:0,3,0,1 chr12 69125578 . CG TA . . 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G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=10.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,1,3 chr12 71960584 . T C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=27.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,5:0,3:0,0,6,2 chr12 71965449 . C CCATTTTTTAAAAACACAATATT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=144,149;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr12 71974285 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,27;MFRL=106,148;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:71974285_C_T:71974285:0,1,0,1 chr12 71974298 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,21;MFRL=106,148;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:71974285_C_T:71974285:0,1,0,1 chr12 71974301 . TG CA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,33;MFRL=106,148;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:71974285_C_T:71974285:0,1,0,1 chr12 71976378 . GA CT . . DP=5;ECNT=7;MBQ=31,33;MFRL=165,90;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:71976378_GA_CT:71976378:0,4,0,1 chr12 71976380 . A ACC . . DP=5;ECNT=7;MBQ=24,26;MFRL=165,90;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:71976378_GA_CT:71976378:0,4,0,1 chr12 71976381 . A ATCC . . DP=5;ECNT=7;MBQ=24,26;MFRL=165,90;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:71976378_GA_CT:71976378:0,4,0,1 chr12 71976383 . A T . . DP=5;ECNT=7;MBQ=25,28;MFRL=165,90;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:71976378_GA_CT:71976378:0,4,0,1 chr12 71976385 . A C . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=152,103;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=8,7;RU=A;STR;TLOD=12.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.698:10:0,5:3,2:2,1,2,5 chr12 74934634 . G A . . DP=19;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=80.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,19:0.952:19:0,11:0,7:0|1:74934634_G_A:74934634:0,0,6,13 chr12 74934637 . T C . . DP=19;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=80.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,19:0.952:19:0,10:0,7:0|1:74934634_G_A:74934634:0,0,6,13 chr12 74934661 . GTT G . . DP=10;ECNT=3;MBQ=31,32;MFRL=111,168;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=6,4;RU=T;STR;TLOD=5.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:4,1:3,1:1,6,0,2 chr12 74934945 . AG A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=120,120;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=8,7;RU=G;STR;TLOD=15.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.639:9:1,4:1,2:3,0,6,0 chr12 75683618 . TTATCTTTCA T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:75683618_TTATCTTTCA_T:75683618:0,0,0,1 chr12 75683630 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:75683618_TTATCTTTCA_T:75683618:0,0,0,1 chr12 75683633 . AA CC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:75683618_TTATCTTTCA_T:75683618:0,0,0,1 chr12 75709993 . T A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,246;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 75710296 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,31;MFRL=130,170;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:75710296_C_T:75710296:0,2,0,1 chr12 75710312 . C CTATTT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,30;MFRL=155,170;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TATTT;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:75710296_C_T:75710296:0,1,0,1 chr12 75756980 . AAT A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=24,25;MFRL=136,168;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=AT;STR;TLOD=8.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.266:13:7,2:3,1:1,9,0,3 chr12 75784773 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=13.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr12 75816612 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=10.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr12 75816757 . G T . . DP=19;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=106,90;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,4:0.261:17:9,4:4,0:4,9,2,2 chr12 75816814 . G GACA . . DP=10;ECNT=2;MBQ=20,26;MFRL=107,107;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=ACA;STR;TLOD=21.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.637:9:1,2:2,3:2,1,3,3 chr12 75875576 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=93,69;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=15.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.637:9:2,3:1,3:1,2,3,3 chr12 75875729 . G A . . DP=25;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=128,147;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,2:0.115:24:9,2:13,0:11,11,1,1 chr12 75884338 . C CGA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:75884338_C_CGA:75884338:0,0,0,1 chr12 75884343 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:75884338_C_CGA:75884338:0,0,0,1 chr12 75884344 . CCG C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:75884338_C_CGA:75884338:0,0,0,1 chr12 75900702 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=116,117;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=19.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,8:0.692:11:1,4:2,4:1,2,2,6 chr12 76424937 . TTGC T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=TGC;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 76444510 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=170,114;MMQ=60,54;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:3,0:2,3:0,5,0,3 chr12 76449900 . T C . . DP=34;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,126;MMQ=60,51;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=104.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,34:0.972:34:0,21:0,13:0,0,13,21 chr12 76453861 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=29.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.921:10:0,3:0,7:0,0,9,1 chr12 76453873 . C T . . DP=14;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=138,169;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.375:14:5,2:4,3:9,0,5,0 chr12 76461137 . T C . . DP=14;ECNT=2;MBQ=20,29;MFRL=79,156;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:8,0:2,2:0|1:76461137_T_C:76461137:6,5,1,1 chr12 76461145 . C T . . DP=14;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,92;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=40.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,14:0.937:14:0,11:0,3:0|1:76461137_T_C:76461137:0,0,7,7 chr12 76461257 . T TA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=70,166;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=10,11;RU=A;STR;TLOD=3.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.449:5:1,1:2,1:1,2,0,2 chr12 76739501 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,216;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr12 76740570 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=162,632;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:4,2:6,0:4,6,1,1 chr12 76762923 . A AAAT . . DP=11;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=115,137;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=18.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.462:11:2,2:4,3:5,1,5,0 chr12 76780471 . A T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=134,129;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=20.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.600:13:3,4:2,4:0,5,2,6 chr12 76786349 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=94,97;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=26.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,10:0.688:14:0,9:4,1:2,2,6,4 chr12 76804493 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 77202798 . A G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,34;MFRL=139,144;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=14.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,5:0.400:13:6,4:2,1:8,0,5,0 chr12 77209613 . GT G . . 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DP=4;ECNT=5;MBQ=29,25;MFRL=161,106;MMQ=60,21;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:77216392_TGGCG_T:77216392:0,3,0,1 chr12 77239420 . AAAAT A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=157,172;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AAAT;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:3,0,1,0 chr12 77254207 . GA G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=9,8;RU=A;STR;TLOD=5.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr12 77417777 . A C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=21,19;MFRL=130,164;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.437:5:1,0:1,1:1,2,2,0 chr12 77417780 . T A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,11;MFRL=130,164;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.437:5:1,0:1,0:1,2,2,0 chr12 77421975 . TCTC T . . 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TT AC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,21;MFRL=111,172;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:78510733_C_A:78510733:1,3,0,1 chr12 78516117 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=94,123;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:2,1,0,1 chr12 78521082 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr12 78540174 . TA T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=123,136;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=A;STR;TLOD=6.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.355:12:8,2:0,2:1,7,0,4 chr12 78553165 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,181;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:78553165_T_C:78553165:0,0,0,1 chr12 78553167 . A G . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=178,161;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0,1,0,2 chr12 79990523 . T TG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=167,220;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:79990523_T_TG:79990523:0,1,0,1 chr12 79990526 . A AAAGTAC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,25;MFRL=167,220;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:79990523_T_TG:79990523:0,1,0,1 chr12 80083792 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 80175764 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=11.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr12 80200204 . A C . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=10.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr12 80730561 . CT C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=101,136;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=9.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.601:8:1,2:0,3:2,1,5,0 chr12 80730702 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=135,148;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.190:19:8,3:7,0:8,8,0,3 chr12 80733013 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,35;MFRL=110,180;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,1,0 chr12 80746228 . T TG . . DP=8;ECNT=6;MBQ=26,20;MFRL=139,52;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,0:3,2:0|1:80746228_T_TG:80746228:1,5,1,1 chr12 80746229 . T C . . 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DP=12;ECNT=1;MBQ=29,24;MFRL=157,111;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=10.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.461:11:2,4:4,1:3,3,3,2 chr12 81063264 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=165,128;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,1:0,1:0,2,0,2 chr12 81066851 . A G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=205,212;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:2,0,1,0 chr12 81066866 . T TCTGGACC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=24,25;MFRL=181,212;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:0,1:0|1:81066866_T_TCTGGACC:81066866:3,0,1,0 chr12 81066868 . T TTTAACA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=27,24;MFRL=181,212;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:81066866_T_TCTGGACC:81066866:3,0,1,0 chr12 81226432 . G A . . 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DP=16;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=110,49;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.167:16:5,0:8,2:0|1:85285788_C_CATTTAT:85285788:11,3,1,1 chr12 85285794 . T TATGAC . . DP=15;ECNT=3;MBQ=24,25;MFRL=107,49;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:5,0:8,1:0|1:85285788_C_CATTTAT:85285788:10,3,1,1 chr12 85285920 . T TA . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,10;MFRL=58,134;MMQ=45,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=17,18;RU=A;STR;TLOD=4.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.584:5:2,1:0,0:0,2,0,3 chr12 85450606 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=130,41;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:4,2:6,0:6,4,1,1 chr12 85450894 . G A . . DP=30;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=111,104;MMQ=60,27;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:23,5:0.175:28:11,3:12,0:11,12,5,0 chr12 85459174 . T TTACCATACCACCTGATCTCTTC . . DP=7;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=172,51;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:3,2,1,1 chr12 85500446 . A AGCAATTCTCAACAAAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=110,87;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 85677698 . A AG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,23;MFRL=191,133;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:85677698_A_AG:85677698:0,2,0,1 chr12 85677702 . G C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,32;MFRL=191,133;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:85677698_A_AG:85677698:0,2,0,1 chr12 85694879 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=121,97;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:0,2:3,0:3,0,1,1 chr12 88379566 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,87;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=22.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,1:0,6:0,0,5,2 chr12 88420434 . AC A . . DP=2;ECNT=6;MBQ=24,24;MFRL=190,95;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:88420434_AC_A:88420434:0,1,0,1 chr12 88420437 . A G . . DP=2;ECNT=6;MBQ=24,30;MFRL=190,95;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:88420434_AC_A:88420434:0,1,0,1 chr12 88420438 . C CT . . DP=2;ECNT=6;MBQ=18,31;MFRL=190,95;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:88420434_AC_A:88420434:0,1,0,1 chr12 88420443 . A C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=25,28;MFRL=190,95;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:88420434_AC_A:88420434:0,1,0,1 chr12 88420445 . A T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=24,23;MFRL=190,95;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:88420434_AC_A:88420434:0,1,0,1 chr12 88420467 . G GATACAGATCATAAA . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,31;MFRL=0,190;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 88454594 . T TA . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,89;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=A;STR;TLOD=31.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.936:14:0,7:0,6:0,0,9,5 chr12 88478316 . TA T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=A;STR;TLOD=11.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.862:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr12 88481469 . T C . . DP=20;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=160,155;MMQ=40,40;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,2:0.148:18:3,0:13,2:16,0,2,0 chr12 88496838 . C G . . 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DP=3;ECNT=3;MBQ=28,29;MFRL=155,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:88542346_A_C:88542346:0,2,0,1 chr12 88900246 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr12 88910307 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=110,109;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr12 88926290 . C CA . . DP=6;ECNT=6;MBQ=31,26;MFRL=155,147;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=11,12;RU=A;STR;TLOD=3.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,0:1,1:0,3,0,2 chr12 88926342 . T C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=24,33;MFRL=154,122;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:88926342_T_C:88926342:0,1,0,1 chr12 88926346 . GC CA . . 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DP=13;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=126,23;MMQ=60,52;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:7,2:4,0:5,6,1,1 chr12 90013989 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=24,25;MFRL=120,166;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:2,1:6,1:5,3,2,0 chr12 90028901 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=96,94;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.599:13:4,4:1,4:4,1,3,5 chr12 91357891 . T A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=140,182;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=12.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,6:0.412:15:2,6:7,0:7,2,6,0 chr12 91358169 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr12 91372026 . G GAC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,32;MFRL=151,106;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:91372026_G_GAC:91372026:2,0,0,1 chr12 91372027 . T TGATCTGGGAGTATGGAA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=22,29;MFRL=151,106;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:91372026_G_GAC:91372026:2,0,0,1 chr12 91449237 . GA G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=118,57;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:0|1:91449237_GA_G:91449237:4,1,1,1 chr12 91449242 . GA AT . . DP=8;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=118,57;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.331:7:3,2:2,0:0|1:91449237_GA_G:91449237:4,1,1,1 chr12 91449445 . C T . . DP=11;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=112,58;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:6,0:3,2:0|1:91449445_C_T:91449445:3,6,1,1 chr12 91449447 . CA TT . . DP=11;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=112,58;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:6,0:3,2:0|1:91449445_C_T:91449445:3,6,1,1 chr12 91449451 . G GCAAGAGA . . DP=9;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=112,58;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,0:2,2:0|1:91449445_C_T:91449445:1,6,1,1 chr12 91501962 . C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=134,121;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,4:0.262:16:7,0:5,3:6,6,0,4 chr12 91502791 . A AG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.683:1:0,1:0,0:0|1:91502791_A_AG:91502791:0,0,0,1 chr12 91502793 . A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,21;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:91502791_A_AG:91502791:0,0,0,1 chr12 92539344 . T C . . DP=12;ECNT=3;MBQ=13,29;MFRL=155,153;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.321:8:0,0:1,2:0,6,0,2 chr12 92539350 . T G . . DP=10;ECNT=3;MBQ=28,12;MFRL=155,150;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.426:8:0,0:3,0:0,5,0,3 chr12 92539378 . G A . . DP=10;ECNT=3;MBQ=30,26;MFRL=155,159;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=8.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:3,1:2,3:0,5,0,4 chr12 92821860 . CT C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=139,106;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=13.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.636:9:1,3:2,3:1,2,4,2 chr12 93131203 . A C . . DP=20;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=121,82;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=19.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,9:0.476:19:4,5:6,4:7,3,5,4 chr12 93171278 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,34;MFRL=132,181;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=8.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,3:1,0:1,2,3,0 chr12 93202726 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr12 93206878 . G A . . 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CTG C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:94673481_CTG_C:94673481:0,0,0,1 chr12 94673485 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:94673481_CTG_C:94673481:0,0,0,1 chr12 94676114 . C T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=112,105;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.209:17:10,3:4,0:9,5,2,1 chr12 94676256 . G GCTTCCTGGCTGCC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,32;MFRL=195,126;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:94676256_G_GCTTCCTGGCTGCC:94676256:0,1,0,1 chr12 94676257 . A T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=23,27;MFRL=195,126;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:94676256_G_GCTTCCTGGCTGCC:94676256:0,1,0,1 chr12 94676261 . C CTT . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,229;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:94965599_C_G:94965599:0,0,0,1 chr12 94965612 . C CTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,229;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:94965599_C_G:94965599:0,0,0,1 chr12 94975799 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=32.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.926:11:0,7:0,4:0,0,6,5 chr12 94976084 . T C . . DP=19;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=49.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.949:17:0,5:0,12:0,0,9,8 chr12 94976407 . A ACAGCCTG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 95388111 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,26;MFRL=160,143;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:95388111_C_A:95388111:0,1,0,1 chr12 95388115 . T TATTTGTC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,26;MFRL=160,143;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:95388111_C_A:95388111:0,1,0,1 chr12 95397474 . G A . . DP=19;ECNT=2;MBQ=31,22;MFRL=135,174;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=12.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,7:0.380:19:8,0:4,7:2,10,0,7 chr12 95397525 . C CTCAATTTCCACACCTGG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=20,32;MFRL=187,144;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.495:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 95445749 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=139,91;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr12 95456591 . A AGTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=22,23;MFRL=128,126;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr12 95488531 . CT TC . . DP=6;ECNT=3;MBQ=30,29;MFRL=130,173;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,1:1,1:0|1:95488531_CT_TC:95488531:1,3,0,2 chr12 95488542 . C CTCTCTCT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,32;MFRL=151,173;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,0:0,1:0|1:95488531_CT_TC:95488531:1,1,0,2 chr12 95488543 . CCA C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,33;MFRL=151,179;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.394:3:2,0:0,1:0|1:95488531_CT_TC:95488531:1,1,0,1 chr12 95498747 . GA G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=17,16;RU=A;STR;TLOD=4.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,0:0,0,1,1 chr12 95500635 . A G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=28,25;MFRL=149,157;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=9.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:1,0:1,4:2,0,4,0 chr12 95500700 . A AAACAAAAC . . DP=35;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=134.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,32:0.972:32:0,7:0,13:0|1:95500700_A_AAACAAAAC:95500700:0,0,13,19 chr12 95500727 . C G . . DP=62;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=224.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,59:0.984:59:0,24:0,35:0|1:95500700_A_AAACAAAAC:95500700:0,0,16,43 chr12 95502206 . A T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=143,120;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:2,2,1,1 chr12 95602794 . C T . . DP=25;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=125,108;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=42.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,17:0.676:25:6,9:1,8:2,6,8,9 chr12 95645886 . G C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=138,33;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:3,0:8,2:1,10,2,0 chr12 95681624 . G T . . DP=30;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=117,93;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,3:0.132:28:15,3:10,0:10,15,0,3 chr12 95870023 . CTG C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=35,30;MFRL=163,204;MMQ=40,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:95870023_CTG_C:95870023:0,3,0,1 chr12 95870028 . ATCCCAGCAC A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=27,22;MFRL=163,204;MMQ=40,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:2,0:0|1:95870023_CTG_C:95870023:0,3,0,1 chr12 95870047 . T C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=23,32;MFRL=164,145;MMQ=60,40;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:1,1:0|1:95870047_T_C:95870047:0,3,0,1 chr12 95870054 . G A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=30,24;MFRL=164,145;MMQ=60,40;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:95870047_T_C:95870047:0,3,0,1 chr12 95897919 . G C . . DP=49;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=116,135;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=32.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:32,14:0.311:46:16,7:15,7:14,18,3,11 chr12 95897997 . T C . . DP=15;ECNT=2;MBQ=28,32;MFRL=160,133;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=15.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,6:0.500:12:4,2:2,4:0,6,2,4 chr12 95927524 . G A . . DP=24;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=105,132;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,3:0.172:21:6,3:11,0:6,12,0,3 chr12 96104138 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=10.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr12 96253003 . A AG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,206;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=G;STR;TLOD=6.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr12 96254880 . C T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=125,139;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=10.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,5:0.316:17:6,3:6,2:10,2,4,1 chr12 96263437 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=15.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0|1:96263437_G_A:96263437:0,0,0,4 chr12 96263439 . C A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=15.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.833:4:0,2:0,1:0|1:96263437_G_A:96263437:0,0,0,4 chr12 96266035 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=151,134;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.510:8:0,1:3,3:3,1,2,2 chr12 96292280 . G GAAAC . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,34;MFRL=152,103;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=6,7;RU=AAAC;STR;TLOD=9.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.506:6:1,1:2,0:3,0,1,2 chr12 96330311 . GA G . . 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C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr12 96374554 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=116,128;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=27.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,7:0.572:12:2,5:2,2:0|1:96374554_G_A:96374554:1,4,4,3 chr12 96374563 . T C . . DP=14;ECNT=2;MBQ=22,31;MFRL=116,131;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=33.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,9:0.626:14:2,6:3,3:0|1:96374554_G_A:96374554:2,3,6,3 chr12 96374672 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=134,110;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:0,1:2,2:0,2,2,1 chr12 96374683 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=34,24;MFRL=134,110;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:0,1:2,2:0,2,2,1 chr12 96379806 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=29,22;MFRL=124,107;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=7.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.499:8:0,1:4,3:2,2,1,3 chr12 96379874 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=161,49;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:0,0:5,2:2,3,1,1 chr12 96381018 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=131,71;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.498:4:0,0:2,2:0,2,1,1 chr12 96382010 . T TCCATTG . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=112,429;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.250:6:1,1:4,0:1,4,1,0 chr12 96386630 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=141,152;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=12.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:1,2:0,2:0,1,0,4 chr12 96387765 . T A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 96407086 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=22,31;MFRL=157,154;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.601:3:0,2:1,0:0,1,0,2 chr12 96408642 . C T . . DP=23;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=94,71;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,4:0.198:23:14,0:5,4:12,7,2,2 chr12 96408671 . G GACATAAATGAAAT . . DP=27;ECNT=2;MBQ=30,33;MFRL=97,71;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,2:0.117:23:14,0:7,2:9,12,0,2 chr12 96415969 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=134,110;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.186:14:6,0:6,2:5,7,0,2 chr12 96429377 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=122,123;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=11.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.500:10:1,3:4,2:0,5,0,5 chr12 96653501 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=18.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,4,2 chr12 96653587 . C CTCTTTGCCCCGCCATTCACAGACAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=16,34;MFRL=137,98;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0,1,0,1 chr12 96688732 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=141,165;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=10.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:1,2:1,2:2,0,3,1 chr12 96694162 . G T . . DP=12;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=36.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,7:0,5:0,0,9,3 chr12 96694247 . TT AA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,23;MFRL=181,143;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0,4,0,1 chr12 96704740 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr12 96704979 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=10.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,1,3 chr12 97051632 . AT A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=T;STR;TLOD=9.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.854:5:0,5:0,0:0,0,4,1 chr12 97073297 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=142,142;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=10.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:0,2:2,2:1,1,2,2 chr12 97079041 . C G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=24,32;MFRL=140,143;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.518:4:1,1:0,1:0,2,0,2 chr12 97079043 . G A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=0,24;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=14.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr12 97079094 . C CTAT . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,35;MFRL=0,199;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TAT;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 97079112 . G GATATTTTGGGGCAA . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,199;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:97079112_G_GATATTTTGGGGCAA:97079112:0,0,0,1 chr12 97079115 . T G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,199;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:97079112_G_GATATTTTGGGGCAA:97079112:0,0,0,1 chr12 97082753 . T TCC . . DP=10;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=116,63;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=C;STR;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:4,2:3,0:0|1:97082753_T_TCC:97082753:4,4,1,1 chr12 97082755 . T C . . DP=10;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=116,63;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:4,2:4,0:0|1:97082753_T_TCC:97082753:4,4,1,1 chr12 97082757 . T C . . DP=10;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=116,63;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:4,2:4,0:0|1:97082753_T_TCC:97082753:4,4,1,1 chr12 97085107 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr12 97102367 . C A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=32,23;MFRL=134,102;MMQ=60,39;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=10.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.427:12:4,3:3,2:5,2,5,0 chr12 97112159 . G T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=126,139;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=25.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,10:0.611:16:4,6:2,4:3,3,8,2 chr12 97136418 . A ACTGCATTTGTTGCACAGATTCATGGC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=18,25;MFRL=125,82;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0,1,0,1 chr12 97301513 . G T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=154,108;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:97301513_G_T:97301513:0,4,0,1 chr12 97301516 . G GTTCTGT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=34,30;MFRL=154,108;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:3,1:0|1:97301513_G_T:97301513:0,4,0,1 chr12 97303682 . TA T . . DP=19;ECNT=1;MBQ=28,23;MFRL=66,122;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=A;STR;TLOD=5.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.356:12:3,2:4,1:3,5,0,4 chr12 97311376 . CTT C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=148,99;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;RPA=16,14;RU=T;STR;TLOD=10.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.460:11:1,4:5,1:6,0,5,0 chr12 97338318 . C CAAACAAGAAA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=108,350;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:1,0,1,0 chr12 97339388 . G C . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=31,22;MFRL=151,141;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.499:6:2,2:1,1:0,3,0,3 chr12 101701930 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=120,125;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,1:0,1:2,1,2,0 chr12 101721121 . A AG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:101721121_A_AG:101721121:0,0,0,1 chr12 101721122 . C CAGGATACCCTCTCCCGTGTG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:101721121_A_AG:101721121:0,0,0,1 chr12 101739481 . C CTTGGTACAACTTACTCCTTACCATGACCCAG . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,34;MFRL=140,4;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=17.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.589:8:2,0:1,5:1,2,2,3 chr12 101747002 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 101759444 . G GGCAGATGCCCAGCCC . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=128,71;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.484:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr12 101763728 . G A . . DP=3;ECNT=7;MBQ=30,28;MFRL=158,172;MMQ=60,40;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:101763728_G_A:101763728:0,2,0,1 chr12 101763730 . A G . . DP=3;ECNT=7;MBQ=26,33;MFRL=158,172;MMQ=60,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:101763728_G_A:101763728:0,2,0,1 chr12 101763734 . AT GG . . DP=3;ECNT=7;MBQ=26,33;MFRL=158,172;MMQ=60,40;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:101763728_G_A:101763728:0,2,0,1 chr12 101763754 . G GACC . . DP=3;ECNT=7;MBQ=33,31;MFRL=184,121;MMQ=50,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,1:0.400:3:0,1:2,0:1|0:101763728_G_A:101763728:0,2,0,1 chr12 101763755 . G GATCAC . . DP=3;ECNT=7;MBQ=32,30;MFRL=184,121;MMQ=50,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,1:0.400:3:0,1:2,0:1|0:101763728_G_A:101763728:0,2,0,1 chr12 101763756 . C CCAAG . . DP=3;ECNT=7;MBQ=30,31;MFRL=158,172;MMQ=60,40;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:101763728_G_A:101763728:0,2,0,1 chr12 101763758 . G C . . DP=3;ECNT=7;MBQ=25,34;MFRL=158,172;MMQ=60,40;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:101763728_G_A:101763728:0,2,0,1 chr12 101767152 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=139,522;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.265:13:6,0:4,3:7,3,3,0 chr12 101773330 . CC TG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=87,147;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:0|1:101773330_CC_TG:101773330:1,3,0,1 chr12 101773333 . A C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=23,29;MFRL=87,147;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:101773330_CC_TG:101773330:1,3,0,1 chr12 101776996 . G C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=137,106;MMQ=60,60;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.460:11:3,5:3,0:2,4,2,3 chr12 101779784 . GA G . . DP=13;ECNT=4;MBQ=32,32;MFRL=128,96;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:5,1:6,1:0|1:101779784_GA_G:101779784:6,5,2,0 chr12 101779787 . GAA G . . DP=14;ECNT=4;MBQ=31,27;MFRL=118,96;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=A;STR;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:5,1:6,1:0|1:101779784_GA_G:101779784:7,5,2,0 chr12 101779791 . CACAAAA C . . DP=20;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=144,96;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,2:0.136:20:6,1:6,1:0|1:101779784_GA_G:101779784:13,5,2,0 chr12 101779799 . TAAAAGTGAA T . . DP=21;ECNT=4;MBQ=26,26;MFRL=153,96;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:19,2:0.130:21:10,1:7,1:0|1:101779784_GA_G:101779784:13,6,2,0 chr12 101790097 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=178,145;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=9.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,2:0,1:1,0,3,0 chr12 101801505 . C G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=20,33;MFRL=87,116;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:2,1:2,1:2,2,0,2 chr12 101801529 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=16,33;MFRL=104,134;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.529:2:0,0:0,1:0,1,0,1 chr12 101870804 . G A . . 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DP=4;ECNT=9;MBQ=33,21;MFRL=102,125;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:102025965_G_T:102025965:1,2,0,1 chr12 102025969 . G A . . DP=4;ECNT=9;MBQ=32,24;MFRL=125,102;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:102025967_G_A:102025967:1,2,0,1 chr12 102025970 . G T . . DP=4;ECNT=9;MBQ=30,26;MFRL=102,125;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:102025965_G_T:102025965:1,2,0,1 chr12 102025974 . G T . . DP=4;ECNT=9;MBQ=28,11;MFRL=102,125;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,0:0|1:102025965_G_T:102025965:1,2,0,1 chr12 102025977 . A G . . DP=2;ECNT=9;MBQ=26,30;MFRL=881,125;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:102025965_G_T:102025965:0,1,0,1 chr12 102025980 . A G . . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=30,28;MFRL=179,108;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr12 102047084 . T TCTGTTGCTTCCTGCATGTGAATTCA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=29,29;MFRL=203,155;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr12 102053675 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=135,132;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:2,1:3,1:0,5,0,2 chr12 102057166 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=10.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr12 102057435 . T TAC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 102060471 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=139,80;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.330:10:2,0:5,3:4,3,2,1 chr12 102061577 . A C . . DP=33;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=103,109;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:29,3:0.117:32:16,0:13,3:15,14,0,3 chr12 102061754 . T TTTTCTTTTCTTCTTTTTGTTTTGAGA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=171,147;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr12 102117149 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=138,128;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=10.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:0,1:2,3:0,2,0,4 chr12 102127425 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=113,109;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:1,1,1,1 chr12 102154900 . A G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=148,133;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=16.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,6:0.467:13:4,2:3,4:3,4,2,4 chr12 102155580 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 102160142 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,28;MFRL=226,181;MMQ=60,36;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:102160142_G_A:102160142:0,2,0,1 chr12 102160151 . G C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,34;MFRL=226,181;MMQ=60,36;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:102160142_G_A:102160142:0,2,0,1 chr12 102160153 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,31;MFRL=226,181;MMQ=60,36;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:102160142_G_A:102160142:0,2,0,1 chr12 102164106 . A ATCTCAGAAAACATCTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:102164106_A_ATCTCAGAAAACATCTT:102164106:0,0,0,1 chr12 102164109 . T G . . 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DP=2;ECNT=4;MBQ=32,33;MFRL=211,170;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:102811862_C_CTGG:102811862:0,1,0,1 chr12 102811866 . A T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,25;MFRL=211,170;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:102811862_C_CTGG:102811862:0,1,0,1 chr12 102811868 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,34;MFRL=211,170;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:102811862_C_CTGG:102811862:0,1,0,1 chr12 103240658 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=116,50;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:2,2:5,0:4,3,2,0 chr12 103246700 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=143,131;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:4,1:1,3:3,2,0,4 chr12 103246751 . A AGAAGAAGG . . 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A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=137,151;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=15.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:2,2:2,3:2,2,0,5 chr12 104131352 . TTCTC T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=13,11;RU=TC;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 104138918 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=105,116;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=12.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:1,2:1,3:0,2,4,1 chr12 104140517 . A G . . DP=8;ECNT=3;MBQ=26,29;MFRL=172,127;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=16.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.669:7:1,4:1,1:0,2,2,3 chr12 104140533 . GCA G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,28;MFRL=127,79;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:104140533_GCA_G:104140533:0,3,0,1 chr12 104140538 . A G . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=12,15;RU=A;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:104171941_CTT_C:104171941:0,0,0,1 chr12 104174090 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=92,64;MMQ=60,54;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.251:14:3,0:7,3:8,3,1,2 chr12 104174192 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=139,108;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=8.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,1:0,2:0,1,0,3 chr12 104179271 . G A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=33,24;MFRL=115,111;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=8.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.453:9:0,2:5,2:0,5,1,3 chr12 104179321 . CAGA C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,77;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.685:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 104187092 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=17.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,1:0,5:0,0,1,5 chr12 104190599 . T G . . 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A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=114,143;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=16.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.602:8:1,1:2,4:2,1,5,0 chr12 104345384 . G A . . DP=25;ECNT=2;MBQ=25,21;MFRL=115,110;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=23.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,12:0.481:25:7,3:6,9:7,6,4,8 chr12 104345412 . C CA . . DP=17;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=110,124;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=A;STR;TLOD=10.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.441:14:5,2:3,4:3,5,1,5 chr12 104373728 . G GA . . DP=40;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=123,106;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=6,7;RU=A;STR;TLOD=23.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,11:0.344:33:11,4:10,6:8,14,6,5 chr12 104379506 . A ATTGAGAGC . . DP=27;ECNT=2;MBQ=24,27;MFRL=105,99;MMQ=60,41;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=23.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,7:0.327:22:5,5:10,2:0|1:104379506_A_ATTGAGAGC:104379506:3,12,3,4 chr12 104379508 . T TGGAGTTAAGAGGAGA . . DP=25;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=105,99;MMQ=60,41;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=23.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,7:0.329:22:5,3:9,1:0|1:104379506_A_ATTGAGAGC:104379506:3,12,3,4 chr12 104388096 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=183,98;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:2,0,1,1 chr12 104459905 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,33;MFRL=107,165;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,1:1,1:3,0,2,0 chr12 104461711 . CT C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,33;MFRL=115,146;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.344:7:0,2:5,0:4,1,2,0 chr12 104461937 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=127,84;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:2,1:0,2:0,2,1,2 chr12 104489120 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,34;MFRL=108,137;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.334:7:5,2:0,0:2,3,2,0 chr12 104496724 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=114,82;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.452:9:1,3:2,1:2,3,2,2 chr12 104516918 . T C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=24,29;MFRL=148,150;MMQ=60,50;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,1:4,1:5,0,2,0 chr12 104516953 . CA C,CAA . . DP=15;ECNT=2;MBQ=32,33,27;MFRL=150,142,65;MMQ=60,60,50;MPOS=23,15;POPAF=7.30,7.30;RPA=11,10,12;RU=A;STR;TLOD=9.77,3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:4,4,2:0.334,0.245:10:2,3,1:2,1,0:4,0,4,2 chr12 104707180 . A T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=11.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr12 104720266 . G GTT . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,211;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr12 104995863 . A ATAC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=22,24;MFRL=152,97;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:104995863_A_ATAC:104995863:0,1,0,1 chr12 104995866 . T TAGGGGGTGCTAGTTCTCTACA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=152,97;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:104995863_A_ATAC:104995863:0,1,0,1 chr12 105151192 . G C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=157,134;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=11.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:4,1:1,3:4,1,4,0 chr12 105431826 . T G . . DP=17;ECNT=4;MBQ=24,20;MFRL=126,80;MMQ=60,44;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:3,2:12,0:0|1:105431826_T_G:105431826:9,6,1,1 chr12 105431834 . C CA . . 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DP=3;ECNT=7;MBQ=30,31;MFRL=162,172;MMQ=40,40;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=GC;STR;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.492:2:1,1:0,0:0|1:105433677_G_GGC:105433677:0,1,0,1 chr12 105433679 . CAA TGG . . DP=3;ECNT=7;MBQ=24,28;MFRL=159,162;MMQ=50,40;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:105433674_T_C:105433674:0,2,0,1 chr12 105433680 . A G . . DP=3;ECNT=7;MBQ=0,32;MFRL=0,172;MMQ=60,40;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.686:1:0,1:0,0:0|1:105433677_G_GGC:105433677:0,0,0,1 chr12 105433682 . G GGATTGCTTTT . . DP=2;ECNT=7;MBQ=29,31;MFRL=162,172;MMQ=40,40;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:105433677_G_GGC:105433677:0,1,0,1 chr12 105433684 . A G . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=128,91;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:0,2:3,0:1,2,1,1 chr12 106763013 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=153,119;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:1,2:1,1:2,0,3,0 chr12 106763268 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=10.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr12 106770261 . C CTTT . . DP=5;ECNT=6;MBQ=31,20;MFRL=134,64;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:0|1:106770261_C_CTTT:106770261:0,3,1,1 chr12 106770263 . T TGTTTCA . . DP=5;ECNT=6;MBQ=23,29;MFRL=99,127;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:4,1:0.322:5:3,1:1,0:1|0:106770261_C_CTTT:106770261:1,3,0,1 chr12 106770264 . T TTCTTTCTTTCTTTC . . 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C G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,19;MFRL=132,115;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:2,0:0|1:106820984_C_G:106820984:4,0,1,0 chr12 106821182 . A T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=24,29;MFRL=140,152;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=7.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.362:9:3,0:3,3:0,6,0,3 chr12 106838340 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=24,25;MFRL=135,99;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.601:13:1,6:4,2:2,3,3,5 chr12 106853230 . GT G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,33;MFRL=152,142;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:106853230_GT_G:106853230:0,1,0,1 chr12 106853233 . T A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=29,27;MFRL=152,142;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:106853230_GT_G:106853230:0,1,0,1 chr12 106853235 . GGAGAAC G . . 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DP=12;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=149,116;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=14.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,6:0.499:12:1,5:5,1:2,4,2,4 chr12 108091157 . TCAGTTAATCTA T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=134,144;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.332:4:1,0:1,1:3,0,1,0 chr12 108104359 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,31;MFRL=129,187;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:108104359_C_T:108104359:0,2,0,1 chr12 108104373 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,28;MFRL=129,187;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:108104359_C_T:108104359:0,2,0,1 chr12 108104382 . C CA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,29;MFRL=187,133;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1|0:108104359_C_T:108104359:0,1,0,1 chr12 108104384 . C G . . 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G A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=33,19;MFRL=145,119;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,0:0|1:108621000_A_AGT:108621000:0,3,0,1 chr12 108621031 . T TGG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=G;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:108621031_T_TGG:108621031:0,0,0,1 chr12 108621033 . C CGACAG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:108621031_T_TGG:108621031:0,0,0,1 chr12 108634083 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=111,99;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,2:2,0:2,0,1,1 chr12 108912623 . C CTT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=85,110;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:108912623_C_CTT:108912623:1,2,0,1 chr12 108912624 . G C . . 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DP=1;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:108919479_G_A:108919479:0,0,0,1 chr12 108919486 . CA AT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,21;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:108919479_G_A:108919479:0,0,0,1 chr12 108923950 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=34.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,8:0,3:0,0,5,6 chr12 108932053 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=10.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,0,3 chr12 108932916 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,14;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0,0,1,0 chr12 108938978 . G A . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=124,139;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.335:7:2,1:2,1:3,2,1,1 chr12 109605898 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=16.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0|1:109605898_C_T:109605898:0,0,0,5 chr12 109605903 . C CTTCCTTCTTTGTTTCCCTTT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=151,129;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:109605898_C_T:109605898:0,4,0,1 chr12 109609528 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=142,127;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:0,0:2,3:2,0,3,0 chr12 109609607 . C G . . DP=22;ECNT=2;MBQ=31,34;MFRL=121,96;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,4:0.218:21:11,1:5,3:11,6,1,3 chr12 109609759 . G GGCA . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=24,28;MFRL=159,138;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:111160584_G_T:111160584:0,1,0,1 chr12 111162628 . T TCTTCAACAGATTAACATTTCATTTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=181,153;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr12 111296332 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,195;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 111319161 . T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=29,33;MFRL=116,113;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:111319161_T_C:111319161:0,1,0,1 chr12 111319169 . T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,30;MFRL=116,113;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:111319161_T_C:111319161:0,1,0,1 chr12 111319170 . T TGA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,26;MFRL=116,113;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:111319161_T_C:111319161:0,1,0,1 chr12 111319172 . T G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=26,33;MFRL=116,113;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:1,0:0,1:0|1:111319161_T_C:111319161:0,1,0,1 chr12 111336710 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=151,142;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:1,2,1,0 chr12 111351963 . GAC G . . DP=23;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=107,73;MMQ=60,47;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=9,8;RU=AC;STR;TLOD=3.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,2:0.143:19:5,1:8,1:11,6,2,0 chr12 111655770 . A ACATGAT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=24,25;MFRL=145,72;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.497:2:1,1:0,0:0|1:111655770_A_ACATGAT:111655770:0,1,0,1 chr12 111655772 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,30;MFRL=145,72;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:111655770_A_ACATGAT:111655770:0,1,0,1 chr12 111655776 . G C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=145,72;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:111655770_A_ACATGAT:111655770:0,1,0,1 chr12 111747999 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=144,125;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,1:2,1:3,0,2,0 chr12 111748132 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,30;MFRL=113,156;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:111748132_C_T:111748132:0,1,0,1 chr12 111748135 . C CAG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,32;MFRL=113,156;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:111748132_C_T:111748132:0,1,0,1 chr12 111748142 . C G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,32;MFRL=113,156;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:111748132_C_T:111748132:0,1,0,1 chr12 111785422 . T TGGC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,19;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0,0,1,0 chr12 111785940 . A C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=26,27;MFRL=160,134;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:111785940_A_C:111785940:0,4,1,0 chr12 111785943 . T A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=29,13;MFRL=160,134;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,0:0|1:111785940_A_C:111785940:0,4,1,0 chr12 111785946 . C G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=27,16;MFRL=170,134;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:1,0:0|1:111785940_A_C:111785940:0,4,1,0 chr12 111785955 . T C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=29,12;MFRL=166,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:2,0:1,0:0|1:111785940_A_C:111785940:0,3,1,0 chr12 111886110 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,23;MFRL=140,141;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:3,2:1,0:0,4,0,2 chr12 111894061 . C CCTCCCATCTGGACAACTCCT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,31;MFRL=103,194;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.324:4:1,1:2,0:1,2,0,1 chr12 111895099 . TG T . . DP=32;ECNT=4;MBQ=24,28;MFRL=102,75;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=4.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:30,2:0.088:32:20,2:7,0:0|1:111895099_TG_T:111895099:13,17,0,2 chr12 111895102 . A T . . DP=32;ECNT=4;MBQ=25,28;MFRL=102,75;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:30,2:0.088:32:20,2:10,0:0|1:111895099_TG_T:111895099:13,17,0,2 chr12 111895105 . A G . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr12 113399109 . CAATCAG C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=34,32;MFRL=128,93;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:113399109_CAATCAG_C:113399109:0,2,0,1 chr12 113399117 . TCCTCCTCTACACCCACATCTCCCCTCCTTTGCTTCTTATTGGTCATCCA T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=30,28;MFRL=129,93;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:113399109_CAATCAG_C:113399109:0,3,0,1 chr12 113399145 . T C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=32,31;MFRL=134,129;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.500:2:0,0:1,1:1|0:113399109_CAATCAG_C:113399109:0,1,0,1 chr12 113399147 . T C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,23;MFRL=134,129;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.500:2:0,0:1,1:1|0:113399109_CAATCAG_C:113399109:0,1,0,1 chr12 113399151 . T TG . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,30;MFRL=134,129;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.500:2:0,0:1,1:1|0:113399109_CAATCAG_C:113399109:0,1,0,1 chr12 113405181 . A C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=28.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,4:0,0,8,0 chr12 113407844 . A AGTGGGGAGAG . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=87,54;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:1,0:4,2:2,4,1,1 chr12 113416653 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=120,113;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=14.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,7:0.421:17:6,1:4,6:2,8,1,6 chr12 113424893 . C G . . DP=24;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=95,143;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=28.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,12:0.565:21:2,6:7,6:3,6,8,4 chr12 113435293 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=12.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,2:0,2:0,0,3,1 chr12 113444418 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=33.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,7:0,4:0,0,5,6 chr12 113447103 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,33;MFRL=143,134;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr12 113532544 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,33;MFRL=154,117;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,1:0,1:1,2,0,2 chr12 113532885 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=108,145;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=10.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:1,1:0,3:1,0,4,0 chr12 113534571 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=115,129;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,0:0,2:1,0,1,1 chr12 113538415 . A T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=133,112;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=33.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,13:0.700:18:3,4:2,9:2,3,7,6 chr12 113539822 . A G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=23,31;MFRL=150,109;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=7.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.440:5:1,2:1,0:0|1:113539822_A_G:113539822:2,1,0,2 chr12 113539829 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=150,109;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.440:5:1,2:1,0:0|1:113539822_A_G:113539822:2,1,0,2 chr12 113539899 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 113541904 . C A . . 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C CCAGTGACTAGCTCACAGCAGCG . . DP=13;ECNT=4;MBQ=29,20;MFRL=130,47;MMQ=60,53;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:4,0:7,2:0|1:113707604_C_T:113707604:8,3,1,1 chr12 113707630 . T TAGAGGAAA . . DP=14;ECNT=4;MBQ=24,27;MFRL=130,47;MMQ=60,53;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.197:13:4,0:7,1:0|1:113707604_C_T:113707604:8,3,1,1 chr12 113715113 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=127,89;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr12 113715263 . G GGGATTGGGGAAGTATATTCACC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 113729351 . T A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=141,102;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=12.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:2,5:0,0:2,0,0,5 chr12 113729749 . A AAAATGACAGCCTGATGGCTGGCTGGACAG . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=106,187;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 113824953 . C CTCT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:113824953_C_CTCT:113824953:0,0,0,1 chr12 113824955 . G GCTTTTGCTAGA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:113824953_C_CTCT:113824953:0,0,0,1 chr12 113826442 . C G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=9.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:3,2:0,2:1,2,1,3 chr12 113831881 . G C . . DP=6;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=0,67;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.362:6:3,2:1,0:0|1:113831881_G_C:113831881:3,1,1,1 chr12 113831882 . C CTCCA . . 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DP=15;ECNT=2;MBQ=30,28;MFRL=136,145;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:9,1:4,1:6,7,2,0 chr12 116406825 . A G . . DP=33;ECNT=2;MBQ=27,28;MFRL=109,65;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=6.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:27,4:0.150:31:15,4:12,0:16,11,4,0 chr12 116412921 . AT TC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 116422087 . C T . . DP=23;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=130,77;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,2:0.119:23:15,0:5,1:0|1:116422087_C_T:116422087:12,9,1,1 chr12 116422097 . C T . . DP=21;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=130,77;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:19,2:0.129:21:13,0:6,2:0|1:116422087_C_T:116422087:10,9,1,1 chr12 116446445 . C T . . 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G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 118848829 . C CAGTTTGATGTGA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=35,20;MFRL=164,47;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0|1:118848829_C_CAGTTTGATGTGA:118848829:1,0,1,1 chr12 118848833 . TC CT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=164,47;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0|1:118848829_C_CAGTTTGATGTGA:118848829:1,0,1,1 chr12 119419603 . G C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,202;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=18.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.874:6:0,4:0,1:0,0,6,0 chr12 119419632 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=204,171;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,3:2,0:3,0,3,0 chr12 119552110 . A T . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=133,175;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:2,0:2,2:2,2,2,0 chr12 119910029 . C CTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.679:1:0,1:0,0:0|1:119910029_C_CTG:119910029:0,0,0,1 chr12 119910031 . T TATTCCA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:119910029_C_CTG:119910029:0,0,0,1 chr12 119937983 . A C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=26.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,4:0,3:0,0,2,6 chr12 119942960 . TG T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=117,158;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=G;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:1,1:0,0:0|1:119942960_TG_T:119942960:0,1,0,1 chr12 119942966 . G A . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=86,188;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr12 120156408 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,204;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=9.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr12 120158203 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=29.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,6:0,4:0,0,10,0 chr12 120159263 . GAGAAGGGCCAGGGAAATGCTTGATACTGCACACAATACAATTTGTTCCCCTGCTGTTCCTATTTCAAACTAATTTCAGGCATGGCACC G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=132,194;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.288:10:3,2:3,0:2,5,1,2 chr12 120166450 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=149,146;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=13.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:0,3:2,1:0,2,1,3 chr12 120171929 . G A . . 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DP=30;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=115,99;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,4:0.160:29:13,3:12,0:15,10,4,0 chr12 120760213 . C CCTAA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.681:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 120763918 . A ATTTAGG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:120763918_A_ATTTAGG:120763918:0,0,0,1 chr12 120763919 . C CAT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:120763918_A_ATTTAGG:120763918:0,0,0,1 chr12 120763921 . C A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,21;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:120763918_A_ATTTAGG:120763918:0,0,0,1 chr12 120784146 . C T . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=102,85;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:1,0,2,0 chr12 120796726 . G T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 120800823 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=21,28;MFRL=65,148;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.455:7:0,1:2,2:3,1,2,1 chr12 120882835 . TAC T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=134,135;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=11.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:1,0:1,3:0,2,0,3 chr12 120897652 . T C . . DP=20;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=137,131;MMQ=60,59;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=28.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,10:0.500:20:2,1:8,9:9,1,9,1 chr12 120899881 . C T . . DP=30;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=113,114;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,3:0.135:27:10,0:14,3:14,10,1,2 chr12 120899962 . C T . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr12 121017474 . GT G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,195;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=11.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr12 121017781 . AC CT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=24,33;MFRL=134,121;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:121017781_AC_CT:121017781:0,3,0,1 chr12 121017789 . A AC . . DP=4;ECNT=5;MBQ=25,21;MFRL=134,121;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:121017781_AC_CT:121017781:0,3,0,1 chr12 121017792 . C G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,32;MFRL=134,121;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:121017781_AC_CT:121017781:0,3,0,1 chr12 121017796 . G A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,25;MFRL=134,149;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:121017796_G_A:121017796:0,3,0,1 chr12 121017801 . T C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,31;MFRL=150,149;MMQ=50,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:121017796_G_A:121017796:0,2,0,1 chr12 121094110 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,85;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr12 121097622 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,83;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=29.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,4:0,6:0,0,6,4 chr12 121098124 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=171,151;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:121098124_C_T:121098124:0,3,0,1 chr12 121098128 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,34;MFRL=171,151;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:121098124_C_T:121098124:0,3,0,1 chr12 121131891 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=113,110;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.443:7:3,0:1,3:0,4,2,1 chr12 121132100 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=202,120;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,1:2,1:0,4,0,2 chr12 121151062 . CTCTCTTG C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=132,180;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=18.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,5:0.401:13:4,3:3,2:6,2,4,1 chr12 121157851 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=97,124;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=10.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.385:11:4,1:3,3:4,3,0,4 chr12 121176914 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=0,80;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:2,1,1,1 chr12 121202824 . C CACATTATTTCCCAGA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=139,71;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.318:4:1,1:2,0:2,1,0,1 chr12 121220375 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 121221628 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=116,166;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=10.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:2,4:1,0:1,2,0,4 chr12 121222411 . C G . . DP=26;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=104,115;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=50.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,17:0.667:25:3,6:5,11:4,4,2,15 chr12 121248584 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=33,22;MFRL=128,144;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.453:9:2,1:3,3:4,1,3,1 chr12 121431300 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=157,150;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,1:0,1:2,0,2,0 chr12 121432022 . A ACTCC . . DP=10;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=111,65;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.269:9:2,0:5,2:0|1:121432022_A_ACTCC:121432022:6,1,1,1 chr12 121432023 . A ATCCACTCTACT . . DP=11;ECNT=2;MBQ=29,26;MFRL=111,65;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.266:9:2,0:5,1:0|1:121432022_A_ACTCC:121432022:6,1,1,1 chr12 121434630 . C CTCATTCAT . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=4,6;RU=TCAT;STR;TLOD=19.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.874:5:0,3:0,2:0,0,4,1 chr12 121437221 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=33.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.927:11:0,7:0,4:0,0,4,7 chr12 121448764 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=135,95;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.178:15:7,0:4,2:4,9,0,2 chr12 121454313 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=106,100;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:2,3:0,0:1,1,1,2 chr12 121469498 . C CAGCTACTGAAAGGCCAAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=35,32;MFRL=191,101;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr12 121471337 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=33,27;MFRL=121,114;MMQ=60,60;MPOS=7;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.545:9:1,4:3,1:1,3,3,2 chr12 121471606 . C CA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:121471606_C_CA:121471606:0,0,0,1 chr12 121471607 . G T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:121471606_C_CA:121471606:0,0,0,1 chr12 121471611 . CT AA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,21;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:121471606_C_CA:121471606:0,0,0,1 chr12 121594056 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=180,156;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:3,1:0,1:0,3,1,1 chr12 121600180 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,24;MFRL=121,125;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:1,0,2,0 chr12 121603053 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=10.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr12 121603118 . T C . . DP=6;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=21.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.874:6:0,3:0,2:0,0,5,1 chr12 121603122 . C A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=13,14;MFRL=195,138;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.779:6:0,1:0,0:1,0,4,1 chr12 121603825 . ATGTT A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=TGTT;STR;TLOD=11.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr12 121603856 . C G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=33.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,7:0,3:0,0,9,1 chr12 121618344 . A AG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,25;MFRL=184,135;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:121618344_A_AG:121618344:0,1,0,1 chr12 121618345 . A ACAGTAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,24;MFRL=184,135;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:121618344_A_AG:121618344:0,1,0,1 chr12 121622627 . T C . . DP=21;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=123,0;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=7.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.208:17:12,0:2,3:4,10,2,1 chr12 121660915 . AT CG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,22;MFRL=166,126;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:4,0:0,1:0,4,0,1 chr12 121683086 . C CT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,34;MFRL=111,102;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:121683086_C_CT:121683086:1,2,0,1 chr12 121683087 . A ATTGTGTTAAATTTACTTATTTATTTAT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,27;MFRL=111,102;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:121683086_C_CT:121683086:1,2,0,1 chr12 121690548 . T C . . DP=7;ECNT=3;MBQ=20,32;MFRL=68,92;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=11.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,3:0.500:6:2,2:1,1:0|1:121690548_T_C:121690548:1,2,0,3 chr12 121690555 . T C . . DP=6;ECNT=3;MBQ=20,25;MFRL=68,92;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,3:0.500:6:1,2:1,1:0|1:121690548_T_C:121690548:1,2,0,3 chr12 121690565 . T TTGACCCTGCCTTGA . . DP=6;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=106,68;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:4,2:0.369:6:1,2:2,0:1|0:121690548_T_C:121690548:0,4,1,1 chr12 121712298 . C CATTGTCCCCCAGGATTCCTCCTAAGCCG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=199,129;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 121773346 . AGCGGCAGTGCAGG A . . DP=21;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=150,118;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,2:0.149:18:6,0:7,2:9,7,1,1 chr12 121773552 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=21,32;MFRL=138,159;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.301:8:2,1:3,1:2,4,0,2 chr12 121779733 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=138,0;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=8.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:0,1:1,2:1,0,2,1 chr12 121779883 . T A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,24;MFRL=83,149;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=6.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.501:6:0,0:3,3:1,2,0,3 chr12 121868368 . A AAGTGGG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,24;MFRL=152,112;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:121868368_A_AAGTGGG:121868368:0,2,0,1 chr12 121868370 . C A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,23;MFRL=152,112;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:121868368_A_AAGTGGG:121868368:0,2,0,1 chr12 121868372 . CT AG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,24;MFRL=152,112;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:121868368_A_AAGTGGG:121868368:0,2,0,1 chr12 121878870 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=143,65;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr12 121882439 . C CACACACA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=168,185;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr12 121883291 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 121932526 . A ATTGATGTGACTTTGGCCAAGTCACTG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=27,25;MFRL=135,155;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0,3,0,1 chr12 121932551 . AA TC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,29;MFRL=187,116;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:121932551_AA_TC:121932551:0,1,0,1 chr12 121932557 . CACACTCCACAAAGTCAGCG C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,33;MFRL=187,116;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:121932551_AA_TC:121932551:0,1,0,1 chr12 121958833 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=139,127;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:3,0:5,2:3,5,0,2 chr12 121987625 . G C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,32;MFRL=141,141;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:121987625_G_C:121987625:0,2,0,1 chr12 121987631 . C CCTGAATGA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:121987625_G_C:121987625:0,0,0,1 chr12 122017894 . G GAA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=16,32;MFRL=73,105;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=21,23;RU=A;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0,2,1,0 chr12 122064773 . CCCGCCA C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CCGCCA;STR;TLOD=37.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,4:0,5:0,0,8,1 chr12 122097043 . GCACACA G,GCACACACA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,27,25;MFRL=0,147,140;MMQ=60,60,60;MPOS=15,0;POPAF=7.30,7.30;RPA=15,12,16;RU=CA;STR;TLOD=7.38,4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,2,3:0.375,0.500:5:0,1,2:0,1,1:0,0,5,0 chr12 122181726 . A AG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=23,27;MFRL=112,102;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:122181726_A_AG:122181726:0,1,0,1 chr12 122181728 . A ACTGCTGGGCTG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=23,26;MFRL=112,102;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:122181726_A_AG:122181726:0,1,0,1 chr12 122181731 . A AAC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=21,27;MFRL=112,102;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:122181726_A_AG:122181726:0,1,0,1 chr12 122186268 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=28.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,5:0,5:0,0,9,1 chr12 122188353 . T TCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC . . DP=23;ECNT=3;MBQ=25,24;MFRL=117,82;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=5,29;RU=C;STR;TLOD=9.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,3:0.179:20:10,2:6,1:0|1:122188353_T_TCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC:122188353:8,9,3,0 chr12 122188359 . A ACCCCC . . DP=20;ECNT=3;MBQ=22,13;MFRL=114,82;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;RPA=3,8;RU=C;STR;TLOD=9.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,3:0.190:19:8,0:2,0:0|1:122188353_T_TCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC:122188353:7,9,3,0 chr12 122188363 . A C . . DP=20;ECNT=3;MBQ=21,34;MFRL=120,41;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,2:0.137:20:9,1:3,0:0|1:122188353_T_TCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC:122188353:8,10,2,0 chr12 122209574 . G T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,193;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 122218685 . T A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 122231044 . G C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=128,155;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,1:0,1:2,0,2,0 chr12 122231368 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=9.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr12 122243207 . G T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=165,140;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=13.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:1,2:1,3:1,1,0,5 chr12 122246136 . T C . . DP=21;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=121,99;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=36.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,15:0.694:21:3,4:3,10:4,2,10,5 chr12 122260549 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=135,110;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=8.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.489:8:1,1:3,2:3,1,1,3 chr12 122260643 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,24;MFRL=126,199;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:122260643_G_A:122260643:0,1,0,1 chr12 122260660 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,199;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:122260643_G_A:122260643:0,0,0,1 chr12 122261198 . C T . . DP=5;ECNT=7;MBQ=32,20;MFRL=147,53;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:0,2,1,1 chr12 122261232 . C T . . DP=4;ECNT=7;MBQ=26,20;MFRL=127,53;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0|1:122261232_C_T:122261232:0,2,1,1 chr12 122261233 . CA C . . DP=4;ECNT=7;MBQ=27,20;MFRL=127,53;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0|1:122261232_C_T:122261232:0,2,1,1 chr12 122261237 . AC TT . . DP=5;ECNT=7;MBQ=24,20;MFRL=123,53;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:0|1:122261232_C_T:122261232:0,3,1,1 chr12 122261247 . CC TT . . DP=5;ECNT=7;MBQ=31,20;MFRL=123,53;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:1,2:0|1:122261232_C_T:122261232:0,3,1,1 chr12 122261262 . CC TG . . DP=2;ECNT=7;MBQ=31,27;MFRL=123,89;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:122261262_CC_TG:122261262:0,1,0,1 chr12 122261268 . C A . . DP=2;ECNT=7;MBQ=30,20;MFRL=123,89;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:122261262_CC_TG:122261262:0,1,0,1 chr12 122265770 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=29,24;MFRL=161,122;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=22.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,9:0.666:13:4,4:0,5:1,3,6,3 chr12 122277891 . C A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=103,169;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.444:9:1,1:4,2:3,2,3,1 chr12 122284715 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=17.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.869:5:0,3:0,2:0,0,5,0 chr12 122286947 . A G . . DP=4;ECNT=7;MBQ=24,30;MFRL=182,76;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:122286947_A_G:122286947:0,3,0,1 chr12 122286949 . AAT A . . DP=4;ECNT=7;MBQ=25,24;MFRL=182,76;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:0,0:0|1:122286947_A_G:122286947:0,3,0,1 chr12 122286955 . G C . . DP=3;ECNT=7;MBQ=31,29;MFRL=172,76;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:122286947_A_G:122286947:0,2,0,1 chr12 122286957 . C A . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=206,144;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=7.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:3,1:0,1:3,0,3,0 chr12 122359172 . T C . . DP=13;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=41.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,5:0,7:0,0,11,1 chr12 122359251 . G C . . DP=26;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=104,116;MMQ=60,48;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=5.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:23,3:0.143:26:14,0:9,3:12,11,0,3 chr12 122359397 . G GGAGGAGGAGGAGAAA . . DP=24;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=78,124;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=59.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,14:0.835:16:0,7:0,5:2,0,5,9 chr12 122361929 . CT C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=T;STR;TLOD=9.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr12 122372349 . AT A . . 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DP=11;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=30.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,4:0,7:0,0,3,8 chr12 123297718 . T A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr12 123334349 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=114,71;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.439:5:1,2:1,0:2,1,1,1 chr12 123335483 . A G . . DP=7;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=18.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.888:7:0,5:0,2:0,0,1,6 chr12 123335488 . G A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=26.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,1,5 chr12 123335527 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,200;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.757:2:0,0:0,1:0,0,0,2 chr12 123339712 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr12 123341833 . G C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=13.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,3:0,1:0,0,1,3 chr12 123341863 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,211;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 123343571 . T G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=21.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0|1:123343571_T_G:123343571:0,0,4,1 chr12 123343572 . G GGC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=21.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0|1:123343571_T_G:123343571:0,0,4,1 chr12 123344749 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 123345347 . G A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=18.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,2,4 chr12 123345360 . T C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=18.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,3,3 chr12 123345736 . C G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=4;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0|1:123345736_C_G:123345736:0,0,0,5 chr12 123345756 . G GC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=C;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:123345736_C_G:123345736:0,0,0,1 chr12 123345819 . AGGCTG A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=30,29;MFRL=121,111;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=GGCTG;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:4,0,1,0 chr12 123380597 . C CTTGCTCTCTCTCT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,32;MFRL=210,143;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:123380597_C_CTTGCTCTCTCTCT:123380597:0,1,0,1 chr12 123380599 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,24;MFRL=210,143;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:123380597_C_CTTGCTCTCTCTCT:123380597:0,1,0,1 chr12 123425575 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=104,181;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:3,1:1,2:2,2,1,2 chr12 123433137 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=14.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,2,3 chr12 123434340 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=167,113;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:2,3,0,2 chr12 123460823 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr12 123463158 . G GA . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,18;MFRL=144,106;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.392:3:0,0:2,0:0|1:123463158_G_GA:123463158:0,2,0,1 chr12 123463160 . T TGGGCTAGGTGTGC . . DP=3;ECNT=5;MBQ=26,22;MFRL=144,106;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:123463158_G_GA:123463158:0,2,0,1 chr12 123463163 . G GT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=33,32;MFRL=162,125;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.498:2:0,0:1,1:0|1:123463163_G_GT:123463163:0,1,0,1 chr12 123463165 . AG A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=27,27;MFRL=162,125;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:123463163_G_GT:123463163:0,1,0,1 chr12 123463168 . C CGTCCGTA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=162,125;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:123463163_G_GT:123463163:0,1,0,1 chr12 123471402 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 123474408 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:123474408_G_A:123474408:1,0,0,1 chr12 123474410 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:123474408_G_A:123474408:1,0,0,1 chr12 123477279 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:123477279_G_C:123477279:0,0,0,1 chr12 123477282 . A AATCTCTCAGCATTTGC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:123477279_G_C:123477279:0,0,0,1 chr12 123485488 . G GTTTA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 123647725 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,75;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=14.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,1,4 chr12 123648458 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=79,72;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:0,2,1,1 chr12 123651162 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=26.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,7:0,2:0,0,7,2 chr12 123679107 . G A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=121,183;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:2,2,0,2 chr12 123679171 . A ATT . . 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T TATGTTG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 123832671 . G GT . . DP=6;ECNT=6;MBQ=32,20;MFRL=148,54;MMQ=60,57;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,0:1,2:0|1:123832671_G_GT:123832671:1,3,1,1 chr12 123832673 . G GCCCTGCTCTGGAGGTCCGAGTGCTGA . . DP=6;ECNT=6;MBQ=33,20;MFRL=148,54;MMQ=60,57;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,0:1,2:0|1:123832671_G_GT:123832671:1,3,1,1 chr12 123832677 . C G . . DP=5;ECNT=6;MBQ=31,28;MFRL=148,54;MMQ=60,54;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:123832671_G_GT:123832671:1,3,0,1 chr12 123832681 . C G . . DP=4;ECNT=6;MBQ=34,32;MFRL=151,54;MMQ=60,54;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:123832671_G_GT:123832671:0,3,0,1 chr12 123832710 . TA T . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=27,33;MFRL=93,165;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=9.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.364:9:4,0:2,3:1,5,0,3 chr12 124172497 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=24,32;MFRL=164,137;MMQ=56,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:124172497_T_C:124172497:2,0,1,0 chr12 124172506 . A G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=28,28;MFRL=164,137;MMQ=56,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:124172497_T_C:124172497:2,0,1,0 chr12 124172555 . A T . . DP=14;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=39.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.937:14:0,6:0,8:0,0,7,7 chr12 124172731 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=30.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,9:0.909:9:0,2:0,7:0|1:124172731_G_A:124172731:0,0,8,1 chr12 124172746 . T C . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=174,121;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr12 124197280 . A C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=7.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr12 124210861 . T A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,28;MFRL=0,378;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:124210861_T_A:124210861:1,0,1,0 chr12 124210863 . C CAA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=0,378;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=A;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:124210861_T_A:124210861:1,0,1,0 chr12 124210866 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,28;MFRL=0,378;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:124210861_T_A:124210861:1,0,1,0 chr12 124252297 . TA T . . 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DP=1;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:124257584_C_T:124257584:0,0,0,1 chr12 124265904 . T C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,34;MFRL=153,131;MMQ=60,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:124265904_T_C:124265904:0,1,0,1 chr12 124265911 . TG CT . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,34;MFRL=153,131;MMQ=60,40;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:124265904_T_C:124265904:0,1,0,1 chr12 124265914 . AT CC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,32;MFRL=153,131;MMQ=60,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:124265904_T_C:124265904:0,1,0,1 chr12 124265923 . T C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,27;MFRL=153,131;MMQ=60,40;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:124265904_T_C:124265904:0,1,0,1 chr12 124265934 . C T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,30;MFRL=153,131;MMQ=60,40;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:124265904_T_C:124265904:0,1,0,1 chr12 124268565 . A C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=22,29;MFRL=102,48;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:5,0:4,2:6,3,0,2 chr12 124268692 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=163,145;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.334:4:1,1:2,0:1,2,0,1 chr12 124283922 . C T . . DP=12;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=143,59;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:5,2:5,0:0|1:124283922_C_T:124283922:2,8,1,1 chr12 124283923 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=29,26;MFRL=125,130;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:10,2:0.216:12:6,1:3,1:1|0:124283922_C_T:124283922:3,7,0,2 chr12 124293569 . G A . . DP=7;ECNT=5;MBQ=27,27;MFRL=138,144;MMQ=60,41;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:4,1:1,1:0,5,0,2 chr12 124293573 . C T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=0,30;MFRL=0,150;MMQ=60,41;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=17.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,1:0,2:0,0,0,4 chr12 124293576 . T C,G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=0,34,32;MFRL=0,154,133;MMQ=60,40,41;MPOS=17,16;POPAF=7.30,7.30;TLOD=12.19,3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,3,1:0.571,0.286:4:0,0,1:0,2,0:0,0,0,4 chr12 124293579 . GC AT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=32,24;MFRL=157,133;MMQ=40,41;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0,2,0,1 chr12 124293592 . C CACCCGG . . DP=3;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,154;MMQ=60,40;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.688:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 124298266 . T TCCCACAC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=173,137;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:124298266_T_TCCCACAC:124298266:0,1,0,1 chr12 124298267 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=173,137;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:124298266_T_TCCCACAC:124298266:0,1,0,1 chr12 124315332 . A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:124315332_A_T:124315332:0,0,0,1 chr12 124315336 . A ATAGGACATAG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:124315332_A_T:124315332:0,0,0,1 chr12 124319864 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=9.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr12 124323225 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=92,80;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.502:4:2,0:0,2:1,1,1,1 chr12 124323247 . T TGTGTGCTTGG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,80;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.677:1:0,0:0,1:0|1:124323247_T_TGTGTGCTTGG:124323247:0,0,0,1 chr12 124323252 . G GGCA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,14;MFRL=0,80;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:124323247_T_TGTGTGCTTGG:124323247:0,0,0,1 chr12 124330440 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=144,131;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.253:10:3,0:4,2:3,5,0,2 chr12 124332702 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr12 124343870 . G GT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,32;MFRL=138,116;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=T;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:124343870_G_GT:124343870:0,1,0,1 chr12 124343874 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=138,116;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:124343870_G_GT:124343870:0,1,0,1 chr12 124343877 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=21,27;MFRL=138,116;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:124343870_G_GT:124343870:0,1,0,1 chr12 124350444 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=35,27;MFRL=187,147;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,1,1 chr12 124355050 . CC TA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=113,114;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:1,3,0,1 chr12 124362256 . T TG . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=161,126;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=G;STR;TLOD=4.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.462:10:2,2:2,2:4,1,4,1 chr12 124363724 . GTGTC G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=TGTC;STR;TLOD=12.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.837:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr12 124364262 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=85,46954115;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:3,2:1,0:2,2,0,2 chr12 124366113 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=149,163;MMQ=60,30;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:3,0,1,0 chr12 124415923 . G GCA . . DP=5;ECNT=5;MBQ=31,20;MFRL=143,60;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:0|1:124415923_G_GCA:124415923:2,1,1,1 chr12 124415926 . G A . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=153,54;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:3,0:3,2:6,1,1,1 chr12 124419347 . G GAA . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=137,123;MMQ=60,54;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=10.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.332:10:4,0:3,3:0,7,0,3 chr12 124798801 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=25,26;MFRL=122,109;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:3,1:2,3:3,2,2,2 chr12 124798811 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=118,122;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=11.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.599:8:1,3:1,2:1,2,3,2 chr12 124809879 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr12 124809925 . C CCG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=15.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr12 124817839 . GG AT . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=102,62;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=10.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:0,2:2,2:1,1,1,3 chr12 124841448 . G GC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=C;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 124846731 . TGC T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=29,30;MFRL=155,140;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:124846731_TGC_T:124846731:1,0,0,1 chr12 124846734 . T TTTTAG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=29,30;MFRL=155,140;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:124846731_TGC_T:124846731:1,0,0,1 chr12 124846739 . G T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=34,31;MFRL=155,140;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:124846731_TGC_T:124846731:1,0,0,1 chr12 124846740 . G GAA . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=33,24;MFRL=168,208;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:0,2:1,0:0,1,0,2 chr12 129189562 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 129189591 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr12 129190807 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:129190807_A_G:129190807:0,0,0,1 chr12 129190809 . ACT A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,22;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:129190807_A_G:129190807:0,0,0,1 chr12 129190813 . T TCA . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=10.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr12 131285663 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr12 131286058 . C T . . DP=19;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=101,153;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=8.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,4:0.250:18:6,0:8,4:5,9,0,4 chr12 131291592 . T A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=101,71;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.296:8:4,2:0,0:0|1:131291592_T_A:131291592:3,3,1,1 chr12 131291600 . CA C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=30,28;MFRL=103,71;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.272:9:6,1:1,0:0|1:131291592_T_A:131291592:3,4,1,1 chr12 131311722 . C T . . DP=19;ECNT=2;MBQ=20,26;MFRL=89,37;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=11.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,6:0.333:19:10,3:2,3:7,6,1,5 chr12 131311749 . A C . . DP=19;ECNT=2;MBQ=22,31;MFRL=75,89;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=34.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,13:0.667:19:6,9:0,4:3,3,3,10 chr12 131359298 . C A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=223,109;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=18.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,7:0.803:8:1,4:0,3:0,1,1,6 chr12 131360360 . G T . . DP=41;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=91,114;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=42.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,18:0.478:38:12,7:7,11:10,10,8,10 chr12 131466562 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=35.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,5:0,4:0,0,5,5 chr12 131471608 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr12 131485066 . C T . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 131569234 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr12 131603031 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=18.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.884:6:0,3:0,3:0,0,3,3 chr12 131605368 . T C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=130,49;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,0:3,2:0|1:131605368_T_C:131605368:5,2,1,1 chr12 131605371 . C CAGCCTGAGCTGTACCTT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=130,49;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,0:2,2:0|1:131605368_T_C:131605368:5,2,1,1 chr12 131620738 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,222;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr12 131622810 . C CTTCTGTTCAG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,34;MFRL=113,79;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:131622810_C_CTTCTGTTCAG:131622810:0,2,0,1 chr12 131622813 . C CTGCAAT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,21;MFRL=113,79;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:131622810_C_CTTCTGTTCAG:131622810:0,2,0,1 chr12 131622815 . T TGAAGGCC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,29;MFRL=113,79;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:131622810_C_CTTCTGTTCAG:131622810:0,2,0,1 chr12 132195674 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 132237750 . C T . . DP=19;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=135,131;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,7:0.424:17:4,4:5,2:7,3,5,2 chr12 132238872 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=35,24;MFRL=118,1167;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:1,2:0,0:1,0,0,2 chr12 132240937 . C CAT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=AT;STR;TLOD=3.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 132241229 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=18.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,0,5 chr12 132262911 . A T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=112,124;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=14.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.638:9:0,6:3,0:1,2,1,5 chr12 132281726 . TC T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=C;STR;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 132323089 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 132328679 . C A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,24;MFRL=170,151;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:132328679_C_A:132328679:1,0,0,1 chr12 132328681 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=35,23;MFRL=170,151;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:132328679_C_A:132328679:1,0,0,1 chr12 132328682 . T TC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=170,151;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=C;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:132328679_C_A:132328679:1,0,0,1 chr12 132329553 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 132334532 . G GTATAAGAT . . DP=13;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=114,56;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.212:12:5,2:4,0:0|1:132334532_G_GTATAAGAT:132334532:5,5,1,1 chr12 132334534 . CT C . . DP=12;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=114,56;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:6,2:4,0:0|1:132334532_G_GTATAAGAT:132334532:5,5,1,1 chr12 132334539 . C CA . . DP=11;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=114,56;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:6,1:3,0:0|1:132334532_G_GTATAAGAT:132334532:4,5,1,1 chr12 132391463 . TATGGAGGTGAGTGCCTTGTGGTGCCAGGACAAGTGCAGGCTGATGGCCATGGCCCTGGGAGCCCCACAGGGAGGGACATGGCTGGGGGGAGGGTGATGAGCACCTTTTCTTTTTTTTTGAG T . . DP=34;ECNT=8;MBQ=25,27;MFRL=122,216;MMQ=60,41;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:29,2:0.093:31:6,0:7,2:13,16,1,1 chr12 132391540 . C T . . DP=11;ECNT=8;MBQ=31,27;MFRL=129,130;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.294:8:1,0:5,2:1,5,1,1 chr12 132391581 . T TGAGTA . . DP=6;ECNT=8;MBQ=31,29;MFRL=157,178;MMQ=52,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.326:4:0,1:3,0:0,3,0,1 chr12 132391590 . G C . . DP=6;ECNT=8;MBQ=32,34;MFRL=178,238;MMQ=60,52;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.250:6:1,0:4,1:1,4,0,1 chr12 132391595 . A ACT,G . . DP=6;ECNT=8;MBQ=27,26,31;MFRL=216,103,157;MMQ=52,46,60;MPOS=12,5;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.36,3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:3,1,1:0.256,0.222:5:0,0,0:3,1,1:1,2,0,2 chr12 132391599 . T TGTTG . . DP=5;ECNT=8;MBQ=29,25;MFRL=216,157;MMQ=49,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,0:4,1:1,3,0,1 chr12 132391601 . G A . . DP=5;ECNT=8;MBQ=30,22;MFRL=216,103;MMQ=56,46;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:3,1:0|1:132391601_G_A:132391601:1,3,0,1 chr12 132391603 . C T . . DP=4;ECNT=8;MBQ=32,31;MFRL=216,103;MMQ=52,46;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:132391601_G_A:132391601:1,2,0,1 chr12 132394374 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=21,31;MFRL=179,116;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:132394374_C_T:132394374:1,0,0,1 chr12 132394393 . G T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=26,29;MFRL=168,116;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:132394374_C_T:132394374:1,1,0,1 chr12 132394395 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,29;MFRL=168,116;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:132394374_C_T:132394374:1,1,0,1 chr12 132394402 . T C . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 132445491 . G GT . . DP=11;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=125,63;MMQ=39,33;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.246:10:6,2:2,0:0|1:132445491_G_GT:132445491:3,5,1,1 chr12 132445493 . C CACGAAGTGACTTACATT . . DP=10;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=125,63;MMQ=39,33;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:6,2:2,0:0|1:132445491_G_GT:132445491:3,5,1,1 chr12 132476121 . CTTTTT C,CTTTT . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,23,26;MFRL=146,180,178;MMQ=60,60,60;MPOS=31,24;POPAF=7.30,7.30;RPA=16,11,15;RU=T;STR;TLOD=3.22,3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:3,1,2:0.226,0.354:6:1,1,2:1,0,0:0,3,0,3 chr12 132496050 . G A . . DP=28;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=108,83;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,3:0.133:28:7,3:15,0:12,13,2,1 chr12 132516528 . C T . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=14.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,2:0,3:0,0,5,0 chr12 132636725 . G C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=192,157;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:1,1,0,2 chr12 132681767 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 132682369 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=110,75;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:3,0,0,2 chr12 132685837 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 132688279 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 132837574 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=40,112;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,2:1,0:2,1,1,1 chr12 132837590 . C CAGGCCTCGTGAAGATTATCCGCAACAGCCGGCGGGAAG . . DP=6;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=130,40;MMQ=60,57;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:1,0:3,1,1,1 chr12 133067473 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0|1:133067473_G_A:133067473:0,0,0,1 chr12 133067478 . T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,15;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:133067473_G_A:133067473:0,0,0,1 chr12 133104461 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=13.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,4,1 chr12 133149154 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=147,179;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:133149154_C_A:133149154:1,1,0,1 chr12 133149155 . C CAAAAAAAGAAAAAAGTATTACAA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,34;MFRL=147,179;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:133149154_C_A:133149154:1,1,0,1 chr12 133158632 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=8.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr12 133195579 . CGCGGGGCGCGGGGT C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GCGGGGCGCGGGGT;STR;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.707:1:0,1:0,0:0|1:133195579_CGCGGGGCGCGGGGT_C:133195579:0,0,0,1 chr12 133195625 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:133195579_CGCGGGGCGCGGGGT_C:133195579:0,0,0,1 chr12 133196773 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr12 133197018 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=8.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr12 133198451 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=168,112;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:2,0,2,0 chr12 133201517 . C CAGGGAAATAAAAAGCATGG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,32;MFRL=111,99;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:1,3,0,1 chr12 133202224 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=204,114;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr12 133208886 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,89;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=8.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,2,1 chr12 133208979 . T C . . DP=11;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=25.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.915:9:0,3:0,6:0,0,4,5 chr12 133210985 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=43.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.937:14:0,6:0,8:0,0,2,12 chr12 133214517 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0|1:133214517_G_A:133214517:0,0,2,0 chr12 133214522 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:133214517_G_A:133214517:0,0,2,0 chr12 133214768 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=16.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,1,4 chr12 133218724 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr12 133220652 . A AG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=14.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr12 133226159 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,193;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr12 133226196 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr12 133233705 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=16.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,3:0,2:0,0,2,3 chr12 133234529 . T A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=121,74;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.330:7:3,2:2,0:3,2,1,1 chr12 133235789 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 133237757 . A C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=126,94;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.498:4:0,0:2,2:1,1,0,2 chr12 133238076 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,95;MMQ=60,42;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 133242063 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=153,106;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr12 133245149 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,77;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr12 133253971 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=103,67;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:4,1:7,1:5,6,2,0 chr12 133266981 . G A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=120,100;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,3:0.180:20:10,3:7,0:5,12,1,2 chr12 133277983 . T C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=27.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,4:0,5:0,0,3,6 chr12 133278023 . CTCT C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=104,165;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.605:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr12 133304825 . TTTTA T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=149,168;MMQ=60,40;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:133304825_TTTTA_T:133304825:0,2,0,1 chr12 133304832 . T C . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:133325006_T_TTGTTCGCAGGCTCTGGG:133325006:0,0,0,1 chr12 133325010 . A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:133325006_T_TTGTTCGCAGGCTCTGGG:133325006:0,0,0,1 chr12 133327496 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:133327496_C_T:133327496:0,0,0,1 chr12 133327507 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:133327496_C_T:133327496:0,0,0,1 chr12 133338172 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr12 133349620 . C G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=21.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.897:7:0,3:0,4:0,0,5,2 chr12 133349893 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 133354470 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr12 133367842 . T A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=193,99;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr12 133372713 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=147,61;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:0,2,1,1 chr12 133378573 . C CCTAGACTA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,55;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr12 133383923 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr12 133385214 . G GAGCCTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr12 133393262 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=124,173;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:3,2:7,0:7,3,0,2 chr12 133433208 . G C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=20,31;MFRL=77,140;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:133433208_G_C:133433208:1,1,0,1 chr12 133433209 . A AACTTG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=20,23;MFRL=77,140;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:133433208_G_C:133433208:1,1,0,1 chr12 133433226 . A AGACCCTGCTCTCAGCTACCT . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=10.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr12 133502858 . GACACTCACCACATCCGT G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=125,141;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:133502858_GACACTCACCACATCCGT_G:133502858:1,1,0,1 chr12 133502879 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,22;MFRL=125,141;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:133502858_GACACTCACCACATCCGT_G:133502858:2,1,0,1 chr12 133509562 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr12 133563379 . G GC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=135,202;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=C;STR;TLOD=5.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:3,0,2,0 chr12 133583542 . C T . . 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DP=1;ECNT=8;MBQ=0,26;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 21753255 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=40.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,4:0,7:0,0,0,11 chr13 21952712 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,200;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr13 22033162 . C G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=116,119;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=9.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:2,1:3,3:4,1,1,3 chr13 22070238 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=130,173;MMQ=60,30;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:5,2:1,0:4,2,2,0 chr13 22070375 . TTTTCTACCGTA T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,25;MFRL=1319,209;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:22070375_TTTTCTACCGTA_T:22070375:0,1,0,1 chr13 22070390 . A G . . 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T G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=95,103;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=13.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.583:10:1,6:2,0:2,2,3,3 chr13 24410278 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr13 24433083 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=133,47;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:7,0:2,2:4,5,1,1 chr13 24443678 . G GGGGGCC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 24449162 . T TCC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=168,127;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=C;STR;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.328:4:3,0:0,1:0,3,0,1 chr13 24453549 . C CATTG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 24465443 . C T . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=21.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,4:0,2:0,0,1,5 chr13 24890157 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=98,64;MMQ=40,44;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.328:7:3,0:2,2:1,4,1,1 chr13 24890183 . AGGGAACATAAACT A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=146,62;MMQ=40,27;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,2:3,0:0,4,1,1 chr13 24893135 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,70;MMQ=60,37;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr13 25005446 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=23.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,4:0,0,7,1 chr13 25008903 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,133;MMQ=60,40;MPOS=9;PON;POPAF=7.30;TLOD=25.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,7:0,2:0,0,2,7 chr13 25009099 . A C . . 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T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,128;MMQ=60,40;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr13 25020757 . T C . . DP=9;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=38.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,9:0.909:9:0,6:0,3:0|1:25020757_T_C:25020757:0,0,9,0 chr13 25020782 . C G . . DP=19;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=64.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,18:0.951:18:0,12:0,6:0|1:25020757_T_C:25020757:0,0,14,4 chr13 25020863 . G A . . DP=26;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=71.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,25:0.963:25:0,15:0,10:0,0,10,15 chr13 25020910 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=37.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.939:14:0,8:0,6:0,0,5,9 chr13 25021144 . GTCT G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,142;MMQ=60,27;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=TCT;STR;TLOD=19.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,4,1 chr13 25021323 . A G . . DP=17;ECNT=2;MBQ=27,32;MFRL=133,144;MMQ=60,33;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,6:0.389:16:1,4:9,2:1,9,1,5 chr13 25021358 . T C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=157,158;MMQ=40,40;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:2,0:3,3:0,5,0,3 chr13 25027883 . C CAGCAGAGTTCATCA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.675:1:0,0:0,1:0|1:25027883_C_CAGCAGAGTTCATCA:25027883:0,0,0,1 chr13 25027886 . T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:25027883_C_CAGCAGAGTTCATCA:25027883:0,0,0,1 chr13 25029401 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=172,141;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr13 25044166 . GAA G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,28;MFRL=121,151;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:25044166_GAA_G:25044166:0,3,0,1 chr13 25044170 . A T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=116,151;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:25044166_GAA_G:25044166:0,2,0,1 chr13 25064854 . GTATTCTGTT G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=102,65;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:4,0:2,2:0|1:25064854_GTATTCTGTT_G:25064854:3,5,1,1 chr13 25064869 . T A . . DP=11;ECNT=2;MBQ=24,27;MFRL=102,65;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:5,0:3,1:0|1:25064854_GTATTCTGTT_G:25064854:3,5,1,1 chr13 25073399 . GTTT G . . DP=26;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=112,167;MMQ=60,50;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=15,12;RU=T;STR;TLOD=10.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,4:0.212:22:5,0:6,3:9,9,3,1 chr13 25259580 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,69;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr13 25264667 . G GTCTT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=69,153;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:1,1,0,1 chr13 25264877 . C G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,29;MFRL=158,123;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:25264877_C_G:25264877:0,1,0,1 chr13 25264879 . C A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,22;MFRL=158,123;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:25264877_C_G:25264877:0,1,0,1 chr13 25264881 . G T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,26;MFRL=158,123;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:25264877_C_G:25264877:0,1,0,1 chr13 25267017 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=141,109;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=10.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.627:6:1,1:1,3:1,1,2,2 chr13 25280563 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=97,94;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.247:10:4,0:4,2:4,4,0,2 chr13 25283657 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:25283657_G_C:25283657:0,0,0,1 chr13 25283660 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:25283657_G_C:25283657:0,0,0,1 chr13 25285089 . A G . . 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DP=1;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:25364014_A_AG:25364014:0,0,0,1 chr13 25364016 . A ACAAATAACTGGCTGAATT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:25364014_A_AG:25364014:0,0,0,1 chr13 25373523 . C T . . DP=9;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=82,66;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:3,0:4,2:4,3,1,1 chr13 25373547 . G T . . DP=9;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=82,66;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.271:9:2,0:4,2:0|1:25373547_G_T:25373547:3,4,1,1 chr13 25373549 . C T . . DP=9;ECNT=4;MBQ=27,27;MFRL=82,66;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.271:9:0,0:4,1:0|1:25373547_G_T:25373547:3,4,1,1 chr13 25373551 . G C . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,143;MMQ=60,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:25435305_T_C:25435305:0,0,1,0 chr13 25440318 . G A . . DP=26;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=137,108;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,8:0.337:25:9,3:6,5:10,7,5,3 chr13 25448158 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,201;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr13 25458232 . AGTT A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=65,119;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GTT;STR;TLOD=22.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.639:9:1,2:2,4:1,2,3,3 chr13 25458650 . G A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=17.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,1,5 chr13 25458670 . A AC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,23;MFRL=112,190;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:25458670_A_AC:25458670:0,3,0,1 chr13 25458671 . A T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,25;MFRL=112,190;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:25458670_A_AC:25458670:0,3,0,1 chr13 25459713 . G GTT . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=108,118;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=3,5;RU=T;STR;TLOD=10.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.397:8:2,1:3,2:4,1,3,0 chr13 25466774 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr13 25467019 . AAAAC A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=102,161;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:4,1:6,1:2,8,0,2 chr13 25473459 . TAC T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,24;MFRL=209,165;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AC;STR;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:1,0,1,0 chr13 25478104 . TAG T . . DP=12;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=123,61;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:5,0:4,2:0|1:25478104_TAG_T:25478104:4,6,1,1 chr13 25478111 . A T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=123,61;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:6,0:5,2:0|1:25478104_TAG_T:25478104:5,6,1,1 chr13 25487103 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=144,171;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=20.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,7:0.798:8:1,5:0,1:0,1,5,2 chr13 25670528 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=130,43;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:1,2:3,0:3,1,2,0 chr13 25670703 . G T . . 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DP=14;ECNT=6;MBQ=21,32;MFRL=124,91;MMQ=60,37;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:7,1:2,1:4,6,0,2 chr13 25670851 . A G . . DP=8;ECNT=4;MBQ=28,34;MFRL=127,124;MMQ=60,24;MPOS=28;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,3:0.444:7:2,0:2,3:0|1:25670851_A_G:25670851:1,3,1,2 chr13 25670868 . G A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=33,26;MFRL=134,62;MMQ=60,24;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:0|1:25670851_A_G:25670851:1,2,0,2 chr13 25670873 . A G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=28,32;MFRL=134,62;MMQ=60,24;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:0|1:25670851_A_G:25670851:1,2,0,2 chr13 25670877 . G A . . DP=7;ECNT=4;MBQ=33,24;MFRL=134,62;MMQ=60,24;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=7.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.426:5:1,0:2,2:0|1:25670851_A_G:25670851:1,2,0,2 chr13 25671027 . A G . . 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DP=14;ECNT=10;MBQ=31,26;MFRL=112,117;MMQ=27,45;MPOS=8;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,6:0.465:13:3,3:4,3:4,3,2,4 chr13 25671398 . C T . . DP=9;ECNT=10;MBQ=28,29;MFRL=128,175;MMQ=33,40;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.364:9:1,2:5,1:3,3,0,3 chr13 25671429 . G T . . DP=11;ECNT=10;MBQ=31,30;MFRL=112,153;MMQ=39,29;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:3,1:6,1:5,4,0,2 chr13 25671445 . G A . . DP=10;ECNT=10;MBQ=25,20;MFRL=144,92;MMQ=40,39;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.337:10:1,0:5,3:3,4,1,2 chr13 25715959 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=16,23;MFRL=138,169;MMQ=60,39;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.636:3:0,0:0,2:1,0,0,2 chr13 25744175 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,30;MFRL=142,101;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,1,0 chr13 25745644 . G GAAGGTGGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=164,122;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr13 25825889 . T C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=45.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.937:13:0,7:0,6:0,0,7,6 chr13 25840110 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=166,115;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=13.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:0,2:1,3:0,1,1,4 chr13 25848404 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,115;MMQ=60,59;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 25876068 . CCCCGCAAAG C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=125,142;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:25876068_CCCCGCAAAG_C:25876068:0,1,0,1 chr13 25876082 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,19;MFRL=125,142;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:25876068_CCCCGCAAAG_C:25876068:0,1,0,1 chr13 25886932 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr13 25887221 . T TAAACACCCACTA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=150,265;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr13 25887738 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=34,25;MFRL=104,113;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=9.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,0:0,3:1,0,3,0 chr13 25887811 . T C . . DP=15;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=103,151;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=27.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,9:0.589:15:4,4:2,5:3,3,5,4 chr13 25889495 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=117,144;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.175:15:8,0:5,2:10,3,2,0 chr13 25893363 . GTTTATA G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=TTTATA;STR;TLOD=8.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.777:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr13 25895241 . CTTATGGCCATTTTACCGTAGGGTTTTTTTGTTTTGTTTTTTCCAAAATGGAAATAAGGTGTTTTGTTTTGTTTGTTTTTAA C . . DP=22;ECNT=2;MBQ=32,33;MFRL=124,176;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,2:0.125:22:9,2:3,0:6,14,1,1 chr13 25895269 . T C . . DP=16;ECNT=2;MBQ=28,32;MFRL=118,233;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=10.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.335:13:6,0:2,4:3,6,0,4 chr13 25905416 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr13 25914060 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=130,168;MMQ=60,57;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=8.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,4:0.256:15:6,3:5,0:10,1,3,1 chr13 26043182 . A C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=59,45;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.545:9:2,4:2,1:2,2,3,2 chr13 26125651 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,26;MFRL=115,140;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,1,1 chr13 26125654 . G GCTGTCAAGGGCCGTGGCACTCCCT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,31;MFRL=140,115;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr13 26125668 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,20;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr13 26128128 . CA AG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 26133009 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr13 26134015 . G GCCTC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=122,179;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.497:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr13 26144896 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=84,54;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:2,0,1,1 chr13 26151355 . T TACTAGTTGG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=113,95;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:26151355_T_TACTAGTTGG:26151355:0,1,0,1 chr13 26151358 . TC AA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,22;MFRL=113,95;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:26151355_T_TACTAGTTGG:26151355:0,1,0,1 chr13 26155953 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=16.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,2,4 chr13 26156087 . T TGGTTTCTGGAACTCCTGCTTGAAGGCGA . . DP=10;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=113,49;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:7,2:0,0:4,4,1,1 chr13 26273538 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=11.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,1:0,3:0,0,1,3 chr13 26434282 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=30.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,6:0,5:0,0,7,4 chr13 26436425 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=16.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,2:0,0,3,2 chr13 26542700 . C CCCAGGACTCGAGACTTGGTTTCCAG . . DP=9;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=122,40;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,2:2,0:0|1:26542700_C_CCCAGGACTCGAGACTTGGTTTCCAG:26542700:6,1,1,1 chr13 26542704 . A C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=122,40;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:0|1:26542700_C_CCCAGGACTCGAGACTTGGTTTCCAG:26542700:6,1,1,1 chr13 26542896 . T TATTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.681:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 27246216 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 27255530 . T A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=171,300;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=10.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.746:6:0,4:1,0:0,1,0,5 chr13 27256751 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=78,149;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.339:7:3,0:1,2:3,2,2,0 chr13 27257143 . T TGCA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 27333032 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=33,22;MFRL=136,56;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,4:0.311:14:9,2:1,2:8,2,3,1 chr13 27333797 . G GAGTTTGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=183,106;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr13 27334052 . A AT . . DP=7;ECNT=4;MBQ=26,20;MFRL=144,56;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:4,0:1,2:0|1:27334052_A_AT:27334052:3,2,1,1 chr13 27334054 . A T . . DP=7;ECNT=4;MBQ=26,20;MFRL=144,56;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:4,0:0,2:0|1:27334052_A_AT:27334052:3,2,1,1 chr13 27334056 . A C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=26,20;MFRL=112,56;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,0:0,2:0|1:27334052_A_AT:27334052:3,1,1,1 chr13 27334057 . CAAACAGAAA C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=112,56;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:4,0:0,2:0|1:27334052_A_AT:27334052:3,1,1,1 chr13 27645282 . G A . . DP=36;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=112,80;MMQ=60,57;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:30,2:0.087:32:15,2:14,0:10,20,2,0 chr13 27829310 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=22.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,3:0,6:0,0,7,2 chr13 27845669 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=105,101;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:3,0:7,2:2,8,2,0 chr13 27847527 . G C . . DP=16;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=95,66;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.175:15:3,0:9,2:0|1:27847527_G_C:27847527:9,4,1,1 chr13 27847535 . C G . . DP=15;ECNT=4;MBQ=29,20;MFRL=108,66;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:2,0:11,2:0|1:27847527_G_C:27847527:8,5,1,1 chr13 27847538 . C CTGA . . DP=16;ECNT=4;MBQ=30,29;MFRL=108,66;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.175:15:2,0:11,1:0|1:27847527_G_C:27847527:8,5,1,1 chr13 27847556 . C A . . DP=13;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=114,74;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.265:13:2,0:7,3:7,3,1,2 chr13 28127436 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=35,28;MFRL=131,186;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:0,2:4,0:1,3,2,0 chr13 28133956 . TA T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=100,115;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=15,14;RU=A;STR;TLOD=12.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,6:0.495:13:5,3:2,3:6,1,6,0 chr13 28197423 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=34,27;MFRL=143,140;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=13.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:0,1:2,4:0,2,0,5 chr13 28494281 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=156,148;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.666:4:0,2:1,1:1,0,0,3 chr13 28519354 . A C . . DP=17;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=55.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.947:17:0,7:0,9:0,0,11,6 chr13 28537242 . A C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=117,104;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=9.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,2:1,1:0,1,3,0 chr13 28537537 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,33;MFRL=100,135;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.501:6:1,1:2,2:1,2,0,3 chr13 28589662 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr13 28597458 . G T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=116,150;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:1,2:2,0:3,0,2,0 chr13 28607989 . T G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=22.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,6,0 chr13 28608073 . T C . . DP=16;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=136,134;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=17.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,8:0.504:16:3,5:4,3:3,5,4,4 chr13 28609825 . A G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=0,20;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=13.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,1:0,3:0,0,3,2 chr13 28609846 . A T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr13 28609874 . T TTAAATATTTCATCATTTC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=109,248;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0,3,1,0 chr13 28609991 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:28609991_T_C:28609991:0,0,1,0 chr13 28609997 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0|1:28609991_T_C:28609991:0,0,2,0 chr13 28610183 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=23.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.906:8:0,8:0,0:0,0,3,5 chr13 28622356 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=26.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.915:9:0,5:0,4:0,0,7,2 chr13 28624198 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=157,105;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:2,0,1,1 chr13 28751999 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=111,150;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.286:12:1,1:7,2:5,4,2,1 chr13 28771554 . G GGA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,30;MFRL=198,134;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:28771554_G_GGA:28771554:0,1,0,1 chr13 28771556 . T TGACAGGGCTAGACTAGAA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,29;MFRL=198,134;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:28771554_G_GGA:28771554:0,1,0,1 chr13 28771559 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,29;MFRL=198,134;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:28771554_G_GGA:28771554:0,1,0,1 chr13 28835527 . T TC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=19.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,0:0,5:0,0,1,4 chr13 28845098 . T TAAAATGGGA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,27;MFRL=139,163;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:28845098_T_TAAAATGGGA:28845098:0,1,0,1 chr13 28845102 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,23;MFRL=139,163;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:28845098_T_TAAAATGGGA:28845098:0,1,0,1 chr13 28854745 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,26;MFRL=143,114;MMQ=50,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:28854745_C_T:28854745:0,1,0,1 chr13 28854747 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,21;MFRL=143,114;MMQ=50,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:28854745_C_T:28854745:0,1,0,1 chr13 28880764 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,18;MFRL=119,104;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,0:1,1,1,0 chr13 28882948 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=20.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,5:0,2:0,0,5,2 chr13 28886113 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=7.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr13 28893484 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.796:3:0,1:0,1:0,0,3,0 chr13 28897029 . G GGTCTTTTTACAGAAAA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=62,161;MMQ=49,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr13 28958955 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,30;MFRL=240,151;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=8.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:3,2:0,1:3,0,3,0 chr13 28959231 . TA CC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=252,143;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr13 29238576 . T C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=153,126;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:2,1:1,3:3,0,4,0 chr13 29238622 . GT G . . DP=23;ECNT=2;MBQ=32,33;MFRL=120,94;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=T;STR;TLOD=5.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,5:0.266:19:6,4:7,0:12,2,4,1 chr13 29278063 . T TA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=5,6;RU=A;STR;TLOD=8.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr13 29278264 . G GA . . DP=7;ECNT=3;MBQ=31,34;MFRL=130,124;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=10,11;RU=A;STR;TLOD=12.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.754:6:1,1:0,2:0,1,1,4 chr13 29278289 . A AATGCCTGTATCTGATGGGAAAGATGAG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=27,27;MFRL=150,108;MMQ=60,52;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.389:3:0,0:2,1:0,2,0,1 chr13 29278296 . A AAAGAGATTTCCC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr13 29291886 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=27.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,4:0,0,8,0 chr13 29674840 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,31;MFRL=141,173;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=9.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,1:0,2:1,0,3,0 chr13 29674855 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,26;MFRL=141,128;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr13 29855822 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=166,161;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=9.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.555:7:2,1:1,3:2,1,4,0 chr13 29898768 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr13 29898881 . A G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=21.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.865:5:0,0:0,5:0,0,1,4 chr13 29898886 . CTTGAACTTGGAATTTA C . . 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C CCCT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,31;MFRL=144,79;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.515:2:0,1:1,0:0|1:30062107_C_CCCT:30062107:0,1,0,1 chr13 30062108 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,32;MFRL=144,79;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:30062107_C_CCCT:30062107:0,1,0,1 chr13 30062111 . C CA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=34,31;MFRL=144,79;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:30062107_C_CCCT:30062107:0,1,0,1 chr13 30062114 . G GACAGACCTA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=34,31;MFRL=144,79;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:30062107_C_CCCT:30062107:0,1,0,1 chr13 30072695 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr13 30072768 . C CAAT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=185,154;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:30072768_C_CAAT:30072768:0,1,0,1 chr13 30072769 . CTT C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,29;MFRL=185,154;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:30072768_C_CAAT:30072768:0,1,0,1 chr13 30075211 . C CCAACA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 30077088 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=13.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr13 30090404 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=14.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,1,4 chr13 30091488 . T C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 30091516 . T C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 30091532 . T TTTACCA . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,28;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:30091532_T_TTTACCA:30091532:0,0,0,1 chr13 30091533 . G T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,27;MFRL=138,157;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:30091532_T_TTTACCA:30091532:1,0,0,1 chr13 30091536 . G A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=26,20;MFRL=138,157;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:30091532_T_TTTACCA:30091532:1,0,0,1 chr13 30098215 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=24.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,3:0,5:0,0,8,0 chr13 30098226 . A G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=27.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.916:10:0,4:0,6:0,0,7,3 chr13 30109939 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=12.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,3,1 chr13 30351248 . T TA . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=A;STR;TLOD=37.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.933:13:0,6:0,7:0,0,10,3 chr13 30521992 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr13 30805627 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=28.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,4:0,0,0,8 chr13 30815198 . G T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=229,50;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:30815198_G_T:30815198:1,1,1,1 chr13 30815199 . C CTAAAT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=29,20;MFRL=229,50;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:30815198_G_T:30815198:1,1,1,1 chr13 30815200 . ACC A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=24,20;MFRL=229,50;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:30815198_G_T:30815198:1,1,1,1 chr13 30815205 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=216,50;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0|1:30815198_G_T:30815198:0,1,1,1 chr13 30858011 . C A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,15;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:30858011_C_A:30858011:0,0,0,1 chr13 30858014 . CT C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=16,15;RU=T;STR;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:30858011_C_A:30858011:0,0,0,1 chr13 31205629 . A G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=25,35;MFRL=144,0;MMQ=60,52;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:1,3,1,0 chr13 31205631 . T TCA . . DP=6;ECNT=4;MBQ=28,28;MFRL=149,0;MMQ=60,52;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,1:0.250:6:2,1:2,0:0|1:31205631_T_TCA:31205631:1,4,1,0 chr13 31205638 . T C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=25,35;MFRL=149,0;MMQ=60,52;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,1:0.250:6:2,1:2,0:0|1:31205631_T_TCA:31205631:1,4,1,0 chr13 31205640 . C T . . DP=6;ECNT=4;MBQ=29,28;MFRL=149,0;MMQ=60,52;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,1:0.250:6:3,1:2,0:0|1:31205631_T_TCA:31205631:1,4,1,0 chr13 31211923 . T G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=144,105;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,0:3,2:4,2,0,2 chr13 31318252 . C A . . DP=14;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=127,154;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:6,2:6,0:4,8,0,2 chr13 31318326 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=141,136;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,2:1,0:2,1,0,2 chr13 31491724 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,222;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:31491724_A_G:31491724:0,0,0,1 chr13 31491726 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,222;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:31491724_A_G:31491724:0,0,0,1 chr13 31496059 . A AAGC . . 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DP=3;ECNT=3;MBQ=30,25;MFRL=161,165;MMQ=40,40;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.497:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr13 31540635 . CA TG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,27;MFRL=158,161;MMQ=48,40;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:31540632_T_C:31540632:0,2,0,1 chr13 31713003 . T TCATACA,TCGCCCCCTGCTC . . DP=6;ECNT=2;MBQ=30,28,17;MFRL=125,144,141;MMQ=60,60,60;MPOS=5,4;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.17,3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:4,1,1:0.222,0.222:6:2,1,0:2,0,0:1,3,0,2 chr13 31713007 . G GGCTT . . DP=6;ECNT=2;MBQ=34,28;MFRL=128,144;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.250:6:3,1:2,0:1,4,0,1 chr13 31714386 . C G . . DP=19;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=113,103;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=10.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,6:0.347:18:4,3:8,3:6,6,2,4 chr13 31715455 . A C . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=27,18;MFRL=145,149;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0,1,0,1 chr13 32340193 . T TA . . DP=12;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=159,123;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=A;STR;TLOD=19.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,8:0.823:9:0,1:1,7:0,1,1,7 chr13 32371651 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr13 32606069 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=11.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0|1:32606069_A_G:32606069:0,0,0,3 chr13 32606087 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=91,159;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,2:0,0:0|1:32606069_A_G:32606069:1,0,0,2 chr13 32698544 . T C . . 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DP=9;ECNT=3;MBQ=24,20;MFRL=109,62;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:1,2:5,0:0|1:32753144_G_GGCTA:32753144:2,5,1,1 chr13 32753147 . G GTATTTTTA . . DP=9;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=109,62;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,1:5,0:0|1:32753144_G_GGCTA:32753144:2,5,1,1 chr13 32758834 . A G . . DP=22;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=114,129;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=30.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,11:0.572:19:3,5:5,6:3,5,5,6 chr13 32799236 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=150,158;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0,2,0,2 chr13 32814074 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=166,166;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:0,2:3,0:0,3,0,2 chr13 32823882 . G A . . 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DP=12;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=130,89;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:7,0:3,2:1,9,0,2 chr13 33315186 . C T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=0,129;MMQ=60,50;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=17.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0|1:33315186_C_T:33315186:0,0,4,0 chr13 33315188 . G GT . . DP=7;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=64,130;MMQ=51,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=18.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,5:0.666:7:0,2:0,2:0|1:33315186_C_T:33315186:0,2,5,0 chr13 33315189 . G T . . DP=7;ECNT=5;MBQ=27,25;MFRL=64,130;MMQ=51,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=18.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,5:0.666:7:0,2:1,3:0|1:33315186_C_T:33315186:0,2,5,0 chr13 33315203 . C G . . DP=12;ECNT=5;MBQ=33,19;MFRL=81,135;MMQ=60,50;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=12.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,4:0.357:12:2,0:5,1:0|1:33315186_C_T:33315186:3,5,4,0 chr13 33315206 . G A . . 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T TTAAAAACTACTCCAAATACTCTGA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=22,20;MFRL=123,60;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.377:6:3,2:1,0:1,3,1,1 chr13 36124764 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=149,83;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,2:1,0:0,3,1,1 chr13 36141009 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,197;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr13 36219954 . A G . . DP=18;ECNT=2;MBQ=27,28;MFRL=127,80;MMQ=60,49;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=17.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,5:0.300:18:5,5:7,0:0|1:36219954_A_G:36219954:10,3,5,0 chr13 36219959 . G T . . DP=20;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=127,80;MMQ=60,49;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=17.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,5:0.299:18:6,5:7,0:0|1:36219954_A_G:36219954:10,3,5,0 chr13 36223941 . T TGC . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=30,22;MFRL=168,119;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=9.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:0,0:1,4:1,0,3,1 chr13 37580028 . AG TT . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,19;MFRL=98,180;MMQ=60,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:3,0:7,1:1,9,2,0 chr13 37580216 . C T . . DP=24;ECNT=1;MBQ=32,23;MFRL=132,140;MMQ=60,54;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,4:0.206:22:10,3:8,0:15,3,4,0 chr13 37581051 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,58;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr13 37583037 . G GTTGGTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=160,195;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr13 37583831 . G A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=91,151;MMQ=60,60;MPOS=9;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,3:0.182:20:8,1:9,2:8,9,1,2 chr13 37584838 . G A . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr13 39446869 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=156,115;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=12.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.635:9:2,3:1,3:2,1,3,3 chr13 39450139 . A C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=145,165;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr13 39452235 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=10.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr13 39452934 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=11.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,3,1 chr13 39564809 . A AACTCATT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=127,79;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:39564809_A_AACTCATT:39564809:3,1,0,1 chr13 39564811 . G T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,28;MFRL=127,79;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:39564809_A_AACTCATT:39564809:3,1,0,1 chr13 39588278 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,2:1,0:3,0,2,0 chr13 39591771 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,217;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr13 39596403 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=138,136;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:3,0,2,0 chr13 39597262 . A T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=146,44;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:6,0:2,2:0|1:39597262_A_T:39597262:3,6,1,1 chr13 39597264 . GA TT . . DP=11;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=146,44;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:7,0:2,2:0|1:39597262_A_T:39597262:3,6,1,1 chr13 39603380 . C CAATG . . DP=9;ECNT=2;MBQ=20,32;MFRL=123,148;MMQ=60,40;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=14.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:3,3:1,1:3,2,4,0 chr13 39603407 . G A . . DP=17;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=107,124;MMQ=60,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,5:0.318:16:7,3:4,0:1,10,4,1 chr13 39608413 . A ATCTCCTTTGACTTCATGTCTCACATT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 39621169 . T TGTGTGTGTGTGTGCTTTTATC . . DP=8;ECNT=1;MBQ=27,17;MFRL=103,54;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:6,0:0,1:3,3,1,1 chr13 40230043 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=124,115;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=13.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,6:0.466:13:3,0:4,6:1,6,1,5 chr13 40239139 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=34,29;MFRL=142,141;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=10.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:4,3:1,1:5,0,4,0 chr13 40254100 . A AT . . DP=32;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=116,136;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=9,10;RU=T;STR;TLOD=34.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,15:0.598:26:6,7:5,8:7,4,10,5 chr13 40261945 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=175,91;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,2:2,0:1,2,1,1 chr13 40268685 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=143,153;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=25.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.600:13:2,5:3,3:5,0,8,0 chr13 40298620 . CTTT C,CTT . . DP=15;ECNT=2;MBQ=24,31,33;MFRL=137,117,171;MMQ=60,60,60;MPOS=29,24;POPAF=7.30,7.30;RPA=18,15,17;RU=T;STR;TLOD=10.72,3.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:5,4,3:0.317,0.246:12:1,1,2:1,3,1:3,2,6,1 chr13 40298643 . A T . . DP=21;ECNT=2;MBQ=25,15;MFRL=117,162;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,4:0.244:18:4,0:5,0:5,9,4,0 chr13 41134446 . T G . . DP=18;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=153,0;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.158:17:7,2:7,0:6,9,1,1 chr13 41134629 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=162,105;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=21.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,9:0.625:14:2,5:3,4:2,3,4,5 chr13 41381512 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=124,96;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=8.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.308:11:4,1:4,2:6,2,2,1 chr13 41495924 . G T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr13 41515484 . G GTAAAAACTCCCAAAGATA . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=101,44;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.265:9:3,0:4,2:3,4,1,1 chr13 41525586 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=118,158;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr13 41650367 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,1:3,1:4,0,0,2 chr13 41654892 . G A . . DP=25;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=121,139;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,4:0.191:24:8,4:12,0:6,14,0,4 chr13 41768436 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=167,125;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=13.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.691:8:1,4:1,0:2,0,6,0 chr13 41807950 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,33;MFRL=118,163;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,1:0,1:2,0,2,0 chr13 41814298 . CAAA C,CAAAA . . 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DP=6;ECNT=5;MBQ=28,20;MFRL=79,49;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:41941742_T_TG:41941742:3,1,1,1 chr13 41941747 . ATCCCTTAACCAAT A . . DP=6;ECNT=5;MBQ=28,20;MFRL=79,49;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:41941742_T_TG:41941742:3,1,1,1 chr13 41941762 . AAAGCAAAC A . . DP=6;ECNT=5;MBQ=26,20;MFRL=79,49;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:41941742_T_TG:41941742:3,1,1,1 chr13 41941775 . A G . . DP=5;ECNT=5;MBQ=23,20;MFRL=95,49;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=7.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.505:4:0,0:1,2:0|1:41941742_T_TG:41941742:2,0,1,1 chr13 41949804 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=9.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr13 42044508 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,70;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr13 42179454 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=128,120;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:0,3,1,1 chr13 42185696 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,34;MFRL=149,131;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=8.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:4,3:1,0:5,0,3,0 chr13 42189232 . C G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=32.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,6:0,3:0,0,0,9 chr13 42263465 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=123,225;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.334:4:0,1:3,0:2,1,1,0 chr13 42273436 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=169,95;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.392:3:1,0:1,1:0|1:42273436_G_A:42273436:0,2,0,1 chr13 42273440 . G GGTTCCTGCATCAGAA . . 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DP=11;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=20.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.902:7:0,4:0,3:0,0,6,1 chr13 42701739 . A T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=16.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,1,4 chr13 42703840 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr13 42729963 . TCCCA T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=155,120;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0,3,0,1 chr13 42734343 . A ATATGCTGGATTATGTTTATT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=154,122;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr13 42748324 . AT CA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=128,110;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0,3,0,1 chr13 42763154 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=125,128;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.443:7:3,1:1,2:3,1,2,1 chr13 42764439 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr13 42769195 . G GCAGTGGCTCACACCTGTAATCGCAGCACTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 42772717 . G T . . DP=20;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=57.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,18:0.952:18:0,9:0,8:0,0,9,9 chr13 42772774 . GT G . . DP=9;ECNT=3;MBQ=23,34;MFRL=158,138;MMQ=51,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=14,13;RU=T;STR;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.390:3:0,0:1,1:0|1:42772774_GT_G:42772774:0,2,0,1 chr13 42772790 . A C . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=34,29;MFRL=134,154;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=17.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.778:7:0,5:1,1:0,1,3,3 chr13 42876714 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=23,27;MFRL=97,133;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:6,2:4,0:5,5,1,1 chr13 42882762 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=13.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,3:0,1:0,0,1,3 chr13 43155443 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=111,107;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=9.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,5:0.333:16:5,4:6,1:4,7,2,3 chr13 43358331 . A AGAGAGTTCTCC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=171,106;MMQ=60,56;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr13 43360980 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,23;MFRL=132,150;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.358:6:2,1:1,0:3,1,0,2 chr13 43462485 . G A . . 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DP=1;ECNT=4;MBQ=0,23;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:43537553_A_ATGG:43537553:0,0,0,1 chr13 43544628 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr13 43544819 . GA G . . DP=16;ECNT=2;MBQ=34,33;MFRL=142,131;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=9,8;RU=A;STR;TLOD=14.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.591:10:0,4:3,2:0,4,1,5 chr13 43544858 . A C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,33;MFRL=170,139;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0,4,0,1 chr13 43681427 . GA G . . DP=23;ECNT=9;MBQ=20,32;MFRL=122,130;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=A;STR;TLOD=5.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,4:0.368:11:4,3:1,1:0|1:43681427_GA_G:43681427:1,6,1,3 chr13 43681431 . A ATT . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=205,129;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr13 44411410 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=20,24;MFRL=107,100;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.559:7:1,3:2,1:2,1,3,1 chr13 44411491 . T C . . DP=15;ECNT=3;MBQ=24,20;MFRL=121,50;MMQ=60,54;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:9,0:3,2:0|1:44411491_T_C:44411491:8,5,1,1 chr13 44411497 . A C . . DP=15;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=121,50;MMQ=60,54;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:7,0:4,2:0|1:44411491_T_C:44411491:8,5,1,1 chr13 44411499 . T TTCTCCTGTCCCCTCCTCTCTACGTGTACG . . DP=15;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=121,50;MMQ=60,54;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:7,0:4,2:0|1:44411491_T_C:44411491:8,5,1,1 chr13 44434303 . T TCTC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,711;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr13 44464473 . C CCT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=148,125;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=CT;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:44464473_C_CCT:44464473:0,3,0,1 chr13 44464478 . CTT C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=148,125;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=T;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:44464473_C_CCT:44464473:0,3,0,1 chr13 44464484 . CTTTCTT C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=33,28;MFRL=148,125;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.338:4:1,1:2,0:0|1:44464473_C_CCT:44464473:0,3,0,1 chr13 44734696 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr13 44734990 . A ATT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,25;MFRL=81,115;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=T;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:44734990_A_ATT:44734990:0,1,0,1 chr13 44734993 . CCA C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=81,115;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:44734990_A_ATT:44734990:0,1,0,1 chr13 44734996 . C CAACAGT,T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,31,28;MFRL=0,81,115;MMQ=60,60,60;MPOS=4,4;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.79,3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,1:0.400,0.400:2:0,1,1:0,0,0:0,0,0,2 chr13 44735001 . A ATGATAT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,16;MFRL=81,115;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,0:0|1:44734990_A_ATT:44734990:0,1,0,1 chr13 44971440 . GGCATGTGAGAAAGCCA G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=165,166;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:1,0:0,4,0,1 chr13 45010283 . T G . . DP=19;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=42.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.941:13:0,9:0,4:0,0,1,12 chr13 45010616 . G A . . DP=21;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=152,134;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=52.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,18:0.826:21:1,12:2,6:2,1,16,2 chr13 45148305 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=108,95;MMQ=60,59;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:4,0:4,2:6,2,0,2 chr13 45148690 . C T . . DP=18;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=82,84;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.200:16:7,0:6,2:4,9,2,1 chr13 45148708 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=31,21;MFRL=97,84;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.307:11:2,1:6,1:2,6,1,2 chr13 45149779 . A T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=157,158;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.363:9:5,0:1,3:4,2,0,3 chr13 45517861 . G GAGAGAAAGGCTTTGGAT . . 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DP=3;ECNT=3;MBQ=28,31;MFRL=103,91;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:1,1,0,1 chr13 45578555 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,29;MFRL=123,82;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:45578555_C_T:45578555:0,1,0,1 chr13 45578563 . C CTTTCAGCAAAATCAGTGAATTTAA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,34;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:45578555_C_T:45578555:0,0,0,1 chr13 45724008 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=150,144;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.276:9:2,0:4,2:0,7,0,2 chr13 46077299 . ATG A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=207,140;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:2,0,2,0 chr13 46093051 . C CCAAGATT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=33,31;MFRL=112,115;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:2,1:1,0:0|1:46093051_C_CCAAGATT:46093051:1,2,0,1 chr13 46093053 . A T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=28,29;MFRL=112,115;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:1,1:1,0:0|1:46093051_C_CCAAGATT:46093051:1,2,0,1 chr13 46093055 . G GTGCACCCAT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=33,31;MFRL=128,115;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:46093051_C_CCAAGATT:46093051:1,1,0,1 chr13 46093059 . A C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=28,29;MFRL=137,115;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:46093051_C_CCAAGATT:46093051:2,1,0,1 chr13 46093061 . A G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=25,27;MFRL=137,115;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:46093051_C_CCAAGATT:46093051:2,1,0,1 chr13 46099243 . A G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,33;MFRL=100,139;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=5.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0,2,0,2 chr13 46099255 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,29;MFRL=108,169;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:46099255_C_T:46099255:0,3,0,1 chr13 46099259 . GA TC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=29,25;MFRL=108,169;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:1,0:2,1:0|1:46099255_C_T:46099255:0,3,0,1 chr13 46124150 . G GACAAGCCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,34;MFRL=147,202;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:46124150_G_GACAAGCCT:46124150:0,1,0,1 chr13 46124153 . G GAAA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,33;MFRL=147,202;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=1,4;RU=A;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:46124150_G_GACAAGCCT:46124150:0,1,0,1 chr13 46124155 . G GTGTGAAAAGTA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,32;MFRL=147,202;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:46124150_G_GACAAGCCT:46124150:0,1,0,1 chr13 46124288 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=20,25;MFRL=75,229;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:46124288_C_T:46124288:0,1,1,0 chr13 46124290 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=20,28;MFRL=75,229;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:46124288_C_T:46124288:0,1,1,0 chr13 46154110 . C CACCGAATATTGATTCCCCTCCCTTTA . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=132,50;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.295:8:5,0:1,2:1,5,1,1 chr13 46161270 . A T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,23;MFRL=92,84;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:4,1:0,0:2,2,0,1 chr13 46161281 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=87,92;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,2:0,0:1,1,1,1 chr13 46170609 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,85;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=32.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.932:12:0,1:0,10:0,0,4,8 chr13 46170719 . CCCAGATACTCTTCCTCCT C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=31.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.904:8:0,5:0,3:0,0,6,2 chr13 46277754 . A ACATTTAAGTCTGCAGAGGTTAT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=57,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0,2,1,1 chr13 46357528 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=122,0;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:4,0:1,2:4,2,0,2 chr13 46533837 . AAC TGT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=123,169;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr13 46543073 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=117,78;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.304:11:3,3:5,0:4,4,1,2 chr13 46550061 . G GT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,209;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr13 46559449 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=110,52;MMQ=60,21;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.231:14:7,2:4,0:9,2,2,1 chr13 46563095 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=133,131;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.306:11:5,3:3,0:4,4,1,2 chr13 46584472 . A T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=20,25;MFRL=104,177;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:6,2:0,0:3,3,2,0 chr13 46584541 . C CACAAGCCTGCCTATATTTGTATCCTTGCAATTT . . DP=10;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=124,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:4,2:4,0:4,4,1,1 chr13 46584631 . CTGGTGAAACCTTTAAAAAAATTCAGTAAGTCAATTCAGAAATTCCTCCACTTA C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=190,133;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.291:5:3,1:1,0:1,3,0,1 chr13 46619281 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46619281_G_A:46619281:0,0,0,1 chr13 46619283 . TA T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46619281_G_A:46619281:0,0,0,1 chr13 46627677 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=23,29;MFRL=174,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=9.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.675:4:0,2:1,1:1,0,3,0 chr13 46641628 . T TCTTTTTTGAGAGAG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr13 46656659 . G C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=129,126;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:2,0:5,2:2,5,0,2 chr13 46679088 . A AACTTTATATTGAGTACACTG . . DP=8;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=74,63;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.328:7:3,0:2,2:4,1,1,1 chr13 46705095 . G T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=34,29;MFRL=103,146;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=18.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.583:10:1,3:3,3:0,4,0,6 chr13 46721043 . C A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=119,96;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=5.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.199:18:11,3:4,0:10,5,3,0 chr13 46787319 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=29,25;MFRL=119,107;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:46787319_G_A:46787319:0,2,0,1 chr13 46787320 . CA C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=33,31;MFRL=119,107;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:46787319_G_A:46787319:0,2,0,1 chr13 46787324 . G GAAGTCAAAGA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,31;MFRL=97,107;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:46787319_G_A:46787319:0,1,0,1 chr13 46787325 . CT C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,28;MFRL=97,107;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:46787319_G_A:46787319:0,1,0,1 chr13 46836201 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 46937197 . CGGATG C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=167,139;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.398:3:1,0:1,1:2,0,1,0 chr13 46946184 . G A . . DP=19;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=127,94;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:10,2:7,0:0|1:46946184_G_A:46946184:9,8,1,1 chr13 46946186 . G A . . DP=19;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=127,94;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:10,2:7,0:0|1:46946184_G_A:46946184:9,8,1,1 chr13 47243357 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr13 47256002 . A C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,33;MFRL=156,101;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:47256002_A_C:47256002:0,4,0,1 chr13 47256004 . G T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,28;MFRL=156,101;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:47256002_A_C:47256002:0,4,0,1 chr13 47261970 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=34.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.928:12:0,10:0,2:0,0,6,6 chr13 47266816 . GT G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=T;STR;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0|1:47266816_GT_G:47266816:0,0,0,1 chr13 47266818 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0|1:47266816_GT_G:47266816:0,0,0,1 chr13 47279375 . C CT . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=9,10;RU=T;STR;TLOD=25.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,3:0,9:0,0,5,7 chr13 47297352 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=33.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,9:0,3:0,0,9,3 chr13 47302934 . T A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=21.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,4:0,3:0,0,6,1 chr13 47315891 . C A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=30,22;MFRL=106,134;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,4:0.293:15:5,0:6,4:6,5,0,4 chr13 47324615 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=151,208;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,2:3,0:4,0,2,0 chr13 47358521 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=231,148;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:47358521_G_A:47358521:0,1,0,1 chr13 47358526 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=231,148;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:47358521_G_A:47358521:0,1,0,1 chr13 47466781 . T G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr13 48523567 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr13 48528178 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=14.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,4,0 chr13 48528428 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=142,106;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,2:0,0:0,2,1,1 chr13 48547543 . A ATTGTC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,25;MFRL=134,152;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:48547543_A_ATTGTC:48547543:1,1,0,1 chr13 48547545 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,27;MFRL=134,152;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:48547543_A_ATTGTC:48547543:1,1,0,1 chr13 48563008 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=20.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,2:0,4:0,0,6,1 chr13 48563184 . T TAAGG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=127,124;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr13 48571213 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=9.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,0,3 chr13 48575292 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr13 48653957 . AAC A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=119,97;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AC;STR;TLOD=6.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:4,2:5,0:6,4,1,1 chr13 48660380 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=23,32;MFRL=108,126;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.247:10:3,1:5,1:7,1,2,0 chr13 48667832 . G GGAGCAGAAACTGATC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,31;MFRL=227,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr13 48827984 . GG TC . . DP=18;ECNT=1;MBQ=31,19;MFRL=140,34;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.165:16:4,1:7,0:13,1,1,1 chr13 48830600 . T TTCATCTCTTTTTCTGTCATTTGAC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=163,149;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr13 48919358 . T G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=27.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,4:0,0,1,7 chr13 48921884 . A G . . DP=23;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=70.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,23:0.960:23:0,10:0,12:0,0,16,7 chr13 48947469 . G T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=20.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,2:0,5:0,0,6,1 chr13 48953825 . C T . . 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DP=20;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=108,105;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,4:0.222:20:9,0:6,4:8,8,2,2 chr13 49033747 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr13 49034022 . ATTC A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=104,129;MMQ=37,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=27.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,11:0.804:13:0,7:1,4:0,2,3,8 chr13 49039558 . A AATTT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,22;MFRL=141,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.498:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr13 49051012 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=12.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr13 49054149 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=146,68;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.233:15:1,0:10,3:8,4,1,2 chr13 49070345 . C T . . 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G C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=22,29;MFRL=167,128;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:49918389_A_ACCAAC:49918389:0,2,0,1 chr13 49918396 . G C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=33,29;MFRL=167,128;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:49918389_A_ACCAAC:49918389:0,2,0,1 chr13 49918399 . A ATCAGT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,23;MFRL=146,188;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.498:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr13 49951027 . G GTAGATAGATAGATAGA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,33;MFRL=106,100;MMQ=60,50;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=7,11;RU=TAGA;STR;TLOD=6.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:1,0:1,1,2,0 chr13 49951083 . T C . . DP=11;ECNT=2;MBQ=26,25;MFRL=144,105;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=8.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.384:11:3,4:4,0:5,2,1,3 chr13 49951310 . G T . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:50055311_C_T:50055311:0,0,0,1 chr13 50080946 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,78;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:50080946_A_C:50080946:0,0,0,1 chr13 50080948 . A AAGTGAAAAAGCTATT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,78;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:50080946_A_C:50080946:0,0,0,1 chr13 50087142 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=23,30;MFRL=106,123;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=15.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.751:6:0,2:1,3:1,0,5,0 chr13 50092127 . TACTC T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=24.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,4,2 chr13 50095127 . A G . . 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DP=6;ECNT=4;MBQ=32,24;MFRL=170,134;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=20.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,5:0.750:6:1,1:0,4:0|1:50100637_ATATT_A:50100637:1,0,1,4 chr13 50100647 . C T . . DP=6;ECNT=4;MBQ=34,28;MFRL=170,134;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=20.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,5:0.750:6:1,1:0,4:0|1:50100637_ATATT_A:50100637:1,0,1,4 chr13 50100667 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr13 50108252 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=20,33;MFRL=105,141;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=15.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.601:8:0,4:2,1:2,1,5,0 chr13 50118960 . T TCCTGTGTTTCTC . . DP=7;ECNT=3;MBQ=23,20;MFRL=162,58;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:5,2:0,0:1,4,1,1 chr13 50118972 . TCTG T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=22,20;MFRL=169,67;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:0,0:0|1:50118972_TCTG_T:50118972:0,2,1,1 chr13 50118976 . C A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=169,67;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0|1:50118972_TCTG_T:50118972:0,2,1,1 chr13 50123808 . A ATAACATGCAATTAACCAT . . DP=4;ECNT=9;MBQ=27,27;MFRL=128,103;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:50123808_A_ATAACATGCAATTAACCAT:50123808:0,3,0,1 chr13 50123811 . T TAAAGGG . . DP=4;ECNT=9;MBQ=31,26;MFRL=128,103;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:50123808_A_ATAACATGCAATTAACCAT:50123808:0,3,0,1 chr13 50123828 . A C . . DP=3;ECNT=9;MBQ=26,33;MFRL=162,113;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:50123828_A_C:50123828:0,2,0,1 chr13 50123831 . C CGT . . DP=3;ECNT=9;MBQ=32,27;MFRL=162,113;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:50123828_A_C:50123828:0,2,0,1 chr13 50123832 . C G . . DP=3;ECNT=9;MBQ=32,31;MFRL=162,113;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:50123828_A_C:50123828:0,2,0,1 chr13 50123837 . G A . . DP=3;ECNT=9;MBQ=30,21;MFRL=162,113;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:50123828_A_C:50123828:0,2,0,1 chr13 50123839 . A G . . DP=3;ECNT=9;MBQ=24,33;MFRL=162,113;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:50123828_A_C:50123828:0,2,0,1 chr13 50123844 . A T . . DP=3;ECNT=9;MBQ=0,30;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0|1:50123844_A_T:50123844:0,0,0,1 chr13 50123846 . A ACTGTAACCT . . DP=1;ECNT=9;MBQ=0,25;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:50123844_A_T:50123844:0,0,0,1 chr13 50125622 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=29,31;MFRL=64,165;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:1,1,0,2 chr13 50125678 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,34;MFRL=128,241;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,1,1 chr13 50129615 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=16.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.869:5:0,3:0,2:0,0,4,1 chr13 50140972 . C CATCTTTGAACTGGACACTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=175,90;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr13 50205290 . C G . . DP=5;ECNT=10;MBQ=31,30;MFRL=122,142;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:1,3,0,1 chr13 50205291 . TG CA . . DP=5;ECNT=10;MBQ=27,34;MFRL=122,154;MMQ=60,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:50205291_TG_CA:50205291:1,3,0,1 chr13 50205306 . G T . . DP=4;ECNT=10;MBQ=31,30;MFRL=141,154;MMQ=60,40;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:50205291_TG_CA:50205291:1,2,0,1 chr13 50205313 . A G . . DP=3;ECNT=10;MBQ=28,30;MFRL=141,129;MMQ=60,50;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0|1:50205313_A_G:50205313:1,0,0,2 chr13 50205317 . C A . . DP=3;ECNT=10;MBQ=30,23;MFRL=141,129;MMQ=60,50;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0|1:50205313_A_G:50205313:1,0,0,2 chr13 50205372 . T C . . DP=2;ECNT=10;MBQ=31,34;MFRL=141,193;MMQ=60,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:50205372_T_C:50205372:0,1,0,1 chr13 50205381 . T A . . DP=2;ECNT=10;MBQ=28,27;MFRL=141,193;MMQ=60,40;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:50205372_T_C:50205372:0,1,0,1 chr13 50205385 . CA AT . . DP=2;ECNT=10;MBQ=33,26;MFRL=141,193;MMQ=60,40;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:50205372_T_C:50205372:0,1,0,1 chr13 50205392 . T A . . DP=2;ECNT=10;MBQ=29,26;MFRL=141,193;MMQ=60,40;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:50205372_T_C:50205372:0,1,0,1 chr13 50205394 . G A . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=130,117;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:0,2:1,0:0,1,0,2 chr13 50306823 . GA G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=104,107;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=A;STR;TLOD=9.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.437:12:0,2:6,3:5,2,5,0 chr13 50510433 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=133,197;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:50510433_T_C:50510433:0,1,0,1 chr13 50510434 . C CCCCACACACAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,30;MFRL=133,197;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:50510433_T_C:50510433:0,1,0,1 chr13 50587654 . CT C . . DP=49;ECNT=2;MBQ=32,17;MFRL=131,118;MMQ=60,50;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=22,21;RU=T;STR;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.404:14:3,2:2,0:5,3,3,3 chr13 50587718 . A G . . 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GG AA . . DP=2;ECNT=6;MBQ=34,22;MFRL=127,133;MMQ=60,60;MPOS=-3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:51599634_GCAGAGC_G:51599634:0,1,0,1 chr13 51805507 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=107,107;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.332:13:4,0:5,4:2,7,2,2 chr13 51942112 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr13 51953541 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=15.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr13 51956122 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=157,137;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=16.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:0,2:1,3:0,1,5,0 chr13 52025330 . AT A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=22,27;MFRL=95,200;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=5.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.385:6:4,1:0,1:2,2,0,2 chr13 52293532 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr13 52313407 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=176,117;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr13 52373814 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,240;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr13 52509257 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 52511362 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=18.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,3:0,2:0,0,4,1 chr13 52515354 . A G . . DP=8;ECNT=3;MBQ=0,20;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.884:6:0,0:0,6:0,0,2,4 chr13 52515396 . CC TA . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=186,172;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=21.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,7:0.800:8:1,6:0,0:1,0,0,7 chr13 52603775 . C T . . DP=19;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=58.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,19:0.952:19:0,7:0,12:0,0,7,12 chr13 52603896 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=132,114;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=23.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,10:0.645:15:1,2:4,7:2,3,6,4 chr13 52606143 . GGTCAGCA G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=144,120;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:52606143_GGTCAGCA_G:52606143:0,1,0,1 chr13 52606155 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=144,120;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:52606143_GGTCAGCA_G:52606143:0,1,0,1 chr13 52646021 . CA C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=A;STR;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr13 52663491 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,33;MFRL=92,139;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,1:1,2:0,1,0,3 chr13 52676432 . AA CC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr13 52693579 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=218,121;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:52693579_C_T:52693579:0,1,0,1 chr13 52693585 . A AGTATAG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=218,121;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.498:2:1,0:0,1:0|1:52693579_C_T:52693579:0,1,0,1 chr13 52701490 . A ACTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=CTT;STR;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr13 52701637 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=10.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,1,2 chr13 52707240 . C G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=11.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:0,2:3,2:3,0,3,1 chr13 52710044 . T C . . DP=6;ECNT=5;MBQ=0,20;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=16.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,2,4 chr13 52710057 . TTTCCA T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=28,28;MFRL=117,147;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.330:4:2,0:1,1:0|1:52710057_TTTCCA_T:52710057:0,3,0,1 chr13 52710058 . T G . . DP=5;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=10.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.818:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr13 52710064 . AT A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=25,22;MFRL=117,147;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:52710057_TTTCCA_T:52710057:0,3,0,1 chr13 52710067 . A T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=25,31;MFRL=117,147;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:52710057_TTTCCA_T:52710057:0,3,0,1 chr13 52726707 . CT C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=118,158;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.336:7:0,2:4,0:3,2,2,0 chr13 52972361 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=22,20;MFRL=184,103;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,1:1,0:0|1:52972361_A_C:52972361:0,1,0,1 chr13 52972367 . C CT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,30;MFRL=184,103;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,1:1,0:0|1:52972361_A_C:52972361:0,1,0,1 chr13 52972369 . T A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,22;MFRL=184,103;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,1:0,0:0|1:52972361_A_C:52972361:0,1,0,1 chr13 52972371 . T G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:52972361_A_C:52972361:0,0,0,1 chr13 52989863 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=20.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,1:0,6:0,0,7,0 chr13 52991179 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=130,92;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:4,1:5,1:3,6,2,0 chr13 53009048 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=166,103;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:1,1:1,2:0,2,1,2 chr13 53029770 . CGCGGTGGCGGTGGCGGTG C,CGCGGTG . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,27,27;MFRL=0,130,127;MMQ=60,60,60;MPOS=28,31;POPAF=7.30,7.30;RPA=6,3,4;RU=GCGGTG;STR;TLOD=16.01,7.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,4,2:0.579,0.328:6:0,2,1:0,2,1:0,0,1,5 chr13 53030565 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr13 53035687 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=167,144;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:1,1,2,0 chr13 53035783 . T C . . DP=18;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=54.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,18:0.950:18:0,9:0,9:0,0,8,10 chr13 53036398 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr13 53036502 . C T . . DP=19;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=114,145;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.199:18:9,2:6,1:10,5,2,1 chr13 53039462 . G T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=23,27;MFRL=126,197;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.184:14:3,2:9,0:8,4,0,2 chr13 53039671 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:53039671_C_T:53039671:0,0,0,1 chr13 53039674 . A AG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:53039671_C_T:53039671:0,0,0,1 chr13 53042529 . T G . . DP=11;ECNT=3;MBQ=23,33;MFRL=116,152;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=11.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.386:11:2,3:5,1:4,3,2,2 chr13 53042597 . AAA GTG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=23,28;MFRL=149,142;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0,3,0,1 chr13 53042598 . A T . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=23,26;MFRL=120,120;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=8.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.499:8:1,2:3,2:2,2,2,2 chr13 53239819 . T G . . DP=29;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=124,95;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=23.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,10:0.392:26:9,6:7,4:9,7,5,5 chr13 53240884 . G C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=7.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.774:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr13 53254082 . T C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=130,117;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=9.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.355:12:2,3:6,1:2,6,4,0 chr13 53254296 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=120,97;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=12.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.462:11:6,3:0,2:2,4,2,3 chr13 53282584 . A G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=26,32;MFRL=150,183;MMQ=60,46;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=11.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.674:4:0,3:1,0:1,0,3,0 chr13 53282589 . TA T . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr13 61141669 . G T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=0,84;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.603:3:1,2:0,0:0,1,1,1 chr13 61988153 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr13 67205541 . C CTTTTACATT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,79;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:67205541_C_CTTTTACATT:67205541:0,0,0,1 chr13 67205542 . G GTGTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,79;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:67205541_C_CTTTTACATT:67205541:0,0,0,1 chr13 67800935 . G A . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=27,23;MFRL=12308635,138;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.396:3:0,0:2,1:0,2,1,0 chr13 73329453 . AG GA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=146,155;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr13 73347916 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=133,218;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.233:11:6,0:2,2:4,5,1,1 chr13 73350069 . A C . . DP=19;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=138,65;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.144:19:6,0:8,2:0|1:73350069_A_C:73350069:14,3,1,1 chr13 73350078 . A T . . DP=19;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=133,65;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:8,0:9,2:0|1:73350069_A_C:73350069:14,3,1,1 chr13 73350079 . T C,TCTTCTTCTTCTTCTTCTTC . . DP=20;ECNT=3;MBQ=24,28,20;MFRL=127,160,65;MMQ=60,60,60;MPOS=16,1;PON;POPAF=7.30,7.30;TLOD=4.20,5.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:15,2,2:0.136,0.135:19:8,0,0:7,2,2:12,3,3,1 chr13 73352468 . T C . . DP=31;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=123,153;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:26,4:0.156:30:14,0:12,4:12,14,0,4 chr13 73366704 . A T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=152,711;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.332:7:2,1:2,1:0,5,0,2 chr13 73371966 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr13 73372202 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=156,146;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=18.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,7:0.729:9:2,6:0,1:1,1,0,7 chr13 73467847 . GAAGT G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=33,27;MFRL=83,139;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=15.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:2,4:0,0:2,1,3,1 chr13 73505425 . C T . . 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A ATAACCAACCAATCTGACAAGG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,26;MFRL=167,117;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:77862610_G_GC:77862610:0,1,0,1 chr13 78130908 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=147,179;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:0,4,0,1 chr13 78137932 . A AT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=13,14;RU=T;STR;TLOD=7.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.839:4:0,2:0,2:0,0,3,1 chr13 78163243 . C G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=26.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,6:0,3:0,0,7,2 chr13 78165635 . TG T . . DP=14;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=56.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,13:0.935:13:0,9:0,4:0|1:78165635_TG_T:78165635:0,0,4,9 chr13 78165637 . A T . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=11.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,3,1 chr13 78211386 . CATAT C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=8,6;RU=AT;STR;TLOD=11.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.827:3:0,3:0,0:0,0,2,1 chr13 78321085 . A T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,27;MFRL=159,109;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:78321085_A_T:78321085:0,2,0,1 chr13 78321087 . AATCT A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=24,23;MFRL=159,109;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:0,0:0|1:78321085_A_T:78321085:0,3,0,1 chr13 78472531 . CT C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,30;MFRL=1141,142;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:78472531_CT_C:78472531:0,1,0,1 chr13 78472533 . CTCCAGGG C . . 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DP=3;ECNT=5;MBQ=29,26;MFRL=114,114;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:79219196_A_ACCCAT:79219196:0,2,0,1 chr13 79219202 . C A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=33,26;MFRL=88,114;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:79219196_A_ACCCAT:79219196:0,1,0,1 chr13 79219211 . G C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:79219211_G_C:79219211:0,0,0,1 chr13 79219214 . T A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:79219211_G_C:79219211:0,0,0,1 chr13 79916792 . T TA . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=A;STR;TLOD=42.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.937:14:0,7:0,7:0,0,9,5 chr13 79918323 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=34.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,7:0,4:0,0,9,2 chr13 79928477 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr13 79929572 . A AGATGGATTTTTCTG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 79932617 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr13 79939921 . TAAGAGA T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,204;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr13 79943159 . A C . . DP=12;ECNT=3;MBQ=25,27;MFRL=128,114;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.307:11:6,0:2,3:3,5,0,3 chr13 79943162 . G GTACCTACTTTGAGCAGCAC . . DP=11;ECNT=3;MBQ=30,33;MFRL=130,199;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.315:7:2,2:2,0:1,4,1,1 chr13 79943175 . A ACAAAAAAACAAAAAAACTG . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,25;MFRL=141,83;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:1,3,0,1 chr13 79946163 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,165;MMQ=60,54;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr13 79952843 . A G . . DP=14;ECNT=2;MBQ=26,34;MFRL=145,114;MMQ=60,40;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=8.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.266:13:2,3:8,0:10,0,3,0 chr13 79952855 . G A . . DP=16;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=147,113;MMQ=60,50;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:4,2:7,0:12,0,2,0 chr13 79979953 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=134,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.250:6:3,0:2,1:1,4,0,1 chr13 80094866 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,23;MFRL=89,139;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:0,3:3,0:1,2,3,0 chr13 80095143 . CT C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,33;MFRL=188,136;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=T;STR;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.352:9:4,0:1,3:1,5,0,3 chr13 80910851 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr13 82264343 . A G . . DP=44;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,106;MMQ=60,49;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=129.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,40:0.977:40:0,31:0,9:0,0,26,14 chr13 86368063 . G T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=100,70;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.251:10:3,0:5,2:5,3,0,2 chr13 88331241 . T TTGTA . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=124,124;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TGTA;STR;TLOD=10.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.398:8:4,0:1,3:2,3,1,2 chr13 92345423 . C T . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AT;STR;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr13 95050909 . TC CT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=90,139;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:1,3,0,1 chr13 95055361 . G GCAGAGGCCCTCCTA . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=149,60;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.329:7:2,2:3,0:2,3,1,1 chr13 95097999 . T TCTAAGCACTGTGAGGGAAAATCTGTTCCA . . DP=8;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=100,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.326:8:3,0:2,2:2,4,1,1 chr13 95114526 . T C . . DP=3;ECNT=7;MBQ=29,33;MFRL=155,179;MMQ=60,40;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr13 95114532 . CA TG . . DP=3;ECNT=7;MBQ=31,22;MFRL=155,179;MMQ=60,40;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr13 95114533 . AG A . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,149;MMQ=60,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:95859130_T_TCAC:95859130:0,0,0,1 chr13 95859132 . AAT A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,149;MMQ=60,40;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:95859130_T_TCAC:95859130:0,0,0,1 chr13 95859135 . T G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,149;MMQ=60,40;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:95859130_T_TCAC:95859130:0,0,0,1 chr13 95859974 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr13 95860214 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=147,185;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:4,1:1,1:1,4,0,2 chr13 95862860 . AGAGT A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=26.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,6,0 chr13 95862896 . A G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=28.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.916:10:0,7:0,3:0,0,5,5 chr13 95887182 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:95887182_T_C:95887182:0,0,0,1 chr13 95887184 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:95887182_T_C:95887182:0,0,0,1 chr13 95887189 . T G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:95887182_T_C:95887182:0,0,0,1 chr13 95899354 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=24,33;MFRL=128,133;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.336:10:4,0:2,3:0,7,0,3 chr13 95953405 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=22.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,4:0,3:0,0,7,0 chr13 96086010 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=140,139;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=8.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:0,0:3,3:3,0,3,0 chr13 96230279 . T G . . DP=18;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=109,155;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.165:16:7,1:7,1:6,8,0,2 chr13 96251524 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,197;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr13 96274733 . T TACA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=98,62;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0|1:96274733_T_TACA:96274733:0,1,1,1 chr13 96274734 . G GAGCACATGCATCTTTATGGTTT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=98,62;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0|1:96274733_T_TACA:96274733:0,1,1,1 chr13 96410084 . G GCTCCTTTTCTTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=106,164;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr13 96439404 . A T . . DP=25;ECNT=6;MBQ=24,29;MFRL=101,149;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,2:0.119:23:12,0:8,2:0|1:96439404_A_T:96439404:8,13,0,2 chr13 96439408 . A T . . DP=21;ECNT=6;MBQ=26,26;MFRL=101,149;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:19,2:0.130:21:11,0:7,2:0|1:96439404_A_T:96439404:8,11,0,2 chr13 96439411 . T C . . DP=21;ECNT=6;MBQ=26,34;MFRL=106,149;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,2:0.136:20:10,0:7,2:0|1:96439404_A_T:96439404:7,11,0,2 chr13 96439460 . C T . . DP=9;ECNT=6;MBQ=26,29;MFRL=148,116;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:4,2:2,0:0,6,0,2 chr13 96439495 . GCTGT G . . DP=2;ECNT=6;MBQ=30,30;MFRL=191,137;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:96439495_GCTGT_G:96439495:0,1,0,1 chr13 96439502 . AG TC . . DP=2;ECNT=6;MBQ=26,27;MFRL=191,137;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:96439495_GCTGT_G:96439495:0,1,0,1 chr13 96513187 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=173,118;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=10.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.718:5:0,1:1,3:0,1,1,3 chr13 96519744 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,33;MFRL=138,183;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:96519744_A_C:96519744:0,1,0,1 chr13 96519745 . A ACCTTCTCTTTTTAGAGC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,26;MFRL=138,183;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:96519744_A_C:96519744:0,1,0,1 chr13 96579462 . T C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=72,131;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=26.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,10:0.612:16:1,5:5,5:3,3,5,5 chr13 96599271 . C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=143,109;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,5:0.314:17:6,1:6,4:8,4,3,2 chr13 96676078 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=173,153;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:96676078_C_T:96676078:0,2,0,1 chr13 96676081 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,32;MFRL=173,153;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:96676078_C_T:96676078:0,2,0,1 chr13 96684306 . ATTATAT A . . DP=4;ECNT=6;MBQ=24,27;MFRL=145,121;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:96684306_ATTATAT_A:96684306:0,3,0,1 chr13 96684316 . T TTGCAA . . DP=4;ECNT=6;MBQ=29,31;MFRL=145,121;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:0,1:0|1:96684306_ATTATAT_A:96684306:0,3,0,1 chr13 96684318 . G GA . . DP=3;ECNT=6;MBQ=31,33;MFRL=167,121;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:96684306_ATTATAT_A:96684306:0,2,0,1 chr13 96684323 . A AAG . . DP=3;ECNT=6;MBQ=26,26;MFRL=167,121;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:96684306_ATTATAT_A:96684306:0,2,0,1 chr13 96684329 . A C . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=96,144;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=11,9;RU=T;STR;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.501:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr13 98637917 . CT C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=14,13;RU=T;STR;TLOD=10.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.827:3:0,0:0,3:0,0,0,3 chr13 98637931 . T A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,27;MFRL=134,158;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,0,2 chr13 98642528 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=141,144;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:8,1:2,1:1,9,0,2 chr13 98658358 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=29.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,8:0,2:0,0,6,4 chr13 98658684 . A AAT . . 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DP=16;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=95,126;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.175:15:5,0:8,2:4,9,1,1 chr13 99449579 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=24.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,5:0,2:0,0,6,1 chr13 99449755 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=11.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,2,2 chr13 99461532 . GTTTTT G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=33,34;MFRL=142,137;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=10,5;RU=T;STR;TLOD=10.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:3,2:0,1:4,1,3,0 chr13 99478169 . AA GT . . DP=22;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=112,128;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=15.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,5:0.260:21:9,4:6,0:7,9,5,0 chr13 99478181 . C A . . DP=21;ECNT=2;MBQ=20,30;MFRL=112,128;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=11.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,5:0.261:21:10,5:6,0:8,8,5,0 chr13 99483856 . C T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=121,173;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.211:17:5,0:8,3:10,4,1,2 chr13 99502477 . GAG CCA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,197;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 99505632 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,24;MFRL=118,126;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.501:6:1,0:2,3:1,2,3,0 chr13 99508231 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=104,154;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.197:13:4,1:7,1:6,5,1,1 chr13 99515699 . C T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=122,62;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.193:17:6,0:7,2:8,6,0,3 chr13 99515894 . C CTATGTGAAACAAATAA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=164,121;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr13 99534048 . G A . . 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C CATAAAACAGAGGAGATTTT . . DP=3;ECNT=6;MBQ=32,32;MFRL=78,148;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:100199406_C_CATAAAACAGAGGAGATTTT:100199406:0,2,0,1 chr13 100199408 . G T . . DP=3;ECNT=6;MBQ=28,24;MFRL=78,148;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.404:3:2,1:0,0:0|1:100199406_C_CATAAAACAGAGGAGATTTT:100199406:0,2,0,1 chr13 100199424 . C CTAA . . DP=2;ECNT=6;MBQ=31,32;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:100199424_C_CTAA:100199424:0,1,0,1 chr13 100199425 . C G . . DP=2;ECNT=6;MBQ=32,31;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:100199424_C_CTAA:100199424:0,1,0,1 chr13 100199428 . G T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=30,29;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:100199424_C_CTAA:100199424:0,1,0,1 chr13 100199429 . G GTTATGTGCTTAT . . DP=3;ECNT=6;MBQ=30,30;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.495:2:1,1:0,0:0|1:100199424_C_CTAA:100199424:0,1,0,1 chr13 100515161 . A AGACTT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=GACTT;STR;TLOD=21.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,3:0,0,5,0 chr13 100518400 . T A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,193;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr13 100518580 . A G . . DP=17;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=51.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.947:17:0,7:0,9:0,0,10,7 chr13 100523386 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=154,144;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0,1,0,2 chr13 100537221 . T C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr13 100537232 . T C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr13 100537376 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=17.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.888:7:0,2:0,4:0,0,2,5 chr13 100543702 . CA AG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:100543702_CA_AG:100543702:0,0,0,1 chr13 100543705 . A ATTTATTTATTTGTTTATTTATTGGTC . . 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DP=15;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=120,115;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=TGAT;STR;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.212:12:3,2:6,0:7,3,1,1 chr13 101020695 . A G . . DP=14;ECNT=2;MBQ=27,25;MFRL=128,106;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=26.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,10:0.687:14:0,3:4,7:3,1,7,3 chr13 101020749 . T A . . DP=42;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=121,103;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=17.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:30,10:0.255:40:12,9:18,0:17,13,10,0 chr13 101182254 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=136,160;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:4,0,0,2 chr13 101288992 . C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=104,107;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,4:0.249:18:3,1:11,3:4,10,1,3 chr13 101289969 . C T . . DP=10;ECNT=4;MBQ=23,30;MFRL=141,142;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=13.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.501:10:2,2:3,3:1,4,0,5 chr13 101289987 . G GA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=26,29;MFRL=111,151;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:101289987_G_GA:101289987:1,3,0,1 chr13 101289991 . A C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=26,32;MFRL=111,151;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:101289987_G_GA:101289987:1,3,0,1 chr13 101289998 . C A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr13 101294428 . C G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,34;MFRL=12,12671504;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:5,2:2,0:6,1,2,0 chr13 101308814 . T TTTTGGCCCCG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=17,20;MFRL=147,109;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0,2,1,0 chr13 101315175 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=31.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.921:10:0,9:0,0:0,0,9,1 chr13 101321067 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr13 101717980 . GAA G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,19;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;RPA=11,9;RU=A;STR;TLOD=3.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0,0,0,1 chr13 101726964 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:4,0:1,2:3,2,2,0 chr13 101727058 . A G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=26,31;MFRL=137,116;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:101727058_A_G:101727058:0,3,0,1 chr13 101727061 . G A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,26;MFRL=144,116;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:101727058_A_G:101727058:0,4,0,1 chr13 101727065 . C G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=144,116;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:101727058_A_G:101727058:0,4,0,1 chr13 101727071 . C G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,33;MFRL=144,116;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:101727058_A_G:101727058:0,4,0,1 chr13 101757281 . G GAAAGTAGAAACAACGACTC . . DP=17;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=112,50;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.181:14:10,2:2,0:8,4,1,1 chr13 101795520 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=99,100;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.189:19:9,3:6,0:8,8,1,2 chr13 101881860 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=23,33;MFRL=127,132;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.297:8:3,1:3,1:5,1,0,2 chr13 101890040 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr13 101944752 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=9.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,4:0,0:0,0,1,3 chr13 101944783 . A ACCACCCCATGTGTGAGGCAGGG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=23,25;MFRL=149,100;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:101944783_A_ACCACCCCATGTGTGAGGCAGGG:101944783:0,2,0,1 chr13 101944785 . A G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=21,29;MFRL=149,100;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:101944783_A_ACCACCCCATGTGTGAGGCAGGG:101944783:0,2,0,1 chr13 102366742 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=125,142;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=11.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.428:12:4,3:3,2:6,1,3,2 chr13 102368056 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=28.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,5:0,4:0,0,1,8 chr13 102527725 . T TCTCTCTCTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr13 103257297 . AT A . . DP=34;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=135,136;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=T;STR;TLOD=14.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,9:0.436:21:8,4:4,4:0,12,0,9 chr13 103271206 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=104,138;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.443:7:2,1:2,2:0,4,0,3 chr13 103279483 . C T . . DP=21;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=121,59;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.197:18:9,1:6,2:8,7,2,1 chr13 103290574 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=139,118;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=15.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.778:7:1,4:0,2:0,1,3,3 chr13 103292810 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=199,132;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=7.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,1:0,2:0,1,0,3 chr13 103295551 . CTTCT C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=63,125;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=TTCT;STR;TLOD=48.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,12:0.815:14:0,7:0,5:2,0,9,3 chr13 103296819 . C CAT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.763:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr13 103299517 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=13.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0,0,4,0 chr13 103301537 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=14.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,1,4 chr13 103315948 . G C . . 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DP=9;ECNT=2;MBQ=28,32;MFRL=136,121;MMQ=60,60;MPOS=5;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.637:9:2,0:1,6:3,0,3,3 chr13 103339425 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=136,108;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:0,0:3,2:0,3,1,1 chr13 103383417 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,33;MFRL=155,721;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.333:10:3,2:4,1:2,5,2,1 chr13 103385690 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=111,110;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:1,1,1,1 chr13 103387744 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=162,129;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:2,2:7,0:5,4,0,2 chr13 103388220 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,192;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,3:0,0:0,0,1,2 chr13 103391248 . G A . . DP=20;ECNT=2;MBQ=34,20;MFRL=143,113;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.142:19:10,2:6,0:0|1:103391248_G_A:103391248:10,7,1,1 chr13 103391257 . G A . . DP=20;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=141,113;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,2:0.136:20:12,2:6,0:0|1:103391248_G_A:103391248:10,8,1,1 chr13 103392084 . T TATGG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,24;MFRL=121,130;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr13 103392089 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr13 103392909 . TACTG T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=272,269;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:2,0,0,2 chr13 103397895 . A G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=71,131;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=11.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.375:14:4,5:5,0:0,9,5,0 chr13 103399158 . G T . . DP=20;ECNT=1;MBQ=31,22;MFRL=129,94;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.189:19:11,3:5,0:8,8,3,0 chr13 103399259 . A C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=25,30;MFRL=151,97;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:4,0:2,2:0|1:103399259_A_C:103399259:3,3,0,2 chr13 103399265 . T A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=25,27;MFRL=151,97;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:4,0:4,1:0|1:103399259_A_C:103399259:4,4,0,2 chr13 103400083 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=777,136;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,7:0.729:9:2,4:0,3:1,1,4,3 chr13 103410914 . A T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=125,113;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=29.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,11:0.737:15:2,3:0,8:3,1,3,8 chr13 103418728 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=23,31;MFRL=171,161;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=15.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.670:7:0,3:2,2:1,1,3,2 chr13 103418974 . T TCCCTGGAC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,77;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 103420671 . T TA . . DP=14;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=134,154;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=7,8;RU=A;STR;TLOD=7.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,3:0.265:13:4,2:6,1:0|1:103420671_T_TA:103420671:2,8,2,1 chr13 103420680 . C A . . DP=14;ECNT=2;MBQ=29,28;MFRL=135,154;MMQ=60,60;MPOS=7;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,3:0.249:14:4,1:5,1:0|1:103420671_T_TA:103420671:2,9,2,1 chr13 103445609 . G GT . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=25.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,5:0,2:0,0,7,0 chr13 103446173 . A ATACTCAAAAGAGCAGAGC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=100,62;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:1,2,1,1 chr13 103460103 . G GAGCGGGATGGATTT . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.646:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 103468958 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr13 103474031 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=22.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,1:0,7:0,0,8,0 chr13 103474572 . C T . . DP=4;ECNT=8;MBQ=22,27;MFRL=147,81;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:0,0:0|1:103474572_C_T:103474572:0,3,0,1 chr13 103474573 . A G . . DP=4;ECNT=8;MBQ=25,28;MFRL=147,121;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:3,1:0.334:4:2,1:0,0:1|0:103474572_C_T:103474572:0,3,0,1 chr13 103474574 . C G . . DP=5;ECNT=8;MBQ=27,32;MFRL=134,81;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:0,0:0|1:103474572_C_T:103474572:0,4,0,1 chr13 103474575 . A G . . DP=5;ECNT=8;MBQ=21,26;MFRL=147,121;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:3,1:0.329:4:3,1:0,0:1|0:103474572_C_T:103474572:0,3,0,1 chr13 103474577 . G T . . DP=5;ECNT=8;MBQ=15,29;MFRL=134,81;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:1,0:0|1:103474572_C_T:103474572:0,4,0,1 chr13 103474579 . T G . . DP=4;ECNT=8;MBQ=29,30;MFRL=147,81;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:103474572_C_T:103474572:0,3,0,1 chr13 103474581 . T A . . DP=3;ECNT=8;MBQ=28,24;MFRL=96,81;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:103474572_C_T:103474572:0,2,0,1 chr13 103474583 . G GCCTGC . . DP=4;ECNT=8;MBQ=34,30;MFRL=96,81;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.395:3:1,1:1,0:0|1:103474572_C_T:103474572:0,2,0,1 chr13 103484060 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=24.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,6:0,2:0,0,5,3 chr13 103484107 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,29;MFRL=155,123;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=8.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,2:0,1:0,1,0,3 chr13 103491876 . A G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=29,33;MFRL=140,182;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=21.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.534:13:2,5:4,2:6,0,7,0 chr13 103506362 . AT A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=T;STR;TLOD=6.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.775:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr13 103514091 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=22.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,4:0,4:0,0,0,8 chr13 103514708 . GTGTGCTGGGGATGA G . . DP=29;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=106,87;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,2:0.150:18:3,2:9,0:12,4,1,1 chr13 103518769 . T C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=41.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.939:14:0,9:0,5:0,0,5,9 chr13 103524762 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=163,131;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=10.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.357:12:3,1:5,3:0,8,0,4 chr13 103527849 . G C . . 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DP=4;ECNT=5;MBQ=26,16;MFRL=164,212;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:0,0:0|1:107220083_T_G:107220083:3,0,1,0 chr13 107220092 . C G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,16;MFRL=162,212;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,0:0|1:107220083_T_G:107220083:2,0,1,0 chr13 107220096 . AA CC . . DP=3;ECNT=5;MBQ=28,11;MFRL=162,212;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,0:0|1:107220083_T_G:107220083:2,0,1,0 chr13 107220102 . A G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=22,16;MFRL=162,212;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,0:0|1:107220083_T_G:107220083:2,0,1,0 chr13 107823227 . A ACAGAACGGGCATTGCCCTAAGT . . 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T G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,12;MFRL=144,104;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,0:0,4,0,1 chr13 109707897 . C A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,25;MFRL=122,92;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:109707897_C_A:109707897:0,2,0,1 chr13 109707899 . AT TC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,28;MFRL=122,92;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:109707897_C_A:109707897:0,2,0,1 chr13 109707902 . TG CT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,31;MFRL=122,92;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:109707897_C_A:109707897:0,2,0,1 chr13 109753310 . C CTTT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=32,31;MFRL=201,143;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:109753310_C_CTTT:109753310:0,2,0,1 chr13 109753311 . C CTT . . 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DP=2;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=204,135;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:110845312_C_T:110845312:0,1,0,1 chr13 110845340 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=34,23;MFRL=204,135;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:110845340_G_A:110845340:0,1,0,1 chr13 110845343 . A G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=29,33;MFRL=204,135;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:110845340_G_A:110845340:0,1,0,1 chr13 110850770 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr13 110851021 . T C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=20,24;MFRL=125,118;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.353:5:2,1:1,1:0|1:110851021_T_C:110851021:1,2,0,2 chr13 110851031 . C A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,24;MFRL=113,135;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:110851021_T_C:110851021:0,2,0,1 chr13 110851036 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=21,32;MFRL=135,113;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr13 110859316 . GAA G,GA . . DP=11;ECNT=1;MBQ=9,31,16;MFRL=152,151,120;MMQ=60,60,60;MPOS=12,25;POPAF=7.30,7.30;RPA=12,10,11;RU=A;STR;TLOD=4.06,3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,2,3:0.276,0.487:6:0,1,1:0,1,0:0,1,0,5 chr13 110859690 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr13 110861620 . T TAAAG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,24;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.683:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr13 110861647 . T TAC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0|1:110861647_T_TAC:110861647:0,0,1,0 chr13 110861651 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0|1:110861647_T_TAC:110861647:0,0,1,0 chr13 110861670 . GT AC . . DP=7;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=28.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,3:0,3:0,0,7,0 chr13 110861785 . C G . . DP=22;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=64.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,19:0.955:19:0,12:0,7:0,0,7,12 chr13 110862268 . A C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=20.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,0:0,8:0,0,5,3 chr13 110862303 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=25.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,1:0,7:0,0,4,4 chr13 110865029 . A AAT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=26,25;MFRL=149,107;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.496:2:0,1:1,0:0|1:110865029_A_AAT:110865029:0,1,0,1 chr13 110865031 . C CCCTG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,30;MFRL=149,107;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:110865029_A_AAT:110865029:0,1,0,1 chr13 110865034 . C CT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,29;MFRL=149,107;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:110865029_A_AAT:110865029:0,1,0,1 chr13 110865037 . G T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=28,25;MFRL=148,107;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:110865029_A_AAT:110865029:0,2,0,1 chr13 110894956 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,24;MFRL=128,79;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:1,1,2,0 chr13 111077197 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,2,3 chr13 111077400 . AT A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=T;STR;TLOD=6.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.798:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr13 111091134 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=123,145;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:111091134_C_T:111091134:0,1,0,1 chr13 111091136 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,23;MFRL=123,145;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:111091134_C_T:111091134:0,1,0,1 chr13 111091137 . T TACAC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,24;MFRL=123,145;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:111091134_C_T:111091134:0,1,0,1 chr13 111092271 . ATTGTCTCC A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=156,71;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.331:4:0,1:1,0:0,3,0,1 chr13 111098110 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:111098110_C_T:111098110:0,0,1,0 chr13 111098120 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,13;MFRL=134,123;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:111098110_C_T:111098110:1,0,1,0 chr13 111098331 . A ATTCCCCCTGCAAACACTTG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,25;MFRL=147,113;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0,4,0,1 chr13 111098338 . A T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=10.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.831:4:0,2:0,1:0,0,0,4 chr13 111099122 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr13 111099306 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,34;MFRL=132,165;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:111099306_A_C:111099306:0,1,0,1 chr13 111099307 . AG A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,24;MFRL=165,132;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1|0:111099306_A_C:111099306:0,1,0,1 chr13 111099309 . C T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=34,25;MFRL=165,132;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1|0:111099306_A_C:111099306:0,1,0,1 chr13 111099310 . AACC A . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=32,23;MFRL=140,78;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.499:8:1,2:3,2:2,2,2,2 chr13 113032962 . G C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=161,135;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=9.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,0:0,3:1,0,2,1 chr13 113052466 . CA C . . DP=7;ECNT=5;MBQ=25,20;MFRL=138,53;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=6.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.373:6:2,0:2,2:0|1:113052466_CA_C:113052466:2,2,1,1 chr13 113052469 . GC G . . DP=6;ECNT=5;MBQ=31,20;MFRL=138,53;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0|1:113052466_CA_C:113052466:2,2,1,1 chr13 113052471 . A T . . DP=6;ECNT=5;MBQ=26,20;MFRL=138,53;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:2,2:0|1:113052466_CA_C:113052466:2,2,1,1 chr13 113052473 . A ATTT . . DP=6;ECNT=5;MBQ=27,20;MFRL=138,53;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:2,2:0|1:113052466_CA_C:113052466:2,2,1,1 chr13 113052477 . CT C . . DP=5;ECNT=5;MBQ=30,20;MFRL=145,53;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=T;STR;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:0|1:113052466_CA_C:113052466:1,2,1,1 chr13 113158568 . G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,181;MMQ=60,44;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:113158568_G_A:113158568:0,0,0,1 chr13 113158572 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,181;MMQ=51,44;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:113158568_G_A:113158568:0,1,0,1 chr13 113158574 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,27;MFRL=0,181;MMQ=51,44;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:113158568_G_A:113158568:0,1,0,1 chr13 113158861 . CATATAT C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=175,152;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=8,5;RU=AT;STR;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.498:4:1,2:0,0:2,0,2,0 chr13 113170683 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,23;MFRL=138,163;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.425:5:2,1:0,0:3,0,2,0 chr13 113170951 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr13 113200242 . C CCAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=35,29;MFRL=109,195;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr13 113223642 . G GT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=128,201;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=T;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:113223642_G_GT:113223642:0,1,0,1 chr13 113223646 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=22,23;MFRL=128,201;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:113223642_G_GT:113223642:0,1,0,1 chr13 113344842 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr13 113439586 . G T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=16.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.879:6:0,1:0,4:0,0,2,4 chr13 113481288 . AT A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,24;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:113481288_AT_A:113481288:0,0,0,1 chr13 113481291 . C CAA . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:113481288_AT_A:113481288:0,0,0,1 chr13 113481294 . G A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,23;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:113481288_AT_A:113481288:0,0,0,1 chr13 113481295 . CGT C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,29;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:113481288_AT_A:113481288:0,0,0,1 chr13 113481298 . G A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,24;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:113481288_AT_A:113481288:0,0,0,1 chr13 113490534 . G A . . DP=7;ECNT=3;MBQ=26,22;MFRL=123,109;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:4,2:0,0:1,3,0,2 chr13 113490552 . AAAATCT A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=24,25;MFRL=167,132;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:113490552_AAAATCT_A:113490552:0,3,0,1 chr13 113490559 . GCTACAGGTAAAATTTCT G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=167,132;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:113490552_AAAATCT_A:113490552:0,3,0,1 chr13 113505398 . AGAATATGAAGGCAT A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=23,20;MFRL=129,48;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.301:8:4,2:2,0:2,4,1,1 chr13 113508537 . A AT . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,30;MFRL=127,99;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=T;STR;TLOD=10.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.664:7:2,5:0,0:2,0,4,1 chr13 113512644 . G GCGACTAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=142,133;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr13 113514818 . T TG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,28;MFRL=214,176;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:113514818_T_TG:113514818:0,2,0,1 chr13 113514820 . A ACCCACCTTCACTCACCTGTGCCTACCT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,24;MFRL=214,176;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:113514818_T_TG:113514818:0,2,0,1 chr13 113534940 . A ATCTGCAAGCCAGTGAGAGAGGCCTTGAAATG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=128,64;MMQ=55,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=12.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.663:5:1,3:1,0:1,1,2,1 chr13 113536221 . CCGCCTGGTACAG C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=88,57;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.299:8:2,2:0,0:4,2,1,1 chr13 113688286 . TC T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=23,23;MFRL=95,89;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=C;STR;TLOD=5.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.275:9:4,1:1,1:3,4,2,0 chr13 113699668 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=166,165;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:4,1:0,1:2,2,0,2 chr13 113701040 . T TCACCC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,29;MFRL=149,92;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:113701040_T_TCACCC:113701040:0,1,0,1 chr13 113701042 . T TGACA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,28;MFRL=149,92;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:113701040_T_TCACCC:113701040:0,1,0,1 chr13 113701045 . C CAT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,30;MFRL=149,92;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:113701040_T_TCACCC:113701040:0,1,0,1 chr13 113708697 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=124,137;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=23.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,8:0.752:10:1,4:1,4:1,1,2,6 chr13 113736751 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=130,70;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.332:10:2,1:5,2:4,3,2,1 chr13 113736882 . A G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=23,32;MFRL=183,90;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:113736882_A_G:113736882:0,2,0,1 chr13 113736884 . G C,A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=0,32,25;MFRL=0,90,183;MMQ=60,60,60;MPOS=19,4;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.55,5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,2:0.333,0.500:3:0,0,1:0,1,1:0,0,0,3 chr13 113736888 . CCGTG C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=23,33;MFRL=183,90;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:113736882_A_G:113736882:0,2,0,1 chr13 113736893 . ATCTCTTGCAGCTAATGGTGCTGGCTTCAGGGGGCTGGAATGGGGGTGGAGGCCAGG A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=177,90;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:113736882_A_G:113736882:0,1,0,1 chr13 113736948 . G GTGAAGACAGTAAGTTAGCGGTGA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 113740602 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,87;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=10.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,4:0,0:0,0,2,2 chr13 113742138 . C CATAAAAGGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,32;MFRL=197,117;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr13 113742595 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,86;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr13 113742805 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=13.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,1,3 chr13 113744525 . A AG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:113744525_A_AG:113744525:0,0,0,1 chr13 113744527 . G GGCGCTGAGCTGACGTATCCCTC . . 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DP=10;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=176,143;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=11.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,4:0.557:7:1,1:2,3:0|1:113792893_C_A:113792893:0,3,0,4 chr13 113792902 . C CTAAAAACTCTTTTACA . . DP=6;ECNT=2;MBQ=33,33;MFRL=176,116;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.317:4:1,0:2,1:0|1:113792893_C_A:113792893:0,3,0,1 chr13 113794961 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:113794961_G_A:113794961:0,0,0,1 chr13 113794965 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:113794961_G_A:113794961:0,0,0,1 chr13 113801737 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,21;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=9;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,2,3 chr13 113801843 . A G . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 113845347 . T G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=29,33;MFRL=117,145;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:113845347_T_G:113845347:0,4,0,1 chr13 113845371 . A G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=26,29;MFRL=161,145;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:113845347_T_G:113845347:0,4,0,1 chr13 113845374 . A T . . DP=5;ECNT=4;MBQ=27,31;MFRL=161,145;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:1,1:0|1:113845347_T_G:113845347:0,4,0,1 chr13 113845376 . AC GG . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,32;MFRL=161,145;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:113845347_T_G:113845347:0,2,0,1 chr13 113852425 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=11.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,2:0,2:0,0,3,1 chr13 113854715 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=16.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,6,0 chr13 113882409 . C CTACATGCATGT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,33;MFRL=99,88;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0,3,0,1 chr13 113888201 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=24,23;MFRL=145,101;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=32.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,12:0.867:13:1,6:0,6:1,0,6,6 chr13 113889474 . C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=50.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.948:17:0,9:0,8:0,0,5,12 chr13 113899613 . TG CA . . DP=14;ECNT=1;MBQ=28,34;MFRL=118,110;MMQ=60,57;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.199:13:9,0:2,2:0,11,0,2 chr13 113909482 . G T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,30;MFRL=140,140;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:113909482_G_T:113909482:0,1,0,1 chr13 113909484 . GAA G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=140,140;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:113909482_G_T:113909482:0,1,0,1 chr13 113909490 . T TCC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,26;MFRL=140,140;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:113909482_G_T:113909482:0,1,0,1 chr13 113909491 . TTG T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,31;MFRL=140,140;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:113909482_G_T:113909482:0,1,0,1 chr13 113917767 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=20.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.892:7:0,4:0,1:0,0,7,0 chr13 113975814 . G C . . DP=14;ECNT=2;MBQ=30,19;MFRL=111,181;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:6,0:3,1:0|1:113975814_G_C:113975814:2,10,2,0 chr13 113975820 . G C . . DP=15;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=112,181;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:6,0:5,2:0|1:113975814_G_C:113975814:3,10,2,0 chr13 113976078 . G GCACTGTTTTGTATTCTGTTTATGTTTATTTCAC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=185,114;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.486:3:1,1:0,0:0,2,0,1 chr13 113978961 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,23;MFRL=145,149;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:113978961_G_A:113978961:0,1,0,1 chr13 113978962 . C CAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,29;MFRL=145,149;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=A;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:113978961_G_A:113978961:0,1,0,1 chr13 113980328 . G A . . 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DP=12;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=106,119;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:4,0:5,2:5,5,0,2 chr13 114098878 . GGTA G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=33,29;MFRL=177,156;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.330:4:0,1:3,0:0|1:114098878_GGTA_G:114098878:1,2,0,1 chr13 114098882 . CAG C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=33,28;MFRL=177,156;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:114098878_GGTA_G:114098878:1,2,0,1 chr13 114098885 . A C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,30;MFRL=177,156;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:114098878_GGTA_G:114098878:1,2,0,1 chr13 114112485 . AG A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=24,23;MFRL=159,87;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.394:3:1,1:1,0:0|1:114112485_AG_A:114112485:0,2,0,1 chr13 114112491 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=159,87;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:114112485_AG_A:114112485:0,2,0,1 chr13 114149891 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,22;MFRL=83,124;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=14.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.636:9:2,3:1,3:1,2,3,3 chr13 114150358 . A G . . DP=6;ECNT=6;MBQ=28,30;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=9.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,1:1,2:2,1,0,3 chr13 114150366 . A AGCCC . . DP=5;ECNT=6;MBQ=27,27;MFRL=144,166;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.327:4:1,0:1,1:0|1:114150366_A_AGCCC:114150366:1,2,0,1 chr13 114150368 . A G . . DP=4;ECNT=6;MBQ=27,32;MFRL=147,166;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.393:3:1,0:1,1:0|1:114150366_A_AGCCC:114150366:0,2,0,1 chr13 114150372 . G GTT . . DP=3;ECNT=6;MBQ=31,32;MFRL=147,166;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:114150366_A_AGCCC:114150366:0,2,0,1 chr13 114150375 . G GATTGC . . DP=3;ECNT=6;MBQ=32,30;MFRL=147,166;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:114150366_A_AGCCC:114150366:0,2,0,1 chr13 114150406 . T TATGTGAGGAAGGA . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,26;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 114154192 . CATTCTTCTGTTTAGCGTTCATTCTCCAAAAATTGAAAGCATTTAATGGATTTTAATTGCATAATATTATT C . . DP=25;ECNT=3;MBQ=32,32;MFRL=145,54;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:23,2:0.111:25:4,2:2,0:18,5,1,1 chr13 114154208 . G A . . DP=13;ECNT=3;MBQ=26,30;MFRL=145,162;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=21.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.670:10:2,5:1,2:3,0,7,0 chr13 114154280 . G A . . DP=23;ECNT=3;MBQ=30,29;MFRL=121,54;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,2:0.120:23:8,2:13,0:12,9,1,1 chr13 114157952 . G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=155,182;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=17.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.636:9:2,5:1,1:0,3,1,5 chr13 114164526 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=97,128;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=14.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.672:7:2,4:0,1:1,1,3,2 chr13 114188291 . A G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=126,153;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=16.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.754:6:1,3:0,2:1,0,5,0 chr13 114188348 . T G . . DP=30;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=106,104;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=7.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,4:0.161:29:12,4:13,0:19,6,4,0 chr13 114201576 . T A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=100,137;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:4,2:6,0:8,2,2,0 chr13 114201742 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr13 114202592 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=105,74;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=9.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.555:7:2,3:1,1:3,0,2,2 chr13 114240067 . CT C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=158,149;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;RPA=16,15;RU=T;STR;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.285:5:2,0:0,1:4,0,1,0 chr13 114287661 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=135,147;MMQ=37,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.333:10:5,2:2,1:1,6,2,1 chr13 114288971 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=24.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,6:0,2:0,0,2,6 chr13 114292137 . G A . . DP=21;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=115,108;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,4:0.217:21:9,4:8,0:8,9,4,0 chr13 114312427 . G A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,18;MFRL=87,49;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,1:1,0:0|1:114312427_G_A:114312427:2,1,1,1 chr13 114312430 . A T . . DP=5;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=87,49;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:0|1:114312427_G_A:114312427:2,1,1,1 chr13 114312432 . ACGTCTTC A . . DP=6;ECNT=4;MBQ=25,20;MFRL=105,49;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,2:1,0:0|1:114312427_G_A:114312427:3,1,1,1 chr13 114312440 . T A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=28,20;MFRL=123,49;MMQ=60,60;MPOS=-3;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:3,2:0,0:0|1:114312427_G_A:114312427:3,0,1,1 chr13 114471900 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=24,24;MFRL=59,116;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:2,1:2,4:2,2,4,1 chr13 114503915 . CA TG . . DP=12;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=138,130;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=19.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.509:10:1,0:3,4:1,4,1,4 chr13 114514918 . T A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr13 114748709 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=10.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0,0,3,1 chr13 114751359 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr13 114758063 . CGCTGT C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,80;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:114758063_CGCTGT_C:114758063:0,0,0,1 chr13 114758071 . A G . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr13 114780816 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=20,23;MFRL=87,173;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.287:5:3,1:0,0:2,2,0,1 chr13 114780850 . C CA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=34,30;MFRL=178,70;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:0,1:1,0:0|1:114780850_C_CA:114780850:0,1,0,1 chr13 114780852 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,21;MFRL=178,70;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:114780850_C_CA:114780850:0,1,0,1 chr13 114781579 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr13 114783504 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=13.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,4:0,0:0,0,4,0 chr13 114784464 . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=31,19;MFRL=109,111;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:20847303_C_CCGGAATGTCGTTTTCCTG:20847303:0,1,0,1 chr14 20847327 . T TGTCACAGCAGTCTGCCTTCACTGGGA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr14 20852256 . GCAGCATCAGCCGTTGCA G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=34,28;MFRL=140,99;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:0,0:0|1:20852256_GCAGCATCAGCCGTTGCA_G:20852256:3,1,0,1 chr14 20852267 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=34,28;MFRL=171,131;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,3:0.671:4:1,2:0,1:1|0:20852256_GCAGCATCAGCCGTTGCA_G:20852256:1,0,2,1 chr14 20852908 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=123,98;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,0:2,2:1,1,1,1 chr14 20853366 . C CT . . 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DP=1;ECNT=6;MBQ=0,33;MFRL=0,144;MMQ=60,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:20864961_T_C:20864961:0,0,0,1 chr14 20864986 . A G . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,33;MFRL=0,144;MMQ=60,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:20864961_T_C:20864961:0,0,0,1 chr14 20872832 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=143,45;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:5,0:7,2:8,4,1,1 chr14 20873734 . A AGCCTCCCAAAGT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,26;MFRL=91,123;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.327:4:1,1:2,0:0|1:20873734_A_AGCCTCCCAAAGT:20873734:1,2,0,1 chr14 20873737 . A T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=22,25;MFRL=91,123;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:20873734_A_AGCCTCCCAAAGT:20873734:1,2,0,1 chr14 20897512 . AATCGCAGCTGCGTGGG A . . DP=15;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=136,59;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.188:14:2,2:4,0:0|1:20897512_AATCGCAGCTGCGTGGG_A:20897512:6,6,1,1 chr14 20897530 . A C . . DP=14;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=136,59;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:4,2:8,0:0|1:20897512_AATCGCAGCTGCGTGGG_A:20897512:6,6,1,1 chr14 20897535 . A C . . DP=16;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=136,59;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.188:14:4,2:7,0:0|1:20897512_AATCGCAGCTGCGTGGG_A:20897512:6,6,1,1 chr14 20917411 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=104,146;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.178:15:3,2:9,0:4,9,1,1 chr14 20927683 . CC TT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=170,0;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:3,0,1,0 chr14 20940680 . T TA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:20940680_T_TA:20940680:0,0,0,1 chr14 20940681 . G GTGT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:20940680_T_TA:20940680:0,0,0,1 chr14 20940683 . A AGACAGAAGCC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:20940680_T_TA:20940680:0,0,0,1 chr14 21108786 . T TTC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,142;MMQ=60,51;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=TC;STR;TLOD=17.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,5,0 chr14 21109859 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=17.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,2,4 chr14 21161692 . T A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr14 21215692 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr14 21215728 . G C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=25.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,6:0,2:0,0,2,6 chr14 21215866 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=106,86;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.221:16:3,1:10,2:7,6,2,1 chr14 21216559 . A ACTGTTCCCTGTAATTCG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=148,106;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr14 21216583 . G GTGTTTTAGATCTCCTATCA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,31;MFRL=185,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr14 21238798 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=112,150;MMQ=60,60;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:4,2:2,0:4,2,0,2 chr14 21239017 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=134,131;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=8.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.333:13:4,2:5,2:1,8,1,3 chr14 21270099 . T A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=60,62;MMQ=60,57;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:2,0:2,2:2,2,1,1 chr14 21270111 . C CTATTATTTGTTATTTTCTTAGTTTCCTACTTCAG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=125,62;MMQ=60,57;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:1,2,1,1 chr14 21458131 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,77;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=14.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,4,1 chr14 21463430 . G T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=33.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,4:0,7:0,0,3,8 chr14 21464519 . G GT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=30,30;MFRL=125,116;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=T;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:21464519_G_GT:21464519:0,3,0,1 chr14 21464523 . G GA . . DP=4;ECNT=5;MBQ=28,32;MFRL=125,116;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:21464519_G_GT:21464519:0,3,0,1 chr14 21464524 . G GTGAAAGTGTAAC . . DP=4;ECNT=5;MBQ=30,31;MFRL=125,116;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:21464519_G_GT:21464519:0,3,0,1 chr14 21464527 . G T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,26;MFRL=141,116;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:21464519_G_GT:21464519:0,2,0,1 chr14 21464529 . G GACTTAC . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,31;MFRL=141,116;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:21464519_G_GT:21464519:0,2,0,1 chr14 21467966 . T TATCAGGACAGGGTTGAGG . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=126,57;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.295:8:4,2:2,0:4,2,1,1 chr14 21469151 . T C . . DP=20;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=109,112;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=51.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,17:0.902:18:0,6:1,10:1,0,6,11 chr14 21469320 . C G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,18;MFRL=64,126;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,0:0|1:21469320_C_G:21469320:0,2,1,0 chr14 21469322 . C A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=64,126;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,0:1,1:0|1:21469320_C_G:21469320:0,2,1,0 chr14 21488046 . G C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=23.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.897:7:0,1:0,6:0,0,4,3 chr14 21490094 . T TTCAAAAAGGCCC . . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=26,23;MFRL=115,82;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:21490702_G_A:21490702:1,1,0,1 chr14 21490711 . G T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=26,25;MFRL=115,82;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:21490702_G_A:21490702:1,1,0,1 chr14 21490722 . A ACCCAGAGAC . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,24;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr14 21491149 . GT CA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,32;MFRL=132,85;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:21491149_GT_CA:21491149:0,3,0,1 chr14 21491150 . T A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,24;MFRL=145,132;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:0|1:21491150_T_A:21491150:0,2,0,1 chr14 21491152 . A ACAGAACCTGG . . 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DP=7;ECNT=2;MBQ=31,23;MFRL=151,109;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,2:0,0:4,1,1,1 chr14 21556963 . A AT . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=98,136;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=T;STR;TLOD=20.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.534:13:4,2:1,5:4,2,7,0 chr14 21557109 . G A . . DP=7;ECNT=4;MBQ=31,29;MFRL=137,100;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:2,1:2,1:0,4,1,1 chr14 21557121 . G GAAGAA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,31;MFRL=137,187;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:21557121_G_GAAGAA:21557121:1,3,0,1 chr14 21557123 . C CGCCTG . . DP=5;ECNT=4;MBQ=34,25;MFRL=137,187;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:21557121_G_GAAGAA:21557121:1,3,0,1 chr14 21557125 . G A . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=26,29;MFRL=116,123;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:21793246_T_TATGTGTCTGTTTTTATACTAG:21793246:0,1,0,1 chr14 21793248 . C CA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,34;MFRL=116,123;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:21793246_T_TATGTGTCTGTTTTTATACTAG:21793246:0,1,0,1 chr14 21798582 . C T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=31,32;MFRL=150,190;MMQ=60,55;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:0,3,0,2 chr14 21798598 . T C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,27;MFRL=206,119;MMQ=60,50;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:21798598_T_C:21798598:0,3,0,1 chr14 21798603 . A G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=27,32;MFRL=206,119;MMQ=60,50;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:21798598_T_C:21798598:0,3,0,1 chr14 21798608 . AC TG . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=158,182;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:2,2,2,0 chr14 21960408 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=164,152;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=9.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,1:1,2:1,0,2,1 chr14 21963370 . CTCT C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,17;MFRL=117,85;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=TCT;STR;TLOD=3.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:3,1:3,0:8,1,1,1 chr14 21967133 . C A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=124,131;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=10.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:4,3:0,1:2,2,4,0 chr14 21971569 . A AGCAAGAAAGTG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=24,27;MFRL=103,193;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:4,1:0|1:21971569_A_AGCAAGAAAGTG:21971569:1,3,0,1 chr14 21971572 . A AGCGGC . . 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T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=22,34;MFRL=137785,164;MMQ=60,60;MPOS=26;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.605:3:1,1:0,1:1,0,1,1 chr14 22133533 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=167,179;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:3,1,0,1 chr14 22134245 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=23,32;MFRL=111,108;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=11.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:2,2:3,2:3,2,0,4 chr14 23058084 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=27.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.914:9:0,5:0,4:0,0,2,7 chr14 23079730 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=16.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,1:0,5:0,0,4,2 chr14 23235697 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=106,146;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,1:1,1:3,0,1,1 chr14 23239175 . G A . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=17.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,0,5 chr14 23342619 . T C . . DP=18;ECNT=2;MBQ=27,30;MFRL=129,778;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:6,2:9,0:0|1:23342619_T_C:23342619:9,7,0,2 chr14 23342623 . C CCTTTCCA . . DP=20;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=117,160;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:17,2:0.141:19:6,2:6,0:1|0:23342619_T_C:23342619:10,7,0,2 chr14 23345252 . TG T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=129,63;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,2:1,0:0|1:23345252_TG_T:23345252:1,1,1,1 chr14 23345254 . CTGGCACCTCTGGTGCCACAGCCTGCTA C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=35,27;MFRL=129,63;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0|1:23345252_TG_T:23345252:0,1,1,1 chr14 23352464 . TGCACAC T . . DP=14;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=GCACAC;STR;TLOD=45.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.929:11:0,6:0,5:0,0,7,4 chr14 23352492 . C T . . DP=17;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=131,106;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=17.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,9:0.581:15:4,4:2,4:3,3,5,4 chr14 23354492 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=110,138;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.283:12:5,3:3,0:7,2,3,0 chr14 23355292 . C T . . DP=24;ECNT=4;MBQ=28,20;MFRL=121,64;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:19,2:0.128:21:7,0:11,2:0|1:23355292_C_T:23355292:8,11,1,1 chr14 23355299 . T TCCCCCTCC . . DP=24;ECNT=4;MBQ=28,20;MFRL=121,64;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:22,2:0.115:24:9,0:11,2:0|1:23355292_C_T:23355292:8,14,1,1 chr14 23355301 . A ACCTCCTGACCTCCCCT . . 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DP=16;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=118,106;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.245:14:6,3:5,0:5,6,1,2 chr14 23634671 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=34,21;MFRL=137,69;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:2,0:2,2:0,4,0,2 chr14 23709675 . C T . . DP=8;ECNT=3;MBQ=33,27;MFRL=130,116;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.276:5:3,0:1,1:0|1:23709675_C_T:23709675:1,3,0,1 chr14 23709677 . GA G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=33,30;MFRL=130,116;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.282:5:3,0:1,1:0|1:23709675_C_T:23709675:1,3,0,1 chr14 23709680 . T G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=28,28;MFRL=130,116;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.282:5:3,0:1,1:0|1:23709675_C_T:23709675:1,3,0,1 chr14 23727883 . A ACAAGATATGAAAGAACAACAT . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=214,159;MMQ=60,40;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:23733275_C_T:23733275:3,0,1,0 chr14 23733283 . TG CA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,33;MFRL=214,159;MMQ=60,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:23733275_C_T:23733275:3,0,1,0 chr14 23733725 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=34,25;MFRL=129,126;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.666:4:1,1:0,2:1,0,3,0 chr14 23744800 . ACAT A . . DP=28;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=108,128;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=8,7;RU=CAT;STR;TLOD=4.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.236:13:3,0:6,3:3,7,0,3 chr14 23744826 . TTCC T . . DP=15;ECNT=2;MBQ=23,28;MFRL=123,117;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=TCC;STR;TLOD=3.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.361:9:1,0:5,3:1,5,0,3 chr14 23745248 . G A . . DP=24;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=109,107;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,4:0.190:24:12,0:8,4:12,8,2,2 chr14 23746067 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=120,55;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:3,1:2,1:4,1,2,0 chr14 23746429 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,269;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:23746429_G_T:23746429:0,0,0,1 chr14 23746432 . C CCTG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,269;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:23746429_G_T:23746429:0,0,0,1 chr14 23755266 . G T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr14 23777374 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=26;PON;POPAF=7.30;TLOD=34.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.928:12:0,6:0,6:0,0,5,7 chr14 23815782 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr14 23817222 . G GAAAGAGA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=122,113;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.335:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr14 23817672 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=25,23;MFRL=112,109;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.361:12:1,4:6,0:3,5,4,0 chr14 23817835 . G T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,15;MFRL=170,202;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0,1,1,0 chr14 23817845 . C CTGCTT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,32;MFRL=171,170;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:23817845_C_CTGCTT:23817845:1,1,0,1 chr14 23817847 . C A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=25,26;MFRL=171,170;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:23817845_C_CTGCTT:23817845:1,1,0,1 chr14 23817849 . A AGGATGCAAACCCT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=27,26;MFRL=171,170;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:23817845_C_CTGCTT:23817845:1,1,0,1 chr14 23817852 . C G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=29,27;MFRL=171,170;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:23817845_C_CTGCTT:23817845:1,1,0,1 chr14 23826546 . A T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=0,848;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:0,2:3,0:1,2,0,2 chr14 23826819 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=117,130;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=10.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,3:0.400:8:3,0:1,3:0|1:23826819_C_T:23826819:4,1,1,2 chr14 23826822 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=32,26;MFRL=117,130;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,3:0.400:8:4,0:1,3:0|1:23826819_C_T:23826819:4,1,1,2 chr14 23828250 . TC T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=C;STR;TLOD=6.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr14 23828893 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=144,130;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=10.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.558:7:0,1:3,3:2,1,3,1 chr14 23829476 . C CAAGTTAGAAATCTACAGGAAGGAACT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=174,127;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0,2,0,1 chr14 23834174 . TGGA T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=25,22;MFRL=111,120;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=27.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,8:0.529:15:3,4:4,3:5,2,6,2 chr14 23855320 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=128,111;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=13.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.583:10:1,3:3,3:0,4,2,4 chr14 23855426 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=164,127;MMQ=60,45;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr14 23856896 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=21,20;MFRL=77,106;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=14.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.751:6:1,1:0,3:0,1,4,1 chr14 23857351 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=24,27;MFRL=146,111;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:2,0,1,1 chr14 23861863 . TGCAGGAGAAGGG T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,28;MFRL=154,120;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:2,0:0|1:23861863_TGCAGGAGAAGGG_T:23861863:1,2,0,1 chr14 23861876 . TGGGGGTGGGGGAGTGACAGGTAG T . . 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DP=4;ECNT=4;MBQ=25,27;MFRL=150,15352;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0|1:23863559_G_GTTCATATGAGCCCCTCCTGCA:23863559:0,2,0,2 chr14 23863567 . A G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=21,26;MFRL=150,15352;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:0,0:0|1:23863559_G_GTTCATATGAGCCCCTCCTGCA:23863559:0,2,0,2 chr14 23865885 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=33,24;MFRL=153,101;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=21.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,9:0.767:11:1,3:1,5:2,0,6,3 chr14 23866713 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=154,129;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:2,0,2,0 chr14 23868065 . T G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=109,0;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:5,1:2,1:2,5,0,2 chr14 23868285 . G A . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:23940289_A_AG:23940289:0,0,0,1 chr14 23940294 . T G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:23940289_A_AG:23940289:0,0,0,1 chr14 23945366 . A G . . DP=12;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=38.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,7:0,4:0,0,1,10 chr14 23945393 . G A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=117,86;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0,5,0,2 chr14 23945528 . CTTA C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=123,56;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.298:8:5,0:1,2:0|1:23945528_CTTA_C:23945528:2,4,1,1 chr14 23945532 . A ACTG . . 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DP=3;ECNT=3;MBQ=33,29;MFRL=151,161;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:24590269_GCCCT_G:24590269:0,2,0,1 chr14 24590274 . C CAA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=35,30;MFRL=167,161;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:24590269_GCCCT_G:24590269:0,1,0,1 chr14 24605529 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=177,145;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr14 24606530 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,22;MFRL=80,190;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:24606530_G_A:24606530:1,1,0,1 chr14 24606532 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=80,190;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:24606530_G_A:24606530:1,1,0,1 chr14 24606573 . C CTGGCCTTGAAA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,33;MFRL=75,159;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:2,0,0,1 chr14 24614210 . T G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=24,27;MFRL=138,90;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=10.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,3:0.333:10:4,3:3,0:0|1:24614210_T_G:24614210:6,1,3,0 chr14 24614217 . C G . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=139,90;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=10.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,3:0.364:9:3,3:3,0:0|1:24614210_T_G:24614210:5,1,3,0 chr14 24615734 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=113,81;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:3,0:7,2:6,4,1,1 chr14 24617238 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=134,87;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.583:10:2,2:2,4:2,2,3,3 chr14 24617270 . G A . . DP=15;ECNT=2;MBQ=25,27;MFRL=128,49;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.249:14:3,3:8,0:5,6,3,0 chr14 24617584 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=132,114;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:4,2:6,0:3,7,1,1 chr14 24617860 . C T . . DP=33;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=110,96;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:28,2:0.093:30:17,0:9,2:18,10,0,2 chr14 24620134 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=105,75;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,1:2,1:0,3,1,1 chr14 24620759 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=151,138;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,1:2,1:0,3,1,1 chr14 24624741 . C G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=134,129;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=19.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.585:10:3,6:1,0:1,3,1,5 chr14 24626629 . T TGCTACCACTTTACTC . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=127,57;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.329:7:3,0:2,2:3,2,1,1 chr14 24631404 . G A . . DP=25;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=107,114;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=20.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,9:0.387:24:4,3:10,6:6,9,6,3 chr14 24633104 . T G . . DP=59;ECNT=1;MBQ=24,12;MFRL=99,97;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:34,15:0.251:49:15,0:8,1:21,13,0,15 chr14 24644935 . CTT C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=19,20;MFRL=207,152;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=13,11;RU=T;STR;TLOD=6.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.601:3:0,2:0,0:0,1,0,2 chr14 24646406 . G GGAA . . DP=10;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=81,155;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=GAA;STR;TLOD=38.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,9:0.833:10:1,4:0,5:0,1,2,7 chr14 24646473 . C CA . . DP=7;ECNT=2;MBQ=32,34;MFRL=66,173;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=16.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:1,4:1,1:2,0,3,2 chr14 24646865 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=114,129;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=14.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,6:0.500:12:0,4:6,2:5,1,4,2 chr14 24649835 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=139,122;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=18.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.533:13:1,5:5,2:2,4,0,7 chr14 24650801 . G T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=178,74;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:24650801_G_T:24650801:2,2,0,1 chr14 24650803 . A ATAGCCCCC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,24;MFRL=178,74;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:24650801_G_T:24650801:2,2,0,1 chr14 24653185 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=184,66;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,0:1,2:0,3,1,1 chr14 24653570 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,24;MFRL=135,44;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.332:7:2,0:3,2:3,2,0,2 chr14 24654115 . G T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=92,134;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=12.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,6:0.350:18:4,4:8,2:6,6,5,1 chr14 24655434 . C T . . DP=27;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=110,135;MMQ=60,59;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=7.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:23,4:0.173:27:16,0:6,4:14,9,0,4 chr14 24657934 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,27;MFRL=169,133;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.606:3:0,0:1,2:0,1,0,2 chr14 24658948 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=94,199;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.178:15:3,1:9,1:8,5,1,1 chr14 24661286 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=132,143;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,1:3,1:3,1,2,0 chr14 24661616 . C CAAG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,34;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:24661616_C_CAAG:24661616:0,0,0,1 chr14 24661619 . T TGCACGTA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:24661616_C_CAAG:24661616:0,0,0,1 chr14 24661622 . C CTATTGT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:24661616_C_CAAG:24661616:0,0,0,1 chr14 24677306 . TCC T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,27;MFRL=136,137;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.330:4:3,0:0,1:0|1:24677306_TCC_T:24677306:0,3,0,1 chr14 24677309 . A T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=24,26;MFRL=136,137;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:24677306_TCC_T:24677306:0,3,0,1 chr14 24686480 . TTTG T . . DP=23;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=143,145;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=TTG;STR;TLOD=22.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.691:10:2,4:1,3:0,3,0,7 chr14 24687557 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=34,21;MFRL=160,99;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=18.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,9:0.480:19:4,0:5,9:5,5,5,4 chr14 24706173 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,26;MFRL=145,698;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:24706173_T_A:24706173:1,0,1,0 chr14 24706177 . T TGCAGGATGGAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,24;MFRL=145,698;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:24706173_T_A:24706173:1,0,1,0 chr14 24710122 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=169,714;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:4,2:2,0:1,5,1,1 chr14 24710610 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=162,154;MMQ=60,40;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:4,1:0|1:24710610_C_T:24710610:0,4,0,1 chr14 24710616 . ACT A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=162,154;MMQ=60,40;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:3,1:0|1:24710610_C_T:24710610:0,4,0,1 chr14 24718515 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,21;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.744:2:0,0:0,1:0,0,2,0 chr14 24724077 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,19;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.744:2:0,0:0,1:0,0,1,1 chr14 24724118 . T TC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,26;MFRL=156,103;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,1,0 chr14 24727823 . C T . . DP=35;ECNT=4;MBQ=23,23;MFRL=93,81;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:28,4:0.142:32:16,3:11,1:14,14,3,1 chr14 24727950 . A ATGT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=28,25;MFRL=117,147;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:24727950_A_ATGT:24727950:1,1,0,1 chr14 24727952 . G GCA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,31;MFRL=117,147;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:24727950_A_ATGT:24727950:1,1,0,1 chr14 24727954 . G GAGTTGAAGCAA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=117,147;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:24727950_A_ATGT:24727950:1,1,0,1 chr14 24729873 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=105,92;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:0,2,1,1 chr14 24729985 . C CTCAGAGTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=124,96;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr14 24731505 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=100,162;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.364:9:4,2:2,1:2,4,1,2 chr14 24735624 . A G . . DP=10;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=112,47;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.362:9:0,0:6,3:4,2,2,1 chr14 24735688 . C T . . DP=9;ECNT=3;MBQ=32,29;MFRL=114,160;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:3,1:3,1:3,3,1,1 chr14 24735724 . C CCAGTGAGATCAACACAGAAGTCAGGTTG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=33,30;MFRL=141,97;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:1,2,0,1 chr14 24736022 . CGGAGGCGATTGTGTGACAAGTCAAGATGGGTGACCAAGAGCAGCTGTTCCAGATGGCAGAGCACTGTCAGATCCTGGGGGGTGAAG C,TGGAGGCGATTGTGTGACAAGTCAAGATGGGTGACCAAGAGCAGCTGTTCCAGATGGCAGAGCACTGTCAGATCCTGGGGGGTGAAG . . DP=33;ECNT=6;MBQ=25,26,20;MFRL=96,141,123;MMQ=60,57,60;MPOS=28,11;POPAF=7.30,7.30;TLOD=5.07,4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:12,2,3:0.086,0.207:17:7,1,3:5,0,0:7,5,2,3 chr14 24736027 . G A . . DP=16;ECNT=6;MBQ=30,22;MFRL=119,51;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,4:0.292:15:6,4:5,0:7,4,2,2 chr14 24736099 . G A . . DP=15;ECNT=6;MBQ=30,25;MFRL=94,0;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.265:13:5,3:5,0:3,7,0,3 chr14 24736116 . G A . . DP=11;ECNT=6;MBQ=30,25;MFRL=95,141;MMQ=60,57;MPOS=-1073741808;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:5,2:4,0:0|1:24736116_G_A:24736116:3,6,0,2 chr14 24736119 . G A . . DP=11;ECNT=6;MBQ=25,25;MFRL=95,141;MMQ=60,57;MPOS=-1073741809;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:5,2:3,0:0|1:24736116_G_A:24736116:3,6,0,2 chr14 24736157 . G A . . DP=2;ECNT=6;MBQ=0,26;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr14 24737653 . GTGCACCCTTGAGAGGA G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=33,33;MFRL=122,127;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=10.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.364:9:1,2:2,1:2,4,3,0 chr14 24739366 . G T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=165,98;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:1,3:1,0:0,2,1,2 chr14 24739401 . C CTGCAA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,30;MFRL=121,140;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.395:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr14 24760781 . A G . . DP=15;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=85,40;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.177:15:4,2:9,0:0|1:24760781_A_G:24760781:7,6,1,1 chr14 24760782 . C CCCAGCTA . . 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DP=14;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=160,126;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=29.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,11:0.750:14:2,8:1,3:3,0,10,1 chr14 24977501 . A T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=22,29;MFRL=166,0;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=5.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:2,2:0,0:0,2,0,2 chr14 25076746 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=126,161;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:5,2:3,0:6,2,2,0 chr14 25078914 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr14 25100247 . T C . . DP=14;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=105,113;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=14.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.437:14:3,2:5,4:5,3,3,3 chr14 25100282 . A G . . DP=22;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=98,159;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=16.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,7:0.347:21:4,4:10,3:7,7,1,6 chr14 25101414 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,29;MFRL=177,181;MMQ=60,42;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:25101414_C_T:25101414:2,0,0,1 chr14 25101416 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,25;MFRL=177,181;MMQ=60,42;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:25101414_C_T:25101414:2,0,0,1 chr14 25101422 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,34;MFRL=177,181;MMQ=60,42;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:25101414_C_T:25101414:2,0,0,1 chr14 25101705 . GGGT G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=148,148;MMQ=47,27;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:4,1:0,0:0,4,0,1 chr14 25101706 . G T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=28,28;MFRL=148,142;MMQ=47,44;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0,2,0,2 chr14 25101753 . G GGC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,29;MFRL=213,200;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr14 25102027 . TGTGTTCACAGGAGCCCAGGGAGCTCCTTGGGAAGAAGGCAGGGGTCTCTGTGGA T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=25,32;MFRL=141,167;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.310:5:1,0:1,1:2,2,0,1 chr14 25102116 . C CCTAGCTTTT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=167,141;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:1,2,0,1 chr14 25103414 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=176,149;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,1:1,2:0,3,2,1 chr14 25325204 . C CCCCT . . DP=15;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=117,56;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.186:14:6,0:4,2:0|1:25325204_C_CCCCT:25325204:6,6,1,1 chr14 25325205 . A AAACTTT . . DP=15;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=117,56;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.186:14:8,0:4,2:0|1:25325204_C_CCCCT:25325204:6,6,1,1 chr14 25325259 . C T . . DP=8;ECNT=3;MBQ=29,32;MFRL=124,162;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,0:3,2:3,3,0,2 chr14 29238428 . CCTTTT C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=159,141;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=11.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,3:1,0:1,2,1,2 chr14 29238967 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=29,30;MFRL=162,141;MMQ=60,52;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=10.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,3:0.362:9:2,0:4,3:0|1:29238967_C_T:29238967:4,2,0,3 chr14 29238973 . T TG . . DP=10;ECNT=2;MBQ=24,29;MFRL=164,141;MMQ=60,52;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=10.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,3:0.363:9:1,0:4,3:0|1:29238967_C_T:29238967:5,1,0,3 chr14 29261307 . A AC . . DP=17;ECNT=2;MBQ=27,24;MFRL=105,117;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=14.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,5:0.333:16:4,3:7,2:6,5,0,5 chr14 29261309 . A AAAC,AAC . . DP=19;ECNT=2;MBQ=26,28,24;MFRL=110,105,118;MMQ=60,60,60;MPOS=18,11;PON;POPAF=7.30,7.30;TLOD=14.08,6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,9,6:0.546,0.353:16:0,4,2:1,5,2:1,0,6,9 chr14 30046511 . T C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=143,125;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=25.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,9:0.589:15:2,4:4,5:3,3,6,3 chr14 30098349 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=21.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,1,5 chr14 30100321 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:30100321_C_T:30100321:0,0,0,1 chr14 30100322 . A AG . . 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DP=17;ECNT=2;MBQ=27,33;MFRL=118,90;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=9.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,3:0.211:17:7,0:6,3:0|1:30105519_G_C:30105519:10,4,0,3 chr14 30105523 . T C . . DP=19;ECNT=2;MBQ=25,30;MFRL=120,90;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=9.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,3:0.201:18:6,0:6,3:0|1:30105519_G_C:30105519:10,5,0,3 chr14 30132948 . G GGTCTGTTCATCA . . DP=13;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=100,43;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.212:12:5,0:5,2:5,5,1,1 chr14 31050215 . A T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=125,102;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.360:9:5,3:1,0:5,1,3,0 chr14 31050454 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,193;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr14 31081679 . G T . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=137,135;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=10.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:2,0:0,4:2,0,3,1 chr14 31549745 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=15.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,0:0,6:0,0,3,3 chr14 31570198 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=125,150;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:3,1:4,1:5,2,2,0 chr14 31582380 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=191,120;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.753:6:1,4:0,1:0,1,1,4 chr14 31589071 . T TTCCTCCCTTTCTC . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=99,47;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.297:8:1,2:5,0:0|1:31589071_T_TTCCTCCCTTTCTC:31589071:1,5,1,1 chr14 31589075 . A T . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=33,24;MFRL=161,130;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,1:0,1:2,0,2,0 chr14 32034147 . A T . . DP=21;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=57.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,20:0.955:20:0,10:0,10:0,0,14,6 chr14 32142544 . A AT,ATT . . DP=21;ECNT=1;MBQ=14,22,23;MFRL=136,115,112;MMQ=60,60,60;MPOS=15,14;POPAF=7.30,7.30;RPA=12,13,14;RU=T;STR;TLOD=6.00,6.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,8,4:0.590,0.314:13:0,1,0:0,6,3:0,1,6,6 chr14 32296018 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr14 32563345 . C T . . DP=24;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=108,127;MMQ=60,35;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=13.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,6:0.269:24:8,2:10,4:6,12,0,6 chr14 32563640 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=30.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,7:0,2:0,0,0,9 chr14 32624117 . A ATAAATGAATGAGT . . DP=7;ECNT=6;MBQ=25,20;MFRL=142,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:4,2:1,0:2,3,1,1 chr14 32624124 . A AT . . DP=5;ECNT=6;MBQ=26,24;MFRL=148,162;MMQ=56,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=T;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:32624124_A_AT:32624124:1,3,0,1 chr14 32624128 . C T . . DP=5;ECNT=6;MBQ=32,25;MFRL=148,162;MMQ=56,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:32624124_A_AT:32624124:1,3,0,1 chr14 32624131 . AC CT . . DP=5;ECNT=6;MBQ=26,29;MFRL=148,162;MMQ=56,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:32624124_A_AT:32624124:1,3,0,1 chr14 32624177 . C CA . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,31;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:32624177_C_CA:32624177:0,0,0,1 chr14 32624179 . G GTCTA . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,30;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:32624177_C_CA:32624177:0,0,0,1 chr14 33005026 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=158,97;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr14 33046471 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=169,137;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=16.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:0,2:1,3:0,1,3,2 chr14 33165182 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=101,113;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=19.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,8:0.557:14:2,4:4,3:6,0,4,4 chr14 33242863 . T C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=10.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,2,2 chr14 33242963 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=0,91;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr14 33292304 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=114,77;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,0:1,2:2,1,1,1 chr14 33292594 . AATAATGGAAATGGTAAGAAT A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,24;MFRL=91,154;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.334:4:1,0:2,1:1,2,0,1 chr14 33293885 . A C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,32;MFRL=145,88;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:33293885_A_C:33293885:2,1,0,1 chr14 33293889 . G GATCGC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,33;MFRL=143,88;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:3,1:0|1:33293885_A_C:33293885:3,1,0,1 chr14 33293891 . CCG C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=30,28;MFRL=143,88;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:4,1:0|1:33293885_A_C:33293885:3,1,0,1 chr14 33293997 . AG CC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,33;MFRL=138,88;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:33293997_AG_CC:33293997:0,2,0,1 chr14 33294000 . A ACTCCAACCTCACTGCTGTTTC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=138,88;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:33293997_AG_CC:33293997:0,2,0,1 chr14 33684720 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=101,2009;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:5,0:2,2:4,3,2,0 chr14 34243477 . T A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=9.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr14 34243761 . C CTTGG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,22;MFRL=98,162;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:34243761_C_CTTGG:34243761:0,1,0,1 chr14 34243762 . C CAGAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=98,162;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:34243761_C_CTTGG:34243761:0,1,0,1 chr14 34263189 . A ACACC . . DP=8;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=134,44;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:1,0:4,2:0|1:34263189_A_ACACC:34263189:0,6,1,1 chr14 34263191 . A G . . DP=8;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=134,44;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:1,0:5,2:0|1:34263189_A_ACACC:34263189:0,6,1,1 chr14 34263196 . T A . . DP=8;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=134,44;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:1,0:5,2:0|1:34263189_A_ACACC:34263189:0,6,1,1 chr14 34270254 . C CTAGA . . DP=6;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=139,37;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:0|1:34270254_C_CTAGA:34270254:0,4,1,1 chr14 34270255 . C T . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=24,35;MFRL=140,190;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr14 37203642 . TA T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr14 37344229 . A AG . . DP=13;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=47.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,6:0,6:0,0,3,9 chr14 37344275 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=10.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr14 37717206 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=156,106;MMQ=60,54;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,0:3,2:0,6,0,2 chr14 37736409 . GG AA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=33,24;MFRL=0,185;MMQ=57,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,0,1 chr14 37969392 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,33;MFRL=125,175;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:37969392_A_C:37969392:0,1,0,1 chr14 37969398 . C CCACATA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,29;MFRL=125,175;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:37969392_A_C:37969392:0,1,0,1 chr14 38016044 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr14 38680131 . C CCCTGACACCTACCCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=23,32;MFRL=109,122;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr14 38681087 . G C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=210,54;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:0|1:38681087_G_C:38681087:2,1,1,1 chr14 38681089 . C CTGAGTTCCATTTCTTTTTTCTT . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=106,0;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:1,1,1,0 chr14 50745123 . A ATTACTT . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=21.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,3:0,1:0,0,5,0 chr14 50750577 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=19.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,5,1 chr14 50789578 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,234;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=7.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr14 50792273 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=187,146;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=21.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,7:0.800:8:1,4:0,3:1,0,5,2 chr14 50802670 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=29,33;MFRL=144,143;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:4,1:2,1:6,0,2,0 chr14 50802727 . A C . . 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DP=12;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=123,138;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:7,2:3,0:4,6,0,2 chr14 51259550 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=145,53;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=8.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.357:12:4,4:4,0:4,4,0,4 chr14 51289872 . TGG T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,27;MFRL=108,163;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=7.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.467:7:2,1:2,2:3,1,2,1 chr14 51347107 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=8.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr14 51348281 . C CTT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=17,19;RU=T;STR;TLOD=4.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.780:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr14 51352351 . T G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=116,139;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=6.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.267:13:7,3:3,0:6,4,3,0 chr14 51353493 . T C . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=16.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,1,4 chr14 55309692 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=130,157;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:4,1:3,1:1,6,1,1 chr14 55429902 . AGGGGG A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=14,9;RU=G;STR;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.711:1:0,0:0,1:0|1:55429902_AGGGGG_A:55429902:0,0,0,1 chr14 55429914 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:55429902_AGGGGG_A:55429902:0,0,0,1 chr14 55467406 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,36757248;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr14 55473900 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=214,152;MMQ=60,50;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.624:3:1,0:0,2:1,0,2,0 chr14 55480233 . A AGTCCTG . . DP=17;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=111,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.174:15:3,0:10,2:6,7,1,1 chr14 55493408 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=30.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.916:10:0,4:0,5:0,0,9,1 chr14 55493574 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=155,97;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=5.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.499:6:1,2:2,1:0,3,1,2 chr14 55511312 . C T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=121,96;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.232:15:7,3:5,0:6,6,2,1 chr14 55513278 . TC T . . DP=35;ECNT=1;MBQ=27,23;MFRL=126,243;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:33,2:0.081:35:20,0:13,2:16,17,2,0 chr14 55514678 . AG A . . 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A AT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:56763375_A_AT:56763375:0,0,0,1 chr14 56763380 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:56763375_A_AT:56763375:0,0,0,1 chr14 56763687 . TATGTAGAC T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=24,18;MFRL=107,57;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.299:8:0,1:3,0:1,5,1,1 chr14 57070501 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=24,32;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=25.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,8:0.710:11:1,5:1,3:2,1,8,0 chr14 57072338 . C T . . DP=23;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=94,103;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=44.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,17:0.721:23:5,9:1,8:2,4,4,13 chr14 57075920 . G T . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=25,34;MFRL=128,149;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=9.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:1,3:1,0:2,0,3,0 chr14 59965705 . A C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=10.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr14 60076783 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr14 60574422 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=128,61;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:3,2:3,0:3,3,0,2 chr14 60576153 . T A . . DP=32;ECNT=2;MBQ=28,23;MFRL=112,75;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,5:0.190:29:17,0:7,5:15,9,1,4 chr14 60576241 . G C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,167;MMQ=60,55;MPOS=6;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,0,3 chr14 60576781 . TGTAAAACATGAGAAAGCATATTCTGAAGAGAACACCAAAAGTGTGGGGCTGGACTGTCCCTCA T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=126,48;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=7.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.387:6:1,2:1,0:2,2,1,1 chr14 60581859 . G A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=133,145;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:5,2:3,0:0|1:60581859_G_A:60581859:5,3,1,1 chr14 60581863 . G A . . DP=13;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=34.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,12:0.930:12:0,9:0,3:0|1:60581859_G_A:60581859:0,0,6,6 chr14 60588044 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=102,0;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:4,2:2,0:1,5,0,2 chr14 60712709 . T G . . DP=44;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=105,82;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:39,3:0.090:42:27,3:11,0:22,17,3,0 chr14 60921673 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=11.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,3,0 chr14 60928201 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=24.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.915:9:0,4:0,5:0,0,5,4 chr14 60935281 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=12.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr14 60936326 . G A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=126,76;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=8.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,4:0.260:17:4,4:9,0:9,4,3,1 chr14 60944959 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=35.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,7:0,4:0,0,4,7 chr14 60945203 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr14 60978010 . A AGATAC . . DP=5;ECNT=5;MBQ=23,25;MFRL=101,116;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:60978010_A_AGATAC:60978010:1,3,0,1 chr14 60978014 . C T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=23,25;MFRL=101,116;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:60978010_A_AGATAC:60978010:1,3,0,1 chr14 60978036 . G A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,25;MFRL=137,118;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:60978036_G_A:60978036:0,2,0,1 chr14 60978039 . A AGGAG . . DP=3;ECNT=5;MBQ=26,25;MFRL=137,118;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:60978036_G_A:60978036:0,2,0,1 chr14 60978040 . A AAGGATTCCCTATTTAATAAATGGT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=25,25;MFRL=154,83;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr14 61180657 . T G . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=32.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,6:0,3:0,0,8,1 chr14 61451589 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr14 61486420 . T A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:61486420_T_A:61486420:0,0,0,1 chr14 61486425 . TG T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:61486420_T_A:61486420:0,0,0,1 chr14 61497147 . A T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=25.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,8:0,1:0,0,6,3 chr14 61497285 . T C . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=147,114;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=11.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.718:5:1,3:0,1:1,0,3,1 chr14 61857969 . A G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=37.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,9:0,3:0,0,6,6 chr14 61924114 . TGC T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=131,138;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GC;STR;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr14 61952124 . G C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=17.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0|1:61952124_G_C:61952124:0,0,4,0 chr14 61952133 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=17.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0|1:61952124_G_C:61952124:0,0,4,0 chr14 61952425 . C CTTT . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=28,26;MFRL=150,136;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.399:3:2,1:0,0:0|1:62016597_GA_G:62016597:0,2,0,1 chr14 62187381 . G GGCTTTGGTGGCC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=173,209;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:62187381_G_GGCTTTGGTGGCC:62187381:0,1,0,1 chr14 62187382 . A ATTGCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,24;MFRL=173,209;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:62187381_G_GGCTTTGGTGGCC:62187381:0,1,0,1 chr14 62187389 . A T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=23,24;MFRL=173,209;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:62187381_G_GGCTTTGGTGGCC:62187381:0,1,0,1 chr14 62204764 . TC AA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,23;MFRL=120,156;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.296:5:1,0:0,1:3,1,1,0 chr14 62208005 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr14 62211578 . CGT C,CGTGTGT . . DP=35;ECNT=3;MBQ=0,26,17;MFRL=0,201,125;MMQ=60,60,60;MPOS=28,29;POPAF=7.30,7.30;RPA=17,16,19;RU=GT;STR;TLOD=6.11,5.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,2,2:0.364,0.502:4:0,2,1:0,0,0:0,0,0,4 chr14 62211615 . C G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=30,29;MFRL=146,247;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:0,0:0|1:62211615_C_G:62211615:0,4,0,1 chr14 62211617 . AC GG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=24,27;MFRL=162,247;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:62211615_C_G:62211615:0,2,0,1 chr14 62213848 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=36.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,6:0,4:0,0,0,10 chr14 62233806 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,33;MFRL=191,163;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=20.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.778:7:0,4:1,2:0,1,2,4 chr14 62249075 . ATTGAAACC A . . DP=16;ECNT=2;MBQ=27,25;MFRL=133,65;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.167:16:2,2:6,0:4,10,2,0 chr14 62249139 . G A . . DP=11;ECNT=2;MBQ=26,27;MFRL=158,65;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=9.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.462:9:2,4:2,0:2,3,2,2 chr14 62463122 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=127,83;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:0,2,1,1 chr14 62542164 . CCA C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=17,30;MFRL=60,127;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:0,0:0|1:62542164_CCA_C:62542164:1,1,0,1 chr14 62542168 . TC T . . 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DP=4;ECNT=4;MBQ=27,27;MFRL=150,150;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:64489668_T_C:64489668:0,3,0,1 chr14 64489678 . AA GG . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,31;MFRL=158,150;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:64489668_T_C:64489668:0,2,0,1 chr14 64489679 . A G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:0,2:0.764:2:0,1:0,1:1|0:64489668_T_C:64489668:0,0,0,2 chr14 64489681 . TCA GGG . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,29;MFRL=158,150;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:64489668_T_C:64489668:0,2,0,1 chr14 64491695 . T C . . DP=19;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=50.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.949:17:0,7:0,10:0,0,8,9 chr14 64496872 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr14 64498037 . G A . . DP=21;ECNT=6;MBQ=0,24;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=59.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,21:0.956:21:0,11:0,10:0,0,6,15 chr14 64498107 . T A . . DP=4;ECNT=6;MBQ=30,26;MFRL=103,132;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:1,1:2,0:0|1:64498107_T_A:64498107:0,3,0,1 chr14 64498108 . G GAAAGGGAC . . DP=4;ECNT=6;MBQ=33,32;MFRL=103,132;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:0,1:2,0:0|1:64498107_T_A:64498107:0,3,0,1 chr14 64498111 . T A . . DP=3;ECNT=6;MBQ=30,23;MFRL=78,132;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:64498107_T_A:64498107:0,2,0,1 chr14 64498113 . T A . . DP=3;ECNT=6;MBQ=29,23;MFRL=78,132;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:64498107_T_A:64498107:0,2,0,1 chr14 64498149 . C T . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,29;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr14 64514953 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,34;MFRL=142,229;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr14 64516406 . A G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=116,112;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=9.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,4:0.297:15:6,4:4,0:3,8,4,0 chr14 64518425 . C T . . DP=16;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=137,63;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.174:15:9,0:4,2:0|1:64518425_C_T:64518425:9,4,1,1 chr14 64518443 . A ACGGGCAGGGAACCAAAG . . DP=17;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=106,63;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:9,0:4,2:0|1:64518425_C_T:64518425:8,7,1,1 chr14 64519862 . G A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=132,85;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.198:18:2,0:12,3:4,11,1,2 chr14 64520416 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=26.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.914:9:0,6:0,3:0,0,0,9 chr14 64540948 . TG T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,212;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=G;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:64540948_TG_T:64540948:0,0,0,1 chr14 64540954 . A ACTG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,212;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:64540948_TG_T:64540948:0,0,0,1 chr14 64542872 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=11.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr14 64591700 . G A . . DP=17;ECNT=4;MBQ=26,28;MFRL=124,140;MMQ=60,51;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.178:16:5,0:7,2:13,1,2,0 chr14 64591708 . A G . . DP=16;ECNT=4;MBQ=29,27;MFRL=138,112;MMQ=60,40;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=11.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,5:0.364:16:2,4:7,1:10,1,4,1 chr14 64591721 . G A . . DP=17;ECNT=4;MBQ=25,28;MFRL=119,56;MMQ=60,46;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.166:16:6,2:8,0:12,2,1,1 chr14 64591726 . T A . . DP=23;ECNT=4;MBQ=24,28;MFRL=114,56;MMQ=60,46;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,2:0.135:20:7,2:10,0:13,5,1,1 chr14 64591944 . A ACTCGACACACCC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=24,26;MFRL=108,183;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.325:4:2,0:1,1:0,3,0,1 chr14 64591968 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr14 64596533 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=85,100;MMQ=60,59;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=13.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,6:0.411:15:5,6:4,0:5,4,4,2 chr14 64600982 . T TATATGGTGGGTG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=164,167;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.501:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr14 64630365 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr14 64633984 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=138,116;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=22.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,10:0.644:15:1,2:4,7:3,2,7,3 chr14 64644255 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=146,128;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:64644255_C_T:64644255:0,2,0,1 chr14 64644263 . T TTGGAGGTTGTAGTGA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,30;MFRL=146,128;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:64644255_C_T:64644255:0,2,0,1 chr14 64676098 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=14.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,5,0 chr14 64682139 . C CCTG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr14 64685212 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=10.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.819:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr14 64686207 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr14 64688175 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=10.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr14 64691320 . A G . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr14 64716345 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=116,155;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:11,0:1,2:6,6,1,1 chr14 64724129 . G GC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=34,31;MFRL=152,151;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:64724129_G_GC:64724129:0,2,0,1 chr14 64724133 . C CTGAGAAG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=34,32;MFRL=152,151;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:64724129_G_GC:64724129:0,2,0,1 chr14 64724135 . T TGGGATTACAG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=152,151;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:64724129_G_GC:64724129:0,2,0,1 chr14 64727258 . C T . . 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DP=16;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=43,114;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=25.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,10:0.689:14:2,8:2,2:1,3,5,5 chr14 64990600 . T G . . DP=41;ECNT=1;MBQ=23,34;MFRL=108,135;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:36,2:0.074:38:20,1:16,1:20,16,2,0 chr14 64990700 . G GT,GTT . . DP=32;ECNT=1;MBQ=31,33,20;MFRL=130,177,70;MMQ=60,60,60;MPOS=4,17;POPAF=7.30,7.30;RPA=13,14,15;RU=T;STR;TLOD=4.01,7.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:10,4,7:0.204,0.332:21:4,1,2:4,2,3:5,5,4,7 chr14 65008793 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=131,81;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.425:5:1,0:2,2:1,2,1,1 chr14 65009534 . C CT . . DP=10;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=174,164;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=9,10;RU=T;STR;TLOD=14.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.760:6:0,2:1,3:1,0,4,1 chr14 65009569 . G A . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,173;MMQ=60,37;MPOS=31;POPAF=7.30;RPA=13,8;RU=T;STR;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.687:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr14 65031534 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=148,145;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:2,1:2,1:2,2,1,1 chr14 65032226 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=15.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,2,3 chr14 65041389 . A AATTATTTTTGGGTTGTTTTGTG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=23,24;MFRL=175,92;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.487:3:2,0:0,1:0|1:65041389_A_AATTATTTTTGGGTTGTTTTGTG:65041389:0,2,0,1 chr14 65041390 . C CTCTTCT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=175,92;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.487:3:1,0:0,1:0|1:65041389_A_AATTATTTTTGGGTTGTTTTGTG:65041389:0,2,0,1 chr14 65194636 . G A . . 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DP=15;ECNT=1;MBQ=32,26,26;MFRL=119,130,6136359;MMQ=60,60,60;MPOS=21,18;POPAF=7.30,7.30;TLOD=19.15,3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:5,8,2:0.500,0.167:15:3,6,1:2,2,1:3,2,8,2 chr14 65208956 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=68,92;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,2:2,0:2,0,1,1 chr14 65209049 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr14 65209167 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=35,28;MFRL=144,110;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:65209167_G_A:65209167:1,0,0,1 chr14 65209168 . G GACCTTGTTCTTGACGCGCTCGCT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=16,34;MFRL=144,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:65209167_G_A:65209167:1,0,0,1 chr14 65216081 . G GAAA . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=31,25;MFRL=164,0;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:65246040_G_A:65246040:0,1,0,1 chr14 65246043 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,25;MFRL=164,0;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:65246040_G_A:65246040:0,1,0,1 chr14 65246623 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=132,82;MMQ=60,60;MPOS=27;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.329:10:2,0:5,3:4,3,2,1 chr14 65250939 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=17.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,4:0,2:0,0,3,3 chr14 65251157 . TG CT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:65251157_TG_CT:65251157:0,0,0,1 chr14 65251162 . G GCC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:65251157_TG_CT:65251157:0,0,0,1 chr14 65253293 . GCCTTGGATCACTTTCTCCCCAGACTCCTTAACACGCTGGTAGCTGTCTTGGTGCCCGTCAATCTCAT G . . DP=14;ECNT=3;MBQ=20,32;MFRL=134,120;MMQ=60,54;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.198:13:1,0:2,2:8,3,1,1 chr14 65253295 . CTT C . . DP=7;ECNT=3;MBQ=32,28;MFRL=169,120;MMQ=60,54;MPOS=-41;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,5:0.630:7:1,0:0,5:0|1:65253295_CTT_C:65253295:2,0,3,2 chr14 65253298 . GGATCACTTTCTCCCCAGACTCCTTAACACGCTGGTAGCTGTCTTGGTGCCCGTCAATCTCATCCT G . . DP=14;ECNT=3;MBQ=35,28;MFRL=148,120;MMQ=60,54;MPOS=-41;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,5:0.322:14:1,0:0,5:0|1:65253295_CTT_C:65253295:7,2,3,2 chr14 65253860 . G GC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:65253860_G_GC:65253860:0,0,0,1 chr14 65253862 . T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:65253860_G_GC:65253860:0,0,0,1 chr14 65263466 . C CCCT . . DP=3;ECNT=6;MBQ=34,33;MFRL=209,127;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:0,0:1,1:0|1:65263466_C_CCCT:65263466:0,1,0,1 chr14 65263467 . A C . . DP=3;ECNT=6;MBQ=28,33;MFRL=209,127;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:0,0:1,1:0|1:65263466_C_CCCT:65263466:0,1,0,1 chr14 65263469 . A T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=29,31;MFRL=209,127;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:65263466_C_CCCT:65263466:0,1,0,1 chr14 65263471 . GA G . . DP=2;ECNT=6;MBQ=28,33;MFRL=209,127;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.515:2:0,0:1,1:0|1:65263466_C_CCCT:65263466:0,1,0,1 chr14 65263483 . A AGTGGGGC . . DP=2;ECNT=6;MBQ=28,27;MFRL=209,127;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:65263483_A_AGTGGGGC:65263483:0,1,0,1 chr14 65263484 . CTT C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=35,34;MFRL=209,127;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=T;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:65263483_A_AGTGGGGC:65263483:0,1,0,1 chr14 65267469 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=24,27;MFRL=116,123;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=20.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.574:12:4,4:1,3:2,3,4,3 chr14 65271634 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.763:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr14 65406653 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:65406653_G_T:65406653:0,0,0,1 chr14 65406655 . GTCATTCTTTTT G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:65406653_G_T:65406653:0,0,0,1 chr14 65415487 . A C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,34;MFRL=103,123;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:65415487_A_C:65415487:1,2,0,1 chr14 65415489 . G C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,27;MFRL=103,123;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:0,1:0|1:65415487_A_C:65415487:1,2,0,1 chr14 65415493 . G C,GT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,25,33;MFRL=103,123,99;MMQ=60,60,60;MPOS=18,5;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.37,3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,1,1:0.286,0.286:4:2,0,0:0,1,1:1,1,0,2 chr14 65415494 . G GTGGAGGGAAAATGTGGGCTT . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=23,29;MFRL=176,157;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:65473084_C_T:65473084:0,2,0,1 chr14 65473091 . C CTTCCCCGTGAGGACACTGCAGG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:65473084_C_T:65473084:0,0,0,1 chr14 65494545 . C CAAGGTTTTTGAAAGAGAGAGACAGAGAAGCAAGAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,34;MFRL=122,83;MMQ=60,48;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr14 65520081 . C CA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=20,28;MFRL=116,149;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:65520081_C_CA:65520081:1,1,0,1 chr14 65520082 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=18,33;MFRL=116,149;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:65520081_C_CA:65520081:1,1,0,1 chr14 65543092 . T G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=24,23;MFRL=124,179;MMQ=60,59;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.460:4:0,1:1,0:2,0,2,0 chr14 65568304 . GA G . . DP=27;ECNT=1;MBQ=18,32;MFRL=134,138;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=A;STR;TLOD=6.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,4:0.233:20:4,2:1,2:2,14,1,3 chr14 66082744 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=141,96;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.186:14:6,2:6,0:8,4,1,1 chr14 66954929 . G A . . DP=6;ECNT=6;MBQ=25,20;MFRL=84,86;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.499:6:1,0:2,3:2,1,1,2 chr14 66954975 . G GC . . DP=2;ECNT=6;MBQ=30,33;MFRL=163,84;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:66954975_G_GC:66954975:1,0,0,1 chr14 66954976 . T TGG . . DP=2;ECNT=6;MBQ=25,31;MFRL=163,84;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:66954975_G_GC:66954975:1,0,0,1 chr14 66954979 . G GTGAGT . . DP=2;ECNT=6;MBQ=19,32;MFRL=163,84;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:66954975_G_GC:66954975:1,0,0,1 chr14 66954981 . A AAGACAGC . . DP=2;ECNT=6;MBQ=29,26;MFRL=163,84;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:66954975_G_GC:66954975:1,0,0,1 chr14 66954983 . T TGGCC . . DP=2;ECNT=6;MBQ=24,26;MFRL=163,84;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:66954975_G_GC:66954975:1,0,0,1 chr14 66955828 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=20,32;MFRL=99,148;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:1,2,0,2 chr14 66955869 . T TCC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,28;MFRL=126,99;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=C;STR;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:0,1:1,0:0|1:66955869_T_TCC:66955869:0,1,0,1 chr14 66955871 . A C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,30;MFRL=126,99;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:0,1:1,0:0|1:66955869_T_TCC:66955869:0,1,0,1 chr14 67390972 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=34,31;MFRL=144,158;MMQ=60,59;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:1,2,1,0 chr14 67555878 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr14 67626100 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=124,114;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,2:0,0:3,0,1,1 chr14 67746112 . A AATATTAGGT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=117,57;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,2:5,0:0|1:67746112_A_AATATTAGGT:67746112:3,4,1,1 chr14 67746116 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=25,23;MFRL=117,57;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.248:10:2,1:6,0:0|1:67746112_A_AATATTAGGT:67746112:3,5,1,1 chr14 67768254 . C CATTACAGATGAGAGAGTTTATGAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.670:1:0,0:0,1:0|1:67768254_C_CATTACAGATGAGAGAGTTTATGAA:67768254:0,0,0,1 chr14 67768259 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:67768254_C_CATTACAGATGAGAGAGTTTATGAA:67768254:0,0,0,1 chr14 67810192 . T TCTGCACCCCCAGTTGAC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:67810192_T_TCTGCACCCCCAGTTGAC:67810192:0,0,0,1 chr14 67810196 . C CACAG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:67810192_T_TCTGCACCCCCAGTTGAC:67810192:0,0,0,1 chr14 67815807 . T A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=113,74;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.177:15:6,0:6,2:5,8,1,1 chr14 67841248 . T C . . DP=8;ECNT=3;MBQ=27,32;MFRL=125,136;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,1:3,1:0|1:67841248_T_C:67841248:4,2,0,2 chr14 67841250 . A AAAATGCTC . . DP=8;ECNT=3;MBQ=29,26;MFRL=125,136;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,1:3,1:0|1:67841248_T_C:67841248:4,2,0,2 chr14 67841258 . CA TG . . DP=10;ECNT=3;MBQ=20,29;MFRL=114,136;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:4,1:3,1:0|1:67841248_T_C:67841248:4,4,0,2 chr14 67848471 . C T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=31,31;MFRL=77,134;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:67848471_C_T:67848471:1,3,0,1 chr14 67848488 . T TGGTC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,30;MFRL=153,134;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:67848471_C_T:67848471:0,1,0,1 chr14 67848490 . T TC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,29;MFRL=153,134;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:67848471_C_T:67848471:0,1,0,1 chr14 67848492 . T TG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,27;MFRL=153,134;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:67848471_C_T:67848471:0,1,0,1 chr14 67848493 . A AT . . 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A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:69347799_C_CTTG:69347799:0,0,0,1 chr14 69376108 . T TCCCTCTGCCTCTCTTTCCAACCTCA . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=124,48;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.369:6:3,0:1,2:3,1,1,1 chr14 69376658 . A C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,33;MFRL=114,127;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=7.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.295:12:5,1:1,2:6,3,1,2 chr14 69392264 . T G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=117,119;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.555:7:1,2:2,2:3,0,2,2 chr14 69445646 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=14.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,5,0 chr14 69619635 . G GTCACCCTCCTCCTGCCCT . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=0,20;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0|1:70478173_CA_C:70478173:0,0,0,1 chr14 70478176 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0|1:70478173_CA_C:70478173:0,0,0,1 chr14 70478183 . C A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,24;MFRL=55,82;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:70478173_CA_C:70478173:2,0,0,1 chr14 70480235 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=73,78;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:0,2,0,2 chr14 70490123 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=34,29;MFRL=128,125;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:5,0:3,2:4,4,0,2 chr14 70513025 . T TCCCAGGG . . 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GCAATGAGCTTGTAATGAGCTGTCCATATTTTCGGAATGAGATAGGTGGAGAAGGGGAGAGGAAAATCAGCCTTTCAAAAT G . . DP=35;ECNT=2;MBQ=29,32;MFRL=106,153;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:31,4:0.092:35:2,2:9,0:0|1:72055809_GCAATGAGCTTGTAATGAGCTGTCCATATTTTCGGAATGAGATAGGTGGAGAAGGGGAGAGGAAAATCAGCCTTTCAAAAT_G:72055809:18,13,1,3 chr14 72055842 . G A . . DP=17;ECNT=2;MBQ=22,20;MFRL=116,100;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:12,3:0.233:15:3,0:8,3:1|0:72055809_GCAATGAGCTTGTAATGAGCTGTCCATATTTTCGGAATGAGATAGGTGGAGAAGGGGAGAGGAAAATCAGCCTTTCAAAAT_G:72055809:9,3,1,2 chr14 72117264 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=193,151;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=11.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:3,0:1,4:0,4,0,4 chr14 72165596 . AGTCACTGTTTTT A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,212;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr14 72169004 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=7427,53;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr14 72172127 . C T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,29;MFRL=204,118;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:72172127_C_T:72172127:0,1,0,1 chr14 72172131 . GCTC G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,30;MFRL=204,118;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:72172127_C_T:72172127:0,1,0,1 chr14 72172136 . T G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=27,30;MFRL=204,118;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:72172127_C_T:72172127:0,1,0,1 chr14 72172138 . C CTG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=29,31;MFRL=204,118;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:72172127_C_T:72172127:0,1,0,1 chr14 72172141 . CTG C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=21,28;MFRL=204,118;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:72172127_C_T:72172127:0,1,0,1 chr14 72190479 . T TTTC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=131,154;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:4,0,0,1 chr14 72200377 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=109,142;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:1,2,2,0 chr14 72205023 . T TCTC . . DP=10;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=78,66;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.246:10:6,0:2,2:0|1:72205023_T_TCTC:72205023:3,5,1,1 chr14 72205025 . CGG C . . DP=11;ECNT=2;MBQ=20,28;MFRL=78,66;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=G;STR;TLOD=3.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.245:10:5,0:1,1:0|1:72205023_T_TCTC:72205023:3,5,1,1 chr14 72431548 . G T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=125,51;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,0:3,2:0|1:72431548_G_T:72431548:4,2,1,1 chr14 72431549 . C CTACAGTCACATT . . DP=8;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=125,51;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,0:3,2:0|1:72431548_G_T:72431548:4,2,1,1 chr14 72936898 . T TATTA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:72936898_T_TATTA:72936898:0,0,0,1 chr14 72936900 . C CCCCAT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=215,118;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,1:0,0:0|1:72936898_T_TATTA:72936898:0,1,0,1 chr14 72936902 . A AT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=21,23;MFRL=215,118;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:1,1:0,0:0|1:72936898_T_TATTA:72936898:0,1,0,1 chr14 72939495 . C A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:72939495_C_A:72939495:0,0,1,0 chr14 72939504 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,24;MFRL=136,151;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:72939495_C_A:72939495:1,0,1,0 chr14 72944943 . T G . . DP=23;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=108,99;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=28.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,11:0.481:23:5,7:7,4:4,8,3,8 chr14 73159994 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=143,118;MMQ=60,59;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=8.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:2,0:1,3:1,3,0,3 chr14 73190463 . G GTACCCA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=143,121;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:73190463_G_GTACCCA:73190463:0,3,0,1 chr14 73190465 . T A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=143,121;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:73190463_G_GTACCCA:73190463:0,3,0,1 chr14 73198506 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=25.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.908:9:0,6:0,2:0,0,6,3 chr14 73404795 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=117,84;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:3,1:0,1:0,3,0,2 chr14 73422480 . A ATCAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,24;MFRL=154,110;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:73422480_A_ATCAT:73422480:0,1,0,1 chr14 73422482 . A AAACAGGC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,24;MFRL=154,110;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:73422480_A_ATCAT:73422480:0,1,0,1 chr14 73445674 . A AT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,24;MFRL=155,123;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:73445674_A_AT:73445674:1,1,0,1 chr14 73445676 . C CGT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,24;MFRL=155,123;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:73445674_A_AT:73445674:1,1,0,1 chr14 73445677 . C CT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,29;MFRL=155,123;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:73445674_A_AT:73445674:1,1,0,1 chr14 73465009 . T TCTCCAGGTAA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=226,49;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr14 73490831 . G GTTAATCCCAAGAGCATGCTTCAATA . . DP=9;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=120,60;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.295:8:3,2:3,0:4,2,1,1 chr14 73550100 . TTATGTTTTTTATCCCTAGTAGAAATATAATTTTGCTTTTAGTTA T . . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=28,28;MFRL=123,146;MMQ=46,40;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:73576283_C_T:73576283:0,2,0,1 chr14 73586582 . C CA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=130,107;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:73586582_C_CA:73586582:0,2,0,1 chr14 73586583 . T A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,24;MFRL=130,107;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:73586582_C_CA:73586582:0,2,0,1 chr14 73659252 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=170,162;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr14 73678594 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=103,127;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:4,0:6,2:2,8,1,1 chr14 73718775 . C CAGTTTTTTTTT . . DP=8;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=133,73;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.363:5:1,2:2,0:2,1,1,1 chr14 73731117 . C CT . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,92;MMQ=60,33;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.679:1:0,1:0,0:0|1:73731117_C_CT:73731117:0,0,0,1 chr14 73731118 . G C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,92;MMQ=60,33;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.679:1:0,1:0,0:0|1:73731117_C_CT:73731117:0,0,0,1 chr14 73731121 . G GT . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,92;MMQ=60,33;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73731117_C_CT:73731117:0,0,0,1 chr14 73731122 . G GATCCGC . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,92;MMQ=60,33;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:73731117_C_CT:73731117:0,0,0,1 chr14 73731131 . CG GC . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=27,19;MFRL=166,119;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:73754111_CA_TG:73754111:0,1,0,1 chr14 73763853 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=23,31;MFRL=155,129;MMQ=60,46;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:4,0,1,0 chr14 73763856 . CA C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=155,129;MMQ=60,46;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:4,0,1,0 chr14 73945266 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,25;MFRL=111,0;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:1,0:2,1:0|1:73945266_C_T:73945266:2,1,1,0 chr14 73945271 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=35,24;MFRL=138,0;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:73945266_C_T:73945266:1,1,1,0 chr14 73957981 . G GC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=17.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,0,5 chr14 73959333 . G A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=115,99;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,3:0.165:22:6,0:13,3:10,9,1,2 chr14 73959703 . CT C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=20,33;MFRL=121,131;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=16,15;RU=T;STR;TLOD=4.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.580:10:1,2:1,4:0,4,3,3 chr14 73969663 . T TATAACTGCACGAGTGGCC . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=115,116;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.308:6:2,1:1,0:1,4,0,1 chr14 73969794 . T A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,16;MFRL=0,222;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:73969794_T_A:73969794:0,0,0,1 chr14 73969796 . C CAGCTATTATAAG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,222;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:73969794_T_A:73969794:0,0,0,1 chr14 74060508 . C A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=120,155;MMQ=60,59;MPOS=31;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:74060508_C_A:74060508:2,1,0,1 chr14 74060511 . T TTCAA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=117,155;MMQ=60,59;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:3,0:0|1:74060508_C_A:74060508:3,1,0,1 chr14 74061997 . G GTTGTAGAGTAGATTGGCTCACTTATCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=113,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr14 74156101 . C G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=100,129;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.198:13:6,1:5,1:4,7,1,1 chr14 74179843 . C CACCTTA . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=143,63;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:3,2:5,0:5,3,1,1 chr14 74193427 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr14 74203690 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=146,138;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=10.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.555:7:1,2:2,2:1,2,3,1 chr14 74205925 . CCTGCTGCTGCTG C,CCTG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,31,30;MFRL=124,164,0;MMQ=60,60,60;MPOS=16,31;POPAF=7.30,7.30;RPA=8,4,5;RU=CTG;STR;TLOD=3.21,3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:3,1,1:0.250,0.250:5:2,0,1:1,1,0:2,1,1,1 chr14 74349171 . C T . . DP=49;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=116,0;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:43,3:0.082:46:22,0:21,3:35,8,3,0 chr14 74349227 . G A . . DP=30;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=135,129;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=40.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,16:0.567:28:8,13:4,3:2,10,4,12 chr14 74359007 . CCAGATAATAAATAT C . . DP=5;ECNT=7;MBQ=32,19;MFRL=139,129;MMQ=60,53;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,0:0|1:74359007_CCAGATAATAAATAT_C:74359007:0,4,0,1 chr14 74359023 . T G . . DP=4;ECNT=7;MBQ=30,16;MFRL=140,129;MMQ=60,53;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,0:0|1:74359007_CCAGATAATAAATAT_C:74359007:0,3,0,1 chr14 74359026 . G GA . . DP=4;ECNT=7;MBQ=32,34;MFRL=140,129;MMQ=60,53;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:74359007_CCAGATAATAAATAT_C:74359007:0,3,0,1 chr14 74359029 . T A . . 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DP=2;ECNT=5;MBQ=28,31;MFRL=219,128;MMQ=40,40;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:74755564_C_G:74755564:0,1,0,1 chr14 74759043 . G GTTCCTTCT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=27,31;MFRL=122,75;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:0|1:74759043_G_GTTCCTTCT:74759043:3,1,0,1 chr14 74759044 . G GCATATGCCTCCA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=33,31;MFRL=122,75;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:74759043_G_GTTCCTTCT:74759043:3,1,0,1 chr14 74759046 . C A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,22;MFRL=122,75;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:74759043_G_GTTCCTTCT:74759043:3,1,0,1 chr14 74759058 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,30;MFRL=1437,90;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.596:3:1,1:0,1:1,0,1,1 chr14 74762690 . AGAGAGAGAGG A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=21,29;MFRL=99,185;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:1,3,0,1 chr14 74763091 . TGC T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=22,20;MFRL=122,65;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.230:11:4,0:5,2:0|1:74763091_TGC_T:74763091:4,5,1,1 chr14 74763095 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=122,65;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.229:11:4,0:5,2:0|1:74763091_TGC_T:74763091:4,5,1,1 chr14 74769582 . C A . . DP=24;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=121,99;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=6.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,4:0.207:22:9,4:9,0:10,8,4,0 chr14 74824062 . C CAAGTCTGGCACTGA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=120,142;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:1,3,0,1 chr14 74826108 . A G . . DP=20;ECNT=8;MBQ=29,20;MFRL=128,74;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.142:19:6,0:8,2:0|1:74826108_A_G:74826108:10,7,1,1 chr14 74826121 . T C . . DP=13;ECNT=8;MBQ=26,20;MFRL=128,74;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:6,0:5,2:0|1:74826108_A_G:74826108:4,7,1,1 chr14 74826174 . CT TA . . DP=5;ECNT=8;MBQ=30,23;MFRL=130,130;MMQ=60,50;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:1,3,0,1 chr14 74826191 . C G . . DP=3;ECNT=8;MBQ=32,31;MFRL=184,131;MMQ=60,40;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:74826191_C_G:74826191:1,1,0,1 chr14 74826195 . GGGCA G . . DP=3;ECNT=8;MBQ=31,32;MFRL=184,131;MMQ=60,40;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:74826191_C_G:74826191:1,1,0,1 chr14 74826201 . TG T . . DP=3;ECNT=8;MBQ=19,28;MFRL=184,131;MMQ=60,40;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:74826191_C_G:74826191:1,1,0,1 chr14 74826204 . A AACATG . . DP=3;ECNT=8;MBQ=28,24;MFRL=184,131;MMQ=60,40;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:74826191_C_G:74826191:1,1,0,1 chr14 74826209 . G A . . DP=3;ECNT=8;MBQ=24,22;MFRL=184,131;MMQ=60,40;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:74826191_C_G:74826191:1,1,0,1 chr14 74874720 . G T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=33,20;MFRL=100,42;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:0|1:74874720_G_T:74874720:0,3,1,1 chr14 74874726 . G GCTAATTTTT . . DP=5;ECNT=5;MBQ=31,20;MFRL=100,42;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:0|1:74874720_G_T:74874720:0,3,1,1 chr14 74874736 . A AC . . DP=4;ECNT=5;MBQ=26,27;MFRL=97,164;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.389:3:0,0:2,1:0|1:74874736_A_AC:74874736:0,2,0,1 chr14 74874737 . G T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,31;MFRL=97,164;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:74874736_A_AC:74874736:0,2,0,1 chr14 74874741 . C CAGAAGAAATCTTGCTGTACAT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=35,33;MFRL=97,164;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:74874736_A_AC:74874736:0,2,0,1 chr14 74875981 . C G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,18;MFRL=106,93;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:0,0:3,0:2,1,2,0 chr14 74947125 . T TTC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=169,144;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:74947125_T_TTC:74947125:0,1,0,1 chr14 74947126 . A ATGGAACTAGAAACCTTTATGGG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,25;MFRL=169,144;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:74947125_T_TTC:74947125:0,1,0,1 chr14 74953175 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,34;MFRL=165,110;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr14 74968067 . C A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr14 74970111 . GCA G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,29;MFRL=191,152;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CA;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:74970111_GCA_G:74970111:0,1,1,0 chr14 74970116 . T TTTAGAA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,25;MFRL=191,152;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:74970111_GCA_G:74970111:0,1,1,0 chr14 74970118 . AGCCCC A . . 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A AATGTCTTTT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=29,26;MFRL=145,57;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,0:1,1:0|1:74972894_T_C:74972894:1,1,1,1 chr14 74972902 . G C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,32;MFRL=145,57;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:74972894_T_C:74972894:1,1,0,1 chr14 74972993 . CT C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr14 74973583 . C CGCGCGCGT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,194;MMQ=60,40;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.680:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr14 74974833 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=17,20;MFRL=163,112;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.517:4:1,0:0,2:0,2,1,1 chr14 74976115 . C CAGATTTCGT . . 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T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,92;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=11.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0,0,3,1 chr14 75489657 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=132,59;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:4,1:6,1:7,3,0,2 chr14 75497444 . G GGCAACTGGC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=172,104;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr14 75505008 . G C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=21.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,2:0,2:0|1:75505008_G_C:75505008:0,0,4,1 chr14 75505016 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=21.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,2:0,2:0|1:75505008_G_C:75505008:0,0,4,1 chr14 75513167 . GAGTCC G . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=137,103;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr14 75572559 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=11.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr14 75587351 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=34.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.927:11:0,5:0,4:0,0,1,10 chr14 75601737 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=19.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,4:0,2:0,0,1,5 chr14 75614504 . A ACCCG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=CCCG;STR;TLOD=10.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,1:0,0,0,3 chr14 75745626 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=12.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr14 75747384 . G A . . DP=26;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=121,0;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,2:0.115:24:11,1:10,1:6,16,1,1 chr14 75747407 . AG A . . DP=20;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=G;STR;TLOD=56.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,19:0.953:19:0,10:0,8:0,0,3,16 chr14 75747742 . T TTCACA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=127,138;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0,3,0,1 chr14 75899141 . G C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,31;MFRL=157,114;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:75899141_G_C:75899141:0,2,0,1 chr14 75899147 . A AC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,27;MFRL=156,114;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:75899141_G_C:75899141:0,1,0,1 chr14 75899149 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=156,114;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:75899141_G_C:75899141:0,1,0,1 chr14 76045220 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=156,150;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,3:1,0:1,0,3,0 chr14 76088580 . A ATGAAAT . . DP=7;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=85,49;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,0:4,2:0|1:76088580_A_ATGAAAT:76088580:0,5,1,1 chr14 76088582 . A AGGCATGCTCAGTACAGTGCCT . . DP=7;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=85,49;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,0:4,2:0|1:76088580_A_ATGAAAT:76088580:0,5,1,1 chr14 76088616 . T TGGCCTGATGGATAGTTTTCGGCAGTTCTGTGATGAA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,28;MFRL=113,130;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.483:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr14 76129490 . G GAATGAACGAGGTGGATTTTAAAGAAT . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=117,50;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:4,3,1,1 chr14 76198818 . CT C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=35,31;MFRL=92,151;MMQ=56,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=T;STR;TLOD=6.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.678:4:0,3:1,0:0,1,0,3 chr14 76201707 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,33;MFRL=157,115;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:76201707_A_G:76201707:0,1,0,1 chr14 76201708 . A ACGCATGGGGTAGAGTAGCG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,26;MFRL=157,115;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:76201707_A_G:76201707:0,1,0,1 chr14 76211864 . A T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=22,20;MFRL=108,94;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.156:17:9,2:5,0:8,7,1,1 chr14 76232398 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=16.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,4:0,2:0,0,3,3 chr14 76420881 . A T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=26,30;MFRL=116,175;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.297:5:2,0:2,1:1,3,0,1 chr14 76420892 . TGC T,CCC . . DP=5;ECNT=5;MBQ=29,30,32;MFRL=58,175,126;MMQ=60,60,60;MPOS=2,6;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.21,3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,1,1:0.250,0.294:4:2,0,0:0,1,1:1,1,0,2 chr14 76420894 . C CATCTCCTTTCCTTA . . DP=4;ECNT=5;MBQ=33,32;MFRL=63,116;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:0|1:76420894_C_CATCTCCTTTCCTTA:76420894:1,1,0,1 chr14 76420896 . G T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,24;MFRL=126,116;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:76420894_C_CATCTCCTTTCCTTA:76420894:1,2,0,1 chr14 76420897 . C CAAGAACTACGTCA . . DP=4;ECNT=5;MBQ=27,33;MFRL=116,126;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,0:0,1:1,2,0,1 chr14 76438087 . C T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,11;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:76438087_C_T:76438087:0,0,0,1 chr14 76438092 . C CCTCTCTGCT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:76438087_C_T:76438087:0,0,0,1 chr14 76438093 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:76438087_C_T:76438087:0,0,0,1 chr14 76438097 . G C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:76438087_C_T:76438087:0,0,0,1 chr14 76548739 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=336,113;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:0,2,0,2 chr14 76549696 . C CTCCGCCTGCCCACT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,33;MFRL=198,133;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr14 76549706 . TG AC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,22;MFRL=253,142;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr14 76549754 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=211,2588;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:1,0,0,1 chr14 76638086 . A ACAAAAGAATCCTATCAGATC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,89;MMQ=60,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr14 76639970 . TG T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=126,61;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.426:5:1,2:2,0:0|1:76639970_TG_T:76639970:0,3,1,1 chr14 76639973 . 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DP=8;ECNT=2;MBQ=27,27;MFRL=102,108;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:2,4,1,1 chr14 76948455 . C CCCCTTATTTCCTTTCTCTCCAGGAACGCTGACTTAGCACCT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,104;MMQ=60,48;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr14 76958154 . C A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:76958154_C_A:76958154:0,0,0,1 chr14 76958155 . A ATTT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=1,4;RU=T;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:76958154_C_A:76958154:0,0,0,1 chr14 76958159 . AT GC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:76958154_C_A:76958154:0,0,0,1 chr14 76964690 . G GACAC . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,200;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr14 77691693 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,200;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr14 77697848 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,35;MFRL=169,137;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:77697848_T_C:77697848:1,0,1,0 chr14 77697854 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,32;MFRL=169,137;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:77697848_T_C:77697848:1,0,1,0 chr14 77697967 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,0:0,0,1,3 chr14 77712177 . CAG C . . 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DP=5;ECNT=4;MBQ=26,25;MFRL=146,117;MMQ=60,40;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=CT;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:77934939_A_ACT:77934939:0,4,0,1 chr14 77934943 . T TTTCC . . DP=5;ECNT=4;MBQ=20,29;MFRL=146,117;MMQ=60,40;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:0,0:0|1:77934939_A_ACT:77934939:0,4,0,1 chr14 77934945 . AC A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=25,16;MFRL=146,117;MMQ=60,40;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,0:0|1:77934939_A_ACT:77934939:0,4,0,1 chr14 77944685 . G GTTCGA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:77944685_G_GTTCGA:77944685:0,0,0,1 chr14 77944687 . C A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,22;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:77944685_G_GTTCGA:77944685:0,0,0,1 chr14 77944689 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:77944685_G_GTTCGA:77944685:0,0,0,1 chr14 77951124 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=113,165;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,1:2,2:2,1,2,1 chr14 77984573 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr14 77987970 . GG AA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr14 78018614 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=9.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr14 78023474 . TC CT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=49,79;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr14 78023519 . C G . . 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CC TG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,28;MFRL=99,96;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:89083202_C_CCATATATTT:89083202:1,0,0,1 chr14 89083210 . CA TT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,28;MFRL=99,96;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:89083202_C_CCATATATTT:89083202:1,0,0,1 chr14 89083213 . C G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,28;MFRL=99,96;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:89083202_C_CCATATATTT:89083202:1,0,0,1 chr14 89085136 . T TTCAAGTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,29;MFRL=812,102;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:89085136_T_TTCAAGTG:89085136:0,1,0,1 chr14 89085138 . C CTCTCCTGGCT . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=151,166;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=5.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:1,2:1,0:0,2,0,2 chr14 92627668 . T A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=11.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0,0,0,4 chr14 92905817 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr14 92908501 . G GATTATTTTATCACC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=115,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.325:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr14 92909240 . TA AG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:92909240_TA_AG:92909240:0,0,0,1 chr14 92909243 . C CCAAAACCAGGCCCCA . . 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G A . . DP=11;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=134,67;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.269:9:5,0:2,2:3,4,1,1 chr14 94512236 . TA CT . . DP=10;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=125,67;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:3,0:4,2:4,4,1,1 chr14 94517533 . C CCACGG . . DP=18;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=85,100;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=21.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.436:14:5,5:3,1:6,2,2,4 chr14 94527026 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=149,146;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.253:10:4,0:3,2:1,7,0,2 chr14 94563438 . A AG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=143,127;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr14 94567032 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=107,169;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr14 94568776 . C T . . 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DP=3;ECNT=3;MBQ=0,20;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=8.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,1,2 chr14 94596031 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,29;MFRL=163,124;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:94596031_C_T:94596031:0,3,0,1 chr14 94596033 . C CATGTTG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=27,31;MFRL=163,124;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:94596031_C_T:94596031:0,3,0,1 chr14 94640947 . C A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,22;MFRL=74,140;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.445:7:2,1:2,2:2,2,0,3 chr14 94700138 . C G . . DP=8;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=18.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,6:0.884:6:0,3:0,3:0|1:94700138_C_G:94700138:0,0,0,6 chr14 94700145 . AA TT . . 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DP=9;ECNT=4;MBQ=20,18;MFRL=80,45;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,1:3,0:0|1:94909069_G_GACTTT:94909069:3,4,1,1 chr14 94909075 . G GCC . . DP=9;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=80,45;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:0|1:94909069_G_GACTTT:94909069:3,4,1,1 chr14 94909077 . A AGCACT . . DP=9;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=80,45;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:0|1:94909069_G_GACTTT:94909069:3,4,1,1 chr14 94915172 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr14 94929708 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr14 94933778 . A AACTTTTCCATCTAAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=168,137;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr14 94942391 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=149,133;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,1:2,1:3,0,2,0 chr14 94956134 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=156,150;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=7.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,2:0,1:0,1,0,3 chr14 94964219 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=120,105;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.186:14:5,0:7,2:5,7,1,1 chr14 94964632 . C T . . DP=10;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=128,59;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:3,2:5,0:0|1:94964632_C_T:94964632:4,4,1,1 chr14 94964634 . C T . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=28,34;MFRL=139,171;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,1,0 chr14 99961830 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=36.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.921:10:0,3:0,7:0,0,6,4 chr14 99973517 . T G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=151,72;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:0|1:99973517_T_G:99973517:1,2,1,1 chr14 99973522 . A AATGGCTTGTGT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=151,72;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:99973517_T_G:99973517:1,2,0,1 chr14 99976765 . CG TC . . DP=5;ECNT=7;MBQ=24,26;MFRL=62,82;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:99976765_CG_TC:99976765:3,1,0,1 chr14 99976769 . T C . . DP=5;ECNT=7;MBQ=20,26;MFRL=62,82;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:99976765_CG_TC:99976765:3,1,0,1 chr14 99976776 . C T . . DP=3;ECNT=7;MBQ=0,20;MFRL=0,62;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=8.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.765:2:0,0:0,2:0|1:99976776_C_T:99976776:0,0,1,1 chr14 99976790 . C T . . DP=3;ECNT=7;MBQ=27,20;MFRL=182,62;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0|1:99976776_C_T:99976776:0,1,1,1 chr14 99976793 . T C . . DP=4;ECNT=7;MBQ=25,20;MFRL=167,62;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:0|1:99976776_C_T:99976776:0,2,1,1 chr14 99976797 . ACCCC A . . DP=5;ECNT=7;MBQ=24,21;MFRL=151,62;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=5,1;RU=C;STR;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,0:0,1:0|1:99976776_C_T:99976776:0,3,1,1 chr14 99976805 . G T . . 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G GAGCATAGCAGCCACCTGCT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,33;MFRL=179,213;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.494:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr14 100172899 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=147,106;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:1,0,2,0 chr14 100173890 . T A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=102,59;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.202:13:5,1:5,1:6,5,1,1 chr14 100341430 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr14 100363671 . GA CG . . DP=10;ECNT=3;MBQ=30,30;MFRL=116,0;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.333:10:5,1:2,2:3,4,3,0 chr14 100363703 . C CAAAG . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=161,120;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=9.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:0,0:3,4:2,1,2,2 chr14 100820204 . C CGCCTCGGAGTGCACTTCTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.673:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr14 100835560 . TGA T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=115,192;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr14 100847707 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=124,139;MMQ=60,60;MPOS=0;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.363:9:1,2:5,1:2,4,0,3 chr14 100934456 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=18,20;MFRL=103,112;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.518:4:1,0:0,2:1,1,1,1 chr14 100934572 . G T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,288;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr14 101006751 . GA G . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=100,109;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:1,2,0,1 chr14 101514340 . A G . . DP=5;ECNT=6;MBQ=26,32;MFRL=149,91;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:101514340_A_G:101514340:1,3,0,1 chr14 101514342 . G T . . DP=5;ECNT=6;MBQ=31,28;MFRL=149,91;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:101514340_A_G:101514340:1,3,0,1 chr14 101514403 . TTGATGA T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=0,29;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.687:1:0,0:0,1:0|1:101514403_TTGATGA_T:101514403:0,0,0,1 chr14 101514412 . T C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,30;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:101514403_TTGATGA_T:101514403:0,0,0,1 chr14 101514416 . A C . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=131,164;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=12.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:1,2:1,2:2,0,4,0 chr14 105722976 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=178,155;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=12.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:0,2:1,2:0,1,0,4 chr14 105821414 . GCAACA G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=87,51;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0|1:105821414_GCAACA_G:105821414:3,2,1,1 chr14 105821422 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=122,51;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:105821414_GCAACA_G:105821414:3,0,1,1 chr14 105821590 . G GCTGGTAGAAGAAGGCACTGAGAGTATTTAACAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=134,120;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:105821590_G_GCTGGTAGAAGAAGGCACTGAGAGTATTTAACAT:105821590:0,1,0,1 chr14 105821593 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=134,120;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:105821590_G_GCTGGTAGAAGAAGGCACTGAGAGTATTTAACAT:105821590:0,1,0,1 chr14 105833487 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=112,98;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:105833487_C_T:105833487:1,0,1,0 chr14 105833490 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,25;MFRL=112,98;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:105833487_C_T:105833487:1,0,1,0 chr14 105843198 . A AT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=27,23;MFRL=133,87;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:105843198_A_AT:105843198:1,2,0,1 chr14 105843202 . A C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,27;MFRL=133,87;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:105843198_A_AT:105843198:1,2,0,1 chr14 105843227 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=121,113;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,2:0,0:1,1,1,1 chr14 105850810 . G GTCCAGGTACGCAAA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=120,178;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr14 105859563 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=102,108;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:0,2:3,0:1,2,1,1 chr14 105905108 . GGT G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,60;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:105905108_GGT_G:105905108:0,0,1,1 chr14 105905113 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,60;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=7.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:105905108_GGT_G:105905108:0,0,1,1 chr14 105911758 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=115,154;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:5,2,2,0 chr14 105916329 . TGG T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=119,115;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;RPA=4,2;RU=G;STR;TLOD=10.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.285:12:5,3:3,0:8,1,3,0 chr14 105916483 . C A . . DP=7;ECNT=4;MBQ=31,20;MFRL=122,62;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:0|1:105916483_C_A:105916483:1,4,1,1 chr14 105916485 . C T . . DP=7;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=122,62;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:0|1:105916483_C_A:105916483:1,4,1,1 chr14 105916487 . C G . . DP=7;ECNT=4;MBQ=25,20;MFRL=122,62;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:0|1:105916483_C_A:105916483:1,4,1,1 chr14 105916489 . G C . . DP=9;ECNT=4;MBQ=29,20;MFRL=122,62;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,2:2,0:0|1:105916483_C_A:105916483:2,5,1,1 chr14 105927236 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=98,105;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.329:10:3,3:4,0:5,2,1,2 chr14 105929443 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=12.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr14 105929632 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=95,107;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:105929632_G_A:105929632:2,2,0,1 chr14 105929633 . C CTTGGAAGGAACA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,33;MFRL=95,107;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:105929632_G_A:105929632:2,2,0,1 chr14 105931502 . G T . . 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C CACTCAGTGGAAAATTGTGTTCT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:23003053_C_CATG:23003053:0,0,0,1 chr15 23003059 . G T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:23003053_C_CATG:23003053:0,0,0,1 chr15 23006215 . CCTTT C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=224,130;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,1:0,1:0,2,1,1 chr15 23006802 . C T . . DP=24;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=124,81;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,3:0.159:23:6,3:14,0:8,12,1,2 chr15 23021113 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr15 23810973 . G GGCTCACCA . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=148,136;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;RPA=9,6;RU=TG;STR;TLOD=16.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.719:5:1,3:0,1:1,0,4,0 chr15 24926514 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,28;MFRL=579,165;MMQ=60,46;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:24926514_G_A:24926514:0,1,0,1 chr15 24926520 . AT A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,27;MFRL=579,165;MMQ=60,46;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:24926514_G_A:24926514:0,1,0,1 chr15 24926523 . AGAT A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,165;MMQ=60,46;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GAT;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:24926514_G_A:24926514:0,0,0,1 chr15 24926841 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=1538,143;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:24926841_T_C:24926841:0,1,0,1 chr15 24926844 . T C . . 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DP=9;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=147,53;MMQ=60,56;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:1,0:6,2:0|1:25616853_A_AATG:25616853:2,5,1,1 chr15 25654197 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=137,1730;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:6,2:3,0:5,4,1,1 chr15 25925195 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=9.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr15 25946965 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr15 25947274 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=155,111;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,0,2 chr15 25953065 . A C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:25953065_A_C:25953065:0,0,0,1 chr15 25953068 . G GTTCACA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=132,137;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:25953065_A_C:25953065:0,1,0,1 chr15 25953070 . C CATTCTCCTGCCTCA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=22,31;MFRL=132,137;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:25953065_A_C:25953065:0,1,0,1 chr15 25967085 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,91;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr15 25981190 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=10.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,3,1 chr15 25981282 . C CAATCTT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.677:1:0,1:0,0:0|1:25981282_C_CAATCTT:25981282:0,0,0,1 chr15 25981283 . G GAGGGAACATTTAGA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.677:1:0,1:0,0:0|1:25981282_C_CAATCTT:25981282:0,0,0,1 chr15 26026139 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=16.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,6,0 chr15 26793344 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=140,70;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=10.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.661:7:1,0:1,4:0,2,1,4 chr15 26828523 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=46,49;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:3,0:5,2:3,5,1,1 chr15 26828544 . G GGCTTTGGGCTAATTCACTTA . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=97,49;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:3,0:4,2:3,4,1,1 chr15 27114515 . T TGTCA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=185,91;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr15 27126099 . C CATTACATGGGTTTGTTTGGA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=120,55;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:0,2,1,1 chr15 27182452 . C G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=149,45;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.597:3:0,2:1,0:0|1:27182452_C_G:27182452:1,0,1,1 chr15 27182455 . A ATGAGTAGTGATGGGTGTT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=149,45;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0|1:27182452_C_G:27182452:1,0,1,1 chr15 27185250 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=17,32;MFRL=55,92;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:27185250_A_C:27185250:1,1,0,1 chr15 27185251 . C CCCTTATTTCTTT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=55,92;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:27185250_A_C:27185250:1,1,0,1 chr15 27188335 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0|1:27188335_T_A:27188335:0,0,1,0 chr15 27188353 . C A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:27188335_T_A:27188335:0,0,1,0 chr15 27188587 . C CTCAACA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,34;MFRL=119,146;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:27188587_C_CTCAACA:27188587:0,1,0,1 chr15 27188591 . T TCTCCAGCA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,30;MFRL=119,146;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:27188587_C_CTCAACA:27188587:0,1,0,1 chr15 27188595 . T G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,32;MFRL=119,146;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:27188587_C_CTCAACA:27188587:0,1,0,1 chr15 27574065 . A C . . 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DP=2;ECNT=5;MBQ=28,30;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:29397685_A_G:29397685:1,0,0,1 chr15 29397690 . G T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=25,27;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:29397685_A_G:29397685:1,0,0,1 chr15 29397691 . A AT . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,24;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:29397685_A_G:29397685:1,0,0,1 chr15 29397692 . C T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,69;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0|1:29397685_A_G:29397685:0,0,1,1 chr15 29417045 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr15 29418745 . G T . . 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C CTTTGCCTATCAGGAT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr15 31340235 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,21;MFRL=170,121;MMQ=46,49;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr15 31340237 . A G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=25,32;MFRL=182,139;MMQ=52,45;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr15 31340240 . CAG TGT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=29,30;MFRL=152,157;MMQ=51,40;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:31340240_CAG_TGT:31340240:0,2,0,1 chr15 31340248 . T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,29;MFRL=182,157;MMQ=52,40;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:31340240_CAG_TGT:31340240:0,1,0,1 chr15 31342744 . C T . . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=26,24;MFRL=114,96;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:40258061_G_T:40258061:1,1,0,1 chr15 40258070 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=28,22;MFRL=114,96;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:40258061_G_T:40258061:1,1,0,1 chr15 40269102 . A AT,C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=0,26,33;MFRL=0,163,131;MMQ=60,60,60;MPOS=18,20;POPAF=7.30,7.30;TLOD=5.31,3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,2,1:0.500,0.333:3:0,1,0:0,1,1:0,0,0,3 chr15 40269105 . T TC . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,30;MFRL=163,131;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:40269105_T_TC:40269105:0,2,0,1 chr15 40269109 . T C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,33;MFRL=163,131;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:40269105_T_TC:40269105:0,2,0,1 chr15 40269112 . C T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=33,29;MFRL=163,131;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:40269105_T_TC:40269105:0,2,0,1 chr15 40269120 . C T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=33,30;MFRL=163,131;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:40269105_T_TC:40269105:0,2,0,1 chr15 40270214 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr15 40282625 . T C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=20.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,0,6 chr15 40282650 . GG AA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=157,174;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr15 40285120 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr15 40300214 . G C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=129,145;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=11.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.501:8:2,0:2,4:2,2,3,1 chr15 40300443 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr15 40309503 . A AT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=0,24;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=T;STR;TLOD=3.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.482:2:0,1:0,0:0|1:40309503_A_AT:40309503:0,1,0,1 chr15 40309508 . G T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,26;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:40309503_A_AT:40309503:0,1,0,1 chr15 40309510 . A AT . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,25;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:40309503_A_AT:40309503:0,1,0,1 chr15 40309515 . T TACTTTGTTTTGTCTGG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,27;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:40309503_A_AT:40309503:0,1,0,1 chr15 40309518 . A G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,27;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:40309503_A_AT:40309503:0,1,0,1 chr15 40313083 . G T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=22.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.916:10:0,4:0,5:0,0,6,4 chr15 40322552 . G T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=31.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.928:12:0,7:0,4:0,0,8,4 chr15 40325122 . A AGG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:40325122_A_AGG:40325122:0,0,0,1 chr15 40325126 . A ATTTT . . 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G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=27,26;MFRL=152,126;MMQ=60,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0,3,0,1 chr15 40951713 . TG CA . . DP=5;ECNT=6;MBQ=22,34;MFRL=116,151;MMQ=60,41;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:40951713_TG_CA:40951713:2,2,0,1 chr15 40951716 . A G . . DP=5;ECNT=6;MBQ=25,13;MFRL=116,151;MMQ=60,41;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,0:0|1:40951713_TG_CA:40951713:2,2,0,1 chr15 40951721 . G C . . DP=3;ECNT=6;MBQ=32,10;MFRL=135,113;MMQ=47,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,0:0|1:40951721_G_C:40951721:0,2,0,1 chr15 40951728 . TTG T . . DP=3;ECNT=6;MBQ=23,27;MFRL=135,113;MMQ=47,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:40951721_G_C:40951721:0,2,0,1 chr15 40951729 . TG CC . . 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DP=9;ECNT=5;MBQ=25,24;MFRL=160,123;MMQ=60,40;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:0,2:7,0:7,0,2,0 chr15 41029277 . C T . . DP=12;ECNT=5;MBQ=30,28;MFRL=138,123;MMQ=60,40;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:0,2:10,0:0|1:41029277_C_T:41029277:9,1,2,0 chr15 41029281 . T C . . DP=14;ECNT=5;MBQ=25,33;MFRL=138,123;MMQ=60,40;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.212:12:0,2:10,0:0|1:41029277_C_T:41029277:9,1,2,0 chr15 41068510 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=0,72;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr15 41072103 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=128,110;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:1,0:3,2:3,1,1,1 chr15 41102253 . C T . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=10.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.819:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr15 41351026 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=27,32;MFRL=133,78;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:1,0:2,1:0|1:41351026_A_G:41351026:0,3,0,1 chr15 41351033 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,26;MFRL=133,78;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:41351026_A_G:41351026:0,1,0,1 chr15 41351035 . A ATCTCAGC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,24;MFRL=133,78;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:41351026_A_G:41351026:0,1,0,1 chr15 41361708 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=25,34;MFRL=158,0;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr15 41379908 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,103;MMQ=60,29;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr15 41384151 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,33;MFRL=165,188;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:41384151_A_C:41384151:2,0,1,0 chr15 41384152 . AATGATGTAT A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=165,188;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:41384151_A_C:41384151:2,0,1,0 chr15 41388452 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=141,114;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=28.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,10:0.689:14:0,5:4,5:3,1,3,7 chr15 41476101 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=21.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,5,1 chr15 41482188 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=131,124;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.333:10:1,0:6,3:4,3,1,2 chr15 41482399 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,33;MFRL=128,150;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:41482399_A_G:41482399:0,3,0,1 chr15 41482401 . A T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=128,150;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:41482399_A_G:41482399:0,3,0,1 chr15 41483631 . T TA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=12.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0|1:41483631_T_TA:41483631:0,0,2,1 chr15 41483636 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=17.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0|1:41483631_T_TA:41483631:0,0,2,3 chr15 41483688 . T TTTTTCCATGTAAGGCTAGAC . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=116,88;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.636:9:0,4:3,2:0,3,2,4 chr15 41815633 . A ACCCTCC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr15 41816190 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=103,123;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.383:6:0,2:3,0:1,3,0,2 chr15 41819283 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=168,73;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=13.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.754:6:0,4:1,1:0,1,4,1 chr15 41819836 . T TGAG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:41819836_T_TGAG:41819836:0,0,0,1 chr15 41819840 . G GAATT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:41819836_T_TGAG:41819836:0,0,0,1 chr15 41819843 . G GA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:41819836_T_TGAG:41819836:0,0,0,1 chr15 41819846 . A T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:41819836_T_TGAG:41819836:0,0,0,1 chr15 41821752 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=63,107;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:0,3:2,0:1,1,2,1 chr15 41829184 . CGG C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,33;MFRL=141,107;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:2,2,0,1 chr15 41853408 . G GTGTGATGTGTGTGGTGT . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=121,62;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:5,2:4,0:2,7,1,1 chr15 41853840 . G GTGCC . . DP=9;ECNT=2;MBQ=20,33;MFRL=81,576;MMQ=60,50;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:0|1:41853840_G_GTGCC:41853840:3,4,1,1 chr15 41853841 . A ATTTTTCACAGT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=20,25;MFRL=81,576;MMQ=60,50;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,1:3,0:0|1:41853840_G_GTGCC:41853840:3,4,1,1 chr15 41856543 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,45;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr15 41857240 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,193;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr15 41861214 . C T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=24,29;MFRL=130,118;MMQ=60,40;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:2,0:0,1:0|1:41861214_C_T:41861214:0,2,0,1 chr15 41861222 . TG CC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=29,28;MFRL=137,118;MMQ=60,40;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:41861214_C_T:41861214:0,1,0,1 chr15 41861225 . G GCA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,33;MFRL=137,118;MMQ=60,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:41861214_C_T:41861214:0,1,0,1 chr15 41861258 . GAT AGC . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,23;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr15 41862353 . GGGTAAGGGGATGGGGATGTGGAGGGAGAGGCAGGTAATGATGAAAGACCTTGGAGCTGACCCCAAATCCTGGGTTTTCCTTTA G . . DP=20;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=115,85;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,4:0.196:20:5,2:3,1:7,9,2,2 chr15 41864776 . G C . . 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DP=4;ECNT=9;MBQ=20,32;MFRL=101,581;MMQ=60,21;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:0,0:1,1:0|1:41865408_TGGGG_T:41865408:1,1,0,1 chr15 41865488 . C T . . DP=5;ECNT=9;MBQ=30,28;MFRL=131,101;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.607:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr15 41988500 . A G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,35;MFRL=0,256;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:41988500_A_G:41988500:0,0,1,0 chr15 41988502 . A T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,28;MFRL=0,256;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:41988500_A_G:41988500:0,0,1,0 chr15 41988505 . G GAT . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,35;MFRL=0,256;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:41988500_A_G:41988500:0,0,1,0 chr15 41988507 . TGA T . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:42035004_A_AC:42035004:0,0,0,1 chr15 42040876 . C CTTATTTCTCTTCCACTTGCCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=152,169;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:1,0,0,1 chr15 42041703 . T TATACTGG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=22,27;MFRL=89,153;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:2,2,0,1 chr15 42041712 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=6;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.855:5:0,1:0,3:0,0,2,3 chr15 42046568 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=10.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,3,0 chr15 42052547 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=123,167;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.210:12:2,2:8,0:5,5,1,1 chr15 42057032 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=147,149;MMQ=60,50;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:0,2:8,0:7,2,2,0 chr15 42059409 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=92,281;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:2,2:4,0:1,5,0,2 chr15 42103013 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=105,161;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:6,2:2,0:5,3,0,2 chr15 42104876 . CC AA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,22;MFRL=134,141;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:42104876_CC_AA:42104876:1,0,0,1 chr15 42104879 . C A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=19,21;MFRL=134,141;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:42104876_CC_AA:42104876:1,0,0,1 chr15 42104948 . T TCTTCAATGA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr15 42105676 . C CTACTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42105676_C_CTACTT:42105676:0,0,0,1 chr15 42105681 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42105676_C_CTACTT:42105676:0,0,0,1 chr15 42106045 . G GGGTGTTAGGAGGGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=153,81;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr15 42107679 . GA CC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42107679_GA_CC:42107679:0,0,0,1 chr15 42107681 . A ACTCTCTCCCTTCCCT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42107679_GA_CC:42107679:0,0,0,1 chr15 42107685 . G T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42107679_GA_CC:42107679:0,0,0,1 chr15 42109196 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=27,28;MFRL=75,139;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.382:6:2,2:1,0:2,2,0,2 chr15 42109223 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,34;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=29;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr15 42109673 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,33;MFRL=90,110;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.291:5:0,0:3,1:1,3,0,1 chr15 42109975 . T G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=113,129;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr15 42109999 . G GATGAAACAGCCTT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,33;MFRL=222,133;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:1,0,0,1 chr15 42111518 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=97,123;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:3,1:1,1:3,1,2,0 chr15 42111573 . A ATAATTAAACTTTACTTCCTCTCTTTCTT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=24,24;MFRL=122,87;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:0,4,0,1 chr15 42111602 . C CTGCCCTTTCAATAGCA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=137,106;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.492:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr15 42111753 . G GC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=197,179;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:1,0,1,0 chr15 42114623 . G GAAAAGTTTCAGGGT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=100,152;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:4,1:0,0:2,2,0,1 chr15 42115615 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr15 42115819 . T TCATCCTGGTCCAGGCTG . . DP=7;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=127,58;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.334:7:4,2:1,0:2,3,1,1 chr15 42116171 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,31;MFRL=138,168;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:42116171_C_T:42116171:0,1,0,1 chr15 42116183 . G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:42116171_C_T:42116171:0,0,0,1 chr15 42116193 . C A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,19;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:42116171_C_T:42116171:0,0,0,1 chr15 42127734 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=136,131;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=10.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.627:6:0,3:2,1:2,0,3,1 chr15 42129373 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=152,136;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr15 42132640 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42132640_G_A:42132640:0,0,1,0 chr15 42132647 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42132640_G_A:42132640:0,0,1,0 chr15 42132898 . CCAGCCA C . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=22.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,6:0,2:0,0,2,6 chr15 42137773 . G A . . DP=4;ECNT=6;MBQ=29,28;MFRL=176,150;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=9.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,0:0,3:1,0,3,0 chr15 42137786 . G A . . DP=6;ECNT=6;MBQ=31,27;MFRL=150,140;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,1:2,1:3,0,2,0 chr15 42137828 . C CAGGAAG . . DP=6;ECNT=6;MBQ=32,19;MFRL=146,44;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,1:0|1:42137828_C_CAGGAAG:42137828:3,1,1,1 chr15 42137829 . C CCTCT . . DP=6;ECNT=6;MBQ=31,20;MFRL=146,44;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:42137828_C_CAGGAAG:42137828:3,1,1,1 chr15 42137832 . A AT . . DP=6;ECNT=6;MBQ=27,20;MFRL=146,44;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:42137828_C_CAGGAAG:42137828:2,2,1,1 chr15 42137835 . G GCTGCCCCATAA . . DP=7;ECNT=6;MBQ=34,20;MFRL=150,44;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,0:2,2:0|1:42137828_C_CAGGAAG:42137828:2,3,1,1 chr15 42138621 . C CT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=1159,106;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:42138621_C_CT:42138621:0,1,0,1 chr15 42138624 . TG T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,27;MFRL=1159,106;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:42138621_C_CT:42138621:0,1,0,1 chr15 42138626 . A T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,26;MFRL=1159,106;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:42138621_C_CT:42138621:0,1,0,1 chr15 42138891 . A T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=20,30;MFRL=81,152;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:42138891_A_T:42138891:1,1,0,1 chr15 42138894 . A T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=20,30;MFRL=81,152;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:42138891_A_T:42138891:1,1,0,1 chr15 42138895 . G GCA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=20,30;MFRL=81,152;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:42138891_A_T:42138891:1,1,0,1 chr15 42138897 . T TGTCTCAAG . . DP=3;ECNT=5;MBQ=20,29;MFRL=81,152;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:42138891_A_T:42138891:1,1,0,1 chr15 42139038 . G A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,20;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr15 42140930 . C CGGTCAGAAGAGTTTCCTGGG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=180,105;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.490:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr15 42143227 . T C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=130,91;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.485:6:2,2:1,0:1,2,1,2 chr15 42143251 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=138,108;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.663:7:1,2:1,2:1,1,3,2 chr15 42143533 . T G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=32.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,6:0,4:0,0,2,8 chr15 42144332 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=24,34;MFRL=117,138;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:1,0,1,1 chr15 42147639 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr15 42147663 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr15 42165774 . C CACTATCCTCT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=130,186;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.392:3:0,1:2,0:0,2,0,1 chr15 42171537 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,2,1 chr15 42171877 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=10.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,3,1 chr15 42172088 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=134,111;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:42172088_C_T:42172088:1,3,0,1 chr15 42172107 . TT GC . . 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DP=14;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=96,64;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.188:14:10,0:2,2:3,9,1,1 chr15 42174906 . C CCATGCCTCACGA . . DP=12;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=96,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:9,0:1,2:2,8,1,1 chr15 42175487 . C CTAGAACCTA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=105,113;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr15 42180250 . TG T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,30;MFRL=142,124;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:42180250_TG_T:42180250:0,1,0,1 chr15 42180253 . A T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,30;MFRL=142,124;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:42180250_TG_T:42180250:0,1,0,1 chr15 42180256 . G C . . 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G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=14.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr15 42298133 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr15 42305769 . GC AT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:42305769_GC_AT:42305769:0,0,2,0 chr15 42305773 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:42305769_GC_AT:42305769:0,0,2,0 chr15 42305852 . A AGAG . . DP=7;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=GAG;STR;TLOD=27.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,4:0,2:0,0,3,4 chr15 42305998 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=11.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0|1:42305998_T_C:42305998:0,0,0,3 chr15 42306015 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:42305998_T_C:42305998:0,0,0,2 chr15 42363769 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,46;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr15 42373338 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,23;MFRL=155,155;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:42373338_C_A:42373338:0,1,0,1 chr15 42373339 . ACACACAGACAGGC A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,22;MFRL=155,155;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:42373338_C_A:42373338:0,1,0,1 chr15 42373675 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=22,33;MFRL=66,113;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:42373675_A_C:42373675:2,0,0,1 chr15 42373681 . T TACCCCATCTCTACTTGCCTGCTC . . DP=4;ECNT=2;MBQ=24,29;MFRL=66,113;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.388:3:0,0:2,1:0|1:42373675_A_C:42373675:2,0,0,1 chr15 42373810 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,190;MMQ=60,60;MPOS=31;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr15 42374134 . T TC . . DP=3;ECNT=8;MBQ=32,31;MFRL=187,165;MMQ=40,20;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:42374134_T_TC:42374134:0,2,0,1 chr15 42374137 . T G . . DP=3;ECNT=8;MBQ=31,33;MFRL=202,136;MMQ=30,40;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:42374137_T_G:42374137:0,2,0,1 chr15 42374138 . T TTTTC . . 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A ATGG . . DP=5;ECNT=5;MBQ=24,19;MFRL=174,53;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,0:0,1:0|1:43020518_A_AG:43020518:0,3,1,1 chr15 43020526 . A AGGAGG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=24,20;MFRL=148,53;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:0|1:43020518_A_AG:43020518:0,2,1,1 chr15 43021593 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=172,208;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.495:2:0,0:1,1:0|1:43021593_G_A:43021593:1,0,0,1 chr15 43021594 . A AGTTGCTTTC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,26;MFRL=172,208;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.495:2:0,0:1,1:0|1:43021593_G_A:43021593:1,0,0,1 chr15 43023555 . T TGG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=31,59;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0|1:43023555_T_TGG:43023555:1,1,1,1 chr15 43023556 . A AGACCCTACCGGTCCTTGTGT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=31,59;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0|1:43023555_T_TGG:43023555:1,1,1,1 chr15 43025476 . C CTT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=12,14;RU=T;STR;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.700:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr15 43026585 . GA AC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=33,23;MFRL=111,109;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.580:3:0,1:1,1:0|1:43026585_GA_AC:43026585:0,1,0,2 chr15 43026588 . T A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,26;MFRL=111,109;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.578:3:0,0:1,1:0|1:43026585_GA_AC:43026585:0,1,0,2 chr15 43026594 . T TTCC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,31;MFRL=111,70;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:43026585_GA_AC:43026585:0,1,0,1 chr15 43027508 . C T . . DP=7;ECNT=3;MBQ=32,25;MFRL=88,142;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:1,0:3,2:2,2,2,0 chr15 43027563 . ACC A . . DP=7;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=75,57;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0|1:43027563_ACC_A:43027563:2,3,1,1 chr15 43027568 . G GCACTTGGAACTGAGCCTTGGCTCCAAA . . DP=7;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=75,57;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:2,0:0|1:43027563_ACC_A:43027563:2,3,1,1 chr15 43038480 . T TACA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=105,101;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr15 43044905 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=29,24;MFRL=105,129;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:3,2:6,0:4,5,0,2 chr15 43122347 . C T . . 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DP=5;ECNT=3;MBQ=26,31;MFRL=130,109;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:43244690_AC_A:43244690:0,4,0,1 chr15 43244699 . A G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.782:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr15 43256121 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=15.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,3,2 chr15 43294809 . T C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=26,33;MFRL=99,105;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.185:14:7,1:5,1:5,7,2,0 chr15 43315004 . AGGAG A . . DP=8;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=122,66;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:4,2:2,0:0|1:43315004_AGGAG_A:43315004:3,3,1,1 chr15 43315009 . G GCCCT . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr15 43785203 . CC TA . . DP=13;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=118,45;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:7,2:4,0:0|1:43785203_CC_TA:43785203:7,4,1,1 chr15 43785206 . C CGT . . DP=13;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=118,45;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:6,2:4,0:0|1:43785203_CC_TA:43785203:7,4,1,1 chr15 43813280 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,34;MFRL=170,179;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,1,0 chr15 43814386 . A AGAACCAGCAAGACAGTCATCAAAAGCTGCCTAACACCTTTG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=57,98;MMQ=60,48;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.482:3:0,1:1,0:0,2,0,1 chr15 43815635 . AG CT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=37,33;MFRL=130,114;MMQ=24,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:43815635_AG_CT:43815635:2,1,0,1 chr15 43815639 . T A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=24,27;MFRL=130,114;MMQ=24,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:43815635_AG_CT:43815635:2,1,0,1 chr15 43815642 . G GAGGAAATAC . . DP=4;ECNT=4;MBQ=30,32;MFRL=130,114;MMQ=24,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:43815635_AG_CT:43815635:2,1,0,1 chr15 43815735 . C T . . DP=5;ECNT=4;MBQ=33,20;MFRL=147,101;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:2,1,1,1 chr15 43815936 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr15 43815985 . A T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=116,102;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=7.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.555:7:1,0:2,4:3,0,2,2 chr15 43816917 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=134,133;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.545:9:3,3:1,2:3,1,2,3 chr15 43819433 . G GAGAGTAATTA . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=78,63;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:2,2:4,0:2,4,1,1 chr15 43819840 . C CGAGTA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:43819840_C_CGAGTA:43819840:0,0,0,1 chr15 43819842 . C G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:43819840_C_CGAGTA:43819840:0,0,0,1 chr15 43820136 . G A . . 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DP=7;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=118,64;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TG;STR;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.334:7:3,0:2,2:0|1:44181110_C_CTG:44181110:1,4,1,1 chr15 44181113 . C CATCTACAAGAT . . DP=8;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=112,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.301:8:3,0:3,2:0|1:44181110_C_CTG:44181110:1,5,1,1 chr15 44184326 . A ACAAATGGAAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,24;MFRL=127,172;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr15 44211913 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=129,125;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=10.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,5:0.352:15:7,4:3,1:4,6,3,2 chr15 44751464 . G A . . DP=7;ECNT=4;MBQ=31,24;MFRL=150,183;MMQ=60,42;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.372:6:4,1:0,1:0,4,0,2 chr15 44751468 . G T . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=119,133;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr15 44855561 . C CGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=162,191;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr15 44862931 . G GCATCATCCGAGTCCT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr15 44887610 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=81,51;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:6,0:2,2:5,3,2,0 chr15 44889202 . G GA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:44889202_G_GA:44889202:0,0,0,1 chr15 44889203 . C CTTACAGATAGAACGCTCCCAT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:44889202_G_GA:44889202:0,0,0,1 chr15 44912640 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,29;MFRL=118,125;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:44912640_A_T:44912640:0,1,0,1 chr15 44912646 . A ATAT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,21;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:44912640_A_T:44912640:0,0,0,1 chr15 44921084 . AAA CTT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=119,75;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0,3,0,1 chr15 44961255 . G GT . . DP=8;ECNT=5;MBQ=30,20;MFRL=166,46;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:5,2:1,0:0|1:44961255_G_GT:44961255:1,5,1,1 chr15 44961258 . G GAATATAATTTGGGTAGGGCT . . DP=8;ECNT=5;MBQ=29,20;MFRL=166,46;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:5,2:1,0:0|1:44961255_G_GT:44961255:1,5,1,1 chr15 44961264 . A AGGGGTCTCT . . DP=5;ECNT=5;MBQ=28,20;MFRL=168,64;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.496:4:1,2:1,0:0|1:44961264_A_AGGGGTCTCT:44961264:0,2,1,1 chr15 44961269 . A AGGGCC . . DP=4;ECNT=5;MBQ=27,25;MFRL=168,64;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.392:3:1,1:1,0:0|1:44961264_A_AGGGGTCTCT:44961264:0,2,0,1 chr15 44961272 . A G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=27,28;MFRL=168,64;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:44961264_A_AGGGGTCTCT:44961264:0,2,0,1 chr15 44961834 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=156,135;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:44961834_T_C:44961834:0,2,0,1 chr15 44961836 . G C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,26;MFRL=156,135;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:44961834_T_C:44961834:0,2,0,1 chr15 44966389 . T C . . DP=27;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=69.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.961:22:0,12:0,10:0,0,9,13 chr15 45059390 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=11.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,2,2 chr15 45250755 . CA TG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,169;MMQ=60,40;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr15 45353230 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,119;MMQ=60,51;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=14.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,5,0 chr15 45357409 . AT TG . . DP=7;ECNT=2;MBQ=25,27;MFRL=118,145;MMQ=43,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:3,1:1,1:2,2,2,0 chr15 45357410 . T G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,129;MMQ=60,46;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=9.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.888:7:0,4:0,3:0,0,5,2 chr15 45361011 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,173;MMQ=60,27;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr15 45386535 . G GCAATT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:45386535_G_GCAATT:45386535:0,0,0,1 chr15 45386538 . G C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:45386535_G_GCAATT:45386535:0,0,0,1 chr15 45386541 . T A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,23;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:45386535_G_GCAATT:45386535:0,0,0,1 chr15 45386545 . G C . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=21.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.884:6:0,3:0,3:0,0,0,6 chr15 45974593 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,214;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=7.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr15 48053229 . C A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=104,84;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.248:14:3,0:8,3:4,7,1,2 chr15 48053334 . G T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=150,98;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=9.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.632:6:0,1:2,3:1,1,1,3 chr15 48058214 . C T . . DP=13;ECNT=4;MBQ=27,25;MFRL=143,116;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=20.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.572:12:4,4:1,3:2,3,4,3 chr15 48058234 . GGGTCTTGCAGTATCGAAACCTTTGTTGATGAGAAAATCCAAGTTACATTCTGTTTGGTTTTACACA G . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr15 48063633 . T TCTCTTCTCCCAGCTTCTACCCTCCCAATA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=164,84;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr15 48063940 . T TTCCTTC . . DP=9;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=132,53;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.327:7:1,2:4,0:3,2,1,1 chr15 48441642 . A AAATAATTCCCAAAGCAAT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr15 48450342 . TG T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=170,198;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:3,1,0,1 chr15 48450481 . A ATCTT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=23,23;MFRL=135,191;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr15 48451186 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=21,34;MFRL=127,723;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.501:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr15 48460786 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.810:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr15 48495195 . T G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=120,101;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:0,0:3,2:1,2,1,1 chr15 48495206 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=120,101;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:0,0:3,2:1,2,1,1 chr15 48519272 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=142,485;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:2,2,2,0 chr15 48524854 . TA T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr15 48525104 . CAA C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr15 48533876 . G GGACTTCT . . DP=2;ECNT=7;MBQ=31,33;MFRL=171,153;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:48533876_G_GGACTTCT:48533876:0,1,0,1 chr15 48533878 . A AGAGTCT . . DP=2;ECNT=7;MBQ=25,27;MFRL=171,153;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:48533876_G_GGACTTCT:48533876:0,1,0,1 chr15 48533880 . A T . . DP=2;ECNT=7;MBQ=25,24;MFRL=171,153;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:48533876_G_GGACTTCT:48533876:0,1,0,1 chr15 48533883 . T TG . . DP=2;ECNT=7;MBQ=27,31;MFRL=171,153;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:48533876_G_GGACTTCT:48533876:0,1,0,1 chr15 48533894 . TTA T . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,25;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48533894_TTA_T:48533894:0,0,0,1 chr15 48533899 . A T . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,26;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48533894_TTA_T:48533894:0,0,0,1 chr15 48533901 . G A . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,20;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48533894_TTA_T:48533894:0,0,0,1 chr15 48539026 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,1:0|1:48539026_A_T:48539026:0,0,2,0 chr15 48539043 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=12.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0|1:48539026_A_T:48539026:0,0,2,2 chr15 48561834 . A G . . 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DP=4;ECNT=5;MBQ=33,30;MFRL=141,117;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:2,0:0|1:48713014_A_T:48713014:0,3,0,1 chr15 48713018 . G A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=34,20;MFRL=156,117;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:48713014_A_T:48713014:0,2,0,1 chr15 48713905 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=20,32;MFRL=111,83;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:1,1:0,0:0|1:48713905_A_C:48713905:0,1,0,1 chr15 48713907 . G GGTCCTGTATCTT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=111,83;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,1:0,0:0|1:48713905_A_C:48713905:0,1,0,1 chr15 48720526 . G C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=43.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.935:13:0,6:0,7:0,0,5,8 chr15 48755505 . TAAGTG T . . 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DP=6;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=130,57;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:0|1:48779510_GAT_G:48779510:1,3,1,1 chr15 48779516 . C CACACACACACTCCTTTTACCTTTTAAAAGG . . DP=6;ECNT=4;MBQ=25,34;MFRL=128,132;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:3,1:0.381:4:2,0:1,1:1|0:48779510_GAT_G:48779510:1,2,0,1 chr15 48779522 . G C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,20;MFRL=142,57;MMQ=60,60;MPOS=-4;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0|1:48779510_GAT_G:48779510:1,1,1,1 chr15 48782162 . T TCTCGCGGCCGGGTTGGGGTATTCCTGGTC . . DP=10;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=146,53;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.269:9:3,2:4,0:5,2,1,1 chr15 48787464 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=153,73;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.606:3:1,0:0,2:1,0,1,1 chr15 48788300 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=136,123;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:8,0:3,2:7,4,0,2 chr15 48796187 . A AGATGCCAGGCAAACTCTGC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr15 48800908 . A AGAAGAGG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,25;MFRL=133,105;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:48800908_A_AGAAGAGG:48800908:0,2,0,1 chr15 48800911 . C G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,27;MFRL=133,105;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:48800908_A_AGAAGAGG:48800908:0,2,0,1 chr15 48808635 . AT A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=T;STR;TLOD=4.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.698:1:0,1:0,0:0|1:48808635_AT_A:48808635:0,0,0,1 chr15 48808645 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48808635_AT_A:48808635:0,0,0,1 chr15 48808646 . GA G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48808635_AT_A:48808635:0,0,0,1 chr15 49031562 . A C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=161,214;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=5.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0,2,2,0 chr15 49044538 . C G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=34,31;MFRL=154,126;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=7.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.662:4:1,1:0,1:1,0,2,1 chr15 49044560 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,24;MFRL=127,146;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:49044560_G_A:49044560:2,2,0,1 chr15 49044579 . G T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,16;MFRL=127,146;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,0:0|1:49044560_G_A:49044560:0,2,0,1 chr15 49054861 . T TGTACA . . DP=8;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=109,66;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=5.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:1,2:5,0:1,5,1,1 chr15 49083410 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=125,115;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.382:6:2,0:1,2:3,1,2,0 chr15 49118087 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr15 49118173 . TGTTGGAATGCAAAAGTGCTGGATTATTATCTTTTCTCACTG T . . DP=20;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=125,130;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.209:14:2,2:3,0:3,9,1,1 chr15 49284842 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=162,154;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.339:7:2,2:2,0:2,3,0,2 chr15 49288880 . G GAC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=AC;STR;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr15 49292248 . GATA G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr15 49327821 . G GTCTGTCA . . DP=12;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=127,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.245:10:5,2:3,0:3,5,1,1 chr15 49422885 . T G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=179,73;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=11.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.666:7:1,2:1,3:2,0,3,2 chr15 49426048 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=158,166;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=11.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.428:12:4,3:3,2:5,2,3,2 chr15 49575982 . TA T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=142,122;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:49575982_TA_T:49575982:0,4,0,1 chr15 49575985 . TA T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,28;MFRL=142,122;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:49575982_TA_T:49575982:0,4,0,1 chr15 49663405 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,196;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr15 49716747 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,22;MFRL=136,360270;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:3,2:1,0:0,4,0,2 chr15 49867122 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr15 49867148 . T C . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=142,149;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:50171746_T_C:50171746:0,1,0,1 chr15 50171751 . G GGATCATGAGGTCA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=142,149;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:50171746_T_C:50171746:0,1,0,1 chr15 50212636 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,27;MFRL=145,93;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:2,0:0|1:50212636_C_T:50212636:0,3,0,1 chr15 50212639 . C CTACCTTTTTTTTTAAGAAA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=145,93;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:50212636_C_T:50212636:0,3,0,1 chr15 50271830 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=23,30;MFRL=117,7079;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=7.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.307:11:8,0:0,3:6,2,3,0 chr15 50273508 . A C . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:53810035_G_A:53810035:0,0,0,1 chr15 53815610 . C T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=18,28;MFRL=161,169;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:53815610_C_T:53815610:0,1,0,1 chr15 53815612 . C A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,26;MFRL=161,169;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:53815610_C_T:53815610:0,1,0,1 chr15 53815614 . G T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,27;MFRL=161,169;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:53815610_C_T:53815610:0,1,0,1 chr15 53815618 . TTTCCAG T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=13,26;MFRL=161,169;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:53815610_C_T:53815610:0,1,0,1 chr15 53992228 . A AGTGTGGAATGGCTGG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr15 53997269 . C T . . DP=11;ECNT=3;MBQ=25,28;MFRL=105,114;MMQ=60,54;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:5,0:2,2:0|1:53997269_C_T:53997269:4,5,0,2 chr15 53997271 . C T . . DP=11;ECNT=3;MBQ=25,28;MFRL=105,114;MMQ=60,54;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:7,0:2,2:0|1:53997269_C_T:53997269:4,5,0,2 chr15 53997293 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=132,94;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:1,2,1,1 chr15 54007613 . C CTAGAGAA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=130,125;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:1,2,0,1 chr15 54007650 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=15.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,0:0,5:0,0,5,0 chr15 54008889 . GA G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=10.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr15 54008924 . T TATCAC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,16;MFRL=158,120;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,0:0|1:54008924_T_TATCAC:54008924:0,2,0,1 chr15 54008928 . T A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=23,19;MFRL=158,120;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.395:3:0,0:1,0:0|1:54008924_T_TATCAC:54008924:0,2,0,1 chr15 54008940 . ATTTTTGTGCCACCAAGTTTTTCTTTAGCAGCCTGATCATTTATGTGGC A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=27,28;MFRL=167,214;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr15 54025313 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=157,121;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:0|1:54025313_C_T:54025313:1,1,1,1 chr15 54025316 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=157,121;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:0|1:54025313_C_T:54025313:1,1,1,1 chr15 54307052 . AT A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=98,116;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.215:12:6,0:4,2:4,6,0,2 chr15 54307577 . G GAGAT . . DP=11;ECNT=2;MBQ=30,34;MFRL=154,336;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.246:10:5,1:3,1:0|1:54307577_G_GAGAT:54307577:5,3,1,1 chr15 54307578 . C CACAAAGCCAAAGAGAAT . . DP=13;ECNT=2;MBQ=31,33;MFRL=154,336;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.211:12:5,1:3,1:0|1:54307577_G_GAGAT:54307577:6,4,1,1 chr15 54542575 . GTGT G . . 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C CCACGCTG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=51,221;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr15 56130055 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=123,62;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.175:15:5,1:8,1:5,8,0,2 chr15 56141063 . G GGGCTTTGA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=24,15;MFRL=109,75;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,0:0|1:56141063_G_GGGCTTTGA:56141063:2,2,0,1 chr15 56141067 . T A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,17;MFRL=109,75;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,0:0|1:56141063_G_GGGCTTTGA:56141063:2,2,0,1 chr15 56142974 . T TAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=A;STR;TLOD=4.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.687:1:0,1:0,0:0|1:56142974_T_TAA:56142974:0,0,0,1 chr15 56142977 . AGAGAGAAC A . . 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AA TG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=136,141;MMQ=50,40;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:2,0,1,0 chr15 59964798 . C G . . DP=14;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=44.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.935:13:0,8:0,5:0,0,10,3 chr15 59964987 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=113,173;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=12.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:0,1:4,4:1,3,0,5 chr15 59974566 . C G . . DP=18;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=126,112;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=20.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,7:0.506:14:4,4:2,3:4,3,2,5 chr15 60298113 . C CTGAGTAGTTGAG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:60298113_C_CTGAGTAGTTGAG:60298113:0,0,0,1 chr15 60298117 . T A . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr15 63017379 . T TTAGTTTGTTTGTTTGTTTTTTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,31;MFRL=152,157;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:63017379_T_TTAGTTTGTTTGTTTGTTTTTTG:63017379:0,1,0,1 chr15 63017383 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=152,157;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:63017379_T_TTAGTTTGTTTGTTTGTTTTTTG:63017379:0,1,0,1 chr15 63030398 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=20.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,4:0,2:0,0,3,3 chr15 63032951 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=179,91;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,0:0,2:1,1,1,1 chr15 63040733 . T TCTATCTA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=148,152;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0,3,0,1 chr15 63040742 . T TTTTTGTTCCTCAGATGAGATC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,29;MFRL=221,148;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.490:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr15 63054439 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=127,105;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:1,0,2,0 chr15 63058580 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=14,20;MFRL=90,85;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.518:4:0,0:1,2:1,1,1,1 chr15 63073519 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:63073519_A_C:63073519:0,0,0,1 chr15 63073520 . TC T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:63073519_A_C:63073519:0,0,0,1 chr15 63075920 . CTGTGTG C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=55,126;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=13,10;RU=TG;STR;TLOD=5.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.331:7:0,1:0,1:0|1:63075920_CTGTGTG_C:63075920:3,2,2,0 chr15 63075952 . C G . . DP=14;ECNT=2;MBQ=31,14;MFRL=55,126;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.199:13:3,0:7,0:0|1:63075920_CTGTGTG_C:63075920:4,7,2,0 chr15 63088454 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=219,94;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.603:3:1,2:0,0:0,1,1,1 chr15 63098028 . TCG T . . DP=9;ECNT=5;MBQ=28,20;MFRL=147,43;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:0|1:63098028_TCG_T:63098028:2,5,1,1 chr15 63098032 . G GTTC . . DP=9;ECNT=5;MBQ=29,20;MFRL=147,43;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,2:3,0:0|1:63098028_TCG_T:63098028:2,5,1,1 chr15 63098033 . A C . . DP=9;ECNT=5;MBQ=25,20;MFRL=147,43;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:0|1:63098028_TCG_T:63098028:2,5,1,1 chr15 63098037 . G T . . DP=8;ECNT=5;MBQ=31,20;MFRL=151,43;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.331:7:2,2:1,0:0|1:63098028_TCG_T:63098028:1,4,1,1 chr15 63098074 . GAA TTC . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr15 63336090 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,251;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr15 63349096 . G A . . 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DP=14;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,105;MMQ=60,53;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=42.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.932:12:0,7:0,4:0,0,4,8 chr15 63414723 . TGG CTC . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=98,140;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=12.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,2:0,1:1,0,3,0 chr15 63433766 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=67,119;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=45.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,16:0.944:17:1,8:0,7:1,0,5,11 chr15 63449543 . A C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=42.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.936:13:0,5:0,8:0,0,9,4 chr15 63449680 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=21.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,1,5 chr15 63547784 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=109,119;MMQ=60,54;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:6,2:5,0:5,6,1,1 chr15 63554824 . GTATA G,GTA . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=20,25;MFRL=115,97;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:2,0:1,1:0|1:63598007_C_A:63598007:1,2,0,1 chr15 63598012 . A T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,22;MFRL=115,97;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:63598007_C_A:63598007:1,2,0,1 chr15 63632687 . C CCGCTTTG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,92;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.680:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr15 63634395 . A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:63634395_A_T:63634395:0,0,0,1 chr15 63634396 . G GACTA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:63634395_A_T:63634395:0,0,0,1 chr15 63667871 . T C . . DP=33;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=114,96;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:30,3:0.114:33:15,0:15,3:15,15,0,3 chr15 63848805 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=14.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr15 63848928 . G T . . DP=23;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=114,55;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,2:0.120:23:10,2:11,0:11,10,1,1 chr15 63848949 . T G . . DP=18;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=97,55;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:8,2:8,0:0|1:63848949_T_G:63848949:8,8,1,1 chr15 63848950 . A AAGCACCACTGCCATTTGTGCCAC . . DP=18;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=97,55;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:7,2:8,0:0|1:63848949_T_G:63848949:8,8,1,1 chr15 63850393 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=135,177;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:3,1:8,1:5,6,1,1 chr15 63889803 . TCCGCAGCC T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=23,28;MFRL=162,133;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.505:2:1,1:0,0:0|1:63889803_TCCGCAGCC_T:63889803:0,1,0,1 chr15 63889813 . C CTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=T;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:63889803_TCCGCAGCC_T:63889803:0,0,0,1 chr15 63904361 . TG T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=22,26;MFRL=119,119;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=G;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:63904361_TG_T:63904361:1,0,1,0 chr15 63904367 . A AAGTGG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,30;MFRL=119,119;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:63904361_TG_T:63904361:1,0,1,0 chr15 63904374 . GAGACCCTGTCTCAACAAAAACA G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,34;MFRL=119,119;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.335:4:0,1:1,0:0|1:63904361_TG_T:63904361:3,0,1,0 chr15 63908853 . C A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=25,27;MFRL=174,132;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:63908853_C_A:63908853:0,1,0,1 chr15 63908862 . C A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=19,26;MFRL=87,132;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:0,1:0|1:63908853_C_A:63908853:1,1,0,1 chr15 63908866 . A T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=27,29;MFRL=87,132;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:63908853_C_A:63908853:1,1,0,1 chr15 63908868 . G A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,24;MFRL=87,132;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:63908853_C_A:63908853:1,1,0,1 chr15 63908872 . A C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=21,34;MFRL=87,132;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:63908853_C_A:63908853:1,1,0,1 chr15 63915130 . C CCTTGCCATAAAGAAGCTTAGAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=33,33;MFRL=136,177;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr15 63915903 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=164,152;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:2,0,2,0 chr15 63930743 . A C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=119,147;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.232:11:1,0:8,2:5,4,0,2 chr15 63932513 . G C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=31.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,7:0,2:0,0,6,3 chr15 63935149 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=27.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,1:0,9:0,0,6,5 chr15 63937209 . C G . . 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C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr15 65344035 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:65344035_G_A:65344035:0,0,0,1 chr15 65344047 . CACCCTTTGGGACAG C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:65344035_G_A:65344035:0,0,0,1 chr15 65350743 . C G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=23,24;MFRL=83,71;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=11.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:3,1:1,4:2,2,1,4 chr15 65350968 . T A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=120,108;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=15.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.533:13:6,2:0,4:2,4,3,4 chr15 65357491 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=157,94;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=19.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.670:10:1,6:2,1:2,1,6,1 chr15 65370255 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=263,54;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr15 65443210 . C CTAGCCTGGGCAA . . DP=6;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=104,65;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0|1:65443210_C_CTAGCCTGGGCAA:65443210:1,3,1,1 chr15 65443216 . TC CA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=27,30;MFRL=104,65;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:65443210_C_CTAGCCTGGGCAA:65443210:1,3,0,1 chr15 65443219 . T G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,34;MFRL=104,65;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:65443210_C_CTAGCCTGGGCAA:65443210:1,3,0,1 chr15 65444930 . T TAAAGA . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=114,63;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr15 65744366 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=90,73;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.247:10:7,2:1,0:2,6,0,2 chr15 65851189 . TTATGAAAAAGCTTTTAG T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=154,131;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.513:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr15 65916435 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=134,100;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=22.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,8:0.478:17:5,8:3,0:6,3,8,0 chr15 65916922 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.671:1:0,0:0,1:0|1:65916922_A_T:65916922:0,0,0,1 chr15 65916927 . C CCCAGAGGCAACACATCCCAGAT . . 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AC CA . . DP=8;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=123,58;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,2:4,0:0|1:67459174_A_G:67459174:3,3,1,1 chr15 67479904 . CAGAGCAGGCAGGGCTCCTCAGAGATGAGCTAGGCCAGCCCTAGCGTCA C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=208,117;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.531:3:1,1:0,0:0,1,0,2 chr15 67482707 . AT GG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=23,17;MFRL=165,153;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,0:0|1:67482707_AT_GG:67482707:2,0,1,0 chr15 67482714 . AA TG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=19,16;MFRL=165,153;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,0:0|1:67482707_AT_GG:67482707:2,0,1,0 chr15 67501091 . GA TC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr15 67528475 . CTT C . . 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C CTATCATTTGACTCATCAAT . . DP=7;ECNT=4;MBQ=32,32;MFRL=130,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,1:2,0:0|1:69238661_G_A:69238661:2,3,1,1 chr15 69238672 . C CCTCTA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=32,29;MFRL=130,125;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:2,1,0,1 chr15 69323903 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,84;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr15 69323988 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=86,59;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:1,1,1,1 chr15 69328303 . C CTGTCTCTCCAGCCT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,33;MFRL=66,248;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.391:3:2,0:0,1:0|1:69328303_C_CTGTCTCTCCAGCCT:69328303:0,2,0,1 chr15 69328306 . C T . . 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DP=8;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=125,147;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:4,2,2,0 chr15 74707230 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=126,92;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.288:12:8,0:0,3:5,4,2,1 chr15 74709867 . A ATCAGGCACATAGGGAGCAG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr15 74742082 . AGCTCAAGTT A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=26,26;MFRL=138,101;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:74742082_AGCTCAAGTT_A:74742082:0,1,0,1 chr15 74742083 . G GCAC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:0,1:0.684:1:0,1:0,0:1|0:74742082_AGCTCAAGTT_A:74742082:0,0,0,1 chr15 74742086 . C CCAAGCAGGAA . . 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G GCCAAGATCGTGTCAC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,78;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr15 75114322 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,0,3 chr15 75115895 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=18.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.884:6:0,6:0,0:0,0,5,1 chr15 75116048 . TG T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=G;STR;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr15 75116655 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=0,71;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr15 75116881 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr15 75129611 . G A . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=11.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr15 75682241 . C CT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.683:1:0,0:0,1:0|1:75682241_C_CT:75682241:0,0,0,1 chr15 75682247 . T A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:75682241_C_CT:75682241:0,0,0,1 chr15 75682249 . A C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:75682241_C_CT:75682241:0,0,0,1 chr15 75684667 . C CAAG . . DP=8;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=127,64;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:4,2:2,0:0|1:75684667_C_CAAG:75684667:4,2,1,1 chr15 75684669 . C CTCTTGTCTCTAGCCTT . . DP=8;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=127,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,2:2,0:0|1:75684667_C_CAAG:75684667:4,2,1,1 chr15 75692303 . A C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=160,193;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:2,0,2,0 chr15 75705398 . C G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=141,75;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=4.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:3,0:1,2:0,4,1,2 chr15 75801455 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:75801455_T_C:75801455:0,0,0,1 chr15 75801457 . TTACCCAGCA T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:75801455_T_C:75801455:0,0,0,1 chr15 75816649 . A C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=18.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,2,4 chr15 75819669 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=196,205;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:75819669_C_T:75819669:0,1,0,1 chr15 75819670 . A ATGAAAT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,26;MFRL=196,205;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:75819669_C_T:75819669:0,1,0,1 chr15 75819672 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,21;MFRL=196,205;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:75819669_C_T:75819669:0,1,0,1 chr15 75909933 . CT C . . DP=20;ECNT=4;MBQ=19,20;MFRL=113,104;MMQ=60,50;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=T;STR;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.217:11:2,0:1,2:0|1:75909933_CT_C:75909933:1,8,1,1 chr15 75909946 . T G . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.749:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr15 75982316 . T TTGGCCTCCCAAAGTG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,22;MFRL=126,153;MMQ=52,55;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,0:0,1,0,2 chr15 76136194 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=127,147;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.659:4:0,0:1,2:0,1,0,3 chr15 76136869 . AA GT . . DP=12;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=144,154;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:7,1:3,1:0|1:76136869_AA_GT:76136869:3,7,0,2 chr15 76136872 . C CGCGCG . . DP=11;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=140,154;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:7,1:2,0:0|1:76136869_AA_GT:76136869:3,6,0,2 chr15 76175828 . G A . . 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C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=113,68;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.248:14:9,0:2,3:10,1,2,1 chr15 77407327 . AC A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=25,24;MFRL=164,93;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:77407327_AC_A:77407327:1,0,0,1 chr15 77407330 . G GA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,31;MFRL=133,93;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:77407327_AC_A:77407327:2,0,0,1 chr15 77407334 . G C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=33,32;MFRL=133,93;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:77407327_AC_A:77407327:2,0,0,1 chr15 77407336 . C G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=29,32;MFRL=164,93;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:77407327_AC_A:77407327:2,1,0,1 chr15 77407339 . G GTAGTTCTTTGGTAGGTCT . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=126,132;MMQ=46,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:1,3,0,1 chr15 79165441 . G T . . DP=39;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=119,150;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=17.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:29,10:0.267:39:16,5:13,5:12,17,5,5 chr15 79172744 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr15 79177398 . CAG C . . DP=15;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=134,74;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:4,0:8,2:0|1:79177398_CAG_C:79177398:5,8,1,1 chr15 79177402 . A T . . DP=15;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=134,74;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:4,0:9,2:0|1:79177398_CAG_C:79177398:5,8,1,1 chr15 79221769 . G A . . 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G GGAGA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=34,30;MFRL=114,81;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:0,0:1,1:0|1:81565545_G_GGAGA:81565545:0,1,0,1 chr15 81565547 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,26;MFRL=114,81;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:81565545_G_GGAGA:81565545:0,1,0,1 chr15 81572130 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,84;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr15 81578139 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=135,124;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=28.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,10:0.611:16:4,6:2,4:2,4,2,8 chr15 81584925 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,24;MFRL=109,112;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.433:12:5,5:1,0:4,3,4,1 chr15 81592438 . C CACCAATTCAGCCTGATCCTCCGAGG . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=120,166;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:85191961_G_C:85191961:0,1,0,1 chr15 85191962 . C CATTAAAGTTGTTCTTTGATAAATCTCCAAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=120,166;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:85191961_G_C:85191961:0,1,0,1 chr15 85213283 . CA C . . DP=38;ECNT=1;MBQ=31,34;MFRL=93,45;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=A;STR;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:27,2:0.094:29:15,1:12,1:14,13,1,1 chr15 85234894 . A ATGTCTCAGAACT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=177,79;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr15 85345198 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=120,196;MMQ=40,27;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:1,2:9,0:9,1,2,0 chr15 85360004 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr15 85382143 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,31;MFRL=139,151;MMQ=60,54;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:85382143_G_A:85382143:3,0,1,0 chr15 85382149 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,31;MFRL=139,151;MMQ=60,54;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:85382143_G_A:85382143:3,0,1,0 chr15 85383458 . GA G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=A;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:85383458_GA_G:85383458:0,0,0,1 chr15 85383463 . A T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:85383458_GA_G:85383458:0,0,0,1 chr15 85383466 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:85383458_GA_G:85383458:0,0,0,1 chr15 85383469 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:85383458_GA_G:85383458:0,0,0,1 chr15 85383949 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=84,85;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.234:15:9,3:3,0:5,7,1,2 chr15 85399977 . C T . . DP=28;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=91,97;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,3:0.136:27:15,0:9,3:20,4,2,1 chr15 85402431 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=95,61;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:3,0:1,2:2,2,1,1 chr15 85430991 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,23;MFRL=124,133;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:0,0:2,2:1,2,2,0 chr15 85431144 . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=33,34;MFRL=115,103;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr15 86253768 . T A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=160,92;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:2,1:2,1:2,2,2,1 chr15 86253904 . C T . . DP=14;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=120,90;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:8,0:4,2:6,6,0,2 chr15 86253911 . T G . . DP=14;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=90,131;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.417:12:4,4:3,0:3,4,3,2 chr15 86266273 . T G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,34;MFRL=107,146;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:86266273_T_G:86266273:2,1,1,0 chr15 86266275 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,34;MFRL=107,146;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:0,0:0|1:86266273_T_G:86266273:2,1,1,0 chr15 86270516 . C CAGTACCTGCTGGATTAGT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=144,106;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:1,2,0,1 chr15 86278174 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=92,162;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:0,1:2,1:1,1,2,0 chr15 86278309 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=110,141;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.533:13:1,5:5,2:0,6,4,3 chr15 86279438 . C CT . . DP=7;ECNT=1;MBQ=33,35;MFRL=121,133;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=12,13;RU=T;STR;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.372:6:1,0:3,2:0,4,0,2 chr15 86283571 . A AAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=139,135;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr15 86284817 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr15 86286675 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=145,91;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:2,0,1,1 chr15 86287037 . C CGCTCCATTA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=138,113;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0,4,0,1 chr15 86312137 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=107,113;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr15 86312352 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr15 86800311 . A ATCACTT . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=142,111;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.486:3:0,1:1,0:0,2,0,1 chr15 90168108 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,86;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,1:0,0,3,2 chr15 90168482 . TAC GGG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,16;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:90168482_TAC_GGG:90168482:0,0,1,0 chr15 90168489 . A C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,12;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:90168482_TAC_GGG:90168482:0,0,1,0 chr15 90168493 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=23,12;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:90168482_TAC_GGG:90168482:0,1,1,0 chr15 90169138 . G A . . 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DP=4;ECNT=8;MBQ=22,31;MFRL=161,182;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:90176978_T_TGC:90176978:3,0,0,1 chr15 90176993 . T A . . DP=4;ECNT=8;MBQ=24,24;MFRL=161,182;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:90176978_T_TGC:90176978:3,0,0,1 chr15 90176995 . C T . . DP=4;ECNT=8;MBQ=29,23;MFRL=161,182;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:90176978_T_TGC:90176978:3,0,0,1 chr15 90176998 . C T . . DP=4;ECNT=8;MBQ=30,29;MFRL=161,182;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:90176978_T_TGC:90176978:3,0,0,1 chr15 90177157 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr15 90188514 . A G . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=183,115;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr15 92977670 . T G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr15 92977680 . A ATCCTC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,26;MFRL=123,109;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:92977680_A_ATCCTC:92977680:0,1,0,1 chr15 92977685 . AA TC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,30;MFRL=123,109;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:92977680_A_ATCCTC:92977680:0,1,0,1 chr15 93173503 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=150,121;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.336:10:4,3:2,0:2,5,2,1 chr15 93198671 . A G . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=131,85;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.500:2:0,1:0,0:1|0:97610_G_A:97610:0,1,0,1 chr16 101748 . TG CA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=25,35;MFRL=181,189;MMQ=60,36;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr16 103423 . C A . . DP=9;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=28.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,5:0,4:0,0,8,1 chr16 103449 . C CG . . DP=17;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=39.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.939:13:0,7:0,5:0,0,9,4 chr16 103517 . A C . . DP=20;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=57.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,19:0.953:19:0,8:0,11:0,0,9,10 chr16 103537 . CCCT C . . DP=20;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=102,82;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CCT;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.155:17:4,2:10,0:9,6,1,1 chr16 105444 . C T . . DP=26;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=66.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,25:0.963:25:0,18:0,7:0,0,16,9 chr16 105747 . A T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=169,62;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr16 108796 . T TG . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=G;STR;TLOD=17.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,2:0,3:0,0,2,3 chr16 110165 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=10.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr16 113883 . G GCC . . DP=8;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=C;STR;TLOD=30.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,7:0.893:7:0,3:0,4:0|1:113883_G_GCC:113883:0,0,6,1 chr16 113886 . GC G . . DP=8;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=C;STR;TLOD=30.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,7:0.893:7:0,3:0,4:0|1:113883_G_GCC:113883:0,0,6,1 chr16 113970 . T C . . DP=11;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=27.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,5:0,5:0,0,4,6 chr16 114505 . G GGCGGAGTTTACAGTGAGCCAAGAT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,33;MFRL=113,107;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0,3,0,1 chr16 114535 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:114535_A_G:114535:0,0,0,1 chr16 114538 . A AGAAACAACGAAATG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:114535_A_G:114535:0,0,0,1 chr16 115041 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=13.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0,0,0,4 chr16 138772 . A AG . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=32.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.916:10:0,7:0,3:0,0,4,6 chr16 143365 . G GGA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=124,52;MMQ=60,54;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:143365_G_GGA:143365:0,2,0,1 chr16 143367 . C CCCCGAGTGGGAAGGGGTGAGGCTGGCAGAGCCCT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=124,52;MMQ=60,54;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:143365_G_GGA:143365:0,2,0,1 chr16 160668 . TC T,CC . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,26,29;MFRL=0,125,101;MMQ=60,60,42;MPOS=5,12;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.06,14.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,5:0.220,0.672:6:0,1,4:0,0,1:0,0,1,5 chr16 160714 . T A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,24;MFRL=186,101;MMQ=52,40;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0,2,0,1 chr16 231109 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=34,25;MFRL=119,111;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=19.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,7:0.805:8:0,3:1,4:0,1,5,2 chr16 257987 . G GCA . . DP=10;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=130,159;MMQ=60,50;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:0,1:8,0:0|1:257987_G_GCA:257987:8,0,2,0 chr16 257994 . G C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,31;MFRL=122,159;MMQ=60,50;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:1,1:6,1:0|1:257987_G_GCA:257987:8,0,2,0 chr16 270775 . C CCAGCTCCATCTTGTCCTTCCCG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=91,142;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr16 277424 . G GTGACTTGCTTTCGT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 304576 . C G . . DP=22;ECNT=1;MBQ=32,21;MFRL=131,122;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,2:0.135:20:7,1:10,0:4,14,2,0 chr16 312232 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=158,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:1,2,1,1 chr16 319415 . G GATGAATTAA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,33;MFRL=154,153;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:319415_G_GATGAATTAA:319415:2,1,0,1 chr16 319416 . C CAAGAA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=154,153;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:319415_G_GATGAATTAA:319415:2,1,0,1 chr16 320835 . G T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=133,176;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.325:4:1,0:2,1:0|1:320835_G_T:320835:0,3,0,1 chr16 320846 . C CTAGGGGAATGGGTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,33;MFRL=148,176;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:320835_G_T:320835:0,1,0,1 chr16 323557 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=29661462,81;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr16 323595 . A AGTGGGG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:323595_A_AGTGGGG:323595:0,0,0,1 chr16 323596 . C CTCATGA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:323595_A_AGTGGGG:323595:0,0,0,1 chr16 324030 . T TG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=12,19;MFRL=156,132;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=6,7;RU=G;STR;TLOD=5.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.609:3:0,0:0,1:0,1,1,1 chr16 324052 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=27;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr16 325349 . A AATTTTGCCATGTTG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=137,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:1,1,0,1 chr16 336486 . G GTGGGCGGAGAGCTT . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=141,111;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.280:5:3,1:1,0:2,2,0,1 chr16 338315 . G GTGCCCA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=168,121;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0,2,0,1 chr16 343481 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,52;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr16 359932 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr16 359953 . A G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=20.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,3,3 chr16 397092 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,69;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr16 418429 . A G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=21.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,1:0,5:0,0,4,2 chr16 418462 . C G . . DP=15;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=38.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.936:13:0,6:0,7:0,0,8,5 chr16 419283 . A AG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=G;STR;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 424274 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,17;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:424274_G_T:424274:0,0,0,1 chr16 424277 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:424274_G_T:424274:0,0,0,1 chr16 424403 . CG TA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 425298 . G T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=13,26;MFRL=120,148;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=17.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.827:7:0,4:0,2:0,1,4,2 chr16 426476 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,204;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 427013 . G C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=11.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,3,1 chr16 427309 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=9.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr16 427349 . C A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,91;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=10.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,2,2 chr16 427479 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=172,155;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=28.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,10:0.848:11:1,5:0,5:1,0,3,7 chr16 427866 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr16 450367 . A ACCCCTACCGACCGCG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,25;MFRL=165,96;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:450367_A_ACCCCTACCGACCGCG:450367:0,1,0,1 chr16 450369 . C CTCAT . . 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DP=2;ECNT=7;MBQ=29,25;MFRL=171,92;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:511562_T_A:511562:0,1,0,1 chr16 511564 . C T . . DP=2;ECNT=7;MBQ=32,26;MFRL=171,92;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:511562_T_A:511562:0,1,0,1 chr16 511566 . C G . . DP=2;ECNT=7;MBQ=32,31;MFRL=171,92;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:511562_T_A:511562:0,1,0,1 chr16 511569 . CA C . . DP=2;ECNT=7;MBQ=32,30;MFRL=171,92;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:511562_T_A:511562:0,1,0,1 chr16 511575 . GC AG . . DP=2;ECNT=7;MBQ=30,23;MFRL=171,92;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:511562_T_A:511562:0,1,0,1 chr16 521441 . CTT C . . 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T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=28.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,6:0,3:0,0,6,3 chr16 614185 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=304,63;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr16 624706 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:624706_C_T:624706:0,0,1,0 chr16 624713 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:624706_C_T:624706:0,0,1,0 chr16 626346 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 628994 . TGGGC T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GGGC;STR;TLOD=8.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.765:2:0,2:0,0:0|1:628994_TGGGC_T:628994:0,0,2,0 chr16 629006 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:628994_TGGGC_T:628994:0,0,2,0 chr16 630367 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr16 632138 . C T . . DP=3;ECNT=7;MBQ=32,25;MFRL=191,141;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:1,0,2,0 chr16 632180 . G C . . DP=4;ECNT=7;MBQ=34,35;MFRL=191,144;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=10.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,2:0,1:1,0,3,0 chr16 632198 . T A . . DP=3;ECNT=7;MBQ=0,29;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=9.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr16 632225 . T C . . DP=2;ECNT=7;MBQ=0,30;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:632225_T_C:632225:0,0,0,2 chr16 632230 . CG C . . DP=3;ECNT=7;MBQ=0,30;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=12.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0|1:632225_T_C:632225:0,0,0,3 chr16 632233 . T C . . DP=3;ECNT=7;MBQ=0,31;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0|1:632225_T_C:632225:0,0,0,3 chr16 632315 . G A . . DP=4;ECNT=7;MBQ=20,20;MFRL=98,74;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:1,1,1,1 chr16 633226 . A AG . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=148,108;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=5.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:2,0:1,2:1,3,0,2 chr16 633353 . TG CA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=3;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,1,2 chr16 682566 . T C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=126,132;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=10.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.374:14:5,5:4,0:4,5,4,1 chr16 683735 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=130,156;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=15.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.778:7:0,2:1,3:1,0,6,0 chr16 685034 . G GA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:685034_G_GA:685034:0,0,0,1 chr16 685037 . T A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:685034_G_GA:685034:0,0,0,1 chr16 685039 . T G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:685034_G_GA:685034:0,0,0,1 chr16 700970 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=9.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.831:4:0,2:0,1:0,0,3,1 chr16 701142 . TG AC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,24;MFRL=188,180;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:701142_TG_AC:701142:0,1,0,1 chr16 701145 . G GATCACCTC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=17,31;MFRL=188,180;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:701142_TG_AC:701142:0,1,0,1 chr16 701156 . GC G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=C;STR;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 701296 . G C . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=19.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.667:10:1,4:2,3:0,3,3,4 chr16 789761 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,35;MFRL=153,129;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,1,0 chr16 815628 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,198;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 816287 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=19.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0|1:816287_C_T:816287:0,0,2,3 chr16 816294 . T G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,87;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=17.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0|1:816287_C_T:816287:0,0,1,3 chr16 818555 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=109,125;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,2:1,0:1,2,1,1 chr16 820078 . CA AT . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=129,118;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:1,2,2,0 chr16 837310 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 840122 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 840201 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=110,112;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.452:9:3,4:2,0:3,2,2,2 chr16 840501 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=130,33;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:2,2:3,0:4,2,1,1 chr16 841999 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=35,20;MFRL=0,71;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr16 844151 . C T . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=59,127;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=18.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.602:8:2,2:1,3:1,2,2,3 chr16 857697 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=34,26;MFRL=163,185;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=7.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,1:1,2:0,1,0,3 chr16 1004478 . A ATAAATCCTTTTTCTTTCTGTT . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=141,49;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:5,2:2,0:2,5,1,1 chr16 1021000 . CCGGAGGCCCCGCCCATTCT C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CGGAGGCCCCGCCCATTCT;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 1034930 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=8.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr16 1129764 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=112,54;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:1,0,1,1 chr16 1130287 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=90,97;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:2,3:3,0:4,1,2,1 chr16 1254137 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr16 1257731 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=12.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.722:5:1,2:0,2:0,1,4,0 chr16 1257940 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=9.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,1,2 chr16 1260021 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr16 1261219 . A G . . DP=7;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=69,144;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,3:0.444:7:2,2:2,1:0|1:1261219_A_G:1261219:2,2,3,0 chr16 1261222 . A G . . DP=8;ECNT=3;MBQ=26,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,3:0.400:8:3,2:2,1:0|1:1261219_A_G:1261219:3,2,3,0 chr16 1261282 . T C . . DP=12;ECNT=3;MBQ=28,30;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.538:11:4,2:1,4:3,2,3,3 chr16 1261377 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=145,163;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=8.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:2,1:0,2:1,1,1,2 chr16 1268284 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=113,307;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:1,1:3,1:3,1,0,2 chr16 1270782 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=154,96;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:3,2:0,0:1,2,1,1 chr16 1272119 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,33;MFRL=173,249;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:1272119_T_C:1272119:0,1,0,1 chr16 1272134 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,29;MFRL=173,249;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:1272119_T_C:1272119:0,1,0,1 chr16 1272206 . TCCCCGGGGCCCCGGGCACACAGCATGTCGGGCTGAAGGATGCTGC T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=112,178;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:1,0,1,0 chr16 1272946 . G GGCAT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1272946_G_GGCAT:1272946:0,0,0,1 chr16 1272951 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1272946_G_GGCAT:1272946:0,0,0,1 chr16 1273638 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,936;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 1275135 . T C . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=140,88;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:4,0:2,2:2,4,1,1 chr16 1703136 . T TGTCATGGC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=150,107;MMQ=60,47;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:1,3,0,1 chr16 1706942 . C CCT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,33;MFRL=142,157;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=CT;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:1706942_C_CCT:1706942:0,1,0,1 chr16 1706947 . TCA T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=21,30;MFRL=142,157;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:1706942_C_CCT:1706942:0,1,0,1 chr16 1706952 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:1706942_C_CCT:1706942:0,0,0,1 chr16 1706956 . T TCCTGG . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.681:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 1779236 . A AGTGAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,25;MFRL=174,82;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr16 1779556 . C T . . DP=31;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=107,102;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,4:0.160:29:14,3:10,1:15,10,3,1 chr16 1779575 . CGGAGGTACGCGGGGCGCGGCGGGGT C . . DP=26;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=109,125;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=11.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.597:9:1,0:2,5:0,4,2,3 chr16 1815946 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr16 1817397 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,194;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr16 1817754 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr16 1817768 . T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 1817935 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr16 1818152 . CT TC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 1818680 . G C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=26.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.916:9:0,0:0,8:0,0,4,5 chr16 1821492 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=153,90;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:1,1,1,1 chr16 1825389 . A AC . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=153,46;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=9.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:0,0:3,3:1,3,0,3 chr16 1825768 . A C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=38.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.939:14:0,8:0,5:0,0,6,8 chr16 1827125 . G GGCTCTGGTTTTGA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=122,118;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.391:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr16 1827158 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=235,96;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:1,2:1,1,1,1 chr16 1831510 . C G . . DP=20;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=145,66;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,2:0.136:20:8,0:9,2:0|1:1831510_C_G:1831510:1,17,1,1 chr16 1831516 . C CAAGAGGT . . DP=17;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=150,66;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:5,0:9,2:0|1:1831510_C_G:1831510:0,15,1,1 chr16 1836919 . G A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=27,23;MFRL=125,159;MMQ=60,58;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:1,1:3,0:3,1,0,2 chr16 1836933 . T G . . DP=8;ECNT=2;MBQ=21,20;MFRL=125,126;MMQ=60,58;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.285:8:2,0:2,1:3,3,0,2 chr16 1837053 . GT G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 1859316 . CCCTGCGCACGGCCCGCATGGTGGTCACCGGGTCCGTCTCA C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=121,61;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:3,2:1,0:2,3,1,1 chr16 1859730 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.796:3:0,1:0,1:0,0,2,1 chr16 1859850 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=23.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,4:0,4:0,0,6,2 chr16 1873087 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=15.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.864:5:0,3:0,2:0,0,1,4 chr16 1878020 . C T . . DP=5;ECNT=6;MBQ=26,31;MFRL=137,118;MMQ=60,40;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0,4,0,1 chr16 1878031 . G C . . DP=4;ECNT=6;MBQ=31,33;MFRL=156,118;MMQ=60,40;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:1878031_G_C:1878031:0,3,0,1 chr16 1878033 . A G . . DP=4;ECNT=6;MBQ=26,33;MFRL=156,118;MMQ=60,40;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:1878031_G_C:1878031:0,3,0,1 chr16 1878053 . C T . . DP=3;ECNT=6;MBQ=27,29;MFRL=174,118;MMQ=60,40;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:1878053_C_T:1878053:0,2,0,1 chr16 1878058 . G A . . DP=2;ECNT=6;MBQ=31,28;MFRL=156,118;MMQ=60,40;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:1878053_C_T:1878053:0,1,0,1 chr16 1878060 . C A . . DP=2;ECNT=6;MBQ=31,26;MFRL=156,118;MMQ=60,40;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:1878053_C_T:1878053:0,1,0,1 chr16 1904239 . T A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=14.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,0,5 chr16 1907701 . AG CA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.789:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr16 1907946 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=19.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,1:0,6:0,0,1,6 chr16 1910373 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr16 1912139 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=16.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,0,5 chr16 1917998 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr16 1918188 . G GGGCGGTGGAAGGGAT . . DP=15;ECNT=3;MBQ=30,17;MFRL=152,46;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.185:14:5,1:7,0:0|1:1918188_G_GGGCGGTGGAAGGGAT:1918188:5,7,1,1 chr16 1918190 . A G . . DP=14;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=152,46;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.188:14:4,2:5,0:0|1:1918188_G_GGGCGGTGGAAGGGAT:1918188:5,7,1,1 chr16 1918195 . AG TT . . DP=11;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=135,46;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.247:10:4,2:4,0:0|1:1918188_G_GGGCGGTGGAAGGGAT:1918188:3,5,1,1 chr16 1994743 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=17.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0|1:1994743_G_A:1994743:0,0,3,1 chr16 1994749 . A C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=20.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0|1:1994743_G_A:1994743:0,0,3,2 chr16 2004718 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=14.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr16 2011126 . A G . . 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DP=7;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=133,37;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,2:4,0:0|1:2029558_T_TGAGGCGGGCGGATCATGAG:2029558:3,2,1,1 chr16 2030093 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=164,112;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,2:2,0:1,1,1,1 chr16 2051150 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=132,64;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:2,4,0,2 chr16 2070604 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 2094619 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 2107214 . G C . . DP=5;ECNT=9;MBQ=33,31;MFRL=150,96;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:2107214_G_C:2107214:0,4,0,1 chr16 2107216 . CA TC . . DP=5;ECNT=9;MBQ=35,28;MFRL=150,96;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:2107214_G_C:2107214:0,4,0,1 chr16 2107221 . CAG C . . DP=4;ECNT=9;MBQ=35,30;MFRL=135,96;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:2107214_G_C:2107214:0,3,0,1 chr16 2107225 . C CCACCG . . DP=4;ECNT=9;MBQ=34,30;MFRL=135,96;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:2107214_G_C:2107214:0,3,0,1 chr16 2107235 . G GCCCCGGC . . DP=2;ECNT=9;MBQ=33,33;MFRL=135,186;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:2107235_G_GCCCCGGC:2107235:0,1,0,1 chr16 2107239 . C CTG . . DP=2;ECNT=9;MBQ=34,33;MFRL=135,186;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:2107235_G_GCCCCGGC:2107235:0,1,0,1 chr16 2107240 . A AGCCCACG . . DP=2;ECNT=9;MBQ=28,27;MFRL=135,186;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:2107235_G_GCCCCGGC:2107235:0,1,0,1 chr16 2107243 . G C . . DP=2;ECNT=9;MBQ=33,34;MFRL=135,186;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:2107235_G_GCCCCGGC:2107235:0,1,0,1 chr16 2107246 . C A . . DP=2;ECNT=9;MBQ=33,26;MFRL=135,186;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:2107235_G_GCCCCGGC:2107235:0,1,0,1 chr16 2111779 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=11.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,3,1 chr16 2111946 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=132,156;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.216:12:5,1:4,1:2,8,0,2 chr16 2114453 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,23;MFRL=133,149;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr16 2120411 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=147,177;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:3,2:0,0:3,1,2,0 chr16 2122309 . T TAGCAGATCTCCCTGC . . DP=6;ECNT=1;MBQ=23,20;MFRL=119,54;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,2:3,0:2,2,1,1 chr16 2122923 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=126,176;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:0,1:4,0:1,3,2,0 chr16 2124159 . TGC T . . DP=3;ECNT=6;MBQ=27,26;MFRL=180,137;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:2124159_TGC_T:2124159:2,0,1,0 chr16 2124162 . T TAA . . DP=3;ECNT=6;MBQ=27,25;MFRL=180,137;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:2124159_TGC_T:2124159:2,0,1,0 chr16 2124163 . G T . . DP=3;ECNT=6;MBQ=33,26;MFRL=180,137;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:2124159_TGC_T:2124159:2,0,1,0 chr16 2124168 . CGGG C . . DP=4;ECNT=6;MBQ=29,32;MFRL=180,137;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:2124159_TGC_T:2124159:3,0,1,0 chr16 2124172 . TGGG T . . DP=3;ECNT=6;MBQ=22,27;MFRL=165,137;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=4,1;RU=G;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:2124159_TGC_T:2124159:2,0,1,0 chr16 2124176 . G C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=29,33;MFRL=180,137;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:2124159_TGC_T:2124159:1,0,1,0 chr16 2135250 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=135,120;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.265:13:5,2:5,1:6,4,2,1 chr16 2136416 . G GC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=129,140;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:4,1:0,0:0|1:2136416_G_GC:2136416:1,3,0,1 chr16 2136417 . G C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=129,140;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:4,1:0,0:0|1:2136416_G_GC:2136416:1,3,0,1 chr16 2139703 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=77,108;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:1,1,1,1 chr16 2141846 . G GCC . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=142,93;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:2141846_G_GCC:2141846:2,1,0,1 chr16 2141847 . G T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=142,93;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:2141846_G_GCC:2141846:2,1,0,1 chr16 2150115 . G GAAA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,34;MFRL=161,155;MMQ=41,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr16 2152619 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=207,113;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=23.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,8:0.823:9:0,3:1,5:0,1,5,3 chr16 2154461 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=143,169;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:1,0,2,0 chr16 2156279 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=139,121;MMQ=48,23;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.363:9:4,3:2,0:0,6,1,2 chr16 2159036 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=121,82;MMQ=33,55;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,0:2,2:0,2,1,1 chr16 2159069 . C CAGTCCTTCCCAGCTCATAAACA . . 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G GGC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:2203513_G_GGC:2203513:0,0,0,1 chr16 2203515 . GGCCAACGCCC G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:2203513_G_GGC:2203513:0,0,0,1 chr16 2218223 . C CTACAAAGGACATGAACTCA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,34;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:2218223_C_CTACAAAGGACATGAACTCA:2218223:0,1,0,1 chr16 2218226 . C CTTTTT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,29;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;RPA=1,6;RU=T;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:2218223_C_CTACAAAGGACATGAACTCA:2218223:0,1,0,1 chr16 2218246 . G A . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=15.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,0,5 chr16 2273715 . CGGCGG C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:2273715_CGGCGG_C:2273715:0,0,0,1 chr16 2273722 . C A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:2273715_CGGCGG_C:2273715:0,0,0,1 chr16 2273723 . T TAA . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,28;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:2273715_CGGCGG_C:2273715:0,0,0,1 chr16 2273734 . C A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,28;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=-3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:2273734_C_A:2273734:0,0,0,1 chr16 2273735 . G GAA . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,34;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=-4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:2273734_C_A:2273734:0,0,0,1 chr16 2284796 . G GCTC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 2313343 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=10.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr16 2314401 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=8.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr16 2335418 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr16 2338363 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 2342165 . G A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=111,105;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.199:18:8,3:7,0:3,12,0,3 chr16 2349371 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=21,33;MFRL=112,136;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=10.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.668:4:0,3:1,0:1,0,3,0 chr16 2354183 . G T . . DP=9;ECNT=3;MBQ=32,28;MFRL=143,140;MMQ=60,48;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=10.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:2,0:2,4:0,4,0,4 chr16 2354196 . G GCA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,30;MFRL=149,82;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:2354196_G_GCA:2354196:0,3,0,1 chr16 2354197 . G GGCTCAA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=149,82;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:2354196_G_GCA:2354196:0,3,0,1 chr16 2485896 . A G . . DP=17;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=51.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.944:15:0,8:0,7:0,0,3,12 chr16 2488211 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=182,125;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0,1,0,2 chr16 2489533 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr16 2498828 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 2498849 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr16 2499011 . T C . . DP=6;ECNT=5;MBQ=0,30;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=19.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,1,5 chr16 2499027 . T TGC . . 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C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=121,85;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,2:0,0:1,1,1,1 chr16 3274647 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 3298955 . CC TT . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=132,42;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:2,0:3,2:4,2,1,1 chr16 3299719 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=81,65;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.305:11:3,0:5,3:3,5,1,2 chr16 3299749 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,30;MFRL=81,141;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,1:2,1:1,2,1,1 chr16 3304165 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=107,195;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=7.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:1,3:3,0:2,2,3,0 chr16 3306327 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,228;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 3335755 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=75,42;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:3,2:4,0:4,3,1,1 chr16 3340462 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=105,72;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:4,0:8,2:4,8,0,2 chr16 3367769 . G A . . DP=23;ECNT=7;MBQ=20,29;MFRL=109,163;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,4:0.219:21:7,1:8,3:8,9,3,1 chr16 3367783 . GGTGAGCAGCCATATACTTGTAGCATATGCAGGAGAAACTTCAGCAGGCGGTCAAGCCTTCTTAGACACCAGAAACTCCACCT G . . DP=17;ECNT=7;MBQ=33,33;MFRL=134,178;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.189:14:2,2:8,0:1,11,1,1 chr16 3367845 . TAGACACCAGA T . . DP=8;ECNT=7;MBQ=28,28;MFRL=151,84;MMQ=60,54;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.346:4:0,1:3,0:0|1:3367845_TAGACACCAGA_T:3367845:1,2,0,1 chr16 3367858 . C T . . DP=7;ECNT=7;MBQ=32,27;MFRL=154,84;MMQ=60,54;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.423:3:0,1:2,0:0|1:3367845_TAGACACCAGA_T:3367845:1,1,0,1 chr16 3367859 . TCCACC T . . DP=7;ECNT=7;MBQ=28,26;MFRL=154,84;MMQ=60,54;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.423:3:0,1:2,0:0|1:3367845_TAGACACCAGA_T:3367845:1,1,0,1 chr16 3367866 . GTGAA G . . DP=6;ECNT=7;MBQ=32,26;MFRL=178,84;MMQ=60,54;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.315:4:2,1:0,0:0|1:3367845_TAGACACCAGA_T:3367845:2,1,0,1 chr16 3367887 . G A . . DP=3;ECNT=7;MBQ=31,26;MFRL=157,178;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr16 3405875 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr16 3434948 . GA TC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=143,129;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:3434948_GA_TC:3434948:0,1,0,1 chr16 3434951 . AA GC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=22,27;MFRL=143,129;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:3434948_GA_TC:3434948:0,1,0,1 chr16 3440390 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=126,82;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,3:0.442:7:4,3:0,0:0|1:3440390_C_T:3440390:3,1,2,1 chr16 3440394 . A G . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=32.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,9:0.909:9:0,9:0,0:0|1:3440390_C_T:3440390:0,0,5,4 chr16 3452482 . G A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,28;MFRL=120,162;MMQ=60,30;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:3452482_G_A:3452482:0,1,0,1 chr16 3452494 . T TG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,30;MFRL=120,162;MMQ=60,30;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:3452482_G_A:3452482:0,1,0,1 chr16 3452497 . CG AC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=26,26;MFRL=120,162;MMQ=60,30;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:3452482_G_A:3452482:0,1,0,1 chr16 3452502 . A ATCT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=26,25;MFRL=150,162;MMQ=50,30;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:3452482_G_A:3452482:0,2,0,1 chr16 3452503 . GGCCC G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,27;MFRL=150,162;MMQ=50,30;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:3452482_G_A:3452482:0,2,0,1 chr16 3458219 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=8.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr16 3493240 . A C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=24,32;MFRL=120,132;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:1,2:0,0:0,1,0,2 chr16 3493251 . CAAG C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=29,30;MFRL=140,103;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:3493251_CAAG_C:3493251:0,2,0,1 chr16 3493256 . T G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,28;MFRL=160,103;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:3493251_CAAG_C:3493251:0,1,0,1 chr16 3493260 . C T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=29,24;MFRL=160,103;MMQ=60,60;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:3493251_CAAG_C:3493251:0,1,0,1 chr16 3533577 . C G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,33;MFRL=112,87;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.199:13:6,1:5,1:6,5,0,2 chr16 3565567 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=136,35;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:3,2:5,0:6,2,1,1 chr16 3593500 . AC TA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=104,123;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:3593500_AC_TA:3593500:0,1,0,1 chr16 3593503 . T TGTAGTAAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=104,123;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:3593500_AC_TA:3593500:0,1,0,1 chr16 3594393 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3594393_C_T:3594393:0,0,0,1 chr16 3594395 . G C . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,13;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:4386958_G_C:4386958:0,0,1,0 chr16 4386961 . G C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,12;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:4386958_G_C:4386958:0,0,1,0 chr16 4386966 . TG AC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,14;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:4386958_G_C:4386958:0,0,1,0 chr16 4431069 . T C . . DP=7;ECNT=3;MBQ=22,20;MFRL=118,51;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.334:7:3,0:1,2:0|1:4431069_T_C:4431069:3,2,1,1 chr16 4431088 . CAGCTTTG C . . DP=7;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=126,51;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:0|1:4431069_T_C:4431069:3,2,1,1 chr16 4431101 . CT AG . . 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DP=14;ECNT=1;MBQ=27,27,28;MFRL=161,100,113;MMQ=60,60,60;MPOS=23,22;POPAF=7.30,7.30;RPA=6,7,8;RU=AT;STR;TLOD=3.48,18.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,2,6:0.235,0.566:10:2,1,2:0,1,4:1,1,4,4 chr16 4484328 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr16 4484613 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr16 4494549 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=211,156;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:2,0,2,0 chr16 4500524 . G A . . DP=9;ECNT=4;MBQ=32,25;MFRL=137,85;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:5,2:1,0:0,6,1,1 chr16 4500541 . G A . . 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DP=16;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=143,144;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=14.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,7:0.462:15:2,3:5,2:5,3,6,1 chr16 4562512 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr16 4564099 . C A . . DP=33;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=128,108;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=6.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:28,4:0.146:32:12,4:16,0:18,10,4,0 chr16 4606984 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,33;MFRL=178,195;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:4606984_T_C:4606984:0,1,0,1 chr16 4606986 . T TCTCCTGGCC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=178,195;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:4606984_T_C:4606984:0,1,0,1 chr16 4621725 . GA G . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=20.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.888:7:0,2:0,4:0,0,1,6 chr16 4700452 . G A . . DP=22;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=129,54;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,3:0.180:20:7,3:9,0:2,15,1,2 chr16 4700467 . G A . . DP=15;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=129,160;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.249:14:3,3:8,0:1,10,0,3 chr16 4707432 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr16 4714775 . T A . . DP=28;ECNT=1;MBQ=26,22;MFRL=115,58;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=13.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,8:0.311:27:7,0:11,8:7,12,0,8 chr16 4730187 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=143,138;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:4730187_G_C:4730187:0,1,0,1 chr16 4730189 . T TG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,25;MFRL=143,138;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:4730187_G_C:4730187:0,1,0,1 chr16 4745025 . CTGAGCAACGCCTTCG C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=162,132;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:1,0,1,0 chr16 4749162 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=115,61;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:2,2:2,0:1,3,0,2 chr16 4796871 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr16 4797090 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,23;MFRL=195,112;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:4797090_T_A:4797090:0,1,0,1 chr16 4797092 . C CCGTT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=35,28;MFRL=195,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:4797090_T_A:4797090:0,1,0,1 chr16 4810599 . C T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=20,28;MFRL=74,38;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:5,0:6,2:4,7,1,1 chr16 4810621 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=108,57;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:3,0:5,2:2,7,1,1 chr16 4812350 . GAGTCACCACC G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,31;MFRL=133,136;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr16 4812356 . CC AT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,25;MFRL=136,85;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:0|1:4812356_CC_AT:4812356:0,2,0,1 chr16 4812359 . C CGTG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=30,26;MFRL=136,85;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:0|1:4812356_CC_AT:4812356:0,2,0,1 chr16 4812360 . C CTTATGAATGCGGTG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,32;MFRL=136,85;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:0|1:4812356_CC_AT:4812356:0,2,0,1 chr16 4812382 . C T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,29;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 4812801 . G GCAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=113,123;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr16 4815602 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=120,116;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=21.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,8:0.567:14:2,5:4,3:2,4,4,4 chr16 4829833 . GGAGAA G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=67,137;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GAGAA;STR;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.402:3:0,1:2,0:1,1,0,1 chr16 4861103 . TA T . . DP=16;ECNT=4;MBQ=25,25;MFRL=126,148;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=16,15;RU=A;STR;TLOD=4.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.318:13:3,1:6,3:9,0,3,1 chr16 4861120 . G A . . DP=24;ECNT=4;MBQ=20,13;MFRL=114,153;MMQ=60,47;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:19,4:0.184:23:3,0:5,0:0|1:4861120_G_A:4861120:10,9,4,0 chr16 4861124 . G A . . DP=26;ECNT=4;MBQ=26,13;MFRL=112,153;MMQ=60,47;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:22,4:0.163:26:7,0:6,0:0|1:4861120_G_A:4861120:11,11,4,0 chr16 4861130 . G A . . DP=30;ECNT=4;MBQ=29,13;MFRL=110,164;MMQ=60,40;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:27,3:0.122:30:7,0:10,0:0|1:4861120_G_A:4861120:11,16,3,0 chr16 4862009 . G A . . 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C CCTCAGGGACACTGACAAAGGG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,83;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:7568375_T_G:7568375:0,0,0,1 chr16 7645708 . G GATTTTTTGGAGGTTTTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=95,157;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr16 7647414 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=136,75;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,1:4,1:1,4,2,0 chr16 7657432 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr16 7703854 . C CTT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,32;MFRL=111,75;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:7703854_C_CTT:7703854:0,1,0,1 chr16 7703855 . G T . . 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DP=5;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=134,55;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TA;STR;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:8733064_T_TTA:8733064:0,3,1,1 chr16 8733067 . G GAATTGTAAAGCTACCAC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=134,55;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:8733064_T_TTA:8733064:0,3,1,1 chr16 8733071 . A G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr16 8735120 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=24.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,5:0,2:0,0,0,7 chr16 8736246 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr16 8736493 . C CTATGTGT . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=142,133;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr16 9004564 . C A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=24.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,3:0,5:0,0,8,0 chr16 9010260 . ATTTTCTGAATTAGGTC A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=30.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,3:0,4:0,0,6,1 chr16 9010446 . A AC . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=45.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.942:15:0,12:0,3:0,0,4,11 chr16 9010826 . TA T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=82,158;MMQ=60,59;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=17,16;RU=A;STR;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.382:6:0,1:2,1:1,3,2,0 chr16 9014350 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=15.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,0,5 chr16 9014928 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 9015252 . A T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 9017061 . T TACAACGATGTGGGGGTTTGTAGTTGCATCATTTAA . . DP=19;ECNT=1;MBQ=22,25;MFRL=103,79;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=75.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,17:0.949:19:0,3:1,4:1,1,12,5 chr16 9024222 . G A . . DP=31;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=131,63;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:28,3:0.121:31:12,3:15,0:7,21,3,0 chr16 9186735 . C G . . DP=25;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=80.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,23:0.961:23:0,15:0,7:0,0,21,2 chr16 9186749 . GT G,GTT . . 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DP=22;ECNT=1;MBQ=31,18;MFRL=136,63;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,2:0.125:22:14,0:6,1:14,6,1,1 chr16 10576167 . GT TG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,26;MFRL=153,238;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:10576167_GT_TG:10576167:0,1,0,1 chr16 10576171 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=153,238;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:10576167_GT_TG:10576167:0,1,0,1 chr16 10631945 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=33,24;MFRL=124,0;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=7.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.574:5:1,1:1,1:0,2,0,3 chr16 10631985 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=15,26;MFRL=148,191;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.636:3:0,1:0,1:0,1,0,2 chr16 10775822 . G T . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=58,140;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=16.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.700:8:1,3:1,3:1,1,6,0 chr16 11861199 . C CT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 11870137 . T TA . . DP=14;ECNT=1;MBQ=23,25;MFRL=95,122;MMQ=57,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=9,10;RU=A;STR;TLOD=13.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,9:0.766:11:0,2:2,7:2,0,5,4 chr16 11870494 . T A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,196;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr16 11940258 . A C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=15,30;MFRL=140,139;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=27.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,8:0.863:9:0,2:0,6:1,0,8,0 chr16 11945231 . T C . . DP=23;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=66.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.959:22:0,10:0,12:0,0,15,7 chr16 11976997 . T TCTGGCCACCTC . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,151;MMQ=60,50;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr16 12142172 . T G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,132;MMQ=60,49;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=12.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0|1:12142172_T_G:12142172:0,0,3,0 chr16 12142175 . C G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,132;MMQ=60,49;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=12.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0|1:12142172_T_G:12142172:0,0,3,0 chr16 12146129 . C A . . DP=8;ECNT=6;MBQ=27,27;MFRL=157,151;MMQ=50,50;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:1,1:4,1:0,5,0,2 chr16 12146142 . CA GG . . DP=5;ECNT=6;MBQ=34,32;MFRL=152,158;MMQ=45,40;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0,4,0,1 chr16 12146166 . C T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=25,28;MFRL=187,142;MMQ=25,40;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:12146166_C_T:12146166:0,1,0,1 chr16 12146174 . A G . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,29;MFRL=0,142;MMQ=60,40;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:12146166_C_T:12146166:0,0,0,1 chr16 12146176 . CT TG . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,26;MFRL=0,142;MMQ=60,40;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:12146166_C_T:12146166:0,0,0,1 chr16 12146180 . T C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,25;MFRL=0,142;MMQ=60,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:12146166_C_T:12146166:0,0,0,1 chr16 12371915 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=15.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.883:6:0,2:0,3:0,0,1,5 chr16 12450163 . C G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,89;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=31.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,6:0,4:0,0,5,5 chr16 12758727 . G A . . DP=13;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=115,105;MMQ=60,48;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:6,2:4,0:8,2,2,0 chr16 12758731 . C T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=110,139;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.212:12:6,2:4,0:8,2,2,0 chr16 12759027 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=10.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr16 13297432 . T C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:13297432_T_C:13297432:0,0,0,1 chr16 13297445 . T C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:13297432_T_C:13297432:0,0,0,1 chr16 13297448 . G C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:13297432_T_C:13297432:0,0,0,1 chr16 13297450 . T C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:13297432_T_C:13297432:0,0,0,1 chr16 13297455 . T TACTCCCCA . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,27;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:13297432_T_C:13297432:0,0,0,1 chr16 13329070 . TGGC T . . DP=5;ECNT=4;MBQ=26,27;MFRL=59,110;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:0|1:13329070_TGGC_T:13329070:1,3,0,1 chr16 13329076 . ACA TCA,CGG . . DP=5;ECNT=4;MBQ=20,26,28;MFRL=59,110,96;MMQ=60,60,60;MPOS=-2147483648,8;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.21,3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:3,1,1:0.250,0.250:5:0,1,0:3,0,1:1,2,0,2 chr16 13329078 . A T . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=32,23;MFRL=102,69;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:5,0:1,2:3,3,2,0 chr16 14530726 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,1:0,0,0,2 chr16 14675943 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr16 14676186 . G GCC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,32;MFRL=159,141;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:14676186_G_GCC:14676186:0,3,0,1 chr16 14676187 . A ACTCCTACCTGCCTCT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=25,26;MFRL=159,141;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:14676186_G_GCC:14676186:0,3,0,1 chr16 14676204 . C CTCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,29;MFRL=163,159;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr16 14678294 . G GCAGCTAGTTTAATTTTTATAATATA . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=143,52;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:0,5,1,1 chr16 14698169 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,23;MFRL=157,162;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:14698169_G_A:14698169:0,3,0,1 chr16 14698172 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,23;MFRL=157,162;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:14698169_G_A:14698169:0,3,0,1 chr16 14698186 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,10;MFRL=206,157;MMQ=60,40;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,0:0,2,0,1 chr16 14700254 . G A . . 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T C . . DP=9;ECNT=6;MBQ=23,28;MFRL=138,133;MMQ=59,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=17.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.760:6:0,3:1,2:1,0,5,0 chr16 16108285 . CA C . . DP=9;ECNT=6;MBQ=29,31;MFRL=136,132;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,2:3,0:0|1:16108285_CA_C:16108285:3,4,2,0 chr16 16108291 . TG CA . . DP=11;ECNT=6;MBQ=24,32;MFRL=136,132;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:2,2:7,0:0|1:16108285_CA_C:16108285:3,6,2,0 chr16 16108294 . A G . . DP=12;ECNT=6;MBQ=27,33;MFRL=135,132;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:2,2:7,0:0|1:16108285_CA_C:16108285:3,7,2,0 chr16 16108298 . CTG C . . DP=12;ECNT=6;MBQ=32,33;MFRL=135,132;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:3,2:7,0:0|1:16108298_CTG_C:16108298:3,7,2,0 chr16 16108302 . C A . . 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C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=21.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.897:7:0,1:0,6:0,0,1,6 chr16 16205449 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=22.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,2:0,5:0,0,1,6 chr16 16225832 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=23,29;MFRL=131,115;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.274:9:2,2:4,0:1,6,1,1 chr16 16232201 . GT G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=128,156;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=T;STR;TLOD=10.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.719:5:1,2:0,2:1,0,4,0 chr16 16232224 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=27,25;MFRL=99,150;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=11.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.539:9:2,2:2,2:3,1,5,0 chr16 16232365 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,25;MFRL=170,159;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:16232365_C_T:16232365:3,1,1,0 chr16 16232384 . C T . . 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T C . . DP=25;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=122,116;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=11.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,5:0.223:25:11,5:9,0:14,6,5,0 chr16 18866208 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,33;MFRL=77,148;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=9.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.501:6:2,1:1,2:1,2,0,3 chr16 18875523 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 18882659 . GA G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=133,125;MMQ=60,40;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=15,14;RU=A;STR;TLOD=16.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,7:0.803:8:0,4:1,2:1,0,6,1 chr16 18893672 . T TAAGGAGAAAGAAGCATGTG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,28;MFRL=144,175;MMQ=45,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.390:3:0,0:2,1:0|1:18893672_T_TAAGGAGAAAGAAGCATGTG:18893672:0,2,0,1 chr16 18893674 . C G . . 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DP=29;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=133,167;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:26,3:0.128:29:11,1:13,2:21,5,3,0 chr16 19070921 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:19070921_T_C:19070921:0,0,0,1 chr16 19070923 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:19070921_T_C:19070921:0,0,0,1 chr16 19079095 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=9.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr16 19083221 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr16 19085298 . C T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=45.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.946:16:0,7:0,9:0,0,7,9 chr16 19128519 . TG GT . . DP=22;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=119,0;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=5.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,2:0.130:21:6,2:13,0:10,9,0,2 chr16 19129404 . TTA T . . DP=48;ECNT=5;MBQ=26,24;MFRL=138,114;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=TA;STR;TLOD=8.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:37,5:0.134:42:22,1:14,4:28,9,5,0 chr16 19129547 . G GA . . DP=30;ECNT=5;MBQ=32,32;MFRL=132,188;MMQ=59,24;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=5.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:24,2:0.105:26:13,2:11,0:0|1:19129547_G_GA:19129547:0,24,0,2 chr16 19129550 . G T . . DP=28;ECNT=5;MBQ=31,23;MFRL=132,188;MMQ=59,24;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:24,2:0.106:26:13,1:10,0:0|1:19129547_G_GA:19129547:0,24,0,2 chr16 19129560 . C T . . DP=23;ECNT=5;MBQ=26,28;MFRL=141,188;MMQ=58,24;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,2:0.120:23:12,2:8,0:0|1:19129547_G_GA:19129547:0,21,0,2 chr16 19129563 . A G . . DP=23;ECNT=5;MBQ=24,28;MFRL=141,188;MMQ=58,24;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,2:0.120:23:12,2:8,0:0|1:19129547_G_GA:19129547:0,21,0,2 chr16 19129786 . C CA,CAA . . DP=14;ECNT=1;MBQ=32,32,31;MFRL=150,118,144;MMQ=60,40,60;MPOS=25,25;POPAF=7.30,7.30;RPA=17,18,19;RU=A;STR;TLOD=5.35,4.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:5,4,3:0.333,0.265:12:1,2,0:4,1,3:5,0,7,0 chr16 19130798 . G GT . . DP=32;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=118,104;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=12,13;RU=T;STR;TLOD=6.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,6:0.274:22:10,1:6,4:10,6,2,4 chr16 19131984 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,156;MMQ=60,40;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:19131984_T_C:19131984:0,0,1,0 chr16 19132001 . G A . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=138,249;MMQ=60,60;MPOS=-5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:21098370_AGAAGAGGG_A:21098370:0,4,0,1 chr16 21118076 . A AAATCGAATTT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=188,122;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.494:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr16 21123014 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=150,151;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.252:10:3,1:4,1:6,2,0,2 chr16 21123161 . C T . . DP=3;ECNT=6;MBQ=0,31;MFRL=216,171;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,0:0,1:0|1:21123161_C_T:21123161:0,1,0,1 chr16 21123163 . TTGA T . . DP=3;ECNT=6;MBQ=26,30;MFRL=216,171;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:1,0:0,1:0|1:21123161_C_T:21123161:0,1,0,1 chr16 21123209 . G GACA . . 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DP=6;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=118,116;MMQ=60,54;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:21261921_C_T:21261921:1,3,0,2 chr16 21286927 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=141,151;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=9.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,1:1,2:0,1,0,3 chr16 21397319 . G GAAAAAC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 21629281 . A G . . DP=24;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=125,79;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,3:0.165:22:10,3:9,0:6,13,3,0 chr16 21664011 . C CAGATGGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=251,168;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr16 21689791 . T A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,21;MFRL=135,116;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.623:6:1,2:1,2:1,1,3,1 chr16 21693073 . C CTTCA . . DP=12;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=121,32;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.243:10:3,2:5,0:0|1:21693073_C_CTTCA:21693073:4,4,1,1 chr16 21693074 . G GGACTCTTCAAAAAAA . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=121,32;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:3,2:5,0:0|1:21693073_C_CTTCA:21693073:4,4,1,1 chr16 21712142 . A ATAGGCTTACCTTTTTCTTAC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=123,138;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,0,1 chr16 21716495 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,24;MFRL=122,93;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:21716495_G_A:21716495:1,3,0,1 chr16 21716496 . GC G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,28;MFRL=122,93;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:21716495_G_A:21716495:1,3,0,1 chr16 21716502 . G GAGCAAGGA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=33,32;MFRL=106,168;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.327:4:2,0:1,1:1,2,0,1 chr16 21716616 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=141,76;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:21716616_A_C:21716616:0,1,1,0 chr16 21716619 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=141,76;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:21716616_A_C:21716616:0,1,1,0 chr16 21739808 . C CAGCAGGTTCCCCATGATG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:21739808_C_CAGCAGGTTCCCCATGATG:21739808:0,0,0,1 chr16 21739811 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:21739808_C_CAGCAGGTTCCCCATGATG:21739808:0,0,0,1 chr16 21764325 . C T . . 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DP=2;ECNT=4;MBQ=28,29;MFRL=165,109;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:22128260_C_CA:22128260:0,1,0,1 chr16 22128265 . T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,31;MFRL=165,109;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:22128260_C_CA:22128260:0,1,0,1 chr16 22128268 . G GAAAGAAT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=165,109;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:22128260_C_CA:22128260:0,1,0,1 chr16 22132489 . G A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,29;MFRL=126,181;MMQ=60,40;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:22132489_G_A:22132489:0,3,0,1 chr16 22132493 . A G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=24,34;MFRL=126,181;MMQ=60,40;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:22132489_G_A:22132489:0,3,0,1 chr16 22132495 . A G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=25,31;MFRL=126,181;MMQ=60,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:22132489_G_A:22132489:0,3,0,1 chr16 22132507 . C T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=33,31;MFRL=137,181;MMQ=60,40;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:22132507_C_T:22132507:0,2,0,1 chr16 22132510 . C T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=33,28;MFRL=137,181;MMQ=60,40;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:22132507_C_T:22132507:0,2,0,1 chr16 22145812 . G GCTCCCTCCCT . . DP=6;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=100,54;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0|1:22145812_G_GCTCCCTCCCT:22145812:1,3,1,1 chr16 22145813 . G GACCTCCCTT . . DP=6;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=100,54;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0|1:22145812_G_GCTCCCTCCCT:22145812:1,3,1,1 chr16 22149612 . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=29,28;MFRL=136,100;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr16 23409506 . ACGC A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=0,24;MFRL=100,152;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.508:2:0,1:0,0:0|1:23409506_ACGC_A:23409506:0,1,0,1 chr16 23409511 . ACCCAGAAATACAC A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,23;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:23409506_ACGC_A:23409506:0,0,0,1 chr16 23409528 . A G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=-13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 23415228 . T TA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:23415228_T_TA:23415228:0,0,0,1 chr16 23415233 . AC A . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=34,29;MFRL=192,136;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr16 24741713 . A AATAGCTTT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=28,25;MFRL=137,136;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:24741713_A_AATAGCTTT:24741713:1,1,0,1 chr16 24741715 . A T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,27;MFRL=137,136;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:24741713_A_AATAGCTTT:24741713:1,1,0,1 chr16 24741720 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,24;MFRL=137,136;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:24741713_A_AATAGCTTT:24741713:1,1,0,1 chr16 24801737 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=93,160;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.307:11:3,0:5,3:4,4,2,1 chr16 24801979 . C T . . 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DP=5;ECNT=3;MBQ=34,33;MFRL=112,117;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:27080373_A_T:27080373:3,1,0,1 chr16 27080377 . AG A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=30,26;MFRL=112,117;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:27080373_A_T:27080373:3,1,0,1 chr16 27215380 . A C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=32.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,9:0,3:0,0,7,5 chr16 27230515 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=21,28;MFRL=153,161;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:27230515_C_T:27230515:0,1,0,1 chr16 27230516 . G GAATTA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=153,161;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:27230515_C_T:27230515:0,1,0,1 chr16 27237174 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=140,100;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,0:1,2:0,3,1,1 chr16 27246617 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=130,125;MMQ=60,60;MPOS=28;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.663:4:1,1:0,2:1,0,0,3 chr16 27351585 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=21,28;MFRL=71,50;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=8.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,4:0.294:15:2,4:9,0:5,6,4,0 chr16 27454211 . TCCCATCA T . . DP=5;ECNT=6;MBQ=25,27;MFRL=147,61;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:27454211_TCCCATCA_T:27454211:4,0,1,0 chr16 27454223 . A C . . DP=6;ECNT=6;MBQ=29,32;MFRL=147,61;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,1:3,0:0|1:27454211_TCCCATCA_T:27454211:4,0,1,1 chr16 27454225 . CCTTT C . . DP=7;ECNT=6;MBQ=32,27;MFRL=159,61;MMQ=60,60;MPOS=-1073741824;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,2:2,0:0|1:27454211_TCCCATCA_T:27454211:5,0,1,1 chr16 27454233 . C A . . DP=7;ECNT=6;MBQ=31,28;MFRL=159,61;MMQ=60,60;MPOS=-1073741807;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0|1:27454211_TCCCATCA_T:27454211:5,0,1,1 chr16 27454235 . TGC T . . DP=7;ECNT=6;MBQ=26,27;MFRL=159,61;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:0|1:27454211_TCCCATCA_T:27454211:5,0,1,1 chr16 27454238 . AGCAAATTCT A . . DP=9;ECNT=6;MBQ=29,27;MFRL=134,61;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,2:3,0:0|1:27454211_TCCCATCA_T:27454211:5,2,1,1 chr16 27456650 . C CT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=129,207;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr16 27457278 . A C . . 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DP=3;ECNT=6;MBQ=32,32;MFRL=142,175;MMQ=50,46;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:31435973_C_G:31435973:0,2,0,1 chr16 31435975 . A G . . DP=3;ECNT=6;MBQ=20,31;MFRL=142,175;MMQ=50,46;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:31435973_C_G:31435973:0,2,0,1 chr16 31435978 . GCA G . . DP=3;ECNT=6;MBQ=32,31;MFRL=153,153;MMQ=53,40;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:31435978_GCA_G:31435978:0,2,0,1 chr16 31435981 . T TGG . . DP=3;ECNT=6;MBQ=29,30;MFRL=153,153;MMQ=53,40;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=G;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:31435978_GCA_G:31435978:0,2,0,1 chr16 31435987 . TG CA . . DP=3;ECNT=6;MBQ=27,31;MFRL=130,164;MMQ=60,43;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0,1,0,2 chr16 31470886 . T A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr16 31474085 . G GC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,31;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:0,0:1,1:0|1:31474085_G_GC:31474085:0,1,0,1 chr16 31474088 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,23;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:31474085_G_GC:31474085:0,1,0,1 chr16 31476618 . G GTAGAAAAATAAAAAGCTAGGATGTTTTATC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 31477352 . T G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,272;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 31485614 . A AAATGGATGATATAG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,24;MFRL=67,85;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:2,1,0,1 chr16 31487476 . ATGT A . . DP=16;ECNT=2;MBQ=28,18;MFRL=121,66;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.175:15:2,1:11,0:0|1:31487476_ATGT_A:31487476:9,4,1,1 chr16 31487480 . G A . . DP=19;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=121,66;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=4.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.173:15:2,2:9,0:0|1:31487476_ATGT_A:31487476:9,4,1,1 chr16 31496199 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=112,122;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.332:10:3,0:4,3:5,2,1,2 chr16 31499551 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,35;MFRL=145,149;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:1,0,0,1 chr16 31502204 . A C . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=35418,52;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:1,1,1,1 chr16 47536983 . T TGAACTAAAGCTG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=120,89;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:1,2,0,1 chr16 47581257 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=161,184;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:1,0,2,0 chr16 47644909 . G GAC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,33;MFRL=298,108;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:47644909_G_GAC:47644909:0,1,0,1 chr16 47644914 . GG TT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=298,108;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:47644909_G_GAC:47644909:0,1,0,1 chr16 47675035 . TGG T . . 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G GACCTACC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=187,147;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0,2,0,1 chr16 48118036 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=8.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,0,3 chr16 48119491 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=135,78;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:5,1:6,1:9,3,2,0 chr16 48120764 . GAT G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=0,20;MFRL=0,67;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.761:2:0,0:0,2:0|1:48120764_GAT_G:48120764:0,0,1,1 chr16 48120767 . T TAA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,20;MFRL=0,67;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.749:2:0,0:0,2:0|1:48120764_GAT_G:48120764:0,0,1,1 chr16 48120770 . C CAA . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=24,25;MFRL=146,141;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:48149346_G_GT:48149346:1,2,0,1 chr16 48155591 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr16 48158149 . G A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,20;MFRL=85,50;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:0|1:48158149_G_A:48158149:1,1,1,1 chr16 48158152 . CTCTT C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=24,20;MFRL=85,50;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=7.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.501:4:0,0:1,2:0|1:48158149_G_A:48158149:1,1,1,1 chr16 48158159 . C CAA . . DP=4;ECNT=5;MBQ=17,20;MFRL=85,50;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=A;STR;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,0:1,2:0|1:48158149_G_A:48158149:1,1,1,1 chr16 48158162 . TTCCCACA T . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=108,175;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,1:2,1:2,1,1,1 chr16 48330111 . C CTCTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=158,114;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr16 48337286 . G GA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=126,157;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:1,1:0,0:0|1:48337286_G_GA:48337286:0,1,0,1 chr16 48337290 . G T,GACAAATACTT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,26,31;MFRL=0,157,126;MMQ=60,60,60;MPOS=3,1;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.79,3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,1:0.400,0.400:2:0,1,1:0,0,0:0,0,0,2 chr16 48337292 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=126,157;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:48337286_G_GA:48337286:0,1,0,1 chr16 48397059 . C T . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,2:0,1:0,1,3,0 chr16 50746086 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=9.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr16 50759547 . A T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 50783991 . G GT . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=123,62;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.249:10:5,0:3,2:4,4,0,2 chr16 50816436 . G GGT . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=153,133;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=GT;STR;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.497:4:2,2:0,0:0,2,0,2 chr16 50826462 . G T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,22;MFRL=110,123;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,4:0.314:14:5,3:4,1:8,2,3,1 chr16 50827601 . A G . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=20,35;MFRL=154,187;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.501:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr16 55690926 . GTC G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,29;MFRL=147,85;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:55690926_GTC_G:55690926:0,1,0,1 chr16 55690929 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=147,85;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:55690926_GTC_G:55690926:0,1,0,1 chr16 55727936 . C CACATCACAACATCATGTAT . . DP=14;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=106,44;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:8,2:4,0:0|1:55727936_C_CACATCACAACATCATGTAT:55727936:4,8,1,1 chr16 55727938 . C CT . . DP=14;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=106,44;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:7,2:4,0:0|1:55727936_C_CACATCACAACATCATGTAT:55727936:4,8,1,1 chr16 55727940 . A C . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=134,57;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:2,2:5,0:2,5,1,1 chr16 56899464 . G C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56899464_G_C:56899464:0,0,0,1 chr16 56899465 . C CTCTA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56899464_G_C:56899464:0,0,0,1 chr16 56899467 . G GTCTTTTCTACAC . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56899464_G_C:56899464:0,0,0,1 chr16 56899470 . TGA T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56899464_G_C:56899464:0,0,0,1 chr16 56916345 . C T . . 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DP=12;ECNT=1;MBQ=30,22;MFRL=123,151;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=7.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.421:10:3,4:2,0:4,2,4,0 chr16 57003379 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=84,67;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,2:1,0:1,2,1,1 chr16 57003901 . A AGAGGACGCTTGACACATACTC . . DP=6;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=140,60;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:3,2:1,0:2,2,1,1 chr16 57003977 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:57003977_T_C:57003977:0,0,0,1 chr16 57003980 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:57003977_T_C:57003977:0,0,0,1 chr16 57007419 . C G . . 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G GGCAACCTTAGTGGTTTC . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=0,59;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:2,0,1,1 chr16 57104519 . A G . . DP=47;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=86,100;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=98.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,34:0.730:46:8,16:4,18:10,2,21,13 chr16 57111825 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=123,157;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=14.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.501:10:4,4:1,1:2,3,3,2 chr16 57114924 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=7.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr16 57114982 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=13.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr16 57115557 . G GCTGCTCCA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=145,105;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:2,2,0,1 chr16 57116287 . A G . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=125,156;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,2:2,0:0,3,0,2 chr16 57171233 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 57206637 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,30;MFRL=148,153;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=8.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:2,3:0,0:2,0,3,0 chr16 57238706 . TGCCGAGATGACAGTGGAACAGATGACAGTGTTGACACCCAACAGCAACAG T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=141,147;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,4:0.184:17:3,0:2,3:9,4,1,3 chr16 57247092 . AC GA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,34;MFRL=185,182;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:57247092_AC_GA:57247092:0,1,0,1 chr16 57247100 . A AGAAGCTGAAATTTTAACTAC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=24,27;MFRL=184,182;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:57247092_AC_GA:57247092:0,2,0,1 chr16 57255143 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=18,26;MFRL=78,112;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=22.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,8:0.777:10:1,4:0,4:1,1,5,3 chr16 57255363 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=14.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,5:0,0:0,0,0,5 chr16 57290973 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=144,83;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr16 57392816 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=137,164;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:3,1:1,1:2,2,1,1 chr16 57416188 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:57416188_A_G:57416188:0,0,0,1 chr16 57416189 . G GTTTCTGCTTCATGAATATC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:57416188_A_G:57416188:0,0,0,1 chr16 57416193 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:57416188_A_G:57416188:0,0,0,1 chr16 57449806 . C CACAGCCAGGGCCCGAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=23,32;MFRL=131,128;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr16 57473310 . A ACCAT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,22;MFRL=132,130;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr16 57473316 . C CTTG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,31;MFRL=140,124;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:57473316_C_CTTG:57473316:0,1,0,1 chr16 57473319 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,24;MFRL=140,124;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:57473316_C_CTTG:57473316:0,1,0,1 chr16 57481390 . C G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=17,18;MFRL=120,181;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,0:0|1:57481390_C_G:57481390:1,0,1,0 chr16 57481394 . G C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,12;MFRL=120,181;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:57481390_C_G:57481390:1,0,1,0 chr16 57481401 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=12,16;MFRL=120,181;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,0:0|1:57481390_C_G:57481390:1,0,1,0 chr16 57494101 . G GCA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:57494101_G_GCA:57494101:0,0,0,1 chr16 57494102 . T TAGAGAC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:57494101_G_GCA:57494101:0,0,0,1 chr16 57499841 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=117,67;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=10.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:1,3:3,1:3,1,2,2 chr16 57503213 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=130,149;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=7.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:2,0:0,3:0,2,2,1 chr16 57507319 . GTC G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=24,33;MFRL=122,114;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:1,1:0,0:0|1:57507319_GTC_G:57507319:1,2,1,0 chr16 57507322 . C CAGGGGTT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,32;MFRL=122,114;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:1,1:1,0:0|1:57507319_GTC_G:57507319:1,2,1,0 chr16 57508960 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr16 57509164 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 57509596 . C CA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=158,160;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:57509596_C_CA:57509596:0,2,0,1 chr16 57509602 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=158,160;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:57509596_C_CA:57509596:0,2,0,1 chr16 57597879 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=154,108;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:4,0:6,2:5,5,0,2 chr16 57599147 . C CACCG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 57625470 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=12.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,2,2 chr16 57685473 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=124,85;MMQ=60,58;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=9.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.416:10:4,0:2,4:4,2,2,2 chr16 57685586 . G GA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:57685586_G_GA:57685586:0,0,0,1 chr16 57685588 . A AATGGTGTAGACCCTGG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:57685586_G_GA:57685586:0,0,0,1 chr16 57685594 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:57685586_G_GA:57685586:0,0,0,1 chr16 57689512 . A AGAGGGT . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=152,112;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr16 57718478 . G GC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=131,134;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:57718478_G_GC:57718478:0,1,0,1 chr16 57718479 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,30;MFRL=131,134;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:57718478_G_GC:57718478:0,1,0,1 chr16 57718481 . T TGC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,21;MFRL=131,134;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:57718478_G_GC:57718478:0,1,0,1 chr16 57732734 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 57739041 . A G . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=16,33;MFRL=127,133;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.529:2:0,1:0,0:1,0,1,0 chr16 67042945 . ATT GCC . . DP=14;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=144,56;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.188:14:6,2:4,0:0|1:67042945_ATT_GCC:67042945:3,9,1,1 chr16 67042949 . T G . . DP=14;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=144,56;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.188:14:7,2:5,0:0|1:67042945_ATT_GCC:67042945:3,9,1,1 chr16 67042952 . C T . . DP=14;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=134,179;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.199:13:8,0:2,2:3,8,0,2 chr16 67043065 . A ATG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,23;MFRL=132,132;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:67043065_A_ATG:67043065:0,1,0,1 chr16 67043066 . GCC G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=132,132;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:67043065_A_ATG:67043065:0,1,0,1 chr16 67070694 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:67070694_G_A:67070694:0,0,0,1 chr16 67070695 . GT G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:67070694_G_A:67070694:0,0,0,1 chr16 67116066 . A AT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=217,162;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=T;STR;TLOD=4.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.603:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr16 67178298 . A ATTTT . . DP=10;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=88,49;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.269:9:2,0:4,2:0|1:67178298_A_ATTTT:67178298:3,4,1,1 chr16 67178300 . C CATCGTTTTGCCTTTCTGTGCT . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=147,136;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.430:7:2,1:2,1:1,3,0,3 chr16 67235819 . C CTGTGTAAAATCAATGACTGACAATGAGTACTAATCCCCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=115,148;MMQ=60,54;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr16 67237555 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=33,24;MFRL=119,111;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,0,1 chr16 67244067 . CT TG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:67244067_CT_TG:67244067:0,0,0,1 chr16 67244070 . CA GT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:67244067_CT_TG:67244067:0,0,0,1 chr16 67261116 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=123,74;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.306:11:7,1:1,2:5,3,2,1 chr16 67263590 . A T . . DP=19;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=102,103;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.199:18:4,0:11,3:7,8,0,3 chr16 67264429 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=142,77;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:0,3,1,1 chr16 67270445 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=106,155;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=11.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.357:12:7,2:1,2:7,1,4,0 chr16 67272377 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=147,108;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.398:8:1,3:4,0:2,3,1,2 chr16 67281345 . C G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=121,140;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=18.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.637:9:1,3:2,3:0,3,0,6 chr16 67289339 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=141,88;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,2:0,0:2,1,1,1 chr16 67291410 . TC GG . . DP=8;ECNT=4;MBQ=28,16;MFRL=134,111;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.299:8:2,0:3,0:1,5,2,0 chr16 67291422 . C CAGCTTTA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=24,32;MFRL=131,130;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:0|1:67291422_C_CAGCTTTA:67291422:2,2,0,1 chr16 67291424 . C T . . DP=5;ECNT=4;MBQ=20,28;MFRL=131,130;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:0,0:0|1:67291422_C_CAGCTTTA:67291422:2,2,0,1 chr16 67291427 . C CTT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=20,30;MFRL=108,130;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=2,4;RU=T;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:1,2,0,1 chr16 67293781 . G T . . DP=12;ECNT=4;MBQ=31,20;MFRL=122,50;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.229:11:3,0:5,2:0|1:67293781_G_T:67293781:4,5,1,1 chr16 67293788 . ATC A . . DP=15;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=125,50;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:5,0:6,2:0|1:67293781_G_T:67293781:5,8,1,1 chr16 67293794 . A T . . DP=15;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=125,50;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:7,0:6,2:0|1:67293781_G_T:67293781:5,8,1,1 chr16 67293797 . AT TG . . DP=15;ECNT=4;MBQ=26,20;MFRL=125,50;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:7,0:6,2:0|1:67293781_G_T:67293781:5,8,1,1 chr16 67300051 . C G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=143,141;MMQ=60,49;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:3,2:6,0:7,2,2,0 chr16 67304650 . A ACATGGGGCCAGAAGGGCCTG . . 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A T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,30;MFRL=133,198;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:67977178_C_CCCGCCCCG:67977178:0,2,0,1 chr16 67978889 . AC TT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:67978889_AC_TT:67978889:0,0,0,1 chr16 67978894 . GG CT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:67978889_AC_TT:67978889:0,0,0,1 chr16 67985151 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=133,85;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.309:11:4,3:3,0:2,6,1,2 chr16 67986290 . C T . . DP=27;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=99,0;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,3:0.137:27:11,2:13,1:12,12,3,0 chr16 67991976 . T TTCTGGTTACAAA . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=27,27;MFRL=218,136;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr16 70302196 . A ATGAAAAGCTCAATGCCAGCATGGG . . DP=10;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=132,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:4,0:4,2:5,3,1,1 chr16 70302258 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=133,79;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.362:9:4,3:2,0:0,6,1,2 chr16 70366908 . T TTTTTCTCCTTCC . . DP=5;ECNT=5;MBQ=29,31;MFRL=121,93;MMQ=40,40;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.326:4:1,0:2,1:0|1:70366908_T_TTTTTCTCCTTCC:70366908:0,3,0,1 chr16 70366909 . G C . . DP=5;ECNT=5;MBQ=32,32;MFRL=121,93;MMQ=40,40;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.326:4:1,0:2,1:0|1:70366908_T_TTTTTCTCCTTCC:70366908:0,3,0,1 chr16 70366913 . T C . . 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DP=12;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=145,106;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=16.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.571:12:3,2:2,5:2,3,5,2 chr16 71096309 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr16 71096324 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr16 71098649 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=119,150;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=14.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,5:0.400:13:7,2:1,3:4,4,4,1 chr16 71098800 . A C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=145,140;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr16 71101200 . T C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=26,33;MFRL=135,115;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=12.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:1,2:3,2:2,2,3,1 chr16 71101270 . C T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=20,24;MFRL=107,138;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=10.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.428:12:6,1:1,4:3,4,3,2 chr16 71103269 . T C . . DP=27;ECNT=1;MBQ=21,26;MFRL=110,118;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=30.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,12:0.483:25:7,9:6,3:7,6,4,8 chr16 71103419 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=23,20;MFRL=152,108;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.367:9:3,0:2,3:1,5,1,2 chr16 71113780 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=7.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:0,0:1,3:1,0,3,0 chr16 71122408 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=136,140;MMQ=40,40;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=13.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.600:8:2,5:1,0:3,0,5,0 chr16 71122489 . C T . . DP=18;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=131,148;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=10.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,5:0.300:18:8,5:5,0:5,8,0,5 chr16 71127652 . TATAAG T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=8.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr16 71127700 . C T . . DP=14;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=113,129;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=17.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,8:0.562:14:2,6:4,1:3,3,5,3 chr16 71127850 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=24,34;MFRL=134,140;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.363:9:5,1:1,2:1,5,0,3 chr16 71149536 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=17.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.887:7:0,0:0,5:0,0,6,1 chr16 71149782 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=207,148;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,0:0,1,1,1 chr16 71163452 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=162,114;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=8.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:1,2:1,1:2,0,3,0 chr16 71163579 . C T . . DP=14;ECNT=3;MBQ=32,28;MFRL=129,166;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=22.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.601:13:0,5:5,3:1,4,4,4 chr16 71163606 . C T . . DP=20;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=112,125;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,5:0.287:18:3,3:10,1:8,5,3,2 chr16 71163693 . A G . . DP=17;ECNT=3;MBQ=25,30;MFRL=158,106;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,5:0.333:16:6,3:5,2:4,7,2,3 chr16 71196410 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=35,29;MFRL=115,161;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=10.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:2,2:1,2:1,2,3,1 chr16 71218731 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=108,214;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:0,2:1,0:0,1,2,0 chr16 71218926 . T A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr16 71317958 . GTAA G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,30;MFRL=142,162;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:71317958_GTAA_G:71317958:1,0,0,1 chr16 71317965 . G T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,28;MFRL=142,162;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:71317958_GTAA_G:71317958:1,0,0,1 chr16 71317968 . TC CT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=26,29;MFRL=163,162;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:71317958_GTAA_G:71317958:1,1,0,1 chr16 71317972 . C A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=33,20;MFRL=163,162;MMQ=60,60;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:71317958_GTAA_G:71317958:1,1,0,1 chr16 71512295 . AAA TTG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=146,130;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr16 71516124 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,189;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 71570658 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=35,28;MFRL=138,116;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:1,0,2,0 chr16 71571659 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=148,154;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr16 71603743 . A T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=139,102;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:4,1:0,0:4,0,0,1 chr16 71604500 . A ACATTTTTGGCAATGAGGTG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=514,288;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.478:2:1,1:0,0:1,0,0,1 chr16 71607349 . T G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,24;MFRL=93,103;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:71607349_T_G:71607349:1,0,1,0 chr16 71607353 . A T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,25;MFRL=93,103;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:71607349_T_G:71607349:1,0,1,0 chr16 71607384 . T G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=0,20;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=14.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,3,3 chr16 71607593 . A G . . DP=3;ECNT=7;MBQ=24,30;MFRL=112,111;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:71607593_A_G:71607593:0,2,0,1 chr16 71607596 . C G . . DP=3;ECNT=7;MBQ=31,30;MFRL=112,111;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:71607593_A_G:71607593:0,2,0,1 chr16 71607597 . AGCC A . . DP=3;ECNT=7;MBQ=24,22;MFRL=127,81;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:71607597_AGCC_A:71607597:0,2,0,1 chr16 71607598 . GCC ATT . . 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GC CA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=148,129;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr16 75513648 . A AGGG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,24;MFRL=175,108;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr16 75513675 . GCGC G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 75565022 . C CA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=29,32;MFRL=180,178;MMQ=40,40;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:75565022_C_CA:75565022:0,1,0,1 chr16 75565024 . T G,C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,30,31;MFRL=0,180,178;MMQ=60,40,40;MPOS=3,17;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.13,3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,1:0.400,0.400:2:0,1,1:0,0,0:0,0,0,2 chr16 75565030 . CT GC . . 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DP=6;ECNT=3;MBQ=28,32;MFRL=166,112;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,1:0.250:6:1,0:3,1:0|1:76587358_C_CCAAGAT:76587358:3,2,0,1 chr16 76587360 . C G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=31,29;MFRL=166,112;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,1:0.251:6:1,0:3,1:0|1:76587358_C_CCAAGAT:76587358:3,2,0,1 chr16 76587364 . TG AA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=25,27;MFRL=156,112;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:76587358_C_CCAAGAT:76587358:3,1,0,1 chr16 76587647 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr16 77233394 . A G . . DP=13;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=9;PON;POPAF=7.30;TLOD=36.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,6:0,5:0,0,1,11 chr16 77233432 . A AT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,22;MFRL=150,144;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0,4,0,1 chr16 77242063 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=172,149;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:1,0,2,0 chr16 77242083 . C G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=10.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr16 77242284 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=12.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,3,1 chr16 77243223 . C A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,22;MFRL=213,193;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:77243223_C_A:77243223:1,0,0,1 chr16 77243226 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,22;MFRL=213,193;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:77243223_C_A:77243223:1,0,0,1 chr16 77243460 . G GC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=132,100;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=C;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:77243460_G_GC:77243460:0,1,0,1 chr16 77243466 . T A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,22;MFRL=132,100;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:77243460_G_GC:77243460:0,1,0,1 chr16 77243468 . TT AA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,22;MFRL=132,100;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:77243460_G_GC:77243460:0,1,0,1 chr16 77245971 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=166,156;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:3,1,1,1 chr16 77317874 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=98,176;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,0:1,2:3,0,2,0 chr16 77318020 . CTTT C . . 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DP=2;ECNT=5;MBQ=32,28;MFRL=184,135;MMQ=40,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr16 81047865 . G A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,29;MFRL=173,184;MMQ=60,40;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:81047865_G_A:81047865:0,1,0,1 chr16 81047871 . C G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,33;MFRL=173,184;MMQ=60,40;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:81047865_G_A:81047865:0,1,0,1 chr16 81047876 . G C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,34;MFRL=173,184;MMQ=60,40;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:81047865_G_A:81047865:0,1,0,1 chr16 81047895 . A AGAGGCAT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=24,25;MFRL=163,184;MMQ=54,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr16 81051072 . A G . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.440:5:1,1:1,1:3,0,0,2 chr16 81121145 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=13.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr16 81124275 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=136,156;MMQ=41,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.363:9:5,1:1,2:1,5,1,2 chr16 81145675 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 81145755 . A T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,21;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.796:3:0,0:0,2:0,0,2,1 chr16 81151122 . AC CG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=29;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 81157446 . CA AT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=143,186;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr16 81161736 . C T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=35,30;MFRL=165,137;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:81161736_C_T:81161736:0,1,0,1 chr16 81161738 . G A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,27;MFRL=165,137;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:81161736_C_T:81161736:0,1,0,1 chr16 81161742 . TGAG T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,28;MFRL=165,137;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:81161736_C_T:81161736:0,1,0,1 chr16 81161746 . G C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,29;MFRL=165,137;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:81161736_C_T:81161736:0,1,0,1 chr16 81161748 . T C . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=119,135;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,0,2 chr16 81183266 . A G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr16 81183325 . T A . . DP=7;ECNT=5;MBQ=28,28;MFRL=132,235;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.381:6:0,1:3,1:2,2,2,0 chr16 81183355 . G C . . DP=5;ECNT=5;MBQ=27,31;MFRL=118,146;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:2,2,0,1 chr16 81183384 . C T . . DP=6;ECNT=5;MBQ=20,24;MFRL=92,74;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:0,0:3,2:0|1:81183384_C_T:81183384:1,3,2,0 chr16 81183391 . C T . . DP=6;ECNT=5;MBQ=25,24;MFRL=92,74;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:81183384_C_T:81183384:1,3,2,0 chr16 81185326 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=12.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0,0,4,0 chr16 81187865 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,23;MFRL=81,0;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.429:7:3,1:1,1:2,2,0,3 chr16 81190708 . A C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,87;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=19.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,4:0,3:0,0,4,3 chr16 81197117 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:81197117_A_G:81197117:0,0,1,0 chr16 81197135 . T A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,16;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:81197117_A_G:81197117:0,0,1,0 chr16 81198441 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,181;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 81199429 . G A . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=126,127;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr16 81204644 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=24,24;MFRL=144,57;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:0,2:1,0:2,0,0,2 chr16 81204720 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=34,25;MFRL=168,87;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,1,1 chr16 81209207 . T C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,27;MFRL=50,137;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,1:0,0:1,1,1,1 chr16 81209246 . A AGTTAGTGACGGCCACTCTCT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=154,50;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:1,1,1,1 chr16 81219329 . G T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=13.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,1,3 chr16 81222447 . CA C . . 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A C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=114,0;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:5,2:3,0:5,3,0,2 chr16 83999279 . GT G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=131,120;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:3,0:0|1:83999279_GT_G:83999279:3,1,0,1 chr16 83999281 . GCT G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=131,120;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:83999279_GT_G:83999279:3,1,0,1 chr16 83999708 . G GAATGAACAACTCCA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 84011965 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,257;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 84012111 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=23,34;MFRL=257,0;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr16 84028157 . C T . . DP=3;ECNT=7;MBQ=30,20;MFRL=117,72;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr16 84028193 . G T . . DP=7;ECNT=7;MBQ=20,20;MFRL=117,72;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.334:7:2,0:3,2:0|1:84028193_G_T:84028193:3,2,1,1 chr16 84028195 . G C . . DP=7;ECNT=7;MBQ=26,20;MFRL=117,72;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.334:7:2,0:2,2:0|1:84028193_G_T:84028193:3,2,1,1 chr16 84028217 . C CAGATCAGTGGTTGCT . . DP=5;ECNT=7;MBQ=28,20;MFRL=117,50;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:84028217_C_CAGATCAGTGGTTGCT:84028217:1,2,1,1 chr16 84028220 . A AGGTGG . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=23,26;MFRL=84,129;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:2,2:2,1:2,2,3,0 chr16 84215692 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr16 84216703 . AG CT . . DP=5;ECNT=5;MBQ=20,20;MFRL=82,68;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.425:5:2,0:1,2:0|1:84216703_AG_CT:84216703:1,2,1,1 chr16 84216707 . C CCTTGT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,32;MFRL=82,68;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:84216703_AG_CT:84216703:1,2,0,1 chr16 84216711 . G GGTCATCGACAT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,32;MFRL=82,68;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:84216703_AG_CT:84216703:1,2,0,1 chr16 84216737 . T TCCATCACTGTCCTCCG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,29;MFRL=166,82;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:84216737_T_TCCATCACTGTCCTCCG:84216737:0,1,0,1 chr16 84216740 . T G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,26;MFRL=166,82;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:84216737_T_TCCATCACTGTCCTCCG:84216737:0,1,0,1 chr16 84217001 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=96,170;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:2,1:0,1:1,1,1,1 chr16 84217426 . CCCTCCCTGGGCCAGG C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=92,192;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.508:2:1,0:0,1:1,0,0,1 chr16 84224805 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,2,1 chr16 84225327 . C G . . 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DP=13;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=159,110;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=22.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,9:0.772:11:1,5:1,4:2,0,6,3 chr16 84497330 . G GGCAGGGAGATCTTCCTAACCCAGGATCC . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=103,47;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.270:9:4,2:3,0:2,5,1,1 chr16 84513463 . T G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=23.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.899:8:0,5:0,2:0,0,6,2 chr16 84600613 . A AGAT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:84600613_A_AGAT:84600613:0,0,0,1 chr16 84600616 . T A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:84600613_A_AGAT:84600613:0,0,0,1 chr16 84600618 . A T . . 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C CTGGCACTG . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=89,59;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:0,0:5,2:1,4,1,1 chr16 85106669 . C CTTCCTTCT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=176,137;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:1,1,0,1 chr16 85120343 . G GACATC . . DP=4;ECNT=7;MBQ=33,20;MFRL=108,67;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.602:3:0,0:1,2:0|1:85120343_G_GACATC:85120343:0,1,1,1 chr16 85120347 . GAA G . . DP=3;ECNT=7;MBQ=32,28;MFRL=54,67;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=A;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:85120343_G_GACATC:85120343:1,1,0,1 chr16 85120355 . G C . . DP=2;ECNT=7;MBQ=31,32;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:85120355_G_C:85120355:1,0,0,1 chr16 85120358 . G T . . DP=2;ECNT=7;MBQ=32,28;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:85120355_G_C:85120355:1,0,0,1 chr16 85120362 . GAG ATC . . DP=2;ECNT=7;MBQ=33,27;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:85120355_G_C:85120355:1,0,0,1 chr16 85120364 . G GA . . DP=2;ECNT=7;MBQ=0,33;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 85120383 . T A . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,32;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 85120609 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr16 85121870 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,70;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr16 85133872 . G C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=119,146;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=20.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.573:12:2,3:2,4:3,2,1,6 chr16 85141659 . C CACCCCCACG . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=176,39;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,2:3,0:1,3,1,1 chr16 85682262 . C CAAGAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,33;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:85682262_C_CAAGAG:85682262:0,1,0,1 chr16 85682264 . CCC AAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,22;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:85682262_C_CAAGAG:85682262:0,1,0,1 chr16 85682371 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:85682371_G_A:85682371:0,0,0,1 chr16 85682377 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:85682371_G_A:85682371:0,0,0,1 chr16 85689401 . GC G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=104,131;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=C;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:85689401_GC_G:85689401:1,2,0,1 chr16 85689409 . T A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=104,131;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:85689401_GC_G:85689401:1,2,0,1 chr16 85690878 . C CA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=17.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,1:0,5:0,0,2,4 chr16 85691227 . A ATGAATGCCTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=156,109;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,0,1 chr16 85691294 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr16 85694929 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=140,113;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:2,0,1,1 chr16 85695062 . C CGGCACGGCTGCCTGGCGGCTGGGCT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=108,50;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:2,1,1,1 chr16 85698814 . T TACAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=178,125;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr16 85706047 . A C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=38.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.935:13:0,5:0,8:0,0,7,6 chr16 85712105 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr16 85722355 . GC TT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=17.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,1:0,3:0,0,4,0 chr16 85743732 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.749:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr16 85768717 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr16 85775146 . A ACC . . DP=4;ECNT=4;MBQ=27,24;MFRL=123,134;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:2,1:0,0:0|1:85775146_A_ACC:85775146:3,0,0,1 chr16 85775147 . T TGCC . . DP=4;ECNT=4;MBQ=24,27;MFRL=123,134;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:2,1:0,0:0|1:85775146_A_ACC:85775146:3,0,0,1 chr16 85775149 . T A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=24,22;MFRL=123,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.328:4:2,1:1,0:0|1:85775146_A_ACC:85775146:3,0,0,1 chr16 85775175 . G A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=14.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,4,1 chr16 85813526 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=7.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,1,2 chr16 85813882 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,200;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr16 85813963 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,15;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.803:3:0,0:0,1:0,0,2,1 chr16 85814899 . T TAGTC . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=26.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,1:0,5:0,0,3,3 chr16 85814995 . A G . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,275;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:85838790_G_A:85838790:0,0,0,1 chr16 85839543 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr16 85945164 . G GATAT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=91,32;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,2:5,0:0|1:85945164_G_GATAT:85945164:3,4,1,1 chr16 85945166 . T TGGTGCGGTGTGTAGTGTGGCATGTGGTGTG . . DP=9;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=91,32;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,2:5,0:0|1:85945164_G_GATAT:85945164:3,4,1,1 chr16 85953903 . T A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,22;MFRL=149,119;MMQ=60,40;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=8.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.384:11:5,3:1,1:0,7,0,4 chr16 86544597 . C T . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0|1:86614217_G_C:86614217:0,0,2,0 chr16 87365142 . TGAGC T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,29;MFRL=106,115;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:87365142_TGAGC_T:87365142:0,1,0,1 chr16 87365148 . G GCCT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=106,115;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:87365142_TGAGC_T:87365142:0,1,0,1 chr16 87365150 . G GCTTCCCCCAAAA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:87365142_TGAGC_T:87365142:0,0,0,1 chr16 87365155 . G T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=-3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:87365142_TGAGC_T:87365142:0,0,0,1 chr16 87369876 . A ATG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=-1073741820;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:87369876_A_ATG:87369876:0,0,0,2 chr16 87369877 . AAAG A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:87369876_A_ATG:87369876:0,0,0,2 chr16 87369885 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=-1073741824;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:87369876_A_ATG:87369876:0,0,0,2 chr16 87376605 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=12.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr16 87376622 . C CG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=28,26;MFRL=152,141;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr16 87376659 . C A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,17;MFRL=149,174;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,0:0,2,0,1 chr16 87377352 . AT CC . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=113,65;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:4,2:3,0:4,3,1,1 chr16 87377455 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=8.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr16 87380899 . C CCGCCCACCTCCAA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=168,77;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.391:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr16 87394039 . T TAACACA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:87394039_T_TAACACA:87394039:0,0,0,1 chr16 87394040 . G GAAAGTAACA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:87394039_T_TAACACA:87394039:0,0,0,1 chr16 87394042 . T A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:87394039_T_TAACACA:87394039:0,0,0,1 chr16 87425965 . AGCCGCCGCCCCCGGGAGCCGCCGGGACCCTCGCGTCGTCGCCGCC A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 87435704 . A G . . DP=9;ECNT=2;MBQ=29,33;MFRL=157,136;MMQ=60,42;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,1:3,0:0|1:87435704_A_G:87435704:7,0,2,0 chr16 87435712 . G A . . DP=11;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=162,136;MMQ=60,42;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.248:10:4,1:4,1:0|1:87435704_A_G:87435704:7,1,2,0 chr16 87435904 . G C . . 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DP=16;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,134;MMQ=60,57;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=39.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.942:15:0,4:0,11:0,0,6,9 chr16 87445812 . C CAGTGATGATAATGTTTTGGA . . DP=6;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=128,55;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:0,2:4,0:0|1:87445812_C_CAGTGATGATAATGTTTTGGA:87445812:2,2,1,1 chr16 87445814 . C CTAGAT . . DP=6;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=128,55;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:0,1:4,0:0|1:87445812_C_CAGTGATGATAATGTTTTGGA:87445812:2,2,1,1 chr16 87445839 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.839:4:0,0:0,3:0,0,3,1 chr16 87446544 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=23,26;MFRL=124,73;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.251:10:2,1:5,1:4,4,0,2 chr16 87448235 . A T . . 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A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr16 88495071 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=132,109;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:0,2,1,1 chr16 88495367 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,196;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 88495888 . T TCCATCTCCCCATCCATCCA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=173,46;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:2,0,1,1 chr16 88501545 . A ACTG . . DP=7;ECNT=5;MBQ=27,20;MFRL=89,59;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:0,2:5,0:2,3,1,1 chr16 88501638 . C T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,31;MFRL=118,159;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.394:3:1,0:1,1:0|1:88501638_C_T:88501638:2,0,0,1 chr16 88501654 . C A . . 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A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=13.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr16 88792895 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=20.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,6:0,0:0,0,4,2 chr16 88799168 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,27;MFRL=163,98;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:88799168_C_T:88799168:1,0,0,1 chr16 88799171 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=35,27;MFRL=163,98;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:88799168_C_T:88799168:1,0,0,1 chr16 88799174 . A T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,25;MFRL=163,98;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:88799168_C_T:88799168:1,0,0,1 chr16 88876552 . T TCACACACACA . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=106,106;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=37.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,9:0.910:10:0,3:0,1:1,0,6,3 chr16 89180935 . G T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr16 89245890 . G T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=40,130;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=11.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.627:6:1,3:1,1:0,2,3,1 chr16 89250145 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=175,148;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:89250145_G_A:89250145:0,1,0,1 chr16 89250147 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=175,148;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:89250145_G_A:89250145:0,1,0,1 chr16 89251574 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr16 89258181 . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=23,25;MFRL=153,157;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=CTC;STR;TLOD=11.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:3,0:0,3:3,0,3,0 chr17 641350 . T TTTTTTTG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,21;MFRL=168,77;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=8.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,3:0.666:4:1,2:0,1:0|1:641350_T_TTTTTTTG:641350:0,1,2,1 chr17 641354 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,30;MFRL=158,77;MMQ=60,39;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:641350_T_TTTTTTTG:641350:0,2,0,1 chr17 641358 . G GAC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,32;MFRL=158,77;MMQ=60,39;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=AC;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:641350_T_TTTTTTTG:641350:0,2,0,1 chr17 649547 . G C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=34,30;MFRL=127,106;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.560:5:0,0:2,2:0,2,2,1 chr17 649585 . G GGCCACACAGAT . . 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DP=5;ECNT=7;MBQ=32,32;MFRL=132,201;MMQ=60,40;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.329:4:2,1:0,0:0,3,0,1 chr17 1584407 . TTA T,TGTGGCCCTCTTCCTCCCTA . . DP=5;ECNT=7;MBQ=28,26,29;MFRL=126,158,132;MMQ=60,60,60;MPOS=3,1;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.33,3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,1,1:0.284,0.284:4:1,1,1:0,0,0:0,2,0,2 chr17 1584409 . A G . . DP=4;ECNT=7;MBQ=24,31;MFRL=155,201;MMQ=60,40;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,1:0,0:0|1:1584409_A_G:1584409:0,2,0,1 chr17 1584412 . A G . . DP=3;ECNT=7;MBQ=23,31;MFRL=168,201;MMQ=60,40;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:1584409_A_G:1584409:0,2,0,1 chr17 1584417 . A T . . DP=2;ECNT=7;MBQ=26,28;MFRL=177,201;MMQ=60,40;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:1584409_A_G:1584409:0,1,0,1 chr17 1584429 . A G . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr17 1648579 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=162,114;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=8.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:0,3:2,0:2,0,3,0 chr17 1649238 . TG T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=G;STR;TLOD=9.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr17 1649259 . G C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=12.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0|1:1649259_G_C:1649259:0,0,2,1 chr17 1649267 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=12.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0|1:1649259_G_C:1649259:0,0,2,1 chr17 1650883 . A AG . . DP=3;ECNT=5;MBQ=26,28;MFRL=126,122;MMQ=50,40;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:1650883_A_AG:1650883:0,2,0,1 chr17 1650884 . A G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=26,33;MFRL=126,122;MMQ=50,40;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:1650883_A_AG:1650883:0,2,0,1 chr17 1650896 . T C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,32;MFRL=129,122;MMQ=40,40;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr17 1650899 . C A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,27;MFRL=122,129;MMQ=40,40;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr17 1650905 . G C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,126;MMQ=60,40;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr17 1674429 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=163,151;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=21.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,8:0.692:11:2,4:1,4:1,2,4,4 chr17 1675138 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr17 1675451 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=13.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr17 1678256 . GG CA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 1679805 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,73;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=7.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.818:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr17 1680002 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=212,130;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=35.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,13:0.876:14:0,2:1,11:1,0,4,9 chr17 1686410 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=31.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,2:0,8:0,0,3,7 chr17 1686600 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=174,171;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:2,0,1,1 chr17 1687796 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=13.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr17 1690302 . CAA C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,34;MFRL=121,167;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0|1:1690302_CAA_C:1690302:0,1,0,2 chr17 1690305 . G T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.798:3:0,1:0,2:0|1:1690302_CAA_C:1690302:0,0,0,3 chr17 1748028 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=18.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,1,5 chr17 1756351 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=109,145;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.677:4:1,2:0,1:1,0,3,0 chr17 1756578 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,253;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 1775896 . C CAAGTGTTG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,32;MFRL=159,132;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr17 1778911 . GTAGAA G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=160,116;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=15.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.628:6:2,4:0,0:2,0,3,1 chr17 1782732 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,34;MFRL=0,85;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr17 1782957 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=151,122;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.669:7:0,3:2,2:0,2,2,3 chr17 1783903 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=134,106;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.264:13:7,0:3,3:6,4,1,2 chr17 1792174 . G A . . DP=7;ECNT=4;MBQ=32,25;MFRL=160,106;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=12.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.666:7:1,4:1,1:0,2,1,4 chr17 1792209 . A ATGGTAAGGGATG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,24;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.675:1:0,1:0,0:0|1:1792209_A_ATGGTAAGGGATG:1792209:0,0,0,1 chr17 1792212 . G GGGCA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1792209_A_ATGGTAAGGGATG:1792209:0,0,0,1 chr17 1792213 . T TGCAGC . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1792209_A_ATGGTAAGGGATG:1792209:0,0,0,1 chr17 1795316 . T C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,34;MFRL=119,180;MMQ=60,24;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:1795316_T_C:1795316:0,3,0,1 chr17 1795323 . TG CA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,34;MFRL=119,180;MMQ=60,24;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:1795316_T_C:1795316:0,3,0,1 chr17 1795334 . C A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,26;MFRL=136,180;MMQ=60,24;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:1795316_T_C:1795316:0,2,0,1 chr17 1795335 . CTGTTT C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,32;MFRL=153,180;MMQ=60,24;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:1795316_T_C:1795316:0,1,0,1 chr17 1840870 . C T . . DP=13;ECNT=4;MBQ=32,20;MFRL=129,55;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:6,0:1,2:5,4,1,1 chr17 1840892 . C CT . . DP=9;ECNT=4;MBQ=34,20;MFRL=184,55;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=5.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,0:2,2:0|1:1840892_C_CT:1840892:2,5,1,1 chr17 1840895 . A T . . DP=9;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=184,55;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:5,0:2,2:0|1:1840892_C_CT:1840892:2,5,1,1 chr17 1840897 . G A . . DP=9;ECNT=4;MBQ=33,20;MFRL=184,55;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:5,0:2,2:0|1:1840892_C_CT:1840892:2,5,1,1 chr17 1933381 . G A . . DP=23;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=152,121;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=23.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,14:0.588:23:9,7:0,3:6,3,5,9 chr17 1939420 . G A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=32,27;MFRL=153,138;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:1939420_G_A:1939420:0,2,0,1 chr17 1939422 . C G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=33,32;MFRL=153,138;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:1939420_G_A:1939420:0,2,0,1 chr17 1939424 . G T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=32,29;MFRL=153,138;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:1939420_G_A:1939420:0,2,0,1 chr17 1939429 . G T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,27;MFRL=153,138;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:1939420_G_A:1939420:0,2,0,1 chr17 1939431 . AGGCAG A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=27,28;MFRL=153,138;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:1939420_G_A:1939420:0,2,0,1 chr17 1943152 . T A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=175,115;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr17 1945041 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=37.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,4:0,6:0,0,7,3 chr17 1961391 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1961391_C_T:1961391:0,0,0,1 chr17 1961397 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,22;MFRL=158,166;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:1961391_C_T:1961391:0,1,0,1 chr17 1963059 . G C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=132,116;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=8.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.384:11:5,0:2,4:0,7,0,4 chr17 1968983 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1968983_T_C:1968983:0,0,0,1 chr17 1968986 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:1968983_T_C:1968983:0,0,0,1 chr17 1985050 . T C . . 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DP=1;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:2090158_G_C:2090158:0,0,0,1 chr17 2090168 . G GACTTGGTCTCCCTT . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:2090158_G_C:2090158:0,0,0,1 chr17 2148025 . A AG . . DP=6;ECNT=8;MBQ=28,23;MFRL=154,112;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.324:4:1,1:2,0:0|1:2148025_A_AG:2148025:1,2,0,1 chr17 2148026 . A C . . DP=6;ECNT=8;MBQ=27,29;MFRL=154,112;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.324:4:1,1:2,0:0|1:2148025_A_AG:2148025:1,2,0,1 chr17 2148061 . T C . . DP=3;ECNT=8;MBQ=32,33;MFRL=172,150;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:2148061_T_C:2148061:0,2,0,1 chr17 2148069 . A T . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=116,108;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=9.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.544:9:1,3:3,2:4,0,3,2 chr17 2371000 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=132,159;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,1:0,2:1,0,3,0 chr17 2573652 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=21.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,6:0,2:0,0,3,5 chr17 2576129 . CA TT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=169,137;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:2576129_CA_TT:2576129:0,2,0,1 chr17 2576134 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,24;MFRL=187,137;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:2576129_CA_TT:2576129:0,1,0,1 chr17 2576138 . CA AG . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr17 2699886 . T G . . DP=15;ECNT=2;MBQ=24,14;MFRL=122,136;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.316:13:4,1:5,0:9,0,0,4 chr17 2699935 . T C . . DP=13;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=31.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,3:0,8:0,0,6,6 chr17 2703721 . GGGCTGTCCCGGGGACTCCTCCA G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,34;MFRL=193,147;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=12.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.676:4:1,2:0,1:1,0,2,1 chr17 2867169 . C CTGGCTTCACCCTTGCACTCGAGCTT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,16;MFRL=90,38;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,1:0,0:2,1,1,1 chr17 2867265 . A T . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=161,110;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=12.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:2,0:0,4:0,2,0,4 chr17 3213538 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr17 3213811 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=80,147;MMQ=60,31;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:1,3:4,0:3,2,2,1 chr17 3214620 . G GGTTGTTCTGA . . DP=6;ECNT=4;MBQ=32,14;MFRL=147,69;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.322:4:2,0:1,0:0|1:3214620_G_GGTTGTTCTGA:3214620:1,2,0,1 chr17 3214623 . T C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,24;MFRL=147,69;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:3214620_G_GGTTGTTCTGA:3214620:1,2,0,1 chr17 3214625 . T TG . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,25;MFRL=147,69;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:3214620_G_GGTTGTTCTGA:3214620:1,2,0,1 chr17 3214668 . T A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=22,20;MFRL=33036,83;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,0:2,2:3,0,1,1 chr17 3324619 . A AGAG . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=107,61;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:0,2:3,0:2,2,1,1 chr17 3336225 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=161,128;MMQ=40,50;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:2,1,1,1 chr17 3336260 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,161;MMQ=60,40;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=16.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,2,3 chr17 3346614 . A AATGCTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 3417123 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr17 3419689 . CA TG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=8.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr17 3424183 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr17 3430271 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 3433499 . TG AA . . DP=4;ECNT=5;MBQ=30,26;MFRL=182,174;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:3433499_TG_AA:3433499:1,2,0,1 chr17 3433503 . A G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=26,32;MFRL=182,174;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:2,1:0|1:3433499_TG_AA:3433499:1,2,0,1 chr17 3433505 . A T . . 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DP=6;ECNT=3;MBQ=32,22;MFRL=151,102;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.282:5:2,0:1,1:0|1:3446910_G_GA:3446910:2,2,0,1 chr17 3446917 . T C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=151,102;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:3446910_G_GA:3446910:2,2,0,1 chr17 3448533 . T TGTAGAAGTTG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=168,69;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.389:3:1,1:1,0:0|1:3448533_T_TGTAGAAGTTG:3448533:1,1,0,1 chr17 3448534 . C CAGTTATTATCAT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=34,32;MFRL=168,69;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:3448533_T_TGTAGAAGTTG:3448533:1,1,0,1 chr17 3448538 . C G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,26;MFRL=168,69;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:3448533_T_TGTAGAAGTTG:3448533:1,1,0,1 chr17 3457954 . T TG . . 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DP=5;ECNT=7;MBQ=32,32;MFRL=151,145;MMQ=60,40;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:3524773_C_T:3524773:0,4,0,1 chr17 3524783 . C T . . DP=5;ECNT=7;MBQ=21,28;MFRL=176,145;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.632:4:1,0:0,3:0,1,0,3 chr17 3524790 . T C . . DP=2;ECNT=7;MBQ=30,33;MFRL=140,145;MMQ=60,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:3524773_C_T:3524773:0,1,0,1 chr17 3524793 . T C . . DP=2;ECNT=7;MBQ=0,32;MFRL=140,145;MMQ=60,40;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:3524773_C_T:3524773:0,1,0,1 chr17 3524798 . A C . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,33;MFRL=0,145;MMQ=60,40;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:3524773_C_T:3524773:0,0,0,1 chr17 3524803 . T C . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=131,137;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=9.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.672:4:1,1:0,2:0,1,0,3 chr17 3631118 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,230;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr17 3631550 . CA TG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,202;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3631550_CA_TG:3631550:0,0,0,1 chr17 3631553 . A AATG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,202;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3631550_CA_TG:3631550:0,0,0,1 chr17 3631555 . T G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,202;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3631550_CA_TG:3631550:0,0,0,1 chr17 3635768 . A C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=24,32;MFRL=102,158;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:1,3,0,2 chr17 3638037 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=14.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,5,0 chr17 3646977 . C CTT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=7,9;RU=T;STR;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,4:0,0:0,0,0,4 chr17 3716442 . C T . . DP=16;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=117,90;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.234:15:6,0:6,3:8,4,0,3 chr17 3716502 . C CAAGCAATCCTCCCACCTCAG . . DP=15;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=119,137;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.195:13:7,2:4,0:3,8,0,2 chr17 3725410 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=13.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr17 3729502 . TACATTACCTAAAATAAAATGTAAAATAAG T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,55;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=8.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.807:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr17 3746537 . C CT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=22,30;MFRL=185,127;MMQ=60,40;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=16,17;RU=T;STR;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.397:3:1,0:0,1:0|1:3746537_C_CT:3746537:0,2,1,0 chr17 3746554 . G T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,16;MFRL=185,127;MMQ=60,40;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,0:0|1:3746537_C_CT:3746537:0,2,1,0 chr17 3746560 . G T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,16;MFRL=185,127;MMQ=60,40;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,0:0|1:3746537_C_CT:3746537:0,2,1,0 chr17 3746562 . C A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,13;MFRL=185,127;MMQ=60,40;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,0:0|1:3746537_C_CT:3746537:0,2,1,0 chr17 3765599 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=140,83;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,1,1 chr17 3769357 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=9.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr17 3776832 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 3776867 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 3785596 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=110,136;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:5,2:5,0:6,4,0,2 chr17 3801150 . G GTTTTGAGGGACTCTTTTCTGAGGGGACCTT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,30;MFRL=172,187;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:3801150_G_GTTTTGAGGGACTCTTTTCTGAGGGGACCTT:3801150:0,1,0,1 chr17 3801152 . T TTCTTA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=172,187;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:3801150_G_GTTTTGAGGGACTCTTTTCTGAGGGGACCTT:3801150:0,1,0,1 chr17 3801154 . G GGGGAT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,29;MFRL=172,187;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:3801150_G_GTTTTGAGGGACTCTTTTCTGAGGGGACCTT:3801150:0,1,0,1 chr17 3801414 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3801414_G_A:3801414:0,0,0,1 chr17 3801436 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:3801414_G_A:3801414:0,0,0,1 chr17 3808497 . AA GC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr17 3828782 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=34,34;MFRL=47,0;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:0,2,1,1 chr17 3840967 . CT C . . DP=5;ECNT=7;MBQ=33,34;MFRL=150,142;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:3840967_CT_C:3840967:0,4,0,1 chr17 3840969 . T A . . DP=5;ECNT=7;MBQ=30,27;MFRL=150,142;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:3840967_CT_C:3840967:0,4,0,1 chr17 3840973 . T TC . . DP=5;ECNT=7;MBQ=30,17;MFRL=150,142;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,0:0|1:3840967_CT_C:3840967:0,4,0,1 chr17 3840975 . C T . . DP=5;ECNT=7;MBQ=32,29;MFRL=150,142;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:3840967_CT_C:3840967:0,4,0,1 chr17 3840978 . C T . . DP=5;ECNT=7;MBQ=32,30;MFRL=150,142;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:3840967_CT_C:3840967:0,4,0,1 chr17 3840983 . C A . . DP=4;ECNT=7;MBQ=31,25;MFRL=166,142;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:3840967_CT_C:3840967:0,3,0,1 chr17 3840986 . T TCC . . DP=4;ECNT=7;MBQ=27,27;MFRL=166,142;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=C;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:3840967_CT_C:3840967:0,3,0,1 chr17 3848013 . A C . . 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DP=5;ECNT=3;MBQ=33,24;MFRL=180,143;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:4647109_C_T:4647109:1,3,1,0 chr17 4647115 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=34,25;MFRL=180,143;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:4647109_C_T:4647109:1,3,1,0 chr17 4649192 . A C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=18,20;MFRL=112,153;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,0:0,1:1,2,2,0 chr17 4683976 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,193;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr17 4684095 . G A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=60.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,20:0.956:20:0,11:0,9:0,0,11,9 chr17 4686340 . TT GG . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=62.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.941:15:0,6:0,8:0,0,6,9 chr17 4686463 . A ACGCCTACCTGGCT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,48;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=10.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr17 4689194 . AC A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=129,100;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=C;STR;TLOD=9.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.574:5:0,0:1,3:2,0,1,2 chr17 4693342 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,2,1 chr17 4699947 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=241,176;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=15.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:1,4:0,1:1,0,4,1 chr17 4700883 . G GGGCTGAGTCAAGA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,31;MFRL=200,189;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:4700883_G_GGGCTGAGTCAAGA:4700883:1,0,0,1 chr17 4700891 . TAT CCA . . 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DP=2;ECNT=10;MBQ=34,25;MFRL=125,155;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:5295039_G_GC:5295039:0,1,0,1 chr17 5295051 . CA GT . . DP=2;ECNT=10;MBQ=34,27;MFRL=125,155;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:5295039_G_GC:5295039:0,1,0,1 chr17 5295063 . C CA . . DP=1;ECNT=10;MBQ=0,32;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:5295063_C_CA:5295063:0,0,0,1 chr17 5295071 . GC CT . . DP=1;ECNT=10;MBQ=0,33;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:5295063_C_CA:5295063:0,0,0,1 chr17 5314101 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=116,100;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.266:13:5,3:5,0:5,5,1,2 chr17 5324578 . CT C . . 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DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,136;MMQ=60,40;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:5352313_GAT_G:5352313:0,0,0,1 chr17 5352316 . A G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,136;MMQ=60,40;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:5352313_GAT_G:5352313:0,0,0,1 chr17 5352317 . CAATCAT C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,136;MMQ=60,40;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:5352313_GAT_G:5352313:0,0,0,1 chr17 5353590 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=134,37;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:3,2:8,0:3,8,1,1 chr17 5354308 . A ATCATTT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=148,161;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.327:4:0,1:3,0:0|1:5354308_A_ATCATTT:5354308:1,2,0,1 chr17 5354309 . G C . . 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C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=86,163;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr17 6024034 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6024034_G_C:6024034:0,0,0,1 chr17 6024038 . C A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6024034_G_C:6024034:0,0,0,1 chr17 6329875 . G GATCTTTGCTCACTGCAACCCCCGCC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,34;MFRL=137,105;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.488:2:0,0:1,1:1,0,0,1 chr17 6330109 . G A . . DP=5;ECNT=11;MBQ=29,27;MFRL=170,161;MMQ=53,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:1,1,1,1 chr17 6330126 . G C . . 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DP=16;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=43.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.940:14:0,6:0,8:0,0,7,7 chr17 6531685 . C T . . DP=19;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=133,55;MMQ=60,54;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:8,0:9,2:0|1:6531685_C_T:6531685:9,8,1,1 chr17 6531704 . T TTAGTTATAAAATTAAGGGGGAAAA . . DP=19;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=133,55;MMQ=60,54;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:9,0:6,2:0|1:6531685_C_T:6531685:9,8,1,1 chr17 6531705 . C CTTACTCA . . DP=18;ECNT=4;MBQ=32,32;MFRL=133,55;MMQ=60,54;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:10,0:6,1:0|1:6531685_C_T:6531685:8,8,1,1 chr17 6547766 . G C . . DP=17;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=96,145;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=31.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,10:0.690:14:3,3:1,7:2,2,8,2 chr17 6553456 . G C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=151,152;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=15.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.754:6:0,2:1,3:0,1,0,5 chr17 6554921 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=109,112;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr17 6555654 . TGCCA T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=137,92;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=GCCA;STR;TLOD=5.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,2:1,0:0,3,1,1 chr17 6556194 . T TAGAAG . . DP=22;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=135,138;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=56.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,14:0.652:21:3,9:3,3:2,5,5,9 chr17 6598987 . T G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=14,33;MFRL=206,173;MMQ=60,30;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:6598987_T_G:6598987:1,0,1,0 chr17 6598989 . T C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=24,33;MFRL=206,173;MMQ=60,30;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:6598987_T_G:6598987:1,0,1,0 chr17 6598998 . A C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=28,33;MFRL=206,173;MMQ=60,30;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:6598987_T_G:6598987:1,0,1,0 chr17 6599005 . T C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=27,34;MFRL=107,173;MMQ=60,30;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:6598987_T_G:6598987:3,0,1,0 chr17 6599014 . G A . . DP=5;ECNT=5;MBQ=33,32;MFRL=107,173;MMQ=60,30;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:3,1:0,0:0|1:6598987_T_G:6598987:3,0,1,0 chr17 6661584 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=121,152;MMQ=60,56;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.339:7:1,2:3,0:1,4,0,2 chr17 6690572 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=24,27;MFRL=129,65;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.612:3:0,1:1,1:1,0,0,2 chr17 6690829 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=22.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,6:0,2:0,0,0,8 chr17 6899559 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr17 6902179 . G A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=19.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,2:0,5:0,0,1,6 chr17 6902226 . G GCTCAGAGAGGCTGTCCAA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=29,32;MFRL=152,127;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:1,2,0,1 chr17 6905854 . C T . . DP=4;ECNT=6;MBQ=30,29;MFRL=125,96;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:2,1:0,0:0|1:6905854_C_T:6905854:0,2,0,1 chr17 6905860 . G A . . DP=3;ECNT=6;MBQ=30,24;MFRL=125,96;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:6905854_C_T:6905854:0,2,0,1 chr17 6905862 . T G . . DP=3;ECNT=6;MBQ=28,30;MFRL=125,96;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:6905854_C_T:6905854:0,2,0,1 chr17 6905866 . G A . . DP=4;ECNT=6;MBQ=30,23;MFRL=142,96;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:0,0:0|1:6905854_C_T:6905854:0,3,0,1 chr17 6905868 . T A . . DP=4;ECNT=6;MBQ=29,23;MFRL=142,96;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:6905854_C_T:6905854:0,3,0,1 chr17 6905885 . T TCACCTGAGG . . DP=3;ECNT=6;MBQ=28,28;MFRL=152,108;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr17 6915401 . C G . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 6942253 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=22,28;MFRL=146,99;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:6942253_A_T:6942253:0,1,0,1 chr17 6942255 . A AGGCTT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,23;MFRL=146,99;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:6942253_A_T:6942253:0,1,0,1 chr17 6979117 . G T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=29,30;MFRL=141,102;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:3,0:0,1:0|1:6979117_G_T:6979117:0,3,0,1 chr17 6979122 . GGACAT G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=30,32;MFRL=146,102;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:0,1:0|1:6979117_G_T:6979117:0,4,0,1 chr17 6979135 . TG CC . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=92,128;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.626:6:2,1:0,3:1,1,1,3 chr17 7010222 . CAA C,CA . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32,31;MFRL=0,131,165;MMQ=60,50,60;MPOS=23,13;POPAF=7.30,7.30;RPA=16,14,15;RU=A;STR;TLOD=3.20,10.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,2,5:0.299,0.604:7:0,0,0:0,2,5:0,0,7,0 chr17 7011087 . T TACACATTACACACACCGC . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=34.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,0:0,5:0,0,5,4 chr17 7011129 . C T . . DP=19;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=60.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,19:0.952:19:0,4:0,15:0,0,6,13 chr17 7012073 . G T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=21.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0|1:7012073_G_T:7012073:0,0,3,2 chr17 7012077 . C T . . 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DP=5;ECNT=3;MBQ=26,31;MFRL=104,122;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:7128402_C_A:7128402:1,3,0,1 chr17 7128411 . T TGAGGTGGGAGGA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=127,122;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:7128402_C_A:7128402:0,3,0,1 chr17 7129840 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=29.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,7:0,2:0,0,6,3 chr17 7132192 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr17 7132690 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,22;MFRL=112,168;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:3,2:2,0:3,2,2,0 chr17 7133816 . GA G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=A;STR;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.685:1:0,1:0,0:0|1:7133816_GA_G:7133816:0,0,0,1 chr17 7133821 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:7133816_GA_G:7133816:0,0,0,1 chr17 7133823 . TG T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:7133816_GA_G:7133816:0,0,0,1 chr17 7139238 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=95,120;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=12.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.429:12:6,2:1,3:2,5,3,2 chr17 7140606 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=141,178;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=8.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.574:5:0,1:2,2:2,0,2,1 chr17 7150552 . A G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=153,118;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=36.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,11:0.751:14:0,10:3,1:1,2,6,5 chr17 7156186 . A G . . DP=20;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=121,154;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=39.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,13:0.637:20:6,8:1,5:4,3,8,5 chr17 7158203 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr17 7165395 . CG C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=9,9;MFRL=122,121;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=G;STR;TLOD=4.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.661:4:0,1:0,0:0,1,1,2 chr17 7166464 . A AC . . DP=18;ECNT=1;MBQ=25,17;MFRL=76,51;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=C;STR;TLOD=4.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.165:16:8,1:5,0:5,9,1,1 chr17 7187892 . A C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,27;MFRL=121,110;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:7187892_A_C:7187892:0,3,0,1 chr17 7187894 . 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DP=22;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=127,115;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=17.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,9:0.415:22:6,6:7,3:7,6,6,3 chr17 7216558 . AGCATGTTCCATCTGCTTTT A . . DP=24;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=118,106;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,2:0.115:24:10,2:7,0:12,10,1,1 chr17 7221544 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=22,30;MFRL=114,143;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=15.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.558:9:2,1:1,4:3,1,4,1 chr17 7224802 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=148,144;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:2,2,1,1 chr17 7246940 . T G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=146,172;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=9.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.506:8:2,2:1,2:1,3,1,3 chr17 7251605 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr17 7251768 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,24;MFRL=143,103;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=8.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.555:7:2,0:1,4:0,3,2,2 chr17 7252243 . GG AA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=118,208;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr17 7252420 . A AAT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,22;MFRL=153,124;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:0,1:1,0:0|1:7252420_A_AAT:7252420:1,0,0,1 chr17 7252421 . G C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=153,124;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:0,1:1,0:0|1:7252420_A_AAT:7252420:1,0,0,1 chr17 7257185 . C T . . DP=21;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=109,100;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=20.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,9:0.435:21:11,2:1,7:7,5,5,4 chr17 7258481 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=110,156;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.488:6:1,2:2,0:2,1,3,0 chr17 7259083 . A AG . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,30;MFRL=129,134;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=G;STR;TLOD=4.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,1:1,1:3,1,2,0 chr17 7259386 . G GAGTGACCTA . . DP=9;ECNT=2;MBQ=32,18;MFRL=124,58;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.295:8:3,0:2,1:0|1:7259386_G_GAGTGACCTA:7259386:3,3,1,1 chr17 7259389 . G GGCTTGGGAGGA . . DP=8;ECNT=2;MBQ=31,33;MFRL=124,58;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,0:1,1:0|1:7259386_G_GAGTGACCTA:7259386:3,3,1,1 chr17 7286438 . C G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:7286438_C_G:7286438:0,0,0,1 chr17 7286442 . CTGTCCA C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=21,28;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:7286438_C_G:7286438:1,0,0,1 chr17 7292107 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,225;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,3,1 chr17 7306556 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=105,125;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=5.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.212:12:6,2:4,0:8,2,1,1 chr17 7306727 . A G . . DP=22;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=135,103;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=27.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,10:0.505:20:0,5:9,5:2,8,4,6 chr17 7307074 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,32;MFRL=169,163;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:7307074_G_C:7307074:0,1,0,1 chr17 7307084 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=169,163;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:7307074_G_C:7307074:0,1,0,1 chr17 7307287 . T C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=49.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.941:15:0,6:0,9:0,0,7,8 chr17 7317797 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=147,74;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:3,1:7,1:0,10,1,1 chr17 7329702 . A C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=126,153;MMQ=60,54;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:1,1,0,2 chr17 7330135 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr17 7342873 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,59799;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr17 7345819 . A AGGTAC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr17 7346302 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr17 7357864 . C A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=139,129;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=18.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.600:13:3,3:2,4:0,5,1,7 chr17 7358803 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=22.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,2:0,6:0,0,2,6 chr17 7358876 . GT CC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 7366235 . AG CC . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,13;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:7366235_AG_CC:7366235:0,0,1,0 chr17 7366240 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,12;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:7366235_AG_CC:7366235:0,0,1,0 chr17 7366242 . T A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,13;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:7366235_AG_CC:7366235:0,0,1,0 chr17 7366252 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,12;MFRL=91,129;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:7366235_AG_CC:7366235:1,0,1,0 chr17 7367010 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=153,74;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,0:0,2:2,0,1,1 chr17 7384711 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=135,152;MMQ=43,43;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:8,0:5,2:6,7,1,1 chr17 7401295 . CA C . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,149;MMQ=60,40;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 7412965 . T TAGA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=164,97;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=AGA;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0,2,0,1 chr17 7413038 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,186;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 7416683 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=30.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,7:0,4:0,0,7,4 chr17 7417086 . G A . . DP=21;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=115,99;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=50.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,19:0.909:20:1,7:0,10:0,1,9,10 chr17 7452852 . G T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,29;MFRL=143,120;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:7452852_G_T:7452852:1,0,0,1 chr17 7452854 . C T . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,205;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:7473828_G_A:7473828:0,0,0,1 chr17 7474277 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=17.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.884:6:0,2:0,4:0,0,2,4 chr17 7476296 . T G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 7477477 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=21.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,1:0,5:0,0,6,1 chr17 7480547 . T A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=12.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr17 7483864 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=125,66;MMQ=60,57;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:7483864_C_T:7483864:4,0,1,1 chr17 7483881 . A ACTGCTGTTTTTTGGACAACTCAAATGCCCTCC . . DP=10;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=119,66;MMQ=60,57;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.249:10:1,0:6,2:0|1:7483864_C_T:7483864:5,3,1,1 chr17 7484101 . C A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=131,113;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=32.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,12:0.651:18:4,3:2,8:3,3,2,10 chr17 7490163 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=136,150;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:7490163_G_T:7490163:0,1,0,1 chr17 7490166 . A T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=24,28;MFRL=148,150;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:7490163_G_T:7490163:0,2,0,1 chr17 7490168 . C CTGTTCAAGGGT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=148,150;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:7490163_G_T:7490163:0,2,0,1 chr17 7490379 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr17 7497358 . G GAGGGAGACA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 7497990 . A C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=81,58;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:0|1:7497990_A_C:7497990:5,2,1,1 chr17 7497991 . A ATGGCCCATGT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=81,58;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:0|1:7497990_A_C:7497990:5,2,1,1 chr17 7498144 . T C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=27,34;MFRL=109,118;MMQ=60,59;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:7498144_T_C:7498144:0,1,0,1 chr17 7498164 . G A . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=29,25;MFRL=162,177;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=7.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:1,3:1,0:1,1,1,2 chr17 7504926 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,194;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 7509099 . A C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,33;MFRL=95,179;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:2,0:1,1:0|1:7509099_A_C:7509099:1,2,0,1 chr17 7509103 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,31;MFRL=95,179;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:7509099_A_C:7509099:0,1,0,1 chr17 7530147 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,35;MFRL=193,187;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,1:1,1:2,1,1,1 chr17 7534245 . A AAAATGGCTATAATCTTCTG . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=142,95;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:1,1,1,1 chr17 7663119 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=130,144;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.301:8:3,1:2,1:4,2,2,0 chr17 7663296 . A T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=126,62;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:0|1:7663296_A_T:7663296:0,3,1,1 chr17 7663299 . GG CT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=126,62;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:0|1:7663296_A_T:7663296:0,3,1,1 chr17 7663303 . G GTTGTCCAAAGTCTCTGTAATGAAC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=126,62;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,1:1,0:0|1:7663296_A_T:7663296:0,3,1,1 chr17 7667434 . G A . . 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DP=13;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=140,130;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.265:13:5,0:5,3:3,7,1,2 chr17 7678744 . T C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=30,33;MFRL=143,144;MMQ=60,50;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,1:3,1:0,6,0,2 chr17 7680233 . TG AA . . DP=16;ECNT=7;MBQ=28,20;MFRL=123,79;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.175:15:12,0:1,2:5,8,1,1 chr17 7680255 . G C . . DP=8;ECNT=7;MBQ=30,20;MFRL=131,79;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.308:8:6,0:0,2:1,5,1,1 chr17 7680268 . GTA G . . DP=5;ECNT=7;MBQ=26,30;MFRL=121,185;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.395:3:2,1:0,0:0|1:7680268_GTA_G:7680268:1,1,0,1 chr17 7680272 . G C . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,211;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 7915683 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,21;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:7915683_G_T:7915683:0,0,0,1 chr17 7915691 . G GCCATCTGGA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:7915683_G_T:7915683:0,0,0,1 chr17 7918025 . AGGAGCT A . . DP=13;ECNT=2;MBQ=26,29;MFRL=133,112;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GGAGCT;STR;TLOD=6.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:4,2:5,0:3,6,1,1 chr17 7918146 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr17 7918410 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,10;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,0:0,0:0|1:7918410_A_C:7918410:0,0,0,1 chr17 7918416 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0|1:7918410_A_C:7918410:0,0,0,1 chr17 7919931 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 7950269 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=154,112;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:2,1,1,1 chr17 7951256 . G GGCTGGTGCGGGTGCTGGTGCGGGGGGCA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,59;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:7951256_G_GGCTGGTGCGGGTGCTGGTGCGGGGGGCA:7951256:0,0,1,1 chr17 7951265 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,59;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:7951256_G_GGCTGGTGCGGGTGCTGGTGCGGGGGGCA:7951256:0,0,0,1 chr17 7951892 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=143,112;MMQ=44,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,2:3,0:0,4,0,2 chr17 7977105 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=21.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,1,5 chr17 7979045 . G C . . DP=11;ECNT=5;MBQ=32,31;MFRL=149,78;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=27.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,9:0.769:11:2,3:0,5:1,1,4,5 chr17 7979077 . CCACTCCTCAGCCAGGCT C . . DP=6;ECNT=5;MBQ=26,17;MFRL=135,68;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.372:6:3,0:1,1:1,3,1,1 chr17 7979099 . C T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=28,26;MFRL=149,68;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:7979099_C_T:7979099:0,2,0,1 chr17 7979102 . C G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,33;MFRL=149,68;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:7979099_C_T:7979099:0,2,0,1 chr17 7979103 . C CAAACATACAGTGTATCAGTAAAACTG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=33,31;MFRL=68,78;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr17 7979724 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 7984865 . AG CA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 8018842 . ATGAGGTTAGAGTTAGGAACAATCTGATTAAGAC A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=127,58;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.158:17:3,0:6,2:11,4,1,1 chr17 8046132 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=128,66;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.439:5:2,0:0,2:0,3,1,1 chr17 8046772 . C G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=40.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,9:0,3:0,0,7,5 chr17 8047022 . TGGGAAGG T . . DP=12;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=131,68;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.210:12:6,0:3,2:0|1:8047022_TGGGAAGG_T:8047022:7,3,1,1 chr17 8047033 . TAGTG T . . DP=11;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=104,68;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,3:0.305:11:4,0:3,2:0|1:8047022_TGGGAAGG_T:8047022:7,1,1,2 chr17 8047040 . TGGTGGGGTGGGCCAGGGGGTGGAGGGTGGCAC T . . 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G GGACTCTAACCCAGCTGGAGAGAGGGGTGGTCAGGGAC . . DP=4;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=129,87;MMQ=60,48;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:8161322_G_GA:8161322:1,2,0,1 chr17 8166306 . G A . . DP=19;ECNT=3;MBQ=31,25;MFRL=123,60;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.149:18:5,2:11,0:0|1:8166306_G_A:8166306:6,10,0,2 chr17 8166314 . G A . . DP=15;ECNT=3;MBQ=32,25;MFRL=124,60;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:4,2:9,0:0|1:8166306_G_A:8166306:5,8,0,2 chr17 8166378 . T C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,34;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=18.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,0,5 chr17 8167942 . G GAATCCTCAGTAAATTTA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,33;MFRL=101,179;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr17 8167955 . T TCCCCCTCTTCC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:8167955_T_TCCCCCTCTTCC:8167955:0,0,0,1 chr17 8167962 . G T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:8167955_T_TCCCCCTCTTCC:8167955:0,0,0,1 chr17 8168555 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=0,90;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr17 8168805 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=9.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr17 8168992 . TTG T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=25,28;MFRL=125,157;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=TG;STR;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:8168992_TTG_T:8168992:0,1,0,1 chr17 8168999 . A AAAG . . 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DP=6;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=135,53;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.423:5:3,2:0,0:0|1:8170418_A_AGG:8170418:2,1,1,1 chr17 8170763 . CC AT . . DP=9;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=137,64;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:5,2:2,0:0|1:8170763_CC_AT:8170763:4,3,1,1 chr17 8170766 . C T . . DP=7;ECNT=3;MBQ=19,20;MFRL=76,64;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:0,0:0|1:8170763_CC_AT:8170763:4,1,1,1 chr17 8170769 . AGCTGGGT A . . DP=7;ECNT=3;MBQ=29,22;MFRL=76,64;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,1:0,0:0|1:8170763_CC_AT:8170763:4,1,1,1 chr17 8172650 . AC CT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=24,33;MFRL=103,102;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:8172650_AC_CT:8172650:0,3,0,1 chr17 8172654 . TCAGGAGCACCCCA T . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=24,26;MFRL=107,96;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr17 8219478 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,28;MFRL=161,144;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr17 8219542 . CA TG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=35,27;MFRL=156,141;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:8219542_CA_TG:8219542:0,2,0,1 chr17 8219545 . CTAT C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,28;MFRL=156,141;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.418:3:0,1:2,0:0|1:8219542_CA_TG:8219542:0,2,0,1 chr17 8221754 . A G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=24,32;MFRL=84,138;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:8221754_A_G:8221754:3,1,0,1 chr17 8221758 . G GACT . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=160,128;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=10.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:0,3:2,1:2,0,4,0 chr17 8508392 . A AGTATTCAAAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,25;MFRL=83,187;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr17 8638647 . A T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,27;MFRL=122,162;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:8638647_A_T:8638647:0,1,0,1 chr17 8638649 . GC CT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,28;MFRL=122,162;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:8638647_A_T:8638647:0,1,0,1 chr17 8647060 . G GTA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.681:1:0,1:0,0:0|1:8647060_G_GTA:8647060:0,0,0,1 chr17 8647062 . G GTTTGT . . 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G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr17 8784886 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=108,116;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=11.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.491:10:4,4:1,0:4,1,5,0 chr17 8785237 . GC G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,30;MFRL=126,58;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=C;STR;TLOD=5.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,0,2 chr17 8789971 . A AGTATAGAAGTTAACTTTG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,21;MFRL=146,136;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.491:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr17 8789981 . G GTTAACTTTGT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 8809075 . G A . . DP=10;ECNT=3;MBQ=31,26;MFRL=61,95;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=7.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.362:9:2,2:4,1:5,1,1,2 chr17 8809133 . C T . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=116,127;MMQ=51,54;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,0,1 chr17 10404902 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 10408625 . GGG AAA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 10411322 . G GT,GTTTTTTTTTTT . . DP=37;ECNT=3;MBQ=30,30,32;MFRL=118,134,59;MMQ=60,60,60;MPOS=17,11;POPAF=7.30,7.30;RPA=12,13,23;RU=T;STR;TLOD=3.50,5.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:20,3,6:0.130,0.189:29:13,0,3:6,3,3:11,9,8,1 chr17 10411335 . G GT . . DP=28;ECNT=3;MBQ=26,26;MFRL=122,113;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=9,10;RU=T;STR;TLOD=7.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,7:0.351:20:9,4:2,1:5,8,4,3 chr17 10411370 . T C . . DP=13;ECNT=3;MBQ=29,25;MFRL=152,132;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=12.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,5:0.400:13:5,5:3,0:0,8,0,5 chr17 10412021 . G T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:10412021_G_T:10412021:0,0,0,1 chr17 10412035 . T TTG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:10412021_G_T:10412021:0,0,0,1 chr17 10412037 . T A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:10412021_G_T:10412021:0,0,0,1 chr17 10412039 . G GAAAAGTTTTCAGAAAA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,33;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:10412021_G_T:10412021:0,0,0,1 chr17 10412743 . G C . . 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C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=158,92;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,2:0,0:2,0,1,1 chr17 11513661 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=19.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,5:0,2:0,0,5,2 chr17 11532929 . G GAAAGA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 11555990 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr17 11568262 . TC T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=20,25;MFRL=99,111;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:11568262_TC_T:11568262:1,3,0,1 chr17 11568265 . AGT A . . 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DP=6;ECNT=2;MBQ=20,26;MFRL=97,135;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=8.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,2:1,1:2,1,2,1 chr17 11672536 . GCA G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=125,97;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:4,1:0,0:3,1,0,1 chr17 11672637 . A AGG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:11672637_A_AGG:11672637:0,0,0,1 chr17 11672643 . C A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:11672637_A_AGG:11672637:0,0,0,1 chr17 11672645 . GG CT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:11672637_A_AGG:11672637:0,0,0,1 chr17 11725980 . TC T . . 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DP=11;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=151,56;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.318:7:2,0:3,2:1,4,1,1 chr17 11795213 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=141,60;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:4,1:2,1:6,0,2,0 chr17 11797847 . T TTGTTCCTTCCTAC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=111,153;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:11797847_T_TTGTTCCTTCCTAC:11797847:0,1,0,1 chr17 11797849 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=111,153;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:11797847_T_TTGTTCCTTCCTAC:11797847:0,1,0,1 chr17 11827353 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=187,91;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr17 11840616 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=157,120;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=8.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:0,2:2,1:2,0,3,0 chr17 11840813 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=136,92;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.287:12:3,1:5,2:2,7,1,2 chr17 11845873 . G GA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:11845873_G_GA:11845873:0,0,0,1 chr17 11845874 . G GGCACTAAGACAAAGTCTGC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:11845873_G_GA:11845873:0,0,0,1 chr17 11886512 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr17 11887527 . A T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,28;MFRL=176,145;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:11887527_A_T:11887527:1,2,0,1 chr17 11887535 . GC TA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=34,24;MFRL=210,145;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:2,1:0|1:11887527_A_T:11887527:0,3,0,1 chr17 11887538 . ATAC A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=210,145;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:11887527_A_T:11887527:0,3,0,1 chr17 11894527 . G GCTTTGT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=161,135;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr17 11985276 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=28,24;MFRL=63,77;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:5,2:2,0:3,4,0,2 chr17 11985325 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,195;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 12028759 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 12032681 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:12032681_A_C:12032681:0,0,0,1 chr17 12032683 . T A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,19;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:12032681_A_C:12032681:0,0,0,1 chr17 12620759 . A ACG . . DP=3;ECNT=4;MBQ=29,26;MFRL=149,96;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:12620759_A_ACG:12620759:1,1,0,1 chr17 12620761 . A G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=26,31;MFRL=96,149;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,2:0.600:3:0,1:1,1:1|0:12620759_A_ACG:12620759:0,1,1,1 chr17 12620762 . C CTGTTTA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=33,32;MFRL=149,96;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:12620759_A_ACG:12620759:1,1,0,1 chr17 12620766 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=34,26;MFRL=149,96;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:12620759_A_ACG:12620759:1,1,0,1 chr17 12642677 . G GGGGCCTCCGTGT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=117,50;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:12642677_G_GGGGCCTCCGTGT:12642677:1,2,0,1 chr17 12642679 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=34,20;MFRL=117,50;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:12642677_G_GGGGCCTCCGTGT:12642677:1,2,0,1 chr17 12647490 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:12647490_T_C:12647490:0,0,0,1 chr17 12647512 . G GGCTTTTT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,30;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:12647490_T_C:12647490:1,0,0,1 chr17 12647516 . A G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=29,29;MFRL=54,148;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:12647490_T_C:12647490:2,0,0,1 chr17 12647518 . A G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=30,27;MFRL=54,148;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.395:3:2,1:0,0:0|1:12647490_T_C:12647490:2,0,0,1 chr17 12656214 . C A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=141,100;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,0:1,2:3,0,1,1 chr17 12656295 . CCT C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,32;MFRL=130,114;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:1,3,0,1 chr17 12664031 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=120,52;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,0:3,2:0|1:12664031_C_T:12664031:1,6,1,1 chr17 12664038 . T TGATGCAC . . DP=9;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=120,52;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,0:3,2:0|1:12664031_C_T:12664031:1,6,1,1 chr17 12667027 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=22,20;MFRL=133,112;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr17 12799714 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=127,98;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:0,0:3,2:2,1,1,1 chr17 12822972 . G T . . 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DP=5;ECNT=7;MBQ=28,31;MFRL=126,107;MMQ=60,48;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0|1:12822993_G_A:12822993:3,1,1,0 chr17 12823000 . G A . . DP=5;ECNT=7;MBQ=32,16;MFRL=126,107;MMQ=60,48;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,0:0|1:12822993_G_A:12822993:3,1,1,0 chr17 12823211 . T A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=30,23;MFRL=109,106;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.282:5:2,0:1,1:0,4,0,1 chr17 12823222 . TAG T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=126,107;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0,2,0,1 chr17 12823227 . A T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,24;MFRL=146,107;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr17 12896087 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr17 12896358 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 12896378 . G GTC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 12897174 . G GTGTGCCTC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,33;MFRL=74,193;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12897174_G_GTGTGCCTC:12897174:1,0,0,1 chr17 12897175 . A ACCATCATAAAATCAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=74,193;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12897174_G_GTGTGCCTC:12897174:1,0,0,1 chr17 12897669 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=147,115;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,1:1,1:3,0,2,0 chr17 12897840 . A C . . DP=6;ECNT=3;MBQ=24,20;MFRL=109,58;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:12897840_A_C:12897840:2,2,1,1 chr17 12897844 . GG CC . . DP=7;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=109,58;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,0:3,2:0|1:12897840_A_C:12897840:2,3,1,1 chr17 12897848 . A AGCGGCCCTCCTACTCGTCGCGGCGTAGCGTCCAC . . DP=6;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=109,58;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:12897840_A_C:12897840:2,2,1,1 chr17 12898994 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,65;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr17 12899341 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=136,152;MMQ=60,59;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:0,2,0,2 chr17 12901688 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr17 12903641 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,33;MFRL=139,160;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12903641_T_C:12903641:0,1,0,1 chr17 12903647 . G GGTGAGTGGGAGCCC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,33;MFRL=139,160;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12903641_T_C:12903641:0,1,0,1 chr17 12903649 . C CAGAGCAG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=139,160;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:12903641_T_C:12903641:0,1,0,1 chr17 12905743 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=66,121;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=26.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,10:0.788:12:1,3:1,7:2,0,4,6 chr17 12908424 . A ACCTCCACCTCCTGGGTTC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=26,27;MFRL=118,120;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:12908424_A_ACCTCCACCTCCTGGGTTC:12908424:0,2,0,1 chr17 12908426 . A AGCAGCATCTTGGGTCTCTG . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,27;MFRL=120,117;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr17 12908427 . C G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=28,33;MFRL=118,120;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:12908424_A_ACCTCCACCTCCTGGGTTC:12908424:0,2,0,1 chr17 12908429 . A T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=25,29;MFRL=118,120;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:12908424_A_ACCTCCACCTCCTGGGTTC:12908424:0,2,0,1 chr17 12909046 . A AATC . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=78,95;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=ATC;STR;TLOD=17.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:1,2:1,2:2,0,4,1 chr17 12909316 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,25;MFRL=134,142;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:0|1:12909316_G_A:12909316:1,3,0,1 chr17 12909319 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=134,142;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:0|1:12909316_G_A:12909316:1,3,0,1 chr17 12914920 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=122,114;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.666:4:1,0:0,3:1,0,2,1 chr17 12920260 . A G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=152,112;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=38.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,12:0.870:13:0,6:1,6:0,1,2,10 chr17 13399486 . A AT . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=10,11;RU=T;STR;TLOD=7.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.830:3:0,2:0,0:0,0,3,0 chr17 13972811 . G A . . 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DP=14;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=113,153;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=17.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,6:0.467:13:3,3:4,3:4,3,5,1 chr17 14063292 . A G . . DP=9;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=1689,119;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=17.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,7:0.801:8:0,3:1,3:0,1,2,5 chr17 14063309 . T TG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=119,69;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.491:2:1,0:0,1:0|1:14063309_T_TG:14063309:0,1,0,1 chr17 14063311 . T TTGAGTCAAATG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=29,30;MFRL=119,69;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.491:2:1,0:0,1:0|1:14063309_T_TG:14063309:0,1,0,1 chr17 14095550 . G A . . DP=21;ECNT=2;MBQ=20,28;MFRL=112,129;MMQ=27,57;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=30.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,12:0.592:20:5,6:3,6:5,3,7,5 chr17 14095566 . T C . . 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G C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=116,59;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,2:2,0:0|1:15222449_G_C:15222449:5,2,1,1 chr17 15222450 . A ACAGGCATATACAC . . DP=9;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=116,59;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,2:2,0:0|1:15222449_G_C:15222449:5,2,1,1 chr17 15234713 . TTGGGGAATTGGAGGCGACTTTGTAGTATGTGCTGGGTCTCCAAGGAAGGCTCAGGCTA T . . DP=29;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=101,58;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,2:0.123:23:5,0:8,2:10,11,1,1 chr17 15341022 . TT GC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=139,117;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:1,0,1,0 chr17 15343524 . C CCTT . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=CTT;STR;TLOD=17.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.871:5:0,2:0,2:0,0,3,2 chr17 15406123 . CCTCTCT C,CCTCTCTCT . . 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DP=16;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=126,81;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,4:0.266:16:5,0:6,3:6,6,1,3 chr17 26948169 . C T . . DP=8;ECNT=5;MBQ=20,29;MFRL=96,166;MMQ=60,54;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:1,0:5,2:0|1:26948169_C_T:26948169:2,4,0,2 chr17 26948176 . G GATATT . . DP=6;ECNT=5;MBQ=23,35;MFRL=116,166;MMQ=60,54;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:26948169_C_T:26948169:1,3,0,2 chr17 26948178 . C CACCCTTGCT . . DP=6;ECNT=5;MBQ=26,34;MFRL=116,166;MMQ=60,54;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,1:0|1:26948169_C_T:26948169:1,3,0,2 chr17 26948181 . G GCTTC . . DP=5;ECNT=5;MBQ=26,31;MFRL=116,166;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:26948169_C_T:26948169:1,3,0,1 chr17 26948186 . AA CT . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 27225918 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=148,252;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:4,0:1,2:1,5,1,1 chr17 27225937 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=130,153;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:0,3,0,2 chr17 27228470 . A C . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,12;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:27228470_A_C:27228470:0,0,1,0 chr17 27228474 . G C . . DP=2;ECNT=7;MBQ=25,12;MFRL=153,161;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:27228470_A_C:27228470:1,0,1,0 chr17 27228477 . A C . . DP=2;ECNT=7;MBQ=17,12;MFRL=153,161;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,0:0|1:27228470_A_C:27228470:1,0,1,0 chr17 27228482 . A C . . DP=2;ECNT=7;MBQ=28,28;MFRL=153,161;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:27228470_A_C:27228470:1,0,1,0 chr17 27228488 . A C . . DP=3;ECNT=7;MBQ=26,34;MFRL=155,161;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:27228470_A_C:27228470:1,1,1,0 chr17 27228490 . G C . . DP=3;ECNT=7;MBQ=29,25;MFRL=155,161;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:27228470_A_C:27228470:1,1,1,0 chr17 27228492 . AG CC . . DP=3;ECNT=7;MBQ=28,28;MFRL=155,161;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:27228470_A_C:27228470:1,1,1,0 chr17 27228697 . C CCAGAATTACACAGTGACAGCA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 27234077 . GAG ACA . . DP=5;ECNT=7;MBQ=32,27;MFRL=122,83;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0,4,0,1 chr17 27234083 . A ACACAGCTGG . . DP=5;ECNT=7;MBQ=24,25;MFRL=83,129;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.326:4:1,1:2,0:0|1:27234083_A_ACACAGCTGG:27234083:0,3,0,1 chr17 27234084 . T A . . DP=5;ECNT=7;MBQ=26,26;MFRL=122,83;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:27234084_T_A:27234084:0,4,0,1 chr17 27234086 . T A . . DP=4;ECNT=7;MBQ=30,24;MFRL=83,129;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:27234083_A_ACACAGCTGG:27234083:0,3,0,1 chr17 27234088 . G GGGTTATT . . DP=4;ECNT=7;MBQ=32,32;MFRL=129,83;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:27234084_T_A:27234084:0,3,0,1 chr17 27234091 . A C . . DP=4;ECNT=7;MBQ=26,26;MFRL=83,129;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:27234083_A_ACACAGCTGG:27234083:0,3,0,1 chr17 27234093 . GG AA . . DP=3;ECNT=7;MBQ=30,26;MFRL=142,83;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:27234084_T_A:27234084:0,2,0,1 chr17 27235907 . A G . . DP=16;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=120,172;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.210:12:4,0:6,2:4,6,0,2 chr17 27239504 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=21,28;MFRL=114,135;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.175:15:10,2:3,0:10,3,2,0 chr17 27283976 . A ACAGG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,22;MFRL=212,200;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr17 27283986 . G GGCAAAGAT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.680:1:0,1:0,0:0|1:27283986_G_GGCAAAGAT:27283986:0,0,0,1 chr17 27283989 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:27283986_G_GGCAAAGAT:27283986:0,0,0,1 chr17 27284366 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=22,20;MFRL=1036,70;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:3,0,1,1 chr17 27284371 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,23;MFRL=70,1036;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,0:2,2:2,1,2,0 chr17 27306661 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=116,117;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.398:8:1,1:4,2:4,1,3,0 chr17 27308570 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=137,155;MMQ=60,33;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:3,0:4,2:4,3,0,2 chr17 27308951 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=127,0;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.250:14:8,1:3,2:7,4,1,2 chr17 27380482 . G C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=118,67;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.299:8:3,2:3,0:0|1:27380482_G_C:27380482:1,5,1,1 chr17 27380485 . A AACTCACT . . DP=8;ECNT=2;MBQ=25,24;MFRL=118,67;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.299:8:3,1:3,0:0|1:27380482_G_C:27380482:1,5,1,1 chr17 27382149 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=106,33;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:2,5,1,1 chr17 27401263 . C CATCACAGCTG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=259,103;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr17 27409298 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=33,20;MFRL=150,82;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:2,1,1,1 chr17 27409363 . AG GT . . DP=11;ECNT=3;MBQ=23,20;MFRL=87,42;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.248:10:2,2:3,0:0|1:27409363_AG_GT:27409363:5,3,1,1 chr17 27409367 . G C . . DP=12;ECNT=3;MBQ=23,20;MFRL=87,42;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:5,2:5,0:0|1:27409363_AG_GT:27409363:7,3,1,1 chr17 27413388 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=138,101;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,2:2,0:3,0,1,1 chr17 27413403 . T C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=25,25;MFRL=138,102;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=14.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.715:5:0,3:1,1:1,0,3,1 chr17 27413442 . A T . . DP=10;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=130,638;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:2,1:5,1:6,1,0,2 chr17 27413908 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=154,195;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:2,0,2,0 chr17 27420054 . TGCACA T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=130,182;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:27420054_TGCACA_T:27420054:0,1,0,1 chr17 27420060 . G T . . 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DP=4;ECNT=4;MBQ=26,33;MFRL=156,145;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:27963266_GGGC_G:27963266:2,1,0,1 chr17 27963278 . T C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=25,32;MFRL=156,145;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:27963266_GGGC_G:27963266:2,1,0,1 chr17 27999140 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=127,125;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.319:13:7,3:2,0:5,4,2,2 chr17 28029938 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=36.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,5:0,6:0,0,9,2 chr17 28268950 . T TTGGACATTTGGGTTGGTTCC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=139,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0,4,0,1 chr17 28268967 . G GTCTTCTTTTCT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=154,147;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr17 28270729 . TG CG,CA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,22,31;MFRL=151,131,110;MMQ=60,60,60;MPOS=5,8;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.21,3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:3,1,1:0.250,0.250:5:3,0,1:0,1,0:1,2,0,2 chr17 28320248 . T A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=25.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,6:0,3:0,0,5,4 chr17 28320395 . A ACCTGAATGTCAACAGGGGCCACCACATCC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=145,93;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0,2,0,1 chr17 28434826 . ACTTTT A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,21;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CTTTT;STR;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,1:0,0,1,1 chr17 28444183 . A C . . 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DP=4;ECNT=3;MBQ=31,15,30;MFRL=129,137,89;MMQ=60,60,60;MPOS=2,2;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.35,3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,1,1:0.286,0.286:4:0,0,0:2,0,1:0,2,0,2 chr17 28508091 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,25;MFRL=137,89;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,0:2,1:0,3,0,1 chr17 28511978 . G A . . DP=23;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=57.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,20:0.957:20:0,8:0,12:0,0,9,11 chr17 28538330 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=168,175;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:2,1:3,2:4,1,3,0 chr17 28539870 . G GACAAATTCTCCTACCCAAGCTGGGT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=35,34;MFRL=131,154;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:1,0,0,1 chr17 28549898 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=8.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr17 28594004 . G T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 28601210 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=132,123;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.329:4:2,1:1,0:1,2,0,1 chr17 28659019 . A C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=129,142;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=21.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,8:0.531:15:3,3:4,5:4,3,5,3 chr17 28776811 . C T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,24;MFRL=147,140;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:28776811_C_T:28776811:0,1,1,0 chr17 28776820 . T C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=26,27;MFRL=147,140;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:28776811_C_T:28776811:0,1,1,0 chr17 28776824 . AGGGC A . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=34,33;MFRL=126,85;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:28890454_A_T:28890454:0,3,0,1 chr17 29171132 . C T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,28;MFRL=137,105;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:29171132_C_T:29171132:0,4,0,1 chr17 29171135 . G GA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=137,105;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:29171132_C_T:29171132:0,4,0,1 chr17 29171137 . G C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,29;MFRL=137,105;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:29171132_C_T:29171132:0,4,0,1 chr17 29195527 . ATT A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=15,13;RU=T;STR;TLOD=6.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr17 29206421 . G T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=26.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.934:11:0,9:0,2:0,0,6,5 chr17 29214460 . T C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=28,27;MFRL=141,105;MMQ=60,52;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.282:5:3,0:0,1:0,4,0,1 chr17 29214463 . A G,ATG . . DP=6;ECNT=4;MBQ=25,32,27;MFRL=141,105,174;MMQ=60,52,40;MPOS=12,-2147483648;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.08,3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:4,1,1:0.222,0.222:6:4,0,0:0,1,1:0,4,0,2 chr17 29214472 . TG CA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=27,33;MFRL=141,174;MMQ=56,40;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:29214472_TG_CA:29214472:0,4,0,1 chr17 29214475 . CT AC . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,26;MFRL=141,174;MMQ=56,40;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:29214472_TG_CA:29214472:0,4,0,1 chr17 29226630 . T A . . 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DP=36;ECNT=1;MBQ=31,21;MFRL=107,124;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=10,11;RU=T;STR;TLOD=4.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,5:0.198:26:7,0:10,3:16,5,4,1 chr17 30469423 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=8.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr17 30470028 . G GC . . DP=36;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=88,98;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=C;STR;TLOD=31.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,17:0.486:35:12,8:6,9:10,8,7,10 chr17 30509939 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,236;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr17 30520255 . C G . . DP=48;ECNT=1;MBQ=30,34;MFRL=99,82;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:46,2:0.060:48:30,0:14,2:24,22,0,2 chr17 30521206 . G GAATGCAA . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=148,160;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:5,2:4,0:0,9,0,2 chr17 30594856 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=217,133;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:0,1:1,1:1,0,2,0 chr17 30611885 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=139,63;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,0,2 chr17 30625211 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=121,72;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:6,0:5,2:2,9,0,2 chr17 30643361 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=21.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.891:6:0,1:0,5:0,0,2,4 chr17 30659006 . T A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=14.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,0,5 chr17 30665005 . T C . . DP=6;ECNT=6;MBQ=0,33;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=21.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,1,5 chr17 30665041 . T A . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,25;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:30665041_T_A:30665041:0,0,0,1 chr17 30665043 . A C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,31;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:30665041_T_A:30665041:0,0,0,1 chr17 30665046 . T C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,30;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:30665041_T_A:30665041:0,0,0,1 chr17 30665048 . T C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,30;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:30665041_T_A:30665041:0,0,0,1 chr17 30665049 . C CA . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,31;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:30665041_T_A:30665041:0,0,0,1 chr17 30685705 . AT A,ATT . . DP=27;ECNT=1;MBQ=25,27,25;MFRL=132,63,127;MMQ=60,60,60;MPOS=19,18;POPAF=7.30,7.30;RPA=13,12,14;RU=T;STR;TLOD=4.06,5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:12,2,3:0.148,0.200:17:9,1,3:3,1,0:2,10,0,5 chr17 30696292 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=35.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,3:0,9:0,0,8,4 chr17 30696498 . TA T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=145,97;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:1,1:2,0:0|1:30696498_TA_T:30696498:2,1,0,1 chr17 30696502 . T C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,28;MFRL=145,97;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:30696498_TA_T:30696498:2,1,0,1 chr17 30791503 . C T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=13.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,2:0,0,2,4 chr17 30791509 . C G . . 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GCAAGAGCCACATTTAAGTTTTTCCAGGAGGCAACAAGCCTTTCCACCGTTAATTATGCAAT G . . DP=32;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=134,261;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=5.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:25,2:0.110:27:9,2:6,0:3,22,0,2 chr17 31072368 . C T . . DP=17;ECNT=3;MBQ=30,30;MFRL=146,123;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=7.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.282:12:4,0:5,3:1,8,0,3 chr17 31072385 . T C . . DP=14;ECNT=3;MBQ=30,28;MFRL=151,123;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=6.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.305:11:3,0:5,3:0,8,0,3 chr17 31099876 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=91,120;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=6.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.333:10:1,0:6,3:3,4,0,3 chr17 31107845 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=113,180;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=12.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:2,2:0,2:0,2,0,4 chr17 31266419 . T C . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=G;STR;TLOD=28.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.916:10:0,7:0,2:0,0,8,2 chr17 32483137 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=128,85;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:2,2,0,1 chr17 32583439 . G T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:32583439_G_T:32583439:0,0,0,1 chr17 32583443 . G C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,34;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:32583439_G_T:32583439:0,0,0,1 chr17 32583445 . GC G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:32583439_G_T:32583439:0,0,0,1 chr17 32646480 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=94,46;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:5,0:4,2:7,2,1,1 chr17 32683707 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=79,112;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0,2,0,2 chr17 32688712 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr17 32906008 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=92,131;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=14.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:0,1:1,4:0,1,2,3 chr17 32908064 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:32908064_T_C:32908064:0,0,1,0 chr17 32908067 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:32908064_T_C:32908064:0,0,1,0 chr17 32953222 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,24;MFRL=159,165;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:32953222_C_T:32953222:1,0,1,0 chr17 32953227 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,24;MFRL=159,165;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:32953222_C_T:32953222:1,0,1,0 chr17 32953258 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr17 32956286 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr17 32956955 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr17 32961751 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=9.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr17 32962147 . G T . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=162,154;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.557:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr17 34074371 . C CTGA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:34074371_C_CTGA:34074371:0,0,0,1 chr17 34074372 . C CAGTAATATGTATATGTAT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:34074371_C_CTGA:34074371:0,0,0,1 chr17 34074376 . C A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,21;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:34074371_C_CTGA:34074371:0,0,0,1 chr17 34079842 . T A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=96,44;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:34079842_T_A:34079842:0,2,1,1 chr17 34079844 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=96,44;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:34079842_T_A:34079842:0,2,1,1 chr17 34079849 . G T,GTACTCACTAAACACCAAGGGGTATGGCAA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,20,30;MFRL=0,44,92;MMQ=60,60,60;MPOS=1,1;POPAF=7.30,7.30;TLOD=7.95,3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,2,1:0.500,0.333:3:0,2,1:0,0,0:0,0,1,2 chr17 34091724 . C CCCAAAG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,181;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 34100350 . G GC . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=35.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,5:0,4:0,0,3,7 chr17 34151169 . A C . . DP=34;ECNT=2;MBQ=24,30;MFRL=112,162;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:31,2:0.085:33:17,0:12,2:0|1:34151169_A_C:34151169:12,19,0,2 chr17 34151174 . G GGCAATTAGAGTAGCCCCTCAGTTAC . . DP=32;ECNT=2;MBQ=30,35;MFRL=117,162;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:30,2:0.088:32:16,0:13,2:0|1:34151169_A_C:34151169:11,19,0,2 chr17 34185319 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=101,148;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:6,2:5,0:5,6,0,2 chr17 34190601 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=134,110;MMQ=60,27;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.186:14:8,2:3,0:2,10,2,0 chr17 34340161 . T A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr17 34340914 . G GATT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=133,159;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr17 34341497 . A ATCTCTCTTTCTGTTTCT . . DP=4;ECNT=6;MBQ=26,25;MFRL=136,147;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:34341497_A_ATCTCTCTTTCTGTTTCT:34341497:0,3,0,1 chr17 34341499 . C T . . DP=4;ECNT=6;MBQ=30,28;MFRL=136,147;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:34341497_A_ATCTCTCTTTCTGTTTCT:34341497:0,3,0,1 chr17 34341501 . A T . . DP=4;ECNT=6;MBQ=25,27;MFRL=136,147;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:34341497_A_ATCTCTCTTTCTGTTTCT:34341497:0,3,0,1 chr17 34341503 . C T . . DP=4;ECNT=6;MBQ=31,27;MFRL=136,147;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:34341497_A_ATCTCTCTTTCTGTTTCT:34341497:0,3,0,1 chr17 34341506 . A G . . DP=4;ECNT=6;MBQ=27,26;MFRL=136,147;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:34341497_A_ATCTCTCTTTCTGTTTCT:34341497:0,3,0,1 chr17 34341521 . C CAGCCTA . . DP=2;ECNT=6;MBQ=32,31;MFRL=209,128;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr17 34344953 . GGGC G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,29;MFRL=105,96;MMQ=37,43;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:2,2,0,1 chr17 34344961 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=130,95;MMQ=42,33;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:1,2:1,1:0,2,2,1 chr17 34391693 . GC AA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=134,150;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:3,1,0,1 chr17 34416453 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,173;MMQ=60,53;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr17 34416665 . A G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=43.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.935:13:0,5:0,7:0,0,2,11 chr17 34431852 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,124;MMQ=60,25;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=7.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr17 34431884 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,150;MMQ=60,40;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=9.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr17 34432120 . T G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,12;MFRL=53630,186;MMQ=46,37;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,0:0|1:34432120_T_G:34432120:0,4,0,1 chr17 34432125 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=53630,186;MMQ=46,37;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:0,1:0|1:34432120_T_G:34432120:0,4,0,1 chr17 34842502 . AGGCGCGCGGC A . . DP=16;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=128,91;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:4,0:6,2:6,7,1,1 chr17 34842521 . A G . . DP=16;ECNT=2;MBQ=24,32;MFRL=118,131;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=14.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,6:0.389:16:4,0:6,6:5,5,2,4 chr17 34856602 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,31;MFRL=187,573;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:34856602_A_G:34856602:1,0,1,0 chr17 34856605 . TTTCAAA T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,24;MFRL=187,573;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:34856602_A_G:34856602:1,0,1,0 chr17 34856615 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,29;MFRL=187,573;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:34856602_A_G:34856602:1,0,1,0 chr17 34862769 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=125,174;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,1:1,1:3,0,2,0 chr17 34862985 . G GTCTGA . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=85,45;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.330:7:2,2:3,0:3,2,1,1 chr17 34866546 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=136,129;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:2,0:4,2:5,1,2,0 chr17 34871618 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=161,77;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr17 34883620 . T TC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=138,152;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:34883620_T_TC:34883620:0,1,0,1 chr17 34883623 . G GACAGATTTT . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=116,138;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:5,2:2,0:3,4,1,1 chr17 34894609 . AT A,ATT . . DP=81;ECNT=3;MBQ=24,26,25;MFRL=112,159,131;MMQ=60,60,60;MPOS=27,14;POPAF=7.30,7.30;RPA=11,10,12;RU=T;STR;TLOD=8.60,9.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:41,9,4:0.144,0.090:54:29,2,1:10,7,3:18,23,5,8 chr17 34894621 . G GCCTCATTCC . . DP=57;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=116,131;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:52,3:0.070:55:33,0:16,3:23,29,0,3 chr17 34894657 . T G . . DP=22;ECNT=3;MBQ=26,31;MFRL=149,144;MMQ=60,48;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.154:17:10,1:5,1:0,15,0,2 chr17 34894818 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=27,30;MFRL=162,140;MMQ=60,22;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:2,0:0|1:34894818_G_A:34894818:3,0,1,0 chr17 34894820 . C G . . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=26,26;MFRL=75,172;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:35549275_T_C:35549275:0,2,0,1 chr17 35550416 . A G . . DP=11;ECNT=2;MBQ=25,29;MFRL=143,139;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=15.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.538:11:3,1:2,5:0,5,2,4 chr17 35550448 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=8.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr17 35562768 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=76,80;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:2,1,1,1 chr17 35581887 . TTATATA T,TTATA,TTATATATA . . DP=14;ECNT=1;MBQ=17,22,25,24;MFRL=152,128,147,131;MMQ=60,60,60,60;MPOS=6,16,22;POPAF=7.30,7.30,7.30;RPA=12,9,11,13;RU=TA;STR;TLOD=12.86,5.48,5.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2/3:2,4,2,2:0.364,0.221,0.211:10:0,0,1,0:1,4,1,2:1,1,7,1 chr17 35582031 . A AAGTTGTTTTACTT . . 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DP=17;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=94,69;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.209:17:6,0:8,3:10,4,2,1 chr17 36881832 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=63,115;MMQ=60,54;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:4,0:3,2:3,5,1,1 chr17 36891916 . CT GA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:36891916_CT_GA:36891916:0,0,0,1 chr17 36891919 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:36891916_CT_GA:36891916:0,0,0,1 chr17 36894746 . A ATGAGC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.689:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 36895446 . G GTGGTGCT . . 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DP=13;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=136,167;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.306:11:6,0:2,3:6,2,3,0 chr17 36963297 . G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:36963297_G_A:36963297:0,0,0,1 chr17 36963301 . T G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:36963297_G_A:36963297:0,0,0,1 chr17 36963303 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:36963297_G_A:36963297:0,0,0,1 chr17 37004307 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=151,79;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:7,2:2,0:2,7,1,1 chr17 37006349 . GTT G . . 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G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=170,129;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:0,2,0,2 chr17 39155758 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=146,89;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:1,0,2,0 chr17 39165232 . AGGCAGACTCCACAGC A . . DP=35;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=141,106;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:29,2:0.090:31:6,2:17,0:15,14,1,1 chr17 39165331 . A G . . DP=42;ECNT=2;MBQ=27,28;MFRL=120,84;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=9.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:34,5:0.146:39:16,5:17,0:16,18,5,0 chr17 39183508 . G GT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,31;MFRL=188,154;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=T;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:39183508_G_GT:39183508:0,1,0,1 chr17 39183512 . A ATTCCTTTCTGGATTC . . 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G T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=119,98;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:5,0:5,2:2,8,0,2 chr17 40042418 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=142,56;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.249:14:6,3:5,0:4,7,3,0 chr17 40042598 . A ACCAAGCCAC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=23,26;MFRL=130,138;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:40042598_A_ACCAAGCCAC:40042598:0,1,0,1 chr17 40042601 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,33;MFRL=130,138;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:40042598_A_ACCAAGCCAC:40042598:0,1,0,1 chr17 40049212 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:40049212_A_G:40049212:0,0,1,0 chr17 40049221 . TGT CAC . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=29,26;MFRL=86,198;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:40186207_C_T:40186207:2,1,1,0 chr17 40186210 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=86,198;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:2,0:1,1:0|1:40186207_C_T:40186207:2,1,1,0 chr17 40257239 . C CAAGTCTAGACTCTGAAAAGGT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 40259589 . T TG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=24,14;MFRL=144,110;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:0,0:0|1:40259589_T_TG:40259589:1,2,1,0 chr17 40259593 . C A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=24,13;MFRL=144,110;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,0:0|1:40259589_T_TG:40259589:1,2,1,0 chr17 40261284 . G A . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=23.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.897:7:0,3:0,4:0,0,2,5 chr17 41166177 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=100,80;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=14.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.610:11:4,2:0,4:3,1,5,2 chr17 41168644 . GTGAT G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=132,132;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:41168644_GTGAT_G:41168644:0,1,0,1 chr17 41168649 . CCCCTTGCAA C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=132,132;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:41168644_GTGAT_G:41168644:0,1,0,1 chr17 41170004 . C A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,24;MFRL=102,156;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:41170004_C_A:41170004:1,1,0,1 chr17 41170006 . C A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=33,23;MFRL=102,156;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:41170004_C_A:41170004:1,1,0,1 chr17 41170009 . CC TA . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,25;MFRL=102,156;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:41170004_C_A:41170004:1,1,0,1 chr17 41170012 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,19;MFRL=102,156;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,0:0|1:41170004_C_A:41170004:1,1,0,1 chr17 41170293 . C T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=23,31;MFRL=175,180;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr17 41170302 . C CAGTCAGCACTCAGTAAAGGTG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,34;MFRL=175,180;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr17 41170317 . A C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,34;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:41170317_A_C:41170317:0,0,0,1 chr17 41170319 . T TGGCAGAGAAAGAGCCCAGGGC . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:41170317_A_C:41170317:0,0,0,1 chr17 41170320 . T G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:41170317_A_C:41170317:0,0,0,1 chr17 41180236 . C CGTTGTCCGCACTCAAGG . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=147,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0,3,1,1 chr17 41180279 . TTTGA T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,25;MFRL=139,139;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:41180279_TTTGA_T:41180279:1,0,0,1 chr17 41180286 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,26;MFRL=139,139;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:41180279_TTTGA_T:41180279:1,0,0,1 chr17 41199629 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=62,71;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:0,2,1,1 chr17 41199797 . G T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=30,31;MFRL=139,160;MMQ=60,40;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:41199797_G_T:41199797:0,1,0,1 chr17 41199801 . G T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=28,30;MFRL=155,160;MMQ=40,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:41199797_G_T:41199797:0,3,0,1 chr17 41199812 . A G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=25,31;MFRL=155,160;MMQ=40,40;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:41199812_A_G:41199812:0,3,0,1 chr17 41199814 . G A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=30,26;MFRL=155,160;MMQ=40,40;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:0,1:0|1:41199812_A_G:41199812:0,3,0,1 chr17 41199819 . T G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=28,33;MFRL=155,160;MMQ=40,40;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:41199812_A_G:41199812:0,3,0,1 chr17 41209009 . G GGGAGTGGAATAC . . DP=26;ECNT=1;MBQ=20,31;MFRL=95,79;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=GGAGTGGAATAC;STR;TLOD=38.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,11:0.498:22:3,2:8,2:7,4,6,5 chr17 41209255 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,159;MMQ=60,42;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 41215825 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=137,109;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=13.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.533:13:5,3:1,3:3,3,5,2 chr17 41219560 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=145,143;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.443:7:0,0:4,3:4,0,3,0 chr17 41219780 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=174,152;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr17 41226627 . CAG C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,32;MFRL=133,112;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:41226627_CAG_C:41226627:0,1,0,1 chr17 41226632 . CATG C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,32;MFRL=133,112;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:41226627_CAG_C:41226627:0,1,0,1 chr17 41226637 . C CCT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=34,31;MFRL=133,112;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:41226627_CAG_C:41226627:0,1,0,1 chr17 41226639 . G A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,21;MFRL=133,112;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:41226627_CAG_C:41226627:0,1,0,1 chr17 41228703 . T A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=30,28;MFRL=166,187;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:41228703_T_A:41228703:0,4,0,1 chr17 41228708 . T A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,27;MFRL=212,187;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:41228703_T_A:41228703:0,2,0,1 chr17 41228714 . A AAGATCATTTTGC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=24,26;MFRL=212,187;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:41228703_T_A:41228703:0,2,0,1 chr17 41245137 . T TATTA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=23,24;MFRL=96,168;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr17 41256089 . AAAAAAAAAGAAAAG A . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=126,142;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=10.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.456:9:1,2:4,2:1,4,1,3 chr17 41353806 . C T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=142,108;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=13.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,6:0.388:16:5,1:5,5:4,6,2,4 chr17 41361881 . ATT A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=111,169;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=17,15;RU=T;STR;TLOD=6.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.433:5:1,0:1,2:3,0,2,0 chr17 41369396 . A ACTTAAAAC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=24,25;MFRL=134,105;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.494:2:1,1:0,0:0|1:41369396_A_ACTTAAAAC:41369396:0,1,0,1 chr17 41369400 . C CT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=134,105;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:41369396_A_ACTTAAAAC:41369396:0,1,0,1 chr17 41369401 . A ACTT . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=136,125;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=8.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,3:0,0:0,1,0,3 chr17 41577334 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=116,137;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:4,1:8,1:6,6,2,0 chr17 41585657 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=152,161;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,1,1 chr17 41598341 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,34;MFRL=97,152;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:41598341_T_C:41598341:1,0,0,1 chr17 41598347 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,33;MFRL=97,152;MMQ=50,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:41598341_T_C:41598341:1,1,0,1 chr17 41598940 . T C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=125,104;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=32.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,13:0.825:15:2,8:0,5:1,1,5,8 chr17 41601252 . A AAAT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 41610398 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 41738823 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=24,27;MFRL=73,98;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.518:4:1,2:0,0:0,2,1,1 chr17 41846964 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=20.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,5,1 chr17 41898213 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=134,76;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.603:3:1,0:0,2:1,0,1,1 chr17 41905267 . GA G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,32;MFRL=116,110;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:41905267_GA_G:41905267:1,3,0,1 chr17 41905273 . AC A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=27,25;MFRL=116,110;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:41905267_GA_G:41905267:1,3,0,1 chr17 41905276 . C CG . . DP=4;ECNT=4;MBQ=32,24;MFRL=127,110;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:41905267_GA_G:41905267:1,2,0,1 chr17 41905278 . G T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=32,31;MFRL=127,110;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:41905267_GA_G:41905267:1,2,0,1 chr17 41924655 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=129,124;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=13.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.600:8:3,5:0,0:0,3,2,3 chr17 41934620 . C T . . 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T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,35;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr17 42428538 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=177,100;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=7.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:0,1:3,2:2,1,1,2 chr17 42452227 . A AC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=C;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 42452334 . G GC . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,33;MFRL=0,189;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=C;STR;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42452334_G_GC:42452334:0,0,1,0 chr17 42452344 . G C . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,24;MFRL=0,189;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr17 42452349 . A C . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,56;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr17 42767070 . C G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=158,142;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=13.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,5:0.400:13:4,2:4,3:0,8,0,5 chr17 42786213 . G C . . DP=24;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=129,101;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=33.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,13:0.560:23:2,8:8,5:7,3,8,5 chr17 42815813 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=145,134;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:42815813_C_T:42815813:0,2,1,0 chr17 42815816 . CT TC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=34,24;MFRL=145,134;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:42815813_C_T:42815813:0,2,1,0 chr17 42818793 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=82,100;MMQ=60,59;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.189:14:9,2:2,0:6,6,0,2 chr17 42824648 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=12.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,1,3 chr17 42837153 . CAGGA C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=139,63;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:5,0:2,2:7,1,1,1 chr17 42847461 . TG GT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=93,106;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:1,1,0,1 chr17 42849722 . T TG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=24,24;MFRL=108,138;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=G;STR;TLOD=3.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.591:3:0,1:1,1:0|1:42849722_T_TG:42849722:1,0,1,1 chr17 42849727 . A G . . 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DP=3;ECNT=8;MBQ=31,31;MFRL=212,114;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:42958062_C_T:42958062:0,2,0,1 chr17 42958074 . G A . . DP=3;ECNT=8;MBQ=32,23;MFRL=212,114;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:42958062_C_T:42958062:0,2,0,1 chr17 42958077 . G C . . DP=3;ECNT=8;MBQ=32,33;MFRL=212,114;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:42958062_C_T:42958062:0,2,0,1 chr17 42958091 . A G . . DP=2;ECNT=8;MBQ=27,28;MFRL=171,252;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:42958091_A_G:42958091:0,1,0,1 chr17 42958092 . GTA G . . DP=2;ECNT=8;MBQ=32,30;MFRL=171,252;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:42958091_A_G:42958091:0,1,0,1 chr17 42961154 . GTA TCC . . 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A C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=106,124;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.314:8:1,0:4,2:0|1:43215225_T_TGC:43215225:1,5,2,0 chr17 43216618 . C A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 43227766 . T TTTGG . . DP=67;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TTGG;STR;TLOD=217.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,52:0.983:52:0,24:0,24:0,0,20,32 chr17 43228673 . C CA . . DP=19;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=126,115;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=11,12;RU=A;STR;TLOD=3.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.210:17:2,0:7,2:3,11,1,2 chr17 43310737 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:43310737_C_T:43310737:0,0,0,1 chr17 43310748 . C CACAGGCCCACCAAGT . . 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DP=10;ECNT=8;MBQ=0,31;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=25.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.906:8:0,4:0,3:0,0,3,5 chr17 45894766 . T TA . . DP=5;ECNT=8;MBQ=31,30;MFRL=177,133;MMQ=60,44;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:1,0:2,1:0|1:45894766_T_TA:45894766:0,3,0,1 chr17 45894777 . C T . . DP=4;ECNT=8;MBQ=27,31;MFRL=133,181;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0,3,0,1 chr17 45894779 . G A . . DP=5;ECNT=8;MBQ=33,27;MFRL=171,133;MMQ=60,44;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:45894766_T_TA:45894766:0,4,0,1 chr17 45894785 . TG GA,CG . . DP=5;ECNT=8;MBQ=28,33,27;MFRL=165,181,133;MMQ=60,60,44;MPOS=16,20;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.21,3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:3,1,1:0.250,0.250:5:2,0,0:1,1,1:0,3,0,2 chr17 45894792 . G C . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=140,177;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=14.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.500:10:1,2:4,3:0,5,0,5 chr17 45992622 . G A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=101,128;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=19.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,8:0.409:20:5,2:7,5:7,5,4,4 chr17 45994094 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=110,93;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=31.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,11:0.800:13:0,7:2,4:1,1,5,6 chr17 46048412 . G T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,23;MFRL=156,54;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.603:3:0,0:1,2:1,0,2,0 chr17 46048592 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=32.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,2:0,7:0,0,3,6 chr17 46048858 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr17 46051273 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=75,121;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.499:6:0,0:3,2:2,1,3,0 chr17 46053982 . G A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=25,27;MFRL=176,70;MMQ=60,24;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:46053982_G_A:46053982:1,0,1,0 chr17 46053990 . A G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=26,25;MFRL=163,70;MMQ=60,24;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:46053982_G_A:46053982:2,0,1,0 chr17 46054001 . G A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,29;MFRL=146,70;MMQ=60,24;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:46054001_G_A:46054001:2,0,1,0 chr17 46054004 . A G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=25,31;MFRL=146,70;MMQ=60,24;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:46054001_G_A:46054001:2,0,1,0 chr17 46054008 . ACA GTG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=29,30;MFRL=146,70;MMQ=60,24;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,0:1,1:0|1:46054001_G_A:46054001:2,0,1,0 chr17 46054256 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,25;MFRL=121,121;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:46054256_G_A:46054256:0,2,0,1 chr17 46054264 . C A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46054256_G_A:46054256:0,0,0,1 chr17 46055347 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.695:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 46056373 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,181;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:46056373_G_A:46056373:0,0,0,1 chr17 46056376 . T TAC . . 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DP=6;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=126,64;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.420:5:2,2:1,0:0|1:46058940_G_GCACAAACT:46058940:0,3,0,2 chr17 46058943 . G GAGT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=29,32;MFRL=126,64;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:0|1:46058940_G_GCACAAACT:46058940:0,3,0,2 chr17 46058945 . C CTCCCACTGGCAGGCCT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=28,32;MFRL=126,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:0|1:46058940_G_GCACAAACT:46058940:0,3,0,2 chr17 46103760 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=18.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,8:0.689:11:0,4:3,2:2,1,5,3 chr17 46105969 . G GTAT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 46106625 . C T . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=114,155;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,0:1,3:0,1,0,3 chr17 46233940 . A T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 46239985 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,33;MFRL=188,152;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=7.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr17 46248074 . CT C . . DP=16;ECNT=3;MBQ=20,31;MFRL=129,119;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=14,13;RU=T;STR;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.332:10:1,0:3,3:0,7,0,3 chr17 46248136 . AT A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=25,23;MFRL=163,176;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=T;STR;TLOD=6.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0|1:46248136_AT_A:46248136:0,2,0,2 chr17 46248139 . T C . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,57;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=8.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.756:2:0,0:0,2:0|1:46933561_A_ATGTGTGTTGATGTGTGATGGATGATGG:46933561:0,0,1,1 chr17 46933563 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,57;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,1:0|1:46933561_A_ATGTGTGTTGATGTGTGATGGATGATGG:46933561:0,0,1,1 chr17 46971856 . A AG . . DP=22;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=114,67;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:20,2:0.125:22:11,0:8,2:0|1:46971856_A_AG:46971856:13,7,1,1 chr17 46971857 . T C . . DP=23;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=114,67;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:20,2:0.124:22:12,0:8,2:0|1:46971856_A_AG:46971856:13,7,1,1 chr17 46972479 . ATCTC A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=TC;STR;TLOD=34.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.904:8:0,3:0,4:0,0,7,1 chr17 46973139 . TG T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=G;STR;TLOD=21.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.911:9:0,5:0,3:0,0,2,7 chr17 46993603 . G GTTTATGA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,15;MFRL=160,125;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.393:3:1,0:1,0:0|1:46993603_G_GTTTATGA:46993603:0,2,0,1 chr17 46993605 . T A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,26;MFRL=160,125;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:46993603_G_GTTTATGA:46993603:0,2,0,1 chr17 46998719 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=175,98;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,0:1,2:0,3,0,2 chr17 47000110 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=23.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,4:0,0,8,0 chr17 47010795 . CAG C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=10.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,0,3 chr17 47018451 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=131,199;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:47018451_G_T:47018451:0,1,0,1 chr17 47018453 . GC G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,33;MFRL=131,199;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:47018451_G_T:47018451:0,1,0,1 chr17 47021401 . C T . . DP=3;ECNT=4;MBQ=33,28;MFRL=210,140;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:47021401_C_T:47021401:0,2,0,1 chr17 47021404 . G A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,26;MFRL=210,140;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,0:1,1:0|1:47021401_C_T:47021401:0,2,0,1 chr17 47021418 . A C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,201;MMQ=60,39;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=12.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0|1:47021418_A_C:47021418:0,0,0,3 chr17 47021428 . C G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,201;MMQ=60,39;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=12.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0|1:47021418_A_C:47021418:0,0,0,3 chr17 47039172 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=145,114;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,1,1 chr17 47039258 . A ACCTCCCCAGCCCAGCTGC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 47044463 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,650;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.744:2:0,0:0,1:0,0,2,0 chr17 47103860 . A G . . DP=18;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=127,113;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=14.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,7:0.400:18:6,4:5,3:7,4,6,1 chr17 47120776 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=23.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,5:0,2:0,0,6,1 chr17 47122492 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=142,118;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,2:1,0:0,3,0,2 chr17 47123446 . TGGTCTCCTGTACTGCTCAACCTCA T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=115,106;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.531:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr17 47230366 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,29;MFRL=220,147;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:47230366_T_C:47230366:0,1,0,1 chr17 47230368 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,24;MFRL=220,147;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:47230366_T_C:47230366:0,1,0,1 chr17 47238028 . C T . . DP=5;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=14.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.841:4:0,1:0,3:0|1:47238028_C_T:47238028:0,0,0,4 chr17 47238037 . A AT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,24;MFRL=178,158;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:0,0:1,1:0|1:47238028_C_T:47238028:0,1,0,1 chr17 47238038 . A G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,28;MFRL=178,158;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:0,0:1,1:0|1:47238028_C_T:47238028:0,1,0,1 chr17 47238039 . C CG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,22;MFRL=178,158;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:47238028_C_T:47238028:0,1,0,1 chr17 47241375 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=141,75;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:2,0,2,0 chr17 47243688 . A ATGGAATCGAATG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,24;MFRL=45,129;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr17 47297047 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=21,29;MFRL=111,128;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:1,0:0,1:0|1:47297047_C_T:47297047:0,1,0,1 chr17 47297054 . C CG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:47297047_C_T:47297047:0,0,0,1 chr17 47486905 . GTTTTTTTTTTTTT G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;RPA=15,2;RU=T;STR;TLOD=4.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.691:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 47579417 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,27;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=7.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,2:0,1:1,0,2,1 chr17 47579596 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=151,94;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:47579596_G_T:47579596:1,0,0,1 chr17 47579598 . A ATCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,23;MFRL=151,94;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:47579596_G_T:47579596:1,0,0,1 chr17 47579599 . G C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,28;MFRL=151,94;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:47579596_G_T:47579596:1,0,0,1 chr17 47653667 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr17 47679443 . T C . . 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CTCT C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=62,118;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:1,3,0,1 chr17 48270411 . G GGTCCTGCTGGTCC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,32;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.329:4:2,0:1,1:1,2,0,1 chr17 48271433 . A G . . DP=18;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,83;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=55.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.948:17:0,7:0,10:0,0,10,7 chr17 48272055 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=8.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,3:0,0:0,0,3,0 chr17 48273439 . T C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=19.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,2:0,0,3,3 chr17 48273464 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr17 48274291 . T G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=26.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.911:9:0,2:0,6:0,0,8,1 chr17 48274309 . T C . . DP=15;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=40.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.939:14:0,3:0,9:0,0,10,4 chr17 48277059 . AGCCCCAG A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=GCCCCAG;STR;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.687:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 48432304 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=158,75;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.330:7:3,0:2,2:4,1,1,1 chr17 48437456 . C G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=131,121;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:2,1,1,1 chr17 48437638 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=151,108;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0,4,0,1 chr17 48445674 . CCTGGTCAG C . . 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DP=3;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=154,171;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:48751047_C_T:48751047:1,1,0,1 chr17 48751114 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 48753522 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=160,145;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=8.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:2,1:0,2:0,2,0,3 chr17 48755269 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=101,78;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.285:12:6,0:3,3:4,5,1,2 chr17 48755507 . C T . . DP=27;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=120,136;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,5:0.211:25:11,0:8,4:10,10,0,5 chr17 48764831 . TGG T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,201;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=G;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr17 48785058 . 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DP=5;ECNT=6;MBQ=32,25;MFRL=149,102;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:48822216_C_A:48822216:0,4,0,1 chr17 48822217 . ACC A . . DP=5;ECNT=6;MBQ=25,25;MFRL=149,102;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:48822216_C_A:48822216:0,4,0,1 chr17 48822218 . C CCCAGG . . DP=5;ECNT=6;MBQ=30,30;MFRL=176,121;MMQ=60,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.329:4:2,0:1,1:0,3,0,1 chr17 48822221 . A G . . DP=5;ECNT=6;MBQ=25,30;MFRL=149,102;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:48822216_C_A:48822216:0,4,0,1 chr17 48822224 . G GGCTGGAA . . DP=5;ECNT=6;MBQ=31,30;MFRL=176,102;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.328:4:2,1:1,0:0|1:48822216_C_A:48822216:0,3,0,1 chr17 48828084 . GG AA . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 49048289 . G GCTCATCAGC . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=146,163;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.392:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr17 49054439 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=119,136;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=16.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:2,2:0,3:2,0,4,1 chr17 49057007 . T G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=22,33;MFRL=156,119;MMQ=60,42;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:0,2:3,0:3,0,2,0 chr17 49057019 . A G . . DP=7;ECNT=3;MBQ=29,34;MFRL=154,141;MMQ=60,32;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,2:3,0:5,0,2,0 chr17 49057033 . T C . . DP=12;ECNT=3;MBQ=24,35;MFRL=117,141;MMQ=60,32;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=6.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.268:9:3,2:3,0:6,1,2,0 chr17 49060107 . T G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 49097476 . G GAGTAGATTCGAT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=33,34;MFRL=156,231;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:0,0:0|1:49097476_G_GAGTAGATTCGAT:49097476:3,0,1,0 chr17 49097478 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=156,231;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:49097476_G_GAGTAGATTCGAT:49097476:3,0,1,0 chr17 49097501 . C A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=33,27;MFRL=152,145;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,1:1,1:3,0,2,0 chr17 49156891 . C T . . DP=19;ECNT=4;MBQ=29,20;MFRL=116,73;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:5,2:10,0:0|1:49156891_C_T:49156891:13,4,1,1 chr17 49156893 . T C . . DP=20;ECNT=4;MBQ=24,20;MFRL=121,73;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,2:0.136:20:5,2:11,0:0|1:49156891_C_T:49156891:14,4,1,1 chr17 49156899 . C T . . DP=18;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=121,73;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:5,2:11,0:0|1:49156891_C_T:49156891:12,4,1,1 chr17 49156907 . A G . . DP=15;ECNT=4;MBQ=27,26;MFRL=88,73;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=12.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,4:0.332:13:3,2:6,2:0|1:49156891_C_T:49156891:5,4,2,2 chr17 49245517 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,34;MFRL=140,210;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr17 49247503 . C CTTT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,19;MFRL=0,291;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=18,21;RU=T;STR;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.708:1:0,0:0,0:0,0,0,1 chr17 49248997 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=122,78;MMQ=60,44;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,1:3,1:0,7,1,1 chr17 49281133 . G A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=67.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,20:0.955:20:0,8:0,12:0,0,15,5 chr17 49353247 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=139,118;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.189:19:7,2:9,1:8,8,1,2 chr17 49371230 . G C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=22.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,3:0,4:0,0,6,1 chr17 49371505 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 49711045 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,19;MFRL=127,117;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.487:6:0,1:3,0:1,2,1,2 chr17 49713205 . G T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=95,146;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:2,2,2,0 chr17 49713428 . GACAT G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,35;MFRL=205,140;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=ACAT;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr17 49731119 . AATC A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:49731119_AATC_A:49731119:0,0,0,1 chr17 49731127 . CA TT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:49731119_AATC_A:49731119:0,0,0,1 chr17 50149788 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:50149788_T_C:50149788:0,0,0,1 chr17 50149790 . G A . . 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A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,270;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:51900998_AAG_A:51900998:0,0,1,0 chr17 51902492 . A AAAT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=AAT;STR;TLOD=8.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.763:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr17 52981207 . A C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=59,62;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0|1:52981207_A_C:52981207:0,2,1,1 chr17 52981212 . A AAATGTAG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=59,62;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0|1:52981207_A_C:52981207:0,2,1,1 chr17 52981214 . G C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,28;MFRL=59,62;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,0:1,1:0|1:52981207_A_C:52981207:0,2,1,1 chr17 53013980 . A G . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=26,34;MFRL=137,131;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.383:4:2,0:0,1:0|1:55822756_T_C:55822756:0,3,0,1 chr17 55822758 . A T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=23,31;MFRL=137,131;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:55822756_T_C:55822756:0,2,0,1 chr17 55962886 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 56083934 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=22.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,3:0,5:0,0,0,8 chr17 56232435 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=153,134;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:2,0,2,0 chr17 56232675 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=124,124;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.500:10:2,0:3,5:3,2,3,2 chr17 56233025 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,22;MFRL=143,146;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,1:3,0:3,1,0,1 chr17 56247094 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=146,101;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.333:10:3,0:4,3:4,3,0,3 chr17 56247396 . C G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=184,178;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:4,2:1,0:0,5,2,0 chr17 56271060 . T C . . DP=11;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=112,83;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=14.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.584:10:2,5:2,1:1,3,3,3 chr17 56271094 . G C . . DP=12;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=146,67;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.539:11:3,5:2,1:2,3,2,4 chr17 56271487 . G C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=33,33;MFRL=97,134;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:56271487_G_C:56271487:1,3,0,1 chr17 56271491 . T TTAA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,30;MFRL=104,134;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:56271487_G_C:56271487:1,2,0,1 chr17 56271492 . C CTCTGGGACAG . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,33;MFRL=104,134;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:56271487_G_C:56271487:1,2,0,1 chr17 56271497 . A G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,32;MFRL=133,76;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr17 56276333 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,21;MFRL=158,122;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:56276333_G_T:56276333:1,0,1,0 chr17 56276338 . A G . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:56283976_TCA_T:56283976:0,0,0,1 chr17 56283982 . C CGA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:56283976_TCA_T:56283976:0,0,0,1 chr17 56289674 . C CCTCA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,33;MFRL=147,71;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.494:2:0,0:1,1:0|1:56289674_C_CCTCA:56289674:1,0,0,1 chr17 56289677 . C CTGCTCCTGGGTCGGGTT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,33;MFRL=147,71;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:56289674_C_CCTCA:56289674:1,0,0,1 chr17 56289739 . C T . . DP=6;ECNT=3;MBQ=30,25;MFRL=100,137;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:3,0,2,0 chr17 56290334 . T C . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=125,123;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:1,1,1,0 chr17 56386761 . G GTGTGATCGAA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56386761_G_GTGTGATCGAA:56386761:0,0,0,1 chr17 56386764 . AG A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56386761_G_GTGTGATCGAA:56386761:0,0,0,1 chr17 56386766 . T TAC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:56386761_G_GTGTGATCGAA:56386761:0,0,0,1 chr17 56397411 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=143,36;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:3,0,1,1 chr17 56397887 . C A . . DP=18;ECNT=2;MBQ=25,26;MFRL=110,110;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=5.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.211:17:6,3:7,0:9,5,3,0 chr17 56397906 . C T . . DP=22;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=110,108;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,2:0.125:22:13,1:7,1:13,7,1,1 chr17 56398006 . C G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=126,123;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=12.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.598:8:3,5:0,0:0,3,1,4 chr17 56404862 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=171,136;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:56404862_C_T:56404862:3,0,1,0 chr17 56404879 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,24;MFRL=171,136;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,0:3,1:0|1:56404862_C_T:56404862:2,2,1,0 chr17 56408532 . C A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr17 56424710 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=123,120;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,1:1,1:0,3,0,2 chr17 56424806 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=126,294;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:4,0:3,2:6,1,2,0 chr17 56436109 . CG C,TG . . DP=6;ECNT=2;MBQ=25,29,20;MFRL=97,86,74;MMQ=60,60,60;MPOS=5,22;PON;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.33,6.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,1,3:0.278,0.444:5:1,1,2:0,0,1:0,1,1,3 chr17 56436113 . T G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=24,27;MFRL=86,86;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:1,3,0,1 chr17 56438191 . A ATATGGGTACCCTG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=18,20;MFRL=89,59;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:0,0:0|1:56438191_A_ATATGGGTACCCTG:56438191:1,1,1,1 chr17 56438195 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=20,23;MFRL=89,59;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:56438191_A_ATATGGGTACCCTG:56438191:1,1,0,1 chr17 56438198 . G T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=20,24;MFRL=89,59;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:56438191_A_ATATGGGTACCCTG:56438191:1,1,0,1 chr17 56540304 . T TG . . DP=6;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=85,67;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=4.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.369:6:0,2:4,0:0|1:56540304_T_TG:56540304:0,4,1,1 chr17 56540308 . C CCAGGGTGGAGGCATAG . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 56581905 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 56582418 . C CTTGATACCTAACTG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 56584101 . TACCTTC T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=62,223;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,1:3,0:0,4,0,1 chr17 56584508 . T C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=27,30;MFRL=169,111;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.666:7:1,1:1,4:2,0,3,2 chr17 56584532 . G T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=150,111;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,0:1,2:1,2,1,1 chr17 56586286 . G C . . 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DP=25;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=96,39;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,8:0.326:25:7,3:10,4:9,8,5,3 chr17 56650701 . G GAAAAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,32;MFRL=147,164;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:56650701_G_GAAAAT:56650701:0,1,0,1 chr17 56650704 . G GCTTGCATATT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=147,164;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:56650701_G_GAAAAT:56650701:0,1,0,1 chr17 56654690 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=91,168;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,1:2,1:3,0,2,0 chr17 56663270 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=126,48;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:2,2:4,0:4,2,0,2 chr17 56688793 . C CAAGGCAGATG . . 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A C . . DP=10;ECNT=5;MBQ=28,30;MFRL=120,203;MMQ=60,40;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=10.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,3:0.334:10:1,3:3,0:0|1:56798033_A_C:56798033:5,2,3,0 chr17 56798036 . C G . . DP=10;ECNT=5;MBQ=31,34;MFRL=120,203;MMQ=60,40;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=10.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,3:0.334:10:1,3:5,0:0|1:56798033_A_C:56798033:5,2,3,0 chr17 56798045 . A G . . DP=13;ECNT=5;MBQ=29,34;MFRL=128,132;MMQ=60,40;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.267:13:2,3:7,0:7,3,2,1 chr17 57033196 . A AGGTATACAACTGGAT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 57078861 . GAGCGGAAAAAGTAGAAGTAGCAGCAGCAGAAGAAGAAGAAAGAGAAGCGGC G . . DP=12;ECNT=2;MBQ=35,27;MFRL=105,67;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.262:10:1,2:0,0:5,3,1,1 chr17 57078873 . T TGA . . 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DP=2;ECNT=5;MBQ=30,34;MFRL=105,156;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:60779208_C_CCCT:60779208:0,1,0,1 chr17 60783021 . G GAATCCCATTCTGATGGTCCGAAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,17;MFRL=147,143;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0,1,0,1 chr17 60813271 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,33;MFRL=78,139;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=9.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:1,3:1,0:2,0,3,0 chr17 60821990 . T TTCACTATGTTGGTC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 61271569 . A T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=24,14;MFRL=136,125;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,0:0|1:61271569_A_T:61271569:0,2,0,1 chr17 61271576 . A ATTAAGAG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=148,125;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:61271569_A_T:61271569:0,1,0,1 chr17 61271579 . GC AA . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,17;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:61271569_A_T:61271569:0,0,0,1 chr17 61271584 . T G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,28;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:61271569_A_T:61271569:0,0,0,1 chr17 61271586 . G A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,20;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:61271569_A_T:61271569:0,0,0,1 chr17 61315478 . A AGC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=19,24;MFRL=172,120;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,1:0,0:0|1:61315478_A_AGC:61315478:0,1,0,1 chr17 61315479 . TAATCA T . . 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DP=1;ECNT=6;MBQ=0,26;MFRL=0,124;MMQ=60,23;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:62232408_C_CTCTCGAAGGAATT:62232408:0,0,0,1 chr17 62462746 . C CTCTTCATTCCATTCCACTCTACTCTATTCCATTCTACTGCATTT . . DP=7;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=140,43;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:4,1,1,1 chr17 62463825 . T A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=26,27;MFRL=141,114;MMQ=60,24;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:62463825_T_A:62463825:0,1,0,1 chr17 62463827 . ATT A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=26,26;MFRL=141,114;MMQ=60,24;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:62463825_T_A:62463825:0,1,0,1 chr17 62463830 . A ATCG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=141,114;MMQ=60,24;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:62463825_T_A:62463825:0,1,0,1 chr17 62463836 . GG AC . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,21;MFRL=0,114;MMQ=60,24;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:62463825_T_A:62463825:0,0,0,1 chr17 62463840 . A G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,114;MMQ=60,24;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:62463825_T_A:62463825:0,0,0,1 chr17 62476514 . G A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=111,114;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.220:16:4,3:9,0:5,8,0,3 chr17 62478976 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,35;MFRL=116,196;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr17 62496092 . AGTAGCAGGATATG A . . DP=7;ECNT=4;MBQ=31,28;MFRL=117,36;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,0:1,2:0|1:62496092_AGTAGCAGGATATG_A:62496092:4,1,1,1 chr17 62496107 . A C . . DP=9;ECNT=4;MBQ=28,25;MFRL=117,36;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,0:1,2:0|1:62496092_AGTAGCAGGATATG_A:62496092:6,1,1,1 chr17 62496111 . GCCT G . . DP=10;ECNT=4;MBQ=25,33;MFRL=117,36;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:7,0:1,2:0|1:62496092_AGTAGCAGGATATG_A:62496092:6,2,1,1 chr17 62496115 . G A . . DP=11;ECNT=4;MBQ=25,28;MFRL=117,36;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:7,0:1,2:0|1:62496092_AGTAGCAGGATATG_A:62496092:6,2,1,1 chr17 62517567 . C CATCAAACCCAAACACCTTGG . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=137,61;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:5,2:3,0:6,2,1,1 chr17 62525549 . CTTCCCCATCTCTTGACTACCATTAAGCAGCAGCCAGTACCAT C . . DP=26;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=123,50;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,2:0.155:19:2,0:11,2:3,14,1,1 chr17 62532724 . TTAAGAAACTGTTTGAAGAAGGTTTAAACATTCAAAAGCAAAGATTACGAGACC T . . DP=30;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=128,112;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:27,2:0.097:29:10,2:6,0:12,15,0,2 chr17 62550873 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,34;MFRL=166,1203;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:62550873_T_C:62550873:1,0,1,0 chr17 62550874 . TTGTAAC T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,27;MFRL=166,1203;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:62550873_T_C:62550873:1,0,1,0 chr17 62594517 . C T . . DP=21;ECNT=5;MBQ=28,20;MFRL=107,48;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:18,2:0.135:20:7,0:11,2:0|1:62594517_C_T:62594517:10,8,1,1 chr17 62594520 . C T . . 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A ATAAACTTATGTTTTATGT . . DP=7;ECNT=4;MBQ=29,25;MFRL=159,137;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.275:5:1,1:3,0:0|1:67075274_T_C:67075274:4,0,0,1 chr17 67075294 . C T . . DP=6;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=18.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,6,0 chr17 67080680 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,27;MFRL=230,220;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:67080680_A_T:67080680:0,1,0,1 chr17 67080681 . A ATTTCCCCTGCCACGT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,25;MFRL=230,220;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:67080680_A_T:67080680:0,1,0,1 chr17 67081732 . C T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=44.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.945:16:0,8:0,7:0,0,8,8 chr17 67085746 . T A . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 72838481 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,19;MFRL=0,69;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.744:2:0,1:0,0:0,0,1,1 chr17 72842228 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=173,92;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:0,0:3,2:3,0,1,1 chr17 72843923 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=8.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr17 72860253 . A G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=10.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr17 72860303 . TG CA . . DP=7;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=165,37;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,0:2,2:0|1:72860303_TG_CA:72860303:2,3,1,1 chr17 72860309 . CCGCCCAT C . . DP=8;ECNT=3;MBQ=33,20;MFRL=165,37;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.332:7:2,0:3,2:0|1:72860303_TG_CA:72860303:2,3,1,1 chr17 72862155 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr17 72862809 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=18.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,5,0 chr17 72863030 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=35.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,2:0,8:0,0,0,10 chr17 72889676 . G GGGCTCCGTAGGTTCCATC . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=44,104;MMQ=60,50;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:1,1,1,1 chr17 72914246 . C CTCCTGAGT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,22;MFRL=72,81;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:3,1,0,1 chr17 72923916 . C T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,30;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:72923916_C_T:72923916:0,1,0,1 chr17 72923925 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:72923916_C_T:72923916:0,0,0,1 chr17 72923927 . C CA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,34;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:72923916_C_T:72923916:0,0,0,1 chr17 72923928 . C T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:72923916_C_T:72923916:0,0,0,1 chr17 72927123 . G T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=33,29;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:0,3:1,1:0,1,1,3 chr17 72927148 . ACC A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,22;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:72927148_ACC_A:72927148:0,1,0,1 chr17 72927151 . A ATG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,23;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:72927148_ACC_A:72927148:0,1,0,1 chr17 72939663 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,181;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=12.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0,0,2,2 chr17 72948288 . A C . . DP=1;ECNT=9;MBQ=0,13;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:72948288_A_C:72948288:0,0,1,0 chr17 72948298 . A C . . DP=1;ECNT=9;MBQ=0,13;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:72948288_A_C:72948288:0,0,1,0 chr17 72948301 . A C . . DP=1;ECNT=9;MBQ=0,12;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:72948288_A_C:72948288:0,0,1,0 chr17 72948304 . G C . . DP=1;ECNT=9;MBQ=0,12;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:72948288_A_C:72948288:0,0,1,0 chr17 72948310 . G C . . DP=1;ECNT=9;MBQ=0,12;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:72948288_A_C:72948288:0,0,1,0 chr17 72948314 . A C . . DP=2;ECNT=9;MBQ=15,30;MFRL=129,151;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:72948288_A_C:72948288:1,0,1,0 chr17 72948315 . CAA C . . DP=3;ECNT=9;MBQ=27,26;MFRL=115,151;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:72948288_A_C:72948288:1,1,1,0 chr17 72948321 . CGG C . . DP=3;ECNT=9;MBQ=29,30;MFRL=115,151;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:72948288_A_C:72948288:1,1,1,0 chr17 72948328 . G C . . DP=3;ECNT=9;MBQ=26,13;MFRL=115,151;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,0:0|1:72948288_A_C:72948288:1,1,1,0 chr17 72950278 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=127,166;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.606:3:1,2:0,0:0,1,0,2 chr17 72954573 . G GTGAC . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=92,118;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.479:3:0,1:2,0:1,1,0,1 chr17 72955227 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,271;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr17 72957962 . CT C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=159,154;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=7.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.665:4:1,2:0,1:1,0,3,0 chr17 72997458 . C A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=23,28;MFRL=94,19462203;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:4,0:4,2:1,7,0,2 chr17 73000204 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=157,147;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr17 73013273 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=149,80;MMQ=54,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.382:6:2,1:1,1:0,4,1,1 chr17 73094072 . TCTC T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,194;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=CTC;STR;TLOD=17.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,3,1 chr17 73101934 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=113,66;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:1,1,1,1 chr17 73106780 . G A . . 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DP=21;ECNT=3;MBQ=24,19;MFRL=103,117;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,2:0.135:20:6,0:9,1:13,5,2,0 chr17 73143574 . T A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr17 73143822 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr17 73179000 . A C . . DP=15;ECNT=6;MBQ=25,34;MFRL=94,99;MMQ=54,40;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:5,0:8,2:0|1:73179000_A_C:73179000:6,7,0,2 chr17 73179002 . G C . . DP=16;ECNT=6;MBQ=29,33;MFRL=94,99;MMQ=57,40;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.167:16:5,0:8,2:0|1:73179000_A_C:73179000:6,8,0,2 chr17 73179012 . G C . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=24.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,2:0,5:0,0,3,4 chr17 73509716 . A G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=22,18;MFRL=107,95;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,0:0,0:0|1:73509716_A_G:73509716:1,0,2,0 chr17 73509720 . A C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=140,107;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.570:5:0,1:0,1:2,0,3,0 chr17 73509726 . A C . . DP=7;ECNT=3;MBQ=21,28;MFRL=125,95;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.334:7:2,1:2,1:0|1:73509716_A_G:73509716:4,1,2,0 chr17 73513185 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,0,3 chr17 73515248 . CACAGA C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 73517629 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=154,119;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,2:2,0:1,2,1,1 chr17 73519413 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chr17 73519435 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=134,82;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.598:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr17 73539623 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=160,109;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,0:1,2:2,1,1,1 chr17 73539631 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=10.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr17 73554756 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr17 73564809 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=23,31;MFRL=99,123;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,1:1,1:1,2,0,2 chr17 73564813 . A AGAAGGTGGAAGTAGG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=124,97;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:1,3,0,1 chr17 73565262 . T A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=18.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,1:0,5:0,0,2,4 chr17 73566367 . G GAGAGAACAAAAACA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=226,169;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,0,1 chr17 73623799 . A AAGTGT . . DP=8;ECNT=4;MBQ=25,20;MFRL=157,53;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,2:3,0:0|1:73623799_A_AAGTGT:73623799:1,5,1,1 chr17 73623805 . CA GT . . 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A AGATACTATAC . . DP=4;ECNT=8;MBQ=24,25;MFRL=147,155;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:76130167_C_T:76130167:0,3,0,1 chr17 76130174 . G A . . DP=4;ECNT=8;MBQ=31,21;MFRL=147,155;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:76130167_C_T:76130167:0,3,0,1 chr17 76133509 . GA G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,30;MFRL=123,172;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:76133509_GA_G:76133509:0,1,0,1 chr17 76133517 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=123,172;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:76133509_GA_G:76133509:0,1,0,1 chr17 76161994 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=105,101;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,4:0.274:16:8,4:4,0:9,3,2,2 chr17 76181166 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=73,123;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:3,2:5,0:0|1:76181166_C_T:76181166:5,3,1,1 chr17 76181171 . G A . . DP=11;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=101,123;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:3,2:4,0:0|1:76181166_C_T:76181166:5,4,1,1 chr17 76182766 . AAGGGG A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=94,156;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=AGGGG;STR;TLOD=7.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.659:4:0,1:0,1:1,0,3,0 chr17 76187079 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=28,27;MFRL=137,90;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:5,0:5,2:6,4,1,1 chr17 76187160 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=25,30;MFRL=130,151;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=17.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.700:8:2,2:0,4:0,2,1,5 chr17 76188674 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=21,31;MFRL=123,133;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:1,3:4,0:4,1,1,2 chr17 76188837 . T TTACA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.319:4:1,0:1,1:0,3,0,1 chr17 76198754 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=139,61;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=18.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.615:11:1,5:3,2:3,1,3,4 chr17 76202172 . A ATTGATGCATCATTATCACTCAGAG . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=102,67;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.327:7:2,2:3,0:0,5,1,1 chr17 76236125 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=127,113;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:76236125_T_C:76236125:0,1,0,1 chr17 76236127 . C CCTAGCAGAT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,30;MFRL=127,113;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:76236125_T_C:76236125:0,1,0,1 chr17 76392525 . A T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=135,138;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:0,2,0,2 chr17 76395634 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=74,111;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=16.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.700:8:1,4:1,2:0,2,1,5 chr17 76399743 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=165,161;MMQ=60,59;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.371:6:3,0:1,2:3,1,0,2 chr17 76399757 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=122,161;MMQ=60,59;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.251:10:5,0:2,2:6,2,0,2 chr17 76421709 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=21,22;MFRL=166,132;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=10.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.715:5:1,4:0,0:0,1,1,3 chr17 76435138 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr17 76449385 . TG T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=62,126;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,1:1,1:2,1,2,0 chr17 76449589 . C CCCAA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,27;MFRL=127,81;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr17 76449603 . GCGCA G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:76449603_GCGCA_G:76449603:0,0,0,1 chr17 76449611 . TCCGACC T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:76449603_GCGCA_G:76449603:0,0,0,1 chr17 76449620 . C T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,24;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=-7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:76449603_GCGCA_G:76449603:0,0,0,1 chr17 76451921 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr17 76452009 . CAGAG C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:76452009_CAGAG_C:76452009:0,0,0,1 chr17 76452015 . T A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:76452009_CAGAG_C:76452009:0,0,0,1 chr17 76452017 . C G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:76452009_CAGAG_C:76452009:0,0,0,1 chr17 76456215 . G A . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=13.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,1,3 chr17 76482630 . G GTCCTCCTTCTCAAAACCCTAGCT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr17 76486998 . GGGGTTACTCGGAGCA G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=214,217;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0,2,0,1 chr17 76488824 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=17.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,3,3 chr17 76490741 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=111,78;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,0:0,2:2,0,1,1 chr17 76495050 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=25.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,3:0,7:0,0,6,4 chr17 76496350 . A C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=58720402,171;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=11.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:1,1:0,3:1,0,4,0 chr17 76496361 . C G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,31;MFRL=58720402,185;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,0:0,3:1,0,3,0 chr17 76496577 . C T . . DP=15;ECNT=7;MBQ=0,24;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=42.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.941:15:0,7:0,8:0,0,8,7 chr17 76496601 . A T . . DP=3;ECNT=7;MBQ=28,28;MFRL=62,76;MMQ=43,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:76496601_A_T:76496601:0,2,0,1 chr17 76496602 . T TCTG . . DP=4;ECNT=7;MBQ=32,27;MFRL=62,76;MMQ=43,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.395:3:0,1:2,0:0|1:76496601_A_T:76496601:0,2,0,1 chr17 76496614 . A G . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=32,29;MFRL=146,124;MMQ=60,27;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:76501607_T_C:76501607:0,1,0,1 chr17 76501611 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,26;MFRL=146,124;MMQ=60,27;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:76501607_T_C:76501607:0,1,0,1 chr17 76503593 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=31.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,5:0,6:0,0,3,8 chr17 76506477 . CCGA C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=172,45;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,2:3,0:2,2,1,1 chr17 76506607 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,85;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr17 76511038 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=114,115;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.285:12:4,3:5,0:3,6,1,2 chr17 76522837 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=167,166;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:2,3:2,0:1,3,2,1 chr17 76523068 . T A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=20,24;MFRL=112,37;MMQ=60,54;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.304:8:1,0:4,2:3,3,1,1 chr17 76525565 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,1,3 chr17 76525805 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,34;MFRL=221,166;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr17 76526464 . A AGTCTCTAGGCAGGCTTTGG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=84,74;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.335:4:0,1:3,0:2,1,0,1 chr17 76528591 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=143,125;MMQ=60,60;MPOS=8;PON;POPAF=7.30;TLOD=12.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.605:11:1,4:3,1:2,2,4,3 chr17 76535759 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=207,136;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=25.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,8:0.818:9:1,6:0,2:1,0,7,1 chr17 76539910 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=143,109;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr17 76547786 . T C . . DP=5;ECNT=5;MBQ=30,33;MFRL=128,120;MMQ=60,40;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0,4,0,1 chr17 76547794 . T C . . DP=5;ECNT=5;MBQ=28,33;MFRL=107,150;MMQ=60,40;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=7.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:0,3,0,2 chr17 76547799 . C A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=32,25;MFRL=54,150;MMQ=60,40;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0,2,0,2 chr17 76547810 . TCA T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,29;MFRL=0,179;MMQ=60,40;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:76547810_TCA_T:76547810:0,1,0,1 chr17 76547814 . GGCAGGCGA G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=33,32;MFRL=0,179;MMQ=60,40;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:76547810_TCA_T:76547810:0,1,0,1 chr17 76554114 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,216;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr17 76556811 . CTGGCA C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=141,110;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.503:2:0,1:0,0:0|1:76556811_CTGGCA_C:76556811:0,1,0,1 chr17 76556821 . C G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,28;MFRL=144,110;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:76556811_CTGGCA_C:76556811:1,1,0,1 chr17 76556824 . C G . . 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G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=150,131;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr17 79094563 . G GTCCTTTGCTTAGGCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,31;MFRL=0,89;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr17 79098856 . A T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:79098856_A_T:79098856:0,0,0,1 chr17 79098859 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:79098856_A_T:79098856:0,0,0,1 chr17 79099753 . C T . . DP=23;ECNT=2;MBQ=27,28;MFRL=116,98;MMQ=60,54;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,2:0.120:23:6,0:15,2:0|1:79099753_C_T:79099753:10,11,0,2 chr17 79099756 . C T . . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=33,14;MFRL=105,108;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,0:0|1:180211_CT_C:180211:1,1,1,0 chr18 180311 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=129,65;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.267:13:6,1:3,2:6,4,1,2 chr18 196829 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=14.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,0,5 chr18 203081 . A C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=9.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr18 215504 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=113,117;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=8.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:4,2:1,2:2,3,1,3 chr18 224184 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=6.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr18 254348 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=109,120;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:0,2:3,0:0,3,1,1 chr18 334742 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=156,121;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=28.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,10:0.647:15:1,2:4,8:2,3,1,9 chr18 357443 . C G . . DP=14;ECNT=3;MBQ=30,26;MFRL=122,104;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=20.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.601:13:4,2:1,6:2,3,5,3 chr18 357506 . TGTTCCTTCCTGAATACCTGTAAGAGAAGTCAAATTTTAATAACAGTAAGCAAAGATGTCATTTTAAAATTTATCTTTTTGCATTTAG T . . DP=22;ECNT=3;MBQ=24,17;MFRL=120,61;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,2:0.131:21:6,1:6,0:8,11,1,1 chr18 357570 . T C . . DP=10;ECNT=3;MBQ=24,34;MFRL=108,130;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=9.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:1,0:4,3:1,4,0,3 chr18 480733 . ACCT A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=28,29;MFRL=128,0;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=CCT;STR;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.327:4:1,0:2,1:1,2,1,0 chr18 480774 . GAC G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,33;MFRL=128,113;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AC;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:1,0:2,1:0|1:480774_GAC_G:480774:2,1,0,1 chr18 480781 . T G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=24,30;MFRL=4308431,113;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:480774_GAC_G:480774:2,0,0,1 chr18 581294 . C G,CCCA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,29,31;MFRL=159,141,136;MMQ=60,60,60;MPOS=7,3;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.08,3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:4,1,1:0.222,0.222:6:2,1,1:1,0,0:3,1,0,2 chr18 581645 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=144,95;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:1,0,1,1 chr18 618124 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=13.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr18 619358 . G A . . DP=15;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=128,71;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:7,0:6,2:0|1:619358_G_A:619358:4,9,1,1 chr18 619364 . A C . . DP=15;ECNT=2;MBQ=23,33;MFRL=114,71;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.185:14:4,0:5,1:0|1:619358_G_A:619358:4,8,1,1 chr18 624783 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr18 624824 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=10.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr18 625070 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=8.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr18 662370 . T C . . 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DP=3;ECNT=5;MBQ=27,28;MFRL=160,106;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:673057_A_T:673057:0,2,0,1 chr18 673058 . G GGCTCACGCCT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=32,30;MFRL=160,106;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:673057_A_T:673057:0,2,0,1 chr18 673064 . A AATCATACATGCTTTT . . DP=2;ECNT=5;MBQ=25,26;MFRL=185,134;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr18 673086 . A G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr18 674440 . A C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=144,53;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:4,2:0,0:0|1:674440_A_C:674440:1,3,1,1 chr18 674442 . C CTGATTTTTTTTTTTCTGTCCCCA . . DP=6;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=144,53;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,2:0,0:0|1:674440_A_C:674440:1,3,1,1 chr18 677931 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,187;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr18 678823 . G GATCTGCA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,34;MFRL=138,110;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.391:3:1,0:1,1:0|1:678823_G_GATCTGCA:678823:0,2,0,1 chr18 678825 . A AGCCCTGGTCAGG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=24,27;MFRL=138,110;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.391:3:1,0:1,1:0|1:678823_G_GATCTGCA:678823:0,2,0,1 chr18 678831 . CC GG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,32;MFRL=138,110;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:678823_G_GATCTGCA:678823:0,2,0,1 chr18 690671 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=123,159;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:5,2:1,0:3,4,0,2 chr18 691173 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,80;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=33.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,8:0,3:0,0,6,5 chr18 693767 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,28;MFRL=137,153;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:2,0,1,1 chr18 693828 . A C . . DP=8;ECNT=3;MBQ=21,20;MFRL=108,82;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:0,3:5,0:3,2,2,1 chr18 693867 . A G . . DP=17;ECNT=3;MBQ=27,32;MFRL=127,119;MMQ=60,27;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=5.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.210:17:7,3:7,0:6,8,3,0 chr18 693977 . G A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=20,25;MFRL=134,115;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:3,2:0,0:1,2,0,2 chr18 693986 . GCT G . . DP=5;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CT;STR;TLOD=21.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,5:0,0:0,0,0,5 chr18 694024 . CCCCTCTACTGCTGCCT C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,25;MFRL=177,131;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0,3,0,1 chr18 694206 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,40;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr18 697377 . CTT C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=108,184;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr18 706558 . C T . . DP=13;ECNT=4;MBQ=25,27;MFRL=98,101;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.383:11:6,3:1,1:4,3,2,2 chr18 706581 . G T . . DP=12;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=97,58;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:10,2:0,0:0|1:706581_G_T:706581:5,5,1,1 chr18 706583 . A C . . DP=13;ECNT=4;MBQ=25,20;MFRL=97,58;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.213:12:10,2:0,0:0|1:706581_G_T:706581:5,5,1,1 chr18 706589 . A G . . DP=13;ECNT=4;MBQ=0,20;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=31.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,12:0,0:0,0,5,7 chr18 742858 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=124,124;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:2,0:4,2:5,1,2,0 chr18 743226 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=130,122;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=11.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.627:6:1,3:1,1:2,0,3,1 chr18 743436 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=138,163;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=9.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,2:1,1:0,1,0,3 chr18 756878 . G GGT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,33;MFRL=169,141;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:756878_G_GGT:756878:0,1,0,1 chr18 756880 . A AGATT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,28;MFRL=169,141;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:756878_G_GGT:756878:0,1,0,1 chr18 756882 . A AAATGGACAATTATGTTGT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=22,26;MFRL=169,141;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:756878_G_GGT:756878:0,1,0,1 chr18 909674 . C CTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,28;MFRL=208,129;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr18 909718 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,208;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr18 2554915 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=122,133;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=16.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,7:0.381:19:8,2:4,5:7,5,4,3 chr18 2585077 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,25;MFRL=128,127;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:4,0:0,2:3,1,2,0 chr18 2585305 . CCG C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr18 2616457 . G C . . DP=20;ECNT=1;MBQ=24,33;MFRL=94,132;MMQ=60,60;MPOS=5;PON;POPAF=7.30;TLOD=34.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,11:0.573:19:5,7:3,4:3,5,6,5 chr18 2666046 . A C . . DP=23;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=159,191;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=61.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,20:0.915:21:0,12:1,8:1,0,5,15 chr18 2688798 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=14.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,0,5 chr18 2694712 . T G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,33;MFRL=135,117;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:2694712_T_G:2694712:0,3,0,1 chr18 2694714 . G GTATGT . . 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DP=6;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=143,66;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.493:4:2,0:0,2:0|1:2750169_T_TATG:2750169:0,2,1,1 chr18 2750171 . T TTGATTTGGG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=143,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:2,0:0,1:0|1:2750169_T_TATG:2750169:0,2,1,1 chr18 2751475 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=17.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,1,4 chr18 2770164 . A AATCACTTCAGGCCACTAGTTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=147,150;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr18 2771516 . G T . . DP=28;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=77.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,26:0.965:26:0,14:0,12:0,0,15,11 chr18 2784404 . TGAAA T . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=184,127;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:3102638_C_CA:3102638:0,1,0,1 chr18 3129131 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr18 3131403 . A AGGAGTT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=134,40;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:6,2:1,0:0|1:3131403_A_AGGAGTT:3131403:3,4,1,1 chr18 3131405 . T TGGAG . . DP=9;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=134,40;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:6,2:1,0:0|1:3131403_A_AGGAGTT:3131403:3,4,1,1 chr18 3151937 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr18 3155000 . A C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=147,81;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,0:1,2:1,2,1,1 chr18 3168816 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=109,104;MMQ=60,60;MPOS=28;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.356:12:3,3:5,1:5,3,3,1 chr18 3168987 . C CGGTG . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=134,48;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:0,4,1,1 chr18 3174076 . A AAC . . DP=4;ECNT=4;MBQ=29,29;MFRL=113,65;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=6,7;RU=AC;STR;TLOD=6.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:2,0,2,0 chr18 3174166 . T TTCC . . DP=14;ECNT=4;MBQ=29,20;MFRL=130,64;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.198:13:5,2:5,0:0|1:3174166_T_TTCC:3174166:3,8,1,1 chr18 3174168 . G T . . DP=14;ECNT=4;MBQ=30,20;MFRL=130,64;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.198:13:6,2:5,0:0|1:3174166_T_TTCC:3174166:3,8,1,1 chr18 3174170 . C CCCCTCTTCTCTCACCTACCCTTTG . . DP=14;ECNT=4;MBQ=26,31;MFRL=130,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.198:13:6,1:5,0:0|1:3174166_T_TTCC:3174166:3,8,1,1 chr18 3176017 . C T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=20,25;MFRL=58,154;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=9.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:0,0:3,4:2,1,3,1 chr18 3176040 . C G . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=22.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,1:0,7:0,0,4,4 chr18 3188976 . A G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=34.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.927:11:0,8:0,3:0,0,1,10 chr18 3214918 . G C . . 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C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=118,100;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:1,2,1,1 chr18 7007264 . AGGGGCGCAGTCCTGAG A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=86,144;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:2,0,0,1 chr18 7010097 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,32;MFRL=186,122;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr18 7011959 . T A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.763:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr18 7024345 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=38.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.933:13:0,7:0,6:0,0,10,3 chr18 7032221 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr18 7033097 . A ATAG . . 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DP=4;ECNT=3;MBQ=20,27;MFRL=73,93;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:8244080_G_T:8244080:1,2,0,1 chr18 8244286 . A ATATGC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr18 8296469 . G A . . DP=9;ECNT=3;MBQ=20,29;MFRL=122,54;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.303:8:0,2:4,0:2,4,2,0 chr18 8296524 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=70,122;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:8296524_C_T:8296524:1,2,0,1 chr18 8296529 . AC CT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=24,33;MFRL=70,122;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:8296524_C_T:8296524:1,2,0,1 chr18 8343530 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=33.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,5:0,7:0,0,4,8 chr18 8376096 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=121,69;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:1,1,2,0 chr18 8379262 . C CTCAG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,34;MFRL=136,116;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.351:5:2,0:1,2:0|1:8379262_C_CTCAG:8379262:0,3,0,2 chr18 8379264 . C CTCCCAAGTAGCTGGGACTA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,33;MFRL=136,116;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.351:5:2,0:1,1:0|1:8379262_C_CTCAG:8379262:0,3,0,2 chr18 8380483 . CA AT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=169,127;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr18 8394537 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=133,90;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr18 8638120 . AT A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=167,123;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=9,8;RU=T;STR;TLOD=3.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:3,2:1,0:4,0,1,1 chr18 8718360 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,193;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr18 8718524 . G T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=24,25;MFRL=129,73;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.372:6:3,0:1,2:2,2,2,0 chr18 8777882 . T TCTGC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=120,123;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:8777882_T_TCTGC:8777882:0,1,0,1 chr18 8777886 . A C . . 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DP=16;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=106,116;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=15.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,7:0.444:16:7,3:2,4:2,7,4,3 chr18 21526087 . C T . . DP=37;ECNT=1;MBQ=29,24;MFRL=98,111;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=30.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,15:0.467:32:7,8:10,6:13,4,11,4 chr18 21526304 . A ACT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=114,114;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr18 21530072 . C T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=44,0;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:1,0:5,2:4,2,2,0 chr18 21530109 . C T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=46,61;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.215:12:3,0:6,2:7,3,2,0 chr18 21534701 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=165,149;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:21534701_C_A:21534701:0,2,0,1 chr18 21534703 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=165,149;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:21534701_C_A:21534701:0,2,0,1 chr18 21595039 . G C . . DP=17;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=108,91;MMQ=60,59;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=5.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.233:15:7,0:5,3:6,6,0,3 chr18 21644075 . TTG T . . DP=34;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=95,171;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=8,7;RU=TG;STR;TLOD=5.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:26,3:0.129:29:9,2:11,1:22,4,1,2 chr18 21660921 . A AGCATCAG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=22,25;MFRL=103,104;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr18 21662816 . A C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=10.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,3:0,0:0,0,3,0 chr18 21694594 . T TTTTTGA . . 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G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr18 31241497 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr18 31319351 . A AAAG . . DP=4;ECNT=4;MBQ=26,25;MFRL=73,94;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.393:3:1,1:1,0:0|1:31319351_A_AAAG:31319351:0,2,0,1 chr18 31319352 . T TAAGAAAGTGATA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=28,27;MFRL=73,94;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.393:3:1,1:1,0:0|1:31319351_A_AAAG:31319351:0,2,0,1 chr18 31319372 . T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,26;MFRL=126,145;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:31319372_T_C:31319372:1,0,0,1 chr18 31319374 . A ACAGCATTACCCCTTC . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=133,147;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=11.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:2,2:1,2:2,1,3,1 chr18 31599537 . GCCATTAAAGCTCTCTGCAGCAGAATCATCTGTTGGAAAGGAAAAGTTATATTTTGATTTTAATTAATATGCTATTCAGAGTCTACTTCAACTAGCATTTATTGAGCTC G . . DP=17;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=93,169;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,4:0.194:17:6,4:5,0:0|1:31599537_GCCATTAAAGCTCTCTGCAGCAGAATCATCTGTTGGAAAGGAAAAGTTATATTTTGATTTTAATTAATATGCTATTCAGAGTCTACTTCAACTAGCATTTATTGAGCTC_G:31599537:3,10,1,3 chr18 31599568 . G GGAAC . . DP=12;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=70,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:5,2:0.324:7:4,2:1,0:1|0:31599537_GCCATTAAAGCTCTCTGCAGCAGAATCATCTGTTGGAAAGGAAAAGTTATATTTTGATTTTAATTAATATGCTATTCAGAGTCTACTTCAACTAGCATTTATTGAGCTC_G:31599537:2,3,1,1 chr18 31709900 . C T . . 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DP=12;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=136,66;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:7,0:3,2:8,2,2,0 chr18 32888074 . T TAA . . DP=21;ECNT=2;MBQ=24,27;MFRL=108,115;MMQ=60,57;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=15,17;RU=A;STR;TLOD=8.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,4:0.249:18:4,2:9,1:11,3,2,2 chr18 32888090 . C A . . DP=41;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=9;PON;POPAF=7.30;TLOD=34.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,37:0.975:37:0,17:0,20:0,0,20,17 chr18 32888163 . C T . . DP=84;ECNT=6;MBQ=31,20;MFRL=117,103;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:79,4:0.057:83:42,0:37,4:46,33,2,2 chr18 32888229 . AAAT A . . DP=15;ECNT=6;MBQ=25,23;MFRL=133,152;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AAT;STR;TLOD=4.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.210:12:5,2:4,0:0,10,0,2 chr18 32888298 . C T . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr18 34297753 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=157,128;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.394:8:3,2:2,1:3,2,3,0 chr18 34380108 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=165,128;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr18 34415357 . C CA . . DP=18;ECNT=4;MBQ=33,29;MFRL=142,62;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=10.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,5:0.337:16:6,0:5,5:0|1:34415357_C_CA:34415357:1,10,1,4 chr18 34415363 . TT GC . . DP=16;ECNT=4;MBQ=29,31;MFRL=150,62;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=9.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,5:0.332:16:5,0:6,1:0|1:34415357_C_CA:34415357:1,10,1,4 chr18 34415369 . T TGATA . . 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DP=4;ECNT=5;MBQ=31,28;MFRL=147,85;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:44140364_GGG_TTC:44140364:0,3,0,1 chr18 44140371 . C CT . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,29;MFRL=147,85;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:44140364_GGG_TTC:44140364:0,3,0,1 chr18 44140401 . C CCGCGCT . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,30;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:44140401_C_CCGCGCT:44140401:0,0,0,1 chr18 44140402 . A T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,27;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:44140401_C_CCGCGCT:44140401:0,0,0,1 chr18 44173792 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=35,16;MFRL=179,152;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0,1,0,1 chr18 44181532 . TC CA . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=108,141;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr18 44272034 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr18 44424105 . G GA . . DP=12;ECNT=1;MBQ=16,18;MFRL=136,128;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=11,12;RU=A;STR;TLOD=7.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.597:7:1,1:0,0:0,3,0,4 chr18 44444219 . G GA . . DP=16;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=126,0;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=11,12;RU=A;STR;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,3:0.357:9:3,1:2,2:0|1:44444219_G_GA:44444219:2,4,3,0 chr18 44444237 . T A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=27,13;MFRL=126,0;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.249:10:5,0:2,0:0|1:44444219_G_GA:44444219:2,6,2,0 chr18 44444285 . GCATTTTTTATA G . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr18 44589366 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,24;MFRL=139,76333;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:3,1,0,2 chr18 44595885 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=152,142;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,0:4,2:5,0,1,1 chr18 44601775 . T TG . . DP=19;ECNT=2;MBQ=27,27;MFRL=95,83;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=7.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,3:0.193:19:9,3:7,0:0|1:44601775_T_TG:44601775:5,11,0,3 chr18 44601777 . T TG . . DP=19;ECNT=2;MBQ=27,27;MFRL=95,83;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,3:0.193:19:9,2:7,0:0|1:44601775_T_TG:44601775:5,11,0,3 chr18 44635048 . C T . . 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T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=137,127;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:3,1:5,1:0,8,0,2 chr18 47917735 . A C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=215,131;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=8.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,1:0,2:0,1,0,3 chr18 47918639 . A C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=49,115;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=15.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,6:0.585:10:1,1:3,5:3,1,5,1 chr18 48190271 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=8.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr18 48325631 . T A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=25,20;MFRL=98,42;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:48325631_T_A:48325631:2,0,1,1 chr18 48325632 . C CT . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=27,25;MFRL=130,154;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:61027139_A_C:61027139:0,1,0,1 chr18 61027147 . A ATT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,21;MFRL=130,154;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:61027139_A_C:61027139:0,1,0,1 chr18 61034420 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr18 61060873 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=11.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr18 61066463 . A G . . DP=18;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=59.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,18:0.950:18:0,11:0,7:0,0,13,5 chr18 61067200 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,33;MFRL=160,154;MMQ=45,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:4,0,1,0 chr18 61067959 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=22.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,5:0,3:0,0,0,8 chr18 61154351 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=158,115;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=15.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.601:8:3,3:0,2:0,3,1,4 chr18 61160385 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,34;MFRL=153,127;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=9.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,0:1,3:1,2,0,3 chr18 61166269 . C T . . DP=10;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,178;MMQ=60,46;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=43.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,10:0.917:10:0,1:0,8:0|1:61166269_C_T:61166269:0,0,10,0 chr18 61166273 . C T . . DP=10;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,178;MMQ=60,46;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=43.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,10:0.917:10:0,2:0,8:0|1:61166269_C_T:61166269:0,0,10,0 chr18 61166280 . G GTA,GTATA,GTATATA . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=164,129;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,1,1 chr18 72347420 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=111,126;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.235:15:5,3:7,0:7,5,3,0 chr18 72493314 . G T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=122,107;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:2,2:2,1:4,1,3,0 chr18 72593118 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr18 72775160 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=163,135;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=8.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.336:13:4,0:4,4:4,5,0,4 chr18 72775365 . CGGCCAGGTGGCCCGGGTGGTGCATATCACGGAGGAT C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,32;MFRL=158,151;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,1,0 chr18 72913545 . G A . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=27,31;MFRL=161,155;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:2,0:2,4:4,0,3,1 chr18 74639185 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=144,106;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,2:2,0:2,0,1,1 chr18 74668133 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:74668133_C_T:74668133:0,0,1,0 chr18 74668148 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:74668133_C_T:74668133:0,0,1,0 chr18 74680208 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=158,96;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.547:7:1,2:2,1:3,0,1,3 chr18 74680369 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=9.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr18 74700488 . A ACCAGTTCTCATG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr18 74701972 . G GT . . DP=22;ECNT=2;MBQ=24,32;MFRL=90,187;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=10.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,4:0.227:20:7,0:9,4:9,7,0,4 chr18 74701984 . G A . . DP=23;ECNT=2;MBQ=24,24;MFRL=90,186;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.196:18:6,2:9,1:10,5,1,2 chr18 76753588 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,189;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr18 77107934 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=12.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr18 77137202 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr18 77193783 . G GC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=151,114;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.392:3:1,0:1,1:0|1:77193783_G_GC:77193783:0,2,0,1 chr18 77193786 . A C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,34;MFRL=151,114;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.392:3:1,0:1,1:0|1:77193783_G_GC:77193783:0,2,0,1 chr18 77208961 . G GATCAGGAGTGGGAGCTGCGCGCTGC . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=106,53;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:2,2:4,0:1,5,1,1 chr18 77210902 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr18 77211195 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr18 77227476 . A G . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=60,91;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,0:1,2:2,1,1,1 chr19 430842 . TGGAGACTTAGGGGTGG T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,185;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.693:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 438879 . G A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,22;MFRL=147,114;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:438879_G_A:438879:3,0,0,1 chr19 438881 . GC AG . . DP=4;ECNT=5;MBQ=33,28;MFRL=147,114;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:438879_G_A:438879:3,0,0,1 chr19 438911 . C T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=32,26;MFRL=149,135;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:1,1,2,0 chr19 438915 . C T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=23,27;MFRL=149,135;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:1,1:1,1,2,0 chr19 438918 . A C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=14,28;MFRL=142,150;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,1:1,0:2,1,1,0 chr19 439055 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,222;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr19 440962 . A AATGGC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=0,64;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:0|1:440962_A_AATGGC:440962:1,0,1,1 chr19 440964 . C CTTAA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=35,32;MFRL=0,64;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,1:0,0:0|1:440962_A_AATGGC:440962:1,0,1,1 chr19 440965 . G GTCTCTGGGGTCATA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,31;MFRL=0,64;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:440962_A_AATGGC:440962:1,0,0,1 chr19 501580 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=13.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,4,1 chr19 501701 . G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA . . DP=32;ECNT=1;MBQ=23,32;MFRL=40,100;MMQ=60,60;MPOS=6;PON;POPAF=7.30;TLOD=73.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,21:0.889:23:0,8:2,9:2,0,5,16 chr19 536437 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 549595 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=7.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr19 579432 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr19 581568 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=145,110;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:1,2,1,1 chr19 582253 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=21.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,4:0,3:0,0,5,2 chr19 605255 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr19 617205 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr19 617517 . AGGTTTT A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=114,51;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:0,2:5,0:6,1,1,1 chr19 619139 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=142,143;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.437:5:1,2:1,0:1,2,2,0 chr19 619772 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 624683 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=23,32;MFRL=122,133;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:2,1:4,1:3,3,2,0 chr19 633381 . A G . . DP=23;ECNT=1;MBQ=30,23;MFRL=133,118;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=34.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,14:0.625:22:7,7:1,7:7,1,10,4 chr19 643366 . C CTCAGGA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=140,109;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.322:4:2,1:1,0:1,2,0,1 chr19 651681 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=154,152;MMQ=60,48;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=7.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.445:7:3,3:1,0:4,0,3,0 chr19 652206 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,72;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=7.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr19 652238 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,72;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr19 652948 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=14.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.855:5:0,1:0,3:0,0,0,5 chr19 740545 . C CAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=95,187;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:740545_C_CAA:740545:0,1,0,1 chr19 740547 . C CG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,23;MFRL=95,187;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:740545_C_CAA:740545:0,1,0,1 chr19 757675 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,24;MFRL=131,74;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=7.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:0|1:757675_C_T:757675:2,0,2,0 chr19 757682 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=131,74;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:0|1:757675_C_T:757675:2,0,2,0 chr19 757784 . G A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=33,21;MFRL=168,147;MMQ=60,48;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=8.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,4:0.415:10:2,0:4,4:0|1:757784_G_A:757784:2,4,0,4 chr19 757789 . A AAGTGATCCTCCCGCCTCTGCCTCCTATAGTACC . . DP=10;ECNT=2;MBQ=27,36;MFRL=168,147;MMQ=60,48;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=8.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,4:0.415:10:2,0:4,4:0|1:757784_G_A:757784:2,4,0,4 chr19 758825 . G GAAAT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 761510 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr19 799342 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,23;MFRL=148,109;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=9.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.718:5:1,0:0,4:1,0,3,1 chr19 803626 . G A . . 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CA AG . . DP=14;ECNT=2;MBQ=33,23;MFRL=168,260;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:2,2:10,0:2,10,0,2 chr19 1271529 . C T . . DP=16;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=40.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.940:14:0,4:0,9:0,0,7,7 chr19 1278665 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,187;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr19 1295824 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,31;MFRL=105,148;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=7.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:1,2:3,1:2,2,2,1 chr19 1299908 . C CCTCCCGAGTAGCTGGG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 1356516 . CAGG C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=33,34;MFRL=123,186;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=10.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:0,1:5,2:1,4,0,3 chr19 1364527 . A G . . DP=31;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=108,126;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:26,2:0.099:28:13,0:13,2:15,11,2,0 chr19 1366192 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=170,209;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:1,0,1,0 chr19 1366422 . C G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=25.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,6:0,2:0,0,4,4 chr19 1367091 . C G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,34;MFRL=144,104;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=8.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:5,0:0,3:3,2,0,3 chr19 1367328 . A AATGGTC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 1369224 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=29,24;MFRL=129,55;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.285:12:4,0:5,3:7,2,3,0 chr19 1371149 . A T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,202;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 1387901 . C CTGGTTTTCGTATTTTTTTGCTG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=105,62;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr19 1388940 . G C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=110,95;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=8.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.384:11:5,1:2,3:4,3,1,3 chr19 1390852 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=131,101;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:2,1,1,1 chr19 1399056 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,23;MFRL=107,130;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=8.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.408:12:3,2:4,1:1,6,2,3 chr19 1422297 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=148,136;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,1:2,1:3,0,2,0 chr19 1425843 . C A . . DP=11;ECNT=2;MBQ=33,27;MFRL=142,135;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:4,2:4,0:0|1:1425843_C_A:1425843:6,3,2,0 chr19 1425849 . C T . . DP=12;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=142,135;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=6.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.229:11:5,2:4,0:0|1:1425843_C_A:1425843:6,3,2,0 chr19 1428899 . G T . . DP=31;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=100,95;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=6.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:26,4:0.156:30:17,0:8,4:5,21,0,4 chr19 1430443 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=147,138;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr19 1439963 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:1439963_G_A:1439963:0,0,1,1 chr19 1439967 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:1439963_G_A:1439963:0,0,1,1 chr19 1453051 . C CA . . DP=8;ECNT=3;MBQ=33,20;MFRL=137,54;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.331:7:2,0:3,2:0|1:1453051_C_CA:1453051:1,4,1,1 chr19 1453052 . T TA . . DP=8;ECNT=3;MBQ=31,17;MFRL=137,54;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.331:7:2,0:3,1:0|1:1453051_C_CA:1453051:1,4,1,1 chr19 1453055 . A C . . DP=7;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=137,54;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,0:3,2:0|1:1453051_C_CA:1453051:1,4,1,1 chr19 1453348 . G GTACCCCAGGT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=140,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:3,0,0,1 chr19 1461938 . G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,13;MFRL=60,99;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:2,0:0,4,1,0 chr19 1465180 . T A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,92;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr19 1470196 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=160,47;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,0:0,2:0,1,1,1 chr19 1482488 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:1482488_G_A:1482488:0,0,0,1 chr19 1482490 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:1482488_G_A:1482488:0,0,0,1 chr19 1484224 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=167,146;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr19 1487175 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,91;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.748:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr19 1487856 . G GTGCCTCGT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=20,30;MFRL=54,80;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:1487856_G_GTGCCTCGT:1487856:1,1,0,1 chr19 1487857 . G GAGCTAAGATCCTCTACTCAGT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=80,54;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,2:0.600:3:1,2:0,0:1|0:1487856_G_GTGCCTCGT:1487856:0,1,1,1 chr19 1488147 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=10.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0,0,3,1 chr19 1489828 . G GGAAGCAGC . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=149,63;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:3,2,1,1 chr19 1496529 . T TC . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=34,26;MFRL=118,126;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,1:1,2:1,2,1,2 chr19 1584615 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=133,45;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.304:8:2,0:3,2:2,4,0,2 chr19 1585084 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=164,114;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:0,2,1,1 chr19 1619749 . A AGGGTG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=125,96;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=GGGTG;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:2,0,1,0 chr19 1784944 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=97,128;MMQ=60,60;MPOS=5;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,1:1,0:0,3,1,1 chr19 1802102 . CA AC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:1802102_CA_AC:1802102:0,0,0,1 chr19 1802110 . A T . . 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DP=3;ECNT=3;MBQ=26,24;MFRL=188,166;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:1809811_C_CTG:1809811:0,2,0,1 chr19 1809817 . G T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,25;MFRL=188,166;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:1809811_C_CTG:1809811:0,2,0,1 chr19 1818952 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=35,35;MFRL=185,117;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,1,0 chr19 1913075 . C CCAGT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=27,30;MFRL=150,140;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:1913075_C_CCAGT:1913075:0,1,0,1 chr19 1913076 . GACCT G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,30;MFRL=150,140;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:1913075_C_CCAGT:1913075:0,1,0,1 chr19 1913083 . A G . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,29;MFRL=150,140;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:1913075_C_CCAGT:1913075:0,1,0,1 chr19 1913086 . ACCGCTTC A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,23;MFRL=150,140;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:1913075_C_CCAGT:1913075:0,1,0,1 chr19 1914940 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=9.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,3,0 chr19 1915118 . A C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=10.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr19 1952841 . T C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=142,130;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=38.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,13:0.825:15:2,7:0,6:2,0,10,3 chr19 1986858 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=109,37;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:1,0,1,1 chr19 1990732 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=134,116;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:1,0,1,1 chr19 2037846 . A C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=26,33;MFRL=124,133;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=23.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,8:0.692:11:1,5:2,3:0,3,2,6 chr19 2041032 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr19 2043271 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=169,113;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,0,2 chr19 2073466 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=15.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.869:5:0,3:0,2:0,0,2,3 chr19 2076917 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr19 2078602 . G GT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,30;MFRL=91,96;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.336:4:3,0:0,1:0|1:2078602_G_GT:2078602:1,2,0,1 chr19 2078604 . G T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,25;MFRL=91,96;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.336:4:2,0:0,1:0|1:2078602_G_GT:2078602:1,2,0,1 chr19 2102331 . GTC G . . DP=5;ECNT=6;MBQ=34,30;MFRL=169,130;MMQ=50,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:0|1:2102331_GTC_G:2102331:0,4,0,1 chr19 2102336 . T TTGA . . DP=5;ECNT=6;MBQ=32,26;MFRL=169,130;MMQ=50,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:0|1:2102331_GTC_G:2102331:0,4,0,1 chr19 2102356 . G A . . DP=4;ECNT=6;MBQ=33,27;MFRL=169,168;MMQ=40,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0,3,0,1 chr19 2102359 . A G . . DP=4;ECNT=6;MBQ=27,34;MFRL=168,201;MMQ=60,40;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:2102359_A_G:2102359:0,3,0,1 chr19 2102363 . TG CA . . DP=3;ECNT=6;MBQ=15,34;MFRL=168,181;MMQ=60,40;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:0,2:0,1,0,2 chr19 2102367 . T C . . DP=3;ECNT=6;MBQ=22,27;MFRL=164,201;MMQ=50,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,1:0|1:2102359_A_G:2102359:0,2,0,1 chr19 2111349 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=140,103;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.355:12:1,0:7,4:5,3,2,2 chr19 2114133 . C T . . DP=23;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=114,133;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,2:0.121:23:6,0:12,2:8,13,0,2 chr19 2114164 . T C . . DP=25;ECNT=2;MBQ=28,33;MFRL=128,133;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,2:0.115:24:8,0:13,2:10,12,0,2 chr19 2114358 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=33,24;MFRL=145,118;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=7.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.363:9:2,0:4,3:0,6,2,1 chr19 2118861 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=129,148;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:0,2,0,2 chr19 2120763 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 2121946 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=21,24;MFRL=101,128;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:1,1:0,0:0|1:2121946_G_A:2121946:0,1,0,1 chr19 2121950 . C T . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=11.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr19 2211884 . G T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 2213875 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=121,90;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.233:11:2,0:6,2:3,6,1,1 chr19 2214479 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=140,67;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:3,1:4,1:6,1,2,0 chr19 2217045 . TCCCCTGGGGCCTTGCAGCTTGCTGGAGAGAAGAGCAGTGAGAAGGTGCGGGCCGCGACCCCTGC T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=185,45;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=11.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.513:6:1,3:1,0:2,1,1,2 chr19 2222108 . C CAT . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=33,14;MFRL=214,199;MMQ=60,40;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.586:3:1,0:0,0:1,0,2,0 chr19 2979995 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=14,13;MFRL=214,184;MMQ=50,40;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,0:0,0:2,0,1,0 chr19 2980148 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,23;MFRL=100,214;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:0,2:5,0:3,2,0,2 chr19 2980269 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr19 2981460 . G A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=90,96;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,2:2,0:0|1:2981460_G_A:2981460:3,1,1,1 chr19 2981464 . G A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=90,96;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,2:3,0:0|1:2981460_G_A:2981460:3,1,1,1 chr19 2981487 . G C . . 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DP=4;ECNT=5;MBQ=25,33;MFRL=120,146;MMQ=60,40;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:2992060_T_A:2992060:0,3,0,1 chr19 2992083 . T C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=29,33;MFRL=149,146;MMQ=50,40;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:2992060_T_A:2992060:0,2,0,1 chr19 2993541 . A G . . DP=19;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=124,0;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:4,2:12,0:0|1:2993541_A_G:2993541:6,11,0,2 chr19 2993562 . G A . . DP=17;ECNT=2;MBQ=30,24;MFRL=110,0;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,3:0.223:16:5,2:7,1:0|1:2993541_A_G:2993541:3,10,0,3 chr19 2994107 . C CT . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,77;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=16.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,1:0,4:0,0,1,5 chr19 2994997 . TACTGAGG T . . 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G C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:3273815_G_C:3273815:0,0,1,0 chr19 3273818 . TG CC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=101,148;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:3273815_G_C:3273815:1,0,1,0 chr19 3273822 . A C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=16,30;MFRL=101,148;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:3273815_G_C:3273815:1,0,1,0 chr19 3273824 . A C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=14,31;MFRL=130,148;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:0,1:0|1:3273815_G_C:3273815:2,0,1,0 chr19 3273830 . A C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=21,12;MFRL=130,148;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,0:0|1:3273815_G_C:3273815:2,0,1,0 chr19 3281419 . G T . . 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AA TG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=24,26;MFRL=134,70;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.329:4:1,1:2,0:2,1,0,1 chr19 3785223 . T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 3813854 . AGGTGACAGATAT A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=133,87;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:3,0:2,2:4,5,1,1 chr19 3820293 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr19 3820305 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr19 3822008 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=14.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,4,0 chr19 3823361 . C CAGGCTGGGATG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,33;MFRL=126,127;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0,4,0,1 chr19 3825271 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,12;MFRL=125,219;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:3825271_T_G:3825271:0,1,0,1 chr19 3825276 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,25;MFRL=125,219;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:3825271_T_G:3825271:0,1,0,1 chr19 3827734 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,217;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 3852456 . C T . . DP=20;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=124,111;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,2:0.142:19:9,0:7,2:12,5,1,1 chr19 3885942 . C CGCGCCCAG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 3905691 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 3908190 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,29;MFRL=131,112;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:3908190_G_A:3908190:2,0,1,0 chr19 3908201 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=131,112;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:3908190_G_A:3908190:2,0,1,0 chr19 3910961 . G C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,33;MFRL=186,144;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=8.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:3,1:1,2:0,4,0,3 chr19 3913938 . A AAAAG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=152,117;MMQ=60,56;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=AAAG;STR;TLOD=7.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.602:3:0,2:1,0:0|1:3913938_A_AAAAG:3913938:0,1,0,2 chr19 3913945 . G A . . 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DP=2;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0|1:3964436_C_T:3964436:0,0,0,1 chr19 3964456 . C A . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:3964436_C_T:3964436:0,0,0,1 chr19 3964458 . C T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:3964436_C_T:3964436:0,0,0,1 chr19 3964676 . C CTGCCTCGGCCTCCCAAAGT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.761:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr19 3977289 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=102,135;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.337:10:3,2:3,1:5,2,1,2 chr19 3980824 . A G . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr19 4159873 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 4164423 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=157,120;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,2:2,0:2,0,1,1 chr19 4170277 . A ATTGT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,24;MFRL=165,118;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:4170277_A_ATTGT:4170277:0,1,0,1 chr19 4170281 . CA AC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,21;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:4170277_A_ATTGT:4170277:0,0,0,1 chr19 4171229 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,34;MFRL=127,107;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,0:4,1:0,4,0,1 chr19 4174950 . A G . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=85,0;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:4224132_C_T:4224132:1,0,1,0 chr19 4224338 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=178,123;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr19 4229635 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,218;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 4237049 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=55,103;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:3,0:0,2:2,1,1,1 chr19 4237067 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,55;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,2,2 chr19 4250991 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=26.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,5:0,3:0,0,6,2 chr19 4254308 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,51;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr19 4254531 . GGT G . . DP=29;ECNT=6;MBQ=30,31;MFRL=108,116;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=GT;STR;TLOD=11.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,4:0.236:19:10,4:3,0:0|1:4254531_GGT_G:4254531:2,13,0,4 chr19 4254544 . GCCAA G . . DP=21;ECNT=6;MBQ=31,29;MFRL=106,135;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=18.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:12,6:0.354:18:10,6:2,0:1|0:4254531_GGT_G:4254531:0,12,0,6 chr19 4254546 . CAA C . . DP=19;ECNT=6;MBQ=32,30;MFRL=118,99;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.175:15:10,2:2,0:0|1:4254546_CAA_C:4254546:1,12,0,2 chr19 4254550 . GGTT G . . DP=18;ECNT=6;MBQ=30,29;MFRL=124,99;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:13,2:2,0:0|1:4254546_CAA_C:4254546:0,16,0,2 chr19 4254551 . GT TG . . DP=18;ECNT=6;MBQ=31,26;MFRL=113,135;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=19.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:10,6:0.388:16:8,3:2,0:1|0:4254531_GGT_G:4254531:0,10,0,6 chr19 4254555 . T A . . DP=15;ECNT=6;MBQ=28,22;MFRL=108,99;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:9,2:2,0:0|1:4254546_CAA_C:4254546:0,13,0,2 chr19 4262166 . GC TT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr19 4268543 . G C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=19.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,4,2 chr19 4283279 . T G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,28;MFRL=92,166;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:4283279_T_G:4283279:0,2,0,1 chr19 4283282 . CTG C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,27;MFRL=92,166;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:4283279_T_G:4283279:0,2,0,1 chr19 4284802 . A C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=121,132;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=10.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:2,4:2,0:3,1,2,2 chr19 4288205 . T C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=94,97;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.361:9:3,1:3,2:2,4,1,2 chr19 4288220 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=91,97;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=5.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.336:10:3,1:3,2:3,4,1,2 chr19 4292898 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 4294542 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=33,28;MFRL=136,62;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=7.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,2:1,1:2,1,2,1 chr19 4294551 . T C . . 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T A . . DP=5;ECNT=5;MBQ=27,26;MFRL=139,133;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:4306366_T_A:4306366:0,4,0,1 chr19 4306370 . CAA C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,31;MFRL=132,133;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:4306366_T_A:4306366:0,3,0,1 chr19 4306383 . C CTTCCTAATATA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=34,32;MFRL=172,112;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.491:2:0,1:1,0:0|1:4306383_C_CTTCCTAATATA:4306383:0,1,0,1 chr19 4306386 . A AATTTGAT . . DP=2;ECNT=5;MBQ=17,24;MFRL=172,112;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:4306383_C_CTTCCTAATATA:4306383:0,1,0,1 chr19 4306387 . C CA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=32,29;MFRL=172,112;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:4306383_C_CTTCCTAATATA:4306383:0,1,0,1 chr19 4308061 . T TAGAGATGGGG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=99,131;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr19 4310217 . G A . . DP=25;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=96,122;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=35.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,13:0.560:23:3,4:7,9:7,3,10,3 chr19 4322887 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr19 4323493 . A C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,13;MFRL=124,167;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,0:0|1:4323493_A_C:4323493:0,3,1,0 chr19 4323498 . A AGGGGG . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,15;MFRL=162,167;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;RPA=1,6;RU=G;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,0:0|1:4323493_A_C:4323493:0,2,1,0 chr19 4324564 . C T . . 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DP=14;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=143,79;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:7,2:5,0:10,2,1,1 chr19 4345982 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,30;MFRL=134,116;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:4345982_C_T:4345982:0,1,0,1 chr19 4345990 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=21,25;MFRL=134,116;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:4345982_C_T:4345982:0,1,0,1 chr19 4352838 . C G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=103,101;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=7.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.605:6:0,1:2,1:2,0,3,1 chr19 4352959 . A G . . DP=14;ECNT=2;MBQ=29,23;MFRL=130,121;MMQ=60,60;MPOS=5;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,6:0.460:13:5,1:2,5:6,1,4,2 chr19 4354517 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=129,101;MMQ=60,57;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:1,0:2,2:0,3,1,1 chr19 4355203 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=30.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,6:0,5:0,0,4,7 chr19 4366848 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=34,24;MFRL=119,112;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:3,0,2,0 chr19 4418121 . C CTTGCTGA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:4418121_C_CTTGCTGA:4418121:0,0,0,1 chr19 4418123 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:4418121_C_CTTGCTGA:4418121:0,0,0,1 chr19 4423419 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=94,74;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=7.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.337:13:5,1:3,3:3,6,1,3 chr19 4428601 . C T . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=30,33;MFRL=185,103;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:6732585_A_T:6732585:0,1,0,1 chr19 6732982 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=121,127;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:2,1,0,2 chr19 6733073 . CCTGGTGGGAGGGTCAGGGAGAGATGGGGGTGCGGGGCATCAGCAGAGCATAGGGATGGGGGT C . . DP=19;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=126,94;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,5:0.176:19:5,1:6,4:8,6,4,1 chr19 6739891 . TT AG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,25;MFRL=107,79;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:6739891_TT_AG:6739891:1,1,0,1 chr19 6739894 . C CCACT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=20,29;MFRL=107,79;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:6739891_TT_AG:6739891:1,1,0,1 chr19 6739934 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 6743072 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=128,93;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.158:17:8,2:7,0:9,6,2,0 chr19 6743607 . A C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=23,33;MFRL=145,0;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:3,1:0,0:0|1:6743607_A_C:6743607:0,3,1,0 chr19 6743616 . G C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,16;MFRL=140,0;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:6743607_A_C:6743607:0,1,1,0 chr19 6743629 . GG AA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=34,25;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:6743629_GG_AA:6743629:1,0,0,1 chr19 6743634 . G C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,26;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:6743629_GG_AA:6743629:1,0,0,1 chr19 6743817 . C T . . DP=21;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=122,64;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,3:0.172:21:8,1:10,2:11,7,2,1 chr19 6744718 . G C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=3342312,91;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=19.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,8:0.820:9:1,5:0,3:0,1,3,5 chr19 6744762 . A C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=21.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,2,4 chr19 6744909 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=126,126;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=17.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,6:0.500:12:0,2:6,3:2,4,3,3 chr19 6746661 . TA T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:6746661_TA_T:6746661:0,0,0,1 chr19 6746663 . T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:6746661_TA_T:6746661:0,0,0,1 chr19 6754761 . A C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=166,0;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:2,3,1,1 chr19 6754774 . C A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=16.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,2,3 chr19 6755386 . G GATT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,31;MFRL=191,135;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:6755386_G_GATT:6755386:0,1,0,1 chr19 6755388 . G GGC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,28;MFRL=191,135;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:6755386_G_GATT:6755386:0,1,0,1 chr19 6755389 . T C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,22;MFRL=191,135;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:6755386_G_GATT:6755386:0,1,0,1 chr19 6760974 . T C . . DP=11;ECNT=3;MBQ=28,31;MFRL=161,133;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=20.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,7:0.668:10:2,5:1,2:1,2,3,4 chr19 6761008 . A G . . DP=8;ECNT=3;MBQ=23,33;MFRL=133,123;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=15.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,4:0.500:8:3,3:1,1:0|1:6761008_A_G:6761008:1,3,1,3 chr19 6761011 . T G . . DP=8;ECNT=3;MBQ=20,32;MFRL=133,123;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=15.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,4:0.500:8:2,3:1,1:0|1:6761008_A_G:6761008:1,3,1,3 chr19 6822380 . C CCTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 6830015 . A AAACTGAGTTTAAATATGATAATT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,27;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr19 6836604 . A C . . DP=5;ECNT=5;MBQ=27,30;MFRL=117,0;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:6836604_A_C:6836604:0,4,1,0 chr19 6836608 . G T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=27,23;MFRL=117,0;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:6836604_A_C:6836604:0,4,1,0 chr19 6836634 . A C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6836634_A_C:6836634:0,0,0,1 chr19 6836638 . ATGT A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,24;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6836634_A_C:6836634:0,0,0,1 chr19 6836647 . C T . . 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CGCCGGTATACACAAGACTGACAACAAGGTCTACATCGCTCGGGCTGTGTCCCCACCAAGCCCCATCTTCTCCCCACCTGCCTCAGCTCATTCCTA C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=119,34;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.262:11:5,2:1,1:2,6,1,2 chr19 6928222 . G GTTT . . DP=8;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=70,52;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,2:3,0:0|1:6928222_G_GTTT:6928222:3,3,1,1 chr19 6928225 . A T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=23,20;MFRL=70,52;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.298:8:3,2:3,0:0|1:6928222_G_GTTT:6928222:3,3,1,1 chr19 6934908 . AC TA . . DP=2;ECNT=6;MBQ=30,27;MFRL=162,161;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:6934908_AC_TA:6934908:1,0,1,0 chr19 6934915 . G A . . 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DP=3;ECNT=7;MBQ=34,31;MFRL=190,127;MMQ=30,58;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,0,2 chr19 8962467 . T C . . DP=3;ECNT=7;MBQ=29,27;MFRL=127,190;MMQ=58,30;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:8962451_TCTG_T:8962451:0,2,0,1 chr19 8962475 . T C . . DP=3;ECNT=7;MBQ=29,26;MFRL=127,190;MMQ=58,30;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:8962451_TCTG_T:8962451:0,2,0,1 chr19 8962485 . A G . . DP=3;ECNT=7;MBQ=26,32;MFRL=127,190;MMQ=58,30;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:8962451_TCTG_T:8962451:0,2,0,1 chr19 8962504 . TTG ACA . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,22;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 8969031 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.681:1:0,1:0,0:0|1:8969031_C_T:8969031:0,0,0,1 chr19 8969032 . G GTTT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=1,4;RU=T;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:8969031_C_T:8969031:0,0,0,1 chr19 8969034 . C CCA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:8969031_C_T:8969031:0,0,0,1 chr19 8969481 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,35;MFRL=128,138;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr19 8976471 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,49;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=26.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,3:0,5:0,0,4,4 chr19 8976504 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=22.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,6:0,1:0,0,7,0 chr19 8976699 . G GATCAGCTTGAAAGTTACGA . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,32;MFRL=155,203;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:8976699_G_GATCAGCTTGAAAGTTACGA:8976699:2,1,0,1 chr19 8976702 . T G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,26;MFRL=155,203;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:0,0:0|1:8976699_G_GATCAGCTTGAAAGTTACGA:8976699:2,1,0,1 chr19 8976713 . A G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=7.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.796:3:0,2:0,0:0,0,2,1 chr19 8976856 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=97,98;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.228:11:3,0:6,2:2,7,1,1 chr19 8987348 . A AAG . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=24,29;MFRL=93134,193;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:9067822_T_TAAA:9067822:3,1,0,1 chr19 9067823 . C CACACTCAAACCTAATGGATTG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=93134,193;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:9067822_T_TAAA:9067822:3,1,0,1 chr19 9068530 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=33,24;MFRL=239,137;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.428:12:6,4:1,1:5,2,2,3 chr19 9070264 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=27,34;MFRL=141,143;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=9.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.445:7:1,1:3,2:3,1,1,2 chr19 9070659 . G T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=29,22;MFRL=101,133;MMQ=60,35;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=6.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,4:0.311:14:5,4:5,0:6,4,4,0 chr19 9070812 . G A . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=30,34;MFRL=182,139;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,1,0 chr19 10085054 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr19 10085087 . G GTTACAGCTCTTTCTCT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 10087200 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,23;MFRL=103,110;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=11.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.532:11:4,5:1,0:3,2,2,4 chr19 10089142 . TG CA . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=138,115;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:2,1:6,1:8,0,2,0 chr19 10090155 . A AAGAAATAC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=142,177;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr19 10090625 . A C . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=198,151;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr19 12739873 . C T . . DP=12;ECNT=4;MBQ=32,30;MFRL=137,135;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:6,0:4,2:0|1:12739873_C_T:12739873:7,3,0,2 chr19 12739889 . A G . . DP=12;ECNT=4;MBQ=29,29;MFRL=139,135;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:5,0:4,2:0|1:12739873_C_T:12739873:8,2,0,2 chr19 12739891 . A C . . DP=11;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=142,135;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:5,0:3,2:0|1:12739873_C_T:12739873:8,1,0,2 chr19 12739892 . A ATTT . . DP=12;ECNT=4;MBQ=30,27;MFRL=142,135;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;RPA=1,4;RU=T;STR;TLOD=6.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.229:11:5,0:3,2:0|1:12739873_C_T:12739873:8,1,0,2 chr19 12758444 . AGGG A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,24;MFRL=144,138;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=4,1;RU=G;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:12758444_AGGG_A:12758444:0,1,0,1 chr19 12758451 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:12758444_AGGG_A:12758444:0,0,0,1 chr19 12760287 . A C . . DP=24;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=78.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.960:22:0,12:0,9:0,0,16,6 chr19 12760291 . CTT C . . DP=22;ECNT=2;MBQ=20,26;MFRL=113,117;MMQ=60,47;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=22,20;RU=T;STR;TLOD=4.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.377:11:1,2:2,1:3,4,2,2 chr19 12761113 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,192;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.682:1:0,1:0,0:0|1:12761113_G_T:12761113:0,0,0,1 chr19 12761114 . C CT . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=185,142;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:1,1,1,0 chr19 13192511 . GCATCAGCCCTGCACTTCCCCTCCACGTCCAT G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=20,33;MFRL=81,139;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.303:8:2,0:4,2:4,2,1,1 chr19 13218683 . A T . . DP=21;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=107,73;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,3:0.174:21:8,3:10,0:8,10,2,1 chr19 13220647 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=108,108;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:2,0,0,1 chr19 13226728 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=182,83;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:1,0,2,0 chr19 13248920 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:13248920_C_T:13248920:0,0,1,0 chr19 13248930 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,12;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:13248920_C_T:13248920:0,0,1,0 chr19 13249244 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=10.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr19 13255186 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=143,52;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0|1:13255186_C_T:13255186:4,0,1,1 chr19 13255207 . G GGCCAA . . DP=7;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=140,52;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,0:3,2:0|1:13255186_C_T:13255186:5,0,1,1 chr19 13255536 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=18.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,3:0,3:0,0,3,3 chr19 13255739 . G A . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:14168089_C_T:14168089:0,0,1,0 chr19 14168094 . A C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,13;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:14168089_C_T:14168089:0,0,1,0 chr19 14168119 . A C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,12;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:14168089_C_T:14168089:0,0,1,0 chr19 14211718 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=178,116;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,2:1,0:1,1,1,1 chr19 14213799 . A ATGCTACCTTCCCTGGCACC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 14262134 . C T . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:14272400_C_CA:14272400:0,0,0,1 chr19 14272409 . TC GT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:14272400_C_CA:14272400:0,0,0,1 chr19 14274205 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=41,72;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:2,2:0,0:2,0,1,1 chr19 14294288 . GC G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=8,7;RU=C;STR;TLOD=8.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,3,0 chr19 14492265 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=24,31;MFRL=152,138;MMQ=60,40;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=15.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,4:0.715:5:1,2:0,2:0|1:14492265_T_C:14492265:1,0,4,0 chr19 14492272 . T C . . 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DP=14;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=109,0;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:9,2:3,0:5,7,1,1 chr19 14575014 . G GT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,32;MFRL=131,92;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:14575014_G_GT:14575014:0,1,0,1 chr19 14575017 . G GTGGATGGATGGCACT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,32;MFRL=131,92;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:14575014_G_GT:14575014:0,1,0,1 chr19 14578354 . C G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=33.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,5:0,6:0,0,6,5 chr19 14581389 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=30,24;MFRL=135,101;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:2,0:5,2:0|1:14581389_C_T:14581389:6,2,2,0 chr19 14581396 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=24,25;MFRL=139,101;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:2,0:6,2:0|1:14581389_C_T:14581389:7,2,2,0 chr19 14582602 . TCCCCTG T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=141,80;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=CCCCTG;STR;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.505:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr19 14591584 . A AGAGGAACTGAGAACC . . DP=7;ECNT=2;MBQ=21,20;MFRL=153,66;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.417:5:1,2:2,0:0|1:14591584_A_AGAGGAACTGAGAACC:14591584:0,3,1,1 chr19 14591586 . A AAAT . . DP=7;ECNT=2;MBQ=24,24;MFRL=153,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.417:5:1,1:2,0:0|1:14591584_A_AGAGGAACTGAGAACC:14591584:0,3,1,1 chr19 14627050 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,194;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=8.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,0,3 chr19 14673892 . ACCCCAGCCCTTCCCCCTTCCCATAGCTACAGCCCAAC A . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=122,41;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:1,2:6,0:6,1,1,1 chr19 14708012 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=96,92;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:0,0:3,2:1,2,1,1 chr19 14710576 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,22;MFRL=145,43;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,4:0.331:13:6,4:3,0:2,7,1,3 chr19 14736288 . C G . . DP=22;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=80.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.958:22:0,13:0,9:0,0,4,18 chr19 14740824 . A AG . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=39.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,7:0,4:0,0,10,1 chr19 14744181 . T A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr19 14762107 . G A . . 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A ATTGTGACATAACT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=122,125;MMQ=27,27;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr19 14884946 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,180;MMQ=60,44;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr19 14910779 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=136,58;MMQ=60,58;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.174:15:7,2:6,0:9,4,1,1 chr19 14939319 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,190;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 14951889 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=139,92;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.414:10:1,0:5,3:3,3,3,1 chr19 14952750 . C T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,27;MFRL=140,152;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:0,1:0|1:14952750_C_T:14952750:0,3,0,1 chr19 14952753 . AC CT . . 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C CACCT . . DP=10;ECNT=3;MBQ=28,33;MFRL=148,34;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,4:0.327:10:3,0:2,3:0|1:15756658_G_GGCA:15756658:3,3,1,3 chr19 15756670 . C G . . DP=7;ECNT=3;MBQ=35,32;MFRL=194,3;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,3:0.322:7:3,0:1,3:0|1:15756658_G_GGCA:15756658:2,2,0,3 chr19 15758155 . G GGCCATGGGCAAGGGCATCTCCC . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,33;MFRL=147,122561;MMQ=57,27;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.357:6:2,0:2,2:0,4,0,2 chr19 15763455 . C A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=83,127;MMQ=52,47;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:2,0:6,2:2,7,0,2 chr19 15763775 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=20,26;MFRL=116,147;MMQ=56,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=15.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.701:8:2,4:0,2:1,1,1,5 chr19 15763798 . G C . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:16664800_C_A:16664800:0,0,0,1 chr19 16664804 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:16664800_C_A:16664800:0,0,0,1 chr19 16666076 . T A . . DP=7;ECNT=4;MBQ=28,20;MFRL=111,53;MMQ=60,56;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,0:4,2:0|1:16666076_T_A:16666076:2,3,1,1 chr19 16666079 . C CCG . . DP=7;ECNT=4;MBQ=31,20;MFRL=111,53;MMQ=60,56;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,0:2,2:0|1:16666076_T_A:16666076:2,3,1,1 chr19 16666080 . A AGGCAGGCGGATCAC . . DP=8;ECNT=4;MBQ=26,20;MFRL=111,53;MMQ=60,56;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.329:7:1,0:2,2:0|1:16666076_T_A:16666076:2,3,1,1 chr19 16666101 . G C . . 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A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,32;MFRL=173,135;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:19004141_T_A:19004141:1,0,1,0 chr19 19021970 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,183;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 19030513 . CGGGCCCCTACAAG C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=132,108;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GGGCCCCTACAAG;STR;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:2,2:1,0:5,1,1,1 chr19 19032637 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=10.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,1,3 chr19 19035159 . CT C . . DP=7;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=16.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,4:0,2:0,0,3,3 chr19 19035214 . T C . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=135,97;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,2:2,0:1,1,1,1 chr19 19338379 . C CACCAGCTCCAGGCATA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=82,94;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.323:4:1,1:2,0:1,2,0,1 chr19 19338960 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=164,75;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr19 19349038 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=157,133;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:3,1,1,0 chr19 19359500 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr19 19360487 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=34,25;MFRL=133,203;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=5.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:1,1,2,0 chr19 19375402 . A ACACAAACGCTTCT . . 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DP=3;ECNT=6;MBQ=31,33;MFRL=137,85;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:19389666_G_GC:19389666:0,2,0,1 chr19 19389668 . G GGAGCAGGTAGAGCTGGAAGTA . . DP=3;ECNT=6;MBQ=31,32;MFRL=137,85;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:19389666_G_GC:19389666:0,2,0,1 chr19 19389670 . C CGCA . . DP=3;ECNT=6;MBQ=31,26;MFRL=124,112;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0|1:19389663_C_A:19389663:0,2,0,1 chr19 19389672 . C A . . DP=2;ECNT=6;MBQ=30,27;MFRL=162,112;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:19389663_C_A:19389663:0,1,0,1 chr19 19389675 . A T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=25,31;MFRL=162,112;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:19389663_C_A:19389663:0,1,0,1 chr19 19413296 . A AGGC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=24,25;MFRL=151,120;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:1,0:0,1:0|1:19413296_A_AGGC:19413296:0,1,0,1 chr19 19413297 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=151,120;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:19413296_A_AGGC:19413296:0,1,0,1 chr19 19414335 . CA C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,33;MFRL=94,41;MMQ=60,58;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=A;STR;TLOD=4.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:0,2,1,1 chr19 19421092 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,203;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 19447933 . G GT . . DP=8;ECNT=1;MBQ=34,32;MFRL=65,92;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=12,13;RU=T;STR;TLOD=7.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.656:7:1,2:1,2:1,1,4,1 chr19 19449603 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=72,126;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=10.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:3,1:0,3:2,1,4,0 chr19 19449686 . G T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=23,29;MFRL=116,118;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.438:14:6,3:2,3:4,4,3,3 chr19 19451591 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=186,77;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:1,1,2,0 chr19 19451785 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:19451785_C_T:19451785:0,0,0,1 chr19 19451788 . TTAGGCG T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:19451785_C_T:19451785:0,0,0,1 chr19 19451795 . C CTG . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=-2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:19451785_C_T:19451785:0,0,0,1 chr19 19453521 . T G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=8.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.819:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr19 19453560 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.796:3:0,2:0,0:0,0,3,0 chr19 19453742 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=14.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr19 19465336 . G GTTTCCCATTGTTCTCTTTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 19466635 . C T . . 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G GTCATTCCCGTCTTGATGACACTC . . DP=14;ECNT=5;MBQ=32,20;MFRL=127,43;MMQ=60,57;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:9,0:3,2:0|1:33324163_T_C:33324163:7,5,1,1 chr19 33324180 . A T . . DP=15;ECNT=5;MBQ=28,30;MFRL=127,43;MMQ=60,57;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.185:14:8,0:3,1:0|1:33324163_T_C:33324163:7,5,1,1 chr19 33353343 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=8.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr19 33359485 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 33390866 . A C . . DP=7;ECNT=3;MBQ=24,20;MFRL=83,48;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.334:7:2,0:3,2:0|1:33390866_A_C:33390866:2,3,1,1 chr19 33390870 . GC CA . . DP=8;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=96,48;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.301:8:3,0:2,2:0|1:33390866_A_C:33390866:2,4,1,1 chr19 33390874 . T TAGTTCCC . . DP=7;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=109,48;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:0|1:33390866_A_C:33390866:1,4,1,1 chr19 33392087 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=24.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,3:0,5:0,0,8,0 chr19 33406442 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=23.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,6:0,2:0,0,1,7 chr19 33418012 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=20,15;MFRL=90,191;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.334:4:0,0:3,0:1,2,0,1 chr19 33424501 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=153,156;MMQ=60,41;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.199:13:2,0:9,2:3,8,0,2 chr19 33439158 . T C . . DP=13;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=39.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.933:13:0,5:0,8:0,0,9,4 chr19 33439187 . G A . . DP=22;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=96,134;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,4:0.217:21:7,1:10,3:10,7,2,2 chr19 33439295 . AGGAGC A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=158,55;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:0,3,1,1 chr19 33439367 . C A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=34,21;MFRL=218,216;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:33439367_C_A:33439367:0,2,0,1 chr19 33439370 . T G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,32;MFRL=218,216;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:33439367_C_A:33439367:0,2,0,1 chr19 33457471 . T TCTA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,28;MFRL=195,177;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:33457471_T_TCTA:33457471:0,1,0,1 chr19 33457472 . G GCCTGGGT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=195,177;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:33457471_T_TCTA:33457471:0,1,0,1 chr19 33462668 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:33462668_A_C:33462668:0,0,1,0 chr19 33462673 . G C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=22,12;MFRL=134,138;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:1,0:2,0:0|1:33462668_A_C:33462668:3,0,1,0 chr19 33464048 . A G . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=22,30;MFRL=132,124;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=12.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.569:9:1,4:1,1:1,3,3,2 chr19 33693968 . G GC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,30;MFRL=109,104;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:33693968_G_GC:33693968:0,1,0,1 chr19 33693969 . A T,AT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,28,24;MFRL=0,109,104;MMQ=60,60,60;MPOS=8,9;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.79,3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,1:0.400,0.400:2:0,1,1:0,0,0:0,0,0,2 chr19 33693971 . CAG TGT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,29;MFRL=104,109;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1|0:33693968_G_GC:33693968:0,1,0,1 chr19 33693974 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=28,23;MFRL=109,104;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:1,1:0,0:0|1:33693968_G_GC:33693968:0,1,0,1 chr19 33702245 . A G . . 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A T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=27,16;MFRL=53,118;MMQ=60,24;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,0:0|1:36110900_CT_GG:36110900:3,1,1,0 chr19 36111259 . T TTCTGTGCCAG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,29;MFRL=166,101;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.495:2:0,1:1,0:0|1:36111259_T_TTCTGTGCCAG:36111259:0,1,0,1 chr19 36111264 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,27;MFRL=166,101;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:36111259_T_TTCTGTGCCAG:36111259:0,1,0,1 chr19 36111266 . C A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,21;MFRL=166,101;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:36111259_T_TTCTGTGCCAG:36111259:0,1,0,1 chr19 36113459 . G A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=20,28;MFRL=105,161;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=8.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.501:6:3,1:0,2:2,1,2,1 chr19 36113590 . A G . . DP=22;ECNT=3;MBQ=27,27;MFRL=77,122;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=27.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,11:0.518:21:3,6:7,4:6,4,9,2 chr19 36113658 . A G . . DP=19;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=52.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.948:16:0,10:0,5:0,0,3,13 chr19 36124176 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,21;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.744:2:0,0:0,1:0,0,0,2 chr19 36135279 . C CT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=11.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr19 36135793 . A T . . DP=22;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=116,141;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=20.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,9:0.449:20:4,5:7,3:1,10,0,9 chr19 36142296 . G A . . DP=9;ECNT=3;MBQ=32,24;MFRL=145,135;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=17.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,7:0.723:9:1,1:1,4:0|1:36142296_G_A:36142296:0,2,1,6 chr19 36142308 . C CAGAGATGGGGTCTCACTTTG . . DP=5;ECNT=3;MBQ=34,32;MFRL=204,183;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.329:4:0,1:3,0:0,3,0,1 chr19 36142319 . AT A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,23;MFRL=204,86;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:3,1:0.333:4:0,1:3,0:1|0:36142296_G_A:36142296:0,3,0,1 chr19 36168994 . T A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,25;MFRL=129,72;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:36168994_T_A:36168994:1,2,0,1 chr19 36168997 . A C . . DP=4;ECNT=3;MBQ=25,28;MFRL=129,72;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:36168994_T_A:36168994:1,2,0,1 chr19 36169000 . GCTGCC G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=30,32;MFRL=129,72;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:36168994_T_A:36168994:1,2,0,1 chr19 36205472 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=132,125;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.283:12:5,0:4,3:8,1,2,1 chr19 36206050 . A C . . DP=7;ECNT=3;MBQ=20,30;MFRL=54,164;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.512:6:2,3:0,0:2,1,0,3 chr19 36206052 . CCGAGA C . . DP=6;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=145,54;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,2:1,0:0|1:36206052_CCGAGA_C:36206052:1,3,1,1 chr19 36206059 . G A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=145,54;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,2:1,0:0|1:36206052_CCGAGA_C:36206052:1,3,1,1 chr19 36206759 . C CACACA . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=118,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:4,2:5,0:4,5,1,1 chr19 36212459 . T TGGAGAGTCATCGGCAGGAGG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 36214632 . A AG . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=47.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.937:14:0,7:0,7:0,0,5,9 chr19 36215973 . CCGTGTGGATTTTAAGGTATGGCATTGAGTGGGGCGAGTCACAGAGCCTCTGGTTGGAAGAACCTCGATGACTGTGTCATCGAGAAGCCAGGTGGGTCTGCCTTGTATGCCTGGCGGCCCTCTGATCCTGCATCCTCTCTTCCCCCAGGAGGATTGTGATTTAGAGAA C . . DP=36;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=128,110;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:30,6:0.097:36:2,0:8,4:12,18,3,3 chr19 36216056 . G T . . DP=16;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=129,128;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=18.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.572:12:2,3:3,4:3,2,2,5 chr19 36216450 . C CATTCAGCGAGTT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,31;MFRL=191,80;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.494:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr19 36217292 . CAGG C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=147,100;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:5,0:7,2:1,11,0,2 chr19 36218920 . G C . . DP=2;ECNT=8;MBQ=31,12;MFRL=698,157;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:36218920_G_C:36218920:0,1,1,0 chr19 36218922 . G T . . DP=2;ECNT=8;MBQ=30,17;MFRL=698,157;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:36218920_G_C:36218920:0,1,1,0 chr19 36218931 . TC AA . . DP=2;ECNT=8;MBQ=28,18;MFRL=698,157;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:36218920_G_C:36218920:0,1,1,0 chr19 36218940 . G C . . DP=2;ECNT=8;MBQ=31,16;MFRL=698,157;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:36218920_G_C:36218920:0,1,1,0 chr19 36218946 . G C . . 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DP=8;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=15.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.873:5:0,1:0,4:0,0,1,4 chr19 36221397 . C T . . DP=19;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=113,88;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:8,0:9,2:0|1:36221397_C_T:36221397:6,11,1,1 chr19 36221402 . C T . . DP=20;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=113,88;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.142:19:8,0:8,2:0|1:36221397_C_T:36221397:6,11,1,1 chr19 36223111 . C A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.799:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr19 36228712 . GAGGTC G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,30;MFRL=126,181;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:36228712_GAGGTC_G:36228712:1,0,0,1 chr19 36228721 . C A . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=142,109;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,1:2,0:0,3,0,1 chr19 38673435 . C CTTGGTACAACCTACGCAGCTAAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,32;MFRL=195,142;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr19 38708398 . A C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,32;MFRL=116,0;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=9.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:2,0:0,3:1,1,1,2 chr19 38709568 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,21;MFRL=120,122;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=12.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:0,1:1,4:1,0,2,3 chr19 38743038 . AG A . . DP=4;ECNT=6;MBQ=26,26;MFRL=126,226;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:38743038_AG_A:38743038:0,3,0,1 chr19 38743048 . CTTTCCCAA C . . 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DP=6;ECNT=12;MBQ=28,30;MFRL=161,157;MMQ=46,44;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,1:3,1:0|1:38797523_GT_AA:38797523:4,0,2,0 chr19 38797545 . T A . . DP=10;ECNT=12;MBQ=25,26;MFRL=158,141;MMQ=42,46;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.296:8:3,0:3,2:6,0,2,0 chr19 38797563 . CG C . . DP=19;ECNT=12;MBQ=30,30;MFRL=140,139;MMQ=45,37;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,2:0.143:19:5,2:11,0:17,0,2,0 chr19 38797565 . A C . . DP=19;ECNT=12;MBQ=29,32;MFRL=140,123;MMQ=45,50;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.156:17:5,1:10,0:15,0,2,0 chr19 38797568 . G A . . DP=21;ECNT=12;MBQ=26,23;MFRL=141,107;MMQ=45,50;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=9.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,4:0.226:20:6,0:10,3:16,0,4,0 chr19 38797598 . A G . . DP=58;ECNT=12;MBQ=28,30;MFRL=111,90;MMQ=60,57;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=29.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:40,10:0.211:50:9,7:31,3:27,13,6,4 chr19 38797602 . TG GT . . DP=60;ECNT=12;MBQ=20,32;MFRL=104,93;MMQ=60,47;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:58,2:0.048:60:16,2:36,0:0|1:38797602_TG_GT:38797602:31,27,1,1 chr19 38797611 . GC AT . . DP=71;ECNT=12;MBQ=20,26;MFRL=102,93;MMQ=60,47;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:67,2:0.042:69:23,2:43,0:0|1:38797602_TG_GT:38797602:33,34,1,1 chr19 38797613 . G A . . DP=71;ECNT=12;MBQ=20,20;MFRL=102,79;MMQ=60,50;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:68,2:0.042:70:23,2:42,0:34,34,1,1 chr19 38797616 . C T . . DP=72;ECNT=12;MBQ=22,20;MFRL=102,79;MMQ=60,50;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:68,2:0.041:70:22,2:43,0:32,36,1,1 chr19 38798226 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=109,83;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=22.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,9:0.667:13:1,8:3,1:1,3,4,5 chr19 38798442 . C CCACTG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,32;MFRL=103,95;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:38798442_C_CCACTG:38798442:0,1,0,1 chr19 38798447 . G C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,26;MFRL=103,95;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:38798442_C_CCACTG:38798442:0,1,0,1 chr19 38798451 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=103,95;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:38798442_C_CCACTG:38798442:0,1,0,1 chr19 38817300 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,29;MFRL=90,131;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.330:4:2,1:1,0:0|1:38817300_C_T:38817300:1,2,0,1 chr19 38817313 . ATGC A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=16,25;MFRL=45,131;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=TGC;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:0,0:0|1:38817300_C_T:38817300:1,1,0,1 chr19 38817486 . T C . . 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DP=2;ECNT=6;MBQ=25,30;MFRL=199,120;MMQ=60,21;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:38939530_CT_C:38939530:0,1,0,1 chr19 38942383 . C A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=123,170;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=10.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:0,4:5,0:4,1,4,0 chr19 38945851 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=14.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,4,1 chr19 38946182 . G A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=18.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,0:0,7:0,0,4,3 chr19 38946215 . G C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=9.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.810:3:0,0:0,3:0,0,0,3 chr19 38948356 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,199;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 38950947 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=9.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr19 38953996 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 38956803 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr19 38968989 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr19 38976571 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,198;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:38976571_G_A:38976571:0,0,0,1 chr19 38976574 . A ACTCCGCCATTCTTCCCTG . . 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C A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=27,26;MFRL=84,134;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=7.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:2,1:0,2:0,2,0,3 chr19 39331297 . A C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,26;MFRL=134,84;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:0|1:39331294_G_GCAATTAAAGAAGAAAA:39331294:0,3,0,2 chr19 39334811 . T A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=8.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr19 39338125 . G A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=174,150;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=10.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.416:10:2,1:4,3:0,6,0,4 chr19 39338142 . A G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=21.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,0,6 chr19 39371762 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=117,77;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:2,2:9,0:8,3,1,1 chr19 39372211 . T C . . 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G GATTA . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=151,57;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.332:7:3,2:2,0:0,5,1,1 chr19 39823858 . G GAGAATTGCTTGAAC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,32;MFRL=151,114;MMQ=60,24;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:39823858_G_GAGAATTGCTTGAAC:39823858:0,1,0,1 chr19 39823860 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,15;MFRL=151,114;MMQ=60,24;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:39823858_G_GAGAATTGCTTGAAC:39823858:0,1,0,1 chr19 39826565 . AG CC . . DP=4;ECNT=5;MBQ=25,12;MFRL=197,156;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,0:0|1:39826565_AG_CC:39826565:1,2,1,0 chr19 39826571 . A C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=25,12;MFRL=197,156;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,0:0|1:39826565_AG_CC:39826565:1,2,1,0 chr19 39826577 . AG CC . . 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A AGAGGGAACACTTATACCC . . DP=11;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=94,59;MMQ=60,41;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:4,2:5,0:5,4,1,1 chr19 40408857 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=130,166;MMQ=55,46;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.518:4:0,1:1,1:0,2,0,2 chr19 40440565 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=27,27;MFRL=143,145;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,0:3,2:1,5,0,2 chr19 40480777 . C CTTGT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,32;MFRL=142,136;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:40480777_C_CTTGT:40480777:0,2,0,1 chr19 40480780 . T TGACCTCA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,28;MFRL=142,136;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:40480777_C_CTTGT:40480777:0,2,0,1 chr19 40480783 . G A . . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=29,31;MFRL=110,129;MMQ=56,25;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0,2,0,1 chr19 41386282 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,180;MMQ=60,51;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr19 41387397 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=144,156;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=8.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:1,3:1,0:2,0,3,0 chr19 41387647 . A G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,25;MFRL=134,137;MMQ=57,25;MPOS=28;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:41387647_A_G:41387647:0,2,1,0 chr19 41387656 . A T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,24;MFRL=134,137;MMQ=57,25;MPOS=30;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:41387647_A_G:41387647:0,2,1,0 chr19 41387669 . A G . . 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DP=10;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,118;MMQ=60,35;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=22.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.891:6:0,4:0,2:0,0,4,2 chr19 41510029 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=90,42;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.303:11:5,3:3,0:1,7,1,2 chr19 41518763 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=134,34110;MMQ=60,43;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:1,2:0,0:0,1,0,2 chr19 41522451 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr19 41595018 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=135,168;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=9.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.386:11:4,2:3,2:4,3,1,3 chr19 41597836 . G GCTCCTTAAAGGCCTGTT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=161,114;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.324:4:2,1:1,0:1,2,0,1 chr19 41599752 . C CA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=19,29;MFRL=136,103;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:41599752_C_CA:41599752:0,1,0,1 chr19 41599755 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=136,103;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:41599752_C_CA:41599752:0,1,0,1 chr19 41600788 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,18;MFRL=119,130;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.607:3:0,0:1,0:0,1,2,0 chr19 41622107 . G GC . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,69;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=15.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.874:6:0,1:0,5:0,0,2,4 chr19 41622189 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=7;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,2,1 chr19 41622256 . C G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=119,54;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:0|1:41622256_C_G:41622256:1,4,1,1 chr19 41622258 . C CATTATACATTGATTTATGTTTTCTAG . . DP=7;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=119,54;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,2:2,0:0|1:41622256_C_G:41622256:1,4,1,1 chr19 41622615 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,218;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 41627438 . G GTCCGGCCAGTCGGC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=126,61;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:1,0,1,1 chr19 41628677 . T G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=17.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,0:0,5:0,0,5,0 chr19 41628955 . T TTCAAGGATTCTCCTGC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 41704832 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=14.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,1:0,3:0,0,1,3 chr19 41725359 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=23,25;MFRL=116,115;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.376:6:1,1:3,1:1,3,0,2 chr19 41727744 . C CACT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,27;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:41727744_C_CACT:41727744:0,1,1,0 chr19 41727749 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:41727744_C_CACT:41727744:0,1,1,0 chr19 41737265 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,28;MFRL=171,121;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:41737265_C_T:41737265:0,1,0,1 chr19 41737268 . AT A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,23;MFRL=171,121;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:41737265_C_T:41737265:0,1,0,1 chr19 41737270 . CCT C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,29;MFRL=171,121;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CT;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:41737265_C_T:41737265:0,1,0,1 chr19 41743861 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr19 41745710 . C CTTGCACCGCCCCCAAT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=32,32;MFRL=144,137;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.390:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr19 41745720 . T TAAGGAGGGAACAGCATGGAGCTCTCTG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,26;MFRL=134,153;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:41745720_T_TAAGGAGGGAACAGCATGGAGCTCTCTG:41745720:0,1,0,1 chr19 41745724 . T A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=134,153;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:41745720_T_TAAGGAGGGAACAGCATGGAGCTCTCTG:41745720:0,1,0,1 chr19 41748753 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=143,127;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=10.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:0,2:1,2:1,0,2,2 chr19 41759631 . ACC A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=16,16;MFRL=137,97;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=12,10;RU=C;STR;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:0,0:0,1,0,1 chr19 41763302 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr19 41811730 . T C . . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=23,27;MFRL=133,146;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=15.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.629:6:2,1:0,3:0,2,1,3 chr19 41889423 . A T . . DP=21;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=88.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,21:0.957:21:0,11:0,7:0|1:41889423_A_T:41889423:0,0,16,5 chr19 41889429 . A T . . DP=22;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=89.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,22:0.958:22:0,15:0,7:0|1:41889423_A_T:41889423:0,0,16,6 chr19 41889521 . CATGA C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=118,135;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=ATGA;STR;TLOD=6.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.228:11:6,2:3,0:1,8,0,2 chr19 41895865 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=142,118;MMQ=40,55;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:7,1:3,1:2,8,0,2 chr19 41897688 . G A . . 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C T . . DP=9;ECNT=3;MBQ=29,27;MFRL=133,90;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:3,2:4,0:4,3,1,1 chr19 41928336 . TG CG,CT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,27,32;MFRL=0,152,107;MMQ=60,60,60;MPOS=16,21;POPAF=7.30,7.30;TLOD=12.10,3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,4,1:0.625,0.250:5:0,2,1:0,2,0:0,0,0,5 chr19 41928348 . G T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,17;MFRL=161,107;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,0:2,0:0,3,0,1 chr19 41928867 . G GC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=C;STR;TLOD=10.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr19 41931454 . A AGGCCAGGGCCGG . . DP=18;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=54.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.939:13:0,3:0,4:0,0,9,4 chr19 41938368 . TGTAGGGAGGTACAGGACAGC T . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=64,71;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:0|1:42489254_C_T:42489254:0,2,1,1 chr19 42506448 . A G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=101,74;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,3:0.261:14:4,3:7,0:7,4,2,1 chr19 42525691 . G GAAGTAATACATATTATCTGCAGGGGA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,74;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 42558619 . T TCTCAAACA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,16;MFRL=126,107;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,0:0|1:42558619_T_TCTCAAACA:42558619:2,2,0,1 chr19 42558620 . G GGAACATCAGCTCCCC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=34,31;MFRL=126,107;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:0|1:42558619_T_TCTCAAACA:42558619:2,2,0,1 chr19 42569895 . TCAG T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=29,29;MFRL=152,144;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=CAG;STR;TLOD=3.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.505:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr19 42584027 . ACCAGTCCCACCAGAGGAACCTGTCATTGGTTTCCCTGAG A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=82,144;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.384:6:0,0:3,2:2,2,1,1 chr19 42584892 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=195,104;MMQ=60,47;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.603:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr19 42584904 . G C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,104;MMQ=60,33;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 42584930 . T TAAACATGGAAAGGAACAACTG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,27;MFRL=139,104;MMQ=60,33;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:2,0,0,1 chr19 42585085 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=143,167;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:2,0:6,2:4,4,2,0 chr19 42603776 . A G . . DP=25;ECNT=1;MBQ=26,31;MFRL=82,118;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=32.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,12:0.542:22:8,6:2,5:7,3,2,10 chr19 42621526 . GGA G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,34;MFRL=163,128;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=GA;STR;TLOD=3.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr19 42626400 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,21;MFRL=98,150;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,0:1,1:0,3,2,0 chr19 42636412 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr19 42721139 . G GTTCTGAGCTT . . DP=15;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=128,123;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:7,2:5,0:0|1:42721139_G_GTTCTGAGCTT:42721139:4,9,0,2 chr19 42721141 . T TTCCG . . DP=16;ECNT=2;MBQ=24,26;MFRL=128,123;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.175:15:5,1:3,0:0|1:42721139_G_GTTCTGAGCTT:42721139:4,9,0,2 chr19 42728582 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=132,100;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:3,1:3,1:4,2,2,0 chr19 42731738 . G A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,25;MFRL=135,171;MMQ=40,34;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:42731738_G_A:42731738:0,1,0,1 chr19 42731740 . CT TG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,29;MFRL=135,171;MMQ=40,34;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:42731738_G_A:42731738:0,1,0,1 chr19 42731754 . CA C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,171;MMQ=60,34;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=A;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42731738_G_A:42731738:0,0,0,1 chr19 42738460 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=116,78;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:42738460_C_T:42738460:3,1,1,1 chr19 42738463 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=29,19;MFRL=116,78;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,1:0|1:42738460_C_T:42738460:3,1,1,1 chr19 42752701 . AG CC . . DP=4;ECNT=7;MBQ=25,19;MFRL=130,166;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.435:4:0,0:2,1:0|1:42752701_AG_CC:42752701:0,2,2,0 chr19 42752705 . T C . . DP=4;ECNT=7;MBQ=32,13;MFRL=130,166;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.492:4:0,0:2,0:0|1:42752701_AG_CC:42752701:0,2,2,0 chr19 42752710 . AGG CCC . . 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DP=4;ECNT=3;MBQ=0,31,33;MFRL=0,207,145;MMQ=60,60,60;MPOS=9,17;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.36,10.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,3:0.286,0.571:4:0,0,1:0,1,2:0,0,0,4 chr19 44276376 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,34;MFRL=159,207;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:44276376_T_C:44276376:0,2,0,1 chr19 44276378 . C G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,32;MFRL=159,207;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:44276376_T_C:44276376:0,2,0,1 chr19 44280837 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=8.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr19 44306389 . GCCCCCA G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,188;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=10.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.673:4:0,2:0,1:0,1,3,0 chr19 44306576 . G T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=152,83;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.666:4:1,1:0,2:0,1,2,1 chr19 44341289 . G A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=101,133;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.183:14:5,0:7,2:2,10,0,2 chr19 44351166 . GGGAGAT G . . DP=25;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=90,142;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=32.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,9:0.456:20:1,5:9,4:7,4,4,5 chr19 44352665 . TG CA,CG . . DP=13;ECNT=2;MBQ=24,34,29;MFRL=176,131,121;MMQ=60,60,60;MPOS=30,18;PON;POPAF=7.30,7.30;TLOD=10.96,10.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,4,4:0.419,0.420:9:0,2,2:1,2,2:1,0,4,4 chr19 44352688 . G A . . DP=17;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=133,127;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,5:0.398:13:3,3:5,2:5,3,4,1 chr19 44469577 . T G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,162;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 44501038 . G C . . DP=23;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=99,116;MMQ=60,55;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,2:0.141:19:9,2:7,0:12,5,2,0 chr19 44501206 . C T . . DP=14;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=130,139;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.199:13:5,0:6,2:4,7,1,1 chr19 44501227 . A G . . DP=20;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=7;PON;POPAF=7.30;TLOD=55.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,19:0.953:19:0,9:0,10:0,0,10,9 chr19 44511202 . A T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=45.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.944:16:0,8:0,8:0,0,7,9 chr19 44515463 . T TACAGAAGGCTTCACAC . . DP=15;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=113,157;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:5,0:7,2:8,5,0,2 chr19 44571232 . T TTTGCAAGATGAAAATAGTTCTGGGGA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=61,150;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr19 44585159 . 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DP=13;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=120,50;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.221:13:5,3:5,0:2,8,1,2 chr19 46177439 . G GGTTTT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.686:1:0,1:0,0:0|1:46177439_G_GGTTTT:46177439:0,0,0,1 chr19 46177441 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.679:1:0,1:0,0:0|1:46177439_G_GGTTTT:46177439:0,0,0,1 chr19 46177442 . C CCGG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,94;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.679:1:0,1:0,0:0|1:46177439_G_GGTTTT:46177439:0,0,0,1 chr19 46181194 . G A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=110,35;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:5,2:3,0:0|1:46181194_G_A:46181194:4,4,1,1 chr19 46181196 . C CCTACATTATTTTTGCT . . 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DP=4;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=161,92;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:0,0:2,2:1,1,1,1 chr19 46281745 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=14.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,3:0,2:0,0,5,0 chr19 46288999 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=108,159;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:0,2:4,0:0,4,2,0 chr19 46289709 . G GCAAGGATTTGCTTTTCTTCCA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=0,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr19 46299146 . CCCT C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=136,139;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=CCT;STR;TLOD=7.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.605:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr19 46299418 . CT C . . DP=6;ECNT=5;MBQ=34,20;MFRL=0,63;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=18,17;RU=T;STR;TLOD=4.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.608:3:1,0:0,2:0|1:46299418_CT_C:46299418:1,0,1,1 chr19 46299430 . T A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=21,21;MFRL=81,63;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.497:4:1,0:0,1:0|1:46299418_CT_C:46299418:1,1,1,1 chr19 46299441 . TG CA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=32,20;MFRL=161,63;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.597:3:0,0:1,2:0|1:46299418_CT_C:46299418:0,1,1,1 chr19 46299447 . C T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=33,31;MFRL=165,63;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:46299418_CT_C:46299418:0,2,0,1 chr19 46299449 . T C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=29,32;MFRL=165,63;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:46299418_CT_C:46299418:0,2,0,1 chr19 46313825 . A T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=21.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,3:0,4:0,0,5,2 chr19 46317757 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,84;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:46317757_A_C:46317757:0,0,2,0 chr19 46317761 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=21,12;MFRL=97,0;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,0:1,0:0|1:46317757_A_C:46317757:1,0,1,0 chr19 46321493 . A AATGGGTCTAGGCATCCTCATT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=180,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr19 46326200 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr19 46327160 . ACCCAGGGTGAG A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=22,23;MFRL=165,128;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:46327160_ACCCAGGGTGAG_A:46327160:0,2,0,1 chr19 46327173 . GC TT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=33,26;MFRL=174,128;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:46327160_ACCCAGGGTGAG_A:46327160:0,1,0,1 chr19 46327185 . G C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,35;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 46327209 . CT C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,34;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 46328639 . C CACCATCTTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,218;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 46329387 . C G . . 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A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,23;MFRL=164,121;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:46663795_A_ATTG:46663795:0,1,0,1 chr19 46664400 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=111,144;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.274:9:3,2:4,0:1,6,0,2 chr19 46733743 . G A . . DP=7;ECNT=4;MBQ=31,26;MFRL=64,272;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:2,1:2,1:1,3,0,2 chr19 46733863 . C T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,199;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:46733863_C_T:46733863:0,0,0,1 chr19 46733871 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,26;MFRL=0,199;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:46733863_C_T:46733863:0,0,0,1 chr19 46733873 . C T . . 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DP=13;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=136,99;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=18.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,7:0.733:9:2,3:0,4:0,2,2,5 chr19 48254392 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=12.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,1,3 chr19 48258131 . A ACAGAGGTTTCAGTG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=154,93;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr19 48260079 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=263,167;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,2:0,0:1,0,2,0 chr19 48260302 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,16;MFRL=113,39;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,0:1,0:0|1:48260302_T_C:48260302:0,1,1,1 chr19 48260309 . T C . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=33,29;MFRL=209,132;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:48480174_C_T:48480174:0,1,0,1 chr19 48480178 . CC AA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,26;MFRL=209,132;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:48480174_C_T:48480174:0,1,0,1 chr19 48511823 . A T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=154,182;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:1,0,2,0 chr19 48522894 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=13.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,0:0,4:0,0,4,0 chr19 48523161 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:48523161_G_T:48523161:0,0,0,1 chr19 48523163 . G GGGGTCTCGTAGACAACCCA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:48523161_G_T:48523161:0,0,0,1 chr19 48525507 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,0:0,5:0,0,3,2 chr19 48533727 . G C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=21,29;MFRL=74,166;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=14.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,6:0.407:15:4,2:5,3:4,5,3,3 chr19 48533847 . GA G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=18,35;MFRL=71,131;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=A;STR;TLOD=4.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.403:8:0,2:2,1:1,4,2,1 chr19 48542414 . C A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=119,121;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:2,0,2,0 chr19 48542640 . G GTCCTAGATT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=168,210;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.494:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr19 48544753 . G A . . 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DP=7;ECNT=2;MBQ=32,27;MFRL=185,107;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=14.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:3,2:0,2:1,2,1,3 chr19 48588401 . T TGCCATAC . . DP=7;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=172,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:4,2:1,0:1,4,1,1 chr19 48593591 . G C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=151,120;MMQ=60,40;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=24.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,8:0.752:10:1,1:1,7:0,2,5,3 chr19 48598916 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=8.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr19 48601350 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=13.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr19 48601528 . G T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=15.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,2,3 chr19 48601564 . A AAAATG . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48643469_G_T:48643469:0,0,0,1 chr19 48643471 . TTTAAGGGG T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:48643469_G_T:48643469:0,0,0,1 chr19 48646732 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=13.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,3,2 chr19 48646883 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=24.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,2:0,6:0,0,0,8 chr19 48653139 . CGG C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=29,31;MFRL=231,201;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48653139_CGG_C:48653139:1,0,0,1 chr19 48653142 . TAGCCCCC T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=23,28;MFRL=231,201;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48653139_CGG_C:48653139:1,0,0,1 chr19 48653150 . A T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=28,28;MFRL=231,201;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48653139_CGG_C:48653139:1,0,0,1 chr19 48653154 . C T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=32,28;MFRL=231,201;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48653139_CGG_C:48653139:1,0,0,1 chr19 48653157 . A T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=29,26;MFRL=231,201;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48653139_CGG_C:48653139:1,0,0,1 chr19 48653161 . A T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=29,24;MFRL=231,201;MMQ=60,60;MPOS=-8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:48653139_CGG_C:48653139:1,0,0,1 chr19 48660243 . GAAGGGGCA G . . DP=24;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=101.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,23:0.961:23:0,12:0,11:0,0,3,20 chr19 48660445 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=27.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,3:0,6:0,0,1,8 chr19 48664798 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=15.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.879:6:0,1:0,4:0,0,1,5 chr19 48665628 . G T . . DP=4;ECNT=4;MBQ=32,15;MFRL=139,64;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=7.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,0:2,0:0|1:48665628_G_T:48665628:1,1,1,1 chr19 48665643 . A ATGGCG . . DP=4;ECNT=4;MBQ=27,18;MFRL=139,64;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,0:2,1:0|1:48665628_G_T:48665628:1,1,1,1 chr19 48665645 . A G . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=13.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,3,2 chr19 49447748 . GGA G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=73,84;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=23.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,7:0.732:9:1,6:1,1:0,2,4,3 chr19 49448115 . A C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=98,105;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:2,0:1,2:0,3,1,1 chr19 49458787 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=141,174;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.330:7:2,0:3,2:5,0,2,0 chr19 49464200 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=23,24;MFRL=122,122;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:49464200_A_C:49464200:0,1,1,0 chr19 49464203 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,25;MFRL=122,122;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:49464200_A_C:49464200:0,1,1,0 chr19 49464206 . G C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=30,12;MFRL=122,122;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,0:0|1:49464200_A_C:49464200:0,1,1,0 chr19 49469716 . T TC . . DP=8;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=153,127;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=C;STR;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.298:4:2,1:1,0:0|1:49469716_T_TC:49469716:3,0,0,1 chr19 49469721 . T TCACCTATAGAACACTAGCCAA . . DP=6;ECNT=2;MBQ=22,29;MFRL=153,127;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.314:4:1,1:1,0:0|1:49469716_T_TC:49469716:3,0,0,1 chr19 49481495 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,202;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:49481495_A_T:49481495:0,0,0,1 chr19 49481504 . C T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,202;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:49481495_A_T:49481495:0,0,0,1 chr19 49481512 . G C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,27;MFRL=0,202;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:49481495_A_T:49481495:0,0,0,1 chr19 49485687 . C CACAGTCTTACTAG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 49513305 . CG GA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,33;MFRL=123,103;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.396:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr19 49513349 . C G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 49547358 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=126,127;MMQ=52,39;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:5,0,2,0 chr19 49575490 . C CGCTTGCCTCCAACAGGCATAGCTGGAAAAATAAGCA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:49575490_C_CGCTTGCCTCCAACAGGCATAGCTGGAAAAATAAGCA:49575490:0,0,0,1 chr19 49575495 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:49575490_C_CGCTTGCCTCCAACAGGCATAGCTGGAAAAATAAGCA:49575490:0,0,0,1 chr19 49618681 . CATG C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,33;MFRL=126,175;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,1:0,1:0,2,0,2 chr19 49621523 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=134,91;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.209:12:9,2:1,0:8,2,1,1 chr19 49631729 . A T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=25,25;MFRL=118,146;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=9.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,5:0.300:18:5,0:8,5:4,9,0,5 chr19 49632079 . C A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=126,149;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=16.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.775:7:1,3:0,2:0,1,6,0 chr19 49638094 . A ATTATCCCT . . DP=15;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=100,57;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.196:13:5,2:6,0:0|1:49638094_A_ATTATCCCT:49638094:4,7,1,1 chr19 49638095 . G GGGACC . . DP=14;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=100,57;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.198:13:5,2:6,0:0|1:49638094_A_ATTATCCCT:49638094:4,7,1,1 chr19 49643404 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,33;MFRL=128,139;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=5.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:3,1:1,1:0,4,0,2 chr19 49644792 . CGT C . . DP=33;ECNT=6;MBQ=25,29;MFRL=119,0;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=GT;STR;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,2:0.131:20:12,0:5,2:6,12,1,1 chr19 49644825 . G GTATAAAAACATAATTTGT . . DP=11;ECNT=6;MBQ=32,29;MFRL=124,116;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:6,2:3,0:0,9,0,2 chr19 49644840 . C CGTGT . . DP=6;ECNT=6;MBQ=26,25;MFRL=124,0;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=2,4;RU=GT;STR;TLOD=9.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,3:0,0:0,1,0,3 chr19 49644851 . G A . . DP=2;ECNT=6;MBQ=21,24;MFRL=163,124;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:49644851_G_A:49644851:0,1,0,1 chr19 49644852 . T TTCC . . DP=2;ECNT=6;MBQ=0,27;MFRL=163,124;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:49644851_G_A:49644851:0,1,0,1 chr19 49644853 . G T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=0,26;MFRL=163,124;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:49644851_G_A:49644851:0,1,0,1 chr19 49646006 . A G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.297:8:3,1:3,0:2,4,2,0 chr19 49649498 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=189,158;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=11.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:0,4:1,0:0,1,0,4 chr19 49656769 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=32,22;MFRL=116,206;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.306:11:2,1:6,1:6,2,2,1 chr19 49656857 . TTCC ATCC,T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=20,17,29;MFRL=103,78,253;MMQ=60,60,60;MPOS=10,27;POPAF=7.30,7.30;TLOD=4.58,3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,2,1:0.230,0.389:4:1,0,1:0,1,0:0,1,1,2 chr19 49657889 . T TTCC . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=156,1043;MMQ=60,25;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=8,9;RU=TCC;STR;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.391:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr19 49661582 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=29,30;MFRL=126,164;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=8.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,3:2,0:0,3,0,3 chr19 49671442 . 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DP=16;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=36.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.942:15:0,6:0,6:0,0,6,9 chr19 49894231 . CATGGGTGA C . . DP=15;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=100,134;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.199:13:5,2:4,0:4,7,1,1 chr19 49897924 . G GAGGCAGAGGTT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr19 49899073 . C CATCTTCTTTACTGAAA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=0,342;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr19 49900877 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=28.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,5:0,3:0,0,5,3 chr19 49910268 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,33;MFRL=135,130;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:49910268_A_C:49910268:0,1,0,1 chr19 49910276 . C CT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=35,28;MFRL=135,130;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:49910268_A_C:49910268:0,1,0,1 chr19 49910278 . T G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,32;MFRL=135,130;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:49910268_A_C:49910268:0,1,0,1 chr19 49910491 . TGGCAGC T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=131,73;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GGCAGC;STR;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:3,2:3,0:1,6,1,1 chr19 49912177 . T A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=99,105;MMQ=60,54;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.347:10:2,3:2,0:3,4,3,0 chr19 49912371 . C CTA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=185,143;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:49912371_C_CTA:49912371:2,1,0,1 chr19 49912374 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=185,143;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:49912371_C_CTA:49912371:2,1,0,1 chr19 49913184 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=154,163;MMQ=60,60;MPOS=-1073741821;POPAF=7.30;TLOD=4.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,0:2,2:1,2,0,2 chr19 49925667 . T G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=36.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.932:12:0,4:0,8:0,0,9,3 chr19 49934118 . A AAAGGAAAAAAAGAAAGAT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=120,89;MMQ=54,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:0,4,0,1 chr19 49934171 . GAAA G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=4,1;RU=A;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr19 49934318 . G T . . 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G GGAAATATGTTT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,30;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.493:2:1,1:0,0:0|1:50728998_G_GA:50728998:0,1,0,1 chr19 50729001 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,25;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:50728998_G_GA:50728998:0,1,0,1 chr19 50735340 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr19 50735378 . T A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,23;MFRL=131,115;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:50735378_T_A:50735378:0,1,0,1 chr19 50735382 . GA CT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:50735378_T_A:50735378:0,0,0,1 chr19 50747621 . GACCT G . . 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G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:1,2,1,1 chr19 51171712 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=124,0;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,1:2,0:4,0,0,1 chr19 51171723 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,29;MFRL=157,91;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,2:2,0:2,1,2,0 chr19 51192728 . C T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,204;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=7.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0|1:51192728_C_T:51192728:0,0,0,2 chr19 51192745 . CA C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=31,29;MFRL=209,199;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:51192728_C_T:51192728:0,1,0,1 chr19 51192748 . T A . . 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TTTG T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:51294207_G_T:51294207:0,0,0,1 chr19 51294214 . A C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:51294207_G_T:51294207:0,0,0,1 chr19 51297944 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=13.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.857:4:0,2:0,2:0,0,2,2 chr19 51301623 . G GCCAGT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,29;MFRL=164,102;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.497:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr19 51323221 . G A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=113,102;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=12.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,6:0.412:15:6,3:3,3:5,4,1,5 chr19 51323760 . G GAGAATCGCTTGAACTC . . 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C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=122,84;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.198:18:10,0:5,3:11,4,2,1 chr19 54704997 . G T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,24;MFRL=165,119;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,1:1,2:3,0,3,0 chr19 54705317 . C G . . DP=13;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=141,134;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=10.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.356:12:5,0:3,4:7,1,3,1 chr19 54705340 . C G . . DP=19;ECNT=2;MBQ=32,26;MFRL=138,114;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=13.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,6:0.367:17:8,1:3,5:9,2,3,3 chr19 54711258 . T G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=39.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.923:11:0,2:0,9:0,0,7,4 chr19 54711534 . T A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:54711534_T_A:54711534:0,0,0,1 chr19 54711535 . C CACCAGCA . . 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DP=18;ECNT=1;MBQ=25,23;MFRL=57,109;MMQ=60,59;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=17.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,8:0.478:17:4,5:4,3:7,2,3,5 chr19 55363542 . GG AA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,24;MFRL=139,146;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.334:4:3,1:0,0:1,2,0,1 chr19 55365302 . C T . . DP=15;ECNT=3;MBQ=23,20;MFRL=89,57;MMQ=60,53;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:8,0:4,2:5,7,1,1 chr19 55365321 . G GTAATA . . DP=18;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=89,57;MMQ=60,53;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.163:16:8,0:4,2:0|1:55365321_G_GTAATA:55365321:8,6,1,1 chr19 55365322 . G GAGAGAGAGA . . DP=19;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=89,57;MMQ=60,53;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.162:16:8,0:6,2:0|1:55365321_G_GTAATA:55365321:8,6,1,1 chr19 55365482 . C T . . 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A T . . DP=2;ECNT=8;MBQ=0,28;MFRL=190,136;MMQ=27,24;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:55370631_G_GT:55370631:0,1,0,1 chr19 55370636 . AG A . . DP=2;ECNT=8;MBQ=0,26;MFRL=190,136;MMQ=27,24;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:55370631_G_GT:55370631:0,1,0,1 chr19 55370638 . C T . . DP=2;ECNT=8;MBQ=28,30;MFRL=190,136;MMQ=27,24;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:55370631_G_GT:55370631:0,1,0,1 chr19 55370646 . G T . . DP=2;ECNT=8;MBQ=30,27;MFRL=190,136;MMQ=27,24;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:55370631_G_GT:55370631:0,1,0,1 chr19 55370650 . GTGTTGGCT G . . DP=2;ECNT=8;MBQ=30,33;MFRL=190,136;MMQ=27,24;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:55370631_G_GT:55370631:0,1,0,1 chr19 55386890 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr19 55396613 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr19 55399311 . G T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=13.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr19 55399659 . C T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=114,112;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.373:6:2,0:2,2:0|1:55399659_C_T:55399659:2,2,1,1 chr19 55399669 . C T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=110,112;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,0:3,2:0|1:55399659_C_T:55399659:2,3,1,1 chr19 55418176 . G A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,91;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr19 55438940 . AAAAC A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=112,133;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=20.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,6:0.538:11:0,4:5,2:4,1,5,1 chr19 55439197 . A C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=27,26;MFRL=116,75;MMQ=60,52;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,2:2,0:0,3,0,2 chr19 55439223 . G C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=30,27;MFRL=116,113;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:55439223_G_C:55439223:0,3,0,1 chr19 55439226 . A C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=24,34;MFRL=116,113;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:0,1:0|1:55439223_G_C:55439223:0,3,0,1 chr19 55439228 . G GCAAATATGCTGCTTGTTTTTTT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,33;MFRL=133,113;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:55439223_G_C:55439223:0,2,0,1 chr19 55447591 . C T . . 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G A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=0,20;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=7.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.830:4:0,2:0,1:0,0,2,2 chr19 55453154 . C CTG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,86;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:55453154_C_CTG:55453154:0,0,0,1 chr19 55453155 . C CTGGGGAAGGTCTT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,86;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:55453154_C_CTG:55453154:0,0,0,1 chr19 55453158 . C G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,86;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:55453154_C_CTG:55453154:0,0,0,1 chr19 55493768 . C CA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=20,32;MFRL=99,132;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:55493768_C_CA:55493768:2,1,0,1 chr19 55493770 . T TTAAAAACGCAAGCAGGCAACA . . 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DP=4;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=71,142;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr19 56000429 . GC G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,88;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=C;STR;TLOD=6.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.852:4:0,3:0,0:0,0,0,4 chr19 56001802 . C CCCAAGCAA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=30,32;MFRL=154,127;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,1:0,1:0,1,0,3 chr19 56001857 . GCC G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=3,1;RU=C;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:56001857_GCC_G:56001857:0,0,0,1 chr19 56001861 . TCTCCTTAGCC T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:56001857_GCC_G:56001857:0,0,0,1 chr19 56009215 . G A . . 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G C . . DP=9;ECNT=4;MBQ=32,20;MFRL=134,60;MMQ=60,60;MPOS=24;PON;POPAF=7.30;TLOD=14.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.636:9:0,2:3,4:1,2,2,4 chr19 56499308 . G A . . DP=6;ECNT=4;MBQ=34,20;MFRL=90,60;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.427:5:0,2:3,0:0|1:56499308_G_A:56499308:0,3,1,1 chr19 56499310 . T G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,20;MFRL=90,60;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.428:5:0,2:2,0:0|1:56499308_G_A:56499308:0,3,1,1 chr19 56499359 . T TTAAGAGCTTTGGAACTAACTCCTATGG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=29,28;MFRL=134,186;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr19 56520091 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=27,27;MFRL=128,130;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.371:6:1,1:3,1:2,2,2,0 chr19 56520150 . C G . . DP=12;ECNT=2;MBQ=20,30;MFRL=114,112;MMQ=60,60;MPOS=6;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.429:12:1,3:6,2:4,3,3,2 chr19 56530664 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=97,152;MMQ=60,40;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=13.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.501:10:2,2:3,3:3,2,2,3 chr19 56539865 . GT TC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,30;MFRL=174,111;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:56539865_GT_TC:56539865:1,0,0,1 chr19 56539876 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:56539865_GT_TC:56539865:0,0,0,1 chr19 56543893 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr19 56564916 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr19 56565127 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=41,112;MMQ=60,60;MPOS=7;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.666:7:0,3:2,2:0,2,3,2 chr19 56569662 . C CTTTTT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=164,208;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:1,3,0,1 chr19 56599405 . C G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr19 56658552 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=131,102;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:56658552_C_T:56658552:0,1,0,1 chr19 56658556 . G GATGAA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=131,102;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:56658552_C_T:56658552:0,1,0,1 chr19 56692016 . G GAGCATT . . DP=4;ECNT=8;MBQ=30,32;MFRL=125,117;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:56692016_G_GAGCATT:56692016:0,3,0,1 chr19 56692018 . G GAGACCCTGGT . . DP=4;ECNT=8;MBQ=30,29;MFRL=125,117;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:56692016_G_GAGCATT:56692016:0,3,0,1 chr19 56692021 . C CTGGGACTCCATGTGTGAGGCTG . . DP=4;ECNT=8;MBQ=31,32;MFRL=125,117;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:56692016_G_GAGCATT:56692016:0,3,0,1 chr19 56692043 . G GAT . . DP=2;ECNT=8;MBQ=30,34;MFRL=125,130;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:56692043_G_GAT:56692043:0,1,0,1 chr19 56692045 . C CCCGTGG . . DP=2;ECNT=8;MBQ=30,33;MFRL=125,130;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:56692043_G_GAT:56692043:0,1,0,1 chr19 56692048 . C CT . . DP=2;ECNT=8;MBQ=25,33;MFRL=125,130;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:56692043_G_GAT:56692043:0,1,0,1 chr19 56692049 . C CAAGGT . . DP=2;ECNT=8;MBQ=21,33;MFRL=125,130;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:56692043_G_GAT:56692043:0,1,0,1 chr19 56692055 . G T . . DP=1;ECNT=8;MBQ=0,30;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:56692043_G_GAT:56692043:0,0,0,1 chr19 56693508 . C T . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=31,34;MFRL=150,107;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,1,0 chr20 948012 . ACT A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,24;MFRL=126,138;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:948012_ACT_A:948012:0,1,0,1 chr20 948017 . GT G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=126,138;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:948012_ACT_A:948012:0,1,0,1 chr20 1107984 . T G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=24,32;MFRL=120,147;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:1107984_T_G:1107984:1,1,1,0 chr20 1107988 . A G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=20,33;MFRL=120,147;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:1107984_T_G:1107984:1,1,1,0 chr20 1107990 . A G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=20,17;MFRL=120,147;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,0:0|1:1107984_T_G:1107984:1,1,1,0 chr20 1107994 . T G . . DP=4;ECNT=4;MBQ=20,19;MFRL=120,147;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,0:0|1:1107984_T_G:1107984:2,1,1,0 chr20 1164479 . C CCCCAGCTGAA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=410,61;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:2,0,1,1 chr20 1187752 . C G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=66,82;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=14.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,5:0.463:11:4,2:2,3:3,3,0,5 chr20 1221171 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=8.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr20 1223167 . G A . . 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G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr20 3655479 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,34;MFRL=105,133;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:0,1:2,0:0|1:3655479_T_C:3655479:1,2,1,0 chr20 3655481 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=105,133;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:3655479_T_C:3655479:1,2,1,0 chr20 3657803 . AT GA . . DP=6;ECNT=3;MBQ=0,21;MFRL=0,71;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=24.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,3:0,0,1,5 chr20 3657841 . C CTG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,31;MFRL=107,157;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TG;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:3657841_C_CTG:3657841:0,2,0,1 chr20 3657844 . C CGA . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=165,128;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:4842769_A_AC:4842769:0,1,0,1 chr20 4843609 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=11.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,1,3 chr20 4864570 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,1988;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr20 4893668 . A AGTAACTCCC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:4893668_A_AGTAACTCCC:4893668:0,0,0,1 chr20 4893671 . T G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:4893668_A_AGTAACTCCC:4893668:0,0,0,1 chr20 5099613 . GT G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr20 5165482 . C T . . DP=31;ECNT=1;MBQ=33,20;MFRL=129,74;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,3:0.135:27:13,0:11,3:16,8,1,2 chr20 5169877 . A G . . DP=9;ECNT=6;MBQ=25,30;MFRL=145,118;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=15.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.617:8:0,3:2,2:0,3,0,5 chr20 5169893 . C A . . DP=5;ECNT=6;MBQ=31,26;MFRL=137,145;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:5169893_C_A:5169893:0,4,0,1 chr20 5169895 . C T . . DP=5;ECNT=6;MBQ=31,29;MFRL=132,155;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:5169895_C_T:5169895:0,4,0,1 chr20 5169896 . CT C . . DP=5;ECNT=6;MBQ=31,32;MFRL=132,155;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0|1:5169895_C_T:5169895:0,4,0,1 chr20 5169897 . T TCCCTGCTCTGC . . DP=5;ECNT=6;MBQ=28,30;MFRL=118,145;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:2,0:0,1:0|1:5169893_C_A:5169893:0,3,0,1 chr20 5169902 . TGCCCC T,GGCCCC . . DP=5;ECNT=6;MBQ=28,31,32;MFRL=101,155,145;MMQ=60,60,60;MPOS=3,2;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.21,3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:3,1,1:0.250,0.288:5:2,0,0:0,1,1:0,3,0,2 chr20 5282964 . C CTT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=108,66;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.428:5:2,2:1,0:0|1:5282964_C_CTT:5282964:0,3,1,1 chr20 5282965 . G GAAT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=108,66;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.428:5:2,2:1,0:0|1:5282964_C_CTT:5282964:0,3,1,1 chr20 5282967 . A AAGTTG . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=21.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0|1:5948706_A_G:5948706:0,0,0,5 chr20 5953897 . T TGGACCA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=123,143;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr20 6011882 . G T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=11.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,4,0 chr20 6012768 . T A . . DP=21;ECNT=2;MBQ=28,21;MFRL=138,148;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=13.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,7:0.360:21:7,0:6,7:0|1:6012768_T_A:6012768:3,11,0,7 chr20 6012773 . A ACTAAACTCAAAATTCCCTTATTCACTATT . . DP=21;ECNT=2;MBQ=24,36;MFRL=142,148;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=13.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,7:0.360:21:6,0:5,7:0|1:6012768_T_A:6012768:3,11,0,7 chr20 6064635 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=100,135;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.574:5:2,1:0,2:1,1,2,1 chr20 6064832 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,32;MFRL=127,141;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.499:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr20 6064839 . T C,TCTC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,32,25;MFRL=0,127,141;MMQ=60,60,60;MPOS=21,2;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.31,3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,1:0.400,0.400:2:0,1,0:0,0,1:0,0,0,2 chr20 6065729 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=32,26;MFRL=126,127;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=20.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,5:0.669:7:1,2:1,3:0|1:6065729_C_T:6065729:2,0,4,1 chr20 6065731 . T C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=26,33;MFRL=126,127;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=20.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,5:0.669:7:1,2:1,3:0|1:6065729_C_T:6065729:2,0,4,1 chr20 6069562 . C T . . 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A C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=13.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr20 6759791 . A AT . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,27;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6759791_A_AT:6759791:0,0,0,1 chr20 6759792 . A AT . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,27;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6759791_A_AT:6759791:0,0,0,1 chr20 6759794 . A C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,34;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6759791_A_AT:6759791:0,0,0,1 chr20 6759797 . A ATGG . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,26;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:6759791_A_AT:6759791:0,0,0,1 chr20 6759799 . A C . . 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DP=10;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=98,102;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.270:9:6,0:1,2:5,2,1,1 chr20 8639187 . G A . . DP=10;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=106,75;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.332:10:3,3:4,0:4,3,2,1 chr20 8639443 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr20 8698559 . T C . . DP=3;ECNT=6;MBQ=29,27;MFRL=148,98;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:8698559_T_C:8698559:0,2,0,1 chr20 8698560 . GT G . . DP=3;ECNT=6;MBQ=31,32;MFRL=148,98;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:8698559_T_C:8698559:0,2,0,1 chr20 8698562 . GC G . . DP=3;ECNT=6;MBQ=30,31;MFRL=148,98;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:8698559_T_C:8698559:0,2,0,1 chr20 8698565 . T C . . DP=4;ECNT=6;MBQ=30,26;MFRL=98,148;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:1,2:0.604:3:0,2:1,0:1|0:8698559_T_C:8698559:0,1,0,2 chr20 8698566 . G GCA . . DP=4;ECNT=6;MBQ=30,32;MFRL=173,98;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:8698559_T_C:8698559:0,3,0,1 chr20 8698575 . TG CA . . DP=4;ECNT=6;MBQ=28,28;MFRL=173,98;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:0|1:8698559_T_C:8698559:0,3,0,1 chr20 8703145 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr20 8713842 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr20 8737641 . A AAGAAAAGAAAAGAGAGAAGAGAAGAAGAGAAG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,21;MFRL=189,99;MMQ=60,40;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,0:0,1:3,0,1,0 chr20 8755243 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=26.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,5:0,4:0,0,5,4 chr20 8769423 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=13.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr20 8770108 . A C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=32.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,4:0,5:0,0,9,0 chr20 8770130 . A G . . DP=15;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=51.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.941:15:0,8:0,7:0,0,14,1 chr20 8770318 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=17.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,0,5 chr20 8770932 . A C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=27.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.915:9:0,1:0,8:0,0,2,7 chr20 8773295 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=39.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,14:0.937:14:0,6:0,7:0,0,6,8 chr20 9400495 . C T . . DP=12;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=110,67;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:7,0:3,2:0|1:9400495_C_T:9400495:7,3,1,1 chr20 9400500 . G GAGTTTATTCAGT . . DP=12;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=110,67;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:7,0:3,2:0|1:9400495_C_T:9400495:7,3,1,1 chr20 9404516 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=100,115;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:4,0:2,2:2,4,0,2 chr20 9438172 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=23,20;MFRL=54,96;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:2,1:0,2:0,2,1,2 chr20 9453567 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.799:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr20 9453901 . ATT A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,22;MFRL=137,142;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=20,18;RU=T;STR;TLOD=5.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.423:5:3,0:0,1:3,0,1,1 chr20 9454044 . G A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:9454044_G_A:9454044:0,0,0,1 chr20 9454049 . C CAAGGGT . . 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DP=23;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=155,112;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=TCATCT;STR;TLOD=5.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.173:15:5,2:7,0:7,6,1,1 chr20 13765944 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=7.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr20 13782409 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr20 13830102 . C T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=26,29;MFRL=109,154;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=7.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.445:7:2,2:2,1:3,1,3,0 chr20 13830137 . A C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=148,154;MMQ=60,60;MPOS=7;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:1,3:0,2:1,0,3,2 chr20 13830336 . CCA C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,34;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.501:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr20 13830750 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,225;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr20 13830777 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=35,20;MFRL=225,64;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,0:0,2:1,0,1,1 chr20 13845726 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=151,165;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=13.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:1,3:1,1:2,0,4,0 chr20 13845987 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=29.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.928:12:0,11:0,1:0,0,8,4 chr20 13858322 . T TTGGTTGGAATAGTGCCTTGAA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr20 13868665 . A T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:13868665_A_T:13868665:0,0,0,1 chr20 13868667 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:13868665_A_T:13868665:0,0,0,1 chr20 13868669 . A ATCAGAGAATACTAT . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:13868665_A_T:13868665:0,0,0,1 chr20 13868673 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:13868665_A_T:13868665:0,0,0,1 chr20 13869206 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=169,99;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.332:10:3,0:4,3:3,4,2,1 chr20 14308170 . T TGCTACTTGAAGGAACAGC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=223,58;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr20 15480308 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=8.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr20 15967327 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=102,153;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=13.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:2,5:2,0:4,0,5,0 chr20 16254137 . ACC GTT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,29;MFRL=192,144;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr20 16407771 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=111,160;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.175:15:2,2:11,0:5,8,1,1 chr20 16407910 . A ACATTTGT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=139,194;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,0,1 chr20 16410472 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=23,31;MFRL=114,144;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:1,0:0,1:0|1:16410472_A_G:16410472:2,1,1,0 chr20 16410474 . C A . . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=34,31;MFRL=146,137;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:0,1,0,2 chr20 25398892 . A ATG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,22;MFRL=146,167;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr20 25398915 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,32;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:25398915_T_C:25398915:0,0,0,1 chr20 25398923 . TGTTTAATGTC T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:25398915_T_C:25398915:0,0,0,1 chr20 25426693 . CA C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,34;MFRL=105,137;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr20 25436283 . C G . . 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A C . . DP=61;ECNT=15;MBQ=24,31;MFRL=128,142;MMQ=48,33;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=16.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:47,10:0.181:57:22,5:20,4:9,38,1,9 chr20 29634002 . C A . . DP=55;ECNT=15;MBQ=32,24;MFRL=138,146;MMQ=48,41;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=12.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:45,8:0.162:53:23,4:22,4:6,39,1,7 chr20 29634037 . G A . . DP=45;ECNT=15;MBQ=30,24;MFRL=151,141;MMQ=51,42;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=41.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:25,16:0.395:41:15,8:9,8:0|1:29634037_G_A:29634037:4,21,1,15 chr20 29634043 . C G . . DP=35;ECNT=15;MBQ=31,31;MFRL=153,179;MMQ=50,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:31,3:0.110:34:20,2:9,1:4,27,0,3 chr20 29634049 . G C . . DP=27;ECNT=15;MBQ=30,31;MFRL=156,169;MMQ=51,39;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=18.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,6:0.241:27:11,3:8,2:0|1:29634037_G_A:29634037:3,18,0,6 chr20 29896318 . T A . . 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T TATTTTAAG . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,27;MFRL=0,130;MMQ=60,48;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:30662601_CA_C:30662601:0,0,0,1 chr20 30662610 . C CAGGGTTT . . DP=1;ECNT=7;MBQ=0,31;MFRL=0,130;MMQ=60,48;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:30662601_CA_C:30662601:0,0,0,1 chr20 30723999 . T TTTGCGCATGGTGCAACA . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=123,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.369:6:3,2:1,0:1,3,1,1 chr20 30729217 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=190,153;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:1,0,2,0 chr20 30753270 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=25,33;MFRL=126,141;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.374:6:2,1:2,1:1,3,0,2 chr20 30897966 . A AATCCCCTGTTCCT . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr20 31494789 . T TGG . . DP=6;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=117,65;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:31494789_T_TGG:31494789:0,4,1,1 chr20 31494790 . C CACAGGGGAGTTGTGCAATG . . DP=6;ECNT=2;MBQ=34,20;MFRL=117,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:0|1:31494789_T_TGG:31494789:0,4,1,1 chr20 31505292 . C T . . DP=6;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=22.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,6:0.875:6:0,0:0,6:0|1:31505292_C_T:31505292:0,0,2,4 chr20 31505296 . CT C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=35,20;MFRL=153,50;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:0,0:4,2:0|1:31505292_C_T:31505292:1,3,1,1 chr20 31505298 . T C . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=189,125;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr20 33442798 . C CCATGATTTGAAAAGG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,189;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr20 33501030 . TTG T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,16;MFRL=112,121;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,0:0|1:33501030_TTG_T:33501030:0,4,0,1 chr20 33501035 . G C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,26;MFRL=112,121;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:3,0:0|1:33501030_TTG_T:33501030:0,4,0,1 chr20 33509275 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=135,81;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=13.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,7:0.499:14:2,5:4,2:5,2,4,3 chr20 33509523 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=128,141;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=9.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:2,1:2,3:2,2,3,1 chr20 33530469 . G GT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,28;MFRL=142,110;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:33530469_G_GT:33530469:0,3,0,1 chr20 33530472 . T A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,21;MFRL=142,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:33530469_G_GT:33530469:0,3,0,1 chr20 33533736 . A C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=104,122;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.396:8:4,0:1,3:4,1,2,1 chr20 33539703 . CTGAAG C . . DP=4;ECNT=7;MBQ=33,33;MFRL=181,131;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:33539703_CTGAAG_C:33539703:0,3,0,1 chr20 33539710 . C T . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=33,30;MFRL=213,170;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr20 34214297 . G A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=26,28;MFRL=96,60;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:3,0:1,2:1,3,1,1 chr20 34214368 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr20 34214723 . T C . . DP=8;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=150,109;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=8.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.444:7:0,1:4,2:0,4,2,1 chr20 34214791 . C CCCTGTCCGATTTTCTATTCTCTTCTTT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr20 34218673 . G C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=34,28;MFRL=126,139;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=10.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.500:8:4,2:0,2:3,1,1,3 chr20 34219346 . C CACCTTCTCTCCTT . . 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A C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=135,142;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=19.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,5:0.750:6:1,0:0,5:0|1:34219987_A_C:34219987:1,0,0,5 chr20 34219990 . A C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,33;MFRL=135,148;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=16.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,4:0.714:5:1,0:0,4:0|1:34219987_A_C:34219987:1,0,0,4 chr20 34219994 . T C . . DP=6;ECNT=4;MBQ=24,32;MFRL=135,148;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=16.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,4:0.718:5:1,0:0,4:0|1:34219987_A_C:34219987:1,0,0,4 chr20 34220060 . T C . . DP=15;ECNT=4;MBQ=24,24;MFRL=120,42;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=7.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,4:0.294:15:8,2:3,2:4,7,2,2 chr20 34220247 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=95,128;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:4,0:6,2:5,5,1,1 chr20 34220606 . C T . . DP=17;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=108,64;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:7,0:8,2:0|1:34220606_C_T:34220606:10,5,1,1 chr20 34220623 . G GTCCA . . DP=18;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=120,64;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:8,0:7,2:0|1:34220606_C_T:34220606:9,7,1,1 chr20 34220625 . G C . . DP=18;ECNT=3;MBQ=31,32;MFRL=112,64;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:8,0:6,1:0|1:34220606_C_T:34220606:9,7,1,1 chr20 34240933 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=140,153;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=10.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.416:10:1,0:5,4:1,5,0,4 chr20 34241828 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=127,65;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.177:15:4,2:9,0:5,8,1,1 chr20 34243137 . T C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=138,155;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=5.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.235:15:10,0:1,3:2,10,0,3 chr20 34262182 . GC G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,210;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=C;STR;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr20 34268562 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr20 34286345 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=142,140;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.227:11:4,0:5,2:9,0,1,1 chr20 34297311 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,142;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr20 34304616 . TA T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=26,24;MFRL=150,121;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=A;STR;TLOD=4.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.307:11:4,1:4,2:6,2,3,0 chr20 34304783 . C A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=190,155;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=15.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,7:0.444:16:4,4:5,3:1,8,1,6 chr20 34312658 . A G . . DP=16;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=132,122;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=17.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,7:0.445:16:3,3:5,4:2,7,1,6 chr20 34322287 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:34322287_T_C:34322287:0,0,0,1 chr20 34322293 . G GCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:34322287_T_C:34322287:0,0,0,1 chr20 34324624 . G A . . DP=9;ECNT=3;MBQ=31,25;MFRL=147,141;MMQ=60,50;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:5,1:2,1:0|1:34324624_G_A:34324624:0,7,0,2 chr20 34324626 . A C . . 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C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,20;MFRL=0,91;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr20 35438372 . G T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=144,74;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.248:10:5,0:2,2:0|1:35438372_G_T:35438372:7,1,1,1 chr20 35438381 . G A . . DP=13;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=144,74;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.213:12:8,0:2,2:0|1:35438372_G_T:35438372:9,1,1,1 chr20 35445693 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=26,20;MFRL=0,156;MMQ=60,40;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:35445693_G_A:35445693:2,1,1,0 chr20 35445702 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,16;MFRL=0,156;MMQ=60,40;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,0:0,0:2,1,1,0 chr20 35445711 . C A . . 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DP=3;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=113,100;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0|1:43561799_C_T:43561799:1,0,1,1 chr20 43567442 . T C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=131,86;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.395:8:3,2:2,1:0,5,1,2 chr20 43572318 . C CAGCTGTGTGATGA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=172,129;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr20 43581336 . C CAT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=29,30;MFRL=86,149;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.335:4:0,1:3,0:0|1:43581336_C_CAT:43581336:1,2,0,1 chr20 43581338 . A C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=26,22;MFRL=86,149;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.335:4:0,1:3,0:0|1:43581336_C_CAT:43581336:1,2,0,1 chr20 43595276 . G A . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=12.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,1:0,3:0,0,1,3 chr20 44180813 . G A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=18.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,2,4 chr20 44180868 . A G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr20 44181723 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=10.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr20 44181933 . G GAA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=33,32;MFRL=146,114;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:44181933_G_GAA:44181933:0,2,0,1 chr20 44181935 . G GAAAAGGAAAGAATCAGATC . . 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DP=5;ECNT=4;MBQ=30,24;MFRL=131,116;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:4,0:0,1:0|1:44313593_T_A:44313593:1,3,0,1 chr20 44313696 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=18,32;MFRL=135,230;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.501:2:0,0:0,1:0,1,0,1 chr20 44314609 . A G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=165,119;MMQ=59,45;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=26.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,8:0.752:10:0,5:2,3:0,2,4,4 chr20 44333052 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=146,113;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,1:0,1:1,1,2,0 chr20 44333326 . CT C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,179;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=14,13;RU=T;STR;TLOD=4.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.797:3:0,0:0,3:0,0,0,3 chr20 44334394 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,224;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr20 44334588 . C G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=140,120;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=9.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.417:10:4,1:2,3:2,4,0,4 chr20 44354372 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=8.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr20 44354387 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=10.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,0,3 chr20 44402970 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=138,123;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=20.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,9:0.711:12:2,3:1,5:3,0,9,0 chr20 44417643 . A G . . DP=15;ECNT=3;MBQ=24,20;MFRL=108,60;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,7:0.500:14:6,3:1,4:4,3,3,4 chr20 44417660 . T TAGCACTTACTTCCCCA . . DP=17;ECNT=3;MBQ=20,20;MFRL=65,46;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.165:16:9,2:5,0:7,7,1,1 chr20 44417675 . G C . . DP=15;ECNT=3;MBQ=20,28;MFRL=65,115;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=21.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.601:13:5,4:0,4:3,2,4,4 chr20 44418471 . G C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,32;MFRL=100,96;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:0,1:3,1:2,1,2,0 chr20 44419605 . T TTCTTTCTTTCTTTC . . DP=9;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=176,169;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=6.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,3:0.326:9:3,3:3,0:0|1:44419605_T_TTCTTTCTTTCTTTC:44419605:0,6,0,3 chr20 44419607 . A T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=27,26;MFRL=176,169;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,3:0.326:9:3,1:3,0:0|1:44419605_T_TTCTTTCTTTCTTTC:44419605:0,6,0,3 chr20 44420682 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,91;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=4.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chr20 44422705 . G T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=12.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,3,1 chr20 44424104 . G GAACATCTAAGAGGAA . . DP=6;ECNT=2;MBQ=34,31;MFRL=150,110;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,1:0.311:6:2,1:3,0:0|1:44424104_G_GAACATCTAAGAGGAA:44424104:2,3,0,1 chr20 44424107 . G GCCCAGGACAGCTGTC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=144,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.322:5:0,1:3,0:0|1:44424104_G_GAACATCTAAGAGGAA:44424104:1,3,0,1 chr20 44425026 . CA C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=149,182;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;RPA=13,12;RU=A;STR;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.431:7:1,2:2,1:3,1,3,0 chr20 44429633 . CA C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=152,128;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=A;STR;TLOD=5.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:0,1:1,2:1,0,3,0 chr20 44437856 . GA G . . 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G A . . DP=2;ECNT=7;MBQ=30,26;MFRL=143,104;MMQ=60,26;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:47874237_C_T:47874237:0,1,0,1 chr20 47874265 . A G . . DP=2;ECNT=7;MBQ=25,28;MFRL=143,104;MMQ=60,26;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:47874237_C_T:47874237:0,1,0,1 chr20 47874270 . G A . . DP=2;ECNT=7;MBQ=30,26;MFRL=143,104;MMQ=60,26;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:47874237_C_T:47874237:0,1,0,1 chr20 47882893 . T A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=11.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,1,3 chr20 47892270 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=33.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,3:0,6:0,0,7,2 chr20 47989757 . C G . . 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DP=7;ECNT=5;MBQ=32,26;MFRL=154,27;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:0|1:49211123_C_T:49211123:1,4,2,0 chr20 49211136 . GGTTTTCTTGAGCTGGTT G . . DP=6;ECNT=5;MBQ=30,26;MFRL=140,27;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0|1:49211123_C_T:49211123:0,4,2,0 chr20 49211155 . AGCAGCG A . . DP=3;ECNT=5;MBQ=27,24;MFRL=154,27;MMQ=60,60;MPOS=-9;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0|1:49211123_C_T:49211123:0,1,2,0 chr20 49211162 . TC T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=29,22;MFRL=154,27;MMQ=60,60;MPOS=-16;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0|1:49211123_C_T:49211123:0,1,2,0 chr20 49212002 . A AGGTCTGTCACCCCTTCATGC . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,26;MFRL=117,87;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:1,2,0,1 chr20 49227798 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,32;MFRL=124,123;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:2,2,0,1 chr20 49227873 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,10;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0,0,0,1 chr20 49232689 . C CCCCT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,87;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:49232689_C_CCCCT:49232689:0,0,0,1 chr20 49232690 . A AACAAGATGCACAAAC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,17;MFRL=0,87;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:49232689_C_CCCCT:49232689:0,0,0,1 chr20 49236478 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=25.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.909:9:0,3:0,6:0,0,6,3 chr20 49354351 . CT C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=95,101;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=16,15;RU=T;STR;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.342:10:1,2:4,1:4,3,3,0 chr20 49551780 . T TA . . DP=14;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=166,117;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=12,13;RU=A;STR;TLOD=13.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,7:0.851:8:0,4:1,3:0,1,3,4 chr20 49575334 . A C . . DP=24;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=72.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,21:0.959:21:0,10:0,11:0,0,19,2 chr20 49577282 . ATT A . . DP=6;ECNT=4;MBQ=20,20;MFRL=145,166;MMQ=50,50;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=16,14;RU=T;STR;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.502:4:1,0:0,1:0,2,0,2 chr20 49577335 . T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,161;MMQ=60,40;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:49577335_T_C:49577335:0,0,0,2 chr20 49577337 . G A . . 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DP=19;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=140,99;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.199:18:8,0:7,3:9,6,1,2 chr20 50140429 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=179,110;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.439:5:2,1:0,1:2,1,2,0 chr20 50235170 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr20 50244098 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,77;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=12.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,2,3 chr20 50256107 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=14.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr20 50286484 . T TA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=176,120;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=11,12;RU=A;STR;TLOD=6.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,1:0,2:1,0,2,1 chr20 50287790 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,3,3 chr20 50290654 . T C . . DP=17;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=96,134;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=37.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,13:0.826:15:2,3:0,9:1,1,9,4 chr20 50310483 . A ATC . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=21.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,1:0,4:0,0,5,0 chr20 50314052 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=87,139;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=14.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:0,3:1,2:0,1,0,5 chr20 50329416 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,71;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr20 50342285 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=10.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr20 50342555 . C T . . 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DP=21;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=127,74;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,3:0.173:21:9,3:9,0:8,10,2,1 chr20 57564489 . G A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=28,28;MFRL=227,126;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,1:0,1:2,0,2,0 chr20 57564603 . C G . . DP=18;ECNT=3;MBQ=29,31;MFRL=89,0;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.157:17:9,2:6,0:5,10,1,1 chr20 57564631 . C T . . DP=16;ECNT=3;MBQ=30,28;MFRL=99,150;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.167:16:10,0:4,2:6,8,0,2 chr20 57565943 . G C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,34;MFRL=149,228;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.372:6:2,1:2,1:3,1,1,1 chr20 57576536 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=116,48;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:7,1:2,1:4,5,1,1 chr20 57611828 . GA G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=17,18;MFRL=131,106;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=A;STR;TLOD=4.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.305:11:0,0:0,0:0,8,0,3 chr20 57612390 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=170,167;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr20 57767522 . T TTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=123,159;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr20 57768063 . G T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=140,107;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=7.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.343:12:6,0:2,3:0,8,0,4 chr20 57829821 . C CTT . . DP=22;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=T;STR;TLOD=62.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,19:0.955:19:0,7:0,12:0,0,6,13 chr20 58318250 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=133,0;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.246:10:4,0:4,2:4,4,2,0 chr20 58342508 . T C . . 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G C . . DP=8;ECNT=6;MBQ=31,20;MFRL=99,39;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,0:2,2:0|1:60988562_A_C:60988562:1,5,1,1 chr20 60988576 . G A . . DP=8;ECNT=6;MBQ=31,20;MFRL=99,39;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,0:3,2:0|1:60988562_A_C:60988562:1,5,1,1 chr20 60988578 . C CT . . DP=8;ECNT=6;MBQ=29,20;MFRL=99,39;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,0:3,2:0|1:60988562_A_C:60988562:1,5,1,1 chr20 60990075 . T G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr20 60990170 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr20 60990606 . A C . . 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G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=13.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,2:0,3:0,0,1,4 chr20 61441797 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=100,179;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=7.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,3:2,0:3,0,3,0 chr20 61443547 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=115,119;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=13.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.700:8:0,3:2,3:2,0,4,2 chr20 61444383 . C CCT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=29,31;MFRL=173,70;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.328:4:1,1:1,0:0|1:61444383_C_CCT:61444383:1,2,0,1 chr20 61444384 . A G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=28,31;MFRL=173,70;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.328:4:1,1:2,0:0|1:61444383_C_CCT:61444383:1,2,0,1 chr20 61444387 . G GAGCT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=173,70;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:61444383_C_CCT:61444383:1,2,0,1 chr20 61444394 . CC AT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=33,21;MFRL=175,70;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:61444383_C_CCT:61444383:1,1,0,1 chr20 61453348 . T G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=177,110;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:1,0,2,0 chr20 61453549 . G A . . DP=12;ECNT=5;MBQ=25,20;MFRL=110,92;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=19.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.617:11:2,3:1,4:1,3,3,4 chr20 61453593 . CCCCAGGCTCCATGCCCCTCCGAGATCTCCTAACCCTAACTTGGCCACT C . . DP=5;ECNT=5;MBQ=31,32;MFRL=147,90;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:1,3,0,1 chr20 61453598 . GGC G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=30,27;MFRL=149,90;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:2,0:0,1:0|1:61453598_GGC_G:61453598:0,2,0,1 chr20 61453604 . A C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=19,32;MFRL=149,90;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,0:0,1:0|1:61453598_GGC_G:61453598:0,2,0,1 chr20 61453621 . C CTCTCTCTCTCTCT . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,153;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr20 61455721 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=132,140;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=10.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,4:0.504:8:1,2:3,2:3,1,2,2 chr20 61457124 . G A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=99,85;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=19.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,9:0.499:18:4,7:5,2:4,5,6,3 chr20 61460053 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=143,126;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=9.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:1,0:1,4:2,0,4,0 chr20 61460740 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr20 61460892 . A T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=121,50;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.303:8:3,2:2,0:0|1:61460892_A_T:61460892:1,5,1,1 chr20 61460894 . GGG AAC . . DP=8;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=121,50;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,2:2,0:0|1:61460892_A_T:61460892:1,5,1,1 chr20 61463522 . C A . . DP=27;ECNT=4;MBQ=28,24;MFRL=92,121;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=15.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,8:0.345:24:8,5:7,3:7,9,3,5 chr20 61463619 . T TCTCTCCACC . . DP=6;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=135,63;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,1:2,0:0|1:61463619_T_TCTCTCCACC:61463619:1,3,1,1 chr20 61463622 . G GA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=135,63;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:61463619_T_TCTCTCCACC:61463619:1,3,0,1 chr20 61463623 . G GTCCTCCA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=29,30;MFRL=135,63;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:61463619_T_TCTCTCCACC:61463619:1,3,0,1 chr20 61464497 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=135,144;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr20 61467615 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=278,123;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,2:0,0:1,0,1,1 chr20 61467800 . A G . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=57,104;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:0,2:2,1:1,1,1,2 chr20 62374441 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,87;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr20 62492922 . T A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,23;MFRL=137,114;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.416:10:3,3:3,1:3,3,1,3 chr20 62493861 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,31;MFRL=229,155;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:62493861_A_T:62493861:0,1,0,1 chr20 62493863 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,26;MFRL=229,155;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:62493861_A_T:62493861:0,1,0,1 chr20 62494027 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr20 62505142 . G C . . DP=19;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=123,103;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,2:0.149:18:8,2:8,0:12,4,2,0 chr20 62507315 . A AACCAGCATTCAACTTTC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=23,25;MFRL=64,77;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr20 62514069 . C CCTGGCTGTGTATAGTAA . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=131,43;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:5,1,1,1 chr20 62519055 . T TCGTCAGCCTAGAGG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:62519055_T_TCGTCAGCCTAGAGG:62519055:0,0,0,1 chr20 62519058 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:62519055_T_TCGTCAGCCTAGAGG:62519055:0,0,0,1 chr20 62520671 . T C . . DP=20;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=83.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,20:0.955:20:0,10:0,8:0|1:62520671_T_C:62520671:0,0,2,18 chr20 62520674 . G T . . DP=19;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=81.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,19:0.952:19:0,10:0,9:0|1:62520671_T_C:62520671:0,0,1,18 chr20 62571417 . AGG A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,222;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=12,10;RU=G;STR;TLOD=3.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr20 62595120 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=138,127;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.666:4:1,2:0,1:0,1,2,1 chr20 62597694 . T G . . DP=21;ECNT=1;MBQ=24,33;MFRL=129,115;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=38.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,12:0.566:21:4,6:5,6:5,4,7,5 chr20 62614338 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,193;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr20 62616455 . GTG CCC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,179;MMQ=60,54;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:62616455_GTG_CCC:62616455:0,0,0,1 chr20 62616466 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,179;MMQ=60,54;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:62616455_GTG_CCC:62616455:0,0,0,1 chr20 62626521 . G GT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,15;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:62626521_G_GT:62626521:0,0,0,1 chr20 62626522 . A ATG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,23;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:62626521_G_GT:62626521:0,0,0,1 chr20 62664365 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=120,152;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=10.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.385:11:4,2:3,2:2,5,0,4 chr20 62669594 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=122,105;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:1,1,1,0 chr20 62697751 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.799:3:0,0:0,3:0,0,2,1 chr20 62698188 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,1:0,0,2,0 chr20 62701092 . A C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=20.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.884:6:0,2:0,4:0,0,3,3 chr20 62705140 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr20 62707975 . G C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=84,138;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=13.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.430:12:5,3:2,2:4,3,2,3 chr20 62737888 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=33,29;MFRL=131,190;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=8.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,2:1,1:0,1,1,2 chr20 62830332 . G GGATCT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,30;MFRL=33,140;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:2,0:0,1:0|1:62830332_G_GGATCT:62830332:1,1,0,1 chr20 62830336 . CACAAA C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,33;MFRL=33,140;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:2,0:0,1:0|1:62830332_G_GGATCT:62830332:1,1,0,1 chr20 62836926 . C G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=105,77;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.192:14:5,2:4,0:7,5,2,0 chr20 62838866 . G C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=29,32;MFRL=167,93;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=9.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,3:2,0:2,1,2,1 chr20 62838933 . T C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=24,32;MFRL=97,93;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=16.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.667:7:1,1:1,4:1,1,2,3 chr20 62859179 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=181,196;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,2,0 chr20 62859298 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=99,101;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=12.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,6:0.466:13:3,5:4,1:5,2,5,1 chr20 62868073 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=34,29;MFRL=153,125;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:62868073_C_T:62868073:0,2,0,1 chr20 62868077 . TG T . . 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DP=51;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=99,119;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=6.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:46,5:0.112:51:19,5:27,0:16,30,0,5 chr21 19651357 . A G . . DP=38;ECNT=2;MBQ=23,31;MFRL=103,37;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=25.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:27,10:0.282:37:14,5:12,5:7,20,2,8 chr21 19653342 . AT A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=111,137;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=12,11;RU=T;STR;TLOD=4.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:2,1:0,1:2,0,2,0 chr21 19666901 . T A . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=27;PON;POPAF=7.30;TLOD=48.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.943:15:0,8:0,7:0,0,10,5 chr21 19716006 . CCTACAACATTAGAATAAGTCCTTTTCAGAGCTTTT C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=172,58;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.305:8:3,2:2,0:0,6,1,1 chr21 19716399 . T A . . DP=8;ECNT=4;MBQ=28,23;MFRL=112,89;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.551:7:2,2:1,2:1,2,1,3 chr21 19716469 . A AGCC . . DP=2;ECNT=4;MBQ=25,26;MFRL=195,112;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:19716469_A_AGCC:19716469:0,1,0,1 chr21 19716470 . A AACATCTTAGT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,25;MFRL=195,112;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:19716469_A_AGCC:19716469:0,1,0,1 chr21 19716473 . A AATAT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=26,23;MFRL=195,112;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:19716469_A_AGCC:19716469:0,1,0,1 chr21 22653050 . T TTTCTGATCTTGTA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=185,173;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr21 22658544 . TTTTGTGA T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=TTTGTGA;STR;TLOD=12.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.812:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr21 22696837 . C G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=30,23;MFRL=172,108;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=8.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.555:7:3,1:0,3:0,3,2,2 chr21 22696881 . TG T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=G;STR;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr21 22782686 . G T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=146,115;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=9.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,5:0.315:17:2,0:10,5:8,4,0,5 chr21 22804633 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,208;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr21 22881251 . A G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=25,29;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=31.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,11:0.751:14:3,7:0,4:1,2,5,6 chr21 26960189 . T G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr21 26961086 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=19.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,5:0,2:0,0,3,4 chr21 26966317 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=13.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr21 26972285 . C CTCTCTCTCTCTCTCT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr21 26973663 . A ATATACT . . DP=23;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=87.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.959:22:0,8:0,9:0,0,13,9 chr21 26973748 . C CCCACCATCATCACCACTACAACCACCA . . DP=42;ECNT=2;MBQ=30,27;MFRL=96,74;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=8.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:32,5:0.147:37:23,0:8,5:17,15,2,3 chr21 26976250 . A G . . DP=17;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=51.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,17:0.947:17:0,9:0,7:0,0,9,8 chr21 26976347 . TCTG T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,25;MFRL=160,206;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.502:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr21 26979628 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=16.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.874:6:0,2:0,3:0,0,5,1 chr21 27062297 . T TGGAAAAACCTCTATGAAACTTATACTAGAAAATATAGCA . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=120,100;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr21 27086585 . GC AA . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,22;MFRL=140,132;MMQ=58,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr21 27130331 . G A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=124,63;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.194:18:8,3:7,0:9,6,2,1 chr21 27130569 . C CA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=34,32;MFRL=147,129;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:27130569_C_CA:27130569:0,2,0,1 chr21 27130572 . G GC . . DP=3;ECNT=5;MBQ=32,30;MFRL=147,129;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:27130569_C_CA:27130569:0,2,0,1 chr21 27130573 . T TGGGCAAGA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=28,28;MFRL=147,129;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:27130569_C_CA:27130569:0,2,0,1 chr21 27130586 . A C . . DP=2;ECNT=5;MBQ=21,30;MFRL=132,161;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:27130586_A_C:27130586:0,1,0,1 chr21 27130591 . A T . . DP=2;ECNT=5;MBQ=25,30;MFRL=132,161;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:27130586_A_C:27130586:0,1,0,1 chr21 27137117 . T C . . DP=18;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=131,208;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=14.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,6:0.352:18:6,0:6,6:5,7,0,6 chr21 27141273 . C CATTT . . DP=8;ECNT=1;MBQ=34,32;MFRL=164,116;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=ATTT;STR;TLOD=24.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.781:7:1,2:0,3:1,0,6,0 chr21 27141576 . C CTACTGCTCTCAAGGTTTTTTGTTTTGT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,31;MFRL=159,112;MMQ=57,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.387:3:2,1:0,0:0|1:27141576_C_CTACTGCTCTCAAGGTTTTTTGTTTTGT:27141576:1,1,0,1 chr21 27141581 . A T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,23;MFRL=159,112;MMQ=57,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:27141576_C_CTACTGCTCTCAAGGTTTTTTGTTTTGT:27141576:1,1,0,1 chr21 27254054 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=112,121;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:4,0:0,1:1,3,0,1 chr21 27277332 . AT CC . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,1:2,1:2,1,0,2 chr21 33686771 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=126,133;MMQ=60,40;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=9.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.267:13:2,3:8,0:9,1,3,0 chr21 33690293 . C A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr21 33691502 . G GC . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,78;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=5,6;RU=C;STR;TLOD=10.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.872:6:0,2:0,4:0,0,4,2 chr21 33691753 . C CA . . DP=9;ECNT=4;MBQ=32,33;MFRL=125,127;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.271:5:2,0:2,1:0|1:33691753_C_CA:33691753:0,4,0,1 chr21 33691754 . G A,C . . 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DP=26;ECNT=1;MBQ=30,21;MFRL=127,122;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=13.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,8:0.319:26:9,5:9,3:14,4,5,3 chr21 34860749 . CAATTA C . . DP=25;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=80,108;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AATTA;STR;TLOD=34.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,10:0.457:22:4,3:8,7:3,9,5,5 chr21 34878450 . A T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,24;MFRL=148,41;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=16.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.637:9:0,2:3,4:0,3,3,3 chr21 34894605 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=159,100;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=6.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:0,1:2,2:0,2,1,2 chr21 34894623 . T C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=13.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr21 34900922 . A AAT . . DP=12;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=88,88;MMQ=60,57;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.208:12:3,1:7,1:0|1:34900922_A_AAT:34900922:6,4,0,2 chr21 34900924 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=25,26;MFRL=88,88;MMQ=60,57;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.208:12:2,1:2,1:0|1:34900922_A_AAT:34900922:6,4,0,2 chr21 34915324 . CG GC . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=30.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,4:0,3:0,0,7,0 chr21 34924148 . A T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=114,77;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.213:12:4,0:5,2:0|1:34924148_A_T:34924148:2,8,1,1 chr21 34924171 . TG T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=29,20;MFRL=133,77;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.271:9:6,0:1,2:0|1:34924148_A_T:34924148:3,4,1,1 chr21 34925035 . A ATGCCCCACC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,26;MFRL=183,106;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr21 34929422 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=163,146;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=8.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,1:1,2:1,0,3,0 chr21 34939390 . A G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,33;MFRL=194,124;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,2:0,0:2,0,2,0 chr21 34944866 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=142,90;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,4:0.288:15:7,0:4,4:8,3,1,3 chr21 34945685 . A T . . DP=33;ECNT=3;MBQ=27,20;MFRL=107,61;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:26,2:0.097:28:13,0:13,2:0|1:34945685_A_T:34945685:14,12,1,1 chr21 34945690 . G C . . DP=30;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=119,61;MMQ=57,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:27,2:0.096:29:12,0:11,2:0|1:34945685_A_T:34945685:15,12,1,1 chr21 34945695 . G GCCATTACTCTCA . . DP=27;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=120,61;MMQ=53,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:23,2:0.110:25:9,0:12,2:0|1:34945685_A_T:34945685:14,9,1,1 chr21 34948684 . G GA . . DP=21;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,130;MMQ=60,56;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=79.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,20:0.955:20:0,11:0,6:0|1:34948684_G_GA:34948684:0,0,8,12 chr21 34948696 . GA G . . DP=17;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,120;MMQ=60,47;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=69.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,17:0.947:17:0,11:0,6:0|1:34948684_G_GA:34948684:0,0,6,11 chr21 34954170 . A G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=128,154;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=21.56 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.533:13:6,2:0,5:6,0,7,0 chr21 34954602 . AG A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=G;STR;TLOD=7.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr21 34959776 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=44.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.946:16:0,6:0,10:0,0,12,4 chr21 34968605 . GTA G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,243;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=TA;STR;TLOD=4.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr21 34971661 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,24;MFRL=164,159;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0|1:34971661_G_A:34971661:0,2,0,1 chr21 34971663 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=34,23;MFRL=164,159;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:34971661_G_A:34971661:0,2,0,1 chr21 34971686 . GAATTTAAAGGGAGAAAGTC G . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:38114257_T_TCTCCTC:38114257:0,0,0,1 chr21 38132172 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=12.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,1,3 chr21 38302769 . C T . . DP=13;ECNT=4;MBQ=0,27;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=34.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,5:0,5:0,0,2,10 chr21 38302821 . TAAATTTA T,TTCAAATTTA . . DP=8;ECNT=4;MBQ=29,29,25;MFRL=160,176,153;MMQ=60,42,60;MPOS=18,3;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.05,4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:3,1,2:0.221,0.330:6:1,1,2:2,0,0:0,3,0,3 chr21 38302822 . A AGGG . . DP=8;ECNT=4;MBQ=27,24;MFRL=160,153;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.422:5:1,1:2,0:0|1:38302822_A_AGGG:38302822:0,3,0,2 chr21 38302824 . A C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=26,28;MFRL=160,142;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:1,1:2,0:0|1:38302822_A_AGGG:38302822:0,3,0,1 chr21 38309617 . G A . . DP=17;ECNT=1;MBQ=25,26;MFRL=122,112;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.210:17:7,2:7,1:9,5,0,3 chr21 38380537 . C T . . DP=17;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=148,112;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.166:16:6,2:8,0:5,9,0,2 chr21 38441935 . G A . . DP=43;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=103,122;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:36,4:0.118:40:27,0:8,4:12,24,0,4 chr21 38444863 . C T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=27.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,7:0,3:0,0,3,7 chr21 38444890 . A G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=20.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,1,5 chr21 38460488 . T A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=25.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.916:10:0,3:0,6:0,0,8,2 chr21 38462599 . C A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,27;MFRL=124,170;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:38462599_C_A:38462599:0,2,0,1 chr21 38462601 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=124,170;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:38462599_C_A:38462599:0,2,0,1 chr21 38462614 . A G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=14.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,0,4 chr21 38466261 . T A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=26.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.925:11:0,6:0,5:0,0,11,0 chr21 38467616 . C A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=47.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.947:16:0,9:0,7:0,0,14,2 chr21 38468958 . A G . . DP=8;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=22.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,4:0,3:0,0,4,3 chr21 38469017 . T G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr21 38495270 . A AT . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=27.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.927:11:0,3:0,8:0,0,6,5 chr21 38501185 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=176,127;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:2,0,2,0 chr21 38501210 . CTTACTCCAATTTATATTTTAAAAATAGTT C . . DP=23;ECNT=2;MBQ=33,33;MFRL=125,129;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,2:0.120:23:5,0:3,2:19,2,1,1 chr21 38522353 . GT G . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=33,33;MFRL=151,148;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:1,1,0,1 chr21 39427141 . CA C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:39427141_CA_C:39427141:0,0,0,1 chr21 39427147 . TC GT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:39427141_CA_C:39427141:0,0,0,1 chr21 39673224 . G A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=132,85;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,2:0.130:21:6,2:13,0:7,12,2,0 chr21 39764437 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=24,34;MFRL=148,162;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr21 39775373 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=23.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,5:0,3:0,0,8,0 chr21 39817458 . 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G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=34,25;MFRL=157,143;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,1:3,1:0,4,0,2 chr21 40191389 . T G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,22;MFRL=125,120;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=8.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.555:7:2,2:1,2:3,0,2,2 chr21 40547653 . C CAACCAAACCCTATT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,135;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr21 40552307 . A G . . DP=16;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=129,132;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,9:0.584:15:2,5:4,3:0|1:40552307_A_G:40552307:4,2,2,7 chr21 40552322 . C CCCCTCTTCTTTTTCATCCTGT . . DP=16;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=126,43;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:14,2:0.167:16:4,2:10,0:1|0:40552307_A_G:40552307:4,10,1,1 chr21 40570642 . G A . . 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DP=3;ECNT=2;MBQ=29,31;MFRL=95,106;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.498:2:1,1:0,0:0|1:41551073_C_CTGAA:41551073:0,1,0,1 chr21 41551074 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=95,106;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.498:2:1,1:0,0:0|1:41551073_C_CTGAA:41551073:0,1,0,1 chr21 41648277 . C CAAACACATAGA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:41648277_C_CAAACACATAGA:41648277:0,0,0,1 chr21 41648279 . C CTGGCATCTG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:41648277_C_CAAACACATAGA:41648277:0,0,0,1 chr21 41684276 . G C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=34,34;MFRL=147,101;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0,2,0,1 chr21 41684293 . G GA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,34;MFRL=0,208;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=6,7;RU=A;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:41684293_G_GA:41684293:0,0,0,1 chr21 41684300 . G GATCCACTCA . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,33;MFRL=0,208;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:41684293_G_GA:41684293:0,0,0,1 chr21 41684305 . A C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,33;MFRL=0,208;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:41684293_G_GA:41684293:0,0,0,1 chr21 41719707 . TGGTTGATCCCTGTGATCCTCACATTTTTTCCAG T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=109,139;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:2,2:4,0:5,5,1,1 chr21 41719902 . A AAATCC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=160,98;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:41719902_A_AAATCC:41719902:1,0,0,1 chr21 41719906 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=160,98;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:41719902_A_AAATCC:41719902:1,0,0,1 chr21 41725303 . A C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=10.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr21 41741224 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=138,125;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:41741224_A_C:41741224:0,2,0,1 chr21 41741231 . A T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=23,31;MFRL=186,125;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:41741224_A_C:41741224:0,1,0,1 chr21 42555823 . A T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=138,99;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0,2,0,1 chr21 42555962 . T C . . DP=24;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=124,106;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=8.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,4:0.207:22:13,0:5,4:11,7,0,4 chr21 42557115 . AAAGGTGTAAATATAGATAGC A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=157,185;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr21 42622657 . G C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=19.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,6:0,1:0,0,4,3 chr21 42629281 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=22,32;MFRL=72,201;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=5.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.376:6:0,1:4,1:2,2,0,2 chr21 42767733 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=24.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,4:0,3:0,0,0,7 chr21 42771362 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr21 42774081 . A ACAACATATGGG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,24;MFRL=182,126;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.326:4:0,1:3,0:0,3,0,1 chr21 42774118 . C CAGAACTTCCAGAGCCTTCTCG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=182,191;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr21 42775179 . G GT . . DP=18;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=86,111;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=37.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,16:0.926:17:1,8:0,8:0|1:42775179_G_GT:42775179:0,1,10,6 chr21 42775180 . C T . . DP=18;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=72.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,18:0.950:18:0,9:0,9:0|1:42775179_G_GT:42775179:0,0,11,7 chr21 42813940 . GT TG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=24,29;MFRL=225,148;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:0,2:0,2,0,2 chr21 42822983 . G A . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr21 42838138 . A T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=142,129;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:1,2:1,1:0,2,0,3 chr21 42839804 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=133,99;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:4,0:5,2:4,5,1,1 chr21 42842630 . C CT . . DP=7;ECNT=8;MBQ=31,26;MFRL=114,52;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,2:3,0:0|1:42842630_C_CT:42842630:1,4,1,1 chr21 42842631 . ATCATGC A . . DP=7;ECNT=8;MBQ=24,26;MFRL=114,52;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,2:4,0:0|1:42842630_C_CT:42842630:1,4,1,1 chr21 42842639 . T TAA . . DP=7;ECNT=8;MBQ=29,28;MFRL=114,52;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,2:4,0:0|1:42842630_C_CT:42842630:1,4,1,1 chr21 42842641 . GGT G . . DP=7;ECNT=8;MBQ=31,32;MFRL=114,52;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,2:4,0:0|1:42842630_C_CT:42842630:1,4,1,1 chr21 42842644 . T A . . DP=7;ECNT=8;MBQ=30,28;MFRL=114,52;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,2:2,0:0|1:42842630_C_CT:42842630:1,4,1,1 chr21 42842647 . GC G . . DP=7;ECNT=8;MBQ=33,32;MFRL=139,52;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,2:3,0:0|1:42842630_C_CT:42842630:0,5,1,1 chr21 42842649 . AG A . . DP=7;ECNT=8;MBQ=28,26;MFRL=139,52;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:1,2:3,0:0|1:42842630_C_CT:42842630:0,5,1,1 chr21 42842713 . C CCTAAGGCCTCGGG . . DP=4;ECNT=8;MBQ=0,30;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=11.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.809:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr21 42843635 . AATGCCTCCCTTCCATTTGGCATAGCACAAG A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=161,281;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:2,0,1,0 chr21 42843960 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=13.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,3:0,1:0,0,0,4 chr21 42848560 . CAG C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,116;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=31.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,3:0,0,2,6 chr21 42852497 . C T . . DP=33;ECNT=3;MBQ=31,24;MFRL=115,112;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=29.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,14:0.465:30:8,6:8,7:10,6,9,5 chr21 42852589 . G A . . DP=24;ECNT=3;MBQ=25,28;MFRL=105,96;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,3:0.136:24:15,0:4,2:0|1:42852589_G_A:42852589:7,14,1,2 chr21 42852591 . A G . . DP=24;ECNT=3;MBQ=24,29;MFRL=105,96;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:21,3:0.136:24:14,0:3,2:0|1:42852589_G_A:42852589:7,14,1,2 chr21 42860485 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr21 43160908 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr21 43223135 . G C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=30,28;MFRL=134,188;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.395:3:2,1:0,0:0|1:43223135_G_C:43223135:0,2,0,1 chr21 43223136 . C CT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=134,188;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.409:3:2,1:0,0:0|1:43223135_G_C:43223135:0,2,0,1 chr21 43231296 . A T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr21 43236252 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr21 43246223 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,194;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr21 43246443 . A ACACTCAGCCCAGGCACCACAATG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=195,35;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0,2,1,1 chr21 43248698 . A T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=25,29;MFRL=114,83;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.326:4:3,1:0,0:0|1:43248698_A_T:43248698:0,3,0,1 chr21 43248699 . G GTGCCGC . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,31;MFRL=114,83;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:43248698_A_T:43248698:0,3,0,1 chr21 43248700 . A ACCTCCT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=25,24;MFRL=114,83;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:43248698_A_T:43248698:0,3,0,1 chr21 43256548 . C CT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,32;MFRL=102,135;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=7.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:2,0,2,0 chr21 43256629 . G A . . DP=14;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=128,137;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=22.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,9:0.625:14:3,6:2,3:3,2,6,3 chr21 43258000 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=24.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,2:0,5:0,0,7,0 chr21 43259847 . G A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=26,28;MFRL=118,154;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,3:0.167:22:9,0:9,3:8,11,3,0 chr21 43267352 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,31;MFRL=150,146;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:43267352_C_T:43267352:0,1,0,1 chr21 43267356 . A AT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,16;MFRL=150,146;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=T;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:43267352_C_T:43267352:0,1,0,1 chr21 43267358 . G GATCTGTCAGAGCCC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=33,33;MFRL=150,146;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:43267352_C_T:43267352:0,1,0,1 chr21 43277525 . T TCC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,28;MFRL=173,175;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:43277525_T_TCC:43277525:0,1,0,1 chr21 43277526 . G C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,31;MFRL=173,175;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:43277525_T_TCC:43277525:0,1,0,1 chr21 43277528 . C CACT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=173,175;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:43277525_T_TCC:43277525:0,1,0,1 chr21 43299261 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=7.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.810:3:0,1:0,1:0,0,0,3 chr21 43309191 . A G . . DP=12;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=28.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.921:10:0,6:0,4:0,0,8,2 chr21 43332605 . T TA . . 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G C . . DP=4;ECNT=2;MBQ=34,34;MFRL=200,104;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.396:3:1,0:1,1:0|1:43767701_G_C:43767701:1,1,0,1 chr21 43767703 . T TA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=28,28;MFRL=200,104;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:43767701_G_C:43767701:1,1,0,1 chr21 43770926 . CT C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=127,188;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=7.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,2:1,1:1,0,3,0 chr21 43805637 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=128,95;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.601:8:0,2:3,3:2,1,2,3 chr21 43805656 . TG CA,CG . . DP=7;ECNT=2;MBQ=20,20,29;MFRL=119,80,140;MMQ=60,60,60;MPOS=10,19;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.48,4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:3,2,2:0.299,0.301:7:0,2,0:3,0,2:1,2,1,3 chr21 43808964 . T A . . 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C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=108,72;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.229:11:3,2:6,0:6,3,2,0 chr21 43988437 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=27,28;MFRL=150,121;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=8.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,1:0,2:1,0,2,1 chr21 43988462 . T C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=25,27;MFRL=121,126;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=4.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:3,2:4,0:5,2,2,0 chr21 44152149 . G A . . DP=11;ECNT=4;MBQ=32,26;MFRL=108,135;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=6.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.332:10:2,0:5,3:2,5,1,2 chr21 44152230 . T TGAGGTTG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=29,28;MFRL=155,130;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:44152230_T_TGAGGTTG:44152230:0,1,0,1 chr21 44152232 . A C . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=132,88;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.250:6:3,0:0,1:3,2,0,1 chr21 44513428 . C CAGGGTGTTGCAACCAGACACCAT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=130,103;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:44513428_C_CAGGGTGTTGCAACCAGACACCAT:44513428:0,2,0,1 chr21 44513431 . TC CA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,29;MFRL=143,103;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:44513428_C_CAGGGTGTTGCAACCAGACACCAT:44513428:0,1,0,1 chr21 44513435 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,26;MFRL=143,103;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr21 44514969 . A ATG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=163,158;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,0:2,2:0,2,0,2 chr21 44515504 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=174,136;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=10.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.622:6:2,2:0,1:2,0,3,1 chr21 44515685 . T C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,33;MFRL=150,137;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:2,0:3,2:1,4,0,2 chr21 44524519 . GGGA G . . DP=26;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=134,124;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,2:0.114:24:12,1:9,1:5,17,0,2 chr21 44527611 . CCCG C . . DP=9;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=114,66;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=CCG;STR;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.330:7:3,0:1,2:1,4,1,1 chr21 44527669 . T G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=218,114;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=9.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,1:1,2:0,1,0,3 chr21 44579945 . CGGACA C . . 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DP=3;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=99,93;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=7.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0|1:45561285_C_T:45561285:0,1,1,1 chr21 45561330 . A ACAAGGACG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,25;MFRL=167,93;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr21 45564896 . GGCTGCTTTCCATCCA G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=138,149;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.518:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr21 45642817 . TA T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=A;STR;TLOD=5.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr21 45643008 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=16.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.869:5:0,2:0,2:0,0,2,3 chr21 45648992 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=118,125;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=12.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.601:8:0,5:3,0:0,3,1,4 chr21 45651413 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr21 45655124 . A T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr21 45658474 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr21 45670842 . G GATGGCAGT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=180,113;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0,3,0,1 chr21 45674629 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,25;MFRL=137,125;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:2,1:3,2:1,4,0,3 chr21 45675870 . GTCCCGGGGGGTGGCCT G . . DP=5;ECNT=5;MBQ=30,33;MFRL=172,170;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,1:1,0:3,0,1,0 chr21 45675888 . A AAAAC . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,30;MFRL=86,170;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:45675888_A_AAAAC:45675888:2,0,1,0 chr21 45675890 . G C . . DP=4;ECNT=5;MBQ=32,33;MFRL=120,170;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0|1:45675888_A_AAAAC:45675888:3,0,1,0 chr21 45675892 . G T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=28,27;MFRL=120,170;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:45675888_A_AAAAC:45675888:3,0,1,0 chr21 45675894 . A T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=28,28;MFRL=120,170;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:45675888_A_AAAAC:45675888:3,0,1,0 chr21 45679230 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,175;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=17.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,4,1 chr21 45681153 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,77;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr21 45708197 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=23,20;MFRL=130,99;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.572:5:0,1:2,2:2,0,2,1 chr21 45712304 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,177;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr21 45725857 . TC CT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,33;MFRL=108,68;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:0,0:3,2:0,3,0,2 chr21 45726480 . T G . . DP=6;ECNT=3;MBQ=27,28;MFRL=119,161;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=20.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,5:0.750:6:1,5:0,0:0|1:45726480_T_G:45726480:1,0,5,0 chr21 45726499 . T TG . . DP=8;ECNT=3;MBQ=24,27;MFRL=183,153;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=G;STR;TLOD=23.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,6:0.700:8:1,6:1,0:0|1:45726480_T_G:45726480:2,0,5,1 chr21 45726504 . A G . . DP=8;ECNT=3;MBQ=30,34;MFRL=183,153;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=23.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,6:0.700:8:1,6:1,0:0|1:45726480_T_G:45726480:2,0,5,1 chr21 45726694 . CC GT . . DP=21;ECNT=1;MBQ=33,31;MFRL=106,129;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=47.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,12:0.620:19:5,7:2,5:3,4,6,6 chr21 45741854 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr21 45744982 . C G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,34;MFRL=162,146;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:2,0,2,0 chr21 45746761 . C CACACACTT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,32;MFRL=143,105;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:45746761_C_CACACACTT:45746761:0,1,0,1 chr21 45746763 . C CTTTGCTTCCAGT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,31;MFRL=143,105;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:45746761_C_CACACACTT:45746761:0,1,0,1 chr21 45751858 . C CCCTCCTCTCCGTCTCCCT . . DP=7;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=156,50;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:2,0:0|1:45751858_C_CCCTCCTCTCCGTCTCCCT:45751858:3,2,1,1 chr21 45751863 . A T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=151,50;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,2:4,0:0|1:45751858_C_CCCTCCTCTCCGTCTCCCT:45751858:3,3,1,1 chr21 45753117 . C A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=33,23;MFRL=134,133;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=14.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.700:8:1,3:1,3:0,2,2,4 chr21 45811343 . 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DP=7;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=220,122;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=17.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,6:0.778:7:0,0:1,6:0,1,2,4 chr21 45843707 . TGAG T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GAG;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr21 45845807 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,193;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr21 45878115 . CA TG . . DP=3;ECNT=9;MBQ=33,31;MFRL=152,114;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:45878115_CA_TG:45878115:0,2,0,1 chr21 45878131 . TT CC . . DP=4;ECNT=9;MBQ=29,30;MFRL=156,114;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:45878115_CA_TG:45878115:0,3,0,1 chr21 45878140 . A G . . 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DP=18;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=88,101;MMQ=60,40;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.199:18:5,2:10,0:10,5,1,2 chr21 46021179 . C A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,115;MMQ=60,40;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=9.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr21 46021205 . C T . . DP=11;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=5;PON;POPAF=7.30;TLOD=25.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,4:0,6:0,0,7,3 chr21 46021930 . G C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=25,30;MFRL=112,114;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:3,1,0,1 chr21 46021934 . C T . . DP=6;ECNT=4;MBQ=0,23;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,1:0,5:0,0,4,2 chr21 46021946 . C G . . DP=8;ECNT=4;MBQ=0,20;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=12;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,1:0,6:0,0,4,3 chr21 46021954 . CTG C . . 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CC AT . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46645594_CC_AT:46645594:0,0,0,1 chr21 46645598 . C T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,29;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46645594_CC_AT:46645594:0,0,0,1 chr21 46645600 . C G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46645594_CC_AT:46645594:0,0,0,1 chr21 46645602 . A G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46645594_CC_AT:46645594:0,0,0,1 chr21 46645605 . A AGAGTCTTG . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,25;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46645594_CC_AT:46645594:0,0,0,1 chr21 46685568 . G A . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=140,108;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,2:1,0:1,0,1,1 chr21 47557074 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr21 47557184 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:0,3,0,2 chr21 47571731 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr21 47608472 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=183,157;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:4,0,2,0 chr21 47611189 . G C . . DP=5;ECNT=7;MBQ=29,30;MFRL=120,139;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:47611189_G_C:47611189:0,4,0,1 chr21 47611191 . CAG C . . 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C CTGT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=33,30;MFRL=174,93;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:18909981_T_C:18909981:0,3,0,1 chr22 18910284 . AC A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,21;MFRL=0,194;MMQ=60,55;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=5,4;RU=C;STR;TLOD=6.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,1:0,0,2,0 chr22 18910301 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,159;MMQ=60,49;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:18910301_A_G:18910301:0,0,1,0 chr22 18910307 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,125;MMQ=60,55;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0|1:18910301_A_G:18910301:0,0,2,0 chr22 18910479 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=113,122;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=13.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,6:0.466:13:3,4:4,2:2,5,4,2 chr22 19029277 . G A . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=26,29;MFRL=114,148;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=10.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.455:9:3,3:2,1:1,4,0,4 chr22 19189003 . A AC . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=10.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.810:3:0,3:0,0:0,0,0,3 chr22 19196655 . G GGA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,33;MFRL=104,105;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:1,3,0,1 chr22 19196673 . C CA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=33,20;MFRL=113,110;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=6,7;RU=A;STR;TLOD=8.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,3:0.571:5:1,1:1,1:0|1:19196673_C_CA:19196673:0,2,1,2 chr22 19196680 . C A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=113,110;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=8.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,3:0.571:5:1,1:1,1:0|1:19196673_C_CA:19196673:0,2,1,2 chr22 19208927 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=98,107;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.501:4:0,0:2,2:1,1,1,1 chr22 19213161 . GA G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,30;MFRL=144,99;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:19213161_GA_G:19213161:0,1,0,1 chr22 19213164 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=144,99;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:19213161_GA_G:19213161:0,1,0,1 chr22 19219980 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=5.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr22 19220648 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=116,111;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=8.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.572:12:1,2:4,4:4,1,4,3 chr22 19220816 . TCTCCGA T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,28;MFRL=134,160;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:19220816_TCTCCGA_T:19220816:1,2,0,1 chr22 19220826 . C G . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=134,160;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:19220816_TCTCCGA_T:19220816:1,2,0,1 chr22 19220832 . AG TT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=25,27;MFRL=134,160;MMQ=60,60;MPOS=-14;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0|1:19220816_TCTCCGA_T:19220816:1,2,0,1 chr22 19221148 . A AT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=23,20;MFRL=107,62;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=5.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.302:8:4,2:2,0:0|1:19221148_A_AT:19221148:1,5,1,1 chr22 19221149 . A T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=23,20;MFRL=107,62;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.302:8:3,2:2,0:0|1:19221148_A_AT:19221148:1,5,1,1 chr22 19263083 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr22 19279123 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=130,60;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.499:4:1,0:1,2:1,1,1,1 chr22 19363110 . C A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=31,22;MFRL=172,58;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:19363110_C_A:19363110:2,0,0,1 chr22 19363111 . T TC . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,27;MFRL=172,58;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:19363110_C_A:19363110:2,0,0,1 chr22 19363115 . C CT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=32,31;MFRL=179,58;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:1,1:1,0:0|1:19363110_C_A:19363110:3,0,0,1 chr22 19363116 . C G . . 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DP=5;ECNT=7;MBQ=23,27;MFRL=112,108;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.307:5:2,1:1,0:0|1:19954928_T_TAA:19954928:1,3,0,1 chr22 19954930 . C T . . DP=5;ECNT=7;MBQ=26,29;MFRL=112,108;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.307:5:3,1:1,0:0|1:19954928_T_TAA:19954928:1,3,0,1 chr22 19954931 . T TAGTA . . DP=5;ECNT=7;MBQ=20,29;MFRL=112,108;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.307:5:1,1:1,0:0|1:19954928_T_TAA:19954928:1,3,0,1 chr22 19954936 . GA AT . . DP=4;ECNT=7;MBQ=33,23;MFRL=80,108;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.365:4:1,1:1,0:0|1:19954928_T_TAA:19954928:1,2,0,1 chr22 19954989 . GCTGTCC G,ACTGTCC . . DP=3;ECNT=7;MBQ=33,27,25;MFRL=135,143,132;MMQ=60,60,60;MPOS=5,15;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.55,3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,1,1:0.333,0.333:3:0,0,1:1,1,0:0,1,0,2 chr22 19954999 . G T . . 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C T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=27,28;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:19958783_C_CACAGCCAAACTGATAGA:19958783:0,3,0,1 chr22 19958788 . C G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=31,26;MFRL=0,166;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:2,0:0|1:19958783_C_CACAGCCAAACTGATAGA:19958783:0,3,0,1 chr22 19959366 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr22 19960188 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr22 19960394 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=35,28;MFRL=167,133;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=8.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:1,2:0,1:1,0,2,1 chr22 19967248 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=25,34;MFRL=93,163;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:1,0,1,0 chr22 19969330 . T TCTGA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=32,29;MFRL=121,101;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.493:2:0,1:1,0:0|1:19969330_T_TCTGA:19969330:0,1,0,1 chr22 19969332 . G GT . . DP=3;ECNT=5;MBQ=34,31;MFRL=121,101;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.493:2:0,1:1,0:0|1:19969330_T_TCTGA:19969330:0,1,0,1 chr22 19969333 . C CAGTG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=34,32;MFRL=121,101;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:19969330_T_TCTGA:19969330:0,1,0,1 chr22 19969336 . T TGGGGG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=29,28;MFRL=121,101;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:19969330_T_TCTGA:19969330:0,1,0,1 chr22 19969337 . A ACTGC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=27,22;MFRL=121,101;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:19969330_T_TCTGA:19969330:0,1,0,1 chr22 19978074 . A T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=9.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr22 20100300 . G C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,30;MFRL=148,145;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:20100300_G_C:20100300:0,1,0,1 chr22 20100303 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=148,145;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:20100300_G_C:20100300:0,1,0,1 chr22 20102090 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=29,21;MFRL=144,74;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=21.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,9:0.666:13:1,4:3,5:2,2,3,6 chr22 20102476 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,24;MFRL=86,53;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.298:8:5,0:1,2:5,1,2,0 chr22 20104301 . T C . . DP=6;ECNT=8;MBQ=29,32;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=8.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:0,3:2,0:0,2,3,0 chr22 20104350 . A C . . DP=17;ECNT=8;MBQ=27,12;MFRL=108,143;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.166:16:3,0:11,0:0|1:20104350_A_C:20104350:0,14,2,0 chr22 20104355 . G C . . DP=18;ECNT=8;MBQ=33,33;MFRL=106,143;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:4,1:12,1:0|1:20104355_G_C:20104355:0,16,2,0 chr22 20104358 . T C . . DP=19;ECNT=8;MBQ=31,12;MFRL=105,143;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:17,2:0.143:19:3,0:11,0:0|1:20104355_G_C:20104355:0,17,2,0 chr22 20104361 . T C . . 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DP=4;ECNT=4;MBQ=24,26;MFRL=151,123;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.510:2:0,0:1,1:0|1:21288588_AGTTTTAGTT_A:21288588:0,1,0,1 chr22 21288600 . G T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:21288588_AGTTTTAGTT_A:21288588:0,0,0,1 chr22 21288607 . C T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:21288588_AGTTTTAGTT_A:21288588:0,0,0,1 chr22 21288609 . CA TC . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=-6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:21288588_AGTTTTAGTT_A:21288588:0,0,0,1 chr22 21304173 . T TCAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=150,88;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr22 21322325 . TC T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,119;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;RPA=8,7;RU=C;STR;TLOD=11.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,2:0,2:0,0,0,4 chr22 21328211 . G GAATTC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:21328211_G_GAATTC:21328211:0,0,0,1 chr22 21328212 . G GTTTCTGCATGT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:21328211_G_GAATTC:21328211:0,0,0,1 chr22 21329123 . A G . . DP=9;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=122,87;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=23.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,8:0.850:9:0,4:1,4:0|1:21329123_A_G:21329123:0,1,3,5 chr22 21329136 . TC T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=122,87;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=C;STR;TLOD=8.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,3:0.694:4:0,1:1,0:0|1:21329123_A_G:21329123:0,1,2,1 chr22 21330574 . T TACAGAGCAATTGCAAAAGA . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=129,62;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.334:7:2,2:3,0:1,4,1,1 chr22 21331171 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=118,82;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,1:1,1:1,2,2,0 chr22 21331950 . C G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=20.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.892:7:0,3:0,3:0,0,7,0 chr22 21332122 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=28,29;MFRL=97,152;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=18.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,7:0.502:14:5,4:2,3:1,6,4,3 chr22 21334924 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr22 21335259 . C A . . DP=21;ECNT=1;MBQ=22,20;MFRL=109,108;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,7:0.375:19:7,1:4,5:8,4,3,4 chr22 21337415 . C G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,121;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=40.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.933:13:0,9:0,4:0,0,5,8 chr22 21340088 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=78,74;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,1:1,1:0,2,0,2 chr22 21344871 . T A . . DP=5;ECNT=5;MBQ=28,17;MFRL=114,62;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.428:5:2,0:1,1:0|1:21344871_T_A:21344871:0,3,1,1 chr22 21344874 . A ATGATTTTT . . DP=5;ECNT=5;MBQ=24,20;MFRL=114,62;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.428:5:2,0:1,2:0|1:21344871_T_A:21344871:0,3,1,1 chr22 21344900 . TG CT . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:21344900_TG_CT:21344900:0,0,0,1 chr22 21344904 . CA C . . 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DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr22 21349866 . G GCCCTC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=158,122;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr22 21350342 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=162,113;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:1,2,1,1 chr22 21351543 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=132,48;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,3:0.189:19:7,2:9,1:10,6,1,2 chr22 21354200 . A T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 21370420 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,34;MFRL=170,175;MMQ=60,40;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr22 21370446 . C CAGCCGTCTCTGGCATCA . . 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DP=11;ECNT=4;MBQ=25,32;MFRL=171,137;MMQ=56,27;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=12.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:2,3:2,2:2,2,5,0 chr22 21576155 . C T . . DP=30;ECNT=4;MBQ=30,30;MFRL=138,0;MMQ=52,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=5.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:26,3:0.128:29:16,1:10,2:15,11,0,3 chr22 21576172 . G A . . DP=26;ECNT=4;MBQ=29,20;MFRL=129,87;MMQ=49,46;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,4:0.177:26:13,3:9,1:9,13,2,2 chr22 21576218 . G A . . DP=11;ECNT=4;MBQ=33,27;MFRL=150,141;MMQ=40,33;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.230:11:3,0:6,2:0,9,0,2 chr22 21832202 . G A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,25;MFRL=156,132;MMQ=25,25;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:1,2:1,1:0,2,0,3 chr22 21832241 . C T . . DP=6;ECNT=3;MBQ=27,29;MFRL=175,132;MMQ=25,25;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=9.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,3:0.500:6:1,2:2,1:0|1:21832241_C_T:21832241:1,2,0,3 chr22 21832247 . G T . . DP=6;ECNT=3;MBQ=31,29;MFRL=175,132;MMQ=25,25;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=9.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,3:0.504:6:1,1:2,1:0|1:21832241_C_T:21832241:1,2,0,3 chr22 21969011 . C G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:21969011_C_G:21969011:0,0,0,1 chr22 21969017 . T A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:21969011_C_G:21969011:0,0,0,1 chr22 21969021 . C A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,21;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:21969011_C_G:21969011:0,0,0,1 chr22 22007370 . T C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=0,33;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=18.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,1:0,4:0,0,0,5 chr22 22007375 . CT TC . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,27;MFRL=136,131;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0,4,0,1 chr22 22007384 . CA C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,28;MFRL=142,130;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:1,0:2,1:0|1:22007384_CA_C:22007384:0,3,0,1 chr22 22007388 . C A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=30,27;MFRL=142,130;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:22007384_CA_C:22007384:0,3,0,1 chr22 22024507 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,3:0,1:0,0,4,0 chr22 22037437 . G GAGACCAGGAGAC . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=121,64;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:3,2:1,0:4,1,1,1 chr22 22048862 . C T . . 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A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:22057828_C_CT:22057828:0,0,0,1 chr22 22058217 . A AGCCACAGTCT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 22142954 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=20,22;MFRL=95,104;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=17.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,8:0.563:14:5,4:1,4:4,2,5,3 chr22 22287964 . T C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=21,20;MFRL=162,70;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.592:5:1,0:0,3:0,2,2,1 chr22 22288011 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=196,179;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,0,2 chr22 22300391 . G T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=135,76;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=12.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,4:0.500:8:2,0:2,2:0|1:22300391_G_T:22300391:2,2,1,3 chr22 22300394 . G A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=32,23;MFRL=135,76;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=9.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,3:0.444:7:2,0:2,3:0|1:22300391_G_T:22300391:2,2,1,2 chr22 22323148 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=133,92;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.443:7:2,0:2,3:1,3,1,2 chr22 22327076 . A ACC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=28,24;MFRL=152,90;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:22327076_A_ACC:22327076:1,1,0,1 chr22 22327077 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=27,30;MFRL=152,90;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:22327076_A_ACC:22327076:1,1,0,1 chr22 22327080 . G GC . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,29;MFRL=152,90;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:22327076_A_ACC:22327076:1,1,0,1 chr22 22453069 . T TCA . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,28;MFRL=164,18805021;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:22453069_T_TCA:22453069:1,0,1,0 chr22 22453070 . T TAGTAATCCACCATG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,28;MFRL=164,18805021;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:22453069_T_TCA:22453069:1,0,1,0 chr22 22453076 . T A . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,31;MFRL=164,18805021;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:22453069_T_TCA:22453069:1,0,1,0 chr22 22453078 . CT AG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=34,30;MFRL=164,18805021;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:22453069_T_TCA:22453069:1,0,1,0 chr22 22453504 . G C . . DP=11;ECNT=5;MBQ=31,20;MFRL=136,51;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:6,0:3,2:0|1:22453504_G_C:22453504:4,5,1,1 chr22 22453509 . T TTG . . DP=10;ECNT=5;MBQ=23,20;MFRL=130,51;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:4,0:3,2:0|1:22453504_G_C:22453504:3,5,1,1 chr22 22453511 . A C . . DP=10;ECNT=5;MBQ=26,20;MFRL=130,51;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:4,0:3,2:0|1:22453504_G_C:22453504:3,5,1,1 chr22 22453513 . C CAGGACT . . DP=10;ECNT=5;MBQ=25,20;MFRL=118,51;MMQ=60,60;MPOS=4;PON;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:3,0:3,2:0|1:22453504_G_C:22453504:3,5,1,1 chr22 22453515 . C G . . DP=9;ECNT=5;MBQ=31,20;MFRL=100,51;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,0:3,2:0|1:22453504_G_C:22453504:2,5,1,1 chr22 22516880 . G A . . DP=15;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=128,74;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,3:0.284:12:6,1:2,2:0|1:22516880_G_A:22516880:2,7,1,2 chr22 22516883 . TC T . . DP=13;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=48.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,13:0.933:13:0,7:0,5:0|1:22516880_G_A:22516880:0,0,3,10 chr22 22550339 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=20.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,3,3 chr22 22550760 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 22555940 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 22556662 . A T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,200;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 22569393 . G C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,31;MFRL=146,110;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:22569393_G_C:22569393:1,1,1,0 chr22 22569403 . G A . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,28;MFRL=141,110;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:22569393_G_C:22569393:2,1,1,0 chr22 22569420 . A G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=27,20;MFRL=141,110;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.438:5:0,0:2,2:2,1,1,1 chr22 22569448 . T A . . DP=5;ECNT=4;MBQ=0,23;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,0:0,4:0,0,2,2 chr22 22569640 . T G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=22.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,2:0,4:0,0,2,4 chr22 22569672 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 22569720 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,27;MFRL=213,169;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:22569720_A_C:22569720:0,1,0,1 chr22 22569721 . CTG C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=34,34;MFRL=213,169;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:22569720_A_C:22569720:0,1,0,1 chr22 22569725 . AC A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,26;MFRL=213,169;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:22569720_A_C:22569720:0,1,0,1 chr22 22599380 . G A . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,112;MMQ=60,41;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=7.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr22 22707222 . A AG . . DP=10;ECNT=3;MBQ=20,28;MFRL=105,112;MMQ=60,24;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=12.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,5:0.501:10:2,2:2,2:4,1,4,1 chr22 22707327 . C T . . DP=14;ECNT=5;MBQ=31,20;MFRL=129,85;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.191:14:10,0:2,2:8,4,1,1 chr22 22707349 . C A . . DP=17;ECNT=5;MBQ=31,24;MFRL=116,142;MMQ=60,48;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:8,2:6,0:0|1:22707349_C_A:22707349:10,5,0,2 chr22 22707351 . G C . . DP=17;ECNT=5;MBQ=31,31;MFRL=116,142;MMQ=60,48;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:8,2:7,0:0|1:22707349_C_A:22707349:10,5,0,2 chr22 22707361 . T C . . DP=16;ECNT=5;MBQ=24,27;MFRL=114,142;MMQ=60,48;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.175:15:6,2:7,0:0|1:22707349_C_A:22707349:8,5,0,2 chr22 22707480 . TGA CAC . . DP=5;ECNT=5;MBQ=20,30;MFRL=96,227;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,1:1,0:2,2,0,1 chr22 22707800 . T TCA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,27;MFRL=153,82;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:1,1:2,0:0|1:22707800_T_TCA:22707800:1,2,0,1 chr22 22707802 . GGGAA G . . DP=5;ECNT=4;MBQ=33,28;MFRL=153,82;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.329:4:1,1:2,0:0|1:22707800_T_TCA:22707800:1,2,0,1 chr22 22707814 . A G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,28;MFRL=161,138;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:22707814_A_G:22707814:0,2,1,0 chr22 22707820 . T C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,33;MFRL=161,138;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:22707814_A_G:22707814:0,2,1,0 chr22 22712261 . C A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=27,23;MFRL=124,86;MMQ=49,53;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:0|1:22712261_C_A:22712261:0,4,0,1 chr22 22712264 . C A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=28,21;MFRL=112,86;MMQ=49,53;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:2,0:0|1:22712261_C_A:22712261:0,3,0,1 chr22 22712276 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,34;MFRL=0,136;MMQ=60,49;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 22712467 . T G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,127;MMQ=60,40;MPOS=27;PON;POPAF=7.30;TLOD=28.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.907:8:0,5:0,3:0,0,3,5 chr22 22724035 . T C . . DP=16;ECNT=7;MBQ=24,33;MFRL=126,104;MMQ=52,48;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=5.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.168:16:7,0:5,2:0|1:22724035_T_C:22724035:8,6,0,2 chr22 22724038 . T TC . . DP=16;ECNT=7;MBQ=26,30;MFRL=126,104;MMQ=52,48;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.168:16:8,0:5,2:0|1:22724035_T_C:22724035:8,6,0,2 chr22 22724039 . G C . . DP=15;ECNT=7;MBQ=31,33;MFRL=125,104;MMQ=52,48;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.178:15:7,0:5,2:0|1:22724035_T_C:22724035:8,5,0,2 chr22 22724042 . C CT . . DP=14;ECNT=7;MBQ=30,32;MFRL=123,104;MMQ=52,48;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:5,0:4,2:0|1:22724035_T_C:22724035:7,5,0,2 chr22 22724045 . C CT . . DP=13;ECNT=7;MBQ=29,29;MFRL=112,104;MMQ=52,48;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.200:13:5,0:6,2:0|1:22724035_T_C:22724035:5,6,0,2 chr22 22724049 . A T . . DP=14;ECNT=7;MBQ=21,28;MFRL=117,104;MMQ=52,48;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.188:14:5,0:7,2:0|1:22724035_T_C:22724035:5,7,0,2 chr22 22724135 . GT G . . DP=15;ECNT=7;MBQ=33,30;MFRL=88,107;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=8,7;RU=T;STR;TLOD=25.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,11:0.860:12:0,11:1,0:0,1,4,7 chr22 22730265 . CC TG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,25;MFRL=127,207;MMQ=50,33;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:2,0,1,0 chr22 22730280 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,141;MMQ=60,35;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=9.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr22 22730302 . A G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=31,35;MFRL=0,141;MMQ=35,40;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:1,0,1,0 chr22 22730787 . GG AA . . DP=16;ECNT=8;MBQ=25,27;MFRL=134,139;MMQ=60,49;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=18.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.437:14:3,3:5,3:6,2,2,4 chr22 22730799 . GA CC . . DP=13;ECNT=8;MBQ=30,31;MFRL=89,145;MMQ=60,48;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=18.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.428:12:1,3:6,2:4,3,2,3 chr22 22730829 . G A . . DP=17;ECNT=8;MBQ=29,26;MFRL=132,145;MMQ=60,48;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=5.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.228:16:6,3:7,0:9,4,1,2 chr22 22730849 . GTA G . . DP=17;ECNT=8;MBQ=30,33;MFRL=137,130;MMQ=56,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=9.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,3:0.211:17:6,2:5,1:0|1:22730849_GTA_G:22730849:8,6,1,2 chr22 22730853 . G GCC . . DP=14;ECNT=8;MBQ=27,33;MFRL=109,130;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=9.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,3:0.250:14:6,2:4,1:0|1:22730849_GTA_G:22730849:7,4,1,2 chr22 22730860 . C T . . DP=14;ECNT=8;MBQ=31,27;MFRL=91,130;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=9.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,3:0.250:14:8,1:3,1:0|1:22730849_GTA_G:22730849:6,5,1,2 chr22 22730869 . G A . . DP=16;ECNT=8;MBQ=28,28;MFRL=100,130;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=9.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,3:0.234:15:8,2:4,1:0|1:22730849_GTA_G:22730849:6,6,1,2 chr22 22730891 . G C . . DP=16;ECNT=8;MBQ=33,33;MFRL=100,130;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,3:0.217:15:8,2:4,1:5,7,1,2 chr22 22735736 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,1140;MMQ=60,29;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 22786410 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=108,143;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=21.24 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.582:12:3,5:1,2:3,2,2,5 chr22 22868493 . G T . . DP=9;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=37.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,9:0.909:9:0,5:0,3:0|1:22868493_G_T:22868493:0,0,7,2 chr22 22868497 . G C . . 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DP=16;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=111,126;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=9.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.374:14:8,3:1,1:5,4,3,2 chr22 23653880 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=137,158;MMQ=24,40;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:3,0,2,0 chr22 23653975 . T TCCGG . . DP=19;ECNT=1;MBQ=26,30;MFRL=126,137;MMQ=58,32;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=CCGG;STR;TLOD=5.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.172:15:7,1:6,1:10,3,0,2 chr22 23656327 . CCA C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.683:1:0,1:0,0:0|1:23656327_CCA_C:23656327:0,0,0,1 chr22 23656331 . T TCCCG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:23656327_CCA_C:23656327:0,0,0,1 chr22 23915652 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=112,125;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.70 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:3,1:4,1:4,3,1,1 chr22 23955927 . C CAT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=18,29;MFRL=135,103;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0,2,0,1 chr22 23962744 . T TTTC . . DP=15;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=153,86;MMQ=60,51;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=23.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,7:0.500:14:3,5:3,2:6,1,3,4 chr22 23964282 . GCAT G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=25,33;MFRL=118,169;MMQ=60,40;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=CAT;STR;TLOD=6.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:1,1:3,1:2,2,0,2 chr22 23968058 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr22 23974297 . GCC G . . 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DP=10;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=34.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.917:10:0,4:0,5:0,0,5,5 chr22 24109462 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,130;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=13.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,1:0,3:0,0,4,0 chr22 24109550 . T C . . DP=24;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,117;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=68.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,24:0.961:24:0,12:0,12:0,0,12,12 chr22 24122499 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=23.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,4:0,3:0,0,7,0 chr22 24129553 . GGC G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;RPA=8,7;RU=GC;STR;TLOD=3.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.685:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 24143345 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=147,89;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr22 24145395 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=10.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr22 24145675 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 24176959 . CA C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=A;STR;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr22 24179080 . GG AT . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=136,57;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=6.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.262:10:1,2:7,0:8,0,2,0 chr22 24180123 . TC T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;RPA=4,3;RU=C;STR;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 24199261 . G GTGTGTGTCTCAGTTTTGCTCT . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=99,71;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.491:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr22 24199673 . G T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=134,95;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.263:13:7,2:3,1:4,6,1,2 chr22 24199787 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=158,186;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=6.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chr22 24200260 . G A . . DP=19;ECNT=1;MBQ=33,25;MFRL=152,147;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=25.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,9:0.563:16:2,4:4,5:2,5,3,6 chr22 24210050 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,57;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr22 24217439 . G GA . . DP=6;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=141,65;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:3,2:1,0:0|1:24217439_G_GA:24217439:0,4,1,1 chr22 24217440 . G GCCT . . DP=6;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=141,65;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,2:1,0:0|1:24217439_G_GA:24217439:0,4,1,1 chr22 24217443 . C CCTCTTCAG . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=141,65;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:0|1:24217439_G_GA:24217439:0,4,0,1 chr22 24219217 . G A . . DP=10;ECNT=4;MBQ=31,24;MFRL=119,0;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.249:10:4,2:4,0:7,1,0,2 chr22 24219295 . TG CA . . DP=9;ECNT=4;MBQ=28,20;MFRL=130,57;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:2,0:5,1:0|1:24219295_TG_CA:24219295:1,6,1,1 chr22 24219300 . AT TC . . DP=9;ECNT=4;MBQ=24,20;MFRL=130,57;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:1,0:3,2:0|1:24219295_TG_CA:24219295:1,6,1,1 chr22 24219304 . G GCAAAC . . DP=8;ECNT=4;MBQ=31,20;MFRL=135,57;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:1,0:4,2:0|1:24219295_TG_CA:24219295:1,5,1,1 chr22 24226242 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 24237463 . T C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,101;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=47.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.942:15:0,10:0,4:0,0,6,9 chr22 24323046 . A G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,25;MFRL=162,129;MMQ=27,27;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:24323046_A_G:24323046:3,0,1,0 chr22 24323050 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=152,129;MMQ=27,27;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:24323046_A_G:24323046:4,0,1,0 chr22 24323242 . C CT . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,32;MFRL=134,0;MMQ=27,23;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=5.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:4,0:7,2:6,5,1,1 chr22 24325024 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,143;MMQ=60,24;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=8.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,0:0|1:24325024_C_T:24325024:0,0,1,1 chr22 24325047 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,143;MMQ=60,24;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0|1:24325024_C_T:24325024:0,0,0,2 chr22 24376322 . G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=16.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,5,0 chr22 24377027 . T TAA . . DP=4;ECNT=5;MBQ=29,24;MFRL=133,111;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:24377027_T_TAA:24377027:0,3,0,1 chr22 24377029 . A G . . DP=4;ECNT=5;MBQ=24,26;MFRL=133,111;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:0|1:24377027_T_TAA:24377027:0,3,0,1 chr22 24377034 . A G . . DP=3;ECNT=5;MBQ=0,30;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=10.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,0,3 chr22 24377046 . G GGA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=31,30;MFRL=133,155;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.499:2:1,1:0,0:0|1:24377046_G_GGA:24377046:0,1,0,1 chr22 24377047 . T TG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=29,26;MFRL=133,155;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:24377046_G_GGA:24377046:0,1,0,1 chr22 24383137 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:24383137_T_C:24383137:0,0,0,1 chr22 24383151 . G A . . 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DP=1;ECNT=6;MBQ=0,31;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24452907_CA_C:24452907:0,0,0,1 chr22 24452918 . CTGGT C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,30;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24452907_CA_C:24452907:0,0,0,1 chr22 24452924 . T C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,29;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:24452907_CA_C:24452907:0,0,0,1 chr22 24458558 . C T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=26,23;MFRL=117,103;MMQ=54,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.490:2:1,0:0,1:0|1:24458558_C_T:24458558:0,1,0,1 chr22 24458560 . G GAA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=31,34;MFRL=117,103;MMQ=54,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:24458558_C_T:24458558:0,1,0,1 chr22 24458561 . G GGATTAAATAAT,GCGGATCACTAGGTCGGGAGTTCGAGACCAGCCCGGCCAAA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,33,31;MFRL=0,103,117;MMQ=60,60,54;MPOS=8,1;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.79,3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,1:0.400,0.400:2:0,0,1:0,1,0:0,0,0,2 chr22 24458564 . A ATAAATTG . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=117,103;MMQ=54,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:24458558_C_T:24458558:0,1,0,1 chr22 24458568 . A G . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:24458558_C_T:24458558:0,0,0,1 chr22 24468456 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=112,72;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:3,1:5,1:4,4,0,2 chr22 24472270 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=15.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,3:0,2:0,0,2,3 chr22 24480503 . G A . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=32,26;MFRL=130,54;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,0:0,2:1,0,2,0 chr22 24509528 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=130,94;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.398:8:2,0:3,3:2,3,1,2 chr22 24567796 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=190,82;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:1,0,1,1 chr22 24579633 . C CAAAGGTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=126,119;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr22 24579711 . T TTTTCCTCCCTCC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,180;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 24580859 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,30;MFRL=123,145;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:1,3,0,2 chr22 24621491 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 24628763 . G T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,26;MFRL=132,152;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=10.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:2,2:0,2:2,0,2,2 chr22 24640438 . TCA T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=142,153;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;RPA=10,9;RU=CA;STR;TLOD=3.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.315:9:1,0:4,3:6,0,3,0 chr22 24726470 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=153,157;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:24726470_G_A:24726470:1,0,0,1 chr22 24726477 . G GT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,157;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:24726470_G_A:24726470:0,0,0,1 chr22 24837067 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=132,180;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=7.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,4:0.312:14:4,4:6,0:5,5,0,4 chr22 24837441 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=160,162;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0,2,0,1 chr22 24911266 . T TCCCCCGCTCCCATTTGTGCC . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,19;MFRL=158,61;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:1,1:3,0:4,1,1,1 chr22 24938908 . A G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,201;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.684:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr22 24944053 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,17;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.831:4:0,0:0,2:0,0,1,3 chr22 24953571 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=11.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,3:0,1:0,0,4,0 chr22 24953728 . G A . . DP=23;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=91,79;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:19,3:0.165:22:9,0:9,3:12,7,1,2 chr22 24963876 . C CAG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=30,31;MFRL=155,122;MMQ=60,21;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,1,0 chr22 24964128 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=42.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,5:0,7:0,0,5,7 chr22 24979722 . G T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=30,27;MFRL=136,92;MMQ=60,60;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=9.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,4:0.384:11:4,0:3,4:3,4,0,4 chr22 25003922 . G A . . DP=22;ECNT=2;MBQ=30,25;MFRL=133,116;MMQ=51,27;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=8.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,5:0.250:22:7,2:9,3:6,11,3,2 chr22 25003934 . G A . . DP=24;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=125,111;MMQ=33,51;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=19.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,9:0.449:20:4,4:7,4:6,5,4,5 chr22 25007109 . GGC AAT . . 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DP=9;ECNT=4;MBQ=25,29;MFRL=122,148;MMQ=60,42;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,1:4,1:0|1:25011031_C_T:25011031:4,3,1,1 chr22 25019299 . A AG . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,25;MFRL=0,140;MMQ=60,24;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:25019299_A_AG:25019299:0,0,0,1 chr22 25019303 . C G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,29;MFRL=0,140;MMQ=60,24;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:25019299_A_AG:25019299:0,0,0,1 chr22 25019307 . T C . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,140;MMQ=60,24;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:25019299_A_AG:25019299:0,0,0,1 chr22 25019309 . G T . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,24;MFRL=0,140;MMQ=60,24;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:25019299_A_AG:25019299:0,0,0,1 chr22 25119300 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,34;MFRL=174,23;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,1,0 chr22 25145861 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=131,134;MMQ=60,59;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:2,0:0,2:0,2,0,2 chr22 25147324 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=117,118;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=10.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:2,3:0,1:2,0,3,1 chr22 25147410 . C CAATT . . DP=17;ECNT=1;MBQ=27,20;MFRL=128,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.174:15:7,2:6,0:5,8,1,1 chr22 25150694 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,27;MFRL=140,128;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:2,0,1,1 chr22 25151890 . CA AC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr22 25153810 . GAAA G,GA . . 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DP=5;ECNT=2;MBQ=27,30;MFRL=161,68;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:2,1,1,1 chr22 25272538 . C T . . DP=20;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=90,74;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,3:0.181:20:4,0:12,3:10,7,2,1 chr22 25282476 . AT GC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,147;MMQ=60,42;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr22 25282765 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr22 25289335 . G C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=31,23;MFRL=153,100;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=19.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,8:0.694:11:0,5:3,3:3,0,6,2 chr22 25289677 . G GTGTAGA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:25289677_G_GTGTAGA:25289677:0,0,0,1 chr22 25289678 . GCC G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:25289677_G_GTGTAGA:25289677:0,0,0,1 chr22 25291095 . C A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,169;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr22 25428768 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,187;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 25436904 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=17.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,3,3 chr22 25445405 . G T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=12.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.831:4:0,1:0,2:0,0,0,4 chr22 25445412 . A AAGAGCCGTATGTCTGTGTACCTACAAAACATT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,24;MFRL=178,161;MMQ=60,53;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0,3,0,1 chr22 25570539 . G GGAATTGAAATAC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,203;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 25573514 . C T . . DP=16;ECNT=1;MBQ=31,27;MFRL=149,124;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=13.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,6:0.411:15:5,5:4,1:4,5,2,4 chr22 25597331 . T C . . DP=11;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=120,116;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.449:9:3,3:2,1:4,1,2,2 chr22 25601128 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:25601128_C_T:25601128:0,0,1,0 chr22 25601130 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:25601128_C_T:25601128:0,0,1,0 chr22 25603008 . C T . . DP=19;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=134,117;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=21.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,9:0.500:18:2,4:7,5:5,4,6,3 chr22 25620973 . A G . . DP=13;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=136,115;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:4,2:7,0:7,4,2,0 chr22 25623839 . G T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=133,60;MMQ=60,45;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:3,2:0,0:1,2,2,0 chr22 25625554 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=97,104;MMQ=60,59;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=12.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,6:0.466:13:7,5:0,1:4,3,2,4 chr22 25627796 . CAG C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,33;MFRL=177,160;MMQ=52,40;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0,4,0,1 chr22 25716068 . C G . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=23.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,1:0,6:0,0,1,6 chr22 25716111 . G A . . 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DP=4;ECNT=5;MBQ=28,30;MFRL=137,98;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:26099616_T_TTTTAAAGA:26099616:0,3,0,1 chr22 26099619 . T TGACAAATGCC . . DP=4;ECNT=5;MBQ=20,29;MFRL=137,98;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:1,1:0|1:26099616_T_TTTTAAAGA:26099616:0,3,0,1 chr22 26164386 . A AATTTTT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=24,26;MFRL=87,137;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:26164386_A_AATTTTT:26164386:2,2,0,1 chr22 26164387 . G GCATC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,32;MFRL=87,137;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:26164386_A_AATTTTT:26164386:2,2,0,1 chr22 26164390 . GAC TGT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,27;MFRL=87,137;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:26164386_A_AATTTTT:26164386:2,2,0,1 chr22 26168496 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=137,109;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.372:6:1,2:3,0:1,3,0,2 chr22 26222395 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,103;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr22 26224812 . CCGGCACCAGGGCAAGGACCGGG C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=156,131;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr22 26224841 . C CTGCCGCTGCTG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,31;MFRL=131,156;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr22 26228797 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=10.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr22 26247548 . T TGGCTCATGCTGCCTCACAACAGAAGCTTTTGCTTTCCA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,96;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 26286904 . TCCCCGAC T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=120,160;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr22 26298754 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=17.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,2,4 chr22 26299820 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:26299820_G_A:26299820:0,0,0,1 chr22 26299822 . A AGTTCTTAAGGGT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:26299820_G_A:26299820:0,0,0,1 chr22 26343805 . A G . . DP=9;ECNT=3;MBQ=0,20;MFRL=0,82;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=22.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.903:8:0,5:0,3:0,0,5,3 chr22 26343840 . G T . . DP=6;ECNT=3;MBQ=32,28;MFRL=161,75;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.332:6:2,1:2,1:0|1:26343840_G_T:26343840:0,4,0,2 chr22 26343843 . TG T . . DP=6;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=161,75;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.332:6:2,1:1,0:0|1:26343840_G_T:26343840:0,4,0,2 chr22 26346311 . AT A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,72;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=11,10;RU=T;STR;TLOD=5.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,1,1 chr22 26346484 . A ATGTGTGTGTATGTGTGTGTG . . DP=8;ECNT=5;MBQ=19,0;MFRL=140,149;MMQ=50,21;MPOS=50;POPAF=7.30;TLOD=3.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.376:3:1,0:0,0:0,2,0,1 chr22 26346492 . G A,GTA . . DP=5;ECNT=5;MBQ=34,22,34;MFRL=149,147,132;MMQ=21,60,40;MPOS=5,23;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.21,3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:1,1,1:0.250,0.368:3:0,1,0:1,0,1:0,1,0,2 chr22 26346494 . G A . . DP=5;ECNT=5;MBQ=34,22;MFRL=129,147;MMQ=50,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,1:2,0:0|1:26346494_G_A:26346494:0,4,0,1 chr22 26346496 . G A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=33,19;MFRL=132,147;MMQ=40,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,0:0|1:26346494_G_A:26346494:0,3,0,1 chr22 26346513 . T TGTGTGTGTGTTTGTGTGTA . . DP=3;ECNT=5;MBQ=21,30;MFRL=150,132;MMQ=41,40;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:0,1:0,2,0,1 chr22 26348363 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=106,124;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:8,0:4,2:2,10,1,1 chr22 26422629 . C CAGCCTTTCCTACTTTGTCAGTCCT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,32;MFRL=128,163;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.429:5:1,2:2,0:2,1,0,2 chr22 26423618 . A ACTT . . DP=11;ECNT=5;MBQ=28,20;MFRL=132,48;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:6,2:3,0:0|1:26423618_A_ACTT:26423618:5,4,1,1 chr22 26423619 . TAA T . . DP=11;ECNT=5;MBQ=26,20;MFRL=132,48;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:5,2:3,0:0|1:26423618_A_ACTT:26423618:5,4,1,1 chr22 26423697 . G GAGAGAGATTAAA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.680:1:0,1:0,0:0|1:26423697_G_GAGAGAGATTAAA:26423697:0,0,0,1 chr22 26423700 . C T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,24;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:26423697_G_GAGAGAGATTAAA:26423697:0,0,0,1 chr22 26423704 . T A . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,19;MFRL=0,128;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:26423697_G_GAGAGAGATTAAA:26423697:0,0,0,1 chr22 26690407 . T C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=13.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.841:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr22 26701924 . A C . . DP=10;ECNT=2;MBQ=24,20;MFRL=59,59;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=7.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,3:0.331:10:5,1:2,1:0|1:26701924_A_C:26701924:0,7,3,0 chr22 26701928 . A C . . DP=11;ECNT=2;MBQ=24,12;MFRL=59,59;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.78 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,3:0.330:10:5,1:2,0:0|1:26701924_A_C:26701924:0,7,3,0 chr22 26706742 . CG AT . . DP=6;ECNT=1;MBQ=23,26;MFRL=80,185;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,1:0.250:6:1,0:3,1:3,2,0,1 chr22 26747141 . C T . . 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G A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=129,117;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=4.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,1:2,1:0,3,0,2 chr22 26861545 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=14.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,1,4 chr22 26862146 . AAAAG A . . DP=6;ECNT=4;MBQ=21,20;MFRL=88,65;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:1,2:3,0:0|1:26862146_AAAAG_A:26862146:2,2,1,1 chr22 26862153 . CG AT,AG . . DP=7;ECNT=4;MBQ=0,20,20;MFRL=0,65,72;MMQ=60,60,60;MPOS=-2147483648,23;POPAF=7.30,7.30;TLOD=6.95,7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,2,3:0.300,0.573:5:0,2,1:0,0,2:0,0,3,2 chr22 26862157 . G A . . DP=6;ECNT=4;MBQ=20,22;MFRL=90,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,1:2,0:0|1:26862146_AAAAG_A:26862146:2,2,1,1 chr22 26862160 . C T . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=13,27;MFRL=204,164;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:29966556_G_GTCCT:29966556:0,1,0,1 chr22 30032899 . G A . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,24;MFRL=118,53;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.297:8:1,2:5,0:0,6,0,2 chr22 30038152 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,24;MFRL=126,125;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=8.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.555:7:1,2:2,2:1,2,2,2 chr22 30051705 . CTTTT C,CTTT . . DP=14;ECNT=1;MBQ=32,34,23;MFRL=195,66,160;MMQ=60,60,60;MPOS=26,25;POPAF=7.30,7.30;RPA=16,12,15;RU=T;STR;TLOD=3.25,8.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:3,2,3:0.213,0.426:8:2,1,1:1,1,2:2,1,1,4 chr22 30124614 . A T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,85;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr22 30136820 . T C . . 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G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=33,24;MFRL=141,121;MMQ=60,55;MPOS=34;POPAF=7.30;TLOD=12.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,3:0.667:4:1,3:0,0:0|1:30196880_T_C:30196880:1,0,0,3 chr22 30196906 . G A . . DP=6;ECNT=3;MBQ=31,24;MFRL=143,121;MMQ=60,55;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,3:2,0:3,0,0,3 chr22 30202774 . G C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=23,29;MFRL=120,120;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=9.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.618:6:0,1:2,2:2,0,4,0 chr22 30210694 . C T . . DP=13;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=137,44;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.212:12:4,0:6,2:6,4,1,1 chr22 30223709 . C CTT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=23,31;MFRL=59,122;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:30223709_C_CTT:30223709:0,2,0,1 chr22 30223711 . TCAC T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,28;MFRL=59,122;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:30223709_C_CTT:30223709:0,2,0,1 chr22 30234068 . G A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr22 30375105 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=149,66;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.373:6:2,2:2,0:0,4,0,2 chr22 30384572 . G A . . DP=15;ECNT=1;MBQ=31,28;MFRL=134,132;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=14.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.437:14:5,4:3,2:3,5,2,4 chr22 30405151 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,28;MFRL=126,114;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=14.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:1,1:0,4:1,0,3,2 chr22 30412465 . T C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=25,30;MFRL=138,138;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=10.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.586:8:1,2:2,1:3,0,4,1 chr22 30416172 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=23,29;MFRL=105,147;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=9.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,4:0.356:12:0,1:8,3:5,3,2,2 chr22 30418088 . C T . . DP=6;ECNT=3;MBQ=32,25;MFRL=146,158;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:1,0:2,2:1,2,2,0 chr22 30418161 . A C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=24,29;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.671:4:1,1:0,2:0,1,1,2 chr22 30418205 . A AACAGGCCACAGTGTG . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,26;MFRL=92,159;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0,2,0,1 chr22 30418719 . TG AT . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,27;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:30418719_TG_AT:30418719:0,0,0,1 chr22 30418725 . G C . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,33;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:30418719_TG_AT:30418719:0,0,0,1 chr22 30418728 . G GGATTTCTA . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,32;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:30418719_TG_AT:30418719:0,0,0,1 chr22 30418731 . G T . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,24;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:30418719_TG_AT:30418719:0,0,0,1 chr22 30418734 . GG TT . . DP=1;ECNT=5;MBQ=0,31;MFRL=0,106;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:30418719_TG_AT:30418719:0,0,0,1 chr22 30494883 . T A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=921,94;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,0:1,2:0,3,1,1 chr22 30603155 . G GGAGTGC . . DP=11;ECNT=2;MBQ=26,20;MFRL=101,40;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.248:10:3,0:5,2:0|1:30603155_G_GGAGTGC:30603155:2,6,1,1 chr22 30603157 . A C . . DP=12;ECNT=2;MBQ=22,20;MFRL=101,40;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.245:10:3,0:5,2:0|1:30603155_G_GGAGTGC:30603155:2,6,1,1 chr22 30660223 . C CCTCGGATGCTTTTCAGCGCA . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=136,59;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,0:3,2:2,2,1,1 chr22 30660517 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,32;MFRL=95,142;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:30660517_A_C:30660517:0,1,0,1 chr22 30660521 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=95,142;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:30660517_A_C:30660517:0,1,0,1 chr22 30681797 . T TCTGCCCCAGCCCTTGGTGCTCCCC . . 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CCCA C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,33;MFRL=193,150;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:30742595_G_C:30742595:0,1,0,1 chr22 30752696 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=96,136;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.440:5:0,1:2,1:2,1,1,1 chr22 30762081 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 30772259 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=95,88;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=7.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,4:0.311:14:4,4:4,0:8,2,1,3 chr22 30776419 . T C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=21,20;MFRL=145,128;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.287:12:6,2:2,1:4,5,1,2 chr22 30793817 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=97,138;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=10.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.626:6:2,2:0,2:1,1,3,1 chr22 30812192 . ATTATGTCTCAATTGGTGATATCCCCTGCAGGTGGCAGT A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=147,241;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:1,0,1,0 chr22 30822605 . A C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,31;MFRL=146,188;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:30822605_A_C:30822605:2,0,1,0 chr22 30822607 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,25;MFRL=146,188;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:30822605_A_C:30822605:2,0,1,0 chr22 30823104 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=23,29;MFRL=124,139;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:4,1:0,1:1,3,1,1 chr22 30885935 . T TGCCGCACCA . . DP=2;ECNT=3;MBQ=24,29;MFRL=164,78;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:30885935_T_TGCCGCACCA:30885935:1,0,0,1 chr22 30885938 . G T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,27;MFRL=164,78;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:30885935_T_TGCCGCACCA:30885935:1,0,0,1 chr22 30885941 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=28,25;MFRL=164,78;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:30885935_T_TGCCGCACCA:30885935:1,0,0,1 chr22 30887647 . C CAGACTCATTTCATCTAATAGTATCAA . . DP=10;ECNT=1;MBQ=23,20;MFRL=110,62;MMQ=60,31;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.250:10:1,2:7,0:5,3,1,1 chr22 30888419 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=29,28;MFRL=130,159;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:30888419_T_C:30888419:1,1,1,0 chr22 30888424 . A G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=24,26;MFRL=130,159;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:30888419_T_C:30888419:1,1,1,0 chr22 30891235 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,23;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,1:0,0:0|1:30891235_G_A:30891235:0,0,1,1 chr22 30891250 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,20;MFRL=0,46;MMQ=60,60;MPOS=13;PON;POPAF=7.30;TLOD=8.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0|1:30891235_G_A:30891235:0,0,1,2 chr22 30891859 . A G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=28.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.912:9:0,3:0,6:0,0,9,0 chr22 30921249 . G T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,199;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=11.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,4:0,0:0,0,2,2 chr22 30921693 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,113;MMQ=60,24;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=5.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr22 30925398 . G T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,27;MFRL=128,108;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:30925398_G_T:30925398:0,2,0,1 chr22 30925401 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=26,27;MFRL=128,108;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:30925398_G_T:30925398:0,2,0,1 chr22 30925403 . A T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=24,25;MFRL=128,108;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:30925398_G_T:30925398:0,2,0,1 chr22 30930080 . T A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,193;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr22 30975162 . G C . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=56,96;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=17.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.592:12:1,3:2,4:2,3,2,5 chr22 30976179 . G T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=0,20;MFRL=0,57;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0|1:30976179_G_T:30976179:0,0,1,1 chr22 30976181 . GA G . . DP=2;ECNT=6;MBQ=0,20;MFRL=0,57;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0|1:30976179_G_T:30976179:0,0,1,1 chr22 30976187 . A T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=0,20;MFRL=0,57;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0|1:30976179_G_T:30976179:0,0,1,1 chr22 30976190 . C A . . DP=2;ECNT=6;MBQ=0,20;MFRL=0,57;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=8.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0|1:30976179_G_T:30976179:0,0,1,1 chr22 30976195 . A C . . DP=2;ECNT=6;MBQ=23,33;MFRL=455,57;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:30976179_G_T:30976179:1,0,0,1 chr22 30976197 . A T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=27,30;MFRL=455,57;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:30976179_G_T:30976179:1,0,0,1 chr22 30987749 . G C . . DP=3;ECNT=6;MBQ=32,13;MFRL=140,104;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:1,0:0|1:30987749_G_C:30987749:0,2,1,0 chr22 30987755 . G C . . DP=4;ECNT=6;MBQ=32,13;MFRL=168,104;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:2,0:0|1:30987749_G_C:30987749:0,3,1,0 chr22 30987757 . A C . . DP=5;ECNT=6;MBQ=23,12;MFRL=167,104;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,0:0|1:30987749_G_C:30987749:0,4,1,0 chr22 30987762 . A C . . DP=5;ECNT=6;MBQ=25,12;MFRL=167,104;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,0:0|1:30987749_G_C:30987749:0,4,1,0 chr22 30987767 . T A . . 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DP=4;ECNT=5;MBQ=31,31;MFRL=127,161;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0|1:31011514_G_GATATT:31011514:1,2,0,1 chr22 31011515 . TGG T . . DP=4;ECNT=5;MBQ=28,30;MFRL=127,161;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:31011514_G_GATATT:31011514:1,2,0,1 chr22 31011525 . C T . . DP=5;ECNT=5;MBQ=31,23;MFRL=112,78;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:1,0:1,2:1,1,2,0 chr22 31011557 . T C . . DP=6;ECNT=5;MBQ=23,30;MFRL=116,78;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=4.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.376:6:1,0:2,2:3,1,2,0 chr22 31089958 . G GA . . DP=24;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=115,97;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=13,14;RU=A;STR;TLOD=14.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,15:0.753:20:2,5:1,4:3,2,7,8 chr22 31090067 . T TCCACAACTA . . DP=24;ECNT=2;MBQ=27,29;MFRL=166,126;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=59.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,15:0.667:22:1,2:6,11:1,6,5,10 chr22 31091215 . G GT . . DP=7;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=137,74;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.318:4:1,1:1,0:0|1:31091215_G_GT:31091215:1,2,0,1 chr22 31091217 . G GGTACA . . DP=6;ECNT=3;MBQ=30,29;MFRL=137,74;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.322:4:2,1:1,0:0|1:31091215_G_GT:31091215:1,2,0,1 chr22 31091226 . A AT . . DP=3;ECNT=3;MBQ=29,27;MFRL=100,138;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:1,0,0,1 chr22 31277591 . A C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,12;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:31277591_A_C:31277591:0,0,1,0 chr22 31277594 . C G . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=20,20;MFRL=105,101;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,0:2,2:1,2,1,1 chr22 31328925 . TC T . . DP=8;ECNT=3;MBQ=29,20;MFRL=137,96;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=C;STR;TLOD=3.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.297:8:1,2:5,0:2,4,1,1 chr22 31329038 . G A . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,24;MFRL=54,89;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=10.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,3:0.667:4:0,1:1,0:0|1:31329038_G_A:31329038:1,0,0,3 chr22 31329056 . G C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,89;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=11.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0|1:31329038_G_A:31329038:0,0,0,3 chr22 31329400 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=33,32;MFRL=171,165;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:31329400_C_T:31329400:2,0,0,1 chr22 31329412 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=116,165;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:31329400_C_T:31329400:2,2,0,1 chr22 31329954 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,156;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=7.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.796:3:0,1:0,1:0,0,3,0 chr22 31331144 . G GTTTTCCTTT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:31331144_G_GTTTTCCTTT:31331144:0,0,0,1 chr22 31331145 . G GGT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:31331144_G_GTTTTCCTTT:31331144:0,0,0,1 chr22 31331148 . C CTCCT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:31331144_G_GTTTTCCTTT:31331144:0,0,0,1 chr22 31333108 . T A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=26,22;MFRL=122,140;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:31333108_T_A:31333108:0,1,0,1 chr22 31333112 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=30,26;MFRL=122,140;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:31333108_T_A:31333108:0,1,0,1 chr22 31479389 . A C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=32,34;MFRL=0,114;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:1,0,0,1 chr22 31484432 . A C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,17;MFRL=156,244;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,0:0|1:31484432_A_C:31484432:1,0,1,0 chr22 31484439 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,244;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=3.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:31484432_A_C:31484432:0,0,1,0 chr22 31487798 . GC G . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,32;MFRL=138,152;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=8,7;RU=C;STR;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.252:10:6,2:2,0:4,4,1,1 chr22 31491295 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr22 31494568 . A AC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=7,8;RU=C;STR;TLOD=5.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,2,0 chr22 31497054 . A C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=16.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,4:0,1:0,0,1,4 chr22 31501788 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=10.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr22 31521971 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 31524549 . A T . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=29,27;MFRL=147,141;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=10.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,4:0.625:6:0,3:2,1:2,0,3,1 chr22 32289759 . GTCAGGCCTTTGGCTCACCTCACAGTGGGCATGGAGATGCTTGATAGAGATTCATGTCACTTTAATTTTTTAGT G . . DP=9;ECNT=3;MBQ=30,30;MFRL=149,139;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.302:9:3,2:0,2:0,5,0,4 chr22 32289780 . A ATTGCAAGATCCAAT . . DP=6;ECNT=3;MBQ=24,25;MFRL=142,179;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.480:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr22 32289827 . T TACTGAACATGTTTTTTCTATTCC . . DP=6;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=204,149;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.469:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr22 32301873 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:32301873_G_C:32301873:0,0,1,0 chr22 32301876 . T C . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=25,27;MFRL=105,138;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:1,1:3,1:1,3,1,1 chr22 35734821 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:35734821_G_A:35734821:0,0,0,1 chr22 35734830 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,191;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:35734821_G_A:35734821:0,0,0,1 chr22 35741820 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,125;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=8.82 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,1,2 chr22 35786055 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,168;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.679:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 35797333 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=33.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,11:0.929:11:0,5:0,6:0,0,6,5 chr22 35797752 . G GAA . . DP=5;ECNT=4;MBQ=31,20;MFRL=132,55;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=1,3;RU=A;STR;TLOD=7.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.491:5:1,0:2,2:0|1:35797752_G_GAA:35797752:0,3,1,1 chr22 35797754 . G GCAGGAATGGCTTTACCCATT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,20;MFRL=132,55;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.491:5:1,0:1,2:0|1:35797752_G_GAA:35797752:0,3,1,1 chr22 35797756 . C CTGGCCTG . . DP=4;ECNT=4;MBQ=27,33;MFRL=136,55;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,0:1,1:0|1:35797752_G_GAA:35797752:0,2,1,1 chr22 35797761 . A G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=27,32;MFRL=136,55;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:35797752_G_GAA:35797752:0,2,0,1 chr22 35799542 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,174;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 35806756 . G A . . DP=14;ECNT=1;MBQ=24,20;MFRL=102,104;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=12.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,6:0.437:14:4,1:4,5:4,4,3,3 chr22 35808708 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,30;MFRL=110,65;MMQ=60,46;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=6.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:0|1:35808708_C_T:35808708:0,3,0,2 chr22 35808710 . G GATCACGAGGTCAGGAGATCAAGA . . DP=5;ECNT=2;MBQ=33,34;MFRL=110,130;MMQ=60,31;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:35808708_C_T:35808708:0,4,0,1 chr22 35810052 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,158;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=14.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,1,3 chr22 35817323 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=153,96;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.84 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:0,0:1,2:0,1,1,1 chr22 36006923 . G GC . . 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DP=1;ECNT=3;MBQ=0,16;MFRL=0,187;MMQ=60,40;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,0:0|1:36113801_G_A:36113801:0,0,1,0 chr22 36114047 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:36114047_C_T:36114047:0,0,0,1 chr22 36114054 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:36114047_C_T:36114047:0,0,0,1 chr22 36152301 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,34;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:36152301_T_C:36152301:0,0,0,1 chr22 36152309 . C CTAAAAATTTGGAATTACAT . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:36152301_T_C:36152301:0,0,0,1 chr22 36164432 . A ACGTATGTTTATTGCGGCACTAT . . DP=7;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=156,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.366:6:1,0:3,2:0,4,1,1 chr22 36545531 . GA CT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,33;MFRL=194,148;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:36545531_GA_CT:36545531:0,1,0,1 chr22 36545539 . C CCCCAGCCAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,32;MFRL=194,148;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:36545531_GA_CT:36545531:0,1,0,1 chr22 36556964 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=17.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.880:6:0,3:0,3:0,0,0,6 chr22 36591274 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,7082774;MMQ=60,54;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr22 36593628 . A AC . . DP=8;ECNT=2;MBQ=25,30;MFRL=47,110;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=6,7;RU=C;STR;TLOD=9.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,4:0.500:8:1,3:3,1:0|1:36593628_A_AC:36593628:3,1,4,0 chr22 36593640 . A T . . DP=12;ECNT=2;MBQ=20,27;MFRL=93,102;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=29.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,9:0.715:12:1,4:2,4:0|1:36593628_A_AC:36593628:2,1,7,2 chr22 36623731 . T C . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=11;PON;POPAF=7.30;TLOD=37.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.933:13:0,2:0,10:0,0,6,7 chr22 36624414 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:36624414_C_T:36624414:0,0,0,1 chr22 36624416 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:36624414_C_T:36624414:0,0,0,1 chr22 36653275 . G A . . 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DP=18;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=79.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,18:0.950:18:0,7:0,11:0|1:36661149_A_G:36661149:0,0,11,7 chr22 36661904 . T G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=181,54;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:0|1:36661904_T_G:36661904:0,2,1,1 chr22 36661905 . A ATCTTGGATTTGCCAGCCTCCAG . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=181,54;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:0,2:2,0:0|1:36661904_T_G:36661904:0,2,1,1 chr22 36685435 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,161;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 36690345 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=116,82;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,2:1,0:0,3,1,1 chr22 36695173 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,197;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 36705529 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,170;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=9.33 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,0,3 chr22 36708084 . C T . . DP=11;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=26.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.919:10:0,6:0,3:0,0,6,4 chr22 36708199 . G GCGA . . DP=5;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=120,128;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:36708199_G_GCGA:36708199:1,3,0,1 chr22 36708203 . T TCC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=28,27;MFRL=120,128;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:36708199_G_GCGA:36708199:1,3,0,1 chr22 36710183 . T C . . 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DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,2,0 chr22 36744887 . C G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=17.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.841:4:0,1:0,3:0|1:36744887_C_G:36744887:0,0,3,1 chr22 36744889 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=-1073741824;POPAF=7.30;TLOD=17.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0|1:36744887_C_G:36744887:0,0,3,1 chr22 36863918 . A T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=25,30;MFRL=111,85;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:4,1:0,1:0|1:36863918_A_T:36863918:0,4,0,2 chr22 36863919 . CCACG C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=111,85;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:4,1:0,1:0|1:36863918_A_T:36863918:0,4,0,2 chr22 36872980 . T TC . . DP=4;ECNT=2;MBQ=29,28;MFRL=130,188;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=C;STR;TLOD=3.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.396:3:2,1:0,0:1,1,0,1 chr22 36872983 . T TGCC . . DP=4;ECNT=2;MBQ=28,26;MFRL=149,188;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:3,1:0,0:1,2,0,1 chr22 36877695 . G GGA . . DP=66;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=116,100;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=87.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:30,30:0.501:60:11,11:18,17:23,7,16,14 chr22 36886050 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=70,0;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:3,2:4,0:2,5,0,2 chr22 36897529 . T C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=28,27;MFRL=145,120;MMQ=40,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:36897529_T_C:36897529:0,1,0,1 chr22 36897535 . T C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=26,33;MFRL=148,120;MMQ=50,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:36897529_T_C:36897529:0,2,0,1 chr22 36897541 . CT C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,29;MFRL=148,120;MMQ=50,60;MPOS=6;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=T;STR;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,0:0,1:0|1:36897529_T_C:36897529:0,2,0,1 chr22 36897554 . T C . . DP=4;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=151,145;MMQ=40,40;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,1:1,0:0,3,0,1 chr22 36900436 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=34,25;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:36900436_G_A:36900436:0,1,0,1 chr22 36900438 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=16,24;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:36900436_G_A:36900436:0,1,0,1 chr22 36907098 . T C . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=15.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.876:5:0,2:0,3:0,0,1,4 chr22 36908442 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=34,28;MFRL=184,95;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0|1:36908442_C_T:36908442:4,0,0,1 chr22 36908450 . C CTTTT . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,28;MFRL=174,95;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;RPA=1,5;RU=T;STR;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:36908442_C_T:36908442:3,0,0,1 chr22 36915494 . G A . . DP=20;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=127,112;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,3:0.200:18:9,3:5,0:7,8,3,0 chr22 36916707 . C T . . DP=14;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=123,180;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:12,2:0.187:14:6,2:6,0:5,7,2,0 chr22 36920062 . T C . . 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G T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=25.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,9:0.908:9:0,7:0,1:0,0,3,6 chr22 37325529 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=113,149;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:1,0:1,1:0,3,0,1 chr22 37326660 . C CCCACGGCACCTGCAAACCCA . . DP=2;ECNT=2;MBQ=32,31;MFRL=139,78;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:37326660_C_CCCACGGCACCTGCAAACCCA:37326660:1,0,0,1 chr22 37326663 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=139,78;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:37326660_C_CCCACGGCACCTGCAAACCCA:37326660:1,0,0,1 chr22 37328966 . G C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=155,118;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=24.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,8:0.750:10:2,5:0,3:1,1,1,7 chr22 37331305 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr22 37331472 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=124,44;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.329:7:4,0:1,2:3,2,1,1 chr22 37332632 . C A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,25;MFRL=139,60;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:1,2:2,0:3,0,0,2 chr22 37398195 . C T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=169,147;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=11.35 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,3:0.500:6:1,1:2,2:0|1:37398195_C_T:37398195:2,1,3,0 chr22 37398201 . C A . . DP=8;ECNT=2;MBQ=33,29;MFRL=169,134;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=16.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,5:0.600:8:1,2:2,3:0|1:37398195_C_T:37398195:2,1,4,1 chr22 37398416 . G GTACTGGAAGCGGATCTTCTA . . 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G GAAAGAGAGAGGACAGAAAGAGA . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,133;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 37453452 . C T . . DP=7;ECNT=1;MBQ=20,27;MFRL=105,162;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.547:7:1,3:2,0:1,2,4,0 chr22 37457173 . T C . . DP=28;ECNT=2;MBQ=25,33;MFRL=116,148;MMQ=60,54;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=8.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:24,3:0.137:27:9,0:14,3:0|1:37457173_T_C:37457173:13,11,0,3 chr22 37457178 . C A . . DP=27;ECNT=2;MBQ=31,23;MFRL=116,148;MMQ=60,54;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=8.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:24,3:0.138:27:8,0:15,3:0|1:37457173_T_C:37457173:13,11,0,3 chr22 37464624 . T C . . DP=16;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=49.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.944:16:0,8:0,7:0,0,10,6 chr22 37464772 . G A . . 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C CCTCCCTTGTCTAAGA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,197;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:37485905_T_TA:37485905:0,0,0,1 chr22 37491545 . T C . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,109;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=48.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,15:0.941:15:0,6:0,9:0,0,13,2 chr22 37492585 . C T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=8.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.811:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chr22 37524224 . C CTGGGGCACCT . . DP=11;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=123,57;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.247:10:3,2:5,0:0|1:37524224_C_CTGGGGCACCT:37524224:2,6,1,1 chr22 37524229 . C CA . . DP=10;ECNT=2;MBQ=33,30;MFRL=123,57;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:2,1:5,0:0|1:37524224_C_CTGGGGCACCT:37524224:2,6,1,1 chr22 37524619 . G T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=104,180;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.428:5:3,2:0,0:3,0,1,1 chr22 37533530 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,246;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr22 37535328 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,118;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr22 37539713 . T C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,145;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=5.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,1:0,0,0,2 chr22 37580538 . C T . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,30;MFRL=140,101;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:37580538_C_T:37580538:1,3,0,1 chr22 37580550 . TC T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=17,28;MFRL=102,101;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:37580538_C_T:37580538:0,1,0,1 chr22 37581485 . C A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=20,25;MFRL=123,166;MMQ=60,60;MPOS=9;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,2:0.500:4:0,1:2,1:1,1,0,2 chr22 37584234 . C T . . DP=12;ECNT=7;MBQ=22,20;MFRL=126,53;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=6.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.248:10:3,0:5,2:0|1:37584234_C_T:37584234:2,6,1,1 chr22 37584252 . A AAC . . DP=8;ECNT=7;MBQ=23,20;MFRL=132,53;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:4,0:2,2:0|1:37584234_C_T:37584234:0,6,1,1 chr22 37584253 . TGGCC T . . DP=8;ECNT=7;MBQ=28,20;MFRL=132,53;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:3,0:2,2:0|1:37584234_C_T:37584234:0,6,1,1 chr22 37584262 . G C . . DP=6;ECNT=7;MBQ=31,20;MFRL=126,53;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.375:6:2,0:2,2:0|1:37584234_C_T:37584234:0,4,1,1 chr22 37584268 . T G . . DP=5;ECNT=7;MBQ=31,20;MFRL=120,53;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:2,2:0|1:37584234_C_T:37584234:0,3,1,1 chr22 37584271 . CC TT . . DP=5;ECNT=7;MBQ=30,25;MFRL=120,53;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:2,1:0|1:37584234_C_T:37584234:0,3,1,1 chr22 37584275 . T A . . DP=4;ECNT=7;MBQ=30,27;MFRL=155,53;MMQ=60,60;MPOS=-3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,0:2,1:0|1:37584234_C_T:37584234:0,3,0,1 chr22 37602583 . G GC . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,98;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=C;STR;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr22 37602995 . C CAATGCCTAG . . DP=11;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=147,56;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.267:9:3,0:4,2:0|1:37602995_C_CAATGCCTAG:37602995:3,4,1,1 chr22 37603000 . CA TT . . DP=8;ECNT=2;MBQ=33,20;MFRL=125,56;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:2,0:4,2:0|1:37602995_C_CAATGCCTAG:37602995:3,3,1,1 chr22 37678551 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,33;MFRL=148,121;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=6.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,1:2,1:3,1,2,0 chr22 37688710 . A AGC . . DP=8;ECNT=3;MBQ=23,20;MFRL=130,58;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.331:7:2,2:2,0:0|1:37688710_A_AGC:37688710:1,4,1,1 chr22 37688713 . G GCAGGA . . DP=9;ECNT=3;MBQ=21,20;MFRL=130,58;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.298:8:3,2:2,0:0|1:37688710_A_AGC:37688710:1,5,1,1 chr22 37688780 . CCCA C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.685:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 37697159 . C CG . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,30;MFRL=245,114;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,1,0 chr22 37699197 . C CG . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;RPA=4,5;RU=G;STR;TLOD=12.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,2:0,2:0,0,4,0 chr22 37707962 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=0,22;MFRL=0,160;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.810:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr22 37708004 . T C . . DP=7;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=24.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,2:0,5:0,0,6,1 chr22 37709622 . C CTTCTCTCTCTGTG . . DP=5;ECNT=3;MBQ=34,31;MFRL=143,127;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:0,1:3,0:0,4,0,1 chr22 37709657 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,29;MFRL=157,168;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:37709657_A_C:37709657:0,1,0,1 chr22 37709660 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=23,34;MFRL=157,168;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:37709657_A_C:37709657:0,1,0,1 chr22 37770437 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=23,30;MFRL=113,160;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:4,1:0,1:2,2,2,0 chr22 37770561 . GG AA . . DP=7;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=79,80;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=7.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:1,2:2,0:2,1,1,1 chr22 37771313 . TGG T . . DP=10;ECNT=2;MBQ=28,20;MFRL=155,44;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.269:9:4,2:2,0:0|1:37771313_TGG_T:37771313:3,4,1,1 chr22 37771320 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=32,19;MFRL=155,44;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:5,0:2,0:0|1:37771313_TGG_T:37771313:3,4,1,1 chr22 37771876 . CCCTCCT C . . DP=13;ECNT=2;MBQ=20,34;MFRL=76,147;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=11,9;RU=CCT;STR;TLOD=3.50 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.530:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr22 37771918 . T TG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,29;MFRL=149,147;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr22 37866010 . A ATAGTTCTCCCGGAAAC . . DP=9;ECNT=5;MBQ=25,20;MFRL=123,57;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:5,2:2,0:1,6,1,1 chr22 37866063 . G A . . DP=8;ECNT=5;MBQ=20,24;MFRL=53,85;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=15.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.700:8:2,4:0,2:1,1,2,4 chr22 37866079 . C CA . . DP=5;ECNT=5;MBQ=25,32;MFRL=85,123;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,1:2,0:0|1:37866079_C_CA:37866079:2,2,0,1 chr22 37866080 . C CAT . . 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DP=1;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,138;MMQ=60,43;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:38429113_T_C:38429113:0,0,0,1 chr22 38429127 . CC AT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=0,23;MFRL=178,138;MMQ=60,43;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.501:2:0,1:0,0:0|1:38429113_T_C:38429113:0,1,0,1 chr22 38455430 . G GTGGAAAGGGAC . . DP=5;ECNT=2;MBQ=30,32;MFRL=116,113;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:2,0:2,1:0|1:38455430_G_GTGGAAAGGGAC:38455430:0,4,0,1 chr22 38455432 . A C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=25,34;MFRL=116,113;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:2,1:0|1:38455430_G_GTGGAAAGGGAC:38455430:0,4,0,1 chr22 38467784 . G C . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,26;MFRL=134,84;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=9.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:3,4:2,0:2,3,1,3 chr22 38468683 . G GGCACAGTTCC . . DP=2;ECNT=1;MBQ=34,30;MFRL=161,137;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr22 38469929 . T TCACGTTCACACTTCGGATATTCTTG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:38469929_T_TCACGTTCACACTTCGGATATTCTTG:38469929:0,0,0,1 chr22 38469932 . C G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:38469929_T_TCACGTTCACACTTCGGATATTCTTG:38469929:0,0,0,1 chr22 38470296 . G GGGGGGC . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,33;MFRL=112,150;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,2:0.500:4:1,2:1,0:0|1:38470296_G_GGGGGGC:38470296:0,2,2,0 chr22 38470297 . T C . . 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DP=12;ECNT=1;MBQ=26,27;MFRL=96,108;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TCATGGGTG;STR;TLOD=8.90 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.359:9:3,0:3,2:3,3,2,1 chr22 38503968 . C T . . DP=7;ECNT=3;MBQ=20,32;MFRL=103,120;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=10.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,3:0.500:6:2,0:0,3:0|1:38503968_C_T:38503968:1,2,0,3 chr22 38503972 . C T . . DP=6;ECNT=3;MBQ=20,30;MFRL=103,136;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,0:0,2:1,2,0,2 chr22 38503977 . A C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=26,34;MFRL=128,103;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:4,1:0.286:5:2,1:2,0:1|0:38503968_C_T:38503968:0,4,1,0 chr22 38504372 . T C . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=10.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,4:0,0:0,0,1,3 chr22 38536015 . G GATTCCTACCCATGATACAA . . DP=8;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=122,65;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.46 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:1,2:5,0:2,4,1,1 chr22 38539041 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.88 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chr22 38541473 . C T . . DP=22;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=97,113;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:18,3:0.173:21:11,3:6,0:9,9,1,2 chr22 38564041 . C G . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,32;MFRL=124,118;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=15.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:0,3:4,2:1,3,2,3 chr22 38609987 . T G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:38609987_T_G:38609987:0,0,0,1 chr22 38609988 . C CT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:38609987_T_G:38609987:0,0,0,1 chr22 38609990 . C A . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,21;MFRL=0,149;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:38609987_T_G:38609987:0,0,0,1 chr22 38612122 . T C . . DP=6;ECNT=2;MBQ=28,32;MFRL=182,140;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.479:6:3,0:0,3:0,3,0,3 chr22 38612161 . C CACGAG . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,30;MFRL=191,190;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,1:1,0:0,4,0,1 chr22 38612518 . AT A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=29,28;MFRL=137,154;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=17.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,5:0.601:8:0,1:3,4:2,1,2,3 chr22 38612556 . T TAAA . . DP=8;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=135,94;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;RPA=4,7;RU=A;STR;TLOD=9.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.676:4:0,1:1,1:0,1,1,2 chr22 38621661 . G A . . DP=4;ECNT=1;MBQ=31,26;MFRL=112,155;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:1,1:0,1:0,1,0,2 chr22 38690079 . C A . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,171;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr22 38697049 . AGAG A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,24;MFRL=0,193;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:38697049_AGAG_A:38697049:0,0,0,1 chr22 38697056 . G C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,193;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:38697049_AGAG_A:38697049:0,0,0,1 chr22 38699050 . GAGGC G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=AGGC;STR;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 38823679 . CA GC . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=165,57;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,2:1,0:0|1:38823679_CA_GC:38823679:1,2,1,1 chr22 38823682 . A ATCTTG . . 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DP=3;ECNT=4;MBQ=31,28;MFRL=126,115;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:40217154_A_AAT:40217154:0,2,0,1 chr22 40217172 . A G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,30;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 40257765 . C T . . DP=17;ECNT=2;MBQ=26,23;MFRL=120,109;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:15,2:0.158:17:8,0:6,2:0|1:40257765_C_T:40257765:10,5,1,1 chr22 40257769 . C T . . DP=18;ECNT=2;MBQ=23,28;MFRL=116,109;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=5.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:16,2:0.150:18:9,0:7,2:0|1:40257765_C_T:40257765:11,5,1,1 chr22 40343266 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=3.48 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 40356214 . C G . . 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C CA . . DP=12;ECNT=2;MBQ=24,30;MFRL=52,0;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=15,16;RU=A;STR;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.435:7:0,1:2,1:2,2,2,1 chr22 41195082 . G A . . DP=54;ECNT=3;MBQ=26,27;MFRL=136,127;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=32.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:33,15:0.319:48:21,8:12,7:24,9,9,6 chr22 41195153 . T TG . . DP=12;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=119,97;MMQ=60,47;MPOS=18;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=G;STR;TLOD=3.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.238:10:6,0:2,2:2,6,1,1 chr22 41195191 . A AGTGGCATGGTT . . DP=8;ECNT=3;MBQ=0,23;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=15.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.854:4:0,3:0,0:0,0,0,4 chr22 41236730 . TAG T . . DP=27;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=118,130;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;RPA=6,5;RU=AG;STR;TLOD=4.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:22,2:0.114:24:11,2:11,0:5,17,0,2 chr22 41244398 . C G . . 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DP=3;ECNT=7;MBQ=28,28;MFRL=175,117;MMQ=40,40;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:41282608_T_TTG:41282608:0,2,0,1 chr22 41282610 . A T . . DP=2;ECNT=7;MBQ=24,28;MFRL=161,117;MMQ=40,40;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:41282608_T_TTG:41282608:0,1,0,1 chr22 41282613 . A G . . DP=2;ECNT=7;MBQ=24,28;MFRL=117,161;MMQ=40,40;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr22 41282615 . GT AT,TA . . DP=2;ECNT=7;MBQ=0,22,24;MFRL=0,161,117;MMQ=60,40,40;MPOS=3,5;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.79,3.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:0,1,1:0.400,0.400:2:0,1,1:0,0,0:0,0,0,2 chr22 41513094 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,184;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=8.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,3,0 chr22 41537234 . G T . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=87,115;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:41645318_A_G:41645318:1,0,1,0 chr22 41645323 . G A . . DP=2;ECNT=2;MBQ=28,29;MFRL=87,115;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:41645318_A_G:41645318:1,0,1,0 chr22 41645468 . C CGCAGAGAGA . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,27;MFRL=117,117;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.496:2:0,0:1,1:0|1:41645468_C_CGCAGAGAGA:41645468:1,0,0,1 chr22 41645472 . G C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=25,33;MFRL=117,117;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.65 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.496:2:0,0:1,1:0|1:41645468_C_CGCAGAGAGA:41645468:1,0,0,1 chr22 41645500 . TG T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=0,26;MFRL=0,131;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;RPA=7,6;RU=G;STR;TLOD=3.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.762:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr22 41645914 . G GAAGTGCCGCACAGAGCGAGCC . . DP=3;ECNT=1;MBQ=30,33;MFRL=144,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.490:2:1,0:0,1:0,1,0,1 chr22 41649087 . C CCTCGACCCCCACGCTG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:41649087_C_CCTCGACCCCCACGCTG:41649087:0,0,0,1 chr22 41649089 . T A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:41649087_C_CCTCGACCCCCACGCTG:41649087:0,0,0,1 chr22 41650473 . C T . . DP=4;ECNT=3;MBQ=29,30;MFRL=146,129;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:41650473_C_T:41650473:0,1,0,1 chr22 41650479 . C T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=146,129;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:0,1:0|1:41650473_C_T:41650473:0,1,0,1 chr22 41650486 . G C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,34;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:41650473_C_T:41650473:0,0,0,1 chr22 41652332 . C T . . DP=8;ECNT=2;MBQ=25,29;MFRL=110,146;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=7.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.400:8:3,3:2,0:2,3,1,2 chr22 41652345 . C G . . DP=6;ECNT=2;MBQ=31,34;MFRL=146,110;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=9.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:3,2:0,1:1,2,1,2 chr22 41652657 . CAG C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,34;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:41652657_CAG_C:41652657:0,0,1,0 chr22 41652662 . G C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,34;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:41652657_CAG_C:41652657:0,0,1,0 chr22 41652667 . A C . . 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DP=9;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=133,106;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:4,0:3,2:4,3,1,1 chr22 41832598 . G A . . DP=12;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=121,82;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:5,2:5,0:4,6,1,1 chr22 41863423 . A G . . DP=14;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,108;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=43.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,13:0.935:13:0,11:0,2:0,0,8,5 chr22 41864190 . A T . . DP=19;ECNT=2;MBQ=26,26;MFRL=124,129;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=26.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,11:0.572:19:3,7:5,4:2,6,4,7 chr22 41864216 . A C . . DP=12;ECNT=2;MBQ=0,33;MFRL=0,141;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=44.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.929:12:0,5:0,7:0,0,1,11 chr22 41904150 . T TCATTTTGAAACC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=162,152;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:41904150_T_TCATTTTGAAACC:41904150:0,2,0,1 chr22 41904153 . C A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=34,21;MFRL=162,152;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:41904150_T_TCATTTTGAAACC:41904150:0,2,0,1 chr22 41911582 . G GTCCAT . . DP=6;ECNT=4;MBQ=30,30;MFRL=135,121;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.323:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr22 41911584 . G GCACACATAAACA . . DP=4;ECNT=4;MBQ=31,30;MFRL=127,135;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:2,1:1,0:0,3,0,1 chr22 41911585 . G T,GGCCCTGGGCTGTAT . . DP=4;ECNT=4;MBQ=22,26,31;MFRL=140,121,135;MMQ=60,60,60;MPOS=3,4;POPAF=7.30,7.30;TLOD=3.37,3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,1,1:0.286,0.286:4:1,1,1:0,0,0:0,2,0,2 chr22 41911611 . G GAGT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=13,29;MFRL=153,127;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0,1,0,1 chr22 41914434 . A C . . DP=7;ECNT=1;MBQ=29,28;MFRL=162,85;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=13.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.754:6:0,4:1,1:1,0,4,1 chr22 41914677 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,147;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 41936813 . A AAT . . DP=14;ECNT=3;MBQ=25,20;MFRL=103,53;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.223:11:5,0:4,2:0|1:41936813_A_AAT:41936813:4,5,1,1 chr22 41936819 . G C . . DP=11;ECNT=3;MBQ=31,20;MFRL=103,53;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:9,2:0.231:11:5,0:4,2:0|1:41936813_A_AAT:41936813:4,5,1,1 chr22 41936825 . C CCCCACATTGAG . . DP=10;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=108,53;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:3,0:4,2:0|1:41936813_A_AAT:41936813:3,5,1,1 chr22 41969829 . C A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,22;MFRL=139,134;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:41969829_C_A:41969829:0,2,0,1 chr22 41969830 . A ATTGTGTGTTGTTCTATTCT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=24,25;MFRL=146,120;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,1:0.400:3:2,1:0,0:1|0:41969829_C_A:41969829:0,2,0,1 chr22 41969831 . A G . . DP=3;ECNT=4;MBQ=23,28;MFRL=139,134;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:41969829_C_A:41969829:0,2,0,1 chr22 41969833 . G A . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,21;MFRL=139,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:41969829_C_A:41969829:0,2,0,1 chr22 41974712 . A T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,81;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr22 41982141 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=113,120;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=7.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.513:6:0,1:2,2:0,3,0,3 chr22 42016699 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,155;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=21.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,6:0.875:6:0,4:0,2:0,0,6,0 chr22 42024272 . AGT A . . DP=10;ECNT=6;MBQ=25,20;MFRL=145,84;MMQ=60,36;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:5,0:2,2:0|1:42024272_AGT_A:42024272:1,6,1,1 chr22 42024275 . ATT A . . DP=8;ECNT=6;MBQ=24,20;MFRL=151,84;MMQ=60,36;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:5,0:1,2:0|1:42024272_AGT_A:42024272:0,6,1,1 chr22 42024290 . TGGC T . . 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DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:42049791_G_GACCATCCACATA:42049791:0,0,0,1 chr22 42076229 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=120,101;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.272:9:2,0:5,2:6,1,1,1 chr22 42076381 . C A . . DP=6;ECNT=2;MBQ=31,26;MFRL=92,98;MMQ=26,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=10.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,4:0.718:5:1,2:0,2:0|1:42076381_C_A:42076381:0,1,0,4 chr22 42076382 . A AAATCGCATTGGTGGAATGTCATCAGT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=98,92;MMQ=60,26;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:4,1:0.286:5:2,1:2,0:1|0:42076381_C_A:42076381:0,4,0,1 chr22 42089623 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=77,121;MMQ=60,60;MPOS=22;PON;POPAF=7.30;TLOD=35.45 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,12:0.870:13:1,10:0,2:1,0,5,7 chr22 42090069 . A C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr22 42091027 . A AAG . . DP=15;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=2,3;RU=AG;STR;TLOD=36.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,10:0.926:10:0,4:0,5:0,0,4,6 chr22 42092225 . C A . . DP=28;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,111;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=73.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,25:0.965:25:0,14:0,11:0,0,11,14 chr22 42109917 . A G . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,102;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=15.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr22 42112115 . TCCC T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=22,20;MFRL=106,44;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=6.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:2,0:0|1:42112115_TCCC_T:42112115:2,3,1,1 chr22 42112119 . TGCTC T . . DP=7;ECNT=2;MBQ=23,20;MFRL=106,44;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=6.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:5,2:0.333:7:2,2:2,0:0|1:42112115_TCCC_T:42112115:2,3,1,1 chr22 42139054 . G A . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=9.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,2,1 chr22 42139078 . A G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=16.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,4,1 chr22 42141136 . G A . . DP=3;ECNT=3;MBQ=30,25;MFRL=102,124;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:42141136_G_A:42141136:0,2,0,1 chr22 42141140 . AG A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,22;MFRL=126,124;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:42141136_G_A:42141136:0,1,0,1 chr22 42141142 . TTCTAGAGG T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=13,25;MFRL=102,124;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:0,1:0|1:42141136_G_A:42141136:0,2,0,1 chr22 42141871 . C CA . . DP=5;ECNT=1;MBQ=35,20;MFRL=141,119;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=A;STR;TLOD=8.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.712:5:0,2:1,1:0,1,3,1 chr22 42172080 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=35,20;MFRL=124,101;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=12.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,6:0.701:8:1,1:1,5:1,1,4,2 chr22 42174796 . C T . . DP=11;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=132,137;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,2:0.231:11:4,0:5,2:7,2,0,2 chr22 42221881 . A ATTTAAGAGCATATAAACT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=109,110;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0,2,0,1 chr22 42221886 . G GGATTGTGAAAAATTGTGCCAAAGGC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=100,117;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr22 42271583 . A T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,31;MFRL=160,0;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:0,4,0,1 chr22 42289315 . A AAT . . DP=5;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=81,70;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=AT;STR;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.385:3:1,0:1,1:0|1:42289315_A_AAT:42289315:1,1,0,1 chr22 42289318 . TGG T . . DP=5;ECNT=3;MBQ=24,28;MFRL=81,70;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.385:3:0,0:1,1:0|1:42289315_A_AAT:42289315:1,1,0,1 chr22 42289325 . A AAACTGCAAATAG . . DP=2;ECNT=3;MBQ=29,26;MFRL=162,70;MMQ=60,60;MPOS=-1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:42289315_A_AAT:42289315:0,1,0,1 chr22 42294630 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=111,0;MMQ=60,60;MPOS=33;POPAF=7.30;TLOD=3.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.178:15:7,2:5,0:7,6,0,2 chr22 42300827 . G GTAAAGGAGCCCT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,30;MFRL=0,163;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 42301456 . C T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,23;MFRL=90,159;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:42301456_C_T:42301456:0,1,1,0 chr22 42301464 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,159;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:42301456_C_T:42301456:0,0,1,0 chr22 42301748 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=149,196;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=6.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,0:1,2:0,1,0,2 chr22 42321585 . GTA TGC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,26;MFRL=99,87;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chr22 42321591 . A G . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,99;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 42322141 . C CGACA . . DP=4;ECNT=2;MBQ=27,25;MFRL=127,107;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.395:3:1,1:1,0:0|1:42322141_C_CGACA:42322141:0,2,0,1 chr22 42322144 . C G . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,28;MFRL=127,107;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:1,0:0|1:42322141_C_CGACA:42322141:0,2,0,1 chr22 42382068 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=26,25;MFRL=126,108;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.271:9:2,1:5,1:2,5,1,1 chr22 42385745 . G T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,112;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 42388826 . A G . . DP=9;ECNT=2;MBQ=23,30;MFRL=81,120;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=14.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.546:9:2,4:2,1:0,4,0,5 chr22 42388841 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=169,120;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:1,3:1,0:0,2,0,3 chr22 42390225 . C G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=157,156;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.97 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:1,0,2,0 chr22 42390396 . GT AG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,22;MFRL=159,148;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chr22 42390823 . C CACATG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,22;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 42416159 . TTTTTTGTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGTTGTTTTGTTGTTTTTGAGACAGGGA T . . 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DP=18;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,92;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=1,2;RU=TTCTGC;STR;TLOD=69.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,16:0.947:16:0,7:0,7:0,0,10,6 chr22 42523805 . C T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=109,114;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=12.86 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,6:0.651:9:2,5:1,1:2,1,4,2 chr22 42524214 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=130,134;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,3:0.267:13:3,1:7,2:6,4,0,3 chr22 42526531 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,26;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:42526531_C_T:42526531:0,0,1,0 chr22 42526533 . G A . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,27;MFRL=0,172;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:42526531_C_T:42526531:0,0,1,0 chr22 42575518 . G A . . 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DP=8;ECNT=2;MBQ=30,34;MFRL=174,31107;MMQ=27,27;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:1,0:5,2:0|1:42914543_GT_CC:42914543:5,1,0,2 chr22 42962356 . T G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=26,26;MFRL=109,85;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=18.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,8:0.597:13:3,4:2,3:2,3,5,3 chr22 42967235 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=34,28;MFRL=165,145;MMQ=60,51;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=13.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,4:0.714:5:1,3:0,1:1,0,0,4 chr22 42969854 . T G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=24,34;MFRL=151,159;MMQ=39,40;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:42969854_T_G:42969854:3,0,1,0 chr22 42969877 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=25,32;MFRL=151,159;MMQ=39,40;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:42969854_T_G:42969854:3,0,1,0 chr22 42988143 . G A . . DP=8;ECNT=4;MBQ=25,27;MFRL=88,142;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:2,1:4,1:2,4,0,2 chr22 42988158 . A ACTCCT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=26,27;MFRL=132,77;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.318:5:1,0:2,1:0|1:42988158_A_ACTCCT:42988158:0,4,0,1 chr22 42988159 . G GACCTCTGGTGATCT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,34;MFRL=132,77;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.318:5:1,0:2,1:0|1:42988158_A_ACTCCT:42988158:0,4,0,1 chr22 42988163 . C CGCCT . . DP=5;ECNT=4;MBQ=32,23;MFRL=152,77;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:1,0:3,1:0|1:42988158_A_ACTCCT:42988158:0,4,0,1 chr22 42993781 . G A . . DP=29;ECNT=2;MBQ=25,27;MFRL=82,118;MMQ=60,60;MPOS=17;PON;POPAF=7.30;TLOD=39.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,15:0.569:26:4,11:6,2:0|1:42993781_G_A:42993781:9,2,9,6 chr22 42993786 . CT C . . DP=26;ECNT=2;MBQ=31,35;MFRL=72,130;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;RPA=18,17;RU=T;STR;TLOD=15.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,9:0.387:23:6,5:6,2:0|1:42993781_G_A:42993781:10,4,6,3 chr22 42998886 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=158,72;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.04 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:3,0:0,2:1,2,1,1 chr22 43023773 . A ATGGCTTGGCGGGCTTAGCTAGTCTTGCT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=25,24;MFRL=232,116;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chr22 43027356 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=28,30;MFRL=144,199;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:1,0,2,0 chr22 43193708 . G A . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,25;MFRL=90,144;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:0|1:43193708_G_A:43193708:2,2,0,1 chr22 43193710 . C CTCCGACTCCCTGGTTCAAGAGATT . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,32;MFRL=90,144;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:0,1:4,0:0|1:43193708_G_A:43193708:2,2,0,1 chr22 43227577 . T C . . DP=22;ECNT=1;MBQ=27,29;MFRL=129,99;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=13.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,6:0.303:21:8,3:7,3:6,9,3,3 chr22 43231565 . TG CA . . DP=4;ECNT=1;MBQ=29,32;MFRL=124,136;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0,3,0,1 chr22 43442677 . A T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=26,31;MFRL=194,156;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:43442677_A_T:43442677:0,2,0,1 chr22 43442680 . G GCC . . DP=3;ECNT=2;MBQ=34,32;MFRL=194,156;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:43442677_A_T:43442677:0,2,0,1 chr22 43524487 . CCT C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,113;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=CT;STR;TLOD=8.95 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,2,1 chr22 43525176 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,20;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr22 43529029 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,107;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chr22 43529517 . C T . . DP=8;ECNT=4;MBQ=0,31;MFRL=0,123;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=21.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.893:7:0,0:0,7:0,0,1,6 chr22 43529579 . GT G . . DP=1;ECNT=4;MBQ=0,28;MFRL=0,136;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:43529579_GT_G:43529579:0,0,0,1 chr22 43529582 . ACC A . . 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DP=19;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=159,108;MMQ=60,60;MPOS=14;PON;POPAF=7.30;TLOD=22.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,9:0.475:19:3,5:7,4:2,8,5,4 chr22 43603716 . A T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,209;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 43607040 . G A . . DP=14;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=142,76;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,8:0.642:12:3,5:1,3:1,3,6,2 chr22 43607075 . CG AT . . DP=15;ECNT=3;MBQ=27,18;MFRL=128,45;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=5.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.186:14:5,1:6,0:0|1:43607075_CG_AT:43607075:6,6,1,1 chr22 43607078 . G GTAGGATTCCATCCACAACTT . . DP=14;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=135,45;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.94 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:11,2:0.198:13:5,2:5,0:0|1:43607075_CG_AT:43607075:6,5,1,1 chr22 43619062 . C G . . 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DP=9;ECNT=2;MBQ=28,24;MFRL=134,118;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=3.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.297:8:4,1:2,1:3,3,1,1 chr22 44681418 . TGGGGCCCGCTGACCCGGCCGA T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=23,25;MFRL=160,158;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=14.91 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.457:9:1,2:2,1:4,1,3,1 chr22 44681612 . A G . . DP=10;ECNT=2;MBQ=22,32;MFRL=121,164;MMQ=60,60;MPOS=21;PON;POPAF=7.30;TLOD=4.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.251:10:3,1:5,1:2,6,0,2 chr22 44681630 . G A . . DP=7;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=164,139;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=11.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,5:0.666:7:1,3:1,2:0,2,1,4 chr22 44761884 . G A . . DP=3;ECNT=1;MBQ=33,28;MFRL=94,129;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=5.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,2:1,0:0,1,1,1 chr22 44893013 . A C . . DP=5;ECNT=3;MBQ=24,32;MFRL=121,121;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.16 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.327:4:2,0:1,1:0|1:44893013_A_C:44893013:0,3,0,1 chr22 44893016 . C CAGTGGGG . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,33;MFRL=121,121;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:44893013_A_C:44893013:0,3,0,1 chr22 44893024 . GCC AAT . . DP=4;ECNT=3;MBQ=31,27;MFRL=121,121;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:2,0:1,1:0|1:44893013_A_C:44893013:0,3,0,1 chr22 45075837 . GGCT G . . DP=4;ECNT=2;MBQ=32,29;MFRL=137,86;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:1,1:2,0:0|1:45075837_GGCT_G:45075837:0,3,0,1 chr22 45075843 . G C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=31,20;MFRL=174,86;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0|1:45075837_GGCT_G:45075837:0,2,0,1 chr22 45126638 . G T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,165;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=6.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,0:0,2:0,0,1,1 chr22 45128288 . G C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,148;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=7.83 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chr22 45198009 . A G . . DP=11;ECNT=2;MBQ=29,27;MFRL=122,128;MMQ=60,60;MPOS=18;PON;POPAF=7.30;TLOD=17.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,7:0.628:11:2,3:1,4:3,1,5,2 chr22 45198034 . C T . . DP=17;ECNT=2;MBQ=29,21;MFRL=129,99;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=20.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,9:0.526:17:3,6:5,3:3,5,4,5 chr22 45204916 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,138;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,1,0 chr22 45205194 . C T . . DP=3;ECNT=3;MBQ=33,28;MFRL=127,140;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:45205194_C_T:45205194:0,2,0,1 chr22 45205204 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,30;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:45205194_C_T:45205194:0,0,0,1 chr22 45205208 . AG TT . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,140;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:45205194_C_T:45205194:0,0,0,1 chr22 45218223 . C T . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,23;MFRL=0,120;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=21.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,3:0,5:0,0,4,4 chr22 45221423 . A T . . DP=22;ECNT=1;MBQ=25,23;MFRL=131,116;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=40.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,16:0.718:22:4,6:1,10:3,3,7,9 chr22 45258198 . T A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=24,26;MFRL=119,36;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:4,2:6,0:6,4,1,1 chr22 45258217 . G A . . DP=13;ECNT=2;MBQ=31,27;MFRL=119,36;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=3.41 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.213:12:5,2:5,0:5,5,1,1 chr22 45258568 . C G . . 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C CA . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,33;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:45724407_G_T:45724407:0,0,0,1 chr22 45724413 . C G . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,32;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:45724407_G_T:45724407:0,0,0,1 chr22 45724420 . G A . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,26;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:45724407_G_T:45724407:0,0,0,1 chr22 45724423 . GGA TCT . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,27;MFRL=0,144;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:45724407_G_T:45724407:0,0,0,1 chr22 45728632 . C CTT . . DP=23;ECNT=3;MBQ=22,19;MFRL=166,129;MMQ=58,55;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=12,14;RU=T;STR;TLOD=24.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,14:0.793:17:2,3:1,2:0,3,2,12 chr22 45728670 . C T . . 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DP=2;ECNT=3;MBQ=32,30;MFRL=123,159;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:46505926_G_GAA:46505926:0,1,0,1 chr22 46509537 . GC G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=30,33;MFRL=140,147;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=C;STR;TLOD=16.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.757:6:0,3:1,2:1,0,5,0 chr22 46653200 . C T . . DP=3;ECNT=1;MBQ=34,20;MFRL=0,76;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.599:3:1,0:0,2:1,0,1,1 chr22 46655108 . A G . . DP=15;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=105,114;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=9.75 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,5:0.364:14:6,1:3,3:4,5,2,3 chr22 46655503 . TC AG . . DP=5;ECNT=1;MBQ=25,28;MFRL=151,134;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:2,0:1,1:2,2,0,1 chr22 46664593 . T TTCAGTAAGG . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,21;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chr22 46688726 . C T . . DP=12;ECNT=1;MBQ=20,26;MFRL=114,80;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.216:12:5,2:4,0:6,4,1,1 chr22 46724558 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,32;MFRL=174,123;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=10.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,3:0.667:4:0,1:1,2:1,0,3,0 chr22 46760629 . G C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,35;MFRL=0,152;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=3.68 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chr22 46760714 . C CTGCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,31;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.681:1:0,1:0,0:0|1:46760714_C_CTGCT:46760714:0,0,0,1 chr22 46760717 . A G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,28;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46760714_C_CTGCT:46760714:0,0,0,1 chr22 46760721 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,24;MFRL=0,176;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:46760714_C_CTGCT:46760714:0,0,0,1 chr22 46765181 . G GTCAGGTCGCCGAC . . DP=4;ECNT=4;MBQ=32,31;MFRL=143,145;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=12.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,3:0.667:4:0,1:1,2:0|1:46765181_G_GTCAGGTCGCCGAC:46765181:0,1,1,2 chr22 46765184 . T C . . DP=3;ECNT=4;MBQ=30,33;MFRL=177,143;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,1:0.400:3:1,0:1,1:1|0:46765181_G_GTCAGGTCGCCGAC:46765181:0,2,0,1 chr22 46765190 . C CCGACCTCT . . DP=3;ECNT=4;MBQ=32,32;MFRL=177,143;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 1|0:2,1:0.400:3:1,0:1,1:1|0:46765181_G_GTCAGGTCGCCGAC:46765181:0,2,0,1 chr22 46765193 . G C . . 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G GAGACTTGCT . . DP=4;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=141,173;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.396:3:1,1:1,0:1,1,0,1 chr22 50721785 . T C . . DP=21;ECNT=1;MBQ=22,31;MFRL=112,145;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=30.54 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,10:0.487:21:1,6:8,4:4,7,5,5 chr22 50726239 . C G . . DP=2;ECNT=1;MBQ=27,34;MFRL=140,127;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=3.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,1,0 chr22 50752024 . C CTCCAA . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:50752024_C_CTCCAA:50752024:0,0,0,1 chr22 50752025 . G GGGTCC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=4.13 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:50752024_C_CTCCAA:50752024:0,0,0,1 chr22 50752030 . CC AG . . 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A AATGCCCAG . . DP=8;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=157,41;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:6,2:0.300:8:4,0:2,2:0|1:50901161_G_T:50901161:3,3,1,1 chr22 50901259 . G C . . DP=8;ECNT=1;MBQ=27,33;MFRL=138,162;MMQ=60,60;MPOS=23;POPAF=7.30;TLOD=5.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.300:8:2,2:4,0:3,3,2,0 chr22 50902702 . TG T . . DP=6;ECNT=2;MBQ=27,27;MFRL=126,129;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=G;STR;TLOD=5.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:2,2:2,0:4,0,2,0 chr22 50902721 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=123,118;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=4.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:9,3:0.284:12:4,1:5,2:8,1,2,1 chr22 50921148 . AACACTCGGGCCCCCGAAG A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=8.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.797:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chr22 50925405 . C T . . 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C CTCCCT . . DP=2;ECNT=6;MBQ=31,34;MFRL=138,139;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:50942933_C_CTCCCT:50942933:0,1,0,1 chr22 50942940 . C CCT . . DP=2;ECNT=6;MBQ=30,32;MFRL=138,139;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:50942933_C_CTCCCT:50942933:0,1,0,1 chr22 50942944 . G T . . DP=2;ECNT=6;MBQ=30,30;MFRL=138,139;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:50942933_C_CTCCCT:50942933:0,1,0,1 chr22 50942945 . C CCCTCCTCCT . . DP=2;ECNT=6;MBQ=31,32;MFRL=138,139;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:50942933_C_CTCCCT:50942933:0,1,0,1 chr22 50944901 . C CTGGG . . 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DP=2;ECNT=4;MBQ=30,32;MFRL=133,101;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:50989509_A_C:50989509:0,1,0,1 chr22 50989515 . G GTAAT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=133,101;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:50989509_A_C:50989509:0,1,0,1 chr22 50989517 . A C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=24,33;MFRL=133,101;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:50989509_A_C:50989509:0,1,0,1 chr22 51007895 . C CTACTT . . DP=5;ECNT=1;MBQ=24,30;MFRL=130,94;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.288:5:2,0:2,1:2,2,0,1 chr22 51010788 . T A . . DP=4;ECNT=5;MBQ=0,26;MFRL=0,104;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=11.00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,1,3 chr22 51010818 . T A . . DP=2;ECNT=5;MBQ=16,24;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:0,0:0|1:51010818_T_A:51010818:0,1,0,1 chr22 51010820 . AT CA . . DP=2;ECNT=5;MBQ=24,31;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:51010818_T_A:51010818:0,1,0,1 chr22 51010823 . A AGAAC . . DP=2;ECNT=5;MBQ=23,25;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:51010818_T_A:51010818:0,1,0,1 chr22 51010826 . A G . . DP=2;ECNT=5;MBQ=23,30;MFRL=0,105;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:51010818_T_A:51010818:0,1,0,1 chr22 51011936 . T C . . DP=4;ECNT=1;MBQ=25,31;MFRL=137,124;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=6.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:0,1:1,1:1,0,1,1 chr22 51015481 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=14.17 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.863:5:0,3:0,2:0,0,0,5 chr22 51015897 . G GCTCCTTCCTCC . . DP=6;ECNT=2;MBQ=20,20;MFRL=104,58;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=7.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.426:5:1,0:2,2:0|1:51015897_G_GCTCCTTCCTCC:51015897:1,2,1,1 chr22 51015899 . G C . . DP=5;ECNT=2;MBQ=20,31;MFRL=104,58;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,0:2,1:0|1:51015897_G_GCTCCTTCCTCC:51015897:1,2,1,1 chr22 51018565 . T TTC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=25,27;MFRL=189,187;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:51018565_T_TTC:51018565:1,0,0,1 chr22 51018569 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,27;MFRL=189,187;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:51018565_T_TTC:51018565:1,0,0,1 chr22 51020668 . C A . . 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DP=16;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=100,56;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=5.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.179:15:5,0:6,2:0|1:51064382_CAGGGGGCTGAGGTCAAAG_C:51064382:7,6,1,1 chr22 51064402 . CA C . . DP=12;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=99,56;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:3,0:7,2:0|1:51064382_CAGGGGGCTGAGGTCAAAG_C:51064382:5,5,1,1 chr22 51064404 . TCCAAGGTGACATTG T . . DP=14;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=99,56;MMQ=60,60;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=5.87 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:12,2:0.187:14:3,0:6,2:0|1:51064382_CAGGGGGCTGAGGTCAAAG_C:51064382:5,7,1,1 chr22 51064636 . C T . . DP=15;ECNT=4;MBQ=25,28;MFRL=133,140;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,2:0.176:15:10,2:3,0:2,11,0,2 chr22 51064689 . AT GG . . DP=5;ECNT=4;MBQ=24,29;MFRL=150,133;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,1:0,0:0,4,0,1 chr22 51064704 . G A . . 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G C . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,30;MFRL=162,149;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=8.34 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.571:5:1,1:1,2:1,1,2,1 chr22 51182485 . A G . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,120;MMQ=60,40;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chr22 51208005 . GTC G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,97;MMQ=60,39;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=24.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.889:7:0,2:0,5:0,0,4,3 chr22 51215028 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,139;MMQ=60,27;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=12.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,3:0,1:0,0,4,0 chr22 51223637 . G A . . DP=23;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,128;MMQ=60,27;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=66.59 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,22:0.959:22:0,15:0,7:0,0,16,6 chrX 2700027 . T C . . DP=3;ECNT=2;MBQ=0,31;MFRL=0,127;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=9.93 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,1:0,2:0,0,3,0 chrX 2700089 . A G . . DP=9;ECNT=2;MBQ=26,34;MFRL=98,304;MMQ=60,57;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=5.10 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:4,2:3,0:4,3,2,0 chrX 2715425 . A G . . DP=8;ECNT=1;MBQ=32,30;MFRL=150,105;MMQ=60,60;MPOS=10;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.753:6:1,3:0,1:1,0,2,3 chrX 2729281 . A G . . DP=7;ECNT=1;MBQ=28,32;MFRL=131,170;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=12.36 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,4:0.556:7:1,1:2,3:2,1,4,0 chrX 2729540 . T TA . . DP=10;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;RPA=11,12;RU=A;STR;TLOD=15.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,7:0.899:7:0,3:0,4:0,0,0,7 chrX 2732356 . C CTT . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,33;MFRL=0,122;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;RPA=10,12;RU=T;STR;TLOD=5.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.912:8:0,4:0,1:0,0,6,2 chrX 2748292 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=33,32;MFRL=109,125;MMQ=54,40;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=9.32 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,3:0.573:5:0,1:2,2:1,1,0,3 chrX 2774478 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=9.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,3:0,0:0,0,3,0 chrX 2778207 . C A . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,205;MMQ=60,54;MPOS=-2147483648;POPAF=7.30;TLOD=8.40 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,0,2 chrX 2779570 . A G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,28;MFRL=154,109;MMQ=60,60;MPOS=15;PON;POPAF=7.30;TLOD=7.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:2,2:1,1:3,0,2,1 chrX 2833506 . G C . . DP=3;ECNT=1;MBQ=31,31;MFRL=137,147;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.600:3:0,1:1,1:1,0,2,0 chrX 2838711 . C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=126,89;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=3.81 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,3:0.208:17:6,0:8,3:7,7,2,1 chrX 2843767 . C T . . DP=5;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=117,115;MMQ=40,49;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:2,0:1,2:0,3,1,1 chrX 2878536 . G GCAGA . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=0,124;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.05 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,0:0,3:0,0,3,0 chrX 3002687 . A G . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,146;MMQ=60,60;MPOS=6;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.03 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,3:0.800:3:0,2:0,1:0,0,1,2 chrX 3007480 . G T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,154;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=5.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,1:0,1:0,0,2,0 chrX 3028336 . G T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,32;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=20;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:3028336_G_T:3028336:0,0,0,1 chrX 3028344 . C T . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:3028336_G_T:3028336:0,0,0,1 chrX 3227886 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=29,25;MFRL=105,159;MMQ=52,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.269:9:5,1:2,1:3,4,1,1 chrX 3238014 . CA C . . 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DP=12;ECNT=3;MBQ=20,31;MFRL=107,164;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=13.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,5:0.435:12:4,1:2,4:5,2,3,2 chrX 3241317 . T C . . DP=10;ECNT=3;MBQ=28,31;MFRL=107,112;MMQ=60,60;MPOS=16;PON;POPAF=7.30;TLOD=10.79 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,4:0.454:9:4,2:1,2:3,2,2,2 chrX 3248796 . G A . . DP=9;ECNT=2;MBQ=32,18;MFRL=121,53;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:3,0:3,1:0|1:3248796_G_A:3248796:2,5,1,1 chrX 3248798 . C CCAGAGTATCACT . . DP=9;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=121,53;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:7,2:0.273:9:4,0:3,2:0|1:3248796_G_A:3248796:2,5,1,1 chrX 3533962 . T C . . DP=18;ECNT=1;MBQ=0,25;MFRL=0,121;MMQ=60,51;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=51.62 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,18:0.950:18:0,8:0,10:0,0,8,10 chrX 3539411 . A ACTCACGCGCTGTCCTGGGGGTCTGCTTAT . . 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DP=3;ECNT=1;MBQ=32,29;MFRL=107,147;MMQ=24,24;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:1,0:0,2,0,1 chrX 8434502 . C T . . DP=6;ECNT=1;MBQ=25,20;MFRL=128,119;MMQ=25,24;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:2,2:1,0:0,3,1,1 chrX 8503641 . G A . . DP=13;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,115;MMQ=60,60;MPOS=19;PON;POPAF=7.30;TLOD=36.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,12:0.930:12:0,10:0,2:0,0,6,6 chrX 8504773 . G T . . DP=4;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,178;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=11.71 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.833:4:0,1:0,3:0,0,3,1 chrX 8699904 . GA G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=30,30;MFRL=125,53;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=9.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,3:0.364:9:2,0:4,3:1,5,0,3 chrX 8763213 . C CTT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,30;MFRL=167,120;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chrX 8763225 . T C . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,30;MFRL=0,167;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chrX 8993734 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.682:1:0,1:0,0:0|1:8993734_A_C:8993734:0,0,0,1 chrX 8993735 . G GTC . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,29;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:8993734_A_C:8993734:0,0,0,1 chrX 8993738 . A T . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,25;MFRL=0,182;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:8993734_A_C:8993734:0,0,0,1 chrX 9622448 . T TTTCCCCCA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,143;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:9622448_T_TTTCCCCCA:9622448:0,0,0,1 chrX 9622449 . G A . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=156,113;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:9661546_T_C:9661546:0,1,0,1 chrX 9665368 . C A . . DP=21;ECNT=4;MBQ=30,28;MFRL=136,94;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=23.57 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,10:0.500:20:3,4:7,6:8,2,7,3 chrX 9665481 . G T . . DP=35;ECNT=4;MBQ=27,28;MFRL=91,75;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=40.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,17:0.501:34:10,9:6,8:11,6,7,10 chrX 9665547 . T C . . DP=5;ECNT=4;MBQ=26,34;MFRL=178,144;MMQ=60,60;MPOS=19;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:0|1:9665547_T_C:9665547:0,3,0,2 chrX 9665549 . C T . . DP=5;ECNT=4;MBQ=25,30;MFRL=178,144;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:2,0:1,2:0|1:9665547_T_C:9665547:0,3,0,2 chrX 9684203 . C T . . 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DP=6;ECNT=1;MBQ=0,26;MFRL=0,97;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=11.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,4:0.848:4:0,0:0,4:0,0,1,3 chrX 9863260 . C CAT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,32;MFRL=185,138;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:9863260_C_CAT:9863260:0,1,0,1 chrX 9863262 . C G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,31;MFRL=185,138;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:9863260_C_CAT:9863260:0,1,0,1 chrX 9863266 . G GTTGTTCCCCTCT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=31,30;MFRL=185,138;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:9863260_C_CAT:9863260:0,1,0,1 chrX 9864801 . A ACAATTACATCAGAATCTC . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,25;MFRL=196,136;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0,1,0,1 chrX 9864823 . T A . . 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T G . . DP=5;ECNT=2;MBQ=28,31;MFRL=122,120;MMQ=60,40;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,1:0.286:5:3,0:1,1:0,4,0,1 chrX 15711209 . C T . . DP=34;ECNT=1;MBQ=20,28;MFRL=94,118;MMQ=27,50;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=53.64 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,21:0.648:32:11,11:0,10:3,8,4,17 chrX 15792527 . T A . . DP=5;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,140;MMQ=60,40;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=15.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,5:0.857:5:0,2:0,3:0,0,5,0 chrX 15794815 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,126;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=23.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,8:0.900:8:0,4:0,4:0,0,7,1 chrX 15817963 . A G . . DP=21;ECNT=1;MBQ=26,23;MFRL=142,111;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=27.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,12:0.591:20:4,2:4,10:3,5,8,4 chrX 15827524 . T G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=30,29;MFRL=186,132;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=15.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,5:0.750:6:0,1:1,4:0,1,0,5 chrX 15834057 . C T . . 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T C . . DP=17;ECNT=2;MBQ=25,28;MFRL=108,91;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=12.74 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,7:0.581:12:1,3:3,1:4,1,4,3 chrX 69504078 . TT CG,GT . . DP=20;ECNT=2;MBQ=28,25,26;MFRL=112,108,100;MMQ=60,60,60;MPOS=7,9;POPAF=7.30,7.30;TLOD=6.15,15.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:2,5,9:0.303,0.538:16:1,2,5:1,3,3:1,1,9,5 chrX 69572342 . T C . . DP=3;ECNT=3;MBQ=28,32;MFRL=1649,31;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0|1:69572342_T_C:69572342:1,0,0,2 chrX 69572345 . A G . . DP=3;ECNT=3;MBQ=32,33;MFRL=1649,31;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=7.92 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,2:0.600:3:1,1:0,1:0|1:69572342_T_C:69572342:1,0,0,2 chrX 69572346 . ACAGTCTCTGTATACACTTAAAAAAAATT A . . DP=5;ECNT=3;MBQ=32,26;MFRL=94,31;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=7.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,2:0.429:5:1,1:0,1:0|1:69572342_T_C:69572342:3,0,0,2 chrX 69594040 . C G . . 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DP=15;ECNT=6;MBQ=30,20;MFRL=122,57;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=5.77 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:13,2:0.176:15:9,0:4,2:0|1:70321392_C_T:70321392:8,5,1,1 chrX 70321407 . G T . . DP=16;ECNT=6;MBQ=31,20;MFRL=115,57;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.167:16:9,0:4,2:0|1:70321392_C_T:70321392:8,6,1,1 chrX 70321408 . C CT . . DP=16;ECNT=6;MBQ=30,20;MFRL=115,57;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:14,2:0.167:16:9,0:3,2:0|1:70321392_C_T:70321392:8,6,1,1 chrX 70322034 . C G . . DP=5;ECNT=5;MBQ=31,30;MFRL=126,109;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,1:0.286:5:3,1:0,0:0|1:70322034_C_G:70322034:0,4,0,1 chrX 70322035 . T TTAAGCCTCCCAAAGTGCTGGGA . . DP=5;ECNT=5;MBQ=28,29;MFRL=97,195;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.29 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.378:3:2,1:0,0:0|1:70322035_T_TTAAGCCTCCCAAAGTGCTGGGA:70322035:0,2,0,1 chrX 70322038 . AG CC . . DP=3;ECNT=5;MBQ=23,28;MFRL=140,109;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:2,1:0,0:0|1:70322034_C_G:70322034:0,2,0,1 chrX 70322039 . G C . . DP=3;ECNT=5;MBQ=30,26;MFRL=84,195;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.55 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:70322035_T_TTAAGCCTCCCAAAGTGCTGGGA:70322035:0,1,0,1 chrX 70322041 . G T . . DP=3;ECNT=5;MBQ=29,25;MFRL=140,109;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,1:0,0:0|1:70322034_C_G:70322034:0,2,0,1 chrX 70326075 . A AGTCTCTCTCTGTCGCCAGGCT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=29,28;MFRL=200,201;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:70326075_A_AGTCTCTCTCTGTCGCCAGGCT:70326075:1,0,0,1 chrX 70326078 . A AGTGC . . 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DP=2;ECNT=2;MBQ=24,24;MFRL=150,146;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:105277771_G_GAT:105277771:0,1,0,1 chrX 105280508 . G A . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,24;MFRL=158,72;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.270:9:3,2:4,0:3,4,0,2 chrX 105449915 . C A . . DP=2;ECNT=3;MBQ=32,24;MFRL=172,142;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:105449915_C_A:105449915:0,1,0,1 chrX 105449918 . T G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=27,31;MFRL=172,142;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:105449915_C_A:105449915:0,1,0,1 chrX 105449919 . A AAGGT . . DP=2;ECNT=3;MBQ=25,24;MFRL=172,142;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:105449915_C_A:105449915:0,1,0,1 chrX 105571123 . A AAGAGCTCAAAGCAGGAAGCAGGTTTGTAAT . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,31;MFRL=127,445357;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.06 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.666:2:0,1:0,0:0,1,1,0 chrX 105879858 . G GGATA . . DP=12;ECNT=2;MBQ=30,20;MFRL=111,64;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=5.01 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:7,2:3,0:0|1:105879858_G_GGATA:105879858:4,6,1,1 chrX 105879859 . AGT A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=25,25;MFRL=111,64;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=4.73 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:10,2:0.214:12:7,1:3,0:0|1:105879858_G_GGATA:105879858:4,6,1,1 chrX 105970681 . T C . . DP=2;ECNT=2;MBQ=24,30;MFRL=104,114;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:105970681_T_C:105970681:0,1,0,1 chrX 105970682 . C CAGCG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=21,31;MFRL=104,114;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,1:0,0:0|1:105970681_T_C:105970681:0,1,0,1 chrX 106038775 . C G . . DP=29;ECNT=1;MBQ=30,33;MFRL=119,115;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.51 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:26,2:0.100:28:14,2:10,0:15,11,2,0 chrX 106066764 . A ATGAG . . DP=2;ECNT=2;MBQ=27,24;MFRL=187,149;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:106066764_A_ATGAG:106066764:0,1,0,1 chrX 106066765 . C G . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,28;MFRL=187,149;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:106066764_A_ATGAG:106066764:0,1,0,1 chrX 106070581 . C T . . DP=18;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=124,97;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.219:16:8,0:5,3:6,7,2,1 chrX 106092543 . G A . . DP=29;ECNT=1;MBQ=32,23;MFRL=130,95;MMQ=40,46;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=7.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,5:0.220:25:10,5:10,0:0,20,0,5 chrX 106116929 . C CACAATTTTGCAATAATGATCA . . DP=12;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=125,49;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:5,2:5,0:3,7,1,1 chrX 106171559 . C G . . DP=6;ECNT=1;MBQ=32,31;MFRL=108,92;MMQ=60,60;MPOS=22;POPAF=7.30;TLOD=8.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,3:0.500:6:1,3:2,0:2,1,1,2 chrX 106172073 . A ACTTACT . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,24;MFRL=0,100;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chrX 106174054 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,25;MFRL=130,0;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=3.37 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.334:4:0,1:2,0:0|1:106174054_G_A:106174054:0,3,0,1 chrX 106174065 . G A . . DP=4;ECNT=2;MBQ=33,24;MFRL=130,0;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,1:3,0:0|1:106174054_G_A:106174054:0,3,0,1 chrX 106185538 . A C . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,28;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:106185538_A_C:106185538:0,1,0,1 chrX 106185540 . A G . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,33;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:106185538_A_C:106185538:0,1,0,1 chrX 106185542 . A T . . DP=2;ECNT=3;MBQ=26,30;MFRL=0,134;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0|1:106185538_A_C:106185538:0,1,0,1 chrX 106205430 . T G . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,33;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:106205430_T_G:106205430:0,0,0,1 chrX 106205433 . T C . . DP=1;ECNT=3;MBQ=0,32;MFRL=0,151;MMQ=60,60;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:106205430_T_G:106205430:0,0,0,1 chrX 106205436 . AG A . . 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C CAGGAAAAATATAAAATCAACA . . DP=11;ECNT=1;MBQ=32,20;MFRL=142,58;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.246:10:4,2:4,0:8,0,1,1 chrX 122336600 . T TG . . DP=3;ECNT=1;MBQ=0,21;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=28;POPAF=7.30;RPA=3,4;RU=G;STR;TLOD=6.19 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.764:2:0,1:0,0:0,0,0,2 chrX 122528803 . T C . . DP=14;ECNT=1;MBQ=25,33;MFRL=112,145;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=22.15 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,7:0.534:13:1,5:5,2:4,2,6,1 chrX 122537418 . C T . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,139;MMQ=60,60;MPOS=15;POPAF=7.30;TLOD=6.18 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,0:0,2:0,0,0,2 chrX 122598810 . G A . . DP=12;ECNT=7;MBQ=31,26;MFRL=114,207;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;TLOD=3.12 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:3,1:7,1:3,7,0,2 chrX 122598857 . ATGAATGAG A . . 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TT AC . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,26;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:122616975_TT_AC:122616975:0,0,0,1 chrX 122616979 . G GTGAA . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,32;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:122616975_TT_AC:122616975:0,0,0,1 chrX 122616986 . T A . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,22;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:122616975_TT_AC:122616975:0,0,0,1 chrX 122616991 . G C . . DP=1;ECNT=6;MBQ=0,32;MFRL=0,137;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0|1:122616975_TT_AC:122616975:0,0,0,1 chrX 122755430 . G GCAC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,30;MFRL=146,154;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0|1:122755430_G_GCAC:122755430:0,1,0,1 chrX 122755434 . T TTA . . 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TA CT . . DP=10;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=68,47;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=6.31 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:8,2:0.250:10:1,2:6,0:0|1:123657311_G_GGTTTCTATAC:123657311:3,5,1,1 chrX 123695724 . A AACC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,25;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:123695724_A_AACC:123695724:0,0,0,1 chrX 123695726 . T TTGCAGTTTGGCTCACAG . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,95;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:123695724_A_AACC:123695724:0,0,0,1 chrX 123780741 . A T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,29;MFRL=0,173;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=3.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,0,1 chrX 125686081 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=31,20;MFRL=156,116;MMQ=60,49;MPOS=10;POPAF=7.30;TLOD=3.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.426:5:1,0:2,2:1,2,1,1 chrX 125953932 . A G . . 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DP=7;ECNT=2;MBQ=32,24;MFRL=131,28200;MMQ=60,60;MPOS=31;POPAF=7.30;TLOD=3.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.333:7:3,0:2,2:4,1,2,0 chrX 134303438 . G A . . DP=6;ECNT=1;MBQ=27,28;MFRL=191,154;MMQ=60,60;MPOS=25;POPAF=7.30;TLOD=4.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,2:0.375:6:3,0:1,2:4,0,2,0 chrX 134482396 . C T . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,20;MFRL=168,145;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:0,0:2,1:0|1:134482396_C_T:134482396:2,0,1,0 chrX 134482404 . C T . . DP=4;ECNT=2;MBQ=31,24;MFRL=181,145;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=3.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:3,1:0.333:4:0,0:3,1:0|1:134482396_C_T:134482396:2,1,1,0 chrX 134493747 . A T . . DP=9;ECNT=1;MBQ=29,26;MFRL=101,156;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=11.98 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,5:0.545:9:1,3:3,2:3,1,5,0 chrX 134654818 . T C . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,34;MFRL=0,164;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=3.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0,0,1,0 chrX 134706797 . A AGACAAATAATATTTTT . . DP=19;ECNT=1;MBQ=27,26;MFRL=138,110;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=5.58 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:15,2:0.155:17:6,2:9,0:8,7,0,2 chrX 134715129 . T G . . DP=10;ECNT=1;MBQ=28,27;MFRL=128,116;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=6.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,3:0.335:10:4,0:3,3:1,6,0,3 chrX 134991849 . C T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=31,25;MFRL=135,57;MMQ=60,27;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=3.26 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.249:10:2,0:6,2:2,6,0,2 chrX 134995078 . G T . . DP=10;ECNT=1;MBQ=20,29;MFRL=97,118;MMQ=60,60;MPOS=12;POPAF=7.30;TLOD=10.25 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,4:0.417:10:4,2:2,2:3,3,0,4 chrX 135055694 . T C . . DP=2;ECNT=1;MBQ=0,28;MFRL=0,132;MMQ=60,60;MPOS=13;POPAF=7.30;TLOD=6.08 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,2:0.750:2:0,2:0,0:0,0,1,1 chrX 135080623 . C CT,CTT . . 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DP=5;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=143,159;MMQ=60,60;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=3.28 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:3,2:0.427:5:0,2:3,0:3,0,1,1 chrX 135431236 . T C . . DP=25;ECNT=1;MBQ=28,31;MFRL=126,106;MMQ=60,60;MPOS=25;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.61 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,10:0.439:23:6,3:7,7:3,10,4,6 chrX 135431358 . C T . . DP=1;ECNT=1;MBQ=0,32;MFRL=0,0;MMQ=60,60;MPOS=23;PON;POPAF=7.30;TLOD=3.38 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,1:0.667:1:0,0:0,1:0,0,0,1 chrX 135435475 . AT A . . DP=22;ECNT=1;MBQ=30,28;MFRL=123,125;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;RPA=9,8;RU=T;STR;TLOD=30.30 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,15:0.765:19:2,6:2,9:3,1,10,5 chrX 135438388 . A G . . DP=12;ECNT=2;MBQ=20,30;MFRL=84,146;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=7.11 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,3:0.307:11:4,3:3,0:2,6,0,3 chrX 135438444 . G GAGCTTTCTTCATTGTGAGGTGT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,32;MFRL=176,153;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,1:1,0:0,1,0,1 chrX 135455157 . GG AA . . DP=13;ECNT=2;MBQ=31,25;MFRL=113,0;MMQ=60,60;MPOS=8;POPAF=7.30;TLOD=5.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,2:0.200:13:1,2:9,0:2,9,0,2 chrX 135455173 . G A . . DP=12;ECNT=2;MBQ=32,25;MFRL=130,0;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=3.02 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,2:0.214:12:2,2:8,0:3,7,0,2 chrX 135455247 . G A . . DP=7;ECNT=1;MBQ=24,28;MFRL=97,167;MMQ=60,60;MPOS=32;POPAF=7.30;TLOD=7.39 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:4,3:0.445:7:1,0:3,3:1,3,3,0 chrX 135474420 . C A . . DP=19;ECNT=2;MBQ=31,28;MFRL=116,133;MMQ=60,60;MPOS=9;PON;POPAF=7.30;TLOD=24.27 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,10:0.550:18:4,4:4,6:4,4,6,4 chrX 135474444 . AGAT A . . DP=23;ECNT=2;MBQ=25,20;MFRL=113,91;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;RPA=2,1;RU=GAT;STR;TLOD=35.80 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,11:0.503:22:4,5:7,6:5,6,4,7 chrX 135585141 . T TTTGAGGCATCATATTCTCCCTTCAGTTG . . DP=9;ECNT=1;MBQ=26,20;MFRL=124,63;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=6.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,2:0.273:9:2,2:5,0:1,6,1,1 chrX 135618432 . C T . . DP=2;ECNT=4;MBQ=32,28;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:135618432_C_T:135618432:0,1,0,1 chrX 135618439 . G GTT . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,31;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:135618432_C_T:135618432:0,1,0,1 chrX 135618440 . CCA C . . DP=2;ECNT=4;MBQ=30,30;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:135618432_C_T:135618432:0,1,0,1 chrX 135618446 . A AAG . . DP=2;ECNT=4;MBQ=23,27;MFRL=0,93;MMQ=60,60;MPOS=0;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:135618432_C_T:135618432:0,1,0,1 chrX 135741542 . G GTC . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,29;MFRL=144,187;MMQ=60,60;MPOS=5;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:135741542_G_GTC:135741542:0,1,0,1 chrX 135741543 . G T . . DP=2;ECNT=2;MBQ=31,31;MFRL=144,187;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:1,1:0.500:2:1,0:0,1:0|1:135741542_G_GTC:135741542:0,1,0,1 chrX 135751581 . G A . . DP=8;ECNT=1;MBQ=29,20;MFRL=204,107;MMQ=60,60;MPOS=14;POPAF=7.30;TLOD=3.49 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,3:0.399:8:3,2:2,1:4,1,2,1 chrX 135761746 . C T . . DP=19;ECNT=3;MBQ=32,20;MFRL=125,53;MMQ=60,60;MPOS=24;POPAF=7.30;TLOD=5.53 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:16,2:0.149:18:13,0:3,2:10,6,1,1 chrX 135761769 . A AGATTTAATGCCATCCCC . . DP=17;ECNT=3;MBQ=28,20;MFRL=126,53;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=5.67 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,2:0.165:16:9,0:4,2:8,6,1,1 chrX 135761846 . G GACATTTCATGATTTA . . DP=8;ECNT=3;MBQ=30,20;MFRL=139,66;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.09 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,2:0.297:8:3,2:3,0:2,4,1,1 chrX 135861765 . CAA C . . 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DP=22;ECNT=2;MBQ=25,30;MFRL=112,117;MMQ=60,60;MPOS=9;POPAF=7.30;TLOD=24.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:11,10:0.479:21:8,5:2,5:7,4,4,6 chrX 150868761 . C T . . DP=14;ECNT=2;MBQ=26,24;MFRL=117,140;MMQ=60,60;MPOS=27;POPAF=7.30;TLOD=15.52 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:7,7:0.500:14:4,6:3,1:0,7,3,4 chrX 150889857 . C T . . DP=15;ECNT=1;MBQ=26,21;MFRL=91,95;MMQ=60,60;MPOS=7;POPAF=7.30;TLOD=15.96 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:6,8:0.561:14:2,5:4,3:3,3,6,2 chrX 150891286 . C CAGACCAAATGTTTTTTTT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=34,32;MFRL=173,130;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:2,1:0.400:3:0,1:2,0:0,2,0,1 chrX 150891310 . C CTT . . DP=2;ECNT=2;MBQ=33,28;MFRL=206,140;MMQ=60,60;MPOS=3;POPAF=7.30;TLOD=3.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,1:0.500:2:0,0:1,1:0,1,0,1 chrX 150907426 . T TTCA . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,29;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=4;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:150907426_T_TTCA:150907426:0,0,0,1 chrX 150907428 . T TCACCCAGCCCC . . DP=1;ECNT=2;MBQ=0,28;MFRL=0,150;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.20 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:0,1:0.667:1:0,1:0,0:0|1:150907426_T_TTCA:150907426:0,0,0,1 chrX 150908168 . G A . . DP=18;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=85,119;MMQ=60,60;MPOS=16;POPAF=7.30;TLOD=6.43 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:13,3:0.221:16:5,3:8,0:6,7,3,0 chrX 150911772 . G A . . DP=11;ECNT=1;MBQ=31,29;MFRL=124,244;MMQ=60,60;MPOS=11;POPAF=7.30;TLOD=5.47 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:8,2:0.248:10:4,1:4,1:1,7,1,1 chrX 151092126 . C G . . DP=4;ECNT=1;MBQ=30,34;MFRL=134,0;MMQ=60,53;MPOS=18;POPAF=7.30;TLOD=6.63 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:1,2:0.604:3:1,0:0,2:0,1,0,2 chrX 151093114 . G GTGTGTGCAGTGCAT . . DP=7;ECNT=2;MBQ=32,20;MFRL=118,68;MMQ=60,60;MPOS=2;POPAF=7.30;TLOD=4.14 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:4,2:0.365:6:3,0:1,2:0|1:151093114_G_GTGTGTGCAGTGCAT:151093114:1,3,1,1 chrX 151093116 . G GTGCT . . 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TAGAAC T . . DP=22;ECNT=1;MBQ=28,20;MFRL=120,78;MMQ=60,60;MPOS=29;POPAF=7.30;RPA=3,2;RU=AGAAC;STR;TLOD=5.44 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:17,2:0.141:19:6,0:9,2:8,9,1,1 chrX 153924356 . AG TT . . DP=3;ECNT=2;MBQ=27,29;MFRL=162,115;MMQ=60,60;MPOS=6;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:153924356_AG_TT:153924356:0,2,0,1 chrX 153924361 . C CTGGA . . DP=3;ECNT=2;MBQ=32,28;MFRL=162,115;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=3.42 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:PGT:PID:PS:SB 0|1:2,1:0.400:3:1,0:1,1:0|1:153924356_AG_TT:153924356:0,2,0,1 chrX 153927574 . C CATTGTGTCATT . . DP=7;ECNT=1;MBQ=30,20;MFRL=146,67;MMQ=60,60;MPOS=1;POPAF=7.30;TLOD=4.22 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:5,2:0.331:7:2,2:2,0:3,2,1,1 chrX 153994596 . G T . . DP=19;ECNT=1;MBQ=0,27;MFRL=0,129;MMQ=60,60;MPOS=20;PON;POPAF=7.30;TLOD=55.89 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:0,18:0.951:18:0,8:0,10:0,0,11,7 chrX 154001447 . C T . . 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